KURZY OBOROVÉ RADY BIOLOGIE A PATOLOGIE BUŇKY A DALŠÍ INFORMACE Pokroky v biologii buňky (přednáškový kurz): Koordinátor a odborný garant kurzu: prof. RNDr. Ivan Raška, DrSc., Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2, Tel. 224 968 001, Fax: 224 917 418, E-mail: iraska@lf1.cuni.cz Kurz se koná každý druhý rok - zpravidla začátkem kalendářního roku. Příští kurz se bude konat začátkem roku 2017. Kontaktní osoba: Mgr. Štěpánka Melčáková, Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2, Tel. 224 968 000, E-mail: stepanka.melcakova@lf1.cuni.cz Kurz je povinný. Anotace: Jedná se o cyklus přednášek v rozsahu 24 hodin (1x týdně 4 přednášky, po dobu 4 týdnů, od 9 do 16 hod). Cyklus tvoří přednášky uznávaných odborníků v oboru buněčné biologie a patologie z Univerzity Karlovy, z ústavů Akademie věd ČR a dalších pracovišť. Přednáškový cyklus poskytne postgraduálním studentům nejnovější poznatky vybraných témat v oboru buněčné biologie a patologie. Přednášky se týkají jednak využití moderních technik v současném biomedicínském výzkumu a především vlastního vědeckého bádání v oblastech organizace buněčného jádra, genové exprese a její regulace, buněčného cyklu, cytoskeletálních struktur buňky, kmenových buněk, buněčných a virových onkogenů, genetických onemocnění a imunitního systému apod.. Doporučená literatura: Bruce Alberts a kol.: Základy buněčné biologie: úvod do molekulární biologie buňky, 2004, český překlad, Espero Publishing Bruce Alberts et al.: Molecular Biology of the Cell (5th EDITION), 2008, Garland Science Thomas D. Pollard and William C. Earnshaw: Cell Biology (2nd EDITION), 2008, Elsevier Harvey Lodish et al.: Molecular Cell Biology (6th EDITION), 2007, W.H. Freeman and Co. Robert Weinberg: The Biology of Cancer, 2006, Cold Spring Harbor Laboratory Press Pokroky v molekulární biologii a genetice
Koordinátor a odborný garant kurzu: prof. MUDr. Jiří Jonák, DrSc., Ústav molekulární genetiky AV CR, v.v.i., Vídeňská 1083, Praha 4-Krč Tel.: 241063273, Fax: 224310955 E-mail: jjon@img.cas.cz Kurz se koná každý rok v listopadu (přesný termín a místo konání kurzu u koordinátora). Kurz je povinný. Anotace: 14ti denní přednáškový kurz určený především pro doktorandy (PhD studenty) v oboru biomedicína a začínající vědecké pracovníky. Cílem kurzu je poskytnout informace o vědeckých pokrocích v molekulární biologii a genetice včetně některých rozvíjejících se biotechnologií. Přednášejícími (letos v počtu 28) jsou vždy významní vědečtí pracovníci z celé ČR, specialisté v jednotlivých přednášených oborech. Účastnící kurzu obdrží 2 sborníky (event. CD) s přednáškami. Doporučená literatura: Kolektiv autorů: Molekulární biologie a genetika X (2002), XI (2004), XII (2006). (J. Jonák jun. a J. Jonák, ed.) Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., Praha (ISBN 80-902588-3-2, 80-902588-4-0, 80-902588-5-9) a odkazy doprovázející jednotlivé kapitoly těchto sborníků Více informací: http://pokroky.img.cas.cz/ Pokročilé metody elektronové mikroskopie (praktický kurz) Koordinátor a odborný garant kurzu: prof. RNDr. Ivan Raška, DrSc. Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2, Tel. 224 968 001, Fax: 224 917 418, E-mail: iraska@lf1.cuni.cz Termín konání kurzu: 2. 6. listopadu 2015 Kontaktní osoba: Doc. RNDr. Dušan Cmarko, Ph.D., Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2, Tel. 224 968 018, E-mail: dusan.cmarko@lf1.cuni.cz Kurz je doporučený. Anotace: Týdenní intenzivní praktický kurz je určen pro postgraduální studenty a pracovníky v oblasti světelné a elektronové mikroskopie a v oblastech překrývání elektronové mikroskopie s mikroskopií světelnou. Účastníci kurzu získají praktické dovednosti v moderních metodách světelné a elektronové mikroskopie, a to zejména ve 4D mikroskopii, superrozlišení, v korelační světelné a elektronové mikroskopii (CLEM), kryo-elektronové mikroskopii, 3D rekonstrukci individuálních makromolekul (single-particle analysis) a v elektronové tomografii. Kurz je jediný svého druhu v České republice. Je veden v českém i anglickém jazyku. Kurz se
koná každý rok na podzim. Přesný termín u kontaktní osoby nebo na http://lge.lf1.cuni.cz/course/em. Požadavky na školitele: 1. pět let od dosažení vědecké hodnosti, 2. vědecká, tj. publikační a přednášková aktivita v uplynulých pěti letech, 3. souhlas vedení pracoviště, 4. průběžně sledovat plnění studijních povinností studenta a pravidelně s ním konzultovat výsledky jeho studia, 5. zajistit pravidelné semináře (i mimo předepsané semináře oborové rady) jako plnohodnotnou informaci o oboru biologie a patologie buňky tak, aby mohl student v závěru svého studia splnit deklarovaný profil absolventa doktorského studijního programu Biologie a patologie buňky Povinnosti studenta: Povinností studenta doktorského studijního programu je osvojit si vědeckou práci v laboratoři tak, aby byl po skončení studia schopen samostatné vědecké činnosti a publikace jejích výsledků v mezinárodně uznávaných časopisech. Student musí během svého studia 1. absolvovat nejméně dva výukové kurzy organizované v rámci doktorského studia biomedicíny, tj. kromě výše uvedených kurzů je možné absolvovat jakýkoliv další kurz organizovaný jinými oborovými radami se zaměřením blízkým k vlastnímu studentovu programu, 2. složit mezinárodně uznávanou zkoušku z angličtiny s příslušným certifikátem nebo zkoušku z odborného jazyka na Ústavu dějin lékařství a cizích jazyků, 3. složit státní doktorskou zkoušku, 4. předložit minimálně dvě původní práce přijaté k publikaci v časopisech s definovaným impakt faktorem (V ideální situaci bude student na obou publikacích prvním autorem. V případě, že tomu tak nebude, přijatelné bude, když bude školitelem potvrzen jeho významný podíl na dané publikaci. Téma těchto prací by mělo v ideálním případě odpovídat tématu disertace. Lze připustit odchylku od tématu disertace po předchozí dohodě s vedením OR. Pro OR nejsou přijatelné nepublikované výsledky, byť velmi dobré kvality!), 5. obhájit doktorskou disertační práci Student se dle pokynů školitele musí aktivně zúčastňovat vědeckých konferencí, kongresů a sjezdů vědeckých společností a pravidelně referovat o svých výsledcích na seminářích. Požadavky a pravidla pro vykonání státní zkoušky a obhajoby disertace: Požadavky a pravidla pro vykonání státní doktorské zkoušky a obhajoby disertace se řídí Organizačním řádem doktorského studia biomedicíny. V případě dotazů se mohou studenti obrátit přímo na oddělení vědy příslušné fakulty.
Předmět státní doktorské zkoušky: Zkouška se skládá z jedné části z krátkého přehledu vlastních dosažených výsledků vědecké práce během studia. V druhé části budou studentovi položeny 3 otázky z níže uvedených tematických okruhů/otázek. Cílem zkoušky je prověřit vědecký způsob myšlení studenta, tj. jeho schopnost postihnout podstatu problému včetně schopnosti navrhovat vlastní způsoby řešení. Tematické okruhy/otázky ke státní doktorské zkoušce 1. základní chemické složení buněk (anorganické a organické složky) 2. interakce cukrů s bílkovinami glykokód 3. buněčný metabolismus - přehled základních metabolických drah 4. centrální dogma molekulární biologie 5. organizace genomů (velikost a struktura u různých organismů) 6. struktura DNA (princip párování, antiparalelita, prostorové uspořádání) 7. struktura a funkce chromozomů 8. karyotyp a chromozomové aberace (numerické a strukturní aberace) 9. replikace DNA (princip, obecný průběh) 10. poškození a oprava DNA (druhy poškození, reparační mechanismy) 11. transkripce DNA (princip, obecný průběh) 12. typy RNA (kódující RNA, nekódující RNA) 13. mrna (struktura, funkce) 14. sestřih a další úprava pre-mrna (intron, exon, snrnp, alternativní sestřih, formování 5 a 3 konce pre-mrna) 15. intracelulární transport mrna z místa vzniku k ribozomům 16. regulace genové exprese na úrovni transkripce (organizace chromatinu, transkripční faktory) 17. epigenetika (definice, modifikace DNA a histonů, inaktivace chromozomu X, genový imprinting) 18. post-transkripční regulace genové exprese - regulační RNA 19. biologické funkce proteinů (receptory, enzymy, membránové proteiny, interakce s DNA a RNA apod.) 20. sbalování a kontrola kvality nově syntetizovaných proteinů a úloha chaperonů, degradace proteinů, proteasom 21. priony, prionová onemocnění 22. signální sekvence proteinů (systém adresování bílkovin) 23. post-translační modifikace proteinů, prostetické skupiny 24. enzymy (principy katalýzy, typy enzymů podle katalyzované reakce, regulace aktivity apod.) 25. translace (princip genetický kód, způsoby, průběh, ribosom) 26. obecná charakteristika virů (struktura, DNA viry, RNA viry) 27. rozdíly mezi eukaryotickou a prokaryotickou buňkou (morfologie, metabolismus, buněčné dělení apod.) 28. zvláštnosti rostlinných buněk a tkání
29. organely a vnitřní členění živočišných buněk 30. struktura buněčných membrán živočišných buněk 31. základní mechanismy membránového transportu (propustnost membrán, typy přenašečů apod.) 32. iontové kanály (základní struktura, typy, funkce) 33. membránový potenciál (definice, klidový potenciál, změny membránového potenciálu) 34. buněčné jádro (struktura, funkce) 35. jaderná tělíska (Cajalova tělíska, PML tělíska, speckles) 36. chemické složení a struktura chromatinu - aktivní vs. neaktivní chromatin 37. jadérko (funkce, struktura) 38. jaderný obal (struktura, funkce) 39. laminy, proteiny asociované s laminy, laminopatie (progerie) 40. patologie buněčného jádra a jadérka (karyolýza, karyorexe, změny u nádorových buněk apod.) 41. struktura a funkce chloroplastů, fotosyntéza 42. mitochondrie (struktura, funkce, koncept endosymbiózy) 43. mitochondriální onemocnění (příklady onemocnění, příčiny, příznaky) 44. endoplasmatické retikulum (struktura a funkce) 45. Golgiho komplex (struktura a funkce) 46. vesikulární transport (organizace a funkce, adresování vesikul) 47. exocytosa (průběh, funkce) 48. endosomální/lysosomální systém (organizace, funkce) 49. lysosomální onemocnění (příklady onemocnění, příčiny) 50. peroxisomy (struktura, funkce, patologie) 51. buněčné inkluze (glykogen, lipidy, krystaly a parakrystaly, pigmenty apod.) 52. mikrotubuly (stavební proteiny, struktura, dynamika, asociované proteiny, funkce, mikrotubulové motory) 53. mikrofilamenta (stavební proteiny, struktura, dynamika, asociované proteiny, funkce, mikrofilamentové motory, svalová kontrakce) 54. intermediární filamenta (stavební proteiny, struktura, tkáňová specifita, funkce, využití v diagnostice nádorů) 55. fáze buněčného cyklu (G1, S, G2, M fáze) 56. regulace buněčného cyklu (kontrolní body, regulační komplexy, poruchy) 57. mitóza (fáze mitózy, cytokineze, poruchy) 58. meióza (definice, meióza I, meióza II, crosing-over, poruchy) 59. nádorová transformace buňky (mechanismy vzniku rakovinné buňky, klíčové molekuly, základní typy nádorů) 60. ireversibilní poškození buňky (apoptóza vs. nekróza, dynamika, příčiny) 61. atrofie, hypertrofie, hyperplázie buněk 62. kmenové buňky (typy, vlastnosti, využití) 63. reprogramování somatických buněk (ips buňky, buněčná terapie apod.) 64. buněčná diferenciace, maturace, stárnutí 65. nervová tkáň (typy buněk, zvláštnosti) 66. svalová tkáň (typy buněk, zvláštnosti)
67. buňky pojivových tkání (typy buněk, zvláštnosti) 68. epitelové buňky (morfologie, zvláštnosti) 69. krevní elementy (typy buněk, zvláštnosti) 70. extracelulární matrix (složení, význam, fibrosa) 71. mezibuněčné kontakty (typy, struktura, buněčná adhese) 72. mezibuněčná signalizace (typy, receptory, signalizační molekuly) 73. základy buněčné signalizace (fosforylační kaskády, camp, lipidová signalizace, vápníková signalizace) 74. intracelulární receptory (typy, ligandy, funkce) 75. zánět (definice, příčiny, mechanismy, morfologické projevy) 76. základní modelové organismy (kvasinky, Arabidopsis, Caenorhabditis, Drosophila, myš) 77. buněčné/tkáňové kultury (typy, využití) 78. světelná mikroskopie (principy, základní metody, fluorescenční a konfokální mikroskopie) 79. cytochemické metody (cytologická barvení, imunocytochemické metody, radioaktivní značení, lektinové barvení) 80. protilátky (struktura, typy, třídy imunoglobulinů, příprava, využití) 81. hybridomová technologie (princip, výhody a nevýhody monoklonálních protilátek, využití) 82. fluorescenční proteiny (princip fluorescence, varianty, využití) 83. metody fluorescenční mikroskopie (fluorochromy, FRAP, FRET, FLIM, in vivo studie) 84. super-rozlišovací metody světelné mikroskopie (SIM, STED, STORM/PALM, TIRF) 85. elektronová mikroskopie (princip, metody) 86. imunometody v elektronové mikroskopii (princip, využití) 87. základy cytogenetického vyšetřování buněk (princip, metody, využití) 88. průtoková cytometrie (princip, aplikace) 89. frakcionace buněk, (centrifugace, separace buněčných organel apod.) 90. detekce DNA a RNA in situ (hybridizace apod.) 91. klonování DNA (restrikční endonukleázy, vektory) 92. PCR (princip, design primerů, kvalitativní vs kvantitativní PCR, aplikace metody) 93. sekvenování nukleových kyselin (princip, metody) 94. RNA interference (sirna, shrna; využití) 95. DNA microarray technologie (princip metody, využití) 96. genová terapie (principy, využití) 97. elektroforetické metody identifikace proteinů a nukleových kyselin (agarózová elektroforéza, SDS-PAGE, isoelektrická fokusace, 2D-PAGE apod.) 98. blotovací metody nukleových kyselin a proteinů (Southern, Northern a Western blotting) 99. chromatografie (princip, typy, využití) 100. hmotnostní spektrometrie (princip, použití, MALDI-TOF) 101. rentgenová krystalografie (princip metody, krystalizace proteinů) 102. imunoprecipitace, chromatinová imunoprecipitace 103. transfekce buněk (metody, využití) 104. transgenní organismy (metodika, využití) 105. determinace, diferenciace, metaplazie, modulace
106. amyloidóza 107. fyziologie a patologie kalcifikace 108. buněčná patologie edému 109. buněčný pohyb a migrace 110. regenerace a reparace, hojení rány 111. angiogenese a vaskulogenese 112. cukrovka jako příklad metabolické nemoci 113. interakce (lidských) buněk s patogeny (bakterie, viry, prvoci) 114. imunitní systém a integrita organismu Literatura: Alberts B et al.: Essential Cell Biology (6th EDITION, 2014), Garland Science Alberts B a kol.: Základy buněčné biologie: úvod do molekulární biologie buňky, 2004, český překlad, Espero Publishing Alberts B et al.: Molecular Biology of the Cell (5th EDITION, 2008), Garland Science Pollard TD and Earnshaw WC: Cell Biology, 2nd Edition, 2008, Saunders Elsevier Lodish H et al.: Molecular Cell Biology (6th EDITION, 2007), W. H. Freeman and Co. Elleder M a Sikora J: Biologie buňky, 2008 Elleder M: Vybrané kapitoly z patologie buňky I, 1997, Karolinum, Praha. Elleder M: Vybrané kapitoly z patologie buňky II, 1999, Karolinum, Praha. Masopust J, Průša R a spol.: Patobiochemie buňky, 2003, Univerzita Karlova, 2. LF, Praha. Sambrook J et al: Molecular cloning: A laboratory manual/joseph Sambrook, David W. Russel, (3 th EDITION) Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory, c2001. Povýšil C a kol.: Obecná patologie 2011, Galén, Praha Postup při podání žádosti o vykonání státní doktorské zkoušky a obhajoby disertace: Státní doktorská z kouška (SDZ): Na základě všech splněných studijních povinností si může student podat žádost o složení státní doktorské zkoušky. Vyplněná žádost se podává na oddělení vědy příslušné fakulty včetně strukturovaného životopisu, potvrzení o absolvovaných kursech, potvrzení o složení mezinárodně uznávané zkoušky z angličtiny, přehledu a kopií dosavadních publikovaných prací a dalších dokumentů hodných zvláštního zřetele. Lhůta pro stanovení termínu SDZ je 3 měsíce od doručení žádosti. Termín nelze stanovit 14 dní po doručení žádosti. O termínu SDZ bude student informován prostřednictvím příslušného oddělení vědy. Obhajoba disertační práce: Pro vykonání obhajoby disertace je nutné prostřednictvím oddělení vědy příslušné fakulty předložit předsedovi oborové rady 4 vyhotovení disertační práce (v češtině nebo v angličtině) v listinné podobě a v elektronické podobě na 4 hmotných nosičích (CD-ROM/DVD) včetně tezí
(autoreferátu), které by měly obsahovat abstrakt v češtině a v angličtině. Dále zároveň s žádostí o obhajobu disertační práce, kde bude uveden název práce v českém i v anglickém jazyce, student předloží seznam publikační činnosti k tématu disertace taktéž v českém a anglickém jazyce. Pro obhajobu disertační práce musí komise určit alespoň 2 oponenty, kteří vypracují oponentské posudky na předloženou práci. Oponenti jsou povinni odevzdat předsedovi komise posudek nejpozději do 2 měsíců po obdržení práce nebo nejpozději do 14 dnů oznámit, že posudek vypracovat nemohou. Obhajoba disertační práce se zpravidla koná do 6 týdnů po doručení oponentských posudků. Datum a místo obhajoby stanoví děkan a oznámí je nejméně 3 týdny předem členům komise a oponentům. O termínu obhajoby bude student informován prostřednictvím příslušného oddělení vědy. Důležitá poznámka: Žádá-li student uznání zkoušky z angličtiny, nesmí být absolvování zkoušky starší 10-ti let. Totéž platí pro uznání absolvovaných povinných kurzů. Profil absolventa doktorského studijního programu Biologie a patologie buňky: Absolvent oboru je seznámen se základy biologie buňky a s biologickou podstatou základních typů patologických procesů. Rozsáhlé znalosti jsou vyžadovány v oblasti problematiky disertační práce. Je seznámen se základními typy metodických přístupů používaných ke studiu buněk. Osvojil si samostatné vědecké myšlení, tj. schopnost shromáždit a kriticky zhodnotit současný stav vědomostí a navrhnout řešení, včetně experimentálního modelování. Metodické přístupy zvolené pro řešení tématu zvládá samostatně. Je schopen interpretace získaných výsledků a diskusi k nim na vědeckých akcích. Své znalosti z oboru a nově získané poznatky je schopen předávat v rámci pre- i postgraduálních výukových procesů.