MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA"

Transkript

1 MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV BIOCHEMIE VLIV STRUKTURY MUTANTNÍCH PROTEINŮ P53 NA ONKOGENNÍ CHOVÁNÍ IN VIVO Bakalářská práce Alena Polášková Vedoucí práce: Mgr. Marie Brázdová PhD. Brno 2012

2 Bibliografický záznam Autor: Název práce: Studijní program: Alena Polášková Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Ústav biochemie Vliv struktury mutantních proteinů p53 na onkogenní chování in vivo Biochemie Studijní obor: Biochemie Vedoucí práce: Mgr. Marie Brázdová PhD. Akademický rok: 2011/2012 Počet stran: 46 Klíčová slova: standardní p53; mutantní p53; struktura; konformace; zisk funkce; TP53;

3 Bibliographic Entry Author Title of Thesis: Degree programme: Alena Polášková Faculty of Science, Masaryk University, Department of biochemistry Influence of mutant p53 conformation on oncogenic function in vivo Biochemistry Field of Study: Biochemistry Supervisor: Mgr. Marie Brázdová PhD. Academic Year: 2011/2012 Number of Pages: 46 Keyword: wild-type p53; mutant p53; structure; conformation; gain of function; TP53;

4 Abstrakt Protein p53 je nádorový supresor, účastnící se regulace buněčného cyklu a prevence nádorového bujení. U více než 50 % lidských maligních nádorů dochází k mutaci genu TP53. Onkologicky významné mutanty p53 nejen, že ztrácejí funkce standardního proteinu p53, ale navíc získávají nové onkogenní vlastnosti. Exprese mutantní p53 obvyklá u lidských nádorů je například spojena se zvýšenou rezistencí k chemoa radioterapii. Pro strukturu a funkci tohoto proteinu je nezbytný atom zinku, který pomáhá stabilizovat strukturu standardního proteinu tedy konformace schopnou vazby na DNA. Mutantní proteiny se obecně dělí na dvě skupiny na konformační proteiny, které mají výrazně změněnou standardní konformaci na mutantní a kontaktní, kde mutace odpovídá aminokyselině, která se přímo účastní vazby na DNA. V nedávné době bylo ukázáno u několika nádorových linií, že zinek může výrazným způsobem podporovat reaktivaci mutantní p53. V této bakalářské práci se věnujeme vlivu mutace TP53 u zinečnatých iontů na konformaci proteinu, transaktivaci a onkogenní chování u glioblastomových linií. Jako modelový systém nám právě sloužili tyto linie s různou mutací v genu pro p53. Standardní a mutantní konformace je zkoumána pomocí imunoprecipitačních metod. Vliv změny konformace na onkogenní chování je zkoumán in vivo pomocí technik buněčného přežívání a schopnosti tvořit kolonie v měkkém agaru. Abstract Protein p53 is tumor suppressor, which takes part in regulation cell cycle and prevention of tumor proliferation. Mutation in gene TP53 occurs in more than 50 % human malignant tumors. Significant cancer p53 mutants not only have lost of function wild type p53, but also some of them have gained new oncogenic properties. Expression of mutant p53 common in human cancer is associated with e.g. increased resistance to chemo- and radiotherapy. For the structure and function of this protein is required zinc atom that helps stabilize the structure of wild type protein capable of binding to DNA. Mutant proteins are commonly divided into two categories on the structural proteins, which have markedly changed the conformation form wild type to mutant and the contact proteins, which correspond to amino acid mutation, which is directly involved in DNA binding. Recently has been shown in several tumor lines that zinc can significantly support the reactivation of mutant p53. In this thesis we focus on the influence of p53 mutation and zinc ion on protein conformation, p53 transactivation function and oncogenic behaviour in glioblastoma cell lines with different mutations in the gene for p53. Wild type and mutant conformation are investigated with immunoprecipitation methods. Effect of conformational changes on oncogenic behaviour is studied in vivo using methods of cell survival and capability to form colonies in soft agar.

5

6

7 Poděkování Na tomto místě bych chtěla poděkovat svojí vedoucí Mgr. Marii Brázdové PhD. za vedení, podporu, ochotu a trpělivost při vypracování experimentální části a celému laboratornímu kolektivu za občasnou pomoc. Tato práce byla podpořena z projektu r.č. P301/10/2370 "Úloha strukturně selektivní vazby proteinu p53 k DNA u nádorů mozku" Grantové agentury ČR. Prohlášení Prohlašuji, že jsem svoji bakalářskou práci vypracovala samostatně s využitím informačních zdrojů, které jsou v práci citovány. Brno 7. května 2012 Alena Polášková

8 Obsah 1 Úvod Standardní p N-koncová část Centrální část C-koncová část Struktura mutp Mutanti v centrální oblasti Mutanti v C-koncové oblasti Konformace p Standardní konformace p Mutantní konformace Vliv konformace p53 na onkogenní chování Cíle bakalářské práce Materiál Použité přístroje Použité chemikálie Složení používaných roztoků Použité linie p Metody Spektrofotometrické stanovení koncentrace proteinů v UV oblasti Stanovení koncentrace proteinů dle Bradfordové Sklízení buněk Lýze buněk Imunoprecipitace Separace proteinů na SDS-PAGE Western-blott přenos Imunodetekce a vizualizace na LAS Tvorba kolonií v měkkém agaru Transfekce buněk Měření Luciferázy Výsledky Detekce konformace mutp53 v glioblastomových liniích

9 4.2 Vliv exprese mutantního proteinu p53 na tvorbu kolonií v měkkém agaru Vliv mutace a konformace proteinu p53 na transaktivaci promotoru p21 pomocí luciferázového reporterového systému Vliv konformace p53 na buněčné přežívání Diskuse Závěr Použitá literatura Seznam zkratek

10 1 Úvod TP53 je jeden z nejčastěji mutovaných genů u rakoviny, na můžeme najít přes článků a díky tomu je to taky jeden z nejlépe prostudovaných genů v historii rakovinného výzkumu. Protein p53 byl objeven v roce 1979 [1] a klasifikován jako onkogen, kvůli jeho vlastnosti imortalizovat buňky a plně transformovat buňky po přidání onkogenu Ras [2]. Na druhou stranu tomuto oponovaly výsledky jiného týmu, kde p53 vykazoval opačné vlastnosti nádorově supresorové. Vysvětlení bylo v podstatě jednoduché. Ve dvou různých laboratořích se pracovalo se dvěma různými genomovými klony cdna p53. V laboratoři Dr. Levina se pracovalo s klonem cdna wtp53 a Dr. Orenova laboratoř pracovala s genomovým klonem cdna mutp53. Dále bylo zjištěno, že tyto dva genomové klony cdna se liší mutací odpovídající kodonu 135 (záměna valinu za alanin). Díky usilovné práci mnoha laboratoří byl protein p53 překlasifikován na nádorový supresor v roce 1989 [3]. 1.1 Standardní p53 Nádorový supresorový protein p53 (wild type wtp53) je transkripční faktor, jehož hladina v buňce je udržována na velmi nízké úrovni, díky neustálé syntéze a degradaci. Podléhá přísné regulaci, jak je patrné také z velmi krátkého poločasu okolo 6 až 30 minut (záleží na typu tkáně). Rozmanité stresové signály (jako např. poškození DNA, hypoxie, aktivace onkogenem, nedostatek nukleotidů, ionizující a UV ozáření) aktivují protein p53, což v důsledku vede k zastavení buněčného cyklu, opravě DNA, uvedení buňky do stavu senescence (trvalé převedení do fáze G0) a nebo apoptóze (obr. č. 1) [4]. Tato aktivace je realizována pomocí modifikace proteinu fosforylací, defosforylací, ubikvitinací, acetylací, methylací, sumoylyzací, nedylací, glykosylací a ribosylací [5], [6]. Modifikace přispívá ke stabilizaci p53 a translokaci do jádra. Při stresu následujícím po poškození DNA, se aktivují specifické kinázy jako ATM, ATR, Chk1 a Chk2 a právě ty fosforylují cílová místa na p53 jako jsou Ser15, Thr18 a Ser20, čímž dojde k odtrhnutí p53 z komplexu MDM2 p53. Protein p53 se funkčně váže jako tetramer na sekvenčně specifickou sekvenci DNA a transaktivuje cílové geny (např. p21, MDM2, bax, puma atd.) [7], [8]. Tento protein p53 bývá označován jako strážce genomu [9] a to nejenom díky funkci transkripčního faktoru. p53 totiž aktivuje jak závislé, tak i nezávislé dráhy apoptózy, dále se může nespecificky vázat C-koncem na DNA a účastnit se tak zachování integrity a stability DNA. 3

11 Obrázek č. 1: Síť aktivace a působení proteinu p53. Převzato a upraveno dle výukových přednášek MU prof. J. Šmardové, 2010 Jak už bylo zmíněno výše, za fyziologických podmínek je koncentrace p53 v buňkách velmi malá, protože se na transaktivační doménu (TAD) tohoto protein váže MDM2 [10], čímž inhibuje jeho transaktivační funkci blokováním získávání nutných transaktivačních komponent. MDM2 je E3 ubikvitin ligáza, která přenáší ubikvitin na p53 a takto označený protein je degradován v proteazomu (obr. č. 2) [11]. V odpovědi na stresové signály je inaktivní p53 v komplexu s MDM2 mobilizován prostřednictvím několika mechanismů: stresově indukovanými post-translačními modifikacemi obou proteinů [12] (znemožněna interakce MDM2 p53); dále onkogenem indukované zablokování MDM2 nádorovým supresorem ARF [13] a v neposlední řadě jaderným stresem. Ten vyvolá ribosomální protein, který váže a inhibuje MDM2 zprostředkovanou ubikvitinylaci p53 [14]. P53 sám také kontroluje funkci MDM2, aktivací transkripce genu MDM2, tvořící tak negativní zpětnovazebnou smyčku [15]. Podobnou funkci jako MDM2 má jeho blízký homolog MDM4, který také reguluje funkci p53 vazbou na jeho TAD doménu, ale na rozdíl od MDM2 nemůže ubikvitinovat p53 přímo [16]. Regulace p53 se účastní ještě několik dalších molekul jako je Pirh2, Parc a p14 ARF. Například Pirh2 se váže na DNA vazebnou doménu a podporuje degradaci p53, zatímco Parc fixuje p53 v cytoplazmě, bránící mu tak ve vstupu do jádra, čímž potlačuje jeho transkripční aktivitu [17]. 4

12 Obrázek č. 2: p53 MDM2 autoregulační smyčka. Protein MDM2 váže p53 a inaktivuje ho přinejmenším dvěma odlišnými mechanismy: fyzickou blokací transkripční aktivity p53 a podporou ubikvitinace p53 a následnou proteazomální degradací. Obdobně, p53 se může vázat na p53 vazebná místa uvnitř promotoru mdm2 genu a pozitivně regulovat expresi MDM2. Upraveno dle Moshe Oren, Gen TP53 je lokalizován na chromozomu 17, přesněji řečeno na krátkém raménku tohoto chromozomu 17p13 [18] a kóduje 393 aminokyselin. Jedná se o DNA vazebný protein, který bývá nejčastěji rozdělován do 3 hlavních částí. První je N-koncová část dále centrální část a nakonec C-koncová část (obr. č. 3). Obrázek č.3: Struktura proteinu p kda jaderný fosfoprotein p53, skládající se z 393 aminokyselin, zahrnuje několik domén včetně kyselé N-koncové oblasti obsahující transaktivační doménu, centrální část obsahující sekvenčně specifickou DNA vazebnou doménu a C-konec (tetramerizační a bazická DNA vazebná doména). Upraveno dle Anzola a Burgos,

13 1.1.1 N-koncová část N-koncová část zahrnuje dvě transaktivační domény TAD1 a TAD2, které můžeme najít mezi aminokyselinami [19] a [20] (obr. č. 3). Dále tato N-koncová část zahrnuje doménu bohatou na prolin aminokyseliny 62 90, o které bylo původně předpokládáno, že se účastní protein proteinových interakcí na základě přítomnosti SH3 vazebného motivu (PxxP). Tato doména se účastní regulace apoptózy zprostředkované proteinem p53 [21]. Aminokyselinové zbytky v oblasti bohaté na prolin zahrnují negativní autoregulační doménu. Odstranění této domény zvyšuje schopnost p53 vázat se sekvenčně specificky k DNA proteinem p53 [22]. N-konec je vysoce post-translačně modifikován [23], zejména fosforylace této oblasti je důležitá pro stabilitu proteinu i výběr transkripce cílových genů [24]. Jak bylo zmíněno již dříve v souvislosti s aktivací p53 (kapitola 1.1) Centrální část Centrální doména (CD), nebo také DNA - vazebná doména (DBD) obsahuje aminokyselinové zbytky (obr. č. 3), která je zodpovědná za sekvenčně specifickou vazbu p53 k cílovým místům (responsivní elementy, p53con). K této doméně je koordinován dvojmocný atom zinku pomocí tří cysteinů (Cys176, Cys238 a Cys242) a jednoho histidinu His179 [25] (obr. č. 4), nutný pro správnou konformaci i funkci proteinu. Většina mutací TP53 spojených s rakovinou jsou bodové mutace měnící smysl kodonu (,,missence mutace) právě v této doméně. Tyto mutace tím poukazují na důležitost vazby p53 na DNA při nádorové supresi. Krystalová struktura této oblasti nám ukazuje, že centrální doména se skládá z β sendvičového lešení a DNA vazebného povrchu zahrnující smyčka list šroubovice (LSH) motiv a dvě smyčky (L2 a L3) svázané atomem zinku [26] (obr. č. 4). 6

14 Obrázek č. 4: Znázornění centrální domény p53, sekundární struktura elementů p53. β-řetězce (S), α-helixy (H), tři smyčky (L) a atom zinku (Zn) jsou vyznačeny barevně. Tři cysteiny a histidin podílející se na vazbě Zn jsou zvýrazněny. Oblast dvou β-listů, které tvoří β-sendvič jsou na pozadí šedě. Konzervované oblasti v centrální doméně jsou vybarveny žlutě (II), modře (III), červeně (IV) a růžově (V), (shodné jako v obr. č. 5). Převzato a upraveno dle Monique, van Oijen a Slootweg; C-koncová část Tato část zahrnuje dvě domény, tetramerizační a bazickou doménu (obr. č. 3). Tetramerizační nebo také oligomerizační doména se nachází mezi aminokyselinami Doména je zodpovědná za převážně tetramerní uspořádání proteinu p53 při vazbě na DNA. Struktura tetramerizační domény je tvořena dimerem dimerů, které se vážou stejným způsobem, čímž tvoří konečný tetramer. Na C-konci je sekvence označována jako jaderný exportní signál (NES) mezi aminokyselinovými zbytky a ten může vyžadovat ubikvitinaci pro plné své využití [27]. Navíc dominantní jaderný lokalizační signál (NLSI), aminokyseliny , překrývá tetramerizační doménu [28]. Pro vytvoření tetrameru p53 je nutná přítomnost většího hydrofobního postranního řetězce spíše na zbytku 341 než 344; převrácením tohoto poměru vznikají mutanti, kteří jsou schopni tvořit pouze dimery. Vysoce bazická doména (bohatá na lysin) lokalizovaná mezi zbytky je sama schopna interagovat s DNA sekvenčně nespecifickým způsobem [29]. V této doméně se nachází dva menší jaderné lokalizační signály (NLSs) [30], které obsahují 7

15 hodně ubikvitinovaných míst [31]. Nachází se zde také místa pro stresem indukované modifikace, zahrnujících fosforylaci, acetylaci a glykosylaci [23]. 1.2 Struktura mutp53 První mutace genu TP53 spojené s rakovinou byly poprvé zmíněny v roce 1989 [32]. Vzhledem k funkci standardního p53 při poškození DNA (spuštění reparačních mechanismů, navození apoptózy) je logické, že funkce tohoto proteinu je nejvíce ohrožena v nádorových buňkách, které samozřejmě chtějí zlikvidovat nádorový supresor p53. Somatické mutace TP53 se vyskytují u přibližně poloviny typů lidských rakovin a tvoří základní kámen tumorigeneze [33]. Výskyt TP53 mutací se značně liší mezi jednotlivými druhy nádorů, v rozmezí od 10% u hematopoetických nádorů [34], od 50 70% u kolorektálního karcinomu [35], rakoviny vaječníků [36], hlavy a krku [37]. Zatímco somatické mutace TP53 přispívají k výskytu ojedinělých nádorů, mutace v zárodečné linii TP53 způsobují predispozice k vzácnému typu rakoviny známému jako Li Fraumeni Syndrom (LFS) [38] (vzácné autosomálně dominantní dědičné onemocnění, při kterém v relativně nízkém věku dochází k výskytu různých druhů tumorů). Nádory obsahující mutantní proteiny p53 bývají agresivní a velmi často rezistentní vůči ozařování a chemoterapii. Toho se využívá při vývoji nových léčiv, které jsou konstruovány tak, aby dokázaly obnovit funkci standardní p53. Mutantní p53 tak představuje jedno z nejdůležitějších cílových míst pro protinádorová léčiva Mutanti v centrální oblasti Ze všech mutací se jich 97% nachází v exonech v oblasti odpovídající centrální části proteinu v DNA vazebné doméně [39]. Navíc 75% z těchto mutací se vyskytuje jako jednotlivé bodové mutace měnící smysl kodonu (,,missence mutace) častěji než delece, inzerce nebo porucha čtecího rámce. To znamená, že mutantní protein p53 je převážně protein o plné délce se záměnou jedné aminokyseliny v centrální části proteinu. Mutace, které se tu vyskytují, mohou ale i nemusí narušovat stabilitu proteinu či znemožňovat vazbu k DNA. Místa, kde se mutace vyskytují s nejvyšší frekvencí, jsou mutovaná místa TP53 odpovídající kodonům 175, 245, 248, 249, 273 a 282 (obr. č. 5), ty jsou označovány jako hot spot [33]. Tyto mutantní proteiny mohou být rozděleny na dvě skupiny, podle vlivu na termodynamickou stabilitu proteinu p53 [26], na takzvané kontaktní mutanty (R248 a R273) a strukturní mutanty (R175, G245, R249 a R282). První skupina zahrnuje mutace aminokyselin přímo zasahujících do vazby DNA, druhá skupina mutací způsobuje buď lokální (R249, G245) nebo globální (R175, R282) konformační deformace [33]. Většina TP53 mutací pozorovaných u lidských typů rakovin ruší sekvenčně specifickou DNA vazebnou aktivitu k p53 responsivním elementům [40]. 8

16 Obrázek č. 5: Frekvence a rozmístění mutací p53. p53 je protein o velikosti 393 aminokyselinových zbytků, který obsahuje N-koncovou TAD, SH3 doménu bohatou na prolin, DBD, tetramerizační doménu a C-koncovou regulační doménu. Pět míst značených římskými číslicemi znázorňuje oblasti s nejvíce konzervovanou sekvencí, z nichž se čtyři nachází v centrální doméně. Histogram,,missence mutací proteinu p53 ukazuje, že 95% mutací se vyskytuje v centrální doméně; šest vyznačených zbytků jsou,,hot spot mutace. Převzato a upraveno dle Bullock a Ferhst; Mutanti v C-koncové oblasti Mutace v této oblasti nejsou příliš časté u nádorů, možná proto, že nejdříve byly sekvenovány pouze exony odpovídající centrální doméně nebo spíše proto, že nejsou pro nádor dostatečně výhodné, jako právě mutace v DBD. Podíváme-li se na mutace v tetramerizační doméně, mohou způsobit tetramerní nestabilitu [41], nebo mohou vést až k celkové ztrátě tetramerního uspořádání [42]. Mutace R337H je spojena s adrenokortikálním karcinomem u dětí na jihu Brazílie [43] a způsobuje náchylnost k různému spektru nádorů [44]. Dále rozrušuje vnitřní solný můstek mezi aminokyselinami 333 a 349, což ve výsledku znamená narušení tetramerního uspořádání. Přibližně 20 % ze všech zárodečných mutací genu TP53, má mutaci v kodonu 337, zatímco frekvence somatických nádorových mutací v této oblasti je velmi nízká [45]. 1.3 Konformace p53 Rozlišujeme mezi standardním a mutantním proteinem p53, a dále hovoříme o dvou různých typech konformace. Za prvé je to standardní konformace, kterou reprezentuje wtp53, a za druhé se jedná o mutantní konformaci. Tyto různé konformace lze od sebe 9

17 odlišit pomocí dvou protilátek PAb1620 a PAb240 (obr. č. 6), respektive i PAb246. Protilátka DO1 zachycuje všechny typy proteinu p53 na N konci. Obrázek č. 6: Model pro konformaci p53: N a C-konec proteinu p53 jsou velmi dostupné a zobrazují se na povrchu proteinu. Obsahují imunodominantní oblasti. Centrální část je spíše celistvá a dovoluje vytvoření epitopu pro PAb1620, ale epitop pro PAb240 je skrytý. Přítomnost specifické mutace nebo částečná denaturace proteinu p53 zničí epitop pro PAb1620, ale na druhou stranu se odkryje epitop pro PAb240 v centrální části proteinu. Převzato a upraveno dle [46] Standardní konformace p53 Jak už bylo zmíněno, tato konformace je rozeznávána pomocí několika protilátek, např. pomocí PAb1620 (váže i lidský p53) a PAb246 (váže pouze myší p53), které jsou specifické pouze pro tuto konformaci [47] a neváží se na denaturovaný protein, tj. protein s mutantní konformací (obr. č. 7). Kromě toho, že tuto konformaci zaujímá wtp53, se tato konformace dá nalézt u tzv. kontaktních mutantů R273H a R248W (obr. č. 8). U těchto mutantů jsou vyměněny aminokyseliny účastnící se kontaktu s DNA, které ale nijak nepřispívají ke konformaci a tím pádem výměna jedné aminokyseliny za druhou (např. R H) neovlivní konformaci, ale pouze vazbu na DNA, ke které potom nedochází. 10

18 1.3.2 Mutantní konformace Tato konformace je rozeznávána pomocí protilátky PAb240, která rozeznává denaturovanou (obr. č. 6) nebo-li mutantní konformaci p53 [48]. Epitop pro tuto protilátku se nachází na řetězci S7 (obr. č. 7), který je při nativní konformaci skryt. Tuto konformaci zaujímají tzv. strukturní mutanti R175H, R282W, R248Q, R249S a G245S (obr. č. 8), kteří opět znemožňují vazbu DNA a navíc destabilizují DBD p53, čímž dojde k jeho denaturaci [49]. Mutanti G245S a R249S se nachází ve smyčce L3 (obr. č. 4). R249S se vyskytuje převážně u hepatocelulárního karcinomu ve východní Asii a subsaharské Africe (tumorigeneze má spojitost s expozicí aflatoxinu B1, kterým je v těchto regionech běžně kontaminována potrava). R175H je nejběžnější mutace ve smyčce L2. Zdá se, že hlavní efekt této mutace spočívá v tom, že zavedením objemnějšího histidinového zbytku dojde ke strukturním deformacím a také může přímo interferovat s iontem zinku. R282W (nachází se ve šroubovici H2, obr. č. 4) způsobuje různé strukturní odchylky ve vazebném motivu smyčka - list - šroubovice, ale celkově to nemá příliš dopad na CD. Shrnuto v [50]. Obrázek č. 7: 3D umístění epitopů. Epitopy pro protilátky PAb1620, PAb246 a PAb240 jsou označeny modře, červeně a fialově; C a N-konec centrální domény (aminokyselinové zbytky 97 a 289) jsou zeleně a světle modře; DNA je světle šedě a zinek je tmavě šedá koule. Převzato a upraveno dle Wang et al.,

19 Obrázek č. 8: Konformační model p53. Standardní p53 má velmi celistvou konformaci, která je rozpoznávána PAb1620. Přítomnost mutací indukovaného rozvolnění této struktury, která inaktivuje epitop pro PAb1620, poskytne zpřístupnění epitopu pro PAb240. Upraveno dle [46] 1.4 Vliv konformace p53 na onkogenní chování Je závažným faktem, že nádory s mutací v genu TP53 bývají rezistentní k apoptóze a cytostatikům. Navíc tyto mutace jsou obvykle následovány ztrátou heterozygozity (LOH) během nádorového vývoje, což znamená, že dojde selektivně k inaktivaci zbývající standardní alely [33]. K tomu dochází pomocí heterooligomerizace mutantního proteinu se standardním typem p53 [51 53]. Na vznik a propagaci nádoru má vliv inaktivace nádorového supresoru (obr. č. 9, zelená část), především na proliferaci a angiogenezi. V současné době je největší důraz kladen na zisk nových onkogenních vlastností (GOF). Jedním z mechanismů GOF je transaktivace/represe genů, jejichž exprese není za normálních okolností regulována wtp53 (BFGF, EGFR, HSP70), ale i těch, u kterých wtp53 má naprosto opačný efekt (např. C-Myc wtp53 ho potlačuje, naopak mtp53 ho aktivuje) [33], [54]. Dalším mechanismem je ovlivnění strukturně specifické vazby na DNA (obr. č. 9, tmavě modrá část). V neposlední řadě je to schopnost běžných mutp53 vázat a inaktivovat členy rodiny p53: p63 a p73 (obr. č. 9, žlutá oblast) [55], [56], jejichž transaktivační izoformy inhibují tvorbu metastáz a zvyšují senzitivitu pro radiochemoterapii [57], [58]. Analýza genomové DNA vazby ukazuje, že například mutant G245S interaguje s ne-b-dna konformacemi (DNA triplexy, kvadruplexy, křížové struktury [59]). 12

20 Buněčná lokalizace mutp53 je dalším parametrem určujícím jeho onkogenní vlastnosti. Ve většině případů se mutp53 obvykle akumuluje v jádře rakovinných buněk, v některých případech se nachází v cytoplazmě. Závisí to na typu mutantu, buněčném kontextu a rozmanitosti stresových signálů, které určují lokalizaci p53 [33]. Obrázek č. 9: Vybrané onkogenní vlastnosti mutantní p53 a jejich základní mechanismy. Vnitřní kruh (vybarven světle modře) reprezentuje onkogenní fenotypy spojené s činností mutantních proteinů p53. Vnější kruh znázorňuje mechanické vlastnosti mutantních p53, které jsou základem fenotypového seznamu ve vnitřním kruhu. Každý fenotypový efekt může být přisouzen k téměř jakékoliv mechanické vlastnosti; tudíž vnitřní modrý kruh může volně rotovat. Upraveno dle Brosh, Rotter,

21 1.5 Cíle bakalářské práce 1. Určení konformace mutp53 v glioblastomových buňkách pomocí imunoprecipitace 2. Vliv exprese mutantního proteinu p53 na tvorbu kolonií v měkkém agaru 3. Vliv mutace a konformace proteinu p53 a zinečnatých iontů na transaktivaci promotoru p21 a MDM2 pomocí luciferázového reporterového systému 4. Vliv konformace p53 na buněčné přežívání 14

22 2 Materiál 2.1 Použité přístroje Cytometr TALI TM Image-Based Cytometer (Invitrogen) Chemiluminátor LAS 3000 (Fujifilm) Luminometr Luminometer - LM-01T (Immunotech) Microlite TM 2+ 1x12 Strips, flatbottom (Thermo Electron Corporation) Mikrovlnná trouba Le Cygne electronic Minicentrifuga minispin plus (Eppendorf) SDS PAGE/ western blot aparatura Mini-protean Tetrasystem (BIORAD) Spektrofotometr Libra S22 (Biochrom) Spektrofotometr NanoDrop ND-1000 Termoblok Thermomixer comfort (Eppendorf) Třepačka Orbital shaker OS 10 (Biosan) Váhy Sartorius TE 412 Vortex IKA VORTEX GENIUS 3 Vortex Genie 2 (Scientific Industries) Zdroje napětí pro elektroforézu a western blot BIORAD PowerPac basic 2.2 Použité chemikálie 40% akrylamid AA, Serva 1% agar, Difco Agar Noble, Sigma APS, Sigma Bradfordovo činidlo, BIORAD BSA hovězí sérový albumin, frakce V, Sigma Butanol, Sigma Blotovací membrána BioTrace NT (Pall) Cis platina (5,5 mm), Sigma DMEM: médium s highglucose 4,5 g/l s L glutaminem a s pyruvátem sodným, PAA EDTA, Sigma 15

23 ECL Western Blotting Detection Reagents detekční kit na chemiluminiscenci, GE Healthcare Ethanol, Merck 5 Fluorouracil (500 mm), Sigma Glutamin: L-glutamin (100x), 200 mm, GIBCO, 100 ml Krystalová violeť (0,005 %), Merck Monoclonal Anti β - Actin, SIGMA, protilátka produkovaná v myši, klon AC 1-15 (laskavě věnováno RNDr. Bořivojem Vojtěškem DrSc., MOU) Monoklonální myší protilátka DO 1 (laskavě věnováno RNDr. Bořivojem Vojtěškem DrSc., MOU) NaCl (5M), Lachema NaF, Sigma odtučněné sušené mléko, Laktino PI (propidiumjodid), Sigma PMSF fenylmethylsulfurylfluorid, Sigma Pyruvát: sodium pyruvate solution, 100 ml, PAA Penicilin/streptomycin (100x), 100 ml, PAA Polyklonální protilátka ANTI RABBIT IgG (SIGMA) peroxidázový konjugát, protilátka vyvinuta v koze, protilátka se vstřebaným lidským IgG (laskavě poskytnuto RNDr. Bořivojem Vojtěškem DrSc., MOU) Polyklonální protilátka CM1 králičí, (laskavě věnováno RNDr. Bořivojem Vojtěškem DrSc., MOU) TEMED, Sigma Tween 20, Fluka ZnCl 2 (100mM), Sigma ZnSO 4 (100 mm), Sigma 1kb DNA Ladder N0468G (BioLabs) 2.3 Složení používaných roztoků Složení gelů na SDS PAGE: 12,5 % separační gel: 12,5 % akrylamid (AA), 350 mm Tris (ph 8,8), 0,1 % SDS Na přípravu jednoho gelu se smíchá 10 ml 12,5 % SDS-PAGE, 50 µl 10 % APS a 25 µl Temed 5 % koncentrační gel: 5 % akrylamid (AA), 125 mm Tris (ph 6,8), 0,1 % SDS Na přípravu jednoho gelu se smíchá 2,5 ml 5 % SDS-PAGE, 25 µl 10% APS a 12,5 µl Temed 16

24 Složení zásobních roztoků: 1x CSB: 0,0625 mm Tris (ph 6,8), 2 % SDS, 10 % glycerol, 0,1 M 2-merkaptoethanol, zbytek dolít destilovanou vodou 10x BB (Blotting buffer): 0,48 M Tris, 0,39 M glycin, 0,37 % SDS, dolít destilovanou vodou 10x RB (Running buffer): 0,025 M Tris, 0,192 M glycin, 0,1% SDS, upravit ph na 8,3 1x BB: 1/10 objemu 10x BB, 1/10 objemu methanolu, dolít destilovanou vodou PBST: 0,05 % Tween v 1x PBS 10x PBS: 1,37 M NaCl, 27 mm KCl, 43 mm Na 2 HPO 4, 14 mm K 2 HPO 4, dolít vodou do 1l a upravit ph na 7,4 5% odtučněné mléko v 1x PBS: 5 % váhy odtučněného sušeného mléka v 1x PBS LP (lyzační pufr): 150 mm NaCl, 1 % NP-40, 50 mm Tris (ph 8,0), 50 mm NaF, 5 mm EDTA (ph 8,0), před použitím přidat PMSF v poměru 1: Použité linie p53 Onda 10 obsahuje mutaci G245S (245 Gly/Ser) [60] Onda 11 obsahuje mutaci R273C (273 Arg/Cys) [60] Osi 10 potlačení exprese p53 pomocí shrna [59] U 251 obsahuje mutaci R273H (273 Arg/His) [61] U 87 linie exprimující wtp53 [61] Usi 12 potlačení exprese p53 pomocí shrna [59] Usi 16 linie s nepotlačenou expresí p53 [59] H 1299 linie odvozená z nemalobuněčného nádoru plic [59] 17

25 3 Metody 3.1 Spektrofotometrické stanovení koncentrace proteinů v UV oblasti Koncentrace proteinů byla měřena při vlnové délce 280 nm, vzorky byly měřeny proti vodě a jako blank byl použit lyzační pufr. 3.2 Stanovení koncentrace proteinů dle Bradfordové Byla nachystána koncentrační řada proteinu BSA o koncentracích 0,5; 1; 2; 5 a 10 µg a objem se doplnil vodou do celkem 800 µl. Od každého proteinu se odebraly 2 µl a přidalo se 798 µl vody. Jako blank bylo použito 800 µl vody. Ke všem vzorkům se přidalo 200 µl Bradfordova činidla a nechalo se to inkubovat 5 10 minut při pokojové teplotě. Poté se v plastových kyvetách naměřila absorbance při vlnové délce 595 nm. Měření bylo prováděno proti vodě. 3.3 Sklízení buněk Nejprve se z misek odlilo médium a pak byly buňky přichycené na dně misky 2x promyty roztokem 1x PBS, který byl chlazený na ledu. Za použití gumové stěrky byly buňky seškrabány a pipetou přeneseny do čisté mikrozkumavky s kulatým dnem. Gumová stěrka byla před použitím namočena v 80 % ethanolu, pak v roztoku 1x PBS a po použití opět v 80 % ethanolu. Buňky byly dále stočeny na 151 g při 4 C 5 minut. Poté byl odsát supernatant a suchý pelet byl zamrazen v tekutém dusíku na - 80 C. 3.4 Lýze buněk K zamrazenému sedimentu buněk byl přidán lyzační pufr (500 µl) a 30 minut byly mikrozkumavky ponechány na ledu, přičemž každých 10 minut se zvortexovaly. Následně proběhla centrufigace při g při 4 C 30 minut. Supernatant byl přenesen do čisté mikrozkumavky se špičatým dnem a sediment byl uschován. 3.5 Imunoprecipitace Před použitím byly magnetické kuličky Dynabeads Protein G zvortexovány, pak se odebralo 500 µl do čisté mikrozkumavky, která byla dána do paramagnetického stojanu. Následovalo 3x promytí lyzačním pufrem. Při promývání byly magnetické kuličky přichycené na stěně mikrozkumavky, takže byl odsán pouze pufr, po přidání čistého 18

26 lyzačního pufru (500 µl) se mikrozkumavka umístila na třepačku a následně byla opět přemístěna do paramagnetického stojanu až do úplného promytí. Pak byl přidán čistý lyzační pufr a kuličky byly připravené k použití. K supernatantu získanému při lýzi buněk (450 µl) bylo přidáno 50 µl magnetických kuliček s proteinem G, a nechalo se to inkubovat 30 minut při 4 C na třepačce. Poté se to zcentrifugovalo při g/2 min/4 C a supernatant byl přenesen do čisté mikrozkumavky, ze které byl následně rozdělen do 3 nových mikrozkumavek po 150 µl. K těm byla přidána příslušná protilátka (DO1, PAb1620, PAb240) tak, aby supernatant obsahoval 1 µg dané protilátky. Celé se to nechalo inkubovat 2 hodiny při 4 C na třepačce. Následně bylo přidáno ke každému vzorku 20 µl magnetických kuliček s proteinem G a nechalo se to opět inkubovat 40 min při 4 C na třepačce. Pak se to zcentrifugovalo při 67 g/2 min/4 C, supernatant byl odsán, k sedimentu bylo přidáno 500 µl lyzačního pufru, 5 min se to nechalo inkubovat a 2x se to zopakovalo. Nezachycené proteiny byly ještě před promytím lyzačním pufrem odebrány (50 µl), přidalo se k nim 4x CSB a zamrazilo se to na - 20 C. Pokračovalo se centrifugací 67 g/5 min/4 C a odsátím supernatantu. Ke každému vzorku bylo přidáno 20 µl 1x CSB, bylo to zvortexováno, 3 min povařeno a lehce zchlazeno na ledu. Následovala poslední centrifugace při 67 g/6 min/4 C, supernatant byl přenesen do nových mikrozkumavek a zamrazen na - 20 C. 3.6 Separace proteinů na SDS-PAGE Vzorky byly denaturované v 1x CSB při 99 C po dobu asi 10 minut a pak krátce zcentrifugovány. Po nanesení do jamek se vzorky zakoncentrovaly v 5 % koncentračním gelu a pak separovány v 12,5 % separačním gelu. Byl použit 1x RB pufr (připravený ze zásobního 10x RB pufru) a separace probíhala 15 min/50 V, 15 min/100 V a 60 min/150 V. Detekce proteinů se prováděla buď barvením gelu pomocí Coomasie Brilliant Blue, nebo se provedl přenos proteinů na nitrocelulózovou membránu při western blotu. 3.7 Western-blott přenos Tato metoda se obvykle se provádí po SDS-PAGE a dochází při ní k přenosu proteinů z gelu na nitrocelulózovou membránu, na které se dají identifikovat proteiny pomocí protilátek. K přenosu se využívalo elektrického pole (elektroblot), 1x BB pufr a ledu kvůli chlazení. U gelu se nejprve odřízl koncentrační gel a podle následujícího pořadí: hubka, 2x whatman papír, oříznutý gel, nitrocelulózová membrána, 2x whatman papír a hubka se seskládala část aparatury. Přenos se prováděl 90 min/120 V (program 9). 19

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

1. Metodika. Protokol č. F1-4 Metodika: Srovnávací analýza efektivity přípravy rekombinantního proteinu ve fermentoru

1. Metodika. Protokol č. F1-4 Metodika: Srovnávací analýza efektivity přípravy rekombinantního proteinu ve fermentoru Protokol č.: F1-4 Datum: 20.12.2010 Metodika: analýza efektivity přípravy výběr z výsledků ze zkušebních provozů výroby antigenů. Vypracoval: Ing. Václav Filištein, Mgr. Tereza Chrudimská, Spolupracující

Více

Western blotting. 10% APS 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl

Western blotting. 10% APS 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl Western blotting 1. Příprava gelu složení aparatury hustotu gelu volit podle velikosti proteinů příprava rozdělovacího gelu: 10% 12% počet gelů 1 2 4 1 2 4 objem 6 ml 12 ml 24 ml 6 ml 12 ml 24 ml 40% akrylamid

Více

Protokoly Transformace plasmidu do elektrokompetentních buněk BL21 Pracovní postup:

Protokoly Transformace plasmidu do elektrokompetentních buněk BL21 Pracovní postup: Protokoly Pracovní potřeby, pufry a chemikálie jsou uvedeny na konci protokolu. Pracovní postupy jsou odvozeny od těchto kitů: Champion pet160 Directional TOPO Expression Kit with Lumio Technology (Invitrogen)

Více

PROTOKOL WESTERN BLOT

PROTOKOL WESTERN BLOT WESTERN BLOT 1. PŘÍPRAVA ELEKTROFORETICKÉ APARATURY Saponátem a vodou se důkladně umyjí skla, plastové vložky a hřebínek, poté se důkladně opláchnou deionizovanou/destilovanou vodou a etanolem a nechají

Více

Beličková 1, J Veselá 1, E Stará 1, Z Zemanová 2, A Jonášová 2, J Čermák 1

Beličková 1, J Veselá 1, E Stará 1, Z Zemanová 2, A Jonášová 2, J Čermák 1 Beličková 1, J Veselá 1, E Stará 1, Z Zemanová 2, A Jonášová 2, J Čermák 1 1 Ústav hematologie a krevní transfuze, Praha 2 Všeobecná fakultní nemocnice, Praha MDS Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní

Více

Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování

Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování Protein Gel Electrophoresis Kit obsahuje veškerý potřebný materiál provádění vertikální polyakrilamidové gelové elektroforézy. Experiment provádějí

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

METODY STUDIA PROTEINŮ

METODY STUDIA PROTEINŮ METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání

Více

Monitorování hladiny metalothioneinu a thiolových sloučenin u biologických organismů vystavených působení kovových prvků a sloučenin

Monitorování hladiny metalothioneinu a thiolových sloučenin u biologických organismů vystavených působení kovových prvků a sloučenin Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Monitorování hladiny metalothioneinu a thiolových sloučenin u biologických organismů vystavených působení kovových prvků a sloučenin Ing. Kateřina Tmejová, Ph. D.,

Více

Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů

Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Bioanalytické metody Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Úvod Kritéria výběru metod stanovení koncentrace proteinů jsou založena na možnostech pro vlastní analýzu,

Více

Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie

Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie IZOLACE GENOMOVÉ DNA Deoxyribonukleová kyselina (DNA) představuje základní genetický materiál většiny

Více

VÝZNAM REGULACE APOPTÓZY V MEDICÍNĚ

VÝZNAM REGULACE APOPTÓZY V MEDICÍNĚ REGULACE APOPTÓZY 1 VÝZNAM REGULACE APOPTÓZY V MEDICÍNĚ Příklad: Regulace apoptózy: protein p53 je klíčová molekula regulace buněčného cyklu a regulace apoptózy Onemocnění: více než polovina (70-75%) nádorů

Více

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom (RBL) zhoubný nádor oka, pocházející z primitivních

Více

Studium genetické predispozice ke vzniku karcinomu prsu

Studium genetické predispozice ke vzniku karcinomu prsu Univerzita Karlova v Praze 1. lékařská fakulta Studium genetické predispozice ke vzniku karcinomu prsu Petra Kleiblová Ústav biochemie a experimentální onkologie, 1. LF UK - skupina molekulární biologie

Více

WESTERN BLOT. Velikost signálu je vyhodnocována srovnáním s naneseným proteinovým markerem, což je komerčně dostupná směs proteinů o známé velikosti.

WESTERN BLOT. Velikost signálu je vyhodnocována srovnáním s naneseným proteinovým markerem, což je komerčně dostupná směs proteinů o známé velikosti. WESTERN BLOT Western blot je metoda používaná pro kvalitativní nebo semikvantitativní detekci určitého proteinu ve vzorku. Metoda je tvořena třemi základními kroky: 1. elektroforetickou separací proteinů,

Více

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho

Více

Opatření děkana č. 1/2012 Pokyny pro vypracování bakalářských, diplomových a rigorózních prací na Přírodovědecké fakultě MU

Opatření děkana č. 1/2012 Pokyny pro vypracování bakalářských, diplomových a rigorózních prací na Přírodovědecké fakultě MU Opatření děkana č. 1/2012 Pokyny pro vypracování bakalářských, diplomových a rigorózních prací na Přírodovědecké fakultě MU Bakalářské, diplomové a rigorózní práce odevzdávané k obhajobě na Přírodovědecké

Více

Molekulární mechanismy diferenciace a programované buněčné smrti - vztah k patologickým procesům buněk. Aleš Hampl

Molekulární mechanismy diferenciace a programované buněčné smrti - vztah k patologickým procesům buněk. Aleš Hampl Molekulární mechanismy diferenciace a programované buněčné smrti - vztah k patologickým procesům buněk Aleš Hampl Tkáně Orgány Živé buňky, které plní různé funkce (podpora struktury, přijímání živin, lokomoce,

Více

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování

Více

Metody práce s proteinovými komplexy

Metody práce s proteinovými komplexy Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce

Více

Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno

Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno Brno, 17.5.2011 Izidor (Easy Door) Osnova přednášky 1. Proč nás rakovina tolik zajímá?

Více

Mutace s dobrou prognózou, mutace se špatnou prognózou omezené možnosti biologické léčby pro onkologické pacienty

Mutace s dobrou prognózou, mutace se špatnou prognózou omezené možnosti biologické léčby pro onkologické pacienty Mutace s dobrou prognózou, mutace se špatnou prognózou omezené možnosti biologické léčby pro onkologické pacienty J.Berkovcová, M.Dziechciarková, M.Staňková, A.Janošťáková, D.Dvořáková, M.Hajdúch Laboratoř

Více

VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ

VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ FUNKCE PROTEINŮ 1 VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ Příklad: protein: dystrofin onemocnění: Duchenneova svalová dystrofie 2 3 4 FUNKCE PROTEINŮ: 1. Vztah struktury a funkce proteinů 2. Rodiny proteinů

Více

ONKOGENETIKA. Spojuje: - lékařskou genetiku. - buněčnou biologii. - molekulární biologii. - cytogenetiku. - virologii

ONKOGENETIKA. Spojuje: - lékařskou genetiku. - buněčnou biologii. - molekulární biologii. - cytogenetiku. - virologii ONKOGENETIKA Spojuje: - lékařskou genetiku - buněčnou biologii - molekulární biologii - cytogenetiku - virologii Důležitost spolupráce různých specialistů při detekci hereditárních forem nádorů - (onkologů,internistů,chirurgů,kožních

Více

MASARYKOVA UNIVERZITA. Mechanizmy působení proteinů p53 v nádorové buňce

MASARYKOVA UNIVERZITA. Mechanizmy působení proteinů p53 v nádorové buňce MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV BIOCHEMIE Mechanizmy působení proteinů p53 v nádorové buňce Bakalářská práce Robert Helma Vedoucí práce: Mgr. Marie Brázdová, PhD. Brno 2012 Bibliografický

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální

Více

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec

Více

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Charakteristika testu: Set AMPLICOR HPV vyráběný firmou Roche je určený pro detekci vysoko-rizikových typů lidských

Více

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)

Více

binding protein alpha (CEBPA) a prognostický význam mutací v jeho genu u Ota Fuchs, Arnošt t Kostečka, Monika

binding protein alpha (CEBPA) a prognostický význam mutací v jeho genu u Ota Fuchs, Arnošt t Kostečka, Monika Transkripční faktor CCAAT/enhancer binding protein alpha (CEBPA) a prognostický význam mutací v jeho genu u akutní myeloidní leukemie Ota Fuchs, Arnošt t Kostečka, Monika Holická,, Martin Vostrý, ÚHKT

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální

Více

Interakce různých forem proteinu p53 s p73 izoformami

Interakce různých forem proteinu p53 s p73 izoformami Masarykova univerzita v Brně Přírodovědecká fakulta katedra biochemie Interakce různých forem proteinu p53 s p73 izoformami Diplomová práce Brno 2006 Martin Klepárník Prohlašuji, že jsem tuto diplomovou

Více

Funkční testy: BasoFlowEx Kit FagoFlowEx Kit

Funkční testy: BasoFlowEx Kit FagoFlowEx Kit Mgr. Martin Čonka EXBIO Praha, a.s. Funkční testy: BasoFlowEx Kit FagoFlowEx Kit Funkční testy napodobení biologický procesů in vitro nehrozí nebezpečí ohrožení pacienta v průběhu testování možná analýza

Více

Aspartátaminotransferáza (AST)

Aspartátaminotransferáza (AST) 1 Aspartátaminotransferáza (AST) AST je buněčný enzym přítomný v řadě tkání, jako jsou srdce, kosterní svaly, ledviny, mozek, játra, pankreas či erytrocyty. Vyskytuje se ve dvou izoformách, cytoplazmatické

Více

NRAS StripAssay. Kat. číslo 5-610. 20 testů 2-8 C

NRAS StripAssay. Kat. číslo 5-610. 20 testů 2-8 C NRAS StripAssay Kat. číslo 5-610 20 testů 2-8 C Popis stripu: Pracovní postup 1. Izolace DNA Pro izolaci DNA musí být použita vhodná metoda vzhledem k typu tkáně vzorku. Pro doporučení vhodné metody kontaktujte

Více

GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI

GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI INDUKOVANÉ PŮSOBENÍM ORGANICKÝCH LÁTEK Z PRACHOVÝCH ČÁSTIC V OVZDUŠÍ Kateřina Hanzalová Oddělení genetické ekotoxikologie Ústav experimentální medicíny AV ČR v.v.i.

Více

Bílkoviny a rostlinná buňka

Bílkoviny a rostlinná buňka Bílkoviny a rostlinná buňka Bílkoviny Rostliny --- kontinuální diferenciace vytváření orgánů: - mitotická dělení -zvětšování buněk a tvorba buněčné stěny syntéza bílkovin --- fotosyntéza syntéza bílkovin

Více

EFFECT OF CADMIUM ON TOBACCO CELL SUSPENSION BY-2

EFFECT OF CADMIUM ON TOBACCO CELL SUSPENSION BY-2 EFFECT OF CADMIUM ON TOBACCO CELL SUSPENSION BY-2 Štěpán Z., Klemš M., Zítka O., Havel L. Department of Plant Biology, Faculty of Agronomy, Mendel University in Brno, Zemědělská 1, 613 00 Brno, Czech Republic

Více

Izolace, separace a detekce proteinů a nukleových kyselin a jejich význam VOJTĚCH ADAM

Izolace, separace a detekce proteinů a nukleových kyselin a jejich význam VOJTĚCH ADAM Izolace, separace a detekce proteinů a nukleových kyselin a jejich význam VOJTĚCH ADAM Životní prostředí Obranné mechanismy Rostlinná buňka Živočišná buňka 2GS - M M GSH VAKUOLA GSH GSH *Aktivace* PC -

Více

ANALÝZA MARKERŮ OXIDAČNÍHO POŠKOZENÍ DNA, PROTEINŮ A LIPIDŮ PO IN VITRO APLIKACI LÁTEK NA BUNĚČNÉ KULTURY HEL a A549

ANALÝZA MARKERŮ OXIDAČNÍHO POŠKOZENÍ DNA, PROTEINŮ A LIPIDŮ PO IN VITRO APLIKACI LÁTEK NA BUNĚČNÉ KULTURY HEL a A549 ANALÝZA MARKERŮ OXIDAČNÍHO POŠKOZENÍ DNA, PROTEINŮ A LIPIDŮ PO IN VITRO APLIKACI LÁTEK NA BUNĚČNÉ KULTURY HEL a A549 O B S A H 1. Aplikace testovaných látek na buněčné kultury 2. Oxidační poškození DNA

Více

ISOLATION OF PHOSPHOPROTEOM AND ITS APPLICATION IN STUDY OF THE EFFECT OF CYTOKININ ON PLANTS

ISOLATION OF PHOSPHOPROTEOM AND ITS APPLICATION IN STUDY OF THE EFFECT OF CYTOKININ ON PLANTS ISOLATION OF PHOSPHOPROTEOM AND ITS APPLICATION IN STUDY OF THE EFFECT OF CYTOKININ ON PLANTS IZOLACE FOSFOPROTEOMU A JEHO VYUŽITÍ PŘI STUDIU ÚČINKU CYTOKININŮ NA ROSTLINU Černý M., Brzobohatý B. Department

Více

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny eukaryontní gen v genomové DNA promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4 kódující oblast introny primární transkript (hnrna, pre-mrna) postranskripční úpravy (vznik maturované mrna) syntéza čepičky AUG vyštěpení

Více

GENETICS OF CAT S COLORS GENETIKA ZBARVENÍ KOČEK. Chaloupková L., Dvořák J. ABSTRACT ABSTRAKT ÚVOD

GENETICS OF CAT S COLORS GENETIKA ZBARVENÍ KOČEK. Chaloupková L., Dvořák J. ABSTRACT ABSTRAKT ÚVOD GENETCS OF CAT S COLORS GENETKA ZBARVENÍ KOČEK Chaloupková L., Dvořák J. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat, Agronomická fakulta, MZLU v Brně, Zemědělská 1, 613 00 Brno, ČR E-mail: xchalou0@node.mendelu.cz,

Více

Kosterní svalstvo tlustých a tenkých filament

Kosterní svalstvo tlustých a tenkých filament Kosterní svalstvo Základní pojmy: Sarkoplazmatické retikulum zásobárna iontů vápníku - depolarizace membrány uvolnění vápníku v blízkosti kontraktilního aparátu vazba na proteiny zajišťující kontrakci

Více

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_413 Jméno autora: Mgr. Alena Krejčíková Třída/ročník:

Více

RNA Blue REAGENS PRO RYCHLOU PŘÍPRAVU ČISTÉ A NEDEGRADOVANÉ RNA (katalogové číslo R011, R012, R013)

RNA Blue REAGENS PRO RYCHLOU PŘÍPRAVU ČISTÉ A NEDEGRADOVANÉ RNA (katalogové číslo R011, R012, R013) RNA Blue REAGENS PRO RYCHLOU PŘÍPRAVU ČISTÉ A NEDEGRADOVANÉ RNA (katalogové číslo R011, R012, R013) Upozornění: RNA Blue obsahuje fenol a další toxické komponenty. Při kontaktu s kůží je nutné omytí velkým

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

Princip a využití protilátkových mikročipů RNDr. Zuzana Zákostelská

Princip a využití protilátkových mikročipů RNDr. Zuzana Zákostelská Princip a využití protilátkových mikročipů RNDr. Zuzana Zákostelská Laboratoř buněčné a molekulární imunologie Odd. Imunologie a gnotobiologie MBÚ AVČR v.v.i, Praha Konference XXXIII. Imunoanalytické dny

Více

Bakalářské práce. Magisterské práce. PhD práce

Bakalářské práce. Magisterské práce. PhD práce Bakalářské práce Magisterské práce PhD práce Témata bakalářských prací na školní rok 2015-2016 1 Název Funkční analýza jaderných proteinů fosforylovaných pomocí mitogenaktivovaných proteinkináz. Školitel

Více

Praktický kurz Pokročilé biofyzikální přístupy v genomice a proteomice. 12.-13. května 2010

Praktický kurz Pokročilé biofyzikální přístupy v genomice a proteomice. 12.-13. května 2010 www.modernibiofyzika.cz Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Praktický kurz Pokročilé biofyzikální přístupy v genomice a proteomice

Více

Sbohem, paní Bradfordová

Sbohem, paní Bradfordová Sbohem, paní Bradfordová aneb IČ spektroskopie ve službách kvantifikace proteinů Mgr. Stanislav Kukla Merck spol. s r. o. Agenda 1 Zhodnocení současných možností kvantifikace proteinů Bradfordové metoda

Více

Sure-MeDIP I. with magnetic beads and MNase. www.krd.cz

Sure-MeDIP I. with magnetic beads and MNase. www.krd.cz Sure-MeDIP I with magnetic beads and MNase www.krd.cz 1 Obsah soupravy a skladování MeDIP souprava obsahuje reagencie na provedení 25 reakcí. Souprava je rozdělen do dvou částí, jedna je distribuována

Více

Exprese rekombinantních proteinů

Exprese rekombinantních proteinů Exprese rekombinantních proteinů Exprese rekombinantních proteinů je proces, při kterém můžeme pomocí různých expresních systémů vytvořit protein odvozený od konkrétního genu, nebo části genu. Tento protein

Více

Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL

Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 2. Posttranslační modifikace a skládání proteinů Ivo Frébort Biosyntéza proteinů Kovalentní modifikace proteinů Modifikace proteinu může nastat předtím než je

Více

Mnohobuněčné kvasinky

Mnohobuněčné kvasinky Laboratoř buněčné biologie PROJEKT Mnohobuněčné kvasinky Libuše Váchová ve spolupráci s laboratoří Prof. Palkové (PřFUK) Do laboratoře přijímáme studenty se zájmem o vědeckou práci Kontakt: vachova@biomed.cas.cz

Více

analýza dat a interpretace výsledků

analýza dat a interpretace výsledků Genetická transformace bakterií III analýza dat a interpretace výsledků Předmět: Biologie ŠVP: Prokaryotní organismy, genetika Doporučený věk žáků: 16-18 let Doba trvání: 45 minut Specifické cíle: analyzovat

Více

Ing.Branislav Ruttkay-Nedecký, Ph.D., Ing. Lukáš Nejdl

Ing.Branislav Ruttkay-Nedecký, Ph.D., Ing. Lukáš Nejdl Název: Školitel: Vznik radikálů v přítomnosti DNA, heminu, peroxidu vodíku, ABTS, kovových iontů a jejich spektrofotometrická detekce Ing.Branislav Ruttkay-Nedecký, Ph.D., Ing. Lukáš Nejdl Datum: 11.10.2013

Více

EGFR XL StripAssay. Kat. číslo 5-630. 20 testů 2-8 C

EGFR XL StripAssay. Kat. číslo 5-630. 20 testů 2-8 C EGFR XL StripAssay Kat. číslo 5-630 20 testů 2-8 C Popis stripu Pracovní postup 1. Izolace DNA Pro izolaci DNA použijte vhodný izolační kit. Doporučené kity jsou následující: Pro izolaci čerstvých nebo

Více

Inhibitory ATR kinasy v terapii nádorů

Inhibitory ATR kinasy v terapii nádorů Inhibitory ATR kinasy v terapii nádorů J.Vávrová, M Řezáčová Katedra radiobiologie FVZ Hradec Králové UO Brno Ústav lékařské chemie LF Hradec Králové UK Praha Cíl léčby: zničení nádorových buněk zachování

Více

Sraz studentů v 8:00 před laboratoří A5/108, s sebou plášť a přezutí PRINCIP. Polyakrylamidová gelová elektroforéza v přítomnosti SDS (SDS-PAGE)

Sraz studentů v 8:00 před laboratoří A5/108, s sebou plášť a přezutí PRINCIP. Polyakrylamidová gelová elektroforéza v přítomnosti SDS (SDS-PAGE) PRINCIP Sraz studentů v 8:00 před laboratoří A5/108, s sebou plášť a přezutí Polyakrylamidová gelová elektroforéza v přítomnosti SDS (SDS-PAGE) SDS-PAGE slouží k separaci proteinů na základě jejich molekulové

Více

Urychlení úpravy krvetvorby poškozené cytostatickou terapií (5-fluorouracil a cisplatina) p.o. aplikací IMUNORu

Urychlení úpravy krvetvorby poškozené cytostatickou terapií (5-fluorouracil a cisplatina) p.o. aplikací IMUNORu Urychlení úpravy krvetvorby poškozené cytostatickou terapií (5-fluorouracil a cisplatina) p.o. aplikací IMUNORu Úvod Myelosuprese (poškození krvetvorby) patří mezi nejčastější vedlejší účinky chemoterapie.

Více

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace

Více

Antiparalelní beta list

Antiparalelní beta list Antiparalelní beta list Paralelní beta list Schematický model beta listu (stužkový) Proteiny obsahují zpětné kličky (beta kličky nebo vlásenkové ohyby). Obvykle je CO skupina i-té aminokyseliny vázána

Více

KOMBINACE PEPTIDŮ BRÁNÍCÍCH STÁRNUTÍ

KOMBINACE PEPTIDŮ BRÁNÍCÍCH STÁRNUTÍ KOMBINACE PEPTIDŮ BRÁNÍCÍCH STÁRNUTÍ GMP PEPTIDY PRO KOSMETICKÉ PŘÍPRAVKY NOVÁ SYNTETICKÁ SLOŽKA KOSMETICKÝCH PŘÍPRAVKŮ PŘEHLED Výzkum základních biochemických mechanismů působení proti vráskám vedl k

Více

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika projekt GML Brno Docens DUM č. 3 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 02.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: chromatin - stavba, organizace a struktura

Více

Název: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková

Název: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace,

Více

Název: Vypracovala: Datum: 17. 1. 2014. Zuzana Lacková

Název: Vypracovala: Datum: 17. 1. 2014. Zuzana Lacková Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 17. 1. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148 Název projektu: Mezinárodní spolupráce v oblasti "in vivo" zobrazovacích technik Zastoupení hlavních složek:

Více

Kras XL StripAssay. Kat. číslo 5-680. 20 testů 2-8 C

Kras XL StripAssay. Kat. číslo 5-680. 20 testů 2-8 C Kras XL StripAssay Kat. číslo 5-680 20 testů 2-8 C Popis stripu: Pracovní postup 1. Izolace DNA Musí být použity vhodné metody extrakce DNA, v závislosti na typu vzorku, který má být vyšetřován. Doporučení

Více

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha interakce antigenu s protilátkou probíhá pouze v místech epitopů Jeden antigen může na svém povrchu nést

Více

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie Centrální dogma molekulární biologie ukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Transkripce D R Translace rotein Mendel) Replikace 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 nukleové kyseliny

Více

Proteinové znaky dětské leukémie identifikované pomocí genových expresních profilů

Proteinové znaky dětské leukémie identifikované pomocí genových expresních profilů Proteinové znaky dětské leukémie identifikované pomocí genových expresních profilů M.Vášková a spol. Klinika dětské hematologie a onkologie 2.LF UK a FN Motol Childhood Leukemia Investigation Prague Průtoková

Více

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C Popis stripů: Pracovní postup Izolace DNA Doporučujeme použít následující kit pro izolaci DNA z plné krve nebo jiných typů vzorků: Spin Micro DNA Extraction

Více

Cytomegalovirus a nádory mozku. Seminář VIDIA SZÚ 26.5.2014

Cytomegalovirus a nádory mozku. Seminář VIDIA SZÚ 26.5.2014 Cytomegalovirus a nádory mozku Seminář VIDIA SZÚ 26.5.2014 Lidské onkogenní viry Modifikovaná kritéria pro Kochovy postuláty pro lidské nádorové viry splňují: Virus Epsteina-Barrové (EBV) Virus hepatitidy

Více

Magnetické částice, izolace a detekce chřipky (hemaglutininu)

Magnetické částice, izolace a detekce chřipky (hemaglutininu) Název: Magnetické částice, izolace a detekce chřipky (hemaglutininu) Školitel: Ludmila Krejčová, MVDr. Datum: 7.11. 2013 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního

Více

Elementy signálních drah. cíle protinádorové terapie

Elementy signálních drah. cíle protinádorové terapie Elementy signálních drah cíle protinádorové terapie Martin Pešta, Ondřej Topolčan Department of Internal Medicine II, Faculty of Medicine in Pilsen, Charles University in Prague, Czech Republic Cílená

Více

VLIV ÚČINNÉ LÁTKY CYTOPROTECT NA RŮST SYNGENNÍCH NÁDORŮ U INBREDNÍCH MYŠÍ

VLIV ÚČINNÉ LÁTKY CYTOPROTECT NA RŮST SYNGENNÍCH NÁDORŮ U INBREDNÍCH MYŠÍ RCD s.r.o. Americká 632 252 29 Dobřichovice IČO: 470525511 VLIV ÚČINNÉ LÁTKY CYTOPROTECT NA RŮST SYNGENNÍCH NÁDORŮ U INBREDNÍCH MYŠÍ Řídící pracovník studie: RNDr. Pavla Poučková, CSc Vedoucí pokusu: RNDr.

Více

Molekulární biotechnologie č.8. Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách

Molekulární biotechnologie č.8. Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách Molekulární biotechnologie č.8 Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách Eukaryontní buňky se využívají v případě, když Eukaryontní proteiny syntetizované v baktériích postrádají biologickou

Více

PREZENTACE ANTIGENU A REGULACE NA ÚROVNI Th (A DALŠÍCH) LYMFOCYTŮ PREZENTACE ANTIGENU

PREZENTACE ANTIGENU A REGULACE NA ÚROVNI Th (A DALŠÍCH) LYMFOCYTŮ PREZENTACE ANTIGENU PREZENTACE ANTIGENU A REGULACE NA ÚROVNI Th (A DALŠÍCH) LYMFOCYTŮ PREZENTACE ANTIGENU Podstata prezentace antigenu (MHC restrikce) byla objevena v roce 1974 V současnosti je zřejmé, že to je jeden z klíčových

Více

ODDILENI BUNIENÉ A MOLEKULARNI ONKOLOGIE, MASARYKUV ONKOLOGICKÝ USTAV, ŽLUTÝ KOPEC 7, 656 53 BRNO

ODDILENI BUNIENÉ A MOLEKULARNI ONKOLOGIE, MASARYKUV ONKOLOGICKÝ USTAV, ŽLUTÝ KOPEC 7, 656 53 BRNO MELANOMOVÉ FRAGMENTY A JEJICH KRATKODOBA KULTIVACE JAKO NASTROJ PRO SLEDOVANI ODEZVY NA CYTOTOXICKÉ LATKY S ROZDILNÝ M MECHANISMEM UEINKU SHORT-TERM CULTIVATION OF MELANOMA FRAGMENTS AS A TOOL FOR TESTING

Více

Obecný metabolismus.

Obecný metabolismus. mezioborová integrace výuky zaměřená na rostlinnou biochemii a fytopatologii CZ.1.07/2.2.00/28.0171 Obecný metabolismus. Regulace glykolýzy a glukoneogeneze (5). Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Katedra biochemie,

Více

Dosah γ záření ve vzduchu

Dosah γ záření ve vzduchu Dosah γ záření ve vzduchu Intenzita bodového zdroje γ záření se mění podobně jako intenzita bodového zdroje světla. Ve dvojnásobné vzdálenosti, paprsek pokrývá dvakrát větší oblast povrchu, což znamená,

Více

Buněčné jádro a viry

Buněčné jádro a viry Buněčné jádro a viry Struktura virionu Obal kapsida strukturni proteiny povrchove glykoproteiny interakce s receptorem na povrchu buňky uvnitř nukleocore (ribo )nukleova kyselina, virove proteiny Lokalizace

Více

ELEKTROFORETICKÉ METODY

ELEKTROFORETICKÉ METODY ELEKTROFORETICKÉ METODY ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE AMINOKYSELIN NA PAPÍROVÉM NOSIČI Aminokyseliny lze rozdělit elektroforézou na papíře. Protože molekulová hmotnost jednotlivých aminokyselin není příliš

Více

Návod k použití Informace o produktech jsou dostupné na internetových stránkách: www.demeditec.com

Návod k použití Informace o produktech jsou dostupné na internetových stránkách: www.demeditec.com Návod k použití Informace o produktech jsou dostupné na internetových stránkách: www.demeditec.com TPA IRMA Radioimunoanalýza pro kvantitativní stanovení cytokeratinu 8 a 18 v séru Prosím používejte pouze

Více

Jaderné receptory. ligand. cytoplazmatická membrána. jaderný receptor DNA. - ligandem aktivované transkripční faktory

Jaderné receptory. ligand. cytoplazmatická membrána. jaderný receptor DNA. - ligandem aktivované transkripční faktory Jaderné receptory Jaderné receptory - ligandem aktivované transkripční faktory - pokud není znám ligand ORPHAN receptors - ligand nalezen adopted orphan ligand DNA cytoplazmatická membrána jaderný receptor

Více

Pavlína Tinavská Laboratoř imunologie, Nemocnice České Budějovice

Pavlína Tinavská Laboratoř imunologie, Nemocnice České Budějovice Pavlína Tinavská Laboratoř imunologie, Nemocnice České Budějovice nízce agresivní lymfoproliferativní onemocnění základem je proliferace a akumulace klonálních maligně transformovaných vyzrálých B lymfocytů

Více

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění O. Topolčan,M.Pesta, J.Kinkorova, R. Fuchsová Fakultní nemocnice a Lékařská fakulta Plzeň CZ.1.07/2.3.00/20.0040 a IVMZČR Témata přednášky Přepdpoklady

Více

CA15-3 IRMA Souprava CA15-3 IRMA umožňuje přímé in-vitro kvantitativní stanovení s tumorem asociovaného antigenu CA15-3 v lidském séru

CA15-3 IRMA Souprava CA15-3 IRMA umožňuje přímé in-vitro kvantitativní stanovení s tumorem asociovaného antigenu CA15-3 v lidském séru Informace o výrobku Informace o ostatních produktech jsou dostupné na www.demeditec.com Návod k použití CA15-3 IRMA Souprava CA15-3 IRMA umožňuje přímé in-vitro kvantitativní stanovení s tumorem asociovaného

Více

Genetický polymorfismus

Genetický polymorfismus Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci

Více

ZÁVĚREČNÝ PROTOKOL O TESTOVÁNÍ BIOAKTIVNÍCH VLASTNOSTÍ LÁTKY CYTOPROTECT

ZÁVĚREČNÝ PROTOKOL O TESTOVÁNÍ BIOAKTIVNÍCH VLASTNOSTÍ LÁTKY CYTOPROTECT MIKROBIOLOGICKÝ ÚSTAV Akademie věd České republiky Vídeňská 1083, 420 20 Praha 4 Krč Imunologie a gnotobiologie ZÁVĚREČNÝ PROTOKOL O TESTOVÁNÍ BIOAKTIVNÍCH VLASTNOSTÍ LÁTKY CYTOPROTECT Zadání: Na základě

Více

ACOUSTIC EMISSION SIGNAL USED FOR EVALUATION OF FAILURES FROM SCRATCH INDENTATION

ACOUSTIC EMISSION SIGNAL USED FOR EVALUATION OF FAILURES FROM SCRATCH INDENTATION AKUSTICKÁ EMISE VYUŽÍVANÁ PŘI HODNOCENÍ PORUŠENÍ Z VRYPOVÉ INDENTACE ACOUSTIC EMISSION SIGNAL USED FOR EVALUATION OF FAILURES FROM SCRATCH INDENTATION Petr Jiřík, Ivo Štěpánek Západočeská univerzita v

Více

*Mléko a mléčné výrobky obsahují řadu bioaktivních

*Mléko a mléčné výrobky obsahují řadu bioaktivních www.bileplus.cz Mléko a mléčné výrobky obsahují řadu bioaktivních látek (vápník, mastné kyseliny, syrovátka, větvené aminokyseliny) ovlivňující metabolismus tuků spalování tuků Mléčné výrobky a mléčné

Více

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology

Více

Centrální dogma molekulární biologie

Centrální dogma molekulární biologie řípravný kurz LF MU 2011/12 Centrální dogma molekulární biologie Nukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Mendel) 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 genetická informace v nukleových

Více

Prezentace navazuje na základní znalosti z biochemie (lipidy, proteiny, sacharidy) Dynamický fluidní model membrány 2008/11

Prezentace navazuje na základní znalosti z biochemie (lipidy, proteiny, sacharidy) Dynamický fluidní model membrány 2008/11 RNDr. Ivana Fellnerová, Ph.D. Katedra zoologie PřF UP Olomouc Prezentace navazuje na základní znalosti z biochemie (lipidy, proteiny, sacharidy) Rozšiřuje přednášky: Stavba cytoplazmatické membrány Membránový

Více

Sarkosin jako jednoduchý test na rakovinu prostaty analytická studie přednášky Natalia Cernei

Sarkosin jako jednoduchý test na rakovinu prostaty analytická studie přednášky Natalia Cernei Název: Školitel: Sarkosin jako jednoduchý test na rakovinu prostaty analytická studie přednášky Natalia Cernei Datum: 20.1.2011 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148 Název projektu: Mezinárodní spolupráce

Více

Zjišťování toxicity látek

Zjišťování toxicity látek Zjišťování toxicity látek 1. Úvod 2. Literární údaje 3. Testy in vitro 4. Testy na zvířatech in vivo 5. Epidemiologické studie 6. Zjišťování úrovně expozice Úvod Je známo 2 10 7 chemických látek. Prostudování

Více

Lekce z analýz genových expresních profilů u MM a návrh panelu genů pro ČR. Mgr. Silvie Dudová

Lekce z analýz genových expresních profilů u MM a návrh panelu genů pro ČR. Mgr. Silvie Dudová Lekce z analýz genových expresních profilů u MM a návrh panelu genů pro ČR Mgr. Silvie Dudová Centrum základního výzkumu pro monoklonální gamapatie a mnohočetný myelom, ILBIT LF MU Brno Laboratoř experimentální

Více

Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů

Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů Ústav úspěšně dokončil realizaci dvou investičních projektů s využitím prostředků z Operačního

Více