IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR
|
|
- Adéla Lišková
- před 5 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR Nováková Dana Česká sbírka mikroorganismů, Masarykova universita, Brno
2 ÚVODEM O REP-PCR PCR = mnohonásobné zmnožení úseků obsahujících fragment komplementární s primerem rep-pcr: amplifikace úseků mezi repetitivními sekvencemi směs amplikonů o různé velikosti jedinečný profil (GTG) 5 laktobacily, enterokoky, ERIC (Enterobacterial repetitive intergenic consensus) G-tyčky, BOX elementy G+ koky (streptokoky) Výhody: rychlost, snadné provedení, levné (mimo přístrojové a softwarové vybavení) vhodná především tam, kde jsou již zavedeny jiné amplifikační metody malé vstupní množství kultury (i několikadenní kultura) výsledek za 48 hod. srovnatelné s konvenčními metodami
3 MATERIÁL A PROVEDENÍ Všech 50 validně popsaných taxonů stafylokoků (celkem 123 izolátů) Typová kultura izoláty, rozmanitý zdroj izolace Kultivace, izolace DNA (alkalická lyze, 20 min) Primer (GTG) 5, tj. tandemově opakovaná polynukleotidová sekvence 5'-GTG GTG GTG GTG GTG-3' Počáteční denaturace 7 min / 95 C 30 cyklů: 1 min / 94 C + 1 min / 40 C + 8 min / 65 C konečná elongace 16 min / 65 C (doba procesu 6 hod) Elektroforéza (1,5% agaróza, 16 hod, přes noc), digitalizace, vyhodnocení (BioNumerics, GelCompar, )
4 VÝSLEDKY ANALÝZY 45 z 50 taxonů (90%) vytvářelo druhově specifické shluky PCR profilů = identifikace do druhu (včetně všech klinicky významných taxonů) hominis, schleiferi, cohnii a capitis poddruhově specifické profily = možná identifikace do poddruhu intermedius, hyicus, kloosii, sciuri subsp. sciuri a carnosus subsp. utilis 2 typy PCR profilů Vnitrodruhová variabilita 40 89% ( aureus a lugdunensis resp.) U všech izolátů prokázán jedinečný PCR profil = různé kmeny
5 ANALÝZA(GTG) 5 - PCR PROFILŮ Podobnost (%) CCM 3834 T CCM 4532 CCM 4313 T CCM 4315 CCM 2271 kloosii kloosii schleiferi subsp. coagulans schleiferi subsp. coagulans schleiferi CCM 4070 T schleiferi subsp. schleiferi CCM 4072 schleiferi subsp. schleiferi CCM 2736 T cohnii subsp. cohnii CCM 2605 cohnii subsp. cohnii CCM 2726 cohnii subsp. cohnii CCM 4770 felis CCM 4198 felis CCM 4196 T felis CCM 2618 intermedius CCM 4710 intermedius CCM 7278 T equorum subsp. linens CCM 7301 equorum CCM 3832 T equorum subsp. equorum CCM 7302 equorum CCM 4068 lugdunensis CCM 4069 lugdunensis CCM 4064 T lugdunensis CCM 4436 lugdunensis CCM 2738 T xylosus CCM 4822 xylosus CCM 2128 xylosus CCM 4657 T sciuri subsp. rodentium CCM 4743 sciuri subsp. rodentium CCM 7041 sciuri subsp. sciuri CCM 4835 T sciuri subsp. carnaticus CCM 4232 sciuri subsp. sciuri CCM 2994 hyicus CCM 2995 hyicus CCM 7521 pettenkoferi CCM 7495 T pettenkoferi CCM 4752 carnosus subsp. utilis CCM 3473 T sciuri subsp. sciuri CCM 2730 T warneri CCM 2604 warneri CCM 2445 warneri CCM 3572 T gallinarum CCM 4506 gallinarum CCM 7221 epidermidis CCM 4505 epidermidis CCM 2124 T epidermidis
6 CCM 3474 T CCM 2732 CCM 2733 CCM 4786 T CCM 4747 CCM 4748 CCM 7194 T CCM 7313 CCM 7314 CCM 7157 T CCM 7230 CCM 7229 CCM 7213 T CCM 3991 T CCM 3992 CCM 883 T CCM 2682 CCM 4410 T CCM 2728 CCM 7045 T CCM 7317 CCM 2433 CCM 3830 T CCM 3831 CCM 2705 T CCM 4938 CCM 3583 CCM 4411 CCM 3472 T CCM 2599 CCM 2436 CCM 3835 CCM 4345 T CCM 4346 CCM 4753 T CCM 4789 CCM 5757 CCM 4890 CCM 2286 CCM 3823 T CCM 3824 CCM 885 T hominis subsp. hominis hominis subsp. hominis hominis subsp. hominis hominis subsp. novobiosepticus hominis subsp. novobiosepticus hominis subsp. novobiosepticus succinus subsp. casei succinus subsp. casei succinus succinus subsp. succinus simiae simiae simiae auricularis auricularis saprophyticus subsp. saprophyticus saprophyticus subsp. saprophyticus saprophyticus subsp. bovis saprophyticus subsp. saprophyticus nepalensis nepalensis nepalensis arlettae arlettae simulans simulans simulans simulans lentus lentus lentus kloosii piscifermentans piscifermentans condimenti piscifermentans aureus aureus subsp. anaerobius subsp. anaerobius
7 CCM 885 CCM 5739 T CCM 4681 T CCM 4115 T CCM 4184 CCM 3385 CCM 3386 CCM 3387 T CCM 7315 T CCM 4539 CCM 2110 CCM 4295 CCM 4294 T CCM 4389 T CCM 4788 CCM 4390 CCM 7101 CCM 2368 T CCM 4511 T CCM 4481 CCM 4894 CCM 7296 CCM 2729 CCM 2737 T CCM 4175 T CCM 4176 CCM 4178 CCM 4838 T CCM 4579 CCM 7085 CCM 3539 CCM 6144 CCM 2734 T CCM 2735 CCM 4291 T CCM 4293 CCM 4922 T intermedius lutrae delphini delphini chromogenes chromogenes chromogenes pseudintermedius pseudintermedius cohnii subsp. urealyticum cohnii subsp. urealyticum cohnii subsp. urealyticum pasteuri pasteuri pasteuri vitulinus hyicus vitulinus vitulinus haemolyticus haemolyticus haemolyticus haemolyticus muscae muscae muscae carnosus subsp. carnosus carnosus subsp. carnosus carnosus subsp. utilis saccharolyticus saccharolyticus capitis subsp. capitis capitis subsp. capitis capitis subsp. ureolyticus capitis subsp. ureolyticus fleurettii
8 SHRNUTÍ 1. Na základě podobnosti (GTG) 5 -PCR profilů lze stafylokoky identifikovat do druhu -Tvoří dobře odlišitelné shluky CCM 2736 T CCM 2605 CCM 2726 CCM 4770 CCM 4198 CCM 4196 T cohnii subsp. cohnii cohnii subsp. cohnii cohnii subsp. cohnii felis felis felis
9 SHRNUTÍ 2. U některých taxonů zařazení až do poddruhu -Tvoří poddruhově specifické, dobře rozlišitelné shluky CCM 2734 T CCM 2735 CCM 4291 T CCM 4293 capitis subsp. capitis capitis subsp. capitis capitis subsp. ureolyticus capitis subsp. ureolyticus
10 SHRNUTÍ 3. Umožňuje typizaci kmenů Výhoda oproti konvenčním metodám -je kmen identický s dřívějším nálezem pacienta? (opakovaný nález?, skryté ložisko?, více pacientů s totožným kmenem?) CCM 5757 CCM 4890 CCM 2286
11 SHRNUTÍ 4. V případě, že jeden taxon vytváří více vizuálně odlišných typů profilů, nutno doplnit dalšími testy, posoudit správnost dřívější identifikace
12 ZÁVĚR (GTG) 5 -PCR je vhodná jak pro identifikaci většiny stafylokoků (včetně všech klinicky významných druhů), tak pro typizaci kmenů Spolehlivost identifikace je podmíněna kvalitou databáze (čím Spolehlivost identifikace je podmíněna kvalitou databáze (čím více dobře charakterizovaných referenčních kmenů obsahuje, tím lépe)
13 Děkuji za pozornost Práce byla podpořena projektem MSM Metodika vychází z publikací: Gevers et al., Applicability of rep-pcr fingerprinting for identification of Lactobacillus species. FEMS Microbiology Letters 205, Švec et al., Evaluation of (GTG) 5 -PCR for rapid identification of Streptococcus mutans. Antoine Van Leeuwenhoak, 94,
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph Ivo Sedláček 1, Petr Petráš 2, Eva Plíšková 3, Tereza Škapová 4, Jana Jančová 4, Petr Ježek 5 1 Česká sbírka mikroorganismů,
VíceIdentifikace stafylokoků prostřednictvím sekvenování konzervativních genů
Identifikace stafylokoků prostřednictvím sekvenování konzervativních genů Roman Pantůček, Pavel Švec, Ivo Sedláček Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity Ústav experimentální biologie M A SA RYKOVA
VíceMASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ S. aureus S. simiae (D83357) (AY727530) S. hominis (X66101) S. haemolyticus (D83367) S. stepanoicii
VíceIng. Růžena Seydlová. Základní ukazatele z chovu dojnic
JAKÁ JE HYGIENICKÁ KVALITA MLÉKA PRVOTELEK V ČR? Ing. Růžena Seydlová MILCOM a.s. Praha Listopad 2016 Základní ukazatele z chovu dojnic rok stavy dojnic dojnice/stáj průměrná laktace 1. Laktace (% ) mléčná
VíceGENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius
Konzultační den NRL pro stafylokoky, SZÚ Praha, 3.11.2010 GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius Pavel Švec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3 1
VíceZDRAVOTNÍ STAV MLÉČNÉ ŽLÁZY PRVOTELEK V ČESKÉ REPUBLICE. Ing. Růžena Seydlová, PhD. MILCOM a.s. Praha duben 2015
ZDRAVOTNÍ STAV MLÉČNÉ ŽLÁZY PRVOTELEK V ČESKÉ REPUBLICE Ing. Růžena Seydlová, PhD. MILCOM a.s. Praha duben 2015 Základní ukazatele z chovu dojnic rok stavy dojnic dojnice/stáj průměrná laktace 1. laktace
VíceZubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra. I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P.
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra projekt 1M0021622409 I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P. Švec Bakteriální mikroflóra zubů průkaz druhové diverzity
VícePolyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae
VíceDezinfekce rukou a přehled výskytu mikrobiální flory na rukou nemocničního personálu
Dezinfekce rukou a přehled výskytu mikrobiální flory na rukou nemocničního personálu Eva Padevětová MVDr. Petr Ježek Mikrobiologické oddělení E-mail: micvrch@onp.cz 30..2006 Úvod průzkum proběhl v Oblastní
VíceVyužití rep-pcr v bakteriální taxonomii
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU rep-pcr založeny na shlukové analýze PCR produktů získaných s primery komplementárními k rozptýleným
VíceORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2010
INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2010 ORIDES presumptive identification of coagulase-negative staphylococci version 2010
VíceL. acidophilus_(psmm _ TIDE):
L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie
VíceL. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06
_(PSMM _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie - taxonomie
Víceizolovaných z hemokultur
Identifikace mléčných bakterií izolovaných z hemokultur P. Švec 1, A. Ševčíková 2, M. Vancanneyt 3, I. Sedláček 1 1 Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU, Brno 2 Fakultní nemocnice Brno 3 BCCM/LMG Bacteria
VícePůvodci mastitid skotu
Původci mastitid skotu Z pracoval: M V D r. Jaroslav B Z D IL, Ph.D., SV Ú O lom ouc, Jakoubka za Stříbra 1, 77900 Olom ouc. Tel.: 585557223, E -m ail: vetm ed@ seznam.cz 1 Rozdělení patogenů mléčné žlázy
VíceStafylokoky v současné době patří mezi důležité bakteriální patogeny. Např. u nozokomiálních infekcí krevního řečiště jsou spolu s enterokoky
Grampozitivní bakterie Rod Staphylococcus Stafylokoky v současné době patří mezi důležité bakteriální patogeny. Např. u nozokomiálních infekcí krevního řečiště jsou spolu s enterokoky etiologickým agens
VíceORIDES orientační identifikace koaguláza-negativních stafylokoků verze 2018
INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ ORIDES orientační identifikace koaguláza-negativních stafylokoků verze 2018 ORIDES presumptive identification of coagulase-negative staphylococci version 2018
VíceVyužití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém
Využití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém Mgr. Marcel Kosina Česká sbírka mikroorganismů Masarykova univerzita,
VíceORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2015
ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2015; 24(10) ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2015 ORIDES presumptive identification of coagulase-negative
VíceBakalářská práce. Zdravotní problematika rodu Staphylococcus
JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH ZEMĚDĚLSKÁ FAKULTA Katedra veterinárních disciplín a kvality produktů Studijní program: B4131 Zemědělství Studijní obor: Trvale udržitelné systémy hospodaření
VíceM. Laichmanová NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ SBÍRKY MIKROORGANISMŮ
M. Laichmanová NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ SBÍRKY MIKROORGANISMŮ držitel certifikátu Kompletní nabídku referenčních mikroorganizmů tvoří 157 kontrolních kmenů bakterií vláknitých hub kvasinek
VíceStaphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky
ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2013; 22(8) Staphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky Staphylococcus petrasii, a novel staphylococcal species from the Czech
VícePSMM _ TIDE
PSMM _ TIDE 2010-02-19 Ivo Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno mikrobiální biosféra není statická dorozumívací jazyk Prokaryota mohou, a také to dělají,
VíceVyužití DNA sekvencování v
Využití DNA sekvencování v taxonomii prokaryot Mgr. Pavla Holochová, doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc. Česká sbírka mikroorganismů Ústav experimentální biologie Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita,
VícePCR pozitivních hemokultur v systému BacT/ALERT 3D soupravou GenoType BC Lazarová Z., Fischerová L., Karasová H.
PCR pozitivních hemokultur v systému BacT/ALERT 3D soupravou GenoType BC Lazarová Z., Fischerová L., Karasová H. Zdravotní ústav se sídlem v Ostravě, Centrum klinických laboratoří Proč použít PCR v diagnostice
VíceGRAMPOZITIVNÍ KOKY. Čeleď: STAPHYLOCOCCACEAE. Rod: Staphylococcus
GRAMPOZITIVNÍ KOKY Společnou charakteristikou baktérií této skupiny jsou především morfologie buněk (koky) a fyziologické vlastnosti (mezofilie a organofilie). Za základní znaky používané k rozlišení jednotlivých
VíceMASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE
Česká sbírka mikroorganismů () DOPORUČENÉ KONTROLNÍ KMENY PRO IDENTIFIKAČNÍ TESTY V KLINICKÉ MIKROBIOLOGII - Bakteriologie K ověření kvality identifikačních souprav a testů používaných v klinické mikrobiologii
VíceVýskyt a typizace mléčných bakterií v baleném mase
Výskyt a typizace mléčných bakterií v baleném mase 1 Štegnerová, H., 2 Nápravníková, E., 2 Steinhauserová, I., 1 Švec, P. 1 MU PřF, Česká sbírka mikroorganismů (CCM) 2 VFU, FVHE, Ústav hygieny a technologie
VíceFilm-Utile D. Přípravek s kyselinou mléčnou pro dezinfekci struků po dojení. Popis. Přednosti. Vlastnosti. Legislativa
Film-Utile D Popis Přípravek s kyselinou mléčnou pro dezinfekci struků po dojení Přednosti Vlastnosti Vlastnosti účinných látek v přípravku Film-Utile D zajišťují dobrou účinnost při namáčení struků po
VíceMASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE Česká sbírka mikroorganismů (CCM) tel.: +420 549 491 430 fax +420 549 498 289 e-mail: ccm@sci.muni.cz http://www.sci.muni.cz/ccm
VíceBlu-Gard N Dip D. Přípravek s kyselinou mléčnou pro dezinfekci struků po dojení. Popis. Přednosti. Vlastnosti. Legislativa
Blu-Gard N Dip D Popis Přednosti Vlastnosti Přípravek s kyselinou mléčnou pro dezinfekci struků po dojení Vlastnosti, které dodává účinná látka obsažená v přípravku Blu-Gard N Dip D, zajišťují účinnost
VíceNové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická
VíceZkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE. Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha
Zkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha Definice: Sepse je definována jako syndrom systémové zánětlivé odpovědi
VíceCVIČENÍ II. IZOLACE DNA, DETEKCE GENŮ METODOU PCR, STANOVENÍ PŘÍBUZNOSTI IZOLÁTŮ METODOU ERIC PCR
CVIČENÍ II. PŘEDMĚT ANTIBIOTICKÁ REZISTENCE IZOLACE DNA, DETEKCE GENŮ METODOU PCR, STANOVENÍ PŘÍBUZNOSTI IZOLÁTŮ METODOU ERIC PCR Bakterie řadíme mezi prokaryotické organizmy, které nesou genetickou informaci
VíceNOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ SBÍRKY MIKROORGANISMŮ
M. Laichmanová a S. Karpíšková Česká sbírka mikroorganismů, Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Tvrdého 14, 602 00 Brno NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ
VíceLaboratorní diagnostika v NRL pro stafylokoky CEM SZÚ v roce 2018
Laboratorní diagnostika v NRL pro stafylokoky CEM SZÚ v roce 2018 Laboratory diagnostics in the National Reference Laboratory for Staphylococci, Centre for Epidemiology and Microbiology, National Institute
VíceIdentifikace a klasifikace mikroorganismů založená na shlukové analýze MALDI-MS protein/peptidových profilů
Identifikace a klasifikace mikroorganismů založená na shlukové analýze MALDI-MS protein/peptidových profilů 4000 6000 8000 10000 m /z MALDI-TOF MS = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - - Time
VícePASTOREX STAPH-PLUS 1 x x Latexový aglutinační test pro identifikaci Staphylococcus aureus
PASTOREX STAPH-PLUS 1 x 50 56356 5 x 50 56353 Latexový aglutinační test pro identifikaci Staphylococcus aureus 881175 2015/01 1- POUŽITÍ PASTOREX STAPH-PLUS je rychlý aglutinační test pro souběžnou detekci
VíceBD MacConkey II Agar / Columbia CNA Agar Improved II with 5% Sheep Blood (Biplate)
NÁVOD K POUŽITÍ MÉDIA NA MISCE URČENÁ K OKAMŽITÉMU POUŽITÍ PA-257574.02 Rev.: Sept. 2015 BD MacConkey II Agar / Columbia CNA Agar Improved II with 5% Sheep Blood (Biplate) ÚČEL POUŽITÍ Médium BD MacConkey
VíceMikrobiální identifikace
Mikrobiální identifikace ANAEROtest 23 rutinní identifikace anaerobních bakterií vyskytujících se v klinickém materiálu 40 stanovení 23 biochemických reakcí umístěných na trojstripu dělené mikrotitrační
VíceDiagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR
Diagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR Zpracoval: MVDr. Jaroslav Bzdil, Ph.D., SVÚ Olomouc, Jakoubka ze Stříbra 1, 779 00 Olomouc Tel.: 585557223, e.mail: vetmed@seznam.cz Původce
VíceAkreditované zkoušky prováděné v Laboratořích CEM
Strana č.: 1 Nahrazuje stranu: 1 Akreditované zkoušky prováděné v Laboratořích CEM EIA - stanovení protilátek HIV-1/2, HIV-1 p24 antigenu a současné stanovení protilátek HIV-1/2 a HIV-1 p24 antigenu SOP-NRL/AIDS-01-01
VíceSou asné mo nosti laboratorní diagnostiky stafylokokových infekcí
Jiho eská univerzita v eských Bud jovicích Zdravotn sociální fakulta Sou asné mo nosti laboratorní diagnostiky stafylokokových infekcí Bakalá ská práce Autor práce: Studijní program: Studijní obor: Lucie
VíceLÉČBA A ATB PROFYLAXE INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY (nové doporučené postupy) Jiří Beneš Infekční klinika 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha
LÉČBA A ATB PROFYLAXE INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY (nové doporučené postupy) Jiří Beneš Infekční klinika 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha Hradec Králové, 25.2.2016 Patogeneze IE, důsledky pro léčbu bakteriémie
VíceDNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit
VíceVykazování pro zdravotní pojišťovny a zákonné požadavky pro genetická vyšetření
Vykazování pro zdravotní pojišťovny a zákonné požadavky pro genetická vyšetření Hana Feixová Komplement laboratoří ÚHKT, Praha WWW.UHKT.CZ Novela SZV k 1. 1. 2017 Vyhláška č. 421/2016 Sb. Vyhláška, kterou
VíceÚloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií
Téma bakalářské práce: Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií Nové odvětví molekulární biologie se zabývá RNA molekulami, které se nepřekládají do proteinů, ale slouží
VíceFAKULTA CHEMICKÁ ÚSTAV CHEMIE POTRAVIN A BIOTECHNOLOGIÍ
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA CHEMICKÁ ÚSTAV CHEMIE POTRAVIN A BIOTECHNOLOGIÍ FACULTY OF CHEMISTRY INSTITUTE OF FOOD SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY MOLEKULÁRNÍ TYPIZACE
VíceDeterminanty lokalizace nukleosomů
METODY STUDIA CHROMATINU Topologie DNA a nukleosomů Struktura nukleosomu 1.65-1.8 otáčky Struktura nukleosomu 10.5 nt 1.8 otáčky 10n, 10n + 5 146 nt Determinanty lokalizace nukleosomů mechanické vlastnosti
VícePolyfázová identifikace enterokoků z prostředí
Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí Ivo Sedláček, Pavel Švec, Marcel Kosina a Pavla Holochová Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Erba Lachema, Mikulov,
VíceImplementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 Hybridizační metody v diagnostice Mgr. Gabriela Kořínková, Ph.D. Laboratoř molekulární
VíceVYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA CHEMICKÁ ÚSTAV CHEMIE POTRAVIN A BIOTECHNOLOGIÍ FACULTY OF CHEMISTRY INSTITUTE OF FOOD SCIENCE AND BIOTECHNOLOGYOGY IZOLACE DNA V KVALITĚ
VíceVYUŽITÍ SYSTÉMU DIVERSILAB PRO DRUHOVOU IDENTIFIKACI BIFIDOBAKTERIÍ
a RAPD k charakterizaci výše uvedených bakteriálních druhů vyžaduje další ověření. Tato práce byla podporována grantem č. 2B08070 poskytnutým MŠMT ČR. Literatura BOYER S. L., FLECHTNER V. R., JOHANSEN
VíceSeptiFast. rychlá detekce sepse. Olga Bálková Roche s.r.o., Diagnostics Division
SeptiFast rychlá detekce sepse Olga Bálková Roche s.r.o., Diagnostics Division Požadavky kliniků Rychlá detekce a identifikace patogenů způsobujících sepsi Rychlé výsledky Výsledky do několika hodin Jednoznačné
VíceMastitidy. MVDr. Jana Štossová Eurofarm systems s. r. o.
Mastitidy MVDr. Jana Štossová Eurofarm systems s. r. o. Zánět mléčné žlázy MASTITIS Zánět mléčné žlázy nemůžeme považovat za jednotnou nosologickou jednotku, protože při jejím vzniku se uplatňují tři biosystémy
VíceZměny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory
Změny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory Ing. Hana Hrbáčková LTK CEM SZÚ 2011 - Původní návrh MZ Grant Evropského fondu pro regionální rozvoj Vítěznou nabídku na řešení Kultivace Seznamu zdravotních
VíceSkupina bakterií se společnou vlastností tvorby kyseliny mléčné při fermentaci cukrů Součást mikroflóry DÚ, GIT, vaginy Potraviny, prostředí
Klinický význam mléčných bakterií izolovaných z hemokultur Alena Ševčíková OKM, FN Brno Pavel Švec CCM MU Brno Mléčné bakterie (LAB - lactic acid bacteria) Skupina bakterií se společnou vlastností tvorby
VíceExterní kontrola kvality sekvenačních analýz
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Radka Bolehovská 1, Lenka Plíšková 2, Kateřina Hrochová 2 Úsek molekulární biologie, 1 Ústav klinické mikrobiologie 2 Ústav klinické biochemie a diagnostiky
VíceOptimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD
Optimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD Dana Vejmelková, Milan Šída, Kateřina Jarošová, Jana Říhová Ambrožová VODÁRENSKÁ BIOLOGIE, 1. 2. 2017 ÚVOD Sledované parametry,
Vícelaboratorní technologie
Využití real-time PCR v urgentní diagnostice bakteriálních meningitid J. Mrázek Bakteriální meningitidy Bakteriální meningitidy patří k nejzávažnějším akutním infekčním onemocněním. Průběh bakteriální
VícePůvodce Metoda Cena [Kč]
Původce Metoda Cena [Kč] Gastrointestinální soustava Escherichia coli Kultivace 90 Stanovení patogenních faktorů Salmonella spp. Kultivace 70-270 Serotypizace 730 Clostridium perfringens Kultivace 130
VíceKonečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche
Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Charakteristika testu: Set AMPLICOR HPV vyráběný firmou Roche je určený pro detekci vysoko-rizikových typů lidských
VíceDIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU
Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální
VícePŮVODCI INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY. Jiří Beneš Infekční klinika 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha
PŮVODCI INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY Jiří Beneš Infekční klinika 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha Hradec Králové 25.2.2016 Valvular endothelium Patogeneze IE trauma, turbulence, metabolic changes Platelet-fibrin
VíceDiagnostika streptokoků
Lékařská orální mikrobiologie Téma P - Diagnostika streptokoků Tabulka pro souhrn výsledků úkolů až 6 (k postupnému vyplnění) Kmen K L M N P Q R S T Gramovo barvení úkol č. Kataláza úkol a Slanetz-Bartley
VíceSTAPHYtest 16. Doporučený pracovní postup pro STAPHYtest 16. Dodržujte zásady pro práci s infekčním materiálem! Pro mikrobiologii. Kat. č.
CZ Kat. č.: 10003378 Pro mikrobiologii Souprava je určena pro identifikaci zástupců rodu Staphylococcus i dalších grampozitivních kataláza pozitivních koků. Souprava umožňuje provést identifikaci šedesáti
Vícekontaminovaných operačních výkonů, ale i u čistých operací, při kterých dochází k aplikaci
ANTIMIKROBNÍ PROFYLAXE Antibiotická profylaxe je aplikace vybraných antibakteriálních léčiv s cílem snížit výskyt infekcí v místě operačního výkonu. Použití profylaxe je indikováno nejen u kontaminovaných
VíceDIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU
Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální
VíceSeznam protokolů 2012
Seznam protokolů 0. Protokol Danone 9..0 CPM Wilkins-Chalgren Agar M7 - Streptococcus thermophilus rod Bifidobacterium Wilkins-Chalgren Agar + mupirocin rod Lactobacillus Rogosa Agar Lactobacillus casei
VícePolymerázová řetězová reakce
Polymerázová řetězová reakce doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2013 Obsah přednášky 1) Co je to PCR, princip, jednotlivé kroky 2) Technické provedení PCR 3) Fyzikální
VíceAutomatizace v klinické mikrobiologii
Automatizace v klinické mikrobiologii 1Jaroslav Hrabák, 2Pavel Dřevínek 1Ústav mikrobiologie, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta a Fakultní nemocnice v Plzni, Univerzita Karlova 2Ústav lékařské mikrobiologie,
VíceBD BBL CHROMagar MRSA*
NÁVOD K POUŽITÍ MÉDIA NA MISCE URČENÁ K OKAMŽITÉMU POUŽITÍ PA-257308.01 Rev: Dec 2005 BD BBL CHROMagar MRSA* ÚČEL POUŽITÍ BBL CHROMagar MRSA je selektivní a diferenciační médium používané primárně pro
VíceNové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY Obsah prezentace Historie, vývoj a trendy
VíceAnalýza pohybu plicních ložisek: faktory, které ovlivňují přesné vymezení ITV. Lukáš Knybel Lukáš Molenda Jakub Cvek
Analýza pohybu plicních ložisek: faktory, které ovlivňují přesné vymezení ITV Lukáš Knybel Lukáš Molenda Jakub Cvek Cíle práce Vyhodnocení míry pohybů plicních ložisek Snaha o nalezení závislosti v mezi
VíceMálo obvyklé nemocniční nákazy
Málo obvyklé nemocniční nákazy MUDr Věra Kůrková Ambulance v terénu Zubní ordinace Léčebny dlouhodobě nemocných Hospic Priony Virové NN Bakteriální NN Mykotické NN Parazitární NN Priony Jacob-Creutzfeldt
VíceINFEKČNÍ ENDOKARDITIDA. Jiří Beneš Klinika infekčních nemocí 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha
INFEKČNÍ ENDOKARDITIDA Jiří Beneš Klinika infekčních nemocí 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha Praha, 27.11.2014 Incidence Epidemiologie 20. století: 1,5-4,5 /100.000 obyv./rok přelom století: 5-6 /100.000
VícePřehledy citlivostí k antibiotikům r
Přehledy citlivostí k antibiotikům r. 2012-2013 Přehledy dle druhů materiálu: I. Přehledy citlivostí k nejčastějším respiračním patogenů II. Přehledy citlivostí k močovým patogenů III. Přehledy citlivostí
VíceMykologická analýza potravin
Mykologická analýza potravin a. Souhrn V roce 2010 byl zahájen druhý dvouletý cyklus nově uspořádaného Monitoringu dietární expozice člověka a tím i pozměněného projektu "MYKOMON". Vzhledem k detailnějšímu
VíceAPLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY
APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY Monika Stavělová 1, Jakub Rídl 2, Maria Brennerová 3, Hana Kosinová 1, Jan Pačes 2 1 AECOM
VíceProblematika molekulárněmikrobiologické diagnostiky
Problematika molekulárněmikrobiologické diagnostiky Jaroslav Hrabák Téma jednání 1. Nepodkročitelná minima vybavení molekulárněmikrobiologické laboratoře Schválení dokumentu 1. Vzdělávání v molekulární
VíceZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN
ZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN Možnosti stanovení Listeria monocytogenes popis metod a jejich princip Mária Strážiková Aleš Holfeld Obsah Charakteristika Listeria monocytogenes Listerióza Metody detekce
VíceSOUHRN ÚDAJŮ O PŘÍPRAVKU
sp.zn.sukls66153/2015 SOUHRN ÚDAJŮ O PŘÍPRAVKU 1. NÁZEV PŘÍPRAVKU Bactroban Nasal 20 mg/g nosní mast 2. KVALITATIVNÍ A KVANTITATIVNÍ SLOŽENÍ Mupirocinum calcicum 0,0645 g (což odpovídá mupirocinum 0,06
VíceSurveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice 2013
Surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice 2013 Kozáková Jana NRL pro streptokokové nákazy Státní zdravotní ústav, Praha 26. Pečenkovy epidemiologické dny, 2014 Rok 2013 - Sedmý
Vícesepse = syndrom systémové zánětlivé odpovědi (SIRS) při infekci (SCCM/ACCP Consensus Conference 1992)
Sepse sepse = syndrom systémové zánětlivé odpovědi (SIRS) při infekci (SCCM/ACCP Consensus Conference 1992) sepse = přítomnost ložiska bakteriální infekce v těle, ze kterého se uvolňují bakterie vyvolávající
VíceSepse a infekční endokarditida Michal Holub
Sepse a infekční endokarditida Michal Holub Klinika infekčních nemocí 1.LF UK a ÚVN Definice sepse a septického šoku (Sepsis-3) sepse = život ohrožující orgánová dysfunkce způsobená aberantní odpovědí
VíceVýznam sekvenační analýzy v mikrobiologické diagnostice
Význam sekvenační analýzy v mikrobiologické diagnostice Plíšková L., Kutová R., Bolehovská R., Ryšková L. ÚKBD, ÚKM FN Hradec Králové FONS 2012 Široké použití v mikrobiologii Identifikace mikroorganizmů
VíceMikrobiologické diagnostické metody. MUDr. Pavel Čermák, CSc.
Mikrobiologické diagnostické metody MUDr. Pavel Čermák, CSc. Princip identifikace soubor ZNAKŮ s rozdílnou separační hodnotou S HODNOTA S: S 1 S 2 S 3 Základní problémy Minimum morfologických znaků Podobná
VícePrezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola
Prezentace školy 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj Veřejná vysoká škola Spolupráce MU s podniky Spolupráce s podniky Výzkum a vývoj Studenti Další vzdělávání Ostatní
VíceM KR K O R BI B OLO L GA
SEPSE Z POHLEDU MIKROBIOLOGA Milan Kolář Ústav mikrobiologie LF UP a FNOL Sepse patří k nejzávažnějším infekčním onemocněním a nadále představuje velký terapeutický problém. Sepsi lze definovat jako systémovou
VíceMYKOLOGICKÁ ANALÝZA POTRAVIN
MYKOLOGICKÁ ANALÝZA POTRAVIN a. Souhrn V roce 2011 byl ukončen druhý dvouletý cyklus nově uspořádaného Monitoringu dietární expozice člověka a tím i pozměněného projektu "MYKOMON". Vzhledem k detailnějšímu
VíceMikroskopie versus kultivace, kdy, komu a proč? Jan Kestřánek PGK, FNHK
Mikroskopie versus kultivace, kdy, komu a proč? Jan Kestřánek PGK, FNHK Vulvovaginální dyskomfort Akutní vulvovaginální dyskomfort (AVD): obtíže v oblasti zevního genitálu a pochvy jako je výtok, svědění
VíceFilozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích
INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Vzdělávání v oblasti forenzní genetiky reg. č. CZ.1.07/2.3.00/09.0080 Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích INVESTICE DO ROZVOJE
VíceMOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
VíceDETEKCE A IDENTIFIKACE FYTOPATOGENNÍCH BAKTERIÍ METODOU PCR-RFLP
DETEKCE A IDENTIFIKACE FYTOPATOGENNÍCH BAKTERIÍ METODOU PCR-RFLP Polymerázová řetězová reakce (PCR) je in vitro metoda pro enzymatickou syntézu definované sekvence DNA. Reakce využívá dvou oligonukleotidových
VíceAKTUÁLNÍ DOPORUČENÍ MIKROBIOLOGICKÉ DIAGNOSTIKY A ANTIBIOTICKÉ LÉČBY INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY 21ST COLOURS OF SEPSIS, OSTRAVA
AKTUÁLNÍ DOPORUČENÍ MIKROBIOLOGICKÉ DIAGNOSTIKY A ANTIBIOTICKÉ LÉČBY INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY 21ST COLOURS OF SEPSIS, OSTRAVA Jiří Sagan Klinika infekčního lékařství FN Ostrava a LF OU Aktuální doporučení
VíceODLIŠENÍ ODRŮD PŠENICE OBECNÉ TRITICUM AESTIVUM L. METODOU RAPD
ODLIŠENÍ ODRŮD PŠENICE OBECNÉ TRITICUM AESTIVUM L. METODOU RAPD Distinguishing of Wheat Varieties (Tritium aestivum L.) by Method RAPD Zuzana Kohutová, Zuzana Kocourková, Hana Vlastníková, Petr Sedlák
VíceACTA UNIVERSITATIS AGRICULTURAE ET SILVICULTURAE MENDELIANAE BRUNENSIS SBORNÍK MENDELOVY ZEMĚDĚLSKÉ A LESNICKÉ UNIVERZITY V BRNĚ
ACTA UNIVERSITATIS AGRICULTURAE ET SILVICULTURAE MENDELIANAE BRUNENSIS SBORNÍK MENDELOVY ZEMĚDĚLSKÉ A LESNICKÉ UNIVERZITY V BRNĚ Ročník LV 1 Číslo 2, 2007 Identifikace a charakterizace bakterií rodu Enterococcus
VíceMolekulárně biologické a cytogenetické metody
Molekulárně biologické a cytogenetické metody Molekulárně biologickému vyšetření obvykle předchází na rozdíl od všech předcházejících izolace nukleových kyselin, což je ve většině případů DNA jako nositelka
Více,,Příloha č. 1 k vyhlášce č. 381/2007 Sb.
,,Příloha č. 1 k vyhlášce č. 381/2007 Sb. Částka 125 Sbírka zákonů č. 387 / 2008 Strana 6003 Strana 6004 Sbírka zákonů č. 387 / 2008 Částka 125 Částka 125 Sbírka zákonů č. 387 / 2008 Strana 6005 Strana
VíceIndikace přípravku Zetamac v ordinaci praktického lékaře
Indikace přípravku Zetamac v ordinaci praktického lékaře MUDr. Igor Karen 13.10. 2009 Zetamac léková forma azithromycinum 2g granule s prodlouženým uvolňováním pro přípravu perorální suspenze s příchutí
Více