Praktický kurz. Moderní biofyzikální přístupy v experimentální biologii

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Praktický kurz. Moderní biofyzikální přístupy v experimentální biologii"

Transkript

1 Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Praktický kurz Moderní biofyzikální přístupy v experimentální biologii Místo konání: Brno, Univerzitní kampus Bohunice blok A2, seminární místnost 1.21 Datum: Začátek vždy v 9:00 Vedoucí kurzu: Mgr. Ctirad Hofr Ph.D Kurz je organizován v rámci projektu OP VK Moderní biofyzikální metody: pokročilé vzdělávání v experimentální biologii registrační číslo CZ.1.07/2.3.00/

2 Měření spektrálních charakteristik a stanovení koncentrace DNA a proteinů Spektroskopie v UV oblasti umožňuje stanovit koncentraci a čistotu biologických molekul. Molekuly DNA mají absorpční maximum kolem 260 nm, molekuly proteinů kolem 280 nm. Pro přímé spektrální určení koncentrace se využívá Lambert-Beerova zákona pro monochromatické světlo, který lze zapsat ve tvaru A = c.ε za předpokladu, že měříme v 1 cm kyvetě a známe extinkční koeficient ε, který má jednotku [M -1 cm -1 ] pro molární koncentraci nebo [ml.mg -1 cm -1 ] pro koncentraci v mg/ml. V případě, že neznáme extinkční koeficient, můžeme pro určení koncentrace DNA o vysoké molekulární hmotnosti použít zjednodušeného předpokladu, že roztok dvouřetězcové DNA o absorbanci 1 má koncentrací 50 µg/ml a pro převod na molární koncentraci nukleotidu DNA pak vztah 320 µg/ml = 1 mm. Pro určení koncentrace proteinů spektroskopicky lze využít absorbance proteinů při 280 nm. Jestliže známe primární sekvenci aminokyselin proteinu, lze extinkční koeficient vypočítat změřené absorbance pak určíme koncentraci proteinu. Znalost extinkčního koeficientu není nutná v případě univerzální Bradfordové metody. Bradfordové metoda je v současnosti nejrozšířenější způsob určování koncentrace proteinu. Bradfordové metoda využívá posunu absorpčního maxima Coomasie Blue po vazbě na protein. Za použití kalibrační křivky se známou koncentrací proteinu lze určit skutečnou koncentraci neznámého proteinu nebo směsi proteinů. Materiál DNA (Salmon sperm) Oligonukleotid CNF2_Bot (5 GTTATCCTTTGAGGGTTTAG) BSA (hovězí sérový albumin; = ml mg -1 cm -1, MW = 66430) TE pufr Bardford reagent (BioRad) Kyvety a spektrofotometr DNA 1. Připravte roztok DNA v TE pufru ze zásobního roztoku o přibližné koncentraci 7,5 mg/ml tak, aby bylo možno přesně určit koncentraci DNA. 2. Změřte absorpční spektrum DNA v rozsahu vlnových délek 220 až 350 nm. 3. Určete polohu absorpčního maxima. 4. Stanovte přesnou koncentraci DNA v zásobním roztoku z hodnoty absorbance naředěného roztoku při 260 nm. Koncentraci vyjádřete v mg/ml a v OD/mL. 5. Nařeďte roztok oligonukleotidu v TE pufru ze zásobního roztoku o přibližné koncentraci 0,02 mg/ml tak, aby bylo spektroskopicky možno přesně stanovit jeho koncentraci. 6. Na základě zadané sekvence oligonukleotidu stanovte extinkční koeficient 260 a spektroskopicky určete jeho koncentraci. 7. Porovnejte spektrum oligonukleotidu se spektrem fluorescenčně značeného oligonukleotidu v rozsahu vlnových délek 220 až 600 nm.

3 Protein UV spektroskopie 1. Připravte roztok BSA v TE pufru ze zásobního roztoku o přibližné koncentraci 10 mg/ml tak, aby bylo možno přesně určit koncentraci BSA. 2. Změřte absorpční spektrum BSA v rozsahu vlnových délek 240 až 350 nm. 3. Určete polohu absorpčního maxima. 4. Stanovte přesnou molární koncentraci BSA v zásobním roztoku z hodnoty absorbance naředěného roztoku při 280 nm. Bradfordové metoda 1. Připravte standardní kalibrační křivku pro měření koncentrace proteinu Bradfordové metodu. 2. Změřte koncentraci BSA pomocí této metody. 3. Vezměte roztok reakčního Bradfordové činidla z lednice a nechte jej zahřát na pokojovou teplotu a promíchejte. 4. Připravte roztoky blanku a standardů BSA o celkovém objemu 1mL do mikrozkumavek tak, že do 980 µl reakčního Bradfordové činidla přidejte vždy 20 µl TE pufru nebo 20 µl mg/ml, 0.25 mg/ml, 0.5 mg/ml, 0.75 mg/ml, 1 mg/ml a 1.5 mg/ml standardů. Současně připravte stejným způsobem roztok neznámého vzorku. 5. Všechny roztoky dobře promíchejte a nechte inkubovat 5 min při pokojové teplotě. Inkubace by neměla přesáhnout 1h. 6. Nastavení spektrofotometru Protein assay Bradford STD Curve Units: mg/ml tlačítko MORE Create table vypsat hodnoty koncentrací standardů od nejmenší Entry Done Změřte absorbanci blanku Změřte absorbanci roztoku standardů. Při měření postupujte od nejnižší koncentrace standardu k nejvyšší. Po posledním standardu se vytvoří kalibrační křivka. 7. Změnit rovnici: Next formula Entry Done 8. Změřit absorbanci blanku, jednoho standardu (pro kontrolu) a poté neznámého vzorku a pomocí kalibrační křivky určete jeho koncentraci. 9. Porovnejte hodnoty koncentrace zásobního roztoku BSA určené spektroskopicky při 280 nm a pomocí Bradfordové metody.

4 Vlastní fluorescence proteinů Vlastní fluorescenci proteinů je způsobena aromatickými aminokyselinami v nich obsaženými: tryptofanem (Trp), tyrozinem (Tyr) a fenylalaninem (Phe). Dominující je fluorescence tryptofanu, naopak prakticky vůbec se neuplatňuje fenylalanin. V této úloze jsou změřena fluorescenční excitační a emisní spektra albuminu a čistého tryptofanu, tyrozinu a fenylalaninu. Vlastnosti L-tryptofanu MW = 204,23 absorpční maximum: λ exmax = 295 nm fluorescenční emisní maximum: λ emmax = 353 nm emise Trp je vysoce závislá na polaritě a okolním prostředí Vlastnosti L-tyrozinu MW = 181,19 absorpční maximum: λ exmax = 275 nm fluorescenční emisní maximum: λ emmax = 304 nm emise Tyr je relativně málo citlivá na polaritu rozpouštědla Vlastnosti L-fenylalaninu MW = 165,19 absorpční maximum: λ exmax = 260 nm fluorescenční emisní maximum: λ emmax = 282 nm emise Phe je strukturovaná Fluorescence proteinů je obvykle excitována při 280 nm nebo při delších vlnových délkách, takže fenylalanin není ve většině experimentů excitován. Navíc je kvantový výtěžek fluorescence Phe velmi malý (kolem 0,02). Tryptofanovou fluorescenci v proteinech lze selektivně excitovat při nm. Materiál L-tryptofan (Applichem), L-tyrozin (Applichem), L-fenylalanin (Applichem) Hovězí sérový albumin (MW = 69000) pufr A (120 mmol/l NaCl, 10 mmol/l KCl, 30 mmol/l Tris HCl, ph 7,4) skleněné zkumavky, mikropipety, Postup 1. Připravte zásobní roztoky 10 mm Trp, 2 mm Tyr, 10 mm Phe a 0,25 mmol/l albuminu v pufru A. 2. Pro vlastní měření je nařeďte pufrem A na koncentrace 5 µμ Trp, 20 µm Tyr, 200 µm Phe a 0.6 µm albuminu. 3. Změřte excitační a emisní spektra vzorků za podmínek uvedených v tabulce.

5 excitační spektrum emisní spektrum λ em (nm) λ ex (nm) λ ex (nm) λ em (nm) L-tryptofan L-tyrozin L-fenylalanin albumin Výsledky Změřená excitační a emisní spektra vlastní fluorescence tryptofanu (Trp), tyrozinu (Tyr), fenylalaninu (Phe) a albuminu v pufru A jsou na Obr.1 a Obr 2. Z výsledných spekter je zřejmé, že prakticky veškerá vlastní fluorescence albuminu pochází od tryptofanu. Měření byla provedena na spektrofluorometru FluoroMax-4. Intenzita fluorescence 1.2x x x x x x PHE ALB TRP TYR λ (nm) Obr. 1 Excitační spektra 5 µm Trp (λ em = 350 nm), 20 µm Tyr (λ em = 300 nm), 200µM Phe (λ em = 280 nm) a 0.6 µm albuminu (λ em = 350 nm). 1.2x x10 6 ALB TRP Intenzita fluorescence 8.0x x x x10 5 PHE TYR λ (nm) Obr. 2 Emisní spektra 5 µm Trp (λ ex = 280 nm), 20 µm Tyr (λ ex = 270 nm), 200 µm Phe (λ ex = 250 nm) a 0.6 µm albuminu (λ ex = 280 nm).

6 Vliv ph a teploty na spektrální vlastnosti fluoroforů V tomto experimentu je ukázán vliv ph na fluorescenci a absorpci fluorescenční značky fluoresceinu rozpuštěné ve stejné koncentraci v roztocích o různém ph. Je rovněž demonstrován vliv teploty na intenzitu fluorescence. Materiál fluorescein - NIST-traceable standard - 50 µm (Molecular Probes, Invitrogen) mikrokyveta pufr 5 (20 mm MES, ph 5.0) pufr 7 (50 mm fosfát sodný, ph 7.0) pufr 9 (12.5 mm boritan sodný/kys. boritá, ph 9.0) spektrofluorometr vybavený kryostatem (chlazenou vodní lázní) Postup 1. Připravte vzorky fluoresceinu 1000x naředěním roztoku NIST standardu jeho přidáním 1,5 µl do 1499 µl roztoku pufru 5, pufru 7 a pufru Změřte excitační spektra vzorků při λ(em) = 515 nm 3. Změřte emisní spektra vzorků při λ(ex) = 488 nm 4. Změřte spektra při 20, 25 a při 37 C. F.I. (s 3/3 nm) 1,8x10 6 1,6x10 6 1,4x10 6 1,2x10 6 1,0x10 6 8,0x10 5 6,0x10 5 4,0x10 5 2,0x10 5 0, λ (nm) ph7 ph5 Obr. 1. Vliv ph na excitační a emisní spektrum fluoresceinu. Výsledky Při změně pufru z ph 7 na ph 5 a při zvýšení teploty dochází ke snížení intenzity fluorescence fluoresceinu.

7 Fluorescenční značení proteinu Fluorescenční značení proteinu bude provedeno za použití soupravy Alexa Fluor 594 Protein Labeling Kit. Proteiny značené tímto fluoroforem vykazují excitační maximum 590 nm a emisní maximum 617 nm. Alexa Fluor 594 je ve formě NHS (sukcinimidyl) esteru viz Obr. 1. Za použití následujícího postupu lze fluorescenčně naznačit 0.1 až 1 mg proteinu. Příprava proteinu Obr. 1 AlexaFluor 594 Pro optimální efektivitu značení by měl být protein ve fosfátovém pufru bez amonných inontů a primárních aminů. V případě, že protein je v jiném pufru (Trisový, glycinový), je možno dialýzou pufr změnit. Výsledná koncentrace roztoku proteinu na značení by měla být 2 mg/ml. Materiál Alexa Fluor 594 Mikrozkumavka s magnetickým míchadlem Roztok proteinu ve fosfátovém pufru (Thyroglobulin, MW = , extinkční koeficient ε = M -1 cm -1, zásobní koncentrace 10 mg/ml) 1M roztok hydrogenuhličitanu sodného (NaHCO 3, MW = 84), 1ml Fosfátový pufr (50 mm NaCl, 50 mm fosfát sodný) Kolona s náplní Sephadex G-25 Značení proteinu 1. Do mikrokyvety napipetujte 50 µl roztoku proteinu (c= 10 mg/ml). Jestliže je koncentrace proteinu vyšší než 2 mg/ml, roztok se naředí přidáním fosfátového pufru na výslednou koncentraci 2 mg/ml. 2. (Zkumavku s fluorescenční značkou nechte zahřát na laboratorní teplotu. Přidejte 100 µl 1M NaHCO 3 a promíchejte pipetováním nahoru a dolů.) Odpipetujte 50 µl roztoku fluorescenční barvičky do mikrozkumavky s proteinem a promíchejte pipetováním nahoru a dolů. 3. Vše nechte míchat v mikrozkumavce s magentickým míchadlem po dobu 30 minut při laboratorní teplotě.

8 minut před koncem inkubace připravte kolonu pro separaci proteinu a nenavázané fluorescenční značky. Purifikace proteinu Náplň kolony Sephadex G-25 umožňuje gelovou filtrací oddělit nenavázanou fluorescenční značku od proteinu podle rozdílné velikosti a molekulové hmotnosti. 1. Kolonu umístěte do stojánku, odstraňte víčko a zátku a nechte obsah kolony vykapat. 2. Promyjte kolonu 5 ml fofátového pufru. 3. Opatrně naneste reakční směs proteinu a značky pipetou do středu kolony. Použijte 100 µl fosfátového pufru k vypláchnutí mikrozkumavky s reakční směsí a opět naneste na kolonu. Roztok nechte zaputovat do kolony. 4. Po 1 ml přidávejte fosfátový pufr. Postupně jímejte frakce vytékající z kolony do mikrozkumavek po 1 ml. Po cca 2-3 ml začíná vytékat značený protein. Zachyťte značený protein do jedné frakce. 5. Vzorek (frakci se zachyceným značeným proteinem) proměřte na spektrofotometru. Na základě absorpčního spektra určete, jaké množství proteinu bylo naznačeno a jaký je stupeň značení. Nastavení spektrofotometrů: NanoDrop: Functions Wave scan interval vlnových délek ( nm) vložte kyvetu s blankem Blank vložte kyvetu se vzorkem Sample Options Graph scale upravit rozsah osy y, aby byly píky viditelné Helios: Scan Start (260 nm) Stop (600 nm) Bandwidth (2 nm) Blank vložte kyvetu s blankem Zero base vložte kyvetu se vzorkem Run Manipulate Track molární množství značky ku molárnímu množství proteinu = A 590 ředění Cm kde je molární extinkční koeficient značky Alexa Fluor 594 při 590 nm a Cm molární koncentrace proteinu

9 Fluorescenční stanovení koncentrace DNA Určení koncentrace DNA je často základním krokem při analýze biologického materiálu a je součástí mnoha laboratorních protokolů. Znalost přesné koncentrace DNA je důležitá pro celou řadu technik (např. sekvenování, klonování cdna, transkripce RNA). Koncentrace DNA je nejčastěji měřena UV spektroskopií, určením hodnoty absorbance při 260 nm (Abs 260 = 1 pro dvouřetězcovou DNA o koncentraci 50 µg/ml; v 1 cm kyvetě). Ke kvantifikaci nižších koncentrací DNA, než jsou detekovatelné za použití UV spektroskopie lze použít fluorescenční sondy, které se vážou na dvouřetězcovou DNA a vykazují několikanásobný nárust intenzity fluorescence po navázání. K sondám, které lze použít ke stanovení koncentrace DNA patří GelStar. Tato fluorescenční sonda má excitační maximum kolem 493 nm a emituje v oblasti 530 nm. Materiál Spektrofluorometr Mikrokyveta (2 ml) Roztok DNA (Salmon sperm) GelStar (10000x) 1X TE pufr Destilovaná voda Příprava roztoků 1 X TE: 10 mm Tris-HCl 1 mm EDTA ph 8,0 100x GelStar 2 µl zásobního x koncentrovaného roztoku GelStar naředit na objem 200 µl 1x TE pufrem Standardní roztok DNA Abs 260 = 0,378 koncentrace =? Vytvoření standardní křivky 1. Připravit následná ředění roztoku DNA v 1X TE s koncentrací: 5 ng/µl, 2,5 ng/µl, 1,25 ng/µl, 0,625 ng/µl, 0,3125 ng/µl po 1mL)

10 2. Připravit blank: 1 ml 1x TE pufru 3. Přidat vždy 20 µl 100x GelStar roztoku a 980 µl 1xTE pufru ke každé koncentraci 1mL standardního roztoku DNA a blanku. Promíchat a pipetovat do mikrokyvety. Celková koncentrace DNA standardu v kyvetě je nyní poloviční (2,50, 1,25,... ng/ µl) 4. Všechny standardy a vzorky s GelStar uchovejte v temnu až do měření. 5. Zapněte spektrofluorometr podle návodu. 6. Spusťte program Logger Pro Změřte intenzitu fluorescence Experiment Change units Spectrometer Fluorescence excitační vlnová délka 8. Změřte nejdříve intenzitu fluorescence blanku, následně standardy: Vložte kyvetu, měření spustíte tlačítkem Collect a zastavíte Stop 9. Hodnoty intenzity zapište do tabulky a vyneste do grafu hodnoty intenzity fluorescence standardů na koncentraci vzorku. Měření neznámého vzorku 1. Nařeďte neznámý vzorek v 1x TE na celkový objem 1mL. 2. Přidejte 20 µl 100x GelStar a 980 µl 1xTE pufru. 3. Změřte intenzitu fluorescence neznámého vzorku. 4. Určete podle standardní křivky koncentraci DNA v neznámém vzorku. Výsledky Stanovení koncentrace DNA v neznámém vzorku.

11 Stanovení koncentrace DNA a RNA pomocí mikrofluorometru Materiál: Quant-iT dsdna BR Assay Kit, Quant-iT ssdna BR Assay Kit, Quant-iT RNA Assay Kit Standardy dsdna, ssdna a RNA Vzorek dsdna, ssdna a RNA o neznámé koncentraci Real-time PCR mikrozkumavky Mikrofluorometr Qubit (Invitrogen) Postup: 1. Připravte si cca 1 ml Working solution smícháním Quant-iT reagent a Quant-iT buffer v poměru 1:200 zvlášť pro ssdna, dsdna a RNA 2. Připravte standardy smícháním 190 µl Working solution + 10 µl příslušného standardu #1 a #2 3. Připravte vzorek o neznámé koncentraci ve dvou mikrozkumavkách smícháním 195 µl Working solution + 5 µl vzorku 4. Standardy i vzorky krátce promíchat na vortexu (2-3 sec), opatrně - ve vzorku nesmí být bublinky!! 5. Inkubace 5-10 minut při laboratorní teplotě 6. Zapnout Qbit fluorometr, vybrat příslušnou metodu, nová kalibrace (standardy), poté změřit neznámý vzorek (2 x 3 měření) 7. Jaké jsou koncentrace neznámých vzorků? Pozn.: Měření by mělo probíhat za laboratorní teploty (22-28 C). Teplota vzorků by měla být stejná, proto nedržte zkumavku se vzorkem před měřením dlouho v ruce, po každém měření zkumavku ihned vytáhněte z přístroje a mezi jednotlivými měřeními ji ponechte inkubovat alespoň 30 sec při laboratorní teplotě.

12 Vizualizace makromolekul při elektroforetické separaci Fluorescenční značení lze využít při sledování elektroforetické migrace makromolekul. V případě, že jsou protein a DNA naznačeny rozdílnou fluorescenční značkou, lze nezávisle detekovat polohu DNA a proteinů a sledovat jejich vzájemnou interakci. Materiál DNA fragment s navázanou fluorescenční značkou Rhodamin Red X (excitace 572 nm, emise 595 nm) protein s navázanou fluorescenční značkou Alexa Fluor 488 (excitace 496 nm, emise 519 nm) roztok akrylamidu 30% (akrylamid : bisakrylamid ~ 37:1) Upozornění: Akrylamid je neurotoxin. Je nutno pracovat v rukavicích! 5X TBE (450 mm Tris, 450 mm kys. boritá, 10 mm EDTA) 30% APS (ammonium persulfate) TEMED (N, N, N -tetramethylethylendiamin) Fosfátový pufr (50 mm NaCl, 50 mm fosfát sodný) ddh 2 O n-butanol nasycený vodou (45 ml n-butanolu smíchaný s 5 ml ddh 2 O) mikrozkumavky 6x nanášecí pufr (0.15% orange G, 60% glycerol, 10 mm Tris-HCl ph 7.6, 60 mm EDTA) aparatura pro horizontální elektroforézu fluorescenční scanner FLA-7000 Postup 1. Připravte směs pro horizontální akrylamidový gel tak, že smícháte odpovídající množství zásobního roztoku akrylamidu (neurotoxin!), 5X TBE a ddh2o, aby výsledná koncentrace akrylamidu byla 5 % v 0.25X TBE a celkový objem směsi byl 80 ml. Jednotlivé složky přidávejte v pořadí: ddh 2 O, 5x TBE, dále 400 µl 30% APS a 26,4 µl TEMED a až nakonec 30% akrylamid. Dobře promíchejte, nalijte do formy a nasaďte hřebínek na 10 jamek. Směs se po nalití do formy přelije vrstvou n-butanolu, aby mohlo dojít k polymeraci bez přístupu vzduchu. Nechte 1 hodinu polymerizovat na stole. 2. Připravte roztok fluorescenčně značené DNA ve fosfátovém pufru tak, aby byla jeho výsledná koncentrace 1,5 pmol/µl (zásobní DNA: vysušených 30 pmol) 3. Ze zásobního roztoku protein o koncentraci 3,6 pmol/µl odeberte 10 µl (do mikrozkumavky číslo 9). Připravte roztok fluorescenčně značeného proteinu ve fosfátovém pufru tak, aby byla jeho koncentrace 3 pmol/µl. 4. Připravte vzorky do mikrozkumavek podle následující tabulky bez přídavku nanášecího pufru:

13 zkumavka číslo: pouze DNA DNA : protein 1:2 1:4 1:6 1:8 1:12 1:16 1:20 1:24 DNA (1,5 pmol/μl) protein (3 pmol/μl) * 1 pouze protein fosfátový pufr x nanášecí pufr * ze zásobního roztoku proteinu o koncentraci 3,6 pmol/μl 5. Nechte 10 minut inkubovat za laboratorní teploty. 6. Sestavte aparaturu pro horizontální elektroforézu a naplňte ji 0.25X TBE pufrem (cca 1,5 l). 7. Ke každému vzorku přidejte 6x nanášecí pufr podle tabulky. 8. Vložte gel do elektroforetické vany. 9. Naneste vzorky na gel v pořadí jako je v tabulce. 10. Spusťte elektroforézu při napětí 40 V. Po 30 minutách zvyšte napětí na 80 V a nechte pokračovat dalších 60 minut. 11. Detekujte fluorescenci značené DNA na fluorescenčním scanneru s nastavením budícího záření a detekčního filtru na Rhodamin red-x [ROX]. 12. Detekujte fluorescenci značeného proteinu na fluorescenčním scanneru s nastavením budícího záření a detekčního filtru na Alexa fluor [FITC]. 13. Porovnejte obě výsledná zobrazení a určete oblasti, ve kterých se vyskytují komplexy vzniklé vazbou proteinu na DNA. Obr. 1 Příklad překryvu zobrazení při různém fluorescenčním značení DNA a proteinu

14 Studium vazby molekul za použití anizotropie fluorescence Změna anizotropie fluorescence je používána při popisu vzájemné interakce molekul. V případě, že se fragment DNA s fluorescenční značkou volně pohybuje (rotuje) v roztoku, je pozorovaná anizotropie relativně nízká. V případě, že dojde ke vzniku komplexu DNA a proteinu, dochází k výraznému snížení pohyblivosti DNA s fluorescenční značkou, což má za následek zvýšení anizotropie fluorescence. Při titrování roztoku fluorescenčně značené DNA roztokem DNA-vazebného proteinu dochází k postupné vazbě molekul proteinu na vazebná místa jednotlivých molekul DNA a tedy k postupnému zvyšování anizotropie fluorescence. Protein se na vazebná místa na DNA váže až do okamžiku, kdy je koncentrace proteinu tak vysoká, že jsou všechny molekuly DNA obsazeny. V tomto momentě anizotropie fluorescence dosáhne maximální hodnoty a přestane se dále zvyšovat. Koncetrace proteinu, při které hodnota anizotropie fluorescence tvoří 50 % maximální hodnoty, se nazývá disociační konstanta (Kd). Ta reprezentuje afinitu (sílu vazby) konkrétního proteinu k DNA. Studium změn Kd v závislosti např. na iontové síle či teplotě umožňuje získat cenné poznatky o povaze komplexu protein-dna a o mechanismu, jakým spolu obě makromolekuly interagují. Materiál 30 pmol vysušeného fragmentu DNA (GTTAGG) 4 značeného Rhodaminem Red X (λ ex = 572, λ em = 591 nm) Roztoky proteinu (lidský telomer-vazebný protein TRF1, MW = 110 kda) o koncentracích 1µM a 20µM Pufr P (20mM HEPES, 180mM KCl, 0,1mM EDTA, 3mM MgCl 2, ph 8.0) 1M DTT Spektrofluorometr vybavený polarizátory pro měření anizotropie fluorescence Mikrokyveta s magnetickým míchadlem

15 Postup 1) Resuspendovat vysušenou DNA v 1,5 ml pufru P a důkladně vortexovat. Výsledná koncentrace DNA bude 20nM. 2) Pufrem P naředit resuspendovanou DNA na 2nM, resp. 10nM roztok o objemu 1,5 ml. Přidat 1.5 µl 1M DTT. Roztok přenést do kyvety. Kyvetu při manipulaci odzátkovávat jen na nezbytně dlouhou dobu, aby bylo zamezeno vnášení částic prachu do vzorku. 3) Na fluorimetru 5x změřit anizotropii fluorescence pomocí funkce batch experiment a nastavení uloženém v souboru./redx_titrator/p0.xml (λ ex = 572 nm, λ em = 591 nm, šířka štěrbin 8/8 nm). Hodnoty anizotropie zaznamenat do tabulky v software SigmaPlot. 4) Postupně přidávat 1µM roztok proteinu tak, aby celkový objem přidaného roztoku byl 3, 5, 10, 20 a 50 µl. Po každém přídavku 5x změřit hodnotu anizotropie fluorescence a zaznamenat do tabulky v software SigmaPlot. 5) Postupně přidávat 20 µm roztok proteinu tak, aby celkový objem přidaného roztoku byl 3, 5, 10 a 20 µl. Po každém přídavku 5x změřit hodnotu anizotropie fluorescence a zaznamenat v software SigmaPlot. 6) V software SigmaPlot provést úpravu hodnot anizotropie na změnu objemu po přídavku roztoků proteinu. 7) Pomocí software SigmaPlot vynést do grafu závislost korigovaných hodnot anizotropie fluorescence na koncentraci přidaného proteinu. 8) Pomocí software SigmaPlot analyzovat křivku vazby proteinu a stanovit disociační konstantu Kd. Kd = 17 ± 1 nm Obr. 1. Závislost anizotropie fluorescence značeného fragmentu DNA na koncentraci proteinu.

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho

Více

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 8.11.2007 7 1 UV spektroskopie DNA a proteinů Všechny atomy absorbují v UV oblasti

Více

FLUORIMETRICKÉ STANOVENÍ FLUORESCEINU

FLUORIMETRICKÉ STANOVENÍ FLUORESCEINU FLUORIMETRICKÉ STANOVENÍ FLUORESCEINU návod vznikl jako součást bakalářské práce Martiny Vidrmanové Fluorimetrie s využitím spektrofotometru SpectroVis Plus firmy Vernier (http://is.muni.cz/th/268973/prif_b/bakalarska_prace.pdf)

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální

Více

Sbohem, paní Bradfordová

Sbohem, paní Bradfordová Sbohem, paní Bradfordová aneb IČ spektroskopie ve službách kvantifikace proteinů Mgr. Stanislav Kukla Merck spol. s r. o. Agenda 1 Zhodnocení současných možností kvantifikace proteinů Bradfordové metoda

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální

Více

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 Obsah soupravy a její skladování Tato souprava pro reverzní transkripci obsahuje reagencie potřebné k provedení reverzní transkripce (RT)

Více

Molekulová spektroskopie 1. Chemická vazba, UV/VIS

Molekulová spektroskopie 1. Chemická vazba, UV/VIS Molekulová spektroskopie 1 Chemická vazba, UV/VIS 1 Chemická vazba Silová interakce mezi dvěma atomy. Chemické vazby jsou soudržné síly působící mezi jednotlivými atomy nebo ionty v molekulách. Chemická

Více

PROTOKOL WESTERN BLOT

PROTOKOL WESTERN BLOT WESTERN BLOT 1. PŘÍPRAVA ELEKTROFORETICKÉ APARATURY Saponátem a vodou se důkladně umyjí skla, plastové vložky a hřebínek, poté se důkladně opláchnou deionizovanou/destilovanou vodou a etanolem a nechají

Více

Spektroskopie v UV-VIS oblasti. UV-VIS spektroskopie. Roztok KMnO 4. pracuje nejčastěji v oblasti 200-800 nm

Spektroskopie v UV-VIS oblasti. UV-VIS spektroskopie. Roztok KMnO 4. pracuje nejčastěji v oblasti 200-800 nm Spektroskopie v UV-VIS oblasti UV-VIS spektroskopie pracuje nejčastěji v oblasti 2-8 nm lze měřit i < 2 nm či > 8 nm UV VIS IR Ultra Violet VISible Infra Red Roztok KMnO 4 roztok KMnO 4 je červenofialový

Více

Měření koncentrace roztoku absorpčním spektrofotometrem

Měření koncentrace roztoku absorpčním spektrofotometrem Měření koncentrace roztoku absorpčním spektrofotometrem Teoretický úvod Absorpční spektrofotometrie je metoda stanovení koncentrace disperzního podílu analytické disperze, založená na měření absorpce světla.

Více

Úloha č. 1 Odměřování objemů, ředění roztoků Strana 1. Úkol 1. Ředění roztoků. Teoretický úvod - viz návod

Úloha č. 1 Odměřování objemů, ředění roztoků Strana 1. Úkol 1. Ředění roztoků. Teoretický úvod - viz návod Úloha č. 1 Odměřování objemů, ředění roztoků Strana 1 Teoretický úvod Uveďte vzorec pro: výpočet směrodatné odchylky výpočet relativní chyby měření [%] Použitý materiál, pomůcky a přístroje Úkol 1. Ředění

Více

chemie Stanovení isosbestického bodu bromkresolové zeleně (BKZ) Cíle Podrobnější rozbor cílů Zařazení do výuky Časová náročnost Návaznost experimentů

chemie Stanovení isosbestického bodu bromkresolové zeleně (BKZ) Cíle Podrobnější rozbor cílů Zařazení do výuky Časová náročnost Návaznost experimentů Stanovení isosbestického bodu bromkresolové zeleně (BKZ) pracovní návod s metodickým komentářem pro učitele připravil M. Škavrada chemie 20 úloha číslo Cíle Cílem této laboratorní úlohy je stanovení isosbestického

Více

Derivační spektrofotometrie a rozklad absorpčního spektra

Derivační spektrofotometrie a rozklad absorpčního spektra Derivační spektrofotometrie a rozklad absorpčního spektra Teorie: Derivační spektrofotometrie, využívající derivace absorpční křivky, je obecně používanou metodou pro zvýraznění detailů průběhu záznamu,

Více

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C Popis stripů: Pracovní postup Izolace DNA Doporučujeme použít následující kit pro izolaci DNA z plné krve nebo jiných typů vzorků: Spin Micro DNA Extraction

Více

Jednotné pracovní postupy zkoušení krmiv STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS

Jednotné pracovní postupy zkoušení krmiv STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS Národní referenční laboratoř Strana 1 STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS 1 Rozsah a účel Postup je určen pro stanovení obsahu melaminu a kyseliny kyanurové v krmivech. 2 Princip

Více

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně. Metodika byla vypracována jako výstup výzkumného záměru MZe č. 0002700602. Autor: Ing.

Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně. Metodika byla vypracována jako výstup výzkumného záměru MZe č. 0002700602. Autor: Ing. Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Optimalizovaná metodika SDS-PAGE pro analýzu LMW podjednotek gluteninů pšenice Metodika byla vypracována jako výstup výzkumného záměru MZe č. 0002700602 Autor:

Více

Koloidní zlato. Tradiční rekvizita alchymistů v minulosti sofistikovaný (nano)nástroj budoucnosti?

Koloidní zlato. Tradiční rekvizita alchymistů v minulosti sofistikovaný (nano)nástroj budoucnosti? Koloidní zlato Tradiční rekvizita alchymistů v minulosti sofistikovaný (nano)nástroj budoucnosti? Dominika Jurdová Gymnázium Velké Meziříčí, D.Jurdova@seznam.cz Tereza Bautkinová Gymnázium Botičská, tereza.bautkinova@gybot.cz

Více

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)

Více

REAKCE V ANORGANICKÉ CHEMII

REAKCE V ANORGANICKÉ CHEMII REAKCE V ANORGANICKÉ CHEMII PaedDr. Ivana Töpferová Střední průmyslová škola, Mladá Boleslav, Havlíčkova 456 CZ.1.07/1.5.00/34.0861 MODERNIZACE VÝUKY Anotace: laboratorní práce z anorganické chemie, realizace

Více

Úloha č. 9 Stanovení hydroxidu a uhličitanu vedle sebe dle Winklera

Úloha č. 9 Stanovení hydroxidu a uhličitanu vedle sebe dle Winklera Úloha č. 9 Stanovení hydroxidu a uhličitanu vedle sebe dle Winklera Princip Jde o klasickou metodu kvantitativní chemické analýzy. Uhličitan vedle hydroxidu se stanoví ve dvou alikvotních podílech zásobního

Více

Spektrofotometr NANODROP ND-8000

Spektrofotometr NANODROP ND-8000 Spektrofotometr NANODROP ND-8000 Návod na obsluhu v 2.1 Obsah 1. Přehled... 2 2. Úvodní nastavení... 2 3. Provoz... 3 4. Společné funkce... 4 5. Nukleové kyseliny... 4 6. Čipy... 5 7. UV-VIS... 5 8. Protein

Více

ORGANICKÁ CHEMIE Laboratorní práce č. 9

ORGANICKÁ CHEMIE Laboratorní práce č. 9 Téma: Bílkoviny, enzymy ORGANICKÁ CHEMIE Laboratorní práce č. 9 Úkol 1: Dokažte, že mléko obsahuje bílkovinu kasein. Kasein je hlavní bílkovinou obsaženou v savčím mléce. Výroba řady mléčných výrobků je

Více

Písemná zpráva zadavatele

Písemná zpráva zadavatele Písemná zpráva zadavatele veřejné zakázky zadávané dle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném ke dni zahájení zadávacího řízení (dále jen ZVZ ). Veřejná zakázka Název: Ostatní

Více

Základy laboratorní techniky

Základy laboratorní techniky Předmět: Biologie ŠVP: prokaryotní organismy, genetika Doporučený věk žáků: 16 18 let Doba trvání: 2 x 45 min. Specifické cíle: naučit studenty pracovat s laboratorními pomůckami a přístroji Seznam pomůcek:

Více

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 Verze: 1.4 Datum poslední revize: 25. 3. 2015 nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 (Corbett Research) generi biotech OBSAH: 1. Nastavení teplotního profilu a spuštění cykleru... 3 2. Zadání

Více

Střední průmyslová škola, Karviná. Protokol o zkoušce

Střední průmyslová škola, Karviná. Protokol o zkoušce č.1 Stanovení dusičnanů ve vodách fotometricky Předpokládaná koncentrace 5 20 mg/l navážka KNO 3 (g) Příprava kalibračního standardu Kalibrace slepý vzorek kalibrační roztok 1 kalibrační roztok 2 kalibrační

Více

Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně

Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha Ruzyně Optimalizovaná metodika PAGE pro analýzu esteráz v hlízách brambor (Solanum tuberosum L.) Vypracovaná jako výstup projektu 1B 44011 VÝVOJ A TESTOVÁNÍ SYSTÉMU

Více

Fluorescenční mikroskopie

Fluorescenční mikroskopie Fluorescenční mikroskopie Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1 VYUŽITÍ FLUORESCENCE, PŘÍMÁ FLUORESCENCE, PŘÍMÁ A NEPŘÍMA IMUNOFLUORESCENCE, BIOTIN-AVIDINOVÁ METODA IMUNOFLUORESCENCE

Více

Návod k použití souprav. Wipe test. Kontaminační kontrola. Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody

Návod k použití souprav. Wipe test. Kontaminační kontrola. Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody Návod k použití souprav Wipe test Kontaminační kontrola Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody REF 7091 40 reakcí 1. Popis výrobku V posledních letech se

Více

Komplexy rhenistanového anionu s porfyriny

Komplexy rhenistanového anionu s porfyriny Komplexy rhenistanového anionu s porfyriny Vladimír Král, Petr Vaňura, Jitka Koukolová Ústav analytické chemie, Vysoká škola chemickotechnologická v Praze, Praha V nukleární medicíně se radionuklidy používají

Více

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po

Více

IVD Bacterial Test Standard

IVD Bacterial Test Standard Návod k použití IVD Bacterial Test Standard Standard pro kalibraci hmotnostního spektrometru s typickým profilem peptidů a proteinů Escherichia coli DH5 alfa a dalšími proteiny. Pro použití při hmotnostní

Více

WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK

WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. 31. 8. 5. 9. 2014 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ

Více

Pracovní postupy k experimentům s využitím PC

Pracovní postupy k experimentům s využitím PC Inovace profesní přípravy budoucích učitelů chemie CZ..07/2.2.00/5.0324 Prof. PhDr. Martin Bílek, Ph.D. Pracovní postupy k experimentům s využitím PC (teplotní čidlo Vernier propojeno s PC) Stanovení tepelné

Více

ABSORPČNÍ A LUMINISCENČNÍ SPEKTROMETRIE V UV/Vis OBLASTI SPEKTRA

ABSORPČNÍ A LUMINISCENČNÍ SPEKTROMETRIE V UV/Vis OBLASTI SPEKTRA ABSORPČNÍ A LUMINISCENČNÍ SPEKTROMETRIE V UV/Vis OBLASTI SPEKTRA (c) -2008 ABSORPČNÍ SPEKTROMETRIE 1 Absorpce záření ve Vis oblasti Při dopadu bílého světla na vzorek může být záření zcela odraženo látku

Více

PŘÍBALOVÁ INFORMACE. www.geneproof.com. GeneProof PathogenFree DNA Isolation Kit IDNA050 IDNA250. In vitro diagnostický zdravotnický prostředek

PŘÍBALOVÁ INFORMACE. www.geneproof.com. GeneProof PathogenFree DNA Isolation Kit IDNA050 IDNA250. In vitro diagnostický zdravotnický prostředek PŘÍBALOVÁ INFORMACE GeneProof PathogenFree DNA Isolation Kit IDNA050 IDNA250 In vitro diagnostický zdravotnický prostředek Souprava je vyrobena v souladu s evropskou Směrnicí Rady 98/79/ES jako in vitro

Více

Fluorospektrometr NANODROP ND-3300

Fluorospektrometr NANODROP ND-3300 Fluorospektrometr NANODROP ND-3300 Návod na obsluhu v 2.8 Obsah 1. Přehled... 2 2. Úvodní nastavení... 3 3. Provoz... 4 4. Vytvoření/editace metod... 6 5. Profilování fluorescence... 6 6. Obecné modulové

Více

Vyjadřuje poměr hmotnosti rozpuštěné látky k hmotnosti celého roztoku.

Vyjadřuje poměr hmotnosti rozpuštěné látky k hmotnosti celého roztoku. Koncentrace roztoků Hmotnostní zlomek w Vyjadřuje poměr hmotnosti rozpuštěné látky k hmotnosti celého roztoku. w= m A m s m s...hmotnost celého roztoku, m A... hmotnost rozpuštěné látky Hmotnost roztoku

Více

CHSK. Pro hodnocení kvality vod obvykle postačí základní sumární ukazatele. Pro organické látky se jedná zejména o ukazatele:

CHSK. Pro hodnocení kvality vod obvykle postačí základní sumární ukazatele. Pro organické látky se jedná zejména o ukazatele: CHSK Ve vodách mohou být obsažené různé organické látky v širokém rozmezí koncentrací od stopových množství až po majoritní složky podle druhu vod. Vzhledem k této různorodosti se organické látky ve vodách

Více

Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie

Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie Kofein (obr.1) se jako přírodní alkaloid vyskytuje v mnoha rostlinách (např. fazolích, kakaových bobech, černém čaji apod.) avšak nejvíce je spojován

Více

Metody spektrální. Metody molekulové spektroskopie. UV-vis oblast. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti

Metody spektrální. Metody molekulové spektroskopie. UV-vis oblast. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Metody spektrální Metody molekulové spektroskopie UV-vis oblast Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Absorpční spektro(foto)metrie - v ultrafialové (UV) a viditelné (VIS)

Více

ZÁKLADNÍ KURZ ANALÝZY STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMAKROMOLEKUL

ZÁKLADNÍ KURZ ANALÝZY STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMAKROMOLEKUL ZÁKLADNÍ KURZ ANALÝZY STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMAKROMOLEKUL NÁVODY KE CVIČENÍM EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. I. TURNUS: 23. 4. 27. 4. 2012 / II. TURNUS: 14. 5. 18. 5. 2012 ZÁKLADNÍ

Více

POKROČILÝ KURZ MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA NÁVODY KE CVIČENÍM

POKROČILÝ KURZ MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA NÁVODY KE CVIČENÍM POKROČILÝ KURZ MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY NÁVODY KE CVIČENÍM BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. I. TURNUS: 22. 10. 26. 10. 2012 / II. TURNUS: 29.

Více

AESKULISA. Objednací kód: 3147. BioVendor - Laboratorní medicína a.s. Tel: +49-6734-9627-0 Fax: +49-6734-9627-27 Tel: +420549124111

AESKULISA. Objednací kód: 3147. BioVendor - Laboratorní medicína a.s. Tel: +49-6734-9627-0 Fax: +49-6734-9627-27 Tel: +420549124111 AESKULISA ssdna-m Objednací kód: 3147 Aesku.Diagnostics BioVendor - Laboratorní medicína a.s. Mikroforum Ring 2, D-55234 Wendelsheim, Germany Karásek 1767/1, 621 00 Brno Tel: +49-6734-9627-0 Fax: +49-6734-9627-27

Více

OBCHOD S KOVOVÝM ŠROTEM (ČÁST 2)

OBCHOD S KOVOVÝM ŠROTEM (ČÁST 2) OBCHOD S KOVOVÝM ŠROTEM (ČÁST 2) Měď je rozšířený kov používaný například do počítačů, jako elektrické kabely, okapy, instalatérské prvky a všemožný spojovací materiál. Po mědi je tedy velká poptávka a

Více

PŘÍRUČKA SPRÁVNÉHO ZPRACOVÁNÍ VÝSLEDKŮ A TVORBY PROTOKOLŮ

PŘÍRUČKA SPRÁVNÉHO ZPRACOVÁNÍ VÝSLEDKŮ A TVORBY PROTOKOLŮ PŘÍRUČKA SPRÁVNÉHO ZPRACOVÁNÍ VÝSLEDKŮ A TVORBY PROTOKOLŮ TATO PŘÍRUČKA VZNIKLA V RÁMCI PROJEKTU FONDU ROZVOJE VYSOKÝCH ŠKOL FRVŠ G6 1442/2013 PŘEDMLUVA Milí studenti, vyhodnocení výsledků a vytvoření

Více

Sešit pro laboratorní práci z chemie

Sešit pro laboratorní práci z chemie Sešit pro laboratorní práci z chemie téma: Roztoky výpočty koncentrací autor: MVDr. Alexandra Gajová vytvořeno při realizaci projektu: Inovace školního vzdělávacího programu biologie a chemie registrační

Více

Využití UV/VIS a IR spektrometrie v analýze potravin

Využití UV/VIS a IR spektrometrie v analýze potravin Využití UV/VIS a IR spektrometrie v analýze potravin Chemické laboratorní metody v analýze potravin MVDr. Zuzana Procházková, Ph.D. MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Spektrometrie: základy Interakce záření

Více

Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014. Nastavení real-time PCR cykleru. Light Cycler 480 Instrument. (Roche) generi biotech

Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014. Nastavení real-time PCR cykleru. Light Cycler 480 Instrument. (Roche) generi biotech Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014 Nastavení real-time PCR cykleru Light Cycler 480 Instrument (Roche) generi biotech OBSAH 1. Nastavení teplotního profilu...3 1.1. Nastavení nového teplotního

Více

TOP PRODUKTY PRO LABORATOŘ

TOP PRODUKTY PRO LABORATOŘ NO VÉ P RODUK TY TOP PRODUKTY PRO LABORATOŘ LABORATORNÍ PŘÍSTROJE SPOTŘEBNÍ LABORATORNÍ MATERIÁL Dialab spol.s r.o. je členem asociace CZEDMA ČESKÁ SPOLEČNOST KLINICKÉ BIOCHEMIE Česká lékařská společnost

Více

Spektrální charakteristiky optických komponentů

Spektrální charakteristiky optických komponentů Úloha č. 5 pro laserová praktika KFE, FJFI, ČVUT Praha, verze 27.2.2014 Spektrální charakteristiky optických komponentů Úvod V laboratorní praxi často řešíme otázku, jak v experimentu použitý optický prvek

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems)

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems) Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014 nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems) generi biotech OBSAH 1. Nastavení nového teplotního

Více

Stanovení kvality vody pomocí kompaktní laboratoře Aquamerck

Stanovení kvality vody pomocí kompaktní laboratoře Aquamerck NÁVOD K PROVEDENÍ PRAKTICKÉHO CVIČENÍ Stanovení základních parametrů ve vodách Stanovení kvality vody pomocí kompaktní laboratoře Aquamerck Princip Kompaktní laboratoř Aquamerck je vhodná zejména na rychlé

Více

nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System

nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System Verze: 1.0 Datum poslední revize: 2.1.2014 nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System (BioRad) generi biotech OBSAH: 1. Spuštění již existujícího či nastavení

Více

Kyseliny a zásady měření ph indikátory a senzorem ph Vernier Laboratorní práce

Kyseliny a zásady měření ph indikátory a senzorem ph Vernier Laboratorní práce Kyseliny a zásady měření ph indikátory a senzorem ph Vernier Laboratorní práce VY_52_INOVACE_204 Vzdělávací oblast: Člověk a příroda Vzdělávací obor: Chemie Ročník: 8.,9. Kyseliny a zásady měření ph indikátory

Více

Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC

Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC 1 Výrobce Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC Tento návod k použití si důkladně přečtěte před použitím tohoto produktu. Uschovejte si tento návod k použití,

Více

Optika Emisní spektra různých zdrojů Mirek Kubera

Optika Emisní spektra různých zdrojů Mirek Kubera Výstup RVP: Klíčová slova: informace pro učitele Optika Mirek Kubera žák využívá poznatky o kvantování energie záření a mikročástic k řešení fyzikálních problémů optický hranol, spektrum, emisní spektrum,

Více

Autor: Tomáš Galbička www.nasprtej.cz Téma: Roztoky Ročník: 2.

Autor: Tomáš Galbička www.nasprtej.cz Téma: Roztoky Ročník: 2. Roztoky směsi dvou a více látek jsou homogenní (= nepoznáte jednotlivé částečky roztoku - částice jsou menší než 10-9 m) nejčastěji se rozpouští pevná látka v kapalné látce jedna složka = rozpouštědlo

Více

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U Immucor Transplant Diagnostics, Inc. 550 West Avenue, Stamford, Connecticut 06902 Spojené státy americké Tel: +1 (203) 328-9500 nebo volání bez poplatku ve Spojených státech amerických, Kanadě a Portoriku

Více

DOUČOVÁNÍ KVINTA CHEMIE

DOUČOVÁNÍ KVINTA CHEMIE 1. ÚVOD DO STUDIA CHEMIE 1) Co studuje chemie? 2) Rozděl chemii na tři důležité obory. DOUČOVÁNÍ KVINTA CHEMIE 2. NÁZVOSLOVÍ ANORGANICKÝCH SLOUČENIN 1) Pojmenuj: BaO, N 2 0, P 4 O 10, H 2 SO 4, HMnO 4,

Více

Úvod do laserové techniky KFE FJFI ČVUT Praha Michal Němec, 2014. Plynové lasery. Plynové lasery většinou pracují v kontinuálním režimu.

Úvod do laserové techniky KFE FJFI ČVUT Praha Michal Němec, 2014. Plynové lasery. Plynové lasery většinou pracují v kontinuálním režimu. Aktivní prostředí v plynné fázi. Plynové lasery Inverze populace hladin je vytvářena mezi energetickými hladinami některé ze složek plynu - atomy, ionty nebo molekuly atomární, iontové, molekulární lasery.

Více

Písemná zpráva zadavatele

Písemná zpráva zadavatele Písemná zpráva zadavatele o veřejné zakázce zadávané dle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném ke dni zahájení zadávacího řízení (dále jen ZVZ ). Veřejná zakázka Název: Spektrofotometry

Více

cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF

cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test PRO ÚČELY DIAGNOSTIKY IN VITRO. cobas DNA Sample Preparation Kit DNA SP 24 Tests P/N: 05985536190 cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF 24 Tests P/N: 05985595190 POZNÁMKA:

Více

Nukleární Overhauserův efekt (NOE)

Nukleární Overhauserův efekt (NOE) Nukleární Overhauserův efekt (NOE) NOE je důsledek dipolární interakce mezi dvěma jádry. Vzniká přímou interakcí volně přes prostor, tudíž není ovlivněn chemickými vazbami jako nepřímá spin-spinová interakce.

Více

Digitální učební materiál

Digitální učební materiál Projekt: Digitální učební materiál Digitální učební materiály ve škole, registrační číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/34.0527 Příjemce: Střední zdravotnická škola a Vyšší odborná škola zdravotnická, Husova

Více

SADA VY_32_INOVACE_CH2

SADA VY_32_INOVACE_CH2 SADA VY_32_INOVACE_CH2 Přehled anotačních tabulek k dvaceti výukovým materiálům vytvořených Ing. Zbyňkem Pyšem. Kontakt na tvůrce těchto DUM: pys@szesro.cz Výpočet empirického vzorce Název vzdělávacího

Více

Základy NIR spektrometrie a její praktické využití

Základy NIR spektrometrie a její praktické využití Nicolet CZ s.r.o. The world leader in serving science Základy NIR spektrometrie a její praktické využití NIR praktická metoda molekulové spektroskopie, nahrazující pracnější, časově náročnější a dražší

Více

LP č. 4 STANOVENÍ ph. Autor: Mgr. Stanislava Bubíková. Datum (období) tvorby: 28. 5. 2013. Ročník: osmý

LP č. 4 STANOVENÍ ph. Autor: Mgr. Stanislava Bubíková. Datum (období) tvorby: 28. 5. 2013. Ročník: osmý LP č. 4 STANOVENÍ ph Autor: Mgr. Stanislava Bubíková Datum (období) tvorby: 28. 5. 2013 Ročník: osmý Vzdělávací oblast: Člověk a příroda / Chemie / Chemie a společnost 1 Anotace: Žáci si prakticky vyzkouší

Více

Konfirmace HPLC systému

Konfirmace HPLC systému Mgr. Michal Douša, Ph.D. Obsah 1. Měření modulové... 2 1.1 Těsnost pístů tlakový test... 2 1.2 Teplota autosampleru (správnost a přesnost)... 2 1.3 Teplota kolonového termostatu... 2 1.3.1 Absolutní hodnota...

Více

KONCENTRACE KYSLÍKU VE VODĚ

KONCENTRACE KYSLÍKU VE VODĚ KONCENTRACE KYSLÍKU VE VODĚ Eva Hojerová, PřF JU v Českých Budějovicích Stanovení koncentrace rozpuštěného O 2 ve vodě Koncentrace O 2 ve vodě je významným parametrem běžně zjišťovaným při výzkumu vlastností

Více

vzorek1 0.0033390 0.0047277 0.0062653 0.0077811 0.0090141... vzorek 30 0.0056775 0.0058778 0.0066916 0.0076192 0.0087291

vzorek1 0.0033390 0.0047277 0.0062653 0.0077811 0.0090141... vzorek 30 0.0056775 0.0058778 0.0066916 0.0076192 0.0087291 Vzorová úloha 4.16 Postup vícerozměrné kalibrace Postup vícerozměrné kalibrace ukážeme na úloze C4.10 Vícerozměrný kalibrační model kvality bezolovnatého benzinu. Dle následujících kroků na základě naměřených

Více

ELISA-VIDITEST EDUCO Vitamin OD-351

ELISA-VIDITEST EDUCO Vitamin OD-351 ELISA-VIDITEST EDUCO Vitamin OD-351 Návod k použití soupravy VÝROBCE: VIDIA spol. s r.o., Nad Safinou II 365, Vestec, 252 42 Jesenice, Česká Republika, tel.: +420 261 090 565, 1. NÁZEV SOUPRAVY: ELISA-VIDITEST

Více

COMET ASSAY (SINGLE CELL GEL ELECTROPHORESIS)

COMET ASSAY (SINGLE CELL GEL ELECTROPHORESIS) COMET ASSAY (SINGLE CELL GEL ELECTROPHORESIS) OBSAH 1. Princip metody 2. Přístroje a zařízení 3. Příprava vzorků 3.1 Kultivace a sklízení buněk A549 3.2 Výpočet koncentrace buněk 3.3 Hodnocení viability

Více

Chemický kroužek pro žáky ZŠ. Téma č.1:

Chemický kroužek pro žáky ZŠ. Téma č.1: Téma č.1: ZAČÍNÁME Teoretický úvod: 1. Základy bezpečnosti a ochrany zdraví při práci v laboratoři Chemická laboratoř je místo, kde se pracuje s mnoha látkami, které nám mohou být za určitých okolností

Více

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS AFLP ANALYSIS CZECH VERSION

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS AFLP ANALYSIS CZECH VERSION CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS AFLP ANALYSIS CZECH VERSION AFLP ANALÝZA *** Technika AFLP (Amplification Fragment Lenght Polymorphism - polymorfismus délky amplifikovaných fragmentů) je modifikací RFLP,

Více

Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová. KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI

Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová. KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. 2009 Metodika byla vypracována pracovníky

Více

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U Immucor Transplant Diagnostics, Inc. 550 West Avenue, Stamford, Connecticut 06902 Spojené státy americké Tel: +1 (203) 328-9500 nebo volání bez poplatku ve Spojených státech amerických, Kanadě a Portoriku

Více

AESKULISA. Objednací kód: 3704

AESKULISA. Objednací kód: 3704 AESKULISA SLA/LP Objednací kód: 3704 Aesku.Diagnostics BioVendor - Laboratorní medicína a.s. Mikroforum Ring 2, D-55234 Wendelsheim, Germany Karásek 1767/1, 621 00 Brno Tel: +49-6734-9627-0 Fax: +49-6734-9627-27

Více

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu)

Více

Látky obsahují aminoskupinu

Látky obsahují aminoskupinu Látky obsahují aminoskupinu pro aminy a aminokyseliny se běžně používají derivatizace (viz kapitola o derivatizaci), peptidy lze detekovat přímo při krátkých UV vlnových délkách (amidická vazba 200 nm),

Více

Laboratorní cvičení z kinetiky chemických reakcí

Laboratorní cvičení z kinetiky chemických reakcí Laboratorní cvičení z kinetiky chemických reakcí LABORATORNÍ CVIČENÍ 1. Téma: Ovlivňování průběhu reakce změnou koncentrace látek. podmínek průběhu reakce. Jednou z nich je změna koncentrace výchozích

Více

ANODA KATODA elektrolyt:

ANODA KATODA elektrolyt: Ukázky z pracovních listů 1) Naznač pomocí šipek, které částice putují k anodě a které ke katodě. Co je elektrolytem? ANODA KATODA elektrolyt: Zn 2+ Cl - Zn 2+ Zn 2+ Cl - Cl - Cl - Cl - Cl - Zn 2+ Cl -

Více

test zápočet průměr známka

test zápočet průměr známka Zkouškový test z FCH mikrosvěta 6. ledna 2015 VZOR/1 jméno test zápočet průměr známka Čas 90 minut. Povoleny jsou kalkulačky. Nejsou povoleny žádné písemné pomůcky. U otázek označených symbolem? uvádějte

Více

Laboratorní cvičení z předmětu Elektrická měření 2. ročník KMT

Laboratorní cvičení z předmětu Elektrická měření 2. ročník KMT MĚŘENÍ S LOGICKÝM ANALYZÁTOREM Jména: Jiří Paar, Zdeněk Nepraš Datum: 2. 1. 2008 Pracovní skupina: 4 Úkol: 1. Seznamte se s ovládáním logického analyzátoru M611 2. Dle postupu měření zapojte pracoviště

Více

Absorpční fotometrie

Absorpční fotometrie Absorpční fotometrie - v ultrafialové (UV) a viditelné (VIS) oblasti přechody mezi elektronovými stavy +... - v infračervené (IČ) oblasti přechody mezi vibračními stavy +... - v mikrovlnné oblasti přechody

Více

Název: Titrace Savo. Autor: RNDr. Markéta Bludská. Název školy: Gymnázium Jana Nerudy, škola hl. města Prahy

Název: Titrace Savo. Autor: RNDr. Markéta Bludská. Název školy: Gymnázium Jana Nerudy, škola hl. města Prahy Název: Titrace Savo Autor: RNDr. Markéta Bludská Název školy: Gymnázium Jana Nerudy, škola hl. města Prahy Předmět, mezipředmětové vztahy: chemie a její aplikace, matematika Ročník: 3., ChS (1. ročník

Více

Molekulová spektrometrie

Molekulová spektrometrie Molekulová spektrometrie Přednášky každé pondělí 10-13 hod Všechny potřebné informace k předmětu včetně PDF verzí přednášek: http://holcapek.upce.cz/vyuka-molekul-spektrometrie.php Pokyny ke zkoušce Seznam

Více

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Ústřední komise Chemické olympiády. 46. ročník 2009/2010. KRAJSKÉ KOLO kategorie D

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Ústřední komise Chemické olympiády. 46. ročník 2009/2010. KRAJSKÉ KOLO kategorie D Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Ústřední komise Chemické olympiády 46. ročník 2009/2010 KRAJSKÉ KOLO kategorie D ŘEŠENÍ SOUTĚŽNÍCH ÚLOH TEORETICKÁ ČÁST (60 bodů) Úloha 1 Vlastnosti prvků 26

Více

AESKULISA. Objednací kód: 3705

AESKULISA. Objednací kód: 3705 AESKULISA AMA-M2-G Objednací kód: 3705 Aesku.Diagnostics BioVendor - Laboratorní medicína a.s. Mikroforum Ring 2, D-55234 Wendelsheim, Germany Karásek 1767/1, 621 00 Brno Tel: +49-6734-9627-0 Fax: +49-6734-9627-27

Více

Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách

Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách 1 Účel Řasové testy toxicity slouží k testování možných toxických účinků látek a vzorků na vodní producenty. Zelené řasy patří do skupiny necévnatých

Více

Příloha č. 2 k rozhodnutí o prodloužení registrace sp.zn.:sukls119389/2009

Příloha č. 2 k rozhodnutí o prodloužení registrace sp.zn.:sukls119389/2009 Příloha č. 2 k rozhodnutí o prodloužení registrace sp.zn.:sukls119389/2009 PŘÍBALOVÁ INFORMACE: INFORMACE PRO UŽIVATELE LEUCO-SCINTkit Kit pro přípravu radiofarmaka. Léčivá látka: Exametazimum (HM-PAO)

Více

IZOLACE DNA POMOCÍ MAGNETIZOVATELNÝCH ČÁSTIC A JEJICH VYUŽITÍ V DIAGNOSTICE NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ

IZOLACE DNA POMOCÍ MAGNETIZOVATELNÝCH ČÁSTIC A JEJICH VYUŽITÍ V DIAGNOSTICE NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ IZOLACE DNA POMOCÍ MAGNETIZOVATELNÝCH ČÁSTIC A JEJICH VYUŽITÍ V DIAGNOSTICE NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ Marcela Vlčnovská 1, Kristýna Šmerková 1, Simona Dostálová 2, Jiří Sochor 1, René Kizek 1* 1 Ústav chemie

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

ČISTICÍ PROSTŘEDEK A VAŠE RUCE

ČISTICÍ PROSTŘEDEK A VAŠE RUCE ČISTICÍ PROSTŘEDEK A VAŠE RUCE Úvod Marta žije v městě, které má tvrdou vodu - obsahuje velké množství minerálních látek. 1 Jedním z problémů při používání tvrdé vody je, že v místech, kde voda stojí,

Více

Mobilní Ramanův spektrometr Ahura First Defender

Mobilní Ramanův spektrometr Ahura First Defender ČVUT v Praze, Kloknerův ústav, Šolínova 7, Praha 6 Mobilní Ramanův spektrometr Ahura First Defender Příručka Ing. Daniel Dobiáš, Ph.D. Doc. Ing. Tomáš Klečka, CSc. Praha 2009 Anotace Příručka obsahuje

Více