Molekulární základy dědičnosti

Transkript

1 Obecná genetika Molekulární základy dědičnosti Doc. RNDr. Ing. Eva PALÁTOVÁ, PhD. Ing. Roman LONGAUER, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/

2 Základní termíny a definice Genetika věda o dědičnosti a proměnlivosti (studující jak jsou přenášeny fyzikální, biochemické a etologické vlastnosti z rodičů na potomky a variabilitu těchto vlastností.) Dědičnost schopnost organismů produkovat potomstvo, které se vyznačuje stejnými druhovými vlastnostmi, jako rodiče. Proměnlivost vzájemná odlišnost jedinců téhož druhu Šlechtění, genové inženýrství: praktická aplikace poznatků genetiky

3 Stručná historie J. G. Mendel: zákony *uniformity a *štěpení znaků v potomstvech hybridů, *volné kombinovatelnosti vloh 1900 Znovuobjevení a uznání Mendelova prvenství C. Correns, Tübingen, H. de Vries, Amsterdam, E. von Tschermak, Vídeň 1903, 1904 chromosomy a jejich dělení, souvis se štěpením znaků do potomstva W.S. Sutton, T. Boveri 1906 Genetika jako věda pojmenoval W. Bateson, 1909 W. Johannsen základy dedičnosti jsou uloženy v chromozomech. Tyto základy nazval geny 1923 T. H. Morgan a kol. lokalizace prvních genů a detekce jejich odlišných kombinací 1953 J. D. Watson, F. Crick (R. E. Franklin, M. Wilkins) molekulární struktura nukleových kyselin 1983 Polymerázová řetězová reakce PCR - princip vynalezl K. Mullis

4 Gen úsek na molekule DNA (deoxy)nukleotid = - (deoxy)ribóza + - PO heterocyklická báze (adenin, guanin cytozin, tymin/uracil) 3 OH Uracil 5 RNA Protisměrná paralelní Orientace řetězců

5 Vlastnosti genetického materiálu (DNA, RNA) 1. Uchovává genetickou informaci (genetický kód) 2. Přenáší genetickou informaci: 2.1 z DNA na polypeptid (exprese genu) 2.2 na potomstvo (replikace DNA > mitóza, meióza) 3. Mění se mutací a rekombinací = genetická variabilita jako předpoklad evoluce

6 Stavba nukleových kyselin (NK) Základním stavebním kamenem jsou nukleotidy složené z: Pentózy deoxyribóza (DNA), ribóza (RNA) Zbytku (nebo zbytků) kyseliny fosforečné HPO 3- Nukleové dusíkatá báze a) purinové adenin (A), guanin (G) A,G,C,T - DNA A,G,C,U - RNA b) pyrimidinové cytozin (C),tymin (T), uracil (U) Komplementární báze C G a A=T (v RNA je U namísto T)

7 Syntéza DNA 5 >3 DNA polymerází: lineární řetězec nukleotidů = polynukleotid pořadí nukleotidů = primární struktura NK

8 Sekundární struktura DNA = dvojitá šroubovice - dvě antiparalelní (protisměrná) komplementární vlákna - vodíkové můstky mezi komplementárními bázemi C G a A=T

9 - podíl rozdílných bází určuje stabilitu DNA - čím víc C G, tím vyšší teplota denaturace význam při amplifikaci (zmnožování) DNA pomocí PCR (viz dál) DNA uložena v: jádře (lineární) mitochondriích (kruhová) chloroplastech (kruhová)

10 RNA = 1 vlákno - obvykle má složitou prostorovou strukturu - 3 typy RNA: mrna - mediátorová trna - transferová rrna - ribozomální

11 t RNA

12 Umístnění genetické informace v buňce

13 Rostlinná buňka: - jádro (chromozomy) - mitochondrie - chloroplasty + viry + endoparaziti, endosymbionti Jádrová DNA - biparentální dedičnost Mitochondriální DNA - zpravidla maternální dedičnost - výjimečně paternální dedičnost: u Taxodiaceae Chloroplastová DNA - zpravidla maternální - paternální dedičnost: u Pinaceae

14 Živočišná buňka: - jádro (chromozomy) - mitochondrie + viry + endoparaziti, endosymbionti Jádrová DNA - biparentální dedičnost >>> - kromě chromozomu Y Mitochondriální DNA - maternální dedičnost

15 Chromozomy

16 DNA v jádře chromozomy jsou lineární vláknité útvary vytvářené počas dělení jádra Jsou tvořené z hmoty chromatinu tzv. nukleozomů (8 mol. histonů + DNA) spiralizací nukleozomů chromatidová vlákna chromozom

17 Chromozom vláknitý útvar patrný během buněčného dělení

18 buňka s jádrem DNA nukleozomy chromozom

19 Typy chromozomů

20 karyotyp = soubor chromozomů určitého biologického druhu idiogram (karyogram) = grafické zobrazení chromozomů dle velikosti a morfologie Homologické chromozomy chromozomy se stejnou strukturou a stejnými geny

21 Přenos genetické informace

22 Genetický materiál (DNA, RNA) 1. Uchovává genetickou informaci (genetický kód) 2. Přenáší genetickou informaci: 2.1 z DNA na polypeptid (exprese genu) 2.2 na potomstvo (replikace DNA) 3. Mění se mutací a rekombinací = genetická variabilita jako předpoklad evoluce

23 Genetický kód = systém přenášející genet. informaci z DNA na polypeptid - je univerzální pro všechny organismy - triplet (kodón) = informační jednotka pro jednu AMK Pořadí tripletů = pořadí 20 AMK v polypeptidu + triplety iniciační (AUG = metionin) + triplety terminační (UAA, UGA, UAG) Redundance genetického kódu: čtyři báze v tripletu mohou kódovat 4 3 = 64 aminokyselin. V přírodě je aminokyelin jenom 20 => jedna aminkyselina může být kódovaná více triplety.

24 2. Přenos genetické informace 2.1 Přenos z DNA na polypeptid - dvoustupňový proces DNA transkripce RNA translace protein

25 Transkripce = přepis gen. informace z DNA do mrna - probíhá v jádře, mitochondriích a chloroplastech - přechodné oddělení vláken a syntéza komplementární mrna - enzymatický proces (RNA polymeráza) - přepis jen z jednoho vlákna

26 Translace (překlad) - je přenos genetického kódu z mrna do pořadí AMK v polypeptidovém vláknu - probíhá v cytoplasmě - mrna se spojuje s ribozomy polysom - trna přinášejí AMK polypeptid t-rna je tolik druhů, kolik je aminokyselin (20)

27

28 Schéma transkripce a translace mrna trna Každá t-rna je specifická pro jednu aminokyselinu je jich 20.

29 Ústřední dogma přenosu a realizace genetické informace: DNA (gen) transkripce mrna translace protein uplatnění polypeptidu v metabolismu dědičný znak

30 Struktura a funkce proteinů - proteiny = makromolekuly tvořené z aminokyselin (AMK) - 20 AMK: bazické His, Lys, Arg, 3 kyselé Asp, Glu polární Thr, Tyr, Asn, Gln, Ser neutrální Ala, Val, Leu, ILe, Pfro, Phe,Trp, Met, Cys, Gly - AMK - peptidická vazba protein (polypeptid) - pořadí AMK = primární struktura polypeptidu

31 - proteiny = makromolekuly tvořené z aminokyselin (AMK) - 20 AMK: bazické His, Lys, Arg, 3 kyselé Asp, Glu polární Thr, Tyr, Asn, Gln, Ser neutrální Ala, Val, Leu, ILe, Pfro, Phe,Trp, Met, Cys, Gly - AMK - peptidická vazba protein (polypeptid) - pořadí AMK = primární struktura polypeptidu

32 STRUKTURA polypeptidů řetězec AMK = prim. struktura sekundární struktura (vodíkové můstky) terciární struktura (prostorové uspořádání) kvartérní struktura (multimerní enzymy)

33 FUNKCE polypeptidů / proteinů: - katalytická (enzymy) - transportní - strukturní - zásobní

34 Gen je základní jednotkou genetické informace, jde o úsek molekuly DNA, který svým pořadím nukleotidů určuje pořadí aminokyselin v molekule určité bílkoviny nebo pořadí nukleotidů v některém typu RNA rozlišujeme geny: strukturní obsahují informace o primární struktuře polypeptidových řetězců regulátorové regulují aktivitu strukturních genů (tzv. signální sekvence DNA) geny pro trna a rrna určují pořadí nukleotidů v molekulách trna nebo rrna, tzn. těch typů RNA, které nejsou určeny pro translaci (trna vzniká v jádře, rrna vzniká v jadérku) U eukaryot jsou geny organizovány do intronů a exonů (viz výše). U prokaryot jsou geny uspořádány do souvislých úseků, které nazýváme operony, které tvoří: promotor oblast, v níž je zahájena transkripce (syntéza mrna) operační gen (operátor) oblast, na kterou se váží regulační proteiny ovlivňující průběh transkripce strukturní geny. Transkripce celého operonu je řízena pomoci tzv. regulačního genu (není součástí operonu), který ovlivňuje produkci represoru regulačního proteinu, po jehož navázání na operační gen se zastavuje transkripce strukturních genů operonu induktor je látka, která navázáním na represor znemožňuje jeho vazbu na operátorový gen, a tím pozitivně reguluje transkripci Příkladem operonu je tzv. lac operon (neboli laktózový operon) bakterie Escherichia coli: Strukturní geny lac operonu kódují enzymy nezbytně pro to, aby bakterie mohly využít laktózu jako zdroj energie. Laktóza v prostředí působí jako induktor, tzn. váže se na represor a umožňuje strukturním genům produkovat enzymy zpracovávající laktózu. Nedostatek laktózy v prostředí způsobí navázání represoru na operační gen, a tím zastavení transkripce. Tímto způsobem je buňce zabráněno tvořit bílkoviny, které pro ni v daný okamžik nejsou nezbytné.

35 Transkripce transkripce je přepis genetické informace z DNA do mrna nejprve dochází k rozvolnění dvoušroubovice DNA jeden řetězec DNA slouží jako matrice, k jednotlivým nukleotidům DNA (deoxyribonukleotidům) se na základě komplementarity přiřazují volné nukleotidy RNA (ribonukleotidy) ribonukleotidy jsou spojeny vazbami a vytvoří souvislý polyribonukleotidový řetězec, který se prodlužuje a postupně se od molekuly DNA odděluje, opouští jádro a napojuje se na ribozomy pro průběh transkripce je nezbytné katalytické působení enzymu RNA-polymeráza Introny, exony a sestřih (splicing) U eukaryotické DNA jsou geny tvořeny ze dvou navzájem se střídajících úseků exonů a intronů. Exony obsahují informaci o pořadí aminokyselin v polypeptidickém řetězci. Introny neobsahují informaci o pořadí aminokyselin v polypeptidickém řetězci (nemají kódovací smysl). Transkripcí se do struktury mrna nejprve přepíše celý gen (exony i introny). Následně dochází u pre-mrna k tzv. sestřihu (splicing). Introny jsou z molekuly odstraněny (zůstávají v jádře) a funkční mrna je tvořena spojenými exony.

36 Translace Překlad genetické informace z pořadí nukleotidů v mrna do pořadí aminokyselin v polypeptidickém řetězci prostřednictvím genetického kódu (proces syntézy bílkovin podle informace obsažené v molekulách mrna): Aminokyseliny jsou na místo syntézy (do ribozomů) transportovány pomocí trna. Druh aminokyseliny určuje kodón (triplet) = tři za sebou následující báze v mrna ke každému kodónu je komplementární antikodón tři za sebou následující báze trna komplementární ke kodónu (každá trna je specifická pro určitou aminokyselinu) translace probíhá v několika fázích: na malou podjednotku ribozomu se připojuje mrna, ribozom se po molekule mrna posunuje, přičemž volný konec molekuly mrna se může napojovat na další ribozomy, vzniká tak polyribozom (komplex molekuly mrna, po které se za sebou posouvají další ribozomy) při posouvání se mrna dostává na každém ribozomu do kontaktu s jeho dvěma vazebnými místy, která odpovídají svou velikostí trojicím ribonukleotidů v mrna (kodónům), v těchto místech dochází k připojování aminokyselin a k jejich spojování do polypeptidového řetězce: a) na aminoacylové vazebné místo (A-místo) se váže trna nesoucí aminokyselinu, b) na peptidylové vazebné místo (P-místo) se váže trna nesoucí polypeptid prodloužený o jednu aminokyselinu aminokyseliny k ribozomům přináší trna, každá trna je specifická pro určitou aminokyselinu a obsahuje trojici nukleotidů (antikodón), která je komplementární k příslušnému kodónu v mrna, připojením aminokyseliny k trna vzniká komplex aminoacyl-trna translace je zahájena, jakmile se posunem dostane na peptidylové vazebné místo iniciační kodón molekuly mrna (obvykle kodón AUG), na který se připojí iniciační trna s navázanou iniciační aminokyselinou (Met) do aminoacylového místa se dostane následující kodón molekuly mrna a na něj se připojí příslušný komplex aminoacyl-t-rna, mezi oběma aminokyselinami vzniká peptidová vazba ribozom se posune o jeden kodón a trna z aminoacylového místa s navázaným dipeptidem se přesune do peptidylového místa, odkud vytěsní předchozí trna do aminoacylového místa se dostane nový kodón, k němuž se připojí další aminoacyl-trna s odpovídajícím antikodónem, mezi aminokyselinami se vytvoří peptidová vazba (vznikne tripeptid) a trna z peptidylového místa se uvolní celý proces probíhá tak dlouho, až se do aminoacylového místa dostane terminační kodón (UGA, UAA, UAG), pro který neexistuje žádný odpovídající antikodón, nemůže se tedy napojit další aminokyselina a nově vytvořený polypeptidový řetězec je uvolněn z ribozomu.

37 Signální sekvence polypeptidu, volné a vázané ribozómy Cytosolové proteiny jsou syntezovány na volných cytosolových ribosomech, zatímco membránové bílkoviny, proteiny organel a bílkoviny uvolňované mimo buňku se syntezují na ribosomech vázaných na hrubé endoplazmatické retikulum (ER). Volné a vázané ribosomy jsou strukturně a funkčně zcela stejné, o jejich vazbě na ER rozhoduje sekvence syntezovaného řetězce. Většina proteinů určených mimo cytosol má na N-konci tzv. signální sekvenci o aminokyselinách. I když se tyto sekvence od proteinu k proteinu liší, zastoupení několika hydrofobních aminokyselinových zbytků je zde charakteristické. Sekvence je rozpoznávána částicí SRP (signal recognition particle), skládající se ze šesti proteinových podjednotek a 7SL RNA. Naváže se na signální sekvenci syntezovaného proteinu a zastaví translaci v počáteční fázi. Membrána ER obsahuje receptory pro SRP. Jakmile se na ně komplex ribosom-srp naváže, pak za účasti dalších dvou membránových proteinů, riboforinu I a II, pokračuje proteosyntéza a současně petidový řetězec prochází membránou do cisterny ER. SRP se opět z receptoru uvolní do cytosolu. Signální sekvence je pro translokaci rozhodující. Je-li genovou manipulací připojena k cytosolovému proteinu, např. hemoglobinu, pak je tato bílkovina uvolňována mimo buňku. Translokace peptidu je aktivní membránový proces, vyžadující energii (ATP). Prostup není poháněn translací, ribosomem. Teoreticky by mohl probíhat i po dokončení syntézy řetězce na volném ribosomu. Včasná vazba syntezovaného proteinu a ribosomu na ER je však výhodná a většinou potřebná, neboť po syntéze na volném ribosomu by protein mohl zaujmout konformaci, která by translokaci přes membránu znemožnila. Těsný prostor mezi místem translace a translokace nedovolí, aby se řetězec konformoval dříve než na druhé straně membrány nebo v ní. Některé proteiny zůstanou zakotveny v membráně, což je dáno též jejich primární sekvencí. Membránové proteiny totiž kromě signální sekvence mají ještě zakotvující, stop-transferasovou sekvenci, která translokaci přes membránu ukončí a protein zůstane zakotvenou součástí membrány. Signální sekvence těchto proteinů může být i poněkud vzdálená od N-konce. Některé mají takových sekvencí dokonce několik, střídají se se stop-transferovými úseky, takže jsou v membráně zakotveny několikerým způsobem, někdy i několikanásobně (viz obrázek). Topologie membránových proteinů Signální sekvence sekretovaných proteinů bývá ještě v průběhu translokace odštěpena membránovou signalasou. Protein proniká do cisterny ER. Zde a zejména pak v Golgiho aparátu, je kovaletně modifikován (viz Posttranslační glykosylace proteinů) a potom dopraven na místo své funkce nce_polypeptidu,_voln%c3%a9_a_v%c3%a1zan%c3%a9_riboz%c 3%B3my