BAG Health Care GmbH HISTO MATCH Software Návod k použití: 16/ 2015 HISTO MATCH IVD. Instructions for Use Návod k použití.

Transkript

1 CZ HISTO MATCH IVD Instructions for Use Návod k použití Verze: 16/ 2015 HISTORIE VERZÍ (VERSION HISTORY) Verze Datum Odpovídá Popis 14/ /10/2014 HISTO MATCH V 2.5 Vylepšení v zobrazení výsledků (rozlišení CWD alel) a v typizačních zprávách. Vylepšení v interpretačním algoritmu. 15/ /07/2015 Nezveřejněná verze Implementace vyhodnocení souprav CWD high resolution (více než jedna jamka na jeden test) 16/ /10/2015 HISTO MACTH V2.6 Zahrnutí souprav Xtend a Null Auftragsannahme/Ordering: Customer Service: BAG Health Care GmbH Tel.: +49 (0) 6404 / Tel.: +49 (0) 6404 / Amtsgerichtsstraße 1-5 Tel.: +49 (0) 6404 / Fax: +49 (0) 6404 / Fax: +49 (0) 6404 / Lich / Germany Fax: +49 (0) 6404 / info@bag-healthcare.com verkauf@bag-healthcare.com service@bag-healthcare.com S t r a n a i

2 OBSAH HISTORIE VERZÍ (Version history)... i 1 ÚVOD (INTRODUCTION) Omezení softwaru.1 2 NEZBYTNÉ PŘEDPOKLADY (PREREQUISITES) Hardware Operační systém (Operating platform) STRUKTURA SOFTWARU HISTO MATCH (HISTO MATCH SOFT. STRUCTURE) Pacienti a vzorky Pracovní list pro SSO (Worklists for SSO) SSP testy (SSP tests) Soupravy, šarže a verze pro SSO (Kits, lots and batches for SSO) Soupravy a šarže pro SSP (Kits and lots for SSP) INSTALACE A SPRÁVA DATABÁZE (Installation and database management) Instalace softwaru HISTO MATCH (HISTO MATCH installation) Databáze (Database) Uživatelská instalace (User Instance Mode) SQL serverová databáze (SQL SERVER Mode) Prvotní instalace databáze (Initial database installation) Uživatelské nastavení (User Instance Mode) SQL Severová instalce (SQL Server Mode) Instalace novější verze programu (HISTO MATCH Upgrade) Vytvoření nové databáze (Creating a New Database) Uživatelské nastavení (User Instance Mode) Serverové nastavení (Server Mode) Zobrazení aktuálního jména databáze (Displaying current database name) SPUŠTĚNÍ SOFTWARU HISTO MATCH (Starting the HISTO MATCH Software) PRVOTNÍ NASTAVENÍ SOFTWARU (Initial Software Setup) Přihlášeni (Login) Přidávání uživatelů a přiřazování práv (Add users and assign roles) Změna hesla uživatele (Changing the user password) Import, zobrazení a aktualizace souprav (Import, view and update kits) Vyhledávání verzí souprav (Finding batches) Třídění verzí (Sorting batches) DOMÁCÍ OBRAZOVKA (The Home Screen) Základní menu (The main menu) S t r a n a ii

3 8 SPRÁVA UŽIVATELŮ (USER MANAGEMENT) Okno prohlížení uživatelů (The browse users screen) Přidání nového uživatele (Adding a new user) Editace uživatele (Editing a user) Znovuobnovení uživatelova hesla (Reset a user password) Vymazání uživatele (Deleting a user) Změna hesla uživatele (Changing user password) SPRÁVA PACIENTŮ (PATIENT MANAGEMENT) Vyhledávání pacientů (Finding patients) Třídění (Sorting) Přidání nového pacienta (Adding a new patient) Editace již existujícího pacienta (Editing an existing patient) Přiřazení existujících vzorků (Assigning existing samples)existing samples Mazání pacientů (Deleting patients) SPRÁVA VZORKŮ (SAMPLE MANAGEMENT) Vyhledávání vzorků (Finding samples) Třídění (Sorting) Přidání nového vzorku (Adding a new sample) Editace již existujícího vzorku (Editing an existing sample) Vkládání vzorků (Importing samples) Import souborů (Import file format) Import textového souboru (Importing the text file) Propojení mezi vzorky a výsledky (Link from sample to results) SPRÁVA PRACOVNÍHO LISTU (WORKLIST MANAGEMENT) Zobrození Pracovního listu a zobrazení informací (Worklist views and log data) Vyhledání Pracovního listu (Finding worklists) Třídění (Sorting) Status Pracovního listu (Worklist status) Vytvoření nového pracovního listu (Creating a new worklist) ID Pracovního listu (Worklist ID) Dostupné testy (Available tests) Přidávání vzorků pomocí čtečky čárových kódů (Adding samples with a barcode reader) Úprava rozložení testovací desky (Editing the plate layout) Import výchozího pracovního listu (Importing an initial worklist) Úprava již existujícího Pracovního listu (Editing an existing worklist) Zpráva o uspořádání Pracovního listu (Worklist setup report) S t r a n a iii

4 11.8 Vytváření Pracovního listu pro kombinovaný strip (On-call-typing, CWD high res) (Creating a worklist for a combistrip (On-call typing, CWD High res kits) Vytváření testů a pracovních listů obsahujících testy z Xtend a Null souprav (Create tests and worklists with Xtend and Null kits) Vytváření testů a pracovních listů obsahujících testy z Xtend a Null souprav (Xtend and Null tests for initial testing) Přidávání Xtended a Null testů k již zpacovaným testům (Adding Xtend and Null tests to already processed tests) Odeslání Pracovního listu do stroje (Send worklist to processor) zpracovaného Pracovního (Importing a processed worklist) Import pomocí USB flash paměti (Import via USB stick) Import po síti (Import via network) Export Pracovního listu (Exporting a worklist) PŘÍSTROJ MR.SPOT (MR.SPOT Processor) Okno Přístroje (Processors screen) Seznam přístrojů (Processor list) Vybraný přístroj (Selected processor) Zprávy z přístroje (Processor messages) Přidání nového přístroje (Adding a new processor) Odstranění přístroje (Deleting a processor) Import výsledků z přístroje MR.SPOT (Importing results from MR.SPOT ) ANALÝZA OBRAZU (IMAGE ANALYSIS) Automatické nanesení sítě (Automated gridding) Ruční zasíťování (Manual gridding) Měření bodů (Spot measurement) Otáčení fotografií (Image rotation) Automatické otáčení obrázků (Auto Rotate Images) Ruční otáčení obrázků (Manual image rotation) Referenční hodnoty pro neúspěšné kontrolní sondy OKNO ANALÝZY PRACOVNÍHO LISTU (WORKLIST ANALYSIS SCREEN) Hlavní lišta nástrojů (Main toolbar) Deskové zobrazení (Plate view) Informace o testu (Test information) Nástroje interpretace (Interpret controls) Zobrazení výsledků (Results view) Výběr výsledku (Result assignment) Navrhované výsledky (Suggested Results) S t r a n a iv

5 Filtry hojných alel (Common allele filters) Možnosti zobrazení pro souhrné pole výsledků NMDP kódy (NMDP codes) Sérologické ekvivalenty (Serological equivalents) Zobrazení výsledků pro DPB1 (Results display for DPB1) Negativní kontrola (Negative control) Ruční ignorování prób (Manually ignoring probes) Funkce Auto Edit Provedení omezené interpretace (Perform restricted intepretation) Interaktivita mezi Zobrazením výsledků a Zobrazením fotografií Zobrazení reaktivity próby a změny Cut off Zobrazení specifity próby (Show probe specificity) Zobrazení patternu alel (Allele Pattern Display) Zobrazení nomenklatury (Nomenclature Display) Ověření a schválení výsledků (Approving and authorizing results) Zobrazení prób (Probes view) Náhled do historie (History view) Komentáře k výsledkům (Result comments) Interpretace typizačních kitů pro celiakii (Interpretation for the HISTO SPOT Coeliac Disease Kit) Zobrazení celiakie (Coeliac disease view) Interpretace DQB1/DQA1 (DQB1/DQA1 interpretation) Vyhodnocení testů HISTO SPOT high res (Interpretation of the HISTO SPOT CWD high res kits) INTERPRETACE HISTO TYPE SSP TESTŮ (Interpretation of HISTO TYPE SSP Tests) Import typizačních kitů (Import a typing kit) Definování pacienta, vzorku a testu (Define patient, sample and test) Interpretace HISTO TYPE SSP testů (Interpreting HISTO TYPE SSP tests) Informace o testu (Test information) Nástroje interpretace (Interpret controls) Zobrazení výsledků (Results view) Navrhované výsledky (Suggested Results) Filtry hojných alel, NMDP kódy a sérologické ekvivalenty (Common allele filters, NMDP Codes and serological equivalents) Možnosti zobrazení v poli Výsledků (Display options for the summary field) Zobrazení paternu alel (Allele pattern display) Historie a poznámky (History and Comments) S t r a n a v

6 15.12 Interpretace souprav HISTO TYPE Celiac Disease: nová kapitola (Interpretation for the HISTO TYPE Celiac Disease Kit: new chapter) Zobrazení celiakiie (Coeliac disease view) Zobrazení DRB1 / DQB1 / DQA1 (DRB1 / DQB1 / DQA1 view) TYPIZAČNÍ ZPRÁVY (Typing reports) Kompaktní zpráva (Compact report) Zpráva o pracovním listu (Worklist report) Zpráva o typizaci pacienta nebo vzorku (Patient or sample report) NASTAVENÍ (Setup) S t r a n a vi

7 1 ÚVOD (INTRODUCTION) Tento dokument obsahuje instrukce pro instalaci a používání softwaru HISTO MATCH. Software HISTO MATCH je určen pro interpretaci dat a správu dat z HLA typizací provedených pomocí systému HISTO SPOT SSO a HISTO TYPE SSP souprav. 1.1 Omezení softwaru (Limitations of the software) Software HISTO MATCH je určen ku pomoci osobám se zkušenostmi s analýzou HLA. Software navrhuje výsledky, ale každý klinický či diagnostický výsledek musí být pro potvrzení správnosti pozorně prohlédnut osobou kvalifikovanou pro HLA typizace. Software lze používat jako pomůcku navrhující HLA typy, ale nikoliv jako jedinou metodu pro určení publikovatelných výsledků. Software je míněn jako laboratorní pomůcka a ne jako zdroj definitivních výsledků. 2 NEZBYTNÉ PŘEDPOKLADY (PREREQUISITES) 2.1 Hardware Aplikace bude funkční na většině moderních osobních počítačů. Přesto doporučujeme tuto konfiguraci: 2 GB RAM minimální rozlišení videa 1280 x 1024 procesor 2GHz, více jádrový dostatečné místo na pevném disku pro uchovávání dat v databázi (výsledky z jednoho běhu s 96 testy spolu s pracovním listem a obrázky zaberou v databázi přibližně 15MB). 2.2 Operační systém (Operating platform) Aplikace HISTO MATCH je uzpůsobena k práci pod platformou Microsoft. Net Framework 4.0 operační systémy (jak 32 tak 64 bitové) které podporují tento framework jsou: Windows XP Windows Vista Windows 7 Windows 8 (vyžaduje SQL Server 2012 Express edition) Aplikace vyžaduje SQL databázový server, aby mohla ukládat data, výsledky a obrázky do databáze., Microsoft SQL Server 2008 Express edition je zahrnuta v instalačním balíku a je dostatečná pro lokální instalaci, nebo pro síťovou instalaci s max. deseti stanicemi. Pro větší počet uživatelů, nebo pokud množství dat v databázi pravděpodobně překročí 4 GB, je třeba zakoupit plnou verzi SQL Server softwaru. Aplikace může případně využívat lokální síť pro komunikaci s přístrojem MR. SPOT. S t r a n a 1

8 3 STRUKTURA SOFTWARU HISTO MATCH (HISTO MATCH SOFT. STRUCTURE) 3.1 Pacienti a vzorky (Patients and samples) Aplikace HISTO MATCH ukládá informace o vzorcích a případně i o pacientech asociované s informacemi o vzorku. 3.2 Pracovní list pro SSO (Worklists for SSO) Aby mohla proběhnout analýza, je nutno přiřadit test k vzorku a přidat ho do pracovního listu. Pracovní list je sbírka testů, které jsou prováděny pospolu na přístroji MR.SPOT. Každý pracovní list může obsahovat kombinaci až 96 testů z celého rozsahu systému HISTO SPOT SSO (s výjimkou kombi stripů). 3.3 SSP testy (SSP tests) K provedení analýzy SSP testů je třeba vytvořit vzorek a test s odpovídající šarží SSP testu. Dvojité kliknutí na test otevře interpretační okno. Pro přesnější popis viz kapitola 15 ( Interpretace HISTO TYPE SSP testů (Interpretation of HISTO TYPE SSP Tests)). 3.4 Soupravy, šarže a verze pro SSO (Kits, lots and batches for SSO) Více souprav HISTO SPOT SSO je uloženo databázi, každá souprava může mít více šarží. Souprava (Kit): např. HISTO SPOT A, definuje testovaný lokus. Šarže (Lot): např. A084, A085, definuje uspořádání a specifita prób, které jsou obsaženy v soupravě. Každá ze šarží může mít více verzí. Verze (Batch): e.g. A085-1, A085-2, A085-3, definované tím jak jednotlivé próby reagují proti kontrolním próbám a též datem výroby a expirace stripů. Samostatné próby mohou být vypnuté v jednotlivých verzích v jedné šarži. Tyto informace lze najít na CD přiloženém k dané soupravě (Hit tables excelový soubor). Při sestavování pracovního listu stačí vložit typ soupravy, šarže a verze se načte následně pomocí čtečky čárových kódů. 3.5 Soupravy a šarže pro SSP (Kits and lots for SSP) Široké spektrum HISTO SPOT SSP lze uložit v databázi, každá souprava je dostupná ve více šaržích: Souprava (Kit): např. HISTO TYPE A low, definuje testovaný lokus Šarže (Lot): např. 145A1, 146A2 definuje produkční šarži s daným setem primerů. S t r a n a 2

9 4. INSTALACE A SPRÁVA DATABÁZE (INSTALLATION AND DATABASE MANAGEMENT) 4.1 Instalace softwaru HISTO MATCH (HISTO MATCH installation) HISTO MATCH je dodáván na CD. K instalaci aplikace vložte CD do počítače a instalační program by se měl spustit automaticky, pokud se instalační program automaticky nespustí, najděte na CD setup.exe a spusťte ho. Není třeba nastavovat při instalaci žádnou konfiguraci, veškeré doplňky (NET Framework a SQL Server) budou instalovány automaticky. 4.2 Databáze (Database) HISTO MATCH používá SQL Server jako databázový sever. SQL Server Express 2008 R2 je dodáván na instalačním CD. S verzí 2008 R2 Express je velikost databáze limitována 10GB. Server může být nakonfigurován jako User Instance Uživatelská instalace nebo Server Serverová instalace. Databáze může být lokalizovaná kdekoliv ve vašem počítači, ale musí být v adresáři, který je dostupný všem uživatelům. Předchozí verze používali adresář C:\ExpediteDatabase Uživatelská instalace (User Instance Mode) Toto uspořádání umožňuje jednoduchou konfiguraci a používání databáze a snižuje nároky databáze na počítač, když není HISTO MATCH spuštěn. Na druhou stranu trvá trochu déle, než se program spustí. Jelikož databázové soubory nejsou používány, když neběží HISTO MATCH, tak záloha spočívá v prostém zkopírování souborů databáze SQL serverová databáze (SQL SERVER Mode) Toto nastavení umožňuje sdílení databáze v rámci sítě, a jelikož je databáze spravována jako sever, je dostupná stále, i když je HISTO MATCH vypnutý. Při použití tohoto nastavení je spuštění programu rychlejší, ale spotřebovává více kapacity počítače. 4.3 Prvotní instalace databáze (Initial database installation) Při prvním spuštění softwaru HISTO MATCH se vám otevře okno Databázové nástroje - Database Tools. S t r a n a 3

10 V tuto chvíli se musíte rozhodnout, zda nastavíte Uživatelské nastavení - User Instance, nebo SQL serverovou databázi SQL Server. Základní nastavení před verzí 2.0 bylo v HISTO MATCH Uživatelské nastavení Uživatelské nastavení (User Instance Mode) Zde jsou dvě možnosti: Otevřít vyberete již existující databázi programu HISTO MATCH. Tuto možnost zvolte, pokud již máte databázi, kterou chcete dále používat. Najděte databázi, vyberte a otevřete jí v souborovém okně. Nový - vytvoří novou databázi. Vyberte pro ni umístění a jméno souboru (nepoužívejte prázdná místa v názvu souboru). Nevybírejte stávající soubor k přepsání, to by se nezdařilo. Ujistěte se, že všichni uživatelé mají přístupová práva ke zvolenému adresáři. Databáze bude vytvořena. Po Vytvoření nebo Vybrání databázového souboru uvidíte okno User instance tools, kliknete na zelené zatržítko k potvrzení vybrané databáze a navraťte se do programu HISTO MATCH. S t r a n a 4

11 Na výběr jsou možnosti: Nový : Vytvoří nový databázový soubor. Upgrade : Aktualizuje databázi verze 1.0 nebo 1.1 na databázi verze 1.2 vhodnou pro HISTO MATCH 2.1 a vyšší). Vyber : Vybrání stávajícího databázového souboru HISTO MATCH. Odpojit : Odpojení z Uživatelského nastavení (User Instance mode) a vrácení do počátečního okna Databázové nástroje - Database tool SQL Severová instalce (SQL Server Mode) Vyberte server z rozbalovací nabídky, pokud je seznam prázdný stiskněte obnovovací tlačítko. Nalezení SQL serveru může trvat v lokální síti několik minut. Můžete též zadat jméno severu manuálně. Vyberte Autentifikační metodu (v závislosti na nastavení Serveru), uživatelské jméno a heslo, pokud je požadováno. Potvrďte zeleným zatržítkem a pokuste se o spojení. Pokud budete úspěšní, nástroj vyhledá databázi softwaru HISTO MATCH na serveru. S t r a n a 5

12 Všechny databáze budou zobrazeny, v seznamu bude k dispozici několik nabídek. Refresh Obnovit obnoví seznam databází ze serveru. New Nová vytvoří novou databázi Musíte dodat unikátní jméno databáze a vložit nové jméno souboru, použijte vyhledávací tlačítko k vyhledání souboru a ujistěte se, že vytvořený soubor je v adresáři, do něhož mají všichni uživatelé přístup. Upgrade aktualizace - tato možnost je pro převedení databáze z formátu 1.0 nebo 1.1 do formátu 1.2 vhodného pro HISTO MATCH 2.1 a vyšší Attach připojit připojí existující databázový soubor k serveru Detach odpojit odpojí vybraný databázový soubor od serveru, soubor pak může být připojen k jinému serveru S t r a n a 6

13 Delete vymazat vymaže databázi ze serveru a veškeré asociované soubory vymaže z adresářů Backup záloha vytvoří zálohu vybrané databáze Disconnect odpojit odpojí se ze serveru a vrátí do původního okna Databázové nástroje (Database Tools Window) Potvrdí vybranou databázi pro užívání v programu HISTO MATCH a vrátí nás do tohoto programu. Tato funkce je dostupná pouze pokud máte vybranou databázi formátu Instalace novější verze programu (HISTO MATCH Upgrade) Před instalací nové verze programu je vhodné udělat zálohu databáze. Instrukce, jak provést zálohu, naleznete v odpovídajících starších verzích tohoto manuálu. Nainstalujte HISTO MATCH z přiloženého CD-ROMu. Doporučujeme napřed odinstalovat starší verze softwaru. Žádná data, která jsou již zadaná v programu, nebudou vymazána. Při prvním spuštění HISTO MATCH po instalaci novější verze se otevře přímo okno Databázové nástroje (database Tools Window) a současná databáze bude vybrána. uživatelské nastavení (User Instance) nebo serverové nastavení (Server mode) V obou případech musíte upgradovat databázi dříve, než budete pokračovat v práci. Tento proces upraví vaši databázi na současnou verzi. Tento proces je jednosměrný, tudíž se po jeho provedení již nelze vrátit k původnímu formátu. 4.5 Vytvoření nové databáze (Creating a New Database) Pokud se již vaše databáze zaplňuje a blížíte se ke konečné velikosti 10GB, můžete vytvořit novou prázdnou databázi. Při startu programu HISTO MATCH držte stisknutou klávesu Ctrl (dříve než se objeví úvodní okénko) a získáte následující možné volby: S t r a n a 7

14 Vyberte možnost: Vyber databázi (Select Database). V závislosti na vašem nastavení uvidíte buď okno uživatelského nastavení, nebo okno SQL serveru Uživatelské nastavení (User Instance Mode) Vyberte Nová - New. V okénku Uložit soubor zadejte jméno databázové souboru a jeho umístění (nepoužívejte prázdná místa v názvu). Nová prázdná databáze bude vytvořena. Stávající uživatelé, soupravy, instalační data a nastavení budou zachovány. Potvrďte zatržením MACTH Serverové nastavení (Server Mode) vytvořenou databázi a pokračujte ve startu programu HISTO vyberte Nová - New S t r a n a 8

15 Zadejte unikátní databázové jméno. Textové políčko bude ohraničené červeně, pokud název nebude unikátní, nebo bude ponecháno prázdné. V okénku File soubor zadejte umístění a jméno nového databázového souboru. Nová prázdná databáze bude vytvořena. Stávající uživatelé, soupravy, instalační data a nastavení budou zachovány. Potvrďte zatržením vytvořenou databázi a pokračujte ve startu programu HISTO MACTH Zobrazení aktuálního jména databáze (Displaying current database name) Jméno aktuálně používané databáze lze zobrazit kliknutím na číslo verze programu HISTO MATCH v pravém horním rohu. S t r a n a 9

16 5 SPUŠTĚNÍ SOFTWARU HISTO MATCH (STARTING THE HISTO MATCH SOFTWARE) Instalace aplikace vytvoří ikonu na ploše ikonu a zkratku (shortcut) ve Windows Start menu. Dvojklik na jedno z výše zmíněných, spustí aplikaci. Při startu se aplikace pokusí spojit s lokální databází a úvodní okno popisuje průběh procesu. 6 PRVOTNÍ NASTAVENÍ SOFTWARU (INITIAL SOFTWARE SETUP) 6.1 Přihlášeni (Login) Aplikace má základní nastavení na administrátorská práva (administrator, user) s uživatelským jménem (username) Admin a heslem (password) Password123. Zapište a stiskněte Enter, nebo klikněte na sign in Jediná funkce, dostupná pro Administrátora v tuto chvíli, je editovat další uživatele (Users). S t r a n a 10

17 6.2 Přidávání uživatelů a přiřazování práv (Add users and assign roles) V programu jsou definovány tři role: Aplikace definuje 3 typy práv uživatelů: Uživatel - User: může provádět většinu běžných úkolů, přidávat vzorky a pracovní listy, provádět analýzu výsledků a přiřazení alel (allele assignment). Supervisor: může autorizovat výsledky. Administrator: může administrovat nastavení softwaru a uživatelů. Každá z rolí musí být nastavena samostatně pro každého uživatele, t.j. Supervisor nastavte i práva User. pro osobu s právy Vyberte tlačítko Uživatel - Users. S t r a n a 11

18 2. 2. Zobrazí se vám seznam současných uživatelů: 3. Vyberte tlačítko Přidej - Add. 4. Vyplňte podrobnosti o daném uživateli. User Name je unikátní jméno pro daného uživatele k přihlašování. 5. Práva - Roles: Vyberte z nabídky práva pro daného uživatele. 6. Vyberte OK tlačítko k uložení a Cancel tlačítko ke zrušení tohoto uživatele. 7. Nový uživatel se objeví na seznamu uživatelů. 8. Odhlaste se pomocí tlačítka Log Off 9. Můžete se teď přihlásit jako nový uživatel, všichni noví uživatelé mají heslo Password123. S t r a n a 12

19 6.3 Změna hesla uživatele (Changing the user password) 1. Přihlaste se stávajícím přihlašovacím jménem a heslem. 2. Vyberte si Nastavení - Setup 3. Vložte vaše stávající heslo (current password) a poté nové heslo (new password) a potvrďte nové heslo (confirm new password). 4. Vyberte tlačítko OK a potvrďte změny 5. Vyberte Save Changes-Ulož změny k návratu na domácí obrazovku. 6.4 Import, zobrazení a aktualizace souprav (Import, view and update kits) Informace k soupravám, šaržím i verzím jsou distribuovány ve formě XML souborů. Každý soubor obsahuje data o uspořádání a intenzitě sond potřebná k interpretaci výsledků. 1. Přihlaste se. 2. Vyberte tlačítko Soupravy - Kits. S t r a n a 13

20 Na počátku nejsou nainstalovány žádné soupravy: Import nového souboru ukaž hit table pro vybranou šarži / verzi. ukaž cut offs pro vybranou šarži / verzi Vytvoř hit table podle starší IMGT databáze Ukaž/skryj expirované šarže Vymaž vybranou šarži (možné pouze pokud je nepoužita) Update - obnov všechny soubory podle poslední databáze alel. 3. Stiskněte tlačítko Import. 4. V okénku najděte a vyberte jeden nebo více xml šaržových souborů a vyberte Otevřít (Open). S t r a n a 14

21 5. Aplikace načte data a zobrazí jejich obsah. Tato operace může trvat i delší časový interval, během kterého se zdánlivě nic neděje. Prosím, vyčkejte, dokud se nezobrazí batch soubory. 6. Vyberte Uložit - Save k uložení dat do databáze, nebo Zrušit - Cancel ke zrušení importu. 7. Jednou importované soupravy jsou k vidění v okně Soupravy Kits. Pokud je pro danou šarži použita nejnovější dostupná verze databáze, je tato označena zeleně. Pokud je použita starší verze, je označena žlutě. Kliknutím na datum uvedení databáze se objeví seznam starších databází. Je možno změnit databázi kliknutím na datum uvedení. Všechny verze dané šarže budou převedeny na novou databázi. (např. B048-1 až B048-4). S t r a n a 15

22 SSO a SSP soupravy mohou být rozpoznány podle ikonek: (nová obrazovka) : HISTO SPOT SSO kit : Combistrip: HISTO SPOT On-Call Typing kit, ABC CWD high res, ABDR CWD high res, DR/DQ CWD high res : HISTO TYPE SSP kit HISTO SPOT Coeliac Disease Kit Kliknutím na ikony zobrazení v pravém horním rohu lze přepínat mezi zobrazením seznamu a zobrazením symbolů: V tomto zobrazení jsou zobrazeny všechny dostupné šarže (lot). Kliknutím na symbol se zobrazí všechny dostupné verze (batch) dané šarže. S t r a n a 16

23 6.5 Vyhledávání verzí souprav (Finding batches) Lze vyhledávat soupravy pomocí políčka Vyhledat - Search. Zadejte vyhledávací kritéria a stiskněte Enter, nebo klikněte na tlačítko. Verze lze hledat podle jména, verze, šarže nebo lokusu. Všechny verze odpovídající daným kritériím budou zobrazeny v seznamu. 6.6 Třídění verzí (Sorting batches) Seznam Verzí lze utřídit pomocí různých kritérií kliknutím na Třídit - Sort by nahoře seznamu. Pořadí můžete obrátit opětovným kliknutím tamtéž. S t r a n a 17

24 7 DOMÁCÍ OBRAZOVKA (THE HOME SCREEN) Domácí obrazovka je startovacím bodem vaší práce se softwarem. Je dosažitelná z většiny částí aplikace pomocí tlačítka Domů Home z hlavního menu. Hlavní funkce Domácího okna jsou: Vyhledávání - Search: New HISTO SPOT Worklist: Combistrip Worklist: Import Worklist: Nový Vzorek- New Sample: Zajišťuje přístup k univerzálnímu vyhledávacímu oknu. Vytvoření nového SSO pracovního listu. Vytvoření nového pracovního listu pro HISTO SPOT On-Call Typing kit, ABC CWD high res, ABDR CWD high res, DR/DQ CWD high res). Importování počátečního csv souboru nebo stažení hotového pracovního listu z přístroje MR. SPOT. Vytvoření nového vzorku. S t r a n a 18

25 7.1 Základní menu (The main menu) Hlavní menu je dostupné z většiny obrazovek softwaru. Dostupnost jednotlivých funkcí je závislá na právech příslušného uživatele. Menu umožňuje přístup k následujícím funkcím. Domů - Home: Pacienti - Patients: Vzorky - Samples: Pracovní listy - Worklists: Soupravy - Kits: Uživatelé - Users: Vrátí uživatele do Domácího okna. Otevře uživateli okno k prohlížení a správě pacientů. Otevře uživateli okno k prohlížení a správě vzorků. Otevře uživateli okno k prohlížení a správě pracovních listů. Otevře uživateli okno k prohlížení a správě souprav. Otevře uživateli okno k prohlížení a správě uživatelů. Přístroje - Processors: Otevře uživateli okno náhledu na přístroj MR.SPOT. Nastavení - Setup: Odhášení - Log Off: Otevře uživateli možnosti nastavení. Odhlásí současného uživatele. 8 SPRÁVA UŽIVATELŮ (USER MANAGEMENT) Sytém vyžaduje, aby byli uživatelé registrováni s unikátním přihlašovacím jménem a heslem. Každý uživatel musí mít též nastavena alespoň některá ze tří skupin práv definovaných systémem. 8.1 Okno prohlížení uživatelů (The browse users screen) Na této obrazovce jsou zobrazeni všichni uživatelé. S t r a n a 19

26 8.2 Přidání nového uživatele (Adding a new user) 1. Vyberte Přidej - Add. 2. Vyplňte okno Nastavte uživatele - Edit User Uživatelské jméno -User Name: uživatelské jméno. Unikátní 3. Vyberte tlačítko OK nebo Zrušit Cancel. 4. Nový uživatel bude zapsán na obrazovce v okně uživatelů. Práva - Roles: Vyberte uživatel, supervizor, administrátor. Povoleno -Enabled: Pokud bude nezatrhnuto, uživatel se nebude moci přihlásit. Poznámky - Comments: Přidejte poznámky pro daného uživatele. 8.3 Editace uživatele (Editing a user) Již existující uživatel může být editován. Editace je omezena na změnu práv, povolení, nebo zakázání uživatele a přidávání poznámek. Pro editaci uživatele: 1. Vyberte uživatele ze seznamu a vyberte Editovat - Edit.. 2. Uživatelské jméno je zobrazeno, ale nelze je změnit. Ostatní nastavení lze editovat. 3. Vyberete OK pro uložení, nebo Zrušit - Cancel k odmítnutí změn. Poznámka: Uživatel Administrátor nemůže být editován! 8.4 Znovuobnovení uživatelova hesla (Reset a user password) Pokud uživatel zapomene heslo, může být heslo resetováno jiným uživatelem s administrátorskými právy. 1. Vyberte uživatele ze seznamu. 2. Vyberte tlačítko Reset 3. Uživatelské heslo se nataví na základní Password123. S t r a n a 20

27 4. Uživatel by si pak měl změnit heslo při prvním přihlášení. 8.5 Vymazání uživatele (Deleting a user) Není možno vymazat uživatele, je pouze možno ho zakázat (zrušením zatržení v kolonce Povolit Enabled) pomocí editace uživatele. 8.6 Změna hesla uživatele (Changing user password) Uživatel může změnit své heslo pomocí tlačítka Nastavení Setup z Hlavního menu, první stránka z Možností Nastavení umožňuje změnu hesla. Uživatelská hesla jsou citlivá na velikost písmen, t.j. Password není totéž, co password. Text v políčkách Nové heslo - New Password a Potvrď Heslo - Confirm Password se musí zcela shodovat, aby se zabránilo chybám v průběhu psaní hesla. Pak uživatel musí zadané údaje potvrdit tlačítkem OK, aby došlo k uložení změn. S t r a n a 21

28 9 SPRÁVA PACIENTŮ (PATIENT MANAGEMENT) Správa pacientů je volitelnou součástí softwaru HISTO MATCH, není nezbytné používat funkce pacienti k seskupování vzorků, nebo testů, ale seskupování tímto způsobem je většinou výhodné. Vybráním tlačítka Pacienti - Patients z hlavního menu nás přenese na Okno pacientů. Po otevření okna jsou zobrazeni všichni pacienti uložení v databázi. Create Vytvořit nového pacienta. Edit - Upravit vybraného pacienta. Delete Vymazat vybraného pacienta. Create Vytvořit zprávu (report) pro vybraného pacienta. S t r a n a 22

29 9.1 Vyhledávání pacientů (Finding patients) Můžete vyhledávat pacienty pomocí nástroje vyhledávání (Search): Vložte vyhledávací kritéria do vyhledávací kolonky a stiskněte Enter, nebo klikněte na tlačítko. Pacienti mohou být vyhledáváni pomocí jména, ID, všichni pacienti splňující daná kritéria budou zobrazeni v seznamu níže. 9.2 Třídění (Sorting) Můžete třídit pacienty kliknutím na políčka v řádce Sort by. Můžete obrátit pořadí třídění opakovaným kliknutím na stejné políčko. 9.3 Přidání nového pacienta (Adding a new patient) Pacienti mohou být přidáni do textového souboru spolu s informací o vzorcích, podrobnosti viz kapitola o správě vzorků. Metoda zde popsaná umožňuje přidat jednotlivého pacienta s několika vzorky a testy. 1. Vyberte tlačítko Přidej - Add. 2. Zobrazí se okno k editaci pacientů. podokno Pacient podokno Vzorky 3. Vyberte podokno Pacient pro zobrazení informací o pacientovi (kliknutím se rozevře, opakovaným kliknutím opět zabalí). S t r a n a 23

30 Patient ID: Jméno - Name: Toto je unikátní označení pacienta Nezbytné. Pacientovo jméno (např. Jan Novotný). Datum narození -Date of Birth: Vypište do políčka nebo vyberte pomocí kalendáře. Adresa - Address: Použijte Add/Edit/Delete tlačítka k zadání adresy pacienta. 4. Vyberte podokno Vzorky Samples pro přidání vzorků. (Kliknutím na záložku se rozbalí, opakovaným klikem opět zabalí.) 5. Vyberte Přidej - Add pro přidání nových vzorků. Otevře se okno Vzorky se vzorkem s ID identickým jako je ID pacienta (lze editovat). V tomto okně můžete přidat HISTO SPOT nebo HISTO TYPE testy. Můžete přidat jakýkoliv počet testů. Můžete také testy mazat vyberete příslušný test a zmáčknete tlačítko Delete. Když jste hotovi, potvrďte tlačítkem Save - Uložit. S t r a n a 24

31 6. Vyberete rozbalovací podokno pro zadání informací o vzorku. Sample ID: Požadované unikátní označení ID pro daný vzorek. Datum přijetí - Date received: Nastavte datum (může být později editováno). Extraction: Prostor k popsání metody použité k extrakci DNA. Poznámky - Comments: Použijte tlačítko Přidej - Add k přidání nové poznámky. 7. Nový vzorek bude zobrazen na seznamu vzorků daného pacienta. Spolu s testy, které byly vybrány, můžete upravovat vzorek kliknutím na tlačítko Edit - Uprav, nebo dvojím kliknutím na jméno vzorku v seznamu. 8. Klikněte na Save - Uložit k uložení pacienta a vzorků do databáze nebo klikněte Close - Zavřít pro zrušení všech změn. 9.4 Editace již existujícího pacienta (Editing an existing patient) Pro editaci pacienta, který je již v databázi přítomen: 1. Najděte pacienta k editaci pomocí funkcí vyhledávání a třídění (search, sort). 2. Vyberte pomocí tlačítka Edit nebo dvojklikem na pacienta v seznamu. 3. Zobrazí se okno pro editaci pacientů. 4. Všechny položky jsou editovatelné. Vzorky a testy mohou být přidávány stejně jako u nového pacienta. V průběhu editace a přidávání pacientů lze odejít do ostatních částí softwaru pomocí Hlavního menu na spodní liště obrazovky. To umožňuje editování více pacientů naráz, příp. i jiných položek S t r a n a 25

32 současně. Pacienti, kteří jsou aktuálně editováni, se objeví na seznamu Otevření Pacienti - Open Patient v okně prohlížení pacientů. Pro návrat k editaci otevřeného pacienta na něj dvojitě klikněte. 9.5 Přiřazení existujících vzorků (Assigning existing samples) Když přidáváte nebo upravujete údaje o pacientovi, můžete k němu přiřadit již existující vzorky z databáze. 1. Vyberte pacienta, jehož údaje chcete upravovat (pomocí Edit, nebo dvojitým kliknutím): 2. Klikněte tlačítko Vybrat - Select : 3. Vyberte ze seznamu požadovaný vzorek (jsou zobrazeny pouze vzorky nepřiřazené k pacientům). 4. Vyberte OK. 5. Vybraný vzorek je přidán k ostatním vzorkům pacienta. 9.6 Vymazání pacientů (Deleting patients) Můžete vymazat pacienta ze systému pomocí vybrání pacienta ze seznamu a kliknutím na tlačítko Vymaž - Delete : Klikněte Yes pro potvrzení, že daný pacient má být smazán. Veškeré vzorky a testy asociované s pacientem budou smazány. Smazání pacienta nebude možné, pokud je alespoň jeden test daného pacienta na Pracovním listu. Pouze uživatelé s právy dohlížitele (Supervisor) mohou mazat pacienty. S t r a n a 26

33 10 SPRÁVA VZORKŮ (SAMPLE MANAGEMENT) Software HISTO MATCH používá označení vzorek pro jednotlivé fyzicky přítomné vzorky. Stejně jako u skutečných vzorků, může být na každém vzorku prováděno více jednotlivých testů. Na rozdíl od fyzicky existujících vzorků nemusí být vzorky v softwaru přiřazeny k pacientům. Vybráním tlačítka Vzorky - Samples z Hlavního menu se dostaneme do Okna Vzorků. Na počátku je toto okno prázdné. Vytvoření nového vzorku. (Add). Úprava vybraného vzorku. (Edit). Vymazání vybraného vzorku. (Delete). Import vzorku/ů ze souboru. (Import). Vytvoření zprávy pro vybraný vzorek. (Report). S t r a n a 27

34 10.1 Vyhledávání vzorků (Finding samples) Můžete použít nástroj Vyhledávání - Search k nalezení vzorku: Vložte vyhledávácí kritéria do kolonky vyhledávání a zmáčkněte Enter, nebo klikněte na tlačítko. Vzorky budou vyhledávány podle Sample ID, nebo podle pacientova jména. Vzorky splňující kritéria se objeví na seznamu níže Sorting Můžete třídit vzorky pomocí klikání na položky v řádce Sort by. Opakovaným kliknutím obrátíte pořadí vzorků Přidání nového vzorku (Adding a new sample) Vzorky mohou být importovány z textového souboru (popsáno níže) nebo přidávány individuálně, jak je popsáno zde. 1. Klikněte tlačítko Přidej - Add. Je nutno napře zadat ID vzorku (sample ID) než budete zadávat testy. (nová obrazovka) (nová obrazovka) S t r a n a 28

35 2. Vyberte podokno Vzorky - Sample pro úpravu informací o vzorku. Sample ID: Unikátní označení vzorku. Nelze uložit vzorek bez tohoto unikátního označení. Datum Přijetí - Date Received: Nastavte dnešní datum, lze upravovat. Extrakce - Extraction: Prostor k popisu extrakce DNA. Poznámky - Comments: Použijete tlačítko Přidej - Add k přidání nových poznámek. 3. Otevřete podokno Testů a přidejte testy ke vzorkům. 4. Můžete se podívat i na ostatní informace o pacientovi pomocí podokna Pacient. Data v položce pacient lze upravovat z okna Pacienti. S t r a n a 29

36 5. Vyberte Uložit - Save k uložení změn, nebo Zavřít - Close ke zrušení změn Úprava již existujícího vzorku (Editing an existing sample) 1. Vyberte vzorek pomocí funkcí vyhledávání a třídění v okně prohlížení vzorků. 2. Klikněte tlačítko Edit, nebo dvojitě klikněte řádek vzorku. 3. Otevře se okno k úpravě vzorku, všechna pole lze upravovat. 4. Číslo vzorku - sample ID může být upraveno uživatelem s právy Supervizor, ale nemůže zůstat prázdné. 5. Při zdvojení (duplikaci) sample ID dostanete chybové hlášení (error message). Při vkládání a úpravě vzorku lze procházet do ostatních částí softwaru pomocí Hlavního menu na spodním okraji obrazovky. To umožňuje upravovat více vzorků nebo upravovat vzorky a provádět další činnosti současně. Vzorky, které jsou aktuálně upravovány se objeví na seznamu Otevřené vzorky - Open Samples v okně Prohlížení vzorků. K návratu do úpravy vzorku dvojitě klikněte na vzorek v seznamu Vkládání vzorků (Importing samples) K rychlému přidání pacientů, vzorků a testů lze použít import z textového souboru Import souborů (Import file format) Textový soubor musí obsahovat seznam záznamů, každý záznam musí být v jednom ze dvou formátů: 1) PatientID FirstName LastName DoB SampleID Locus 2) SampleID Locus Každé pole musí být odděleno tabulátorem nebo čárkou. PatientID: FirstName Unikátní ID pacienta. Křestní jméno S t r a n a 30

37 LastName: DoB: SampleID: Locus: Příjmení Datum narození (musí se shodovat s lokálně nastaveným formátem data). Unikátní označení (ID) vzorku. HLA lokus pro přidání testu (tj. A, HLA A, HLA-A podobně B, C,DRB1, DRB345, DQB1 a DPB1 nebo COE pro celiakii, Ax, Bx, Cx pro Xtend soupravy, NULL pro Null soupravu a NEG pro negativní kontrolu.) Označení pacienta (Patient ID) musí být unikátní, pokud je nalezeno v databázi stejné označení (Patient ID), jsou porovnány jméno a DoB hodnoty. Pokud se shodují, je přiřazen nový záznam ke stávajícímu pacientovi, pokud se liší, dostanete chybové hlášení. Označení vzorku (Sample ID) musí být unikátní, pokud je v databázi nalezeno stejné označení vzorku (Sample ID), je nový test přiřazen k již existujícímu vzorku Import textového souboru (Importing the text file) 1. V okně prohlížení vzorků klikněte na tlačítko Import. 2. Vyberte textový soubor určený k importu. 3. Importované vzorky se objeví na seznamu. Textový soubor může být též importován přímo ze stránky Create Worklist screen Vytvoř pracovní list (viz kapitola 11.4 Creating a new worklist- Vytvoření nového pracovního listu). Je také možné importovat celý pracovní list s již definovanými pozicemi vzorků a testů (viz kapitola 11.5 Importing an initial worklist Vkládání výchozího pracovního listu) Propojení mezi vzorky a výsledky (Link from sample to results) Je k dispozici přímé propojení od vzorku k interpretační obrazovce s výsledky testu. Najděte vzorek a jděte na podokno s testy. Vyberte test a dvojitě na něj klikněte, nebo stiskněte zelené tlačítko Interpretuj: Otevře se interpretační obrazovka (pro detailní popis interpretační obrazovky viz kapitola 14. Obrazovka analýzy pracovního listu - 14 Worklist Analysis Screen). S t r a n a 31

38 11 SPRÁVA PRACOVNÍHO LISTU (WORKLIST MANAGEMENT) V softwaru HISTO MATCH jsou testy určené k analýze shromažďovány v Pracovním listu, který může obsahovat až 96 testů uspořádaných v 96 jamkovém formátu. Vybráním tlačítka Pracovní list - Worklist z Hlavního menu se objeví okno Prohlížení Pracovních Listů. Po otevření obsahuje okno seznam všech pracovních listů v databázi. Přidat nový Pracovní list. (Add). Importovat Pracovní list. (Import). Vytvořit zprávu pro vybraný Pracovní list. (Report). Exportuje vybraný pracovní list (Export). Upravit rozložení vybraného pracovního listu. (Edit). Vymaže vybraný pracovní list. (Delete). Analyzuje vybraný pracovní list (Analyze). Pošle vybraný pracovní list do přístroje MR.SPOT (Send). S t r a n a 32

39 11.1 Zobrazení Pracovního listu a zobrazení informací (Worklist views and log data) Kliknutím na šipku u vybraného Pracovního listu získáte detailní informace o rozložení testů na desce: Šipka View Log otevře stránku s informacemi o průběhu testu včetně grafu průběhu teplot během testu. S t r a n a 33

40 11.2 Vyhledání Pracovního listu (Finding worklists) Můžete použít nástroj vyhledávání (search). Vložte vyhledávací kritéria a zmáčkněte Enter nebo klikněte na tlačítko. Pracovní listy budou vyhledány podle označení pracovních listů (Worklist ID). Pracovní listy splňující kritéria se objeví na níže uvedeném seznamu Třídění (Sorting) Můžete třídit pracovní listy pomocí pole Sort by. Utřídění obrátíte opakovaným kliknutím Status Pracovního listu (Worklist status) Pracovním listům je přiřazen status podle průběhu jejich zpracování. Může být jeden z následujících: Initial: Pracovní list byl vytvořen, testy lze přidávat. Exported: Pracovní list je analyzován v přístroji MR.SPOT. Imported: Data z analýzy, fotografie byly importovány z přístroje MR.SPOT. Gridded: Analysing: Analysed: Obrázky byly analyzovány a byla na ně položena síť identifikující pozici jednotlivých prób. HLA typizace je prováděna pro jednotlivé testy z Pracovního listu. HLA analýza byla provedena pro všechny testy na Pracovním testu a lze přistoupit k autorizaci. Bílé zatržítko označuje, že některé testy byly potvrzeny technikem. Modré zatržítko označuje, že veškeré testy byly potvrzeny technikem. Oranžové zatržítko označuje, že některé testy byly autorizovány. Complete: Veškeré testy byly autorizovány, označeno navíc zeleným zatržítkem. S t r a n a 34

41 11.4 Vytvoření nového pracovního listu (Creating a new worklist) Nový Pracovní list můžeme připravit kliknutím na tlačítko Add - Přidat Pracovních listů. Tím se zobrazí okno k úpravě Pracovních listů. v okně Prohlížení ID Pracovního listu (Worklist ID) Označení pracovního listu (Worklist ID) je unikátním označením (ID) pracovního listu. Základní označení (ID) je vytvořeno automaticky softwarem HISTO MATCH a může být změněno dle požadavků uživatele. Kliknutím se otevře pole poznámky Comments do podoby, ve které ho lze upravovat, opakovaným kliknutím se opět zabalí. Poznámky mohou být přidány pomocí tlačítka Add - Přidej. S t r a n a 35

42 Dostupné testy (Available tests) Tato položka ukazuje všechny testy dostupné k zahrnutí do Pracovního listu, tlačítko New - Nový otevře okno přidání nového vzorku, a umožní přidání nových testů do seznamu dostupných. Tlačítko Import spustí funkci import vzorků. Testy budou přidány do seznamu dostupných testů. Kliknutím na tlačítko varování. Kliknutí na tlačítko vzorku a vy můžete přidat, nebo odebrat testy tohoto vzorku. smažete test bez dalšího otevře okno pro úpravu Můžete si vybrat možnost přidávání nových nebo importování vzorků do pracovního listu zaškrtnutím políčka v levém dolním rohu obrazovky Přidávání vzorků pomocí čtečky čárových kódů (Adding samples with a barcode reader) Při otevřeném okně pro tvorbu Pracovního listu lze přidávat vzorky pomocí čtečky čárových kódů. Jednoduše přečtěte čárový kód čtečkou při otevřeném okně a otevře se podokno přidávání testů a označení vzorku (sample ID) bude již automaticky vyplněno podle čárového kódu. Zde můžete zadat nové testy a uložit je. S t r a n a 36

43 Úprava rozložení testovací desky (Editing the plate layout) Tato funkce ukazuje uspořádání desky pro daný Pracovní list. Prázdné jamky jsou označeny černě, barevné reprezentují již zařazené testy. Lze využít několika metod pro přidání testů do uspořádání desky: Dvojité kliknutí: Dvojité kliknutí přidá test do nejbližší volné jamky. HISTO MATCH bude seskupovat testy stejného lokusu do jednotlivých stripů. Chyť a posuň - Drag and Drop: Jeden nebo více testů může být vybráno a posunuto do volných pozic na desce. Testy budou vloženy do těch pozic, které leží za polohou vybranou při posunutí. Tato metoda umožňuje vytvoření stripů složených z testů pro více lokusů. Také můžete posouvat testy v rámci desky jejich přetahováním na volné pozice. Přidání lokusu - Locus Add: Po kliknutí na tlačítko vedle jména lokusu se software pokusí přesunout všechny testy daného lokusu. Testy budou dodány do stripů daného lokusu. Pro vymazání testů z již naplánovaného rozložení desky: Vyberete test kliknutím na něj, otevře se lišta Selected Test-Vybraný test: Lištu lze rozbalit pro více informací o vybraném testu. Kliknutím na tlačítko Remove - Odstranit odstraní test z Pracovního listu a přesune ho do seznamu Dostupných testů. S t r a n a 37

44 Je také možné odstraňovat testy z Pracovního listu pomocí drag and drop chyť a táhni a přesouvat je zpět mezi Dostupné testy. Kliknutím tlačítka Uložit - Save uloží změny v Pracovním listu a otevře dialog poslání Pracovního listu do stroje (viz 11.9 Poslání pracovního listu do stroje (Send worklist to processor). Zatím co Zruš - Cancel zruší všechny změny a náhled bude uzavřen. V průběhu editace Pracovního listu může uživatel procházet do jiných částí programu pomocí tlačítek na Hlavním menu. Uživatel se může vrátit skrze okno Prohlížení pracovních litů. Všechny rozpracované pracovní listy jsou tam uvedeny v seznamu Open Worklist, dvojitý klik na položku vrátí uživatele do okna pro úpravy Import výchozího pracovního listu (Importing an initial worklist) Je k dispozici rychlá metoda pro tvorbu Pracovních listů importem textového souboru (.csv). Textový soubor musí obsahovat seznam testů v jednom ze dvou fomrátů: 1) PatientID FirstName LastName DoB SampleID Locus 2) SampleID Locus Každé pole musí být odděleno buď tabulátorem nebo čárkou. Pro prázdné pozice použijte #. Můžete vložit také komentáře, které nebudou importovány, na řádky počínající //. Název souboru bude názvem Pracovního listu v programu HISTO MATCH. Templát v excelovém formátu je k dispozici na HISTO SPOT Download Server ( ). V něm lze transformovat data z excelového listu do.csv formátu. Přístupové informace získáte u BAG Health Care GmbH nebo od Vašeho místního distributora. PatientID: FirstName & LastName: DoB: SampleID: Locus: Unikátní označení (ID) pacienta. Jméno pacienta. Datum narození (Musí se shodovat s vaším lokálním formátem). Unikátní označení (ID) vzorku. HLA lokus přidávaného testu (např. A, HLA A, HLA-A a podobně pro B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 nebo COE Ax, Bx, Cx pro Xtend soupravy, NULL pro Null soupravy a NEG pro negativní kontrolu). Textový soubor lze importovat pomocí tlačítka Import z domácí obrazovky (Import). na stránce Pracovní list nebo přímo V okně prohlížení souborů vyberte CSV Worklist a vyberte soubor k importu. Po vložení se zobrazí okno pro úpravu Pracovního listu. S t r a n a 38

45 11.6 Úprava již existujícího Pracovního listu (Editing an existing worklist) Pracovní listy mohou být upravovány pouze dříve něž jsou exportovány, t.j. dokud je jejich status Initial, jakmile jsou exportovány, změní se jejich status na Exported a nelze je dále upravovat s výjimkou uživatelů s právy Administrátora. Pro úpravu již existujícího Pracovního listu, vyhledejte požadovaný Pracovní list pomocí funkcí vyhledat a utřídit v okně Prohlížení pracovních listů a poté vyberte Pracovní list kliknutím tlačítka Edit nebo dvojitým kliknutím na jeho řádek v seznamu Zpráva o uspořádání Pracovního listu (Worklist setup report) Je několik typů zpráv (Reports) v závislosti na preferencích uživatele a statusu Pracovního listu. Pro Pracovní list se statusem Initial nebo Exported: HISTO MATCH vytvoří Zprávu o uspořádání Pracovního listu. V té je vidět pozice každého testu a současně jejich barevné kódování podle lokusů. S t r a n a 39

46 11.8 Vytváření Pracovního listu pro kombinovaný strip (On-call-typing, CWD high res) (Creating a worklist for a combistrip (On-call typing, CWD high res)) Z Domácí obrazovky vy berte možnost Combistrip Worklist : (nové obrazovky až do konce kapitoly) S t r a n a 40

47 1. Vytvořte označení (ID) pracovního listu (Worklist ID). Jméno je vytvořeno automaticky softwarem, ale lze ho upravit podle potřeb. Označení (ID) Pracovního listu musí být unikátní. 2. Vyberte a přidejte pacienta: a) použijte funkci Vyhledávání-Search nebo, b) vytvořte nového pacienta. a. Umístěte kurzor do vyhledávacího okénka a stiskněte ENTER nebo použijte tlačítko vyhledávání k zobrazení všech dostupných pacientů. Do okénka vyhledávání můžete také zadat vyhledávací kritéria pro vyhledání konkrétního pacienta. Dvojklikem na pacienta se otevře okno, ve kterém můžete vybrat soupravu, kterou chcete použít. Vyberte soupravu dvojklikem a test bude přiřazen do pracovního listu. Pacienty lze opět odstranit vybráním v obrázku rozložení desky a stisknutím tlačítka Delete v pravém horním rohu. Vytváření pacientů v okně Pacienti je popsáno v kapitole 9 (9 Správa pacientů (Patient Management)). S t r a n a 41

48 b. Pro vytvoření nového pacienta stiskněte tlačítko New-Nový na pravé straně obrazovky. Vložte data pro daného pacienta a stiskněte tlačítko Uložit - Save. Nový pacient je takto přidán do Pracovního listu automaticky. 3. Uložte pracovní list pomocí tlačítka Uložit-Save dole pod obrázkem rozložení desky. Pak musíte poslat Pracovní list do stroje a to buď přímo, nebo uložit na USB flash paměť. (viz 11.9 Poslat Pracovní list do stroje (Send worklist to processor)). Storno tohoto procesu povede k tomu, že Pracovní list nebude poslán do stroje, ale zůstane uložen v databázi. S t r a n a 42

49 Stiskněte Start. Budete dotázáni, zda chcete vytisknou náhled pracovního listu, stiskněte Ano - Yes Vytváření testů a pracovních listů obsahujících testy z Xtend a Null souprav (Create tests and worklists with Xtend and Null kits) Vytváření testů a pracovních listů obsahujících testy z Xtend a Null souprav (Create tests and worklists with Xtend and Null kits) Kompletní high resolution (test s vysokým rozlišením) lze provést zařazením obyčejných 4D testů a přidáním Xtend a/nebo Null testů k daném vzorku. Stisknutím Xt tlačítka vedle obyčejných 4D testů se rozbalí nabídka k přidání Xtend a Null testů. To provedete pomocí tlačítka +. Pro vzorek jsou pak ukázány Extend testy. Null testy jsou navázány na všechny testy třídy I. Se stausem initial vzorku s daným ID. S t r a n a 43

50 Testy Xtend pak mohou být přidány do pracovního listu obvyklým způsobem. Testy a odpovídající Hit tabulky budou později při intepretaci automaticky kombinovány Přidávání Xtend a Null testů k již provedeným testům (Adding Xtend and Null tests to already processed tests) Xtend a Null testy mohou být přidány k již interpretovaným testům na interpretační obrazovce. Tento 4D test je nejednoznačný při použití CWD filtru. Xtend test lze vybrat zmáčknutím tlačítka Xtend a přidat stisknutím tlačítka +. S t r a n a 44

51 V okně Complete je třeba potvrdit stisknutím tlačítka OK Pro rozšířený test se objeví modrý Xtend symbol a u čísel sond se objeví číslo v závorce indikující, že náleží k první (4D) jamce. Xtend a Null testy vytvořené na interpretační obrazovce jsou zobrazeny jako dostupné testy (available tests) a mohou být přidány do nového pracovního listu jak bylo popsáno v minulé kapitole. Po provedení worklistu a jeho importu se Xtend testy automaticky spojeny s původními vzorky. Obě hit tabulky a fotografie jsou zobrazeny a mohou být prohlíženy. Výsledek našeho příkladu je teď při použití CWD filtru bez nejednoznačností. S t r a n a 45

52 11.10 Odeslání Pracovního listu do stroje (Send worklist to processor) Jakmile je Pracovní list sestaven a všechny testy jsou zařazeny, lze ho odeslat do přístroje MR.SPOT ke zpracování. Pracovní list lze odeslat pomocí lokální sítě nebo pomocí USB flash paměti. Dialogové okno Send Worklist se otevře při ukládání Pracovního listu poté, co byl vytvořen či upraven. Stornování tohoto procesu povede k tomu, že Pracovního list nebude odeslán. 1. K odeslání Pracovního listu z okna Prohlížení Pracovních listů vyberte Pracovní list pomocí funkcí hledat a třídit. Pouze pracovní listy se statusem Initial lze odeslat. 2. Stiskněte tlačítko Odeslat-Send. 3. V dialogovém okně vyberte buď: Ulož do souboru - Save to file nebo vyberte přístroj MR.SPOT ze seznamu a vyberte Start. 3a) Ulož do souboru (Save to file): i. Vyberte místo k uložení souboru. ii. Kopírujte soubor na USB flash paměť. iii. Vložte USB flash paměť do USB portu přístroje MR.SPOT. iv. Na přístroji MR.SPOT vyberte Pracovní list - Worklist. v. Vyberte Import. vi. Pracovní list je nyní k dispozici ke zpracování. 3b) Vyberte MR.SPOT : i. Vyberte MR.SPOT ze seznamu. ii. Vyberte Start. iii. Pracovní list je k dispozici ke zpracování v přístroji MR.SPOT. 4. Po ukončení odeslání budete vyzváni k vytištění Zprávy o uspořádání pracovního listu. Vyberte ANO - Yes nebo NE - No. 5. Pracovní list změní status na Exported Import zpracovaného Pracovního listu (Importing a processed worklist) Import pomocí USB flash paměti (Import via USB stick) Po zpracování Pracovního listu na přístroji MR.SPOT, je nutné jej spolu s obrázky vložit zpět do softwaru HISTO MATCH. Lze to provést pomocí USB flash paměti. 1. Na přístroji MR.SPOT exportujte Pracovní list na USB flash paměť. S t r a n a 46

53 2. Pracovní list bude uložen na USB flash paměť spolu s podadresářem obsahujícím všechny fotografie. 3. Vložte USB flash paměť do počítače se softwarem HISTO MATCH. 4. V domácím okně vyberte Import nebo vyberte Import v okně Prohlížení Pracovních listů. 5. Vyberte xml soubor Pracovního listu, a stiskněte OK. 6. Pracovní list bude importován spolu s fotografiemi, které budou uloženy do databáze. 7. Aplikace HISTO MATCH automaticky nanese síť (grid) na fotografie, vyhodnotí výsledky a otevře okno Analýza pracovního listu k posouzení výsledků Import po síti (Import via network) Zpracovaný Pracovní list lze importovat přímo pomocí lokální počítačové sítě využitím funkce Importování pracovního listu z okna Přístroje (viz kapitola 12.4), nebo z okna Pracovní listy: Ikona MR. SPOT na seznamu pracovních listů ukazuje, že daný Pracovní list je právě zpracováván, blikající ikona indikuje, že Pracovní list je připraven k importu kliknutím na ikonu se stáhne daný Pracovní list aniž bychom museli jít na obrazovku Přístroje Export Pracovního listu (Exporting a worklist) Funkce Export je k dispozici pro pracovní listy se statusem Analyzed. Následující formáty jsou k dispozici: Text Export: Výsledky jsou uloženy v textovém formátu. Textový formát je jednoduchý: Pozice na desce nebo Sample ID Low Res result High Res Result pro každý test v Pracovním listu. CSV Export: Výsledky také v textovém formátu, ale navíc obsahují ještě NMDP kódy a uživatelem vybraný výsledek. Technical Export Package: Vyexportuje pracovní list v původním xml formátu spolu se souborem s fotografiemi testů. SCORE Export: Exportuje interpretované výsledky do souboru, který může být importován do plné verze softwaru SCORE. Celý pracovní list nebo jednotlivé testy mohou být exportovány. K tomuto kroku jsou nezbytné Score typingkit files pro šarže, které byly v testu použity. Tyto soubory lze stáhnout z HISTO SPOT Download Serveru. Tato funkce může být vhodná při potřebě kombinovat výsledky S t r a n a 47

54 získané různými technikami. Prosím, mějte na paměti, že ve SCORE není možno testy vyhodnocovat, pouze zobrazit. S t r a n a 48

55 12 PŘÍSTROJ MR.SPOT (MR.SPOT PROCESSOR) 12.1 Okno Přístroje (Processors screen) Vybrání tlačítka Processors z Hlavního menu se nám ukáže okno Přístroje. Toto okno se skládá ze tří oblastí: Seznam přístrojů (Processor list) Tato záložka ukazuje seznam aktuálně instalovaných přístrojů a obsahuje funkci přidávání a odebírání přístrojů. S t r a n a 49

56 Vybraný přístroj (Selected processor) Tato záložka ukazuje aktuálně vybraný přístroj ze seznamu, umožňuje obnovení spojení k přístroji (klikněte na červený nebo zelený puntík ve čtverečku), import Pracovního listu z přístroje a vymazání pracovního listu Zprávy z přístroje (Processor messages) Tato záložka ukazuje seznam zpráv zaslaných všemi připojenými přístroji Přidání nového přístroje (Adding a new processor) V tomto procesu se přidávají přístroje připojené k lokální počítačové síti. 1. V okně se seznamem přístrojů zmáčkněte tlačítko Přidej - Add. 2. Do políčka Server napište síťové jméno nebo IP adresu přístroje, v základním nastavení je síťové jméno MR SPOT. 3. Port ponechte v nastavení na Klikněte na OK. 5. Program se pokusí spojit s přístrojem. Pokud se mu to podaří, přístroj bude přidán na seznam. Pokud pokus selže, bude vám nabídnuta možnost ho na seznam stejně přidat. S t r a n a 50

57 12.3 Odebrání přístroje (Deleting a processor) Vyberte ze seznamu přístroj k odebrání a klikněte tlačítko Vymaž - Delete. Přístroj bude odstraněn ze seznamu. Nadále nebudete dostávat z tohoto přístroje žádné zprávy Import výsledků z přístroje MR.SPOT (Importing results from MR.SPOT ) V okně vybraného přístroje vyberte Pracovní list, který chcete importovat a stiskněte tlačítko Import. Pracovní list bude vložen do softwaru HISTO MATCH a obrázky budou uloženy do databáze. Nyní můžete vybrat Pracovní list v okně Prohlížení Pracovních listů a zahájit analýzu obrazu a interpretaci (image analysis and interpretation). 13 ANALÝZA OBRAZU (IMAGE ANALYSIS) HISTO MATCH provádí analýzu obrazu s fotografiemi jamek automaticky, jakmile je Pracovní list importován. Analýza se skládá ze dvou částí: položení sítě (grid) k lokalizaci a identifikaci jednotlivých pozic a měření intenzity jednotlivých bodů, kde jsou stanoveny hodnoty v závislosti na intenzitě zbarvení a pozadí Automatické nanesení sítě (Automated gridding) Když je importován Pracovní list, jsou obrázky automaticky analyzovány. Tato obrazovka ukazuje průběh síťování, každý obrázek je síťován a měřen. Červeně označené jamky ukazují testy v průběhu analýzy, modře zbarvené jsou testy již analyzované. Analýza trvá přibližně 3 sekundy pro každou jamku. V okamžiku, kdy je hotov celý Pracovní list, se okno uzavře a začne interpretace dat. Síťování může být zataveno kliknutím na tlačítko Cancel. Právě síťovaná jamka se dokončí a poté se okno uzavře. Automatické síťování může být zahájeno kdykoliv pomocí funkce Síťuj vše - Grid All v okně Analýza Pracovního listu. S t r a n a 51

58 13.2 Ruční zasíťování (Manual gridding) Nanesení sítě lze provést též manuálně pomocí funkce Zobrazení pole - View Array v okně Analýza Pracovního listu. Síť může být nastavena pomocí bílých táhel (drag handles). Každý bod je třeba lokalizovat v políčku sítě označeného vytečkováním na obrázku. Zelený kruh znamená lokalizovaný bod, tento se může zvětšovat či zmenšovat v závislosti na velikosti bodu Měření bodů (Spot measurement) Hodnota každého bodu je změřena a pozadí odečteno. Pro próby s více body je vypočten průměr. Pozitivní sondy (próby) jsou označeny na seznamu červeným pozadím a na fotografii označeny červeným kroužkem. Negativní sondy (próby) jsou označeny na seznamu bílým pozadím a na fotografii označeny modrým kroužkem. Kontrolní sondy (próby) jsou zobrazeny v zeleném pozadí a označeny zeleným kroužkem. Sondy inaktivované v průběhu analýzy mají černé pozadí, respektive šedivý kroužek. Inaktivní sondy jsou na fotografii označeny bílým kroužkem a na seznamu označeny nejsou. Po vybrání bodu v seznamu se zvýrazní bod na obrázku. Síťovací tlačítko - grid button měření hodnot. vede k opakovanému zasíťování obrázku, nalezení bodů a Tlačítko Měření bodů - The measure spot button se pokusí najít bod a změřit jeho hodnotu. S t r a n a 52

59 Tlačítko Otáčení fotografie - The image rotation button (viz 13.4 Otáčení snímků-image rotation). umožňuje manuální rotaci snímků Toto tlačítko ukáže fotografii bez nanesené sítě Otáčení fotografií (Image rotation) Pokud použijeme samostatné testovací jamky v přístroji MR.SPOT, mohou se tyto jamky v držáku otáčet a obrázek nelze softwarem rozpoznat a interpretovat dokud není natočen do správné polohy Automatické otáčení obrázků (Auto Rotate Images) V základním nastavení (default) je funkce Auto Rotate vypnutá, tj. software se pokusí položit síť bez jakékoliv rotace fotografie. Toto nastavení ponechte v případě, že nepoužíváte samostatné jamky, protože software při zapnuté funkci někdy otáčí i obrázky, které není nutno otáčet. Pro kombinované stripy pro On-Call-Kit je funkce zapnuta automaticky. Pokud je funkce zapnutá, software se pokusí najít ideální úhel pootočení fotografie v průběhu síťování (ihned po importu) a poté provede automatické zasíťování. Funkci AutoRotate lze zapnout/vypnout na obrazovce Nastavení - Setup: 1. Vyberte Setup-Nastavení z hlavní nabídky. 2. Vyberte Image Analysis Analýza obrazu. 3. Aktivujte Auto Rotate Images. S t r a n a 53

60 Ruční otáčení obrázků (Manual image rotation) Obrázky lze otáčet i ručně na obrazovce Zobrazení fotografii testu - View Array. To může být nezbytné v případě, že je funkce AutoRotate vypnutá nebo nebyla úspěšná automatická oprava. Vyberete tlačítko Zobrazení fotografie testu - View Array na obrazovce Analýza pracovního listu. 1. Vyberte tlačítko Otáčení fotografie - image rotation na obrazovce Zobrazení fotografie testu. 2. V tomto zobrazení vidíte nabídku několika možností natočení fotografie. Vyberte tu, kde jsou linie bodů horizontálně a vertikálně správně. Na správné orientaci nezáleží. Pokud není takové otočení v nabídce, použijte táhla u první fotografie k ručnímu natočení. táhlo S t r a n a 54

61 Táhnutím za táhlo natočíte fotografii: Jemné doladění lze provést klikáním na levé tlačítko myši, nebo klikáním na linii nad (+) a pod (-) táhlem. Každé kliknutí pootočí obrázek o 1 v odpovídajícím směru. Kliknutím do plochy fotografie je otočení uloženo a obrázek poslán k interpretaci. Software automaticky nově zasíťuje fotografii, zavře toto okno a reinterpretuje test Referenční hodnoty pro neúspěšné kontrolní sondy HISTO MATCH software je naprogramován tak, aby označil každý test s intenzitou kontroly slabší než 10% vyšší než pozadí a zároveň tento test není interpretován. Jednotlivé testy obsahující signály kontrolní sondy mimo rozsah , mohou podléhat falešně pozitivním / falešně negativním výsledkům sondy a musí být dokumentovány a kontrolovány před přijetím podle EFI normy v. 6.1 sekce L OKNO ANALÝZY PRACOVNÍHO LISTU (WORKLIST ANALYSIS SCREEN) (Nový obrázek) S t r a n a 55

62 14.1 Hlavní lišta nástrojů (Main toolbar) Plate view/list view toggle: zobrazení deskové / seznamu Grid All: zasíťuj vše Interpret All: interpretuj vše Navigation buttons: navigační tlačítka Přepíná mezi typy zobrazení Pracovního listu. Automaticky zasíťuje všechny nezasíťované testy Interpretuje všechny nebo jen neinterpretované testy. Předchozí / Následující / Následující problematický Deskové zobrazení (Plate view) V tomto zobrazení je patrný status každého testu na desce.: Zelená: jednoznačný běžný typ (2 CWD) Fialová: běžný haplotyp nebo vzácný výsledek (0-1 CWD) Žlutá: nejednoznačný výsledek (běžný nebo vzácný), neplatí pro DPB1 Červená: bez výsledku Šedá: kontrolní sondy selhaly Šedá/červená: kontrolní sondy selhaly pro jeden z lokusů v DQB1 / DQA1 nebo soupravě Celiakie Zatržení označuje, že test byl potvrzen technikem nebo autorizován. Uživatel může procházet testy klikáním na jednotlivé jamky. Barvu pozadí jamky ukazuje lokus. Toto zobrazení může být v případě nutnosti přepnuto do zobrazení seznamu. V tomto zobrazení může uživatel vidět výsledek nízkého rozlišení každého testu vedle označení pozice a statusu testu. S t r a n a 56

63 14.3 Informace o testu (Test information) Informace o pacientovi příslušném k právě vybranému testu. Kliknutím na tlačítko zobrazí všechny výsledky typizací tohoto vzorku. Informace o soupravě a šarži, které odpovídají právě vybranému testu. Lze vybrat, pokud jsou dostupné, různé hit tables kliknutím na tlačítko. Navrhované/autorizované výsledky testu, ukazují se výsledky o rozlišení na 2 pozice (2 digit), rozšířená jména alel lze zobrazit rozkliknutím výsledků. V jiném nastavení jsou zde zobrazeny filtrované alely. (viz Common allele filter a Možnosti zobrazení v poli výsledků). Jakmile jsou rozbaleny, můžeme vidět jednotlivé alely. Hojné (common) alely jsou vyznačeny zeleně, dobře dokumentované alely modře (podle katalogu CWD 2.0.0). Tlačítko - odstraní výsledky ze seznamu navrhovaných výsledků. Pokud jsou kontrolní próby velmi slabé, zobrazí se toto varování. Lze se pokusit o interpretaci testu pomocí tlačítka Interpret. Tato zpráva je zobrazena také u vzorků negativní kontroly bez DNA. S t r a n a 57

64 14.4 Nástroje interpretace (Interpret controls) (nová obrazovka) Interpretuj: Maximální počet ignorovaných prób Max. počet povolených neshod: Zobrazení fotografie testu: Vymazat: Potvrdit: Autorizovat: Add Xtend/Null test: Provede interpretaci aktuálního výsledku. Maximální počet prób, které budou ignorovány při pokusu najít běžný výsledek (common result). Základní hodnota (default) je 10 a lze ji změnit v Nastavní Setup- Interpretation. Zobrazí se všechny výsledky s maximálním povoleným počtem neshod (mismatch). Základní hodnota (default) je 1 a lze ji změnit v Nastavení Setup-Interpretation. Ukáže obrázek, položení sítě a umožní změny zasíťování. Vymaže výsledky vybraného testu. Označí / odznačí výsledek jako potvrzený technikem (User). Označí / odznačí výsledek jako autorizovaný (Supervisor). Otevře okno pro přidání Xtend a Null testů. Viditelné pouze, pokud jsou dostupné odpovídající testy Zobrazení výsledků (Results view) Toto zobrazení ukazuje výsledky interpretace. V základním nastavení ukazuje možné výsledky na úrovni 2 pozic (2 digits) spolu s počtem neshod potřebných k získání tohoto výsledku. Sondy jsou seřazeny podle rozdílu jejich intenzit počínaje hodnotou cut-off. Nejvíce pozitivní sondy stojí úplně vlevo a mají nejsilnější signál, zatímco sondy stojící na pravé straně od cut-off jsou negativní, poslední vpravo je nejvíce negativní. Zeleně označené jsou kontrolní sondy. Výsledky bez neshod zahrnující 2 hojné alely jsou označeny zeleně. Výsledky s jednou neshodou a 2 hojnými alelami jsou označeny červeně a měly by být zkontrolovány. S t r a n a 58

65 Číslo v závorce za výsledkem na úrovni 2 pozic (2 digit) ukazuje množství alelických kombinací v této řádce. Kliknutím na rozšiřující tlačítko v prvním sloupečku se rozbalí tato skupina a ukáží se všechny alely z této skupiny. Pohybováním myší přes jména alel se zobrazí alely v okénku. Pokud skupina alel obsahuje neshody (mismatches), jsou tyto zvýrazněny v síti jako falešně pozitivní (červená tečka) / falešně negativní (modrá tečka). Sloupec MM ukazuje počet neshod (mismatches). Sloupec Rank ukazuje vzdálenost neshodné sondy (mismatched probe) od cut-off. Nižší číslo ukazuje na neshody se slabými sondami. Pro skupinu alel utříděných na úrovni 2 pozic (2 digits) je uváděna nejlepší hodnota pro tuto skupinu. Sloupec CWD udává počet běžných (common) haplotypů v potenciálním výsledku (podle katalogu CWD 2.0.0). Zelený puntík značí výsledek se dvěma hojnými alelami (common, C), modrý s dvěma dobře dokumentovanými (WD) alelalmi a šedý se dvěma vzácnými alelalmi. Pokud je kolečko z půlky modré a z půlky zelené pak je zde jedna hojná (C) a jedna dobře dokumentovaná (WD) alela. V řádce spojených výsledků na úrovni 2 pozic jsou uvedeny nejlepší výsledky pro skupinu. Kliknutím na tlačítko v horní části každého sloupce utřídí sestupně výsledky podle daného parametru (alely, MM, rank, CWD). Opakovaným kliknutím docílíte opačného pořadí setřídění. S t r a n a 59

66 Velikost tabulky lze měnit otáčením kolečka myši při stisknutém CTRL. Pokud byly některé sondy softwarem ignorovány, jsou v síti vyznačeny šedě Výběr výsledku (Result assignment) HISTO MATCH bude interpretovat na základě hodnot získaných pro každou sondu z obrázku a porovná je se vzorem (patternem) definovaným v příslušné tabulce hodnot (hit table). Pokud software nenalezne výsledek se dvěma hojnými (C ) alelami, vyloučí software sondy nejblíže ke cut-off a znovu provede interpretaci. Tento proces se bude opakovat tak dlouho, dokud nebude nalezen výsledek (2C) nebo dokud nebude dosaženo maximálního povoleného počtu ignorovaných sond (základní hodnota 10). Ve výsledku se tento proces projeví šedě označenými ignorovanými sondami ve středu tabulky. Software hledá hojný výsledek a jeho podoba záleží na zvoleném filtru alel. 4D: Ignoruje próby, dokud není nalezen výsledek se dvěma 4D alelami. C/CWD: Ignoruje próby, dokud není nalezen výsledek se dvěma C alelami. User/Uživatel: Ignoruje próby, dokud není nalezen výsledek se dvěma alelami z uživatelského seznamu alel All/vše: Ignoruje próby, dokud není nalezen výsledek se dvěma 4D alelami.. Výsledky bez neshod (mismatches) a obsahující kombinaci dvou běžných (2 CWD) alel jsou označeny zeleně. Výsledky s jednou neshodou a obsahující kombinaci dvou běžných (2 CWD) alel jsou označeny červeně. Varování: výsledky nalezené pomocí automatické interpretace jsou návrhy, které mají pomoci osobě, která provádí HLA typizaci. Automatická interpretace musí být vždy zkontrolována zkušenou osobou a musí být potvrzena jejich hodnověrnost před publikováním klinického výsledku. S t r a n a 60

67 Navrhované výsledky (Suggested Results) Všechny výsledky s MM hodnotou 0 jsou automaticky přidány do skupiny Navrhované výsledky - Suggested Result. Výsledky jsou prezentovány jako skupiny výsledků vyhodnocené na úrovni 2 pozic s alelalmi rozepsanými pod nimi. Nejednoznačné výsledky na úrovni 2 pozic budou zobrazeny ve skupinách, v nadpisu skupiny bude nejednoznačnost uvedena. Jednotlivé výsledky lze odstranit klinutím na tlačítko --, a to buď v okně Navrhovaných výsledků nebo v hlavním okně s výsledky. Pokud výsledek zahrnuje pouze jednu CWD, alelu, bude označen jako běžný haplotyp - Common Haplotype nad navrhovaným výsledkem. Pokud neobsahuje alelu žádnou (0), bude zobrazen jako Navrhovaný vzácný výsledek - Suggested Rare Result. Výsledky z hlavního okna výsledků mohou být přidávány / odebírány do skupiny Navrhované výsledky Suggested results box pomocí + a - tlačítek. Tato modrá tlačítka lze použít i na skupinové úrovni k přidání nebo odebrání celé skupiny. Ale lze použít pouze výsledky s úplnou shodou (fully matched) Filtry hojných alel (Common allele filters) S t r a n a 61

68 V políčku navrhované výsledky (suggested results) si můžeme vybrat mezi zobrazením všech alel a nebo mezi různými výběry běžných alel. Typ filtru hojných alel lze vybrat tak, že pravým tlačítkem klikneme na červené tlačítko a vybereme jednu z možností. Tlačítko pak ponese označení vybraného filtru. All-Vše: Výsledky jak jsou popsány v kapitole : 4D: Soubor běžných alel založený na populačních datech publikovaných na Zahrnuty jsou všechny alely s frekvencí 0,5 % v alespoň jedné populaci o velikosti Alely z tohoto seznamu budou převážně typovány bez dvojznačností (ambikvit) na úrovni 4 pozic (4 digit) při použití 4D HISTO SPOT souprav. Tento filtr bude ze softwaru odstraněn až veškeré soupravy HISTO SPOT budou schopny rozlišit veškeré C alely. C: Tento seznam obsahuje hojné alely z katalogu CWD2.0.0 (Mack SJ et al., Common and Well-Documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue, Tissue Antigens 81/4, (2013)). CWD: Tento seznam obsahuje všechny alely katalogu CWD User: Uživatelem nadefinovaný soubor běžných alel. Použití filtrů změní výsledek následujícím způsobem: V políčku výsledků budou zobrazeny pouze kombinace dvou běžných alel a jsou zobrazeny ve vysokém rozlišení. Pod polem je seznam vzácných alel, které nelze z výsledku vyloučit. Po stisknutí tlačítka refresh pak přiřazené NMDP kódy a sérologické ekvivalenty odkazují pouze k danému souboru alel. Ambiguitní výsledek (označený žlutou barvou na puntíku testu a v hlavičce výsledku testu) se může změnit při změně filtru pokud je ambiguita důsledkem vzácné alely. Pokud není ambiguta v souboru alel definovaným daným filtrem změní se puntík na zelený a v hlavičce výsledků testu nebude napsáno Ambiguitní výsledek. S t r a n a 62

69 V Nastavení-Setup lze nastavit základní nastavení (default) pro použití filtrů. Ve stejném okně lze nastavit uživatelský soubor a prohlédnout soubor běžných alel. Alely mohou být přidávány a odebírány do uživatelského souboru ručně pomocí výběru v políčku Allele pomocí tlačítek Přidej - Add a Vymaž-Delete. Nebo lze nahrát celý soubor alel z textového souboru pomocí tlačítka. Lze také zkopírovat alely z CWD nebo 4D a vložit je do uživatelského souboru pomocí: ctrl+a = vyber all, ctrl+c = kopíruj, ctrl+v = vlož Zobrazit možnosti pro souhrnné pole výsledků (Display options for the summary field) Existují různé možnosti zobrazení výsledků v souhrnném poli, které lze vybrat v Setup - Nastavení a podsložkou Interpretation. Základní (default) nastavení lze vybrat v kapitole Setup Interpretation. Lze je také nastavit pro každý individuální test na obrazovce Interpretace pomocí kliknutí pravým tlačítkem myši na modré tlačítko. S t r a n a 63

70 Auto: Zobrazení je automaticky upraveno podle zvoleného filtru alel nebo pro možnost všechny (All). 4 Digit: souhrn ukazuje výsledek alel v závislosti na zvoleném filtru alel. Je-li vybrána možnost All (všechny možnosti) 4D filtr je aplikován automaticky. 2 Digit: Shrnutí zobrazí výsledek skupiny alel na 2 číslice / 1 pole, nezávisle na zvoleném filtru alel. P Group: Souhrn zobrazuje skupiny P, jak je definováno v souboru WMDA na webových stránkách: G Group: Souhrn zobrazuje skupiny G, jak je definováno na webových stránkách: Možnost P/G Group vybere skupinu pro každou alelu ve výsledcích (bez duplicity). Není-li P/G Group (tzn., že je pouze jedna alela v oficiální skupině), pak je tato alela hlášena NMDP kódy (NMDP codes) Pokud je nastaven filtr All, lze získat NMDP kód sestavený na základě souboru všech alelických kombinací. Přiřazený (assigned) NMDP kód je vypočítán podle nastaveného filtru a lze jej obnovit při přechodu z filtru do filtru pomocí tlačítka. Najetím kurzoru na políčko assigned přiřazený NMDP kód získáte náhled, které alely jsou daným kódem kódovány. NMDP kódy jsou pravidelně obnovovány. Poslední tabulka je k dispozici na Je možno se přihlásit do poštovního seznamu a dostávat seznam automaticky. Soubor "numer.v3.txt" musí být zkopírován do PC a může být importován z kapitoly Setup - Nastavení a Paths - Cesty. S t r a n a 64

71 Sérologické ekvivalenty (Serological equivalents) Pokud je nastaven filtr All, sérologické ekvivalenty jsou sestaveny na základě souboru všech alelických kombinací. Sérologický ekvivalent je vypočítán podle nastaveného filtru a lze jej obnovit při přechodu z filtru do filtru pomocí tlačítka Zobrazení výsledků pro DPB1 (Results display for DPB1) Neshody (ambiguities) na úrovni 2 pozic (2 digits) nejsou zobrazeny jako žluté tečky, neboť u lokusu DPB1 jsou alely pojmenovány tak, že každá skupina obsahuje pouze jednu nebo dvě alely a koncept neshod tak ztrácí smysl. Všechny výsledky obsahující dvě hojné alely jsou proto zobrazeny zeleně Negativní kontrola Negativní kontrola je součásti soupravy HISTO SPOT On-Call Typingkit (REF ). Obsahuje pozitivní kontrolní próby pro HLA-A (exon 2 a 3), HLA-B (exon 2 a 3) a jednu próbu, která je pozitivní pro exon 2 HLA-DRB1 a HLA-DQB1. Negativní kontrola selže, pokud intenzita pozitivních kontrolních bodů je 1,5 x vyšší než pozadí Ruční ignorování sond (Manually ignoring probes) Manuálně lze klikáním pravým tlačítkem myši označit sondy, které mají být ignorovány. Kliknutím levým tlačítkem myši měníme hodnotu sondy. Manuálně ignorované próby jsou vyznačeny šedě s červeným rámečkem. S t r a n a 65

72 Níže jsou uvedeny příslušné možné změny: Prázdné: Tato sonda nebude zahrnuta do analýzy. Zatržené: Tato sonda bude zahrnuta do analýzy. Vyplněné: Tato sonda bude zahrnuta/vyloučena do/z analýzy automaticky softwarem. Hodnota sondy může být také rychleji změněna tak, že držíme stisknutou klávesu CTRL a klikneme na danou próbu levým tlačítkem myši. Tento způsob je vhodný pro rychlou změnu stavu více prób v testu. Je nutné zopakovat interpretaci výsledků, aby byly změny provedeny. S t r a n a 66

73 14.8 Funkce Auto Edit (Auto Edit Function) Tato funkce automaticky upravuje výsledky, a lze ji zapnout nebo vypnout v Setup - Nastavení a podsložkou Interpretation: Pokud je tato funkce zapnuta, pak próby, které neodpovídají získané kombinaci alel vzorku (2CWD), jsou automaticky nastaveny jako neaktivní. Výsledkem je, že próby, které jsou automaticky ignorovány na počátku intepretace, ale odpovídají kombinaci alel získaného výsledku jsou opět zapnuty a použity při interpretaci. To omezuje množství ambiguit, které byly způsobeny nižším rozlišením způsobeným ignorováním správně reagujících prób. Próby, které jsou inaktivovány funkcí Automatically Edit Results jsou v histogramu označeny červeným orámováním, analogicky zobrazení prób manuálně inaktivovaných. V Historii jsou změny těchto prób označeno uživatel (user) Auto Edit Omezená interpretace (Perform restricted interpretation) Použití této funkce velmi zrychluje interpretaci díky tomu, že z výpočtů vypouští kombinace dvou vzácných alel. V základním nastavení (dafault) je tato možnost vypnuta a lze ji aktivovat z Nastavení Setup, Interpretace: V průběhu plné interpretace jsou porovnávány veškeré kombinace dat z Hit Table což jsou velké objemy dat (cca 1,5 miliónu kombinací pro B lokus). Ale jelikož kombinace dvou vzácných alel je vysoce S t r a n a 67

74 nepravděpodobná a pravděpodobně nikdy nenastane (pravděpodobnost jedna k milionu) lze intepretaci omezit na kombinace, kde je přítomna alespoň jedna hojná alela. To zkrátí čas potřebný na interpretaci pro např. lokus B z sekund na 2-3 sekundy a sníží též využití paměti. Výsledky se důsledkem toho změní takto: a) žádný výsledek nenalezen pro výsledek, který by obsahoval dvě vzácné alely. b) vzácné alely, které by byly možné pouze v kombinaci s další vzácnou alelou nebudou zahrnuty na seznamu Nelze vyloučit - Cannot exclude. Pokud používáme omezenou interpretaci je nadpis Výsledky - Summary zobrazen červeně: V typizační zprávě bude za označením filtru * v závorce: Je možno provést plnou plnou interpretaci, i když je zapnuta omezená interpretace z Okna Interpretace tak, že držíme tlačítko Intepretuj - Interpret současně s klávesou CTRL. S t r a n a 68

75 14.10 Interaktivita mezi Zobrazením výsledků a Zobrazením fotografie (Interactivity between results view and assay image) Při otevřeném okně Zobrazení fotografie testu můžete současně vidět jednotlivé sondy zpracovávaného testu a jejich status. Zvýrazněná sonda na fotografii (oranžový čtvereček) je také zvýrazněna v tabulce výsledků a naopak. Barva koleček kolem sond ukazuje jejich status: Zelená: kontrolní sondy Modrá: negativní sondy Červená: pozitivní sondy Černá: ignorované sondy Bílá: neaktivní sondy (nefunkční v této šarži) Posunem k dalšímu testu v okně Zobrazení výsledků se také změní fotografie v okně Zobrazení fotografie testu. Proto může být okno nezavírat v průběhu celé interpretace. Velikost okna výsledků lze měnit otáčením kolečka myši při stisknutém CTRL. S t r a n a 69

76 14.11 Zobrazení reaktivity sondy a změna cut off (View probe reactivity and change cut off) Reaktivita sondy v závislosti na hodnotě cut off může být zobrazena pro všechny testy konkrétního pracovního listu. Chcete-li otevřít cut off okno, klepněte na sloupeček sondy pravým tlačítkem myši a klikněte na "Cut Off" Testy z pracovního listu jsou řazeny podle intenzity sondy. Červená vodorovná čára označuje hodnotu cut off. Aktivní test (otevřen pro interpretaci) je zvýrazněn v bílé barvě. V testech s prázdnými sloupci je sonda automaticky nebo manuálně ignorována. Jedná se o užitečný nástroj pro hodnocení kvality sondy obecně, a pomáhá rozhodnout, zda by sonda měla být ignorována, nebo ne. Uživatel může změnit cut off pro každou jednotlivou próbu a případně uložit novou hodnotu cut off sondy pro aktuální test, každý test v aktuálním Pracovním listě nebo použít tuto novou hodnotu cut off pro celou verzi (Batch). Pro změnu hodnoty cut off, přetáhněte posuvník na pravé straně. Je k dispozici několik možností: Zruš - Cancel: Použij - Apply: Zruší všechny změny cut-off z tohoto okna. Použije nastavenou změnu pro daný test. S t r a n a 70

77 Použij pro Pracovní list - Apply to Worklist: Použije změnu cut off pro všechny testy s použitím této verze (Batch) v pracovním listě. Použij pro verzi - Apply To Batch: Použije změnu cut-off pro všechny budoucí testy prováděné s touto verzí (Batch). Cut off změny pro celou verzi (Batch) lze provést pouze pod dohledem a vyžadují komentář. Nastav zpět - Reset To Default: Vrátí hodnotu cut-off k původní hodnotě doporučené výrobcem. Veškeré změny cut-off jsou zaznamenány v záložce Historie - History Zobrazení specifity sondy (Show probe specificity) K zobrazení specifity dané sondy klikněte na sloupeček sondy pravým tlačítkem myši a vyberte možnost Probe specifity: Otevře se okno se seznamem alel reagujících s danou próbou. S t r a n a 71

78 14.13 Zobrazení schématu alel (Allele Pattern Display) V průběhu interpretace může být vhodné zobrazit reakční pattern (schéma) jednotlivých alel nebo alelických kombinací. Začněte psát název alely, kterou chcete zobrazit do prázdného okénka. Následně si můžete vybrat z nabídky nebo zcela dopsat. Vyberte si kombinaci alel, pro které chcete zobrazit reakční schéma. Pozitivní sondy jsou označeny černým obdélníčkem pro každou alelu, sporné sondy jsou šedé. Negativní sondy mají šedé obdélníčky a nejsou přiřazeny k jednotlivým alelám. Kliknutím na symbol histogramu pod polem alel se omezí zobrazení pouze na CWD alely Zobrazení nomenklatury (Nomenclature Display) HISTO MATCH může používat jak nomenklaturu IMGTv3, tak i verze před v3. Verze nomenklatury se projevuje stejně nejen v okně Navrhovaných výsledků, ale i v hlavním okně výsledků. Zobrazení lze změnit v kapitole Nastavení - Setup pod záložkou Nomenclature. S t r a n a 72

79 14.15 Ověření a schválení výsledků (Approving and authorizing results) Software podporuje dva stupně schvalovacího procesu. Pokud je výsledek již analyzován, lze ho nejdříve ověřit obvykle technickým pracovníkem s právy uživatele pomocí tlačítka approvalověření. Ověřené testy budou označeny bílým zatržítkem. Ověřování testů není nezbytné, mohou být též rovnou schvalovány. Následně mohou být testy schvalovány uživatelem s právy dohlížitele (Supervisor) pomocí tlačítka schválení - Authorize. Test bude schválen a následně bude vybrán další test ke schválení. Schválený výsledek bude označen černým zatržítkem jak v deskovém zobrazení, tak i v zobrazení seznamu. Opětovným kliknutím na tlačítko Schválení (Authorize) se schválí test. Schválené testy jsou zamčené a nelze je měnit, pokud nejsou opět od autorizovány uživatelem s právy dohlížitele. Ověřený (Approved) Pracovní list: Schválený (Authorized )Pracovní list: Status procesu schvalování je vidět v okně Pracovních listů (viz Worklist status) Zobrazení sond (Probes view) Kliknutím na tlačítko Sondy - Probes se zobrazí tabulka s informacemi o sondách. Ta obsahuje informaci o intenzitě sondy, použitou kontrolu a informaci o hodnotě cut-off. Posunováním myši napříč grafem signálů se zobrazí výpočty použité k výpočtu hodnoty sondy. Poslední dva sloupce ukazují exon, na kterém je sonda lokalizovaná a vazebné místo sondy. S t r a n a 73

80 14.17 Náhled do historie (History view) V tomto okně jsou zaznamenány veškeré změny provedené uživatelem v daném testu včetně změn síťování Komentáře k výsledkům (Result comments) Použijte toto okno k zapsání komentářů k výsledku. Použijte tlačítko Přidej-Add poznámky. pro přidání Pokud zaškrtnete políčko sticky objeví se lísteček s datem k označení tohoto komentáře. Ten bude viditelný i v okně výsledků Interpretace HISTO SPOT typizačních souprav pro celiakii a souprav DQB1 4D/DQA1 (Interpretation for the HISTO SPOT Coeliac Disease and DQB1 4D/DQA1 Kit) Zobrazení predispozic k celiakii (Coeliac disease view) Souprava pro diagnostiku celiakie kombinuje asociované alely lokusů DQB1 a DQA1 v jedné testovací jamce. Proto vypadá zobrazení výsledku poněkud odlišně než u souprav pro jeden lokus. Navíc obrazovka ukazuje i informace pro interpretaci asociací s celiakií. Základní vzhled obrazovky pro interpretaci celiakie je následující: (Nový obrázek) S t r a n a 74

81 Veškeré sondy pro DQA1 a DQB1 jsou zobrazeny a alelické kombinace pro oba lokusy jsou zahrnuty v histogramu na spodní polovině stránky. Barevné puntíky jsou rozděleny na dvě části, pokud se status DQA1 a DQB1 liší. Alelické kombinace bez neshod obsahující alespoň jednu běžnou alelu (4D filtr) jsou zobrazeny v okně výsledků. Alely asociované s celiakií jsou podbarveny žlutě. Ve Shrnutí Summary je vypsaná možná DQ molekula asociovaná s celiakií. Na pravé straně od políčka výsledků jsou zobrazeny výsledky pro DQA1 a DQB1 v nízkém rozlišení. Filtr hojných alel nemá vliv na toto zobrazení. Kliknutím na tlačítko v pravém horním roku v poli výsledků se změní zobrazení na zobrazení haplotypů a the risk assignment for coeliac disease stanovení rizika celiakiie (podle Megiorni and Pizzuti, Journal of Biomedical Science 2012, 19:88) Toto zobrazení ukazuje diagram s možnými DQ molekulami a jejich rizikovost pro rozvoj celiakie. Obrazovka se změní na obvyklou interpretační obrazovku DQA1 a DQB1 klepnutím na šipky v pravém horním rohu pole výsledků, jak je popsáno v následující kapitole (, ). S t r a n a 75

82 Interpretace DQB1/DQA1 (DQB1/DQA1 interpretation) Výchozí obrazovka při použití soupravy DQB1 4D/DQA1 HISTO SPOT vypadá takto: Oba lokusy mohou být interpretovány samostatně nebo dohromady. Pokud je jeden z lokusů vybrán, zobrazí se ve spodní polovině sondy daného lokusu, takže jsou zobrazeny pouze sondy pro DQA1 nebo DQB1: Je možné inaktivovat kombinované zobrazení přes Setup - Nastavení Interpretation - Interpretace zrušením zaškrtnutí políčka "Display Combined Locus Results". S t r a n a 76

83 Pokud kontrolní sondy pro jeden z lokusů selhaly, test bude označen šedo/červeně. Druhá část testu může stále být interpretována. Dva lokusy budou vykazovány odděleně v Typizační zprávě Typing Report i v různých formátech exportu INTERPRETACE HISTO SPOT CWD HIGH RES TESTŮ (INTERPRETATION OF THE HISTO SPOT CWD HIGH RES KITS) Typizační soubory HISTO SPOT CWD high res jsou připraveny v jednom stripu pro typizování několika lokusů s vysokým rozlišením. Abychom dosáhli typizace s vysokým rozlišením, je nutno použít u některých HLA lokusů víc než jednu jamku na test. Uspořádání testů je zobrazeno na obrázku níže. Prosíme, nahlédněte též do návodu pro HISTO SPOT soupravy pro více informací. ABC: jeden test ABDR: jeden test DR/DR: dva testy S t r a n a 77

84 HISTO MATCH využívá pro lokusy A, B, DRB1 sondy z obou jamek. Jamka pro Null alely obsahuje hojné HLA alely třídy I. Ty jsou pak také přiřazeny k intepretaci daného lokusu. Spojený výsledek je viditelný a lze ho upravovat tak, že vybereme první jamku testu. Žlutý nápis Xtend označuje, že se jedná o test s vysokým rozlišením obsahující více než jednu jamku. Hit tabulky použité pro interpretaci jsou znázorněny na vrchu interpretačního histogramu a všechny próby jsou zde kombinovány. Všechny interpretační funkce popsané v předchozích kapitolách pro ostatní HISTO SPOT soupravy jsou platné i pro interpretaci CWD high res souprav. S t r a n a 78

85 Když přepneme na další jamku, není zde žádný výsledek v poli Summary a zobrazeny jsou pouze próby v dané jamce. Zde pak můžeme zobrazit fotografii jamky a zkontrolovat orientaci jamky, gridding (zasíťování) a odstranit případné prachové částice dané jamky. V jamce pro Null alely lze zkontrolovat fotografii a podívat se na specifitu prób. S t r a n a 79

86 15 INTERPRETACE HISTO TYPE SSP TESTŮ (INTERPRETATION OF HISTO TYPE SSP TESTS) 15.1 Import typizačních souprav (Import a typing kit) Typizační soubory pro soupravy HISTO TYPE SSP lze importovat stejným způsobem jako HISTO SPOT SSO soupravy: viz 6.4 Import kits. Než se vybrané soupravy zobrazí v okně importu může trvat několik vteřin Definování pacienta, vzorku a testu (Define patient, sample and test) Na Domovské obrazovce vyberte Nový vzorek - New Sample. Otevře se obrazovka Vzorky, kde lze dodat informace o vzorku a zadat SSP testy. Další možností je vybrat vzorek, který může a nemusí být přiřazen k pacientovi na obrazovce Vzorky, či Pacienti. (viz 9 Patient Management a 10 Sample Management ). Poté přidejte nové HISTO TYPE SSP testy. Otevře se podokno s nabídkou dostupných souprav. S t r a n a 80

87 (nová obrazovka) Vyberte šarži a uložte pomocí tlačítka Uložit - Save. Testy se objeví na seznamu testů daného vzorku. Pro zadání výsledků můžete otevřít Interpretační obrazovku buďto dvojitým kliknutím na daný test, nebo stisknutím zeleného tlačítka Interpretuj. Otevře se okno pro interpretaci s virtuálním gelem, kam lze zadat pozitivní reakce. Můžete také vymazat testy pomocí tlačítka Vymazat - Delete. S t r a n a 81

88 15.3 Interpretace HISTO TYPE SSP testů (Interpreting HISTO TYPE SSP tests) Pozitivní reakce lze zadat do virtuálního gelu na interpretační obrazovce: Vložte pozitivní reakce kliknutím na prázdný černý obdélníček na místě proužku (band) nebo dvojitým kliknutím na reakční dráhu. Pozitivní reakce můžete odstranit opětovným kliknutím na tutéž dráhu. Pozitivní reakce budou v interpretačním diagramu pod gelem podbarveny zeleně. Můžete také přidávat pozitivní reakce kliknutím na odpovídající mix v diagramu. Amplifikační chyby lze zadat kliknutím na proužek kontroly daného mixu a bude označen šedě ve vyhodnocovacím diagramu. Inaktivované mixy budou v interpretaci ignorovány. S t r a n a 82

89 Klikněte tlačítko Interpretuj - Interpret a software vyhodnotí reakce a nabídne výsledek. Výsledku bez neshod se dvěma běžnými alelami (2CWD) budou podbarveny zeleně a zobrazeny v okénku Navržený výsledek - Suggested Results. Výsledky pouze s jednou neshodou a dvěma běžnými alelami (2CWD) budou podbarveny červeně. Barevný rámeček kolem gelu ukazuje kvalitu výsledku: Zelený: jednoznačný běžný typ (záleží na zvoleném filtru, C alely, pokud je zvoleno All) Žlutý: nejednoznačný výsledek Fialový vzácný haplotyp nebo dvě vzácné alely, (záleží na zvoleném filtru, žádné C alely, pokud je zvoleno All) Červený: bez výsledku Ulož Uložte výsledky a zavřete interpretační okno pomocí tlačítka Save Uložit. Výsledky uložené v Interpretačním okně se již v této verzi neztratí, i když nejsou uloženy v okně Vzorky. S t r a n a 83

90 15.4 Informace o testu (Test information) Informace o pacientovi, jemuž byl proveden právě vybraný test. Kliknutím na tlačítko se zobrazí všechny výsledky typizací tohoto vzorku. Informace o soupravě a šarži odpovídajícím právě vybranému testu. Lze vybrat, pokud jsou dostupné, různé hit tables kliknutím na tlačítko Nástroje interpretace (Interpret controls) Navržené/schválené výsledky testu, ukazují se výsledky s rozlišením na 2 pozice (2 digits), rozšířená jména alel lze zobrazit rozkliknutím výsledků. Jakmile jsou rozbaleny, vidíme alely zobrazeny buď zeleně - to jsou hojné (C) alely, nebo modře - to jsou dobře dokumentované (WD) alely. (Tlačítko - odstraní výsledky ze seznamu navrhovaných výsledků. V jiném nastavení jsou zde zobrazeny filtrované alely. (viz Common allele filters). Interpretuj: Max. počet povolených neshod: Vymazat: Potvrdit: Autorizovat: Provede interpretaci aktuálního výsledku. Všechny výsledky s maximálním povoleným počtem neshod budou zobrazeny. Vymaže výsledky z vybraného testu. Označí / odznačí výsledek jako ověřený technikem (User) Označí / odznačí výsledek jako schválený. (Supervisor) S t r a n a 84

91 15.6 Zobrazení výsledků (Results view) Zde můžete vidět výsledky interpretace testu. V základním (default) nastavení se ukazují výsledky v nízkém rozlišení (2 digits) spolu s počtem neshod (MM) nutným pro daný výsledek spolu s frekvencí nalezených alel (CWD sloupec). Zelená značí hojné ( C) alely, modrá dobře dokumentované (WD) a šedá vzácné (rare). Táhlo Ve sloupcích jednotlivých směsí primerů (primer mixes) je zobrazena velikost pozitivní reakce. Pozitivní reakce jsou podbarveny zeleně. Výsledek bez neshod obsahující dvě běžné alely je podbarven zeleně (v závislosti na použitém filtru). Výsledky s jednou neshodou a dvěma hojnými alelami jsou podbarveny červeně. Velikost tabulky může být měněna pomocí táhla vlevo dole nebo držením klávesy CTRL a otáčením kolečka myši. Číslo v závorce za výsledkem na úrovni 2 pozic (2 digits) ukazuje počet alelických kombinací zahrnutých v této řádce. Kliknutím na malou šipku v prvním sloupci rozbalíte skupinu s rozlišením na 2 pozice (2 digits) a zobrazí se všechny alely ve skupině. Pohybem myši přes jména alel se zobrazí všechny alely v okénku. S t r a n a 85

92 Pokud skupina alel obsahuje neshody, zobrazí se tyto v tabulce. Červené jsou falešně pozitivní, modré falešně negativní. Specifita směsi primerů se zobrazí při kliknutím pravým tlačítkem myši na odpovídající sloupeček. S t r a n a 86

93 15.7 Navrhované výsledky (Suggested Results) Všechny výsledky bez neshod jsou automaticky přidány do pole Navrhované výsledky - Suggested Result. Výsledky jsou zobrazeny jako skupiny na úrovni 2 pozic (2 digits) a s veškerými alelami uspořádanými pod nimi. Nejednoznačné výsledky alelických skupin budou zobrazeny, nadpis v poli se změní, aby upozorňoval na příslušnou nejednoznačnost (ambiguity). Jednotlivé výsledky lze odstranit kliknutím na tlačítko -, buď v okénku navrhované výsledky a nebo v hlavním okně výsledků. Jestliže výsledek obsahuje jen jednu běžnou alelu, bude označen nadpisem Běžný haplotyp - Common Haplotype. V případě, že neobsahuje žádné běžné alely, bude označen nadpisem Vzácný výsledek - Suggested Rare Result. S t r a n a 87

94 Výsledky v hlavním okně výsledků mohou být přidány nebo odebrány z pole navrhované výsledky - suggested results pomocí tlačítek Modrá tlačítka mohou být použita i na úrovni skupin (2 digits), ale mohou zde být přidány pouze skupiny bez neshod Filtry hojných alel, NMDP kódy a sérologické ekvivalenty (Common allele filters, NMDP Codes and serological equivalents) Lze použít filtry alel, výpočet NMDP kódů a sérologických ekvivalentů stejně, jak je popsáno v kapitole pro SSO testy (viz kapitoly Common allele filters, NMDP codes a Serological equivalents) Možnosti zobrazení v poli výsledků (Display options for the summary field) Možnosti zobrazení v poli výsledků jsou stejné jako pro výsledky testů SSO (viz kapitola Možnosti zobrazení v poli výsledků) Zobrazení schématu alel (Allele pattern display) V průběhu interpretace může být vhodné zobrazit reakční schéma (pattern) jednotlivých alel nebo alelických kombinací. Začněte psát název alely, kterou chcete zobrazit, do prázdného okénka. Následně si můžete vybrat z nabídky nebo zcela dopsat. a Vyberte si kombinaci alel, pro které chcete zobrazit reakční schéma. Pozitivní sondy jsou označeny černým obdélníčkem pro každou alelu, sporné sondy jsou šedé. Negativní sondy mají šedé obdélníčky a nejsou přiřazeny k jednotlivým alelám. S t r a n a 88

95 15.11 Historie a poznámky (History and Comments) Historie úprav testu a poznámky lze zobrazit a doplňovat stejně jako u SSO testů (viz History view a Result comments) Interpratace souprav HISTO TYPE Celiac Disease: nová kapitola (Interpretation for the HISTO TYPE Celiac Disease Kit: new chapter) Zobrazení celiakiie (Coeliac disease view) HISTO TYPE SSP Kit kombinuje asociované alely lokusů DQB1, DQA1 a DRB1 v jedné testovací jamce. Tím pádem vypadá zobrazení výsledku poněkud odlišně než pro kity s jedním lokusem. Navíc obrazovka ukazuje i informace pro interpretaci asociace s celiakií. Základní vzhled obrazovky pro interpretaci celiakii je následující: Po zadání pozitivní reakce a interpretaci jsou výsledky zobrazeny a riziko Celiakie je uvedeno v poli Souhrn. Jednotlivé lokusy mohou být interpretovány odděleně, pomocí rozšíření polí výsledků na pravé straně. S t r a n a 89

96 Veškeré mixy pro DRB1, DQA1 a DQB1 jsou zobrazeny a alelické kombinace pro oba lokusy jsou zahrnuty v histogramu na spodní polovině stránky. Alelické kombinace bez mismatchů a obsahující alespoň jednu hojnou alelu (C alelu) jsou zobrazeny v okně výsledků. Kliknutím na šipku v pravém horním roku otevře zobrazení podrobnějších výsledků daných výsledků. Otevřením okna Celiakie - Coeliac se otevře následující okno: Alely asociované s celiakií jsou podbarveny žlutě. V Shrnutí Summary je vypsaná možná s celiakií asociovaná HLA molekula. Stisknutím čtverečku v pravém horním roku se zobrazení změní na zobrazená haplotypů. Toto zobrazení ukazuje diagram s možnými DQ molekulami a jejich rizikovost pro rozvoj celiakie. Přiřazení rizika je založeno na práci Megiorni and Pizzuti, Journal of Biomedical Science 2012, 19:88. S t r a n a 90

97 Zobrazení DRB1 / DQB1 / DQA1 (DRB1 / DQB1 / DQA1 view) Detailní výsledky pro jednotlivé lokusy mohou být otevřeny a zavřeny kliknutím na šipku v pravém horním rohu (, ). Všechny možnosti pro interpretaci a použití filtrů hojných alel jsou dostupné a funkční jak je popsáno v kapitolách Všechny tři lokusy mohou být interpretovány samostatně, nebo dohromady. Pokud je jeden z lokusů vybrán zobrazí se ve spodní polovině próby jen pro daný lokus, to jest pouze próby pro DRB1, DQA1, nebo DQB1 jsou zobrazeny: S t r a n a 91

98 16 TYPIZAČNÍ ZPRÁVY (TYPING REPORTS) Z každého pracovního listu, kromě toho se statusem Initial lze vytvořit Zprávu Report. Typ zprávy závisí na nastavení v okně Setup - Nastavení: Pokud je zatrženo Summarize samples (uspořádej vzorky) nebo Print Compact Worklist ( tiskni kompaktní pracovní list), je vytištěna základní typizační zpráva pro vybraný Pracovní list, Pacienta nebo Vzorek (viz níže). Ostatní nastavení nebudou mít žádný vliv na tuto souhrnnou Zprávu. Pokud je zaškrtnuto Print Uncombined DRB1/345 results, výsledky těchto lokusů budou uvedeny samostatně Kompaktní zpráva (Compact report) Tato zpráva zobrazí na každé řádce jeden vzorek, každá řádka obsahuje Pozici vzorku, ID vzorku, výsledek na 2 pozice (2 digits) nebo výsledek běžných alel (se zapnutým filtrem), NMDP kód, šarži, IMGT verzi, datum. Tato zpráva zabere přibližně tři stránky pro plný běh 96 testů. Tento typ zprávy se vytiskne v případě, že je zatrženo Print Compact Worklist v nastavení (Setup-Reports). S t r a n a 92

99 16.2 Zpráva o pracovním listu (Worklist report) V tomto typu Zprávy je vytvořena úvodní stránka s informacemi o běhu testu Pracovního listu a použitých reagenciích. Následují samostatné stránky s jednotlivými testy. Informace zde zobrazené lze nastavit v Nastavení (Setup Reports) Výsledek zobrazený ve Zprávě je závislý na výsledku vybraném na interpretační obrazovce nebo v Setupu (zda a jaké jsou použity alelické filtry a nastavení zobrazení výsledku). Pokud je zatrženo Výsledky ve vysokém rozlišení - Print High Resolution Results, tak jsou zobrazeny všechny možné alelické kombinace ve vysokém rozlišení a výsledky pak mohou být na několik stránek pro každý vzorek. Hojné (C ) alely mají nevětší velikost a jsou podtržené, WD alely jsou vytištěny menším a vzácné nejmenším písmem. S t r a n a 93

100 Pokud je zatrženo v Nastavení Sumarize samples (uspořádej vzorky), tak budou všechny výsledky z jednoho vzorku vzájemně zkombinovány a bude vytvořena souhrnná zpráva pro tento jednotlivý vzorek Zpráva o typizaci pacienta nebo vzorku (Patient or sample report) Typizační zprávu lze vytvořit i pro vzorky a pacienty z obrazovek Pacienti a Vzorky. 1. Vyberte Pacienta nebo Vzorek ze seznamu. 2. Klikněte na tlačítko Report-Zpráva. Všechny testy vybraného pacienta nebo vzorku budou navzájem zkombinovány v jedné Zprávě. Zobrazené informace budou odpovídat nastavení. 17 NASTAVENÍ (SETUP) Do kapitoly Nastavení - Setup se dostanete kliknutím na tlačítko SETUP v hlavní nabídce. Vždy musíte kliknout tlačítko Uložit - Save, aby se jakákoliv změna uložila. Nastavení jsou uložena v uživatelově počítači a nepřenáší se do jiných počítačů v rámci sítě. V kapitole Nastavení lze měnit následující nastavení: User settings - Uživatelé: Zde lze nastavit práva uživatelů a hesla. (viz 6.3 Changing the user password). Reports-Zprávy: Nastavení zobrazení ve zprávách lze nastavit zde. (viz 16 Typing reports). S t r a n a 94

101 Filter-Filtry: Zde lze nastavit alelický filtr a upravovat ho. (viz Common allele filters). Nomenclature - Nomenklatura: Vyberte mezi Auto (Použije verzi, jež byla zdrojem pro danou Hit Table, nebo Version 3 (použije IMGT version 3 pro každou Hit Table). Interpretation-Interpretace: Zde lze nastavit základní hodnoty pro interpretaci testů. Viz kapitoly 14.4 Nástroje interpretace (Interpret controls), Zobrazit možnosti pro souhrnné pole výsledků (Display options for the summary field), 14.8 Funkce Auto Edit (Auto Edit Function) a Interpretace HISTO SPOT typizačních souprav pro celiakii a souprav DQB1 4D/DQA1 (Interpretation for the HISTO SPOT Coeliac Disease and DQB1 4D/DQA1 Kit) pro další detaily. Installation - Instalace: V této sekci lze nastavit Jméno laboratoře - Lab Name a ID laboratoře, lze také změnit logo, které se pak objeví ve Zprávě. Image Analysis Analýza obrazu: Zapnutí a vypnutí automatické rotace. S t r a n a 95

102 Tools - Nástroje: Ambiguity Report: vytvoření detailní zprávy o ambiguitách (xml. soubor), kterou pak lze poslat do BAG Health Care, abychom mohli zlepšovat kvalitu testů. Probe Performance Report: vytvoření zprávy s automaticky a ručně ignorovanými sondami. Paths Cesty: Default Import Path - Výchozí importní cesta: Zobrazuje výchozí cestu pro import dat (soupravy, pracovní listy,...), kliknutím na symbol složky lze výchozí cestu změnit. Default Export Path - Výchozí exportní cesta: Zobrazuje výchozí cestu pro export dat (pracovní listy, výsledky testů, psaní zpráv reportů,...), kliknutím na symbol složky lze výchozí cestu změnit. NMDP File Date - NMDP datum souboru: Udává datum NMDP soubor, který byl používaný. Kliknutím na symbol složky může být definována cesta k importu nového NMDP souboru. WMDA Archive File - WMDA archiv souborů: Zobrazí výchozí cestu ke složce WMDA.zip, který obsahuje soubor pro sérologické ekvivalenty, P a G skupiny (k dispozici na kliknutím na symbol složky může být výchozí cesta změněna. CWD Zip File - CWD Zip soubor: Zobrazí výchozí cestu k ZIP složce, která obsahuje CWD2.0.0 alely, kliknutím na symbol složky lze výchozí cestu změnit. IMGT Allele File - IMGT soubor s alelami: Zobrazí výchozí cestu ke složce WMDA.zip, která obsahuje soubor s HLA alelami. Ten se používá k vytvoření starší S t r a n a 96

103 IMGT databáze (k dispozici na klepnutím na symbol složky lze výchozí cestu změnit. Složka WMDA.zip bude aktualizována při každé aktualizaci alel pro soupravy a bude k dispozici na našem zákaznickém download serveru ( Database Tools - Databázové nástroje: Informace o umístění aktuální databáze a možnosti záloh (pouze pro serverovou instalaci): S t r a n a 97