WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK"

Transkript

1 WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I

2

3 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I V RÁMCI PROJEKTU ROZVOJ MODERNÍCH TRENDŮ V EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGII: VÝZNAM BIOMOLEKULÁRNÍCH INTERAKCÍ PRO FUNKCI BUNĚČNÝCH STRUKTUR OPERAČNÍ PROGRAM VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST ČÍSLO PROJEKTU: CZ.1.07/2.3.00/

4 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE sborník editoval: Václav Brázda autoři: Václav Brázda, Miroslav Fojta, Michaela Vorlíčková, Ctirad Hofr, Petr Pečinka, Iva Kejnovská Vydal: Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, v.v.i., Královopolská 135, Brno, Česká republika Brno 2014 Česká Republika První vydání ISBN:

5 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Obsah Program workshopu , Brno... 6 Umístění... 8 Přednášky... 9 Elektrochemie biopolymerů... 9 Spektroskopie DNA Fluorescenční metody studia biomolekul Metody studia interakce proteinů s DNA Praktická cvičení Spektroskopie DNA - stanovení struktury a koncentrace Enzymatická syntéza značené DNA, magnetická separace a elektrochemická detekce Sledování změn struktury DNA pomocí elektrochemických metod na rtuťových elektrodách - AC voltametrie Fluorescenční značení proteinu Stanovení koncentrace DNA pomocí mikrofluorometru Imunolokalizace modifikovaných histonů H3metK4 a H3metK Izolace rostlinných buněčných jader Imunodetekce Imunodetekce 5-metylcytozinu Praktické úlohy firmy Biotech Real-time PCR (qpcr) Izolace plazmidové DNA Prezentace firem

6 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Program workshopu , Brno Neděle 31. srpna :00-19:00 Registrace a ubytování od 19:00 Slavnostní zahájení workshopu s večeří Pondělí 1. září :00-9:15 Úvodní slovo organizátorů workshopu (M. Fojta) 9:15-10:15 Elektrochemie biomolekul (M. Fojta) 10:15-10:30 Přestávka s občerstvením 10:30-11:30 Spektroskopie DNA (M. Vorlíčková) 12:00-14:00 Oběd 14:00-15:00 Interaktivní škola pipetování (Eppendorf) 15:00-15:30 Přestávka s občerstvením 15:30-17:00 Interaktivní škola pipetování (Eppendorf) 19:00 Večeře Úterý 2. září :00-10:00 Fluorescenční metody studia biomolekul (C. Hofr) 10:00-10:30 Přestávka s občerstvením 10:30-11:30 Metody studia interakce proteinů s DNA (V. Brázda) 12:00-14:00 Oběd a přesun do laboratoří 14:00-18:00 Rozdělení na skupiny, které budou řešit praktické úlohy na 2 stanovištích v UKB MU a 3 stanovištích na BFÚ AVČR 19:00 Večeře - 6 -

7 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Středa 3. září :00-10:00 Prezentace firem (Biotech) 10:00-10:15 Přestávka s občerstvením 10:15-11:00 Prezentace firem (Eppendorf) 11:00-12:00 Prezentace firem (Biotech) 12:00-14:00 Oběd a přesun do laboratoří 14:00-18:00 Rozdělení na skupiny, které budou řešit praktické úlohy na 2 stanovištích v UKB MU a 3 stanovištích na BFÚ AVČR 19:00 Večeře Čtvrtek 4. září :00-12:00 Exkurze do významných pracovišť MU 12:00-14:00 Oběd a přesun do Mendelova muzea 14:00-16:00 Prohlídka Mendelova muzea 19:00 21:00 Slavnostní večeře a zakončení workshopu Pátek 5. září :00-11:00 Závěrečná diskuze účastníků s pořadateli a evaluace workshopu - 7 -

8 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Umístění Workshop (ubytování, stravování a dopolední přednášky) probíhá v hotelu Santon, Přístavní 38, Brno Praktická cvičení probíhají na Biofyzikálním ústavu AV ČR, Královopolská 135, Brno a v kampusu Masarykovy univerzity v Brně, Kamenice 5, Brno - 8 -

9 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Přednášky Elektrochemie biopolymerů Doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc. Nukleové kyseliny a proteiny jsou elektroaktivní látky poskytující analyticky využitelné elektrochemické signály na různých typech pracovních elektrod. Tyto signály mají původ v redukci a oxidaci složek biopolymerů (nukleobází, aminokyselin), adsorpčně-desorpčních a v případě bílkovin rovněž elektrokatalytických procesech. Elektrochemické chování nukleových kyselin i bílkovin je závislé na jejich struktuře. Kromě vlastní elektrochemické aktivity biopolymerů se často využívá rovněž jejich značení různými elektroaktivními skupinami, které pomáhají zvýšit citlivost a selektivitu daného měření. V rámci této přednášky budou vysvětleny základní principy, jimiž se řídí chování přírodních a chemicky modifikovaných biopolymerů na elektrodách, a budou uvedeny příklady využití elektrochemických metod ve studiu nukleových kyselin, proteinů a v praktických bioanalytických aplikacích. Literatura: M. Fojta, Detecting DNA damage with electrodes. in: E. Palecek, F. Scheller, and J. Wang, (Eds.), Electrochemistry of nucleic acids and proteins. Towards electrochemical sensors for genomics and proteomics, Elsevier, Amsterdam, 2005, pp Hocek M, Fojta M, Nucleobase modification as redox DNA labelling for electrochemical detection. Chemical Society Reviews 40, Paleček E, Bartošík M, Electrochemistry of nucleic acids. Chem. Rev E. Palecek, Electroactivity of proteins and its possibilities in biomedicine and protemics. in: E. Palecek, F. Scheller, and J. Wang, (Eds.), Electrochemistry of nucleic acids and proteins. Towards electrochemical sensors for genomics and proteomics., Elsevier, Amsterdam, 2005, pp

10 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Spektroskopie DNA prof. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc. Přednáška bude věnována elektronické spektroskopii absorpční a cirkulárně dichroické (CD), jejich principům a využití pro studium DNA. Absorpční spektroskopie slouží k základní charakterizaci nukleových kyselin, tj. ke stanovení koncentrace a čistoty studovaných preparátů a stability jejich uspořádání. CD spektroskopie je užitečným, extrémně citlivým a relativně finančně nenáročným nástrojem pro stanovení globální struktury nukleových kyselin. Může být použita pro nízké i vysoké koncentrace studovaného materiálu, pro krátké i dlouhé molekuly, přičemž studované preparáty mohou být titrovány různými agens vyvolávajícími strukturní izomerizace. Průběh spektrálních změn umožňuje rozlišit konformační změny v rámci jedné struktury a kooperativní přechody mezi diskrétními strukturními stavy. CD lze použít k měření kinetiky vzniku jednotlivých konformérů a stanovení jejich termodynamických parametrů. Umožňuje zmapování strukturních vlastností vybraných nukleotidových sekvenčních motivů, které zahrnují konformační třídu B-, A- a Z- forem, triplexy, cytosinové a guaninové tetraplexy, které jsou v současné době intenzívně studovány, a další méně definované struktury DNA. Jednotlivá uspořádání poskytují charakteristická CD spektra. Díky svým četným přednostem se CD spektroskopie významně podílela na zásadních objevech uspořádání DNA, které budou v přednášce zmíněny

11 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Fluorescenční metody studia biomolekul Ctirad Hofr, Ph.D. Budou shrnuty základy jevu fluorescence, podstata fluorescenčních spekter a možnosti fluorescenčního značení proteinů a nukleových kyselin. Bude představena fluorescence jako nástroj pro analýzu struktury a interakcí biologických molekul. Výklad bude zaměřen na způsoby fluorescenčního značení biomolekul za účelem jejich vizualizace a využití fluorescence pro kvantitativní analýzu proteinů a nukleových kyselin. Navíc bude prezentováno využití fluorescenčních přístupů pro přímé sledování vzájemné vazby DNA a proteinů. Během přednášky budou posluchači seznámeni mimo jiné se souvislostí mezi sklenicí vína a objevem změny energie světla dopadajícího na roztok fluoroforu a světla následně roztokem fluoroforu emitovaného; dozví se, které oblíbené nápoje přirozeně fluoreskují a také bude objasněna záhada neomylné navigace Vikingů za sychravého počasí

12 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Metody studia interakce proteinů s DNA Václav Brázda, Ph.D. Interakce proteinů s DNA hrají klíčovou úlohu v základních biologických procesech a jsou esenciální pro všechny živé organismy. Vazba proteinů s DNA je nutnou podmínkou při expresi genů, transportu a translaci RNA, při organizaci chromatinu, genetické rekombinaci, replikaci, při opravách DNA atd. Proteiny interagují s DNA pomocí elektrostatické interakce, dipolární interakce, hydrofobických interakcí a disperzních sil. Interakci proteinů s DNA můžeme rozdělit podle specifity na sekvenčně specifickou, strukturně specifickou a nespecifickou vazbu. Ke studiu interakcí proteinů s DNA lze využít celou řada experimentálních metodik jako jsou chromatinová immunoprecipitace, elektroforetická retardační analýza, reportérové metody, DNA footprinting, fluorescenční annisotropie, atomová silová mikroskopie aj. Elektroforéza patří k separačním metodám, které pro rozdělení látek ve směsi využívají elektrické pole. V oblasti molekulární biologie se elektroforéza využívá především pro rozdělení elektricky nabitých biomakromolekul nukleových kyselin a proteinů. Elektroforéza nukleových kyselin je umožněna tím, že nukleové kyseliny ve svých molekulách obsahují pravidelně se opakující zbytek kyseliny fosforečné, která je v slabě kyselém, neutrálním a zásaditém protředí plně disociována je nositelkou záporného náboje. Protože počet zbytků kyseliny fosforečné v nukleových kyselinách roste přímo úměrně molekulové hmotnosti (počtu nukleotidů), je hustota náboje konstantní a při použití stejnosměrného elektrického pole dochází ve vhodném nosiči k dělení molekul nukleových kyselin podle jejich velikosti, případně topologického tvaru. Jako nosiče při elektroforetickém dělení nukleových kyselin se používají agarosové nebo polyakrylamidové gely. Polyakrylamidové gely se obecně používají pro kratší fragmenty DNA (velmi efektivně separují fragmenty v rozmezí bp). Nespornou výhodou polyakrylamidových gelů ve srovnání s agarosovými je jejich separační schopnost: dokážou rozdělit fragmenty DNA, které se liší o 0.2 % hmotnosti (tj. fragment dlouhý 500 bp od fragmentu dlouhého 501 bp). Agarosové gely nemají takovou rozlišovací schopnost jako gely polyakrylamidové, zato mají větší rozmezí separace. Při použití stejnosměrného napětí můžeme v agarosových gelech účinně dělit fragmenty DNA v rozmezí 50 bp až bp. Větší molekuly DNA (až několik Mbp) lze

13 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 v agarosovém gelu separovat pomocí pulsní elektroforézy, při které je periodicky měněn směr elektrického pole. Větší molekuly, které při stejnosměrném napětí migrují stejnou rychlostí, jsou pulsní elektroforézou děleny na základě rozdílného času potřebného k reorientaci. Čím větší molekula, tím delší čas vyžaduje k zaujetí orientace potřebné pro putování gelem. V rámci přednášky budou diskutovány různé metody studia interakcí DNA a proteinů s prezentací výsledků získaných na oddělení Biofyzikální chemie a molekulární onkologie Biofyzikálního ústavu Akademie Věd České republiky. Literatura: Coufal, J., Jagelska, E.B., Liao, J.C., and Brazda, V. (2013). Preferential binding of p53 tumor suppressor to p21 promoter sites that contain inverted repeats capable of forming cruciform structure. Biochem Bioph Res Co 441, Brazda, V., Coufal, J., Liao, J.C., and Arrowsmith, C.H. (2012). Preferential binding of IFI16 protein to cruciform structure and superhelical DNA. Biochem Bioph Res Co 422, Brazda, V., Cechova, J., Coufal, J., Rumpel, S., and Jagelska, E.B. (2012). Superhelical DNA as a preferential binding target of gamma protein. J Biomol Struct Dyn 30, Brazda, V., Laister, R.C., Jagelska, E.B., and Arrowsmith, C. (2011). Cruciform structures are a common DNA feature important for regulating biological processes. BMC Mol Biol 12, 33. Brazda, V., Jagelska, E.B., Liao, J.C., and Arrowsmith, C.H. (2009). The Central Region of BRCA1 Binds Preferentially to Supercoiled DNA. J Biomol Struct Dyn 27,

14 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Praktická cvičení Spektroskopie DNA - stanovení struktury a koncentrace Princip metody Ke stanovení struktury DNA v roztoku se s výhodou používá spektroskopická metoda cirkulárního dichroismu (CD). Je velmi citlivá ke vzájemné orientaci bazí ležících nad sebou ve šroubovici nukleových kyselin. Jednotlivé struktury poskytují charakteristická spektra CD. V poslední době jsou studovány kvadruplexy, tedy čtyřřetězcová uspořádání DNA, která mohou vznikat v oblastech bohatých na guanin. Základní jednotku tvoří guaninová tetráda (viz. obr 1). Podle vzájemné orientace řetězců rozdělujeme kvadruplexy na paralelní a antiparalelní. CD spektrum paralelního kvadruplexu je charakterizováno pozitivním pásem při 260 nm, antiparalelního pak pozitivním pásem při 295 nm a negativním pásem při 260 nm (obr. 2). Koncentrace nukleových kyselin se stanovuje na základě absorpce záření v ultrafialové oblasti spektra bázemi; maximum se nachází okolo 260 nm. Pomocí Lambert-Beerova zákona se z naměřené absorbance (A) vypočítá koncentrace (c): A = c..l, kde je absorpční koeficient, charakterizující danou sekvenci bazí, a l je tloušťka absorbující vrstvy. Absorpční spektrofotometrie se dále používá ke sledování termálních denaturací, ze kterých na základě teploty tání lze usuzovat na pevnost vazeb mezi řetězci DNA. Pro guaninové kvadruplexy je typické, že během denaturace dochází k výraznému poklesu absorpce okolo 295 nm, kdežto zvýšení okolo 260 nm odpovídá denaturaci jakékoliv uspořádané struktury

15 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Cíl úlohy Indukce guaninového kvadruplexu přidáním sodných nebo draselných iontů k neuspořádanému jednořetězci a následná termální denaturace kvadruplexů. Pracovní postup: 1. do 1 cm kyvety napipetujeme 1,3 ml 1 mm Na-fosfátového pufru, ph 7 a změříme na dichrografu baselinu kyvety 2. přidáme 10 l zásobního roztoku oligonukleotidu G 3 AG 3 AG 3 AG 3 pro závislost v draselných iontech a G 4 T 4 G 4 pro závislost v sodných iontech (objem je 1,310 ml), změříme orientačně UV absorpční spektrum při pokojové teplotě, aby optimální absorbance v maximu byla cca 0,8 a změříme CD spectrum před denaturací 3. kyvety omotáme kolem špuntů parafilmem, aby se roztok neodpařil, zahřejeme v absorpčním spektrofotometru na 90 C a změříme UV absorpční spektrum. Odečtenou absorbanci při 260 nm denaturovaného vzorku použijeme pro výpočet koncentrace DNA podle vztahu c = A/ l. je molární extinkční koeficient - veličina charakteristická pro danou sekvenci bazí: = M -1 cm -1 pro G 3 AG 3 AG 3 AG 3 a = M -1 cm -1 pro G 4 T 4 G 4 4. změříme CD spektrum vychladlého oligonukleotidu po denaturaci 5. zvýšíme iontovou sílu přidáním soli ze zásobního roztoku: pro draselnou závislost na 10 mm K-fosfátový pufr přidáním 35 l ze zásobního roztoku 0,4 M K-fosf. pufru ph 7 (objem je 1,345 ml, koncentraci vypočítáme podle V 1 c 1 = V 2 c 2 ); pro sodnou závislost na 150 mm NaCl přidáním 45 l ze zásobního roztoku 3M NaCl (objem je 1,345 ml) 6. změříme CD spektrum ve vyšší iontové síle 7. vzorky přepitujeme do zúžených kyvet 1 cm a spustíme teplotní závislost na UV absorpčním spektrofotometru 8. navržení struktury kvadruplexu

16 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Seznam potřebného vybavení a chemikálií: oligonukleotidy křemenné kyvety s 1 cm optickou dráhou pufr 1 mm Na-fosfát, ph 7 roztoky K-fosfátový pufr, ph 7; NaCl pipety a špičky H H N N H N N N N N H... N N... H... O O... N H H N O O... H... N N... H N N... H N N N H N N H Obrázek 1. Schéma guaninové tetrády

17 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 T T T T 20 [M -1 cm -1 ] T T T T wavelength [nm] Obrázek 2. Spektra cirkulárního dichroismu při vzniku guaninového kvadruplexu: paralelního a antiparalelního

18 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Enzymatická syntéza značené DNA, magnetická separace a elektrochemická detekce Přirozená DNA je elektrochemicky aktivní především díky tomu, že některé z nukleobází jsou redukovatelné na rtuťových elektrodách a oxidovatelné na uhlíkových elektrodách. Avšak tzv. label-free detekce DNA má svá omezení, např. při snaze analyzovat malé změny struktury v dlouhé sekvenci DNA, nebo rozlišit dva řetězce DNA mezi sebou (při hybridizaci DNA), apod. Proto je často DNA modifikována různými molekulami, které umožňují zviditelnění hledaného jevu. Detekována pak není vlastní DNA, ale tato molekula-značka, která je volena společně s podmínkami stanovení tak, aby bylo dosaženo co nejvyšší citlivosti a specificity měření. Jednou z možností značení DNA je inkorporace značených nukleotidů pomocí DNA polymeráz. Elektrochemické stanovení DNA značené antrachinonem DNA s inkorporovanými chemicky modifikovanými nukleotidy je možné připravit metodou prodlužování primeru (primer extension, PEX). Při této metodě je pomocí různých DNA polymeráz prodlužován řetězec DNA od 5 konce ke 3 konci. Syntéza probíhá podle templátu komplementárního řetězce DNA. DNA polymerázy dokáží inkorporovat jak přirozené, tak i některé chemicky modifikované nukleotidy. Pro elektrochemické stanovení se nukleotidy modifikují navázáním funkčních skupin, které je možné elektrochemicky snadno redukovat nebo oxidovat, jako jsou například antrachinon, aromatické nitroderiváty, benzofurazan a další. V této práci bude připraven oligonukleotid značený antrachinonem. Oligonukleotid bude připravený metodou PEX s využitím templátu modifikovaného biotinem a výsledný produkt bude separovaný pomocí magnetických mikročástic pokrytých streptavidinem. Připravený oligonukleotid bude elektrochemicky detekován pomocí cyklické voltametrie (CV) na visící rtuťové kapková elektrodě (HMDE). Postup: - připravit 4 vzorky o celkovém objemu 30 μl podle tabulky (A-AQ a C-AQ jsou vzorky značené antrachinonem, neznačený je přirozený oligonukleotid a bez E je kontrola bez enzymu):

19 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 neznačený A-AQ C-AQ bez E voda 10, thermo buffer basII-bio (100 g/ml) Primer (100 g/ml) datp (1 mm) dctp (1 mm) dgtp (1 mm) dttp (1 mm) da AQ TP (1 mm) dc AQ TP (1 mm) 1.4 vent(exo)dna polymeráza vzorky nechat reagovat 40 minut při 60 C a 300 rpm - promýt 15 μl DBStr (Dynabeads M-280 Streptavidin) pomocí magnetického koncentrátoru 3x 100 μl 0,3 M NaCl / 10 mm TRIS, roztok odebrat - k DBStr přidat vzorky - DBStr se vzorky třepat 20 min při 20 C a 1200 rpm, pak pomocí magnetického koncentrátoru vzorky od DBStr odebrat - DBStr promýt 3x 100 μl PBST (fosfátový pufr s 0,05% Tween), pak ještě 3x 100 μl 0,3M NaCl / 10mM TRIS, roztok odebrat - k DBStr dát 30 μl H 2 O (Sigma), třepat při 75 C, 2 min a 900 rpm - roztok od DBStr přenést do čisté eppendorfky, přidat 3 μl 2 M NaCl - změřit Měření: - metoda CV (cyclic voltammetry) (E i = 0 V, E sw = -1,85 V nebo -0,8 V, scan rate 1 V/s) - základní elektrolyt: mf (0,3 M mravenčan amonný, 50 mm fosforečnan sodný) - pracovní elektroda: HMDE

20 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září měření pomocí adsorpční přenosové techniky: Do 5 μl vzorku připraveného pomocí DBStr ponořit HMDE, nechat 1 min adsorbovat, opláchnout v dest. H 2 O, vložit do zákl. elektrolytu, změřit primer 5 3 template DNA polymerase dn AQ TP (+dntp) biotin DB stv washing heat or NaOH measurement

21 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Sledování změn struktury DNA pomocí elektrochemických metod na rtuťových elektrodách - AC voltametrie Princip metody AC voltametrie (ACV) patří mezi voltametrické metody se střídavou složkou potenciálu. U této metody se na elektrodu vkládá lineárně se měnící potenciál. Na tento potenciál je superponováno střídavé napětím sinusového průběhu o malé amplitudě (10 mv) a nízké frekvenci (desítky až stovky Hz). Měří se závislost střídavého proudu procházejícího elektrodou na jejím potenciálu. DNA dává v ACV řadu signálů. Některé z nich jsou citlivé ke změnám struktury DNA. Dvouřetězcová (ds) a jednořetězcová (ss) DNA poskytují pík 1, který je způsoben adsorpcí/desorpcí cukrfosfátové kostry. Ds DNA dále poskytuje pík 2 v důsledku adsorpce/desorpce zdeformovaných ds úseků. Ss DNA poskytuje pík 3, který je způsoben adsorpcí/desorpcí zbytků bází v jednořetězcových úsecích. Kovalentně uzavřená (superhelikální) DNA (scdna) poskytuje pouze pík ssb 0.6 I [ A] sc DNA oc DNA ss DNA E [V] e ACV záznamy scdna, otevřené kružnicové DNA (ocdna) a ssdna na visící rtuťové kapkové elektrodě. Pracovní postup - Připravíme tří vzorky scdna o výsledné koncentraci 30 g/ml

22 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září Vzorek 1 přímo naředíme 0,2M NaCl, ostatní vzorky (2,3) inkubujeme s DNasou I (30min. 37 o C), vzorek 3 po naštěpení tepelně denaturujeme (6 minut na 99 o C) - Do vzorků 2 a 3 pro elektrochemické měření přidáme NaCl tak, aby jeho výsledná koncentrace byla 0,2M. - Měření AC voltametrie do měřící nádobky nalijeme 3 5 ml základního elektrolytu (roztok 0,3 M NaCl a 50 mm Na 2 HPO 4 ). Provedeme voltametrické měření v potenciálovám rozsahu -0,6 až -1,6 V. Jako pracovní elektrodu používáme visící rtuťovou kapkovou elektrodu. Měříme nejdříve základní elektrolyt a potom postupně vzorky DNA. Měření DNA probíhá pomocí adsorptivní přenosové rozpouštěcí voltametrie (AdTSV). Materiál a pomůcky - potenciostat (Autolab) - elektrodový systém (663 VA-stand) - tlaková láhev s argonem - DNasa I - pufr 0,3 M NaCl, 50 mm Na 2 HPO 4 - roztok 0,2 M NaCl - DNA

23 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Fluorescenční značení proteinu Materiál Fluorescenční barvička Mikrozkumavka s magnetickým míchadlem Roztok proteinu ve fosfátovém pufru (TRF2, MW = , extinkční koeficient ε = M-1cm-1, zásobní koncentrace 4 mg/ml) 1M roztok hydrogenuhličitanu sodného (NaHCO3, MW = 84), 1ml Fosfátový pufr (50 mm NaCl, 50 mm fosfát sodný) Kolona s náplní Sephadex G-25 (GE Healthcare) Kyvety Spektrofotometr (Beckmann) Příprava proteinu Pro optimální efektivitu značení by měl být protein ve fosfátovém pufru bez amonných inontů a primárních aminů. V případě, že protein je v jiném pufru (Trisový, glycinový), je možno dialýzou pufr změnit. Výsledná koncentrace roztoku proteinu na značení by neměla být menší než 2 mg/ml. Značení proteinu 1. Do mikrokyvety napipetujte roztok proteinu (roztok nařeďte přidáním fosfátového pufru na výslednou koncentraci 2 mg/ml). 2. Zkumavky s fluorescenční značkou nechte zahřát na laboratorní teplotu. Do této zkumavky přidejte 1M NaHCO 3 a to v množství 1/10 objemu roztoku naředěného proteinu a promíchejte pipetováním nahoru a dolů. Odpipetujte do mikrozkumavky s proteinem a promíchejte pipetováním nahoru a dolů. 3. Vše nechte míchat v mikrozkumavce s magnetickým míchadlem po dobu 30 minut při laboratorní teplotě minut před koncem inkubace připravte kolonu pro separaci proteinu a nenavázané fluorescenční značky

24 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Purifikace proteinu Náplň kolony Sephadex G-25 umožňuje gelovou filtrací oddělit nenavázanou fluorescenční značku od proteinu podle rozdílné velikosti a molekulové hmotnosti. 1. Kolonu umístěte do stojánku, odstraňte víčko a zátku a nechte obsah kolony vykapat. 2. Promyjte kolonu 5 ml fofátového pufru. 3. Opatrně naneste reakční směs proteinu a značky pipetou do středu kolony. Použijte 100 µl fosfátového pufru k vypláchnutí mikrozkumavky s reakční směsí a opět naneste na kolonu. Roztok nechte zaputovat do kolony. ml. 4. Po 1 ml přidávejte fosfátový pufr. Postupně jímejte frakce vytékající z kolony do mikrozkumavek po 1 Po cca 2-3 ml začíná vytékat značený protein. Zachyťte značený protein do jedné frakce. 5. Vzorek (frakci se zachyceným značeným proteinem) proměřte na spektrofotometru. Vzorek po změření nevylijte, přeměřte objem frakce. Zároveň proměřte frakci se samotnou značkou. Na základě absorpčního spektra odečtěte a dopočítejte odpovědi na soutěžní otázky. Nastavení spektrofotometru: Functions Wave scan interval vlnových délek ( nm) vložte kyvetu s blankem Blank vložte kyvetu se vzorkem Sample Options Graph scale upravit rozsah osy y, aby byly píky viditelné Určení koncentrace protein v mg/ ml A protein = A 280 A max *CF CF = A 280 volné značky A max volné značky ; CF je korekční factor udávající příspěvek značky k absorpčnímu spektru

25 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Výpočet stupně značení stupeň značení = A max x MW protein C protein x ε max st. značení = molární množství značky molární množství proteinu = koncentrace značky koncentrace proteinu = A max ε max C protein MW protein kde ε max je molární extinkční koeficient značky v excitačním maximu, C koncentrace proteinu v mg/ml a MW je molekulová hmotnost proteinu Alexa Fluor dye Abso rptio n max. Emissi on max (nm) Emission color Extinction coefficient (cm -1 M -1 )

26 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 (nm) Alexa Fluor Blue 19,000 Alexa Fluor Blue 34,000 Alexa Fluor Green/Yellow 16,000 Alexa Fluor Green 71,000 Alexa Fluor Yellow 81,000 Alexa Fluor Orange 104,000 Alexa Fluor Orange 150,000 Alexa Fluor Orange/Red 91,000 Alexa Fluor Red 73,000 Alexa Fluor Red 138,

27 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Stanovení koncentrace DNA pomocí mikrofluorometru Materiál Mikrofluorometr Qubit (Invitrogen) Quant-iT dsdna BR Assay Kit Standardy dsdna Vzorek DNA o neznámé koncentraci Qubit assay tubes Postup Připravit cca 1 ml Quant it working solution smícháním Quant-iT dsdna BR reagent a Quant-iT dsdna BR buffer v poměru 1:200 Standardy: 190 µl Quant-iT working solution + 10 µl dsdna standardu #1 #2 Vzorek o neznámé koncentraci 2x : 195 µl Quant-iT working solution + 5 µl vzorku Standardy i vzorky krátce promíchat na vortexu (2-3 sec), pozn.: ve vzorku nesmí být bublinky!! Inkubace 5-10 minut při laboratorní teplotě Zapnout Qbit fluorometr, vybrat příslušnou metodu, nová kalibrace (standardy), poté změřit neznámý vzorek (2 x 2 měření) Pozn.: Měření by mělo probíhat za laboratorní teploty (22-28 C). Intenzita fluorescence je závislá na teplotě. Teplota vzorků by proto měla být stejná. Nedržte zkumavku se vzorkem před měřením dlouho v rukou, po každém měření zkumavku ihned vyjměte z přístroje a mezi jednotlivými měřeními ji ponechte inkubovat alespoň 30 sec při laboratorní teplotě. Soutěžní otázka Jaká je koncentrace neznámého vzorku DNA?

28 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Imunolokalizace modifikovaných histonů H3metK4 a H3metK9 Cílem tohoto experimentu je naučit se připravovat preparáty z buněčných jader vhodných pro imunodetekci poznat dobré preparáty interpretovat fluorescenční signály Izolace rostlinných buněčných jader Buněčná jádra určená pro detekci chromatinových proteinů musejí být okamžitě po izolaci fixována ve formaldehydu, čímž se zabrání poškození epitopů nezbytných pro navázání protilátek. Materiál Metoda jaderný izolační pufr (NIB), čerstvě připravený a uchovávaný na ledu (10 mm Tris-HCl ph 9.5, 10 mm EDTA, 100 mm KCl, 0.5 M sacharóza, 4 mm spermidin, 1.0 mm spermin, 0.1% (v/v) 2-merkaptoethanol) 4% paraformaldehyd v PBS (10 mm fosfát sodný ph 7.0, 143 mm NaCl) nylonové filtry (50 a 20µm) žiletka 1 µg/ml DAPI ve Vectashieldu 1. Odebrat g mladých listů do Petriho misky umístěné na ledu. 2. Přidat ~0.5 ml pufru NIB a žiletkou sekat listovou tkáň, dokud nevznikne jemná suspenze (obvykle po 5 10 min). 3. Přepipetovat suspenzi pipetou s uřízlou špičkou do zkumavky. 4. Přidat stejný objem 4% paraformaldehydu a fixovat 20 min na ledu. 5. Přefiltrovat suspenzi přes 50 µm nylonový filtr do nové zkumavky. 6. Přefiltrovat suspenzi přes 20 µm nylonový filtr do nové zkumavky. 7. Centrifugovat 3 min, 2500 rpm, 4 C. 8. Odstranit supernatant a rozpustit pelet s jádry v ~40 µl pufru NIB. 9. Připipetovat 2 µl jaderné suspenze k 5 µl DAPI ve Vectashieldu a zkontrolovat kvalitu a hustohu jader pomocí fluorescenčního mikroskopu. 10. Zbylou suspenzi uchovávat na ledu. 11. Napipetovat 2 µl suspenze jader na podložní sklo a nechat zaschnout při 4 C (obvykle 1h)

29 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Imunodetekce Materiál pufr PBS (10 mm fosfát sodný ph 7.0, 143 mm NaCl) protilátka proti H3metK4 (rabbit anti-trimethylated histone H3 at lysine 4) protilátka proti H3metK9 (mouse anti-trimethylated histone H3 at lysine 9) 1% hovězí sérový albumin (BSA) pufr 4T (4 SSC ph 7.0, 0.05% (v/v) Tween-20) pufr TNT (100 mm Tris-HCl ph 7.5, 150 mm NaCl, with 0.05% (v/v) Tween-20) pufr TNB (100 mm Tris-HCl ph 7.5, 150 mm NaCl, 0.5% Boehringer blokovací činidlo) sekundární protilátky (Alexa 488-conjugated goat-anti-mouse, Alexa 594- conjugated donkey-anti-rabbit) 1 µg/ml DAPI ve Vectashieldu Metoda 1. Postfixovat preparáty ve 4% formaldehydu v PBS, 30 min při pokojové teplotě. 2. Inkubovat preparáty 30min v 1% BSA v PBS (100 µl na podložní sklo, přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 24x50 mm) ve vlhké komůrce při 37 C. 3. Opláchnout preparáty v PBS 1x5 min. 4. Detekce H3metK4: Připipetovat 1 µl protilátka proti H3metK4 do 100 µl 1% BSA. Inkubovat preparáty 2h ve vlhké komůrce při 37 C. 5. Detekce H3metK9: Připipetovat 1 µl protilátka proti H3metK9 do 50 µl 1% BSA. Inkubovat preparáty přes noc ve vlhké komůrce při pokojové teplotě. 6. Opláchnout preparáty v PBS 3x10 min. 7. Opláchnout preparáty v TNT 1x5 min. 8. Připipetovat 5 µl od každé sekundární protilátky do 1000 µl TNB. 9. Inkubovat 30 min při 37 C 10. Opláchnout preparáty v TNT 3x5 min. 11. Napipetovat na podložní skla 15 µl 1 µg/ml DAPI a přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 24x24 mm. Nenechat preparáty vyschnout!

30 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Imunodetekce 5-metylcytozinu Cílem tohoto experimentu je naučit se poznat dobré preparáty porozumět výhodám a limitům této metody interpretovat fluorescenční signály Materiál Imunolokalizace metylovaného cytozinu zahrnuje denaturaci templátu, která zvyšuje přístupnost modifikovaných bazí k protitátkám. Předmětem detekce je v tomto případě báze DNA, a proto je možné použít běžné preparáty připravené z rostlinné tkáně fixované v ethanolu/kyselině octové (3:1). běžné chromozomové preparáty připravené z rostlinné tkáně fixované v ethanolu/kyselině octové (3:1, Carnoy fixáž) nebo preparáty buněčných jader fixované v (para)formaldehydu 1% formaldehyd v PBS pufr HB50 (2xSSC, 50% formamid, 50 mm fosfát sodný ph 7.0) pufr PBS 1% BSA v PBS pufr TNT pufr TNB protilátka proti metylcytozinu (mouse-antibody against 5- methylcytosine) sekundární protilátka (rabbit-anti-mouse conjugated with Alexa 488) 1 µg/ml DAPI ve Vectashieldu Ethanol (70%, 90% a 100%) Metoda 1. Opláchnout preparáty v PBS 2 x 5 min. 2. Fixovat preparáty v 1% formaldehydu 10 min. 3. Opláchnout preparáty v PBS 2 x 5 min 4. Dehydratovat v 70, 90, 100% ethanolu (každý krok 1-2 min), nechat uschnout. 5. Na podložní sklo napipetovat 20 µl HB50, přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 22x22 mm a denaturovat 2 min při 80 C. 6. Opláchnout preparáty ve 2xSSC 2x5 min a šetrně odstranit krycí sklíčko

31 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září Inkubovat preparáty 30 min v 1% BSA v PBS (100 µl na podložní sklo, přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 24x50 mm) ve vlhké komůrce při 37 C. 8. Opláchnout preparáty v PBS 3x5 min. 9. Opláchnout preparáty v TNT 1x5 min. 10. Připipetovat 1 µl protilátky proti metylcytozinu do 40 µl TNB. Pufr s protilátkou napipetovat na podložní sklo a přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 22x32 mm. Inkubovat preparáty 30 min ve vlhké komůrce při 37 C. 11. Opláchnout preparáty v TNT 3x5 min. 12. Připipetevat 1 µl sekundární protilátky do 500 µl TNB. Pufr s protilátkou napipetovat na podložní sklo a přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 22x32 mm. Inkubovat preparáty 30 min ve vlhké komůrce při 37 C. 13. Opláchnout preparáty v TNT 3x5 min. 14. Napipetovat na podložní skla 15 µl 1 µg/ml DAPI a přikrýt krycím sklíčkem o velikosti 24x24 mm. Nenechat preparáty vyschnout!

32 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Praktické úlohy firmy Biotech Real-time PCR (qpcr) na přístroji TOptical Thermocycler od firmy Biometra - Nechte všechny reagencie řádně rozmrznout - Před samotným použitím každou reagencie opatrně promíchejte 2-3x pomocí pipety - Mastermix připravte do připravené mikrozkumavky (200 µl) - Při přípravě reakce postupujte podle následujícího rozpisu: Reagencie Objem pro 1 reakci Objem pro 8 reakcí Mastermix 10 µl 80 µl Primer F (10µM) 0,8 µl 6,4 µl Primer R (10µM) 0,8 µl 6,4 µl DNA 2 µl(až do každého vzorku zvlášť) 2 µl(až do každého vzorku zvlášť) Voda 6,4 µl 51,2 µl - Připravte si strip ve kterém bude probíhat reakce - Do 7 jamek napipetujte 18 µl směsi, kterou jste si připravili - Do jamek 1 a 2 napipetujte 2 µl plazmidu naředěného 10x - Do jamek 3 a 4 napipetujte 2 µl plazmidu naředěného 100x - Do jamek 5 a 6 napipetujte 2 µl plazmidu naředěného 1 000x - Do jamky 7 napipetujte 2 µl vody (negativní kontrola bez templátu) - Strip uzavřete a stočte na centrifuze po dobu 10s. Poté strip vložte do cycleru a na stavte na přístroji následující program:

33 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září Cykly Teplota Čas Poznámky 1 95 C 2 min Aktivace polymerázy 2 min pro cdna a 3 min pro gdna 95 C 5 s Denaturace C 30 s Anealing/extension - nepřekročte 30 s a nepoužívejte teploty pod 60 C Analýza tání Podle technické specifikace přístroje C s krokem 1 C Vzorek Plazmid 10x vzorek 1 Plazmid 10x vzorek 2 Plazmid 100x vzorek 1 Plazmid 100x vzorek 2 Plazmid 1 000x vzorek 1 Plazmid 1 000x vzorek 2 Hodnota změřené Cq Efektivita PCR reakce Slope reakce

34 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Izolace plazmidové DNA kitem NucleoBond Xtra Midi Plus od firmy Macherey Nagel - V předstihu jsme provedli tyto přípravné kroky: o Bakteriální kultura byla zaočkována do média rostla přes noc o Bakteriální kultura byla stočena na centrifuze za těchto podmínek: 6000 x g 10 min při 4 C. Ze vzorku bylo vylito veškeré růstové medium (supernatant) a zbyla jen peleta (usazené buňky) - Rozpusťte lyofilizovanou RNázuA v 1 ml RES pufru. Zcela rozpuštěnou RNázu A nalijte zpět do RES pufru a pufr dobře promíchejte zatřepáním - Peletu kompletně resuspendujte v 8ml RES pufru - Ke vzniklé suspenzi přidejte 8ml LYS pufru. Po přidání LYS pufru směs 5x promíchejte otočením nevortexujte - Směs inkubujte 5min při pokojové teplotě - Připravte si kolonku pro izolaci do stojánku a naneste na ni celkem 12 ml EQU pufru, který pipetujte pouze na horní okraj kolonky - Po 5 minutách inkubace přidejte k bakteriální směsi 8ml pufru NEU a suspenzi promíchejte otáčením (10-15x). Po promíchání ihned pokračuji následujícím krokem - Falkonu se suspenzí 3x otočte, aby byl roztok důkladně homogenizován. Směs naneste na filtr - Na filtr naneste 5ml EQU pufru a po promytí filtr odstraňte - Kolonku bez filtru promyjte 8ml WASH pufru - Eluce plasmidové DNA proveďte pomocí 5ml pufru ELU. Eluát zachycujte do falkony - Přidejte 3,5ml isopropanolu o pokojové teplotě. Směs zvortexuju (10-15s na max. rychlost.)a poté nechte směs 2 min odstát a poté směs přečistěte přes filtr - Propláchněte filtr 2ml 70% etanolu, vysušte a poté vymyjte DNA 500 µl TRIS pufru

35 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září Změřte koncentraci a čistotu získané DNA na nanofotometru a data zapište do tabulky Koncentrace DNA A 260/280 A 260/230 Vzorek

36 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září

37 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 Prezentace firem

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální

Více

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 Obsah soupravy a její skladování Tato souprava pro reverzní transkripci obsahuje reagencie potřebné k provedení reverzní transkripce (RT)

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální

Více

Praktický kurz. Moderní biofyzikální přístupy v experimentální biologii

Praktický kurz. Moderní biofyzikální přístupy v experimentální biologii Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Praktický kurz Moderní biofyzikální přístupy v experimentální biologii Místo konání: Brno,

Více

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C Popis stripů: Pracovní postup Izolace DNA Doporučujeme použít následující kit pro izolaci DNA z plné krve nebo jiných typů vzorků: Spin Micro DNA Extraction

Více

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 8.11.2007 7 1 UV spektroskopie DNA a proteinů Všechny atomy absorbují v UV oblasti

Více

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho

Více

KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL

KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL NÁVODY KE CVIČENÍM VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. 4. 3. 8. 3. 2013 OPVK Praktický kurz, 2013 KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ

Více

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)

Více

ZÁKLADNÍ KURZ ANALÝZY STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMAKROMOLEKUL

ZÁKLADNÍ KURZ ANALÝZY STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMAKROMOLEKUL ZÁKLADNÍ KURZ ANALÝZY STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMAKROMOLEKUL NÁVODY KE CVIČENÍM EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. I. TURNUS: 23. 4. 27. 4. 2012 / II. TURNUS: 14. 5. 18. 5. 2012 ZÁKLADNÍ

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

Molekulová spektroskopie 1. Chemická vazba, UV/VIS

Molekulová spektroskopie 1. Chemická vazba, UV/VIS Molekulová spektroskopie 1 Chemická vazba, UV/VIS 1 Chemická vazba Silová interakce mezi dvěma atomy. Chemické vazby jsou soudržné síly působící mezi jednotlivými atomy nebo ionty v molekulách. Chemická

Více

PROTOKOL WESTERN BLOT

PROTOKOL WESTERN BLOT WESTERN BLOT 1. PŘÍPRAVA ELEKTROFORETICKÉ APARATURY Saponátem a vodou se důkladně umyjí skla, plastové vložky a hřebínek, poté se důkladně opláchnou deionizovanou/destilovanou vodou a etanolem a nechají

Více

Jednotné pracovní postupy zkoušení krmiv STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS

Jednotné pracovní postupy zkoušení krmiv STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS Národní referenční laboratoř Strana 1 STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS 1 Rozsah a účel Postup je určen pro stanovení obsahu melaminu a kyseliny kyanurové v krmivech. 2 Princip

Více

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po

Více

Fluorescenční mikroskopie

Fluorescenční mikroskopie Fluorescenční mikroskopie Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1 VYUŽITÍ FLUORESCENCE, PŘÍMÁ FLUORESCENCE, PŘÍMÁ A NEPŘÍMA IMUNOFLUORESCENCE, BIOTIN-AVIDINOVÁ METODA IMUNOFLUORESCENCE

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

Písemná zpráva zadavatele

Písemná zpráva zadavatele Písemná zpráva zadavatele veřejné zakázky zadávané dle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném ke dni zahájení zadávacího řízení (dále jen ZVZ ). Veřejná zakázka Název: Ostatní

Více

PŘÍBALOVÁ INFORMACE. www.geneproof.com. GeneProof PathogenFree DNA Isolation Kit IDNA050 IDNA250. In vitro diagnostický zdravotnický prostředek

PŘÍBALOVÁ INFORMACE. www.geneproof.com. GeneProof PathogenFree DNA Isolation Kit IDNA050 IDNA250. In vitro diagnostický zdravotnický prostředek PŘÍBALOVÁ INFORMACE GeneProof PathogenFree DNA Isolation Kit IDNA050 IDNA250 In vitro diagnostický zdravotnický prostředek Souprava je vyrobena v souladu s evropskou Směrnicí Rady 98/79/ES jako in vitro

Více

POKROČILÝ KURZ MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA NÁVODY KE CVIČENÍM

POKROČILÝ KURZ MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA NÁVODY KE CVIČENÍM POKROČILÝ KURZ MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY NÁVODY KE CVIČENÍM BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. I. TURNUS: 22. 10. 26. 10. 2012 / II. TURNUS: 29.

Více

Derivační spektrofotometrie a rozklad absorpčního spektra

Derivační spektrofotometrie a rozklad absorpčního spektra Derivační spektrofotometrie a rozklad absorpčního spektra Teorie: Derivační spektrofotometrie, využívající derivace absorpční křivky, je obecně používanou metodou pro zvýraznění detailů průběhu záznamu,

Více

Měření koncentrace roztoku absorpčním spektrofotometrem

Měření koncentrace roztoku absorpčním spektrofotometrem Měření koncentrace roztoku absorpčním spektrofotometrem Teoretický úvod Absorpční spektrofotometrie je metoda stanovení koncentrace disperzního podílu analytické disperze, založená na měření absorpce světla.

Více

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 Verze: 1.4 Datum poslední revize: 25. 3. 2015 nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 (Corbett Research) generi biotech OBSAH: 1. Nastavení teplotního profilu a spuštění cykleru... 3 2. Zadání

Více

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu)

Více

ORGANICKÁ CHEMIE Laboratorní práce č. 9

ORGANICKÁ CHEMIE Laboratorní práce č. 9 Téma: Bílkoviny, enzymy ORGANICKÁ CHEMIE Laboratorní práce č. 9 Úkol 1: Dokažte, že mléko obsahuje bílkovinu kasein. Kasein je hlavní bílkovinou obsaženou v savčím mléce. Výroba řady mléčných výrobků je

Více

FLUORIMETRICKÉ STANOVENÍ FLUORESCEINU

FLUORIMETRICKÉ STANOVENÍ FLUORESCEINU FLUORIMETRICKÉ STANOVENÍ FLUORESCEINU návod vznikl jako součást bakalářské práce Martiny Vidrmanové Fluorimetrie s využitím spektrofotometru SpectroVis Plus firmy Vernier (http://is.muni.cz/th/268973/prif_b/bakalarska_prace.pdf)

Více

Spektroskopie v UV-VIS oblasti. UV-VIS spektroskopie. Roztok KMnO 4. pracuje nejčastěji v oblasti 200-800 nm

Spektroskopie v UV-VIS oblasti. UV-VIS spektroskopie. Roztok KMnO 4. pracuje nejčastěji v oblasti 200-800 nm Spektroskopie v UV-VIS oblasti UV-VIS spektroskopie pracuje nejčastěji v oblasti 2-8 nm lze měřit i < 2 nm či > 8 nm UV VIS IR Ultra Violet VISible Infra Red Roztok KMnO 4 roztok KMnO 4 je červenofialový

Více

analýza dat a interpretace výsledků

analýza dat a interpretace výsledků Genetická transformace bakterií III analýza dat a interpretace výsledků Předmět: Biologie ŠVP: Prokaryotní organismy, genetika Doporučený věk žáků: 16-18 let Doba trvání: 45 minut Specifické cíle: analyzovat

Více

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE

Více

COMET ASSAY (SINGLE CELL GEL ELECTROPHORESIS)

COMET ASSAY (SINGLE CELL GEL ELECTROPHORESIS) COMET ASSAY (SINGLE CELL GEL ELECTROPHORESIS) OBSAH 1. Princip metody 2. Přístroje a zařízení 3. Příprava vzorků 3.1 Kultivace a sklízení buněk A549 3.2 Výpočet koncentrace buněk 3.3 Hodnocení viability

Více

LIDSKÁ CYTOGENETIKA Laboratorní diagnostika

LIDSKÁ CYTOGENETIKA Laboratorní diagnostika Pod Cihelnou 6 161 00 Praha 6 tel: 233 313 578, fax: 233 313 582 email: asco@ascomed.cz www.ascomed.cz 1. Kultivace lymfocytů LIDSKÁ CYTOGENETIKA Laboratorní diagnostika 1.1 Úvod Karyotypizace lidských

Více

Úloha č. 9 Stanovení hydroxidu a uhličitanu vedle sebe dle Winklera

Úloha č. 9 Stanovení hydroxidu a uhličitanu vedle sebe dle Winklera Úloha č. 9 Stanovení hydroxidu a uhličitanu vedle sebe dle Winklera Princip Jde o klasickou metodu kvantitativní chemické analýzy. Uhličitan vedle hydroxidu se stanoví ve dvou alikvotních podílech zásobního

Více

Sbohem, paní Bradfordová

Sbohem, paní Bradfordová Sbohem, paní Bradfordová aneb IČ spektroskopie ve službách kvantifikace proteinů Mgr. Stanislav Kukla Merck spol. s r. o. Agenda 1 Zhodnocení současných možností kvantifikace proteinů Bradfordové metoda

Více

Koloidní zlato. Tradiční rekvizita alchymistů v minulosti sofistikovaný (nano)nástroj budoucnosti?

Koloidní zlato. Tradiční rekvizita alchymistů v minulosti sofistikovaný (nano)nástroj budoucnosti? Koloidní zlato Tradiční rekvizita alchymistů v minulosti sofistikovaný (nano)nástroj budoucnosti? Dominika Jurdová Gymnázium Velké Meziříčí, D.Jurdova@seznam.cz Tereza Bautkinová Gymnázium Botičská, tereza.bautkinova@gybot.cz

Více

IZOLACE DNA POMOCÍ MAGNETIZOVATELNÝCH ČÁSTIC A JEJICH VYUŽITÍ V DIAGNOSTICE NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ

IZOLACE DNA POMOCÍ MAGNETIZOVATELNÝCH ČÁSTIC A JEJICH VYUŽITÍ V DIAGNOSTICE NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ IZOLACE DNA POMOCÍ MAGNETIZOVATELNÝCH ČÁSTIC A JEJICH VYUŽITÍ V DIAGNOSTICE NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ Marcela Vlčnovská 1, Kristýna Šmerková 1, Simona Dostálová 2, Jiří Sochor 1, René Kizek 1* 1 Ústav chemie

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

Uhlíkové struktury vázající ionty těžkých kovů

Uhlíkové struktury vázající ionty těžkých kovů Uhlíkové struktury vázající ionty těžkých kovů 7. června/june 2013 9:30 h 17:30 h Laboratoř metalomiky a nanotechnologií, Mendelova univerzita v Brně a Středoevropský technologický institut Budova D, Zemědělská

Více

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332 Animovaná chemie Top-Hit Analytická chemie Analýza anorganických látek Důkaz aniontů Důkaz kationtů Důkaz kyslíku Důkaz vody Gravimetrická analýza Hmotnostní spektroskopie Chemická analýza Nukleární magnetická

Více

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Charakteristika testu: Set AMPLICOR HPV vyráběný firmou Roche je určený pro detekci vysoko-rizikových typů lidských

Více

Písemná zpráva zadavatele

Písemná zpráva zadavatele Písemná zpráva zadavatele o veřejné zakázce zadávané dle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném ke dni zahájení zadávacího řízení (dále jen ZVZ ). Veřejná zakázka Název: Spektrofotometry

Více

MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY:

MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY: - 1 - MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY: POKROČILÉ PRAKTICKÉ VZDĚLÁVÁNÍ V EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGII Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost Číslo projektu: CZ.1.07/2.3.00/09.0046 Praktický kurz základních

Více

Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách

Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách 1 Účel Řasové testy toxicity slouží k testování možných toxických účinků látek a vzorků na vodní producenty. Zelené řasy patří do skupiny necévnatých

Více

Úloha č. 1 Odměřování objemů, ředění roztoků Strana 1. Úkol 1. Ředění roztoků. Teoretický úvod - viz návod

Úloha č. 1 Odměřování objemů, ředění roztoků Strana 1. Úkol 1. Ředění roztoků. Teoretický úvod - viz návod Úloha č. 1 Odměřování objemů, ředění roztoků Strana 1 Teoretický úvod Uveďte vzorec pro: výpočet směrodatné odchylky výpočet relativní chyby měření [%] Použitý materiál, pomůcky a přístroje Úkol 1. Ředění

Více

Fluorescenční mikroskopie

Fluorescenční mikroskopie Fluorescenční mikroskopie Mgr. Jan Černý PhD. Oddělení vývojové biologie, Katedra fyziologie živočichů, Přírodovědecká fakulta UK v Praze janmartincerny@seznam.cz Klasická světelná mikroskopie sloužila

Více

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika projekt GML Brno Docens DUM č. 3 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 02.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: chromatin - stavba, organizace a struktura

Více

IVD Bacterial Test Standard

IVD Bacterial Test Standard Návod k použití IVD Bacterial Test Standard Standard pro kalibraci hmotnostního spektrometru s typickým profilem peptidů a proteinů Escherichia coli DH5 alfa a dalšími proteiny. Pro použití při hmotnostní

Více

2.12 Vyvíjení CO 2 bublinky kolem nás. Projekt Trojlístek

2.12 Vyvíjení CO 2 bublinky kolem nás. Projekt Trojlístek 2. Vlastnosti látek a chemické reakce 2.12 Vyvíjení CO 2 bublinky kolem nás. Projekt úroveň 1 2 3 1. Předmět výuky Metodika je určena pro vzdělávací obsah vzdělávacího předmětu Chemie. Chemie 2. Cílová

Více

Využití UV/VIS a IR spektrometrie v analýze potravin

Využití UV/VIS a IR spektrometrie v analýze potravin Využití UV/VIS a IR spektrometrie v analýze potravin Chemické laboratorní metody v analýze potravin MVDr. Zuzana Procházková, Ph.D. MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Spektrometrie: základy Interakce záření

Více

Základy NIR spektrometrie a její praktické využití

Základy NIR spektrometrie a její praktické využití Nicolet CZ s.r.o. The world leader in serving science Základy NIR spektrometrie a její praktické využití NIR praktická metoda molekulové spektroskopie, nahrazující pracnější, časově náročnější a dražší

Více

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom (RBL) zhoubný nádor oka, pocházející z primitivních

Více

nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System

nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System Verze: 1.0 Datum poslední revize: 2.1.2014 nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System (BioRad) generi biotech OBSAH: 1. Spuštění již existujícího či nastavení

Více

cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF

cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test PRO ÚČELY DIAGNOSTIKY IN VITRO. cobas DNA Sample Preparation Kit DNA SP 24 Tests P/N: 05985536190 cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF 24 Tests P/N: 05985595190 POZNÁMKA:

Více

chemie Stanovení isosbestického bodu bromkresolové zeleně (BKZ) Cíle Podrobnější rozbor cílů Zařazení do výuky Časová náročnost Návaznost experimentů

chemie Stanovení isosbestického bodu bromkresolové zeleně (BKZ) Cíle Podrobnější rozbor cílů Zařazení do výuky Časová náročnost Návaznost experimentů Stanovení isosbestického bodu bromkresolové zeleně (BKZ) pracovní návod s metodickým komentářem pro učitele připravil M. Škavrada chemie 20 úloha číslo Cíle Cílem této laboratorní úlohy je stanovení isosbestického

Více

PCR Spotřební materiál. Markéta Jeřábková 16.06.2010

PCR Spotřební materiál. Markéta Jeřábková 16.06.2010 PCR Spotřební materiál Markéta Jeřábková 16.06.2010 Obsah 1. twin.tec PCR Plates 2. PCR Tubes, PCR Tube Strips a Cap Strips 3. Films a Foils 4. twin.tec real-time PCR Plates Masterclear Cap Strips a real-time

Více

Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie

Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie Beránek M., Drastíková M. Ústav klinické biochemie a diagnostiky, Lékařská fakulta UK a Fakultní nemocnice Hradec Králové beranek@lfhk.cuni.cz

Více

Základy laboratorní techniky

Základy laboratorní techniky Předmět: Biologie ŠVP: prokaryotní organismy, genetika Doporučený věk žáků: 16 18 let Doba trvání: 2 x 45 min. Specifické cíle: naučit studenty pracovat s laboratorními pomůckami a přístroji Seznam pomůcek:

Více

Tabulace učebního plánu. Obecná chemie. Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Ročník: 1.ročník a kvinta

Tabulace učebního plánu. Obecná chemie. Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Ročník: 1.ročník a kvinta Tabulace učebního plánu Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : CHEMIE Ročník: 1.ročník a kvinta Obecná Bezpečnost práce Názvosloví anorganických sloučenin Zná pravidla bezpečnosti práce a dodržuje je.

Více

PRŮTOKOVÁ CYTOMETRIE - PERSPEKTIVNÍ ALTERNATIVA V ANALÝZE MIKROBIOLOGICKÝCH UKAZATELŮ KVALITY VOD

PRŮTOKOVÁ CYTOMETRIE - PERSPEKTIVNÍ ALTERNATIVA V ANALÝZE MIKROBIOLOGICKÝCH UKAZATELŮ KVALITY VOD PRŮTOKOVÁ CYTOMETRIE - PERSPEKTIVNÍ ALTERNATIVA V ANALÝZE MIKROBIOLOGICKÝCH UKAZATELŮ KVALITY VOD 1* P. Mikula, 1 B. Maršálek 1 Botanický ústav Akademie věd ČR, Oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie,

Více

Enzymy v molekulární biologii, RFLP. Molekulární biologie v hygieně potravin 3, 2014/15, Ivo Papoušek

Enzymy v molekulární biologii, RFLP. Molekulární biologie v hygieně potravin 3, 2014/15, Ivo Papoušek Enzymy v molekulární biologii, RFLP Molekulární biologie v hygieně potravin 3, 2014/15, Ivo Papoušek Enzymy v molekulární biologii umožňují nám provádět celou řadu přesně cílených manipulací Výhody enzymů:

Více

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha interakce antigenu s protilátkou probíhá pouze v místech epitopů Jeden antigen může na svém povrchu nést

Více

Zkumavky Leucosep LTK.615 PŘÍBALOVÁ INFORMACE. Pro diagnostické použití in vitro PI-LT.615-CZ-V3

Zkumavky Leucosep LTK.615 PŘÍBALOVÁ INFORMACE. Pro diagnostické použití in vitro PI-LT.615-CZ-V3 Zkumavky Leucosep LTK.615 PŘÍBALOVÁ INFORMACE Pro diagnostické použití in vitro PI-LT.615-CZ-V3 Informace pro použití Použití Zkumavky Leucosep jsou určeny k odběru a separaci periferních mononukleárních

Více

Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC

Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC 1 Výrobce Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC Tento návod k použití si důkladně přečtěte před použitím tohoto produktu. Uschovejte si tento návod k použití,

Více

Zdroje optického záření

Zdroje optického záření Metody optické spektroskopie v biofyzice Zdroje optického záření / 1 Zdroje optického záření tepelné výbojky polovodičové lasery synchrotronové záření Obvykle se charakterizují zářivostí (zářivý výkon

Více

Vyjadřuje poměr hmotnosti rozpuštěné látky k hmotnosti celého roztoku.

Vyjadřuje poměr hmotnosti rozpuštěné látky k hmotnosti celého roztoku. Koncentrace roztoků Hmotnostní zlomek w Vyjadřuje poměr hmotnosti rozpuštěné látky k hmotnosti celého roztoku. w= m A m s m s...hmotnost celého roztoku, m A... hmotnost rozpuštěné látky Hmotnost roztoku

Více

Médium MarrowGrow. Informace o produktu. Médium MarrowGrow MGM-100 100 ml. Při práci dodržujte zásady práce s biohazardním materiálem

Médium MarrowGrow. Informace o produktu. Médium MarrowGrow MGM-100 100 ml. Při práci dodržujte zásady práce s biohazardním materiálem Médium MarrowGrow Informace o produktu Médium MarrowGrow MGM-100 100 ml UPOZORNĚNÍ: Při práci dodržujte zásady práce s biohazardním materiálem CytoGen GmbH, produktová informace verze 1.2 www.cytogen.info

Více

Výukové texty pro předmět Měřící technika (KKS/MT) na téma Podklady k principu měření hodnoty ph a vodivosti kapalin

Výukové texty pro předmět Měřící technika (KKS/MT) na téma Podklady k principu měření hodnoty ph a vodivosti kapalin Výukové texty pro předmět Měřící technika (KKS/MT) na téma Podklady k principu měření hodnoty ph a vodivosti kapalin Autor: Doc. Ing. Josef Formánek, Ph.D. Podklady k principu měření hodnoty ph a vodivosti

Více

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR VI. Aplikace qrt-pcr 1. Detekce DNA - Diagnóza infekčních onemocnění (přítomnost patogenů v krvi, séru, plazmě ) - Sledování minimální reziduální nemoci - Detekce patogenů

Více

Havarijní plán pro práci s geneticky modifikovanými mikroorganismy Mikrobiologický ústav AV ČR

Havarijní plán pro práci s geneticky modifikovanými mikroorganismy Mikrobiologický ústav AV ČR Mikrobiologický ústav AV ČR Příloha 6 Havarijní plán 1/5 Havarijní plán pro práci s geneticky modifikovanými mikroorganismy Mikrobiologický ústav AV ČR a) Adresa pracoviště Mikrobiologický ústav AV ČR

Více

Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně

Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Optimalizovaná metodika PAGE pro analýzu esteráz v hlízách brambor (Solanum tuberosum L.) Vypracovaná jako výstup projektu 1B 44011 VÝVOJ A TESTOVÁNÍ SYSTÉMU

Více

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_413 Jméno autora: Mgr. Alena Krejčíková Třída/ročník:

Více

Biogenníaminy. pro HPLC. Dny kontroly kvality a speciálních metod HPLC Bio-Rad Lednice 8.-9. Listopadu, 2012

Biogenníaminy. pro HPLC. Dny kontroly kvality a speciálních metod HPLC Bio-Rad Lednice 8.-9. Listopadu, 2012 Bio-Rad Laboratories Munich Manufacturing Biogenníaminy pro HPLC Dny kontroly kvality a speciálních metod HPLC Bio-Rad Lednice 8.-9. Listopadu, 2012 Bio-Rad Laboratories München, Germany Biogenníaminy

Více

Nukleární Overhauserův efekt (NOE)

Nukleární Overhauserův efekt (NOE) Nukleární Overhauserův efekt (NOE) NOE je důsledek dipolární interakce mezi dvěma jádry. Vzniká přímou interakcí volně přes prostor, tudíž není ovlivněn chemickými vazbami jako nepřímá spin-spinová interakce.

Více

Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR

Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR Aleš Vráblík, Jan Hodek, Jaroslava Ovesná Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR METODIKA PRO PRAXI Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. 2012 Metodika byla vypracována pracovníky

Více

Popis N-Histofine Simple Stain MAX PO (MULTI) (Univerzální imuno-peroxidázový polymer, anti-myší a antikráličí):

Popis N-Histofine Simple Stain MAX PO (MULTI) (Univerzální imuno-peroxidázový polymer, anti-myší a antikráličí): N-Histofine Simple Stain MAX PO (MULTI) Univerzální imuno-peroxidázový polymer, anti-myší a anti-králičí N-Histofine imunohistochemické barvicí reagens Skladovat při 2-8 C 1. ÚVOD Firma Nichirei vyvinula

Více

Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách

Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách Kamila Zdeňková Transgenní rostliny, tj. takové rostliny, do jejichž dědičného základu byly metodami genového inženýrství

Více

Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová. KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI

Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová. KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. 2009 Metodika byla vypracována pracovníky

Více

Fluorescenční vyšetření rostlinných surovin. 10. cvičení

Fluorescenční vyšetření rostlinných surovin. 10. cvičení Fluorescenční vyšetření rostlinných surovin 10. cvičení Cíl cvičení práce s fluorescenčním mikroskopem detekce vybraných rostlinných surovin Princip nepřímé dvojstupňové IHC s použitím fluorochromu Fluorescenční

Více

Chemie paliva a maziva cvičení, pracovní sešit, (II. část).

Chemie paliva a maziva cvičení, pracovní sešit, (II. část). Chemie paliva a maziva cvičení, pracovní sešit, (II. část). Ing. Eliška Glovinová Ph.D. Tato publikace je spolufinancována z Evropského sociálního fondu a státního rozpočtu České republiky. Byla vydána

Více

Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují

Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují s finanční podporou v Operačním programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost Královéhradeckého kraje Modul 02 Přírodovědné předměty Hana Gajdušková 1 Viry

Více

Návod k použití souprav. Wipe test. Kontaminační kontrola. Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody

Návod k použití souprav. Wipe test. Kontaminační kontrola. Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody Návod k použití souprav Wipe test Kontaminační kontrola Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody REF 7091 40 reakcí 1. Popis výrobku V posledních letech se

Více

Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii

Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Výuková prezentace z: Lékařské mikrobiologie Jan Smíšek ÚLM 3. LF UK 2009 Princip identifikace Soubor znaků s rozdílnou diskriminační hodnotou Základní problémy

Více

Solární dům. Vybrané experimenty

Solární dům. Vybrané experimenty Solární dům Vybrané experimenty 1. Závislost U a I na úhlu osvitu stolní lampa, multimetr a) Zapojíme články sériově. b) Na výstup připojíme multimetr. c) Lampou budeme články nasvěcovat pod proměnlivým

Více

Komplexy rhenistanového anionu s porfyriny

Komplexy rhenistanového anionu s porfyriny Komplexy rhenistanového anionu s porfyriny Vladimír Král, Petr Vaňura, Jitka Koukolová Ústav analytické chemie, Vysoká škola chemickotechnologická v Praze, Praha V nukleární medicíně se radionuklidy používají

Více

V organismu se bílkoviny nedají nahradit žádnými jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.

V organismu se bílkoviny nedají nahradit žádnými jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy. BÍLKOVINY Bílkoviny jsou biomakromolekulární látky, které se skládají z velkého počtu aminokyselinových zbytků. Vytvářejí látkový základ života všech organismů. V tkáních vyšších organismů a člověka je

Více

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová Počítačová chemie výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů Zora Střelcová Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Česká Republika

Více

DOUČOVÁNÍ KVINTA CHEMIE

DOUČOVÁNÍ KVINTA CHEMIE 1. ÚVOD DO STUDIA CHEMIE 1) Co studuje chemie? 2) Rozděl chemii na tři důležité obory. DOUČOVÁNÍ KVINTA CHEMIE 2. NÁZVOSLOVÍ ANORGANICKÝCH SLOUČENIN 1) Pojmenuj: BaO, N 2 0, P 4 O 10, H 2 SO 4, HMnO 4,

Více

Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie

Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie Kofein (obr.1) se jako přírodní alkaloid vyskytuje v mnoha rostlinách (např. fazolích, kakaových bobech, černém čaji apod.) avšak nejvíce je spojován

Více

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332 Úvodní obrazovka Menu (vlevo nahoře) Návrat na hlavní stránku Obsah Výsledky Poznámky Záložky edunet Konec Chemie 1 (pro 12-16 let) LangMaster Obsah (střední část) výběr tématu - dvojklikem v seznamu témat

Více

CHSK. Pro hodnocení kvality vod obvykle postačí základní sumární ukazatele. Pro organické látky se jedná zejména o ukazatele:

CHSK. Pro hodnocení kvality vod obvykle postačí základní sumární ukazatele. Pro organické látky se jedná zejména o ukazatele: CHSK Ve vodách mohou být obsažené různé organické látky v širokém rozmezí koncentrací od stopových množství až po majoritní složky podle druhu vod. Vzhledem k této různorodosti se organické látky ve vodách

Více

Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno

Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno Brno, 17.5.2011 Izidor (Easy Door) Osnova přednášky 1. Proč nás rakovina tolik zajímá?

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním

Více

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG Místo konání: Datum a doba konání: Budova F, Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4-Krč 31. 10. 2014 od 9:00 do 16:00 hod. Kontakt pro styk s veřejností: Organizační záležitosti: Leona

Více

Trojské trumfy. pražským školám BARVY U ŽIVOČICHŮ A ROSTLIN. projekt CZ.2.17/3.1.00/32718 EVROPSKÝ SOCIÁLNÍ FOND

Trojské trumfy. pražským školám BARVY U ŽIVOČICHŮ A ROSTLIN. projekt CZ.2.17/3.1.00/32718 EVROPSKÝ SOCIÁLNÍ FOND EVROPSKÝ SOCIÁLNÍ FOND PRAHA & EU INVESTUJEME DO VAŠÍ BUDOUCNOSTI Pracovní Didaktický list balíček č. 7 č. 9 Trojské trumfy pražským školám projekt CZ.2.17/3.1.00/32718 BARVY U ŽIVOČICHŮ A ROSTLIN A B?

Více

HyServe Lumitester PD20 + LuciPac Pen. Lumitester PD20 + LuciPac PEN. Inovované monitorování hygieny metodou stanovení ATP-AMP

HyServe Lumitester PD20 + LuciPac Pen. Lumitester PD20 + LuciPac PEN. Inovované monitorování hygieny metodou stanovení ATP-AMP HyServe Lumitester PD20 + LuciPac Pen Lumitester PD20 + LuciPac PEN Inovované monitorování hygieny metodou stanovení ATP-AMP Objevte novou dimenzi monitorování hygieny HACCP je záležitostí dokonalé čistoty

Více

Elektronová mikroskopie SEM, TEM, AFM

Elektronová mikroskopie SEM, TEM, AFM Elektronová mikroskopie SEM, TEM, AFM Historie 1931 E. Ruska a M. Knoll sestrojili první elektronový prozařovací mikroskop 1939 první vyrobený elektronový mikroskop firma Siemens rozlišení 10 nm 1965 první

Více

DECOLORIZATION OF WASTE AND PROCESS WATER FROM THE PRODUCTION OF PAPER BY INDIRECT ELECTROCHEMICAL OXIDATION

DECOLORIZATION OF WASTE AND PROCESS WATER FROM THE PRODUCTION OF PAPER BY INDIRECT ELECTROCHEMICAL OXIDATION DECOLORIZATION OF WASTE AND PROCESS WATER FROM THE PRODUCTION OF PAPER BY INDIRECT ELECTROCHEMICAL OXIDATION DEKOLORIZACE PROCESNÍCH A ODPADNÍCH PAPÍRENSKÝCH VOD NEPŘÍMOU ELEKTROOXIDACÍ Barbora Horňáková,

Více

Stanovení kvality vody pomocí kompaktní laboratoře Aquamerck

Stanovení kvality vody pomocí kompaktní laboratoře Aquamerck NÁVOD K PROVEDENÍ PRAKTICKÉHO CVIČENÍ Stanovení základních parametrů ve vodách Stanovení kvality vody pomocí kompaktní laboratoře Aquamerck Princip Kompaktní laboratoř Aquamerck je vhodná zejména na rychlé

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) SNPs Odvozování a genotyping Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s problematikou hledání

Více

MICRONUKLEUS TEST MODIFIKACE S CYTOCHALASINEM B

MICRONUKLEUS TEST MODIFIKACE S CYTOCHALASINEM B MICRONUKLEUS TEST MODIFIKACE S CYTOCHALASINEM B O B S A H: 1. Princip Micronucleus testu 2. Chemikálie a spotřební materiál 3. Přístroje a pomocná zařízení 4. Pracovní postup 4.1 Kultivace buněk 4.2 Zpracování

Více