Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
|
|
|
- Daniela Janečková
- před 7 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
2 Genomika (KBB/GENOM)
3 Genetické mapování Genetické markery Ing. Hana Šimková, CSc.
4 Cíl přednášky - seznámení s principy genetického mapování, s obecnou charakteristikou genetických markerů a s nejběžněji používanými markerovými systémy, včetně vysokokapacitních Klíčová slova - genetické mapování, genetické markery
5 GENETICKÉ MAPOVÁNÍ Genetické mapy určují vzájemnou polohu polymorfních značek (markerů) na základě frekvence rekombinací. Polymorfismus existence více rozlišitelných variant (alel) v populaci. Genetické mapování je založeno na analýze genetické vazby. Jediná metoda, která umožňuje mapování genů, které jsou detekovatelné pouze jako fenotypové znaky.
6 Schéma genetické rekombinace - založeno na rekombinaci mezi polymorfními lokusy v meiotické profázi. Model dvojitého zlomu
7 Jednotka genetických map 1cM - odpovídá 1% výskytu rekombinací (mezi 2 znaky, markery) v potomstvu. Nekoresponduje s fyzickými vzdálenostmi (u centromery rekombinace potlačeny pozitivní interference) 1 cm = 1000 kb u člověka (euchromatin autozomů) 500 kb u drozofily 300 kb u rostlin na koncích chromozomů až několik Mb u rostlin v blízkosti centromery Statistické zpracování získaných dat programy JoinMap, MAPMAKER
8 GENETICKÉ MARKERY Genet. marker fenotypový znak, protein, gen nebo sekvence DNA a) fenotypové různý fenotypový projev alel genů (tvar semen, barva očí) b) biochemické izoenzymy c) DNA markery polymorfismus nukleotidových sekvencí Požadavky na genetické markery: - jednoduchost použití - finanční nenáročnost - vysoká četnost výskytu - vysoký polymorfismus - reprodukovatelnost - možnost automatizovat proces analýzy ( high-throughput )
9 GENETICKÉ DNA MARKERY Nejčastěji používané DNA markery: 1. založené na hybridizaci - RFLP (restriction fragment length polymorphism) - DArT (diversity arrays technology) 2. založené na PCR - SCAR (sequence-characterized amplified region) - CAPS (cleaved amplified polymorphic sequences) - RAPD (random amplified polymorphic DNA) - markery odvozené z repetitivních sekvencí: - SSR (simple sequence repeat) - ISSR (inter-simple sequence repeat) - REMAP (retrotrasposon-microsatellite amplified polymorphism) - IRAP (inter-retrotransposon amplified polymorphism) - ISBP (insertion-site based polymorphism) - AFLP (amplified fragment length polymorphism) 3. založené na sekvenování - SNP (single nucleotide polymorphism)
10 RFLP (délkový polymorfismus restrikčních fragmentů)
11 RFLP markery - založeny na získání nebo ztrátě specifického restrikčního místa v rámci určitého úseku DNA, případně inzerci/deleci - jsou bialelické, kodominantní Sonda pro RFLP: fragment genomické DNA cdna EST spolehlivé, reprodukovatelné, lze identifikovat změnu konkrétního lokusu, kodominantní pracné, časově náročné, vyžaduje hodně DNA (kvalitní) Proto jsou převáděny na markery na bázi PCR
12 markery CAPS (štěpené amplifikované polymorfní sekvence) kombinace PCR pro analyzovanou sekvenci a RFLP této sekvence (PCR-RFLP) Gibson a Muse, 2004 markery SCAR (amplifikovaná oblast charakterizovaná sekvencí) sekvenováním konců RFLP markeru a odvozením primerů. Polymorfismus přímo v amplifikovaném úseku nebo po jeho štěpení restrikční endonukleázou.
13 DArT (diversity arrays technology) - paralelní reverzní RFLP umožňuje detekovat variabilitu genomu v tisícovkách lokusů genomu současně. Vhodné pro genotyping (charakterizaci genotypu), studium diverzity druhu, konstrukci genetických map. A) Vytvoření mapovací platformy (microarraye) pro daný druh 1) Redukce genomu = vytvoření genomových reprezentací -štěpení dvěma restrikčními endonukleázami 1. často štěpící (BstNI) 2. vzácně štěpící (PstI) - ligace adaptéru jen k PstI místům - amplifikace z primerů komplementárních k PstI adaptérům vzniknou 2 typy fragmentů konstantní u všech jedinců daného druhu - variabilní (polymorfní) jen u některých jedinců = DArT markery
14 2) Tvorba knihovny smícháním reprezentací z mnoha různých jedinců daného druhu (např. odrůd) a jejich zaklonováním do vektoru vneseno do E. coli Jak DArT detekuje polymorfismus DNA Vývoj arraye Získání markerů a genotyping Směs vzorků Vzorek 1 Vzorek 2 3) Tvorba arraye jednotlivé klony z knihovny naneseny robotem na mikroskopické sklíčko vytvořena microarray pro daný druh - nejprve objevná array - pak array obohacená o polymorfismy (přeskládáním klonů) Fragmenty zaklonovat a vytvořit array B) Analýza genotypu - z DNA studovaného jedince vytvořena reprezentace - označena fluorescenční barvičkou - hybridizována na microarray - oskenováno, statisticky vyhodnoceno každý jedinec specifický hybridizační profil Můžou být převedeny na markery SCAR. Většinou unikátní sekvence, často odvozené z genů. Hybr. profil 1 Hybr. profil 2
15 SFP (polymorfismus v jednom znaku) - využívají arraye vytvořené pro analýzu exprese - na mikroskopickém sklíčku naneseny desítky až stovky tisíc krátkých sond o stejné délce, odvozených z genů - po hybridizaci s genomickou DNA analyzovaných jedinců (např. rodičů nebo jedinců z mapovací populace) detekovány rozdíly v hybridizaci = single feature polymorphisms = SFP markery problematické u polyploidů obtížné rozlišit geny z homeologních genomů, dominantní markery
16 RAPD (náhodně amplifikovaná polymorfní DNA) Vyvinuty pro genetické mapování a fingerprinting (charakterizaci odrůd). Primer 1 náhodný oligonukleotid (10bp) jednoduché, k syntéze primerů není zapotřebí sekvenční informace špatně reprodukovatelné, dominantní Polymorfní proužky můžou být osekvenovány a převedeny na markery SCAR.
17 SSR (opakování jednoduchých sekvencí, mikrosatelity) Využití: - Pro DNA fingerprinting, genetické mapování, MAS, studie genetické diverzity, populační studie Krátké repetice (jednotka 1-6 bp) zejména mezi geny a v nekódujících oblastech. Detekce: -primery a) neznačené b) značeny fluorescenčně Vizualizace: a) Elektroforéza agaróza (více než 3%) - PAGE denaturující - nedenaturující b) Pomocí sekvenátoru umožňuje multiplexing četný výskyt, vysoce polymorfní, kodominantní, rozlišují více alel, reprodukovatelné, high-throughput obtížné vyhodnocování (hodně proužků)
18 ISSR (inter-simple sequence repeats) - primery komplementární k mikrosatelitu + několik sousedních nukleotidů na ukotvení. Amplifikuje se úsek mezi mikrosatelity. - nevyžaduje znalost sekvence Využití: pro analýzu genetické diverzity, fingerprinting, genetické mapování rychlé, můžeme rozlišovat mezi příbuznými jednotlivci, nízké náklady, highthroughput dominantní, hůře reprodukovatelné, pro některé primery slabé výnosy
19 REMAP (amplifikovaný polymorfismus mikrosatelit-retrotranspozón) Jeden primer odvozen z konzervované oblasti (LTR) retrotranspozónu, druhý z mikrosatelitu. Analýza na vysokohustotním agarózovém gelu nebo PAGE. Dominantní. Polymorfní proužky mohou být převedeny na markery SCAR. Ke studiím genetické diverzity i mapování.
20 IRAP (amplifikovaný polymorfismus mezi retrotranspozóny) A) Dva různé primery z oblasti LTR B) Jediný primer z oblasti LTR Polymorfní proužky mohou být převedeny na markery SCAR.
21 ISBP (polymorfismus založený na místě inzerce) RJM (repeat-junction markers - markery ze styčných bodů repetic) - vychází z toho, že transponovatelné elementy se vkládají do sebe. Na základě analýzy náhodných sekvencí (obvykle BES) lze najít místa přechodů mezi jednotlivými transponovatelnými elementy. Na ně se navrhnou primery. Program IsbpFinder. Obvykle unikátní markery v rámci celého genomu, reprodukovatelné, vyšší četnost výskytu. Většinou dominantní, nemusí být polymorfní uplatňují se hlavně jako fyzické markery.
22 AFLP (polymorfismus amplifikovaných fragmentů) Použití: - vhodné pro saturační mapování (zahušťování map), mapování QTL a rozlišení odrůd - nevhodné pro genotyping (charakterizaci genotypu) a MAS (jsou dominantní) EcoRI vzácněji štěpící MseI často štěpící Detekce: primer pro selektivní amplifikaci (komplementární k EcoRI adaptéru) značen radioaktivně Vizualizace: Elektroforéza - PAGE denaturující Expozice z gelu na rentgenový film. reprodukovatelné, vysoké rozlišení, časově nenáročné, nevyžaduje znalost sekvence dominantní, práce s radioaktivitou
23 faflp (fluorescenční AFLP) Selektivní primer značen fluorescenčně. Detekce: sekvenátor umožňuje automatizaci a multiplexing Polymorfní proužky můžou být osekvenovány a převedeny na markery SCAR.
24 Srovnání nejpoužívanějších markerových systémů Marker Založ. na PCR Četnost Dominance Reprodukovatelnost Automatizace Vývoj Pracnost použití RFLP Ne Střední Kodominantní Vysoká Nízká Střední Vysoká RAPD Ano Vysoká Dominantní Nízká Střední Snadný Nízká SCAR Ano Vysoká Ko/dominantní Vysoká Střední Pracný Střední CAPS Ano Střední Kodominantní Vysoká Střední Střední Střední AFLP Ano Vysoká Dominantní Střední Stř./vysoká Střední Střední SSR Ano Vysoká Kodominantní Vysoká Stř./vysoká Pracný Nízká ISSR,IRAP REMAP Ano Vysoká Dominantní Střední Stř./vysoká Snadný Nízká ISBP Ano Vysoká Dominantní Vysoká Stř./vysoká Pracný Nízká DArT, SFP Ne Vysoká Dominantní Střední Vysoká Střední Nízká SNP Ne Extrém. Ko/dominantní Vysoká Vysoká Střední/ Nízká vysoká snadný
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Genotypování: Využití ve šlechtění a určení identity odrůd
Molekulární přístupy ve šlechtění rostlin Aplikovaná genomika Genotypování: Využití ve šlechtění a určení identity odrůd Miroslav Valárik 14.2. 2017 Šlěchtění rostlin: Cílený výběr a manipulace s genomy
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 12. Shrnutí, Přehled molekulárních markerů 1. proteiny isozymy 2. DNA markery RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) založené
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 10. Další metody
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 10. Další metody Další molekulární markery trflp ISSRs (retro)transpozony kombinace a modifikace různých metod real-time PCR trflp
Šlechtění minoritních plodin
I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í Posílení spolupráce mezi MZLU v Brně a dalšími institucemi v terciárním vzdělávání a výzkumu CZ 1.07./2.4.01/12.0045 Šlechtění minoritních plodin
Genetický polymorfismus
Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4 V této přednášce si představíme metody, které získávají molekulární znaky bez použití sekvenace. Všechny tyto metody je teoreticky možné sekvenací nahradit. Oproti sekvenaci celých
Genetické markery, markery DNA
Obecná genetika Genetické markery, markery DNA Prof. Ing. Dušan GÖMÖRY, DrSc. Ing. Roman LONGAUER, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Poziční klonování Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s metodou pozičního klonování genů
Mendelova genetika v příkladech. Genetické markery
Mendelova genetika v příkladech Genetické markery Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/28.0018 Hodnocení genetické proměnlivosti Fenotypový
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin
Mendelova genetika v příkladech Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Ing. Petra VESELÁ Ústav lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Analýza transkriptomu Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s moderními metodami komplexní
Genetické markery - princip a využití
Genetika a šlechtění lesních dřevin Genetické markery - princip a využití Doc. Ing. RNDr. Eva Palátová, PhD. Ing. R. Longauer, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
MENDELOVA ZEMĚDĚLSKÁ A LESNICKÁ UNIVERZITA V BRNĚ Agronomická fakulta
MENDELOVA ZEMĚDĚLSKÁ A LESNICKÁ UNIVERZITA V BRNĚ Agronomická fakulta Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Určování a ověřování paternity u koní. Bakalářská práce Brno 2006 Vedoucí bakalářské
Biofyzikální ústav AV ČR, Laboratoř molekulární epigenetiky, Královopolská 135, 612 65 Brno, tel.: 541 517 230, e-mail: matyasek@ibp.
BIOLOGICKÉ LISTY 68 (3): 207-211, 2003 Způsoby detekce polymorfismu homologních DNA a jejich využití při studiu změn ve struktuře rodičovských genomů u modelových allotetraploidních druhů rodu Nicotiana
Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/
Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/28.0018 Genetické markery Genetické markery = znaky, které informují o genotypu - vhodné jsou znaky,
Charakterizace hybridních trav pomocí cytogenetických a molekulárních metod
Molekulární přístupy ve šlechtění rostlin Olomouc 14. února, 2017 Charakterizace hybridních trav pomocí cytogenetických a molekulárních metod Jan Bartoš Ústav experimentální botaniky Olomouc, Czech Republic
Molekulární genetika II zimní semestr 4. výukový týden ( )
Ústav biologie a lékařské genetiky 1.LF UK a VFN, Praha Molekulární genetika II zimní semestr 4. výukový týden (27.10. 31.10.2008) prenatální DNA diagnostika presymptomatická Potvrzení diagnózy Diagnostika
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního
Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA DNA. PCR polymerase chain reaction. Princip PCR PRINCIP METODY PCR
o zjišťujeme u DN nalýza DN enetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů), chromosomové aberace (numerické, strukturální) Polymorfismy konkrétní mutace,
ISSR (Inter simple sequence repeat) Jiří Košnar
ISSR (Inter simple sequence repeat) Jiří Košnar Přírodovědecká fakulta Jihočeské univerzity v Č. Budějovicích HISTORIE relativně nová metoda: Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. (1994): Genome fingerprinting
Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.
Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské praxi doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Historie forenzní genetiky 1985-1986 Alec Jeffreys a satelitní DNA 1980 Ray
Referenční lidský genom. Rozdíly v genomové DNA v lidské populaci. Odchylky od referenčního genomu. Referenční lidský genom.
Referenční lidský genom Rozdíly v genomové DNA v lidské populaci Zdroj DNA: 60% sekvencí pochází ze sekvenování DNA od jednoho dárce (sekvenování a sestavování BAC klonů) některá místa genomu se nepodařilo
Příklad testu ke zkoušce z předmětu Bi7722
Příklad testu ke zkoušce z předmětu Bi7722 1) Co je účelem mikrobiologického vyšetření? a) Zjistit, který mikroorganismus není příčinou onemocnění, tedy prokázat etiologické agens infekce. b) Zjistit,
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Fyzické mapování Fyzické kontigové mapy Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s konstrukcí
Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0032 Moderní metody pro studium diverzity a evoluce rostlin Hana Šimková Ekologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) SNPs Odvozování a genotyping Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s problematikou hledání
Mgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita
Mgr. et Mgr. Lenka Falková Laboratoř agrogenomiky Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita 9. 9. 2015 Šlechtění Užitek hospodářská zvířata X zájmová zvířata Zemědělství X chovatelství
Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK
MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK Co je molekulární ekologie? Uměle vytvořený obor vymezený technickým
Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA
Analýza DNA Co zjišťujeme u DNA Genetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů, záměny), chromosomové aberace (numerické, strukturní) Polymorfismy konkrétní
Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK
ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right
Co zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC
Analýza DNA Co zjišťujeme u DNA genetickou podstatu konkrétních proteinů mutace bodové, sekvenční delece/inzerce nukleotidů, chromosomové aberace (numerické, strukturální) polymorfismy konkrétní mutace,
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
thaliana. balky. 1. Genetická analýza a identifikace počtu genů 2. Určení DNA markerů v genetické vazbě s genem
Praktikum z genetiky rostlin JS 2014 Genetická analýza a genetické markery 1. Genetická analýza a identifikace počtu genů odolnosti k padlí u ječmene. 2. Určení DNA markerů v genetické vazbě s genem odolnosti
Metody studia historie populací. Metody studia historie populací
1) Metody studia genetické rozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2) Mechanizmy evoluce mutace, přírodní výběr, genový posun a genový tok 3) Anageneze x kladogeneze - co je vlastně
Co zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC
Analýza DNA Co zjišťujeme u DNA Genetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů), chromosomové aberace (numerické, strukturální) Polymorfismy konkrétní
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Genetické mapování Mapovací populace Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s problematikou
Genetická diverzita masného skotu v ČR
Genetická diverzita masného skotu v ČR Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Ing. Irena Vrtková 26. listopadu 2009 Genetická diverzita skotu pojem diverzity Genom skotu 30 chromozomu, genetická
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 2. Přehled aplikací a otázek
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 2. Přehled aplikací a otázek Přehled molekulárních markerů 1. proteiny isozymy 2. DNA markery RFLP (Restriction Fragment Length
Genové knihovny a analýza genomu
Genové knihovny a analýza genomu Klonování genů Problém: genom organismů je komplexní a je proto obtížné v něm najít a klonovat specifický gen Klonování genů Po restrikčním štěpení genomové DNA pocházející
Detekce Leidenské mutace
Detekce Leidenské mutace MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE 3. Restrikční štěpení, elektroforéza + interpretace výsledků Restrikční endonukleasy(restriktasy) bakteriální enzymy štěpící cizorodou dsdna na kratší úseky
Mikrosatelity (STR, SSR, VNTR)
Mikrosatelity (STR, SSR, VNTR) Repeats Více než polovina našeho genomu Interspersed (transposony) Tandem (mini- a mikrosatelity) Minisatellites (longer motifs 10 100 nucleotides) mikrosatelity Tandemová
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis.
Populační studie Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis. Molecular Ecology 10:205 216 Proč to studovali?
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
Metody studia historie populací. Metody studia historie populací. 1) Metody studiagenetickérozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky.
1) Metody studiagenetickérozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2)Mechanizmy evoluce mutace, p írodnívýb r, genový posun a genový tok 3) Anagenezex kladogeneze-co je vlastn druh 4)Dva
Tok GI v buňce. Genetický polymorfizmus popis struktury populací. Organizace genetického materiálu. Definice polymorfismu
Genetický olymorfizmus ois struktury oulací Tok GI v buňce Dr. Ing. Urban Tomáš ÚSTAV GEETIKY MZLU Brno urban@mendelu.cz htt://www.mendelu.cz/af/genetika/ Seminář doktorského grantu 53/03/H076 : Molekulárn
Polymorfizmy detekované. polymorfizmů (Single Nucleotide
Polymorfizmy detekované speciálními metodami s vysokou rozlišovací schopností Stanovení jednonukleotidových polymorfizmů (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) Příklad jednonukleotidových polymorfizmů
Vyhledávání a charakteristika genů zodpovědných za modré zabarvení obilky pšenice seté (Triticum aestivum L.)
Předběžná oponentura disertační práce Vyhledávání a charakteristika genů zodpovědných za modré zabarvení obilky pšenice seté (Triticum aestivum L.) Školitel: Prof. RNDr. Ladislav Havel, CSc. Doktorandka:
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky Populační genetika (KBB/PG)
Metodika analýzy molekulárních markerů u jilmu, Ulmus L.
Metodika analýzy molekulárních markerů u jilmu, Ulmus L. Metodika byla vypracovaná jako výstup projektu NAZV QI92A247 Charakterizace genetické struktury autochtonních populací jilmů pomocí DNA analýz,
Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316
Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316 Molekulární markery ve šlechtění rostlin Petr Smýkal Katedra botaniky, PřF UPOL 1. Mikrosatelitní markery
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Sekvenování genomů Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení se strategiemi celogenomového sekvenování,
Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování
Dědičnost pohlaví Vznik pohlaví (pohlavnost), tj. komplexu znaků, vlastností a funkcí, které vymezují exteriérové i funkční diference mezi příslušníky téhož druhu, je výsledkem velmi komplikované série
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Úvod do studia genomiky Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení studentů s náplní vědního oboru
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Fyzické mapování Fyzické cytogenetické a fyzické molekulární mapy Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky
Genetické metody v zoologii
Genetické metody v zoologii M. Macholán J. Bryja M. Vyskočilová Sylabus 1. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků) MM 2. Cytogenetika (analýza karyotypu,
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Metody molekulární biologie v rostlinné ekologii a systematice
Protokoly a návody pro praktikum Metody molekulární biologie v rostlinné ekologii a systematice Laboratoř molekulární biologie rostlin, PřF JCU, Branišovská 31, České Budějovice 2008, Miroslava Herbstová,
2 Inkompatibilita v systému Rhesus. Upraveno z A.D.A.M.'s health encyclopedia
2 Inkompatibilita v systému Rhesus Upraveno z A.D.A.M.'s health encyclopedia 3 Inkompatibilita v systému Rhesus Úkol 7, str.119 Které z uvedených genotypových kombinací Rh systému u manželů s sebou nesou
Ideální praktický kurz genetiky/ molekulární biologie pohledem PhD. studenta seniora
Ideální praktický kurz genetiky/ molekulární biologie pohledem PhD. studenta seniora Jiří Pergner Katedra genetiky a mikrobiologie PřF UK Ústav molekulární genetiky AV ČR 1 Oddělení Transkripční regulace
Genetické markery. Marker (genetický marker) = signální gen, signální linie. morfologické bílkovinné (izoenzymy) DNA
Genetické markery Marker (genetický marker) = signální gen, signální linie morfologické bílkovinné (izoenzymy) DNA 1. založené na hybridizaci DNA 2. založené na polymerázové řetězové reakci amplifikace
Thomas Hunt Morgan ( ) americký genetik a embryolog pokusy s octomilkou (D. melanogaster)
Vazba vloh Thomas Hunt Morgan (1866 1945) americký genetik a embryolog pokusy s octomilkou (D. melanogaster) Morganova pravidla 1. geny jsou na chromozómu uspořádány lineárně za sebou 2. počet vazbových
Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o.
Genetické markery ve šlechtění skotu pro masnou produkci Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Genetické markery Polymorfní místa v DNA, které vykazují asociaci na sledované znaky Příčinné
Metody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
Hybridizace nukleových kyselin
Hybridizace nukleových kyselin Tvorba dvouřetězcových hybridů za dvou jednořetězcových a komplementárních molekul Založena na schopnosti denaturace a renaturace DNA. Denaturace DNA oddělení komplementárních
Část. Molekulární biologie a imunologie. Základy dědičnosti. Struktura nukleových kyselin
Část Molekulární biologie a imunologie 6. Základy dědičnosti Mendelovská dědičnost (autozomálně recesivní, autozomálně dominantní a X-vázaný přenos mutací). Nemendelovská dědičnost (uniparentální disomie,
Genová vazba. Obr. č. 1: Thomas Hunt Morgan
Genová vazba Jednou ze základních podmínek platnosti Mendelových zákonů je lokalizace genů, které podmiňují různé vlastnosti na různých chromozómech. Toto pravidlo umožňuje volnou kombinovatelnost genů
Fingerprinting mikrobiálního společenstva (DGGE/TGGE, RFLP,T-RFLP, AFLA, ARDRA, (A)RISA)
EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Fingerprinting mikrobiálního společenstva (DGGE/TGGE, RFLP,T-RFLP, AFLA, ARDRA, (A)RISA) EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů DNA fingerprinting genetická
Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie.
Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie. Připravila L.Fajkusová Online Mendelian Inheritance in Man: #229300 FRIEDREICH ATAXIA 1; FRDA *606829 FRDA GENE; FRDA Popis onemocnění
Genetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři
Genetické mapování v přírodních populacích i v laboratoři Funkční genetika Cílem je propojit konkrétní mutace/geny s fenotypem Vzniklý v laboratoři pomocí mutageneze či vyskytující se v přírodě. Forward
Sekvenování nové generace. Radka Reifová
Sekvenování nové generace Radka Reifová Prezentace ke stažení www.natur.cuni.cz/zoologie/biodiversity v záložce Přednášky 1. Přehled sekvenačních metod nové generace 2. Využití sekvenačních metod nové
JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH ZEMĚDĚLSKÁ FAKULTA
JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH ZEMĚDĚLSKÁ FAKULTA Studijní program: Studijní obor: Zadávající katedra: Vedoucí katedry: B4131 Zemědělství Agroekologie Katedra zootechnických a veterinárních
Kdo jsme. Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.
Kdo jsme Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i. Partner Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum v Olomouci (projekt OP VaVpI) Centrum
Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování
ÚVOD. Klíčová slova: smrk ztepilý, RAPD, somatická embryogeneze, polymorfizmus Key words: Norway spruce, RAPD, somatic embryogenesis, polymorphism
In this study, we describe the use of DNA analysis by RAPD method (Random Amplified Polymorphic DNA) to identify a variability of Norway spruce hurst ecotype. Total genomic DNA was isolated by DNA Plant
Některé vlastnosti DNA důležité pro analýzu
Některé vlastnosti DNA důležité pro analýzu Spiralizace Denaturace Záporný náboj Syntéza Ligace Rekombinace Mutabilita Despiralizace Reasociace Štěpení Metody používané k analýze DNA Southern blotting
Populační genetika II
Populační genetika II 4. Mechanismy měnící frekvence alel v populaci Genetický draft (genetické svezení se) Genetický draft = zvýšení frekvence alely díky genetické vazbě s výhodnou mutací. Selekční vymetení
P1 AA BB CC DD ee ff gg hh x P2 aa bb cc dd EE FF GG HH Aa Bb Cc Dd Ee Ff Gg Hh
Heteroze jev, kdy v F1 po křížení geneticky rozdílných genotypů lze pozorovat zvětšení a mohutnost orgánů, zvýšení výnosu, životnosti, ranosti, odolnosti ve srovnání s lepším rodičem = heterózní efekt
Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
DNA POLYMORPHISM OF DOUBLE - HAPLOID LINES PARENTS INTENDED FOR GENETICAL MAPPING
DNA POLYMORPHISM OF DOUBLE - HAPLOID LINES PARENTS INTENDED FOR GENETICAL MAPPING POLYMORFIZMUS DNA RODIČŮ DIHAPLOIDNÍCH LINIÍ PLÁNOVANÝCH PRO GENETICKÉ MAPOVÁNÍ 1 Ullmannová K., 2 Řepková J., 1 Holková
Příloha 2. Přehled řešených projektů v roce 2008
Příloha 2. Přehled řešených projektů v roce 2008 Výzkumné záměry Kód Rok řešení MZE0002700601 MZE0002700602 MZE0002700603 Principy vytváření, kalibrace a validace trvale udržitelných a produktivních systémů
Mikrosatelity (STR, SSR, VNTR)
Mikrosatelity (STR, SSR, VNTR) Repeats Více než polovina našeho genomu Interspersed (transposony) Tandem (mini- a mikrosatelity) Minisatellites (longer motifs 10 100 nucleotides) mikrosatelity Tandemová
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Genetické markery ve studiu genetické diverzity v populacích hospodářských zvířat Bakalářská
Umělá inteligence. Příklady využití umělé inteligence : I. konstrukce adaptivních systémů pro řízení technologických procesů
Umělá inteligence Pod pojmem umělá inteligence obvykle rozumíme snahu nahradit procesy realizované lidským myšlením pomocí prostředků automatizace a výpočetní techniky. Příklady využití umělé inteligence
polymorfní = vícetvarý, mnohotvárný
Genetický polymorfismus s Řeckyy morphos = tvar polymorfní = vícetvarý, mnohotvárný Genetický polymorfismus je tedy označení pro výskyt téhož znaku ve více tvarech, formách, přičemž tato mnohotvárnost
14. přednáška z BIOLOGIE pro Bakaláře studující fyzioterapii, optometrii a pro nutriční terapeuty M.Gabriel, BÚ LF MU
14. přednáška z BIOLOGIE pro Bakaláře studující fyzioterapii, optometrii a pro nutriční terapeuty Genová diagnostika. 4. 1. 2012 M.Gabriel, BÚ LF MU Pojem alela. Geny existují v různých formách a mohou
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně. Agronomická fakulta DIPLOMOVÁ PRÁCE
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně Agronomická fakulta DIPLOMOVÁ PRÁCE BRNO 2009 MICHAL ROHRER Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin
Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii
Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1/1 Proč biofyzikální metody? Biofyzikální metody využívají fyzikální principy ke studiu biologických systémů Poskytují kvantitativní
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu. Terminologie Klonování je proces tvorby klonů Klon je soubor identických buněk (příp. organismů) odvozených ze společného předka dělením (např. jedna bakteriální
Obchodní řetězec Dokumentace k návrhu databázového systému
Mendelova univerzita v Brně, Provozně ekonomická fakulta Obchodní řetězec Dokumentace k návrhu databázového systému 1. Úvod Cílem této práce je seznámit čtenáře s návrhem databázového systému Obchodní
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 Hybridizační metody v diagnostice Mgr. Gabriela Kořínková, Ph.D. Laboratoř molekulární
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4 V této přednášce si představíme metody, které získávají molekulární znaky bez použití sekvenace. Všechny tyto metody je teoreticky možné sekvenací nahradit. Oproti sekvenaci celých