Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů. Anna Kubesová
|
|
- Irena Slavíková
- před 7 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů Anna Kubesová
2 Osnova Candida Kapilární elektromigrační techniky Výsledky Závěr Planární elektromigrační techniky Výsledky Závěr Pseudomonas syringae Výsledky Závěr
3 Candida Psilosis Candida psilosis fenotypově nerozlišitelné: C. orthopsilosis C. metapsilosis C. parapsilosis Candida parapsilosis patogen pro pacienty se sníženým imunitním systémem. Candida psilosis - Kapilární elektromigrační techniky - Planární elektromigrační techniky
4 Candida Psilosis biofilm
5 A ph gradient 3,6-4,0 Kapilární izoelektrická fokusace Katolyt: 4 x 10-2 moll -1 Na OH 0,3% (w/v) PEG % EtOH Anolyt: 0,1 moll -1 H 3 PO 4 Vzorek: 8 x 10 7 buněk v 1 ml 15 x 10-3 moll -1 NaCl 1% (w/v) PEG B ph gradient 3,6-4,0 Katolyt: 0,6% (w/v) PEG 4000
6 A ph gradient 3,8-4,0 Kapilární izoelektrická fokusace Katolyt: 2 x 10-2 moll -1 Na OH 0,1% (w/v) PEG % EtOH Anolyt: 0,1 moll -1 H 3 PO 4 Vzorek: krevní sérum B ph gradient 3,8-4,0 Katolyt a anolyt stejný jako u A Vzorek: 3x 10 7 buněk v 1 ml krevního sera 3% EtOH 2% (w/v) PEG
7 A: fosfátových pufr moll 1 (ph 8,4) 0.6% (w/v) PEG % (v/v) EtOH Kapilární zónová elektroforéza Vzorek: buněk ml 1 PSS B: fosfátový pufr moll 1 (ph 8,4) 0.3% (w/v) PEG 10,000 3% (v/v) EtOH Vzorek: buněk ml 1 PSS s 1% (w/v) PEG 10,000
8 Závěr V této studii byly pomocí cief a CZE analyzovány vždy tři zástupci každého ze studovaných biofilm-pozitivních a biofilm-negativních druhů C. psilosis Navrhované kapilární elektromigrační metody dokáží rychle, spolehlivě separovat a identifikovat jednotlivé druhy C. psilosis včetně jejich biofilmových forem.
9 Vzorky: Vysráženo vždy 100 μg proteinu a rozpuštěno v 100 μl pufru. Dávkováno 15 μl vzorku na gel. Gel: Separační gel 4-20% T. Barvení: Coomassie Brilliant Blue G-250. SDS-PAGE C. orthopsilosis (FS 72, PH 94 biofilm-negativní), C. metapsilosis (PH 86, FS 58 biofilm-positivní; PH 87, PH 88 biofilm-negativní) and C. parapsilosis (BC 16, BC 11 biofilm-positivní; BC 8, BK 75 biofilm-negativní)
10 Vzorky: Dávkováno 15 μl vzorku lyzátu na gel. ph gradient: 3-10 Separační gel 5% T. Barvení: Coomassie Brilliant Blue G-250. IEF C. orthopsilosis (FS 72, PH 94 biofilm-negativní), C. metapsilosis (PH 86, FS 58 biofilm-positivní; PH 87, PH 88 biofilm-negativní) and C. parapsilosis (BC 16, BC 11 biofilm-positivní; BC 8, BK 75 biofilm-negativní)
11 Vzorky: Vysráženo vždy 100 μg proteinu a rozpuštěno v 200 μl rehydratačním pufru. Dávkováno 125 μl vzorku na IEF strip. Výsledky C. orthopsilosis C. metapsilosis (-) IEF: ReadyStrip IPG Strip, lineární ph gradient 3 10, délka 7 cm od firmy Bio-Rad. Napětí:150 V (50 V h, li near),600 V (600 V h, linear), 1500 V (1500 V h, linear) and 4000 V (15000 V h, rapid) SDS-PAGE Gel: Separační gel 4-20% T. Napětí 180V C. metapsilosis (+) C. parapsilosis (-) C. parapsilosis (+) Barvení: Coomassie Brilliant Blue G-250.
12 MALDI TOF MS C. orthopsilosis (FS 72 biofilm-negativní), C. metapsilosis (FS 58 biofilm-positivní; PH 88 biofilm-negativní) and C. parapsilosis (BC 16 biofilm-positivní; BK 75 biofilm-negativní)
13 Závěr Pomocí planárních elektromigračních technik a MALDI TOF MS vybrané kmeny studovaných biofilmpozitivních a biofilm-negativních kmenů C. "psilosis". Naše výsledky ukazují, že všechny použité techniky jsou schopny identifikovat jednotlivé druhy C. "psilosis" a především 2-DE a MALDI TOF MS dokáží identifikovat i jejich biofilmové formy.
14 Patovary Pseudomonas syringae Patovary Pseudomonas syringae rostlinné patogeny Plynová chromatografie nedostatečná databáze CZE, cief, IEF a MALDI TOF MS.
15 Kapilární izoelektrická fokusace A ph gradient 2,0-4,7 Katolyt: 4 x 10-2 moll -1 Na OH 0,1% (w/v) PEG % EtOH Anolyt: 0,1 moll -1 H 3 PO 4 0,1% (w/v) PEG % EtOH Vzorek: 1x 10 7 buněk v 1 ml 15 x 10-3 moll -1 NaCl 3% EtOH 2% (w/v) PEG
16 Identifikace plynovou chromatografií methyl esterů mastných kyselin. strain source percentage of probability by GC identification pi Pseudomonas IVIA P. syringae 86.3 % 2.4 corrugata CFBP 5324 P. putida 82.0 % 2.4 CFBP P. putida 78.0 %, P. corrugata 40.3 % 2.4 CFBP P. corrugata 66.4 % 2.4 CFBP P. corrugata 63.1 %, 61.8 % 2.4 pi = 2.4, RSD = 1.1 % Pseudomonas syringae CCM 2870 P. s. syringae 71.7 % 3.1 pv. Syringae 43 CCM 2114 P. s. 94,5 % 3.1 CCM 2868 P. s. syringae 73.0 %, 73.7 % 3.1 Isol. PPBOL 1048 P. s. syringae 84.0 % 4.8 Isol. PPBOL 1049 no results 3.1 Isol. PPBOL 1050 P. s. syringae 84.0 % 3.1 Isol. PPBOL 1054 not identified 3.1 Isol. PPBOL 1055 not identified 3.1 Isol. B, PPBOL 31/08 P. viridiflava 90.7 %. P. s. syringae 84.9 % 3.1 Isol. B, PPBOL 32/08 P. s. syringae 92.0 % 3.1 pi = 3.1, RSD = 0.9 % Pseudomonas syringae LMG 5184 P. viridiflava 93.1 %, P. syringae 90.3 % 3.4 pv. persicae LMG 5078 P. syringae 35.9 % 3.4 LMG 5566 P. syringae 34.2 % 3.4 LMG 5568 P. syringae 41.0 % 3.4 LMG 5569 P. syringae 37.0 % 3.4 pi = 3.4, RSD = 0.7 % Pseudomonas syringae LMG 5071 P. s. maculicola 63.9 % 3.7 pv. maculicola pi = 3.7, RSD = 1.4 % Pseudomonas syringae IVIA P. s. tomato 74.7 % 4.0 pv. tomato CFBP 1326 P. s. syringae 92.9 %, P. viridiflava 84.3 % 4.0 CFBP P. viridiflava 91.2 %, P. syringae 91.1 % 4.0 CFBP P. viridiflava 93.6 %, P. syringae 92.5 % 4.0 CFBP 2546 P. s. tomato 86.1 % 4.0 CCM 7018 P. syringe 93.2 % 4.0 CCM 7019 P. syringae 90.1 %, P. s. tomato 66,2 % 4.0 Isol. B, PPBOL 106/08 P. syringae 92.9 %, P. s. syringae 92.9 % 4.0 pi = 4.0, RSD = 1.2 % Pseudomonas syringae CCM 2859 P. s. mori 94.6 % 4.1 pv. morsprunorum CCM 2534 P. s. morsprunorum 96.3 %, 96.9% 4.1 CCM 2860 P. syringae 95.7 %, P. s. mori 95.7 % 4.1 pi = 4.1, RSD = 1.5 % Pseudomonas syringae IVIA a P. viridiflava 80.3 %, P. s. syringae 74.6 % 4.5 pv. mori CFBP 1642 P. viridiflava 94.1 %, P. s. syringae 88.7 % 4.5 Isol. B, PPBOL 141/08 P. viridiflava 92.8 %, P. s. syringae 92.7 % 4.5 Isol. B, PPBOL 104/08 P. syringae 95.5 %, P. s. morsprunorum 95.5 % 4.5 Isol. B, PPBOL 46/04 P. s. syringae 92.9 % 4.5 pi = 4.5, RSD = 0.8 % Pseudomonas syringae CFBP 1644 P. syringae 94.2 % 4.8 pv. lachrymans CFBP 6465 P. s. syringae 75.0 % 4.8 CFBP 6462 P. s. syringae 93.9 % 4.8 CCM 2857 no results 4.8 Isol. VURV no results 4.8 pi = 4.8, RSD = 1.0 %
17 Kapilární zónová elektroforéza Taurine-Tris pufr 1, moll 1 (ph 8,4) 0.1% (w/v) PEG % (v/v) EtOH Vzorek: buněk ml 1 PSS 1% (w/v) PEG
18 Vzorky ph gradient 3-10Barvení: Dávkovány 4 μl vzorku Separační gel 5% T Coomassie Brilliant Blue G-250 lyzátu na gel
19 MALDI-TOF MS spektra MALDI-TOF MS spektra proteinů Pseudomonas siringae. Jako matrice byla použita kyselina sinapová.
20 Závěr Všechny použité techniky jsou schopny identifikovat jednotlivé patovary Pseudomonas syringae. Zvláště doplnění výsledků plynové chromatografie o výsledky kapilární isoelektrické fokusace, může být pro analýzu patovarů bakterií velice přínosné.
21 Děkuji za pozornost a přeji krásné vánoční svátky.
laktoferin BSA α S2 -CN α S1 -CN Popis: BSA bovinní sérový albumin, CN kasein, LG- laktoglobulin, LA- laktalbumin
Aktivita KA 2340/4-8up Stanovení bílkovin v mléce pomocí SDS PAGE (elektroforéza na polyakrylamidovém gelu s přídavkem dodecyl sulfátu sodného) vypracovala: MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Princip: Metoda
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY ELEKTROFORÉZA K čemu to je? kritérium čistoty preparátu stanovení molekulové hmotnosti makromolekul stanovení izoelektrického
VíceAPLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
APLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY Princip: migrace elektricky nabitých částic v elektrickém poli Druhy iontů: +, -, obojaký (zwitterion), vícenásobný Typy migrace: a) přímá migrují ionty analytů b) nepřímá
VícePražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
VíceL. acidophilus_(psmm _ TIDE):
L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie
VíceVizualizace DNA ETHIDIUM BROMID. fluorescenční barva interkalační činidlo. do gelu do pufru barvení po elfu SYBR GREEN
ETHIDIUM BROMID fluorescenční barva interkalační činidlo do gelu do pufru barvení po elfu Vizualizace DNA SYBR GREEN Barvení proteinů Coommassie Brilliant Blue Coomassie Blue x barvení stříbrem Porovnání
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip: molekuly nesoucí náboj se pohybují ve stejnosměrném elektrickém Arne Tiselius rozdělil proteiny krevního séra na základě jejich rozdílných rychlostí pohybu v elektrickém
VíceSDS-PAGE elektroforéza
SDS-PAGE elektroforéza Příprava gelu... 1 Recept na 0.75 mm gel (1 gel/2 gely)... 2 Recept na 1.5 mm gel (1 gel/2 gely)... 2 Příprava vzorku... 3 Elektroforéza... 3 Barvení gelů Blue Silver... 4 Chemikálie
VíceSeparační metody používané v proteomice
Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně
VícePolyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae
VíceTHE USING OF CARRIER AMPHOLYTE-FREE ISOELECTRIC FOCUSING (CAF-IEF) FOR ANALYSIS OF STRESS PROTEINS
THE USING OF CARRIER AMPHOLYTE-FREE ISOELECTRIC FOCUSING (CAF-IEF) FOR ANALYSIS OF STRESS PROTEINS VYUŽITÍ ISOELEKTRICKÉ FOKUSACE BEZ NOSNÝCH AMFOLYTŮ (CAF IEF) PRO ANALÝZU STRESOVÝCH PROTEINŮ Procházková
VícePROTOKOL WESTERN BLOT
WESTERN BLOT 1. PŘÍPRAVA ELEKTROFORETICKÉ APARATURY Saponátem a vodou se důkladně umyjí skla, plastové vložky a hřebínek, poté se důkladně opláchnou deionizovanou/destilovanou vodou a etanolem a nechají
VíceKlinická a farmaceutická analýza. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Klinická a farmaceutická analýza Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz http://web.natur.cuni.cz/~kozlik/ 1 Spojení separačních technik s hmotnostní spektrometrem Separační
VíceVyužití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém
Využití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém Mgr. Marcel Kosina Česká sbírka mikroorganismů Masarykova univerzita,
VíceODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY
ODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY s názvem SOUBOR PRO PROTEOMICKOU SEPARACI A ANALÝZU CEITEC MU vyhotovené podle 156 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, v platném znění (dále jen Zákon o VZ) 1. ODŮVODNĚNÍ
VíceDvoudimenzionální elektroforéza
Rozvoj týmu pro výuku, výzkum a aplikace v oblasti funkční genomiky a proteomiky (CZ.1.07/2.3.00/09.0132) Dvoudimenzionální elektroforéza Hana Konečná Oddělení funkční genomiky a proteomiky ÚEB PřF MU
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A MOŽNOSTI JEJÍHO SPOJENÍ SE SEPARAČNÍMI METODAMI SEPARACE chromatografie CGC, GC x GC HPLC, UPLC, UHPLC, CHIP-LC elektromigrační m. CZE, CITP INTERFACE SPOJENÍ x ROZHRANÍ GC vyhřívaná
VíceIZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
VíceSDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE)
SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE) Princip SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza slouží k separaci proteinů na základě jejich velikosti (molekulové hmotnosti). Zahřátím vzorku za
VíceZajištění správnosti výsledků analýzy kotininu a kreatininu
Zajištění správnosti výsledků analýzy kotininu a kreatininu Š.Dušková, I.Šperlingová, L. Dabrowská, M. Tvrdíková, M. Šubrtová duskova@szu.cz sperling@szu.cz Oddělení pro hodnocení expozice chemickým látkám
VíceObr. 1. Schematické znázornění 2D-PAGE (převzato z Lodish, H. a kol.: Molecular Cell Biology, 3. vyd., Freeman 1996)
Dvourozměrná elektroforéza (2D-PAGE) 2D-PAGE je vysoce efektivní separační metodou umožňující rozdělení komplikovaných směsí stovek různých bílkovin a představuje základní nástroj v novém rozvíjejícím
VíceObsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování
Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování Protein Gel Electrophoresis Kit obsahuje veškerý potřebný materiál provádění vertikální polyakrilamidové gelové elektroforézy. Experiment provádějí
VíceWestern blotting. 10% APS 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl
Western blotting 1. Příprava gelu složení aparatury hustotu gelu volit podle velikosti proteinů příprava rozdělovacího gelu: 10% 12% počet gelů 1 2 4 1 2 4 objem 6 ml 12 ml 24 ml 6 ml 12 ml 24 ml 40% akrylamid
VícePROTEOMICKÝ EXPERIMENT
2017 KLASICKÁ STRATEGIE PROTEOMICKÝ EXPERIMENT Štěpení všech bílkovin (trypsin) Separace směsi BÍLKOVIN Elektroforéza, chromatografie a jejich kombinace Separace směsi PEPTIDŮ Štěpení vybraných bílkovin
VíceOPVK CZ.1.07/2.2.00/
OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 Základní principy vývoje nových léčiv OCH/ZPVNL Mgr. Radim Nencka, Ph.D. ZS 2012/2013 První kroky k objevu léčiva Nobelova cena za chemii 2013 Martin Karplus Michael Levitt
VícePROTEINOVÁ DENATURUJÍCÍ ELEKTROFORÉZA (SDS PAGE)
PROTEINOVÁ DENATURUJÍCÍ ELEKTROFORÉZA (SDS PAGE) Denaturující proteinová elektroforéza (SDS PAGE - SDS Protein Acrylamide Gel Electrophoresis) je metoda, která se používá k separaci proteinů podle velikosti,
VíceL. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06
_(PSMM _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie - taxonomie
VícePREKONCENTRAČNÍ TECHNIKY V KAPILÁRNÍ ELEKTROFORÉZE
MASARYKOVA UNIVERZITA Přírodovědecká fakulta Ústav biochemie Návod do cvičení PREKONCENTRAČNÍ TECHNIKY V KAPILÁRNÍ ELEKTROFORÉZE LABORATORNÍ CVIČENÍ Mgr. Aleš Mádr 2012 Vzniklo díky finanční podpoře Ministerstva
VíceStanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů
Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Bioanalytické metody Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Úvod Kritéria výběru metod stanovení koncentrace proteinů jsou založena na možnostech pro vlastní analýzu,
Více1. Metodika. Protokol č. F1-4 Metodika: Srovnávací analýza efektivity přípravy rekombinantního proteinu ve fermentoru
Protokol č.: F1-4 Datum: 20.12.2010 Metodika: analýza efektivity přípravy výběr z výsledků ze zkušebních provozů výroby antigenů. Vypracoval: Ing. Václav Filištein, Mgr. Tereza Chrudimská, Spolupracující
VíceIzolace nukleových kyselin
Izolace nukleových kyselin Požadavky na izolaci nukleových kyselin V nativním stavu z přirozeného materiálu v dostatečném množství požadované čistotě. Nukleové kyseliny je třeba zbavit všech látek, které
Víceasné proteomiky Pavel Bouchal Laboratoř proteomiky Ústav biochemie PřF MU
2-D elektroforéza jako jádro současn asné proteomiky Pavel Bouchal Laboratoř proteomiky Ústav biochemie PřF MU Genomika transkriptomika - proteomika Genom soubor genů informace převážně o genetických dispozicích
VíceInovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie CZ.1.07/2.2.00/
Dělení bílkovin pomocí diskontinuální elektroforézy v polyakrylamidovém gelu (PAGE) Při elektroforéze dochází k pohybu (migraci) iontů v elektrickém poli. Elektroforetické metody se tedy používají k separaci
VíceHmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace
VíceIzolace proteinů ze savčích buněk
Izolace proteinů ze savčích buněk Velmi často je nezbytné v laboratorní praxi izolovat určitý protein z biologického materiálu. Cílem je především získat čistý, aktivní produkt v co nejvyšším možném množství.
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceSbohem, paní Bradfordová
Sbohem, paní Bradfordová aneb IČ spektroskopie ve službách kvantifikace proteinů Mgr. Stanislav Kukla Merck spol. s r. o. Agenda 1 Zhodnocení současných možností kvantifikace proteinů Bradfordové metoda
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceChemické výpočty II. Vladimíra Kvasnicová
Chemické výpočty II Vladimíra Kvasnicová Převod jednotek pmol/l nmol/l µmol/l mmol/l mol/l 10-12 10-9 10-6 10-3 mol/l µg mg g 10-6 10-3 g µl ml dl L 10-6 10-3 10-1 L Cvičení 12) cholesterol (MW=386,7g/mol):
VíceProtokol 04. pšeničná bílkovina. masné výrobky. zkrácená verze
1 Popis vzorku Podle protokolu č. 04 lze vyšetřit vzorky různých druhů masných výrobků na přítomnost pšeničné bílkoviny. 2 Detekční limit vyšetření Přítomnost pšeničné bílkoviny lze spolehlivě prokázat,
VíceIMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody. 3. ročník Klinická biologie a chemie
IMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody 3. ročník Klinická biologie a chemie Princip elektroforézy I. Separační metoda využívající různé pohyblivosti různých iontů (složek směsi) ve stejnosměrném
VíceLátky obsahují aminoskupinu
Látky obsahují aminoskupinu pro aminy a aminokyseliny se běžně používají derivatizace (viz kapitola o derivatizaci), peptidy lze detekovat přímo při krátkých UV vlnových délkách (amidická vazba 200 nm),
Více167 ml Folinova činidla doplníme do 500 ml destilovanou vodou. Toto činidlo je nestabilní, je nutné připravit vždy čerstvé a uložit při 4 C.
ROZTOKY 1. Činidlo A 12,5 g (NH 4 ) 6 MO 7 O 4. 4H 2 O rozpustíme ve 125 ml bidestilované vody; 0,5 g K(SbO)C 4 H 4 O 6. 0,5 H 2 O rozpustíme ve 20 ml bidestilované vody; Oba tyto roztoky důkladně promícháme
VícePracoviště (1) Oddělení mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy, Brno, Česká republika (2)Oddělení funkční genomiky a proteomiky, Přírodověde
MALDI-TOF MS typizace γ-proteobakterií Matrix-assisted assisted laser desorption/ionization time of flight MS (Karas a Hillenkamp, 1987) Andrea Vávrová, 4roč. Oddělení mikrobiologie MU Vedoucí DP: RNDr.
VíceKurz 1 Úvod k biochemickému praktiku
Kurz 1 Úvod k biochemickému praktiku Pavla Balínová http://vyuka.lf3.cuni.cz/ Důležité informace Kroužkový asistent: RNDr. Pavla Balínová e-mailová adresa: pavla.balinova@lf3.cuni.cz místnost: 410 studijní
VíceÚvod k biochemickému. mu praktiku. Vladimíra Kvasnicová
Úvod k biochemickému mu praktiku Vladimíra Kvasnicová organizace praktik pravidla bezpečné práce v laboratoři laboratorní vybavení práce s automatickou pipetou návody: viz. aplikace Výuka automatická pipeta
VíceVýzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně. Metodika byla vypracována jako výstup výzkumného záměru MZe č. 0002700602. Autor: Ing.
Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Optimalizovaná metodika SDS-PAGE pro analýzu LMW podjednotek gluteninů pšenice Metodika byla vypracována jako výstup výzkumného záměru MZe č. 0002700602 Autor:
Vícevolba separace pro následnou MS kvantifikaci proteinů Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomiky a proteomiky :: Centrální laboratoř
VíceVýzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně
Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Optimalizovaná metodika PAGE pro analýzu esteráz v hlízách brambor (Solanum tuberosum L.) Vypracovaná jako výstup projektu 1B 44011 VÝVOJ A TESTOVÁNÍ SYSTÉMU
VícePŘÍPRAVA PROTEINOVÉHO VZORKU PRO MS ANALÝZU. Hana Konečná
Středoevropský technologický institut CEITEC CL - proteomika Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Bi 7050 PŘÍPRAVA PROTEINOVÉHO VZORKU PRO MS ANALÝZU Hana Konečná Název prezentace v zápatí
VíceTématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky
Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Obor Povinný okruh Volitelný okruh (jeden ze dvou) Forenzní biologická Biochemie, pathobiochemie a Toxikologie a bioterorismus analýza genové inženýrství Kriminalistické
VíceElektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE
Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE je jednoduchá, rychlá a reprodukovatelná metoda pro kvalifikovanou charakterizaci a srovnání bílkovin.tato metoda separuje
VícePEPTIDY A BÍLKOVINY. Kapalinová chromatografie peptidů a bílkovin
PEPTIDY A BÍLKOVINY Obsah kapitoly Separace peptidů a bílkovin : kapalinová chromatografie Možnosti detekce peptidů a bílkovin Separace peptidů a bílkovin: elektromigrační metody Hmotnostní spektrometrie
VíceNázev: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace,
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Proteiny analýza a manipulace Izolace, purifikace (rozdělovací metody) Centrifugace Chromatografie Elektroforéza Blotting (identifikace, western
VíceZkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE. Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha
Zkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha Definice: Sepse je definována jako syndrom systémové zánětlivé odpovědi
VíceNo. 1- určete MW, vysvětlení izotopů
No. 1- určete MW, vysvětlení izotopů ESI/APCI + 325 () 102 (35) 327 (33) 326 (15) 328 (5) 150 200 250 300 350 400 450 500 ESI/APCI - 323 () 97 (51) 325 (32) 324 (13) 326 (6) 150 200 250 300 350 400 450
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VíceDiagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR
Diagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR Zpracoval: MVDr. Jaroslav Bzdil, Ph.D., SVÚ Olomouc, Jakoubka ze Stříbra 1, 779 00 Olomouc Tel.: 585557223, e.mail: vetmed@seznam.cz Původce
VíceIdentifikace bakterií pomocí MALDI MS
Identifikace akterií pomocí MALDI MS Ondrej Šedo Centrální laoratoř speciálníc tecnik, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita
VícePříprava vzorků pro proteomickou analýzu
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu
VíceSeptiFast. rychlá detekce sepse. Olga Bálková Roche s.r.o., Diagnostics Division
SeptiFast rychlá detekce sepse Olga Bálková Roche s.r.o., Diagnostics Division Požadavky kliniků Rychlá detekce a identifikace patogenů způsobujících sepsi Rychlé výsledky Výsledky do několika hodin Jednoznačné
VíceVyužití antibakteriálních testů v textilním průmyslu Mgr. Irena Šlamborová, Ph.D.
Využití antibakteriálních testů v textilním průmyslu Mgr. Irena Šlamborová, Ph.D. Fakulta Přírodovědně-humanitní a pedagogická, katedra chemie OBSAH: 1. Stavba a fyziologie bakterií. 2. Kultivace bakterií,
VíceAfinitní kapilární elektroforéza
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Afinitní kapilární elektroforéza Věra Pacáková a Tereza Vařilová PřF UK Praha Obsah 1. Úvod
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Princip: 1. Ze vzorku jsou tvořeny ionty na úrovni molekul, nebo jejich zlomků (fragmentů), nebo až volných atomů dodáváním energie, např. uvolnění atomů ze vzorku nebo přímo rozštěpení
VíceElektroforéza - I (v klasickém provedení)
Elektroforéza - I (v klasickém provedení) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Elektroforéza B.D.Hames, D.Rickwood - Gel electrophoresis of proteins, Practical approach,
VíceTECHNICKÁ SPECIFIKACE Vybavení genetické laboratoře pro projekt EXTEMIT-K část B
TECHNICKÁ SPECIFIKACE Vybavení genetické laboratoře pro projekt EXTEMIT-K část B OBSAH Sestava pro vertikální elektroforézu... 2 Jednotka pro elektroforézu... 3 Termocykler... 4 Elektrický zdroj pro elektroforézu...
VíceSpeciální hybridní vrstvy připravené metodou sol-gel a jejich biomedicínské aplikace
Speciální hybridní vrstvy připravené metodou sol-gel a jejich biomedicínské aplikace Petr Exnar, Irena Lovětinská-Šlamborová Katedra chemie a Ústav zdravotnických studií, Technická univerzita v Liberci
VíceRNA Blue REAGENS PRO RYCHLOU PŘÍPRAVU ČISTÉ A NEDEGRADOVANÉ RNA (katalogové číslo R011, R012, R013)
RNA Blue REAGENS PRO RYCHLOU PŘÍPRAVU ČISTÉ A NEDEGRADOVANÉ RNA (katalogové číslo R011, R012, R013) Upozornění: RNA Blue obsahuje fenol a další toxické komponenty. Při kontaktu s kůží je nutné omytí velkým
Víceó ž Ž ť Ó Ž Č Ž ž ž Ž ž Ž Š Ž ď ž Ž ž ž Š Ž ž Š Ž Ž ó Ž Ž Č ó ž Ž ž ž ž Ů ž ž Ž Ů ť ž Ž ž Ž Ž ž ž Ž É ó É É ž Ž Ž ó Ž Ě ť ó Á Ž Á ť Ó Ů Ů Ý ÓŽ Ž Ó ž Č Ž ž ž Ů Ů ž Ů ž ž ž ž ž ž ž É ť ó Š ž ó Š ž ť ó Ď
VíceCLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS GEL ELECTROPHORESIS OF ISOZYMES AND PROTEINS CZECH VERSION
CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS GEL ELECTROPHORESIS OF ISOZYMES AND PROTEINS CZECH VERSION ANALÝZA BIOCHEMICKÝCH MARKERŮ GELOVÁ ELEKTROFORÉZA ISOENZYMŮ A PROTEINŮ *** Extrakce proteinů pro SDS elektroforézu:,
VíceTESTOVÁNÍ GMO Praktikum fyziologie rostlin
Teoretický úvod: TESTOVÁNÍ GMO Praktikum fyziologie rostlin 1 Teoretický úvod: TESTOVÁNÍ GMO Obecně na úvod Určitě jste už slyšeli pojem geneticky modifikovaný organismus (GMO). Úprava vlastností přirozeně
VíceIzolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie
Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie IZOLACE GENOMOVÉ DNA Deoxyribonukleová kyselina (DNA) představuje základní genetický materiál většiny
VíceCharakterizace proteomu piva
MASARYKOVA UNIVERZITA Přírodovědecká fakulta Katedra biochemie Charakterizace proteomu piva Brno 2009 Eva Kotlasová Chtěla bych poděkovat vedoucímu své bakalářské práce RNDr. Z. Zdráhalovi, Dr. za pomoc
VíceKapilární zónová elektroforéza (CZE)
Kapilární zónová elektroforéza (CZE) Úloha pro: - Pokročilé praktikum z analytické chemie (KATA) - Praktikum z přístrojové analýzy (CHŽP) - Moderní metody analytické chemie (Geol) Domácí příprava 1. Prostudujte
VíceAnalýza aniontových tenzidů v čisticích prostředcích kapilární elektroforézou
Analýza aniontových tenzidů v čisticích prostředcích kapilární elektroforézou Úkol: Pomocí kapilární elektroforézy v nevodném prostředí semikvantitativně stanovte vybrané aniontové tenzidy v čisticím prostředku.
VíceAplikace elektromigračních technik Laboratorní úlohy
Laboratorní úlohy Výukový materiál vznikl za finanční podpory Fondu rozvoje vysokých škol v rámci řešení projektu č. 1377/2013 Vytvoření demonstračních úloh sloužících k inovaci předmětu Aplikace elektromigračních
VíceHmotn mot o n s o t s n t í n sp sp kt k r t ometr t ie
MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim (Vávrová) 1,2 PřF MU, Brno Spoluautoři: RNDr. Ludmila Tvrzová, Ph.D. 1 RNDr. Ivo Sedláček, CSc. 2 RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. 3 Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
VíceSTANOVENÍ ANTIOXIDAČNÍ KAPACITY METODOU FOTOCHEMILUMINISCENCE NA PŘÍSTROJI PHOTOCHEM
STANOVENÍ ANTIOXIDAČNÍ KAPACITY METODOU FOTOCHEMILUMINISCENCE NA PŘÍSTROJI PHOTOCHEM ANTIOXIDAČNÍ KAPACITA ČAJŮ Princip metodiky: Analyzátor Photochem je určen pro stanovení antioxidační kapacity vybraných
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Separační techniky Separace je selektivní převod látek mezi fázemi systému, nebo jejich rozdělení v jedné fázi v určitém směru. Separační techniky Rovnovážné techniky Nerovnovážné
VíceProtilátky proti Helicobacter pylori (IgG) Návod na použití ELISA testu
Protilátky proti Helicobacter pylori (IgG) Návod na použití ELISA testu Objednací číslo Určení Ig-třída Substrát Formát EI 2080-9601 G Helicobacter pylori IgG Ag-potažené mikrotitrační jamky 96 x 01 (96)
Vícefokusaci v Úvod objemů vzorku. separaci nachází ve stavu nazývá Amfolyty jsou tedy Obrázek
Protokol pro laboratorní úlohu: Separace směsi proteinů na zařízení pro izoelektrickou rozbíhavém toku fokusaci v Úvod Přirozeně se proteiny se vyskytují ve velmi složitých směsích. Pro jejich analýzu
VícePROTEOMICKÝ EXPERIMENT
2018 KLASICKÁ STRATEGIE PROTEOMICKÝ EXPERIMENT Štěpení všech bílkovin (trypsin) Separace směsi BÍLKOVIN Elektroforéza, chromatografie a jejich kombinace Separace směsi PEPTIDŮ Štěpení vybraných bílkovin
VíceMetody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
VíceStudium p ítomnosti protein v bu kách (analýza proteomu)
Studium p ítomnosti protein v bu kách (analýza proteomu) Metody pro stanovení fyzické p ítomnosti protein : polyakrylamidová gelová elektroforéza (PAGE) westernový p enos imunoprecipitace imunohistochemie
VíceJaterní homogenát, preparativní nanáška 2 mg, barvení koloidní Coomassie Blue 1025 spotů. ph 4 ph 7
2018 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin
VíceSeminář izolačních technologií
Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html
VíceVysoká škola chemicko-technologická v Praze. Ing. Iva Pacovská Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze Ing. Iva Pacovská Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha dichlordifenyltrichlormethylmethan Insekticid Bílý krystalický prášek Poprvé syntetizován v roce
VíceDiagnostické metody v analýze potravin. Matej Pospiech, FVHE Brno
Diagnostické metody v analýze potravin Matej Pospiech, FVHE Brno Důvody diagnostiky potravin Dodržování legislativních požadavků Vlastní kontrola v provozu Národní legislativa Evropská a mezinárodní legislativa
VíceZáklady analýzy potravin Přednáška 8. Důvody pro analýzu bílkovin v potravinách. určování původu suroviny, autenticita výrobku
BÍLKOVINY Důvody pro analýzu bílkovin v potravinách posuzování nutriční hodnoty celkový obsah bílkovin aminokyselinové složení bílkoviny, volné aminokyseliny obsah cizorodých nebo neplnohodnotných bílkovin
VíceZkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru:
Biotechnologie interakce, polarita molekul. Hydrofilní, hydrofobní a amfifilní molekuly. Stavba a struktura prokaryotní a eukaryotní buňky. Viry a reprodukce virů. Biologické membrány. Mikrobiologie -
VíceK AUTORSKÉMU OSVĚDČENÍ. Přihlášeno 28. VI. 1972 (PV 4605-72)
cs ffŕ? f ČESKOSLOVENSKA SOCIALISTICKÁ R E P U B L I K A POPIS VYNALEZU K AUTORSKÉMU OSVĚDČENÍ 166927 Int. Cl. 2 C 12 D 13/0B Přihlášeno 28. VI. 1972 (PV 4605-72) Í l Zveřejněno 15. VII. 1975 ÚŘAD PRO
VíceElektrochemické Detektory, spol. s r.o. Ohrazenice 226 CZ 511 01 Turnov
Elektrochemické Detektory, spol. s r.o. Ohrazenice 226 CZ 511 01 Turnov Tel. Fax 00420 481 323969 e-mail: panoch.ed@iol.cz, www.elektrochemicke-detektory.cz Standardní ceník pro rok 2011 Iontově selektivní
VíceAspartátaminotransferáza (AST)
1 Aspartátaminotransferáza (AST) AST je buněčný enzym přítomný v řadě tkání, jako jsou srdce, kosterní svaly, ledviny, mozek, játra, pankreas či erytrocyty. Vyskytuje se ve dvou izoformách, cytoplazmatické
VícePraktické cvičení: Izolace a purifikace rekombinantního proteinu
Praktické cvičení: Izolace a purifikace rekombinantního proteinu Toto blokové praktické cvičení spočívá v teoretickém i praktickém seznámení s rekombinantními proteiny, jejich izolací, purifikací a využitím.
VíceELEKTROFORETICKÉ METODY
ELEKTROFORETICKÉ METODY ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE AMINOKYSELIN NA PAPÍROVÉM NOSIČI Aminokyseliny lze rozdělit elektroforézou na papíře. Protože molekulová hmotnost jednotlivých aminokyselin není příliš
VíceUŽITNÝ VZOR CZ U1
UŽITNÝ VZOR (19) ČESKÁ REPUBLIKA (21) Číslo přihlášky: 18-314 (22) Přihlášeno: 04.07.18 (47) Zapsáno: 29..18 (11) Číslo dokumentu: 32 22 (13) Druh dokumentu: U1 (1) Int. Cl.: C12Q 1/68 (18.01) C12Q 1/689
Více