AKADEMIE VĚD ČESKÉ REPUBLIKY BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV

AKADEMIE VĚD ČESKÉ REPUBLIKY BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV VÝROČNÍ ZPRÁVA 2002 Brno 2003

OBSAH I. ÚVOD... 1 Organizační struktura BFÚ AV ČR... 3 Seznam pracovníků s vysokoškolským vzděláním k 31. 12. 2002... 5 II. VĚDECKÁ ČINNOST... 9 Program I - Biofyzikální chemie makromolekul... 13 Program II - Biofyzika komplexů nukleových kyselin... 27 Program III - Biofyzika a bioinformatika genomů... 41 Program IV - Molekulární cytologie a cytogenetika... 53 Program V - Kinetika buněčných populací... 71 Výzkumná centra... 83 Laboratoř výpočetní techniky a informačních služeb... 88 III. PUBLIKAČNÍ A PŘEDNÁŠKOVÁ ČINNOST... 89 A. Práce otištěné v odborných časopisech a vydané knižně 91 B. Publikace, které nebylo možno z technických důvodů zařadit do Výroční zprávy 2001... 105 C. Práce přednesené na konferencích a ve vědeckých společnostech... 106 D. Přednášky, které nebylo možno z technických důvodů zařadit do Výroční zprávy 2001... 132 E. Přehled publikační a přednáškové činnosti pracovníků BFÚ AV ČR za rok 2002... 133 IV. ZAHRANIČNÍ STYKY... 135 A. Přehled mezinárodních spoluprací BFÚ a zahraničních grantů v roce 2002... 137 B. Realizovaná vyslání do zahraničí... 141 C. Spolupráce s mezinárodními vládními a nevládními organizacemi... 148 D. Mezinárodní konference pořádané pracovištěm... 148 V. VÝCHOVA VĚDECKÝCH PRACOVNÍKŮ, SPOLUPRÁCE S VYSOKÝMI ŠKOLAMI A DALŠÍ AKTIVITY... 149 A. Vědecká výchova... 149 B. Spolupráce s vysokými školami... 151 Přehled semestrálních cyklů přednášek a cvičení.. 153 C. Spolupráce s praxí... 155 D. Členství ve vědeckých institucích... 156 E. Členství ve vědeckých společnostech... 158 VI. ČINNOST HOSPODÁŘSKO-TECHNICKÉ SPRÁVY... 161 str.

I. ÚVOD V průběhu r. 2002 byla významně rozšířena badatelská aktivita ústavu. Byli přijati dva mladí vědečtí pracovníci (J. Šponer a J.E. Šponer), jejichž vědecké zaměření dovolilo zřídit novou Laboratoř struktury a dynamiky nukleových kyselin. Tato Laboratoř se věnuje počítačovým studiím DNA a RNA, jejich interakci s proteiny a komplexy kovů a kombinacím počítačových simulací s ab initio kvantově chemickými výpočty. Také spolupráce s vysokými školami byla podstatně posílena. Biofyzikální ústav AV ČR uzavřel smlouvu s Masarykovou universitou - fakultami přírodovědeckou a lékařskou - o zřízení a provozování společného pracoviště. Bylo tak ustaveno Biofyzikální centrum MU v Brně a BFÚ AV ČR, jehož účelem je dosažení a zajištění vysoké úrovně výzkumu a výuky v biofyzice a spolupráce ve všech souvisejících oborech. V r. 2002 vydala Akademická rada AV ČR nová Pravidla pro zařazování pracovníků AV ČR do kvalifikačních stupňů s účinností od 1. 1. 2003 (Interní norma AV ČR, částka 2/2002 ze dne 26. 7. 2002). Dle této směrnice proběhlo v BFÚ ve dnech 26. - 28. 11. 2002 hodnocení všech vysokoškolsky vzdělaných pracovníků. Po projednání ve vědecké radě byly vedením ústavu jmenovány tři atestační komise, sestavené s přihlédnutím k tematickému zaměření hodnocených Laboratoří. Členy komisí byli ředitelka ústavu, její zástupce, 2 zástupci VR nebo vědecké komunity ústavu a 2 externí členové z vysokých škol a Masarykova onkologického ústavu. Všechny atestační komise hodnotily pozitivně vysokou úroveň předložených atestačních podkladů a prezentaci atestovaných. V závěru doporučily zařazení pracovníků do příslušných kvalifikačních stupňů. Již tradičně byl uspořádán Den otevřených dveří BFÚ AV ČR. Ve dnech 17. a 18. 10. 2002 ústav navštívilo 253 zájemců o badatelskou činnost vědeckých pracovníků a doktorandů či o přístrojové vybavení laboratoří. Z dalších popularizačních aktivit je možno ještě zmínit články pro časopis Živa a poster Přirozené transgenní rostliny - stabilita a vývojová úspěšnost pro výstavu Geneticky modifikované organismy v ČR.

Vědecká rada ústavu pracovala ve stejném složení jako v r. 2001: V. Brabec (předseda), J. Hofmanová, F. Jelen, S. Kozubek, A. Lojek a J. Široký - interní členové, J. Doškař, A. Španová (oba PřF MU) a J. Šponer (ÚFCH JH) - externí členové. Pracovníkům ústavu byla udělena tato ocenění: Prémie Otto Wichterleho pro mladé vědecké pracovníky v Akademii věd ČR - udělena O. Novákové a J. Fajkusovi Cenu ministryně školství, mládeže a tělovýchovy ČR pro vynikající studenty a absolventy studia obdržela N. Špačková Wellcome Trust Senior Fellowship - uděleno J. Šponerovi Cena Biofyzikálního ústavu AV ČR - udělena M. Brázdové, P. Jirsové a L. Kubalovi V. Brázda získal Cenu firmy Eppendorf za nejlepší vědeckou práci pro mladé vědce za ČR; byl nominován na cenu Sigma & Aldrich za prezentaci výsledků na Mezioborové konferenci mladých chemiků a biologů, a získal cenu Josefa V. Koštíře za významný vědecký přínos v oborech biochemie a buněčné a molekulární biologie udělenou Českou společností pro biochemii a molekulární biologii (ČSBMB) J. Hejátko obdržel The Best Student Poster Award u příležitosti 13 th Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology Podle předpokladu úspěšně pokračovala další rekonstrukce areálu ústavu. Ve druhé polovině r. 2002 byla dokončena přestavba bývalého zvěřince na moderní laboratorní pracoviště, do kterého se přestěhovala Laboratoř molekulární biofyziky a farmakologie. Následně pak byla zahájena 3. etapa zahrnující rekonstrukci skleníku a úpravu uvolněných laboratoří v centrální budově ústavu. 2

BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV AKADEMIE VĚD ČESKÉ REPUBLIKY ADRESA: KRÁLOVOPOLSKÁ 135, 612 65 BRNO TELEFON: 541 517 111 FAX: 541 211 293 E-MAIL: IBP@IBP.CZ WEB PAGES: HTTP://WWW.IBP.CZ RNDR. JANA ŠLOTOVÁ, CSC. ŘEDITELKA TELEFON: 541 517 501 FAX: 541 211 293 E-MAIL: SLOTOVA@IBP.CZ IRINA HEBELKOVÁ SEKRETÁŘKA TELEFON: 541 517 500 FAX: 541 211 293 E-MAIL: IRINA@IBP.CZ DOC. RNDR. MILAN BEZDĚK, CSC. ZÁSTUPCE ŘEDITELKY PRO VĚDECKO-VÝZKUMNOU ČINNOST TELEFON: 541 517 160 FAX: 541 211 293 E-MAIL: BEZDEK@IBP.CZ JUDR. JIŘÍ ONDROUŠEK ZÁSTUPCE ŘEDITELKY PRO EKONOMICKO-TECHNICKOU ČINNOST TELEFON: 541 517 131 FAX: 541 211 293 E-MAIL: ONDROUSEK@IBP.CZ 3

4

SEZNAM PRACOVNÍKŮ S VYSOKOŠKOLSKÝM VZDĚLÁNÍM K 31. 12. 2002 ING. ALENA BAČÍKOVÁ RNDR. BLANKA BALTUSOVÁ RNDR. EVA BÁRTOVÁ, PH.D. MGR. KLÁRA BEDNÁŘOVÁ DOC. RNDR. MILAN BEZDĚK, CSC. PROF. RNDR. VIKTOR BRABEC, DRSC. MGR. VĚRA BRABCOVÁ MGR. VÁCLAV BRÁZDA, PH.D. MGR. MARIE BRÁZDOVÁ, PH.D. RNDR. BŘETISLAV BRZOBOHATÝ, CSC. RNDR. MILAN ČÍŽ, PH.D. RNDR. HANA ČÍŽOVÁ, PH.D. MGR. VIKTOR DRAŽAN, PH.D. RNDR. JIŘÍ FAJKUS, CSC. RNDR. MIROSLAV FOJTA, CSC. MGR. PETR FOJTÍK, PH.D. MGR. MILOSLAVA FOJTOVÁ, CSC. MGR. EVA FRIMLOVÁ, CSC. MGR. JAROSLAV FULNEČEK, CSC. MGR. PETR HANZÁLEK, PH.D. MGR. STANISLAV HASOŇ, PH.D. MGR. LUDĚK HAVRAN, DR. MUDR. MICHAL HOFER, CSC. RNDR. ZUZANA HOFEROVÁ, CSC. DOC. RNDR. JIŘINA HOFMANOVÁ, CSC. MGR. CTIRAD HOFR, PH.D. RNDR. JIŘINA HOLÁ ING. IVA HRABCOVÁ RNDR. JANA CHLÁDKOVÁ RNDR. BOHUSLAV JANOUŠEK, PH.D. RNDR. EVA JANOVSKÁ, CSC. RNDR. FRANTIŠEK JELEN, CSC. MGR. PAVLA JIRSOVÁ, PH.D. RNDR. JOSEF JURSA, CSC. RNDR. LENKA KARLOVSKÁ, CSC. RNDR. JANA KAŠPÁRKOVÁ, PH.D. RNDR. IVA KEJNOVSKÁ, CSC. RNDR. EDUARD KEJNOVSKÝ, CSC. ING. RENÉ KIZEK, PH.D. MGR. HANA KOSTRHUNOVÁ, PH.D. ALENAB@IBP.CZ BARTOVA@IBP.CZ BEZDEK@IBP.CZ BRABEC@IBP.CZ BRABCOVA@IBP.CZ VACLAV@IBP.CZ MARUSKA@IBP.CZ BRZOBOHA@IBP.CZ MILANCIZ@IBP.CZ HSLAVIK@IBP.CZ VDRAZAN@IBP.CZ FAJKUS@IBP.CZ FOJTA@IBP.CZ FOJTIK@IBP.CZ FOJTOVA@IBP.CZ BENKOVA@IBP.CZ FULNECEK@IBP.CZ RAVEN@IBP.CZ HOFER@IBP.CZ ZHOFER@IBP.CZ HOFMANOVA@IBP.CZ CTIRAD@IBP.CZ HOLA@IBP.CZ HRABCOVA@IBP.CZ CHLADKOVA@IBP.CZ JANOUSEK@IBP.CZ JELEN@IBP.CZ JIRSOVA@IBP.CZ JURSA@IBP.CZ KARL@IBP.CZ JANA@IBP.CZ KEJNOVSKA@IBP.CZ KEJNOVSK@IBP.CZ HANA@IBP.CZ 5

6 RNDR. BLAŽENA KOUKALOVÁ, CSC. ING. ALENA KOUŘILOVÁ RNDR. ALEŠ KOVAŘÍK, CSC. MGR. MARTINA KOVAŘÍKOVÁ, PH.D. RNDR. STANISLAV KOZUBEK, DRSC. DOC. RNDR. ALOIS KOZUBÍK, CSC. MGR. LUKÁŠ KUBALA, PH.D. MGR. TATIANA KUBIČÁROVÁ, CSC. RNDR. JAROSLAV KYPR, CSC. RNDR. ANTONÍN LOJEK, CSC. ING. EMILIE LUKÁŠOVÁ, CSC. MGR. JAROSLAV MALINA, PH.D. RNDR. ROMAN MATYÁŠEK, CSC. RNDR. JAN MRÁZEK, CSC. MGR. JAN NEJEDLÍK RNDR. KAREL NEJEDLÝ, CSC. MGR. JAROMÍRA NETÍKOVÁ MGR. OLGA NOVÁKOVÁ, DR. JUDR. JIŘÍ ONDROUŠEK PROF. RNDR. EMIL PALEČEK, DRSC. MGR. JAN PALEČEK, PH.D. RNDR. PETR PEČINKA, CSC. RNDR. PECHAN ZDENĚK, CSC. PROF. MUDR. MILAN POSPÍŠIL, DRSC. MGR. NAĎA REICHOVÁ MGR. EVA RYCHTECKÁ MGR. KAREL ŘÍHA, DR. MGR. LUDĚK STRAŠÁK, PH.D. MGR. EVA SÝKOROVÁ, CSC. RNDR. JIŘÍ ŠIROKÝ, CSC. RNDR. JANA ŠLOTOVÁ, CSC. MGR. NADĚŽDA ŠPAČKOVÁ, PH.D. DOC. RNDR. JIŘÍ ŠPONER, DRSC. JUDIT E. ŠPONER, PH.D. RNDR. MICHAL ŠTROS, CSC. MGR. MIROSLAV TOMSCHIK, DR. MUDR. VACEK ANTONÍN, CSC. PROF. RNDR. VLADIMÍR VETTERL, DRSC. RNDR. MARIE VOJTÍŠKOVÁ, CSC. RNDR. JAN VONDRÁČEK, PH.D. ING. JITKA VONDRUŠKOVÁ BLAZENA@IBP.CZ GENIUS@IBP.CZ KOVARIK@IBP.CZ KOVCA@IBP.CZ KOZUBEK@IBP.CZ KOZUBIK@IBP.CZ KUBALAL@IBP.CZ KUBICAR@IBP.CZ KYPR@IBP.CZ ALOJEK@IBP.CZ LUKASOVA@IBP.CZ MALINA@IBP.CZ MATYASEK@IBP.CZ MRAZEK@IBP.CZ GIOVANNI@IBP.CZ KANE@IBP.CZ NETIKOVA@IBP.CZ OLGA@IBP.CZ ONDROUSEK@IBP.CZ PALECEK@IBP.CZ JANP@IBP.CZ PEPE@IBP.CZ PECHAN@IBP.CZ REICHOVA@IBP.CZ EVAR@IBP.CZ RIHA@IBP.CZ LUSTR@IBP.CZ EVIN@IBP.CZ SIROKY@IBP.CZ SLOTOVA@IBP.CZ SPACKOVA@IBP.CZ SPONER@IBP.CZ JUDIT@IBP.CZ STROS@IBP.CZ MITOM@IBP.CZ VACEK@IBP.CZ VETTERL@IBP.CZ MAVO@IBP.CZ HIVRISEK@IBP.CZ DOC. RNDR. MICHAELA VORLÍČKOVÁ, DRSC. MIFI@IBP.CZ RNDR. OLDŘICH VRÁNA, CSC. VRANA@IBP.CZ

PROF. RNDR. BORIS VYSKOT, DRSC. MGR. LENKA WEITEROVÁ, PH.D. MGR. JAN ZOUHAR, PH.D. RNDR. RENATA ŽALUDOVÁ, CSC. MGR. JITKA ŽLŮVOVÁ, PH.D. VYSKOT@IBP.CZ WEIT@IBP.CZ ZALUDOVA@IBP.CZ JITKA@IBP.CZ STUDENTI DSP MGR. ING. JANA AMRICHOVÁ* MGR. ZDENĚK ANDRYSÍK* MGR. SABINA BILLOVÁ* MGR. GABRIELA BÖHMOVÁ* MGR. PETRA BORKOVCOVÁ MGR. HANA BUBENÍČKOVÁ* MGR. VENDULA BURSOVÁ* MGR. MARTIN FALK* MGR. EVA FALTÝSKOVÁ* MUDR. MARKÉTA FIALOVÁ MGR. RADKA FOHLEROVÁ MGR. LUCIE GALLOVÁ* MGR. ALENA GAŇOVÁ MGR. JAN HEJÁTKO MGR. ROMAN HOBZA* MGR. JAROMÍRA HODURKOVÁ MGR. LUBOŠ HOLÝ* MGR. DANIELA HRADILOVÁ* MGR. JANA HRADILOVÁ* MGR. VLADIMÍRA HYKELOVÁ* MGR. KATEŘINA CHRAMOSTOVÁ-MINKSOVÁ ING. EVA JAGELSKÁ* MGR. DANIELA KOMRSKOVÁ* MGR. PAVEL KOSTEČKA* MGR. MILAN KUCHAŘ* MGR. KATEŘINA KUCHAŘÍKOVÁ* ING. ZUZANA KUNICKÁ* MGR. MARTINA LENGEROVÁ* MUDR. JAN MALÁSKA* MGR. MICHAL MASAŘÍK* MGR. VLASTIMIL MAŠEK* MGR. GABRIELA MIKOVÁ* MGR. EVA MUSELÍKOVÁ* ANDRYSIK@IBP.CZ SABINA@IBP.CZ FIALOVA@IBP.CZ GALLO@IBP.CZ CAFOUREK@IBP.CZ HOBZA@IBP.CZ MIRA@IBP.CZ DHRADILOVA@IBP.CZ VLADKA@IBP.CZ CHRAMOSTOVA@IBP.CZ EVAJAG@IBP.CZ MKUCHAR@IBP.CZ KUNICKA@IBP.CZ LENGEROVA@IBP.CZ EVELINA@IBP.CZ 7

MGR. JIŘÍ PACHERNÍK MGR. STANISLAV PALŠA* MVDR. IVANA PAPEŽÍKOVÁ MGR. RENATA PASEKOVÁ* MGR. MARTINA PAVELKOVÁ* MGR. MARKÉTA PERNISOVÁ* MGR. RADIM PROKOP* MGR. JANA RŮŽIČKOVÁ MGR. JANA RYCHTÁROVÁ* MGR. PETRA SCHRUMPFOVÁ* MGR. KAMILA SKALICKÁ* MGR. MARIE SKLENIČKOVÁ* MGR. LENKA SKŘÍŠOVSKÁ* MGR. MICHAL SLANÝ* MGR. DIANA SMIEŠKOVÁ* MGR. KAREL SOUČEK MGR. PŘEMYSL SOUČEK* MGR. KRISTÝNA STEHLÍKOVÁ MGR. MARKÉTA ŠÁMALOVÁ* MGR. LENKA ŠINDLEROVÁ* MGR. PETRA ŠTEFKOVÁ MGR. JIŘÍ ŠTIKA* MGR. ALENA VACULOVÁ* MGR. PAVLÍNA VÁŇOVÁ* MGR. MARTIN VÝKRUTA MGR. JANA ZEHNULOVÁ MGR. MICHAL ZEMÁNEK* SPALSA@IBP.CZ IVANAH@IBP.CZ PAVELKOVA@IBP.CZ SKALICKA@IBP.CZ SKLEMAR@IBP.CZ KSOUCEK@IBP.CZ ATEKRAM@IBP.CZ STIKA@IBP.CZ VACULOVA@IBP.CZ VYKRUTA@IBP.CZ ZEHNUL@IBP.CZ ZAHRANIČNÍ STUDENTI DSP OLIVIER DELALANDE* (FRANCIE) ING. VIKTOR HORVÁTH* (SLOVENSKO) PETROS CHRISTOFIS (ŘECKO) GUO JIAN CHUN, M.SC.* (ČÍNA) NAGAVALLI SUBBANNA KIRAN, M.SC.* (INDIE) VICTORIA MARINI* (URUGUAY) MGR. IVANA VASILENKOVÁ* (SLOVENSKO) VICTORIA@IBP.CZ *INTERNÍ DSP 8

II. VĚDECKÁ ČINNOST Výzkumný záměr BFÚ zajišťují jednotlivé Laboratoře, sdružené do pěti Programů: I. Biofyzikální chemie makromolekul Laboratoř biofyzikální chemie a molekulární onkologie - LBCMO prof. RNDr. Emil Paleček, DrSc. Laboratoř fyziky biomakromolekul - LBP prof. RNDr. Vladimír Vetterl, DrSc. Laboratoř struktury a dynamiky nukleových kyselin - LSDNA doc. RNDr. Jiří Šponer, DrSc. II. Biofyzika komplexů nukleových kyselin Laboratoř molekulární biofyziky a farmakologie - LMBP prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc. Laboratoř analýzy molekulárních komplexů DNA - LADMC RNDr. Jiří Fajkus, CSc. Laboratoř analýzy chromosomálních proteinů - LACP RNDr. Michal Štros, CSc. III. Biofyzika a bioinformatika genomů Laboratoř CD spektroskopie nukleových kyselin - LSNA doc. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc. Laboratoř biofyziky DNA a bioinformatiky genomů - LDBGB RNDr. Jaroslav Kypr, CSc. Laboratoř molekulární epigenetiky - LME RNDr. Aleš Kovařík, CSc. 9

IV. Molekulární cytologie a cytogenetika Laboratoř molekulární cytologie a cytometrie - LMCC RNDr. Stanislav Kozubek, DrSc. Laboratoř vývojové genetiky rostlin - LPDG prof. RNDr. Boris Vyskot, DrSc. Laboratoř molekulární analýzy vývoje rostlin - LMAPD RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. V. Kinetika buněčných populací Laboratoř cytokinetiky - LC doc. RNDr. Alois Kozubík, CSc. Laboratoř patofyziologie volných radikálů - LFRP RNDr. Antonín Lojek, CSc. Laboratoř experimentální hematologie - LEH MUDr. Michal Hofer, CSc. Laboratoř výpočetní techniky - LCIS RNDr. Josef Jursa, CSc. 10

Vědecké projekty byly podpořeny granty různých grantových agentur: Výzkumný záměr Z5004920 "Biofyzikální vlastnosti živých systémů a jejich změny vlivem faktorů vnějšího prostředí" Spolupracemi s Masarykovou univerzitou se BFÚ podílel i na řešení dvou výzkumných záměrů vysokých škol - Fakulty přírodovědecké a Fakulty informatiky. Grantová agentura Akademie věd České republiky 12 grantů standardních, 3 juniorské 3 granty Programu podpory cíleného výzkumu a vývoje 3 granty Projektu rozvoje badatelského výzkumu v klíčových oblastech vědy 1 grant Programu podpory přístrojového vybavení progresivních vědních oborů Grantová agentura České republiky 26 grantů individuálních, ve 24 z nich je BFÚ nositelem, ve 2 je spolunositelem 10 grantů postdoktorandských Grantové agentury ministerstev České republiky MZ ČR - 4 granty, u 3 z nich je BFÚ nositelem, u 1 spolunositelem MZe ČR - 1 grant (BFÚ je spolunositel) MŠMT ČR - Program Výzkumná centra - BFÚ se účastní 2 jako spolunositel - 4 granty Programu COST - 4 granty Programu KONTAKT - 1 projekt Programu "Barrande" Grantové agentury zahraniční 10 grantů 11

26

PROGRAM I BIOFYZIKÁLNÍ CHEMIE MAKROMOLEKUL

14

LABORATOŘ FYZIKY BIOMAKROMOLEKUL (LBP) VEDOUCÍ: VĚDEČTÍ PRACOVNÍCI: ODBORNÁ PRACOVNICE VŠ: GRADUOVANÍ STUDENTI: DIPLOMANT: PROF. RNDR. VLADIMÍR VETTERL, DRSC. MGR. LUDĚK STRAŠÁK, PH.D. MGR.VIKTOR DRAŽAN, PH.D. MGR. EVA RYCHTECKÁ MGR. JANA RYCHTÁROVÁ MGR. STANISLAV HASOŇ MGR. JAKUB DVOŘÁK JAN FOJT Kinetika fázových transformací adenozinových vrstev na rtuťových filmových elektrodách (MFE) Sledovali jsme vliv optické drsnosti a morfologie povrchu uhlíkových/grafitových substrátů pokovených rtuťovým filmem rozdílné tloušťky na kinetiku tvorby uspořádaných dvojdimenzionálních (2D) kondenzovaných vrstev adenosinu. Adenosin tvoří v kyselém prostředí (ph 5) na rtuťových filmových elektrodách kompaktní film ze dvou odlišných, fyzikálně se adsorbujících, 2D kondenzovaných vrstev. První z nich (oblast II) se nachází v okolí potenciálu -1.3 V, druhá (oblast III) byla nalezena při pozitivnějších potenciálech, v okolí -0.4 V. V ostatních oblastech potenciálů označených jako oblasti Ia a Ib adsorbované molekuly adenosinu nekondenzují (jedná se o tzv. zředěnou adsorpci). Kompaktní film II se tvoří jak na PGEb (pyrolytický grafit v bazální orientaci), tak i na GCE (skelný uhlík) elektrodách modifikovaných filmem rtuti o tloušťkách 2 µm až 0.02 µm. Film III se tvoří pouze na GCE modifikované filmem rtuti 2 µm až 0.2 µm. Studovali jsme kinetiku tvorby kondenzovaných vrstev. Během fázových transformací Ia II a Ib II adenosinu dochází k nukleaci a růstovému procesu, který lze popsat Avramiho vztahem, a jehož důsledkem jsou maxima na křivkách závislosti proudu na čase. Proudové přechody Ia II adenosinu jsou pro časový interval t < 80 ms na 2 µm Hgm-PGEb (pyrolytický grafit v bazální orientaci modifikovaný vrstvou Hg o tloušťce 2 µm) popsány modelem, který kombinuje Langmuirův typ adsorpce a 2D nukleaci s následným lineárním růstem. Proudový přechod Ib II adenosinu lze během krátkého časového intervalu (t < 50 ms) na 2 µm Hgm-PGEb popsat modelem kombinujícím Langmuirův typ adsorpce s 2D nukleací 15

podle exponenciálního zákona a růstovým proces kontrolovaným povrchovou difúzí. Nukleační proces adenosinu probíhá nejrychleji na visící rtuťové kapkové elektrodě (HMDE) a postupně se zpomaluje v řadě: HMDE < 2 µm Hgm- GCE < 2 µm Hgm-PGEb. Rychlost nukleace závisí na tloušťce rtuti deponované na PGEb substrát. Nukleační proces adenosinu probíhá nejrychleji na 0.02 µm Hgm-PGEb a postupně se zpomaluje v řadě: 0.02 µm Hgm-PGEb > 0.2 µm Hgm-PGEb > 2 µm Hgm-PGEb. Studium morfologie povrchu amalgámů vytvořených na povrchu polykrystalických elektrod stříbra, zlata, mědi a platiny Pomocí difrakčního optického elementu (DOE) jsme studovali optickou drsnost polykrystalických elektrod z ušlechtilých kovů (Pt, Cu, Ag a Au), upravených mechanickým leštěním pomocí diamantové pasty s částicemi o průměru 1 µm. Bylo zjištěno že optická drsnost (R a ) výše uvedených polykrystalických substrátů roste v řadě: Ag (R a = 0.0315 µm) < Cu (R a = 0.0350 µm) < Au (R a = 0.1079 µm) < Pt (R a = 0.1102 µm). Tvorba amalgamu zvyšuje drsnost povrchu. Vliv elektromagnetických polí o nízkých frekvencích na bakterie Pokračovali jsme ve studiu vlivu elektromagnetických polí o nízkých frekvencích na bakterie. Zkoumali jsme vliv nízkofrekvenčních magnetických polí (50 Hz, B = 0-10 mt, t = 0-24 min) na bakterie Escherichia coli, Leclercia adecarboxylata a Staphylococcus aureus. Zjišťovali jsme viabilitu buněk při různých dobách expozice, různých magnetických indukcích, porovnávali jsme růstové křivky a dynamiku růstu během působení magnetických polí. Zjistili jsme, že naše magnetické pole působí na všechny zmiňované kmeny inhibičně. Inhibiční účinek je v rozmezí 65-90 %, přičemž je kmenově závislý. Nejcitlivější k magnetické expozici je kmen Escherichia coli, ostatní dva kmeny jsou stejně citlivé. Inhibiční účinek se zvyšoval s rostoucí dobou expozice i s rostoucí magnetickou indukcí, přičemž vykazoval jistou saturovanost. GRANTOVÁ PODPORA: GA AV ČR A4004002 Struktura a interakce nukleových kyselin a polypeptidů na površích kovů řešitel: V. Vetterl, 2000-2002 16

GA AV ČR K4055109 Fyzika, chemie a informatika pro biologické, ekologické a lékařské aplikace nositel: K. Ulbrich, ÚMCH AV ČR Praha, spoluřešitel v BFÚ: V. Vetterl, 2001-2004 GA AV ČR S5004107 Aplikace biofyzikálních metod v biotechnologické a klinické praxi řešitel: V. Vetterl, 2001-2005 GA ČR 204/97/K084 Elektrody modifikované nukleovými kyselinami a bílkovinami. Nové nástroje v biochemickém a biomedicínském výzkumu řešitel: E. Paleček, spoluřešitelé: O. Dračka, PřF MU Brno, L. Novotný, ÚFCH J.H. AV ČR Praha, B. Vojtěšek, MOÚ Brno, 1997-2002 GA ČR 203/00/P081 Adsorpce bází nukleových kyselin a jejich derivátů na elektrodách řešitel: V. Dražan, 2000-2002 GA ČR 310/01/0816 Vliv elektrických a magnetických polí o nízkých frekvencích na biologické systémy řešitel: V. Vetterl, 2001-2003 17

LABORATOŘ BIOFYZIKÁLNÍ CHEMIE A MOLEKULÁRNÍ ONKOLOGIE (LBCMO) VEDOUCÍ: VĚDEČTÍ PRACOVNÍCI: ODBORNÍ PRACOVNÍCI VŠ: ODBORNÉ PRACOVNICE SŠ: GRADUOVANÍ STUDENTI: DIPLOMANTI: PROF. RNDR. EMIL PALEČEK, DRSC. RNDR. MIROSLAV FOJTA, CSC. RNDR. FRANTIŠEK JELEN, CSC. RNDR. PETR PEČINKA, CSC. RNDR. JAN PALEČEK, PH.D. MGR. LUDĚK HAVRAN, DR. MGR. VÁCLAV BRÁZDA, PH.D. RNDR. LENKA KARLOVSKÁ, CSC. MGR. JIŘÍ BŮŽEK, DR. MGR. MARIE BRÁZDOVÁ, PH.D. RNDR. ZDENĚK PECHAN, CSC. ING. ALENA KOUŘILOVÁ ING. HANA PIVOŇKOVÁ IVANA SALAJKOVÁ YVONNA KOUDELKOVÁ HANA CHROUSTOVÁ IRENA POSTBIEGLOVÁ LUDMILA ŘÍMÁNKOVÁ ING. EVA JAGELSKÁ MGR. SABINA BILLOVÁ MGR. LUBOŠ HOLÝ ING. RENÉ KIZEK MGR. PAVEL KOSTEČKA MGR. MICHAL MASAŘÍK MGR. KATEŘINA KUCHAŘÍKOVÁ ŠÁRKA POSTŮVKOVÁ KATEŘINA O. KOUCKÁ TOMÁŠ MOZGA KATEŘINA NĚMCOVÁ 18

V roce 2002 se činnost Laboratoře i nadále orientovala na dvě hlavní oblasti: Oblast I. Vlastnosti nukleových kyselin a proteinů na površích a jejich aplikace v oblasti biosenzorů DNA. Oblast II. Struktura a interakce DNA a proteinů v onkologickém výzkumu, se zvláštním zřetelem na protein p53. V oblasti I se naše práce soustředila jednak na senzory pro detekci poškození DNA a jednak na rozvoj nové metody hybridizace DNA s elektrochemickou detekcí. Hybridizace a elektrochemická detekce DNA na dvou odlišných površích V posledních letech jsou ve světě intenzivně vyvíjeny nové metody zjišťování sekvencí nukleových kyselin založené na hybridizaci DNA nebo RNA. K detekci hybridizace jsou většinou využívány optické metody. Nedávno se objevily tendence doplnit metody optické detekce metodami elektrochemickými, které jsou jednodušší, levnější a méně náročné na spotřebu energie. Až dosud byly při vývoji těchto elektrochemických senzorů využívány pevné elektrody na nichž byla prováděna jak hybridizace DNA, tak i její detekce. V uplynulém období jsme navrhli nové metody, při nichž je hybridizace DNA prováděna na jednom povrchu optimálním pro hybridizaci (povrch H) a elektrochemická detekce na detekční elektrodě (DE). Vzhledem k tomu, že hybridizace vyžaduje jiné podmínky než detekce, nová metoda umožňuje optimalizaci hybridizačního a detekčního kroku a má, ve srovnání s dosud užívanými metodami, četné výhody. Patří k nim minimální nespecifická adsorpce na MK, umožňující vysokou specificitu analýzy a široký výběr DE pro zvolený elektrodový děj. Jako povrch H jsme zvolili magnetické kuličky (MK). Zjistili jsme, že touto metodou lze analyzovat relativně dlouhé DNA: a) pomocí katodické rozpouštěcí voltametrie na rtuťových a pevných amalgamových DE. Analýza je založena na stanovení purinových bází, uvolněných z DNA v kyselém prostředí; b) pomocí imunoanalýzy DNA modifikované komplexem oxidu osmičelého s 2,2'- bipyridinem (Os,bipy) na uhlíkových DE. DNA modifikovaná Os,bipy může být stanovena také přímo na rtuťových nebo uhlíkových elektrodách. Podrobnosti jsme publikovali. Vedle toho jsme se zabývali též využitím redoxních indikátorů, zvláště pak bis-interkalátorů, při hybridizaci DNA. Použití pevných amalgamových elektrod v analýze nukleových kyselin Pevné amalgamové elektrody ze stříbra nebo mědi se v experimentech s nukleovými kyselinami a jejich složkami měřenými velmi citlivou katodickou rozpouštěcí voltametrií ukázaly jako vhodné náhrady za visící rtuťovou kapkovou elektrodu. Jejich povrchy mohou být snadno obnovovány elektrochemicky. Měření je nejlépe prováděno ve slabě alkalických 19

prostředích; v případě stříbrných amalgamových elektrod mohou být do roztoku přidány měďnaté ionty. Tento výsledek byl získán ve spolupráci s ÚFCH JH AV ČR, Praha. Stanovení pikogramových množství neznačené DNA pomocí rozpouštěcí voltametrie s pevnými měděnými amalgamovými elektrodami nebo se rtuťovými elektrodami za přítomnosti mědi Vypracovali jsme vysoce citlivou metodu stanovení DNA bez elektrochemických značek, která je využitelná ve vývoji DNA senzorů. Ukázali jsme, že subnanomolární koncentrace (vztaženo na obsah monomerů) neznačené DNA mohou být stanoveny za použití pevných amalgamových elektrod (měď + rtuť) nebo s pomocí visící rtuťové kapkové elektrody v přítomnosti mědi. DNA je nejprve hydrolyzovaná v kyselém prostředí (0,5 M kyselina chloristá) a uvolněné purinové báze jsou přímo stanoveny pomocí katodické rozpouštěcí voltametrie. Tímto způsobem mohou být snadno analyzovány vzorky o malých objemech (5-3 µl), obsahující pikogramová nebo subpikogramová množství DNA, což v případě fragmentů DNA o délce 1000 párů bází, odpovídá attomolovým množstvím. Využití tohoto stanovení jsme demonstrovali při hybridizaci na povrchu H (jímž byly superparamagnetické kuličky s kovalentně navázanou oligonukleotidovou sondou) s následnou elektrochemickou detekcí s pomocí rtuťových elektrod za přítomnosti mědi. Detekce DNA a PNA na rtuťových a uhlíkových elektrodách prostřednictvím methylenové modři jako elektrochemické značky Byly získány elektrochemické parametry vazby metylénové modři (MB) na DNA s využitím rtuťové (HMDE) a uhlíkových (GCE a CPE) elektrod v roztoku a na povrchu elektrod. MB, která interaguje s imobilizovanou DNA, byla detekována s použitím HMDE nebo CPE v kombinaci s různými elektrochemickými metodami, např. rozpouštěcí přenosovou voltametrií, diferenční pulzní voltametrií a a.c. voltametrií. Struktury a hybridizace DNA mezi syntetickou peptidovou nukleovou kyselinou (PNA) a oligodeoxynukleotidy byly stanoveny ze změn voltametrických píků MB. Sondy PNA a DNA interagovaly s nadbytkem nebo stejným množstvím nekomplementární DNA a se směsí obsahující cílovou DNA a DNA, která obsahovala jednu nekomplementární bázi. Rozdělovací koeficient byl získán ze signálu MB se sondou, hybridem a ssdna na GCE. Byl prozkoumán vliv koncentrace sondy, cílové DNA a nekomplementární ssdna na signál MB. Výsledky ukazují, že MB by mohla sloužit jako efektivní elektroaktivní hybridizační indikátor pro DNA biosenzory. 20

Impedanční analýza DNA a interakcí DNA-léčivo na rtuťové tenkovrstvé elektrodě Ve spolupráci s Laboratoří biomakromolekulární fyziky (LBP) byl analyzován echinomycin a jeho interakce s ssdna a dsdna na HMDE a rtuťové filmové elektrodě pomocí elektrochemické impedanční spektroskopie, měření kapacity a chronopotenciometrie s konstantním proudem. Detaily shrnuje LBP. Elektrochemické senzory pro interakce a poškození DNA Hlavní úlohou DNA v buňkách je uchovávat a správně předávat genetickou informaci. Poškození DNA, k němuž dochází v důsledku interakce s řadou chemických nebo fyzikálních činidel přítomných v životním prostředí, často vede ke vzniku mutací, které mohou být následně příčinou nádorového bujení. Proto je důležité mít k dispozici analytické metody, umožňující rychlou a citlivou detekci jak samotného poškození DNA, tak látek, které toto poškození způsobují. Elektrochemická analýza nabízí řadu přístupů ke zjišťování poškození DNA i k detekci genotoxických látek v životním prostředí, v potravinách, v klinických vzorcích, apod. Tyto metody zahrnují (a) měření faradaických nebo tensametrických signálů DNA na rtuťových nebo pevných elektrodách, a (b) využití signálů elektroaktivních látek, které s DNA interagují kovalentně nebo nekovalentně. Jednoduchý elektrochemický senzor pro poškození DNA sestává z elektrody (převodníku signálu) a DNA zakotvené na jejím povrchu (citlivá, rozpoznávací vrstva). Interakce imobilizované DNA s poškozujícím činidlem je převáděna - prostřednictvím změny elektrochemických vlastností citlivé vrstvy DNA - na měřitelný signál. Tento přehledný článek je věnován elektrochemickým studiím poškozené DNA a interakcím DNA s malými molekulami, a současnému pokroku v oblasti elektrochemických senzorů pro látky poškozující DNA, včetně karcinogenů, mutagenů a klinicky používaných léčiv. V oblasti II se naše práce soustředila zejména na otázky interakce nádorového supresoru proteinu p53 s DNA, se zvláštním zřetelem na vliv nadšroubovicového vinutí na tyto interakce. Tento výzkum probíhal ve spolupráci s Masarykovým onkologickým ústavem v Brně a s Max-Planck Institut für biophysikalische Chemie, Göttingen. Úloha domén proteinu p53 při selektivní vazbě na nadšroubovicovou DNA Již dříve jsme ukázali, že lidská p53b(1-393) exprimovaná v bakteriálním systému se v kompetičním experimentu superhelikální (sc)/lineární DNA váže preferenčně k scdna a tento jev jsme označili jako vazbu selektivní pro scdna (SCS). S využitím deletovaných mutantů p53 a plazmidové pbluescript scdna (neobsahující sekvenci specifickou pro vazbu p53) o nativní superhelikální hustotě jsme demonstrovali, že C-koncová doména 21

p53 (aa 347-382) a oligomerizační stav p53 jsou klíčové pro SCS vazbu. Monomerní protein p53(361-393) (postrádající p53 tetramerizační doménu, aa 325-356) nevykazoval SCS vazbu, zatímco oba dimerní mutanty p53(319-393)l344a a fúzní protein GCN4-p53(347-393) SCS vazbu vykazovaly. Studium zvýšení retardace ( supershift") komplexů p53(320-393)-scdna v agarózovém gelu monoklonálními protilátkami odhalilo, že aminokyselinová oblast 375-378, obsahující epitop protilátky Bp53-10.1, hraje úlohu při vazbě proteinu p53(320-393) k scdna. Elektronová mikroskopie umožnila pozorovat nukleoproteinová vlákna p53-scdna vytvářená všemi proteiny s C-koncovou doménou, které v elektroforetických studiích vykazovaly SCS vazbu. U monomerního proteinu p53(361-393) nebyla tvorba vláken pozorována. Byl navržen model, podle kterého dvě vzájemně blízké dvoušroubovice DNA tvoří vlákna p53-scdna, a byla diskutována možná úloha tvorby těchto vláken při procesu rekombinace. GRANTOVÁ PODPORA: GA AV ČR A4004110 Vazba nádorového supresoru proteinu p53 na DNA. Vliv superhelicity DNA a posttranslační modifikace proteinu řešitel: E. Paleček, 2001-2004 GA AV ČR A4004108 Vývoj elektrochemických biosenzorů pro poškození DNA řešitel: M. Fojta, 2001-2003 GA AV ČR A1163201 Využití adsorptivní přenosové a eliminační techniky pro voltametrickou analýzu oligonukleotidů a nukleových kyselin řešitel: F. Jelen, 2002-2004 GA AV ČR B5004203 Regulace vazby transkripčních aktivátorů k cílovým sekvencím v superhelikální DNA. Vliv fosforylace nádorových supresorů na jejich vazebnou aktivitu řešitel: V. Brázda, 2002-2004 GA AV ČR K4055109 Fyzika, chemie a informatika pro biologické, ekologické a lékařské aplikace nositel: K. Ulbrich, ÚMCH AV ČR Praha, spoluřešitel v BFÚ: E. Paleček, 2001-2004 22

GA AV ČR S5004107 Aplikace biofyzikálních metod v biotechnologické a klinické praxi řešitel: V. Vetterl, spoluřešitel: E. Paleček, 2001-2005 GA AV ČR S5004009 Netradiční terapeutické přístupy v onkologii řešitel: A. Kozubík, spoluřešitel: E. Paleček, 2000-2004 GA ČR 301/02/0831 Interakce proteinu p53 a jeho homologů s DNA a jejich úloha v maligní transformaci řešitel: B. Vojtěšek, MOÚ Brno, spoluřešitel: E. Paleček, 2002-2004 GA ČR 203/02/0422 Nové směry v elektrochemii nukleových kyselin a jejich aplikace v chemii životního prostředí řešitel:f. Jelen, 2002-2004 GA ČR 204/97/K084 Elektrody modifikované nukleovými kyselinami a bílkovinami. Nové nástroje v biochemickém a biomedicínském výzkumu řešitel: E. Paleček, spoluřešitelé: O. Dračka, PřF MU Brno, L. Novotný, ÚFCH JH AV ČR Praha, B. Vojtěšek, MOÚ Brno, 1997-2002 GA ČR 204/02/0734 Interakce nádorově supresorových proteinů s DNA. Úloha konformace DNA a modifikací proteinu řešitel: M. Fojta, 2002-2004 GA ČR 301/00/D001 Vazba lidského a myšího nádorového supresoru proteinu p53 na lineární a nadšroubovicové DNA řešitel: V. Brázda, 2000-2003 GA ČR 301/99/D078 Úloha domén a oligomerizačního stavu proteinu p53 při jeho molekulárních interakcích řešitel: J. Paleček, 1999-2002 GA ČR 204/00/D049 Vliv chemické modifikace na elektrochemické chování DNA a syntetických oligonukleotidů řešitel: L. Havran, 2000-2003 23