PLANÁRNÍ (PLOŠNÁ) CHROMATOGRAFIE
|
|
- Eva Kadlecová
- před 7 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 PLANÁRNÍ (PLOŠNÁ) CHROMATOGRAFIE
2 Tenkovrstvá chromatografie je technika pro identifikaci a separaci směsi organických látek Identifikace složek směsi (nutné použít standard) analysa frakcí sbíraných během purifikace analysa čistoty látek Při TLC se látky ze směsi rozdělují mezi adsorbent (stacionární fáze, obvykle silikagel, SiO 2 ) a solvent (mobilní fáze), která proudí skrz adsorbent
3 Uspořádání tenkovrstvé a papírové chromatografie Vzestupné Sestupné
4 mobilní fáze vzlíná stacionární fází TLC látky rozpuštěné v mobilní fázi putují TLC deskou složky směsi putují rozdílnou rychlostí, která záleží na intermolekulárních silách mezi látkou a silikagelem stacionární fáze a látkou a složkami mobilní fáze stacionární fáze SiO2 je velmi polární - silné dipól-dipól interakce, vodíkové můstky čím polárnější analyt, tím silnější vazba se stacionární fází, tím menší rychlost mobilní fáze relativně nepolární silné Londonovy síly, dipól-dipól interakce, vodíkové můstky nepolární analyt interaguje se stacionární méně silně než s mobilní fází putuje rychleji
5 Charakterizace separece u i R F, i = = um d d i m d i d m u i u m d i d m rychlost skvrny i-tého analytu rychlost (čela) mobilní fáze vzdálenost středu skvrny i-tého analytu od startu vzdálenost čela mobilní fáze od startu
6 Co nám říká hodnota R f? o R f hodnoty lze použít k usnadnění identifikace látky v porovnání se standardy o R f hodnota není fyzikální konstanta, mělo by být provedeno srovnání pouze skvrny na stejné desce za stejnou dobu o Dvě látky, které mají stejnou hodnotu R f mohou být totožné; ty, které mají různé hodnoty R f nejsou totožné
7 málo polární nejvíce polární Typ látky alkany alkeny etery aromáty aldehydy a ketony alkoholy aminy organické kyseliny soli polárnější látky se váží silněji na stacionární fázi málo polární nejvíce polární rozpouštědlo hexany tetrachlormethan toluen chloroform diethyleter ethylacetát aceton methanol kys. octová voda eluční síla běžných rozpouštědel
8 Detekce barevný produkt SUPR UV (látky které světélkují pod UV světlem) vizualizace postřikem s vhodným chemickým činidlem (ninhydrin, H 2 SO 4, KMnO 4, I 2 )
9 Aplikace dělení aminokyselin, vitamínů, alkaloidů, uhlovodíků, nukleotidů, potravinářských barviv, cukrů, Flash chromatografie
10 Flash chromatografie použití pro purifikaci nízkomolekulárních přírodních látek a produktů organických synthes
11 mobilní fáze: - dvou a vícesložkové systemy běžná rozpouštědla: dichloromethan/hexan ether/hexan hexan/ethylacetát dichloromethan/methanol ethanol chloroform/ethanol chloroform/aceton
12 pro odhad retence na koloně: C V =1/R f C V - objem mobilní fáze potřebný k eluci komponenty vztažený na objem kolony R f - hodnota retence na TLC desce
13 Na začátek zařadit metody: s vysokou kapacitou velkým výtěžkem nízké rozlišení Později metody s: vysokým rozlišením dostačujícím výtěžkem kapacita méně významná Základní zásady Pokud možno řadit metody za sebou racionálně, bez nutnosti mezikroků (např. dialýza nebo ultrafiltrace možné snížení výtěžku) Čím méně kroků, tím větší výtěžnost proteinu Metody zřeďovací kombinovat s metodami koncentrujícími
14 Příklady Srážení síranem amonným (vysoká koncentrace soli ve vzorku) chromatografie s hydrofóbní interakcí Ionexová chromatografie (eluce vysokou iontovou silou) chromatografie s hydrofóbní interakcí Gelová chromatografie se používá na konci celé purifikační sekvence odstranění fragmentů a komplexů Nevhodné kombinace Srážení síranem amonným a ionexová chromatografie (nutno zařadit odsolovací krok dialýza, ultrafiltrace)
15 Sledování průběhu separace Metoda buněčný extrakt Koncentrace bílkovin [mg/ml] Objem [ml] Celková aktivita [U] Specifická aktivita [U/mg] Stupeň přečištění Výtěžek 0, % (NH 4 ) 2 SO 4 2, ,4 85 % HIC 2, ,6 60 % dialysa 2,2 6, [%] 1,6 55 % IEX 0, %
16 Sledování průběhu separace Metoda buněčný extrakt Koncentrace bílkovin [mg/ml] Objem [ml] Celková aktivita [U] 258, (NH 4 ) 2 SO 4 118, HIC 57, GPC 19,
17 Metoda buněčný extrakt Koncentrace bílkovin [mg/ml] Objem [ml] Celková aktivita [U] 258, (NH 4 ) 2 SO 4 118, HIC 57, GPC 19, Specifická aktivita [U/mg] 0,77 Stupeň přečištění - Výtěžek [%] 100 3,81 4, ,33 13, ,45 85,8 64
18 Aktivita alfa-glukosidasy byla měřena s využitím maltosy jako substrátu a produkt reakce byl detekován reakcí sčinidlem GOD250, které obsahovalo glukosaoxidasu a leukoformu barviva ve vhodném pufru. Reakční směs obsahovala 0,5 ml enzymu (4 mg/ml, Mr 110kDa), 0,5 ml 200 mm maltosy a 0,5 ml 50 mm Tris pufru ph 8,2. Reakce probíhala 20 minut při 37 C a byla ukončena přídavkem 1,5 ml 10 % Na 2 CO 3. Ke směsi byly přidány 2 ml činidla a směs byla inkubována 15 minut při 37 C. Výsledné produkty byly detekovány při 498 nm v 1cm kyvetě. Molární absorpční koeficient byl odvozen z kalibrační křivky (závislost absorbance na koncentraci glukosy po přídavku činidla) a byl stanoven na 440 dm 3.cm -1.mol -1. Jaká je specifická aktivita a celková aktivita enzymového preparátu pokud byla naměřena absorbance 1,438 a celkový objem enzymového preparátu je 10 ml?
19 Sledování čistoty proteinů Elektroforéza dokumentuje průběh purifikačního procesu SDS elektroforesa Standard 2. Původní vzorek 3. Nenavázané proteiny 4. Eluované proteiny
20 Stanovení koncentrace bílkovin
21 Kjeldahlova metoda stanovení N 2 Mineralizace vzorku převedení organického dusíku na NH 4 + Stanovení NH titrace, fotometrie, selektivní elektrody
22 UV spektrofotometrie 280 nm aromatické AMK interference nukleotidů nm peptidová vazba Výhody - nedestruktivní metoda
23 VIS spektrofotometrie Přídavek činidla barevný derivát Destruktivní metoda Nutná kalibrační závislost
24 Biuretová metoda Princip : Cu 2+ vytváří v silně alkalickém prostředí komplex se 4 N peptidové vazby Cu 2+ Měření : nm 1-10 mg/ml
25 Princip : kombinace Folinovy a Biuretové metody Měření : nm ug/ml Lowryho metoda
26 Metoda dle Bradfordové Princip : při vazbě Coomassie Brilliant Blue G 250 na bílkovinu dochází k posunu absorpčního maxima z 465 na 595 nm. Meření : 595 nm ug/ml
27 BCA metoda Meření : 562 nm 0,4-100 ug/ml
28 Měření: 575 nm 1-10 ug Ninhydrinová metoda
29
30
31 Fluorescence Princip : - vazba fluoroforu (fluorescamin) na bílkovinu měření vzniklé fluorescence Měření: 390/475 nm 10 ng
32 Stanovení koncentrace DNA
33 Metoda měření absorbance v UV oblasti
34 Metoda s diaminobenzoovou kyselinou Měření: depurinace + DABA Měření: 420 nm 25 ug Metoda s difenylaminem Měření: depurinace + DPA Měření: 595 nm 25 ug
35 Ethidiumbromid Fluorescenční metody 4`,6`-diamidino-2-phenylindol (DAPI) 2-(2-[4-hydroxyphenyl]-6-benzimidazolyl)-6- (1-methyl-4- piperazyl)benzimidazol trihydrochlorid (Hoechst 33258)
36 Stanovení koncentrace RNA
37 Metoda měření absorbance v UV oblasti 1 OD 260 = 40 µg/ml ssrna
38 Metoda s orcinolem Princip: depurinace + reakce s orcinolem Měření: 660 nm
39 Elektromigrační metody
40 Princip metoda využívaná k separaci makromolekul na základě náboje, konformace nebo velikosti migrace nabité částice v elektrickém poli je úměrná jejímu celkovému náboji, velikosti a tvaru v = q. E / f frikční koeficient (popisuje tvar a velikost molekuly) rychlost celkový náboj intenzita el. pole + pi > ph pi < ph kladný náboj záporný náboj malé částice s velkým nábojem velká pohyblivost velké částice s malým nábojem malá pohyblivost - volná elektroforesa zónová elektroforesa rovnovážná elektroforesa isoelektrická fokusace kapilární elektroforesa
41 Volná elektroforesa pufr vložením elektrod do pufru se molekuly proteinů začnou pohybovat k elektrodám s opačnou polaritou a rozdělí se na základě rozdílných nábojů a koeficientů tření vzniknou pohyblivá rozhraní mezi jednotlivými druhy proteinů nevýhody: konvekční míchání zón, mnoho vzorku, složitá aparatura vzorek
42 Zónová elektroforesa elektroforesa na nosiči nosiče: filtrační papír celulosa agarosa polyakrylamid omezení konvenčního míchání lepší rozdělení menší spotřeba vzorku elektroforéza na celulóze pohyb iontu v rozhodující míře závislý na poměru náboje k velikosti částice elektroforéza v gelu porózní gely umožňují separaci na principu molekulového síta a zároveň elektroforetické pohyblivosti provedení v trubičkách plošná vertikální horizontální
43 Aparatury pro trubičkové gely
44 AGAROSA Gely polysacharid z červených mořských řas extrémně jednoduchá příprava pory větší než 10 nm teplota tání 35 C - 95 C low melting agarosa (teplo ta tání ~ 65 C) velikost pórů: 150 nm 1 % gel 500 nm 0,16 % gel široký separační rozsah, ale relativně nízkou rozpustnost koncentrační rozsah 0,5 % - 4 % fragmenty DNA bp (větší fragmenty pulsní elektroforesa bp) velmi velké proteiny a proteinové agregáty PUFR: Tris-acetát-EDTA (TAE) nebo Tris-borát-EDTA (TBE) NANÁŠECÍ PUFR ( loading buffer -PLB): sacharosa, glycerol,... bromphenolová modř a xylen-cyan
45 analysa a purifikace DNA restrikičních fragmentů Ethidium bromid, SYBR Green citlivost 100 pg 1 ng/proužek Nukleové kyseliny
46 % agarosa rozsah [kb] 0,7 0,8-20 0,9 0,5-7 1,2 0,4-6 1,5 0,2-4 2,0 0,1-3
47 Pulsní gelová elektroforesa (PFG) použití: separace nukleových kyselin ( až bp)
48 Uspořádání PFG field inversion gel electrophoresis (FIGE) transverse alternating field electrophoresis (TAFE) rotating gel electrophoresis (RGE) clamped homogeneous electric field (CHEF)
49
50 FIGE 23 kb 48,5 kb 12 kb 0,5 kb Figure 2. Increased separation of the kb range with field inversion gel electrophoresis (FIGE). HSI Laboratories, Run Hoefer conditions: Scientific Instruments San Francisco, CA 230 V, 7.9 V/cm, 16 hrs., 50 msec. pulse,
51 RGE Figure 3. Rotating gel electrophoresis (RGE) separation Saccharomyces cercevisiae chromosomes ( kb). Run conditions: 180 V, 5.1 V/cm, 34 hrs., 120 angle, sec. pulse ramp, 0.5X TBE, 1.2% GTG agarose, 10 C. Two combs were used on the same gel to load 32 samples, a maximum of 72 are possible HSI Laboratories, Hoefer Scientific Instruments San Francisco, CA
52 Imunoelektroforesa ZÓNOVÁ ELEKTROFORESA/IMUNODIFUSE směs antigenù je nejprve elektroforeticky rozdělena, po té je do podélného žlábku nanesena směs protilátek a provedena imunodifuse tvorba precipitačních linií dojde-li k tvorbě komplexu Ag-Pl
53 ELEKTROIMUNODIFUSE - RAKETKOVÁ TECHNIKA gel obsahuje definovanou koncentraci protilátky
54 POLYAKRYLAMID chemicky inertní a mechanicky stabilní obtížnější příprava oproti agarosovému gelu T celková koncentrace akrylamidu C stupeň prokřížení podíl dimeru k monomeru T C = = a + b.100[%] V b.100[%] a + b a...hmotnost akryamidu [g] b hmotnost methylenbisakrylamidu [g] V objem [ml]
55 logu 200 = logu K T U T...relativní pohyblivost T 0 R. Fergusonova analýza U 0...volná relativní pohyblivost K R...tzv. retardační koeficient K. 2 7 R = 2, ,53.10 M r log UT koncentrace gelu [% T] Ferguson, K.A. (1964) Starch-gel electrophoresis-application to the classification of pituitary proteins and polypeptides. Metabolism 13,
56 PAGE Uspořádání: kontinuální diskontinuální ZAOSTŘOVACÍ GEL: nižší hodnota ph, nižší koncentrace polyakrylamidu DĚLÍCÍ GEL: má vyšší hodnotu ph než rozdělovací ELEKTRODOVÝ PUFR: Tris/Glycin/SDS zaostřovcí gel velké póry dělící gel malé póry princip zaostřování
57 SDS-PAGE Tris/Gly/SDS anionický detergent po zahřátí na 100 C rozbaluje protein a váže se na něj (1 molekula SDS na 2 AK, 1,4 g SDS na 1 g proteinu) velký náboj velká pohyblivost vysoké rozlišení dobrá fixace proužků lze odstranit z gelu, aniž by se uvolnily proteiny 10x vyšší detekční limit než nativní elfo Nevýhody: za nízkých teplot krystalizuje mnoho proteinů se chová anomálně -v důskedku neuniformní vazby SDS -proteiny s velkým záporným, velkým kladným nábojem a na prolin bohaté proteiny NANÁŠECÍ PUFR ( loading buffer -PLB): SDS, glycerol, DTT, pufr, bromfenolová modř, H 2 O
58
59
60 SDS-PAGE Tris/Tricin/SDS separace proteinů < 14 kda lineární rozlišení kda Tricin = N-Tris(hydroxymethyl) methyl glycine
61 SDS-PAGE Tris/Borát/EDTA elektroforesa glykoproteinů SDS se neváže na sacharidy CTAB-PAGE CTAB kationický detergent pro záporně nabité proteiny, silně bazické nukleoproteiny nedenaturuje protein, tj. řada proteinů má i po CTAB PAGE enzymatickou aktivi kyselé prostředí ph 3-5 Nativní-PAGE i jiné pufry HEPES, MOPS, MES zymogramy
62 Gradientová gelová elektroforesa
63 Gradientová gelová elektroforesa
64 Preparativní PAGE
65 2D-PAGE
66
67
PLANÁRNÍ (PLOŠNÁ) CHROMATOGRAFIE
PLANÁRNÍ (PLOŠNÁ) CHROMATOGRAFIE Tenkovrstvá chromatografie je technika pro identifikaci a separaci směsi organických látek Identifikace složek směsi (nutné použít standard) analysa frakcí sbíraných během
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip metoda využívaná k separaci makromolekul na základě náboje, konformace nebo velikosti migrace nabitéčástice v elektrickém poli je úměrná jejímu celkovému náboji, velikosti
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY ELEKTROFORÉZA K čemu to je? kritérium čistoty preparátu stanovení molekulové hmotnosti makromolekul stanovení izoelektrického
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip metoda využívaná k separaci makromolekul na základě náboje, konformace nebo velikosti migrace nabité částice v elektrickém poli je úměrná jejímu celkovému náboji, velikosti
VíceELEKTROFORETICKÁ SEPARACE NUKLEOVÝCH KYSELIN
ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE NUKLEOVÝCH KYSELIN Fragmenty nukleových kyselin lze dle jejich velikosti rozdělit elektroforézou. Elektroforéza využívá rozdílné pohyblivosti jednotlivých fragmentů, danou právě
VíceVizualizace DNA ETHIDIUM BROMID. fluorescenční barva interkalační činidlo. do gelu do pufru barvení po elfu SYBR GREEN
ETHIDIUM BROMID fluorescenční barva interkalační činidlo do gelu do pufru barvení po elfu Vizualizace DNA SYBR GREEN Barvení proteinů Coommassie Brilliant Blue Coomassie Blue x barvení stříbrem Porovnání
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip: molekuly nesoucí náboj se pohybují ve stejnosměrném elektrickém Arne Tiselius rozdělil proteiny krevního séra na základě jejich rozdílných rychlostí pohybu v elektrickém
VíceStanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů
Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Bioanalytické metody Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Úvod Kritéria výběru metod stanovení koncentrace proteinů jsou založena na možnostech pro vlastní analýzu,
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE Chromatografie co je to? : široká škála fyzikálních metod pro analýzu nebo separaci komplexních směsí proč je to super?
Vícelaktoferin BSA α S2 -CN α S1 -CN Popis: BSA bovinní sérový albumin, CN kasein, LG- laktoglobulin, LA- laktalbumin
Aktivita KA 2340/4-8up Stanovení bílkovin v mléce pomocí SDS PAGE (elektroforéza na polyakrylamidovém gelu s přídavkem dodecyl sulfátu sodného) vypracovala: MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Princip: Metoda
VíceChromatofokusace. separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení. není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost
Chromatofokusace separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost Polypufry - amfolyty Stacionární fáze Polybuffer 96 - ph 9-6
VíceElektroforéza nukleových kyselin
Elektroforéza nukleových kyselin Elektroforéza nukleových kyselin je založena na tom, že NK jsou v neutrálním nebo zásaditém prostředí polyanionty. Protože se zvyšujícím se počtem nukleotidů v molekule
VíceGelová permeační chromatografie
Gelová permeační chromatografie (Gel Permeation Chromatography - GPC) - separační a čisticí metoda - umožňuje separaci skupin sloučenin s podobnou molekulovou hmotností (frakcionace) - analyty jsou po
VíceIZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
Víceisolace analytu oddělení analytu od matrice (přečištění) zakoncentrování analytu stanovení analytu (analytů) ve vícesložkové směsi
SEPARAČNÍ METODY Využití separačních metod isolace analytu oddělení analytu od matrice (přečištění) zakoncentrování analytu stanovení analytu (analytů) ve vícesložkové směsi Druhy separačních metod Srážení
VíceInovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie CZ.1.07/2.2.00/15.0247
Papírová a tenkovrstvá chromatografie Jednou z nejrozšířenějších analytických metod je bezesporu chromatografie, umožňující účinnou separaci látek nutnou pro spolehlivou identifikaci a kvantifikaci složek
VíceKurz 1 Úvod k biochemickému praktiku
Kurz 1 Úvod k biochemickému praktiku Pavla Balínová http://vyuka.lf3.cuni.cz/ Důležité informace Kroužkový asistent: RNDr. Pavla Balínová e-mailová adresa: pavla.balinova@lf3.cuni.cz místnost: 410 studijní
VíceSDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE)
SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE) Princip SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza slouží k separaci proteinů na základě jejich velikosti (molekulové hmotnosti). Zahřátím vzorku za
VíceIMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody. 3. ročník Klinická biologie a chemie
IMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody 3. ročník Klinická biologie a chemie Princip elektroforézy I. Separační metoda využívající různé pohyblivosti různých iontů (složek směsi) ve stejnosměrném
VíceMolekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014
Molekulárně biologické metody v mikrobiologii Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Harmonogram 1. den Izolace DNA 2. den Měření koncentrace DNA spektrofotometricky, real-time PCR 3. den Elektroforéza Molekulární
VíceMetody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
VíceStručný úvod ke cvičnému programu purifikace proteinů:
Stručný úvod ke cvičnému programu purifikace proteinů: zopakovaní základních principů a postupů Mirka Šafaříková Tel. 38777 5627 mirkasaf@usbe.cas.cz Na Sádkách 7, 1. patro, č. dveří 140 Acidobazické rovnováhy
VíceSbohem, paní Bradfordová
Sbohem, paní Bradfordová aneb IČ spektroskopie ve službách kvantifikace proteinů Mgr. Stanislav Kukla Merck spol. s r. o. Agenda 1 Zhodnocení současných možností kvantifikace proteinů Bradfordové metoda
VíceIzolace nukleových kyselin
Izolace nukleových kyselin Požadavky na izolaci nukleových kyselin V nativním stavu z přirozeného materiálu v dostatečném množství požadované čistotě. Nukleové kyseliny je třeba zbavit všech látek, které
VíceAPLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
APLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY Princip: migrace elektricky nabitých částic v elektrickém poli Druhy iontů: +, -, obojaký (zwitterion), vícenásobný Typy migrace: a) přímá migrují ionty analytů b) nepřímá
VíceObsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování
Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování Protein Gel Electrophoresis Kit obsahuje veškerý potřebný materiál provádění vertikální polyakrilamidové gelové elektroforézy. Experiment provádějí
VíceNázev: Vypracovala: Datum: Zuzana Lacková. záleží na tom, co chceme dělat 1) METHALOTIONEIN 2) GFP
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/323 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace, které
VíceSeminář izolačních technologií
Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html
VíceELEKTROFORETICKÉ METODY
ELEKTROFORETICKÉ METODY ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE AMINOKYSELIN NA PAPÍROVÉM NOSIČI Aminokyseliny lze rozdělit elektroforézou na papíře. Protože molekulová hmotnost jednotlivých aminokyselin není příliš
VíceSeparační metody SEPARAČNÍ (DĚLÍCÍ) METODY CHROMATOGRAFIE ROZDĚLENÍ SEPARAČNÍCH METOD. www.natur.cuni.cz/~suchan. Jana Sobotníková
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra analytické chemie Separační metody Jana Sobotníková tel.: 221951230 e-mail: jana.sobotnikova@natur.cuni.cz www.natur.cuni.cz/~suchan *přednášky
VíceIdentifikace mikroorganismů pomocí sekvence jejich genu pro 16S rrna
Praktická úloha Identifikace mikroorganismů pomocí sekvence jejich genu pro 16S rrna Pro spolehlivou identifikaci mikroorganismů pomocí genetických metod se velmi často využívá stanovení nukleotidové sekvence
Vícemobilní fáze pohyblivá - obsahuje dělené látky, které mají různou afinitu ke stacionární fázi.
separační metody Chromatografické metody Distribuce látky mezi dvě fáze: stacionární fáze nepohyblivá - ukotvený materiál mobilní fáze pohyblivá - obsahuje dělené látky, které mají různou afinitu ke stacionární
VíceTypy molekul, látek a jejich vazeb v organismech
Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Organismy se skládají z molekul rozličných látek Jednotlivé látky si organismus vytváří sám z jiných látek,
VíceBÍLKOVINY STANOVENÍ HRUBÝCH BÍLKOVIN 1. NEPŘÍMÉ METODY
BÍLKVINY Kvantitativní stanovení bílkovin - hrubá bílkovina - čistá bílkovina - travitelná bílkovina Stanovení aminokyselinového složen ení bílkovin - esenciální aminokyseliny - reaktivní kyseliny - limitující
VíceNázev: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace,
VíceCHROMATOGRAFIE ÚVOD Společný rys působením nemísících fází: jedna fáze je nepohyblivá (stacionární), druhá pohyblivá (mobilní).
CHROMATOGRAFIE ÚOD Existují různé chromatografické metody, viz rozdělení metod níže. Společný rys chromatografických dělení: vzorek jako směs látek - složek se dělí na jednotlivé složky působením dvou
VíceSeparační metody. Jana Sobotníková. přednášky též ke stažení v SIS nebo Moodle
Separační metody Jana Sobotníková e-mail: jana.sobotnikova@natur.cuni.cz www.natur.cuni.cz/~suchan přednášky též ke stažení v SIS nebo Moodle SEPARAČNÍ (DĚLÍCÍ) METODY založeny (většinou) na rozdílné distribuci
VíceElektroforéza - I (v klasickém provedení)
Elektroforéza - I (v klasickém provedení) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Elektroforéza B.D.Hames, D.Rickwood - Gel electrophoresis of proteins, Practical approach,
VíceLiteratura Anzenbacher,, Kovář : Metody chemického výzkumu pro biochemiky. MŠ Praha, Ferenčík, Škárka : Biochemická laboratorní technika. Alfa B
Metody separace proteinů Literatura Anzenbacher,, Kovář : Metody chemického výzkumu pro biochemiky. MŠ Praha, 1986. Ferenčík, Škárka : Biochemická laboratorní technika. Alfa Bratislava 1981. Literatura
VíceChromatografie. Petr Breinek
Chromatografie Petr Breinek Chromatografie-I 2012 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální dělení složek analyzované směsi mezi dvěma fázemi. Pohyblivá fáze (mobilní), eluent Nepohyblivá
VíceZáklady analýzy potravin Přednáška 8. Důvody pro analýzu bílkovin v potravinách. určování původu suroviny, autenticita výrobku
BÍLKOVINY Důvody pro analýzu bílkovin v potravinách posuzování nutriční hodnoty celkový obsah bílkovin aminokyselinové složení bílkoviny, volné aminokyseliny obsah cizorodých nebo neplnohodnotných bílkovin
VícePříprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253
Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Část 9 Adsorpční chromatografie: Chromatografie v normálním módu Tento chromatografický mód je vysvětlen na silikagelu jako nejdůležitějším
VíceÚvod k biochemickému. mu praktiku. Vladimíra Kvasnicová
Úvod k biochemickému mu praktiku Vladimíra Kvasnicová organizace praktik pravidla bezpečné práce v laboratoři laboratorní vybavení práce s automatickou pipetou návody: viz. aplikace Výuka automatická pipeta
VíceInovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie CZ.1.07/2.2.00/
Dělení bílkovin pomocí diskontinuální elektroforézy v polyakrylamidovém gelu (PAGE) Při elektroforéze dochází k pohybu (migraci) iontů v elektrickém poli. Elektroforetické metody se tedy používají k separaci
VíceElektroforéza Sekvenování
Elektroforéza Sekvenování Výsledek PCR Elektroforéza V molekulární biologii se používá k separaci nukleových kyselin a bílkovin Principem je pohyb nabitých molekul v elektrickém poli Gelová, polyakrylamidová
VíceIonexová chromatografie
Ionexová chromatografie Určena pro separaci látek nesoucích kladný nebo záporný náboj Afinita iontů k ionexu závisí na velikosti náboje V případě proteinů hraje zásadní roli ph! Princip ionexové chromatografie
VíceVysokoúčinná kapalinová chromatografie
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie HPLC High Performance Liquid Chromatography Vysokoúčinná...X... Vysoceúčinná kapalinová chromatografie RRLC Rapid Resolution Liquid Chromatography Rychle rozlišovací
VíceElektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE
Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE je jednoduchá, rychlá a reprodukovatelná metoda pro kvalifikovanou charakterizaci a srovnání bílkovin.tato metoda separuje
VíceVYSOKOÚČINNÁ KAPALINOVÁ CHROMATOGRAFIE (HPLC) HPLC = high performance liquid chromatography high pressure liquid chromatography
VYSOKOÚČINNÁ KAPALINOVÁ CHROMATOGRAFIE (HPLC) HPLC = high performance liquid chromatography high pressure liquid chromatography Separační principy kapalinové chromatografie adsorpce: anorg. sorbenty Al
VícePrincipy chromatografie v analýze potravin
Principy chromatografie v analýze potravin živočišného původu p Ivana Borkovcová Ústav hygieny a technologie mléka FVHE VFU Brno, borkovcovai@vfu.cz Úvod, základní pojmy chromatografické systémy dělení
VíceMETODY STUDIA PROTEINŮ
METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání
VíceWestern blotting. 10% APS 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl
Western blotting 1. Příprava gelu složení aparatury hustotu gelu volit podle velikosti proteinů příprava rozdělovacího gelu: 10% 12% počet gelů 1 2 4 1 2 4 objem 6 ml 12 ml 24 ml 6 ml 12 ml 24 ml 40% akrylamid
VíceZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332
Animovaná chemie Top-Hit Analytická chemie Analýza anorganických látek Důkaz aniontů Důkaz kationtů Důkaz kyslíku Důkaz vody Gravimetrická analýza Hmotnostní spektroskopie Chemická analýza Nukleární magnetická
VíceImunochemické metody. na principu vazby antigenu a protilátky
Imunochemické metody na principu vazby antigenu a protilátky ANTIGEN (Ag) specifická látka (struktura) vyvolávající imunitní reakci a schopná vazby na protilátku PROTILÁTKA (Ab antibody) molekula bílkoviny
VíceÚvod k biochemickému praktiku. Pavel Jirásek
Úvod k biochemickému praktiku Pavel Jirásek Úvodní informace 4 praktika B1 B2 B3 B4 4 týdny 8 pracovních stolů rozdělení kruhu do 8 pracovních skupin (v každé 2-3 studenti) Co s sebou na praktika plášť
VíceÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE 1.LF UK. Elektroforesa. v biochemii. Jan Pláteník. (grafická úprava obrázků Richard Buchal)
ÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE 1.LF UK Elektroforesa v biochemii Jan Pláteník (grafická úprava obrázků Richard Buchal) 2007/2008 Pojem elektroforesa znamená jakoukoliv experimentální techniku, založenou na pohybu
VíceIzolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie
Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie IZOLACE GENOMOVÉ DNA Deoxyribonukleová kyselina (DNA) představuje základní genetický materiál většiny
VíceSPE je metoda vhodná pro rychlou přípravu vzorků, která užívá
Extrakce na pevné fázi (SPE) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Extrakce na pevné fázi (SPE) (Solid Phase Extraction) SPE je metoda vhodná pro rychlou přípravu vzorků,
Více1. Metodika. Protokol č. F1-4 Metodika: Srovnávací analýza efektivity přípravy rekombinantního proteinu ve fermentoru
Protokol č.: F1-4 Datum: 20.12.2010 Metodika: analýza efektivity přípravy výběr z výsledků ze zkušebních provozů výroby antigenů. Vypracoval: Ing. Václav Filištein, Mgr. Tereza Chrudimská, Spolupracující
VícePrůtokové metody (Kontinuální měření v proudu kapaliny)
Průtokové metody (Kontinuální měření v proudu kapaliny) 1. Přímé měření: analyzovaná kapalina většinou odvětvena + vhodný detektor 2. Kapalinová chromatografie (HPLC) Stanovení po předchozí separaci 3.
VíceVYLUČOVACÍ CHROMATOGRAFIE. Jana Sobotníková
VYLUČOVACÍ CHROMATOGRAFIE Jana Sobotníková Vylučovací chromatografie (Size Exclusion Chromatography, SEC) gelová filtrační chromatografie (GFC), gelová permeační chromatografie (GPC), gelová chromatografie,
VícePulzní gelová elektroforéza Při konvenční gelové elektroforéze je rozdělení molekul je podmíněno rychlejším průchodem menších molekul pórovitou
Pulzní gelová elektroforéza Při konvenční gelové elektroforéze je rozdělení molekul je podmíněno rychlejším průchodem menších molekul pórovitou strukturou gelové matrice. Tento princip separace se uplatňuje
VícePROTOKOL WESTERN BLOT
WESTERN BLOT 1. PŘÍPRAVA ELEKTROFORETICKÉ APARATURY Saponátem a vodou se důkladně umyjí skla, plastové vložky a hřebínek, poté se důkladně opláchnou deionizovanou/destilovanou vodou a etanolem a nechají
VíceMetody izolace a purifikace antigenů a protilátek IMUNOCHEMIE. Separační metody. Cíl izolace. Zuzana Bílková. Rozbíjení buněk, tkání, homogenizace
Cíl izolace Metody izolace a purifikace antigenů a protilátek Ověření účinnosti separace, čistoty a charakterizace produktů IMUNOCHEMIE Získání biopolymeru (proteiny, polysacharidy, glykoproteiny.) definované
VíceUrčení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách
Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho
Více2) Připravte si 3 sady po šesti zkumavkách. Do všech zkumavek pipetujte 0.2 ml roztoku BAPNA o různé koncentraci podle tabulky.
CVIČENÍ Z ENZYMOLOGIE 1) Stanovení Michaelisovy konstanty trypsinu pomocí chromogenního substrátu. Aktivita trypsinu se určí změřením rychlosti hydrolýzy chromogenního substrátu BAPNA (Nα-benzoyl-L-arginin-p-nitroanilid)
VíceSeparační metody používané v proteomice
Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně
VíceIzolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD..
Izolace RNA doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD.. Metodiky izolace RNA celková buněčná RNA ( total RNA) zahrnuje řadu typů RNA, které se mohou lišit svými fyzikálněchemickými vlastnostmi a tedy i nároky na jejich
VíceSeparační metody v analytické chemii. Kapalinová chromatografie (LC) - princip
Kapalinová chromatografie (LC) - princip Kapalinová chromatografie (Liquid chromatography, zkratka LC) je typ separační metody, založené na rozdílné distribuci dělených látek ve směsi mezi dvě různé nemísitelné
VíceKATALOG DIAGNOSTICKÝCH SETŮ S K A L A B 2018
KATALOG DIAGNOSTICKÝCH SETŮ S K A L A B 2018 set Princip Objem Cena Hořčík 600 A (Mg 600 A) 104 Hořečnaté ionty reagují v prostředí trisového pufru při ph = 8,8 s arsenazem III za vzniku stabilního modrého
VíceSekunda (2 hodiny týdně) Chemické látky a jejich vlastnosti Směsi a jejich dělení Voda, vzduch
Sekunda (2 hodiny týdně) Chemické látky a jejich vlastnosti Směsi a jejich dělení Voda, vzduch Atom, složení a struktura Chemické prvky-názvosloví, slučivost Chemické sloučeniny, molekuly Chemická vazba
Více2) Připravte si 7 sad po pěti zkumavkách. Do všech zkumavek pipetujte 0.2 ml roztoku BAPNA o různé koncentraci podle tabulky.
CVIČENÍ Z ENZYMOLOGIE 1) Stanovení Michaelisovy konstanty trypsinu pomocí chromogenního substrátu. Aktivita trypsinu se určí změřením rychlosti hydrolýzy chromogenního substrátu BAPNA (Nα-benzoyl-L-arginin-p-nitroanilid)
VíceAfinitní kapilární elektroforéza
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Afinitní kapilární elektroforéza Věra Pacáková a Tereza Vařilová PřF UK Praha Obsah 1. Úvod
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VícePražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
VíceŘEŠENÍ. PÍSEMNÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKOUŠKY Z CHEMIE Bakalářský studijní obor Bioorganická chemie a chemická biologie 2016
ŘEŠENÍ Kód uchazeče.. Datum.. PÍSEMNÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKOUŠKY Z CHEMIE Bakalářský studijní obor Bioorganická chemie a chemická biologie 016 1 otázek Maximum 60 bodů Při výběru z několika možností je jen
VícePříprava vzorků pro proteomickou analýzu
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu
Více1. Příloha 1 Návod úlohy pro Pokročilé praktikum z biochemie I
1. Příloha 1 Návod úlohy pro Pokročilé praktikum z biochemie I Vazba bromfenolové modři na sérový albumin Princip úlohy Albumin má unikátní vlastnost vázat menší molekuly mnoha typů. Díky struktuře, tvořené
VícePÍSEMNÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKOUŠKY Z CHEMIE Bakalářský studijní obor Bioorganická chemie a chemická biologie 2016
Kód uchazeče.. Datum.. PÍSEMNÁ ČÁST PŘIJÍMACÍ ZKOUŠKY Z CHEMIE Bakalářský studijní obor Bioorganická chemie a chemická biologie 016 1 otázek Maximum 60 bodů Při výběru z několika možností je jen jedna
VíceSeparační metody Historie: Rozvoj separačních metod od minulého století Postavení separačních metod v rámci analytické chemie Význam chromatografie a
Úvod do separačních metod pro analýzu léčiv Příprava předmětu byla podpořena projektem OPP č. CZ..7/3..00/3353 Separační metody Historie: Rozvoj separačních metod od minulého století Postavení separačních
VíceFluorescenční sondy. Fluorescenční sondy. Indikátory pro anorganické ionty. Fluorescenční sondy pro využití v analytické chemii, medicíně a biologii
Fluorescenční sondy Fluorescenční sondy vnější fluorofory, které se ke sledovaným molekulám, iontům, atd. váží nekovalentní vazbou změna fluorescenční vlastností (intenzita emise, posun emisního maxima,
VíceTeorie chromatografie - I
Teorie chromatografie - I Veronika R. Meyer Practical High-Performance Liquid Chromatography, Wiley, 2010 http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780470688427 Příprava předmětu byla podpořena projektem
VíceKapalinová chromatografie - LC
Kapalinová chromatografie - LC Fyzikálně-chemická metoda dělení kapalin (roztoků) využívající rozdělování složky mezi dvě nestejnorodé fáze, nepohyblivou (stacionární) a pohyblivou (mobilní), přičemž pohyblivou
VíceADSORPČNÍ CHROMATOGRAFIE (LSC)
EXTRAKCE TUHOU FÁZÍ ADSORPČNÍ CHROMATOGRAFIE (LSC) -rozdělení směsi látek (primární extrakt) na sloupci sorbentu ve skleněné koloně s fritou (cca 50 cm x 1 cm) -obvykle jde o selektivní adsorpci nežádoucích
VíceTeorie chromatografie - II
Teorie chromatografie - II Příprava předmětu byla podpořena projektem OPP č. CZ.2.17/3.1.00/33253 2.2 Interakce mezi molekulami Mezi elektroneutrálními molekulami působí slabé přitažlivé síly, které sdružují
Více1. ročník Počet hodin
SOUSTAVY LÁTEK A JEJICH SLOŽENÍ rozdělení přírodních látek a vlastnosti chemických látek soustavy látek a jejich složení STAVBA ATOMU historie pohledu na atom složení a struktura atomu stavba atomu VELIČINY
VíceHydrofobní chromatografie
Hydrofobní chromatografie Hydrofobicita proteinu insulin malwmrllpl lallalwgpd paaafvnqhl cgshlvealy lvcgergffy tpktrreaed lqvgqvelgg gpgagslqpl alegslqkrg iveqcctsic slyqlenycn vliv soli na protein Stacionární
VíceRozpustnost Rozpustnost neelektrolytů
Rozpustnost Podobné se rozpouští v podobném látky jejichž molekuly na sebe působí podobnými mezimolekulárními silami budou pravděpodobně navzájem rozpustné. Př.: nepolární látky jsou rozpustné v nepolárních
VíceOpakování
Slabé vazebné interakce Opakování Co je to atom? Opakování Opakování Co je to atom? Atom je nejmenší částice hmoty, chemicky dále nedělitelná. Skládá se z atomového jádra obsahujícího protony a neutrony
VíceRepetitorium chemie IX (2016) (teorie a praxe chromatografie)
Repetitorium chemie IX (2016) (teorie a praxe chromatografie) Chromatografie Podstatou je rozdělování složek směsi dávkovaného vzorku mezi dvěma fázemi Stacionární fáze je nepohyblivá (silikagel, celulóza,
VíceDETEKTORY pro kapalinovou chromatografii. Izolační a separační metody, 2018
DETEKTORY pro kapalinovou chromatografii Izolační a separační metody, 2018 Detektory v kapalinové chromatografii Typ detektoru Zkratka Měřená veličina Refraktometrický detektor RID index lomu Spektrofotometrický
VícePříprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253
Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Část 14 Iontově výměnná chromatografie Iontově výměnná chromatografie se používá pro separaci aminokyselin od roku 1956. Jak z pohledu
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceLátky obsahují aminoskupinu
Látky obsahují aminoskupinu pro aminy a aminokyseliny se běžně používají derivatizace (viz kapitola o derivatizaci), peptidy lze detekovat přímo při krátkých UV vlnových délkách (amidická vazba 200 nm),
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceIONOSEP v analýze vody. Využití analyzátorů IONOSEP pro analýzu vod. Doc. Ing. František KVASNIČKA, CSc.
Využití analyzátorů IONOSEP pro analýzu vod Doc. Ing. František KVASNIČKA, CSc. IONOSEP v analýze vody Kapilární isotachoforesa nebo její kombinace se zónovou elektroforesou je svými vlastnostmi velmi
Více