Martin Walach wal073 ELP 2008

Martin Walach wal073 ELP 2008

Obsah Sazba chemie Dostupné balíčky pro chemii Balíček XyMTeX Historie a vývoj Instalace Práce s balíčkem a ukázky Závěr Zdroje

Sazba chemie Požadavky Potřeba sazby literatury s chemickou tématikou Zjednodušení tvorby obrázků Spolupráce s nějakým známým nástrojem Chemie vs. Latex Vznik balíčku, které umožňují jednoduchý textový vstup graficky vyjádřit Dostupné balíčky: XyMTeX, PPCHTeX

Dostupné balíčky pro chemii XyMTeX Systém pro kreslení chemických struktůr Velké množství funkcí a možností pro sazbu chemie PPTECH Chemický balíček bývající součástí ConTeXt První verze napsána roku 1995 Umožňuje sázet chemii podobně jako XyMTeX

XyMTeX autor: Shinsaku Fujita Původně v japonštině ale nyní již vše přeloženo do angličtiny Systém pro kreslení chemických struktur Poslední verze 4.03 (2006/09/05 bug-fixed) Jednotlivé příkazy se zapisují pomocí textových hesel s různými parametry

XymTeX Historie a vývoj Table 1.1: Versions of XΥMTEX 1.00 (1993) aliphat.sty, carom.sty, lowcycle.sty, hetarom.sty, hetaromh.sty, hcycle.sty, chemstr.sty, locant.sty, xymtex.sty 1.01 (1996) ccycle.sty, polymers.sty, chemist.sty 1.02 (1998) Nested substitution by yl -function. 2.00 (1998) Enhanced version based on the XΥM Notation. fusering.sty,methylen.sty 2.01 (2001) Size reduction, sizeredc.sty (version 1.00) 3.00 (2002) Size reduction (sizeredc.sty, version 1.01), and reconstruction of the command system. 4.00 (2002) PostScript printing (xymtx-ps.sty, version 1.00 and chmst-ps.sty, version 1.00) 4.01 (2004) PostScript printing and length-variable central atoms 4.02 (2004) PostScript printing and wedges bonds for stereochemistry 4.03 (2005) PostScript printing and wavy bonds for stereochemistry

XyMTeX - instalace V případě některých distribucí LateXu už může být tento balíček obsažen popř jej lze jednoduše doinstalovat Např: MiKTeX Pokud balíček XyMTeX není součástí, je možno si jej z webu autora stáhnout a přidat manuálně

XyMTeX práce s balíčkem Jednotlivé příkazy se zapisují pomocí předepsané formy a pravidel \Sforma[BONDLIST]{SUBSLIST} pro kreslení carbocycles \Sformc[BONDLIST]{ATOMLIST}{SUBSLIST} pro kreslení heterocycles SUBSLIST argument {1==Cl;3D==O;...} n or ns nd na nb nsa nsb nsa nsb exocyclic single bond at n-atom exocyclic double bond at n-atom alpha single bond at n-atom beta single bond at n-atom alpha (not specified) single bond at n-atom beta (not specified) single bond at n-atom alpha single bond at n-atom (dotted line) beta single bond at n-atom (boldface)

Subslist \documentclass{article} \usepackage{xymtex} \begin{document} \cyclohexanev{ 1==1; 2D==2D; 3A==3A; 4B==4B; 5Sa==5Sa; 5Sb==5Sb; 6SA==6SA; 6SB==6SB } \end{document} viz. ukázka 1

Argument OPT \bzdrv[opt]{subslist} (\bzdrv = derivace benzenu)

Ukázka argumentu OPT nastavením požadovaného parametru OPT se zvolí jedna z možností

Ukázka \bzdrv{1==cl;2==f} \bzdrv[c]{1==cl;4==f;2==ch$_{3}$}\qquad \bzdrv[pa]{1d==o;4d==o;6==h$_{3}$c} \bzdrh[oa]{1d==o;2d==n--so$_{2}$ch$_{3}$;4==och$_{3}$;5==h$_{3}$c} viz. Ukázka 2

Alifatické sloučeniny \tetrahedral[auxlist]{subslist} Subslist: viz. ukázka3

Další možnosti \square[auxlist]{subslist} \rtrigonal[auxlist]{subslist} \ltrigonal[auxlist]{subslist} Posun 2 0 3 je o 90 Posun 2 0 3 je o 90 a 120 : \utrigonal[auxlist]{subslist} \Utrigonal[AUXLIST]{SUBSLIST} \dtrigonal[auxlist]{subslist} \Dtrigonal[AUXLIST]{SUBSLIST} viz. Ukázka 4

Derivace Ethylenu \ethylene[bondlist]{atomlist}{subslist} BondList: viz. ukázka5

Další možnosti zobrazení \ethylenev[bondlist]{atomlist}{subslist} Posun o 90 Př: \ethylenev{1==c;2==c}{1==f;2==cl;3==h;4==br} \Ethylenev[BONDLIST]{ATOMLIST}{SUBSLIST} Posun o 120 Vertikalni obdoba \ethylene Př: \Ethylenev{1==C;2==C}{1==F;2==Cl;3==H;4==Br} viz. Ukázka 6

Kombinování více struktur do jednoho obrázku Obrázek: \begin{picture}(lx, Ly)(Sx, Sy),... \end{picture} ukázka: \begin{picture}(1200,600)(0,0) \put(0,0){\bzdrh{4==}} \put(546,0){\bzdrh{}} \end{picture} viz. Ukázka 7

Chemické rovnice \begin{equation} 2H_{2} + O_{2} \rightarrow 2H_{2}O \end{equation} \begin{equation} \mathrm{2kmn^{vii}o_{4} + 16HCl = 2Mn^{II}Cl_{2} + 5Cl_{2} + 2KCl + 8H_{2}O} \end{equation} Další příklady viz. Ukázka 8

Další možnosti Mnoho dalších příkazů pro další obrazce a jejich kombinace a spojovaní Ohraničení Popis pro obrazce a rovnice Tabulky k obrazcům Několik druhů rámečků s různými popisky A řada dalších usnadnění a pomůcek pro sazbu chemie

Závěr Balíček XyMTeX umožňuje řadu možností a obsahuje velké množství funkcí Velice usnadní a urychlí sazbu chemických struktur, rovnic a dalších doplňků Postupně v dalších verzích se vylepšovaly a přidávaly některé detaily Balíček XyMTEX je silný nástroj a jistě si najde své využití a řadu příznivců (chemiků )

Zdroje XyMTeX http://homepage3.nifty.com/xymtex/fujitas3/xymtex/indexe.html (anglicke stranky autora,stažení balíčku, manuály, verze, ) http://homepage3.nifty.com/xymtex/fujitas3/xymtex/xym101/xymdvi/xymtex (podrobny popis v1.01, dalši obsahuji spíše změny a rozšíření) PPCHTeX a ConTeXt http://www.pragma-ade.nl/index.htm http://www.pragma-ade.com/general/manuals/eppchtex.pdf http://www.pragma-ade.com/general/manuals/mp-ch-en.pdf A řada dalších..

Děkuji za pozornost