Dotazník Základní údaje o činnosti pracoviště AV ČR veřejné výzkumné instituce v roce 2007 a hlavní dosažené výsledky I.

Transkript

1 Dotazník Základní údaje o činnosti pracoviště AV ČR veřejné výzkumné instituce v roce 007 a hlavní dosažené výsledky I. Textová část Název pracoviště: Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. Zkratka pracoviště: MBÚ AV ČR, v. v. i. IČ: Vědecká (hlavní) činnost pracoviště a uplatnění jejích výsledků a) stručná charakteristika vědecké (hlavní) činnosti pracoviště Česky: Mikrobiologický ústav AV ČR je jednou z hlavních vědeckých institucí v České republice, která se komplexně zabývá základním výzkumem v oboru mikrobiologie. Hlavní výzkumné oblasti jsou biochemie, fyziologie, molekulární genetika bakterií, kvasinek a vláknitých hub, mikroskopických řas a témata imunologická. V rámci těchto oblastí jsou podrobně studovány otázky produkce biologicky aktivních látek, enzymů, regulační mechanizmy v řízení diferenciace růstu mikroorganizmů, mechanizmy podílející se na přenosu a modifikaci DNA, degradační aktivity mikroorganizmů, fotosyntetický systém, vývojové aspekty imunity, patologie a léčba autoimunitních onemocnění a imunologie onemocnění nádorových. 1

2 Anglicky: Institute of Microbiology, Academy of Sciences of the Czech Republic, v.v.i., is one of the major scientific institutions in the country that systematically pursues basic research in microbiology. The main research areas are biochemistry, physiology and molecular genetics of bacteria, yeasts, filamentous fungi and microscopic algae, and immunological disciplines. Within the framework of these areas, detailed research is conducted into the problems of production of biologically active substances, enzymes, regulatory mechanisms controlling the differentiation and growth of microorganisms, photosynthetic machinery, evolutionary aspects of immunity, pathology and treatment of autoimmune diseases and modern methods for the therapy of tumors. b) výčet několika nejdůležitějších výsledků vědecké (hlavní) činnosti a jejich aplikací 1 Pořadové číslo Výsledek Kategorie výstupu Citace výstupu 1 Spektrum cytokinů v mléku a kolostru badatelský Kverka M., Burianová J., Lodinová-Žádníková R., Kocourková I., Cinová J., Tučková L., Tlaskalová- Hogenová H. Cytokine profiling in human colostrum and milk by protein array. Clin. Chem., 9-6, 007 Velké propeptidy plísňových β-n-acetylhexosaminidas jsou novými regulátory enzymů, které musí být intracelulárně odštěpené aby mohly participovat na aktivaci, dimerizace a sekreci mateřských enzymů cílený Plíhal O., Sklenář J., Hofbauerová K., Novák P., Man P., Pompach P., Kavan D., Ryšlavá H., Weignerová L., Charvátová-Pišvejcová A., Křen V., Bezouška K.: Large propeptides of fungal β-nacetylhexosaminidases are novel enzyme regulators that must be processed

3 Pořadové číslo Výsledek Kategorie výstupu Citace výstupu intracellularly to control activity, dimerization, and secretion into the extracellular environment. Biochemistry 6, 719-7, 007, Ettrich R., Kopecký V. Jr., Hofbauerová K., Baumruk V., Novák P., Pompach P., Man P., Plíhal O., Kutý M., Kulik N., Sklenář J., Ryšlavá H., Křen V., Bezouška K. Structure of the dimeric N-glycosylated form of fungal beta-nacetylhexosaminidase revealed by computer modeling, vibrational spectroscopy, and biochemical studies. BMC Structural Biology 7,, 007 Nový typ oxidasy u hub badatelský Daniel G., Volc J., Filonova L., Plíhal O., Kubátová E., Halada P. : Characteristics of alcohol oxidase from the fungus Gloeophyllum trabeum, an extracellular source of H O in brown rot decay of wood. Appl. Environ. Microbiol., 7 (19) 61 6, 007 c) anotace nejdůležitějších výsledků vědecké (hlavní) činnosti

4 Pořadové číslo anotace: 1 Název česky: Spektrum cytokinů v mléku a kolostru Název anglicky: Cytokine spectra in human milk and colostrum Popis výsledku česky: Mateřské mléko a kolostrum obsahuje nejen řadu živin, ale i imunologicky aktivních faktorů, které hrají velkou roli v rezistenci novorozence proti infekci a vývoji jeho imunitního systému. Snažili jsme se určit cytokinové spektrum mateřského mléka pomocí moderní multiplexové proteinové metody protilátkového mikročipu. Množství jednotlivých cytokinů a jejich spektrum vykazovalo interindividuální variabilitu charakteristickou pro produkty sliznic a exokrinních žláz. Nalezli jsme cytokinů, které v mateřském mléku dosud nikdo nepopsal. Některé z těchto cytokinů by se mohly podílet na vyzrávání střevního imunitního systému, (např. chemokiny PARC/CCL18, MIP-alfa/CCL0, BLC/CXCL1), překvapující byl nález růstových faktorů, které ovlivňují vývoj nervového systému (např. brain-derived neurotrophic factor, Neurotrophin- a ). Popis výsledku anglicky: Human colostrum and milk contains a number of components influencing the development of the child. We used protein microarray to determine the cytokine profile of human milk and colostrum. There was considerable variability in cytokine concentration and spectra among individual mothers typical for biologically active components of mucosal and exocrine gland secretions. We found cytokines that have not been described in human colostrum or milk before. Some of those cytokines might be important for the intestinal immune system development (eg. PARC/CCL18, MIP-alfa/CCL0, BLC/CXCL1). Interistingly we found several growth factors known to influence the nervous system development (eg. brain-derived neurotrophic factor, Neurotrophin- and ). Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu: Kverka M., Burianová J., Lodinová-Žádníková R., Kocourková I., Cinová J., Tučková L., Tlaskalová-Hogenová H. Cytokine profiling in human colostrum and milk by protein array. Clin. Chem., 9-6, 007 Kontaktní osoba (jméno, telefon, ): Miloslav Kverka, 96, kverka@biomed.cas.cz Pořadové číslo anotace: Název česky: Velké propeptidy plísňových β-n-acetylhexosaminidas jsou novými regulátory enzymů, které musí být intracelulárně odštěpené aby mohly participovat na aktivaci, dimerizace a sekreci mateřských enzymů Název anglicky: Large propeptides of fungal β-n-acetylhexosaminidases are novel enzyme regulators that must be intracellularly processed to control activity, dimerization, and secretion into the extracellular environment Popis výsledku česky: V laboratoři byla dokončena charakterizace unikátních propeptidů plísňových hexosaminidas. Propeptidy nejsou v případě těchto enzymů degradovány, ale musí být odštěpeny v endoplasmatickém retikulu od svých mateřských molekul, aby mohly regulovat enzymatickou aktivaci, dimerizaci katalytických podjednotek a sekreci dimerního enzymu do extracelulárního prostředí. Tento mechanismus je aktivně využíván vláknitou houbou Aspergillus oryzae CCF1066 pro regulaci aktivity hexosaminidasy dle okamžité

5 potřeby. Výsledky byly publikované ve dvou významných článcích, z nichž jeden získal ocenění jako Hot Article od American Chemical Society (největší odborná profesní společnost na světě), druhý získal ocenění Highly Accessed. Popis výsledku anglicky: We have finished the characterization of unique propeptides of fungal hexosaminidases. These are not degraded but must be processed in the endoplasmic reticulum in order to be able to regulate the activity, dimerization, and secretion of the parent enzyme. The mechanism is actively employed by the fungus Aspergillus oryzae CCF1066 for the regulation of the activity of hexosaminidase depending on the individual stages of its life cycle. The results have been Publisher in two principal papers, one of which has been selected as Hot Article (1) by the American Chemical Society, the second has been rated Highly Accessed () by the Internet Journal BMC Structural Biology. Kategorie výstupu: cílený Citace výstupu: Plíhal O., Sklenář J., Hofbauerová K., Novák P., Man P., Pompach P., Kavan D., Ryšlavá H., Weignerová L., Charvátová-Pišvejcová A., Křen V., Bezouška K.: Large propeptides of fungal β-n-acetylhexosaminidases are novel enzyme regulators that must be processed intracellularly to control activity, dimerization, and secretion into the extracellular environment. Biochemistry 6, 719-7, 007, Ettrich R., Kopecký V. Jr., Hofbauerová K., Baumruk V., Novák P., Pompach P., Man P., Plíhal O., Kutý M., Kulik N., Sklenář J., Ryšlavá H., Křen V., Bezouška K. Structure of the dimeric N-glycosylated form of fungal beta-n-acetylhexosaminidase revealed by computer modeling, vibrational spectroscopy, and biochemical studies. BMC Structural Biology 7,, 007 Kontaktní osoba (jméno, telefon, ): Karel Bezouška, 96 1, bezouska@biomed.cas.cz Pořadové číslo anotace: Název česky: Nový typ oxidasy u hub Název anglicky: New type of oxidase in fungi Popis výsledku česky: Bylo prokázáno, že v oxidativních enzymových mechanismech degradace dřeva houbou hnědé hniloby Gloeophyllum trabeum má významnou úlohu nový typ alkoholoxidasy sloužící jako hlavní extracelulární zdroj H O, komponenty Fentonova reagens pro produkci vysoce destruktivních hydroxylových radikálů. Narozdíl od dosud známé lokalizace v peroxisomech kvasinek je tento enzym sekretován do periplasmatického prostoru houbových hyf a imobilizován na extracelulárních membránových a polysacharidových strukturách. Za jeho odlišnou translokaci je zřejmě odpovědna unikátní C-terminální signální sekvence. Substrátem s nejvyšší k cat /K m je metanol, potenciálně dostupný z demetylace ligninové složky dřeva. Popis výsledku anglicky: In oxidative enzyme mechanisms involved in wood brown rot by the fungus Gloeophyllum trabeum, an important role was attributed to a novel alcohol oxidase serving as a major source of H O, a component of Fenton s reagent for production of highly destructive hydroxyl radicals. This enzyme is secreted into periplasmic space of fungal hyphae and imobilized on extracellular membraneous and polysaccharide structures. The differences in the enzyme targeting compared to the known yeast peroxisomal

6 localization were traced to a unique C-terminal sequence of the oxidase, which is apparently responsible for the protein s different translocation. Methanol, potentially available from the demethylation of wood lignin, was estimated as a substrate with the highest k cat /K m value. Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu: Daniel G., Volc J., Filonova L., Plíhal O., Kubátová E., Halada P. : Characteristics of alcohol oxidase from the fungus Gloeophyllum trabeum, an extracellular source of H O in brown rot decay of wood. Appl. Environ. Microbiol., 7 (19) 61 6, 007 Kontaktní osoba (jméno, telefon, ): Jindřich Volc, 96 98, volc@biomed.cas.cz 1 d) nejvýznamnější popularizační aktivity pracoviště Název akce 1 Profilový článek o ústavu v mezinárodním časopise Popis aktivity Popis historie a současnosti ústavu včetně nejdůležitějších výsledků Pořadatel 6 Datum a místo konání Scientific American Červenec-srpen 007, str.- Film Popularizační DVD o ústavu (v české i anglické Cittadella s.r.o. 007 verzi) Nebezpečný virus, Země bakterií, Mrazivá naděje (P. Šíma) překlady ČT Celý rok Celiakie (H. Tlaskalová) Článek (H. Tlaskalová) 6 Na spolupráci stavím celý náš výzkum (H. Tlaskalová) 7 Křeslo pro Fausta (H. Tlaskalová) TV pořad ČT Článek časopis Generace Článek Zdravotnické noviny Vystoupení v pořadu Křeslo pro Fausta 1.LF UK

7 Název akce 8 pravidelná vystoupení (H. Tlaskalová) Popis aktivity Pravidelná činnost pro Sdružení pacientů s celiakií: přednášky, pohovory s pacienty, testování sér rodinných příslušníků SPC Pořadatel 6 Datum a místo konání Celý rok 9 Vystoupení v pořadu Vstupte ( H. Tlaskalová) 10 Vystoupení (I. Trebichavský) 11 Přednáška (I. Trebichavský) 1 Hostitel a mikroflóra (I. Šplíchal) 1 Praktika pro studenty (I. Šplíchal) 1 Článek (B. Říhová) 1 Sama doma (B. Říhová) 16 Dobré časy (B. Říhová) 17 Den imunologie (B. Říhová) 18 Imunogenetika (B. Říhová) 19 Třetí rozměrpovídání o vědě (B. Rozhovor ČRo Leonardo Infekční imunita ČRo Leonardo opakovaně Přednáška pro veřejnost galerie H, Kostelec n.č.l Přednáška pro studenty Jiráskovo gymnázium Náchod Praktika pro studenty Jiráskovo gymnázium Náchod Vývoj léku Víkend, příloha Magazinu novin Vývoj léku ČT Rozhovor radio Classic FM Vystoupení v pořadu Sama doma ČT Vystoupení v pořadu Sama doma ČT..007 Rozhovor ČRo Leonardo

8 Název akce Popis aktivity Pořadatel Říhová) 0 Portréty (B. Říhová) Zahraniční vysílání českého rozhlasu ČRo Všechnopárty (B. Vystoupení ČT Říhová) Dobré časy (B. Rozhovor Rádio Classic FM Říhová) Rozhovor Rozhovor Rádio Impuls s Václavem Moravcem (B. Říhová) Rozhovor Rozhovor Rádio Impuls s Václavem Moravcem (B. Říhová) Lidové noviny- Článek Lidové noviny rubrika Siesta (B. Říhová) 6 Osudy (B. Říhová) půlhodinové relace ČRo Vltava říjen Vakcina proti Edukační DVD GlaxoSmithKline září 007 karcinomu děložního čípku (B. Říhová) 8 Dobré ráno s ČT (B. Komentář k oznámení o novém imunostimulačním ČT Říhová) postupu, uveřejněném v časopise News Scientist 9 Vývoj nového léčiva Dvousemestrální vzdělávací kurz ve farmaceutické UK 007/008 (B. Říhová) medicině 007/008 0 Podzimní škola Článek: Polymerní protinádorová léčiva: struktura a VŠCHT VŠCHT 007 (B. Říhová) mechanismus působení 1 Literární pořad Vystoupení ČT Datum a místo konání 8

9 Název akce Popis aktivity Pořadatel (B. Říhová) Vývoj Návštěvní den významných osobností Gymnázium Arabská protinádorového léčiva (B. Říhová) Evropa loví mozky Článek Hospodářské noviny (M. Kovář) Otevřená věda Spolupráce se středoškolskými studenty MBÚ 007 V. Šašek, J. Brožek, Popularizační publikace Zahradnictví 007 I. Prokopová, J. Náhlík: Použití hub a techniky kompostování pro zjišťování biologické rozložitelnosti plastů 6 Den otevřených dveří MBÚ Prezentace laboratoří pro návštěvníky MBU Datum a místo konání 7 Třetí dimenze (M. Gryndler) 8 Popularizační přednášky (P. Šebo, L. Valášek) 9 Proč jsou rostliny zelené? (O. Prášil) 0 Plankton zbraň proti oteplování? (O. Prášil) 1 Hledání nových léků z řas a sinic (J. Proč rostliny opustily poklidné vodní prostředí a začaly kolonizovat souš? ČRo Leonardo popularizačních přednášek na VŠ UK 007 Přednášky v rámci cyklu Týdne vědy a techniky , Článek Lidové noviny Pořad Mozaika věda ČRo Vltava

10 Název akce Kopecký) Rozvoj vědy a výzkumu v mikroregionu Třeboňsko Novohradsko (J. Masojídek) Genomika-věda 1. století (O. Benada, J. Janata) Mykotoxiny (V. Havlíček, M. Flieger) Rezistence na antibiotika trochu jinak (J. Spížek) 6 Galapágy houbové říše (M. Kolařík) 7 Mykologem proti své vůli? (M. Kolařík, J. Weiser) 8 Molekulární biologie a mykologie (M. Kolařík) 9 Novinky ze 7. mezinárodního mykologického kongresu v Cairns (M. Kolařík, O. Koukol) Článek Popis aktivity Pořadatel měsíčník Třeboňský svět 6 Datum a místo konání 1/007 Krátký film na DVD z cyklu Otevřená věda Akademie věd ČR a firma All in Agency, spol.s.r.o. 007 Natáčení pořadu ČT1 Planeta věda ČT 1 1/007 Článek Vesmír 1/007 Článek Vesmír 007 Článek Mykologické listy 007 Článek Mykologické listy 007 Článek Mykologické listy

11 Název akce 0 Život v Jaderském moři u ostrovů Badija a Korčula (Z. Žižka) 1 Enzymový proces jako ekologicky šetrná alternativa chemické syntézy beta-laktamových antibiotik (P. Kyslík) Vedení biologického kroužku (Z. Žižka) Popis aktivity Pořadatel Článek Akvárium - terárium 007 Přednáška ESF 007 Teraristika Dům dětí a mládeže v Neratovicích 6 Datum a místo konání e) domácí a zahraniční ocenění zaměstnanců pracoviště Jméno oceněného Druh a název ocenění Oceněná činnost Ocenění udělil 1 Prof. RNDr. Blanka Říhová, DrSc. medaile za zásluhy 1.LF UK MUDr.Pavel Rossmann, DrSc. čestné členství Česká nefrologická společnost RNDr. Petra Procházková, PhD. cena za nejlepší publikaci mladých vědců Česká imunologická společnost Prof. MUDr. Helena Tlaskalová, DrSc. zahraniční člen Royal Society of Arts and Science in Goteborg RNDr. Petr Šíma, CSc. výroční cena 007 za seriál článků Horizontální časopis Živa přenos genetické informace 6 RNDr. Ilja Trebichavský, CSc. výroční cena 007 za seriál článků Horizontální přenos genetické informace Časopis Živa 11

12 Jméno oceněného 7 Plíhal O., Sklenář J., Hofbauerová K., Novák P., Man P., Pompach P., Kavan D., Ryšlavá H., Weignerová L., Charvátová-Pišvejcová A., Křen V., Bezouška K 8 Ettrich R., Kopecký V. Jr., Hofbauerová K., Baumruk V., Novák P., Pompach P., Man P., Plíhal O., Kutý M., Kulik N., Sklenář J., Ryšlavá H., Křen V., Bezouška K. Druh a název ocenění Hot Article Oceněná činnost Large propeptides of fungal β-nacetylhexosaminidases are novel enzyme regulators that must be processed intracellularly to control activity, dimerization, and secretion into the extracellular environment. Highly Accessed Structure of the dimeric N- glycosylated form of fungal beta- N-acetylhexosaminidase revealed by computer modeling, vibrational spectroscopy, and biochemical studies Ocenění udělil 9 RNDr.Tomáš Cajthaml, PhD. Prémie Otto Wichterle AVČR 10 RNDr. Václav Šašek, CSc. Patočkova medaile za zásluhy o mikrobiologii Československá mikrobiologická společnost 11 Mgr. Gabriela Novotná cena Cena pro nelepšího českého a slovenského mladého mikrobiologa za rok RNDr. Miroslav Šulc, PhD. nejlepší poster na konferenci 1st Central and Eastern European Proteomic Conference, rd Czech Proteomic Conference Peslova K, Obsil T, Novak P, Sulc M: Application of chemical cross-linking and mass spectrometry for the 1-- dimer interactome elucidation Československá společnosti mikrobiologická 1

13 f) další specifické informace o pracovišti Za podpory programu příhraniční spolupráce INTERREG byly vybudovány nové laboratorní prostory v detašovaném pracovišti MBÚ v Třeboni (Sektor autotrofních mikroorganismů).. Vědecká a pedagogická spolupráce pracoviště s vysokými školami a) nejvýznamnější vědecké výsledky pracoviště vzniklé ve spolupráci s vysokými školami (kromě výsledků uvedených v bodě b) 1 Popis výsledku včetně uplatnění 1 Girardia intestinalis je prvok způsobujícínejběžnější průjmové onemocnění parazitárního původu na světě. Nejzajímavějším rysem tohoto prvoka je přítomnost dvou morfologicky podobných jader, o kterých se předpokládalo že jsou identická, přestože jejich karyotyp byl neznámý. Prokázali jsme, že v rámci jediné buňky se jádra odlišují v počtu i velikosti chromozómů a že představitelé dvou hlavních genetických skupin G. intestinalis obsahují různé karyotypy. Lichý počet ukazuje na aneuploidii jader Girardie a jejich stabilní Forma spolupráce Vícezdrojové financování (GAAV, GAČR, MŠMT) Spolupracující VŠ Kategorie výstupu 1. LF UK Praha badatelský 1

14 Popis výsledku včetně uplatnění výskyt poukazuje na dlouhodobou asexualitu polootevřeného typu při mitóze Girardií, která vylučuje výměnu chromozómů mezi jádry. Rozdíly v karyotypu a obsahu DNA a asynchronicita buněčného cyklu prokazují rozdíly mezi dvěma jádry Girardií. Studovali jsme efekty probiotických bakterií v experimentu i klinice. Zjistili jsme, že probiotické kmeny E. coli (Nissle a E. coli O8) a Lactobacillus casei snižují intenzitu střevního zánětu vyvolaného experimentálně v Balb/c myších (Kokešová a spol.). V klinické studii jsme u dětí prokázali terapeutický efekt Lactobacillus acidophilus a reuteri při průjmech způsobených rotavirovou infekcí (Tláskal a spol). Podíleli jsme se na studiu cytokinového spektra u pacientu s diebetem 1. typu a jejich příbuzných pomocí komerčně dostupného protilátkového mikročipu. Nalezli jsme rozdíly v cytokinovém spektru produkovaném krevními monocyty zdravých lidí, pacientů s diabetem 1. typu a jejich příbuzných. Tento typ multiplexové analýzy může být použit ke sledování stavu imunitního systému pacientů s diabetem 1. typu na terapii a k určení imunologicky riskantního spektra cytokinů u jejich příbuzných. (Vrábelova a spol.) Forma spolupráce Vícezdrojové financování (GAAV, GAČR) Spolupracující VŠ Kategorie výstupu. LF UK Praha badatelský In vitro působení glykokonjugátů na nádorové Vícezdrojové financování PřF UK Praha badatelský 1

15 Popis výsledku včetně uplatnění Forma spolupráce buněčné linie odvozené od chronické myeloidní (GAAV, GAČR, MŠMT) leukémie a karcinomu tračníku se projevilo významnou inhibicí mrna exprese proliferačního znaku Ki-67. V závislosti na typu linie použité konjugáty regulovaly mrna expresi glykosyltransferáz GnT III a GnT V ve prospěch snížení metastatického potenciálu nádorových buněk. Spolupracující VŠ LF UP Olomouc Kategorie výstupu Současný trend neurobiologického výzkumu poruch chování je vázaný na abnormality v přenosu signálu receptory vázanými na G- proteiny. In vitro sledování vlivu různých antidepresiv na expresi alfa subjednotky G- proteinů a postsynaptické změny u C6 gliomové linie a lidských NK buněk ukázalo na podobnosti v jejich odpovědi na tyto léčiva. To znamená, že reakce buněk nervového a imunitního systému Vícezdrojové financování (GAČR, GAAV) má jisté společné charakteristiky, které se mohou podílet na rozvoji nemoci. Naše počáteční výsledky sledování změn v distribuci lymfocytárních subpopulací naznačují, že buňky NK a exprese C-typu lektinových receptorů (CD161, NKGD) na jejich povrchu se významnou měrou podílí na patogenezi roztroušené sklerózy. 1.LF UK Praha badatelský Na myším experimentálním modelu B16F10 Vícezdrojové financování Katedra biofyziky,.lf UK, badatelský 1

16 Popis výsledku včetně uplatnění Forma spolupráce melanomu byly analyzovány účinky lokální (GAČR, GAAV) mikrovlnné hypertermie (LHT, o C) a zapojení stresových proteinů (HSP7 a gp96). Fenotypová a funkční charakteristika lymfocytů infiltrujících nádor a jeho vaskularita byly studovány pomocí konfokální mikroskopie. LHT vyvolává změny v expresi HSP70, zvýšení senzitivity nádorových buněk k NK buněčné cytotoxicitě a transport aktivovaných monocytů (CD11b+CD69+) do nádoru. Spolupracující VŠ Praha; ČVUT, Praha; FgÚ AVČR, Praha Kategorie výstupu 6 Velké propeptidy plísňových β-nacetylhexosaminidas jsou novými regulátory enzymů, které musí být intracelulárně odštěpené aby mohly participovat na aktivaci, dimerizace a sekreci mateřských enzymů. V laboratoři byla dokončena charakterizace unikátních propeptidů plísňových hexosaminidas. Propeptidy nejsou v případě těchto enzymů degradovány, ale musí být odštěpeny v endoplasmatickém retikulu od svých mateřských molekul, aby mohly regulovat enzymatickou aktivaci, dimerizaci katalytických podjednotek, a sekreci dimerního enzymu do extracelulárního prostředí. Tento mechanismus je aktivně využíván vláknitou houbou Aspergillus oryzae CCF1066 pro regulaci aktivity hexosaminidasy dle okamžité Vícezdrojové financování (GAČR, GAAV) PřF UK Praha badatelský 16

17 Popis výsledku včetně uplatnění potřeby. Výsledky byly publikované ve dvou významných článcích, z nichž jeden získal ocenění jako Hot Article od American Chemical Society (největší odborná profesní společnost na světě), druhý získal ocenění Highly Accessed. Forma spolupráce Spolupracující VŠ Kategorie výstupu 7 Substituované calix()areny jsou důležitými stimulátory protinádorové imunitní odpovědi závislé na přirozených zabíječských buňkách. V laboratoři byly ve spolupráci s Laboratoří biotranformací a Laboratoří přirozené buněčné imunity MBÚ AV ČR v.v.i. charakterizovány cílové receptory a imunomodulační aktivity calix()arenových derivátů. Calix()arenové klece jsou zajímavé a široce využívané nanostruktury, jejichž potenciál při cílené dopravě léčiv je v posledních letech předmětem aktivního výzkumu. V rámci tohoto výzkumu byly připraveny sacharidové deriváty calixarenů, a byla prokázána jejich vazba na receptory přirozených zabíječských buněk, a schopnost stimulovat aktivitu těchto buněk in vitro a in vivo. Deriváty calixarenů obsahující karboxylové skupiny jsou silnými antagonisty receptoru CD69, a chrání tak CD69+ lymfocyty před apoptosou. Vícezdrojové financování (GAČR, GAAV) PřF UK Praha badatelský 8 Ve spolupráci s Laboratoří růstových GAAV PřF UP Olomouc badatelský 17

18 Popis výsledku včetně uplatnění regulátorů Přírodovědecké fakulty UP Olomouc jsme potvrdili, že látky typu anticytokininů inhibují buněčný cyklus a charakterizovali jsme také změny v buňkách na úrovni mikrotubulárního cytoskeletu. V olomoucké laboratoři bylo prokázáno, že tento typ látek se neváže na cytokininové receptory, jak se obecně usuzovalo, ale inhibuje aktivitu cyklin dependetní kinázy. 9 Při použití variant proteinů fúzovaných se zeleným fluoreskujícím proteinem (GFP) bylo zjištěno, že proteiny Ato1p, Atop a Atop, o nichž se předpokládá, že exportují amonné ionty a že se účastní signalizace mezi kvasinkovými koloniemi prostřednictvím amoniaku, lokalizují do kompartmentů plasmatické membrány kvasinek resistentních k detergentům. Ato1p-GFP a Atop-GFP vytvářejí v membráně shluky viditelné pod fluorescenčním mikroskopem. Zatímco shluky Atop-GFP jsou stabilní, přítomnost shluků Ato1p-GFP je závislá na ph. Jsou přítomny pouze v alkalické fázi vývoje kolonií nebo při ph >. Po působení nízkého ph - na buňky (nebo v buňkách kolonií z. acidické fáze) je fluorescenční signál Ato1p-GFP rovnoměrně rozptýlen v plasmatické membráně. Tento jev je reversibilní a je nezávislý na endocytose. Předpokládáme, že změny ph mohou rychle Forma spolupráce Vícezdrojové financování (GAČR, MŠMT) Spolupracující VŠ PřF UK Praha Kategorie výstupu badatelský 18

19 Popis výsledku včetně uplatnění regulovat funkci Ato1p. Tyto výsledky byly získány ve spolupráci se skupinou Doc. Z. Palkové z Přírodovědecké fakulty UK. 10 Bylo zjištěno, že adenylát-cyklasový toxin z patogenní bakterie Bordetella pertussis zprostředkuje vstup vápenatých iontů do myeloidních buněk zcela novým, unikátním mechanismem, při kterém ionty vápníku translokují z extracelulárního média do buněk současně s translokací enzymatické adenylátcyklasové (AC) domény přes buněčnou membránu. AC doména se přitom podílí na tvorbě nového typu transientního vápníkového kanálu a její struktura ovlivňuje kinetiku vstupu iontů. Výsledek byl získán ve spolupráci se skupinou Doc. I. Konopáska z Přírodovědecké fakulty UK. 11 Denní změny množství bakteriochlorofylu byly využity k výpočtu růstových rychlostí aerobních anoxygenních bakterií v Atlantském oceánu. Provedená měření naznačují, že aerobní anoxygenní bakterie obsahující bakteriochlorofyl mají v oligotrofních oblastech Severního Atlantiku růstovou rychlost za den a v Jižním Atlantiku rychlost za den. Naopak v produktivních oblastech severního Atlantiku vykazovaly fotosyntetické bakterie růstové rychlosti až.1 za den. Tyto vysoké rychlosti jsou v příkrém rozporu s Forma spolupráce Vícezdrojové financování (GAČR, GAAV, MŠMT) Spolupracující VŠ PřF UK Praha Kategorie výstupu badatelský AVČR BF JčU České Budějovice cílený 19

20 Popis výsledku včetně uplatnění poměrně pomalými rychlostmi, které běžně vykazují mořské bakterie. Z toho usuzujeme, že navzdory svým relativně menším počtům představují aerobní fotosyntetické bakterie značně dynamickou část mořských bakteriálních populací, která se výrazně podílí na mořském koloběhu uhlíku. Forma spolupráce Spolupracující VŠ Kategorie výstupu 1 Antropogenní zvýšení atmosférického CO může ovlivnit i mořské diazotrofní sinice, které fixují atmosferický uhlík. Ukázali jsme, že zvýšení CO má pozitivní vliv na rychlost růstu a fixace dusíku u sinice Trichodesmium. Pravděpodobným mechanismem je alokace energie a reduktantů od mechanismů koncentrace uhlíku v buňkách k mechanismům fixace dusíku 1 Role proteinu PsbI v skládání a opravě fotosystému v sinici Synechocystis PCC 680. Účast proteinu PsbI v skládání a opravě fotosystému II byla studována v kmenech sinice Synechocystis PCC 680. Celkové výsledky ukázaly, že PsbI je časným vazebným partnerem proteinu D1 a hraje dùležitou úlohu při vazbě proteinu CP v komplexu PSII. MŠMT, GAČR BF JčU České Budějovice badatelský GAČR BF JčU České Budějovice badatelský 1 Z mykangií samic pilořitky Tremex fuscicornis byly získány izoláty symbiotické houby ze MŠMT ČZU, fakulta lesnická a dřevařská badatelský 0

21 Popis výsledku včetně uplatnění skupiny Basidiomycota, které se shodovaly morfologicky i v analýze RAPD. Houba byla určena na základě sekvence rdna (oblasti ITS1,.8S, ITS a úsek D1D z 8S) jako Cerrena unicolor (Basidiomycota: Polyporales). (Pažoutová S, Šrůtka P, 007. A record of symbiotic relationship between Cerrena unicolor and a horntail Tremex fuscicornis in the Czech Republic. - Czech Mycology 9, 8-90). Forma spolupráce Spolupracující VŠ Kategorie výstupu 1 Vhodné morfologické charakteristiky pro identifikaci řas Zygnematales byly stanoveny při použití kombinace klasické optické mikroskopie (LM), fluorescenční mikroskopie (při modré a zelené excitaci), rastrovací mikroskopie (SEM) a speciálních kultivačních metod. Detailní LM a SEM pozorování zygospor všech Zygnema druhů by tak mohla poskytnout základní údaje pro přípravu atlasu a klíče k identifikaci jednotlivých druhů, které po doplnění molekulárními metodami objasní genetické vztahy mezi těmito morfologickými druhy. (Políčková A., Žižka Z., Hašler P., Benada O. 007: Zygnematalean zygospores: Morphological features and use in species identification. - Folia Microbiol. : 1 1). GAČR PřF UP Olomouc badatelský 16 Imobilizace biokalyzátorů (nitrilhydratasy, Vícezdrojové financování FPBT VŠCHT Praha badatelský 1

22 Popis výsledku včetně uplatnění nitrilasy) technologií LentiKats. Byly připraveny imobilizované preparáty nitrilhydratasy z baktérie Rhodococcus a nitrilasy z Fusarium solani. Tento způsob imobilizace se jeví jako vhodný pro imobilizace labilních enzymů tohoto typu, jejichž aktivita zůstává zachována a zvyšuje se jejich stabilita. Forma spolupráce (GAAV, GAČR, MŠMT) Spolupracující VŠ Kategorie výstupu 17 Nemodifikovaný doxorubicin a doxorubicin navázaný na polymerní nosič na bázi HPMA buď enzymaticky (PK1) nebo hydrolyticky (HYD) štěpitelnou vazbou se liší jak v antiproliferativních vlastnostech tak i v signálech vedoucích k buněčné smrti. Doxorubicin a HYD mají podobné mechanismy působení, zatím co PK1 se chová zcela odlišně. Kovář, L., Strohalm, J., Chytil, P., Mrkvan, T., Kovář, M., Hovorka, O., Ulbrich, K., Říhová, B.: The same drug but a different mechanism of action: comparison of free doxorubicin with two different N-(- hydroxypropyl)methacrylamide copolymerbound doxorubicin conjugates in EL- cancer cell line. - Bioconj. Chem. 18, 89-90, 007 AVČR PřF UK, 1. LF UK, LF UP, VŠCHT badatelský 18 Kalretikulin je evolučně konzervovaný protein vázající vápník, který je zapojen do mnoha buněčných procesů. Kromě celé řady dalších funkcí se účastní regulace homeostázy MŠMT NPV 1. LF UK badatelský

23 Popis výsledku včetně uplatnění vápenatých iontů a funguje jako molekulární chaperon. V naší práci jsme popsali a charakterizovali sekvenci cdna pro kalretikulin u žížal Eisenia fetida. Fylogenetická analýza ukázala podobnost kalretikulinu u E. fetida s molekulami kalretikulinu u měkkýšů. Dále jsme pomocí in situ hybridizace a real-time PCR prokázali zvýšenou expresi kalretikulinu v nervových a spermatických buňkách a v buňkách svaloviny tělní stěny. Šilerová M., Kauschke E., Procházková P., Josková R., Tučková L., Bilej M.: Characterization, molecular cloning and localization of calreticulin in Eisenia fetida earthworms. - Gene 97: (007). Forma spolupráce Spolupracující VŠ Kategorie výstupu b) nejvýznamnější výsledky činnosti výzkumných center a dalších společných pracovišť AV ČR s vysokými školami Pořadové číslo: 1 Název společného pracoviště česky: Centrum funkční organizace buňky Název společného pracoviště anglicky: Functional cell organization centre Kategorie společného pracoviště: LC Dosažený výsledek: U kvasinky Saccharomyces cerevisiae jsme objevili, že membránový potenciál má důležitou roli v organizaci plazmatické membrány. Zjistili jsme, že v plazmatické membráně existují tři nepřekrývající se kompartmenty. V jednom, který je reprezentován síťovitou strukturou, se nachází protonová ATPasa Pma1 a ve druhém, tvořícím 00 nm shluky, jsou obsaženy protonové symportery (Can1, Fur, Tat a HUP1) a protein Sur7, který je komponentou eisosomů. Třetí kompartment obsazují proteiny, které jsou v membráně rozmístěny rovnoměrně (např glukosový přenášeč HXT1). Zatímco rozmístění některých membránových proteinů lze ovlivňovat např. lipidním složením membrány či její deenergizací, rozmístění jiných je neobyčejně stabilní.

24 Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Grossmann, G., Opekarová, M., Malinský,J., Weig-Meckl, I., Tanner, W. (007) Membrane potential governs lateral segregation of plasma membrane proteins and lipids in yeast.- EMBO J. 6, 1-8. Pořadové číslo: Název společného pracoviště česky: Centrum molekulární biologie a fyziologie společenstev kvasinek Název společného pracoviště anglicky: Center for molecular biology and physiology of yeast colonies Kategorie společného pracoviště: LC Dosažený výsledek: Sumarizovali jsme současné znalosti o účasti metakaspasy Mca1p v procesu podobném apoptose u kvasinek a o jejích předpokládaných rolích v tomto procesu. Experimentálně jsme se zaměřili na možnosti detekce aktivity Mca1p a dalších proteas podobných kaspasám u Saccharomyces cerevisiae. Porovnali jsme techniky použití inhibitorů FLICA a fluorescenčního substrátu DR. Ukázali jsme, že použití DR je pro detekci proteas podobných kaspasám u kvasinek mnohem vhodnější. Nové výsledky o roli enzymatických systémů obrany proti stresu v dlouhodobém přežívání kolonií kvasinek naznačují, že mnohem důležitější než tato obrana jsou metabolické změny v buňkách kolonií. Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Váchová L., Palková, Z. (007) Caspases in yeast apoptosis-like death: Facts and artefacts.- FEMS Yeast Res. 7:1-1 Pořadové číslo: Název společného pracoviště česky: Studium vlivu obsahových látek na vitalitu kvasinek během pivovarského procesu Název společného pracoviště anglicky: Study of natural compounds effect on viability of yeast during brewing process. Kategorie společného pracoviště: 1M Dosažený výsledek: Bylo zjištěno, že metabolické inhibitory a chmelové látky snižují vitalitu kvasinek měřenou jako acidifikační síla (AP), lysosomotropní látky působí depolarizaci membrány, inhibici MDR pump a permeabilizaci. Zvýšený osmotický tlak (kvašení vysoce koncentrovaných mladin) neovlivní vitalitu buněk. Poškozené buňky uvolňují do prostředí invertasu, jejíž hladina v pivu je podobná při použití technologie CKT a u klasické technologie a zvyšuje se s opakovaným nasazováním kvasnic. U kvasinek se sníženou aktivitou superoxiddismutasy (SOD) bylo sledováno působení antioxidantů. Cytosolická SOD, chrání bu?ky proti oxidativnímu stresu,

25 mitochondriální MnSOD chrání buňky také proti osmotickému a teplotnímu stresu, a stresu způsobeného metaloidy. Stres působí u kvasinek mj. také zrychlené replikativní stárnutí. Mladé dceřiné buňky onkogenního mutanta RASval19 se rodí staré. Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Krasowska A. Piasecki A., Murzyn A., Sigler K. (007) Assaying the antioxidant and radical scavenging properties of aliphatic mono- and di-n-oxides in a test with SOD-deficient yeast and by a chemiluminescence test. - Folia Microbiol., -1., Dziadkowiec D., Krasowska A., Liebner A., Sigler K. (007) Protective role of mitochondrial superoxide dismutase against high osmolarity, heat and metalloid stress in S. cerevisiae.- Folia Microbiol., Pořadové číslo: Název společného pracoviště česky: Centrum molekulárních metod monitorování difúzního znečištění životního prostředí Název společného pracoviště anglicky: Kategorie společného pracoviště: 1M Dosažený výsledek: Dvě laboratoře sektoru biogeneze a biotechnologie přírodních látek (laboratoř biologiesekundárního metabolismu a laboratoř genetiky, fyziologie a bioinženýrství hub) se podílejí na projektu Centrum molekulárních metod monitorování difúzního znečištění životního prostředí (Výzkumná centra 1M; MŠMT). Účelem projektu je multidisciplinární výzkum nových systémů pro monitorování difúzního znečištění (DZ) životního prostředí. DZ se rozumí dlouhodobá kontaminace prostředí velmi nízkými koncentracemi polutantů, rezidui rozmanitých antropogenních činností, s prokazatelně negativním vlivem na živé organismy i jejich reprodukci. V České republice dosud naprosto chybí monitorovací systém těchto nebezpečných látek v životním prostředí. Cílem projektu je proto navrhnout a ověřit ucelený systém pro hodnocení DZ povrchových i podzemních vod a sedimentů s využitím molekulárních diagnostických metod. Diagnostika bude založena na připraveném panelu specifických monoklonálních protilátek proti vybraným polutantům spolu s komplexním molekulárně-genetickým popisem struktury a změn bakteriálních konsorcií a jejich genové výbavy. Naše skupiny se v projektu podílí na vypracování metodik pro monitorování antibiotik významných pro DZ a genů souvisejících s antibiotickou biosyntézou a rezistencí. Konkrétně byly vypracovány analytické metody pro stanovení vybraných antibiotik a jejich intermediátů (1,), byly vypracovány DNA metodiky pro charakterizaci prosperování dynamiky bakteriálních konsorcií, jsou monitorovány geny pro antibiotickou rezistenci v půdě a sedimentech i klinických izolátech (). Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: 1. Jana Olšovská, Jitka Novotná, Miroslav Flieger, and Jaroslav Spížek (007) Assay of tyrosine hydroxylase based on high-performance liquid chromatography separation and quantification of L-dopa and L-tyrosine. - Biomedical Chromatography 1, 1-18.,. Olšovská, J., Jelínková, M., Man, P., Koběrská, M., Janata, J., Flieger, M. (007). High-throughput

26 quantification of lincomycin traces in fermentation broth of genetically modified Streptomyces spp.comparison of ultra-performance liquid chromatography and high-performance liquid chromatography with UV detection. - J.Chromatogr. A 119: 1-0.,. Novotná, G., Spížek, J., Janata, J. - (007) In Vitro Activity of Telithromycin and Quinupristin/dalfopristin against Methicillin-Resistant Coagulase- Negative Staphylococci with Defined Resistance Genotypes - Folia Microbiol. (6): Pořadové číslo: Název společného pracoviště česky: Centrum nádorové proteomiky a Centrum funkční charakterizace buňky Název společného pracoviště anglicky: Kategorie společného pracoviště: LC Dosažený výsledek: Zde je hlavním výsledkem obecný vývoj metod chemického zesíťování jako nástroje pro určování třírozměrné struktury bílkovin. Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: : Novák P. and Giannakopulos A.G., Chemical crosslinking and mass spectrometry as a structure determination tool, Eur. Mass Spectrom. 007; 1, Novak P., Havlicek V, Derrick PJ, Beran K, Bashir S and Giannakopulos AE, Monitoring conformational changes in protein complexes using chemical cross-linking and Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry: the effect of calcium binding on the calmodulin - melittin complex. - European Mass Spectrometry 007; 1, Pořadové číslo: 6 Název společného pracoviště česky: Centrum biokatalýzy a biotransformací Název společného pracoviště anglicky: Center of Biocatalysis and Biotransformation Kategorie společného pracoviště: LC Dosažený výsledek: Na pracovišti (MBÚ): Byla objevena a popsána nová beta-galaktosidasa z Talaromyces flavus, u které byla zjištěna zcela neobyklá substrátová specifita toleruje objemné, stericky bráněné aglykony (např. terc-butanol), které nejsou akceptovány prakticky žádnou známou glykosidasou. Tento enzym je indukován výlučně quinovosou, což je dosud nepopsaný induktor galaktosidas. Bylo dokončeno strukturální studium beta -N-acetylhexosaminidasy z A. oryzae a byl nalezen a detailně analyzován dosud nepopsaný regulační mechanismus její exprese a posttranslačního zpracování, především role části propeptidu, který působí jako esenciální chaperon. β-n-acetylhexosaminidasa z T. flavus byla purifikována a kompletně biochemicky charakterizována a dále podrobena 6

27 proteomické analýze. Enzym byl testován na aktivitu s modifikovanými substráty (6-aldehyd a 6-sulfát) pro využití v syntéze imunoaktivních glykomimetik a bylo zjištěno že tato hexosaminidasa je schopna tyto substráty štěpit s velmi dobrou aktivitou. Toho je v současnosti využito pro syntetické aplikace v přípravě nových imunoaktivních glykomimetik. Nové látky, a to jak v oligosacharidické formě tak i ve formě polyvaletních mimetik vázaných na calixarenový nosič byly otestovány s velmi dobrými výsledky na aktivaci NK buněk a v současnosti probíhaji testy in vivo. Kategorie výstupu: badatelský Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Vejvoda V., Šveda O., Kaplan O., Přikrylová V., Elišáková V., Himl M., Kubáč D., Pelantová H., Kuzma M., Martínková L.: Biotransformation of heterocyclic dinitriles by Rhodococcus erythropolis A and fungal nitrilases. Biotechnol. Lett. 9, (007) IF = 1,1, Kubáč D., Kaplan O., Elišáková V., Pátek M., Vejvoda V., Slámová K., Tóthová A., Lemaire M., Gallienne E., Lutz-Wahl S., Fischer L., Kuzma M., Pelantová H., van Pelt S., Bolte J., Křen V., Martínková L. (007) Biotransformation of nitriles to amides using soluble and immobilized nitrile hydratase from Rhodococcus erythropolis A. - J. Mol. Catal. B: Enzymatic, 0, (008). IF =,19, Vejvoda V., Kaplan O., Bezouška K., Pompach P., Šulc M., Cantarella M., Benada O., Uhnáková B., Rinágelová A., Lutz-Wahl S., Fischer L., Křen V., Martínková L. (007) Purification and characterization of a nitrilase from Fusarium solani O1. J. Mol. Catal. B: Enzymatic, 0, (008). IF =,19, Martínková L., Vejvoda V., Křen V. Selection and screening for enzymes of nitrile metabolism (a review). J. Biotechnol., po revizi. IF =,600, P. Simerská, D. Monti, I. Čechová, H. Pelantová, M. Macková, K. Bezouška, S. Riva, V. Křen: Induction and characterization of an unusual beta -D-galactosidase from Talaromyces flavus. J. Biotechnol. 18 (1), (007). IF =,600, Ettrich R, Kopecky V, Hofbauerova K, Baumruk, V., Novak, P., Pompach, P., Man, P., Plihal, O., Kuty, M., Kulik, N., Sklenar, J., Ryslava, H., Kren, V., Bezouska, K.: Structure of the dimeric N-glycosylated form of fungal beta-n-acetylhexosaminidase revealed by computer modeling, vibrational spectroscopy, and biochemical studies. BMC Structural Biology 7 (007): Art. No. IF = 1,980, O. Plíhal, J. Sklenář, K. Hofbauerová, P. Novák, P. Man, P. Pompach, H. Ryšlavá, A Charvátová-Pišvejcová, V. Křen, K. Bezouška: Large propeptides of fungal beta -N-acetylhexosaminidases are novel enzyme regulators that must be processed intracellularly to control activity, dimerization, and secretion into the extracellular environment. Biochemistry 6, (007). IF = _,6, R. Gažák, D. Walterová, V. Křen: Silybin and silymarin new and emerging applications in medicine. Curr. Med. Chem. 1 (), 1-8 (007). IF =,07, K. Křenek, M. Kuldová, K. Hulíková, I. Stibor, P. Lhoták, M. Dudič, J. Budka, H. Pelantová, K. Bezouška, A. Fišerová and V. Křen: N-Acetyl-D-glucosamine substituted calix[]arenes as stimulators of NK cellmediated antitumor immune response. Carbohydr. Res., (007). IF = _1,70,R. Gažák, P. Sedmera, M. Marzorati, S. Riva, V. Křen: Laccase-mediated dimerization of the flavonolignan silybin. J. Mol. Catal./B Enzymatic 0, 87-9 (008). IF =,19, P. Bojarová, K. Křenek, M. Kuzma, L. Petrásková, K. Bezouška, D.-J. Namdjou, L. Elling, V. Křen: N-Acetylhexosamine triad in one molecule: Chemoenzymatic introduction of -acetamido--deoxy- beta -D-galactopyranosyluronic acid residue into a complex oligosaccharide. J. Mol. Catal./B Enzymatic. 0, 69-7 (008). IF =,19, B. Sauerzapfe, D.-J. Namdjou, T. Schumacher, N. Linden, K. 7

28 Křenek, V. Křen, L. Elling: Characterization of recombinant fusion constructs of human beta-1,-galactosyltransferase 1 and the lipase pre-propeptide from Staphylococcus hyicus. J. Mol. Catal./B Enzymatic. 0, (008). IF =,19 c) spolupráce s vysokými školami na uskutečňování bakalářských, magisterských a doktorských studijních programů a vzdělávání středoškoláků 1 Bakalářský program Spolupracující VŠ Přednášky Cvičení 6 Vedení prací 7 Příprava textů 1 Mikrobiologie UK, VŠCHT, JčU ano ano ano ano Imunologie UK ano ano ano ano Biofyzika JčU ano ano ano ano Analytická chemie PřF UK ano ano ano ano Biochemie PřF UK ano ano ano ano 6 Klinická a toxikologická analýza PřF UK ano ano ne ano 8 Jiné 1 Magisterský program Spolupracující VŠ Přednášky Cvičení 6 Vedení prací 7 Příprava textů 1 Mikrobiologie UK, VŠCHT, JčU ano ano ano ano Imunologie UK ano ano ano ano Biofyzika JčU ano ano ano ano Analytická chemie PřF UK ano ano ano ano Biochemie PřF UK ano ano ano ano 6 Klinická a toxikologická analýza PřF UK ano ano ne ano 7 Biotechnologie JčU ano ano ne ano 8 Fyziologie rostlin PřF UP, JčU ano ano ne ano 8 Jiné 8

29 Doktorský program Spolupracující VŠ Přednášky Cvičení 6 Vedení prací 7 Příprava textů 1 Mikrobiologie PřF UK ano ano ano ano Imunologie PřF UK ano ano ano ano Molekulární a buněčná biologie, PřF UK ano ano ano ano genetika a virologie Chemie VŠCHT ano ano ano ano Biochemie a biotechnologie VŠCHT ano ano ano ano 6 Fyzika MFF UK, JčU ano ano ano ano 8 Jiné 1 d) vzdělávání středoškolské mládeže Aktivita Pořadatel/škola 1 Otevřená věda AVČR 6 studentů pracovalo v laboratořích MBÚ Konference Československá společnost mikrobiologická 10 studentů libereckých gymnázií se účastnilo. Kongresu ČSSM v Liberci dobrovolná MBÚ AVČR studenti docházeli do laboratoří MBÚ po celý rok Vedení Gymnázium Všetaty Každých 1 dní herpetologickomikrobiologického kroužku exkurse MBÚ / pro různé SŠ Prohlídky laboratoří dle zájmu pedagogů 6 Předmaturitní praxe MSPŠCH Umožnění 1-denních praxí Popis. Spolupráce pracoviště s dalšími institucemi a s podnikatelskou sférou a) společné projekty výzkumu a vývoje podpořené z veřejných prostředků 9

30 Pořadové číslo: 1 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: GAČR, MŠMT Partnerská organizace: ÚMCH AV ČR, v.v.i. Dosažený výsledek: Polymerní konjugát na bázi HPMA, který obsahuje cytotoxické léčivo (doxorubicin) a lidský intravenózní imunoglobulin, má významnou protinádorovou účinnost u myší C7BL/6 se syngenním lymfomem EL-. Léčba nepoškozuje imunitní systém hostitele a indukuje specifickou, dlouhodobě přetrvávající imunitu proti nádoru. Tu lze prokázat u vyléčených myší transplantací téhož nádoru podruhé u resistentních jedinců se nádory nevyvinou, a přenést slezinnými buňkami vyléčených myší nebo izolovanými CD8 + buňkami na čisté příjemce (naive) tzv. Winnovým testem Uplatnění/Citace výstupu: Šírová M, Strohalm J., Šubr V., Plocová D., Rossmann P., Mrkvan T., Ulbrich K., Říhová B.: Treatment with HPMA copolymer-based doxorubicin conjugate containing human immunoglobulin induces long-lasting anti-tumour immunity in mice. - Cancer Immunol Immunother. 6: -7, 007 Pořadové číslo: Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: GAČR, MŠMT Partnerská organizace: ÚMCH AV ČR, v.v.i. Dosažený výsledek: V této studii jsme srovnali antiproliferativní signály a signály kontrolující přežití a smrt buněk, které se zapojují u nádorových buněk EL- vystavených působení volného, nebo na HPMA navázaného doxorubicinu a to buď enzymaticky (PK1) nebo hydrolyticky (HYD) degradovatelnou vazbou. Prokázali jsme různé aktivace a role MAPK signalizačních drah kontrolujících buněčnou proliferaci a smrt, podobně aktivaci kaspázy a vazebnou aktivitu p0 podjednotky NFkappaB u buněk vystavených volnému doxorubicinu a HPMA konjugátům. Následnou analýzou exprese genů zapojených v apoptóze a regulaci buněčného cyklu jsme prokázali, že volný doxorubicin a HYD mají podobné mechanizmy účinku, zatímco PK1 vykazuje velmi rozdílný mechanizmus účinku. Uplatnění/Citace výstupu: Lubomír Kovář, Jiří Strohalm, Petr Chytil, Tomáš Mrkvan, Marek Kovář, Ondřej Hovorka, Karel Ulbrich, Blanka Říhová.: The same drug but a different mechanism of action: comparison of free doxorubicin with two different N-(- hydroxypropyl)methacrylamide copolymer-bound doxorubicin conjugates in EL- cancer cell line.- Bioconjug Chem. May-Jun;18():89-90, 007 0

31 Pořadové číslo: Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: MŠMT, GAČR Partnerská organizace: VÚFB, s.r.o. Dosažený výsledek: Ve spolupráci s REaD VÚFB, s.r.o. jsme testovali protizánětlivou účinnost nově syntetizovaných derivátů kyseliny aryloctové v experimentálním modelu ulcerosní kolitidy. Pět z těchto derivátů má shodný či větší protizánětlivý účinnek než běžně používaný sulfasalazin. Tato studie by mohla být podkladem pro vývoj nových a účinnějších protizánětlivých léků. Uplatnění/Citace výstupu: Junek R, Brůnová B, Kverka M, Panajotová V, Jandera A, Kuchar M. Antileukotrienic N-arylethyl-- arylacetamides in the treatment of ulcerative colitis. - Eur J Med Chem. 007,,108-9 Pořadové číslo: Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: GAČR, GAAV, MŠMT Partnerská organizace: ÚŽFG AV ČR, v.v.i. Dosažený výsledek: Ve spolupráci s Ústavem živočišné fyziologie a genetiky jsme stanovili cytokinový profil in vivo a in vitro sarkomovými buňkami R-8 potkanů kmene Lewis. V pokusech byly identifikovány tři cytokiny (MCP-1, TIMP-1 a VEGF) produkované R-8 buňkami in vitro. Další tři cytokiny (TNF-α, β-ngf and LIX) stanovené in vivo v krevním séru a lyzátu nádoru jsou pravděpodobně produkovány imunitními a stromálními buňkami během růstu nádoru. Uplatnění/Citace výstupu: Strnádel J., Kverka M., Horák V., Vannucci L., Usvald D., Hlučilová J., Plánská D., Váňa P., Reisnerová H., Jílek K. Multiplex analysis of cytokines involved in tumour growth and a spontaneous regression in a rat sarcoma model. - Folia Biol. 007,, Pořadové číslo: Název projektu /programu v češtině: 1

32 Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: IGA MZ ČR, GAČR Partnerská organizace: Revmatologický ústav, Praha a ÚMG AV ČR, v.v.i. Dosažený výsledek: Mnohobarevná FACS analýza prokázala u pacientů s autoimunitními nemocemi (revmatoidní artritídou RA a polymyositidou/dermatomyositidou PM/DM) zvýšenou expresi CD161 antigenu na granulárních buňkách periferní krve. Poměr CD8high/CD8low je - násobně zvýšen oproti kontrole. Podobně, zvýšení ko-exprese NKGD a CD161 na NKT buňkách a diferenciace APC buněk (CD86high) u RA pacientů se jeví jako perspektivní diagnostické znaky. Uplatnění/Citace výstupu: Pořadové číslo: 6 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: IGA MZ ČR, GAČR Partnerská organizace: Gynekologicko-porodnická klinika LF UK a FN Plzeň a s Ústavem pro péči o matku a dítě, Praha Dosažený výsledek: Leukemický infibiční faktor (LIF) má klíčovou úlohu v preimplantačním vývoji embrya a mutace tohoto genu, jak bylo ukázáno v našich výsledcích, se podílí na poruchách implantece a následné neplodnosti. Naše zjištění prokázaly také další rizikové faktory, jako je exprese CD69 a CD161 znaků na NK buňkách a zvýšení jejich funkční aktivity. Interakce IL-1/IL-1/IL-18 cytokinového systému s endometriálními leukocyty (NK buňkami) ovlivňuje angiogenezi přestavbu tkání. Uplatnění/Citace výstupu: Králíčková M, Šíma R, Martínek P, Vaněček T, Ulčová-Gallová Z, Šíma P, Křižan J, Kalis V, Štěpán Jr, Štěpán J, Rokyta Z, Uher P, Hes O.: [The leukemia inhibitory factor gene mutations in the population of infertile women: the heterozygote transition G to A on the position 00 does not affect the outcome of the infertility treatment] Ceska Gynekol. 007 Aug;7():9-8, Králíčková M., Šíma R., Vaněček T., Šíma P., Rokyta Z., Ulčová-Gallová Z., Suchá R., Uher P., Hes O.: Leukemia inhibitory factor gene mutations in the population of infertile women are not restricted to nulligravid patients. - Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 17(), 1-, Epub 006 Mar 0. (006). Pořadové číslo: 7 Název projektu /programu v češtině: Informační a vzdělávací program pro využití biotechnologií v oblasti životního prostředí a udržitelného rozvoje.