Identifikace bakterií pomocí MALDI MS

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Identifikace bakterií pomocí MALDI MS"

Renata Horáková
před 7 lety
Počet zobrazení:

1 Identifikace akterií pomocí MALDI MS Ondrej Šedo Centrální laoratoř speciálníc tecnik, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Pracovní den ČSKB Brno

2 Identifikace akterií pomocí MALDI MS 1. Princip metody MALDI MS 2. Využití v praxi 3. Rozlišovací scopnosti metody 2

3 1. Princip metody MALDI MS - MALDI MS = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization 1. Princip Mass Spectrometry metody MALDI MS = Hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice + O O H OH O OH OH O H O C H 3 O OH CH 3 O O CH 3 OH 3

4 1. Princip metody MALDI MS Intens. [a.u.] m /z 4

5 1. Princip metody MALDI MS Intens. [a.u.] m /z 5

1. Princip metody MALDI MS Intens. [a.u.] x1 4 3. 4364 5381 2.5 6255 2. 1.5 596 1.

6 1. Princip metody MALDI MS Intens. [a.u.] x m /z 6

7 Intens. [a.u.] Intens. [a.u.] x Intens. [a.u.] Escericia coli Intens. [a.u.] Intens. [a.u.] x Kingella kingae Pseudomonas aeruginosa m /z m /z m /z Acinetoacter aumanii Aeromonas ydropila m /z 7 m /z

8 Identifikace akterií pomocí MALDI MS 1. Princip metody MALDI MS 2. Využití v praxi 3. Rozlišovací scopnosti metody 8

9 2. Využití v praxi 1. Hmotnostní spektrometr a.i. 2. Využití v praxi 2. Dataáze motnostníc spekter referenčníc kmenů m/z 3. Vyodnocovací software 9

10 2. Využití v praxi Intens. [a.u.] m/z 1

11 2. Využití v praxi skóre 2,3 Vysoce pravděpodoná identifikace na úrovni druu 2,3 skóre 2, Vysoce pravděpodoná identifikace na úrovni rodu, pravděpodoná identifikace na úrovni druu 2, skóre 1,7 Pravděpodoná identifikace na úrovni rodu 1,69 skóre Nesignifikantní skóre 11

12 2. Využití v praxi Mikroorganismus MALDI BioTyper identifikace Biocemické metody identifikace Nefermentující Gram-negativní akterie 94% 86% Enteroacteriaceae 99% 97% Ostatní Gram-negativní akterie 96% 91% Gram-pozitivní akterie 97% 92% Kvasinky 97% 97% Celkem 97% 93%.61% Identifikace pouze na úrovni rodu (Biocemické metody:.52%) 1.91% Neidentifikováno (Biocemické metody: 2.34%).69% Falešně pozitivní identifikace (Biocemické metody: 4.42%) 12

13 2. Využití v praxi Výody: - doa analýzy ~ minuty - identifikace na úrovni druu, případně i detailnější - minimální náklady na analýzu - identifikace vzorků s anormálním fenotypem - možnost identifikace v emokulturác a v moči 13

14 2. Využití v praxi Nevýody: - vysoká pořizovací cena - vyplatí se v závislosti na počtu analýz - prolémy s rozlišením lízce přiuznýc druů - identifikace ze směsnýc vzorků - změna v metodě přípravy vzorku umožní detekci většío počtu specifickýc signálů - vývoj novýc ioinformatickýc nástrojů 14

15 Identifikace akterií pomocí MALDI MS 1. Princip metody MALDI MS 2. Využití v praxi 3. Rozlišovací scopnosti metody 3. Rozlišovací scopnosti metody 15

16 Aeromonas Acinetoacter Acromoacter Candida Pseudomonas Stapylococcus akterie mléčnéo kvašení... 16

17 Acinetoacter genomic sp. 1 Acinetoacter genomic sp

18 Intens. [a.u.] x A_sp1_NIPH_ x1 4 Intens. [a.u.] A_sp11_NIPH_ m/z

19 Intens. [a.u.] x m/z

20 Acinetoacter genomic sp. 1 Acinetoacter genomic sp. 11 2

21 Intens. [a.u.] x m/z

22 A_sp1_NIPH_521_II A_sp1_NIPH_521_III A_sp1_NIPH_521_I A_sp1_NIPH_2532 A_sp1_NIPH_2274_II A_sp1_NIPH_226 A_sp1_NIPH_87 A_sp1_NIPH_1741 A_sp1_NIPH_2524 A_sp1_NIPH_2542 A_sp1_NIPH_2537 A_sp1_NIPH_2528 A_sp1_NIPH_2274_I A_sp1_NIPH_154 A_sp11_NIPH_522_II A_sp11_NIPH_522_I A_sp11_NIPH_2273_II A_sp11_NIPH_2689 A_sp11_NIPH_682 A_sp11_NIPH_2127 A_sp11_NIPH_769 A_sp11_NIPH_3626 A_sp11_NIPH_2273_I A_sp11_NIPH_2272 A_sp11_NIPH_2169 A_sp11_NIPH_82 A_sp11_NIPH_522_III A_sp11_NIPH_ Distance Level

23 Acinetoacter aemolyticus NIPH 51 T Acinetoacter eijerinckii NIPH 838 Acinetoacter eijerinckii NIPH

24 x14 A_eijerinckii_NIPH_2111_1a\_I13\1\1SLin Intens. [a.u.] 2 1 x14 A_eijerinckii_NIPH_838_1a\_C13\1\1SLin Intens. [a.u.] x14 A_aemolyticus_NIPH_51T_1a\_B13\1\1SLin Intens. [a.u.] m/z 24

25 A_aemolyticus_NIPH_51T A_eijerinckii_NIPH_838 A_eijerinckii_NIPH_ Distance Level

26 x14 A_eijerinckii_NIPH_2111_1a\_I13\1\1SLin Intens. [a.u.] 2 1 x14 A_eijerinckii_NIPH_838_1a\_C13\1\1SLin Intens. [a.u.] x14 A_aemolyticus_NIPH_51T_1a\_B13\1\1SLin * * ** * Intens. [a.u.] m/z 26

27 Acinetoacter aemolyticus NIPH 51 T Acinetoacter eijerinckii NIPH 838 Acinetoacter eijerinckii NIPH

28 A_eijerinckii_NIPH_838_c A_eijerinckii_NIPH_838_ A_eijerinckii_NIPH_838_a A_eijerinckii_NIPH_2111_ A_eijerinckii_NIPH_2111_c A_eijerinckii_NIPH_2111_a A_aemolyticus_NIPH_51T_c A_aemolyticus_NIPH_51T_ A_aemolyticus_NIPH_51T_a Distance Level

29 Acinetoacter aemolyticus NIPH 51 T Acinetoacter eijerinckii NIPH 838 Acinetoacter eijerinckii NIPH

30 A_aemolyticus_NIPH_51T_1c A_aemolyticus_NIPH_51T_1 A_aemolyticus_NIPH_51T_1a A_aemolyticus_NIPH_51T_3 A_aemolyticus_NIPH_51T_3a A_aemolyticus_NIPH_51T_2 A_aemolyticus_NIPH_51T_3c A_aemolyticus_NIPH_51T_2c A_aemolyticus_NIPH_51T_2a A_eijerinckii_NIPH_2111_1c A_eijerinckii_NIPH_2111_3 A_eijerinckii_NIPH_2111_3c A_eijerinckii_NIPH_2111_2c A_eijerinckii_NIPH_2111_2 A_eijerinckii_NIPH_2111_2a A_eijerinckii_NIPH_2111_3a A_eijerinckii_NIPH_2111_1 A_eijerinckii_NIPH_2111_1a A_eijerinckii_NIPH_838_3c A_eijerinckii_NIPH_838_1a A_eijerinckii_NIPH_838_1 A_eijerinckii_NIPH_838_3 A_eijerinckii_NIPH_838_2c A_eijerinckii_NIPH_838_2 A_eijerinckii_NIPH_838_2a A_eijerinckii_NIPH_838_3a A_eijerinckii_NIPH_838_1c Distance Level

31 Poděkování Kultivace kmenů Andrea Tesim, Tereza Vaňousová, Ludmila Tvrzová Oddělení mikroiiologie, Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta MU Ivo Sedláček Česká sírka mikroorganismů, Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta MU Alexandr Nemec Státní zdravotní ústav Marta Dušková, Renáta Karpíšková Veterinární a farmaceutická univerzita Brno Filip Růžička Fakultní nemocnice U Svaté Anny, Lékařská fakulta MU MALDI MS analýza Ondrej Šedo, Aleš Voráč, Magdaléna Kačalová, Zyněk Zdráal Oddělení funkční genomiky a proteomiky, Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta MU Zpracování dat Tomas Meier, Markus Kostrzewa, Mical Boáč postup I Daltonik Matej Lexa Katedra informačníc tecnologií, Fakulta informatiky MU Finanční podpora Ministerstvo školství, mládeže a tělovýcovy, projekty č. MSM , MSM and LC

Děkuji za pozornost! = Přátelské akterie! Intens. [a.u.] x1 4 1.5 1.25 7481 8414 1.

32 Děkuji za pozornost! = Přátelské akterie! Intens. [a.u.] x m /z 32

Podobné dokumenty

Hmotn mot o n s o t s n t í n sp sp kt k r t ometr t ie

Hmotn mot o n s o t s n t í n sp sp kt k r t ometr t ie MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim (Vávrová) 1,2 PřF MU, Brno Spoluautoři: RNDr. Ludmila Tvrzová, Ph.D. 1 RNDr. Ivo Sedláček, CSc. 2 RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. 3 Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.