Aplikace metody SNP array v prenatální diagnostice
|
|
- Bohumír Kopecký
- před 7 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Aplikace metody SNP array v prenatální diagnostice Application of SNP array method in prenatal diagnosis Čes. Gynek. 2011, 76, č. 4 s Bečvářová V. 1, Hynek M. 1, Putzová M. 1, Soldátová I. 1, Horáček J. 1, Smetanová D. 1, Kulovaný E. 1, Matoušková M. 1, Krutílková V. 1, Hlavová E. 1, Rašková D. 1, Hejtmánková M. 1, Čutka K. 2, Čutka D. 2, Stejskal D. 1, Mihalová R. 3, Trková M. 1 1 Gennet, Centrum lékařské genetiky a reprodukční medicíny, Praha, vedoucí lékař MUDr. D. Stejskal 2 Centrum lékařské genetiky, České Budějovice, vedoucí lékař MUDr. K. Čutka 3 Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN, Praha, přednostka doc. MUDr. M. Kohoutová, CSc. ABSTRACT Objectives: SNP array (array method using Single Nucleotide Polymorphisms) enables to detect cytogenetically undetectable submicroscopic alterations (microdeletions, microduplications), which could be also causative for ultrasonographic anomalies of fetus. This article describes the principle, advantages, disadvantages and application possibilities of the SNP array method in prenatal diagnosis. The ten month experience with SNP array use in prenatal diagnosis is presented. Design: Prospective study. Settings: Gennet, Prague. Material and methods: During the period from April 2010 to January 2011 we performed 110 SNP array analyses of fetal DNA: 14 chorionic villi samples (CVS), 88 amniotic fluid samples (AMC), 1 cord blood sample and 7 miscarriage samples. Laboratory tests were carried out on DNA from both cultured and uncultured fetal cells. Examinations were performed in fetuses with sonographic abnormal findings having normal karyotype. In addition 14 fetal cytogenetic abnormalities were solved. SNP array analysis was performed using Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12 chip. All data were analysed by Illumina KaryoStudio and GenomeStudio software. Results: SNP array analysis was performed in 108 fetuses (only 2 examination failures, 1.8%). In total, we detected CNV (copy number variation) in 29 samples (29/108 = 27%). 15% (16/108) of fetuses with abnormal ultrasound findings were found to carry clinically relevant CNV. Probably benign CNVs were found in 8 samples (8/108 = 7%) and in additional 5 CNVs parental samples have not been analysed yet. Excluding karyotypically abnormal cases clinically relevant CNVs were found in 10% of fetuses (9/94). In all cases with de novo chromosomal aberration the clinical relevancy was clarified (imbalances in 50%). Conclusion: Our data suggest that SNP array analysis is a relevant and useful technique in prenatal diagnosis. Key words: SNP array, CNV, prenatal diagnosis, ultrasound diagnosis. SOUHRN Cíl studie: Metoda SNP array (využívající k diagnostice polymorfismy v 1 nukleotidu single nucleotide polymorphism) umožňuje odhalit v karyotypu nedetekovatelné submikroskopické změny (mikrodelece, mikroduplikace), jež mohou mít kauzální souvislost s patologickým ultrazvukovým nálezem u plodu. V článku je stručně popsán princip, výhody, nevýhody a možnosti použití metody SNP array v prenatální diagnostice. Jsou prezentovány zkušenosti za 10 měsíců používání této metody v prenatální diagnostice. Typ studie: Prospektivní studie. Pracoviště: Gennet, Praha. 261
2 Metodika: Vyšetření SNP array bylo v období duben 2010 až leden 2011 provedeno u 110 vzorků DNA získané z kultivovaných nebo nekultivovaných buněk plodů po biopsii choria (CVS, n=14), amniocentéze (AMC, n=88), kordocentéze (n=1) a z tkáně z abortů (n=7). Vyšetření byla indikována na základě patologického nálezu na ultrazvuku s normálním karyotypem plodu, případně k dořešení patologického cytogenetického nálezu vzniklého de novo. Zpracování DNA pro chip Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12v2.1, jeho příprava a skenování byly provedeny podle standardních protokolů firmy Illumina. Data byla analyzována pomocí softwaru Illumina KaryoStudio a GenomeStudio. Výsledky: Metodou SNP array bylo úspěšně vyhodnoceno 108 vzorků (neúspěch vyšetření byl pouze ve 2 případech, 1,8 %). Odchylky od normálního profilu (CNV-Copy Number Variation) byly zachyceny u 29 případů (29/108 = 27 %), z nichž 16 bylo klinicky významných (16/108=15 %). Jako pravděpodobně nepatogenní byly CNV u 8 případů a u 5 případů nebyl zatím původ nalezené CNV ověřen u rodičů. Po odečtení případů ověřujících de novo patologii v karyotypu plodu byla klinicky významná CNV nalezena v 9 případech (9/94 = 10 %). Nález klinicky významné CNV byl nejčastěji v kategorii ultrazvukových nálezů srdečních vad, vad centrálního nervového systému (CNS) a mnohočetných anomálií. Ve všech 14 případech de novo chromozomální přestavby v karyotypu byla jasně specifikována závažnost přestavby (patologie u 7/14 = 50 %). Závěr: Výsledky studie ukazují, že vedle jednoznačného přínosu při posuzování patogenity de novo chromozomálních aberací prokazuje SNP array i jednoznačný přínos pro záchyt dosud skrytých submikroskopických změn. Klíčová slova: SNP array, CNV, prenatální diagnostika, ultrazvuková diagnostika. ÚVOD Současná prenatální péče představuje komplexní spolupráci ultrazvukové, biochemické a genetické diagnostiky. V indikovaných případech jsou za účelem diagnostiky vrozených vad a chorob plodu prováděna vyšetření metodami cytogenetickými (konvenční karyotyp), molekulárně genetickými (QF-PCR kvantitativní fluorescenční PCR pro rychlé potvrzení či vyloučení nejčastějších trizomií, i přímá a nepřímá diagnostika předem známých chorob) a molekulárně cytogenetickými (FISH fluorescenční in situ hybridizace). Všechny používané metody mají své přednosti a současně omezení daná principem každé metody. Na jedné straně je to rychlost provedení vyšetření, na druhé straně nutná cílenost a omezený rozsah zjistitelných odchylek [9]. Proto dochází často ke kombinaci více typů vyšetření. Přesto zůstává určitá část gravidit s patologickým ultrazvukovým (UZ) nálezem (často s infaustní prognózou) a s normálním výsledkem ve všech uvedených vyšetřeních. Možnou alternativou pro zjištění genetické příčiny a stanovení diagnózy u výše popisovaných případů je metoda SNP array. Je to jedna z technologií celogenomového screeningu (podobně jako metoda array CGH komparativní genomová hybridizace), která při 1000krát vyšší rozlišovací schopnosti než klasický karyotyp detekuje nebalancované chromozomální abnormity. Vyšetřovacím principem metody SNP array je využití statisticky vybraných konkrétních polymorfismů v 1 nukleotidu mezi 2 alelami (formami téhož genového lokusu) vyskytujících se v genomu každého jedince (single nucleotid polymorphism SNP). Metodou SNP array můžeme zachytit chromozomální aberace pod rozlišovací schopností G-pruhovaných chromozomů v konvenčním karyotypu (10 kb versus Tab. 1. Srovnání diagnostických možností metod užívaných v prenatální diagnostice Metoda ANO NE aneuploidie, polyploidie mikrodelece balancované přestavby (>5 Mb) mikroduplikace Karyotyp nebalancované přestavby (>5 Mb) intrachromozomální amplifikace FISH SNP array mozaiky aneuploidie, polyploidie cíleně balancované přestavby cíleně nebalancované přestavby mozaiky cíleně některé mikrodelece intrachromozomální amplifikace aneuploidie mikrodelece mikroduplikace mozaiky (>10 %) intrachromozomální amplifikace uniparentální disomie (UPD) uniparentální disomie (UPD) uniparentální disomie (UPD) balancované přestavby malé chromozomální mozaiky polyploidie 5 10 Mb) a současně doplnit standardní cytogenetickou metodu v případě nálezu některých typů chromozomálních aberací (např. určení původu marker chromozomů, derivovaných chromozomů apod.). Výhody a nevýhody 262
3 jednotlivých cytogenetických metod jsou shrnuty v tabulce 1. V našich vyšetřeních byla metoda SNP array použita u plodů se závažným UZ nálezem a současně normálním výsledkem konvenčního karyotypu jako metoda doplňková. Dále byla array technologie použita také pro jednoznačné posouzení závažnosti abnormalit nalezených v karyotypu (marker chromozomy, de novo balancované chromozomální aberace apod.). SOUBOR A METODIKA Do souboru vyšetřovaných pacientek (plodů) bylo v období duben 2010 až leden 2011 zařazeno 110 případů, u kterých bylo primárně indikováno cytogenetické vyšetření plodu na základě abnormálního nálezu při ultrazvukovém vyšetření: 14 vyšetření choriové biopsie v 1. trimestru těhotenství (CVS), 88 vyšetření plodové vody ve druhém trimestru těhotenství (AMC) a 1 kordocentéza. Bylo provedeno i vyšetření u 7 abortů. Přehled typů vyšetřovaných vzorků je uveden v tabulce 2. Před provedením SNP array vyšetření byly známy výsledky QF-PCR a karyotypu plodu. Dovyšetření a jasné určení chromozomální abnormity nalezené v karyotypu bylo provedeno u 14 vzorků. Všechny pacientky i jejich partneři byli při klinickogenetické konzultaci informováni o provedení a možnostech SNP array vyšetření plodu. Souhlas s ním potvrdili podpisem informovaného souhlasu k vyšetření a dobrovolným odevzdáním vzorku periferní krve v případě nutnosti srovnání SNP array profilů plodu a rodičů. Vzorky plodů s cytogeneticky nebo molekulárně geneticky potvrzenou jasnou patologií (např. trizomie, triploidie apod.) nebyly metodou SNP array vyšetřovány. DNA byla izolována z buněk plodů po biopsii choria, amniocentéze, kordocentéze a z tkáně potracených plodů (tab. 2). Přibližně u 75 % případů byly před izolací DNA fetální buňky kultivovány, v průměru 15 dní. Pro izolaci DNA byl použit kit QIAamp DNA Mini Kit Qiagen (viz QIAamp DNA Mini Kit Handbook 2003), umožňující izolaci kvalitní DNA ze všech typů výše uvedených vzorků. Zpracování, aplikace na vyšetřovací chip, hybridizace a barvení bylo provedeno podle standardního protokolu firmy Illumina pro chip typu InfiniumHD HumanCytoSNP-12. Skenování chipu bylo provedeno na Illumina Bead Array Reader (servisní laboratoř Ústavu molekulární genetiky AV ČR). K vyhodnocení dat byly použity programy Illumina KaryoStudio1.3 a Illumina GenomeStudioV Oba programy pracují se dvěma základními statistickými veličinami. Tyto veličiny jsou v případě Illumina SNP array virtuálně srovnávány softwarem se statisticky vybraným reprezentativním souborem 200 kontrolních vzorků zdravých jedinců. Z toho vyplývá, že vlastní laboratorní příprava každého chipu musí být provedena za striktního dodržení podmínek, za kterých byly tyto referenční vzorky zpracovávány. První vyšetřovanou veličinou je normalizovaná hodnota intenzity fluorescence pojem log R ratio. Tab. 2. Přehled prenatálních vyšetření z hlediska původu vyšetřovaného materiálu Typ tkáně Počet Biopsie choria (CVS) 14 Amniocentéza (AMC) 88 Tkáň abortu 7 Kordocentéza 1 Celkem 110 Úspěšná SNP array vyšetření 108 Ta charakterizuje, stejně jako u běžné CGH, zvýšení (např. duplikace) nebo snížení (delece) počtu kopií (CNV copy number variation) daného úseku v konkrétním vzorku vyšetřované DNA. Oproti běžné CGH odpadá díky počítačové analýze nutnost přípravy standardní referenční DNA. Druhou užívanou veličinou je frekvence alely B pojem B allele frequency. Díky výpočtu této hodnoty je možné zjistit, jaký je genotyp vzorku v místě daného vyšetřeného polymorfismu a lze detekovat potenciálně patogenní místa neutrální z hlediska počtu kopií (ztrátu heterozygozity, uniparentální dizomii). To běžná array-cgh neumožňuje. V případě nálezu odlišností v SNP array profilu od standardní statistické normy (Illumina KaryoStudio a GenomeStudio) byla zjištěná data porovnávána s veřejně dostupnými genomickými databázemi pro populační varianty CNV a pro popsané patologie [14, 15, 16]. Za účelem potvrzení původu CNV byl takový profil plodu porovnáván s profily obou rodičů, aby se vyloučila možnost familiárního polymorfismu. Hodnocení se řídí mezinárodními doporučeními Cytogenetic European Quality Assessment (CEQA) a nomenklaturou International System of Cytogenetic Nomenclature (ISCN). Časové schéma metody zahrnovalo 4 dny laboratorní práce, několik hodin skenování a dobu nutnou pro samotné vyhodnocení profilu (liší se podle UZ nálezu a zjištěného CNV 1 až 3 dny). U kultivovaných buněk je časové schéma prodlouženo o dobu kultivace. Tj. u vzorků bez kultivace od dodání vzorku k odevzdání výsledku dohromady přibližně 7 dní, při kultivaci fetálních buněk před vlastním vyšetřením je to 15 až 20 dnů. Výstupem z laboratoře je protokol o molekulárně cytogenetickém vyšetření předaný klinickému genetikovi nebo gynekologovi s genetickou specializací. Protokol obsahuje popis nálezu a komentář. V případě patologického nálezu jsou přiloženy články, abstrakta, případně odkazy na další zdroje informací týkající se daného nálezu. VÝSLEDKY Z celkového počtu 110 vzorků bylo vyšetření neúspěšné ve dvou případech, tj. 1,8 %, kdy se nepodařilo zajistit dostatečné množství kvalitní DNA (plodová voda s nízkou koncentrací amniocytů, kontaminace mateřskou 263
4 krví) a výsledný array profil byl nehodnotitelný. Většina získaného biologického materiálu obou vzorků byla přednostně zpracována pro vyšetření konvenčního karyotypu. Přehled výsledků je uveden v tabulce 3. Z úspěšně vyšetřených 108 vzorků jsme našli odlišnost od standardního SNP array profilu (CNV) ve 29 případech (29/108 = 27 %). Porovnáním s veřejně dostupnými databázemi CNV u zdravých kontrol, případně vyšetřením rodičů plodu, bylo 16 z nich (16/108 = 15 %) potvrzeno jako patogenní (související s patologickým UZ nálezem). Dalších 8 nalezených CNV (8/108 = 7 %) bylo vyhodnoceno jako pravděpodobně nepatogenní a dalších 5 CNV nebylo dosud ověřeno (5/108 = 5 %). Pokud odečteme 14 případů, kde byla řešena závažnost abnormálního karyotypu plodu, z celkového počtu 94 vyšetřených plodů byl záchyt klinicky významných CNV v 9 případech (10 %). V jednom případě (tab. 4 pacientka 8) bylo z důvodu vysokého týdne těhotenství (23. týden) provedeno array vyšetření z nekultivovaných buněk dříve, než byl znám výsledek karyotypu. Byla nalezena terminální delece na krátkých raménkách chromozomu 7 velikosti přibližně 3,4 Mb (megabase 10 6 bazí). Tento nález byl posléze verifikován v karyotypu plodu, kde byla aberace na hranici mikroskopické rozlišitelnosti. V jednotlivých UZ indikacích byl nejvyšší záchyt klinicky relevantní patogenní CNV u anomálií centrálního nervového systému (2/14 a 2 další zatím nedořešeny) a srdečních vad (3/19). Nejvíce dalších nálezů klinicky významných CNV bylo u indikace s patologií nuchální translucence (1/6), mnohočetných ultrazvukových vad (1/4), urogenitálních anomálií (1/13, 1 zatím nedořešena) a kostních dysplazií (1/14). Nedořešené případy se týkají těhotenství, která byla ukončena a rodiče zatím neposkytli vzorek periferní krve ke srovnání jejich SNP array profilů s nálezem u plodu. U prenatálně zjištěných vad typu růstové retardace, vad gastrointestinálního traktu a orofaciálních rozštěpů (které nejsou asociovány s jiným UZ nálezem) nebyl dosud žádný záchyt patologické CNV. 264 Tab. 3. Přehled výsledků prenatálních vyšetření metodou SNP array UZ patologie počet CNV nálezy celkem patogenní nepatogenní zatím nejasné NT>3mm srdeční vady CNS kostní dysplazie vady urogenitální růstové disproporce vady gastrointestinální rozštěpy orofaciální mnohočetné vady celkem (10 %) 8 5 dořešení cytogen.patologie (50 %) 0 0 vyšetření celkem (15 %) 8 5 Rozdělení UZ patologií dle Kleeman et al. Use of array CGH for prenatal diagnosis of fetuses with sonographic anomalies [3] Jednoznačné posouzení závažnosti cytogenetického nálezu se podařilo ve všech vyšetřovaných případech; u 50 % (7/14) byla prokázána patogenita (nevyvážená chromozomální výbava). U dalších 7 plodů byly SNP array profily v normě, což umožnilo uzavřít prenatální vyšetření s příznivou prognózou. Např. u 2 našich pacientek byly v karyotypu nalezeny komplexní translokace zahrnující 5 (chromozomy 1, 6, 8, 18 a 21) resp. 3 chromozomy (chromozomy 3, 9 a 4). Obě translokace se cytogeneticky v karyotypu jevily jako balancované. Po provedení vyšetření SNP array byl tento závěr v obou případech potvrzen ve smyslu zachování normálního počtu kopií ve všech vyšetřovaných SNP markerech. První gravidita (translokace s 5 chromozomy) byla v lednu 2011 úspěšně završena porodem fyziologického novorozence, druhá gravidita pokračuje s normálním ultrazvukovým nálezem. V tabulce 4 je uveden přehled 16 kauzálních aberací s UZ nálezy. Příklady patologických profilů u 2 plodů jsou uvedeny v obr. 1 a 2. DISKUSE Lidská populace je z hlediska CNV (mikrodelecí a mikroduplikací) velmi variabilní a v každém vyšetřovaném místě existuje poměrně velká pravděpodobnost variant [10]. Za účelem shromažďování dat o těchto variantách, jejich klinické významnosti, eventuálně spojitosti se známými postiženími a geneticky podmíněnými chorobami vznikly volně dostupné databáze [14, 15, 16], které jsou stále aktualizovány. Zavedení metody SNP array v prenatální diagnostice následovalo v naší laboratoři až po období, kdy byla tato metoda užívána pouze pro postnatální vyšetření. Jednak k ověření cytogeneticky známých aberací a poté pro pacienty s různým stupněm geneticky podmíněného postižení, kde nebyla jinými metodami stanovena příčina postižení. Bez ohledu na původ vzorku vyšetřované DNA se laboratorní provedení i hodnocení řídí v podstatě shodnými pravidly. Vzhledem k tomu, že nepatogenní CNV různého rozsahu se nalézají i u zdravých kontrol jako běžné varianty, byla také u každé zachycené CNV u plodu prověřena závažnost nálezu porovnáním s databází známých variant [15]. Pro posouzení klinické relevance musí být dále prokázán původ CNV vyšetřením rodičů. Uvádí se, že % zjištěných odlišností totiž může být familiárních [1, 3, 5]. Teprve až po porovnání nalezené CNV plodu s databází známých a popsaných mikrodelecí / mikroduplikací,
5 ověření případného parentálního původu CNV, vyloučení běžné varianty a po prostudování genů lokalizovaných v duplikované nebo deletované oblasti, byly CNV považovány za klinicky významné. Je-li to metodicky dostupné, doporučuje se nález paralelně vyšetřit některou jinou laboratorní metodou (FISH, MLPA-Multiple Ligation-dependent Probe Amplification) [13]. Jak je patrno z tabulky 3, byl v jednotlivých UZ indikacích nejúčinnější záchyt klinicky relevantní CNV u anomálií CNS (2/14, 2 zatím nedořešeny) a srdečních vad (3/19). Více nálezů klinicky významných CNV bylo u indikace s patologií nuchální translucence (1/6), mnohočetných ultrazvukových vad (1/4), urogenitálních anomálií (1/13, 1 zatím nedořešena) a kostních dysplazií (1/14). Žádný záchyt patologické CNV zatím nebyl u prenatálně zjištěných vad typu růstové retardace, vad gastrointestinálního traktu a orofaciálních rozštěpů (které nejsou asociovány s jiným UZ nálezem). Výsledky jsou srovnatelné s výsledky podobných studií používajících některou z metod array (array CGH nebo SNP array) v prenatální dia- Tab. 4. Přehled klinicky významných nálezů u plodů s ultrazvukovými anomáliemi v 1. nebo 2. trimestru Č. GT UZ nález karyotyp CNV Chromozom Rozsah VSV, VV urogenitálního traktu 46,XY duplikace 8q ,8 Mb VSV 46,XY delece 3p25.3-p25.2 1,6 Mb agenese corpus callosum NTD v sakrální páteři osteochondroplazie, oligohydramnion multicystická dysplazie / ageneze ledvin 46,XY duplikace 22q11.2 2,9 Mb 46,XY delece homozygotní Xq25 0,7 Mb 46,XX delece 2p ,4 Mb 46,XY duplikace 13q ,6 Mb NT=8,5, VSV 46,XX delece 10q22.3-q23.2 7,7 Mb VSV cheilognatoschisis, VSV, stenóza plicnice závažná VSV, asym. vývoj plodu vývojová atypie obou ledvin mikromandibula 46,XY,susp. del (7) (p22) delece 7p22.3-p22.2 3,4 Mb 46,XY delece 7q ,4 Mb 46,XY,add(13) (p10) 46,XX,del(11) (q23.3) 46,XY,del(13) (q32?) acranius 46,XY,der(1) UZ bez patologie, věková indikace 47,XY,+i(18) (p10) atrézie rekta 47,XY,+mar mnohočetné VV 46,XY,del(21) (q22.1) 2 duplikace 5q33.3 / 5q35 11 Mb / 9,5 Mb delece 11q24.1-q ,9 Mb delece delece/ duplikace triplikace duplikace/ triplikace 13q q p36.3 / 3p26-3p p p p11.1-q Mb 3 Mb / 22,5 Mb 15,4 Mb 2,8 Mb delece 21q22.13-q22.3 9,9 Mb Vysvětlivky: Č - číslo pacienta; GT - gestační týden; CNV - Copy Number Variation; VSV - vrozená srdeční vada; NTnuchální translucence; Mb - megabase (106 bází) Cytogenetické zápisy podle aktuální verze International System of Cytogenetic Nomenclature (ISCN 2009) p - krátké raménko chromozomu; q - dlouhé raménko chromozomu; číslo před "p" (resp. "q") označuje číslo chromozomu; číselné údaje za písmenem p (resp. q) udávají přesnou polohu aberantního místa na konkrétním chromozomu; mar - marker chromozom; add - na chromozomu přítomen nadbytečný neznámý chromozomální materiál; del - delece; i - isochromozom; der - derivovaný chromozom (změna na chromozomu dále cytogeneticky neidentifikovatelná) gnostice: Tyreman a kol. našli patogenní CNV u 10 % plodů s abnormálním UZ nálezem [11]; Faas a kol. našli de novo klinicky relevantní CNV u 16 % plodů s patologickým UZ a normálním karyotypem [2]. Stejně tak i výsledky jednotlivých UZ nálezů odpovídají údajům srovnatelných studií, kde byl nejvyšší záchyt klinicky relevantních CNV u srdečních vad, vad CNS, urogenitálních a skeletálních vad [3, 11]. Ukazuje se, že v případě některých UZ abnormalit (izolované vady gastrointestinálního traktu a izolované orofaciální rozštěpy) array vyšetření zřejmě nepřispívá k objasnění etiologie. Jednoznačný přínos pro prenatální diagnostiku představuje array technologie při upřesňování rozsahu nebo závažnosti aberací vzniklých de novo. Vermeesh ve své studii udává, že 6 10 % zdánlivě balancovaných translokací je spojeno s následnými kongenitálními anomáliemi, což nepochybně souvisí s mikrodelecemi nebo mikroduplikacemi v oblasti zlomů [12]. Velký přínos představuje metoda SNP array v případech, kdy je v karyotypu plodu nalezen de novo marker chromozom (nadpočetný, dále cytogeneticky nezařaditelný genetický materiál). Je možné rozlišit, zda je v marker chromozomu obsažena kódující DNA, včetně určení popsaných genů, nebo zda jde pravděpodobně o heterochromatinový nekódující materiál, bez fenotypických následků pro plod. Vyšetření SNP array tak poskytuje cenné informace klinickému genetikovi a významně přispívá k rozhodování rodičů o osudu gravidity. Příkladem vyšetření marker chromozomu v našem souboru je případ 15 (viz tab. 4). Naprosto unikátní je SNP array v identifikaci ztráty heterozygozity, a tím identifikace uniparentální disomie. Je známo, že potomci nosičů některých typů chromozomálních přestaveb, například některých robertsonských 265
6 Obr. 1. Výsledek vyšetření metodou SNP array mikrodelece na chromozomu 7 (případ č. 9, tab. 4). Mikrodelece 7q11.23 (okrový blok) o velikosti 1.4 Mb u plodu se závažnou srdeční vadou a vývojovou asymetrií. Mikrodelece překrývá oblast pro Williamsův-Beurenův syndrom. Obr. 2. Výsledek vyšetření metodou SNP array - mikroduplikace na chromozomu 22 (případ č. 3, tab. 4). Duplikace 22q11.21 (modrý blok) o velikosti 2.9 Mb u plodu s agenezí corpus callosum. Duplikace překrývá oblast pro tzv.22q11.21 mikroduplikační syndrom. Zdroj: Illumina GenomeStudioV / Chromosome Browser translokací, mají zvýšené riziko uniparentální disomie (izodisomie nebo heterodisomie), jejímž důsledkem je projev genetického onemocnění při zdánlivě normálním karyotypu [4, 6]. Vyšetřením plodu a rodičů dítěte touto metodou lze rozlišit uniparentální disomii na jakémkoli chromozomu či jeho části. Hlavním úskalím použití array technologie v prenatální diagnostice je omezená možnost korelovat nalezenou mikroduplikaci nebo mikrodeleci s fenotypem. Na rozdíl od postnatálního vyšetření pacientů s psychomotorickou retardací nebo stigmatizací, kde se staly metody molekulární cytogenetiky vyšetřením první volby [1, 7], je array v prenatální diagnostice zatím metodou doplňkovou. Přibývající studie v tomto oboru přinesou dosud chybějící poznatky pro stanovení souvislostí mezi patologickými ultrazvukovými nálezy u plodu a jejich molekulárním základem [3, 11, 12]. Vyšetření SNP array je nutné plánovat i s ohledem na gestační týden. Z kapacitních a ekonomických důvodů není možné provádět takové vyšetření denně. Jako optimální a časově dostačující se ukazuje počkat na zaplnění alespoň dvou chipů (24 vzorků). Stávající perioda v naší laboratoři je 2 3 týdny. Pro maximální zkrácení doby vyšetření se podařilo vypracovat protokol izolace kvalitní DNA (minimální koncentrace 50 ng/μl) přímo z nekultivovaných buněk. Díky tomu se doba trvání vyšetření zkrátila o dobu kultivace. Výsledky SNP array profilů při použití DNA z kultivovaných a nekultivovaných buněk jsou zcela srovnatelné. ZÁVĚR Celogenomový screening submikroskopických změn metodou SNP array má v prenatální diagnostice význam díky svému vysokému rozlišení. Jejím použitím dochází k záchytu mnoha klinicky významných mikrodelecí a mikroduplikací, jež by nebyly jinými genetickými metodami odhaleny. Metoda SNP array tak může objasnit příčinu závažných ultrazvukových nálezů a dát relevantní informaci pro genetické poradenství u případné další gravidity. Současně může pomoci při rozhodování o osudu gravidity tam, kde při abnormálním nálezu na 266
7 ultrazvuku všechna ostatní vyšetření vykazují normální výsledky. Nepopíratelný význam má v případech identifikace de novo aberace nejasného významu v karyotypu plodu. V této souvislosti se již objevily i odkazy na význam stanovení abnormálních CNV ve vzorcích plodů pocházejících z opakovaných potratů, k nimž dochází u některých párů bez zjevné příčiny [8]. Poděkování Chceme poděkovat kolektivu Laboratoře molekulární genetiky Gennet za vstřícnost a spolupráci při izolaci DNA včetně vylepšení protokolu izolace z nekultivovaných buněk. Dále děkujeme všem pracovníkům Cytogenetické laboratoře Gennet za vedení kultivací a za přípravu buněk pro izolaci. Děkujeme za ochotnou spolupráci kolektivu Oddělení fetální medicíny a Oddělení lékařské genetiky. V neposlední řadě také pracovníkům IT oddělení Gennet. Naše poděkování patří i všem spolupracujícím gynekologům a klinickým genetikům, kteří nechápou abnormální těhotenský nález izolovaně, ale v širších medicínských souvislostech. Tím zprostředkovaně přispívají k rozšíření poznatků o souvislostech abnormálních těhotenských nálezů s jejich možnou genetickou příčinou. LITERATURA 1. Ahn, J., Mann, K., Walsh, S., et al. Validation and implementation of array comparative genomic hybridisation as a first line test in place of postnatal karyotyping for genome imbalance. Molecular Cytogen, 2010, 3, p Faas, BHW., de Burgt, I., Kooper, AJA., et al. Identification of clinically significant submicroscopic chromosome alterations and UPD in fetuses with ultrasound anomalies using genome-wide 250k SNP array analysis. J Med Genet, 2010, 47, p Kleeman, L., Bianchi, DW., Shaffer, LG., et al. Use of array comparative genomic hybridization for prenatal diagnosis of fetuses with sonographic anomalies and normal metaphase karyotype. Prenatal Diagnosis, 2009, 29, p Kotzot, D. Complex and segmental uniparental disomy updated. J Med Genet, 2008, 45, p LaFramboise, T. Single nucleotide polymorphism arrays: a decade of biological, computational and technological advances. Nucleic Acids Res, 2009, 37, p Liehr, T. Cytogenetic contribution to uniparental disomy (UPD). Molecular Cytogen, 2010, 3, p Miller, DT., Adam, MP., Aradhya, S., et al. Consensus Statement: Chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Am J Hum Genet, 2010, 86, p Rajcan-Separović, E., Diego-Alvarez, D., Robinson, WP., et al. Identification of copy number variants in miscarriages from couples with idiopathic recurrent pregnancy loss. Human Reprod, 2010, 25, p Shaffer, LG., Bui, TH. Molecular cytogenetic and rapid aneuploidy detection methods in prenatal diagnosis. Am J Med Genet Part C, 2007, 145C, p Shaikh, TH., Gai, X., Perin, JC., et al. High-resolution mapping and analysis of copy number variations in the human genome: A data resource for clinical and research applications. Genome Res, 2009, 19, p Tyreman, M., Abbott, KM., Willatt, LR., et al. High resolution array analysis: diagnosing pregnancies with abnormal ultrasound findings. J Med Genet, 2009, 46, p Vermeesch, JR., Fiegler, H., de Leeuw, N., et al. Guidelines for molecular karyotyping in constitutional genetic diagnosis. Eur J Hum Genet, 2007, 15, p Vissers, LELM., de Vries, BBA., Veltman, JA. Genomic microarrays in mental retardation: from copy number variation to gene, from research to diagnosis. J Med Genet, 2010, 49, p Web stránky(veřejně dostupné databáze): 14. Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources(DECIPHER), ac.uk/application/, verze v 5.1, GR Ch Database of Genomic Variants(DGV), variation/, verze Human genome assembly hg.19, Human (GR Ch37). 16. UCSC Genome Bioinformatics Site, verze Feb (GR Ch37/hg19). Ing. Věra Bečvářová Gennet Centrum lékařské genetiky a reprodukční medicíny Kostelní 292/ Praha 7 Korespondence Ing Věra Bečvářová vera.becvarova@gennet.cz RNDr. Marie Trková, Ph.D. marie.trkova@gennet.cz 267
Downův syndrom. Renata Gaillyová OLG FN Brno
Downův syndrom Renata Gaillyová OLG FN Brno Zastoupení genetických chorob a vývojových vad podle etiologie 0,6 %-0,7% populace má vrozenou chromosomovou aberaci incidence vážných monogenně podmíněných
VíceMartina Kopečná Tereza Janečková Markéta Kolmanová. Prenatální diagnostika
Martina Kopečná Tereza Janečková Markéta Kolmanová Prenatální diagnostika Obsah Prenatální diagnostika Úkoly a výsledky Metody prenatální diagnostiky Neinvazivní metody Invazivní metody Preimplantační
VíceVarianty lidského chromosomu 9 z klinického i evolučního hlediska
Varianty lidského chromosomu 9 z klinického i evolučního hlediska Antonín Šípek jr., Aleš Panczak, Romana Mihalová, Lenka Hrčková, Eva Suttrová, Mimoza Janashia a Milada Kohoutová Ústav biologie a lékařské
Vícehttp://www.vrozene-vady.cz
Prevence vrozených vad z pohledu genetika MUDr. Vladimír Gregor, RNDr. Jiří Horáček odd. lékařské genetiky, Fakultní Thomayerova nemocnice v Praze Genetické poradenství Klinická genetika se zabývá diagnostikou
VíceEfektivní využití NIPT v rámci integrovaného screeningu chromozomálních aberací
Efektivní využití NIPT v rámci integrovaného screeningu chromozomálních aberací Jaroslav Loucký 1, Drahomíra Springer 2, Vladimír Gregor 3, David Čutka 4, Martin Hynek 5, David Stejskal 5 1 Prediko, Zlín
VícePříčiny a projevy abnormálního vývoje
Příčiny a projevy abnormálního vývoje Ústav histologie a embryologie 1. LF UK v Praze MUDr. Filip Wagner Předmět: Obecná histologie a obecná embryologie (B02241) 1 Vrozené vývojové vady vývojové poruchy
VíceReferenční lidský genom. Rozdíly v genomové DNA v lidské populaci. Odchylky od referenčního genomu. Referenční lidský genom.
Referenční lidský genom Rozdíly v genomové DNA v lidské populaci Zdroj DNA: 60% sekvencí pochází ze sekvenování DNA od jednoho dárce (sekvenování a sestavování BAC klonů) některá místa genomu se nepodařilo
VíceChromozomální aberace nalezené u párů s poruchou reprodukce v letech
Chromozomální aberace nalezené u párů s poruchou reprodukce v letech 2000-2005 Jak přistupovat k nálezům minoritních gonozomálních mozaik? Šantavá A., Adamová, K.,Čapková P., Hyjánek J. Ústav lékařské
VíceJiří Šantavý, Ishraq Dhaifalah, Vladimír Gregor
Moto: Nejvyšším štěstím každé rodiny je zdravé dítě Jiří Šantavý, Ishraq Dhaifalah, Vladimír Gregor ČLK, 14. února 2013 Úvod Od poznání možností, které nám nabízí prenatální diagnostika, se embryo či později
VíceZ. Bednařík, I. Belancová, M. Bendová, A. Bilek, M. Bobošová, K. Bochníčková, V. Brázdil
Z. Bednařík, I. Belancová, M. Bendová, A. Bilek, M. Bobošová, K. Bochníčková, V. Brázdil PATAUŮV SYNDROM DEFINICE, KARYOTYP, ETIOLOGIE Těžký malformační syndrom způsobený nadbytečným 13. chromozomem Karyotyp:
VíceSkrytá hrozba - jaké chromosomové aberace nezachytí prosté vyloučení nejčastějších aneuploidií?
Skrytá hrozba - jaké chromosomové aberace nezachytí prosté vyloučení nejčastějších aneuploidií? Antonín Šípek Jr 1,2, Vladimír Gregor 2,3, Antonín Šípek 2,3,4 1. Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF
VíceCytogenetika. chromosom jádro. telomera. centomera. telomera. buňka. histony. páry bazí. dvoušroubovice DNA
Cytogenetika telomera chromosom jádro centomera telomera buňka histony páry bazí dvoušroubovice DNA Typy chromosomů Karyotyp člověka 46 chromosomů 22 párů autosomů (1-22 od největšího po nejmenší) 1 pár
VíceAtestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika
Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok 2017 A) Molekulární genetika 1. Struktura lidského genu, nomenklatura genů, databáze týkající se klinického dopadu variace v jednotlivých genech. 2.
VíceREGISTR LABORATOŘÍ PROVÁDĚJÍCÍCH SCREENING DS STARÉ A NOVÉ POSTUPY. Všeobecná fakultní nemocnice v Praze
Drahomíra Springer Ústav lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky REGISTR LABORATOŘÍ PROVÁDĚJÍCÍCH SCREENING DS STARÉ A NOVÉ POSTUPY Všeobecná fakultní nemocnice v Praze IAD 2019 17. 19.3.2019 Plzeň
VíceSoučasný stav NIPT v ČR
Současný stav NIPT v ČR Jaroslav Loucký 1, Drahomíra Springer 2, Vladimír Gregor 3, David Čutka 4, David Stejskal 5 1 Prediko, Zlín 2 ÚLBLD 1. LF UK a VFN, Praha 3 OLG, Thomayerova nemocnice, Praha 4 CLG,
VíceVýznam integrovaného testu a NIPT při screeningu chromozomálních aberací
Význam integrovaného testu a NIPT při screeningu chromozomálních aberací Jaroslav Loucký 1, Drahomíra Springer 2, Vladimír Gregor 3, David Čutka 4, Martin Hynek 5, David Stejskal 5 1 Prediko, Zlín 2 ÚLBLD
VíceSoučasný stav prenatální diagnostiky MUDr. Marie Švarcová
Současný stav prenatální diagnostiky MUDr. Marie Švarcová 2014 2 Prenatální diagnostika GYNEKOLOGIE BIOCHEMIE USG 3 Základní reprodukční rizika Riziko, že manželství bude neplodné: 1:15 Riziko, že dítě
VíceNeinvazivní test nejčastějších chromosomálních vad plodu z volné DNA
PRENATÁLN Í TEST PANORA M A TM Neinvazivní test nejčastějších chromosomálních vad plodu z volné DNA Panorama TM test TM test je vyšetření je vyšetření DNA, DNA, které které Vám Vám poskytne poskytne důležité
VíceDoporučený postup č. 3. Genetické laboratorní vyšetření v reprodukční genetice
Účinnost k 1. 12. 2014 Doporučený postup č. 3 Genetické laboratorní vyšetření v reprodukční genetice Stav změn: 1. vydání Základním předpokladem genetického laboratorního vyšetření v reprodukční genetice
VíceJEDINEČNÁ INFORMACE. Jediný prenatální krevní test, který analyzuje všechny chromozomy vašeho miminka
JEDINEČNÁ INFORMACE Jediný prenatální krevní test, který analyzuje všechny chromozomy vašeho miminka MaterniT GENOME test nabízí více informací o chromozomech vašeho miminka než kterýkoliv jiný prenatální
VíceSterilita: stav, kdy se páru nedaří spontánně otěhotnět i přes pravidelný nechráněný pohlavní styk po dobu jednoho roku Infertilita: stav, kdy je pár
Sterilita: stav, kdy se páru nedaří spontánně otěhotnět i přes pravidelný nechráněný pohlavní styk po dobu jednoho roku Infertilita: stav, kdy je pár schopen spontánní koncepce, ale žena není schopna donosit
VíceJEDINEČNOST POROZUMĚNÍ
6 18 18 19 19 9 JEDINEČNOST POROZUMĚNÍ y 1 x 20 21 22 2 3 17 16 1 1 13 6 12 7 11 8 10 y 1 x 20 21 22 2 3 17 16 1 6 Neinvazivní prenatální test pro určení chromozomálních abnormalit plodu napříč celým genomem
VíceNÁVAZNOST METOD KLASICKÉ A MOLEKULÁRNÍ CYTOGENETIKY. Vytvořilo Oddělení lékařské genetiky FN Brno
NÁVAZNOST METOD KLASICKÉ A MOLEKULÁRNÍ CYTOGENETIKY TYPY CHROMOSOMOVÝCH ABERACÍ, kterých se týká vyšetření metodami klasické i molekulární cytogenetiky - VYŠETŘENÍ VROZENÝCH CHROMOSOMOVÝCH ABERACÍ prenatální
VíceVliv věku rodičů při početí na zdraví dítěte
Vliv věku rodičů při početí na zdraví dítěte Antonín Šípek Jr 1,2, Vladimír Gregor 2,3, Antonín Šípek 2,3,4 1) Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN, Praha 2) Oddělení lékařské genetiky, Thomayerova
Více- karyotyp: 47, XX, +18 nebo 47, XY, +18 = trizomie chromozomu 18 (po Downově syndromu druhou nejčatější trizomii)
Edwardsův syndrom Edwardsův syndrom - karyotyp: 47, XX, +18 nebo 47, XY, +18 = trizomie chromozomu 18 (po Downově syndromu druhou nejčatější trizomii) - Prevalence v populaci: u narozených dětí cca 1:6500-1:8000,
VíceCost-benefit screeningového prenat. vyšetření plodu a pohled z pozice priv. gynekologa
Cost-benefit screeningového prenat. vyšetření plodu a pohled z pozice priv. gynekologa Šantavý J., Dhaifalah I. Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FNOL a LF UP Olomouc Úspora nákladů při vyšší
VícePrenatální diagnostika vývojových vad v ČR
Prenatální diagnostika vývojových vad v ČR Drahomíra Springer Ústav lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky 1. lékařská fakulta, Univerzita Karlova Praha 7.12.2017 Karlova Studánka Prenatální screening
VíceO TESTU O SPOLEČNOSTI. Vaše laboratoře s.r.o. U Lomu 638 (Tomášov), Zlín
O SPOLEČNOSTI Laboře společnosti Sequenom jsou akreditovány CAP a certifikovány CLIA certifikátem v oblasti molekulární diagnostiky.laboratoře Sequenom jako první začínaly s testem MaterniT21 plus, nyní
VíceScreening vrozených vývojových vad
Screening vrozených vývojových vad Screening VVV 1. Třístupňový ultrazvukový 2. Biochemický - kombinovaný 3. Ženy vyššího věku (35 let a více) Screening VVV Aplikace klin. testu, který ve sledované populaci
VícePROVÁDĚNÍ VŠEOBECNÉHO PRENATÁLNÍHO SCREENINGU
Doporučený postup č. 1: PROVÁDĚNÍ VŠEOBECNÉHO PRENATÁLNÍHO SCREENINGU VROZENÝCH VÝVOJOVÝCH VAD Účinnost k 15. 1. 2014 Stav změn: 1. vydání. Tento postup navazuje na snahu o vytvoření Metodického návodu
VíceScreening VVV v 1. a 2. trimestru těhotenství staré a nové postupy
Screening VVV v 1. a 2. trimestru těhotenství staré a nové postupy Drahomíra Springer Ústav lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky 1. lékařská fakulta, Univerzita Karlova Praha 8.4.2019 Valeč Vývoj
VíceGENvia, s.r.o. Ledovec Breidamerkurjokull (široký ledovec), ledovcový splaz Vatnajokullu
ISLAND I Ledovec Breidamerkurjokull (široký ledovec), ledovcový splaz Vatnajokullu Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Víceu párů s poruchami reprodukce
Reprodukční genetika Možnosti genetického vyšetření u párů s poruchami reprodukce Vyšetření potenciálních dárců gamet Renata Gaillyová, LF MU 2006 Reprodukční genetika Prenatální diagnostika Preimplantační
VíceCytogenetické vyšetřovací metody v onkohematologii Zuzana Zemanová
Cytogenetické vyšetřovací metody v onkohematologii Zuzana Zemanová Centrum nádorové cytogenetiky Ústav klinické biochemie a laboratorní diagnostiky VFN a 1. LF UK v Praze Klinický význam cytogenetických
VíceZeptejte se svého lékaře
Jednoduchý a bezpečný krevní test, který nabízí vysokou citlivost stanovení Neinvazivní test, který vyhodnocuje riziko onemocnění chromozomálního původu, jako je např. Downův syndrom, a nabízí také možnost
VíceVýznam genetického vyšetření u pacientů s mentální retardací
Význam genetického vyšetření u pacientů s mentální retardací Šantavá, A., Hyjánek, J., Čapková, P., Adamová, K., Vrtěl, R. Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN a LF UP Olomouc Mentální retardace
VíceVÝSLEDKY, KTERÝM MŮŽETE DŮVĚŘOVAT
VÝSLEDKY, KTERÝM MŮŽETE DŮVĚŘOVAT Neinvazivní prenatální test detekuje: Aneuploidie Mikrodeleční syndromy Pohlaví plodu Trisomie 3,8,2 Trisomie pohlavních chromosomů (XXX,XXY, XYY) Monosomie X ( Turnerův
VíceAktuální gynekologie a porodnictví
Aktuální gynekologie a porodnictví Efektivita prenatální diagnostiky v České republice v období 1994 2008 Vladimír Gregor, Antonín Šípek Oddělení lékařské genetiky, Fakultní Thomayerova nemocnice s poliklinikou
VícePGT- A a mosaicismus. RNDr. Martina Hrubá, Ph.D.
PGT- A a mosaicismus RNDr. Martina Hrubá, Ph.D. KAZUISTIKA (A.CH.,*1987) VSTUPNÍ ANAMNÉZA 2010 2015: 3 opakované spontánní potraty v prvním trimestru, asthenozoospermie u manžela (bez trombofilních mutací,
VíceVýsledky prenatální diagnostiky chromosomových aberací v ČR
Výsledky prenatální diagnostiky chromosomových aberací v ČR Vladimír Gregor 1,2, 3, Antonín Šípek 1,2,4, Antonín Šípek jr. 2,5, Jiří Horáček 2,6 Sanatorium Pronatal, Praha 1 Oddělení lékařské genetiky,
VíceProč je dobré studovat genetické procesy na úrovni buňky? Například proto, že odchylky počtu nebo struktury chromozomů mohou způsobit:
Cytogenetika Proč je dobré studovat genetické procesy na úrovni buňky? Například proto, že odchylky počtu nebo struktury chromozomů mohou způsobit: mentální nebo psychomotorickou retardaci, poruchy vývoje
VíceAsk your provider Obsah této brožury slouží k podání informací
Jednoduchý A simple, safe a bezpečný blood test that s vysokou offers highly citlivostí sensitive stanovení. results An advanced non-invasive test Moderní neinvazivní krevní test for fetal trisomy assessment
VícePrenatální diagnostika v roce 2008 předběžné výsledky
Prenatální diagnostika v roce 28 předběžné výsledky V. Gregor 1, A. Šípek 1, 2 1 Oddělení lékařské genetiky, Fakultní Thomayerova nemocnice, Praha 2 3.Lékařská fakulta Univerzity Karlovy, Praha Pracovní
VíceGENvia, s.r.o. Delfy - posvátný okrsek s antickou věštírnou
ŘECKO I Delfy - posvátný okrsek s antickou věštírnou Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St Čt Pá So Ne Po Út St 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
VíceCytogenetika. 4. Onkologická (kostní dřeň, periferní lymfocyty, nádorová tkáň)
Cytogenetika 1. Postnatální (periferní lymfocyty) 2. Prenatální (amniocyty, fibroblasty z plodové vody, chorium, placentální tkáň, pupečníková krev, sekční materiál.) 3. Preimplantační (buňky rýhujícího
Více5 hodin praktických cvičení
Studijní program : Všeobecné lékařství Název předmětu : Lékařská genetika Rozvrhová zkratka : LGE/VC0 Rozvrh výuky : 5 hodin seminářů 5 hodin praktických cvičení Zařazení výuky : 4. ročník, 7., 8. semestr
VíceSNP ARRAY V PRENATÁLNÍ DIAGNOSTICE
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE FARMACEUTICKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ Katedra biochemických věd SNP ARRAY V PRENATÁLNÍ DIAGNOSTICE Bakalářská práce Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Pavlína Hašková, Ph.D. Školitel
VíceHODNOCENÍ CYTOGENETICKÝCH A FISH NÁLEZŮ U NEMOCNÝCH S MNOHOČETNÝM MYELOMEM VE STUDII CMG ORGANIZACE VÝZKUMNÉHO GRANTU NR/
HODNOCENÍ CYTOGENETICKÝCH A FISH NÁLEZŮ U NEMOCNÝCH S MNOHOČETNÝM MYELOMEM VE STUDII CMG 22. ORGANIZACE VÝZKUMNÉHO GRANTU NR/8183-4. KLONÁLNÍ CHROMOSOMOVÉ ABERACE U MNOHOČETNÉHO MYELOMU (MM). Klasické
VíceSlovníček pojmů. 1. Kombinovaný screening. 2. Nuchální translucence, NT, šíjové projasnění
Slovníček pojmů 1. Kombinovaný screening Prvotrimestrální kombinovaný screeningový program byl navržen prof. Nicolaidesem a Nadací fetální medicíny v Londýně /Fetal Medicine Foundation/ a je dnes považován
VíceMikrocytogenetika. Prenatální diagnostika VCA. Renata Gaillyová LF MU 2009
Mikrocytogenetika Prenatální diagnostika VCA Renata Gaillyová LF MU 2009 Mikrocytogenetika Molekulární cytogenetika FISH (fluorescenční in situ hybridizace), M-FISH, SKY (spektrální karyotypování), CGH
VíceAKTUÁLNÍ KONTROVERZE A NOVÉ SMĚRY V PREIMPLANTAČNÍM GENETICKÉM TESTOVÁNÍ EMBRYÍ. Mgr. Jakub Horák, Ph.D.
AKTUÁLNÍ KONTROVERZE A NOVÉ SMĚRY V PREIMPLANTAČNÍM GENETICKÉM TESTOVÁNÍ EMBRYÍ Mgr. Jakub Horák, Ph.D. PGD/PGS - JAK TO BYLO? Preimplantační genetická diagnostika (PGD) cíleně zaměřené vyšetření k detekci
VícePrenatální diagnostika chromosomových aberací v ČR v roce 2017
Prenatální diagnostika chromosomových aberací v ČR v roce 217 Gregor V 1,2, Šípek A 1,2,3, Šípek A Jr. 1,2,4, Klaschka J 5,6, Malý M 5,7 1. Oddělení lékařské genetiky, Thomayerova nemocnice, Praha 2. Oddělení
VíceGlosář - Cestina. Odchylka počtu chromozomů v jádře buňky od normy. Např. 45 nebo 47 chromozomů místo obvyklých 46. Příkladem je trizomie 21
Glosář - Cestina alely aneuploidie asistovaná reprodukce autozomálně dominantní autozomálně recesivní BRCA chromozom chromozomová aberace cytogenetický laborant de novo Různé formy genu, které se nacházejí
VíceChromosomové translokace
12 Unique - Britská svépomocná skupina pro vzácné chromosomové vady. Tel: + 44 (0) 1883 330766 Email: info@rarechromo.org www.rarechromo Chromosomové translokace EuroGentest - Volně přístupné webové stránky
VíceNeinvazivní testování 2 roky v klinické praxi. Jaroslav Loucký, Darina Kostelníková, Michal Zemánek, Eva Loucká, Milan Kovalčík
Neinvazivní testování 2 roky v klinické praxi. Jaroslav Loucký, Darina Kostelníková, Michal Zemánek, Eva Loucká, Milan Kovalčík Odkud pocházejí zdroje informací využívané ve screeningu? U těhotenství s
VíceMůj život s genetikou
Můj život s genetikou Aneta Mikulášová Molekulární biologie a genetika Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Univerzitní vzdělávání genetiky 150 roků po Mendelovi Brno, 29. 5. 2015 Studium Molekulární
VíceVrozené vady ve 21. století
Světový den VV Vrozené vady ve 21. století Antonín Šípek Jr 1,2, Vladimír Gregor 2,3, Jiří Horáček 2,4, Antonín Šípek 2,3,5 1) Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN, Praha 2) Oddělení lékařské
VíceMoto: Nejvyšším štěstím každé rodiny je zdravé dítě. Jiří Šantavý. Praha, 20. 11. 2012
Moto: Nejvyšším štěstím každé rodiny je zdravé dítě Jiří Šantavý Praha, 20. 11. 2012 Úvod Od poznání možností, které nám nabízí prenatální diagnostika, se plod pro nás stává pacientem. Můžeme jej vyšetřovat,
VíceMožnosti genetické prevence vrozených vad a dědičných onemocnění
Ze současné medicíny Možnosti genetické prevence vrozených vad a dědičných onemocnění ILGA GROCHOVÁ Jedním z kritérií kvality zdravotní péče je perinatální úmrtnost a nemocnost novorozenců (období před
VícePRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKA
PRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKA Hanáková, Makaturová, Němečková VYŠETŘOVACÍ METODY PRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKY neinvazivní invazivní NEINVAZIVNÍ METODY PRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKY - prenatální screening - UZ vyšetření plodu
VícePrenatální diagnostika v roce 2007 předběžné výsledky
Prenatální diagnostika v roce 27 předběžné výsledky V. Gregor 1,2, A. Šípek 1,3 1 Oddělení lékařské genetiky, Fakultní Thomayerova nemocnice, Praha 2 Institut postgraduálního vzdělávání ve zdravotnictví,
Více49. výroční cytogenetická konference a XI. hradecký genetický den
1 1 Výsledky prenatální diagnostiky chromozomových aberací v ČR Vladimír Gregor 1,2, 3, Antonín Šípek 1,2,4, Antonín Šípek jr. 1,5, Jiří Horáček 1,6 Oddělení lékařské genetiky, Thomayerova nemocnice, Praha
VíceVariabilita heterochromatinové oblasti lidského chromosomu 9 z evolučního a klinického hlediska
Variabilita heterochromatinové oblasti lidského chromosomu 9 z evolučního a klinického hlediska A. Šípek jr. (1), R. Mihalová (1), A. Panczak (1), L. Hrčková (1), P. Lonský (2), M. Janashia (1), M. Kohoutová
VíceSondy k detekci aneuploidií a mikrodelečních syndromů pro prenatální i postnatální vyšetření
Sondy k detekci aneuploidií a mikrodelečních syndromů pro prenatální i postnatální vyšetření Název sondy / vyšetřovaného syndromu vyšetřovaný gen / oblast použití Fast FISH souprava prenatálních sond DiGeorge
VíceTereza Hanketová Zuzana Hašková Veronika Hermanová Kateřina Hobzová
Tereza Hanketová Zuzana Hašková Veronika Hermanová Kateřina Hobzová Prenatální screeningová vyšetření Možnosti prenatálních screeningových vyšetření v ČR Screening slouží k vyhledávání osob s významným
VíceCentrum asistované reprodukce. prim. MUDr. Milada Brandejská. MUDr. Alena Langerová MUDr. Lenka Vykysalá MUDr. Milan Daněk MUDr.
VÝROČNÍ ZPRÁVA 2009 Vedoucí lékař MUDr. David Stejskal Zástupce vedoucího lékaře pro gynekologii prim. MUDr. Dagmar Smetanová, CSc. Vedoucí IVF programu prim. MUDr. Milada Brandejská PRAHA Vrchní sestra
VíceScreening v průběhu gravidity
Screening v průběhu gravidity Prevence těžkých VVV Vrozené vývojové vady: defekty orgánů, ke kterým došlo během prenatálního vývoje plodu a jsou přítomny při narození jedince Biochemický screening (vyšetření
VíceInformovaný souhlas s provedením preimplantační genetické diagnostiky a screeningu (PGD a PGS)
Informovaný souhlas s provedením preimplantační genetické diagnostiky a screeningu (PGD a PGS) 1) Důvody a účel použití preimplantační genetické diagnostiky (PGD) a screeningu (PGS) Preimplantační genetická
VícePRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKA VROZENÝCH VAD V ČESKÉ REPUBLICE AKTUÁLNÍ DATA
PRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKA VROZENÝCH VAD V ČESKÉ REPUBLICE AKTUÁLNÍ DATA Vladimír Gregor 1,2, 3, Antonín Šípek 1,2,4 Oddělení lékařské genetiky, Thomayerova nemocnice, Praha 1 Oddělení lékařské genetiky, Sanatorium
VíceGENETICKÉ TESTY V REPRODUKČNÍ MEDICÍNĚ: CARRIER TEST GENETICKÝ MATCHING, VYŠETŘOVÁNÍ DÁRKYŇ/DÁRCŮ GAMET, NIPT. MUDr. Petr Lošan Genetika Plzeň,s.r.o.
GENETICKÉ TESTY V REPRODUKČNÍ MEDICÍNĚ: CARRIER TEST GENETICKÝ MATCHING, VYŠETŘOVÁNÍ DÁRKYŇ/DÁRCŮ GAMET, NIPT MUDr. Petr Lošan Genetika Plzeň,s.r.o. TESTOVÁNÍ DÁRCŮ/DÁRKYŇ GAMET POVINNÉ V ČR Od 7/2018
VíceVÝSLEDKY FISH ANALÝZY U NEMOCNÝCH S MM ZAŘAZENÝCH VE STUDII CMG 2002 VÝZKUMNÝ GRANT NR/8183-4 CMG CZECH GROUP M Y E L O M A Č ESKÁ MYELOMOVÁ SKUPINA
VÝSLEDKY FISH ANALÝZY U NEMOCNÝCH S MM ZAŘAZENÝCH VE STUDII CMG 2002 VÝZKUMNÝ GRANT NR/8183-4 CZECH CMG M Y E L O M A GROUP Č ESKÁ MYELOMOVÁ SKUPINA Zhodnocení spolupráce Přehled molekulárně cytogenetických
VícePRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKA
PRENATÁLNÍ DIAGNOSTIKA Těhotenství je pro ženu období krásné a velmi významné, ale v některých případech může být také stresující. Důležitá je proto co nejlepší informovanost budoucích rodičů o možnostech
VíceNeinvazivní test chromozomálních vad. Naše výsledky vám dodají jistotu. Spolehlivé odpovědi. Jasné výsledky. QUALITY OF SCIENCE
Neinvazivní test chromozomálních vad Naše výsledky vám dodají jistotu Spolehlivé odpovědi. Jasné výsledky. QUALITY OF SCIENCE materni@imalab.cz www.maternit21.cz www.imalab.cz tel.: +420 606 705 622, 606
Vícechromozomů Petr Kuglík lení genetiky a molekulárn
Co dokážeme vyčíst z chromozomů Petr Kuglík Oddělen lení genetiky a molekulárn rní biologie, ÚEB PřF MU Osnova 1. Historie studia lidských chromozomů 2. Metody studia chromozomů 3. Abnormality chromozomů
VíceNové trendy v prenatální diagnostice
Nové trendy v prenatální diagnostice Diana Nikulenkov Grochová Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o. Víme, co hledat Netušíme, kde a co hledat arraycgh NGS Rozlišení Klasický karyotyp (rozlišení ~ 5 Mb)
VíceProč se někdy dělá biopsie choria a jindy amniocentéza?
K čemu slouží biopsie choria? Prenatálně diagnostický test, který detekuje chromozomální abnormlity u plodu. K vyšetření se používají klky, které tvoří tzv. chorion. Z choria se postupem času vytvoří placenta.
VíceKLASICKÉ A MOLEKULÁRN RNÍ METODY V KLINICKÉ A ONKOLOGICKÉ CYTOGENETICE. Zuzana Zemanová CENTRUM NÁDOROVN DOROVÉ CYTOGENETIKY Ústav klinické biochemie a laboratorní diagnostiky VFN a 1. LF UK PRAHA CYTOGENETIKA
VíceChromosomové změny. Informace pro pacienty a rodiny
12 Databáze pracovišť poskytujících molekulárně genetická vyšetření velmi častých genetických onemocnění v České republice (CZDDNAL) www.uhkt.cz/nrl/db Chromosomové změny Unique - Britská svépomocná skupina
VíceZdokonalení prenatálního screeningu aneuploidií a preeklampsie v I.-III. trimestru využitím 1TM-QUAD testu
Zdokonalení prenatálního screeningu aneuploidií a preeklampsie v I.-III. trimestru využitím 1TM-QUAD testu Milan Macek sr. 1, Radovan Vlk 2, Martina Pešková 1, Marek Turnovec 1, Markéta Vlčková 1, Pavel
Vícev oboru KLINICKÁ GENETIKA PRO ODBORNÉ PRACOVNÍKY V LABORATORNÍCH METODÁCH
RÁMCOVÝ VZDĚLÁVACÍ PROGRAM PRO ZÍSKÁNÍ SPECIALIZOVANÉ ZPŮSOBILOSTI v oboru KLINICKÁ GENETIKA PRO ODBORNÉ PRACOVNÍKY V LABORATORNÍCH METODÁCH 1. Cíl specializačního vzdělávání Cílem specializačního vzdělávání
VíceReprodukční genetika. Renata Gaillyová LF MU 2015
Reprodukční genetika Renata Gaillyová LF MU 2015 Reprodukční genetika Prekoncepční vyšetření Možnosti genetického vyšetření u párů s poruchami reprodukce Prenatální diagnostika Preimplantační genetická
VíceMožnosti laboratoře ve screeningu vrozených vývojových vad T.Zima, D. Springer ÚKBLD VFN a 1.LF UK Praha 2 Praha
Možnosti laboratoře ve screeningu vrozených vývojových vad T.Zima,, D. Springer ÚKBLD VFN a 1.LF UK Praha 2 Praha 14.9.2007 Downův syndrom Downův syndrom (DS) je vrozená vada způsoben sobená trizomií chromozom
VíceMETODICKÝ NÁVOD K ZAJIŠTĚNÍ A PROVÁDĚNÍ VŠEOBECNÉHO TĚHOTENSKÉHO SCREENINGU VROZENÝCH VÝVOJOVÝCH VAD V ČR. 1. Všeobecná ustanovení
Příloha č. 1 METODICKÝ NÁVOD K ZAJIŠTĚNÍ A PROVÁDĚNÍ VŠEOBECNÉHO TĚHOTENSKÉHO SCREENINGU VROZENÝCH VÝVOJOVÝCH VAD V ČR 1. Všeobecná ustanovení Lékařský screening slouží k vyhledávání osob s významným rizikem
VíceChromosomové změny v plasmatických buňkách u nemocných s mnohočetným myelomem detekované metodou FISH
Chromosomové změny v plasmatických buňkách u nemocných s mnohočetným myelomem detekované metodou FISH Grant IGA NR-8183-4 J.Tajtlová, L. Pavlištová, Z. Zemanová, K. Vítovská, K. Michalová ÚKBLD CNC VFN
VíceVytvořilo Oddělení lékařské genetiky FN Brno
GONOSOMY GONOSOMY CHROMOSOMY X, Y Obr. 1 (Nussbaum, 2004) autosomy v chromosomovém páru homologní po celé délce chromosomů crossingover MEIÓZA Obr. 2 (Nussbaum, 2004) GONOSOMY CHROMOSOMY X, Y ODLIŠNOSTI
VíceKlinická genetika, genetické poradenství, cytogenetika, DNA diagnostika (od pacienta k DNA a zpět) OLG a LF MU 2011 Renata Gaillyová
Klinická genetika, genetické poradenství, cytogenetika, DNA diagnostika (od pacienta k DNA a zpět) OLG a LF MU 2011 Renata Gaillyová Lékařská genetika Charakteristika a historie a současný stav oboru Genetická
VíceLékařská genetika. Koncepce oboru. - na vyhledávání nosičů genetických onemocnění v postižených rodinách
Lékařská genetika 208 Koncepce oboru 2. ODBORNÁ NÁPLŃ OBORU Lékařská genetika (LG) je samostatným vědním oborem v systému lékařských věd. Po stránce kvalifikační jde o nástavbový obor pro lékaře s nejméně
VíceUZ vyšetření jako měřená veličina v rámci screeningu VVV
UZ vyšetření jako měřená veličina v rámci screeningu VVV Loucký Jaroslav (loucky@imalab.cz) http://www.imalab.cz/ 1 Souhrn Screening VVV je multidisciplinární oblastí vyšetřování Je žádoucí dokumentovat
VíceGenetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.
Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské praxi doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Historie forenzní genetiky 1985-1986 Alec Jeffreys a satelitní DNA 1980 Ray
VíceMetody detekce poškození DNA
STABILITA GENOMU II. Metody detekce poškození DNA Metody detekce poškození DNA Možnosti stanovení: 1. poškození DNA per se nebo 2. jeho následky mutace genů a mutace chromosomů 1. Detekce poškození DNA
Více1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně
Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.
VíceČasná ultrazvuková diagnostika rozštěpových vad obličeje u plodu
Časná ultrazvuková diagnostika rozštěpových vad obličeje u plodu MUDr. Vlašín P., MUDr. Pavková Š., Centrum prenatální diagnostiky Brno, Veveří 39, 60200, Brno www.prenatal.cz cpd@prenatal.cz Vyšetření
VíceReprodukční genetika. Renata Gaillyová LF MU 2014
Reprodukční genetika Renata Gaillyová LF MU 2014 Reprodukční genetika Prekoncepční vyšetření Možnosti genetického vyšetření u párů s poruchami reprodukce Prenatální diagnostika Preimplantační genetická
VíceLABORATORNÍ PŘÍRUČKA LABORATOŘE ODDĚLENÍ LÉKAŘSKÉ GENETIKY UL
LABORATORNÍ PŘÍRUČKA LABORATOŘE ODDĚLENÍ LÉKAŘSKÉ GENETIKY UL Obsah: 1. Účel... 3 2. Platnost směrnice...3 3. Použité zkratky a pojmy... 3 4. Odpovědnosti a pravomoci... 4 5. Vlastní popis předmětu...
VícePotřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková. Parent projekt. Praha 19.2.2009
Potřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková Parent projekt Praha 19.2.2009 Diagnostika MD její vývoj 1981-1986: zdokonalování diferenciální diagnostiky
VíceII. ročník, zimní semestr 1. týden OPAKOVÁNÍ. Úvod do POPULAČNÍ GENETIKY
II. ročník, zimní semestr 1. týden 6.10. - 10.10.2008 OPAKOVÁNÍ Úvod do POPULAČNÍ GENETIKY 1 Informace o výuce (vývěska) 2 - nahrazování (zcela výjimečně) - podmínky udělení zápočtu (docházka, prospěch
VíceCvičení z cytogene/ky
Cvičení z cytogene/ky Mgr. Markéta Wayhelová Ústav experimentální biologie Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Brno Workshop Univerzitní vzdělávání genegky Brno, 26. května 2016 Kurz Bi6270c
VíceNEWSLETTER. obsah. Preimplantační genetická diagnostika nová metoda screeningu 24 chromozomů metodou Array CGH...2
Srpen 2012 8 obsah Preimplantační genetická diagnostika nová metoda screeningu 24 chromozomů metodou Array CGH...2 Zachování fertility nové možnosti v GENNETu...3 Hysteroskopie bez nutnosti celkové anestezie...4
VíceAkreditovaný subjekt podle ČSN EN ISO 15189:2007: CGB laboratoř a.s Kořenského 10, Ostrava, Vítkovice
List 1 z 6 Pracoviště zdravotnické laboratoře: 1., Laboratoř klinické patologie a cytologie Kořenského 10, 70300 Ostrava Vítkovice Postupy vyšetření: 1 Histologická vyšetření tkání 2 Peroperační histologická
VíceTurnerův syndrom. sk. 15 VL Petr Pavlica Alice Píšková Ondřej Pokorný Andrea Plešingerová Romana Pekarová Roberta Pittnerová Stanislava Poulová
Turnerův syndrom sk. 15 VL 2014 Petr Pavlica Alice Píšková Ondřej Pokorný Andrea Plešingerová Romana Pekarová Roberta Pittnerová Stanislava Poulová klinické projevy + léčba - UZ - nuchální prosáknutí -
Více