Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 1

Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 1

Fakultní nemocnice Plzeň Edvarda Beneše 13, CZ-305 99 Plzeň-Bory prof. Ing. Jiří Křen, CSc. děkan Fakulta aplikovaných věd Západočeská univerzita v Plzni Univerzitní 8 306 14 Plzeň Letter of Intent Vážený pane děkane, tímto potvrzujeme, že máme zájem o výsledky výzkumu a vývoje, které budou dosaženy v rámci řešení projektu NTIS. Zejména se jedná o výsledky v oblastech modelování biologických procesů a struktur s cílem analýzy a predikce chování a změny jejich vlastností, měření, zpracování a vyhodnocení rozsáhlých heterogenních datových souborů a vývoje nástrojů pro realizaci takových systémů. Fakultní nemocnice spolupracuje s Fakultou aplikovaných věd Západočeské univerzity v Plzni dlouhodobě v oblastech neurologie, foniatrie, audiologie a otoneurologie, chirurgie, gynekologie, ortopedie, radiodiagnostiky a interního lékařství, viz příloha Letter of Intent. Objem dosavadní spolupráce s FAV ZČU v Plzni lze kvantifikovat dvojím způsobem. Jedním ze způsobů hodnocení je objem společně publikovaných výsledků výzkumu a vývoje v Rejstříku informací o výsledcích VaV (RIV). Na druhé straně se jedná o objem finančních prostředků čerpaných formou společných grantů. V současné době u probíhajících grantů a grantů ve fázi podání činí objem finančních prostředků 5 mil. Kč s předpokládanou dobou čerpání 5 let v letech 2010 až 2014, tj. cca 1 mil. ročně. Rozvoj další dlouhodobé spolupráce s FAV ZČU v Plzni ve výše uvedených aktivitách je pro nás klíčový. Proto do rozvoje těchto společných aktivit a projektů hodláme v rámci celkových nákladů FN Plzeň na výzkum ročně investovat částku do 1 mil. Kč. S pozdravem Ing. Jaroslava Kunová ředitelka FN Plzeň V Plzni 5. 10. 2009 Fakultní nemocnice Plzeň Dr. E. Beneše 13 305 99 Plzeň Bory mail: web: fnplzen@fnplzen.cz http://www.fnplzen.cz IČO: 00669806 DIČ: CZ 00669806 Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 2

Fakulta aplikovaných věd Univerzitní 8, CZ-306 14 Plzeň Fakultní nemocnice Plzeň Edvarda Beneše 13, CZ-305 99 Plzeň-Bory Příloha spolupráce a uživatelé výsledků v rámci FN Plzeň Fakultní nemocnice Plzeň Fakultní nemocnice Plzeň je samostatnou příspěvkovou organizací v přímé řídicí působnosti MZ ČR. Je vybraným zdravotnickým a vzdělávacím zařízením určeným MZ ČR. Zajišťuje pro oblast Plzeňského kraje základní, specializovanou a superspecializovanou medicínskou péči, v některých oborech má význam celorepublikový. Má řadu akreditovaných odborných center a je úzce provázána s Lékařskou fakultou Univerzity Karlovy v Plzni. Z toho vyplývá široký vlastní VaV potenciál v jednotlivých medicínských oborech, který je podpořen vazbami s pracovišti Západočeské univerzity v Plzni. Provádí základní a klinický výzkum, zavádění a ověřování nových metod, podílí se na klinickém hodnocení léčiv a ověřování prostředků zdravotnické techniky s cílem prokázat jejich účinnost, bezpečnost a jakost. Fakultní nemocnice Plzeň registruje každoročně více než 55 tisíc hospitalizací, odbornými ambulancemi projde ročně na 800 tisíc pacientů. Celková hodnota aktiv se pohybuje kolem 5.000 mil. Kč, výnosy z poskytovaných služeb tvoří objem 3.700 mil. Kč. Náklady na výzkum se ročně pohybují kolem částky 10. mil. Kč. Kromě toho je FN spoluředitelem výzkumných projektů a grantů. Otorhinolaryngologická klinika Dlouhodobé řešení speciálních úloh v oboru klinické foniatrie, audiologie a otoneurologie. Tyto dosavadní aktivity lze rozdělit do několika základních směrů: - vývoj a dlouhodobé testování nových diagnostických a vyšetřovacích postupů v oboru klinické foniatrie s cílem sledovat zejména pooperační vývoj kvality hlasu; - vývoj počítačových algoritmů pro automatizované audiometrické vyšetření sluchu; - diagnostika poruch vnitřního ucha zaměřená na vyhodnocování závrativých stavů. Výsledkem spolupráce je účast na projektech, prezentace a publikování dosažených výsledků a vlastní aplikace navržené metodiky a aplikační software. Modernizace a výzkum nových, počítačově orientovaných diagnostických postupů a vyhodnocení rozsáhlých dat v oboru klinické foniatrie, audiologie a otoneurologie. Ve foniatrii předpokládáme pokračování ve vývoji a testování vyšetřovacích metod hlasových poruch, zejména výpočet SCORE pro ohodnocení kvality uzávěru glottis s primární orientací na poruchy hlasu vyvolané parézou zvratného nervu. V oboru klinické audiometrie budou dále vyvíjeny řídicí algoritmy pro vyšetření sluchu s cílem zpřesnění a objektivizace výsledků, orientované na sledování vývoje doby latence. Závěrečnou oblastí výzkumu v oblasti neuroinformatiky bude klinická otoneurologie, která se zabývá návrhem a implementací nových metod diagnostiky poruch vnitřního ucha. Motivací je zpřesnění diagnostiky poruch hlasu, sluchu a závrativých stavů s cílem dosažení kvalitativního rozvoje péče o osoby se sníženou schopností komunikovat běžnými prostředky a zlepšení kvality života takto postižených osob. Ing. Jiří Pešta, CSc. tel.: (+420) 377 402 279, (+420) 377 402 484 e-mail: pestaj@fnplzen.cz Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 3

Neurochirurgické oddělení V současné době je na katedře informatiky a výpočetní techniky FAV ZČU Plzeň řešeno několik výzkumných projektů, týkajících se pozornosti řidičů a jejího monitorování. K monitorování pozornosti u řidičů je využívána metoda měření EEG vln a následné vyhodnocení evokovaných potenciálů (ERP). Výsledky výzkumu jsou vyhodnocovány ve spolupráci s pracovníky neurochirurgického oddělení (elektrofyziologická laboratoř, MUDr. Irena Holečková, Ph.D.), kteří se problematikou kognitivních evokovaných potenciálů zabývají a patří mezi významné odborníky v této oblasti v České republice. Společně je řešena příprava jednotlivých experimentů, na základě kterých se pak vytváří scénáře cesty a provádí se stimulace řidičů s cílem monitorování jejich pozornosti. Dále je společně řešen výzkumný úkol GAČR 406/09/0150, společně s KIV FAV a KTV FPE. Tento projekt se zabývá strukturou vývoje poruchy koordinace u dětí mladšího školního věku a její diagnostikou. Cílem tohoto projektu je mmj. určení, zda je možné tuto poruchu diagnostikovat elektrofyziologickými metodami, jako je EEG/ERP. Společné řešení problematiky monitorování poruchy vědomí u pacientů v akutním komatózním stavu. K posuzování poruchy vědomí je nezbytné vytvořit model chování a reakcí zdravých jedinců na vhodný způsob stimulace, který bude následně využit i u pacientů v komatu. Vzhledem k vybavení našeho pracoviště a programovým prostředkům pro vytváření scénářů vhodných pro stimulaci osob, bude další spolupráce zaměřena především na vytvoření tohoto modelu chování u zdravých jedinců. V rámci další spolupráce budou měřeny, zpracovány a vyhodnoceny EEG/ERP záznamy určitého počtu zdravých jedinců a výsledky budou porovnávány se záznamy naměřenými u pacientů v komatu. Výsledky této spolupráce budou dále rozšířeny do oblasti, kterou je vytvoření rozhraní mozek-počítač (BCI Brain Computer Interface), vhodné pro komunikaci s pacienty v komatu. V letošním roce byl podán na GAČR společný projekt KIV FAV a FN Plzeň, který se touto problematikou zabývá. MUDr. Irena Holečková, Ph.D. tel.: (+420) 377 104 414, (+420) 377 104 477 e-mail: holeckova@fnplzen.cz Neurologická klinika Významná část výzkumu se týká především problematiky zobrazení akutní ischémie mozku pomocí CT a MR modalit pomocí matematického zpracování zdrojových dat. Tento problém je již úspěšně řešen katedrou mechaniky FAV (řešitel: Doc. Dr. Ing. Eduard Rohan) ve spolupráci s katedrou informatiky a výpočetní techniky (Doc. Dr. Ing. Jana Klečková) a dalšími pracovišti LF UK Plzeň v rámci projektu: Mikrostrukturálně orientované hierarchické modelování prokrvení mozku pro vyhodnocení CT perfúzního vyšetření (GAČR č. 106/09/0740). Projekt je zaměřen na vývoj modelů proudění v porézních médiích s hierarchickým uspořádáním kanálů, které odráží strukturu perfúzního systému mozku. Cílem je vytvořit software pro simulaci prokrvení tkáně mozku a vyvinout metodiku zpracování vysledků CT perfúzního vyšetření. Nově je podán a řešen projekt: Multimediální experimentální systém pro řešení případových studií v oblasti neurologie se zaměřením na cévní onemocnění mozku (GAČR č. 202/10/1202), řešitel: Doc. Dr. Ing. Jana Klečková (KIV ZČU Plzeň), spoluředitel: MUDr. Jiří Polívka, CSc. (NK FN Plzeň), spolupráce s Doc. MUDr. Jiřím Ferdou, PhD. (RDK FN Plzeň). Projekt se zabývá návrhem a využitím moderních databázových informačních technologií s neuroinformatickým zaměřením ve výzkumné, výukové a klinické aplikaci. Budou použity inovativní metody uchovávání a zpracování širokého spektra heterogenních datových objektů, reprezentujících komplexní lékařské informace různých neurologických diagnóz. Technologie webově založených multimediálních databázových systémů bude propojena s inteligentním znalostním systémem. Součástí bude také komunikační rozhraní na bázi HCI. Cílem projektu je vytvořit mnohostranně využitelnou, webově přístupnou experimentální databázi lékařských informací v oblasti neurologie. Databáze bude sloužit jako rozsáhlá informační základna pro statistické a znalostní zpracování velkého množství heterogenních dat v lékařském výzkumu. Nově se objevují témata spojená se změnou léčebných postupů (invazivní metody versus neinvazivní metody neurologie, neurochirurgie), možnost predikce vývoje onemocnění na základě širokého spektra nově získatelných poznatků. Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 4

Bude studován vývoj ischemického ložiska a cévního tepenného řečiště v čase v závislosti na rekanalizační léčbě a bude zkoumán efekt léčby pacientů s roztroušenou sklerózou mozkomíšní na progresi onemocnění v grafickém obraze a význam jednotlivých biologických markerů onemocnění. Všechny výsledky budou zhodnoceny i publikačními výstupy a přispějí ke zvýšení odborné kvalifikace zúčastněných pracovníků. MUDr. Jiří Polívka, CSc., MUDr. Vladimír Rohan tel.: (+420) 377 103 401 e-mail: polivka@fnplzen.cz, rohan@fnplzen.cz Radiodiagnostická klinika Spolupráce s radiodiagnostickou klinikou spočívá především ve zpracování výstupů vyšetření (CT, MRI, atd.) Novým motivem spolupráce je vytvoření komunikačního rozhraní na bázi přirozeného hlasu (poskytne možnost popisu vyšetření hlasovým vstupem očekáváno zrychlení popisu a možnost zpracování většího množství vyšetření). Doc. MUDr. Jiří Ferda, PhD. tel.: (+420) 377 103 436 e-mail: ferda@fnplzen.cz Odbor správy informačního systému Katedra informatiky a výpočetní techniky dlouhodobě spolupracuje s informačním odborem FN a firmou MEDICALC Software, s.r.o v oblasti vývoje nemocničního informačního systému. Formou diplomových a bakalářských prací jsou řešeny některé speciální i obecné problémy týkající se především specifických požadavků jednotlivých částí systému. Témata jsou iniciována především neurologickou klinikou (připojení speciálních vyšetřovacích přístrojů do informačního systému, přenos souborů ve formátu DICOM do vzdáleného systému a anonymizace údajů) a firmou MEDICALC Software, s.r.o. (zpracování požadavků uživatelů HelpDesk, zpracování části overlay souboru DICOM, síťové problémy propojení a přenosu DICOM souborů). MUDr. Tomáš Holeček tel.: (+420) 377 101 111 e-mail: holecek@fnplzen.cz Chirurgická klinika Základem spolupráce je modelování perfúze v jaterní tkáni po operačních zákrocích. Jde o vytvoření modelu segmentace jater (jakožto materiálu s vnitřní strukturou pórů) na bázi výpočtového modelu proudění a filtrace krve na několika škálách. Prof. MUDr. Vladislav Třeška, DrSc. tel.: (+420) 377 104 534 e-mail: treska@fnplzen.cz Gynekologicko-porodnická klinika Výzkum chování živých tkání při speciálních situacích s výraznými deformacemi. Výstupem výzkumu je modelování vlastností perinea v průběhu vaginálního porodu, systematický průzkum porušování některých měkkých tkání. Doc. MUDr. Zdeněk Rokyta, CSc. tel.: (+420) 377 105 430 e-mail: rokytaz@fnplzen.cz Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 5

Klinika ortopedie a traumatologie pohybového ústrojí Výzkum v oblasti totální aloplastiky kolena, v němž jsou respektovány kontakty mezi patelou, femorální komponentou a polyetylenovou vložkou s uvažováním synoviální kapaliny. Výstupem je vytvoření rovinného a prostorového počítačového modelu. Prof. MUDr. Karel Koudela, CSc. tel.: (+420) 377 103 942 e-mail: koudela@fnplzen.cz Letter of Intent - Fakultní nemocnice Plzeň 6