Analytický software databáze projektu CAMELIA

Transkript

1 CHRONICKÁ MYELOIDNÍ LEUKÉMIE Analytický software databáze projektu CAMELIA Uživatelská příručka Verze 2.0 Listopad 2010 Česká hematologická společnost ČLS JEP Garant projektu: Česká hematologická společnost ČLS JEP Institut biostatistiky a analýz Masarykova univerzita Tvorba a technické zajištění: Institut biostatistiky a analýz Masarykova univerzita Projekt je podporován grantem společnosti Novartis

2 Vytvořil kolektiv autorů: RNDr. Jan Mužík 1, RNDr. Miroslav Kubásek, PhD. 1, doc. RNDr. Ladislav Dušek, PhD. 1, MUDr. Jaroslava Voglová 2, prof. RNDr. Marie Jarošová, CSc. 3, prof. MUDr. Karel Indrák, DrSc. 3 1 Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita 2 2. interní klinika - oddělení klinické hematologie, FN Hradec Králové 3 Hemato-onkologická klinika, FN Olomouc Odborná garance: prof. MUDr. Karel Indrák, DrSc., Hemato-onkologická klinika, FN Olomouc doc. MUDr. Edgar Faber, CSc., Hemato-onkologická klinika, FN Olomouc prof. RNDr. Marie Jarošová, CSc., Hemato-onkologická klinika, FN Olomouc MUDr. Jaroslava Voglová, 2. interní klinika - oddělení klinické hematologie, FN Hradec Králové doc. MUDr. Tomáš Kozák, CSc., Oddělení klinické hematologie, FN Královské Vinohrady prim. MUDr. Eduard Cmunt, CSc., I. interní klinika, hematologická ambulance, VFN Praha prim. MUDr. Vladimír Koza, Hematologicko - onkologické oddělení, FN Plzeň MUDr. Kateřina Steinerová, Hematologicko - onkologické oddělení, FN Plzeň prim. MUDr. Eva Demečková, Klinika hematológie a transfuziológie, FN Bratislava prim. MUDr. Ľudmila Demitrovičová, Hematologicko transfuziologické oddelenie, NOÚ Bratislava prof. MUDr. Elena Tóthová, CSc., Klinika hematológie a onkohematológie, FNLP Košice MUDr. Juraj Chudej, Klinika hematológie a transfuziológie, FN Martin prof. MUDr. Lukáš Plank, CSc., Ústav patologickej anatómie JLF UK a MFN v Martine MUDr. Imrich Markuljak, Hematologické oddelenie, FNsP FD Roosevelta Banská Bystrica prim. MUDr. Stanislav Palášthy, Fakultná nemocnica s poliklinikou J. A. Reimana Prešov Informace pro uživatele analytického software projektu CAMELIA Tato příručka je určena uživatelům analytického software projektu a jejím obsahem je základní popis jeho funkcí. V případě nejasností nebo komplikací ve funkčnosti se můžete obrátit na koordinátory projektu nebo helpdesk. Vaše připomínky jsou vítány a pomohou dalšímu rozvoji software a jeho přizpůsobování potřebám uživatelů. Kontaktní informace Koordinace projektu: RNDr. Jan Mužík muzik@iba.muni.cz, tel.: Doc. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. dusek@iba.muni.cz, tel.: Technická podpora:? helpdesk helpdesk@iba.muni.cz, tel.: , ICQ: Analytický software databáze projektu CAMELIA 2

3 OBSAH Projekt CAMELIA... 4 Popis projektu CAMELIA... 4 Cíle projektu CAMELIA... 4 Databáze projektu CAMELIA... 5 IT zajištění... 6 On line formuláře pro zadávání dat... 6 Analytický software databáze projektu CAMELIA... 6 Uživatelská příručka analytického software projektu CAMELIA... 8 Vstup do analytického software CAMELIA a dostupná data... 8 Přehled analýz a základní navigace v software... 9 Možnosti nastavení filtrů analýz Počet pacientů v čase Pohlaví a věk pacientů Přehled typů léčby Vývoj zahájení léčby v čase Hematologická odpověď Cytogenetická odpověď Molekulárně-genetická odpověď Nejlepší dosažená odpověď Progrese onemocnění během léčby Seznam pacientů dle kriterií Kazuistika pacienta Kazuistika pacienta Kazuistika pacienta Analýza přežití Závěrečné upozornění Analytický software databáze projektu CAMELIA 3

4 PROJEKT CAMELIA Popis projektu CAMELIA Projekt CAMELIA je mezinárodní multicentrická klinická databáze pro monitoring léčby a léčebné odpovědi u pacientů s chronickou myeloidní leukémií (CML). Jedná se o neintervenční observační projekt organizovaný Leukemickou sekcí České hematologické společnosti, koordinaci a technické zabezpečení zajišťuje Masarykova univerzita. V současnosti spolupracuje v rámci projektu celkem 12 českých a slovenských klinických center a jedno neklinické pracoviště. Hlavní náplní projektu CAMELIA je vedení vysoce reprezentativní databáze s hodnotnými vědeckými a klinickými daty. Analýzy základních epidemiologických a klinických dat umožňují pravidelnou diskusi o výsledcích terapeutických přístupů a následnou spolupráci center na obecně platných protokolech diagnostiky a léčby. Součástí je hodnocení cytogenetických a molekulárně-genetických dat sledovaných dle aktuálních doporučení mezinárodních odborných společností. Cíle projektu CAMELIA Hlavním cílem projektu CAMELIA je podchycení a analýza epidemiologicko-klinických informací o pacientech s CML z většiny území České republiky a Slovenské republiky. Akcentována je zejména interpretace výsledků cytogenetických a molekulárně-genetických vyšetření pacientů léčených inhibitory tyrosinkináz resp. alogenní transplantací. Struktura dat umožňuje rovněž plnohodnotnou spolupráci s obdobně zaměřenými evropskými projekty (European Leukemia Net). Sledované cíle: Epidemiologické údaje o výskytu chronické myeloidní leukémie v populaci České republiky a Slovenské republiky Údaje o počtech pacientů s CML léčených na pracovištích zapojených do projektu (centra léčby hematologických malignit) Údaje o stavu pacientů v době diagnózy CML (klinické, hematologické, cytogenetické a molekulárněgenetické nálezy) Údaje o léčbě pacientů s CML jakým způsobem (léčivé přípravky, transplantace) jsou pacienti s CML léčeni Údaje o dosažené léčebné odpovědi na hematologické, cytogenetické a molekulárně-genetické úrovni Podrobnější údaje o provedených transplantacích typy, způsoby přípravy štěpů, frekvence a závažnost GVHD Evidence výsledků vyšetření rezistence na léčbu (mutace vazebného místa ABL kinázy, inhibice fosforylace Crkl), pokud jsou v praxi prováděna Trvání léčebné odpovědi a doba přežití pacientů Analýza vzájemné souvislosti uvedených faktorů. Analytický software databáze projektu CAMELIA 4

5 Databáze projektu CAMELIA Údaje pacientů v databázi neobsahují osobní údaje, pacienti jsou vedeni pod anonymními kódy (ID), které neumožňují jejich osobní identifikaci. Údaje jsou zaznamenávány on-line do centrální databáze prostřednictvím elektronických formulářů. Datová struktura sestává ze základních epidemiologických a klinických dat pacientů s chronickou myeloidní leukémií (základní záznam) a z rozšířeného záznamu dat cytogenetického a molekulárně-genetického vyšetření (rozšířený záznam). Projekt CAMELIA je flexibilní otevřený systém, kde množství sledovaných údajů může být měněno prostřednictvím specifických záznamů jasně definovaných vědeckých hypotéz (specifické záznamy). Struktura záznamu pacienta v databázi projektu CAMELIA. Údaje pacienta (datum narození, pohlaví) Záznam pacienta v registru CAMELIA Vstupní formulář Aktualizace údajů Léčebná odpověď / progrese * Transplantace Pacient neodpovídající na léčbu Další malignity Základní údaje o diagnóze Klinické vyšetření Krevní obraz a diferenciál HLA Cytologie KD Prognostické indexy Klasická cytogenetika FISH RT-PCR QRT-PCR Přehled léčby Přehled dávkování a komplikací léčby Aktuální stav pacienta Hodnocení stavu Hematologická odpověď/progrese Klasická cytogenetika FISH RT-PCR QRT-PCR Cytogenetická odpověď/progrese a molekulárněgenetická odpověď/progrese Typ transplantace Manipulace se štěpem GVHD Indikace Mutace vazebného místa ABL kinázy Inhibice fosforylace Crkl Parametry základního záznamu Parametry rozšířeného záznamu Speciální témata CML sekundární Další malignita během léčby CML * Frekvence hodnocení stavu pacienta: Po transplantaci nebo při léčbě inhibitory tyrosinkináz: 1. rok á 3 měsíce, dále á 1 rok, ostatní: á 1 rok, Při změně stavu (léčebná odpověď/progrese): ihned Analytický software databáze projektu CAMELIA 5

6 IT zajištění Informatické zázemí projektu je zajištěno Institutem biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity (IBA MU). Systém managementu kvality služeb a bezpečnosti informací IBA MU splňuje požadavky následujících norem: ČSN EN ISO 9001:2009 o systému managementu kvality produktů a služeb ČSN ISO/IEC :2006 o managementu služeb v oblasti IT ČSN ISO/IEC 27001:2006 o managementu bezpečnosti informací On line formuláře pro zadávání dat Zadávání údajů probíhá on-line prostřednictvím elektronických formulářů, veškerá komunikace je chráněna 128 bitovým šifrováním. Formuláře jsou vytvořeny v systému TrialDB vyvinutém na University of Yale, USA, který byl lokalizován na zdejší podmínky a modifikován dle potřeb uživatelů. Data jsou shromažďována a uchována v centrální databázi, splňující nejpřísnější kritéria jejich zabezpečení, spravované v systému ORACLE 9i. Autorizace všech uživatelů je zajištěna jedinečnými loginy a hesly, systém přístupových práv je definován databázovým administrátorem. Webová technologie je zajištěna pomocí serveru Windows Přístup do databáze je umožněn z jakéhokoliv počítače připojeného k síti internet vybaveného prohlížečem MS Internet Explorer verze 5.5 nebo vyšší. K použití formulářů není nutné na počítač instalovat žádný další software. Vstup do databáze projektu CAMELIA je na adrese Analytický software databáze projektu CAMELIA Pro účinnější využití databáze projektu CAMELIA byl vyvinut samostatný analytický software, který umožňuje uživateli zpracovávat jím zadaná data přímo, bez nutnosti spolupráce s analytickým centrem. Tento software je postaven na webové technologii a jeho použití je možné z každého počítače připojeného k síti internet. Doporučené prohlížeče pro tento software jsou MS Internet Explorer verze 7 a vyšší nebo Mozilla Firefox verze 2 a vyšší. Přístup do analytického software je umožněn pouze oprávněným uživatelům po zadání uživatelského jména a hesla. Přístupové údaje a rozsah práv jsou přidělovány administrátorem databáze a zpravidla se shodují s údaji a právy pro zadávání dat do centrální databáze projektu (výjimku tvoří rozšířená práva pro účely zpracování dat celé databáze nebo celorepublikových dat). Analytický software nepracuje přímo s primární centrální databází, zdrojem pro analýzy je pracovní analytický export. Aktualizace tohoto exportu je prováděna automaticky každodenně v čase 0:00. V současné verzi software vstupují do analýz pouze pacienti s potvrzenou Ph / BCR-ABL pozitivitou (Vstupní formulář -> Ph / BCR-ABL pozitivita potvrzena = ano) a s rozšířeným záznamem (Vstupní formulář -> Typ záznamu = rozšířený). Vstup do analytického software projektu CAMELIA je na adrese Analytický software databáze projektu CAMELIA 6

7 Schéma toků dat při zadávání údajů do databáze CAMELIA a jejich analytickém zpracování. Centrum 3 Centrum 2 Centrum 1 Šifrovaná komunikace: zadávání a úpravy dat analytické výstupy SÍŤ INTERNET Formuláře CAMELIA v TrialDb Windows Server Unix Server Analytický software CAMELIA ORACLE 9i Centrální databáze Denně 0:00 h Data CAMELIA Pracovní analytický export Analytický software databáze projektu CAMELIA 7

8 UŽIVATELSKÁ PŘÍRUČKA ANALYTICKÉHO SOFTWARE PROJEKTU CAMELIA Vstup do analytického software CAMELIA a dostupná data Vstup do software Vstup do analytického software projektu CAMELIA naleznete na adrese Pro přihlášení použijte uživatelské jméno a heslo, které Vám bylo přiděleno správcem systému. Pro práci se software jsou doporučené prohlížeče MS Internet Explorer verze 7 a vyšší nebo Mozilla Firefox verze 2 a vyšší (plnou funkčnost včetně využití vstupu do databáze projektu zaručuje Internet Explorer). Přihlášení do software CAMELIA Dostupná data Podle rozsahu práv příslušejících k Vašim přihlašovacím údajům máte přístup k odpovídající skupině pacientů. Zpravidla se jedná o pacienty Vašeho centra, rozšířená práva umožňují přístup k celému souboru pacientů v databázi. V této verzi software vstupují do analýz pouze pacienti s potvrzenou Ph / BCR-ABL pozitivitou (Vstupní formulář -> Ph / BCR-ABL pozitivita potvrzena = ano) a s rozšířeným záznamem (Vstupní formulář -> Typ záznamu = rozšířený). Analytický software databáze projektu CAMELIA 8

9 Aktualizace dat Data dostupná k analýze odpovídají stavu centrální databáze v době poslední aktualizace dat pro software CAMELIA, která je prováděna automaticky každodenně v čase 0:00h. Přehled analýz a základní navigace v software Úvodní stránka software CAMELIA obsahuje přehled dostupných analýz a základní informaci o obsahu databáze. Navigační tlačítka Seznam dostupných analýz V této verzi jsou k dispozici následující analýzy: Počet pacientů v čase Pohlaví a věk pacientů Přehled typů léčby Vývoj zahájení léčby v čase Hematologická odpověď Cytogenetická odpověď Molekulárně-genetická odpověď Nejlepší dosažená odpověď Progrese onemocnění během léčby Seznam pacientů dle kriterií Kazuistika pacienta Analýza přežití Analytický software databáze projektu CAMELIA 9

10 Kliknutím na požadovanou položku v seznamu uživatel vstoupí do okna dané analýzy. Každá analýza nabízí výsledky v grafické a tabulkové podobě, je možno zvolit vlastní nastavení analýzy (jednotky, specifický flitr analýzy atp.), je možné zvolit vlastní skupinu pacientů pro analýzy podle dostupných kriterií (filtr), je možné se přepnout do jiné analýzy při zachování zvoleného filtru na skupinu záznamů. V záhlaví okna a v nadpisu grafu je popis analyzované skupiny záznamů. Navigační tlačítka pak umožňují otevření okna s uživatelskou příručkou, otevření vstupní stránky do databáze CAMELIA (pro plnou funkčnost vyžaduje používání MS Internet Exploreru verze 5.5 nebo vyšší), návrat na úvodní stránku software s přehledem dostupných analýz (zruší zvolený flitr skupiny záznamů) a odhlášení ze software (návrat na vstupní stánku s přihlašováním). Uživatelská příručka Vstup do databáze projektu Úvodní stránka, zrušení filtru Odhlášení vstupní stránka Údaj o času provedení exportu dat pro analýzy Popis skupiny pacientů a zvolené analýzy Volba jiné analýzy (filtr zůstane zachován) Volba skupiny pacientů - filtr Nastavení analýzy Grafický výsledek Číselný výsledek Analytický software databáze projektu CAMELIA 10

11 Možnosti nastavení filtrů analýz Software CAMELIA umožňuje výběr vlastní skupiny pacientů pro analýzy, v této verzi software jsou dostupná tato kriteria pro výběr: Základní skupina Období, typ záznamu Pohlaví Věk Fáze CML při diagnóze Prognóza onemocnění Cytogenetika Léčba Okno s nabídkou nastavení flitru se otevře kliknutí na příslušnou položku seznamu na pravé straně okna analýzy. Po nastavení volby se okno zavře kliknutím na tlačítko Zobrazit graf a zobrazí se výsledek. Aplikovaný flitr je označen žlutým písmem. Nastavení voleb filtru Otevření okna nabídky filtru Aplikace flitru a zobrazení výsledku Aplikovaný filtr Základní skupina umožňuje výběr skupiny pacientů dle přístupových práv uživatele celý soubor, pacienti z jedné země nebo pouze pacienti vlastního centra. Analytický software databáze projektu CAMELIA 11

12 Období, typ záznamu Tato volba umožňuje vybrat časové období dle data stanovení diagnózy pacientů, a to kategorizovaně (retrospektivní sběr do roku 1999, standardizovaný sběr od roku 2000), nebo volbou dolní a horní hranice intervalu požadovaného období. Pohlaví Volba skupiny záznamů dle pohlaví pacientů. Věk volba skupiny pacientů dle věku, současná verze software umožňuje pouze volbu dle věku při diagnóze. Posuvníky pro volbu hranic intervalu věku Analytický software databáze projektu CAMELIA 12

13 Fáze CML při diagnóze volba skupiny pacientů dle fáze onemocnění při stanovení diagnózy. Hodnoty je možno kombinovat, logický operátor je NEBO. V případě volby všech tří rizikových skupin nejsou do analýz zahrnuti pacienti bez uvedené fáze onemocnění. Prognóza onemocnění volba skupiny pacientů dle rizikových kategorií Sokalova nebo Hasfordova (Euroskóre) indexu. Stupně rizika je možno kombinovat, logický operátor je NEBO. V případě volby všech tří rizikových skupin nejsou do analýz zahrnuti pacienti bez uvedeného rizika. Cytogenetika volba skupiny pacientů podle zaznamenaných výsledků klasického cytogenetického vyšetření při diagnóze nebo v průběhu léčby. Výběr lze provést podle typu Ph translokace, nebo podle přítomnosti přídatných chromozomových změn obecně. Analytický software databáze projektu CAMELIA 13

14 Léčba volba skupiny pacientů dle aplikované léčby. Použitou léčbu je možno kombinovat pomocí logických operátorů A ND (všechny zvolené léčby byly u pacienta aplikovány) nebo OR (alespoň jedna zvolená léčba byla aplikována). U inhibitorů tyrosinkináz a transplantace lze pak zvolit linii dané léčby. Údaje o linii léčby odpovídají hodnotám zadaným v aktualizaci - přehledu léčby v databázi CAMELIA. Analytický software databáze projektu CAMELIA 14

15 Počet pacientů v čase Tato analýza zobrazuje vývoj počtu pacientů v čase dle roku stanovení diagnózy. K dispozici jsou všechny dostupné filtry. Pohlaví a věk pacientů Tato analýza zobrazuje zastoupení pohlaví, věk při diagnóze dle pohlaví (průměr, medián, rozsah) a věkovou strukturu pacientů dle pohlaví. K dispozici jsou všechny dostupné filtry. Analytický software databáze projektu CAMELIA 15

16 Přehled typů léčby Tato analýza zobrazuje přehled typů léčby aplikované u vybrané skupiny pacientů. Sloupcový graf ukazuje podíl pacientů s danou léčbou, výsečový graf zobrazuje vážený podíl pacientů podle použité léčby. Vývoj zahájení léčby v čase Tato analýza zobrazuje zastoupení typů léčby dle roku jejich prvního podání u pacientů. Zobrazení je možné v čárovém nebo sloupcovém grafu. V nastavení analýzy lze zvolit zobrazované období dle roku prvního podání léčby, dále je možná volba jednotek: absolutní počty nebo zastoupení v %. Analytický software databáze projektu CAMELIA 16

17 Hematologická odpověď Tato analýza zobrazuje nejlepší dosaženou hematologickou odpověď u pacientů na dané léčbě ve zvoleném časovém intervalu od zahájení této léčby. Volba typu léčby (imatinib, dasatinib, nilotinib nebo transplantace) a volba sledovaného časového intervalu pro dosažení odpovědi je k dispozici v nastavení analýzy. Cytogenetická odpověď Tato analýza zobrazuje nejlepší dosaženou cytogenetickou odpověď u pacientů na dané léčbě ve zvoleném časovém intervalu od zahájení této léčby. Volba typu léčby (imatinib, dasatinib, nilotinib nebo transplantace) a volba sledovaného časového intervalu pro dosažení odpovědi je k dispozici v nastavení analýzy. Analytický software databáze projektu CAMELIA 17

18 Molekulárně-genetická odpověď Tato analýza zobrazuje nejlepší dosaženou molekulárně-genetickou odpověď u pacientů na dané léčbě ve zvoleném časovém intervalu od zahájení této léčby. Volba typu léčby (imatinib, dasatinib, nilotinib nebo transplantace) a volba sledovaného časového intervalu pro dosažení odpovědi je k dispozici v nastavení analýzy. Molekulárně-genetickou odpověď lze dále hodnotit samostatně pro kvalitativní RT-PCR, kvantitativní RT-PCR nebo společně pro obě metody. Nejlepší dosažená odpověď Tato analýza zobrazuje nejlepší dosaženou odpověď celkem u pacientů na dané léčbě ve zvoleném časovém intervalu od zahájení této léčby. Volba typu léčby (imatinib, dasatinib, nilotinib nebo transplantace) a volba sledovaného časového intervalu pro dosažení odpovědi je k dispozici v nastavení analýzy. Analytický software databáze projektu CAMELIA 18

19 Progrese onemocnění během léčby Tato analýza zobrazuje nejhorší progresi onemocnění u pacientů na dané léčbě ve zvoleném časovém intervalu od zahájení této léčby. Volba typu léčby (imatinib, dasatinib, nilotinib nebo transplantace) a volba sledovaného časového intervalu pro dosažení odpovědi je k dispozici v nastavení analýzy. Analytický software databáze projektu CAMELIA 19

20 Seznam pacientů dle kriterií Tato analýza zobrazí seznam pacientů, kteří odpovídají zvolenému filtru. V nastavení analýzy lze dále zvolit možnost zobrazení seznamu pacientů, kteří nemají nejsou zahrnuti do analýz nebo nemají úplné záznamy: - pacienti v databázi CAMELIA nezahrnutí do analýz celkem (základní záznam, Ph+/BCR-ABL nepotvrzeno) - Ph/BCR-ABL pozitivní pacienti s rozšířeným záznamem bez záznamu o hodnocení léčebné odpovědi Analytický software databáze projektu CAMELIA 20

21 Kazuistika pacienta Tato analýza zobrazuje údaje o průběhu léčby a odpovědi na léčbu u jednotlivých pacientů. Volba pacienta se provede výběrem ze seznamu vpravo nad filtry analýz, seznam lze pomocí filtrů omezit na požadovanou skupinu záznamů. Výsledky jednotlivých typů vyšetření jsou graficky zobrazovány na časové ose. Volba pacienta Léčba Sledování odpovědi Hematologická část Cytogenetická část Molekulárněgenetická část Legenda grafu Filtry pro omezení seznamu pacientů Kazuistika pacienta Tato analýza zobrazuje údaje o průběhu léčby a odpovědi na léčbu u jednotlivých pacientů. Volba pacienta se provede výběrem ze seznamu vpravo nad filtry analýz, seznam lze pomocí filtrů omezit na požadovanou skupinu záznamů. Výsledky jednotlivých typů vyšetření jsou graficky zobrazovány na časové ose. Kazuistika pacienta Tato analýza zobrazuje údaje o průběhu léčby a odpovědi na léčbu u jednotlivých pacientů. Volba pacienta se provede výběrem ze seznamu vpravo nad filtry analýz, seznam lze pomocí filtrů omezit na požadovanou skupinu záznamů. Výsledky jednotlivých typů vyšetření jsou graficky zobrazovány na časové ose. Analytický software databáze projektu CAMELIA 21

22 Analýza přežití Tato analýza umožňuje základní popisnou Kaplan-Meierovu analýzu celkového přežití pacientů od stanovení diagnózy do posledního sledování. Sledovanou událostí je úmrtí pacienta, žijící pacienti jsou cenzorováni. Analytický software databáze projektu CAMELIA 22

23 ZÁVĚREČNÉ UPOZORNĚNÍ Tento analytický software slouží k přímému zpracování a zviditelnění dat zadaných do databáze projektu CAMELIA a plně odráží jejich aktuální úplnost a kvalitu. Takto získané výsledky nemohou plnohodnotně nahradit analýzu dat provedenou odborným pracovníkem. Autoři tohoto software nenesou zodpovědnost za aktuální obsah databáze zobrazovaný ve výstupech software. Analytický software databáze projektu CAMELIA 23