MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda
|
|
- Jakub Sedláček
- před 8 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL Miloslav Šanda
2 Ionizaní techniky využívané k analýze biomolekul (biopolymer) MALDI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy, sacharidy ESI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy, sacharidy APCI: syntetické polymery, nepolární analyty jako triacylglyceroly..
3 MALDI intaktních protein Tvorba 1x nabitých iont molekulárních adukt V minoritním množství tvorba 2x nabitých iont a tvorba dimer Pi prosté MALDI-TOF analýze nejsou zpravidla patrné fragmentaní ionty Používané matrice kyselina sinapová, v menší míe α-hydroxyskoicová kyselina a DHB
4 MALDI/MS spektrum protein
5 ESI/MS intaktních protein Tvorba vícenásobn nabitých iont možná analýza velkých protein spektrometry s nižším rozsahem hmot Pi použití analyzátoru s vyšším rozlišením možnost stanovení MW proteinu s pesností Da 0,1Da v závislosti na rozlišení instrumentu
6 ESI/MS intaktního proteinu
7 Výpoet molekulové hmotnosti proteinu z m/z sousedních pík M MW proteinu, z nábojový stav Y pík s nižší m/z, X pík s vyšší m/z X = (M+z)/z, Y = (M+z+1)/(z+1) nábojový stav píku X z X = (Y-1)/(X-Y) MW = (X*z X )-z X = (Y*z Y )-z Y
8 MALDI-MS peptid Tvorba 1x nabitých iont V pípad zasolení vzork možná tvorba adukt se složkami solí Vhodné matrice α-hydroxyskoicová kyselina, DHB Pi volb vysoké intensity laseru prolínání a potlaení nižších hmot ionty matrice
9 Využití MALDI/MS peptid V analýze molekulové hmotnosti peptidu Identifikace proteinu po naštpení pomocí specifického enzymu (peptide mass fingerprinting) srovnání nameného spektra s databází aminokyselinových sekvencí protein a poítaov vytvoených teoretických digest (smsí teoretických peptid)
10 Používané specifické štpení
11 Výhody a nevýhody MALDI/MS peptid + relativn snadná interpretace spekter, jednoduchost experimentu a instrumentace - vysoké nároky na pesnost zmených spekter - problémy interpretace spekter pi smsi protein nebo pi identifikaci protein s možnou mutací nebo nedostaten známou sekvencí
12 MALDI/MS digestu proteinu
13 Vyhledávací program MASCOT
14
15 LC-MS/MS (MALDI/MS/MS) peptid Potvrzení pesnjší identifikace pomocí hmotnosti peptidu a fragmentaního spektra peptidu Možnost popisu sekvence peptidu z fragmentaního spektra (DE-NOVO sekvenování) Možnost analýzy digest celých organel nebo ástí organism popípad smsí protein Možná analýza posttranslaních modifikací pomocí MS/MS
16 Postup identifikace protein pomocí ESI-MS/MS
17 ESI-MS/MS spektrum peptidu
18 Fragmentace peptidu
19 Majoritní fragmenty peptid
20 Další pozorované fragmenty immoniový iont
21 Hodnoty hmot píspvk jednotlivých aminokyselin a jejich immoniových iont
22 MS/MS peptid Fragmentaní spektrum pomocí CID obsahuje pevážn y a b ionty a v menší míe potom ostatní fragmentaní ionty Pi analýze posttranslaních modifikací lze krom neutrálních ztrát pozorovat i ionty modifikací Volba rzných kolizních energií pro rzn nabité ionty peptid
23 Instrumenty používané pro CID fragmentaci v proteomických laboratoích ESI-IT, ESI-LIT ESI-QQQ ESI-Q-TOF, ESI-Q-TRAP MALDI-Q-TOF MALDI-TOF/TOF Mén rozšíené jsou ESI/MALDI-FT-ICR, ESI-ORBITRAP
24 Nízkoenergetické fragmentace ECD,ETD Disociace záchytem elektronu ECD nebo penosem elektronu ETD Pi použití nízkoenergetické ECD nebo ETD fragmentace disociují pevážn peptidové vazby za tvorby c a z iont
25 MS/MS peptid CID vs. ECD,ETD Pi analýze posttranslaních modifikací v pípad více modifikaních míst v jednom peptidu nelze pro zjištní místa modifikace použít CID fragmentaci (vysoká disocianí energie, disociace peptidové vazby a souasn vazby modifikace) V pípad ETD, ECD vznikají jednodušší spektra obsahující pouze dva druhy iont c a z
26 CID vs ECD, ETD
27 Nkteré proteinové databáze
28 Programy pro zpracování proteomických dat a vyhledávání v databázích MASCOT (Matrixscience) Proteinlynx ( Waters) Protein prospektor (UC SF) a mnoho dalších k nalezení napíklad na: (
29 TOP-DOWN Proteomika Analýza na úrovni intaktních protein Fragmentace CID, ETD, ECD Neztrácíme nkteré informace o které mžeme pijít pi chemickém (enzymatickém) zpracování proteinu Nutnost náronjší MS instrumentace, než u analýzy digest
30 Kvantifikace zmn koncentrace protein A, absolutní kvantifikace pomocí isotopov znaeného peptidu (AQUA ) B, pomocí dalších technik se kvantifikují zmny koncentrací protein pomocí isotopických znaek (ICAT, ITRAQ..) nebo isotopicky znaených aminokyselin (SILAC ), popípad znaení pi digestu (voda O 18 ) V poslední dob se stále více uplatuje kvantifikace bez nutnosti znaení
31 itraq metoda
32 Stanovení oligonukleotid pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI/MS Nejlepší výtžnost ionizace v negativním módu Obvyklé matrice PA, 3-HPA, 2,3,6-trihydroxyacetophenon Mnohem menší výtžnost ionizace oproti peptidm Spektra jsou komplikovaná tvorbou fragment Nutné dostatené odsolení, velmi náchylné k tvorb adukt s ionty alkalických kov
33 Vliv solí na stanovení oligonukleotid pomocí MALDI/MS
34 Stanovení sacharid pomocí hmotnostní spektrometrie Používají se pedevším mkké ionizaní techniky pro stanovení sekvence a struktury (ESI, MALDI) ve spojení s MS n Stanovení polysacharid je mnohem složitjší než stanovení protein, peptid nebo nukleových kyselin díky isomerické povaze základních stavebních kamen a jejich možnému vtvení
35 Fragmetace glykopeptidu
36 Fragmentace glykopeptidu
37 Dkuji za pozornost
Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda
Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii Miloslav Šanda Ionizace v MS Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln chemická metoda, pi které se provádí separace iont podle jejich hmotnosti a náboje m/z
VíceS P E K T R O M E T R I E 2. roník. 18.-19. listopadu 2009
M I N I Š K O L A H M O T N O S T N Í S P E K T R O M E T R I E 2. roník 18.-19. listopadu 2009 Pro Miniškola a MS? Informace pro uživatele» o službách poskytovaných skupinou MS» o tom, jaká data a jak
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE MASS SPECTROMETRY (MS) Alternativní názvy (spojení s GC, LC, CZE, ITP): Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním prostředí - farmakokinetické studie - kvantifikace proteinů
VíceHmotnostní analyzátory a detektory iont
Hmotnostní analyzátory a detektory iont Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Rozdlí ionty v prostoru nebo v ase podle jejich m/z Analyzátory Magnetický analyzátor (MAG) Elektrostatický analyzátor
VíceUrčení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi
Cvičení Určení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi ) 1)( ( ) ( H m z H m z M k j j j m z z zh M Molekula o hmotnosti M se nabije z-krát protonem, pík iontu ve spektru je na m z : ) ( H m z M z Pro dva
VíceÚvod do strukturní analýzy farmaceutických látek
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek Garant předmětu: doc. Ing. Bohumil Dolenský, Ph.D. A28, linka 4110, dolenskb@vscht.cz Hmotnostní spektrometrie II. Příprava předmětu byla podpořena projektem
VíceLABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie
LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) C Použití GC-MS spektrometrie Vedoucí práce: Doc. Ing. Petr Kačer, Ph.D., Ing. Kamila Syslová Umístění práce: laboratoř 79 Použití GC-MS spektrometrie
VíceZáklady hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Spektrometrické metody metody založen ené na interakci hmoty a záenz ení Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln ln chemická metoda, která využívá
VíceHmotnostní spektrometrie. Historie MS. Schéma MS
Hmotnostní spektrometrie MS mass spectrometry MS je analytická technika, která se používá k měření poměru hmotnosti ku náboji (m/z) u iontů původně studium izotopového složení dnes dynamicky se vyvíjející
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A MOŽNOSTI JEJÍHO SPOJENÍ SE SEPARAČNÍMI METODAMI SEPARACE chromatografie CGC, GC x GC HPLC, UPLC, UHPLC, CHIP-LC elektromigrační m. CZE, CITP INTERFACE SPOJENÍ x ROZHRANÍ GC vyhřívaná
VíceLC/MS a CE/MS v proteomické analýze
LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické
VíceKlinická a farmaceutická analýza. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Klinická a farmaceutická analýza Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz http://web.natur.cuni.cz/~kozlik/ 1 Spojení separačních technik s hmotnostní spektrometrem Separační
VíceHmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS)
Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS) Další pojem: Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor - Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie - metoda založená na interakci
VíceIdentifikace proteinu (z gelu nebo z roztoku)
LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické
VíceHmotnostní spektrometrie s analyzátorem doby letu a laserovou desorpcí/ionizací za účasti matrice (MALDI TOF MS)
Hmotnostní spektrometrie s analyzátorem doby letu a laserovou desorpcí/ionizací za účasti matrice (MALDI TOF MS) MALDI TOF MS (z anglického Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of- Flight Mass
VíceIndentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS
Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS Identifikace molekul snaha určit molekulovou hmotnost, sumární složení, strukturní části molekuly (funkční skupiny, aromatická jádra, alifatické
VíceHmotnostní spektrometrie s průletovým analyzátorem a ionizací laserovou desorpcí v přítomnosti matrice (MALDI TOF MS)
Hmotnostní spektrometrie s průletovým analyzátorem a ionizací laserovou desorpcí v přítomnosti matrice (MALDI TOF MS) MALDI TOF MS (z anglického Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Timeof-Flight
VíceHmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie
Název: Školitelé: Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie MSc. Miguel Angel Merlos Rodrigo, Mgr. Ondřej Zítka, Ph.D. Datum: 17.5.2013 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148
VíceAnalytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně
Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně Šárka Dušková 24. září 2015-61. konzultační den Hodnocení expozice chemickým látkám na pracovištích 1 HPLC-MS/MS HPLC high-performance
VíceINTERPRETACE HMOTNOSTNÍCH SPEKTER
INTERPRETACE HMOTNOSTNÍCH SPEKTER Hmotnostní spektrometrie hmotnostní spektrometrie = fyzikálně chemická metoda založená na rozdělení hmotnosti iontů v plynné fázi podle jejich poměru hmotnosti a náboje
Více1. Uríme, které ionty souvisí s analytem a které ne
1. Uríme, které ionty souvisí s analytem a které ne 2. Uríme molární hmotnost - hledáme molekulární ion M +, adukty (M+H) +, (M+Na) +, (M+HCOO) - nebo deprotonované molekuly (M-H) -, píp. vícenásobn nabité
VíceHmotnostní detekce v separačních metodách
Hmotnostní detekce v separačních metodách MC230P83 2/1 Z+Zk 4 kredity doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D. Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické chemie a biochemie AVČR, v.v.i. Flemingovo nám. 2, 166 10
VíceZákladní principy interpretace spekter
Základní principy interpretace spekter Vyloučení iontů, které nesouvisí s analytem Určení molekulové hmotnosti Určení prvků přítomných v molekule Určení elementárního složení z přesné hmotnosti Hledání
VíceZáklady hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul
VíceMALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů. Typ laseru Vlnová délka UV-MALDI N 2
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů Teorie PRINCIP MALDI Laserová desorpce/ionizace za účasti matrice (MALDI) měkká ionizační technika;
VíceNo. 1- určete MW, vysvětlení izotopů
No. 1- určete MW, vysvětlení izotopů ESI/APCI + 325 () 102 (35) 327 (33) 326 (15) 328 (5) 150 200 250 300 350 400 450 500 ESI/APCI - 323 () 97 (51) 325 (32) 324 (13) 326 (6) 150 200 250 300 350 400 450
VíceModerní nástroje v analýze biomolekul
Moderní nástroje v analýze biomolekul Definice Hmotnostní spektrometrie (zkratka MS z anglického Mass spectrometry) je fyzikálně chemická metoda. Metoda umožňující určit molekulovou hmotnost chemických
VíceStručná historie hmotnostní spektrometrie. Analytická chemie II: Úvod do hmotnostní spektrometrie. Stručná historie hmotnostní spektrometrie.
ACh II - MS Analytická chemie II: Úvod do hmotnostní spektrometrie Jan Preisler 3A14, Ústav chemie PřF MU, UKB, tel.: 54949 6629 preisler@chemi.muni.cz Specializovaný kurz: C7895 Hmotnostní spektrometrie
VíceAutoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními prin
Autoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními principy hmotnostní spektrometrie a v žádném případě nezahrnuje
VíceZákladní principy interpretace spekter
Základní principy interpretace spekter Obecný postup interpretace spekter Určení molekulové hmotnosti Fragmentace iontů se sudým počtem elektronů Fragmentace iontů s lichým počtem elektronů Interpretace
VícePondělí 10. září 2007
Pondělí 10. září 2007 8:00-13:00 Příjezd účastníků, registrace, instalace stánků 12:00-13:00 Oběd Sekce 1: Úvod do hmotnostní spektrometrie (předsedající: M. Ryska, V. Havlíček) 13:00-13:10 J. Čáslavský
VíceOdůvodnění veřejné zakázky
Odůvodnění veřejné zakázky ZADAVATEL: Česká zemědělská univerzita v Praze Sídlem: Kamýcká 129, 165 21 Praha - Suchdol Zastoupený: Ing. Jana Vohralíková, kvestorka IČO: 60460709 Profil zadavatele: https://zakazky.czu.cz
VíceHmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami Ivan Jelínek PřF UK Praha Definice:
Více10. Tandemová hmotnostní spektrometrie. Princip tandemové hmotnostní spektrometrie
10. Tandemová hmotnostní spektrometrie Princip tandemové hmotnostní spektrometrie Informace získávané při tandemové hmotnostní spektrometrii Možné způsoby uspořádání tandemové HS a/ scan fragmentů vzniklých
VíceZáklady hmotnostní spektrometrie. Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové
Základy hmotnostní spektrometrie Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul MALDI techniku Tanaka K., Waki H., Ido Y.,
VíceHmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie Anotace Hmotnostní spektrometry s měkkou ionizací (MALDI) a s detektory doby letu (TOF) jsou
VíceZáklady hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul
VíceIontové zdroje I. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika
Iontové zdroje I. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika API zdroje: Iontové zdroje pracující za atm. tlaku Elektrosprej Nanoelektrosprej Chemická ionizace za atmosférického tlaku Fotoionizace
VíceLaboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS)
1 Úvod... 1 2 Cíle úlohy... 2 3 Předpokládané znalosti... 2 4 Autotest základních znalostí... 2 5 Základy práce se systémem GC-MS (EI)... 3 5.1 Parametry plynového chromatografu... 3 5.2 Základní charakteristiky
VíceMolekulární modelování a bioinformatika. Hmotnostní spektrometrie I
Molekulární modelování a bioinformatika Hmotnostní spektrometrie I Co nás čeká 1) Základy hmotnostní spektrometrie, ionizační techniky, analyzátory, fragmentační techniky. 2) Měření proteinů, peptidů,
VíceZáklady hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Historie Koichi Tanaka vyvinul MALDI techniku Tanaka K., Waki H., Ido Y., Akita S., Yoshida T.: Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988. 2, 151 Tanaka K. JB Fenn vyvinul ionizaci
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie MS - ÚVOD Základní pojmy v hmotnostní sp. Hmotnostní spektrometrie = Mass Spectrometry = MS - analytická metoda, která slouží k převedení molekul na ionty, rozlišení těchto iontů
VíceTento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci.
Tento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci. Konkrétní témata bakalářských a diplomových prací se odvíjejí od jednotlivých projektů uvedených dále. Ústav analytické
VíceSpojení hmotové spektrometrie se separačními metodami
Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami RNDr. Radomír Čabala, Dr. Katedra analytické chemie Přírodovědecká fakulta Univerzita Karlova Praha Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami
VíceIdentifikace a charakterizace metalothioneinu v nádorových buňkách pomocí MALDI-TOF/TOF hmotnostní spektrometrie
Identifikace a charakterizace metalothioneinu v nádorových buňkách pomocí MALDI-TOF/TOF hmotnostní spektrometrie 14.6.2013 MSc. Miguel Ángel Merlos Rodrigo Ústav chemie a biochemie, Agronomická fakulta,
VíceSoftware Xcalibur 1.3
Software Xcalibur 1.3 LC-MS systém LCQ Classic Thermo Finnigan Obsah pednášky Uvedení pístroje do provozu Mení pímým nástikem do proudu mobilní fáze vedené pímo do iontového zdroje Ukonení práce s pístrojem
VíceHmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul
Univerzita Pardubice Fakulta chemicko technologická Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul Martin Dušek Bakalářská práce 2012 University of Pardubice Faculty of chemical technology Mass
VíceIontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku
MC230P43 Hmotnostní detekce v separačních metodách, 2015 Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi
VíceVybranné interpretace měkkých MS a MS/MS spekter
Vybranné interpretace měkkých MS a MS/MS spekter o. 1- určete MW, vysvětlení izotopů ESI/APCI + [M+H] + 325 () MW=324 1 chlor ( 35 Cl/ 37 Cl=:32) [TEA] + 102 (35) 327 (33) 326 (15) 328 (5) 150 200 250
VíceHmotnostní spektrometrie peptidů ů a proteinů Petr Halada Mikrobiologický ústav AV ČR halada@biomed.cas.cz Proč chceme znát molekulovou hmotnost? Všechny prvky a molekuly jsou charakterizovány 2 základními
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE -samostatně - strukturní analýza, identifikace látek - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - prvková analýza kombinace s ICP - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza
VíceIontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku
Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi Ionizace laserem za účasti matrice Ambientní ionizační techniky
Vícevolba separace pro následnou MS kvantifikaci proteinů Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomiky a proteomiky :: Centrální laboratoř
Více4. Chemická ionizace. (E el = ev, p CH4 = Pa, p M = 0,05 0,1 Pa) => 0,1 % analytu)
4. Chemická ionizace Munson, Field - 1966 Princip: reakce ion - molekula jako zdroj iontů => zprostředkování ionizace analytu jiným médiem Výsledek: iontové adukty (často protonované molekuly) Iont. zdroj:
VíceÚvod do strukturní analýzy farmaceutických látek
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek Garant předmětu: doc. Ing. Bohumil Dolenský, Ph.D. A28, linka 4110, dolenskb@vscht.cz Hmotnostní spektrometrie I. Příprava předmětu byla podpořena projektem
VíceKvantitativní proteomická analýza. Martin Hubálek
Kvantitativní proteomická analýza Martin Hubálek Kvantifikace proteinů Většinou pouze relativní srovnání odezvy mezi dvěma experimenty, případně mezi experimentem a standardem Množství proteinu bývá odvozeno
VíceProgram 14. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie
Program 14. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie 16. - 20. září 2013, Priessnitzovy léčebné lázně a.s., Jeseník Pondělí 16. 9. 2013 11:00-13:30 Příjezd účastníků, registrace, instalace stánků firem Zahájení
VíceIontové zdroje. Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253
Iontové zdroje Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Elektronová ionizace (Electron ionization, Electron Impact, EI) Dempster, Bleakney, Nier Látka je v plynném stavu
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Podstatou hmotnostní spektrometrie je studium iontů v plynném stavu. Tato metoda v sobě zahrnuje tři hlavní části:! generování iontů sledovaných atomů nebo molekul! separace iontů
VíceChromatografie. Petr Breinek
Chromatografie Petr Breinek Chromatografie-I 2012 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální dělení složek analyzované směsi mezi dvěma fázemi. Pohyblivá fáze (mobilní), eluent Nepohyblivá
VíceAplikace hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektrometr měří pouze hmotnost, na nás je jak toho využijeme.
Aplikace hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometr měří pouze hmotnost, na nás je jak toho využijeme. Peptide mass fingerprinting Rozštěpení neznámého proteinu specificky štěpící proteasou. Stanovení
VíceMass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Princip: 1. Ze vzorku jsou tvořeny ionty na úrovni molekul, nebo jejich zlomků (fragmentů), nebo až volných atomů dodáváním energie, např. uvolnění atomů ze vzorku nebo přímo rozštěpení
VícePříprava vzorků pro proteomickou analýzu
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu
VícePražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
VíceRadiobiologický účinek záření. Helena Uhrová
Radiobiologický účinek záření Helena Uhrová Fáze účinku fyzikální fyzikálně chemická chemická biologická Fyzikální fáze Přenos energie na e Excitace molekul, ionizace Doba trvání 10-16 - 10-13 s Fyzikálně-chemická
VíceTypy molekul, látek a jejich vazeb v organismech
Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Organismy se skládají z molekul rozličných látek Jednotlivé látky si organismus vytváří sám z jiných látek,
VíceHPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice
HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice Lukáš Chytil Ústav organické technologie VŠCHT Praha Medicinální diagnostika a hmotnostní spektrometrie Medicinální diagnostika: - Klasické
VíceVÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV)
VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV) Oddělení biofyziky - absolvování magisterského studia v oboru biofyzika, biochemie nebo v biologickém oboru - prezenční Ph.D. studium
VíceANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE (c) David MILDE 2003-2010 Metody anorganické MS ICP-MS hmotnostní spektrometrie s indukčně vázaným plazmatem, GD-MS spojení doutnavého výboje s MS, SIMS hmotnostní
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Mass Spectrometry (MS) (c) David MILDE, 2003-2010 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře
VíceCRH/NPU I - Systém pro ultraúčinnou kapalinovou chromatografii (UHPLC) ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem (MS/MS)
ODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY v souladu s 156 zákona č. 137/2006, Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů Nadlimitní veřejná zakázka na dodávky zadávaná v otevřeném řízení v souladu s ust.
VíceDetekce a detektory část 2
Detekce a detektory část 2 Ivan Mikšík Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Praha Spojení (spřažení) hmotnostní spektrometrie a separačních technik Analýza složitých směsí (nejdříve separace, poté analýza)
VíceGlykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika
Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glycobiology how sweet it is! Monosacharidy (glukosa, fruktosa, galaktosa ) Oligosacharidy (maltosa, isomaltosa, sacharosa, laktosa.., oligosacharidové řetězce
VíceZáklady interpretace hmotnostních spekter měřených s použitím měkkých ionizačních technik
Základy interpretace hmotnostních spekter měřených s použitím měkkých ionizačních technik Pravidlo sudého počtu elektronů (Even-Electron Rule) 1/ E + EE + + R měkké ion.tech tech. 2/ EE + EE + + EI E +
VíceMetody spektrální. Metody hmotnostní spektrometrie. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti
Metody spektrální Metody hmotnostní spektrometrie Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - samostatně - strukturní analýza, identifikace látek - kvalitativní
Více1. ročník Počet hodin
SOUSTAVY LÁTEK A JEJICH SLOŽENÍ rozdělení přírodních látek a vlastnosti chemických látek soustavy látek a jejich složení STAVBA ATOMU historie pohledu na atom složení a struktura atomu stavba atomu VELIČINY
VíceProgram 16. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie aneb Naše spektrometrie. pořádané Spektroskopickou společností Jana Marka Marci
Program 16. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie aneb Naše spektrometrie pořádané Spektroskopickou společností Jana Marka Marci Frymburk 13. 18. 9. 2015 Neděle 13. 9. 2015 11:00-14:00 Příjezd účastníků,
Více: nízkokroková nízkokroková ( a al a ýza analýza analýza komplexního komplexního vzorku proteinů protein /peptid
přímá kvantitativní analýza v HPLC MS (bez izotopového otopoého značení) Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomikya proteomiky
VíceVysokoúčinná kapalinová chromatografie Kvalitativní analýza
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Kvalitativní analýza Josef Cvačka, 4. 12. 2017 Kvalitativní analýza Porovnání (interpretace) retenčních dat Porovnání (interpretace) spektrálních dat Grafika www.chromacademy.org
Víceměkká ionizační technika pro analýzu biomolekul vstup
Náplň přednášky MALDI TOF MS Základy MALDI, TOF a vybrané aplikace 1. MALDI - princip, role matrice 2. Průletové analyzátory 3. Vybrané aplikace MALDI MS Iva Tomalová Metody chemického výzkumu, 10.12.2014
VíceCharakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta MU Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Část III Zbyněk Zdráhal Centrální laboratoř-proteomika, CEITEC-MU Oddělení funkční genomiky
VíceÚvod do strukturní analýzy farmaceutických látek
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek Garant předmětu: doc. Ing. Bohumil Dolenský, Ph.D. A28, linka 4110, dolenskb@vscht.cz Hmotnostní spektrometrie I. Příprava předmětu byla podpořena projektem
VíceDynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR. chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů
Dynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů Chemická výměna jakýkoli proces při kterém dané jádro mění svůj stav
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VíceHmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace
VíceZáklady interpretace MS spekter získaných měkkými ionizačními technikami. Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.
Základy interpretace MS spekter získaných měkkými ionizačními technikami Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Pravidlo sudého počtu elektronů v (kvazi)molekulárním iontu
Vícejako markeru oxidativního
Monitoring koncentrace 8-isoprostanu jako markeru oxidativního stresu v kondenzátu vydechovaného vzduchu Lukáš Chytil Ústav organické technologie Úvod Cíl: - nalezení vhodného analytické metody pro analýzu
VíceIonizace, iontové zdroje
Hmotnostní detekce v separačních metodách II. Iontové zdroje - Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku: EI/CI - Iontové zdroje pracující za atmosferického tlaku: ESI, nano-esi, APCI, APPI Ionizace,
VíceODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY
ODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY v souladu s 156 odst. 1 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů (dále jen zákon ) Zadavatel: Univerzita Karlova v Praze Sídlo: Praha 1, Ovocný
VíceHmotnostní spektrometrie v organické analýze
Hmotnostní spektrometrie v organické analýze Miroslav Lísa, Michal Holčapek každé úterý 16-18 hod, učebna HB-S23 plný text přednášek: http://holcapek.upce.cz/ zkouška: a/ písemný test (60 min) 40% známky
VíceMATEMATICKÁ ANALÝZA DAT V HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRII MATHEMATICAL ANALYSIS IN MASS SPECTROMETRY
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA ELEKTROTECHNIKY A KOMUNIKAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ FACULTY OF ELECTRICAL ENGINEERING AND COMMUNICATION DEPARTMENT
VíceObsah. 602 00, Brno, Česká republika, b Bruker Daltonik GmbH, Fahrenheitstrasse 4, D-28359, Bremen, Německo
IONTOVÁ CYKLOTRONOVÁ REZONANCE S FOURIEROVOU TRANSFORMACÍ (FT-ICR MS) A JEJÍ VYUŽITÍ JAKO NEJFLEXIBILNĚJŠÍ HMOTNOSTNĚ SPEKTRO- METRICKÉ METODY V PROTEOMICE MICHAL BOHÁČ a, ARND INGENDOH b, JENS FUCHSER
VíceKvantitativní proteomická analýza
Kvantitativní proteomická analýza Martin Hubálek Kvantifikace proteinů Většinou pouze relativní srovnání odezvy mezi dvěma experimenty, případně mezi experimentem a standardem Množství proteinu bývá odvozeno
VíceSYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta Masarykovy university SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Hana Konečná CENTRÁLNÍ LABORATOŘ Masarykovy Univerzity v Brně ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A
VíceDvoudimenzionální elektroforéza
Rozvoj týmu pro výuku, výzkum a aplikace v oblasti funkční genomiky a proteomiky (CZ.1.07/2.3.00/09.0132) Dvoudimenzionální elektroforéza Hana Konečná Oddělení funkční genomiky a proteomiky ÚEB PřF MU
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE Mass Spectrometry (MS) (c) Lenka Veverková, 2013 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře
Více