Vznik peptidů Peptidová vazba
|
|
- Vilém Kolář
- před 8 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 PEPTIDY A BÍLKVINY
2 Peptidová vazba Peptidy bsah Terminologie peptidů harakteristikapeptidů Přírodní peptidy Proteiny Klasifikace proteinů Struktury proteinů Stanovení sekvence aminokyselin Syntéza peptidů
3 Vznik peptidů Peptidová vazba vazba mezi karboxylem jedné aminokyseliny a a aminoskupinou další aminokyseliny 1. aminokyselina 2. aminokyselina peptidová vazba
4 kovalentní chemická vazba obsahuje seskupení atomů N typická např. pro proteiny a polypeptidy vzniká kondenzací jednotlivých aminokyselin kondenzace hydroxylové a primární aminové skupiny Peptidová vazba
5 Vlastnosti peptidové vazby Délka vazby cca 1,32 Å kratší než typická jednoduchá vazba (1,49 Å); delší než dvojná vazba (1,27 Å) (ze 40 % charakter dvojné vazby) (odnota jednoho Ångströmu je rovna 0,1 nm neboli m.) N částečně pozitivní; částečně negativní 6 atomů ve vazbě planární charakter bvykle trans konformace
6 Dvojná vazba mezi a umožňuje volnou rotaci okolo -N vazby Není možná rotace okolo -N vazby, příliš velký náboj na a N Peptidové vazby leží v rovině. Vedlejší řetězce R (zelené) směřují nad nebo pod roviny peptidových vazeb. R a N N a Správná elektronová hustota, udržuje amidovou skupinu planární R
7 Stereochemie peptidové vazby Trans is a sousedících aminoacylů v poloze trans, ta vysoce převažuje nad cis Forma cis je stericky nevýhodná N R a 1.51 A 1.32 A N 1.00 A 1.45 A a 1.24 A R
8 Prolin v peptidové vazbě může existovat v obou formách cis i trans. bě jsou prostorově shodně nevýhodné Trans is
9 N N R N R R (fí) je torzní úhel kolem vazby mez dusíkem a a-uhlíkem (psí) je torzní úhel mezi a-uhlíkem a uhlíkem karbonyl odnoty dihedrálních úhlů jsou omezeny sterickými poměry v okolí. Rotační (torzní, dihedrální = úhly mezi rovinami) úhly kolem vazeb v polypeptidu
10 Terminologie peptidů dle počtu AK ligopeptidy jsou peptidy s molekulou složenou ze dvou až 10 molekul aminokyselin dipeptidy tripeptidy tetrapeptidy Polypeptidy AK Proteiny tvořeny 1 nebo více polypeptidickými řetězci homoprotein stejné polypeptidické řetězce heteroprotein různé polypeptidické řetězce hranice polypeptid / protein není ostrá (~ 50 AMK) dříve platilo: do počtu 50 aminokyselin se jedná o peptid, při vyšším počtu pak o bílkovinu. v současnosti je posuzována poměrná molekulová hmotnost (Mr), kdy do hodnoty Mr= jde o peptid, nad tuto hodnotu bílkovinu. To odpovídá zhruba 100 aminokyselinám.
11 harakterizace peptidů Molekulová hmotnost M r se v biochemii udává se v jednotkách označených jako dalton = zkratka Da (zkratka jména Dalton - po Johnu Daltonovi) Jednotka molekulové hmotnosti, jedna dvanáctina atomové hmotnosti uhlíku 12, 1 Da = 1, kg Voda tedy má molekulovou hmotnost 18 Da (molární hmotnost 18 g/mol a relativní molekulovou hmotnost 18) Jednotka Da (často se užívají násobky kda, kilodalton); nezapadá do systému jednotek SI, ale je běžně používána pro vyjádření molekulové hmotnosti biomakromolekul peptidy do M r = (resp 10 kda) proteiny až daltonů (resp. 10 kda až 220 kda)
12 harakteristika peptidů Počet a druh AK určuje základní vlastnosti: velikost, polaritu, náboje - pi Pořadí aminoacylů určuje sekvenci, primární strukturu determinuje finální vlastnosti Směr sekvence od N k konci koncová skupina může být derivatizována (N-acyl, amid, ester) Názvosloví peptidů acylační od N konce AGK = alanylglycyllysin triviální např. insulin Amino Karboxyl terminální reziduum terminální reziduum
13 Přírodní peptidy Zvláštnosti struktury přírodních peptidů: V peptidech mohou být i neproteinogenní aminokyseliny, AK s konfigurací D Peptidy mohou být lineární nebo cyklické (cyklopeptidy - laktamy, disulfidové vazby) Isopetidové vazby (např. g-karboxyl Glu) Větvené struktury Blokování koncových aminokyselin (pyroglutamát, glycinamid)
14 Dipeptidy Karnosin: b-ala-is (běžně se vyskytuje v lidském těle a to zejména v kosterních svalech, srdci, mozečku a velkém mozku - největší koncentrace), antioxidant? Anserin: N-metylkarnosin (N-methylovaná forma karnosinu, látka obsažená ve svalových buňkách ptáků a ryb, lat. anser husa) Aspartam: dipeptid složený ze dvou aminokyselin (L-asparagové a L-fenylalaninu); nejznámější z umělých náhradních sladidel, asi 200krát sladší než sacharóza Tripeptidy Glutathion (GS): g-glu-ys- Gly (kofaktor oxidoreduktas a transferas) Přírodní peptidy
15 Peptidové hormóny xytocin - hormon produkovaný hypotalamem a skladovaný v neurohypofýze, vyvolává stahy děložní svaloviny Vasopresin - antidiuretický peptidický hormon o délce 9 AK. V nejběžnější formě má sekvenci ys-tyr-phe-gln-asn-ys-pro-arg- Gly-amid (ale vyskytuje se i forma s lysinem na pozici 8 místo argininu)
16 Peptidové hormóny Inzulin - hormon produkovaný B buňkami Langerhansových ostrůvků slinivky břišní, který snižuje hladinu cukru v krvi. Skládá se ze dvou polypeptidických řetězců (A, B), které jsou spojeny disulfidickými můstky a které dohromady mají 51 aminokyselin řetězec A obsahuje 21 aminokyselin a řetězec B 30 aminokyselin. Glukagon - je polypeptidický hormon produkovaný alfa buňkami slinivky břišní. Lineární polypeptid tvořený řetězcem 29 AK.
17 Peptidové neuromodulátory Enkefaliny pentapeptidy, patří mezi opioidy (látky schopné vázat se na opioidní receptor nacházející se zejména v centrálním nervovém systému a v menší míře i v trávicí soustavě), přirozeně se vyskytují v nervové soustavě obratlovců Endorfiny - opioidní polypeptidy, obsahující obvykle AK. Vznikají štěpením prekurzorové bílkoviny v mozku, pankreatu, placentě
18 Peptidová antibiotika Penicilin patří mezi beta-laktamová antibiotika, bicyklická organická kyselina, v podstatě se skládá ze dvou spojených aminokyselin, cysteinu a valinu. Gramicidin cyklický dekapeptid izolovaný z půdní bakterie Bacillus brevis, popř. připravený synteticky; působí proti tyfu, paratyfu, úplavici a preventivně proti zánětům Valinomicin peptidové antibiotikum s cyklickou strukturou, se dvěma jednotkami mléčné kyseliny, dvěma jednotkami D-alfa-hydroxyisovalerové kyseliny a dvěma valinovými zbytky
19 Peptidové fyto- a zootoxiny β-amanitin - jedním z toxinů obsažených v muchomůrce zelené a příbuzné muchomůrce bílé, bicyklický oktapeptid, obsahující několik netypických aminokyselin Falloidin - hepatotoxický cyklický heptapeptidický alkaloid, patřící do skupiny falotoxinů, obsažen v některých jedovatých druzích hub rodu muchomůrka (Amanita) Mikrocystiny - toxiny sinic (součást vodního květu) jsou toxické pro jaterní tkáň, cyklické heptapeptidy, hepatotoxiny, identifikováno přibližně 60 různých mikrocystinů Neurotoxiny hadů štírů a včel
20 Proteiny Proteiny z řeckého proteos (prvotní, nejpodstatnější), bílkoviny Proteiny jsou univerzální makromolekuly živých systémů mající klíčové funkce v téměř všech biologických procesech. Klíčové vlastnosti proteinů: Proteiny jsou lineární polymery sestavené z monomerních jednotek aminokyselin. Proteiny obsahují řadu funkčních skupin. Proteiny mohou reagovat spolu vzájemně nebo s jinými biologickými makromolekulami za tvorby vyšších komplexních celků. Některé proteiny jsou silně rigidní, zatímco jiné vykazují omezenou flexibilitu.
21 Klasifikace proteinů 1. podle lokalizace v organismu intracelulární extracelulární 2. podle funkce strukturní biologicky aktivní 3. podle tvaru molekuly globulární fibrilární 4. podle chemického složení jednoduché složené
22 Klasifikace proteinů podle funkce becné funkce proteinů: zdroj energie a dusíku, účinné ústoje (krev, cytosol), významný příspěvek k udržení osmotického tlaku vně i uvnitř buněk. Specifické funkce proteinů Typ proteinu Příklad Výskyt a funkce Katalytické (enzymy) Trypsin ydrolýza peptidové vazby Regulační (hormony) Insulin Stimulace metabolismu glukosy chranné Protilátky Vazba na cizorodé látky Skladovací Kasein Mléčný protein Transportní emoglobin Transport 2 a 2 krví (Polární prostředí přenos nepolárních látek b Nepolární prostředí membrány přenos polárních látek) Strukturní Kolagen Vláknité pojivové tkáně, zejména fibrilární, ale i globulární Kontraktilní Myosin, aktin Svalová vlákna Genetické funkční istony Asociace s DNA (chromosomy), organisace sbalování DNA,řídí transkripci Toxické Ricin Toxický protein z Ricinus communis (skočec obecný)
23 Klasifikace proteinů podle chemické složení Jednoduché pouze polypeptidový řetězec Složené - polypeptidová část + neproteinová část Apoprotein - bílkovinná součást základ Prostetická skupina nebílkovinná součást pevně (většinou kovalentně) vázaná Název Metaloproteiny Fosfoproteiny Glykoproteiny harakteristika obsahující kovový iont (patří sem i hemoproteiny) obsahující fosfáty obsahující sacharidovou složku Lipoproteiny Nukleoproteiny obsahující lipidovou složku obsahující nukleové kyseliny
24 Postranslační modifikace proteinů Glykosylace především extracelulární proteiny, nezbytné pro správné sbalení bílkovin v endoplasmatickém retikulu, g g-karboxylace (glu) modifikace glutamátových zbytků, př. faktory krevního srážení Fosforylace (ser, tyr, asp, his) ústřední mechanismus řízení látkové výměny Acetylace (lys) - mechanismus řízení genové aktivity, koenzymy, kofaktory (biotin, kyselina listová) ydroxylace (lys, pro), stabilitafibril Prenylace vazba S skupiny s isoprenoidy fanesol, gernylgereranol zakotvení proteinů v membráně
25 Postranslační modifikace proteinů
26
27 Klasifikace proteinů podle tvaru Globulární tvar koule, obvykle ve vodě rozpustné Fibrilární ve tvaru vláken, ve vodě nerozpustné Membránové součást biologických membrán Kolagen (fibrilární) Myoglobin (globulární) Bakteriorhodopsin (membránový)
28 ierarchie struktur Primární Sekvence aminoacylů kolik a jak seřazeny (čte se od N konce) omologie bílkovin Sekundární Uspořádání vztah sousedních monomerů Terciární Tvar molekuly v prostoru, uspořádání řetězce jako tělesa Kvarterní Agregační stav funkční jednotky, nadmolekulární úroveň
29
30 Primární struktura Primární strukturou peptidů rozumíme pořadí aminokyselin v peptidovém řetězci. Čteme od N konce Typ AK Počet AK Sekvence AK
31 Sekundární struktura Úseky polypeptidového řetězce s definovanou konformací stabilizované vodíkovými můstky Řetězec není lineární Atomy a N peptidové vazby sp2 planární 2 (a) sp3 - tetraedr
32 Sekundární struktura Znázornění vzájemného vztahu rovin dvou sousedních peptidických vazeb v tripeptidu Roviny peptidových vazeb otočné kolem vazeb a N a a -
33 Pravidelné (typické hodnoty a ) helikální struktury pravotočivá a-šroubovice helix (-56, -47) b-skládaný list paralelní (-139, +135) antiparalelní (-119, +113) hybové b-ohyb Nepravidelné Sekundární struktura - formy
34 a-helix Struktura popsaná jako první, proto označení a Pauling Linus (Kalifornie) a orey Robert (UK) postulovali v roce 1951 dvě periodické struktury a-helix a b-skládaný list. Je kompaktnější než b-skládaný list - a-a je 1,5 Å, u b-listu je 3,5 Å - 3,6 AK/závit, výška závitu 0,54 mm - 13 atomů na jeden závit (a-helix 3,6 13 ) - Zbytky R vně helixu Vodíkové vazby mezi = a N o 4 AK vzdálené Souběžné s osou helixu, ne rovnoběžné = - 57 o ; v rozmezí 45 o až - 50 o Při pohledu shora na šroubovici je směr vinutí shodný se směrem chodu hodinových ručiček a-helix pravotočivá Existence jiných typů helikální struktury
35 Existence jiných typů helikální struktury a-helix (3,6 13 ) 3 10 helix (vyskytuje se jako spoj o jedné otáčce mezi koncem a- helixu a další částí polypeptidového řetězce
36 Modely a-helix struktury A) Stužkové znázornění s a-uhlíky a vedlejšími skupinami AK. B) Boční kuličkový model znázorňuje vodíkové vazby. ) Pohled shora. D) Kalotový model.
37 Vodíkové vazby v a-helixu. Skupina n-té aminokyseliny tvoří vodíkovou vazbu s N skupinou aminokyseliny n + 4. Vodíkový můstek s optimální vzdáleností 0,28 nm. R i N N R i+1 R i+2 R i+4 N N N N R i+3 R i+5 Průměrná délka 11 AK zbytků = 3 obrátky helixu, délka 1,7 nm Existence i delších např. 53 AK
38 b-skládaný list Vodíkové vazby mezi (anti)paralelními úseky nebo sousedními peptidy Volnější struktura než a-helix Vzdálenost mezi sousedními aminokyselinami je 3,5 Å, zatímco u helixu jen 1,5Å. Vedlejší řetězce sousedních aminokyselin směřují na opačné strany.
39 b-skládaný list Beta list je tvořen spojením dvou nebo více beta řetězců vodíkovými vazbami. Sousední řetězce mohou jít proti sobě antiparalelní, nebo souběžně paralelní. Antiparalelní: jsou N a skupiny každé aminokyseliny spojeny vodíkovou vazbou s a N skupinami partnerského řetězce přímo. Jsou stabilnější. Paralelní: vazba N skupiny aminokyseliny jednoho řetězce na skupinu aminokyseliny sousedního řetězce je posunuta. Paralelní skládané listy s méně než 5 vlákny jsou vzácné, méně stabilní
40 b-skládaný list V globulárních proteinech 2-15 polypeptidových vláken (průměrně 6) šířka 2,5 nm polypeptid ve struktuře maximálně 15 AK (průměr 6 AK, tj. délka 2,1 nm
41 b-ohyb, vlásenka Tvoří 4 AK Stabilizace vodíkovou vazbou: skupina i-té aminokyseliny vázána vodíkovou vazbou s aminokyselinou i + 3. Zdeformovaný 3 10 helix Nazývají se také omega smyčka. Výhodný u glycinu a prolinu Proteiny s více než 60AK obsahují 1- více smyček s 6-16 AK (tzv. omega smyčky Umístněny na povrchu proteinu Možná rozpoznávací funkce proteinu
42 Schematický model a-helix a b-listu Pravotočivý zkrut skládaného listu Důležité stavební rysy globulárních proteinů, často tvoří jejich centrální část
43 omopolypeptidy Polyprolin netvoří běžnou sekundární strukturu sterické zábrany cyklických pyrrolidinových zbytků precipituje ve formě helixu 3 AK na otáčku výška závitu 0,94 nm (protáhlá struktura) Polyglycin precipituje ve formě helixu (podoba polyprolinu šroubovice může být pravo i levotočivá Polyprolin i polyglycin jsou základním strukturním motivem kolagenu
44 Predikce sekundární struktury Primární struktura ovlivňuje sekundární Preference struktur v úsecích s převahou aminoacylů
45 Srovnání zjištěných struktur s předpovězenými
46 Terciární struktura Popisuje uspořádání jednotlivých sekundárních struktur a neuspořádaných úseků v prostoru Vodíková Iontové interakce Stabilizace struktury tvorbou Kovalentní vazby (disulfidické můstky) Iontové interakce Dipolové interakce Vodíkové můstky ydrofobní interakce Strukturní motivy domény moduly Disulfidická ydrofóbní ydrofobní interakce Flexibilita struktury vývojově preferovaná
47 Uspořádání úseků sekundárních struktur Strukturní motivy b-a-b motiv (TIM 8x) řecký klíč b-meandr další struktury domény funkční jednotky
48 Stabilizace terciární struktury Účast kovalentních disulfidových vazeb na formování terciární struktury - RNasa ribonukleasa
49 Typy terciární struktury fibrilární (vláknitý tvar) - skleroproteiny převládá jedna sekundární struktura; př. a-keratin, b-keratin globulární (kulovitý tvar) - sferoproteiny rovnoměrné zastoupení obou sekundárních struktur membránové rientace zbytků AK Vodné prostředí - polární ven hydrofobní dovnitř rientace zbytků AK u membránových proteinů je opačná
50 Myoglobin pouze a-helix propojené neuspořádanými úseky Konkavalin - pouze b-struktury Karbonátdehydratasa 27 % a-helix, 23 % b-struktury
51 Terciární struktura strukturní domény Relativně samostatné kompaktní globulární oblasti dděleny obvykle neuspořádaným úsekem Flexibilita struktury Často charakteristické supersekundární struktury Často nositeli specifických vlastností funkcí v rámci proteinu Domény lehkých a těžkých řetězců imunoglobulinů
52 funkce vychází z prostorové struktury a ZÁVISÍ NA AMINKYSELINVÉM SLŽENÍ funkční domény
53 Kvartérní struktura Tvoří 2 nebo více asociovaných samostatných polypetidových řetězců (podjednotek) Agregát z více samostatných řetězců Podjednotky stejné homo Různé hetero Smysl agregace rganizační multienzymové systémy Regulační - kooperativita Stabilizační
54 Podjednotky vázány kovalentně Ig nekovalentně b Kvartérní struktura
55 hování bílkovin in vitro Bílkovina v roztoku Solvatační obal, interakce s prostředím (voda, ionty - p) vlivnění rozpustnosti srážecí metody Denaturace Změna (terciární) struktury, rušení nativních interakcí Reverzibilní denaturace není vhodné označení Ireverzibilní denaturace v pravém slova smyslu fyzikální faktory - T, záření, tlak mechanické vlivy chemické faktory - p, organická rozpouštědla, detergenty, těžké kovy, močovina,
56 Reverzibilní děj Ireverzibilní děj drastičtější působení (T, kyseliny apod.)
57 Metody studia bílkovin - izolace Izolace metody více či méně komplikované podle účelu čisté nativní bílkoviny pro studium vlastností event. farmakologii, hrubé isolace pro průmysl apod Podle potřeby a účelu isolace do potřebné čistoty studium in situ Studium struktury molekulární vlastnosti funkce (katalytické aj. vlastnosti) Isolační postupy separační metody
58 becné kroky při izolaci bílkovin bílkovin Izolace přehled metod desintegrace materiálu preparativní centrifugace srážecí metody, jsou založeny na změně rozpustnosti membránové separace chromatografie (preparativní elektromigrační metody elektroforéza) krystalisace Analytické postupy včetně metod separačních elektroforéza a chromatografie v analytickém měřítku, spektrální metody -absorpční -NMR -rentgenostrukturní analýza, MS moderní metoda umožňující i štěpení řetězce další speciální metody
59 Určení primární struktury Analýza aminokyselinového složení. Bílkovina se hydrolyzuje totálně (silně kyselé či zásadité prostředí, zatavená ampule, autokláv) Směs aminokyselin se analyzuje standartními metodami iontoměničovou chromatografií (analytické provedení) nověji hydrofobní chromatografie nebo kapilární zonová elektroforéza. Kvantitativní analýza Derivatizace činidlem poskytujícím barevný či fluoreskující Téměř univerzální ninhydrinová reakce modrofialové zbarvení se všemi aminokyselinami s výjimkou Pro (a ypro), kdy vzniká žluté zbarvení. Další způsoby derivatizace (dansylace, fluorescamin aj.)
60 Ninhydrinová reakce Schéma ninhydrinové reakce obecně
61 Ninhydrinová reakce *Ninhydrinová reakce s prolinem, λ = 440 nm
62 Iontoměničová chromatografie aminokyselin Eluční profil aminokyselin Kvalitativní a kvantitativní vyhodnocení
63 Stanovení primární struktury sekvence peptidů (sekvencování) Frederick Sanger britský biochemik dvojnásobný nositele Nobelovy ceny z roku 1958 za určení struktury inzulínu a z roku 1980 za metodu zjišťování struktury bílkovin, nukleových kyselin a virů jako první v roce 1953 osekvenoval dva řetězce inzulinu Dvě cesty sekvencování Reálná AK sekvence Sekvence odpovídající genové DNA
64 Proč sekvencujeme peptidy a proteiny? 1. Sekvence se porovnává se známými sekvencemi. Z analogie je možné usoudit např. na katalytický mechanismus enzymu nebo příslušnost nově získaného peptidu do určité rodiny peptidů. 2. Srovnávají se sekvence stejného polypeptidu z různých zdrojů a sleduje se evoluční mapa. 3. Sekvenční data se využívají jako podklad k syntéze protilátek a peptidů nebo proteinů s významným účinkem. 4. Aminokyselinová sekvence je podstatná pro tvorbu DNA sond specifických pro geny kódující odpovídající proteiny. 5. Mnohé proteiny obsahují signální aminokyselinové sekvence sloužící k ke kontrole určitého procesu. Sekvence mohou např. obsahovat signál pro umístění proteinu.
65 Stanovení primární struktury sekvence peptidů (sekvencování) Taktika sekvencování (lineární peptidy): Určení počtu podjednotek ddělení řetězců např. odstranění disulfidových vazeb Stanovení N- a - terminálních residuí Štěpení peptidů chemickými a enzymovými metodami na kratší řetězce a jejich rozdělení Vlastní sekvencování Rekonstrukce peptidu z přesahujících fragmentů Lokalizace pozice disulfidových vazeb
66 Protein (dva různé polypeptidové řetězce spojené disulfidovými vazbami) S S + Redukce disulfidové vazby a následné oddělení řetězců hemickými a enzymovými metodami se štěpí každý polypeptid na kratší peptidy Jinými chemickými a enzymovými metodami se štěpí každý polypeptid na jiné kratší peptidy Určí se sekvence každého peptidového fragmentu Určí se sekvence každého peptidového fragmentu TDI SGE Y F FYK NYFR KTDI NY GVAGR GVAGRF RSGE K rekonstrukci každého polypeptidu se použijí soubory překrývajících se peptidových sekvencí GVAGRFYKTDI NYFRSGE pakuje se fragmentace při zachování disulfidových vazeb za účelem identifikace ys sekvencí disulfidové vazby GVAGRFYKTDI S S NYFRSGE
67 Redukce disulfidové vazby mezi polypeptidovými řetězci nebo uvnitř řetězce 2-merkaptoethanolem N N 2 S S 2 N + 2 S S + S 2 + S S N disulfidová vazba 2-Merkaptoethanol volné S skupiny ysteinu
68 Reakcí jodacetátu s volnou S skupinou na polypetidovém řetězci se zabrání její reoxidaci - - ys 2 S + I 2 ys 2 S 2 + I ystein Jodacetamid S-Karboxymethylcystein (M-ys)
69 Pro stanovení přesné pozice disulfidové vazby se používá diagonální elektroforéza při které se oxiduje disulfidová vazba permravenčí kyselinou N 2 S S 2 ystin N N 2 Permravenčí kyselina - S S 3 2 N ysteová kyselina
70 Diagonální elektroforéza (ELF). Po oxidaci peptidů se v druhém směru elektroforézy původní peptidy zastaví na diagonále, kdežto peptidy obsahující disulfidové vazby (jsou kyselejší) se objeví mimo diagonálu. ELF po působení permravenčí kyseliny R 2 S 3 - R - 2 S 3 Směr první ELF
71 Identifikace N- a -terminalních residuí N-terminální analýza Původní Sangerova metoda 2,4-dinitrofluorbenzenem (DNP) nebo 1 dimethylaminonaftalen-5-sulfonylchlorid (dansylchlorid) DNP polypeptidy nebo dansylované polypeptidy, kyselou hydrolýzou se uvolní dansylovaná kyselina (rozpad peptidu) Edmanovy reagencie fenylisothiokyanat fenylthiohydantiony nebo PT deriváty (možnost postupného stanovení N-koncových AK!) -terminální analýza Analýza využívající karboxypeptidasy Karboxypeptidasa A neodštěpuje Pro, Arg, a Lys Karboxypeptidasa B - neodštěpuje Arg a Lys
72 Původní Sangerova metoda založená na sekvenaci polypeptidu (insulin) od N-konce 2,4-dinitrofluorbenzenem. Nevýhodou bylo, že se při stanovení jedné aminokyseliny se hydrolyzoval celý peptid. N 2 N 2 N 2 N 2 N + R 1 R 1 F N 2 F 2,4-Dinitrofluorobenzen (DNFB) DNP Polypeptid
73 Při použití dansyl chloridu (fluorescence) došlo k výraznému zvýšení citlivosti Sangerovy metody. Stanovuje se 1 nm.l -1 aminokyseliny. N( 3 ) 2 R 1 R 2 R N N N S l 5-Dimethylamino-1-naftalensulfonylchlorid (Dansylchlorid) - N( 3 ) 2 l Polypeptid 2 S R 1 R 2 R 3 N N N( 3 ) 2 N Dansylpolypeptid S R 1 N Dansylaminokyselina (fluorescentní) R 2 R N N N Volné aminokyseliny
74 Edmanova metoda sekvenace peptidu od N-konce: R 1 R 2 R 3 N S + 2 N N N Fenylisothiokyanát (PIT) - Polypeptid R 1 R 2 R 3 N N N N S PT Polypeptid Polypeptid je navázán -koncem na polymerní nosič. Postupně se oddělují fenylthiohydantoinové (PT) deriváty aminokyselin. R 1 N N Bezvodá F 3 S Derivát thiazolonu R R N N R 3 Původní polypeptid bez N-koncové aminokyseliny Činidlem je fenylisothiokyanát (PIT). N S N PT-aminokyselina
75 Enzymové štěpení polypeptidů endopeptidasami Endopeptidasy, proteinasy, jsou hydrolytické enzymy štěpící specificky určité peptidové vazby. Trypsin štěpí na místě karboxylu Arg a Lys. hymotrypsin štěpí na místě karboxylu hydrofobních aminokyselin Phe, Tyr a Trp. Elastasa štěpí na místě karboxylu malých neutrálních aminokyselin Ala, Gly, Ser a Val. Ve všech případech se vazba neštěpí, pokud je následující aminokyselinou Pro. Uvedené enzymy pochází z hovězího pankreatu. Štěpením polypeptidu různými enzymy získáme řadu peptidových fragmentů
76 Enzymové štěpení polypeptidového řetězce trypsinem na místě karboxylu Arg nebo Lys N Lysin nebo Arginin N R R N N Trypsin N N Kterákoliv aminokyselina kromě Prolinu
77 Příklad chemického štěpení peptidové vazby. Bromkyan štěpí specificky na místě karboxylu Met. 3 N 3 S Br Bromkyan S + N N Br - N N N R R 3 S + N N N 2 2 Peptidyl homoserinlakton N R + 2 N R
78 Identifikace AK 1. motnostní spektrometrie 2. Retenční časy PL
79
80 Vznik různých fragmentů z polypeptidu enzymovým a chemickým štěpením peptidových vazeb. V tomto příkladu (chemické štěpení peptidové vazby metodou s bromkyanem) se získalo šest překrývajících se fragmentů Fragmenty NBr NBr NBr Phe Trp Met Gly Ala Lys Leu Pro Met Asp Gly Arg ys Ala Gln Trypsin Trypsin Trypsinové fragmenty
81 Sestavení původního polypeptidu z fragmentů získaných enzymovou hydrolýzou Původní polypeptid Trypsinové peptidy Trypsin Enzymová hydrolýza hymotrypsin hymotrypsinové peptidy Trp Gly Gly is Met Arg Leu Val Phe Ser Phe Thr Lys Asp Lys Glu Tyr ys Pro Ala Trp Lys Lys is Met Arg Trp Glu Tyr Gly Ile Arg Gly Ile Arg Ser Phe Leu Val Phe Asp Lys Thr Lys ys Pro Ala Trp Gly Ile Arg Ser Phe Trp Gly Leu Val Phe Glu Tyr Gly Ile Arg Thr Lys ys Pro Ala Trp is Met Arg Asp Lys Glu Tyr ys Pro Ala Trp Lys Gly Leu Val Phe Asp Lys Ser Phe Thr Lys Lys is Met Arg Trp N-Leu-Val-Phe-Asp-Lys-Glu-Tyr-Gly-Ile-Arg-Ser-Phe-Thr-Lys-ys-Pro-Ala-Trp-Lys-is-Met-Arg-Trp-Gly-
82 Využití technologie rekombinantní DNA k sekvenaci velkých proteinů. Řetězce DNA jsou klonovány a poté sekvencovány. Sekvence nukleotidů udávají sekvenci aminokyselin v proteinu. Nevýhodou je, že nepostihuje posttranslační úpravy polypeptidů. Sekvence DNA GGG TT TTG GGA GA GA GGA AG AT ATG GG GA Sekvence aminokyselin Gly Phe Leu Gly Ala Ala Gly Ser Thr Met Gly Ala
83 Proč syntetizovat peptidy? 1. Syntetické peptidy slouží jako antigeny stimulující tvorbu specifických protilátek. 2. Syntetické peptidy mohou být využity k izolaci receptorů hormonů a jiných signálních molekul. Také jako afinanty při afinitní chromatografii. 3. Syntetické peptidy mohou být využity jako léky. Např. analog vasopresinu, hormonu stimulujícícm reabsorpci vody, 1-desamino- 8-D-argininvasopresin se odbourává pomaleji a slouží jako náhrada vasopresinu. 4. Peptidy mohou sloužit jako pomocná strukturu při studiu složitějších proteinů (třírozměrná struktura).
84 - Taktika peptidových syntéz 1. Aktivace karboxylu 2. hránění skupin, které nevstupují do peptidové vazby 3 R Syntézy peptidů jsou zautomatizovány. 3 První AK s chráněnou skupinou Nse naváže -koncem na 3 makromolekulární pryskyřici a postupně se přidávají na N-konec další s chráněnými skupinami. t-butyloxykarbonylaminokyselina Reakcí karboxylu a (t-boc aminoskupiny aminokyselina) s N, N - dicyklohexylkarbodiimidem (D) za odštěpení vody a uvolnění N, N - dicyklohexylmočoviny, se tvoří peptidová vazba. N N Dicyklohexylkarbodiimid (D)
85 - 3 3 R 3 N t-butyloxykarbonylaminokyselina (t-boc aminokyselina) Skupiny, které nemají vstoupit do peptidové vazby se chrání činidly N N jako např. t-butyloxykarbonyl, t-boc nebo benzyloxakarbonyl (dříve Dicyklohexylkarbodiimid (D) karbobenzoxy nebo karbobenzyloxy) symbol Z nebo bz. bě skupiny se po skončení syntézy lehce odštěpují.
86 Vstup chráněné aminokyseliny (t-boc) do peptidové vazby za účasti D t-butyloxykarbonylaminokyselina N, N -dicyklohexylkarbodiimidem (D) t-boc aminokyselina n-1 D chránění aktivace t-boc N N N R Aktivovaná aminokyselina R n N 2 Polymer t-boc N R Dipeptid vázaný na polymer + N Aminokyselina n vázaná na polymer R n N N Dicyklohexylmočovina Polymer
87 - elkový postup syntézy peptidu na polymerním nosiči. Syntéza peptidů v pevné fázi Merrifieldova metoda (SPPS). R n Polymer t-boc N + l hráněná aminoskupina n Reaktivní polymer 1 Ukotvení Polymer R n t-boc N
88 Polymer R n t-boc N 2 dstranění chránící skupiny pomocí F 3 - Polymer R n N 2
89 Polymer R n N 2 3 Tvorba peptidové vazby s chráněnou aminokyselinou n-1 + D Polymer t-boc N R n-1 R n N
90 Polymer t-boc N R n-1 R n N Další odstranění chránících skupin a syntetické cykly 4 dštěpení peptidu pomocí F Polymer N 2 R 1 N R n-1 R n N
Proteiny, peptidy a aminokyseliny
Základy biochemie KB / B Proteiny, peptidy a aminokyseliny Inovace studia biochemie prostřednictvím elearningu Z.04.1.03/3.2.15.3/0407 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Primární struktura primární struktura bílkoviny je dána pořadím AK jejích polypeptidových řetězců
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceAminokyseliny, proteiny, enzymy Základy lékařské chemie a biochemie 2014/2015 Ing. Jarmila Krotká Metabolismus základní projev života látková přeměna souhrn veškerých dějů, které probíhají uvnitř organismu
VíceProteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.
Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec
VíceBÍLKOVINY R 2. sféroproteiny (globulární bílkoviny): - rozpustné ve vodě, globulární struktura - odlišné funkce (zásobní, protilátky, enzymy,...
BÍLKVIY - látky peptidické povahy tvořené více než 100 aminokyselinami - aminokyseliny jsou poutány...: R 1 2 + R 2 R 1 R 2 2 2. Dělení bílkovin - vznikají proteosyntézou Struktura bílkovin primární sekundární
VíceBílkoviny - proteiny
Bílkoviny - proteiny Proteiny jsou složeny z 20 kódovaných aminokyselin L-enantiomery Chemická struktura aminokyselin R představuje jeden z 20 různých typů postranních řetězců R Hlavní řetězec je neměnný
VícePROTEINY. Biochemický ústav LF MU (H.P.)
PROTEINY Biochemický ústav LF MU 2013 - (H.P.) 1 proteiny peptidy aminokyseliny 2 Aminokyseliny 3 Charakteristika základní stavební jednotky proteinů geneticky kódované 20 základních aminokyselin 4 a-aminokyselina
VíceBílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny
Bílkoviny harakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny 1) harakteristika a význam Makromolekulární látky složené z velkého počtu aminokyselinových zbytků V tkáních
VíceAminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie
Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 1. 20 aminokyselin, kódovány standardním genetickým kódem, proteinogenní, stavebními
VíceStruktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová
Struktura proteinů - testík na procvičení Vladimíra Kvasnicová Mezi proteinogenní aminokyseliny patří a) kyselina asparagová b) kyselina glutarová c) kyselina acetoctová d) kyselina glutamová Mezi proteinogenní
VíceMetabolismus bílkovin. Václav Pelouch
ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)
VíceMetabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová
Metabolismus aminokyselin Vladimíra Kvasnicová Aminokyseliny aminokyseliny přijímáme v potravě ve formě proteinů: důležitá forma organicky vázaného dusíku, který tak může být v těle využit k syntéze dalších
VíceI N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í
I V E S T I E D Z V J E V Z D Ě L Á V Á Í AMIKYSELIY PEPTIDY AMIKYSELIY = substituční/funkční deriváty karboxylových kyselin = základní jednotky proteinů (α-aminokyseliny) becný vzorec 2-aminokyselin (α-aminokyselin):
VíceÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny
BIOCHEMIE 1 ÚVOD DO BIOCHEMIE BCH zabývá se chemickými procesy v organismu a chemickým složením živých organismů Biologie: bios = život + logos = nauka Biochemie: bios = život + chemie Dělení : Chemie
VíceAMINOKYSELINY Substituční deriváty karboxylových kyselin ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) Prolin α-iminokyselina
Aminokyseliny - Základní stavební jednotky peptidů a proteinů - Proteinogenní (kódované) 20 AK - Odvozené chemické modifikace, metabolity - Esenciální AK AMINOKYSELINY Substituční deriváty karboxylových
VíceObecná struktura a-aminokyselin
AMINOKYSELINY Obsah Obecná struktura Názvosloví, třídění a charakterizace Nestandardní aminokyseliny Reaktivita - peptidová vazba Biogenní aminy Funkce aminokyselin Acidobazické vlastnosti Optická aktivita
Víceaminokyseliny a proteiny
aminokyseliny a proteiny funkce proteinů : proteiny zastávají téměř všechny biologické funkce, s výjimkou přenosu informace stavební funkce buněk a tkání biokatalyzátory-urychlují biochemické reakce -
VíceOligobiogenní prvky bývají běžnou součástí organismů, ale v těle jich již podstatně méně (do 1%) než prvků makrobiogenních.
1 (3) CHEMICKÉ SLOŢENÍ ORGANISMŮ Prvky Stejné prvky a sloučeniny se opakují ve všech formách života, protože mají shodné principy stavby těla i metabolismu. Např. chemické děje při dýchání jsou stejné
VíceBÍLKOVINY = PROTEINY Polymery aminokyselin propojených peptidovou vazbou
BÍLKOVINY = PROTEINY Polymery aminokyselin propojených peptidovou vazbou 20 AK 20 18 variant pro peptid složený z 20 AK!!! Průměrná bílkovina 300 AK Relativní molekulová hmotnost (bezrozměrné číslo) Molární
VíceProteiny ve sportu Diplomová práce
MASARYKOVA UNIVERZITA Fakulta sportovních studií Katedra podpory zdraví Proteiny ve sportu Diplomová práce Vedoucí diplomové práce: Ing. Iva Hrnčiříková, Ph.D. Vypracoval: Bc. Michal Kreutzer Učitelství
VíceVýukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996
Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_413 Jméno autora: Mgr. Alena Krejčíková Třída/ročník:
VíceBÍLKOVINY. V organismu se nedají nahradit jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.
BÍLKOVINY o makromolekulární látky, z velkého počtu AMK zbytků o základ všech organismů o rostliny je vytvářejí z anorganických sloučenin (dusičnanů) o živočichové je musejí přijímat v potravě, v trávicím
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Translace, techniky práce s DNA Translace překlad z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin dá se rozdělit na 5 kroků aktivace aminokyslin
VíceAminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití
Aminokyseliny Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 18.7.2012 3. ročník čtyřletého G Určování postranních řetězců aminokyselin
VíceV organismu se bílkoviny nedají nahradit žádnými jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.
BÍLKOVINY Bílkoviny jsou biomakromolekulární látky, které se skládají z velkého počtu aminokyselinových zbytků. Vytvářejí látkový základ života všech organismů. V tkáních vyšších organismů a člověka je
VíceSTRUKTURA PROTEINŮ
projekt GML Brno Docens DUM č. 17 v sadě 22. Ch-1 Biochemie Autor: Martin Krejčí Datum: 03.05.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Struktura proteinů Materiály jsou určeny pro bezplatné používání pro potřeby
VíceL-aminokyselina chirální (asymetrický) uhlík
PEPTIDY A BÍLKOVIY (PROTEIY) (proteos = ec. prvotní) pítomny ve všech bukách základní stavební jednotkou jsou -L-aminokyseliny (AK) spojené tzv. peptidovými vazbami podle potu spojených AK zbytk (Mr):
VíceAMINOKYSELINY Substituční deriváty karboxylových kyselin ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) Prolin α-iminokyselina
Aminokyseliny - Základní stavební jednotky peptidů a proteinů - Proteinogenní (kódované) 20 AK - Odvozené chemické modifikace, metabolity - Esenciální AK AMINOKYSELINY Substituční deriváty karboxylových
VíceBiochemie I. Aminokyseliny a peptidy
Biochemie I Aminokyseliny a peptidy AMINOKYSELINY Když se řekne AK ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) prostorový vztah aminoskupiny a karboxylové skupiny: - (=2-), -(=3-)... -(= poslední) -alanin součástí koenzymu
VíceSTANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Postup stanovení aminokyselinového složení
STANVENÍ AMINKYSELINVÉH SLŽENÍ BÍLKVIN Důvody pro stanovení AK složení určení nutriční hodnoty potraviny, suroviny (esenciální vs. neesenciální AK) charakterizace určité bílkovinné frakce nebo konkrétní
VíceNMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR
NMR biomakromolekul Typy biomakromolekul a možnosti studia pomocí NMR proteiny a peptidy rozmanité složení, omezení jen velikostí molekul nukleové kyseliny (RNA, DNA) a oligonukleotidy omezení malou rozmanitostí
VíceBÍLKOVINY. Autor: Mgr. Stanislava Bubíková. Datum (období) tvorby: 15. 2. 2013. Ročník: devátý
BÍLKOVINY Autor: Mgr. Stanislava Bubíková Datum (období) tvorby: 15. 2. 2013 Ročník: devátý Vzdělávací oblast: Člověk a příroda / Chemie / Organické sloučeniny 1 Anotace: Žáci se seznámí s oblastmi chemického
VíceNázvosloví cukrů, tuků, bílkovin
Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin SACARIDY CUKRY MNSACARIDY LIGSACARIDY PLYSACARIDY (z mnoha molekul monosacharidů) ALDSY KETSY -DISACARIDY - TRISACARIDY - TETRASACARIDY atd. -aldotriosy -aldotetrosy -aldopentosy
VíceObecný metabolismus.
mezioborová integrace výuky zaměřená na rostlinnou biochemii a fytopatologii CZ.1.07/2.2.00/28.0171 Obecný metabolismus. Regulace glykolýzy a glukoneogeneze (5). Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Katedra biochemie,
VíceAminokyseliny, peptidy a bílkoviny
Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny Dělení aminokyselin Z hlediska obsahu v živé hmotě Z hlediska významu ve výživě Z chemického hlediska Z hlediska rozpustnosti Dělení aminokyselin Z hlediska obsahu v
VícePřírodní polymery proteiny
Přírodní polymery proteiny Funkční úloha bílkovin 1. Funkce dynamická transport kontrola metabolismu interakce (komunikace, kontrakce) katalýza chemických přeměn 2. Funkce strukturální architektura orgánů
VíceUSPOŘÁDEJTE HESLA PODLE PRAVDIVOSTI DO ŘÁDKŮ
Proteiny funkce Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 22.7.2012 3. ročník čtyřletého G Procvičování struktury a funkcí proteinů
VícePEPTIDY, BÍLKOVINY. Reg. č. projektu CZ.1.07/1.1.00/14.0143
PEPTIDY, BÍLKOVINY Definice: Bílkoviny (proteiny) jsou makromolekulární látky, které vznikají spojením sto a více molekul různých aminokyselin peptidickou vazbou. Obsahují atomy uhlíku (50 až 55%), vodíku
VíceGenetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu.
Genetický kód Jakmile vznikne funkční, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu. Pravidla, kterými se řídí prostřednictvím přenos z nukleotidové sekvence DNA do aminokyselinové
VíceInovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz
Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Z.1.07/2.2.00/15.0247 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Funkční
VíceAMINOKYSELINY STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Stanovení sirných aminokyselin. Obecná struktura
AMIKYSELIY becná struktura STAVEÍ AMIKYSELIVÉH SLŽEÍ BÍLKVI 1. IZLAE (jen v některých případech) 2. HYDLÝZA kyselá hydrolýza pomocí Hl ( c = 5 mol.dm -3 ) klasicky: 105-120, 18-24 h, inertní atmosféra,
VíceMolekulární biofyzika
Molekulární biofyzika Molekuly v živých systémech - polymery Lipidy (mastné kyseliny, fosfolipidy, isoprenoidy, sfingolipidy ) proteiny (aminokyseliny) nukleové kyseliny (nukleotidy) polysacharidy (monosacharidy)
VíceGenomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.
Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data
VíceDYNAMICKÁ BIOCHEMIE. Daniel Nechvátal :: www.gymzn.cz/nechvatal
DYNAMICKÁ BIOCHEMIE Daniel Nechvátal :: www.gymzn.cz/nechvatal Energetický metabolismus děje potřebné pro zabezpečení života organismu ANABOLISMUS skladné reakce, spotřeba E KATABOLISMUS rozkladné reakce,
VíceProteiny: obecná charakteristika. Proteiny: trocha historie. Proteiny: trocha historie
Proteiny: obecná charakteristika Stojí na počátku vzniku života, jsou podstatou všech živých organizmů; zastávají životně důležité funkce, bez kterých by život nemohl existovat Kvantitativně (50-80% sušiny)
VíceExprese genetické informace
Exprese genetické informace Stavební kameny nukleových kyselin Nukleotidy = báze + cukr + fosfát BÁZE FOSFÁT Nukleosid = báze + cukr CUKR Báze Cyklické sloučeniny obsahující dusík puriny nebo pyrimidiny
VíceUrčení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi
Cvičení Určení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi ) 1)( ( ) ( H m z H m z M k j j j m z z zh M Molekula o hmotnosti M se nabije z-krát protonem, pík iontu ve spektru je na m z : ) ( H m z M z Pro dva
VíceMATURITNÍ TÉMATA - CHEMIE. Školní rok 2012 / 2013 Třídy 4. a oktáva
MATURITNÍ TÉMATA - CHEMIE Školní rok 2012 / 2013 Třídy 4. a oktáva 1. Stavba atomu Modely atomu. Stavba atomového jádra, protonové a nukleonové číslo, izotop, izobar, nuklid, stabilita atomového jádra,
Vícesloučeniny C, H, O Cukry = glycidy = sacharidy staré názvy: uhlohydráty, uhlovodany, karbohydráty
sloučeniny C, H, O Cukry = glycidy = sacharidy staré názvy: uhlohydráty, uhlovodany, karbohydráty triviální (glukóza, fruktóza ) vědecké (α-d-glukosa) organické látky nezbytné pro život hlavní zdroj energie
VíceCysteinové adukty globinu jako potenciální biomarkery expozice styrenu
Cysteinové adukty globinu jako potenciální biomarkery expozice styrenu J. Mráz, I. Hanzlíková, Š. Dušková, E. Frantík, V. Stránský Státní zdravotní ústav Praha 1 Biomarkery expozice cizorodým látkám výchozí
Více5. Proteiny. Peptidy. Struktura proteinů. Primární struktura proteinů. Sekundární struktura proteinů
5. Proteiny Peptidy Peptidy jsou látky, které vznikají spojením aminokyselin peptidovými vazbami do řetězce. Peptidy rozdělujeme podle délky řetězce: ligopeptidy obsahují dvě až deset aminokyselin. Můžeme
VíceGymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto
Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto SUBSTITUČNÍ DERIVÁTY KARBOXYLOVÝCH O KYSELIN R C O X karboxylových kyselin - substituce na vedlejším uhlovodíkovém řetězci aminokyseliny - hydroxykyseliny
VíceAminokyseliny. Aminokyseliny. Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy COOH H 2 N. Aminokyseliny. Aminokyseliny. Postranní řetězec
optická aktivita Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy α-uhlík je asymetrický pouze L-aminokyseliny 2 α R rozdělení dle polarity podle počtu karboxylových skupin podle počtu bazických skupin podle polarity
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VíceUNIVERZITA KARLOVA V PRAZE 3. LÉKAŘSKÁ FAKULTA (tématické okruhy požadavků pro přijímací zkoušku)
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE 3. LÉKAŘSKÁ FAKULTA (tématické okruhy požadavků pro přijímací zkoušku) B I O L O G I E 1. Definice a obory biologie. Obecné vlastnosti organismů. Základní klasifikace organismů.
Více3.2. Metabolismus bílkovin, peptidů a aminokyselin
3.2. Metabolismus bílkovin, peptidů a aminokyselin Základní charakteristiky Bílkoviny (proteiny) jsou makromolekulární sloučeniny tvořené různě dlouhými polypeptidovými řetězci, které jsou složené z proteinogenních
VíceTranslace (druhý krok genové exprese)
Translace (druhý krok genové exprese) Od RN k proteinu Milada Roštejnská Helena Klímová 1 enetický kód trn minoacyl-trn-synthetasa Translace probíhá na ribosomech Iniciace translace Elongace translace
Více>>> E A1 + E A2. . aktivační energie potřebná k reakci bez přítomnosti katalyzátoru E A E A1. energie potřebná ke vzniku enzym-substrátového komplexu
Enzymy Charakteristika enzymů- fermentů katalyzátory biochem. reakcí biokatalyzátory umožňují a urychlují průběh rcí v organismu nachází se ve všech živých systémech z chemického hlediska jednoduché nebo
VíceAminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa. Luboš Sobotka
Aminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa Luboš Sobotka Reakce na hladovění a stres jsou stejné asi 4000000 let Přežít hladovění a akutní stav Metody sledování kvality AK roztoků Vylučovací metoda
VíceKosterní svalstvo tlustých a tenkých filament
Kosterní svalstvo Základní pojmy: Sarkoplazmatické retikulum zásobárna iontů vápníku - depolarizace membrány uvolnění vápníku v blízkosti kontraktilního aparátu vazba na proteiny zajišťující kontrakci
VíceTestové úlohy aminokyseliny, proteiny. post test
Testové úlohy aminokyseliny, proteiny post test 1. Které aminokyseliny byste hledali na povrchu proteinů umístěných uvnitř fosfolipidových membrán a které na povrchu proteinů vyskytujících se ve vodném
VíceMetabolismus aminokyselin 2. Vladimíra Kvasnicová
Metabolismus aminokyselin 2 Vladimíra Kvasnicová Odbourávání AMK 1) odstranění aminodusíku z molekuly AMK 2) detoxikace uvolněné aminoskupiny 3) metabolismus uhlíkaté kostry AMK 7 produktů 7 degradačních
VíceStruktura aminokyselin, peptidů a bílkovin.
Struktura aminokyselin, peptidů a bílkovin. Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 2.LF UK a FN Motol MUDr. Bc. Matej Kohutiar, Ph.D. matej.kohutiar@lfmotol.cuni.cz Praha 2018 I. Struktura aminokyselin
VíceStruktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů
Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů Aminokyseliny CH COOH obsahují karboxylovou skupinu a aminovou skupinu nebarevné sloučeniny (Trp, Tyr, Phe absorbce v UV) základní
VíceBiochemie I. Aminokyseliny a peptidy
Biochemie I Aminokyseliny a peptidy Aminokyseliny a peptidy (vlastnosti, stanovení a reakce) AMINOKYSELINY Když se řekne AK ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) prostorový vztah aminoskupiny a karboxylové skupiny:
VíceNaLékařskou.cz Přijímačky nanečisto
alékařskou.cz Chemie 2016 1) Vyberte vzorec dichromanu sodného: a) a(cr 2 7) 2 b) a 2Cr 2 7 c) a(cr 2 9) 2 d) a 2Cr 2 9 2) Vypočítejte hmotnostní zlomek dusíku v indolu. a) 0,109 b) 0,112 c) 0,237 d) 0,120
VíceAminokyseliny příručka pro učitele. Obecné informace: Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny.
Obecné informace: Aminokyseliny příručka pro učitele Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny. Navazující učivo Před probráním tématu Aminokyseliny probereme
VíceFunkce imunitního systému
Téma: 22.11.2010 Imunita specifická nespecifická,, humoráln lní a buněč ěčná Mgr. Michaela Karafiátová IMUNITA je soubor vrozených a získaných mechanismů, které zajišťují obranyschopnost (rezistenci) jedince
VíceProteiny. Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové
Proteiny Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové Proteiny 1 = hlavní, energetická živina = základní stavební složka orgánů a tkání těla, = jejich energetickou hodnotu tělo využívá jen v některých metabolických
VíceBiologie I. Buňka II. Campbell, Reece: Biology 6 th edition Pearson Education, Inc, publishing as Benjamin Cummings
Biologie I Buňka II Campbell, Reece: Biology 6 th edition Pearson Education, Inc, publishing as Benjamin Cummings BUŇKA II centrioly, ribosomy, jádro endomembránový systém semiautonomní organely peroxisomy
VíceBIOLOGICKÁ MEMBRÁNA Prokaryontní Eukaryontní KOMPARTMENTŮ
BIOMEMRÁNA BIOLOGICKÁ MEMBRÁNA - všechny buňky na povrchu plazmatickou membránu - Prokaryontní buňky (viry, bakterie, sinice) - Eukaryontní buňky vnitřní členění do soustavy membrán KOMPARTMENTŮ - za
VíceRNDr.Bohuslava Trnková ÚKBLD 1.LF UK. ls 1
Sacharidy RNDr.Bohuslava Trnková ÚKBLD 1.LF UK ls 1 sákcharon - cukr, sladkost cukry mono a oligosacharidy (2-10 jednotek) ne: uhlohydráty, uhlovodany, karbohydráty polysacharidy (více než 10 jednotek)
VíceDoučování IV. Ročník CHEMIE
1. Chemie přírodních látek Biochemie a) LIPIDY 1. Triacylglyceroly se štěpí účinkem: a) ligas b) lyas c) lipas d) lihlas Doučování IV. Ročník CHEMIE 2. Žluknutí tuků je z chemického hlediska: a) polymerace
VíceBiologie buňky. systém schopný udržovat se a rozmnožovat
Biologie buňky 1665 - Robert Hook (korek, cellulae = buňka) Cytologie - věda zabývající se studiem buňek Buňka ozákladní funkční a stavební jednotka živých organismů onejmenší známý uspořádaný dynamický
VíceAminokyseliny. Peptidy. Proteiny.
Aminokyseliny. Peptidy. Proteiny. Struktura a vlastnosti aminokyselin 1. Zakreslete obecný vzorec -aminokyseliny. Která z kodovaných aminokyselin se z tohoto vzorce vymyká? 2. Které aminokyseliny mají
VíceVzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK CZ.1.07/1.5.00/34.0211. Anotace. Metabolismus sacharidů. VY_32_INOVACE_Ch0216.
Vzdělávací materiál vytvořený v projektu VK Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí svobození 20 Číslo projektu: Název projektu: Číslo a název klíčové aktivity: CZ.1.07/1.5.00/34.0211 Zlepšení podmínek
VíceTypy molekul, látek a jejich vazeb v organismech
Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Organismy se skládají z molekul rozličných látek Jednotlivé látky si organismus vytváří sám z jiných látek,
VíceIntermediární metabolismus CYKLUS SYTOST-HLAD. Vladimíra Kvasnicová
Intermediární metabolismus CYKLUS SYTOST-HLAD Vladimíra Kvasnicová Vztahy v intermediárním metabolismu (sacharidy, lipidy, proteiny) 1. po jídle (přísun energie z vnějšku) oxidace CO 2, H 2 O, urea + ATP
Vícestrukturní (součástmi buněčných struktur) metabolická (realizují b. metabolizmus) informační (jako signály či receptory signálů)
1 Bílkoviny - představují cca. ½ suché hmotnosti buňky - molekuly bílkovin se podílí na všech základních životních procesech - součástmi buněčných struktur (stavební f-ce) Funkce bílkovin: strukturní (součástmi
VíceText zpracovala Mgr. Taťána Štosová, Ph.D PŘÍRODNÍ LÁTKY
Inovace profesní přípravy budoucích učitelů chemie CZ.1.07/2.2.00/15.0324 Text zpracovala Mgr. Taťána Štosová, Ph.D PŘÍRODNÍ LÁTKY Obsah 1 Úvod do problematiky přírodních látek... 2 2 Vitamíny... 2 2.
VíceMetabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová
Metabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová Vyberte esenciální aminokyseliny a) Asp, Glu b) Val, Leu, Ile c) Ala, Ser, Gly d) Phe, Trp Vyberte esenciální aminokyseliny a) Asp,
VíceGlykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika
Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glycobiology how sweet it is! Monosacharidy (glukosa, fruktosa, galaktosa ) Oligosacharidy (maltosa, isomaltosa, sacharosa, laktosa.., oligosacharidové řetězce
VíceMOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA. Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie
MOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie Chemická struktura a geometrie KONFORMACE = můžeme změnit pouhým otočením kolem kovalentní vazby KONFIGURACE = při změně
VíceSložky výživy - proteiny. Mgr.Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové
Složky výživy - proteiny Mgr.Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové Proteiny 1 = jedna z hlavních živin, energetická živina = základní stavební složka orgánů a tkání těla, součást všech buněk, musí
VíceENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY
ENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY Autor: Mgr. Stanislava Bubíková Datum (období) tvorby: 28. 3. 2013 Ročník: devátý Vzdělávací oblast: Člověk a příroda / Chemie / Organické sloučeniny 1 Anotace: Žáci se seznámí
VíceLipidy. RNDr. Bohuslava Trnková ÚKBLD 1.LF UK. ls 1
Lipidy RNDr. Bohuslava Trnková ÚKBLD 1.LF UK ls 1 Lipidy estery vyšších mastných kyselin a alkoholů (příp. jejich derivátů) lipidy jednoduché = acylglyceroly (tuky a vosky) lipidy složené = fosfoacylglyceroly,
VíceAminokyseliny, Peptidy, Proteiny
Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny Proteiny jsou nejrozšířenější biologické makromolekuly Proteiny jsou tvořeny kombinací 20 α-aminokyselin Aminokyseliny sdílejí společné základní strukturní vlastnosti α-uhlík
VíceDNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit
VíceRegulace translace REGULACE TRANSLACE LOKALIZACE BÍLKOVIN V BUŇCE. 4. Lokalizace bílkovin v buňce. 1. Translační aparát. 2.
Regulace translace 1. Translační aparát 2. Translace 3. Bílkoviny a jejich posttranslační modifikace a jejich degradace 5. Translace v mitochondriích a chloroplastech REGULACE TRANSLACE LOKALIZACE BÍLKOVIN
VíceBiochemie I 2016/2017. Makromolekuly buňky. František Škanta
Biochemie I 2016/2017 Makromolekuly buňky František Škanta Makromolekuly buňky ukry Tuky Bílkoviny ukry Jsou sladké Přehled strukturních forem sacharidů Monosacharidy Disacharidy Polysacharidy Ketotriosa
VíceEnzymologie. Věda ležící na pomezí fyz. ch. a bioch. Zabývá se problematikou biokatalyzátorů.
ENZYMOLOGIE 1 Enzymologie Věda ležící na pomezí fyz. ch. a bioch. Zabývá se problematikou biokatalyzátorů. Jak je možné, že buňka dokáže utřídit hrozivou změť chemických procesů, které v ní v každém okamžiku
VíceMetabolismus proteinů a aminokyselin
Metabolismus proteinů a aminokyselin Proteiny jsou nejdůležitější složkou potravy všech živočichů, nelze je nahradit ani cukry, ani lipidy. Je to proto, že organismus živočichů nedokáže ve svých metabolických
VíceCHEMICKÉ ZNAKY ŽIVÝCH SOUSTAV
CHEMICKÉ ZNAKY ŽIVÝCH SOUSTAV a) Chemické složení a. biogenní prvky makrobiogenní nad 0,OO5% (C, O, N, H, S, P, Ca.) - mikrobiogenní pod 0,005%(Fe,Zn, Cu, Si ) b. voda 60 90% každého organismu - 90% příjem
VíceTRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN
TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN Translace - překlad genetické informace z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin podle pravidel genetického kódu. Genetický kód - způsob zápisu genetické informace Kód Morseovy
Vícenepolární polární kyselý bazický
opticky aktivní rozdělení α-uhlík je asymetrický pouze L-aminokyseliny (D-aminokyseliny: bakterie, antibiotika, ) 2 α R podle počtu karboxylových skupin podle počtu aminoskupin podle polarity postranního
VíceLodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání
Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání http://web.natur.cuni.cz/~zdenap/zdenateachingnf.html CHEMICKÉ SLOŽENÍ BUŇKY BUŇKA: 99 % C, H, N,
VíceUniverzita Karlova v Praze - 1. lékařská fakulta. Buňka. Ústav pro histologii a embryologii
Univerzita Karlova v Praze - 1. lékařská fakulta Buňka. Stavba a funkce buněčné membrány. Transmembránový transport. Membránové organely, buněčné kompartmenty. Ústav pro histologii a embryologii Doc. MUDr.
Více