Technický popis projektu PO 2 rozšířená verze pro negociaci

Technický popis projektu PO 2 rozšířená verze pro negociaci Datum vypracování: 13/05/2013 I. Celkové cíle projektu Registrační číslo projektu: CZ.1.05/2.1.00/03.0076 Název projektu: Biomedicínské centrum Lékařské fakulty v Plzni Příjemce: Univerzita Karlova v Praze Partner (partneři): nejsou Datum zahájení projektu: 01/07/2008 Datum ukončení realizace projektu: 30/06/2015 Vedoucí projektu (vědecký a/nebo výkonný ředitel): Cíle: vědecký ředitel - doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D. výkonný ředitel (manažer Centra) - dosud nevybrán (předpoklad nástupu - 1/10/2012) Hlavním cílem předkládaného projektu je vytvoření kvalitního a svým zaměřením zcela ojedinělého regionálního VaV centra v oblasti biomedicínského výzkumu, konkrétně v nahrazování a regeneraci orgánů. Projekt Biomedicínského centra Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Plzni vychází z dlouholeté spolupráce dvou klíčových regionálních partnerů: výzkumného a výukového zařízení (Lékařská fakulta Univerzity Karlovy v Plzni) na jedné straně a léčebného zařízení, coby jeho hlavního aplikačního partnera (Fakultní nemocnice Plzeň). Klíčové výzkumné programy a aktivity byly zvoleny: na základě strategického rozhodnutí vedení fakulty koncentrovat pozornost na výzkum, jehož potenciál a zaměření jsou v rámci fakulty zcela mimořádné; na základě již dosažených mezinárodně konkurenceschopných výzkumných výsledků (publikace v impaktovaných časopisech, citační ohlas); na základě jejich aplikačního potenciálu ve zdravotnictví; na základě jejich souladu s dlouhodobými prioritami výzkumu v České republice. Zvolené výzkumné programy jsou v národním i mezinárodním výzkumném kontextu do značné míry jedinečné. Tato jedinečnost je dána buď přímo zvoleným tématem nebo zvolenými metodickými přístupy, jejich kombinací a šíří. Ve výzkumných či metodických oblastech činnosti, které se překrývají nebo doplňují s činností jiných výzkumných pracovišť, bude usilováno o spolupráci a vytváření výzkumných sítí na národní i nadnárodní (zejména pak evropské) úrovni s využitím aktuálně dostupných nástrojů a programů. Zásadní úlohu v tomto úsilí budou hrát evropské rámcové programy pro výzkum, technologický rozvoj, do roku 2013 7. rámcový program a jeho specifické programy Spolupráce (projekty nadnárodních sdružení z průmyslové a akademické sféry) a Lidé (soubor akcí Marie Curie). Celkových cílů bude dosaženo splněním následujících specifických cílů. Technické cíle: 1. Výstavba budovy Experimentální laboratoře I. (vlastní výzkumné laboratoře) včetně související technické infrastruktury. Kolaudační souhlas - 1.Q/2014. 2. Výstavba budovy Experimentální laboratoře II. (laboratoře biomodelů) včetně související technické VERZE 2.0 1 / 70

infrastruktury. Kolaudační souhlas - 1.Q/2014 3. Pořízení přístrojů. Přístroje budou pořizovány ve dvou vlnách. Pořízení přístrojů do stávajících budov - 4.1.Q/2013. Pořízení přístrojů do nových budov - 1.Q/2014. Vybavování přístroji je navrženo tak, aby využití přístrojů podpořilo výkonnost výzkumných týmů a plnění výzkumných programů a cílů již v době před zahájením plného provozu v nových objektech. 4. Zahájení plného provozu v nových budovách Centra - 3.Q/2014. Poznámka: Vybudování podmiňující technické infrastruktury, společné i pro projekt 0154, bude koordinováno věcně i časově s vybranými dodavateli stavebních prací. Výzkumné cíle: 1. Vývoj klinicky relevantních biomodelů umožňujících spolehlivou translaci experimentálních poznatků na klinickou úroveň. Vývoj biomodelů bude probíhat po celou dobu trvání projektu i po jeho skončení. První experimentální studie budou publikovány v r. 2013. 2. Opatření ke zvýšení úspěšnosti a rozšíření možností transplantace ledvin. Studium mechanismů účinku virové infekce na rejekci a dysfunkci štěpu. Prevence virových infekcí. Transplantace ledviny od dárců s nebijícím srdcem, prevence ischemicko-reperfuzního poškození. Publikace výsledků v r. 2014, klinická doporučení na národní úrovni v r. 2016. Spolupráce s léčebnými zařízeními na regionální i národní úrovni (např. FN Plzeň). 3. Optimalizace dialyzační léčby ledvinného selhání. Minimalizace antikoagulační terapie. Optimalizace biokompatibility dialyzátorů a roztoků. Spolupráce s výrobci dialyzační techniky a příslušenství (např. Fresenius Medical Care ČR s.r.o.). Publikace experimentálních výsledků v r. 2015, klíčové poznatky patentovány nebo nabídnuty partnerům ke komerčnímu využití v r. 2016. 4. Objasnění mechanismů multiorgánové dysfunkce při sepsi. Vývoj nových léčebných konceptů: identifikace molekulárních cílů, klíčových organel a orgánů pro terapeutický zásah. Publikace experimentálních výsledků v r. 2014. 5. Objasnění úlohy kardiovaskulárního systému v etiopatogenezi různých onemocnění (renální selhání, sepse). Příspěvek arteriální hypertenze a aterosklerózy. Určení rizika vzniku arytmií. Publikace experimentálních výsledků v r. 2014. 6. Identifikace biomarkerů orgánových poškození, zejména časných, reverzibilních stádií. Spolupráce s výrobci diagnostických souprav (např. Institute of Applied Biotechnologies a.s.). Publikace experimentálních výsledků v r. 2014, příprava diagnostických kitů ve spolupráci s aplikačními partnery v r. 2016. 7. Vývoj a zdokonalení metod pro optimální izolaci, kultivaci, purifikaci a aplikaci kmenových buněk, embryonálních i adultních. Spolupráce se společnostmi vyvíjejícími komerční aplikace kmenových buněk např. v oblasti implantibilních zdravotnických prostředků (např. Comtes FHT a.s.). Publikace experimentálních výsledků v r. 2014, klíčové poznatky patentovány nebo nabídnuty partnerům ke komerčnímu využití v r. 2016. 8. Využití kmenových buněk pro regeneraci cílových orgánů (játra, srdce, CNS). Optimalizace metodických aspektů. Publikace experimentálních výsledků v r. 2015. 9. Zdokonalení techniky in vitro fertilizace. Výzkum mechanismů regulujících vývoj gamet, časnou embryogenezi a implantaci embrya. Spolupráce s centry prenatální diagnostiky a asistované reprodukce (např. Institut reprodukční medicíny a endokrinologie). Publikace experimentálních výsledků v r. 2014, klíčové poznatky patentovány nebo nabídnuty partnerům ke komerčnímu využití v r. 2016. VERZE 2.0 2 / 70

Jiné cíle: 1. Výchova studentů magisterských a doktorských studijních programů. 2. Zajištění předpokladů pro kariérní růst výzkumných pracovníků. Soupis výzkumných programů: 1. Program Náhrada a podpora funkce životně důležitých orgánů 2. Program Regenerace a reparace životně důležitých orgánů Milníky a očekávané výstupy: Milníky: 2.Q/2012 Datum zahájení realizace projektu 2.Q/2012 Zahájení činnosti vedení a užšího týmu výzkumných programů 2.Q/2012 Ustavení výzkumných týmů, rozvržení úkolů a zpracování harmonogramu výzkumu v letech 2.Q/2012 Zahájení výzkumné činnosti v rámci projektu ve stávajících prostorách a se stávajícím vybavením 3.Q/2012 Zahájení stavebních prací 4.1.Q/2013 Vybavení stávajících prostor a laboratoří novými přístroji 2.Q/2013 Publikace poznatků získaných v rámci projektu v odborném tisku 1.Q/2014 Dokončení stavební části projektu 2.Q/2014 Vybavení nových objektů přístroji a mobiliářem 3.Q/2014 Zahájení plného provozu Centra 2.Q/2016 Komerční aplikace poznatků získaných v rámci projektu Očekávané výstupy: 1. Vybudování a zprovoznění Biomedicínského centra (objekty Experimentální laboratoře I. a II.). 2. Posílení spolupráce s komerčními společnostmi 3. Zvýšení kvality výzkumu. 4. Zvýšení kvality vzdělávání na Lékařské fakultě v Plzni v jejích magisterských a doktorských studijních programech. Komentář Původní 4 výzkumné programy byly redukovány na 2. Výzkumný program 1 v sobě zahrnuje některé části odstraněných programů (program Kardiovaskulární výzkum a program Sepse a multiorgánové VERZE 2.0 3 / 70

selhání), které jsou nezbytné pro jeho vlastní úspěšné řešení (zahrnuty ve výzkumných cílích projektu č. 4 a 5). Kardiovaskulární systém významně přispívá k rozvoji onemocnění řešených ve výzkumném programu 1 a naopak tato onemocnění ovlivňují/postihují kardiovaskulární systém. Výzkum multiorgánového selhání při sepsi umožňuje objasnit vzájemnou komunikaci orgánových systémů a tedy jak optimalizovat funkci jednoho systému bez postižení jiných. Výzkumný program 2 je zaměřen na problematiku kmenových buněk. Kmenové buňky mají vysoký terapeutický potenciál i pro onemocnění řešená v rámci programu 1. Vzhledem k šíři a složitosti problematiky a značně nedostatečnému stavu současných znalostí je, dle našeho názoru, nutné věnovat této problematice samostatný výzkumný program. Oba výzkumné programy směřují k zajištění funkcí životně důležitých orgánů, liší se však strategií. Zatímco program 1 rozvíjí a zdokonaluje stávající úspěšné terapeutické strategie, program 2 vyvíjí kompletně novou strategii na biologickém základě. Z těchto důvodů se domníváme, že 2 výzkumné programy se zachováním částí programů odstraněných odpovídají potřebám a cílům projektu nejlépe. Změna vědeckého ředitele je okomentována v kapitole III. K datu ukončení realizace 31.12.2015 Závazné hodnoty monitorovacích indikátorů: projektu 110502 Odborné publikace (dle metodiky RVV) 91 126 110503 Výsledky výzkumu chráněné na základě zvláštního právního předpisu (dle metodikyyrvv) 1 2 110504 Aplikované výsledky výzkumu (dle metodiky RVV) 0 1 111200 Objem smluvního výzkumu (tis. Kč) 10 000 15 000 074901 Počet úspěšných absolventů magisterských studijních programů 55 70 074902 Počet úspěšných absolventů doktorských studijních programů 6 8 110720 Počet projektů spolupráce aplikační sféry s regionálními VaV centry - 12 110815 Počet studentů všech stupňů, kteří využívají vybudovanou infrastrukturu / zapojených do činnosti centra 120 110300 Počet nově vytvořených pracovních míst, zaměstnanci VaV- celkem 27,755,4 55,4 071700 Počet nově vytvořených pracovních míst, výzkumní pracovníci celkem 20,7541,5 41,5 Počet nově vytvořených pracovních míst, výzkumní pracovníci do 35 071900 let 6,412,8 12,8 110516 Rozšířené nebo zrekonstruované kapacity 0-110517 Vybudované kapacity 4 125 - Pro zajištění udržitelnosti musí být: - hodnoty indikátorů č. 110300 a č. 071700, jichž bude dosaženo k datu ukončení realizace projektu, udrženy minimálně na této úrovni po dobu následujících 5 let. - hodnoty indikátorů č. 110516 a č. 110517 udrženy v užívání pro původní účel, tj. po dobu následujících 5 let. V případě projektů, kde se jedná o vystěhování z Prahy, musí být splněna podmínka, aby nové Centrum mělo k datu ukončení realizace projektu minimálně 50% nových pracovníků, tj. minimálně 50% hodnoty FTE u indikátoru 071700 musí k datu ukončení realizace projektu tvořit noví pracovníci. Pokud projekt končí v průběhu roku, stává se základnou pro výpočet 50% nových pracovníků adekvátní podíl hodnoty FTE za počet měsíců realizace v posledním kalendářním roce projektu. VERZE 2.0 4 / 70

II. Výzkumné programy Výzkumný program: 1. Náhrada a podpora funkce životně důležitých orgánů Zahájení: 2. čtvrtletí/2012 Vedoucí výzkumného programu: Prof. MUDr. Martin Matějovič, Ph.D. Cíle programu (včetně výstupů, výsledků, milníků a specifikace skupin uživatelů ): Cíle 1. Výzkum mechanismů poškození životně důležitých orgánů pro vývoj nových a zdokonalení stávajících preventivních, diagnostických a terapeutických metod. Získání nových poznatků o etiopatogenezi poškození životně důležitých orgánů a na jejich základě zdokonalení diagnostických a terapeutických možností. Postupný náběh výzkumné činnosti od roku 2012 s gradací po zahájení plného provozu Centra v 3.Q/2014. 2. Posílení spolupráce s podniky, které působí v oblasti náhrady a podpory funkce životně důležitých orgánů (vývoj a výroba diagnostických a terapeutických zařízení, diagnostických souprav, zdravotnického materiálu, farmaceutické společnosti, léčebná zařízení). Postupné získání dalších nových partnerů. 3. Zkvalitnění výuky v rámci magisterských studijních programů Všeobecné lékařství, Zubní lékařství. Zkvalitnění výuky v rámci doktorských studijních programů Lékařské fakulty v Plzni. Každoroční aktualizace témat doktorských studijních programů v závislosti na výzkumných programech centra, každoroční aktualizace kurzů rozšiřujících a doplňujících magisterské studijní programy. Klíčové výstupy 1. Zprovoznění operačních sálů (budova Experimentální laboratoře II.) - 3.Q/2014 2. Zprovoznění proteomické laboratoře (budova Experimentální laboratoře I.) - 3.Q/2014 3. Zprovoznění biochemické laboratoře (budova Experimentální laboratoře I.) - 3.Q/2014 4. Zprovoznění dalších laboratoří a pracoven, včetně klíčových přístrojů - 3.Q/2014 5. Kvalitní publikační aktivita - průběžně 6. Spolupráce s partnery z aplikační sféry - průběžně Výsledky Výzkumný tým programu vyprodukuje k datu ukončení realizace projektu (30/6/2015-1. celý rok plného provozu centra) následující výsledky: 1. Publikační výsledky (dle Metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací Rady pro výzkum, vývoj a inovace): a) články v impaktovaných časopisech: 22 b) ostatní publikace: 33 2. Výsledky výzkumu chráněné na základě zvláštního právního předpisu: 1 patent národní 3. 8 projektů spolupráce s aplikační sférou. V provozním období projektu (3.Q/2015-4.Q/2020) vyprodukuje výzkumný tým programu VERZE 2.0 5 / 70

následující výsledky: 1. Publikační výsledky (dle Metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací Rady pro výzkum, vývoj a inovace): a) články v impaktovaných časopisech: 145 b) ostatní publikace: 180 2. Výsledky výzkumu chráněné na základě zvláštního právního předpisu: 2 patenty národní, 2 patenty mezinárodní a 1 prototyp/funkční vzorek. 3. 60 projektů spolupráce s aplikační sférou. Uvedené výsledky budou získány v oblasti náhrady a podpory funkce životně důležitých orgánů a v konečném důsledku by měly vést ke zlepšení terapeutických a diagnostických možností zejména u pacientů s renálním selháním, jaterním selháním a multiorgánovým poškozením při sepsi. Komerční aplikace (služby a výrobky) získaných poznatků budou zahrnovat: 1) Zvýšení biokompatibility dialyzační techniky a příslušenství, dialyzátory, dialyzační filtry a roztoky se zvýšenou biokompatibilitou (určeno pro výrobce dialyzační techniky); 2) Vývoj nových materiálů určených k implantaci do lidského těla. Testování biologických vlastností materiálů, bioaktivních povrchů materiálů. Biologické zkoušky nových materiálů a výrobků, modifikace bioaktivních povrchů. Vývoj implantibilních zdravotnických prostředků a dentálních implantátů (určeno pro výrobce zdravotnických materiálů a implantátů); 3) Vývoj nových způsobů zobrazení založených na CT. Virtuální zobrazení, perfuzní zobrazení, 4D zobrazení, nové moduly hodnotícího software (určeno pro výrobce zdravotnické zobrazovací techniky); 4) Testování zařízení pro mikroskopický záznam a analýzu obrazu, vývoj mikroskopického příslušenství (určeno pro výrobce mikroskopické techniky); 5) Zdokonalování přístrojů pro měření hrudní bioimpedance, vývoj hardwarových a softwarových řešení, rozšíření diagnostických možností (určeno pro výrobce zařízení pro měření bioimpedance); 6) Vývoj nových diagnostických souprav na základě námi určených klíčových molekul (určeno pro výrobce diagnostických kitů v oblasti molekulární biologie, onkologie, imunologie, imunoanalýzy). Milníky 2.Q/2012 Zahájení činnosti vedení a užšího týmu výzkumného programu. 2.Q/2012 Ustavení výzkumných týmů, rozvržení úkolů a zpracování harmonogramu výzkumu v letech, spolupráce výzkumného týmu při organizaci výběrového řízení na dodavatele přístrojů do stávajících objektů. 2.Q/2012 Zahájení vlastní výzkumné činnosti programu ve stávajících prostorách a se stávajícím vybavením. 41.Q/2013 Vybavení stávajících objektů novými přístroji a rozšíření výzkumné činnosti v rámci programu. 2.Q/2013 Publikace poznatků získaných v rámci programu v odborném tisku. 2.Q/2014 Dokončení infrastrukturní části projektu, uvedení laboratoří a klíčových přístrojů/zařízení do plného provozu. 2.Q/2016 Komerční aplikace poznatků získaných v rámci výzkumného programu. Specifikace skupin uživatelů VERZE 2.0 6 / 70

1. Společnosti spolupracující s výzkumným týmem (vývoj a výroba diagnostických a terapeutických zařízení, diagnostických souprav, zdravotnického materiálu, farmaceutické společnosti, soukromá léčebná zařízení) v oblasti náhrady a podpory funkce životně důležitých orgánů (renální selhání, jaterní selhání, multiorgánové poškození při sepsi). Hlavním přínosem pro tyto společnosti bude zdokonalení jejich výrobků (přístrojů, diagnostických souprav, spotřebního materiálu atd.) využívaných při léčebných a diagnostických postupech. Výrobci dialyzační techniky a příslušenství, přístrojů na provádění kontinuálních mimotělních eliminačních metod, plasmaferézy, imunoadsorpce (např. Fresenius Medical Care). Společnosti zabývající se výzkumem a vývojem nových materiálů s důrazem na jejich biokompatibilitu, výrobci zdravotnických implantibilních prostředků, dentálních implantátů (např. Comtes FHT). Výrobci zobrazovací techniky a příslušenství (např. Siemens). Výrobci přístrojů na měření hrudní bioimpedance (např. Medis Medizinische Messtechnik). Výrobci diagnostických kitů v oblasti molekulární biologie, imunologie, imunoanalytických metod, onkologické diagnostiky (např. Institute of Applied Technologies). 2. Státní a krajská zdravotnická zařízení (např.: FN Plzeň). Přínosem zdokonalení léčebných, diagnostických a preventivních postupů. Zavádění nových léčebných, diagnostických a preventivních postupů. Zvýšení odborné úrovně personálu. 3. Studenti magisterských a doktorských studijních programů Lékařské fakulty v Plzni. Přínosem zkvalitnění výuky studijních programů po stránce materiální (přístup k moderním přístrojům, seznámení s nejmodernějšími terapeutickými a diagnostickými postupy) i teoretické (seznámení s vědeckou metodologií, účast při vývoji nových konceptů, zvýšení odborné úrovně vyučujících). 4. Výzkumné instituce v ČR a zahraničí. Přínosem možnost spolupráce s dobře vybaveným centrem biomedicínského výzkumu, v ČR svým zaměřením jedinečným Klíčové metodologické přístupy, klíčové výzvy, klíčové vybavení: Klíčové metodologické přístupy 1. Vývoj klinicky relevantních biomodelů, které budou co nejvěrněji odpovídat klinickému problému. 2. Genomická analýza tkání, buněk, organel. 3. Proteomická analýza tělesných tekutin a tkání. 4. Pokročilé zobrazovací metody histologie, histochemie, fluorescenční mikroskopie. 5. Analýza funkcí zkoumaných orgánů od úrovně celého organismu po molekulární úroveň. Důkladná korelace poznatků získaných různými přístupy (data genomická, proteomická, morfologická, funkční), nalezení klíčových bodů pro možnou intervenci a s pomocí partnerských společností rozpracování diagnostických a terapeutických konceptů. Klíčové výzvy 1. Transplantace ledvin - hlavními problémem vznik chronické dysfunkce a následné selhání štěpu. Riziko je zvýšeno virovými infekcemi. Optimální prevence virových infekcí je proto klíčovou výzvou. 2. Biokompatibilita dialyzační léčby selhání ledvin. Nedostatečná biokompatibilita povrchů mimotělního oběhu či dialyzačních roztoků vede k celé řadě nežádoucích účinků. Zlepšení biokompatibility používaných materiálů je zásadní podmínkou zdokonalení dialyzačních technik. 3. Identifikace nových biomarkerů, zejména v časných fázích onemocnění. Časná diagnostika umožní včasnými terapeutickými zásahy předejít většímu postižení příslušných orgánů. 4. Optimalizace terapeutického zásahu pro multiorgánovou dysfunkci při protrahované sepsi. Na VERZE 2.0 7 / 70

základě poznání etiopatogeneze syndromu definování účinných zásahů pro zamezení rozvoje syndromu a urychlení orgánové reparace. Klíčové vybavení 1. Molekulárně-biologická laboratoř 2. Proteomická laboratoř (hmotnostní spektrometry) 3. Biochemická laboratoř 4. Operační sály pro vývoj biomodelů Výše uvedené výzvy jsou velmi komplexní, na rozhraní základního a aplikovaného výzkumu, experimentálních a klinických postupů. Vyžadují proto velice pokročilé a rozmanité přístrojové vybavení. Není možné identifikovat několik klíčových zařízení vzhledem k šíři řešených problémů, které sahají od molekulární úrovně po úroveň celého organismu. Proto zde definujeme klíčové přístrojové celky/laboratoře, nikoli jednotlivé přístroje. Zásadními přístroji proteomické laboratoře jsou hmotnostní spektrometry (metody MALDI TOF/TOF a ESI/tripleQuadrupole). Laboratoře budou sdíleny oběma výzkumnými programy, aby bylo dosaženo optimálního využití všech přístrojů. Komentář Změna vedoucího výzkumného programu V původní žádosti byla předpokládána úzká spolupráce programu Náhrada a podpora funkce životně důležitých orgánů, programu Sepse a multiorgánové selhání a programu Kardiovaskulární výzkum. Po sjednocení těchto programů (a významné redukci programu Sepse a multiorgánové selhání a programu Kardiovaskulární výzkum, viz komentář k počtu výzkumných programů) bylo Řídící skupinou projektu rozhodnuto, že vzhledem k nejvyšší akademicko-vědecké kvalifikaci a nejlepším historickým výsledkům bude vedoucím výzkumného programu 1 prof. MUDr. Martin Matějovič, Ph.D. Zahájení výzkumné činnosti v polovině roku 2012 Zahájení v polovině 2012 je dáno požadavkem vedoucích výzkumných programů, kteří potřebují podrobněji definovat výzkumné cíle a úkoly pro roky 2012 a 2013, konsolidovat výzkumné týmy a organizačně zajistit spolupráci klíčových výzkumných pracovníků, kteří pracují a budou pracovat v období do dokončení výstavby Centra ve stávajících prostorech v několika budovách fakulty rozptýlených po Plzni. Personální zajištění výzkumného programu (FTE) 2012 2013 2014 2015 Vedoucí výzkumného programu 0,45 0,6 0,6 0,30,6 Senior researcher 0,525 1,7 3,5 2,755,5 Junior researcher 1,108 2,9 6,9 5,911,8 Ph.D. student 0,525 3,2 5,4 4,358,7 Podpůrní pracovníci (kvalifikovaní) 0 2,2 4,1 2,555,1 Celkem 2,608 10,6 20,5 15,8531,7 Personální zajištění výzkumného programu (fyzické osoby / headcount) 2012 2013 2014 2015 VERZE 2.0 8 / 70

Vedoucí výzkumného programu 1 1 1 1 Senior researcher 3 10 10 11 Junior researcher 10 21 27 34 Ph.D. student 7 10 12 12 Podpůrní pracovníci (kvalifikovaní) 0 5 8 10 Celkem 21 47 58 68 Výzkumný program: 2. Regenerace a reparace životně důležitých orgánů Zahájení: 2. čtvrtletí/2012 Vedoucí výzkumného programu: doc. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D. Cíle programu (včetně výstupů, výsledků, milníků a specifikace skupin uživatelů ): Cíle 1. Výzkum vlastností kmenových buněk, vývoje gamet a časné embryogeneze a využití kmenových buněk pro tkáňovou terapii, regeneraci a reparaci zvláště pak v oblasti regenerace jaterního parenchymu. Studium nádorových kmenových buněk. Získané poznatky umožní zdokonalení in vitro fertilizace a vývoj nových léčebných konceptů regenerace tkání a rozšíření poznání onkogeneze s následným využitím těchto poznatků pro personalizovanou léčbu onkologických onemocnění. Postupný náběh výzkumné činnosti od roku 2012 s gradací po zahájení plného provozu Centra v 3.Q/2014. 2. Výzkum molekulárně biologických regulačních mechanismů buněk, zvl. kmenových buněk, spolupráce s centry a podniky specializujícími se na reprodukční problematiku, regeneraci tkání a onkologickou problematiku (vývoj a výroba přípravků/zařízení pro buněčnou terapii, diagnostické testy, optimalizace zdravotnického materiálu). 3. Zkvalitnění výuky v rámci magisterských a doktorských studijních programů Lékařské fakulty v Plzni. Oba výzkumné programy budou v rámci svých specializací přispívat k rozšíření a zkvalitnění magisterského i doktorského studia: každoročně aktualizovaná témata doktorských prací, rozšíření nabídky vzdělávacích kursů a seminářů, specifický výzkum. Klíčové výstupy 1. Zprovoznění operačních sálů (budova Experimentální laboratoře II.) - 3.Q/2014 2. Zprovoznění molekulárně-biologické laboratoře (budova Experimentální laboratoře I.) - 3.Q/2014 3. Zprovoznění laboratoře kmenových buněk (budova Experimentální laboratoře I.) - 3.Q/2014 4. Zprovoznění dalších laboratoří a pracoven, včetně klíčových přístrojů/zařízení - 3.Q/2014 5. Kvalitní publikační aktivita - průběžně 6. Spolupráce s partnery z aplikační sféry - průběžně Vzhledem k tomu, že nemovitosti, jejich laboratoře, operační sály a velká část přístrojového a dalšího vybavení budou sdíleny oběma výzkumnými programy, nemohou být klíčové výstupy výzkumného programu 2 odlišné od klíčových výstupů výzkumného programu 1. Odlišnosti obou výzkumných programů jsou ve výzkumných cílech, metodách výzkumu a užití výsledků výzkumu. VERZE 2.0 9 / 70

Výsledky Výzkumný tým programu vyprodukuje k datu ukončení realizace projektu (30/6/2015-1. celý rok plného provozu centra) následující výsledky: 1. Publikační výsledky (dle Metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací Rady pro výzkum, vývoj a inovace): a) články v impaktovaných časopisech: 15 b) ostatní publikace: 21 2. 7 projektů spolupráce s aplikační sférou. V provozním období projektu (3.Q/2015-4.Q/2020) vyprodukuje výzkumný tým programu následující výsledky: 1. Publikační výsledky (dle Metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací Rady pro výzkum, vývoj a inovace): a) články v impaktovaných časopisech: 95 b) ostatní publikace: 115 2. Výsledky výzkumu chráněné na základě zvláštního právního předpisu: 1 patent národní, 1 patent mezinárodní a 1 prototyp/funkční vzorek. 3. 41 projektů spolupráce s aplikační sférou. Uvedené výsledky budou získány v oblasti reprodukční medicíny, onkologie, regenerace a reparace životně důležitých orgánů a v konečném důsledku by měly vést ke zlepšení terapeutických a diagnostických možností zejména u pacientů s problémy plodnosti, jaterním selháním, neurodegenerativními onemocněními a u onkologických pacientů. Komerční aplikace (služby a výrobky) získaných poznatků budou zahrnovat: 1) Optimalizace diagnostických i terapeutických postupů v oblasti reprodukční medicíny. Detailnější charakterizace gamet rozšiřující stávající spektrum morfologických metod, zpřesnění stanovení vývojového a implantačního potenciálu embrya při in vitro fertilizačních technikách a asistované reprodukci obecně. 2) Zdokonalování postupů preimplantační diagnostiky. Diferenciační a kryokonzervační techniky pro možné terapeutické využití kmenových buněk. Zavedení techniky fetálního DNA čipu do praxe. Nové metody nesymptomatického testování predispozic nádorových onemocnění (určeno pro centra prenatální diagnostiky, klinické genetiky a asistované reprodukce); 3) Optimalizace materiálů s cílem jejich využití v regenerativní medicíně - testování biologických vlastností a bioaktivních povrchů materiálů. Testy buněčných kultur (2D) i tkáňových 3D kultur. Optimalizace materiálů (matrix) pro kultivaci kmenových buněk (určeno pro výrobce zdravotnických materiálů, výrobce laboratorních kultivačních zařízení a příslušenství); 4) Testování a vývoj nových reagencií pro průtokovou cytometrii. Vývoj komplexních diagnostických souprav některých onemocnění, testování diagnostik (určeno pro výrobce laboratorní diagnostické techniky, zejména se zaměřením na cytometrické metody). 5) Optimalizace diagnostických postupů vybraných nádorových onemocnění na základě molekulárně biologických metod směřující k personalizaci a individualizaci terapie (určeno pro výrobce diagnostických souprav se zaměřením na onkologii). Milníky 2.Q/2012 Zahájení činnosti vedení a užšího týmu výzkumného programu. 2.Q/2012 Ustavení výzkumných týmů, rozvržení úkolů a zpracování harmonogramu výzkumu VERZE 2.0 10 / 70

v letech, spolupráce výzkumného týmu při organizaci výběrového řízení na dodavatele přístrojů do stávajících objektů. 2.Q/2012 Zahájení vlastní výzkumné činnosti programu ve stávajících prostorách a se stávajícím vybavením. 14.Q/2013 Vybavení stávajících objektů novými přístroji a rozšíření výzkumné činnosti v rámci programu. 2.Q/2013 Publikace poznatků získaných v rámci programu v odborném tisku. 2.Q/2014 Dokončení infrastrukturní části projektu, uvedení laboratoří a klíčových přístrojů/zařízení do plného provozu. 2.Q/2016 Komerční aplikace poznatků získaných v rámci výzkumného programu. Specifikace skupin uživatelů 1. Společnosti spolupracující s výzkumným týmem (reprodukční centra, vývoj a výroba přípravků/zařízení pro buněčnou terapii, onkologických diagnostických testů, zdravotnického materiálu, farmaceutické společnosti, léčebná zařízení) v oblasti reprodukční medicíny, onkologie, regenerace a reparace orgánů (problémy plodnosti, neurodegenerativní a onkologická onemocnění). Centra klinické genetiky, cytogenetiky, molekulární genetiky, prenatální diagnostiky a asistované reprodukce (např. Institut reprodukční medicíny a endokrinologie). Společnosti zabývající se výzkumem a vývojem nových materiálů pro regenerativní medicínu, pro kultivaci linií kmenových buněk (např. Timplant, s. r. o.). Výrobci mikroskopické techniky a příslušenství (např. Olympus). Výrobci diagnostických kitů v oblasti onkologické diagnostiky (např. Institute of Applied Technologies). Výrobci v oblasti laboratorní diagnostiky se zaměřením na cytometrické metody (např. Exbio). Další skupiny uživatelů jsou z podstaty věci obecně shodné se skupinami uživatelů uvedenými už pro výzkumný program 1, tj.: 2. Státní a krajská zdravotnická zařízení (např.: FN Plzeň). 3. Studenti magisterských a doktorských studijních programů Lékařské fakulty v Plzni. 4. Výzkumné instituce v ČR a zahraničí. Věcný obsah spolupráce bude ovšem odlišný od výzkumného programu 1 a bude odpovídat zaměření výzkumného programu 2 (problematika kmenových buněk a aplikací s nimi souvisejících). Klíčové metodologické přístupy, klíčové výzvy, klíčové vybavení: Klíčové metodologické přístupy 1. Genetická analýza (analýza genových mutací) mechanismů regulujících embryogenezi a embryonální implantaci. 2. Charakterizace buněčných linií kombinací průtokové cytometrie, fluorescenčního třídění (FACS), molekulárně-biologických a zobrazovacích (histologie, histochemie fluorescenční mikroskopie) metod, kultivace buněčných linií. 3. Vývoj klinicky relevantních biomodelů, které umožní studovat regeneraci cílových tkání in vivo a in vitro. 4. Analýza funkcí regenerovaných tkání kombinací funkčních, biochemických, molekulárněbiologických a zobrazovacích technik. Klíčové výzvy 1. Zvýšení úspěšnosti in vitro fertilizace. Jedním z hlavních problémů reprodukční medicíny a tedy klíčovou výzvou programu je nedostatečné poznání procesů implantace embrya a komunikace mezi embryem a endometriem v periimplantačním období. VERZE 2.0 11 / 70

2. Izolace a purifikace kmenových buněk. Významným problémem je možnost kontaminace jinými než požadovanými tkáňovými progenitory, zejména nádorovými. Přesná purifikace frakcí progenitorových a kmenových buněk a jejich optimální kultivace je proto další klíčovou výzvou. 3. Využití progenitorových a kmenových buněk pro regeneraci cílových tkání (játra, CNS). Regenerace a reparace akutního selhání životně důležitých orgánů u pacientů v kritických stavech (včetně ledvin). Optimální aplikace (typ buněk, dávka, způsob aplikace, tracking). Aktivace kmenových a progenitorových buněk v cílové tkáni alterované chorobným procesem. Klíčové vybavení 1. Laboratoř kmenových buněk (průtokový cytometr, buněčný sorter-facs) Pro řádné fungování výzkumného programu 2 je nezbytná i Molekulárně-biologická laboratoř a Operační sály pro vývoj biomodelů, které již byly uvedeny jako klíčové vybavení výzkumného programu 1. Tyto laboratoře budou sdíleny oběma výzkumnými programy, aby bylo dosaženo optimálního využití všech přístrojů. Zásadními metodami laboratoře kmenových buněk jsou průtoková cytometrie a fluorescenční třídění buněk (FACS). Komentář Zahájení výzkumné činnosti v polovině roku 2012 zahájení v polovině 2012 je dáno požadavkem vedoucích výzkumných programů, kteří potřebují podrobněji definovat výzkumné cíle a úkoly pro roky 2012 a 2013, konsolidovat výzkumné týmy a organizačně zajistit spolupráci klíčových výzkumných pracovníků, kteří pracují a budou pracovat v období do dokončení výstavby Centra ve stávajících prostorech v několika budovách fakulty rozptýlených po Plzni. Personální zajištění výzkumného programu (FTE) 2012 2013 2014 2015 Vedoucí výzkumného programu 0,375 0,5 0,5 0,250,5 Senior researcher 0,75 1,8 2,6 1,753,5 Junior researcher 0,6 2,7 4,1 3,77,4 Ph.D. student 0,15 1,6 3,1 1,753,5 Podpůrní pracovníci (kvalifikovaní) 0 1 1,5 24 Celkem 1,875 7,6 11,8 9,4518,9 Personální zajištění výzkumného programu (fyzické osoby / headcount) 2012 2013 2014 2015 Vedoucí výzkumného programu 1 1 1 1 Senior researcher 4 6 6 7 Junior researcher 7 17 17 22 Ph.D. student 2 7 7 7 VERZE 2.0 12 / 70

Podpůrní pracovníci (kvalifikovaní) 0 1 2 6 Celkem 14 32 33 43 VERZE 2.0 13 / 70

III. Klíčoví pracovníci, zaměstnanci, politika rozvoje lidských zdrojů 3.1. Klíčoví pracovníci Klíčový pracovník prof. MUDr. Martin Matějovič, Ph.D. prof. MUDr. Ondřej Hes, Ph.D. prof. MUDr. Jaroslav Racek, DrSc. MUDr. Aleš KroužeckýJiří Chvojka, Ph.D. MUDr. Jan Mareš MUDr. Tomáš Reischig doc. MUDr. Jaromír Eiselt, Ph.D. prof. MUDr. Karel Matoušovic, DrSc. prof. MUDr. Ondřej Viklický, CSc. doc. MUDr. Jana Slavíková, CSc. MUDr. Jitka Kuncová, Ph.D. prof. MUDr. Jan Filipovský, CSc. doc. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D. doc. MUDr. František Vožeh, CSc. MUDr. Václav Liška, Ph.D. MUDr. Daniel Lysák MUDr. Pavel Vodička, CSc. doc. MUDr. Luboš Holubec, Ph.D. RNDr. Pavel Souček, CSc. RNDr. Marie Kalbáčová, Ph.D. NN doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D. doc. MUDr. Boris Kreuzberg, CSc. Ing. Libor Kočí Ing. Jaroslav Pojar Ing. Barbora Černíková Bc. Jana Kuberková Funkce vedoucí výzkumného programu 1 senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher vedoucí výzkumného programu 2 senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher senior researcher manažer centra vědecký ředitel centra vedoucí realizačního týmu koordinátor projektu specialista pro investice a VŘ specialista pro reporting projektu specialista pro reporting projektu Výzkumný program Zaměstnavatel (žadatel/ /partner) Datum nástupu do centra 2012 2013 2014 2015 1 žadatel 1.4.2012 0,45 0,60 0,60 0,30,60 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,40 0,30,60 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,30 0,20,40 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,30 0,250,50 1 žadatel 1.4.2012 0,15 0,40 0,90 0,51,00 1 žadatel 1.4.2012 0,30 0,50 0,50 0,250,50 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,20 0,150,30 1 žadatel 1.1.2015 0,00 0,00 0,00 0,150,30 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,30 0,250,50 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,20 0,250,50 1 žadatel 1.4.2012 0,075 0,10 0,20 0,250,50 1 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,20 0,20,40 2 žadatel 1.4.2012 0,375 0,50 0,50 0,250,50 2 žadatel 1.4.2012 0,15 0,20 0,20 0,10,20 2 žadatel 1.4.2012 0,30 0,40 0,60 0,40,80 2 žadatel 1.1.2013 0,00 0,10 0,30 0,250,50 2 žadatel 1.1.2015 0,00 0,00 0,00 0,150,30 2 žadatel 1.1.2013 0,00 0,20 0,30 0,250,50 2 žadatel 1.4.2012 0,15 0,70 1,00 0,51,00 2 žadatel 1.4.2012 0,15 0,20 0,20 0,10,20 1, 2 žadatel 1.10.2012 0,250 1,00 1,00 0,51,00 1, 2 žadatel 1.7.2008 0,60 0,80 0,80 0,40,80 1, 2 žadatel 1.3.2010 0,15 0,20 0,10 00,00 1, 2 žadatel 1.7.2008 0,333 0,50 0,25 00,00 1, 2 žadatel 1.7.2008 0,375 0,50 0,25 00,00 1, 2 žadatel 12.4.2012 0,652 0,90 0,90 0,450,90 1, 2 žadatel 1.5.2012 0,070,067 0,10 0,10 0,050,10 VERZE 2.0 14 / 70

Projekt předpokládá postupné zahájení výzkumných prací již v době před dokončením výstavby nové výzkumné infrastruktury. V roce 2012 pracují v obou výzkumných programech užší výzkumné týmy pod vedením vedoucích výzkumných programů a zajišťují podmínky pro postupný náběh výzkumu v letech 2013 a 2014. Zároveň spolupracují při výběrových řízeních na dodavatele přístrojového vybavení do stávajících i nových prostorů. Postupnému nárůstů počtu výzkumných pracovníků v letech 2012 až 2015 odpovídají i měřitelné výsledky projektu. Projektová žádost předpokládala osmičlenný realizační tým. Na základě rozhodnutí vedení fakulty byl během přípravy Technického popisu realizační tým redukován na celkem 6 osob (sloučeny funkce vědeckého ředitele a koordinátora výzkumných programů a funkce specialisty pro administraci a reporting projektu a specialisty pro zajišťování ekonomických operací projektu). Jejich výčet, funkce a úvazky obsahuje tabulka 3.1 a popis činnosti pak kapitola V. Nástup manažera Centra je předpokládán ve 4.Q/2012. Obsazení pozice specialisty pro reporting zůstává v současné době otevřené s ohledem na současné pracovní zapojení a plnění mateřských povinností osob uvedených v PŽ. Do zahájení realizace projektu vybere příjemce formou interního výběrového řízení z vlastních zdrojů vhodného kandidáta. Realizační tým ukončí svoji činnost zároveň se zahájením provozu v nových objektech s tím, že tři členové realizačního týmu se stanou členy managementu Centra. Stav k Rozhodnutí: Prof. Třeška není schopen vzhledem ke svému stávajícímu pracovnímu vytížení významně navýšit svůj úvazek. Byl mu proto ponechán úvazek 0,2 ve funkci senior researcher a ve funkci vědeckého ředitele byl nahrazen jiným klíčovým pracovníkem (doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D.) s úvazkem odpovídajícím požadavkům hodnotitelů (0,8). Stav ke 2. MZ: Prof. Třeška nebyl schopen navýšit svůj úvazek, do projektu místo něj na pozici senior researcher nastoupila Dr. Kalbáčová. K dosažení 30 % redukce celkových způsobilých nákladů podle požadavků hodnotitelů bylo nutné snížit i výdaje na mzdy výzkumného týmu. Přestože byla tato redukce ve srovnání s ostatními velkými položkami rozpočtu záměrně relativně nižší (19,0 % vs. 44,4 % redukce výdajů na stroje a zařízení, 25,5 % redukce výdajů na pořízení stavby), její dopady jsou výrazné. Výše mezd byla stanovena na základě vnitřního předpisu Univerzity Karlovy podle průměrných hrubých mezd v r. 2008 a tedy není možné ji snižovat. Jedinou cestou ke snížení mzdových nákladů tak byla redukce úvazků. V kategorii klíčových pracovníků (vedoucí výzkumných programů, senior researchers) bylo z původního počtu 41 pracovníků ponecháno 20 pracovníků. U 13 z nich byla ponechána původní výše úvazku, u 7 (doc. Jaromír Eiselt, prof. Karel Matoušovic, MUDr. Jitka Kuncová, prof. Jan Filipovský, doc. Milena Králíčková, doc. František Vožeh, doc. Luboš Holubec) byl úvazek redukován v průměru o 38 %. Zbývajících 21 klíčových pracovníků původní projektové žádosti bylo v souladu s požadavky hodnotitelů přesunuto do kategorie junior researchers (18 pracovníků: Ing. František Barták, MUDr. Magdaléna Chottová-Dvořáková, Ph.D., doc. MUDr. Pavel Pučelík, CSc., MUDr. Jitka Švíglerová, Ph.D., doc. MUDr. Otto Mayer, Ph.D., MUDr. Mirko Bouda, doc. MUDr. Jiří Ferda, Ph.D., doc. MUDr. Sylvie Opatrná, Ph.D., Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D., MUDr. Jiří Růžička, Ph.D., doc. Ing. Jiří Hatina, Ing. Marie Ehrlichová, CSc., MUDr. Pavel Jindra, MUDr. Miroslav Průcha, Ph.D., doc. MUDr. Tomáš Seeman, CSc., Ing. Simona Šůsová, MUDr. Ludmila Vodičková, CSc., MUDr. Daniel Hrušák, Ph.D) nebo v důsledku redukce výzkumných programů zcela vyřazeno (2 pracovníci: doc. RNDr. Marie Korabečná, Ph.D., doc. MUDr. Richard Rokyta, Ph.D.). 1 pracovník (doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D.) byl přesunut na pozici vědeckého ředitele (úvazek 0,8). Senior researchers přesunutí do kategorie junior researchers (18 pracovníků) svou kvalifikací a expertízou sice odpovídají VERZE 2.0 15 / 70

požadavkům kategorie senior researchers, nicméně v rámci projektu nebudou plnit roli vedoucích pracovníků (leaderů), a proto byli v souladu s instrukcemi hodnotitelů přesunuti do kategorie junior researchers. Průměrná výše úvazku u klíčových pracovníků (vědecký ředitel, vedoucí výzkumných programů a senior researchers) je 0,52 v r. 2015. Tato výše je dle našeho názoru dostatečná a odráží složitou situaci v biomedicínském výzkumu, kdy špičkoví pracovníci lékařských fakult plní trojitou úlohu: vědecko-výzkumná činnost, klinická medicína a pedagogická činnost na magisterské i doktorské úrovni. Průměrná výše úvazku 0,35 u junior reseachers odráží specifickou situaci v biomedicínském a klinickém výzkumu, kdy pracovníci lékařských fakult zpravidla kombinují trojí činnost: klinická medicína, vědecko-výzkumná činnost a pedagogická činnost. U pracovníků s medicínským vzděláním, kteří nyní představují ve výzkumných týmech většinu, pravděpodobně nelze očekávat, že by zcela opustili klinickou medicínu. Do budoucna hodláme tuto průměrnou hodnotu významně navýšit díky náboru vědeckých pracovníků s nemedicínským vzděláním (bioinformatici, chemici, biotechnologové, materiáloví inženýři) ve spolupráci s aplikačním sektorem. Výše úvazků a počet pracovníků bude vycházet v čase z potřeb výzkumných týmů a řešených témat. Počet podpůrných pracovníků byl redukován v souladu s doporučeními hodnotitelů. Tato kategorie zahrnuje laboranty a laboratorní techniky (obsluha buněčného sorteru, tkáňové banky, spravování databází, běžný laboratorní provoz) a personál zvěřince (Experimentální laboratoře II.). Mezi podpůrné pracovníky patří i asistentka manažera Centra a technik centra (oba úvazek 1,0, nástup 1/7/2014), což se projevuje v tabulkách 3.2 ve výši úvazků i počtu osob. Komentáře jsou společné pro tabulky 3.1 i 3.2. 3.2. Vývoj zaměstnanců v čase Přepočtené úvazky (FTE) Funkce 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Vedoucí výzkumného programu 0,825 1,1 1,1 1,1 1,1 1,1 1,1 1,1 1,1 Senior researcher 1,275 3,5 6,1 9 9 9 9 9 9 Junior researcher 1,708 5,6 11 19,2 20,1 22,3 22,8 22,8 22,8 Ph.D. student 0,675 4,8 8,5 12,2 12,3 12,3 12,3 12,3 12,3 Celkem výzkumníci 4,483 15 26,7 41,5 42,5 44,7 45,2 45,2 45,2 Podpůrní pracovníci 0 3,2 6,6 11,1 11,1 11,1 11,1 11,1 11,1 Management projektu 2,1772, 4 3,4 2,8 2,8 2,8 2,8 2,8 2,8 427 Celkem pracovníci 6,666,9 22,2 36,7 56,4 58,6 59,1 59,1 59,1 55,4 1 Pozn.: Údaj ve sloupci pro rok 2015 je vztažen k 31. 12. 2015. Fyzické osoby (headcount) Funkce 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Vedoucí výzkumného programu 2 2 2 2 2 2 2 2 2 Senior researcher 7 16 16 18 18 18 18 18 18 Junior researcher 17 38 44 56 56 58 57 57 57 VERZE 2.0 16 / 70

Ph.D. student 9 17 19 19 24 26 28 30 32 Celkem výzkumníci 35 73 81 95 100 104 105 107 109 Podpůrní pracovníci 0 6 12 18 18 18 18 18 18 Management projektu 6 6 6 3 3 3 3 3 3 Celkem pracovníci 41 85 99 116 121 125 126 128 130 Komentář Počty PhD studentů v tabulce 3.2 byly navýšeny, aby odpovídaly počtům PhD absolventů v tabulce 4.1 při předpokládané době PhD studia 4 roky. Centrum bude usilovat o to, aby PhD studium probíhalo převážně v prezenční formě a tak se postupně zlepšoval dosud nepříznivý poměr mezi prezenční a kombinovanou formou PhD studia na fakultě. Díky tomuto posunu od dnes převažující kombinované formy k prezenční formě studia ovšem dochází v čase k poklesu průměrného FTE (prezenční PhD studenti pobírají stipendium, nikoli mzdu). Úvazek v Centru bude představovat možnost přídatného finančního ohodnocení a bude tak mít významný motivační charakter. 3.3 Politika lidských zdrojů Aktivita v oblasti rozvoje lidských zdrojů: Kariérní plán Zahájení: 2.Q/2012 Ukončení: kontinuálně Hlavní cíle: 1. Zajistit dlouhodobou personální udržitelnost Centra 2. Motivovat pracovníky Centra ke kvalifikačnímu růstu 3. Zajistit předpoklady pro kariérní růst pracovníků Centra 4. Motivovat pracovníky Centra k vysoké výkonnosti Popis činnosti, výstupy a očekávané výsledky, hlavní milníky: Kariérní řád patří mezi základní vnitřní předpisy budoucího Centra (na fakultě není zaveden). Bude zpracován v průběhu roku 2013 společně s dalšími vnitřními předpisy Centra, v souladu s vnitřními předpisy Univerzity Karlovy. Jeho obsah si klade za cíl motivovat výzkumné a další pracovníky Centra k plnění stanovených cílů v čase a ve vysoké kvalitě. Bude se opírat o následující principy a pravidla: postavení a přijímání pracovníků kvalifikační profil pracovníka a jeho kariérního růstu kritéria a způsob periodického hodnocení pracovníka základní odměňování a progresivní finanční odměňování pracovníků motivační a pobídkové mechanismy Motivace ke kvalifikačnímu růstu: VERZE 2.0 17 / 70

Základní požadavky na kvalifikaci pracovníka Centra vychází z vnitřního mzdového předpisu univerzity, který definuje kvalifikační stupně, ke kterým budou přiřazena další nutná kvalifikační kritéria, specifická pro výzkumné centrum. Současný výzkumný tým je kvalifikačně vyvážen a zahrnuje všechny významné pozice pro splnění výzkumných cílů a zajištění provozu Centra. Kariérní řád integruje požadavky na kvalifikaci s požadavky na výkonnost (pedagogická činnost, výzkumná činnost a zajišťování finančních zdrojů), která se projeví v progresivním finančním odměňování. Znamená to, že s kvalifikačním růstem pracovníka roste nejen pevná složka mzdy, ale zároveň jsou zajišťovány předpoklady pro kvalifikační růst celého výzkumného týmu, respektive pro jeho průběžné doplňování a personální obměnu v dlouhodobé perspektivě. Zajištění předpokladů pro kariérní růst výzkumných pracovníků: Kategorie senior výzkumníků nebude uzavřená. Na základě pravidelného hodnocení činnosti výzkumných skupin (vedených senior výzkumníky) bude vedoucími výzkumných programů v koordinaci s vědeckým ředitelem zpřesňováno vědecko-výzkumné zaměření a v souladu s tím budou přeskupovány výzkumné skupiny včetně změny jejich vedoucích (senior) výzkumníků. Mezi kategoriemi junior a senior výzkumníků tak bude probíhat neustálá oboustranná vertikální výměna, aby bylo dosaženo maximální produktivity centra a udržována motivace junior (i senior) výzkumníků k dalšímu odbornému růstu. Nicméně, poměr senior/junior+phd bude zachováván víceméně konstantní (1 : 3) ve shodě s definicí senior výzkumníka coby pracovníka řídícího výzkumnou skupinu, přestože odborná expertíza řady junior výzkumníků úrovně senior jistě dosahuje. Motivace materiální: Pravidelné roční hodnocení pracovníků Centra zajistí přehled o výkonnosti jednotlivých pracovníků a promítne se do osobního ohodnocení a do mimořádných, případně jednorázových odměn (finanční i nefinanční). Progresivní finanční odměňování zvýší soutěživost mezi pracovníky Centra a posílí motivaci studentů a mladých absolventů Ph.D. studia pracovat ve vědě a výzkumu. Ve finančním ohodnocení pracovníků výzkumného centra bude motivačně zohledněn podíl konkrétního pracovníka a konkrétního výzkumného týmu na hospodářském výsledku (zajišťování finančních zdrojů z grantových a dotačních programů, komercializace výsledků výzkumu, atd.), na publikační činnosti, na pedagogické činnosti a na výchově studentů doktorských programů celého výzkumného centra. Zvlášť budou oceněny aktivity a přínosy konkrétního výzkumného pracovníka, které vyústí v získání nových uživatelů výsledků výzkumu v rámci smluvního a kolaborativního výzkumu nebo povedou k získání patentu či jiného významného ocenění výzkumné práce s přímým dopadem na financování výzkumného centra. Profil výzkumných pracovníků: Odborný pracovník výzkumu a vývoje - pracovník s dokončeným vysokoškolským vzděláním, podporující a zajišťující výzkumné aktivity centra jako technický nebo laboratorní pracovník se speciálním zaměřením a dovednostmi. Je motivován ke studiu doktorských studijních programů (zařazen jako junior researcher) Ph.D. - student - pracovník výzkumu a vývoje, který absolvuje v rámci výzkumných aktivit centra své doktorské studium a bude se podílet na výzkumných aktivitách centra, dle svých odborných předpokladů bude plnit dílčí výzkumné úkoly pod vedením zkušeného výzkumného pracovníka. Podílí se na spolupráci s aplikačními pracovišti a získává praxi na stážích u smluvních partnerů a v zahraničí. Je motivován k dalšímu rozvíjení své kariéry na pozici mladého výzkumníka Centra. Mladší výzkumný pracovník (junior researcher) - pracovník výzkumu a vývoje, absolvent VERZE 2.0 18 / 70

doktorského studia (Ph.D.), pracuje pod vedením zkušených výzkumných pracovníků, publikuje své vědecké a výzkumné poznatky, plní v rámci výzkumného týmu samostatně úkoly odpovídající úrovni jeho kvalifikace a specializace. Podílí se na spolupráci s aplikačními pracovišti. Je motivován ke zpracování habilitační práce a připravován na pozici staršího výzkumného pracovníka. Starší výzkumný pracovník (senior researcher) - zkušený výzkumný pracovník (obvykle docent, profesor), pracuje samostatně, vykonává náročné odborné práce ve svém vědním oboru a při plnění výzkumných záměrů centra, vede v rámci výzkumného týmu a zaškoluje Ph.D. studenty a mladší výzkumné pracovníky. Je řešitelem grantových a dalších výzkumných projektů. Pravidelně publikuje své vědecké práce a výsledky výzkumné činnosti v tuzemských a zahraničních časopisech. Přispívá k formulování dílčích i perspektivních výzkumných záměrů Centra. Podílí se na spolupráci s aplikačními pracovišti. Vedoucí výzkumného programu (výzkumného týmu) - splňuje náročné podmínky kladené na klíčového výzkumného pracovníka (senior researcher), navíc je odborně uznávanou vědeckou a výzkumnou autoritou se schopností organizovat a všestranně zajišťovat realizaci výzkumných programů v rámci velkých nebo multiprofesních výzkumných týmů. Dosahuje odborného uznání v tuzemsku i v zahraničí. Jeho schopnosti vytváří předpoklad aplikace výsledků výzkumných záměrů při komerčním i nekomerčním využití v praxi. Je přímo zodpovědný za formulování perspektivních výzkumných záměrů a materiální rozvoj Centra. Všichni výzkumní pracovníci Centra, kteří se podílejí svou pedagogickou činností na magisterských studijních programech fakulty, sledují v průběhu studia nadějné a talentované studenty s předpoklady pro výzkumnou práci a prostřednictvím SVOČ je zapojují do výzkumných programů Centra. Úspěšní pedagogové jsou oceňováni v rámci pohyblivé složky své mzdy. Studenti jsou odměňováni za svůj podíl na plnění jednotlivých úkolů. Profil podpůrných pracovníků: Tito pracovníci Centra zajišťují agendy Centra v oblasti výzkumu i jeho provozu, proto jsou rozděleni do dvou kategorií: podpůrný pracovník výzkumu Centra - je kvalifikovaným pracovníkem, který podporuje výzkumné aktivity Centra zajišťováním provozu Experimentálních Laboratoří II. (vedoucí laboratoře, asistent vedoucího laboratoře, ošetřovatelé zvířat, laboranti) a Experimentálních laboratoří I. (laborant, zdravotní sestra, obsluha speciálního přístrojového vybavení, atd.) podpůrný pracovník managementu Centra - je kvalifikovaným pracovníkem, který podporuje správu a chod Centra (asistent Manažera centra, technik správy budov) Aktivita v oblasti rozvoje lidských zdrojů: Plán mobility pracovníků vůči aplikační sféře Zahájení: 2.Q/2012 Ukončení: kontinuálně Hlavní cíle: 1. Zvýšení objemu spolupráce s komerčními partnery (kolaborativní a smluvní výzkum) 2. Zvýšení schopnosti výzkumných pracovníků a studentů doktorského studia komercializovat VERZE 2.0 19 / 70