Metody detekce a identifikace MO se zaměřením na PCR a její variace. Kamila Zdeňková

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Metody detekce a identifikace MO se zaměřením na PCR a její variace. Kamila Zdeňková"

Transkript

1 Metody detekce a identifikace MO se zaměřením na PCR a její variace Kamila Zdeňková

2 Metody detekce a identifikace MO rozdělení metod pro mikrobiologické zkoušení potravin přehled rychlých metod detekce MO metody založené na polymerásové řetězové reakci (PCR) biočipy (microarrays nebo arrays) real on time PCR digitální PCR normativní postupy zahrnující PCR

3 Metody pro mikrobiologické Klasické kultivační metody zkoušení potravin metody uvedené v Nařízení Komise (ES) č.2073/2005 v platném znění jsou metody referenční a jejich použití je nezbytné pro úřední kontrolu potravin téměř všechny vydány jako ČSN ISO, ČSN EN nebo ČSN EN ISO vydává a seznam platných norem udržuje ÚNMZ (Úřad pro normalizaci, metrologii a státní zkušebnictví) alternativní metody mohou být použity pro ostatní účely a tehdy, pokud byly validovány postupem podle EN mezinárodně uznávanými organizacemi Rozdělení metod: Kvalita Ano či ne Kvantita Kolik

4 Česká technická norma ICS Únor 2006 Mikrobiologie potravin a krmiv - Horizontální metody pro průkaz a stanovení počtu bakterií čeledi Enterobacteriaceae - Část 2: Technika počítání kolonií ČSN ISO ICS Únor 2006 Microbiology of food and animal feeding stuffs - Horizontal methods for the detection and enumeration of Enterobacteriaceae - Part 2: Colony count method Microbiologie des aliments - Méthodes horizontales pour la recherche et le dénombrement de Enterobacteriaceae - Partie 2: Méthode par la comptage des colonies Mikrobiologie von Lebensmitteln und Futtermitteln - Horizontale Verfahren für den Nachweis und für die Zählung von Enterobacteriaceae - Teil 2: Koloniezahlverfahren Tato norma je českou verzí mezinárodní normy ISO :2004. Mezinárodní norma ISO :2004 má status české technické normy. This standard is the Czech version of the International Standard ISO :2004. The International Standard ISO :2004 has the status of a Czech Standard. Nahrazení předchozích norem Touto normou spolu s ČSN ISO z února 2006 se nahrazuje ČSN ISO 8523 ( ) z října 1995 a ČSN ISO 7402 ( ) z října 1995.

5 Klasické versus rychlé metody stanovení mikroorganismů v potravinách Klasické metody stanovení závazné normy (ČSN, ISO) či standardní operační postupy (SOP) dobře charakterizované, akceptované náročné na materiál a práci zdlouhavé 2-10 dní Rychlé metody stanovení doba trvání do 24 h vhodné pro orientační rozbor většího množství vzorků náročné na přístrojové vybavení positivní nález musí být potvrzen normovanou metodou pro daný MO

6 Přehled metod používaných pro detekci MO Horizontální metody ISO normy Klasické kultivační metody, ISO normy PCR Molekulárně-biologické metody (detekce DNA, případně RNA) Detekce proteinu založené na interakci antigenu s protilátkou Ostatní metody Polymerázová řetězová reakce (PCR) a její variace (multiplex, nested apod.), reversní transkripce PCR (RT PCR), sekvenace PCR s fluorescenční detekcí v reálném čase (qpcr), digitální PCR (dpcr) Genotypizační metody (AFLP, RFLP, PCR-RFLP, PFGE atd. ELISA (Enzymová imunoanalýza na pevné fázi ) Imunochromatografická technika na membráně Imumomagnetická separace Aglutinace Imunosenzory MALDI-TOF-MS, VIDAS, impedanční metody, stanovení značeného substrátu (CO 2 ), stanovení ATP luminiscenčně, Limulův test atd.

7 I II Centrální dogma molekulární biologie popisuje cestu přenosu informace v biologických systémech DNA: nositelka dědičnosti RNA: realizace genetické informace (čili exprese genu) III I II III Replikace Transkripce Translace Literature and sources used Edited by

8 Literatura a použité zdroje Obrázky: Polymerasová řetězová reakce (angl. Polymerase Chain Reaction PCR) Navržena Kary B. Mullisem roku 1983 Nobelovou cenou udělena roku 1993

9 Polymerasová řetězová reakce (angl. Polymerase Chain Reaction PCR) in vitro reakce umožňující amplifikaci DNA katalyzována termostabilní DNA polymerasou k namnožení cílového úseku používá oligonukleotidových primerů 1. Vlastní PCR - cyklické opakování 3 kroků Fáze Prů bě h DENATURACE tepelné oddě lení vláken dvojšroubovice DNA Teplota C 2. ANNEALING př ipojení primerů úsek seků m v DNA k jejich komplementárn rním C 3. ELONGACE prodlouž ení primerů polymerasou 72 C

10 Polymerasová řetězová reakce (angl. Polymerase Chain Reaction PCR) Denaturace Nasedání primerů Prodlužování primerů Literatura a použité zdroje Obrázek: Andy Vierstraete (1999)

11 PCR. Literature and sources used Andy Vierstraete (1999)

12 PCR teoretická účinnost reakce - 100% teoreticky dochází v každém cyklu ke zdvojnásobení N; N=N0*2^n No=1 No=10 n 2^n ,43597E ,09951E+12 1,09951E+12 1,09951E+13 N = počet molekul DNA v n-tém reakčním cyklu N 0 = počet molekul DNA v 0-tém reakčním cyklu (na začátku reakce) n = počet cyklů

13 Reakční směs (mastermix, MM) složka deionizovaná voda reakční pufr Mg 2+ dntp (dctp, datp, dttp, dgtp) primer A, primer B DNA polymerasa templát DNA funkce bez DNas, RNas vhodné prostředí pro polymerasu (iontová síla, ph) vazba s nukleotidy kofaktor polymerasy, (MgCl 2, MgSO 4 ) nukleotidy - stavební kameny polymerace synteticky připravené oligonukleotidy o délce nukleotidů, ohraničení amplifikovaného úseku termostabilní DNA polymerasa, polymerace DNA izolovaná z buněk, plazmidová DNA (genomové knihovny), buněčný extrakt podrobený lýzi

14 Reakční směs (koncentrace) složka obvyklá koncentrace v reakční směsi nízká koncentrace vysoká koncentrace templát DNA 0,01 ng-1000ng (plazmid-genomová DNA) nízký výtěžek nízká specifita nasedání primerů přítomnost inhibitorů PCR reakce- EDTA, heparin, (PO 4 ) 3- primer A 0,1-1µM nízký výtěžek nízká specifita nasedání primer B 0,1-1µM primerů DNA polymerasa Mg 2+ Reakční pufr dntp (dctp, datp, dttp, dgtp) 0,01-0,05 U/µl nízký výtěžek nízká specifita 1-5mM (množství Mg 2+ je přímo úměrné množství dntp) 10mM Tris-HCl, 50mM KCl 200µM pro každý nukleotid nízký výtěžek ph<7 poškození templátu vyšší přesnost nízká přesnost DNA polymerasy stabilizace ds DNA neúplná renaturace nižší výtěžek stabilizace nespecifické vazby primerů-nespecifické chybné zařazení

15 Reakční cyklus (teplotní a časový profil) proces T ( C) t cykly Počáteční denaturace C 2-5min přerušení vodíkových vazeb (hlavně genomová DNA), denaturovaná vlákna obsazena primery (nadbytek) Denaturace 95 C 30s-1min N=25-30, max. 40 teplota dle délky produktu, typu termocycleru, zkumavek nízká teplota = při ochlazení renaturace vysoká teplota = tepelné poškození templátu, hlavně u delších produktů (chyby) Annealing C 1min optimální T a (teplota annealingu) je blízká tzv. teplotě tání primerů = teplota 50% disociace duplexu primer/templát (různé vzorce, záleží na obsahu CG a TA) oba primery by měly mít podobnou T a stejná specifita nasedání vysoká teplota = primer nenasedá nízká teplota = primer nasedá nespecificky teplota dle množství templátu: dostatek s, málo déle (musí najít svůj úsek) Elongace 72 C 45s-3min teplota optimální pro DNA polymerasu, teplota podle délky fragmentu Závěrečná elongace 72 C 5-15 min dokončení nedosyntetizovaných řetězců hybridizace komplementárních vláken

16 DNA polymerasy Taq DNA polymerasa termofilní bakterie Thermus aquaticus (nyní rekombinantně) aktivní při pokojové teplotě nutnost pracovat na ledu při teplotách nad 90 C je inaktivní, ale při ochlazení se znovu aktivuje pouze 5 exonukleasová aktivita (degradace Okazakiho fr.), nikoliv 3 exonukleasová aktivita (proofreading) 1 chyba na 10-20tisíc nukleotidů Další typy polymeras Proofreading polymerasy (3 exonukleázová aktivita) = oprava reverzní transkripce (Mn 2+ ) nebo polymerázová aktivita (Mg 2+ ) v závislosti na přítomných kofaktorech Hot start polymerasy = ovlivnění začátku reakce Platinum Taq DNA Polymerasa Proofreading polymerasy Tth Tma Deep Vent TM Tli Pfu Pwo Thermus thermophilus HB-8 Thermotoga maritima Pyrococcus sp. Thermococcus litoralis Pyrococcus furiosus Pyrococcus woesei

17 Hot-start PCR technika, která snižuje nespecifické amplifikace při přípravě mastermixu při pokojové teplotě byly vyvinuty specializované enzymatické systémy, které inhibují polymerázovou aktivitu enzymu při pokojové teplotě vazbou protilátky v přítomnosti kovalentně vázaných inhibitorů odloučí až po zahřátí enzymu Platinum Taq DNA Polymerasa je rekombinantní Taq DNA polymerasa dodávána v komplexu s protilátkou, která inhibuje polymerázovou aktivitu při pokojové teplotě. DNA polymeráza se aktivuje vysokou teplotou (při 94 C) v průběhu počáteční denaturace PCR jakmile se polymeráza oddělí od inhibitoru znovu získá svou aktivitu v plném rozsahu

18 Primery oligonukleotidy o délce nukleotidů bez intramolekulárních komplementárních sekvencí tvorba sekundárních struktur vyrovnaný poměr GC a AT 3 konce primerů - probíhá od nich syntéza neměly by být vzájemně komplementární tvorba a amplifikace dimerů na 3 konci by neměl být tymin (nízká specifita párování), degenerace kodonu na 3 konci by neměly být více jak dva G či C-vysoká stabilita (3 vodíkové vazby)-nespecifické produkty (nasednutí i při nekomplementaritě zbytku) často na 3 konci tzv. GC svorka (zakončení GC)-zvýšení účinnosti hybridizace k templátu 3 konec nutná komplementarita k templátu 5 konce primerů sekvence nemusí zcela odpovídat vložení restrikčního místa, detekce mutace, různé značky

19 Primery amplifikace ne zcela známé sekvence či sekvence s variabilními pasážemi = degenerované primery směs primerů lišící ve variabilním místě zařazení inosinu (páruje se se všemi bazemi) či tyminu (nízká specifita k A) GAYTST GHGKAG

20 amplifikace genu Primer, kterým začíná 5 -konci řetězce genu a v průběhu PCR se elonguje ve směru transkripce, se označuje jako kódující = forward primer (5 primer, upstream primer). Vznikající sekvence identická se sekvencí kodonového vlákna. 3 primer nasedá na 3 konec genu, nasedá na kodonové (+) vlákno. Vznikající sekvence identická se sekvencí antikodonového vlákna. degenerované primery: amplifikace ne zcela známé sekvence na místo neznámého nukleotidu zařazeno více možných variant = směs primerů lišící se v dosazené bázi celkový počet variant vynásobení počtu variant na jednotlivých pozicích případně lze zařadit inosin (páruje se se všemi bazemi) či tymin (nízká specifita k A)

21 Směr DNA produktů nejdostupnější metodou detekce produktů PCR je elektroforesa v agarosovém gelu interkalační barvivo Ethidium bromid či SYBR Green I Mr Detekovaný vzorek * - Nemodifikovaná plodina (negativní kontrola) 1 0,1% GM plodina 1000bp 429bp 2 0,5% GM plodina 3 1% GM plodina 4 2% GM plodina 500bp 100bp + + 5% GM plodina (pozitivní kontrola) Negativní a pozitivní kontroly se zařazují z důvodu odhalení případné kontaminace či technické chyby, která by mohla za konečné zkreslení výsledků. Z důvodu jistoty u celého průběhu se obě kontroly řadí mezi vzorky již na počátku celého testu. * Ústav pro referenční materiály a měření (Institute for Reference Materials and Measurements), organizace Evropské komise EC JRC,

22 Elektroforetická detekce Analýza délky vzniklých fragmentů princip molekulového síta koncentrace agarosy: princip molekulového síta velikost produktu se srovnává se standardem obsahujícím fragmenty DNA známé délky Doporučená koncenrace agarosového gelu % agarose DNA size range (bp) elektroforetická separace v polyakrylamidovém gelu na automatickém sekvenátoru přesné zjištění délky fragmentů v genotypizační metodě AFLP alespoň jeden primer musí být značen fluorescenční značkou

23 Analýza PCR produktů Analýza specifity fragmentu hybridizační analýza=hybridizace s fluorescenčně značenou sondou DNA (shoda sekvencí) Southern blot: přenos na membránu hybridizace se značenou sondou DNA (část sekvence shodná s produktem) přenos přímo (technika dot blot)=dna čipy štěpení restrikčními enzymy restrikční místo uprostřed sekvence sekvenace PCR produktu přímo (vše se sekvenuje, v případě polymorfismu nejednoznačné)- příprava jednovláknové DNA asymetrické PCR: různá koncentrace primerů (obvykle 50:1 až 100:1), po cyklech dojde k vyčerpání - tvoří se pouze jednovláknový produkt z primeru o vyšší koncentraci sekvence na tuhé fázi: primer značený biotinem + tuhá fáze pokrytá streptavidinem = navázání po zaklonování (jednoznačné) žádaný produkt lze též po elektroforéze vyříznout a po přečištění sekvenovat PCR produkt má svojí specifickou délku a sekvenci

24 Multiplex PCR PCR s násobným množstvím párů primerů Výhoda: + možnost analýzy více parametrů Nevýhoda: - zvýšení tvorby nespecifických produktů - diskriminace delších DNA fragmentů

25 Příklad multiplex PCR Mr Nt bp 101 bp 151 bp 100 bp Detekční limit duplex PCR s primery P35S 1-3 / P35S 1-5 a nost 2-3 / nost 2-5. Dráha 1: nemodifikovaná sója, dráha 2: 0,1% RR sója, dráha 3: 0,25% RR sója, dráha 4: 0,5% RR sója, dráha 5: 1% RR sója, dráha 6: 5% RR sója, Nt: beztemplátová kontrola. Mr: marker 100 bp DNA ladder, očekávaná velikost produktů: 101 a 151 bp.

26 Nested PCR dvě po sobě následující amplifikační reakce dva druhy oligonukleotidových primerů - vnitřní a vnější templát první reakce - DNA extrahovaná z vyšetřovaného vzorku templát druhé reakce - produkt získaný první amplifikací + zvýšení citlivosti a přesnosti 1. PCR 2. PCR vnější primery DNA templát cílový produkt 1. PCR vnitřní primery DNA templát (cílový produkt 1. PCR) Cílový produkt 2. PCR

27 Standardy a kontrola PCR procesu vhodné zařazení pozitivní, negativní či beztemplátové kontroly PCR procesu - negativní kontrola - necílová DNA Nt beztemplátová kontrola - sterilní voda + pozitivní kontrola - ověřená cílová sekvence negativní nebo beztemplátové kontrola: ověření možné kontaminace reagencií a používaných pomůcek pozitivní kontrola: ověření funkčnosti všech kroků vhodné zařazení beztemplátové kontroly celého procesu analýzy vzorku, tzn. nejprve je podrobena izolačnímu procesu společně s analyzovaným vzorkem (beztemplátová kontrola izolačního procesu) a dále je podrobena všem PCR procesům jako analyzovaný vzorek

28 PCR pro detekci a identifikaci MO pro sledovaný MO vznikl jedinečný produkt (komplementární primery), tzn. nevzniká stejný produkt pro jiné MO detekce patogenních bakterií: nejčastěji identifikace genů zodpovědných za projevy virulence. Listeria spp.: iap gen při vhodně nastavené reakci tvoří produkt jen bakterie rodu Listeria, druhová specifita určena velikostí amplifikovaných produktů E. coli O157: rfb gen - pro O157 somatický antigen stx1, stx2 - geny kódují produkci toxinů eaea gen (virulenční faktor intimin), hlya (enterohemolysin A)

29 Analytická PCR Co hledám? Co chci zjistit? Přítomnost specifické sekvence, specifického genu druhově specifická PCR (např. detekce patogenu Campylobacter, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes apod.) deteguji délku fragmentu, mohu ověřit restrikčním štěpením více dvojic primerů multiplex PCR 1000bp 500bp 559bp Mr Nt Detekce tet(o) gen rezistence k tetracyklinu v bakterii Campylobacter A-100bp marker, 1-4-kmeny rezistentní k tetracyklinu 5-9 kmeny sensitivní k tetracyklinu 10-beztemplátová kontrola

30 typizace a identifikace bakterií na úrovni kmenů: důležité parametry při diagnostice i léčbě onemocnění a zároveň při monitorování epidemiologie infekcí (např. zeměpisné rozšíření, zdroj nákazy, hostitelská specifita, patogenita, virulence) dva typizační systémy: 1. Fenotypizace Biochemické testy 2. Genotypizace: Typizace MO 1. metody založené na porovnávání získaných vzorů DNA fragmentů, které využívají rozdílnosti ve velikosti fragmentů DNA získaných buď amplifikací genomové části DNA nebo jejich štěpením specifickými restrikčními endonukleasami, či kombinací obojího (např. AFLP, RFLP, PFGE, Rep-PCR) 2. metody založené na sekvenci, kdy jsou bakteriální kmeny rozlišeny na základě polymorfismů v DNA (např. SLST, MLST) 3. metody založené na hybridizaci DNA s próbami o známé sekvenci

31 Typizace MO fenotypový typizační systém spočívá v určení bakteriálního fenotypu na základě koloniální morfologie na různých růstových médiích, biochemických testů, sérologie, citlivosti ke killer toxinům, patogenitě a citlivosti k různým druhům antibiotik apod. V některých případech však není fenotypová typizace dostatečně účinná při určování blízce příbuzných bakteriálních kmenů genotypizace využívá rozlišení bakteriálních kmenů na základě zkoumání jejich genetického materiálu a získaný genetický profil je unikátní (můžeme jej přirovnat např. k otisku prstu, tzv. DNA fingerprint)

32 analyzovat rozdíly mezi různými DNA v rámci druhu = genotypizace (fingerprinting) DNA fingerprinting náhodným primerem štěpení DNA, připojení adaptérů, z kterých vedeno PCR 1517bp 1200bp 1000bp 800bp 500bp 4000bp 3000bp 2000bp 1500bp 1000bp 750bp 500bp REP PCR 38bp dlouhý úsek s 6 degenerovanými pozicemi (sekvencemi) srovnání vzniklých profilů A B B

33 PFGE (pulsed field gel electrophoresis) elektroforetická technika používaná při dělení velkých molekul DNA (10 kbp 10 Mbp) při klasické gelové elektroforese v konstantním elektrickém poli je možné účinně dělit fragmenty DNA do velikosti zhruba 20 kbp, protože nad touto hranicí fragmenty DNA vykazují stejnou pohyblivost a není možné je od sebe rozlišit aplikace střídavého elektrického pole ve třech různých směrech (posun vždy o 120 ), umožňuje účinné rozdělení i velkých fragmentů DNA principem této metody je opět štěpení genomové DNA restrikční endonukleasou (tentokrát však lyse buněk a štěpení DNA probíhá in situ v agarosových bločcích připravených smícháním bakteriální suspenze s rozpuštěnou agarosou) volena méně často štěpící RE, poskytující menší počet dlouhých fragmentů rozdělením fragmentů pomocí PFGE a obarvením gelu (např. v roztoku ethidiumbromidu) opět u jednotlivých kmenů získáme různé vzory bandů (profilů), jež mezi sebou velmi dobrá reprodukovatelnost a diskriminační schopnost = metoda považována za tzv. zlatý standard v oblasti genotypizačních metod

34 Pulsní gelová elektroforesa (Pulsed field gel electrophoresis, PFGE) mohou být rozděleny molekuly 10 Mb v agarosovém gelu gel je vystaven elektrickému poli, jehož směr se pod určitým úhlem ( ) v časových intervalech periodicky mění DNA periodicky mění svůj směr migrace (nutná reorientace molekuly) díky změnám orientace elektrického pole CHEF contour-clamped homogenous electrical field úhel 120 nebo 106, také 90 pro kb

35 Výhody a nevýhody PCR Výhody + nízká mez detekce 0,001% až 0,5% GMO či jednotky cílového MO + možnost sériových analýz + možnost analýz několika parametrů v jedné reakci (multiplex PCR) + malé reakční objemy (nižší cena stanovení) + možnost analýz potravinářských surovin i technologicky opracovaných potravin Nevýhody - nemožnost kvantifikace pomocí klasické metody PCR - některé sekvence podléhají patentovému zákonu (v běžné praxi jsou nedostupné pro návrh primerů) - poměrně vysoká cena základního vybavení - malé reakční objemy (náročné na zkušenost experimentátora a výběr vhodných podmínek reakce) - neschopnost odlišit živé a mrtvé buňky MO

36 RNA v buňce Ribosomes with ribosomal RNA Messenger RNA (mrna) Chromosomal DNA Bacterial cell Small RNAs multiple RNA copies for every one DNA copy, depending on the state of the cell Životnost mrna v buňce je velmi nízká u bakterií 1 až 6 minut, kvasinky okolo 20 minut mrna je v živé buňce neustále syntetizována a degradována

37 PCR kombinované s reverzní transkripcí (RT-PCR, Reverse transcription PCR) mrna cdna amplifikace genu (PCR) Reverzní transkripce Použitelné pro izolaci genu z mrna např. eukaryotní organismy, poté cdna (nejsou v ní obsaženy introny)

38 Literatura a použité zdroje RT-PCR reakce, která amplifikuje RNA namísto DNA zejména mrna: kontrola exprese, rozlišení živých a mrtvých buněk počátečním krokem je izolace celkové RNA nebo mrna z vzorku, pomocí nukleas jsou odstraněny zbytky DNA, následně je pomocí reverzní transkriptasy přepsána templátová mrna do cdna a ta je poté podrobena PCR

39 Fluorescence - aplikace Odlišení živých/mrtvých buňky - kity LIVE BacLight Bacterial Gram Stain Kit LIVE/DEAD BacLight Bacterial Viability Kit LIVE/DEAD Reduced Biohazard Cell Viability Kit #1 LIVE/DEAD Yeast Viability Kit Cíl Bakterie Kvasinky Výsledek Fluorescenční látky Standardní filtry Živé G+ se barví zeleně a živé G- se barví červeně Odlišné zbarvení je založeno na propustnosti membrán. Živé buňky se barví hlavně zeleně a mrvé buňky převážně červeně (proniknou obě barviva) Aktivní buněčné vakuoly se barví oranžově, živé i mrvé buněčné stěny modře SYTO 9 SYTO 9 SYTO 10 FUN 1 Hexidium iodid Promidium iodid Ethidium homodimer-2 Calcofluor White M2R FITC FITC FITC FITC Texas Red Texas Red Texas Red DAPI Ex/Em (nm) 480/ / / / Introduce.htm 480/ / / /440

40 Koncentrace a kvalita DNA Převážně spektrofotometricky [ng/ml] A260/A280 ratio: indicates pollution proteins, in pure DNA is 1.8 to 2.0 A260/A230 ratio: less than 1.8 indicates the presence of organic contaminants - (poly) phenols, thiocyanates, carbohydrates, urea, etc., in a clean DNA is in the range (-2, 2) Horizontální agarosová elektroforesa Lambda/HindIII marker

41 Detekce specifického genu 1000bp 500bp 559bp Mr Nt Detekce tet(o) gen rezistence k tetracyklinu v bakterii Campylobacter A-100bp marker, 1-4-kmeny rezistentní k tetracyklinu 5-9 kmeny sensitivní k tetracyklinu 10-beztemplátová kontrola

42 PCR detekce - reálný vzorek účinnost izolace DNA z potravinové matrice účinnost PCR detekce=citlivost (závislost signálu na výchozím množství templátu) DETEKČNÍ LIMIT!!!! L. monocytogenes 1kb Primery komplementární k Listeria spp bp 593 bp Primery komplementární k Listeria monocytogenes

43 BAX system Q7 validovaný systém pro detekci potravinových patogenů komerční kit pro izolaci DNA a PCR reakci validované schéma zkoušky (izolace DNA z malých objemů po pomnožení) detekce specifického produktu pomocí křivky tání (případně též Real-Time PCR aplikace)

44 BAX system Q7 Salmonella Listeria monocytogenes Genus Listeria Enterobacter sakazakii E. coli O157:H7 Staphylococcus aureus Real-time Campylobacter jejuni/coli/lari Real-time Vibrio cholerae/ parahaemolyticus/vulnificus Real-time Yeast and molds en_us/index.html

45 Provedení Vzorek Příprava vzorku Teplotní lyze PCR Detekce a analýza Není nutné použít izolovanou DNA Lyofilizované reagencie (tableta) DNA-Polymerase Primery Nukleotidy Pufr Barvička Pozitivní kontrola: interní

46 Kmen Výsledek Analýza křivky tání Izolát z masa - T [ C] E. coli (CCM 3954) - T [ C] Avirulentní EC 4787 O157:H7 (pasážovaná) - T [ C] Avirulentní EC 4787 O157:H7 + T [ C]

47 Biočipy (microarrays nebo arrays) kolekce mikroskopických spotů DNA navázaných k pevnému povrchu (např. sklo, plast nebo křemíkový čip) až tisíce krátkých DNA sond komplementárních k hledaným sekvencím založeno na klasické technologii hybridizace DNA imobilizované DNA fragmenty (sondy) mohou být kratší oligonukleotidy (20-30 bp), PCR produkty, genomová DNA, umělé bakteriální chromosomy (BAC), plazmidy nebo i dlouhé oligonukleotidy DNA biočipy jsou nejčastěji využívány k měření exprese velkého množství genů současně NK bývají izolovány z buněk, RNA je převedena na cdna nebo crna, a jsou amplifikovány pomocí PCR technik řetězec NK hybridizuje se sondou imobilizovanou na povrchu pevného nosiče, detekce je prováděna buď stříbrem, chemiluminiscenčně (pro DIG značku) nebo přímo fluorescenčně

48 Biočipy (microarrays nebo arrays) Navázaný cílový fragment Imobilizovaný DNA fragment Pevný povrch Literatura a použité zdroje Počítačový model prost. uspořádání na DNA biočipu. Převzato z

49 Kvantifikace NK pomocí PCR PCR s fluorescenční detekcí v reálném čase (qpcr, angl. Real on Time PCR) monitorování vznikajícího produktu v průběhu celého amplifikačního procesu qrt PCR je nejpřesnější a nejvýhodnější v současné době dostupná kvantitativní metoda vysoká pořizovací cena nástrojů interkalační barviva - (např. SYBR green I, Ethidium bromid) = levnější fluorescenčně značené sondy - přesnější

50 Prahový detekční cyklus C T (threshold cycle) nejnižší cyklus ve kterém hodnota fluorescence měřeného vzorku vzroste nad hodnotu fluorescence pozadí C T

51 Fluorescence reportéru ( Rn) Vzorek beztemplátová kontrola Ct Amplifikační křivka Vzorek 1: 10 6 kopií cílového úseku vzorek 2: 10 5 kopií cílového úseku vzorek 3: 10 4 kopií cílového úseku vzorek 4: 10 3 kopií cílového úseku vzorek 5: 10 2 kopií cílového úseku zelená přímka znázorňuje mezní hodnotu pozadí Počet cyklů

52 PCR teoretická účinnost reakce - 100% teoreticky dochází v každém cyklu ke zdvojnásobení N; N=N0*2^n No=1 No=10 n 2^n ,43597E ,09951E+12 1,09951E+12 1,09951E+13 N = N 0 (2) n N = počet molekul DNA v n-tém reakčním cyklu N 0 = počet molekul DNA v 0-tém reakčním cyklu (na začátku reakce) n = počet cyklů

53 Skutečná amplifikační účinnost reakce N = N 0 (1+E) n N = počet molekul DNA v n-tém reakčním cyklu N 0 = počet molekul DNA v 0-tém reakčním cyklu (na začátku reakce) E = amplifikační účinnost reakce <0,1> n = počet cyklů

54 SYBR Green I Systém SYBR Green I (SG I) interkaluje do malého žlábku dsdna fluorescence SG I se po navázání do dsdna zvýší až 1000-krát delší amplikony = vyšší fluorescenční signál detekce veškeré dsdna = nižší specifičnost systému nutnost pečlivého výběru reakčních podmínek nutná analysa křivek tání cenově dostupnější než detekce pomocí fluorescenčně značených sond

55 SYBR Green I a) b) c) a) prostředí reakce po teplotní denaturaci b) nasednutí primerů a vazba barviva c) prodlužování primerů upraveno dle

56 Křivka tání Nahoře: Křivky tání. Dole: Záporná derivace fluorescence dělená derivací teploty

57 Kalibrační a disociační křivka

58 Fluorescenční rezonanční přenos energie (FRET, angl. Fluorescence Resonance Energy Transfer) Zdroj < 2 fluorofor je excitován pomocí vhodné vlnové délky energie z dárce (donoru) je přenesena na druhý fluorofor (akceptor) excitovaný akceptor emituje světlo s vyšší vlnovou délkou

59 Real on Time PCR přesná, rychlá, univerzální metoda vhodná pro sériové analýzy vysoké pořizovací náklady

60 Digitální PCR (dpcr) Rozdělení analyzovaného vzorku do velkého počtu separátních reakčních komor Literatura a použité zdroje

61 Digitální PCR (dpcr) dosažené pomocí 1) čipu (dynamické čipy (mikrofluidika), OpenArray ) teplotní protokol jako u klasického PCR 2) maličkých kapiček nanolitrové velikosti (ang. doplet) fluorescenční detekce umožněna použitím Taqman hydrolyzačních sond (endpoint PCR, nárůst fluorescence) kvantifikace je provedena odečtem fluorescence velkého počtu individuálních reakcí (komor) na konci amplifikační reakce počítají se jednotlivé komůrky + positivní (detekce fluorescence, tzn. obsahuje cílový úsek) - negativní (nedetekuje se fluorescence, tzn. neobsahuje cílový úsek) používá se statistické vyhodnocení pomocí Poissonovo rozdělení (zákon vzácných jevů) počet cílových úseků průměrně připadající na jednu reakční komoru = - ln (1 počet pozitivních komůrek/ celkový počet analyzovaných komůrek)

62 Digitální PCR (dpcr) absolutní kvantifikace přítomnost cílového úseku je měřena přímo (není potřeba porovnání se standardní křivkou) jednoduché porovnání výsledků získaných z jednotlivých PCR běhů (dpcr počítá přímo cílové úseky, není ovlivněno různými použitými přístroji, standardní křivkou či zkušenostmi experimentátora). relativní kvantifikace provedena poměrem absolutních kvantifikací dvou cílových úseků vhodné i pro kvantifikaci nízké koncentrace cílového úseku ve vysokém množství doprovodné nukleové kyseliny citlivější než real on time PCR

63 Digitální PCR (dpcr) Rozdělení vzorku do komůrek zmenšuje (odstraňuje?) efekt přítomnosti inhibitorů amplifikační reakce. Vzorek, který by nemusel být vhodný pro kvantifikaci pomocí qpcr může být spolehlivě kvantifikován pomocí dpcr. Sestavy (angl. Arrays) 1. Dynamické čipy pro genotypování a genovou expresi (Fluidigm BioMark TM ) 2. OpenArray Real-Time PCR Systém (Life Technologie, Applied Biosystems) Droplet digital PCR (ddpcr) 1. Biorad QX100

64 Díly A-E představují sérii ředění analyzovaného vzorku cdna (1:1) Díl F je negativní kontrola Každý díl obsahuje 765 komůrek (individuální PCR reakce) Černá políčka negativní signál Červená políčka pozitivní signál (detekce fluorescence) Sloupec označený Estimated : odhad kopií cílového úseku určený pomocí qpcr Sloupec označený Biomark : odhad kopií cílového úseku pomocí dpcr Literatura a použité zdroje

65 OpenArray Real-Time PCR Systém Kombinace OpenArray Real-Time PCR Instrument a OpenArray AccuFill Systém (Applied Biosystems life technologies) Literatura a použité zdroje

66 Kapkový digitální systém PCR (ddpcr) Kapkový digitální systém PCR angl. Droplet digital PCR (ddpcr) vzorek a olej vytvoří emulzi až kapiček ( komůrek ) v analyzovaném vzorku 1. Přístroj 2. přístroj 3. přístroj emulgátor PCR termální cycler angl. droplet reader Literatura a použité zdroje a Ředění analyzovaného vzorku

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální

Více

Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách

Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách Kamila Zdeňková Transgenní rostliny, tj. takové rostliny, do jejichž dědičného základu byly metodami genového inženýrství

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

Enzymy v molekulární biologii, RFLP. Molekulární biologie v hygieně potravin 3, 2014/15, Ivo Papoušek

Enzymy v molekulární biologii, RFLP. Molekulární biologie v hygieně potravin 3, 2014/15, Ivo Papoušek Enzymy v molekulární biologii, RFLP Molekulární biologie v hygieně potravin 3, 2014/15, Ivo Papoušek Enzymy v molekulární biologii umožňují nám provádět celou řadu přesně cílených manipulací Výhody enzymů:

Více

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR VI. Aplikace qrt-pcr 1. Detekce DNA - Diagnóza infekčních onemocnění (přítomnost patogenů v krvi, séru, plazmě ) - Sledování minimální reziduální nemoci - Detekce patogenů

Více

TECHNIKY PCR. PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce

TECHNIKY PCR. PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce TECHNIKY PCR PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce Komponenty nukleových kyselin Nukleotid DNA deoxyguanosid monofosfát (dgmp) Koncept párování bazí je striktně konzervativní Cytosine

Více

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 Obsah soupravy a její skladování Tato souprava pro reverzní transkripci obsahuje reagencie potřebné k provedení reverzní transkripce (RT)

Více

Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii

Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Výuková prezentace z: Lékařské mikrobiologie Jan Smíšek ÚLM 3. LF UK 2009 Princip identifikace Soubor znaků s rozdílnou diskriminační hodnotou Základní problémy

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) SNPs Odvozování a genotyping Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s problematikou hledání

Více

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha interakce antigenu s protilátkou probíhá pouze v místech epitopů Jeden antigen může na svém povrchu nést

Více

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)

Více

Filozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích

Filozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Vzdělávání v oblasti forenzní genetiky reg. č. CZ.1.07/2.3.00/09.0080 Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích INVESTICE DO ROZVOJE

Více

Metody detekce poškození DNA

Metody detekce poškození DNA STABILITA GENOMU II. Metody detekce poškození DNA Metody detekce poškození DNA Možnosti stanovení: 1. poškození DNA per se nebo 2. jeho následky mutace genů a mutace chromosomů 1. Detekce poškození DNA

Více

Seminář potravinářské mikrobiologie

Seminář potravinářské mikrobiologie Seminář potravinářské mikrobiologie Třešť 16.5.-18.5.2011 program Novinky v potravinářské mikrobiologii (i formou přehledových referátů) Kulatý stůl problémy v praxi a jak na ně Referáty PhD studentů Presentace

Více

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po

Více

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

Zkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE. Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha

Zkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE. Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha Zkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha Definice: Sepse je definována jako syndrom systémové zánětlivé odpovědi

Více

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu)

Více

PRŮTOKOVÁ CYTOMETRIE - PERSPEKTIVNÍ ALTERNATIVA V ANALÝZE MIKROBIOLOGICKÝCH UKAZATELŮ KVALITY VOD

PRŮTOKOVÁ CYTOMETRIE - PERSPEKTIVNÍ ALTERNATIVA V ANALÝZE MIKROBIOLOGICKÝCH UKAZATELŮ KVALITY VOD PRŮTOKOVÁ CYTOMETRIE - PERSPEKTIVNÍ ALTERNATIVA V ANALÝZE MIKROBIOLOGICKÝCH UKAZATELŮ KVALITY VOD 1* P. Mikula, 1 B. Maršálek 1 Botanický ústav Akademie věd ČR, Oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie,

Více

Pavel Čermák. Thomayerova nemocnice Praha - Krč. 14.2.2013 výroční zasedání SLM

Pavel Čermák. Thomayerova nemocnice Praha - Krč. 14.2.2013 výroční zasedání SLM Pavel Čermák Thomayerova nemocnice Praha - Krč Úkoly na rok 2012 Vytvoření seznamu přístrojů Doplnění podkladů pro kalkulaci Možná úprava některých stávajících výkonů?? Revize pracovních časů u všech výkonů

Více

Havarijní plán pro práci s geneticky modifikovanými mikroorganismy Mikrobiologický ústav AV ČR

Havarijní plán pro práci s geneticky modifikovanými mikroorganismy Mikrobiologický ústav AV ČR Mikrobiologický ústav AV ČR Příloha 6 Havarijní plán 1/5 Havarijní plán pro práci s geneticky modifikovanými mikroorganismy Mikrobiologický ústav AV ČR a) Adresa pracoviště Mikrobiologický ústav AV ČR

Více

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C

α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C Popis stripů: Pracovní postup Izolace DNA Doporučujeme použít následující kit pro izolaci DNA z plné krve nebo jiných typů vzorků: Spin Micro DNA Extraction

Více

Písemná zpráva zadavatele

Písemná zpráva zadavatele Písemná zpráva zadavatele veřejné zakázky zadávané dle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném ke dni zahájení zadávacího řízení (dále jen ZVZ ). Veřejná zakázka Název: Ostatní

Více

Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014. Nastavení real-time PCR cykleru. Light Cycler 480 Instrument. (Roche) generi biotech

Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014. Nastavení real-time PCR cykleru. Light Cycler 480 Instrument. (Roche) generi biotech Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014 Nastavení real-time PCR cykleru Light Cycler 480 Instrument (Roche) generi biotech OBSAH 1. Nastavení teplotního profilu...3 1.1. Nastavení nového teplotního

Více

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ICS 67.100.10 2006 Mléko - Stanovení obsahu močoviny - Enzymatická metoda s použitím změny v ph (Referenční metoda) ČSN ISO 14637 57 0102 Únor Milk - Determination of urea content

Více

Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie

Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie Beránek M., Drastíková M. Ústav klinické biochemie a diagnostiky, Lékařská fakulta UK a Fakultní nemocnice Hradec Králové beranek@lfhk.cuni.cz

Více

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ICS 67.050 2008 Potraviny - Metody pro detekci geneticky modifikovaných organismů a odvozených produktů - Metody založené na stanovení proteinů ČSN EN ISO 21572 56 9901 Leden idt

Více

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací Genetika Nauka o dědid dičnosti a proměnlivosti Genetika molekulárn rní buněk organismů populací Dědičnost na úrovni nukleových kyselin Předávání vloh z buňky na buňku Předávání vlastností mezi jednotlivci

Více

Posouzení citlivosti, specifity a přesnosti identifikace nefermentujících Gram-negativních tyčinek pomocí PCR-HRMA

Posouzení citlivosti, specifity a přesnosti identifikace nefermentujících Gram-negativních tyčinek pomocí PCR-HRMA Univerzita Palackého v Olomouci Přírodovědecká fakulta Katedra buněčné biologie a genetiky Posouzení citlivosti, specifity a přesnosti identifikace nefermentujících Gram-negativních tyčinek pomocí PCR-HRMA

Více

Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie.

Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie. Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie. Připravila L.Fajkusová Online Mendelian Inheritance in Man: #229300 FRIEDREICH ATAXIA 1; FRDA *606829 FRDA GENE; FRDA Popis onemocnění

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním

Více

Richard Prùša. Ústav klinické biochemie a patobiochemie 2. lékaøské fakulty UK

Richard Prùša. Ústav klinické biochemie a patobiochemie 2. lékaøské fakulty UK Richard Prùša Richard Prùša Ústav klinické biochemie a patobiochemie 2. lékaøské fakulty UK . Základy analytických metod v klinické molekulární biologii Richard Prùša Praha 1997 Základy analytických metod

Více

Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR

Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR Aleš Vráblík, Jan Hodek, Jaroslava Ovesná Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR METODIKA PRO PRAXI Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. 2012 Metodika byla vypracována pracovníky

Více

STANOVENÍ, CHARAKTERIZACE A IDENTIFIKACE BIOREMEDIAČNÍCH MIKROORGANISMŮ

STANOVENÍ, CHARAKTERIZACE A IDENTIFIKACE BIOREMEDIAČNÍCH MIKROORGANISMŮ Abstrakt STANOVENÍ, CHARAKTERIZACE A IDENTIFIKACE BIOREMEDIAČNÍCH MIKROORGANISMŮ Jana Chumchalová, Eva Podholová, Jiří Mikeš, Vlastimil Píštěk EPS, s.r.o., V Pastouškách 205, 686 04 Kunovice, e-mail: eps@epssro.cz

Více

O původu života na Zemi Václav Pačes

O původu života na Zemi Václav Pačes O původu života na Zemi Václav Pačes Ústav molekulární genetiky Akademie věd ČR centrální dogma replikace transkripce DNA RNA protein reverzní transkripce translace informace funkce Exon 1 Intron (413

Více

Směrnice správné laboratorní praxe pro vyšetřování nejčastějších mutací v mitochondriální DNA

Směrnice správné laboratorní praxe pro vyšetřování nejčastějších mutací v mitochondriální DNA Směrnice správné laboratorní praxe pro vyšetřování nejčastějších mutací v mitochondriální DNA Pozn.: 1) Směrnice nezahrnují kritéria klinické indikace k vlastnímu molekulárně genetickému vyšetření a obecné

Více

Validace a verifikace molekulárně biologických metod založených na analýze extrahumánního genomu

Validace a verifikace molekulárně biologických metod založených na analýze extrahumánního genomu Validace a verifikace molekulárně biologických metod založených na analýze extrahumánního genomu Doplněk k doporučení výboru České společnosti klinické biochemie o validaci a verifikaci analytických metod

Více

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom (RBL) zhoubný nádor oka, pocházející z primitivních

Více

Návod k použití souprav. Wipe test. Kontaminační kontrola. Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody

Návod k použití souprav. Wipe test. Kontaminační kontrola. Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody Návod k použití souprav Wipe test Kontaminační kontrola Testovací souprava pro kontrolu kontaminace využívající molekulárně - biologické metody REF 7091 40 reakcí 1. Popis výrobku V posledních letech se

Více

Molekulární základ dědičnosti

Molekulární základ dědičnosti Molekulární základ dědičnosti Dědičná informace je zakódována v deoxyribonukleové kyselině, která je uložena v jádře buňky v chromozómech. Zlomovým objevem pro další rozvoj molekulární genetiky bylo odhalení

Více

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Charakteristika testu: Set AMPLICOR HPV vyráběný firmou Roche je určený pro detekci vysoko-rizikových typů lidských

Více

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP Lékařská genetika Lékařský obor zabývající se diagnostikou a managementem dědičných onemocnění Genetická prevence

Více

Jsme tak odlišní. Co nás spojuje..? Nukleové kyseliny

Jsme tak odlišní. Co nás spojuje..? Nukleové kyseliny Jsme tak odlišní Co nás spojuje..? ukleové kyseliny 1 UKLEVÉ KYSELIY = K anj = A ositelky genetických informací Základní význam pro všechny organismy V buňkách a virech Identifikace v buněčném jádře (nucleos)

Více

METROLOGIE V CHEMII DAVID MILDE, 2013. Metrologie = věda o měření a jeho aplikaci

METROLOGIE V CHEMII DAVID MILDE, 2013. Metrologie = věda o měření a jeho aplikaci METROLOGIE V CHEMII DAVID MILDE, 2013 Metrologie = věda o měření a jeho aplikaci Měření - proces experimentálního získávání jedné nebo více hodnot veličiny (měření = porovnávání, zjišťování počtu entit).

Více

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION DIGITÁLNÍ OBRAZOVÁ ANALÝZA ELEKTROFORETICKÝCH GELŮ *** Vyhodnocování získaných elektroforeogramů: Pro vyhodnocování

Více

Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová. KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI

Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová. KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI Jaroslava Ovesná, Jan Hodek, Lucie Pavlátová KVALITATIVNÍ STANOVENÍ TRANSGENNÍ LINIE RÝŽE Bt 63 METODOU PCR METODIKA PRO PRAXI Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i. 2009 Metodika byla vypracována pracovníky

Více

Závěrečná zpráva. Zkoušení způsobilosti v lékařské mikrobiologii (Externí hodnocení kvality) PT#M/32/2010 (č. 677) Identifikace herpetických virů

Závěrečná zpráva. Zkoušení způsobilosti v lékařské mikrobiologii (Externí hodnocení kvality) PT#M/32/2010 (č. 677) Identifikace herpetických virů Státní zdravotní ústav Expertní skupina pro zkoušení způsobilosti Organizátor programů zkoušení způsobilosti akreditovaný ČIA, reg. č. 7001 Šrobárova 48, 100 42 Praha 10 Vinohrady Závěrečná zpráva Zkoušení

Více

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění O. Topolčan,M.Pesta, J.Kinkorova, R. Fuchsová Fakultní nemocnice a Lékařská fakulta Plzeň CZ.1.07/2.3.00/20.0040 a IVMZČR Témata přednášky Přepdpoklady

Více

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. Konference Klonování a geneticky modifikované organismy Parlament České republiky, Poslanecká sněmovna 7. května 2015, Praha Výroba léků rekombinantních léčiv Výroba diagnostických

Více

Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují

Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují s finanční podporou v Operačním programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost Královéhradeckého kraje Modul 02 Přírodovědné předměty Hana Gajdušková 1 Viry

Více

Studie zdravotního stavu dětí

Studie zdravotního stavu dětí Studie zdravotního stavu dětí z Radvanic a Bartovic Miroslav Dostál Ústav experimentální mediciny AV ČR, v.v.i., Praha 1 Zdravotní stav dětí Cíl porovnat zdravotní stav dětí žijících v Radvanicích & Bartovicích

Více

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika projekt GML Brno Docens DUM č. 10 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 26.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Procesy následující bezprostředně po transkripci.

Více

Stárnutí organismu Fyziologické hodnoty odchylky během stárnutí

Stárnutí organismu Fyziologické hodnoty odchylky během stárnutí Stárnutí organismu Stárnutí organismu Fyziologické hodnoty odchylky během stárnutí poklesy funkcí se liší mezi orgánovými systémy Některé projevy stárnutí ovlivňuje výživa Diagnostické metody odlišují

Více

Neodolatelný SELECTAN ORAL SELECTAN ORAL. 23 mg/ml koncentrát k použití v pitné vodě. Vysoký příjem, nejlepší léčba.

Neodolatelný SELECTAN ORAL SELECTAN ORAL. 23 mg/ml koncentrát k použití v pitné vodě. Vysoký příjem, nejlepší léčba. SELECTAN ORAL 23 mg/ml koncentrát k použití v pitné vodě Neodolatelný Vysoký příjem, nejlepší léčba. SELECTAN ORAL představuje léčivý roztok v pitné vodě řešící opakující se infekce u prasat. : nová molekula

Více

ZADÁVACÍ PODMÍNKY. Název zadavatele: ÚSTAV HEMATOLOGIE A KREVNÍ TRANSFUZE V PRAZE (ÚHKT) Sídlo: U Nemocnice 2094/1, 128 20 Praha 2 IČ / DIČ

ZADÁVACÍ PODMÍNKY. Název zadavatele: ÚSTAV HEMATOLOGIE A KREVNÍ TRANSFUZE V PRAZE (ÚHKT) Sídlo: U Nemocnice 2094/1, 128 20 Praha 2 IČ / DIČ VÝZVA K PODÁNÍ NABÍDEK DO VÝBĚROVÉHO ŘÍZENÍ NA ZADÁVACÍ PODMÍNKY Název zakázky: Systém Real-Time PCR 1. Identifikační údaje zadavatele Název zadavatele: ÚSTAV HEMATOLOGIE A KREVNÍ TRANSFUZE V PRAZE (ÚHKT)

Více

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 Verze: 1.4 Datum poslední revize: 25. 3. 2015 nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 (Corbett Research) generi biotech OBSAH: 1. Nastavení teplotního profilu a spuštění cykleru... 3 2. Zadání

Více

2,00-4,00. 6 týdnů - koagulačně 60-120 Protein S (PS) koagulačně 50-150 % citrát 1:10-6 týdnů APC-řeď.FV deficientní

2,00-4,00. 6 týdnů - koagulačně 60-120 Protein S (PS) koagulačně 50-150 % citrát 1:10-6 týdnů APC-řeď.FV deficientní Laboratorní příručka Příloha1: Přehled vyšetření prováděných v laboratoři 105_LP_08_01_Přílohač1 sodný k provádění laboratorních testů: doby odezvy (tzv Turn-Around Time, TAT) jsou ve shodě s doporučeními

Více

analýza dat a interpretace výsledků

analýza dat a interpretace výsledků Genetická transformace bakterií III analýza dat a interpretace výsledků Předmět: Biologie ŠVP: Prokaryotní organismy, genetika Doporučený věk žáků: 16-18 let Doba trvání: 45 minut Specifické cíle: analyzovat

Více

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Genomika a bioinformatika Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Jan Pačes, Mgr, Ph.D Ústav molekulární genetiky AVČR, CZECH FOBIA (Free and Open Bioinformatics Association) hpaces@img.cas.cz

Více

Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316

Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316 Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316 Molekulární markery PCR, RAPD, RFLP, AFLP, mikrosatelity, sekvenace Genetické markery Genetické markery

Více

PREGRADUÁLNÍ VZDĚLÁVÁNÍ V LÉKAŘSKÉ MIKROBIOLOGII

PREGRADUÁLNÍ VZDĚLÁVÁNÍ V LÉKAŘSKÉ MIKROBIOLOGII PREGRADUÁLNÍ VZDĚLÁVÁNÍ V LÉKAŘSKÉ MIKROBIOLOGII Milan Kolář Lékařská fakulta UP v Olomouci ZÁVĚRY Z PŘEDCHÁZEJÍCÍCH SETKÁNÍ Výuka lékařské mikrobiologie patří k nezbytným předpokladům pro výuku klinických

Více

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE

Více

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Níže uvedené komentáře by měly pomoci soutěžícím z kategorie B ke snazší orientaci

Více

SLEDOVÁNÍ VÝSKYTU GENOTOXICKÝCH LÁTEK V POVODÍ ŘEKY SVRATKY V SOUVISLOSTI S URANOVÝM PRŮMYSLEM

SLEDOVÁNÍ VÝSKYTU GENOTOXICKÝCH LÁTEK V POVODÍ ŘEKY SVRATKY V SOUVISLOSTI S URANOVÝM PRŮMYSLEM SLEDOVÁNÍ VÝSKYTU GENOTOXICKÝCH LÁTEK V POVODÍ ŘEKY SVRATKY V SOUVISLOSTI S URANOVÝM PRŮMYSLEM Jana Badurová, Hana Hudcová, Radoslava Funková, Helena Mojžíšková, Jana Svobodová Toxikologická rizika spojená

Více

Geneticky modifikované

Geneticky modifikované Mr 1 2 3 4 5 6 Nt Mr 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Nt 500 bp 500 bp Obr. 1: Ověření možnosti amplifikace DNA Obr. 2: Ověření možnosti amplifikace DNA rostlin kukuřice pomocí PCR s primery Plant1/Plant 2. pomocí PCR

Více

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 8.11.2007 7 1 UV spektroskopie DNA a proteinů Všechny atomy absorbují v UV oblasti

Více

P ehled výsledk z Referen ní laborato e

P ehled výsledk z Referen ní laborato e P ehled výsledk z Referen ní laborato e 1,3 Hajdúch M, 1,3 Trojanec R, 2,3 Kolá Z, 1,3 Bouchalová K, 2,3 Sedláková E. 1 Laborato experimentální medicíny p i D tské klinice LF UP a FN Olomouc 2 Laborato

Více

Titrace autoprotilátek detekovaných metodami nepřímé imunofluorescence. Jan Martinek Ivo Lochman

Titrace autoprotilátek detekovaných metodami nepřímé imunofluorescence. Jan Martinek Ivo Lochman Titrace autoprotilátek detekovaných metodami nepřímé imunofluorescence Jan Martinek Ivo Lochman OSNOVA ÚVOD TITRACE DLE EUROIMMUN DATA SEKK STANDARTIZACE ANA STANDARTIZACE ICA HOOK EFEKT ZÁVĚR Titrace

Více

Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316

Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316 Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/15.0316 Využití houbových organismů v genovém inženýrství MIKROORGANISMY - bakterie, kvasinky a houby využíval

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

Činnost a aktivity zdravotníků v oblasti klonování a GMO

Činnost a aktivity zdravotníků v oblasti klonování a GMO Konference ZV PS ČR Klonování a GMO dne 7. 5. 2015 v Praze Činnost a aktivity zdravotníků v oblasti klonování a GMO Vladimír Ostrý Státní zdravotní ústav v Praze Centrum zdraví, výživy a potravin v Brně

Více

Metodické listy OPVK. Molekulární metody hodnocení genotypů Marker Assisted Breeding 14.

Metodické listy OPVK. Molekulární metody hodnocení genotypů Marker Assisted Breeding 14. Metodické listy OPVK Molekulární metody hodnocení genotypů Marker Assisted Breeding 14. Molekulární metody hodnocení genotypů 14.1. Izolace DNA V aplikacích zaměřených na analýzu rostlinného genomu je

Více

Biochemie. ochrana životního prostředí analytická chemie chemická technologie Forma vzdělávání: Platnost: od 1. 9. 2009 do 31. 8.

Biochemie. ochrana životního prostředí analytická chemie chemická technologie Forma vzdělávání: Platnost: od 1. 9. 2009 do 31. 8. Studijní obor: Aplikovaná chemie Učební osnova předmětu Biochemie Zaměření: ochrana životního prostředí analytická chemie chemická technologie Forma vzdělávání: denní Celkový počet vyučovacích hodin za

Více

Preimplantační genetická diagnostika (PGD) Molekulárně-genetická diagnostika vybraných dědičných chorob

Preimplantační genetická diagnostika (PGD) Molekulárně-genetická diagnostika vybraných dědičných chorob Preimplantační genetická diagnostika (PGD) Molekulárně-genetická diagnostika vybraných dědičných chorob PGD preimplantační genetická diagnostika zahrnuje soubor technik, které se používají pro zjištění

Více

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika projekt GML Brno Docens DUM č. 3 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 02.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: chromatin - stavba, organizace a struktura

Více

Dana Baudišová. Novinky v mikrobiologii vody 2014

Dana Baudišová. Novinky v mikrobiologii vody 2014 Dana Baudišová Novinky v mikrobiologii vody 2014 Kultivovatelné mikroorganismy Mezofilní a psychrofilní bakterie jsou již víceméně speciální stanovení vyřazeno z OR, lze pouze individuální mezilaboratorní

Více

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U Immucor Transplant Diagnostics, Inc. 550 West Avenue, Stamford, Connecticut 06902 Spojené státy americké Tel: +1 (203) 328-9500 nebo volání bez poplatku ve Spojených státech amerických, Kanadě a Portoriku

Více

PCR Spotřební materiál. Markéta Jeřábková 16.06.2010

PCR Spotřební materiál. Markéta Jeřábková 16.06.2010 PCR Spotřební materiál Markéta Jeřábková 16.06.2010 Obsah 1. twin.tec PCR Plates 2. PCR Tubes, PCR Tube Strips a Cap Strips 3. Films a Foils 4. twin.tec real-time PCR Plates Masterclear Cap Strips a real-time

Více

Střední škola gastronomie, hotelnictví a lesnictví Bzenec, náměstí Svobody 318. Profilová část maturitní zkoušky

Střední škola gastronomie, hotelnictví a lesnictví Bzenec, náměstí Svobody 318. Profilová část maturitní zkoušky Střední škola gastronomie, hotelnictví a lesnictví Bzenec, náměstí Svobody 318 Obor: 29 42 M / 01 Analýza potravin Třída: AN4A Období: jaro 2013 Profilová část maturitní zkoušky 1. Povinná volitelná zkouška

Více

Nukleové kyseliny (polynukleotidy) Nukleové kyseliny a nadmolekulové komplexy polynukleotidů buněčných struktur

Nukleové kyseliny (polynukleotidy) Nukleové kyseliny a nadmolekulové komplexy polynukleotidů buněčných struktur Nukleové kyseliny (polynukleotidy) Nukleové kyseliny a nadmolekulové komplexy polynukleotidů buněčných struktur Objevitelem je Friedrich Miescher (1887) NK stojí v hierarchii látek potřebných k existenci

Více

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems)

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems) Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014 nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems) generi biotech OBSAH 1. Nastavení nového teplotního

Více

Aktivní B12 (Holotranskobalamin) pokrok v diagnostice deficitu vitaminu B12

Aktivní B12 (Holotranskobalamin) pokrok v diagnostice deficitu vitaminu B12 Aktivní B12 (Holotranskobalamin) pokrok v diagnostice deficitu vitaminu B12 Firma Abbott Laboratories nabízí na imunoanalytických systémech ARCHITECT test ke stanovení biologicky aktivní části vitaminu

Více

Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC

Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC 1 Výrobce Návod k Použití Soupravy SURVEYOR Scan KRAS Kit Exon 2 CE IVD pro Systémy DHPLC Tento návod k použití si důkladně přečtěte před použitím tohoto produktu. Uschovejte si tento návod k použití,

Více

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho

Více

Huntingtonova choroba

Huntingtonova choroba Huntingtonova choroba Renata Gaillyová OLG FN Brno Huntingtonova choroba je dědičné neurodegenerativní onemocnění mozku, které postihuje jedince obojího pohlaví příznaky se obvykle začínají objevovat mezi

Více

FNUSA - ICRC Termocyklery pro PCR

FNUSA - ICRC Termocyklery pro PCR Název projektu OP VaVpI: FN u sv. Anny v Brně Mezinárodní centrum klinického výzkumu (FNUSA-ICRC) Číslo projektu: CZ.1.05/1.1.00/02.0123 ZADÁVACÍ DOKUMENTACE pro zadávací řízení podle zákona č. 137/2006

Více

Střední škola gastronomie, hotelnictví a lesnictví Bzenec náměstí Svobody 318. Profilová část maturitní zkoušky

Střední škola gastronomie, hotelnictví a lesnictví Bzenec náměstí Svobody 318. Profilová část maturitní zkoušky Střední škola gastronomie, hotelnictví a lesnictví Bzenec náměstí Svobody 318 Obor: 29 42 M / 01 Analýza potravin Období: jarní 2015 Profilová část maturitní zkoušky 1. Povinná volitelná zkouška Předmět:

Více

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ICS 17.160 2006 Vibrace a rázy - Zpracování signálů - Část 1: Obecný úvod ČSN ISO 18431-1 01 1466 Říjen Mechanical vibration and shock - Signal processing - Part 1: General introduction

Více

2. PROTEINOVÉ TECHNIKY

2. PROTEINOVÉ TECHNIKY OBSAH 1. DNA TECHNIKY (P. Kotrba, Z. Knejzlík) 1 1.1 Polymerasová řetězová reakce - klonování DNA in vitro 1 1.2 Polymorfismus DNA a jeho analýza 3 1.3 VNTR sekvence, jejich význam v kriminalistice a diagnostice

Více

HISTO SPOT SSO soupravy

HISTO SPOT SSO soupravy Návod k použití HISTO SPOT SSO soupravy testovací soupravy pro tkáňovou typizaci HLA alel molekulárně biologickými metodami IVD katalogové číslo 726010: HISTO SPOT A 4D (96 testů) verze: 11 / 2013 katalogové

Více

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U

P Ř Í L O H A K P R O D U K T U Immucor Transplant Diagnostics, Inc. 550 West Avenue, Stamford, Connecticut 06902 Spojené státy americké Tel: +1 (203) 328-9500 nebo volání bez poplatku ve Spojených státech amerických, Kanadě a Portoriku

Více

Rapid-VIDITEST Lactoferrin

Rapid-VIDITEST Lactoferrin Rapid-VIDITEST Lactoferrin Jednokrokový kazetový test pro detekci laktoferinu ve stolici Návod k použití soupravy Výrobce: VIDIA spol. s r.o., Nad Safinou II 365, Vestec, 252 42 Jesenice u Prahy, Tel:

Více

Sandwichová metoda. x druhů mikrokuliček rozlišených různou kombinací barev (spektrální kód)

Sandwichová metoda. x druhů mikrokuliček rozlišených různou kombinací barev (spektrální kód) Jindra Vrzalová x druhů mikrokuliček rozlišených různou kombinací barev (spektrální kód) na každém druhu je navázána molekula vázající specificky jeden analyt (protilátka, antigen, DNAsonda,,) Sandwichová

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie Aminokyseliny, proteiny, enzymologie Aminokyseliny Co to je? Organické látky karboxylové kyseliny, které mají na sousedním uhlíku navázanou aminoskupinu Jak to vypadá? K čemu je to dobré? AK jsou stavební

Více

Molekulová spektroskopie 1. Chemická vazba, UV/VIS

Molekulová spektroskopie 1. Chemická vazba, UV/VIS Molekulová spektroskopie 1 Chemická vazba, UV/VIS 1 Chemická vazba Silová interakce mezi dvěma atomy. Chemické vazby jsou soudržné síly působící mezi jednotlivými atomy nebo ionty v molekulách. Chemická

Více

Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách

Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách Řasový test ekotoxicity na mikrotitračních destičkách 1 Účel Řasové testy toxicity slouží k testování možných toxických účinků látek a vzorků na vodní producenty. Zelené řasy patří do skupiny necévnatých

Více

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA

ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ČESKÁ TECHNICKÁ NORMA ICS 01.040.17; 17.060 2005 Pístové objemové odměrné přístroje - Část 1: Termíny, všeobecné požadavky a doporučení pro uživatele ČSN EN ISO 8655-1 70 4255 Červenec idt ISO 8655-1:2002

Více

Prezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola

Prezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola Prezentace školy 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj Veřejná vysoká škola Spolupráce MU s podniky Spolupráce s podniky Výzkum a vývoj Studenti Další vzdělávání Ostatní

Více

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Studium biologie na PřF UK v Praze Bakalářské studijní programy / obory Biologie Biologie ( duhový bakalář ) Ekologická a evoluční biologie ( zelený

Více