Výběr z publikací Monografie: 1. Martin WEIS, Minutěnky vzpomínek na pastýře lidu svého, nakladatelství Panevropa Praha, 1999, 82 s. + fotografické přílohy, ISBN 80-85846-12-8. 2. Martin WEIS, Jihočeské AVE. Duchovní průvodce po poutních místech českobudějovického biskupství, nakladatelství Arista Praha, 2001, 150 s., ISBN 80-86- 410-14-5. 3. Martin WEIS, Mariánské zrcadlo, nakladatelství Katolický týdeník s.r.o. Praha, 2002, v edici Studie TF JU svazek 22, 219 s., ISBN 80-902 708-8-3. 4. Martin WEIS, Mariánské květy, v nakladatelství Sursum Tišnov vydal Milan Badal, 2003, v edici Studie TF JU svazek 28, 175 s., ISBN 80-7323-046-1. 5. Martin WEIS, Historie Učitelka života? Několik sond do dějin České země I. XIV. století, nakl. Sursum Tišnov, 2004, v edici Studie TF JU svazek 29, 242 s., ISBN 80-7323-072-0. 6. Martin WEIS, Výuka náboženství v letech 1899 1989 jako ukazatel vztahu státu a katolické církve se zřetelem na českobudějovickou diecézi. Košice: Seminár sv. Karola Boromejského v Košiciach, 2007, 114 s., ISBN 978-80-89138-81-4. 7. Martin WEIS, NOBLESSE OBLIGE VORNEHME HERKUNFT VERPFLICHTET. Eine Sonde in das religiös-karitative Werk von ausgewählten Gestalten europäischer Königshäuser. Fürth/Bayern: Flacius Verlag, 2008, 98 s., ISBN 978-3-924022-23-5. 8. Martin WEIS Rudolf Svoboda a kol., Kříž pod rudou hvězdou. Edice STŘEDOEVROPSKÉ DĚJINY. České Budějovice: Nakladatelství JIH, 2009, 264 s., ISBN 978-80-86266-30-5. 9. Martin WEIS, Svědectví dokumentů: Katolická církev v archivních materiálech jihočeských archivů let 1949 1976. Edice STŘEDOEVROPSKÉ DĚJINY. České Budějovice: Nakladatelství JIH, 2009, 336 s., ISBN 978-80-86266-33-6. 10. Martin WEIS, Meč ve službách kříže: Svatá země cílem kruciát, Prešov: Gréckokatolícka teologická fakulta Prešovská univerzita v Prešove, 2012, 180 s., ISBN 978-80-555-0678-4.
11. Martin WEIS, Meč ve službách kříže: Proti pohanům a kacířům, Prešov: Gréckokatolícka teologická fakulta Prešovská univerzita v Prešove, 2013, 162 s.,. ISBN 978-80-555-0849-8. 12. Martin WEIS, Svaté královny: fides caritas martyrium. Prešov: Gréckokatolícka teologická fakulta Prešovská univerzita v Prešove, 2013, 199 s., ISBN 978-80-555-0948-8. Výběr z publikací - léta 2009 2014 Recenzované studie a kapitoly v monografiích publikované v ČR: 1. Studie v databázi WOS / SCOPUS Martin WEIS, Ty ještě věříš, soudruhu? Studia theologica ST34 XI:1 (jaro 2009), s. 60-69. Tato studie je i jedním z výstupů autorem řešeného grantu GAČR č. 409/07/0475 za rok 2009 2. Studie v databázi WOS / SCOPUS: Martin WEIS, Přesvědčovací akce svlékni hábit ve světle archivních materiálů. Studia theologica ST37 XI:3 (podzim 2009), s. 63-76. Tato studie je i jedním z výstupů autorem řešeného grantu GAČR č. 409/07/0475 za rok 2009 3. Martin WEIS, Táborský vikariát ve světle archivních dokumentů let 1948 1989. Táborský archiv: Sborník Státního okresního archivu v Táboře 14 (2009), s. 337-349. Tato studie je i jedním z výstupů autorem řešeného grantu GAČR č. 409/07/0475 za rok 2009 4. Studie v databázi WOS / SCOPUS: Martin WEIS, Nebezpečný svatý Jan Nepomuk Neumann. Studia theologica ST40 XII:2 (léto 2010), s. 20-34. 5. Martin WEIS, Katolická církev a Československá církev (husitská) ve světle archivních materiálů jihočeského regionu. Theologická revue, 2010, roč. 82, č. 3-4, recenzovaný vědecký časopis HTF UK Praha, ISSN 1211-7617 s. 250 257. 6. Studie v databázi WOS/ SCOPUS: Martin WEIS, Katolická církev ve světle Věstníku katolického duchovenstva. Studia theologica ST43 XIII:1 (jaro 2011), s. 80-98 7. Studie v databázi WOS/ SCOPUS: Martin WEIS, Okres na jihu. Sonda do práce okresních církevních tajemníků ve světle archivních dokumentů jihočeského regionu. Studia theologica ST45 XIII:3 (podzim 2011), s. 87 102.
8. Studie v databázi WOS: Martin WEIS, Karel Statečný v letech 1890-1924. Studia theologica ST48 XIV:2 (léto 2012), s. 56 74. 9. Martin WEIS, Josef Hlouch pastýř, který se modlil a trpěl: Nástin obrazu velikána duchovního a náboženského života jihočeského regionu. In: Kolektiv autorů, Josef Hlouch, devátý biskup českobudějovický v obrazech a dokumentech, České Budějovice: ČR Státní oblastní archiv v Třeboni, 2012, s. 6-9, ISBN 978-80-904938-4-1. 10. Martin WEIS, Zásahy státní moci proti českobudějovickému biskup Hlouchovi, in: Revue církevního práva 56, roč. XIX., č.3/2013, s. 33-46, ISSN 1211-1635 11. Studie v databázi WOS / SCOPUS: Martin WEIS, Biskup Josef Hlouch známý i neznámý. Studia theologica 15, č. 3, 2013, s. 150-167. ISSN 1212-8570 12. Martin WEIS, Ohlasy měnové reformy 1953 ve světle archivních materiálů jihočeské KSČ, Theologická revue / Theological Review 4/2014, s. 443-453, ISSN 1211-76717 13. Martin WEIS, Křesťanství a církve v ideologii Komunistické strany Československa ve světle archivních materiálů jihočeského regionu, in: Církev a společnost: Karlovi Skalickému k 80. narozeninám, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích teologická fakulta, 2014, s. 229-240, ISBN 978-80-7394-452-0 Recenzované studie a kapitoly v monografiích publikované mimo ČR: 1. Martin WEIS, Hundert Jahre seit der Geburt des Engels von Dachau. Historia Ecclesiastica. - Zeitschrift für die Geschichte der Kirchen und der Religionen in Mitteleuropa, roč. II, 2011, č. 1., ISSN 1338-4341, s. 127-136. 2. Martin WEIS, Das Jahr 1950 im Licht des Mitteilungsblattes VKD, herausgegeben von dem Staastamt für kirchliche Angelegenheiten in Prag. Theologos. Theological revue, roč. XIII. (2011), č. 1., ISSN 1335-5570, s. 24 33. 3. Martin WEIS, Zeugnis des Märtyrers im Spiegel der Archivdokumente. Theologos Theological revue, roč. XIV. (2012), č. 1., s. 55-66, ISSN 1335-5570. 4. Martin WEIS, Realisierung der Abschlüsse des II. Vatikanischen Konzils durch Josef Hlouch, Bischof von Budweis. Notitiae historiae ecclesiasticae. Scientific peerreviewed journal, roč. 1, (2012), č.1., s. 26 36. ISSN 1338-9572. 5. Martin WEIS, Propojení Kalvárie s kultem P. Marie Loretánské na poutním místě v Římově. In: Štefan Lenčiš Tomáš Filip (eds.) Putovanie za duchovnom po gotickej
ceste: Zborník príspevkov z medzinárodnej vedeckej konferencie, ktorú 7. novembra 2012 pripravila Katedra histórie a biblických vied Teologickej fakulty v Košiciach, Katolíckej univerzity v Ruţomberku v spolupráci s Košickým samosprávnym krajom. Košice: Košický samosprávny kraj a Katolícka univerzita v Ružomberku, Teologická fakulta Košice, 2012, s. 162-171, ISBN 978-80-971243-0-4. 6. Martin WEIS, Svědectví Socrata Scholastica o Hypatii Alexandrijské versus film Agora. In: Cyril Hišem (ed) DEJINY CIRKVI V STAROVEKU : Zborník príspevkov z medzinárodnej konferencie uskutočnej dňa 5. novembra 2012 na Teologickej fakulte Katolíckej univerzity v Ružomberku. Prešov : Vydavateľstvo Michala Vaška, 2012, s. 127-133, ISBN 978-80-7165-887-0. 7. Martin WEIS, Jaroslav Kadlec: ein Historiker, der seine Heimat und Kirche liebte. In: HLK Neue Folge, ročník 29, 2012, č. 108, Flacius Verlag Fürth/Bayern, ISSN 0724-7600, s. 49 56. 8. Martin WEIS, Praktiken des kommunistischen Regimes in der Tschechoslowakei, Dike kai nomos. Quaderni di cultura giuridico-politica, n.5/2013, p. 47-61. Falco editore, Roma, ISSN 2239-0529. 9. Martin WEIS, Hofschule von Karl dem Großen. Eine Sonde in die Geschichte der mittelalterlichen Pädagogik und Ausbildung. Theologos. Theological Revue, roč. 15, č. 2/2013, s. 7-20. ISSN 1335-5570. 10. Martin WEIS, Skizze der katholischen Armee und Marineseelsorge in Ösrerreich- Ungarn. Notitiae historiae ecclesiasticae. Scientific peer-reviewed journal, roč. 2, 2013, č.1., s. 7 15. ISSN 1338-9572.. 11. Martin WEIS, Mlčela žena ve středověku? Sonda do problematiky středověké vzdělanosti a pedagogiky na příkladu Hildegardy z Bingenu. In: Cyril Hišem (ed) DEJINY CIRKVI V STREDOVEKU : Zborník príspevkov z medzinárodnej konferencie uskutočnej dňa 13. novembra 2013 na Teologickej fakulte Katolíckej univerzity v Ružomberku, s. 23 29, ISBN 978-80-7165-918-1 12. Martin WEIS, Trojanisches Pferd in der Kirche. Das Streben des kommunistischen regimes in der Tschechoslowakei nach der Zerrüttung der Katholischen Kirche., Dike kai nomos. Quaderni di cultura giuridico-politica, n.6/2014, p. 71-79. Falco editore, Roma, ISSN 2239-0529.
13. Martin WEIS, Českobudějovický biskup Josef Antonín Hůlka a první světová válka, in: Dejiny církvi v novoveku, Košice 2014, s. 151-161, ISBN 978-80-7165-951-8. 14. Martin WEIS, Kázat a učit, in: Cirkev v dějinách kresťanstva na Slovensku, Prešov 2014, s. 249-261, ISBN 978-80-555-1136-8. D. Výukové CD 1. Martin WEIS, Církev a válka: 15 dílů vzdělávacího cyklu (CD), České Budějovice: Rádio Proglas, 2012. 2. Martin WEIS, Církev a věda: 12 dílů vzdělávacího cyklu (CD), České Budějovice: Rádio Proglas, 2013. 3. Martin WEIS, Církevní dějiny v zrcadle času II (1870-1945): 14 dílů vzdělávacího cyklu (CD), České Budějovice Rádio Proglas, 2014.