Superpočítání a gridové počítání

Transkript

1 Superpočítáníagridovépočítání MartinPetřek,1,2PetrKulhánek,1,2 JanKmuníček1,3 1)CESNETz.s.p.o.,Zikova4,CZ 16000Praha,Českárepublika 2)Národnícentrumprovýzkumbiomolekul,PřírodovědeckáFakulta,Masarykovauniverzita, Kotlářská2,61137Brno,Českárepublika 3)Ústavvýpočetnítechniky,Masarykovauniverzita,Botanická68a, 60200Brno,Českárepublika Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

2 Obsah 1.Náročnévýpočtyaaplikace Výpočetníchemie,částicováfyzika,zpracovánídat 2.Gridovésystémyaprácevnich METACentrum,EGEE2 3.Softwareprořazeníasprávuúloh PBS,gLite/LCG ukázkaspouštěníjobů 4.SystémCHARON Koncepcesystému Použitínaklastruavgridu Správaaplikací Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

3 Náročnévýpočtyaaplikace Cojsounáročnévýpočty? relativnípojemvzhledemkprudkémuvývojvýpočetní techniky jednotkavýkonu FLOPS(FloatingPointOperationsPerSecond) jednotkadat BYTE dnešnípentium4,1gbram,2ghz výkonněkolikgflops donáročnýchvýpočtůřadímeaplikacevyžadující výkonvřádech>=tflopsvyšší prácesdatyvřádech>=gb aplikaceběžícínasuperpočítačíchneborozsálých výpočetníchsystémech(gridy) dobaběhunadomácímpcbytrvalatýdny,měsíce,roky,... Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

4 Náročnévýpočtyaaplikace Typyaplikací: Matematicko Fyzikálníaplikace: modelypředpovědipočasí(systémaladin) simulaceexperimentůzoblasičásticovéfyziky(hep) úlohyzoblastipružnosti pevnosti,termo elasticita(fem) simulaceprouděníkapalin(cfd) materiálovéinženýrsví,nanotechnologie simulacezemetřesení NP těžkéúlohy(tsp),optimalizačníúlohy úlohyzlineárníhoresp.matematickéhoprogramování lámáníšifer(des,enigma[m4project]) hledáníprvočísel(gimps),... Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

5 Náročnévýpočtyaaplikace Typyaplikací: Chemické biologickéaplikace: simulacechováníbiologickýchsystémů(molekulovádynamika) návrhyléčiv(studiuminterakceenzymxléčivo) molekulovédokováníakonformačníanalýzamolekul zkoumáníreakčníchmechanizmů(tranzitnístavy,odhady energetickýchrozdílůproreakčnícestu, výpočty'volnéenergie') proteinfolding simulacechováníorganismůvprostředí šířeníepidemiívprostředí Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

6 Náročnévýpočtyaaplikace Typyaplikací: Zpracovánídat: lékařsví(ct snímky,nmr,příznakovérozpoznávání) zpracovánírozsáhlýchstatistik analýzaarozpoznáváníobrazu HEP částicovéexperimenty(atlas,cms,alice,lhcb) tvorbaexpertníchsystémů(ai) Visualizacedat renderovánínáročnýchscén Ostatní simulacesociálníchaekonomickýchjevů...aspoustadalších... Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

7 Náročnévýpočtyaaplikace Příkladzvýpočetníchemie výpočetvolnéenergie hlavníúloha(dobaběhu~15h) generujemnohopodúloh(stovky) podúloha(dobaběhu~ 25h)(2CPU) získáme profil (graf) volné energie v intervalu (a,b) nadomácímpc(1cpu) byúlohatrvala~7měsíců (24hdenně) vmetacentru~za3dny mámevýsledky Reakční koordináta a b Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

8 Náročnévýpočtyaaplikace Příkladzvýpočetníchemie výpočetvibračníchmodůmolekuly výpočetmatice2.derivacíenergiepodlesouřadnic(tzv.hessian) 3*N*2nezávislýchvýpočtůgradientuenergie(Quant.Mech.) N ~ 100 atomů => 600 úloh 1 úloha ~ 1 hodina na domácím PC ( 25 dní ) v METACentru ~ 1hodina Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

9 Gridovésystémyaprácevnich Computercluster několikpočítačůspojenýchpomocísítě(lan) lzesnimipracovatodděleněnebosemůžounavenek(při vzdálenémpřipojení)jevitjakojedenpočítač uvnitřsítěselzesvobodněpohybovat (jednotlivépočítačesinavzájem věří ) lzepoměrnělevněpostavitzběžnědostupnýchpcasíťových komponent většinoustejnétypystrojů(homogenníclusterxheterogennícluster) Gridovýsystém rozsáhlýcodopočtuvýpočetníchstrojů,ukládacíchkapacit,... chápánspíšjakovýpočetnínástrojnežjakojedenpočítač spojeníněkolika clusterů,různéarchitektury,heterogennístroje velkýdůraznabezpečnost(dílčíclusterymohoubýtrůzněposvětě) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

10 Gridovésystémyaprácevnich Společnéznakyvětšinyklastrů: cn4 operačnísystémytypuunix(unix,linux,freebsd,netbsd,...) sdílenísouborůvklustru(souborovésystémynfs,afs,...) systémsprávyaplikačníhosoftwaru(systémtzv.modulů) autentizačnísystémvrámciklastru(kerberos) aspoňjedencentrálníuzelpropřístupzvenčí(ssh,certifikáty,...) softwareprořazeníúlohdofronty(pbs+varianty,nqe,lsf,...) uživatelmáúčet,domovskýadresářpřímovsystému zcentrálníhouzluselzelogovatnajednotlivéstrojebezhesla cn5 cn6 cn0 Firewall cn1 cn2 cn3 internet Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

11 Gridovésystémyaprácevnich příkladhpc(high performancecluster): Distribuovanývýpočetnísystém SuperpočítačovécentrumBrnoMU ( SuperpočítačovécentrumUK ( SuperpočítačovécentrumZČU ( Techinfo: 218uzlů,463CPU SMPstroje(sharedmemory),klastry(1 2procesorovéPC) 1Gb/s(GE,GigabitEthernet)nebo2.5Gb/s(Myrinet) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

12 Gridovésystémyaprácevnich příkladhpc(high performancecluster): Programovéprostředky: distribuovanýsouborovýsystémafs autentizačnísystémkerberos(kinit,kauth,sshprotokol) systémsprávyaplikačníhosoftware(meta)moduly přístupnacentrálníuzelpomocíssh přístuppomocíhardwarovýchklíčů(tokenscertifikátem) Softwareprořazeníúloh(dávkovésystémy): PBSPro PortableBatchSystem,dávkovýsystémproPCklastr PBSPro Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

13 Gridovésystémyaprácevnich SpecifikaGridů: výpočetnízdrojenejsouspravoványcentrálně administrativnírozdělenígriduna virtuálníorganizace(vo) speciálníuzlyproukládánídat stroje,kterézajišťujíslužbypro prácisesoubory(storageelements) službypromonitorovánístavugridu službyproplánováníúloh(computingelements) vlastnívýpočetníkapacity(workernodes) kpropojenívoslouží grid middle ware otevřenéstandardy kpřihlášenídogridusloužíněkolikpočítačů(user Interface) autentizacepomocícertifikátů(silnéelektronickéšifrování) uživatelpatřídovo,nemápřímýpřístupkezdrojům,aleke službám Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

14 Gridovésystémyaprácevnich příkladgridu:enablinggridfore science(egee2) mezinárodníprojektevropskéunie(cesnetzačr VOCE) celoevropskágridováinfrastrukturaprovědeckou komunituiprůmysl(>30zemí,100organizací) pilotníaplikace: HEP(HighEnergyPhysics) zpracováníaanalýzadatzexperimentů částicovéfyziky(atlas,cms,alice,lhcb,...) výpočetně chemickésimulacebiologickýchsystémů biomedicínskégridy zpracováníbioinformatikýchalékařskýchdat Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

15 Gridovésystémyaprácevnich příkladgridu:enablinggridfore science(egee2) Techinfo: přes20000cpu(7x24h),5pb(5miliónůgb),1.5gb/s Programovéprostředky: grid middle ware:glite/lcg,edg,genius bezpečnost: GSI(GridSecurityInfrastructure) X.509certifikátyvydávanénárodnímicertifikačnímiautoritami(CA) monitorovánístavugridu:lcg2realtimemonitor databázovéslužby(mysql,oracle,...) webovéslužby Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

16 Gridovésystémyaprácevnich Ukázkatypicképrácenaklastru: 1)připojenízdomácíhostrojenacentrálníuzelklastru 2)přípravaúlohyaspouštěcíhoskriptu 3)odesláníúlohydofronty 4)monitorováníúlohy 5)obdrženívýsledků i)zastaveníresp.restartúlohy ii)přeplánováníúlohy,zrušenínaplánovanéúlohy iii)specifikacezdrojů,kdemáúlohaběžet iv)monitoringstavuklastru(volnéstroje,výpadkyklastru) víceuživatelůgenerujespoustuúloh,kapacitazdrojůomezená =>systémproplánování,řazeníasprávuúloh Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

17 Softwareprořazeníasprávuúloh PBS PortableBatchSystem(dávkovýsystémproklastry) úlohyseřadídotzv.front fronty: Jméno fronty Max. doba běhu Maximum úloh Maximum/Uživatel short normal long ncbr cpmd 2 hodiny 24 hodin 720 hodin 720 hodin 720 hodin strojůmlzepřiřadittzv.vlastnosti(využitívheterogenníchclusterech) Vlastnosti (meta): linux praha brno plzen iti Vlastnosti (ncbr): lcc ibp cpmd Vlastnosti (obecné): p3 xeon athlon Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

18 Softwareprořazeníasprávuúloh PBS PortableBatchSystem(dávkovýsystémproklastry) Příkazyprozákladníprácisúlohami: zasláníúlohydofronty(qsub) vymazáníještěnespuštěnéúlohyzfronty(qdel) informaceoběžícíchúlohách(qstat) standardní a Informaceouzlech(pbsnodes,xpbs) chybový výstup vpraxitovypadápřibližnětakto: odesláníúlohydofronty: [petrek@skirit test]$ qsub -r -e -q -v skirit.ics.muni.cz [petrek@skirit test]$ Identifikátor úlohy proměnné prostředí n -m abe -j oe -o test.out \ test.err -N "Test cislo 1" \ normal -l "node=1:brno:xeon" \ "BACKUPDIR" test fronta a vlastnosti vlastní skript Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

19 Softwareprořazeníasprávuúloh PBS PortableBatchSystem(dávkovýsystémproklastry) vlastnískript petrek]$ cat test #!/bin/bash #PBS -W #PBS -W # Inicializace modulu a pridani modulu g98:. /packages/run/modules-2.0/init/sh module add g98 # zmena pracovniho adresare cd /scratch/petrek # Spusteni ulohy: g98 xxx.com Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

20 Softwareprořazeníasprávuúloh PBS PortableBatchSystem(dávkovýsystémproklastry) Informaceoúlohách petrek]$ qstat Job id Name User skirit-f tri_2fsm zeleny skirit-f tri_3fsm zeleny skirit-f tri_4fsm zeleny skirit-f opt1 jsebera skirit-f jedu sponer skirit-f a2:=24 hornak skirit-f 24t5p.run vrbka skirit-f S011 petrek skirit-f m2sr soliman skirit-f test petrek Time Use :49:00 188:01:0 99:39:18 107:21:3 621:11:3 531:31:2 1109:53: 05:22:49 28:24:05 0 S Q Q Q Q R R R C R Q Queue ----long long long long ncbr iti parallel cpmd cpmd normal režimyúlohy:q(naplánovaná)=>r(running)=>e(end)=>c(completed) smazánízfrontyvestavuq: [petrek@skirit petrek]$ qdel Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

21 Softwareprořazeníasprávuúloh PBS PortableBatchSystem(dávkovýsystémproklastry) Monitoringúloh:xpbs Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

22 Softwareprořazeníasprávuúloh PBS PortableBatchSystem(dávkovýsystémproklastry) přehledvytíženístrojů: Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

23 Softwareprořazeníasprávuúloh Nevýhodypříméhopoužitídávkovýchsystémů: nutnáznalostfront,vlastností uživatelmusíznátpoměrnědostinformacíosystému kopírovánívstupníchdatnavýpočetníuzelastaženívýsledku musízajistitvášskript: ( paralelníúlohy speciálnívolbyvespouštěcímskriptuohledně architektury(shmem,p4,mpich gm) nastavenícestksoftware uživatelmusíopětznát,cojekde nainstalováno,jakouarchitekturupoužít =>různéskriptyprorůznéarchitektury: ( informaceoúlozesvázanésidentifikačním číslemjobu =>přivelkémmnožstvíúlohneúnosné Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

24 Softwareprořazeníasprávuúloh Službyvgridovýchsystémech:middlewaregLite/LCG Certifikáty:(beznichnelzenagriduexistovat) souborsinformacemiovašíidentitě;máomezenouplatnost,údaje šifrované příkazypropráciscert.: prodlouhodobějšíúlohy=>myproxycertifikát příkazyprooperacisesoubory: lcg cp,... příkazyproprácisúlohou: edg job submit,... příkazyproslužbusvoms(virtualorganizationmembershipservice): edg voms proxy info Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

25 Softwareprořazeníasprávuúloh Službyvgridovýchsystémech:middlewaregLite/LCG prácenagridu: 1)připojenízdomácíhostrojenaUserInterface(gsissh) 2)Inicializacecertifikátů(myproxy init sc,myproxy get delegation) 3)Nahrátívstupníchdatnastorageelement(lcg cp) službavrátíidentifikátorsouborunase 4)Sestavenípopisovacíhoskriptuproúlohu(*.JDL) 5)Vlastníodesláníúlohydogridu(edg job submit) službavrátíidentifikátorjobu 6)Sledovánístavuúlohy(edg job status) 7)Stáhnutívýsledkuzestorageelementu(lcg cr) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

26 Softwareprořazeníasprávuúloh Službyvgridovýchsystémech:middlewaregLite/LCG 4)Sestavenípopisovacíhoskriptuproúlohu(*.JDL) # JDL Test.jdl Type = "Job"; JobType = "Normal"; Executable = "Test"; předává se s StdOutput = "Test.stdout"; spolu s úlohou StdError = "Test.stderr"; InputSandbox = {"in1.xml","in2.xml"}; OutputSandbox = {"out1.xml", out2.xml }; Environment = { "AMBERPATH=/var/amber", "BIGFILE1=guid:645c2af0-498e b349e" }; identifikátor Arguments = ""; souboru na SE RetryCount = 1; 5)Vlastníodesláníúlohydogridu(edg job submit) $exportvoconfig=edg_wl_ui.conf $edg job submit config vo$voconfig ojidtest.jdl Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

27 Softwareprořazeníasprávuúloh NevýhodypříméhopoužitíAPIgridu: JDLjazyk Správaidentifikátoruprosoubor kopírovánívstupníchdatzsenavýpočetníuzel(wn)anahrátí výsledkůnasemusízajistitvášskript: ( speciálnívolbyvpopisovacímjdlskriptuohledněpar.architektury, délkyjobu software jetřebakopírovatsúlohounebopředávatinformace, odkudlzespouštět(neníznáméobecněnagridu) informaceoúlozesvázanésidentifikačnímčíslemjobu,místo souborůidentifikátorynase =>přivelkémmnožstvíúlohopětneúnosné Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

28 Softwareprořazeníasprávuúloh Kdositohleobjednal? I.I.Rabi( ) Naštěstíexistujínádstavby nadpřímýmpoužitímdávkovýchsystémů systémcharon => (dalšímožnosti:unicore,geniusportál,...) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

29 SystémCHARON CojeCHARON? komplexnínadstavbanadávkovými/gridovýmisystémy, zajišťujícísjednocenýpřístupkvyužívánívýpočetníchzdrojů nástrojprosprávuaúdržbuaplikacívtěchtosystémech nástrojprosjednocenéodesíláníasledováníúloh PročCHARON? složitostdávkovýchagridovýchmiddle warepřesahuje uživatelskyúnostnoumez vtétooblasticharonnabízímaximálnízjednodušenípráce způsobprácenagridu,resp.naklastrechjeprouživatele jednotný(přenositelnostúloh) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

30 SystémCHARON koncepcesystému CEL uživatel Charon - systém správy úloh app1 app2 app3... Softwarový repositář systém module správa software dávkovýsystém/gridovýmiddleware správaaplikací spouštěníúlohprovíceprocesorů(paralelníúlohy)beznutnosti modifikacehlavníhoskriptuúlohy správaúloh Jednoduchéodesláníjobu,monitoringaobdrženívýsledků příkazovýřádek(commandlineinterface) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

31 SystémCharon použitínaklastru 1)připojenínacentrálníuzelklastru(SSH,Putty) ~]$ hostname joplin.chemi.muni.cz ~]$ ssh password: Last login: Wed Aug 23 14:30: from joplin.chemi.muni.cz *** Welcome to WOLF cluster *** =========================================================== You are logged on host : wolf.chemi.muni.cz Its architecture is : i Charon Extension Layer (CEL) is enabled. If you have any problem with this system you should contact authors. (More information at WWW portal.) *** [test1@wolf ~]$ Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

32 SystémCharon použitínaklastru 2)vytvořeníadresářesúlohou(nakopírovánípřesSCP) ~]$ scp -r password: ****** job1.run 100% KB/s input1.pov 100% KB/s 00:00 00:00 3)vytvořeníspouštěcíhoskriptuproúlohu ~]$ cd GridComputing/01.simple/job1 job1]$ ls input1.pov job1.run* job1]$ cat job1.run #!/bin/bash # activate povray package module add povray # render scene povray -W800 -H600 input1.pov Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

33 SystémCharon použitínaklastru 4)odesláníúlohy ~]$ psubmit long job1.run Job name : job1.run Job title : job1.run (Job type: generic) Job directory : wolf.chemi.muni.cz:/home/test1/gridcomputing/01.simple/job1 Job project : -nonecluster name : WOLF (Driver: pbs) ======================================================== Alias : -nonequeue : long Profile : wolf NCPU : 1 Resources : nodes=1:ppn=1:node Sync mode : sync Start after : -not defined======================================================== Do you want to submit job with pbs driver (YES/NO)? > YES Job was successfully submitted to PBS queue system. Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

34 SystémCharon použitínaklastru 5)vzniklékontrolnísoubory job1]$ ls input1.pov job1.run* job1.run.ces* job1.run.info 6)stavúlohy job1]$ pqstatl wolf.chemi.muni.cz: Job ID Username wol test1 Req'd Req'd Elap Queue Jobname SessID NDS TSK Memory Time S Time long job1.run :0 R 0:0 7)výslednésoubory [test1@wolf job1]$ ls input1.png input1.pov job1.run* job1.run.ces* job1.run.info job1.run.stdout Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

35 SystémCharon použitínaklastru 8)výsledek(input1.png) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

36 SystémCharon použitínaklastru ParalelníúlohyvsystémuCHARONnaklastru job1]$ cd ~/GridComputing/02.parallel/job1 job1]$ ls hello* job1.run* job1]$ cat job1.run #!/bin/bash module add mpichrun mpirun -np $CH_NCPU hello job1]$ psubmit long job1.run 4 [test1@wolf job1]$ pinfo : NCPU : 4 Resources : nodes=4:ppn=1:node Properties : -nonesync mode : sync : Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

37 SystémCharon použitínagridu stejnépříkazyizpůsobpráce(přenositelnostúlohmeziklastryagridy) potřebacertifikátu 2příkazynavíc (inicializacegridovéhomodulu,inicializacecertifikátu) cd ~/GridComputing/04.gilda/job1 module add gilda-wolf voms-proxy-init --voms gilda voms-proxy-info --all psubmit gilda job_script pinfo psync úlohy:~/gridcomputing/04.gilda/job1 Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

38 SystémCharon správaaplikací Příkazy systému Modulů příkaz'module h' module [akce] [modul1 [modul2] ] hlavní příkaz systemu modulů akce: add (nahrátí), remove (odpojení) avail, list*, active, exported, versions, realizations disp, isactive * výchozí akce modconfig konfigurace systému modulů (visualizace, výchozí moduly,...) příklad: module realizations amber Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

39 SystémCharon správaaplikací systémmodulů příkaz'module h' aplikacejsouřazenydohierarchickéstruktury jméno_programu:verze:architektura:paralelní_mod realizace systémautomatickydoplňujemožnosti(tabulator) nastavenívýchozírealizace(defaultrealization) amber amber:8.1:auto:auto amber:8.1:ipn3:single abinit-mp * abinit-mp: abinit-mp: :i686:node + abinit-mp: :i686:p4 amber * amber:9.0 + amber:9.0:noarch:none + amber:9.0:pn3:single * amber:8.1 + amber:8.1:noarch:none + amber:8.1:pn3:single okonkrétnírealizaciserozhodujeaž kdyžjeúlohaspušťěnánavýpočetním uzlu systémsesnažívybratoptimální realizaci,pakpostupujehierarchicky Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

40 SystémCharon správaaplikací dvamodely úložištěaplikací ModelI:METACentrum,vetšinaklastrů vklastru(resp.gridu)existujesdílenýdiskspolečnývšemvýpočetnímuzlům CE UI Legenda: UI - přístupový počítač CE - výpočetní element SE - úložiš tě dat WN - výpočetní uzel app - aplikace CE WN WN... WN WN... app1 app2 app3 app4 app5... ModelII:EGEE2GRID sdílenýdiskneexistuje,aplikacesekopírujíjednouzačaszespolečnéhose UI app1 app2... CE CE app3 app7... WN WN app2 app1... WN WN SE Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

41 Poděkování LuděkMatyska(CESNET,ICS) JaroslavKoča(NCBR) Evropskákomise EGEEII(číslokontraktuRI ) EGEE(číslokontraktuIST ) MŠMT(MSM ) GAČR(204/03/H016) Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006

42 Prostorprodotazy Superpočítáníagridovépočítání,Strukturaafunkcebiomolekul Letníškola,NCBR,Brno,3 8září,2006