Struktura proteinů a funkce enzymů

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Struktura proteinů a funkce enzymů"

Transkript

1 Struktura proteinů a funkce enzymů RNDr. Tomáš Obšil, PhD. Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Přírodovědecká fakulta UK v Praze 1. Struktura proteinů Proteiny se skládají z jednoho či více polypeptidových řetězců, což jsou lineární polymery aminokyselinových zbytků. Prostorovou strukturu proteinů můžeme rozdělit do několika úrovní: primární, sekundární, terciární (super-sekundární a doménová) a kvartérní. Primární struktura: je dána chemickou povahou polypeptidového řetězce proteinu, tzn. počtem a pořadím aminokyselinových zbytků spojených navzájem peptidovou vazbou. Sekundární struktura: Sbalení polypeptidového řetězce v důsledku vytváření vodíkových vazeb mezi karbonylovými a imidovými skupinami hlavního řetězce proteinu. Terciární struktura: Prostorové uspořádání všech atomů v jednom polypeptidovém řetězci. Dále se dělí na supersekundární strukturu (strukturní motivy) což je spojení několika málo elementů sekundární struktury skrze interakce postraních řetězců; a domény což jsou shluky strukturních motivů. Kvartérní struktura: Agregace jednotlivých polypeptidových řetězců při vytváření funkčního proteinu. 1.1 Primární struktura V proteinech se přirozeně vyskytuje 20 různých aminokyselin. Pořadí aminokyselin v polypeptidovém řetězci představuje tzv. primární strukturu proteinu. Tato primární struktura obsahuje veškerou informaci nutnou pro vytvoření 3D struktury.

2 Téměř všechny aminokyseliny, které vytvářejí přirozené proteiny mají L-formu. Písmeno L- znamená, že amino skupina je nalevo (L-eft side) ve Fisherově projekci sloučeniny. Jediná aminokyselina, která není v L-formě je glycin. Tato aminokyselina má místo vedlejšího řetězce atom vodíku. Proto Cα atom této aminokyseliny není chirální (tzn. aminokyselina nevytváří stereoisomery). 1 Centrální atom aminokyseliny, který je chirálním centrem je označen Cα. Všechny aminokyseliny, které se vyskytu jí v bílkovinách mají L-konfiguraci na tomto chirálním atomu.tato konfigurace se také označuje jako zákon CORN. Představte si, že se díváte ve směru H Cα vazby tak, aby H atom byl blíže k pozorovateli. Když budeme postupně ve směru hodinových ručiček číst skupiny navázané na Cα atomu, tak získáme slovo CORN. aminokyselin s D-konfigurací slovo CORN získáme čtením proti směru hodinových ručiček. U Aminokyseliny můžeme rozdělit podle jejich fyzikálně-chemických vlastností do několika skupin: Alifatické: alanin (Ala, A), glycin (Gly, G), isoleucin (Ile, I), leucin (Leu, L), prolin (Pro, P), valin (Val, V) Aromatické: fenylalanin (Phe, F), tryptofan (Trp, W), tyrosin (Tyr, Y) Kyselé: kyselina asparágová (Asp, D), kyselina glutamová (Glu, E) Zásadité: arginin (Arg, R), histidin (His, H), lysin (Lys, K) Obsahující hydroxylovou skupinu: serin (Ser, S), threonin (Thr, T) Obsahující síru: cystein (Cys, C), methionin (Met, M) Amidické: asparagin (Asn, N), glutamin (Gln, Q) Dvě aminokyseliny spolu mohou reagovat za vzniku větší molekuly (dipeptidu) a uvolnění molekuly vody jako vedlejšího produktu. Vazba C N, která se vytvořila mezi dvěmi aminokyselinami se nazývá peptidová vazba. Termín peptidová vazba značí přítomnost peptidové skupiny CONH.

3 2 Jednotlivé aminokyseliny jsou v proteinech spojeny prostřednictvím peptidových vazeb. Lineární polypeptidový řetězec se sbaluje do určitého 3D uspořádání (struktury). Proteiny, které rozbalíme in vitro se za vhodných podmínek mohou opět sbalit do své původní 3D struktury. Zdá se tedy, že všechny informace o tom jak má 3D struktura vypadat jsou obsaženy v primární struktuře. Proteiny se proto mohou sbalovat zcela samostatně (existují však výjimky - některé proteiny pro své sbalení in vivo potřebují pomoc dalších molekul tzv. molekulových chaperonů). Geometrii peptidové vazby definujeme pomocí tzv. torzních úhlů. Obrázek č. 3 ukazuje tři hlavní torzní úhly polypeptidového řetězce. Jsou to úhly phi, psi a omega. Planarita peptidové vazby je dána úhlem omega, který má hodnotu 180 stupňů u většiny peptidových vazeb. Ve vzácných případech je omega = 0 stupňů pro tzv. cis peptidové vazby, které se většinou vyskytují u aminokyseliny prolinu (Pro, P). 3 Tři hlavní torzní úhly polypeptidového řetězce. 1.2 Sekundární struktura Sekundární strukturou označujeme lokální sbalení polypeptidového řetězce v důsledku vytváření vodíkových vazeb mezi karbonylovými a imidovými skupinami hlavního řetězce proteinu. V proteinech se běžně vyskytují tři typy sekundární struktury: alfa helixy, beta listy a ohyby. Uspořádání, která nemohou být klasifikovány ani jedním z těchto tří základních typů sekundární struktury se označují jako tzv. struktury náhodného klubka.

4 Helixy. V helikálním uspořádání je prostorový vztah mezi dvěmi po sobě jdoucími peptidovými jednotkami stejný pro všechny Cα atomy. To znamená, že dvojice dihedrálních úhlů phi a psi je stejná pro všechny aminokyselinové zbytky v helixu. Helixy jsou klasifikovány jako repetitivní sekundární struktura. protože dihedrální úhly hlavního řetězce se neustále opakují (pro ideální pravotočivý alfa helix je phi = -57,8 a psi = -47 stupňů). Nejčastější helikální konformace je alfa helix (viz. obrázek č. 4). Průměrná délka alfa helixu je 10 zbytků a průměrné dihedrální úhly jsou phi = -64 ± 7 a psi = -41 ± 7 stupně Dvě různé grafické reprezentace alfa helixu. Vlevo je tzv. tyčinkový model, kde každá tyčinka reprezentuje jednu chemickou vazbu. Atomy uhlíku jsou žluté, kyslíku červené a dusíku modré. Vpravo je stužkový diagram, který znázorňuje průběh hlavního řetězce. Skládaný list. Struktura skládaného listu (beta struktura) je také druh repetitivní sekundární struktury. Základním stavebním kamenem beta listu je beta vlákno s dihedrálními úhly přibližně phi = -120 a psi = +120 stupňů. Jedná se o nata-ženou strukturu, která není stabilizována vnitřními vodí-kovými vazbami. Tato struktura je stabilní pouze jako součást beta listu, který je stabilizován vodíkovými vazbami a van der Waalsovými interakcemi mezi sousedními vlákny. Beta listy nalézáme ve dvou formách antiparalelní a paralelní podle relativní orientace jednotlivých vláken. 5 Stužkový model struktury proteinu thioredoxinu, který obsahuje beta list s pěti vlákny přičemž tři vlákna jsou paralelní a tři antiparalelní. Beta struktura je žlutá, alfa helixy jsou červené. Ohyby. Ohyby jsou další druh sekundární struktury, který často nalézáme u globulárních proteinů v místech, kde je nutné obrátit směr polypeptidového řetězce. Ohyby se nejčastěji nalézají na povrchu proteinů a obsahují převážně polární a nabité aminokyseliny. Na ohybech často nalézáme místa pro fosforylaci, glykosylaci, hydroxylaci, nebo vazbu protilátek. Přibližně 80-90% aminokyselinových zbytků globulárních proteinů lze přiřadit jeden z typů sekundární struktury: alfa helix, beta list, nebo ohyb.

5 1.3 Terciární struktura Historická definice terciární struktury ji definuje jako popis prostorového uspořádání elementů sekundární struktury v rámci jednoho polypeptidového řetězce. I když je tato definice stále platná, byly definovány detailnější úrovně terciární struktury. Byl zaveden termín supersekundární struktura, protože bylo zjištěno, že určitá uspořádání po sobě jdoucích elementů sekundární struktury (alfa helixů a beta vláken) jsou přítomna v řadě různých proteinových struktur i se zcela různými sekvencemi. Mezi klasické příklady supersekundární struktury patří např. alfa-alfa motiv (dva protiběžné alfa helixy spojené smyčkou, která mění směr polypeptidového řetězce o 180 stupňů), beta-beta motiv (dvě protiběžná beta vlákna spojená smyčkou), beta-alfa-beta motiv (dvě rovnoběžná beta vlákna oddělená alfa helixem, který je vůči nim kolmý). Motivy supersekundární struktury opět mohou vytvářet kombinace, které se opakovaně vyskytují ve struktuře různých proteinů. Tyto uspořádání nazýváme domény (nebo také tzv. sbalení). Příkladem může být svazek čtyř helixů skládající se ze dvou alfa-alfa motivů spojených smyčkou, nebo tzv. Rossmanovo sbalení což jsou dva beta-alfa-beta motivy, které sdílejí alfa helix. Domény mohou být také chápány jako navzájem propojené více či méně strukturně a funkčně nezávislé jednotky. Každá z domén může být popsána podle typu sbalení. Zatímco některé proteiny se skládají pouze z jedné domény, jiné mohou obsahovat několik domén. Terciární struktura tedy popisuje strukturu vzniklou spojením domén (vše v rámci jednoho polypeptidového řetězce). 6 (A) Terciární struktura DNA-vazebné domény transkripčního faktoru FoxO4. Jedná se o tzv. sbalení okřídleného helixu. Písmeno N označuje konec s volnou amino skupinou, písmeno C konec s volnou karboxylovou skupinou. Alfa helixy jsou znázorněny červeně, beta vlákna žlutě a ohyby zeleně. (B) Terciární struktura enzymu triosafosfátisomerasy. Jedná se o skládaný list s osmi vlákny, které vytvářejí válcovou strukturu známou jako beta soudek. Spojky jednotlivých beta vláken obsahují alfa helixy.

6 1.4 Kvartérní struktura Některé proteiny, např. myoglobin, se skládají pouze z jednoho polypeptidového řetězce. U jiných proteinů biologicky funkční jednotku představuje agregát několika kopií stejného řetězce. Např. kvartérní struktura hemoglobinu se skládá ze čtyř řetězců. Existují i proteiny obsahující jednu či více kopií různých řetězců. 2. Rentgenová krystalografie Ke studiu struktury proteinů se používá celá řada experimentálních technik. Ke studiu terciární struktury proteinů se hlavně používají dvě metody: rentgenová krystalografie a nukleární magnetická rezonance (NMR). Rentgenová krystalografie je experimentální technika, která využívá difrakce rentgenového záření na krystalech. Rentgenové záření o vlnové délce ~ m je rozptylováno elektronovými obaly atomů, které mají podobnou velikost. Ze získaného difrakčního obrazu krystalu lze vypočítat elektronovou hustotu molekul či atomů ze kterých se krystal skládá. Pro výpočet map elektronové hustoty je však nutné vyřešit fázový problém což znamená určit fázové posuvy difraktovaných vln. Jakmile získáme mapu elektronové hustoty můžeme začít vytvářet model struktury molekuly. V průběhu stavby modelu probíhá neustálé porovnávání s experimentálními daty. Výsledkem je poměrně přesná molekulární struktura. 2.1 Princip metody Nejběžnější způsob krystalizace proteinů je metoda visící kapky. Experiment probíhá tak, že kapku (o objemu 1-5 µl) obsahující různé množství solí, alkoholů a proteinu umístíme na malé sklíčko. Sklíčko (a s ním i kapka) je umístěno nad roztok (o objemu 1 ml), který obsahuje kromě proteinu ty samé komponenty jako kapka, ale ve větší koncentraci. Celý systém se utěsní a uskladní se při konstantní teplotě (např. 4 C nebo 23 C). Díky rozdílné koncentraci solí v kapce a roztoku dochází k pomalé difůzi par z kapky do roztoku a tím i k pomalému zahušťování roztoku proteinu v kapce. Během tohoto zahušťování doufáme, že se dostaneme do podmínek vhodných pro nukleaci a růst krystalu. Hledání vhodných podmínek pro krystalizaci proteinu může trvat dny, měsíce ale i roky

7 Dalším krokem je příprava krystalu pro vlastní difrakční měření. Při těchto měřeních je ale krystal vystaven extrémně intenzivnímu rentgenovému záření, které velmi účinně krystal ničí. Pro potlačení radiačního poškození je proto nutné měřit difrakci při velmi nízké teplotě 100 K nebo méně a voda v okolí a uvnitř krystalu se musí aspoň částečně nahradit kryoprotekční látkou, která zabrání vzniku ledových krystalů. Proto musíme připravené krystaly opatrně přenést do roztoku jednoho či více kryo-protektantů: alkoholů, cukrů atd. Při difrakčním experimentu je malý proteinový krystal (velikost kolem 0,1 mm) umístěn do velmi intenzivního paprsku rentgenového záření. Difraktované paprsky jsou detekovány pomocí plošného detektoru. Během měření je krystal většinou chlazen na teplotu přibližně 100 K pro omezení radiačního poškození. Difrakční obrazec se skládá ze skvrn (tzv. reflexí) o různé intenzitě. Během experimentu krystal pomalu rotuje a pro každou orientaci je změřen samostatný difrakční obraz. Intenzita a poloha skvrn je následně zpracována a výsledkem je seznam indexovaných skvrn a jejich intenzit. Rentgenové paprsky jsou krystalem rozptylovány pod určitými úhly. Čím větší je odklon rozptýlených paprsků od původního směru tím větší je tzv. rozlišení získaných dat. Toto rozlišení určuje jak velké detaily budeme schopni rozlišit v konečném modelu struktury proteinu. Čím větší rozlišení tím lépe, protože budeme schopni vytvořit detailnější model. Jednotlivé reflexe vznikají v důsledku interference vln rozptýlených rovnoběžnými rovinami krystalu. W. L. Bragg ukázal, že množina rovnoběžných rovin krystalu navzájem vzdálených na vzdálenost d difraktuje paprsek jestliže rentgenové záření o vlnové délce λ dopadá a odráží se pod úhlem θ, který splňuje podmínku: 2d sinθ = nλ, kde n je celé číslo. Pomocí difrakčního experimentu získáme intenzity difraktovaných paprsků. Tato informace však nestačí k rekonstrukci obrazu molekuly (tzn. její elektronové hustoty). Difrakce nám poskytuje fourierovu transformaci obrazu elektronové hustoty uvnitř krystalu. Pro získání mapy elektronové hustoty proto musíme aplikovat inverzní fourierovu transformaci a interpretací mapy elektronové hustoty vytvořit model molekuly. Problém je však v tom, že to co měříme jsou pouze intenzity (přesněji amplitudy rozptýlených vln) a fáze rozptýlených vln jsou ztraceny. Tento problém se v krystalografii nazývá fázový problém. Pro získání fázové informace je zapotřebí použít speciální metody. V posledních 50 letech byly vyvinuty 4 základní metody řešení fázového problému: Molekulové nahrazení. Pravděpodobně nejjednodušší a nejrychlejší metoda řešení fázového problému. Nicméně musíme mít k dispozici známou strukturu podobné bílkoviny. Tato podobná struktura je pak použita jako tzv. vyhledávací model. Správné umístění vyhledávacího modelu umožní výpočet fází a tím i vyřešení struktury.

8 Přímé metody (ab inicio). Tyto metody se snaží odvodit fázovou informaci využitím vztahů mezi fázemi na základě pozorovaných intenzit. Tyto metody fungují velmi dobře při řešení struktur malých molekul (nízkomolekulární látky nebo velmi malé proteiny). Isomorfní nahrazení (a velmi podobná metoda anomální disperse). Často používaná metoda. Tato metoda vyžaduje vložení těžkých atomů (např. U, Hg, W, Xe) do krystalové struktury, který způsobí malé, ale signifikantní změny intenzit jednotlivých reflexí. Rozdíly mezi daty naměřenými u nativního a modifikovaného krystalu umožňují určit přesnou polohu těžkých atomů a na základě této polohy vypočítat fáze těžkých atomů. V případě, že budeme mít k dispozici data alespoň ze dvou různých derivátů, můžeme z fází těžkých atomů určit celkovou fázovou informaci. Anomální rozdíl. Tato metoda je v podstatě velmi podobná metodě isomorfního nahrazení. V tomto případě však rozdíly v intenzitách reflexí pocházejí z difrakce, která se provádí v blízkosti absorpční čáry určitých atomů krystalu. Během takového měření dochází k porušení symetrie tzv. Friedelových párů (symetricky související reflexe). Změnou energie rentgenových paprsků (tzn. změnou vlnové délky) také můžeme ovlivnit difrakční vlastnosti určitých atomů, což umožňuje získat velmi přesnou fázovou informaci. Tato metoda má celou řadu výhod, např. v principu umožňuje získat všechny potřebné informace z jednoho krystalu a proto zde nejsou problémy s neisomorfností mezi nativním a derivovaným krystalem. Další výhodou je, že jako těžké atomy můžeme použít přirozeně se vyskytující atomy jako Se a S a nemusíme provádět žádnou dodatečnou inkorporaci těžkých atomů. Jakmile se nám podaří vyřešit fázový problém můžeme vypočítat mapu elektronové hustoty. V této 3D mapě se poté vytváří model struktury proteinu, přičemž neustále probíhá srovnávání modelu s experimentálními daty (tzn. porovnáváme teoretický difrakční obraz vypočtený na základě modelu s experimentálním). Po vyřešení struktury proteiny můžeme začít s interpretací struktury např. dedukovat možný mechanismus funkce proteinu (enzymu), navrhovat strukturu inhibitoru, objasnit mechanismus disfunkce atd. 7 (A) Mapa elektronové hustoty. (B) Mapa elektronové hustoty s modelem struktury proteinu. Atomy uhlíku jsou žluté, kyslíku červené a dusíku modré.

9 3. Interpretace struktury dedukce mechanismu funkce enzymů 3.1 Princip katalýzy Katalyzátor je látka, která urychluje chemickou reakci aniž by byla spotřebovávána v průběhu reakce. Katalyzátor snižuje aktivační energii reakce čímž vytváří novou reakční cestu umožňující urychlení reakce beze změny teploty. Katalyzátor neovlivňuje rovnovážnou konstantu reakce, pouze ovlivňuje rychlost dosažení rovnováhy. Enzymy jsou proteiny, které katalyzují chemické reakce. Hlavní rozdíly mezi anorganickými katalyzátory a enzymy jsou: Větší urychlení reakční rychlosti ( x). Normálnější reakční podmínky (teplota, ph, tlak). Podstatně větší specifičnost pro substrát a mechanismus reakce. Podléhají regulaci. Řada enzymů potřebuje pro svoji katalytickou činnost nebílkovinnou složku (kofaktor). Kofaktorem mohou být anorganické ionty nebo organické látky, tzv. koenzymy. V případě, že se kofaktor váže na enzym reverzibilně nazýváme ho kosubstrátem. V případě nereverzibilní vazby se jedná o prostetickou skupinu. Rozdíl standardní Gibbsovy energie reaktantů a produktů ( G ) reakce určuje rovnovážnou konstantu reakce podle vztahu: ο G ln K = RT, kde K je rovnovážná konstanta, R univerzální plynová konstanta a T absolutní teplota. Rozdíl mezi Gibbsovou energií reaktantů a přechodného stavu (aktivovaného komplexu) odpovídá tzv. aktivační energii ( Gact) a určuje rychlost reakce (tzn. jak rychle je dosaženo rovnováhy). Vztah mezi Gact a rychlostní konstantou reakce k je: k' = kt e h G act / RT, kde k je Boltzmanova konstanta a h Planckova konstanta. Z tohoto vztahu plyne, že rychlost chemické reakce závisí na Gact exponenciálně. Proto i malé snížení Gact může dramaticky

10 zvětšit reakční rychlost. Enzymy jsou schopny urychlit chemickou reakci řádově x, ale v některých případech to může být i 1017 x. 3.2 Příklad navržení katalytického mechanismu enzymu na základě 3D struktury Existuje mnoho enzymů jejichž katalytický mechanismus byl objasněn na základě vyřešení 3D struktury. Příkladem může být enzym serotonin N-acetyltransferasa. Tento enzym katalyzuje přenos acetylové skupiny z AcCoA na serotonin za vzniku N-acetylserotoninu, který je prekurzorem neurohormonu melatoninu. V roce 1999 byla publikována krystalová struktura tohoto enzymu s navázaným inhibitorem (Obr. č. 8). Tento inhibitor je svojí chemickou strukturou velmi podobný reakčnímu meziproduktu. 8 Struktura serotonin N-acetyltransferasy s navázaným inhibitorem. Na základě této struktury byl navržen katalytický mechanismus reakce. Jedná se o příklad obecné acido-basické katalýzy. Primární amino skupina alkylaminů jako je serotonin nebo tryptamin má kyselou disociační konstantu pka ~10, tzn. že za fyziologických podmínek je tato skupina protonizována. Přenos acetylové skupiny však může proběhnout pouze na deprotonizovanou amino skupinu. Proto byla intenzivně hledána skupina, která v tomto případě slouží jako akceptor protonu, tedy tzv. obecná base (např. aminokyselina histidin). Až vyřešení krystalové struktury komplexu s inhibitorem ukázalo, že akceptorem protonu není aminokyselina, ale molekula vody, která je prostřednictvím tří vodíkových můstků fixována v těsné blízkosti atomu dusíku amino skupiny (obrázek č. 9). Hydroxylová skupina tyrosinu 168 potom funguje jako obecná kyselina a podílí se na vzniku SH skupiny CoA (koenzym A). 9 Detailní pohled do aktivního centra enzymu serotonin N-acetyltransferasy. Šipky označují molekulu vody a hydroxylovou skupinu tyrosinu 168, které jsou klíčov é pro funkci enzymu. Atomy uhlíku jsou žluté (nebo zelené v případě inhibitoru), kyslíku červené, dusíku modré a síry oranžové.

Bílkoviny - proteiny

Bílkoviny - proteiny Bílkoviny - proteiny Proteiny jsou složeny z 20 kódovaných aminokyselin L-enantiomery Chemická struktura aminokyselin R představuje jeden z 20 různých typů postranních řetězců R Hlavní řetězec je neměnný

Více

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Aminokyseliny Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 18.7.2012 3. ročník čtyřletého G Určování postranních řetězců aminokyselin

Více

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto SUBSTITUČNÍ DERIVÁTY KARBOXYLOVÝCH O KYSELIN R C O X karboxylových kyselin - substituce na vedlejším uhlovodíkovém řetězci aminokyseliny - hydroxykyseliny

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Bílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny

Bílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny Bílkoviny harakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny 1) harakteristika a význam Makromolekulární látky složené z velkého počtu aminokyselinových zbytků V tkáních

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin

Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin SACARIDY CUKRY MNSACARIDY LIGSACARIDY PLYSACARIDY (z mnoha molekul monosacharidů) ALDSY KETSY -DISACARIDY - TRISACARIDY - TETRASACARIDY atd. -aldotriosy -aldotetrosy -aldopentosy

Více

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec

Více

Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech

Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Organismy se skládají z molekul rozličných látek Jednotlivé látky si organismus vytváří sám z jiných látek,

Více

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických

Více

Obecná struktura a-aminokyselin

Obecná struktura a-aminokyselin AMINOKYSELINY Obsah Obecná struktura Názvosloví, třídění a charakterizace Nestandardní aminokyseliny Reaktivita - peptidová vazba Biogenní aminy Funkce aminokyselin Acidobazické vlastnosti Optická aktivita

Více

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 1. 20 aminokyselin, kódovány standardním genetickým kódem, proteinogenní, stavebními

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymy Základy lékařské chemie a biochemie 2014/2015 Ing. Jarmila Krotká Metabolismus základní projev života látková přeměna souhrn veškerých dějů, které probíhají uvnitř organismu

Více

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)

Více

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_413 Jméno autora: Mgr. Alena Krejčíková Třída/ročník:

Více

I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í

I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í I V E S T I E D Z V J E V Z D Ě L Á V Á Í AMIKYSELIY PEPTIDY AMIKYSELIY = substituční/funkční deriváty karboxylových kyselin = základní jednotky proteinů (α-aminokyseliny) becný vzorec 2-aminokyselin (α-aminokyselin):

Více

Molekulární biofyzika

Molekulární biofyzika Molekulární biofyzika Molekuly v živých systémech - polymery Lipidy (mastné kyseliny, fosfolipidy, isoprenoidy, sfingolipidy ) proteiny (aminokyseliny) nukleové kyseliny (nukleotidy) polysacharidy (monosacharidy)

Více

Translace (druhý krok genové exprese)

Translace (druhý krok genové exprese) Translace (druhý krok genové exprese) Od RN k proteinu Milada Roštejnská Helena Klímová 1 enetický kód trn minoacyl-trn-synthetasa Translace probíhá na ribosomech Iniciace translace Elongace translace

Více

BÍLKOVINY. V organismu se nedají nahradit jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.

BÍLKOVINY. V organismu se nedají nahradit jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy. BÍLKOVINY o makromolekulární látky, z velkého počtu AMK zbytků o základ všech organismů o rostliny je vytvářejí z anorganických sloučenin (dusičnanů) o živočichové je musejí přijímat v potravě, v trávicím

Více

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Z.1.07/2.2.00/15.0247 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Funkční

Více

Aminokyseliny příručka pro učitele. Obecné informace: Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny.

Aminokyseliny příručka pro učitele. Obecné informace: Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny. Obecné informace: Aminokyseliny příručka pro učitele Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny. Navazující učivo Před probráním tématu Aminokyseliny probereme

Více

ÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny

ÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny BIOCHEMIE 1 ÚVOD DO BIOCHEMIE BCH zabývá se chemickými procesy v organismu a chemickým složením živých organismů Biologie: bios = život + logos = nauka Biochemie: bios = život + chemie Dělení : Chemie

Více

Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny

Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny Proteiny jsou nejrozšířenější biologické makromolekuly Proteiny jsou tvořeny kombinací 20 α-aminokyselin Aminokyseliny sdílejí společné základní strukturní vlastnosti α-uhlík

Více

Testové úlohy aminokyseliny, proteiny. post test

Testové úlohy aminokyseliny, proteiny. post test Testové úlohy aminokyseliny, proteiny post test 1. Které aminokyseliny byste hledali na povrchu proteinů umístěných uvnitř fosfolipidových membrán a které na povrchu proteinů vyskytujících se ve vodném

Více

V organismu se bílkoviny nedají nahradit žádnými jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.

V organismu se bílkoviny nedají nahradit žádnými jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy. BÍLKOVINY Bílkoviny jsou biomakromolekulární látky, které se skládají z velkého počtu aminokyselinových zbytků. Vytvářejí látkový základ života všech organismů. V tkáních vyšších organismů a člověka je

Více

Metabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová

Metabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová Metabolismus aminokyselin Vladimíra Kvasnicová Aminokyseliny aminokyseliny přijímáme v potravě ve formě proteinů: důležitá forma organicky vázaného dusíku, který tak může být v těle využit k syntéze dalších

Více

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK. Anotace. Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20. Číslo projektu:

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK. Anotace. Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20. Číslo projektu: Vzdělávací materiál vytvořený v projektu P VK Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí svobození 20 Číslo projektu: Název projektu: Číslo a název klíčové aktivity: CZ.1.07/1.5.00/34.0211 Zlepšení podmínek

Více

aminokyseliny a proteiny

aminokyseliny a proteiny aminokyseliny a proteiny funkce proteinů : proteiny zastávají téměř všechny biologické funkce, s výjimkou přenosu informace stavební funkce buněk a tkání biokatalyzátory-urychlují biochemické reakce -

Více

NaLékařskou.cz Přijímačky nanečisto

NaLékařskou.cz Přijímačky nanečisto alékařskou.cz Chemie 2016 1) Vyberte vzorec dichromanu sodného: a) a(cr 2 7) 2 b) a 2Cr 2 7 c) a(cr 2 9) 2 d) a 2Cr 2 9 2) Vypočítejte hmotnostní zlomek dusíku v indolu. a) 0,109 b) 0,112 c) 0,237 d) 0,120

Více

BÍLKOVINY R 2. sféroproteiny (globulární bílkoviny): - rozpustné ve vodě, globulární struktura - odlišné funkce (zásobní, protilátky, enzymy,...

BÍLKOVINY R 2. sféroproteiny (globulární bílkoviny): - rozpustné ve vodě, globulární struktura - odlišné funkce (zásobní, protilátky, enzymy,... BÍLKVIY - látky peptidické povahy tvořené více než 100 aminokyselinami - aminokyseliny jsou poutány...: R 1 2 + R 2 R 1 R 2 2 2. Dělení bílkovin - vznikají proteosyntézou Struktura bílkovin primární sekundární

Více

Organická chemie 3.ročník studijního oboru - kosmetické služby.

Organická chemie 3.ročník studijního oboru - kosmetické služby. Organická chemie 3.ročník studijního oboru - kosmetické služby. T-7 Funkční a substituční deriváty karboxylových kyselin Zpracováno v rámci projektu Zlepšení podmínek ke vzdělávání Registrační číslo projektu:

Více

MOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA. Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie

MOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA. Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie MOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie Chemická struktura a geometrie KONFORMACE = můžeme změnit pouhým otočením kolem kovalentní vazby KONFIGURACE = při změně

Více

Opakování

Opakování Slabé vazebné interakce Opakování Co je to atom? Opakování Opakování Co je to atom? Atom je nejmenší částice hmoty, chemicky dále nedělitelná. Skládá se z atomového jádra obsahujícího protony a neutrony

Více

Antiparalelní beta list

Antiparalelní beta list Antiparalelní beta list Paralelní beta list Schematický model beta listu (stužkový) Proteiny obsahují zpětné kličky (beta kličky nebo vlásenkové ohyby). Obvykle je CO skupina i-té aminokyseliny vázána

Více

AMINOKYSELINY REAKCE

AMINOKYSELINY REAKCE CHEMIE POTRAVIN - cvičení AMINOKYSELINY REAKCE Milena Zachariášová (milena.zachariasova@vscht.cz) Ústav chemie a analýzy potravin, VŠCHT Praha REAKCE AMINOKYSELIN část 1 ELIMINAČNÍ REAKCE DEKARBOXYLACE

Více

Dána geometrickým uspořádáním polypeptidového řetězce

Dána geometrickým uspořádáním polypeptidového řetězce Otázka: Bílkoviny Předmět: Chemie Přidal(a): denisa Základní stavební jednotka živé hmoty, přítomné ve všech buňkách. Složení: z 20 základních aminokyselin Funkce: Stavební- kolagen-chrupavky, elastin-el.vazivo,

Více

CHEMIE. Pracovní list č. 10 - žákovská verze Téma: Bílkoviny. Mgr. Lenka Horutová

CHEMIE. Pracovní list č. 10 - žákovská verze Téma: Bílkoviny. Mgr. Lenka Horutová www.projektsako.cz CHEMIE Pracovní list č. 10 - žákovská verze Téma: Bílkoviny Lektor: Mgr. Lenka Horutová Projekt: Student a konkurenceschopnost Reg. číslo: CZ.1.07/1.1.07/03.0075 Teorie: Název proteiny

Více

Teorie rentgenové difrakce

Teorie rentgenové difrakce Teorie rentgenové difrakce Vlna primárního záření na atomy v krystalu. Jádra atomů zůstanou vzhledem ke své velké hmotnosti v klidu, ale elektrony jsou rozkmitány se stejnou frekvencí jako má primární

Více

Chemie a fyzika pevných látek p3

Chemie a fyzika pevných látek p3 Chemie a fyzika pevných látek p3 strukturní faktor, monokrystalové a práškové difrakční metody Doporučená literatura: Doc. Michal Hušák dr. Ing. B. Kratochvíl, L. Jenšovský - Úvod do krystalochemie Kratochvíl

Více

První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti

První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny

Více

PEPTIDY, BÍLKOVINY. Reg. č. projektu CZ.1.07/1.1.00/14.0143

PEPTIDY, BÍLKOVINY. Reg. č. projektu CZ.1.07/1.1.00/14.0143 PEPTIDY, BÍLKOVINY Definice: Bílkoviny (proteiny) jsou makromolekulární látky, které vznikají spojením sto a více molekul různých aminokyselin peptidickou vazbou. Obsahují atomy uhlíku (50 až 55%), vodíku

Více

Gymnázium, Milevsko, Masarykova 183 Školní vzdělávací program (ŠVP) pro vyšší stupeň osmiletého studia a čtyřleté studium 4.

Gymnázium, Milevsko, Masarykova 183 Školní vzdělávací program (ŠVP) pro vyšší stupeň osmiletého studia a čtyřleté studium 4. Vyučovací předmět - Chemie Vzdělávací obor - Člověk a příroda Gymnázium, Milevsko, Masarykova 183 Školní vzdělávací program (ŠVP) pro vyšší stupeň osmiletého studia a čtyřleté studium 4. ročník - seminář

Více

Biopolymery. struktura syntéza

Biopolymery. struktura syntéza Biopolymery struktura syntéza Nukleové kyseliny Proteiny Polysacharidy Polyisopreny Ligniny.. Homopolymery Kopolymery (stat, alt, block, graft) Lineární Větvené Síťované kombinace proteiny Funkční úloha

Více

Substituční deriváty karboxylových kyselin

Substituční deriváty karboxylových kyselin Substituční deriváty karboxylových kyselin Vznikají substitucemi v, ke změnám v karboxylové funkční skupině. Poloha nové skupiny se často ve spojení s triviálními názvy označuje řeckými písmeny: Mají vlastnosti

Více

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu V předcházejících kapitolách bylo konstatováno, že geny jsou uloženy na chromozomech a kontrolují fenotypové vlastnosti a že chromozomy se

Více

Metody využívající rentgenové záření. Rentgenovo záření. Vznik rentgenova záření. Metody využívající RTG záření

Metody využívající rentgenové záření. Rentgenovo záření. Vznik rentgenova záření. Metody využívající RTG záření Metody využívající rentgenové záření Rentgenovo záření Rentgenografie, RTG prášková difrakce 1 2 Rentgenovo záření Vznik rentgenova záření X-Ray Elektromagnetické záření Ionizující záření 10 nm 1 pm Využívá

Více

Bílkoviny. Bílkoviny. Bílkoviny Jsou

Bílkoviny. Bílkoviny. Bílkoviny Jsou Bílkoviny Bílkoviny Úkol: Vyberte zdroje bílkovin: Citróny Tvrdý sýr Tvaroh Jablka Hovězí maso Luštěniny Med Obilí Vepřové sádlo Hroznové víno Bramborové hlízy Řepa cukrovka Bílkoviny Základními stavebními

Více

Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů

Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů Aminokyseliny CH COOH obsahují karboxylovou skupinu a aminovou skupinu nebarevné sloučeniny (Trp, Tyr, Phe absorbce v UV) základní

Více

Nauka o materiálu. Přednáška č.2 Poruchy krystalické mřížky

Nauka o materiálu. Přednáška č.2 Poruchy krystalické mřížky Nauka o materiálu Přednáška č.2 Poruchy krystalické mřížky Opakování z minula Materiál Degradační procesy Vnitřní stavba atomy, vazby Krystalické, amorfní, semikrystalické Vlastnosti materiálů chemické,

Více

Karboxylové kyseliny a jejich funkční deriváty

Karboxylové kyseliny a jejich funkční deriváty Karboxylové kyseliny a jejich funkční deriváty Úvod Karboxylové kyseliny jsou nejdůležitější organické kyseliny. Jejich funkční skupina je karboxylová skupina a tento název je složen ze slov karbonyl a

Více

Enzymy charakteristika a katalytický účinek

Enzymy charakteristika a katalytický účinek Enzymy charakteristika a katalytický účinek Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek enzymy 28.7.2012 3. ročník čtyřletého G Charakteristika

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie Aminokyseliny, proteiny, enzymologie Aminokyseliny Co to je? Organické látky karboxylové kyseliny, které mají na sousedním uhlíku navázanou aminoskupinu Jak to vypadá? K čemu je to dobré? AK jsou stavební

Více

Skupenské stavy látek. Mezimolekulární síly

Skupenské stavy látek. Mezimolekulární síly Skupenské stavy látek Mezimolekulární síly 1 Interakce iont-dipól Např. hydratační (solvatační) interakce mezi Na + (iont) a molekulou vody (dipól). Jde o nejsilnější mezimolekulární (nevazebnou) interakci.

Více

ENZYMY. RNDr. Lucie Koláčná, Ph.D.

ENZYMY. RNDr. Lucie Koláčná, Ph.D. ENZYMY RNDr. Lucie Koláčná, Ph.D. Enzymy: katalyzátory živé buňky jednoduché nebo složené proteiny Apoenzym: proteinová část Kofaktor: nízkomolekulová neaminokyselinová struktura nezbytně nutná pro funkci

Více

Vazebné interakce protein s DNA

Vazebné interakce protein s DNA Vazebné interakce protein s DNA Vazebné možnosti vn jší vazba atmosféra + iont kolem nabité DNA vazba ve žlábku van der Waalsovský kontakt s lé ivem ve žlábku interkalace vmeze ení planárního aromat.

Více

NMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR

NMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR NMR biomakromolekul Typy biomakromolekul a možnosti studia pomocí NMR proteiny a peptidy rozmanité složení, omezení jen velikostí molekul nukleové kyseliny (RNA, DNA) a oligonukleotidy omezení malou rozmanitostí

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Primární struktura primární struktura bílkoviny je dána pořadím AK jejích polypeptidových řetězců

Více

Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání

Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání http://web.natur.cuni.cz/~zdenap/zdenateachingnf.html CHEMICKÉ SLOŽENÍ BUŇKY BUŇKA: 99 % C, H, N,

Více

Redoxní děj v neživých a živých soustavách

Redoxní děj v neživých a živých soustavách Enzymy Enzymy Katalyzují chemické reakce, kdy se mění substrát na produkt Katalytickým působením se snižuje aktivační energie reagujících molekul substrátu, tím se reakce urychlí Za přítomnosti enzymu

Více

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332 Animovaná chemie Top-Hit Analytická chemie Analýza anorganických látek Důkaz aniontů Důkaz kationtů Důkaz kyslíku Důkaz vody Gravimetrická analýza Hmotnostní spektroskopie Chemická analýza Nukleární magnetická

Více

Biochemie I. Aminokyseliny a peptidy

Biochemie I. Aminokyseliny a peptidy Biochemie I Aminokyseliny a peptidy Aminokyseliny a peptidy (vlastnosti, stanovení a reakce) AMINOKYSELINY Když se řekne AK ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) prostorový vztah aminoskupiny a karboxylové skupiny:

Více

Sešit pro laboratorní práci z chemie

Sešit pro laboratorní práci z chemie Sešit pro laboratorní práci z chemie téma: Reakce aminokyselin a bílkovin autor: MVDr. Alexandra Gajová vytvořeno při realizaci projektu: Inovace školního vzdělávacího programu biologie a chemie registrační

Více

Difrakce elektronů v krystalech, zobrazení atomů

Difrakce elektronů v krystalech, zobrazení atomů Difrakce elektronů v krystalech, zobrazení atomů T. Sýkora 1, M. Lanč 2, J. Krist 3 1 Gymnázium Českolipská, Českolipská 373, 190 00 Praha 9, tomas.sykora@email.cz 2 Gymnázium Otokara Březiny a SOŠ Telč,

Více

Procvičování aminokyseliny, mastné kyseliny

Procvičování aminokyseliny, mastné kyseliny Procvičování aminokyseliny, mastné kyseliny Co je hlavním mechanismem pro odstranění aminoskupiny před odbouráváním většiny aminokyselin: a. oxidativní deaminace b. transaminace c. dehydratace d. působení

Více

Seminář z chemie. Charakteristika vyučovacího předmětu

Seminář z chemie. Charakteristika vyučovacího předmětu Seminář z chemie Časová dotace: 2 hodiny ve 3. ročníku, 4 hodiny ve 4. Ročníku Charakteristika vyučovacího předmětu Seminář je zaměřený na přípravu ke školní maturitě z chemie a k přijímacím zkouškám na

Více

8. Polysacharidy, glykoproteiny a proteoglykany

8. Polysacharidy, glykoproteiny a proteoglykany Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 8. Polysacharidy, glykoproteiny a proteoglykany Ivo Frébort Polysacharidy Funkce: uchovávání energie, struktura, rozpoznání a signalizace Homopolysacharidy a

Více

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin doc. Jana Novotná Ústav lékařské chemie a klinické biochemie, 2. LF UK a FN Motol 2016 1. 20 aminokyselin, kódovány standardním genetickým kódem, proteinogenní,

Více

Přírodní polymery. struktura syntéza

Přírodní polymery. struktura syntéza Přírodní polymery struktura syntéza Nukleové kyseliny Proteiny Polysacharidy Polyisopreny Ligniny.. průmyslové využití (tradiční, obnovitelný zdroj) Sruktura komplikovanější Homopolymery Kopolymery (stat?,

Více

Aminokyseliny. Aminokyseliny. Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy COOH H 2 N. Aminokyseliny. Aminokyseliny. Postranní řetězec

Aminokyseliny. Aminokyseliny. Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy COOH H 2 N. Aminokyseliny. Aminokyseliny. Postranní řetězec optická aktivita Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy α-uhlík je asymetrický pouze L-aminokyseliny 2 α R rozdělení dle polarity podle počtu karboxylových skupin podle počtu bazických skupin podle polarity

Více

Rychlost chemické reakce A B. time. rychlost = - [A] t. [B] t. rychlost = Reakční rychlost a stechiometrie A + B C; R C = R A = R B A + 2B 3C;

Rychlost chemické reakce A B. time. rychlost = - [A] t. [B] t. rychlost = Reakční rychlost a stechiometrie A + B C; R C = R A = R B A + 2B 3C; Rychlost chemické reakce A B time rychlost = - [A] t rychlost = [B] t Reakční rychlost a stechiometrie A + B C; R C = R A = R B A + 2B 3C; 1 1 R A = RB = R 2 3 C Př.: Určete rychlost rozkladu HI v následující

Více

Energie v chemických reakcích

Energie v chemických reakcích Energie v chemických reakcích Energetická bilance reakce CH 4 + Cl 2 = CH 3 Cl + HCl rozštěpení vazeb vznik nových vazeb V chemických reakcích dochází ke změně vazeb mezi atomy. Vazebná energie uvolnění

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Translace, techniky práce s DNA Translace překlad z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin dá se rozdělit na 5 kroků aktivace aminokyslin

Více

Tabulace učebního plánu. Obecná chemie. Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Ročník: 1.ročník a kvinta

Tabulace učebního plánu. Obecná chemie. Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Ročník: 1.ročník a kvinta Tabulace učebního plánu Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : CHEMIE Ročník: 1.ročník a kvinta Obecná Bezpečnost práce Názvosloví anorganických sloučenin Zná pravidla bezpečnosti práce a dodržuje je.

Více

BIOSTIMULÁTOR AGRO-SORB ZDRAVÍ PRO POLE. VP AGRO, spol. s.r.o. Stehlíkova , Praha 6 - Suchdol

BIOSTIMULÁTOR AGRO-SORB ZDRAVÍ PRO POLE. VP AGRO, spol. s.r.o. Stehlíkova , Praha 6 - Suchdol BIOSTIMULÁTOR AGRO-SORB ZDRAVÍ PRO POLE VP AGRO, spol. s.r.o. Stehlíkova 977 165 00, Praha 6 - Suchdol 18 volných aminokyselin (L- alfa) 18 volných aminokyselin (L- alfa) 18 volných aminokyselin (L- alfa)

Více

TEST + ŘEŠENÍ. PÍSEMNÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKOUŠKY Z CHEMIE bakalářský studijní obor Bioorganická chemie 2010

TEST + ŘEŠENÍ. PÍSEMNÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKOUŠKY Z CHEMIE bakalářský studijní obor Bioorganická chemie 2010 30 otázek maximum: 60 bodů TEST + ŘEŠEÍ PÍSEMÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKUŠKY Z CEMIE bakalářský studijní obor Bioorganická chemie 2010 1. apište názvy anorganických sloučenin: (4 body) 4 BaCr 4 kyselina peroxodusičná

Více

Chemická kinetika. Chemické změny probíhající na úrovni atomárně molekulové nazýváme reakční mechanismus.

Chemická kinetika. Chemické změny probíhající na úrovni atomárně molekulové nazýváme reakční mechanismus. Chemická kinetika Chemická reakce: děj mezi jednotlivými atomy a molekulami, při kterých zanikají některé vazby v molekulách výchozích látek a jsou nahrazovány vazbami v molekulách nově vznikajících látek.

Více

Polymery lze rozdělit podle několika kritérií. Podle původu rozlišujeme polymery přírodní a syntetické. Přírodní polymery jsou:

Polymery lze rozdělit podle několika kritérií. Podle původu rozlišujeme polymery přírodní a syntetické. Přírodní polymery jsou: MAKROMOLEKULÁRNÍ LÁTKY (POLYMERY) Makromolekuly jsou molekulové systémy složené z velkého počtu atomů vázaných chemickými vazbami do dlouhých řetězců. Tyto řetězce tvoří pravidelně se opakující části,

Více

Chemická vazba. Molekula vodíku. Elektronová teorie. Oktetové pravidlo (Kossel, Lewis, 1916) Pevnost vazby vazebná energie.

Chemická vazba. Molekula vodíku. Elektronová teorie. Oktetové pravidlo (Kossel, Lewis, 1916) Pevnost vazby vazebná energie. Elektronová teorie ktetové pravidlo (Kossel, Lewis, 1916) Chemická vazba sdílení 2 valenčních e - opačného spinu 2 atomy za vzniku stabilní elektronové konfigurace vzácného plynu Spojení atomů prvků v

Více

Fourierovské metody v teorii difrakce a ve strukturní analýze

Fourierovské metody v teorii difrakce a ve strukturní analýze Osnova přednášky na 31 kolokviu Krystalografické společnosti Výpočetní metody v rtg a neutronové strukturní analýze Nové Hrady, 16 20 6 2003 Fourierovské metody v teorii difrakce a ve strukturní analýze

Více

Alkeny. Alkeny. Největšíprůmyslový význam majíethen (ethylen) a propen (propylen) jako suroviny pro další přeměny nebo pro polymerace

Alkeny. Alkeny. Největšíprůmyslový význam majíethen (ethylen) a propen (propylen) jako suroviny pro další přeměny nebo pro polymerace Alkeny Dvojná vazba je tvořena jednou vazbou sigma a jednou vazbou pí. Dvojná vazba je kratší než vazba jednoduchá a všechny čtyři atomy vázané na dvojnou vazbu leží v jedné rovině. Fyzikální vlastnosti

Více

Sekunda (2 hodiny týdně) Chemické látky a jejich vlastnosti Směsi a jejich dělení Voda, vzduch

Sekunda (2 hodiny týdně) Chemické látky a jejich vlastnosti Směsi a jejich dělení Voda, vzduch Sekunda (2 hodiny týdně) Chemické látky a jejich vlastnosti Směsi a jejich dělení Voda, vzduch Atom, složení a struktura Chemické prvky-názvosloví, slučivost Chemické sloučeniny, molekuly Chemická vazba

Více

MATURITNÍ OTÁZKY Z CHEMIE

MATURITNÍ OTÁZKY Z CHEMIE MATURITNÍ OTÁZKY Z CHEMIE 1 Složení a struktura atomu Vývoj představ o složení a struktuře atomu, elektronový obal atomu, modely atomu, pojem orbital, typy orbitalů, jejich znázorňování a pravidla pro

Více

AMK u prasat. Pig Nutr., 20/3

AMK u prasat. Pig Nutr., 20/3 AMK u prasat. Pig Nutr., 20/3 Potřeba AMK ve výživě prasat Prasata mají obecně odlišné nároky na živiny než ostatní hospodářská zvířata, především pak na zastoupení aminokyselin. Ve výživě prasat se krmná

Více

Úvod do biochemie. Vypracoval: RNDr. Milan Zimpl, Ph.D.

Úvod do biochemie. Vypracoval: RNDr. Milan Zimpl, Ph.D. Úvod do biochemie Vypracoval: RNDr. Milan Zimpl, Ph.D. TENTO PROJEKT JE SPOLUFINANCOVÁN EVROPSKÝM SOCIÁLNÍM FONDEM A STÁTNÍM ROZPOČTEM ČESKÉ REPUBLIKY Co je to biochemie? Biochemie je chemií živých soustav.

Více

Základní vlastnosti proteinů

Základní vlastnosti proteinů RNA Ribosom Protein Protein Základní vlastnosti proteinů Teoretický úvod Aplikovaná bioinformatika, Jaro 2013 Proteiny RNA Ribosom Protein Protein Protein, polypeptid, bílkovina. Lineární polymer aminokyselin

Více

Vysvětlivky ke kombinované nomenklatuře Evropské unie (2015/C 143/04)

Vysvětlivky ke kombinované nomenklatuře Evropské unie (2015/C 143/04) 30.4.2015 CS Úřední věstník Evropské unie C 143/3 (2015/C 143/04) Na straně 155 se za tabulku náležející k bodu 3 doplňkové poznámky 1 ke kapitole 30 doplňuje nový bod 4, který zní: 4. Doporučená denní

Více

PROCESNÍ INŽENÝRSTVÍ 12

PROCESNÍ INŽENÝRSTVÍ 12 UNIVERZITA TOMÁŠE BATI VE ZLÍNĚ FAKULTA APLIKOVANÉ INFORMATIKY PROCESNÍ INŽENÝRSTVÍ 12 Fermentační procesy (2. část) Dagmar Janáčová, Hana Charvátová, Zlín 2013 Tento studijní materiál vznikl za finanční

Více

ENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY

ENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY ENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY Autor: Mgr. Stanislava Bubíková Datum (období) tvorby: 28. 3. 2013 Ročník: devátý Vzdělávací oblast: Člověk a příroda / Chemie / Organické sloučeniny 1 Anotace: Žáci se seznámí

Více

SPEKTROMETRIE. aneb co jsem se dozvěděla. autor: Zdeňka Baxová

SPEKTROMETRIE. aneb co jsem se dozvěděla. autor: Zdeňka Baxová SPEKTROMETRIE aneb co jsem se dozvěděla autor: Zdeňka Baxová FTIR spektrometrie analytická metoda identifikace látek (organických i anorganických) všech skupenství měříme pohlcení IČ záření (o různé vlnové

Více

1 Teoretický úvod. 1.2 Braggova rovnice. 1.3 Laueho experiment

1 Teoretický úvod. 1.2 Braggova rovnice. 1.3 Laueho experiment RTG fázová analýza Michael Pokorný, pok@rny.cz, Střední škola aplikované kybernetiky s.r.o. Tomáš Jirman, jirman.tomas@seznam.cz, Gymnázium, Nad Alejí 1952, Praha 6 Abstrakt Rengenová fázová analýza se

Více

Metody pro studium pevných látek

Metody pro studium pevných látek Metody pro studium pevných látek Metody Metody termické analýzy Difrakční metody ssnmr Predikce krystalových struktur Metody termické analýzy Termogravimetrie (TG) Diferenční TA (DTA) Rozdíl teplot mezi

Více

Úvod do koroze. (kapitola, která bude společná všem korozním laboratorním pracím a kterou studenti musí znát bez ohledu na to, jakou práci dělají)

Úvod do koroze. (kapitola, která bude společná všem korozním laboratorním pracím a kterou studenti musí znát bez ohledu na to, jakou práci dělají) Úvod do koroze (kapitola, která bude společná všem korozním laboratorním pracím a kterou studenti musí znát bez ohledu na to, jakou práci dělají) Koroze je proces degradace kovu nebo slitiny kovů působením

Více

Struktura elektronového obalu

Struktura elektronového obalu Projekt: Inovace oboru Mechatronik pro Zlínský kraj Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.08/03.0009 Struktura elektronového obalu Představy o modelu atomu se vyvíjely tak, jak se zdokonalovaly možnosti vědy

Více

Dualismus vln a částic

Dualismus vln a částic Dualismus vln a částic Filip Horák 1, Jan Pecina 2, Jiří Bárdoš 3 1 Mendelovo gymnázium, Opava, Horaksro@seznam.cz 2 Gymnázium Jeseník, pecinajan.jes@mail.com 3 Gymnázium Teplice, jiri.bardos@post.gymtce.cz

Více

Chemie a fyzika pevných látek p2

Chemie a fyzika pevných látek p2 Chemie a fyzika pevných látek p2 difrakce rtg. záření na pevných látkch, reciproká mřížka Doporučená literatura: Doc. Michal Hušák dr. Ing. B. Kratochvíl, L. Jenšovský - Úvod do krystalochemie Kratochvíl

Více

Chemická vazba Něco málo opakování Něco málo opakování Co je to atom? Něco málo opakování Co je to atom? Atom je nejmenší částice hmoty, chemicky dále nedělitelná. Skládá se z atomového jádra obsahujícího

Více

nepolární polární kyselý bazický

nepolární polární kyselý bazický opticky aktivní rozdělení α-uhlík je asymetrický pouze L-aminokyseliny (D-aminokyseliny: bakterie, antibiotika, ) 2 α R podle počtu karboxylových skupin podle počtu aminoskupin podle polarity postranního

Více

Gymnázium Jiřího Ortena, Kutná Hora

Gymnázium Jiřího Ortena, Kutná Hora Předmět: Náplň: Třída: Počet hodin: Pomůcky: Chemie (CHE) Organická chemie, biochemie 3. ročník a septima 2 hodiny týdně Školní tabule, interaktivní tabule, tyčinkové a kalotové modely molekul, zpětný

Více