KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL
|
|
- Filip Macháček
- před 8 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL NÁVODY KE CVIČENÍM VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I
2
3 KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL NÁVODY KE CVIČENÍM BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I ROZVOJ MODERNÍCH TRENDŮ V EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGII: VÝZNAM BIMOLEKULÁRNÍCH INTERAKCÍ PRO FUNKCI BUNĚČNÝCH STRUKTUR OPERAČNÍ PROGRAM VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST ČÍSLO PROJEKTU: CZ.1.07/2.3.00/
4 KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL návody ke cvičením Václav Brázda Vydal: Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, v.v.i., Královopolská 135, Brno, Česká republika Brno 2015 Česká Republika První vydání ISBN:
5 Obsah Obsah... 5 Kapitola 1: Transfekce savčích buněk, detekce genové exprese pomocí reporterových genů... 7 Transfekce savčích buněk... 7 ELISA stanovení GFP... 9 Detekce luciferázy Kapitola 2: Polymerázová řetězová reakce... Chyba! Záložka není definována. Izolace mrna... Chyba! Záložka není definována. Reverzní transkripce... Chyba! Záložka není definována. qrt-pcr... Chyba! Záložka není definována. Kapitola 3: Transformace, selekce a kultivace bakterií, izolace plazmidové DNA restrikční analýza Transformace, selekce a kultivace bakterií Izolace plazmidové DNA a restrikční analýza Kapitola 4: Detekce strukturních přechodů v DNA pomocí CD spektroskopie I. B-A přechod II. B-Z přechod Kapitola 5: Aplikace elektrochemické analýzy v kombinaci s redox značením pro detekci specifických sekvencí a genové exprese
6 - 6 - OPVK Praktický kurz, 2015
7 Kapitola 1: Transfekce savčích buněk, detekce genové exprese pomocí reporterových genů Garant: Václav Brázda Transfekce savčích buněk Princip a cíl: Transfekcí je označován přenos cizorodého genetického materiálu do eukaryotických buněk. Existuje celá řada metodik transfekce, mezi nejstarší a nejčastěji používané patří chemická metodika transfekce fosforečnanem vápenatým. Použitá metodika transfekce fosforečnanem vápenatým je modifikací původní metodiky. Principem metody je vznik sraženiny fosforečnanu vápenatého s DNA, která je pohlcována endocytosou. Sraženina následně částečně uniká z endozomů nebo lysozomů a vstupuje do cytoplasmy, odkud prostupuje do jádra. Metoda transfekce fosforečnanem vápenatým je efektivní způsob zavedení DNA do buňky v mnoha systémech, nicméně v jiných může být zcela neefektivní. Nejlépe funguje v buněčných liniích, které rostou přisedlé, například u buněk Hela, U2OS, SAOS2, Ada a NPC-KT lze získat transfekční účinnost od 20% do 100% v závislosti na buněčné línii a podmínkách transfekce. Metoda funguje dobře pro vytváření jak tranzientní transformace, tak i pro generování stabilních buněčných linií. Metoda je citlivá na množství použitého plazmidu. Celkové množství transfekované DNA musí být cca 30 g (pro 100mm misky). Pro efektivní transfekci je vhodné použít jako nosič plazmid bez eukaryotického promotoru (například pbluescript). Pro typické transaktivační pokusy používáme mezi ng transfekovaného plazmidu a cca 29 µg nosičového plazmidu. Nicméně pro funkční tranfekci je někdy nutné poměr upravit až na 5-10 µg příslušného expresního vektoru a µg nosičové DNA. Je třeba mít na paměti několik důležitých aspektů. DNA přechází přes jadernou membránu pouze během mitózy. Nedojde tedy k expresi genu, dokud buňka neprojde mitózou. Po transfekci dochází k synchronizaci buněk, ty by se měli analyzovat nejméně 24 hodin po transfekci. Cílem je připravit buněčné línie 293F s reporterovými plazmidy a tak sledovat účinnost transformace: A) s luciferázovým expresním systémem pcna3wtp3 a pmdm2-app; B) s GFP proteinem pbrca-gfp
8 Pracovní postup: Pro tranfekci použijeme 6ti jamkové desky. 1. Den před transfekcí naředíme kulturu konfluentních buněk (70-90%) v poměru 1:10 do 1:15 (poměr závisí na buněčných liniích, které jsou transfekovány, rychleji rostoucí buněčné linie ředíme více, velmi pomalu rostoucí buněčné linie mohou být rozředěny méně než 1:10). 2. Druhý den ráno odlejte medium (DMEM (10% FBS, + pen / strep)) a přidejte 2ml čerstvého média. 3. Vlastní transfekce 5 g celkové DNA s různým množstvím efektorového plazmidu dle tabulky (dopočítejte množství plazmidu pro transfekci). A1 A2 A3 B1 B2 B3 Deska A1-A3 (plazmid s GPF) GFP plazmid Označení 2400 g/ml pbluescript A1 0 5 g A2 20 ng 5 g A ng 4 g Deska B1-B3 (plazmid s luciferázovým expresním systémem) pcna3wtp53 pmdm2-adp2 Označení 857 g/ml 51 g/ml pbluescript B ng 4,5 g B2 100 ng 500 ng 4,4 g B ng 500 ng 3,5 g - 8 -
9 4. Pro každou transfekci dejte 86 l 1X HBS do sterilní zkumavky. 5. Přidejte odpovídající množství DNA do každé zkumavky a promíchejte. 6. Přidejte do každé zkumavky 5 l 2,5M CaCl 2 a promíchejte. 7. Inkubujte 20 minut při pokojové teplotě. 8. Přidejte k buňkám transfekční směs po kapkách a mírně míchejte - nemixujte! 9. Vložte do CO2 inkubátoru. 10. Další den vyměňte médium. 11. Pro stadium transientní exprese jsou buňky použity po hodinách. Seznam chemikálií: 1X HBS 1 litr HEPES 5 g NaCl 8 g Dextróza 1 g KCl 3,7 g Na 2 HPO 4 (7H 2 O) 10 ml zásobního roztoku 1. Přidejte H 2 O do cca 900 ml. 2. Upravte ph na 7,1 přesně. 3. Přidejte H 2 O do 1 litru. 4. Přefiltrujte přes sterilní filtr (0.2 m. 5. Rozdějte na alikvoty do sterilních zkumavek a uložte na -20 C. Na 2 HPO 4 (7H 2 O) zásobní roztok = 0,94 g Na 2 HPO 4 (7H 2 O) v 50 ml H 2 O 2.5M CaCl2 100ml CaCl 2 27,75 g bezvodého CaCl 2 nebo CaCl 2 36,75 g CaCl 2 (2H 2 O) Rozdělte na alikvoty do sterilních zkumavek 15 ml (10 ml do každé) a uložte v mrazničce. ELISA stanovení GFP - 9 -
10 Pro stanovení účinnosti transfekce je možné využít citlivé měření na ELISA readeru. Fluorescence GFP je ale rychle zhášena, proto se pro citlivé stanovení používá zpravidla fluorescenčně značená monoklonální protilátka proti GFP. V našem případě se pokusíme změřit přímo fluorescenci buněk při 509 nm a srovnáme intenzity signálu se stanovením transformantů s luciferázovým expresním systémem. Pracovní postup: 1. Odstraň médium z kultury buněk. 2. Omyj buňky 1x PBS. 3. Přidej k buňkám 1x Trypsin 200 l na jednu jamku v 6-ti jamkové desce, (900 l na 100 mm misku 20 l na jamku v 96-ti jamkove desce) a nech působit cca 5 minut. 4. Odsaj buňky s 1 ml média do zkumavky a stoč (mikrocentrifuga rpm 5min.). 5. Resuspenduj buňky ve 100 l média a dej na 96-ti jamkovou ELISA desku. 6. Připrav blank (100 l média). 7. Změř fluorescenci na ELISA readeru. Seznam chemikálií a potřeb: PBS Trypsin Centrifuga ELISA reader s možností měření fluorescence
11 Detekce luciferázy Pro studium procesů spojených s genovou expresí se často používájí reporterové systémy. Dají se použít ke studiu expresní aktivity receptoru, intracelulární signální transdukce, skládání proteinů a studium interakcí. Luciferázový systém je používán zejména z následujích důvodů: Aktivita transfekovaného genu je k dispozici ihned po překladu do proteinu a nevyžaduje její posttranslační zpracování. Test je velmi citlivý a použité systémy nemají žádnou vnitřní luminiscenci. Test je rychlý, vyžaduje pouze několik sekund na vzorek. Světlo je produkováno přeměnou chemické energie oxidací luciferinu prostřednictvím elektronového přechodu při tvorbě oxyluciferinu. Luciferáza katalyzuje oxidaci luciferinu pomocí ATP a Mg2+. Promega systém pro detekci luciferázy obsahuje koenzym A pro zlepšení kinetiky, což umožňuje větší enzymatickou výtěžnost a zvýšení světlelné intenzity a stability signálu po dobu nejméně jedné minuty. Při optimálních podmínkách je možné detekovat okolo molů luciferázy. Cílem je změřit chemiluminiscenci u pokusných vzorků připravených transformací plazmidů s luciferázovým expresním systémem
12 Pracovní postup: 1. Odstraň médium z kultury buněk. 2. Omyj buňky 1x PBS (2ml). 3. Nalej na buňky 1x lysis reagent 200 l na jednu jamku v 6-ti jamkové desce (900 l na 100 mm misku 20 l na jamku v 96jamkove desce). 4. Seskřábni bunky z misky, přenes buňky do mikrozkumavky a odstraň debris (zbytky buněk na dně zkumavky) jemnou centrifugací (15s short spin). 5. Přenes 20 l supernatantu na ELISA desku. 6. Připrav blank (20 l 1x lysis reagent). 7. Přidej 100 l Luciferase Assay Reagent. 8. Změř intenzitu chemiluminiscence na ELISA readeru. Seznam chemikálií a potřeb: Promega E1500 Luciferase Assay Systém PBS Škrabka Centrifuga ELISA reader s možností měření chemiluminiscence
13 Kapitola 2: Polymerázová řetězová reakce Garant: Václav Brázda Princip a cíl úlohy Polymerázová řetězová reakce (PCR, Polymerase Chain Reaction) je enzymatická metoda umožňující zmnožení úseku DNA její replikací. PCR slouží k vytvoření až mnoha milionů kopií fragmentu DNA, což umožňuje provést analýzu DNA i z velmi malého vzorku. PCR probíhá v termocykleru, který dokáze během několika sekund zvýšit nebo snížit teplotu o několik desítek stupňů Celsia. Výsledkem PCR je obrovské množství kopií původní sekvence DNA. Metoda je tak citlivá, že dokáže v ideálním případě odhalit i jedinou molekulu DNA ve vzorku. Reverzní transkripční PCR (RT-PCR) se používá pro zmnožení DNA z RNA. Reverzní transkriptáza přepíše sekvenci RNA do cdna. Tato metoda je používaná pro stanovení exprese genů. Pokud je známa genomová sekvence, může se tato metoda použít také pro mapování exonů a intronů. Kvantitativní PCR (qpcr) slouží k měření množství cílové sekvence. Zpravidla se využívají fluorescenčně značené sondy nebo značení DNA fluorescenční barvou, například SYBR Green pro měření signalu DNA v reálném čase. Pracovní postup qpcr: Izolace mrna MagMAX-96 total RNA isolation kit AM1830 AB-Ambion Homogenizce vzorku 1. Připrav Lysis/Binding Solution -140 l na reakci (1 jamka na miske) - vždy čerstvý. Poměr LysisBinding Solution Concentrate: 100% izopropanolu 11:9). 2. Odstraň z buněk (2,5x10 2 2x10 6 ) médium a přidej 140 l Lysis/Binding Solution. 3. Míchej 1 minutu a poté dej zlyzované buňky do ELISA desky na izolaci. Purifikace nukleových kyselin 1. Připrav Bead mix smíchej 10 l RNA Binding Beads s 10 l Lysis/Binding Enhancer (množství na 1 reakci)
14 2. Přidej 20 l Mag-Bead Mix ke vzorku, míchej 5 min. 3. Vlož do magnetu a nech dokud se magnetické partikule s RNA neusadí (cca 2-3 minuty), poté odstraň opatrně supernatant. 4. Promyj 150 l Wash Solution 1, 1 minutu za míchání. 5. Vlož do magnetu a nech dokud se magnetické partikule s RNA neusadí (cca 2-3 minuty), poté opatrně odstraň supernatant. 6. Promyj 150 l Wash Solution 2 a dej míchat. 7. Dej do magnetu a nech dokud se magnetické partikule s RNA neusadí (cca 2-3 minuty), poté opatrně odstraň supernatant. 8. Připrav ředění TURBO DNase 49 l MagMAX TURBO DNase Buffer + 1 l TURBO DNase (množství na 1 reakci). Štepení DNA a čištění RNA 1. Přidej 50 l TURBO DNasy a míchej min. při pokojové teplotě (bez magnetu!). 2. Přidej 100 l RNA Rebinding Solution, míchej 3 minuty. 3. Dej do magnetu a nech dokud se magnetické partikule s RNA neusadí (cca 2-3 minuty), poté opatrně odstraň supernatant. 4. Omyj 2x 150 l Wash solution 2 a dej míchat. 5. Dej do magnetu a nech dokud se magnetické partikule s RNA neusadí (cca 2-3 minuty), poté opatrně odstraň supernatant. 6. Vysuš Beads mícháním 2 minuty. 7. Přidej 50 l Elution buffer a míchej 3 minuty. 8. Dej do magnetu a nech dokud se magnetické partikule s RNA neusadí (cca 2-3 minuty), poté supernatant s mrna přepipetuj do zkumavky pro další použití. 9. Změř vyizolovanou RNA na nanodropu
15 Reverzní transkripce High Capacity RNA-to-cDNA Kit (PN ) Použij až 2 g celkové RNA do 20 l reakce Nech kit rozmrznout na ledu, na reakci : 2x RT buffer 10 l 20x RT Enzyme mix 1 l Nuclease free H20 do 20 l Vzorek až 9 l 1. Rozpipetuj reakční směs do zkumavek. 2. Uzavři zkumavky. 3. Stoč a dej na led. 4. Naprogramuj thermal cycler: a. Krok 1 37 C 60min. b. Krok 2 95 C 5min. c. Krok 3 4 C do nekonečna 5. Nastav objem reakce na 20 l. 6. Vlož stripy do cykleru. 7. Spusť. 8. Po ukončení reverzní transkripce přečistíme cdna pomocí QIAquick Nucleotide Removal Kitu (Quiagene, 28306). 9. Změříme koncentraci cdna na nanodropu. Uložení do 24hod. 2-8 C, dlouhodobě -15 až -25 C PŘEČIŠTĚNÍ PRODUKTU reverzní transkripce pomocí kitu (15 minut)
16 qrt-pcr na AB 7300 Příprava PCR reakce SYBR Select Master Mix Připrav cdna, pro optimální q-pcr použij množství cdna do 100ng na 20 l vzorek. Promýchej SYBR Select Master Mix před použitím. Pro optimální výsledky je doporučeno provést reakci ve čtyřech opakováních. Reakce pro 96-ti jamkovou desku: SYBR Select Master Mix Primery ( nM) cdna template (10 a 100ng) Celkem 10 l 20 l Zamíchejte a opatrně stočte, aby byl vzorek bez bublin. Přeneste na PCR desku a uzavřete PCR vršky, lehce stočte, aby ve vzorcích nebyly bublinky (vlastní PCR by se měla jet do 72 hodin, vzorky uchovávejte ve tmě). Dejte do termocykleru AB Nastavte PCR reakci dle teploty tání (Tm) vašich primerů. 1. Aktivace - Hold 50 C 2 min. 2. Aktivace polymerázy Hold 95 C 2 min cyklů Denaturace 95 C 15 sec. 4. Anneal/Extend 60 C 1 min. Nastavte dissociační krok. Nastavte objem reakce na 20 l. Spusťte run
17 Kapitola 3: Transformace, selekce a kultivace bakterií, izolace plazmidové DNA restrikční analýza Garant: Petr Šebest Transformace, selekce a kultivace bakterií Princip úlohy: Transformace je přenos DNA (v našem případě se jedná o plazmidovou DNA) do hostitelských bakteriálních buněk. Bakteriální buňky musejí být nejprve uvedeny do stavu kompetence, ve kterém jsou schopny cizorodou DNA přijmout. Stav kompetence lze u buněk Escherichia coli navodit působením chloridu vápenatého za nízké teploty (0 C). Po přidání DNA a zahřátí na 42 C a následném ochlazení na 0 C (teplotní šok) přechází transformující DNA do buněk. Transformované buňky se selektují na agarových plotnách obsahujících příslušné antibiotikum. Vyselektované buňky se přeočkují do média s antibiotikem a inkubují se přes noc při teplotě 37 C. Úspešnost transformace je udávaná 1x10 9 cfu/µg superhelikální DNA. Pracovní postup: 1. den: 50 min. - 3 hod. přestavka 10 min. 2. den: 15 min. Po celou dobu pracujte sterilně a se sterilním materiálem (špičky, hokejky, ependorfky). 1. Kompetentní buňky E. coli TOP10 udržujte na ledu a napipetujte do ependorfky 10 µl. 2. Přidejte příslušnou DNA (500 ng) pbsk nebo ppgm1. 3. Nechejte 30 min. na ledu. 4. Rozehřejte termoblok na 42 C. 5. Transformace teplotním šokem: 45 sec. na 42 C a poté 5 min. na ledu. 6. Nechejte termoblok zchladnout na 37 C. 7. Přidejte 50 µl SOC média a nechejte kultivovat na termobloku 3 hod. při 37 C a 400 rpm
18 8. Vysejte na misky s Amp (napipetovat na misku a rozetřít hokejkou). 9. Inkubujte přes noc v termostatu při 37 C. 10. Z nejlepší kolonie odebrat špičkou buňky a přeočkovat do tekutého média s Amp, inkubujte na třepačce do druhého dne při 37 C
19 Izolace plazmidové DNA a restrikční analýza Princip úlohy: Plazmidy jsou mimochromozómové genofory tvořené kružnicovou dsdna. V bakteriálních buňkách se vyskytují v jedné až několika tisících kopií na buňku a jsou snadno dostupným zdrojem homogenní DNA. V přirozeném stavu v buňce mají plazmidy zpravidla negativní nadšroubovicové vinutí. Pro izolaci plazmidů pbluescript a ppgm1 použijeme metodu alkalické lýze s přídavkem SDS (Invisorb Spin Plazmid Mini Two kit), která vede k uvolnění vnitřního obsahu buněk. Plazmidová DNA, chromozomální DNA a proteiny jsou denaturovány a v dalším kroku dochází k jejich precipitaci kromě plazmidové DNA, která je renaturována a zůstává v roztoku. Následně je zachycena na koloně a nakonec uvolněna elučním pufrem. Pro další analýzy plazmidů použijeme restrikční endonukleázy. Restrikční endonukleázy jsou součástí tzv. restrikčně modifikačních mechanismů bakterií. Tento systém je zajišťován dvěma druhy enzymových aktivit metylační a restrikční. Enzymy s metylační aktivitou specificky modifikují (metylují) vlastní buněčnou DNA, čímž ji chrání před degradací restrikčními enzymy. Restrikční endonukleázy jsou bakteriemi využívány ke štěpení cizorodé DNA, která není v příslušných sekvencích metylována. Restrikční endonukleázy rozpoznávají krátké sekvence dvouřetězcové DNA a štěpí ji ve specifických místech nebo poblíž nich. V našem případě použijeme RE PvuII, která štepí námi izolovanou DNA ve 2 místech, takže získáme 2 fragmenty. Obr.: Plazmidy použité při transformaci
20 Pracovní postup: 3. den: 3 hod ml bakteriální kultury přenést do mikrocentrifugační zkumavky (ependorfky). 2. Centrifugujte v ependorfce 1 min rpm a odlijte supernatant. 3. Rozsuspendujte pelet v 250 µl roztoku A vortexováním nebo pipetováním, tak aby nebyly viditelné žádné shluky buněk. 4. Přidejte 250 µl roztoku B, a zamíchejte opatrně otočením ependorfky 5 krát (ne však déle než 5 minut). Nevortexovat! 5. Přidejte 250 µl roztoku C a zamíchejte jemně ale důkladně zatřepáním 4 až 6krát. Centrifugujte 5 minut při otáčkách rpm. Nevortexovat! 6. V průběhu centrifugace si připravte čisté ependorfky a umístěte do nich vazebnou kolonu. 7. Přelijte supernatant na kolonu a inkubujte 1 min. Centrifugujte 1 min. při rpm. 8. Vylijte filtrát a přidejte 750 µl promývacího roztoku (wash solution). Centrifugujte 1 min. při rpm. Vylijte filtrát. 9. Stočte 3 min. při rpm, aby došlo ke kompletnímu odstranění zbytkového etanolu. 10. Umístěte kolonku do nové ependorfky a přidejte µl elučního pufru. Inkubujte 1 min. (až 10 min.) při pokojové teplotě a nechejte centrifugovat 1 min rpm. 11. Změřte koncentraci DNA na nanodropu µg superhelikální DNA napipetujeme do čisté zkumavky. 13. Přidejte 1/10 objemu pufru z celkového výsledného objemu pro danou RE a 2U RE PvuII a vodu do výsledného objemu 20 µl. 14. Promýchejte a dejte na 37 C/1 hodinu. 15. V mezičase připravte 1,3% agarózový gel s 1x TAE pufrem. 16. Naneste vzorky na agarózový gel 10 µl + 1ul nanášecího pufru. 17. Zapněte elektroforézu na 100 V na 45 minut
21 Kapitola 4: Detekce strukturních přechodů v DNA pomocí CD spektroskopie Garant: Iva Kejnovská Princip a cíl: Spektroskopická metoda cirkulárního dichroismu (CD) je velmi citlivá ke vzájemné orientaci bazí ležících nad sebou ve šroubovici nukleových kyselin. Jednotlivé struktury poskytují charakteristická spektra CD. Postupným přidáváním činidel je možné vyvolat přechod z jedné uspořádané struktury do druhé. Kooperativnost přechodu spočívá v tom, že v úzkém rozmezí měnících se podmínek dojde ke změně natočení bazí a přitom je překonána energetická bariéra mezi lokálními enegetickými minimy. Příkladem kooperativního přechodu je přechod mezi dvoušroubovicí formy B do formy A působením dehydratačního účinku trifluoretanolu (TFE). V závislosti na primárním složení DNA, tedy na obsahu bazí, je možné vyvolat stejným činidlem přechod do jiné stuktury. Ve druhé úloze s DNA složenou z opakující se CG sekvence působením TFE dojde k přechodu do levotočivé formy Z. I. B-A přechod Pracovní postup: (120 minut) 1. Do křemenné kyvety s optickou dráhou 1 mm napipetujte 60 l připraveného heteroduplexu DNA: GCGGCGACTGGTGAGTACGC. GCGTACTCACCAGTCGCCGC a přidejte 90 l 100% TFE. Opatrně promíchejte a změřte CD spektrum. 2. V programu zadejte v General rozmezí vlnových délek nm, krok 0,5 nm, s rychlostí posuvu 100 nm/min, 3 akumulace. Dále zvolte Information a do Sample name vepište název ukládaného souboru, např. T
22 3. Během měření vypočítejte koncentraci přidaného TFE dle vzorečku: V 1 c 1 = V 2 c 2 : V 1 - přidaný objem TFE, c 1 - % koncentrace přidanéhotfe, V 2 - celkový objem v kyvetě c 2 - je koncentrace TFE v kyvetě 4. Pokračujte v přidávání TFE podle tabulky a měřte jednotlivá CD spektra s názvy Tn. Přídavek TFE Suma přidaného Celkový objem Koncentrace TFE Název CD spektra l] TFE l] v kyvetě l] [%] Výsledek 1: poslední CD spektra odpovídají DNA ve formě A, výchozí formě B. II. B-Z přechod Pracovní postup: (120 minut) 1. Do křemenné kyvety s roztoku oligonukleotidu (CG) 4 a přidejte 84 l 100% TFE. Opatrně promíchejte a změřte CD spektrum. 2. V programu zadejte v General rozmezí vlnových délek nm, krok 0,5 nm, s rychlostí posuvu 100 nm/min, 3 akumulace. Dále zvolte Information a do Sample name vepište název ukládaného souboru, např. Z
23 3. Během měření vypočítejte koncentraci přidaného TFE dle vzorečku: V 1 c 1 = V 2 c 2 : V 1 - přidaný objem TFE, c 1 - % koncentrace přidanéhotfe, V 2 - celkový objem v kyvetě c 2 - je koncentrace TFE v kyvetě 4. Pokračujte v přidávání TFE podle tabulky a měřte jednotlivá CD spektra s názvy Zn. Přídavek TFE Suma přidaného Celkový objem Koncentrace TFE Název CD spektra l] TFE l] v kyvetě l] [%] Výsledek 1: poslední CD spektra odpovídají DNA ve formě Z, výchozí formě B. Seznam potřebného vybavení a chemikálií: dichrograf křemenné kyvety oligonukleotidy trifluoretanol
24 Kapitola 5: Aplikace elektrochemické analýzy v kombinaci s redox značením pro detekci specifických sekvencí a genové exprese Garant: Jan Špaček Princip a cíl: Detekce hybridizace DNA (analýza nukleotidových sekvencí) a analýza genové exprese patří mezi důležité úkoly moderní molekulární diagnostiky. Elektrochemické metody mohou hrát významnou roli ve vývoji nových detekčních technik v této oblasti. DNA je elektroaktivní biopolymer poskytující na různých pracovních elektrodách řadu analyticky využitelných signálů. V některých případech se jeví jako výhodnější přístup využití značení DNA elektroaktivnímy značkami, které poskytují vlastní elektrochemické signály. Aplikace těchto značek v analýze nukleotidových sekvencí je zvláště výhodná, neboť umožňuje velmi selektivně detekovat cílovou DNA (specifickou DNA) v nadbytku ostatní (nespecifické DNA). Jednou z metod, jak připravit takto značenou DNA je inkorporace chemicky modifikovaných nukleotid trifosfátů do DNA pomocí Polymerázové řetězové reakce (PCR). Tato úloha bude zaměřena na přípravu DNA obsahující 7-deazaguanin (dg*) a 7-deazaguanin modifikovaný nitrofenylem v poloze 7 (dg NO2 ) pomocí PCR a jejich následnou elektrochemickou detekci. dg*tp H 2 N HN O N N dg NO2 TP H 2 N HN O N N NO 2 HO O P O - O O P O - O O P O - O O HO O P O - O O P O - O O P O - O O OH OH
25 Pro procvičení před začátkem úlohy doplňte obrázek pojmy z tabulky: 5 elongace templát 5 polymeráza dntp 3 annealing 3 primer PCR Každá skupina připraví dvě reakční směsi značenou DNA a kontrolu k ní: 1. skupina: Reakční směs: PCR s dg NO2 TP Reakční směs o celkovém objemu 100 µl bude obsahovat: 1 ng/µl templátové DNA (bluescript = plazmidová DNA) 3 U Pfu polymerázy 1x Pfu pufr 1 µm primery 0,2 mm datp, dctp, dttp 0,1 mm dgtp a 0,1 mm dg NO2 TP nebo 0,2 mm dgtp (kontrolní vzorek) 2. skupina: Reakční směs: PCR s dg*tp Reakční směs o celkovém objemu 100 µl bude obsahovat: 1 ng/µl templátové DNA (cdna připravená v předchozí úloze) 3 U Pfu polymerázy
26 1x Pfu pufr 1 µm primery 0,2 mm datp, dctp, dttp 0,1 mm dgtp a 0,1 mm dg*tp nebo 0,2 mm dgtp (kontrolní vzorek) Takto připravené směsi rozdělte do malých, PCR, zkumavek po 30 µl. Reakční směsi v PCR zkumavkách umístěte do thermocycleru a spusťte program: 30 cyklů: Denaturace: 94 C, 90 s Nasedání primerů: 60 C, 30 s Prodlužování řetězců: 72 C, 180 s Počítací úloha Spočítejte, kolik molekul datp je v každé PCR zkumavce (N A = 6, mol -1 ) a jakou hmotnostní koncentraci mají oba primery dohromady v 30 µl výše popsané reakční směsi (délka 20 bazí, průměrná hmotnost nukleosid monofosfátu je 330 g mol -1 ). datp = koncentrace primerů = Analýza PCR produktů na agarózovém gelu: Úspěšnost reakce zjistíme pomocí elektroforézy v 1 % agarózovém gelu (100 V / 30 min, 1x TAE pufr), následným obarvením gelu v ethidium bromidu a vyfocením po ozáření UV světlem
27 Přečištění produktů PCR Produkt PCR je po dokončení reakce stále ve směsi s přebytkem nukleotidů a primerů, které by znemožnily elektrochemickou analýzu. Proto je nutné provést přečištění. To provedeme PCR purification kitem od firmy Qiagen podle standardního protokolu, který je součástí kitu. Elektrochemické měření 1) PCR produkty značené dg* + kontrola: Analýza bude prováděna pomocí adsorptivní přenosové rozpouštěcí square wave voltametrie na tužkové uhlíkové elektrodě v 0,2 M acetátovém pufru ph 5. Parametry měření: doba akumulace: 1 min počáteční potenciál: 0,3 V konečný potenciál: 1,5 V frekvence: 200 Hz 2) PCR produkty značené dg NO2 + kontrola: Analýza bude prováděna pomocí adsorptivní přenosové rozpouštěcí cyklické voltametrie na visící rtuťové kapkové elektrodě ve 0,3 M fosfátovém pufru s mravenčanem amonným ph 7. Parametry měření: doba akumulace: 1 min počáteční potenciál: 0 V potenciál bodu obratu: -1,85 V a -0,75 V konečný potenciál: 0 V a 0,1 V rychlost posuvu potenciálu: 1 V/s
28 KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL návody ke cvičením Václav Brázda Vydal: Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, v.v.i., Královopolská 135, Brno, Česká republika Brno 2015 Česká Republika První vydání ISBN:
29
30
31 Labolatoř molekulárních komplexů chromatinu CEITEC a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita 3. praktický Kurz pokročilých mikroskopických technik února 2015 Praktické seznámení s pokročilými mikroskopickými technikami, které jsou využitelné v laboratořích se zaměřením na experimentální biologii, biochemii a biofyziku. Budou představeny Pokročilé mikroskopické techniky FRAP, FLIM, FRET, FCS Účastníci se seznámí s konfokální mikroskopií a jejím využití pro in vivo experimenty a mikroskopii v reálném čase Místo konání Brno, Univerzitní kampus Bohunice, blok A2, seminární místnost 2.11 praktická výuka bude probíhat v laboratořích UKB Přihlášení Zájemci se přihlásí prostřednictvím u na hofr@sci.muni.cz Ctirad Hofr, Ph.D. Seminář je organizován v rámci projektu OP VK Rozvoj moderních trendů v experimentální biologii: význam biomolekulárních interakcí pro funkci buněčných struktur CZ.1.07/2.3.00/
32 Kurz pokročilých mikroskopických technik 9-10 Den 1 Úvodní přednáška metody konfokální mikroskopie a organizace kurzu Den2 Přednáška: Teoretické základy časově rozlišené mikroskopie (FLIM) oběd Praktické seznámení s konfokálním mikroskopem Tipy a triky pro optimální nastavení pozorování vzorků Úvod do analýzy obrazu v programu Photoshop Skupina A (5 osob) Photoshop Skupina B (5 osob) mikroskop Zeiss Pozorování vzorků in vitro za použití časově rozlišené mikroskopie mikroskop Zeiss Skupina A (5 osob) Vyhodnocení výsledků in vitro měření FLIM Výuka software na kvantifikaci doby dohasínání Skupina B (5 osob) záměna skupin A a B Základní nastavení pro FCS měření in vitro Příprava vzorků proměření za použití fluorescenční korelační spektroskopie mikroskop Zeiss Skupina A (5 osob) Pozorování vzorků in vivo za použití časově rozlišené mikroskopie mikroskop Zeiss Skupina A (5 osob) Analýza obrazu v programu Photoshop záměna skupin A a B Vyhodnocení výsledků in vivo měření FLIM Výuka software na kvantifikaci doby dohasínání Skupina B (5 osob) záměna skupin A a B
33 Kurz pokročilých mikroskopických technik 9-10 Den 3 Den 4 Přednáška: Teoretické základy rezonančního přenosu energie a aplikace ve fluorescenční mikroskopii (FRET) Přednáška: fluorescenční korelační spektroskopie FCS oběd Pozorování vzorků in vitro za použití rezonančního přenosu energie FRET Skupina A (5 osob) mikroskop Zeiss Skupina B (5 osob) mikroskop Olympus Vyhodnocení výsledků in vitro měření FRET Výuka software na kvantifikaci doby dohasínání Skupina B (5 osob) záměna skupin A a B Základní nastavení pro FCS měření in vitro Příprava vzorků proměření za použití fluorescenční korelační spektroskopie mikroskop Zeiss Skupina A (5 osob) Pozorování vzorků in vivo za použití kombinace FLIM a FRET Skupina A (5 osob) mikroskop Zeiss Vyhodnocení výsledků in vivo měření FRET Výuka software na kvantifikaci doby dohasínání Skupina B (5 osob) záměna skupin A a B Pozorování vzorků živých buněk metodou FCS mikroskop Zeiss Skupina A (5 osob) Vyhodnocení výsledků měření FCS Výuka software ImageJ Skupina B (5 osob) záměna skupin A a B
34 Autofluorescence an intrinsic property of cells arising from endogenous fluorophores (pyridinic and flavin coenzymes, aromatic amino acids, lipopigments) Specific fluorescence - fluorescent signals obtained by adding exogenous markers (fluorescent stains) Patrycja Klos, PhD pklos@mail.muni.cz 1
35 Patrycja Klos, PhD Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory Autofluorescence an intrinsic property of cells arising from endogenous fluorophores (pyridinic and flavin coenzymes, aromatic amino acids, lipopigments) Specific fluorescence - fluorescent signals obtained by adding exogenous markers (fluorescent stains) Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory Microscopy U Pinhole Photomultiplier tube Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory 1
36 Fixation stabilization/preservation of cells as close to lifelike as possible. Cross-linking fixation chemical fixative (formaldehyde) binds to reactive groups on proteins and lipids and holds them in the same position as in living cells SpectraViewer Permeabilization to allow antibodies/dyes to penetrate inside the fixed cells (detergents: Triton X-100, non-ionic) Blocking to prevent the inappropriate binding of antibodies/compounds to nonspecific binding sites (BSA bovine serum albumine nonantigenic, binds charged sites) Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory No fixation/permeabilization Using dyes that can enter the cells without killing them (no antibody conjugates!) Expression of fluorescently-tagged proteins (GFP, EGFP, RFP, mcherry, YFP, etc...) Similar spectral characteristics (358/461 vs. 346/460, when bound to DNA) UV-excited, minor groove-binding Hoechst can pass the cell membrane DAPI passes the membranes less effectively in live cells DAPI violet Hoechst cyan Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory Patrycja Klos, PhD, LifeB Laboratory pklos@mail.muni.cz 2
37 Manual for a course in advanced microscopic techniques, February 2015: Lectures: introduction to confocal microscopy and other advanced microscopy techniques confocality differences between wide field and confocal microscopy advanced microscopy techniques (FRET, FLIM, FRAP, SPIM) fluorescence correlation and cross-correlation spectroscopy (FCS/FCCS) Practical session (Zeiss LSM 780 system): tips and tricks for optimal visualization of a sample laser power pinhole size PMT voltage (gain) offset digital offset averaging z-stack of Zygnema FCS single-color calibration experiment (Alexa Fluor 488 and Alexa Fluo 633, separately) Lectures: introduction to FCCS experiment in living cells Practical session (Zeiss LSM 780 system): two-color calibration (Alexa Fluor 488 and Alexa Fluo 633, mixed) FCCS experiment: visualization of telomeric protein interactions (TRF2-TIN2) in living HEK293T cells analysis of autocorrelation and cross-correlation curve interpretation of acquired data (diffusion coefficient and diffusion time, triplet state, structural parameter).
DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU
Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální
VíceÚLOHA C Klonování PCR produktu do plasmidu
Jméno a učo: Datum: ÚLOHA C Klonování PCR produktu do plasmidu TEORETICKÝ ÚVOD Při klonování PCR produktů do plasmidů se využívá vlastnosti Taq polymerasy, a jiných non-proofreading polymeras, přidávat
VíceDIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU
Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální
VíceColumn DNA Lego Kit UNIVERZÁLNÍ SOUPRAVY PRO RYCHLOU IZOLACI ČISTÉ DNA (Katalogové číslo D201 + D202)
Column DNA Lego Kit UNIVERZÁLNÍ SOUPRAVY PRO RYCHLOU IZOLACI ČISTÉ DNA (Katalogové číslo D201 + D202) Popis Column DNA Lego Kit je základ moderní stavebnicové (Lego) soupravy pro izolaci čisté DNA různého
VíceSure-MeDIP I. with magnetic beads and MNase. www.krd.cz
Sure-MeDIP I with magnetic beads and MNase www.krd.cz 1 Obsah soupravy a skladování MeDIP souprava obsahuje reagencie na provedení 25 reakcí. Souprava je rozdělen do dvou částí, jedna je distribuována
VíceKLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL
KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ METODY STUDIA STRUKTURY A INTERAKCÍ BIOMOLEKUL NÁVODY KE CVIČENÍM VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. 4. 3. 8. 3. 2013 OPVK Praktický kurz, 2013 KLASICKÉ A ALTERNATIVNÍ
Vícecdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2
cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 Obsah soupravy a její skladování Tato souprava pro reverzní transkripci obsahuje reagencie potřebné k provedení reverzní transkripce (RT)
VíceDIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIUDÁLNÍ CHOROBY MRD EGFR
Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIUDÁLNÍ CHOROBY MRD EGFR Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální choroby
VíceIzolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD..
Izolace RNA doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD.. Metodiky izolace RNA celková buněčná RNA ( total RNA) zahrnuje řadu typů RNA, které se mohou lišit svými fyzikálněchemickými vlastnostmi a tedy i nároky na jejich
VíceCVD-T StripAssay. Kat. číslo 4-360. 20 testů 2-8 C
CVD-T StripAssay Kat. číslo 4-360 20 testů 2-8 C Popis stripu Pracovní postup Izolace DNA Použijte čerstvou nebo zmraženou krev s EDTA nebo citrátem, jako antikoagulans, vyhněte se krvi s obsahem heparinu.
VíceBraf V600E StripAssay
Braf V600E StripAssay Kat. číslo 5-570 20 testů 2-8 C Popis stripu: Pracovní postup 1. Izolace DNA Pro izolaci čerstvých nebo mražených biopsií použijte soupravy Qiagen QIAmp DNA Mini nebo Micro. Pro izolaci
Víceα-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C
α-globin StripAssay Kat. číslo 4-160 10 testů 2-8 C Popis stripů: Pracovní postup Izolace DNA Doporučujeme použít následující kit pro izolaci DNA z plné krve nebo jiných typů vzorků: Spin Micro DNA Extraction
VíceMagPurix Viral/Pathogen Nucleic Acids Extraction Kit B
MagPurix Viral/Pathogen Nucleic Acids Extraction Kit B Kat. č. ZP02012 Doba zpracování: 45-60 minut pro MagPurix 12S 45-65 minut pro MagPurix 24 Použití Souprava MagPurix Viral/Pathogen Nucleic Acids Extraction
VíceEGFR XL StripAssay. Kat. číslo 5-630. 20 testů 2-8 C
EGFR XL StripAssay Kat. číslo 5-630 20 testů 2-8 C Popis stripu Pracovní postup 1. Izolace DNA Pro izolaci DNA použijte vhodný izolační kit. Doporučené kity jsou následující: Pro izolaci čerstvých nebo
VíceProtokoly Transformace plasmidu do elektrokompetentních buněk BL21 Pracovní postup:
Protokoly Pracovní potřeby, pufry a chemikálie jsou uvedeny na konci protokolu. Pracovní postupy jsou odvozeny od těchto kitů: Champion pet160 Directional TOPO Expression Kit with Lumio Technology (Invitrogen)
VíceWORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK
WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE SBORNÍK EDITOVAL: VÁCLAV BRÁZDA BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AV ČR, V.V.I. 31. 8. 5. 9. 2014 OPVK - WORSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE, září 2014 WORKSHOP METOD EXPERIMENTÁLNÍ
VíceInterakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk
MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk
VícePokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii
Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1/1 Proč biofyzikální metody? Biofyzikální metody využívají fyzikální principy ke studiu biologických systémů Poskytují kvantitativní
VíceMagPurix Viral Nucleic Acid Extraction Kit
MagPurix Viral Nucleic Acid Extraction Kit Kat. č. ZP02003 Doba zpracování: 40-55 minut pro MagPurix 12S 40-60 minut pro MagPurix 24 Použití Souprava MagPurix Viral Nucleic Acid Extraction Kit je určena
VíceImplementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 Hybridizační metody v diagnostice Mgr. Gabriela Kořínková, Ph.D. Laboratoř molekulární
Více2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:
Výběrové otázky: 1. Součástí všech prokaryotických buněk je: a) DNA, plazmidy b) plazmidy, mitochondrie c) plazmidy, ribozomy d) mitochondrie, endoplazmatické retikulum 2. Z následujících tvrzení, týkajících
VíceJednotné pracovní postupy zkoušení krmiv
Národní referenční laboratoř Strana KVANTITATIVNÍ STANOVENÍ GENETICKÝCH MODIFIKACÍ METODOU qpcr POMOCÍ ROTOR-GENE PROBE PCR KITU Účel a rozsah Postup slouží ke kvantitativnímu stanovení genetických modifikací
VíceNRAS StripAssay. Kat. číslo 5-610. 20 testů 2-8 C
NRAS StripAssay Kat. číslo 5-610 20 testů 2-8 C Popis stripu: Pracovní postup 1. Izolace DNA Pro izolaci DNA musí být použita vhodná metoda vzhledem k typu tkáně vzorku. Pro doporučení vhodné metody kontaktujte
VíceMOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)
MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR) Náplň praktik 1. Izolace DNA z buněk bukální sliznice - izolační kit MACHEREY-NAGEL 2. PCR polymerázová řetězová reakce (templát gdna) 3. Restrikční
Více1. Metodika. Protokol č. F1-4 Metodika: Srovnávací analýza efektivity přípravy rekombinantního proteinu ve fermentoru
Protokol č.: F1-4 Datum: 20.12.2010 Metodika: analýza efektivity přípravy výběr z výsledků ze zkušebních provozů výroby antigenů. Vypracoval: Ing. Václav Filištein, Mgr. Tereza Chrudimská, Spolupracující
VíceSure-MeDIP II. with agarose beads and Mse I. www.krd.cz
Sure-MeDIP II with agarose beads and Mse I www.krd.cz 1 Obsah soupravy a skladování MeDIP souprava obsahuje reagencie na provedení 25 reakcí. Souprava je rozdělen do dvou částí, jedna je distribuována
VícePříprava vektoru IZOLACE PLASMIDU ALKALICKÁ LYZE, KOLONKOVÁ IZOLACE DNA GELOVÁ ELEKTROFORÉZA RESTRIKČNÍ ŠTĚPENÍ. E. coli. lyze buňky.
Příprava vektoru IZOLCE PLSMIDU LKLICKÁ LYZE, KOLONKOVÁ IZOLCE DN E. coli plasmidová DN proteiny proteiny + + vysrážená plasmidová lyze buňky + snížení ph chromosomální DN centrifugace DN chromosomální
VíceIzolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie
Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie IZOLACE GENOMOVÉ DNA Deoxyribonukleová kyselina (DNA) představuje základní genetický materiál většiny
VíceHybridizace nukleových kyselin
Hybridizace nukleových kyselin Tvorba dvouřetězcových hybridů za dvou jednořetězcových a komplementárních molekul Založena na schopnosti denaturace a renaturace DNA. Denaturace DNA oddělení komplementárních
VíceIzolace nukleových kyselin
Izolace nukleových kyselin Požadavky na izolaci nukleových kyselin V nativním stavu z přirozeného materiálu v dostatečném množství požadované čistotě. Nukleové kyseliny je třeba zbavit všech látek, které
VíceTkáňový homogenizátor MagNA Lyser od společnosti Roche
Izolace RNA Pracovní postup Homogenizace: Pozn. Postup homogenizace platí pouze pro izolaci RNA z nativní tkáně, v případě izolace z buněčné suspenze je tento krok vynechán a začíná se přídavkem homogenizačního
VíceMagPurix Blood DNA Extraction Kit 200
MagPurix Blood DNA Extraction Kit 200 Kat. č. ZP02001-48 Doba zpracování: 50-60 minut pro MagPurix 12S 50-70 minut pro MagPurix 24 Použití Souprava MagPurix Blood DNA Extraction Kit 200 je určena pro izolátor
VíceMagPurix Bacterial DNA Extraction Kit
MagPurix Bacterial DNA Extraction Kit Kat. č. ZP02006 Doba zpracování: 55-65 minut pro MagPurix 12S 55-75 minut pro MagPurix 24 Použití Souprava MagPurix Bacterial DNA Extraction Kit je určena pro izolátor
VícePOLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR)
POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR) Polymerázová řetězová reakce (PCR, z anglického Polymerase Chain Reaction) je metoda rychlého zmnožení (amplifikace) vybraného úseku DNA. Množený (amplifikovaný) úsek
VíceSeminář izolačních technologií
Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html
VíceBraf 600/601 StripAssay
Braf 600/601 StripAssay Kat. číslo 5-560 20 testů 2-8 C Popis stripu: Pracovní postup Kit umožňuje detekci 9 mutací v genu BRAF (kodón 600 a 601) Další informace najdete v OMIM Online Mendelian Inheritance
VíceKras XL StripAssay. Kat. číslo 5-680. 20 testů 2-8 C
Kras XL StripAssay Kat. číslo 5-680 20 testů 2-8 C Popis stripu: Pracovní postup 1. Izolace DNA Musí být použity vhodné metody extrakce DNA, v závislosti na typu vzorku, který má být vyšetřován. Doporučení
VíceKlonování DNA a fyzikální mapování genomu
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu. Terminologie Klonování je proces tvorby klonů Klon je soubor identických buněk (příp. organismů) odvozených ze společného předka dělením (např. jedna bakteriální
VíceMendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Inovace laboratorních úloh genetických předmětů metodikami pracujícími s ribonukleovými kyselinami pšenice Metodické návody pro laboratorní
VícePolymerázová řetězová reakce. Základní technika molekulární diagnostiky.
Polymerázová řetězová reakce Základní technika molekulární diagnostiky. Kdo za to může? Kary Mullis 1983 Nobelova cena 1993 Princip PCR Polymerázová řetězová reakce (polymerase chain reaction PCR) umožňuje
VíceMODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY:
MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY: POKROČILÉ PRAKTICKÉ VZDĚLÁVÁNÍ V EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGII Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost Číslo projektu: CZ.1.07/2.3.00/09.0046 Praktický kurz pokročilých
VíceMOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VícePraktický kurz Pokročilé biofyzikální přístupy v genomice a proteomice. 12.-13. května 2010
www.modernibiofyzika.cz Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Praktický kurz Pokročilé biofyzikální přístupy v genomice a proteomice
VíceMagPurix Forensic DNA Extraction Kit
MagPurix Forensic DNA Extraction Kit Kat. č. ZP02010 Doba zpracování: 40-50 minut pro MagPurix 12S 40-60 minut pro MagPurix 24 Použití Souprava MagPurix Forensic DNA Extraction Kit je určena pro izolátor
VíceVýzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování
VíceHmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace
VíceDNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit
VíceOBSAH. PP Master Mixy... 11 PPP Master Mix 12 Plain PP Master Mix 13 Combi PPP Master Mix 14
OBSAH DNA polymerázy pro PCR a pufry.................. 3 Taq DNA polymeráza 4 Taq DNA polymeráza Unis 5 TaqPurple DNA polymeráza 6 Taq DNA polymeráza 1.1 7 Combi Taq DNA polymeráza 8 LA DNA Polymerases
VíceMetoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi
Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)
VícePolymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP)
ÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE A LABORATORNÍ DIAGNOSTIKY 1. LF UK Polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP) Praktické cvičení z lékařské biochemie Všeobecné lékařství Martin Vejražka 2017/18 Obsah POLYMORFISMUS
VíceUrčení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách
Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho
VíceMetody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
VícePraktický kurz Příprava buněčného lyzátu, izolace celkové RNA pomocí kolonek/tripure reagent, stanovení koncentrace RNA
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Příprava buněčného lyzátu, izolace celkové RNA pomocí kolonek/tripure reagent, stanovení koncentrace RNA Vyučující: Mgr. Monika Holubová, Bc. Petr
VíceLaboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně biologických technik ve spolupráci s firmou ROCHE
BiochemNet vytvoření sítě pro podporu spolupráce biomedicínských pracovišť a zvýšení uplatnitelnosti absolventů biochemických oborů v praxi Laboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Translace, techniky práce s DNA Translace překlad z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin dá se rozdělit na 5 kroků aktivace aminokyslin
VíceTESTOVÁNÍ GMO Praktikum fyziologie rostlin
Teoretický úvod: TESTOVÁNÍ GMO Praktikum fyziologie rostlin 1 Teoretický úvod: TESTOVÁNÍ GMO Obecně na úvod Určitě jste už slyšeli pojem geneticky modifikovaný organismus (GMO). Úprava vlastností přirozeně
VíceZáklady molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Ivo Frébort 4. Metody molekulární biologie I Izolace DNA a RNA Specifické postupy pro baktérie, kvasinky, rostlinné a živočišné tkáně U RNA nutno zabránit kontaminaci
Více2. Srovnání postupů izolace DNA kolonky vs. paramagnetické částice
2. Srovnání postupů izolace DNA kolonky vs. paramagnetické částice A) Izolace DNA na kolonkách Izolace DNA z jakéhokoliv materiálu je dnes základním postupem v laboratořích zabývajících se molekulárně-biologickými
VíceUrčeno pro obecné laboratorní užití. Není určeno pro použití v diagnostických postupech. POUZE PRO POUŽITÍ IN VITRO.
Určeno pro obecné laboratorní užití. Není určeno pro použití v diagnostických postupech. POUZE PRO POUŽITÍ IN VITRO. PCR Nucleotide Mix Předem připravený roztok ultračistých PCR deoxynukleotidů (datp,
VíceBioscience Imaging Centre
Bioscience Imaging Centre (Středisko mikroskopie) zajišťujeme moderní mikroskopické zařízení a softwary pro analýzu obrazu poradíme s plánováním experimentů (histologie, detekce proteinů a mrna) pomůžeme
VíceIZOLACE DNA (KIT DNeasy Plant Mini)
17.1 Izolace DNA (kit DNeasy Plant Mini) Strana 1 IZOLACE DNA (KIT DNeasy Plant Mini) 1 Účel a rozsah Postup slouží k získání deoxyribonukleové kyseliny (DNA) ze vzorku pomocí komerčního kitu DNeasy Plant
VíceGENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI
GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI INDUKOVANÉ PŮSOBENÍM ORGANICKÝCH LÁTEK Z PRACHOVÝCH ČÁSTIC V OVZDUŠÍ Kateřina Hanzalová Oddělení genetické ekotoxikologie Ústav experimentální medicíny AV ČR v.v.i.
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY 3 složky Nukleotidy dusík obsahující báze (purin či pyrimidin) pentosa fosfát Fosfodiesterová vazba. Vyskytuje se mezi
VíceMOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE I PŘÍPRAVA TKÁNĚ K IZOLACI DNA
Cvičení 9,10,11: MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE Jméno: Skupina: Cíl: Seznámení se se základními metodami, využívanými k analýze DNA 1. izolace DNA 2. amplifikace DNA pomocí PCR a elektroforéza 3. vizualizace DNA
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceAdnaTest ProstateCancerSelect
AdnaTest ProstateCancerSelect Obohacení nádorových buněk z krve pacientů s rakovinou prostaty pro analýzu genové exprese Pro diagnostiku in vitro Příručka T-1-520 Obsah Informace pro objednávky... 3 Účel...
VíceMolekulární diagnostika
Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8
VíceFLUORESCENČNÍ MIKROSKOP
FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po
Více5. Úloha: Stanovení počtu kopií plazmidů (plasmid copy number PCN) v buňce
5. Úloha: Stanovení počtu kopií plazmidů (plasmid copy number PCN) v buňce pomocí Q Cílem této úlohy bude stanovit počet kopií penicilinázového plazmidu u Staphylococcus aureus (pusa300houmr like) na bakteriální
Více8 PŘÍLOHA A - TABULKY
8 PŘÍLOHA A - TABULKY Tabulka A - 1 Přehled reagencií a jejich koncentrací na přípravu reakční směsi PCR reagencie objem (µl) koncentrace ddh 2 O N x 7 PPP mix N x 10 5 primer N x 1 10 µm 3 primer N x
VíceZáklady molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ 4. Metody molekulární biologie I Izolace DNA a RNA Specifické postupy pro baktérie, kvasinky, rostlinné a živočišné tkáně U RNA nutno zabránit kontaminaci RNasami
VíceMolekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014
Molekulárně biologické metody v mikrobiologii Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Harmonogram 1. den Izolace DNA 2. den Měření koncentrace DNA spektrofotometricky, real-time PCR 3. den Elektroforéza Molekulární
VíceMendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Inovace praktických cvičení molekulárně-biologických předmětů o sekvenční úlohy PRACOVNÍ PROTOKOL PRO PŘEDMĚT METODY MOLEKULÁRNÍ A
VíceMETODY STUDIA PROTEINŮ
METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání
VíceVÝVOJ DNA ČIPŮ PRO DETEKCI GENETICKY MODIFIKOVANÝCH ORGANISMŮ
VÝVOJ DNA ČIPŮ PRO DETEKCI GENETICKY MODIFIKOVANÝCH ORGANISMŮ Lucie Vištejnová 2, Jan Hodek 1, Patrik Sekerka 2, Jaroslava Ovesná 1, Kateřina Demnerová 2 1. Výzkumný ústav rostlinné výroby, Drnovská 507,
VíceUživatelská příručka
PGM Barcoding Set 1-8 Navrženo pro PGM ION-TORRENT KÓD PRODUKTU: 2001 (1-8) BALEN9: 32 testů Uživatelská příručka Rev02.2015 Str. 1 Rejstřík 1. POUŽITÍ VÝROBKU 3 2. OBSAH KITU 4 3. SKLADOVÁNÍ 4 4. STABILITA
Vícenastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000
Verze: 1.4 Datum poslední revize: 25. 3. 2015 nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 (Corbett Research) generi biotech OBSAH: 1. Nastavení teplotního profilu a spuštění cykleru... 3 2. Zadání
VíceIZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
VíceZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN
ZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN Možnosti stanovení Listeria monocytogenes popis metod a jejich princip Mária Strážiková Aleš Holfeld Obsah Charakteristika Listeria monocytogenes Listerióza Metody detekce
VíceDYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod.
DYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod. Od 1.1.2014 DYNEX jediným OFICIÁLNÍM (autorizovaným) distributorem společnosti
Více4. Centrální dogma, rozluštění genetického kódu a zrod molekulární biologie.
4. Centrální dogma, rozluštění genetického kódu a zrod molekulární biologie. Od genu k proteinu - centrální dogma biologie Geny jsou zakódovány v DNA - Jakým způsobem? - Jak se projevují? Již v roce 1902
VíceNUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života
NUKLEOVÉ KYSELINY Základ života HISTORIE 1. H. Braconnot (30. léta 19. století) - Strassburg vinné kvasinky izolace matiére animale. 2. J.F. Meischer - experimenty z hnisem štěpení trypsinem odstředěním
VíceExprese rekombinantních proteinů
Exprese rekombinantních proteinů Exprese rekombinantních proteinů je proces, při kterém můžeme pomocí různých expresních systémů vytvořit protein odvozený od konkrétního genu, nebo části genu. Tento protein
VíceOptimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD
Optimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD Dana Vejmelková, Milan Šída, Kateřina Jarošová, Jana Říhová Ambrožová VODÁRENSKÁ BIOLOGIE, 1. 2. 2017 ÚVOD Sledované parametry,
Vícestudium množství určitého transkriptu v daném vzorku a v množství dané molekuly mrna v dané buňce a v daném
Analýza genové exprese Analýza genomu genomika Analýza transkriptomu transkriptomika Analýza proteinu - proteomika Analýza transkripce studium množství určitého transkriptu v daném vzorku a v daném čase
VíceBi5130 Základy práce s lidskou adna
Bi5130 Základy práce s lidskou adna Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá pizova@sci.muni.cz Laboratoř biologické a molekulární antropologie, ÚEB, PřF, Mu Bi5130 Základy práce s lidskou adna PCR polymerase
VícePraktické cvičení: Izolace a purifikace rekombinantního proteinu
Praktické cvičení: Izolace a purifikace rekombinantního proteinu Toto blokové praktické cvičení spočívá v teoretickém i praktickém seznámení s rekombinantními proteiny, jejich izolací, purifikací a využitím.
VíceMolekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA
Molekulární základy dědičnosti Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulární genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace DNA RNA
Více1. Příloha 1 Návod úlohy pro Pokročilé praktikum z biochemie I
1. Příloha 1 Návod úlohy pro Pokročilé praktikum z biochemie I Vazba bromfenolové modři na sérový albumin Princip úlohy Albumin má unikátní vlastnost vázat menší molekuly mnoha typů. Díky struktuře, tvořené
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VíceWestern blotting. 10% APS 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl
Western blotting 1. Příprava gelu složení aparatury hustotu gelu volit podle velikosti proteinů příprava rozdělovacího gelu: 10% 12% počet gelů 1 2 4 1 2 4 objem 6 ml 12 ml 24 ml 6 ml 12 ml 24 ml 40% akrylamid
Více2) Připravte si 3 sady po šesti zkumavkách. Do všech zkumavek pipetujte 0.2 ml roztoku BAPNA o různé koncentraci podle tabulky.
CVIČENÍ Z ENZYMOLOGIE 1) Stanovení Michaelisovy konstanty trypsinu pomocí chromogenního substrátu. Aktivita trypsinu se určí změřením rychlosti hydrolýzy chromogenního substrátu BAPNA (Nα-benzoyl-L-arginin-p-nitroanilid)
Více~ 10 base pairs (3.4 nm)
Metody molekulární biologie 1. Manipulace s DNA - mutace, delece, - genomová DNA x cdna - restrikční endonukleasy a enzymy modifikující DNA - DNA a RNA polymerasy - syntetické oligonukleotidy (primery
VícePolymorfismus délky restrikčních fragmentů
Polymorfismus délky restrikčních fragmentů Princip: Chemikálie: PCR produkt z předchozího praktického cvičení Endonukleáza KpnI 10 U μl -1 Pufr pro KpnI 10 koncentrovaný (Tris-HCl 100 mmol l -1 ph 7,5,
VíceImunochemické metody. na principu vazby antigenu a protilátky
Imunochemické metody na principu vazby antigenu a protilátky ANTIGEN (Ag) specifická látka (struktura) vyvolávající imunitní reakci a schopná vazby na protilátku PROTILÁTKA (Ab antibody) molekula bílkoviny
VíceZáklady molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Mária Čudejková 2. Transkripce genu a její regulace Transkripce genetické informace z DNA na RNA Transkripce dvou genů zachycená na snímku z elektronového mikroskopu.
Více2) Připravte si 7 sad po pěti zkumavkách. Do všech zkumavek pipetujte 0.2 ml roztoku BAPNA o různé koncentraci podle tabulky.
CVIČENÍ Z ENZYMOLOGIE 1) Stanovení Michaelisovy konstanty trypsinu pomocí chromogenního substrátu. Aktivita trypsinu se určí změřením rychlosti hydrolýzy chromogenního substrátu BAPNA (Nα-benzoyl-L-arginin-p-nitroanilid)
VíceMOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE I PŘÍPRAVA TKÁNĚ K IZOLACI DNA
Cvičení 9,10,11: MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE Jméno: Skupina: Cíl: Seznámení se se základními metodami, využívanými k analýze DNA 1. izolace DNA 2. amplifikace DNA pomocí PCR 3. restrikční štěpení PCR produktu
Více