Odkazy na relevantní vnitřní předpisy: UPShare: portal.upol.cz

Transkript

1 A-I Základní informace o žádosti o akreditaci Název vysoké školy: Univerzita Palackého v Olomouci Název součásti vysoké školy: Přírodovědecká fakulta Název spolupracující instituce: Název studijního programu: Biochemistry Typ žádosti o akreditaci: udělení oprávnění uskutečňovat studijní program Schvalující orgán: Rada pro vnitřní hodnocení UP Datum schválení žádosti: Vědecká rada PřF UP schválení návrhu žádosti o udělení oprávnění uskutečňovat studijní program:.. Rada pro vnitřní hodnocení Univerzity Palackého v Olomouci schválení žádosti o udělení oprávnění uskutečňovat studijní program:.. Odkaz na elektronickou podobu žádosti: UPShare: portal.upol.cz Odkazy na relevantní vnitřní předpisy: UPShare: portal.upol.cz ISCED F: 0512

2 B-I Charakteristika studijního programu Název studijního programu Biochemistry Typ studijního programu doktorský Profil studijního programu akademicky zaměřený Forma studia prezenční kombinovaná Standardní doba studia 4 roky Jazyk studia angličtina Udělovaný akademický titul Ph.D. Rigorózní řízení - Udělovaný akademický titul Garant studijního programu prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Zaměření na přípravu k výkonu ne regulovaného povolání Zaměření na přípravu odborníků ne z oblasti bezpečnosti České republiky Uznávací orgán Oblast(i) vzdělávání a u kombinovaného studijního programu podíl jednotlivých oblastí vzdělávání v % Chemie Cíle studia ve studijním programu Cílem doktorského studijního programu Biochemistry je příprava vysoce kvalifikovaných vědeckých pracovníků v oboru biochemie, kteří jsou schopni v praxi uplatnit nejnovější vědecké poznatky a metodické přístupy z oboru biochemie, biotechnologie a genového inženýrství, bioinformatiky, molekulární genetiky a biologie a příbuzných chemických a biologických oborů. Cílem je tedy vychovat kvalifikované odborníky v dané oblasti, schopné samostatně připravovat vědecké grantové projekty, plánovat výzkumnou činnost, orientovat se v moderních informačních technologiích, získávat a zpracovávat nejnovější vědecké informace z mezinárodních elektronických databází, ovládat sběr a zpracování dat v on-line zapojení přístrojů k testování validity modelů a k přípravě vlastních graficky a věcně hodnotných prezentací, vyhledávat a navazovat mezioborové spolupráce u nás i v zahraničí, komunikovat, sepisovat a prezentovat výsledky v anglickém jazyce. Studijní program umožňuje studentům získat a zdokonalit své pedagogické dovednosti zapojením do výuky bakalářských a magisterských studijních programů Biochemie, Biotechnologie a genové inženýrství, Bioinformatiky, případně příbuzných vědních oborů a manažerských schopností aktivním vedením bakalářských a diplomových prací studentů oboru biochemie. Studenti se během studia zdokonalí v anglickém jazyce tak, aby mohli běžně komunikovat, sepisovat publikace a přednášet na mezinárodních konferencích. Hlavním těžištěm studia je experimentální práce pod vedením zkušených a kvalifikovaných vysokoškolských učitelů. Studium je založeno na individuálních studijních plánech připravených samostatně pro každého studenta. Studenti jsou zapojeni do výzkumných projektů, které řeší pracovníci podílející se na jejich vzdělávání, často řešených s mezinárodní spoluúčastí a to např. v oblasti biotechnologie, studia signálních drah a obranných mechanismů, studia vlivu struktury sloučenin na jejich biologickou aktivitu, studia aktivních míst enzymů metodami enzymové kinetiky a s využitím moderních biochemických, bioanalytických, proteomických a molekulárně biologických metodických přístupů. Profil absolventa studijního programu Absolvent doktorského studijního oboru Biochemistry, vzhledem k získání rozsáhlých teoretických a zejména praktických experimentálních znalostí a dovedností v průběhu studia, je schopen v praxi uplatnit nejnovější vědecké poznatky z oboru biochemie, biotechnologie a genového inženýrství, bioinformatiky, molekulární genetiky a biologie a příbuzných chemických a biologických oborů. Absolvent na základě svých praktických zkušeností dokáže samostatně plánovat výzkumnou činnost v soutěživém prostředí grantových systémů, s kritickým hodnocením získaných výsledků včetně statistické analýzy. Absolvent ovládá širokou škálu moderních biochemických, molekulárně biologických, mikroskopických, analytických metod a biotechnologických postupů včetně bioinformatického přístupu, umožňujících realizovat experimenty na molekulární a buněčné úrovni, včetně technik instrumentální analýzy biologických vzorků. Absolvent v důsledku intenzivního rozvoje poznatků v oblasti bioinformatiky je schopen uplatnit se a orientovat se v moderních informačních technologiích, je schopen získávat a zpracovat nejnovější vědecké informace ze světových elektronických databází. Ovládá sběr a

3 zpracování dat v on-line zapojení přístrojů k testování validity modelů a k přípravě vlastních graficky a věcně hodnotných prezentací. Absolvent dokáže formulovat nové vědecké hypotézy a je schopen připravit návrhy na jejich studium formou grantových projektů. Vzhledem k absolvování několikaměsíční zahraniční stáže je absolvent schopen vyhledávat a navazovat mezioborové spolupráce u nás i v zahraničí. Znalosti anglického jazyka má na takové úrovni, že dokáže běžně komunikovat, sepisovat a prezentovat výsledky. Studium je vedeno tak, aby absolvent byl maximálně adaptabilní a dokázal se orientovat i v nových trendech oboru, které přináší nové intenzivně rozvíjející se technologie. Absolvent má rovněž zkušenosti s pedagogickou činností v rámci zapojení do výuky bakalářského a magisterského studia oborů v programu Biochemie. Manažerské schopnosti si absolvent rozšířil a upevnil v rámci vedení bakalářských a diplomových prací. Absolvent je připraven na profesionální působení v oboru své specializace, kde se vyžadují hluboké znalosti v oblasti biochemie, biotechnologie, bioinformatiky a dalších příbuzných oborů. Široké teoretické, experimentální a manažerské zkušenosti předurčují absolventy tohoto oboru k tvůrčí vědecko-výzkumné práci, která je stále více žádána na nejrůznějších pracovištích výzkumných ústavů, vysokých škol, nemocnic a státních i soukromých výzkumných laboratoří v ČR a v zahraničí, které se zabývají problematikou biochemie, biotechnologie, bioinformatiky a molekulární a buněčné biologie a genetiky s důrazem na uplatnění výstupů v praxi. Jsou seznámeni s organizací vědecké práce a mají zkušenosti s pedagogickou činností. Mají možnost další vědecké a pedagogické činnosti v ČR nebo na post-doktorských místech na špičkových zahraničích pracovištích. Pravidla a podmínky pro tvorbu studijních plánů Každý student v doktorském studijním programu studuje na základě individuálního studijního plánu, který plánem sestavuje a každoročně aktualizuje školitel spolu se studentem. Individuální studijní plán doktorského studia stanoví časovou a obsahovou posloupnost studijních aktivit (zejména výběr a termín absolvování jednotlivých povinných a povinně volitelných předmětů), formu studia těchto studijních aktivit a způsob ověřování studijních výsledků studenta doktorského studia. Individuální studijní plán rovněž specifikuje rámcově vymezené téma vědeckého bádání studenta v souladu s tématem jeho dizertační práce, a případné studium a praxe na jiných pracovištích, včetně zahraničních. Individuální studijní plán doktorského studia a jeho případné úpravy schvaluje předseda oborové komise a jeho plnění je každoročně kontrolováno a projednáváno na pravidelných zasedáních oborové komise. V individuálním studijním plánu může být ustanoven konzultant disertační práce, který se spolu se školitelem bude podílet na vědecké výchově studenta a který bude studentovi předávat specifické odborné znalosti a dovednosti klíčové pro úspěšnou realizaci jeho plánovaných výzkumných aktivit. Doktorské studium probíhá v kreditovém systému ECTS a nastavená struktura předmětů motivuje studenty do zapojení v rámci širších vědecko-pedagogických aktivit, které přispívají k jejich vědecké výchově. Do bloku povinných aktivit patří zahraniční Research stay, zkouška English for students of PhD, prezentace výsledků na odborných seminářích a zkouška z povinného odborného předmětu Primary metabolism and regulation mechanism. Podle specializace připravované disertační práci si studenti volí nejméně 2 předměty z nabídky povinně volitelných oborových předmětů. Dalším blokem povinně volitelných předmětů jsou všeobecně vzdělávací předměty, jako je Fundamentals of publishing and grant activities, zapojení studentů do výuky odborných předmětů a vedení bakalářských a diplomových prací. Posledním blokem povinně volitelných předmětů jsou předměty zaměřené na publikační činnost studentů. Blok volitelných předmětů pokrývá aktivity studentů v oblasti popularizace vědy, prezentace výsledků na konferencích a další zapojení do výuky odborných předmětů. Podmínky k přijetí ke studiu Studenti jsou vybírání na základě přijímacího řízení před 3 člennou komisí jmenovanou děkanem. Potencionální školitel je obvykle členem komise. Nutnou podmínkou je absolvování navazujícího studia přírodovědného směru v oboru blízkém biochemii nebo molekulární biologii. Přijímací řízení probíhá formou motivačního pohovoru, kdy komise zjišťuje studentův zájem o obor a úroveň předcházejících odborných znalostí. O přijetí rozhoduje děkan na základě doporučení komise. Návaznost na další typy studijních programů

4 Studium přímo navazuje na navazující magisterské programy oblasti vzdělávání Chemie, zvláště pak programy Biochemie, Biotechnologie a genové inženýrství, Bioinformatika a Molekulární a buněčná biologie. V doktorském studiu v programu Biochemistry je možné pokračovat i po absolvování jiných magisterských studijních programů blízkého zaměření. To je předmětem přijímacího řízení, kdy komise zjišťuje připravenost a odborné předpoklady kandidáta pro vědeckou práci. To, že studenti nejsou vybíráni jen z řad absolventů navazujícího studia Biochemie zajišťuje významný mezioborový překryv, který je důležitý pro vědeckou výchovu rozvoj oboru. B-IIb Studijní plány a návrh témat prací (doktorské studijní programy) Studijní povinnosti Student musí absolvovat zahraniční stáž, povinný předmět English for students of PhD, povinný odborný předmět Primary metabolism and regulation mechanism a musí prezentovat své výsledky na oborových seminářích. Podle specializace připravované disertační práce si studenti volí nejméně 2 předměty z nabídky povinně volitelných oborových předmětů. Z těchto předmětů student složí dílčí zkoušky a posléze státní závěrečnou zkoušku. Dalším blokem povinně volitelných předmětů jsou předměty všeobecně vzdělávací, které pokrývají aktivity zaměřené na získávání znalostí a zkušeností tykajících se tvorby publikací, grantové činnosti a pedagogické praxe, jako je výuka odborného předmětu a vedení bakalářských a diplomových prací. Poslední blok povinně volitelných předmětů je zaměřen na publikační činnost studentů. Blok volitelných předmětů zahrnuje předměty, jež pokrývají aktivity studentů v oblasti popularizace vědy, prezentace výsledků na konferencích a další zapojení do výuky odborných předmětů. Státní doktorská zkouška Složení státní doktorské zkoušky není kreditově hodnoceno. Podmínky pro podání přihlášky a průběh státní doktorské zkoušky jsou stanoveny vnitřním předpisem č. A-10/2011-ÚZ03 Studijní a zkušební řád Univerzity Palackého v Olomouci a vnitřní normou č. PřF-B-18/04 Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci, kterým se se upravuje organizace doktorského studia v kreditovém systému v rámci Institucionální akreditace na Přírodovědecké fakultě UP. Státní doktorská zkouška se uskutečňuje jako vědecká rozprava, přičemž odborně navazuje na téma disertační práce. Obecná témata státní doktorské zkoušky vychází z vědeckých oborů jako je biochemie, molekulární biologie, biotechnologie a bioinformatika. Struktura a funkce proteinů. Enzymy - katalytické a regulační strategie. Sacharidy. Glykolýza a glukoneogeneze. Citrátový cyklus. Oxidativní fosforylace. Světelné reakce fotosyntézy. Calvinův cyklus a pentosafosfátová dráha. Metabolismus glykogenu. Lipidy a buněčné membrány. Metabolismus mastných kyselin. Biosyntéza a katabolismus aminokyselin. Regulace metabolických dějů. Experimentální metody v biochemii. Metabolické dráhy a jejich regulace v rostlinném organizmu. Molekulární mechanismy stresových reakcí. Biosyntéza a odbourávání nukleotidů. Molekulární biologie genů, DNA a molekulární struktury chromosomů. Replikace DNA a chromosomů. Mutace, opravy DNA a rekombinace. Transkripce a posttranskripční úpravy RNA. Funkce trna, mrna a ribosomů. Genetický kód a translace. Prokaryotní a eukaryotní syntéza proteinů. Inhibitory biosyntézy proteinů. Represe katabolitem, atenuace - zeslabení a riboswitches - změna struktury mrna. Regulace genové exprese u prokaryot a eukaryot. Moderní metody používané v biotechnologii. Bioinformatické přístupy vyhodnocování dat. Obhajoba disertační práce Obhajoba disertační práce není kreditově hodnocena. Podmínky pro podání přihlášky, jmenování komise pro obhajobu a vlastní průběh obhajoby disertační práce jsou stanoveny vnitřním předpisem č. A-10/2011-ÚZ03 Studijní a zkušební řád Univerzity Palackého v Olomouci a vnitřní normou č. PřF-B-18/04 Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci, kterým se se upravuje organizace doktorského studia v kreditovém systému v rámci Institucionální akreditace na Přírodovědecké fakultě UP. Požadavky na tvůrčí činnost Během doktorského studia musí být student prvním/hlavním autorem dvou publikací v impaktovaném časopise, případně kapitoly v knize vydané v mezinárodním nakladatelství. Požadavky na absolvování stáží Student musí během studia absolvovat zahraniční stáž v celkové délce trvání alespoň 3 měsíce. V případě kombinovaného studia minimální délka zahraniční stáže je 1 měsíc.

5 Další studijní povinnosti Mezi další povinnosti patří aktivní účast na vědecko-pedagogických aktivitách školicího pracoviště, zvláště pak zapojení ve vedení kvalifikačních prací studentů bakalářského a navazujícího studia, zapojení v národních i mezinárodních projektech a zapojení v popularizačních aktivitách. Návrh témat disertačních prací a témata obhájených prací Nově navrhovaná témata disertačních prací MALDI hmotnostní spektrometrie mikroorganismů Signální dráhy a obranné odpovědi složek vrozené imunity na mikrobiální patogeny Molekulární postupy pro velkoformátovou produkci rekombinantních proteinů v obilce ječmene Peptidomická a metabolomická analýza odpovědi včel na infekci bakteriálními a houbovými patogeny Regulace exprese a aktivity antimikrobiálních peptidů při patogenezi včely medonosné Vyhledávání a testování antimikrobiálních látek proti včelím patogenům se zaměřením na Paenibacillus larvae Metody kvantifikace včelích antimikrobiálních peptidů Dynamika mitogen-aktivovaných proteinkinas, membrán a cytoskeletu při polárním růstu rostlinných buněk. Biochemická a proteomická analýza signalizace pomocí mitogen-aktivovaných proteinkinas při oxidativním stresu Mechanismy subcelulární lokalizace mitogen-aktivovaných proteinkinas u Arabidopsis Role mitogen-aktivovaných proteinkinas v stanovení roviny buněčného dělení Úloha a integrace annexinu a signalizace ve vývoji a stresových reakcích rostlin Analýza posttranslačních modifikací proteinů s využitím afinitních interakcí a hmotnostní spektrometrie. Povrchové proteiny plísní jako diagnostické markery infekce. Studium enzymové struktury pomoci hmotnostní spektrometrie Pletivová specifita zakládání nodálních kořenů u ječmene - srovnání se zakládáním laterálních kořenů Diverzita kořenové struktury u ječmene ve vztahu k suchu a výnosu Cílený knock-out v ječmeni pomocí CRISPR-Cas systému za účelem zvýšení tolerance k suchu Role auxinů produkovanych houbou v procesu interakce Fusarium - hostitelská rostlina Studium intracelularní distribuce cytokininů a mechanismu jejich transportu do vakuol Post-translační modifikace proteinů reaktivnímu formami kyslíku a dusíku Funkce S-nitrosylace v obranných reakcích rostlin při abiotickém a biotickém stresu Studium enzymů katabolismu S-nitrosothiolů v rostlinných buňkách Interakce plynných signálních molekul v odpovědi rostlin na stresové podmínky Funkce S-nitrosylace v signálních drahách imunity hmyzu Obhájené práce ( ), 41 prací: Developmental expression and localization of END-BINDING 1 c and phospholipase D ALPHA 1 proteins (NOVÁK Dominik, 2018) Nové mikroskopické metody pro studium rostlinného cytoskeletu (ILLÉSOVÁ Petra, 2018) Genetic modification of Claviceps purpurea and ergot alkaloids production (HANOSOVÁ Helena, 2018) Metabolismus cytokininů zeatinového typu u jednoděložných rostlin (HLUSKA Tomáš, 2018) Syntéza a biologická aktivita nových inhibitorů kinas (MALÍNKOVÁ Veronika, 2018) Studium iterakce nukleových kyselin a proteinů pomocí afinitní chromatografie (BÉRESOVÁ Lucie, 2017) Subcelulární distribuce cytokininů v rostlinách (JISKROVÁ Eva, 2017) The role of selected mitogen-activated protein kinases in Arabidopsis (LUPTOVČIAK Ivan, 2017) Úloha S-nitrosoglutathionreduktasy a S-nitrosace ve vývoji rostlin a odpovědi na stresové podmínky (TICHÁ Tereza, 2017) Studium biologicky aktivních látek imobilizovaných na magnetických nosičích a jejich použití v biotechnologických procesech (JOŘENEK Miroslav, 2016) Charakterizace nových inhibitorů kinas v modelových systémech in vitro (ŘEZNÍČKOVÁ Eva, 2016) Charakterizace protinádorových a protizánětlivých účinků nových nízkomolekulárních inhibitorů cyklin

6 dependentních kinas (VYMĚTALOVÁ Ladislava, 2016) Analýza fytopatogenů pomocí hmotnostní spektrometrie (BEINHAUER Jana, 2015) Vývoj metody pro purifikaci a kvantifikaci silně bazického peptidu apidaecinu. Analýza hladiny včelích antimikrobiálních peptidů a jejich biologických souvislostí (DANIHLÍK Jiří, 2015) Enzymes linked to degradation pathway of cytokinins in maize (KONČITÍKOVÁ Radka, 2015) Analysis of posttranslational modifications of proteins using mass spektrometry (FRANC Vojtěch, 2014) Substrátová specifičnost a imobilizace rostlinných aminoaldehyddehydrogenas (FRÖMMEL Jan, 2014) Nadprodukce a umlčení genů pro cytokinindehydrogenasu v ječmeni (MRÍZOVÁ Katarína, 2014) Characterization of selected Arabidopsis thaliana mitogen-activated protein kinase mutants (SMÉKALOVÁ Veronika, 2014) Biologické a biochemické účinky vybraných inhibitorů proliferace (DOLEČKOVÁ Iva, 2013) Studium produkce reaktivních forem dusíku a enzymů jejich metabolismu u rostlin (KUBIENOVÁ Lucie, 2013) Construction of stably transfected human cell lines for toxicological and environmental applications (NOVOTNÁ Aneta, 2013) Imobilizace proteinů na magnetické nanočástice a jejich praktické použití. (PEČOVÁ Michaela, 2013) Studium enzymů a buněk imobilizovaných na magnetických nosičích a jejich aplikace (POSPÍŠKOVÁ Kristýna, 2013) Softwarová analýza a predikce v hmotnostní spektrometrii (RAUS Martin, 2013) Role of the post-translational modifications in the function of pregnane X receptor (VÁVROVÁ Aneta, 2013) Cell compartmentation and bichemical characterization of maize cytokinin dehydrogenase family (ZALABÁK David, 2013) Affinity chromatography in proteomics (CHAMRÁD Ivo, 2012) Synthesis and characterization of novel compounds interacting with metabolic pathways of plant hormones cytokinins. Structure-activity relationship (MIK Václav, 2012) Cytokinin metabolism and its regulation (PODLEŠÁKOVÁ Kateřina, 2012) Purinové a pyrazolopyrimidinové inhibitory cyklin-dependentních kinas (JORDA Radek, 2011) Cytokinin dehydrogenase: heterologous expression, isozyme characteristics and analytical application (KOWALSKA Marta, 2010) Studium reaktivních forem dusíku a kyslíku u rostlin vystavených působení stresových faktorů (PITERKOVÁ Jana, 2010) Study on Certain Enzymes of the Degradation Metabolism of Polyamines (STRÁNSKÁ Jana, 2010) Cytokinins as mediators of plant physiological responses (ŠMEHILOVÁ Mária, 2010) Transgenic barley with altered cytokinin content (VYROUBALOVÁ Šárka, 2010) The biological role of common fragile sites (MISTRÍK Martin, 2009) Candidate biomarkers of cancer cells to predict the response to PARP1 inhibitor treatment (OPLUŠTILOVÁ Lenka, 2009) Study of plant aminoaldehyde dehydrogenase allergenic properties of wheat prolamins (TYLICHOVÁ Martina, 2009) Characterization of purine derivatives degrading enzymes in cells (POSPÍŠILOVÁ Hana, 2008) Studium hrachové aminoaldehyddehydrogenasy, enzymu podílejícího se na metabolismu aminů (BRAUNER František, 2006)

7 Návrh studijního plánu v kreditovém systému Vysoká škola Součást vysoké školy Název studijního programu Univerzita Palackého v Olomouci Přírodovědecká fakulta Biochemistry Kreditní limit: 240 Kód Název předmětu kred. Rozsah zakonč. Semestr Povinné předměty Počet kreditů: 150 KBC/PGD1 Dissertation thesis Zp 1L KBC/PGD2 Dissertation thesis Zp 2L KBC/PGD3 Dissertation thesis Zp 3L KBC/PGOS1 Special seminar Zp Z/L KBC/PGOS2 Special seminar Zp Z/L KBC/PGST Research stay 30 12T Zp Z/L KBC/PGPM Primary metabolism and regulation mechanism 5 20S+0+0 Zk Z/L VCJ/PGSAJ English for PhD students S+0 Zk Z/L Povinně volitelné předměty 1 - oborové Volba min: 10 kred. KBC/PGBF Plant biochemistry and physiology 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGEB Experimental biochemistry 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGGM Genetically modified organism 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGGI Gene Engineering 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGMG Molecular genetics 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGMM Molecular mechanisms of plant stress responses 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGPT Proteomics 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGRS Redox signalling 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGSG Genome structure 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGSB Structural bioinformatics 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGPB Practical Bioinformatics 5 20S+0+0 Zk Z/L KBC/PGXB Xenobiochemistry 5 20S+0+0 Zk Z/L Povinně volitelné předměty 2 - všeobecně vzdělávací Volba min: 10 kred. KBB/PGZPG Fundamentals of publishing and grant activities 5 10S+0+0 Zk Z/L KBC/PGPC1 Teaching activity Zp Z/L KBC/PGBDP Management of bachelor and master theses 5 - Zp Z/L *Povinně volitelné předměty 3 publikační činnost Volba min: 50 kred. KBC/PGIF1 Principal authorship of a publication with IF Zp Z/L KBC/PGIF2 Principal authorship of a publication with IF Zp Z/L KBC/PGIF3 Principal authorship of a publication with IF Zp Z/L KBC/PGIS1 Co-authorship of a publication with IF Zp Z/L KBC/PGIS2 Co-authorship of a publication with IF Zp Z/L Volitelné předměty KBC/PGPPA Popularizing activity at UP 5-5 Z/L KBC/PGST1 Stay at a prospective employer T+0 5 Z/L KBC/PGST2 Stay at a prospective employer T+0 5 Z/L KBC/PGPRO Participation in project 5-5 Z/L

8 KBC/PGPC2 Teaching activity Z/L KBC/PGPC3 Teaching activity Z/L KBC/PGPK Conference presentation 5-5 Z/L

9 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Dissertation thesis work 1 (KBC/PGD1) Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 1/L Rozsah studijního předmětu - hod. Kreditů 30 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních Zápočet předmětu navrhuje školitel na základě hodnocení studenta a zapisuje výsledků a další požadavky na předseda oborové rady. studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Školitel Stručná anotace předmětu Cílem je zahájení vlastní nezávislé výzkumné činnosti v rámci tématu disertační práce. Student zpracuje aktuální rešerši k tématu práce, vypracuje postup řešení a zahájí vlastní vědecko-výzkumnou činnost. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální vědecká literatura vztahující k tématu práce Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Předmět je veden školitelem formou individuální konzultace k disertační práci.

10 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Dissertation thesis work 2 (KBC/PGD2) Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 2/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 30 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních Zápočet předmětu navrhuje školitel na základě hodnocení studenta a zapisuje výsledků a další požadavky na předseda oborové rady. studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. školitel Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je vlastní nezávislá výzkumná činnost v rámci tématu disertační práce a příprava publikování a prezentování výsledků práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální odborná literatura související s tématem práce Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Předmět je veden školitelem formou individuální konzultace k disertační práci.

11 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Dissertation thesis work 3 (KBC/PGD3) Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 3/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 30 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních Zápočet předmětu navrhuje školitel na základě hodnocení studenta a zapisuje výsledků a další požadavky na předseda oborové rady. studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. školitel Stručná anotace předmětu Cílem je vlastní výzkumná činnost v rámci tématu práce, zpracování a kritické vyhodnocení výsledků, příprava publikace výsledků práce a příprava textu disertační práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální odborná literatura související s tématem práce. Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Předmět je veden školitelem formou individuální konzultace k disertační práci.

12 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Special seminar 1 (KBC/PGOS1) Typ předmětu Povinný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních Splnění předmětu zapisuje školitel po prezentaci studenta na odborném semináři. výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je prezentovat výsledky vlastní disertační práce na odborném semináři. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

13 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Special seminar 2 (KBC/PGOS2) Typ předmětu Povinný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních Splnění předmětu zapisuje školitel po prezentaci studenta na odborném semináři. výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je prezentovat výsledky vlastní disertační práce na odborném semináři. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

14 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Research stay (KBC/PGST) Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu 0+12T+0 hod. kreditů 30 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních Splnění předmětu zapisuje předseda oborové rady na základě potvrzení vydaného výsledků a další požadavky na pracovištěm, kde stáž probíhala. studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Student musí během studia absolvovat zahraniční stáž v celkové délce trvání alespoň 3 měsíce. V případě kombinovaného studia minimální délka zahraniční stáže je 1 měsíc. Zaměření zahraniční pracovní stáže musí odpovídat tématu a zaměření disertační práce. Po dohodě s předsedou oborové rady, je možné zahraniční stáž rozdělit na několik bloků. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

15 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Primary metabolism and regulation mechanism (KBC/PGPM) Typ předmětu Povinný předmět, PZ doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. Konzultace doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. Stručná anotace předmětu Structure and function of proteins. Enzymes. Saccharides. Lipids and cell membranes. Catalytic strategies. Regulatory strategies. Regulation of metabolic pathways: glycolysis, gluconeogenesis, citrate cycle, oxidative phosphorylation, light reactions of photosynthesis, Calvin cycle, pentose phosphate pathway, metabolism of glycogen, metabolism of fatty acids, protein turnover and catabolism of amino acids, biosynthesis of amino acids, biosynthesis and degradation of nucleotides. Replication of DNA, recombination and correction. RNA synthesis and its function. Protein synthesis. Functions of trna, mrna and ribosomes. Prokaryotic and eukaryotic synthesis of proteins. Inhibitors of protein biosynthesis. Regulation of gene expression. Integration and regulation of mammalian energetic metabolism. Studijní literatura a studijní pomůcky Voet D., Voet, Judith G., Pratt, Charlotte W. Fundamentals of Biochemistry. New York, ISBN Berg J.M., Tymoczko J. L., Stryer L.. Biochemistry.. New York, USA, ISBN Koolman J Barevný atlas biochemie 4.vydání, vydavatelství: Grada, 2012, ISBN: Svedsen, A. Understanding Enzymes,vydavatelství: Pan Stanford, 2016, ISBN: Nelson, D.L., Cox M.M. Lehninger Principles of Biochemistry, Nakladatel: Palgrave Macmillan, 2017, ISBN: Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

16 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu English for PhD students (VCJ/PGAJ) Typ předmětu Povinný předmět, PZ doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu 0+20S+0 hod. kreditů 15 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Na písemnou část zkoušky (Writing, Listening a Reading) se studenti ve STAGU výsledků a další požadavky na zapisují jako na zápočet před zkouškou. Na ústní část zkoušky (Presentation ín studenta English) se studenti zapisují jako na zkoušku. Před ústní zkouškou je student povinen zaslat mailem zkoušejícímu přehled snímků své prezentace, abstrakt v rozsahu maximálně 200 slov a přehled klíčové terminologie (30-50 výrazů) s přepisem výslovnosti podle IPA (International Phonetic Alphabet) a překladem termínů. Zkouška VCJ/PGAJ se koná šestkrát ročně v pevně daných termínech. Garant předmětu Mgr. Lucie Vaňková, Ph.D. Zapojení garanta do výuky 50 % kontaktní výuky předmětu Vyučující Mgr. Alena Fridrichová (50%), Mgr. Lucie Vaňková, Ph.D. (50%) Stručná anotace předmětu Cílem zkoušky VCJ/PGAJ Anglický jazyk pro doktorské studium je zaručit, že student doktorského studijního programu má znalosti a jazykové dovednosti minimálně na úrovni B2 podle Evropského referenčního rámce pro jazyky. Zkouška testuje poslech s porozuměním, čtení s porozuměním, písemné vyjadřování a součástí zkoušky je také prezentace v angličtině. Studenti doktorského studia mohou využít nabídky KCJ a účastnit se výuky garantované Kabinetem cizích jazyků, ale tato příprava není povinná. Je na zvážení studenta, aby zhodnotil své jazykové znalosti a dovednosti na základě výsledků rozřazovacího testu, který student absolvuje u zápisu do 1. ročníku studia, a zvolil způsob přípravy. Podrobné informace ke zkoušce včetně ukázkových testů jsou na stránkách Kabinetu cizích jazyků PřF UP Studijní literatura a studijní pomůcky - literatura dle doporučení vyučujícího Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Vyučující i garant jsou trvale přítomni na pracovišti PřF UP Olomouc (osobní konzultace) + komunikace prostřednictvím u, nebo telefonu

17 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Plant biochemistry and physiology (KBC/PGBF) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. Zapojení garanta do výuky Konzultace předmětu Vyučující doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D.. Stručná anotace předmětu Plant cell - membrane structure, cell wall, cytoskeleton. Membrane transport. Metabolism of amino acid, protein, lipids, carbohydrates. Phytosynthesis. Respiration, photorespiration. Long distance transport mechanisms, Nitrogen, sulfur metabolisms. Plant hormones. Signal mechanisms in plants. Plant defence response. Studijní literatura a studijní pomůcky Heldt H. W., Piechulla B. Plant Biochemistry. Elsevier Academic Press, San Diego, 2010, ISBN: Buchanan B. B., Gruissem W., Jones R. L. Biochemistry and Molecular Biology of Plants. Courier Companies, USA, 2015, ISBN: Dey P. M., Harbone J. B. (eds.). Plant Biochemistry, Academic Press San Diego, CA, USA, Prasad B.D., Sahni S., Kumar P., Siddiqui M.W. Plant Biotechnology vydavatelství: Taylor & Francis, 2018, ISBN: Jones R, Ougham H., Thomas H., Waaland S. The molecular life of plants. Wiley-Blackwell, 2013, ISBN: Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

18 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Experimental biochemistry (KBC/PGEB) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Konzultace prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Stručná anotace předmětu Preparation of biological samples. Methods for homogenization and extraction. Separation using semipermeable membrane. Concentration of samples. Precipitation methods. Centrifugation methods. Preparative and analytical centrifugation. Types of centrifugation rotors. Gradient centrifugation. Chromatographic methods. Physical forces and effects in chromatography. Theoretical aspects of chromatography. Classification of chromatographic carriers. Mediumpressure chromatography, perfusion chromatography. Electrophoretic methods for separation and analysis. Blotting techniques. Mass spectrometry and their application in biochemistry. Analysis of proteins, saccharides, lipids and nucleic acids. PCR methods. Chemical synthesis of peptides and oligonucleotides. Immunization and isolation of antibodies. Immunological methods. ELISA. Immunohistochemistry. Flow cytometry. Absorption and fluorescence spectroscopy. Infrared spectroscopy. Raman spectroscopy. Mössbauer spectroscopy. Chiroptic methods. Resonance spectroscopic methods. Crystallography. Calorimetry. Study of fast reactions. Electrochemical methods, polarography, voltammetry, and their application in biochemistry. Scattering (light, neutrons). Study of interaction biomacromolecule-ligand. Studijní literatura a studijní pomůcky Pingoud A., Urbanke C., Hoggett J., Jeltsch A. Biochemical Methods: A Concise Guide for Students and Researchers. Wiley-VCH, ISBN Sadasivam S., Manickam M. Biochemical Methods. New Age International Pvt Ltd Publishers, 2009, ISBN Gault V. A., McClenaghan N. H.: Understanding Bioanalytical Chemistry: Principles and Applications, Wiley- Blackwell, ISBN Johnstone R. A. W., Rose M. E.: Mass Spectrometry for Chemists and Biochemists, Cambridge University Press, ISBN Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

19 Název studijního předmětu Genetically modified organism (KBC/PGGM) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Konzultace prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Stručná anotace předmětu Biotechnology progress towards genetically modified organisms (GMO). Biological safety and ethics. Genetically modified microorganisms and their applications. Genetically modified plants. Genetically modified animals. Techniques of genetic transformation of different classes of organisms. Transformation vectors and their construction. Promoters used for functional expression of inserted genes. Selection markers and principles of selection of transformed organisms. Detection of genetically modified organisms in marketed food and food stuff. Expected future directions of development of GMO technologies. Studijní literatura a studijní pomůcky Moo-Young M: Comprehensive Biotechnology, 2nd edition, Vol. 1-6, Pergamon, 2011 Poltronieri P, Hong Y: Applied plant genomics and biotechnology, Elsevier, 2015 Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

20 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Gene Engineering (KBC/PGGI) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Konzultace prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc. (50%), Ph.D., Veronique Bergougnoux, Ph.D. (50%) Stručná anotace předmětu The subject covers the following topics: tools of molecular cloning restriction endonucleases, DNA polymerases, ligases, reverse transcriptases, genome editing nucleases, plasmids and cloning vectors; PCR techniques principle and optimization, different types and utilization; cloning strategies: optimization of cloning gene expression, selection markers; transgene transfer into eukaryotic cells; gene silencing and gene knock-out. Preparation and practical utilization of transgenic plants and animals; therapeutic cloning and gene therapy. Syllabus: Enzymes used in molecular biology: DNA and RNA polymerases, ligases, nucleases, phosphatases. Hybridization techniques and ways how to prepare hybridization probes. Cloning strategies and cloning vectors: plasmids, bacteriophage, BAC, selection markers, TA-cloning, TA TOPO cloning, Golden Gate cloning, recombination cloning GATEWAY, yeast recombinant cloning. Heterologous expression in microorganisms. Regulation of expression under the control of T7 promoter. Yeast expression systems Saccharomyces, Pichia. Polymerase chain reaction principle, types of PCR reactions RACE PCR, RLM RACE PCR, inverse PCR, in situ PCR, multiplex PCR, TAIL PCR. Quantitative real-time PCR principle and evaluation. Mutagenesis type of mutations and mutagens, genetic mapping, site-directed mutagenesis. Genome editing insertional libraries, mouse knock-out model. Tools for genome editing zinc-finger nucleases, TALEN, CRISPR/Cas9. Sequencing, Sanger method, massive parallel sequencing methods of second and third generation, pyrosequencing, reversible cyclic termination, SMRT (single molecule real-time) sequencing. Sequencing principles of following companies: Illumina, Roche, PacBio, SOLiD, Ion Torrent, Oxford Nanopores. Transgenic plants, principle of plant cell transformation, types of selection. Usage guidelines Bt plants, round up ready cultivars, etc. Plants as a source of therapeutic protein and compound production edible vaccines, plantibodies. Transfection of animal cells methods. Manipulation with stem cells. Transgenic animals utilization and preparation. Xenotransplantation. Cell cloning therapeutic cloning. Gene therapies, viral vectors for human cell transformation. Alternative ways for recombinant DNA delivery to somatic cells. Gene therapy for monogenic diseases and polygenic diseases. Examples of successful gene therapies. Studijní literatura a studijní pomůcky R. Glick a J.J. Pasternak, Molecular Biotechnology, 4th edition, ASM Press Ltd, Washington, USA (2010). B. Alberts, Molecular Biology of Cell, 6th edition, Garland Publishing (2015). T.A. Brown TA, Klonování genů a analýza DNA, Olomouc UP (2007). D.P. Snustad a Simmons M.J., Genetika, Masarykova univerzita (2017). M.R. Green a J. Sambrook, Molecular Cloning. A laboratory manual. 4th edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, (2012). internet, odborné články. Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

21 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Molecular genetics (KBC/PGMG) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Konzultace prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Stručná anotace předmětu Genetics. Reproduction as the principle of inheritance. Classical genetic analysis. Mendel genetics. Quantity and structures of chromosomes. Chromosome mapping. Molecular biology of genes, DNA and molecular structures of chromosomes. Replication of DNA and chromosomes. Transcription and posttranscriptional modification of RNA. Genetic code and translation. Mutation, repair and recombination of DNA. Definition of a gene. Genetics of viruses and bacteria. Mobile genetic elements, transposons. Genetics of mitochondria and chloroplasts. Techniques of molecular genetics, genomics. Molecular analysis of genes and their products. Regulation of gene expression in viruses and prokaryotes. Regulation of gene expression in eukaryotes. Genetic control of biological processes. Genetic control of animal development. Genetic control of behavior. Genetic control of vertebrate immune system. Genetic principle of cancer. Population and developmental genetics Studijní literatura a studijní pomůcky Alberts B, Johnson A, Lewis J, Morgan D, Raff M, Roberts K, Walter P: Molecular biology of the cell. 6th edition. Garland Science, Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

22 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Molecular mechanisms of plant stress responses (KBC/PGMM) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Konzultace Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Stručná anotace předmětu The subject will introduce students to the field of plant responses to stress stimuli on tissue, cellular and molecular levels, importance and functions of inter- and intracellular signalling pathways regulating plant responses to stress conditions. The subject will provide also an overview of experimental methods used to study model plant stress systems and specific signal components and effectors of plant response to diverse types of abiotic and biotic stresses. Syllabus: Abiotic and biotic stress factors: perception and specificity of individual types of stress stimuli; tolerance, resistance and adaptation to diverse plant species to stress conditions. Signalling pathway of plant responses to abiotic stress factors: signalling pathways of phytohormones abscisic acid, gibberellins, ethylene, jasmonic acid and strigonolactones; specific elements of plant responses to drought and salinity, damage by UV radiation, heat and cold stress, exposure to heavy metals and to xenobiotics. Signalling pathway of plant responses to biotic stress factors: signalling pathways of phytohormones salicylic acid and jasmonates, specific elements of plant responses to mechanical damage by insect pests, plant-to-plant interactions and allelopathy. Plant interaction with microbial pathogens: recognition and responses as foundation of plant sensitivity and resistance; role of membrane receptors and pathogenand effector-induced plant immunity; defence responses in plant pathogenesis on tissue and cellular levels. Common elements of intracellular signalling in responses to stress conditions: roles of receptor kinases and G-proteins, cascades of mitogen-activates kinases, secondary messengers calcium ions, cyclic GMP, cyclic ADP-ribose. Oxidative stress as a common feature of plant stress conditions production and degradation of reactive oxygen species, intracellular localization and regulation, interaction with reactive nitrogen species, antioxidant enzymes and systems. Current methods of studies of plant stress responses: viability and cell death; quantitative analysis of plant hormone production in vitro, detection and quantification of reactive forms of nitrogen and oxygen, analysis of activities, levels and gene expression of protein effectors and enzymes, proteomic and metabolomics approaches. Studijní literatura a studijní pomůcky Crisp PA, Ganguly D, Eichten SR et al. (2016) Reconsidering plant memory: Intersections between stress recovery, RNA turnover, and epigenetics. Science Adv. 2, e Debnath M, Pandey M, Bisen PS (2011) An omics approach to understand the plant abiotic stress. OMICS 15: Foyer CH, Rasool B, Davey JW, Hancock RD (2016) Cross-tolerance to biotic and abiotic stresses in plants: a focus on resistance to aphid infestation. J. Exp.Bot. 67: Murphy A (2015) Hormone crosstalk in plants. J. Exp.Bot. 66: Sewelam N, Kazan K, Schenk PM (2016) Global Plant Stress Signaling: Reactive Oxygen Species at the Cross-Road. Front Plant Sci. 7: 187 Verma V, Ravindran P, Kumar PP (2016) Plant hormone-mediated regulation of stress responses. BMC Plant Biol. 16: 86 Zhu JK (2016) Abiotic Stress Signaling and Responses in Plants. Cell 167: Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

23 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Proteomics (KBC/PGPT) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 - oborové, doporučený ročník / semestr Z/L PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Konzultace prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Stručná anotace předmětu Introduction to proteomics. Basic terminology of protein separation (electrophoresis, chromatography), mass spectrometry, imaging. Gene and protein databases. Significance of expression, differential and functional proteomics. Proteomic technology, application. Identification and characterization of proteins in proteomics. Partial separation of protein mixtures (conventional chromatography, affinity chromatography, preparative electrophoresis). One-dimensional (1-D) electrophoresis - SDS/PAGE. Two-dimensional (2-D) electrophoresis. Sample preparation. First dimension, isoelectric focusing (IEF). Ampholytes, IEF in tube gels. Strips with immobilized ph gradient (IPG strips). Methodology and instrumentation of IEF separation. Staining of IPG strips. Second dimension, SDS/PAGE. Buffer composition. Preparation of gels. Instrumentation of SDS-PAGE (horizontal and vertical units). Staining of proteins in SDS/PAGE gels, compatibility of protein staining and mass spectrometry. Fluorescence staining of gels. Imaging, densitometer, software for evaluation of 2-D gels. Comparison of two or more 2-D gels, protein maps, difference of patterns. Excision of protein spots. Electroelution. Chemical cleavage and enzymatic digestion of proteins in gels. Digestion in solution. General principles of mass spectrometry. Ionization techniques utilized in proteomics. Electrospray ionization (ESI), matrix-assisted ionization (MALDI). Ion analyzers, quadruple (Q), ion trap (IT), time-of-flight analyzer (TOF), reflectron. Tandem mass spectrometry (MS/MS) and its instrumentation. Post-source-decay (PSD) on MALDI-TOF mass spectrometers. Peptide mapping (peptide mass fingerprinting), sequencing analysis of peptides (de novo sequencing). Protein identification by database searching. Searching tools Mascot, Sequest and Protein Prospector. Organisms with non-sequenced genomes, EST databases, MS Blast program. Multidimensional LC-MS/MS. Affinity chromatography and LC-MS/MS. Quantification in proteomics. Methods H2O18, ICAT, SILAC, AQUA. Shotgun proteomics, a tool for analysis of complex protein mixtures. SELDI MS, clinical proteomics. Studijní literatura a studijní pomůcky Westermeier, R., Naven, T. Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis.. Wiley-VCH, ISBN Mishra, N. C.: Introduction to Proteomics: Principles and Applications. Wiley, ISBN Johnstone R. A. W., Rose M. E.: Mass Spectrometry for Chemists and Biochemists. Cambridge University Press, ISBN Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

24 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Redox signalling (KBC/PGRS) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Konzultace Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Stručná anotace předmětu The subject will introduce to the field of redox signalling in context of intracellular signalling pathways and their regulation; roles of reactive species of oxygen, nitrogen and sulphur in redox signalling; covalent modifications of signalling, effector and regulatory proteins. The subject will provide with an overview of the importance of specific types of redox signalling in diverse types of organisms and experimental methods used in studies of redox signalling pathways. Syllabus: Principles and functions of redox signalling, the relevance of redox signalling within signalling networks based on ligand-receptor interactions, evolutionary aspects of redox signalling in prokaryotes and eukaryotes; importance of free radicals in living organisms. Reactive forms of oxygen (ROS): pathways of enzyme- and non-enzyme ROS production, ROS reactivity and their catabolism, antioxidant enzymes and low-molecular antioxidants. Reactive forms of nitrogen (RNS): pathways of enzyme- and non-enzyme RNS production, RNS reactivity and their catabolism. Reactive forms of sulphur (RSS): pathways of enzyme- and non-enzyme RSS production, RSS reactivity and their catabolism. Regulation of biomolecules structures and activity by redox modification, redox modification of protein aminoacids, oxidative modification of cysteine, oxidative and nitration modifications of nucleic acids and free nucleotides, mechanisms of reversibility. Redox homeostasis and pathophysiological consequence of its disturbance, importance of redox signalling in regulation of metabolic processes in cells and their responses to external stimuli and stress conditions. Oxidative, nitrosative and nitro-oxidative stress. Specific feature od redox signalling in microbial, plant and animal cells, specific redox signalling pathways of cell compartments and eukaryotic organelles. Redox signalling in interaction of eukaryotic organisms and microbial pathogens. Current methods in studies of redox signalling, methods of analysis of ROS, RNS and RSS, methods of analysis of protein post-translational modifications. Studijní literatura a studijní pomůcky (Bak DW, Weerapana E 2015) Cysteine-mediated redox signalling in the mitochondria. Mol. BioSyst. 11: Brewer TF, Garcia FJ, Onak CS et al. (2015) Chemical Approaches to Discovery and Study of Sources and Targets of Hydrogen Peroxide Redox Signaling Through NADPH Oxidase Proteins. Annu. Rev. Biochem. 84: Holmström KM, Finkel T (2014) Cellular mechanisms and physiological consequences of redox-dependent signalling. Nature Rev. Mol. Cell Biol. 15: Rudolph TK, Freeman B (2009) Transduction of Redox Signaling by Electrophile-Protein Reactions. Sci. Signal. 2, re7 Schieber M, Chandel NS (2014) ROS Function in Redox Signaling and Oxidative Stress. Curr Biol. 24: R453 R462. Zhang J, Wang X, Vikash V et al. (2016) ROS and ROS-Mediated Cellular Signaling. Oxid. Med. Cell. Longev. Article ID Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

25 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Genome structure (KBC/PGSG) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Konzultace prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc. (50%), Ph.D., Veronique Bergougnoux, Ph.D. (50%) Stručná anotace předmětu Subject content is focused on description of genome structure. Emphasis is paid above all to methodology how to obtain information about genome structure with focus on parallel sequencing methods, genetic mapping, annotation of genes and other functional elements, databases of DNA sequences, description of chromosome structure and its parts. Functional parts of genome: coding sequences and repetitive sequences. Comparative genomics with focus on model organisms: Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana a Homo sapiens. DNA polymorfismus. Methods of whole genome and whole transcriptome approaches: Affymetrix, RNAseq, ChiP-Seq. Syllabus: Genome and chromosome structure. Genetic, cytological and physical maps. Contig maps and clone banks. Genes and accompanying sequences. Pseudogenes. Intergenic DNA. Repetitive sequences and mobile elements. Human genome. Mapping of human genome. Sequencing of human genome. Genes and non-coding DNA in human genome. Repetitive sequences in human genome. Single nucleotide polymorphism. HapMap and Genome 1000 projects. Comparative genomics. Syntheny. Paleogenomics. Matagenomics. Sequencing methods of 2nd and 3rd generation. Pyrosequencing. Reversible cyclic termination. SMRT (single molecule real-time) sequencing. Sequencing principles of following companies: Illumina, Roche, PacBio, SOLiD, Ion Torrent, Oxford Nanopores. Functional genome testing based on RNA analysis. DNA arrays and gene chips. Affymetrix chips. RNA-seq. Chip-seq. Methyl-seq. Genome databases: GeneBank, EMBL-bank, Ensembl, TAIR (Arabidopsis). BLAST/BLAT. Studijní literatura a studijní pomůcky T.A. Brown, Genomes, 3nd edition, Oxford: Wiley-Liss (2007). B. Alberts, Molecular Biology of Cell, 6th edition, Garland Publishing (2015). G. Gibson a S.V.Muse, A Primer Of Genome Science, Sinauer Associate (2009). D.P. Snustad a Simmons M.J., Principles of Genetics, 7th edition, John Wiley and Sons (2016). D.P. Snustad a Simmons M.J., Genetika, Masarykova univerzita (2017)., internet, odborné články. Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

26 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Structural bioinformatics (KBC/PGSB) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 - oborové, doporučený ročník / semestr Z/L PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Konzultace prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Stručná anotace předmětu Bioinformatics and structural bioinformatics. Principles of protein structure. Principles of structure DNA and RNA. Determination of the structure by crystallography, NMR and electron microscopy. Visualization of molecules, databases and data interpretation. Structural alignments. Identification of structural domains of proteins. Elucidations of protein function from structural data. Protein-protein interactions. Docking of small ligand into protein structures. Homology modeling. Structural genomics. Studijní literatura a studijní pomůcky Bourne PE, Weissig H: Structural bioinformatics. Wiley-Liss, 2003 Gu J, Bourne PE: Structural bioinformatics 2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009 Rupp B: Biomolecular crystallography : principles, practice, and application to structural biology Garland Science, 2010 Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

27 -III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Practical Bioinformatics (KBC/PGPB) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Konzultace prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Stručná anotace předmětu Biological databases - sequence databases; specialized databases of biomolecules (e.g. proteolytic enzymes, restriction endonucleases etc.); data formats in databases; obtaining information from biological databases; preparation of custom databases. Working with protein and nucleic acid sequences sequence-based prediction of spatial structure, properties and function of biomolecules; multiple sequence alignment; sequence logo; prediction of gene introns and nucleotide polymorphisms. Molecular phylogenetics - gene orthologs and paralogs; phylogenetic tree design - distance- and character-based methods, phylogenetic software; visualization of phylogenetic trees. Genomics and proteomics - assembling of genomic sequences; functional genomics; identification and quantification of proteins in the sample; analysis and prediction of posttranslational modifications and protein-protein interactions. Glycomics - structure and diversity of carbohydrates; database of carbohydrates and glycoenzymes; experimental analysis of glycans and glycoproteins; software for glycosylation prediction and interpretation of glycomics data; protein-carbohydrate interaction and its analysis. Other topics for bioinformatics in biochemistry - image analysis (electrophoresis); analyzing chromatographic and mass spectrometry data; manual interpretation of tandem mass spectra of peptides and oligonucleotides; data analysis from enzyme kinetics; MALDI mass spectrometry of microorganisms and its use for phylogenetics. Studijní literatura a studijní pomůcky Bioinformatics: A Practical Approach (S. Q. Ye, Ed.); Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, Claverie, J.-M., Notredame, C. Bioinformatics for Dummies. 2nd Edition; Wiley Publishing, Inc., Hoboken, NJ, Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2008 (C.-W- von der Lieth, T. Lütteke, M. Frank, Eds.); John Wiley & Sons, Ltd., Chichester, West Sussex, UK, Xiong, J. Essential Bioinformatics; Cambridge University Press, New York, Molecular Modeling of Proteins, Methods in Molecular Biology, Vol. 443 (A. Kukol, Ed.); Humana Press, Totowa, NJ, Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

28 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Xenobiochemistry (KBC/PGXB) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 1 doporučený ročník / semestr Z/L oborové, PZ Rozsah studijního předmětu 20S+0+0 hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zkouška Forma výuky Konzultace výsledků Forma způsobu ověření studijních Ústní zkouška výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. Konzultace prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. Stručná anotace předmětu Xenobiotics, xenobiotics metabolism, 1 st, 2 nd and 3 rd phase of biotransformation; 1 st phase hydrolytic and redox reaction; microsomal cytochrome P450 (CYP)-dependent monooxygenase, nomenclature and functions of CYP; microsomal flavin monooxygenases; alcohol- and aldehyde dehydrogenases. 2 nd phase conjugation reactions, glucosiduronate formation, sulphates, conjugation with amino acids, glutathione, methylation and acetylation; rhodanase. 3 rd biotransformation phase systems for cellular transport of xenobiotics, P-glycoprotein, multidrug resistance (MRP) transport protein; OATP, OCTP. Regulation of biotransformation enzymes factors influencing activity of biotransformation enzymes, enzymes induction (phenobarbital, dioxin), AhR receptor of aromatic hydrocarbons, roles and functions of PXR, CAR, GR, RXR, VDR receptors; enzyme inhibitions; drug interactions. Studijní literatura a studijní pomůcky Skálová L. a kol.: Metabolismus léčiv a jiných xenobiotik. Karolinum 2017 (ISBN ) Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

29 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Fundamentals of publishing and grant activities (KBB/PGZPG) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 2 - doporučený ročník / semestr všeobecně vzdělávací, PZ Rozsah studijního předmětu 0+10H+0 hod. 10 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Zkouška Forma výuky Monologická (výklad, přednáška, instruktáž) Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming) Diskuse s vyučujícím Garant předmětu prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc., Ph.D. Zapojení garanta do výuky Konzultace předmětu Vyučující prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc., Ph.D. (33%) Mgr. Ing. Michaela Holecová (33%) Prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D. (34%) Stručná anotace předmětu The student will gain a basic overview of the problems of writing scientific publications in relation with scientometry, bibliometry and ethical principles in science. He/she also obtains information on the system of financing research and project management. Writing scientific work I. Collection and processing of data and literary data. Essential requirements for writing a scientific text. Writing scientific work II. Structure of the scientific article. The publishing process in the journal. Scientometry and bibliometry. Ethical aspects of publishing and scientific activities. Financing of research activities - principles, resources. Z/L Studijní literatura a studijní pomůcky Hirsch J.E. (2005) An index to quantify an individual s scientific output. Proc. Natl. Acad Sci. USA 102(46): Bennett D.M., Taylor D.M. (2003) Unethical practices in authorship of scientific papers. Emergency Medicine 15(3): Blackwell J., Martin J. (2011) A scientific approach to scientific writing. Springer-Verlag New York, DOI: / Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 10 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

30 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Teaching activity 1 (KBC/PGPC1) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 2 - doporučený ročník / semestr všeobecně vzdělávací Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je využití odborného potenciálu studenta doktorského studia ve výuce v praktických cvičeních a seminářích v daném oboru. Cílem je rovněž i posílení komunikace studenta s ostatními kolegy v oboru a studenty ve výukovém procesu. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

31 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Management of bachelor and master theses (KBC/PGBDP) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 2 - doporučený ročník / semestr všeobecně vzdělávací Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Systematická práce studenta doktorského programu umožňuje využití jeho časové a odborné kapacity pro týmovou spolupráci s bakalářskými a magisterskými studenty na daném pracovišti, kteří zpracovávají podklady pro svou kvalifikační práci. Doktorand získává jistotu v komunikačních dovednostech i schopnosti přenášet odborné znalosti na mladší kolegy. Důležitým přínosem je i budování osobnosti a získávání autority v týmu. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

32 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Principal authorship of a publication with IF 1( KBC/PGIF1) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 3 - doporučený ročník / semestr publikační činnost Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Hlavním cílem je dosažení publikace, kterou publikuje student doktorského studijního oboru jako hlavní autor. Publikace musí mít nenulový IF a být evidovaná v databázi WOS, případně Scopus. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

33 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Principal authorship of a publication with IF 2 ( KBC/PGIF2) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 3 - doporučený ročník / semestr publikační činnost Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Hlavním cílem je dosažení publikace, kterou publikuje student doktorského studijního oboru jako hlavní autor. Publikace musí mít nenulový IF a být evidovaná v databázi WOS, případně Scopus. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

34 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Principal authorship of a publication with IF 3 ( KBC/PGIF3) Typ předmětu Povinně volitelné předměty 3 - doporučený ročník / semestr publikační činnost Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Hlavním cílem je dosažení publikace, kterou publikuje student doktorského studijního oboru jako hlavní autor. Publikace musí mít nenulový IF a být evidovaná v databázi WOS, případně Scopus. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

35 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Co-authorship of a publication with IF 1 (KBC/PGIS1) Typ předmětu Povinně volitelný předmět 3 - doporučený ročník / semestr publikační činnost Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 10 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Hlavním cílem je dosažení publikace, kterou publikuje student doktorského studijního oboru jako spoluautor. Publikace musí mít nenulový IF a být evidovaná v databázi WOS, případně Scopus. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

36 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Co-authorship of a publication with IF 2 (KBC/PGIS2) Typ předmětu Povinně volitelný předmět 3 - doporučený ročník / semestr publikační činnost Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 10 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Z/L Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Hlavním cílem je dosažení publikace, kterou publikuje student doktorského studijního oboru jako spoluautor. Publikace musí mít nenulový IF a být evidovaná v databázi WOS, případně Scopus. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

37 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Popularizing activity at UP (KBC/PGPPA) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je získat dovednosti při prezentaci své výzkumné práce na veřejnosti, v rámci popularizačních akcí typu Přírodovědný jarmark, Badatel (vedení prací SOČ), Fame Lab. Žádoucí je účast na přehlídce studentských prací v soutěži "O cenu děkana PřF UP" atd. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

38 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Stay at a prospective employer 1 (KBC/PGST1) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu 0+1T+0 hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem je umožnit studentům hlouběji poznat problémy spojené s praxí a lépe se tak připravit na uplatnění na trhu práce. Výuka probíhá formou stáže u potencionálního zaměstnavatele v délce alespoň 1 týden. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

39 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Stay at a prospective employer 2 (KBC/PGST2) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu 0+1T+0 hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem je umožnit studentům hlouběji poznat problémy spojené s praxí a lépe se tak připravit na uplatnění na trhu práce. Výuka probíhá formou stáže u potencionálního zaměstnavatele v délce alespoň 1 týden. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

40 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Participation in project (KBC/PGPRO) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je dosažení podílu studenta doktorského studia při řešení projektu, jehož navrhovatelem je pracoviště, garantující daný doktorský studijní program, případně pracoviště, se kterým garantující pracoviště spolupracuje. Student přispívá k řešení projektu svou vědeckou prací na části projektu, která spadá do problematiky jeho disertační práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

41 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Teaching activity 2 (KBC/PGPC2) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je využití odborného potenciálu studenta doktorského studia ve výuce v praktických cvičeních a seminářích v daném oboru. Cílem je rovněž i posílení komunikace studenta s ostatními kolegy v oboru a studenty ve výukovém procesu. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

42 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Teaching activity 3 (KBC/PGPC3) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je využití odborného potenciálu studenta doktorského studia ve výuce v praktických cvičeních a seminářích v daném oboru. Cílem je rovněž i posílení komunikace studenta s ostatními kolegy v oboru a studenty ve výukovém procesu. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

43 B-III Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu Conference presentation (KBC/PGPK) Typ předmětu Volitelný předmět doporučený ročník / semestr Z/L Rozsah studijního předmětu - hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence Způsob ověření studijních Zápočet Forma výuky výsledků Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta Garant předmětu Zapojení garanta do výuky předmětu Vyučující prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je získat dovednosti při prezentaci výsledků své výzkumné práce před odbornou veřejností formou ústní prezentace nebo posterového sdělení. Studijní literatura a studijní pomůcky Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

44 B-IV Údaje o odborné praxi Charakteristika povinné odborné praxe Odborná praxe není v doktorském studiu vyžadována; je nahrazena zahraniční stáží Rozsah Přehled pracovišť, na kterých má být praxe uskutečňována hodin Smluvně zajištěno Zajištění odborné praxe v cizím jazyce (u studijních programů uskutečňovaných v cizím jazyce)

45 C-I Personální zabezpečení Doktorský studijní program Biochemistry je kvalitně personálně zabezpečen kmenovými pracovníky Katedry biochemie PřF UP a pracovníky CRH, mezi něž patří 3 profesoři a 6 docentů: Profesoři: Prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., Ph.D. Prof. RNDr. Jozef Šamaj, DrSc Prof. Mgr. Marek Šebela, Dr. Docenti: Doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. Doc. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D. Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Doc. RNDr. Petr Tarkowski, Ph.D. Doc. RNDr. Ludmila Zajoncová, Ph.D. Doc. Ing. Tomáš Takáč, Ph.D. Tito pracovníci se na zabezpečení realizace studijního programu podílejí jako školitelé, členové oborové komise i jako garanti klíčových odborných studijních předmětů. Do realizace studijního programu budou zapojeni i další pracovníci katedry biochemie a CRH, odborní asistenti a akademičtí vědečtí pracovníci, kteří se budou podílet na vědecké výchově doktorandů jako konzultanti či školitelé pro jednotlivá stanovená témata a budou participovat na výuce odborných předmětů v tomto doktorském studijním programu. V současnosti na katedře biochemie působí 4 a na CRH 22 akademických pracovníků s titulem Ph.D. nebo Dr. Všichni výše uvedení pracovníci tak pokrývají široké spektrum témat a odborných zaměření, v nichž se mohou studenti doktorského studijního programu Biochemistry profilovat. Mezi klíčové pracovníky s titulem Ph.D., u kterých je perspektiva habilitace v horizontu několika let, patří: Véronique Hélene Bergougnoux-Fojtik, Ph.D. Mgr. David Kopečný, Ph.D. Georgios Komis, Ph.D. RNDr. Ondřej Plíhal, Ph.D. Mezi klíčové pracovníky s titulem doc., u kterých je perspektiva profesorského řízení v horizontu několika let, patří: Doc. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D., probíhající řízení, perspektiva dokončení v roce 2018 Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Garantem doktorského studijního programu Biochemistry je profesor Ivo Frébort, který patří k předním světovým odborníkům na oblast biochemie, enzymologie a molekulární biologie. Jeho nejnovější práce a projekty se týkají zejména rostlinné biotechnologie a přípravě geneticky modifikovaných rostlin. Prof. Frébort je ředitelem Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum. Vystudoval Univerzitu Palackého v Olomouci a Ph.D. v oboru Bioresources Science získal na Tottori Univerzitě v Japonsku. Od roku 1988 působí na PřF UP v Olomouci, přičemž od roku 2005 jako profesor v oboru biochemie. Je členem výkonného výboru Evropské biotechnologické federace a řešitelem nebo spoluřešitelem více než 30 vědeckovýzkumných projektů. Profesor Frébort je autorem 115 publikací na WOS (Core Collection), citační ohlas 1751 citací (1431 s vyloučením autocitací), h-index 23. Dále uvádíme životopisy jednotlivých výše uvedených pracovníků ve formátu odpovídajícím formulářům C-I akreditačního spisu.

46 Seznam přiložených C-listů pro akreditaci doktorského studijního programu Biochemistry Příjmení Jméno Tituly Funkce, zařazení Bergougnoux- Véronique Ph.D. Fojtik školitel Dvořák Zdeněk prof. RNDr. Ph.D. garant předmětu, školitel, člen oborové rady Frébort Ivo prof. RNDr. CSc., PhD. garant studijního programu, garant předmětu, školitel, člen oborové rady Kopečný David Mgr. Ph.D. školitel Lenobel René Mgr. Ph.D. školitel Luhová Lenka doc. RNDr. Ph.D. garant předmětu, školitel, člen oborové rady Ovečka Miroslav doc. Mgr. Ph.D. školitel, člen oborové rady Petřivalský Marek doc. Mgr. Dr. garant předmětu, školitel, člen oborové rady Šamaj Jozef prof. RNDr. DrSc. školitel, člen oborové rady Šebela Marek prof. Mgr. Dr. garant předmětu, školitel, člen oborové rady Takáč Tomáš doc. Ing. Ph.D. školitel, člen oborové rady (nově navržen) Tarkowski Petr doc. RNDr. Ph.D. školitel, člen oborové rady Vaňková Lucie Mgr., Ph.D. garant předmětu Zajoncová Ludmila doc. RNDr. Ph.D. školitel, člen oborové rady

47 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Veronique Bergougnoux - fojtík Tituly Ph.D. Rok narození 1976 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40 do kdy Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 40 do program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah 12/ /2019 Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu školitel Údaje o vzdělání na VŠ PhD Biologie Végétale Diplôme d Etudes Approfondies Génétique, Amélioration et Protection des Végétaux, ENSA Rennes / U.F.R. Sciences Rennes I Diplôme Inter-Universitaire Biotechnologies Végétales, ENSA Rennes / INP Toulouse / Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) / Université Paris Sud XI Maîtrise Biologie Cellulaire et Physiologie, U.F.R. Sciences Nice/Sophia Antipolis Údaje o odborném působení od absolvování VŠ November 2014-to present.initiation and development of crown roots in barley (Hordeum vulgare L.): genetic and hormonal control Department of Molecular Biology Palacky University in Olomouc/CRH (Olomouc, Czech Republic) 2012-to march 2014.Study of P-deficiency in barley (Hordeum vulgare L.) Department of Molecular Biology Palacky University in Olomouc/CRH (Olomouc, Czech Republic)/ March to November 2014: maternity leave Study of the blue light-less sensitive 7B-1 mutant: gaining new insights on the blue light-induced deetiolation in tomato (Solanum lycopersicum L.). (principal investigator of a GACR project, P501/10/0785) Laboratory of Growth Regulators Palacky University & Institute of Experimental Botany ASCR (Olomouc, Czech Republic) Characterization of a spontaneous mutant of tomato (Solanum lycopersicum L.). Understanding its reduced sensitivity to blue light (post-doctoral position) Department of Cell Biology and Genetic Palacky University in Olomouc (Olomouc, Czech Republic) Head of laboratory: M. Fellner Influence of environmental factors on the bud burst in the genus Rosa; involvement of auxin and a dormancy-associated gene (post-doctoral position) Unité Mixte de Recherche Sciences AGronomiques Appliquées à l Horticulture Laboratoire de Morphogenèse des Ligneux (Angers, France). Head of laboratory: J.D. Viémont Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací I directed one master students (Martina Janyskova) and co-supervised a PhD student (Jan Humplik). I m currently leading one master student (Nikola Korinkova), one master student from Erasmus trainee from Italy (Mohamed Boualam). I have 2 PhD students currently under my supervision (Petra Hlouskova and Dieu Thu Nguyen) and i m involved in the co-supervision of 2 other PhD students (Cintia F. Marchetti and F. Kokas). Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Most important publications: Humplik JF*, Bergougnoux V*, Van Volkenburgh E (2017) To stimulate or inhibit? That is the question for the function of abscisic acid. Trends in Plant Science, doi: (IF2016= 9.77; * authors contributed equally to the manuscript) Hloušková P, Bergougnoux V (2016) A subtracted cdna library identifies genes up-regulated during PHOT1-mediated early step of de-etiolation in tomato (Solanum lycopersicum L.). BMC Genomics, 17: 291 (IF2014= 3.986) Humplík JF, Bergougnoux V, Jandová M, Šimura J, Pěnčík A, Tomanec O, Rolčík J, Novák O, Fellner M (2015) Endogenous abscisic acid promotes hypocotyl growth and affects endoreduplication during dark-induced growth in tomato (Solanum lycopersicum L.). PlosONE 10(2): e doi: /journal.pone (IF2014 = 3.534) Bergougnoux V (2014) The history of tomato: from domestication to biopharming. Biotechnology Advances, 32: (IF2014= 9.015) Bergougnoux V, Zalabák D, Jandová M, Novák O, Wiese-Klinkenberg A, Fellner M (2012) Effect of blue light on endogenous isopentenyladenine and endoreduplication during photomorphogenesis and de-etiolation of tomato

48 seedlings. PloS One 7(9): e doi: /journal.pone (IF2011 = 4.092) Bergougnoux V, Hlaváčková V, Plotzová R, Novák O, Fellner M (2009) The 7B-1 mutation in tomato (Solanum lycopersicum L.) confers a BL-specific reduced sensitivity to coronatine, a toxin produced by Pseudomonas syringae pv. tomato. Journal of Experimental Botany, 60: (IF2011 = 5.364) Girault T, Bergougnoux V, Combes D, Viémont J-D, Leduc N (2008) Light controls shoot meristem organogenic activity and leaf primordial growth during bud burst in Rosa sp. Plant, Cell and Environnement, 31: (IF2011 = 5.215) Bergougnoux V, Caissard JC, Jullien F, Magnard JL, Scalliet G, Cock JM, Hugueney P, Baudino S (2007) Both the adaxial and abaxial epidermal layers of the rose petal emit volatile scent compounds. Planta, 226: (IF2011 = 3.420) Lecouls AC, Bergougnoux V, Rubio-Cabetas MJ, Bosselut N, Voisin R, Poessel JL, Faurobert M, Bonnet A, Salesses G, Dirlewanger E, Esmenjaud D (2004). Marker-assisted selection for the wide-spectrum resistance to root-knot nematodes conferred by the Ma gene from Myrobalan plum (Prunus cerasifera) in interspecific Prunus material. Molecular Breeding, 13: (IF2011 = 2.852) Působení v zahraničí months at Forschungszentrum Jülich (Germany): study of growth rate of tomato under dark and blue-light illumination, comparison of a spontaneous mutant and wild-type days at Goethe University Frankfurt (Germany): method of protoplast isolation of tomato and use as transient expression system month at IRD/CERES, Montpellier (France): method of histology related to crown-root initiation in barley Podpis datum

49 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Zdeněk Dvořák Tituly prof.; RNDr; Ph.D.; DrSc. Rok narození 1974 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40 do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 40 do N program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu Školitel, garant předmětu KBC/PGXB, KBB/PGZPG, člen oborové rady doktorského studijního programu Údaje o vzdělání na VŠ Mgr: Univerzita Palackého v Olomouci; analytická chemie, 1997 Ph.D.: Univerzita Palackého v Olomouci, lékařská chemie a biochemie, 2001 RNDr.: Univerzita Palackého v Olomouci, analytická chemie, 2004 doc.: Univerzita Palackého v Olomouci, lékařská chemie a biochemie, 2006 prof.: Univerzita Palackého v Olomouci, biochemie, 2010 DrSc.: Slovenská Akadémia Vied, biologické vedy, 2012 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ : Ústav soudního lékařství a medicinálního práva, Fakultní nemocnice Olomouc; toxikolog : Ústav lékařské chemie a biochemie, LF UP Olomouc; doktorské studium : přerušení kariéry - náhradní civilní služba : Institute National de la Santé Et de la Récherche Médicale INSERM U128, Montpellier, Francie; post-doc : Ústav lékařské chemie a biochemie, LF UP Olomouc; vědecký pracovník : Ústav lékařské chemie a biochemie, LF UP Olomouc; docent 2008-nyní: Katedra buněčné biologie a genetiky PřF UP; vedoucí katedry Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací 1. Vedoucí prací/školitel: bakalářská (0); diplomová (2); disertační doktorská (7 obhájeno; 3 probíhající) 2. Garant programů/oborů: obor Molekulární a buněčná biologie (v programu Biologie) - Univerzita Palackého v Olomouci; typ: NMgr., RNDr., PhD, HaP 3. Členství v OR: (i) oborová rada DSP Biologie - obor Molekulární a buněčná biologie; UP Olomouc; předseda oborové rady; (ii) oborová rada DSP Lékařská chemie a biochemie; UP Olomouc; člen oborové rady Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Lékařská chemie a biochemie 2006 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Biochemie Rok udělení hodnosti 2010 Řízení konáno na VŠ UP Olomouc SCI = 2210 h = 30 SCI = 2220 h = 32 Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům 1. Nejvýznamnější publikační výstupy za posledních 5 let: (i) European Patent EP B1: Bulletin 2015/15: Trávníček Z., Štarha P., Dvořák Z.: Dichlorido complexes of platinum with 7-azaindole halogeno-derivatives for use in the treatment of tumour diseases. (ii) Bartoňková I., Dvořák Z. (2018) Essential oils of culinary herbs and spices display agonist and antagonist activities at human aryl hydrocarbon receptor AhR. Food Chem Toxicol 111: (iii) Novotna A., Korhonova M., Bartonkova I., Soshilov A.A., Denison M.S., Bogdanova K., Kolar M., Bednar P., Dvorak Z. (2014) Enantiospecific effects of ketoconazole on aryl hydrocarbon receptor. PLoS ONE 9(7):e (iv) Štěpánková M., Bartoňková I., Jiskrová E., Vrzal R., Mani S., Kortagere S., Dvořák Z. (2018) Methylindoles and methoxyindoles are agonists and antagonists of human aryl hydrocarbon receptor AhR. Mol Pharmacol 93(6): (v) Bartonkova I., Grycova A., Dvorak Z. (2016) Profiling of vitamin D metabolic intermediates towards VDR using novel stable gene reporter cell lines IZ-VDRE and IZ-CYP24. Chem Res Toxicol 29:

50 2. Nejvýznamnější vzdělávací aktivity za posledních 10 let: (i) Akreditace: Studijní program Biologie - studijní obor Molekulární a buněčná biologie - Univerzita Palackého v Olomouci, Přírodovědecká fakulta; v roce 2010 akreditováno PhD studium; v roce 2015 habilitační a profesorské řízení (ii) projekt ESF MŠMT ČR (OP VK CZ 1.07/2.2.00/ ) Innovation of study programme Molecular and Cellular Biology (06/ /2012); euro; hlavní řešitel (iii) projekt ESF MŠMT (OP VK CZ 1.07/2.3.00/ ) An inexpensive drug Antabuse as anticancer remedy: mechanism of action and clinical trials ; (09/ /2014); euro; hlavní řešitel (iv) projekt ESF MŠMT (OP VK CZ 1.07/2.2.00/ ) Development and internationalization of chemical and biological study programs at Palacky University Olomouc ; (06/ /2015); euro; hlavní řešitel (v) Projekt GAČR 304/10/0149 ( ); ; hlavní řešitel; Generation of hepatocyte-derived cellular models for preclinical testing of drugs. (vi) Projekt GAČR 503/10/0579 ( ); ; hlavní řešitel; Study of potential interaction of constituents of non-alcoholic beverages with signaling pathways involved in drug metabolism and carcinogenesis. (vii) Projekt GAČR S ( ); ; spoluřešitel; The role of Hippo signaling pathway and organic toxicants in alterations of liver cell function and xenobiotic metabolism. (viii) Projekt GAČR S ( ); ; hlavní řešitel; Enantiospecific interactions between clinically used chiral drugs and regulatory pathways of human cytochromes P450. (ix) Projekt GAČR P303/12/G163 ( ); ; spoluřešitel; Centre of drug-dietary supplements interactions and nutrigenetics. (x) Projekt GAČR S ( ); ; hlavní řešitel; Interactions of essencial oils from culinary spices and herbs with endocrine and detoxication signalling pathways. Působení v zahraničí 1998 (3 months), 2000 (3 months), (1 year), 2005, 2006, 2007 (3 months) Detoxication et Physiopathologie Hepatique, Institut National de la Sante Et de la Recherche Medicale, INSERM U128, CNRS, Montpellier, France. Podpis datum

51 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Ivo Frébort Tituly Rok narození 1965 typ vztahu k VŠ PP PP rozsah do kdy Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 32 do program PP 12 kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah N N Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu garant studijního oboru, předseda oborové rady doktorského studijního programu, školitel garant předmětů: KBC/PGSMG KBC/PGSGM KBC/PGSSB KBC/PGSGI KBC/PGSSG Údaje o vzdělání na VŠ 1988 ukončení studia oboru Analytická chemie na PřF UP Olomouc, 1989 RNDr CSc. v oboru Biochemie MU Brno; 1997 Ph.D. v oboru Bioresources Science United Graduate School of Tottori University, Japonsko" Údaje o odborném působení od absolvování VŠ Katedra analytické a organické chemie PřF UP - vědecký pracovník Department of Biological Chemistry, Faculty of Agriculture, Yamaguchi University, Japonsko - vědecký pracovník, Ph.D. student Katedra biochemie PřF UP odborný asistent Katedra biochemie PřF UP docent od 2005 Katedra biochemie PřF UP profesor od 2010 Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum (PřF UP) - ředitel Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Vedení prací: Bc. 3 (Satoko Utsunomiya, Naomi Nishiyama, Václav Mik), Mgr. 12 (Tomáš Zárybnický, Šárka Pečová, Lenka Skoupá, Šárka Chlopčíková, Zbyněk Lamplot, Vladislava Černíková, Ivo Frydrych, Václav Mik, Kateřina Kolaříková, Lucie Šromová, Selma Žilić, Dušana Schlosserová), Ph.D. 7 (Petr Galuszka, Pavel Sauer, Marta Greplová, Hana Jablonská, Eva Jiskrová, Jana Slivková, Alžbeta Mičúchová) Předseda oborové rady a garant doktorského studijního programu Biochemie na UP, člen oborové rady doktorského studijního programu Biochemie na MU Brno, člen habilitačních komisí a komisí pro řízení pro jmenování profesorem Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Biochemie 1998 VŠCHT Praha WOS Scopus ostatní nesledovánio nesledovánio Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ 1751/ Biochemie 2005 UK Praha 1431 Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům

52 Pět nejvýznamnějších publikací za posledních 5 let: Hluska T, Šebela M, Lenobel R, Frébort I, Galuszka P (2017) Purification of maize nucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase casts doubt on the existence of zeatin cis-trans isomerase in plants. Front. Plant Sci. 8, 1473; IF Pospíšilová H, Jiskrová E, Vojta P, Mrízová K, Kokáš F, Majeská Čudejková M, Bergougnoux V, Plíhal O, Klimešová J, Novák O, Dzurová L, Frébort I, Galuszka P (2016) Transgenic barley overexpressing a cytokinin dehydrogenase gene shows greater tolerance to drought stress. New Biotechnol 33, ; IF Frébortová J, Greplová M, Seidl MF, Heyl A, Frébort I (2015) Biochemical characterization of putative adenylate dimethylallyltransferase and cytokinin dehydrogenase from cyanobacterium Nostoc sp. PCC PLoS ONE 10, e ; IF Dzurová L, Forneris F, Savino S, Galuszka P, Vrabka J, Frébort I (2015) The three-dimensional structure of Lonely Guy from Claviceps purpurea provides insights into the phosphoribohydrolase function of Rossmann fold-containing lysine decarboxylaselike proteins. Proteins 83; IF Mrízová K, Holásková E, Öz MT, Jiskrová E, Frébort I, Galuszka P (2014) Transgenic barley: Aprospective tool for biotechnology and agriculture. Biotechnol Adv 32, ; IF Pedagogická činnost za posledních 10 let (vše na PřF UP Olomouc): Přednášky: semestrální kurzy Molekulární biologie, Struktura a funkce biomakromolekul, další jednotlivé přednášky v různých předmětech Nejvýznamnější získané výzkumné granty (hlavní řešitel) za posledních 10 let: IAA Role odbourávání cytokininů při fyziologických reakcích u zemědělsky významných rostlin - 6,792 mil. Kč ED0007/01/01 - Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum - 832,938 mil. Kč EE Podpora zapojení výzkumného týmu Centra regionu Haná do mezinárodní spolupráce - 31,659 mil. Kč GAP501/12/ Sinice Nostoc jako genetický a funkční model pro metabolismus rostlinných hormonů cytokininů - 11,000 mil. Kč LO Udržitelný rozvoj výzkumu v Centru regionu Haná - 393,155 mil. Kč EF16_019/ Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje - 360,814 mil. Kč Projekt OP VK (hlavní řešitel) pro rozvoj studijního programu Biochemie: CZ.1.07/2.2.00/ Příprava absolventů přírodovědeckých oborů pro uplatnění v evropských biotechnologických institucích Působení v zahraničí : Japonsko, Yamaguchi University (4,5 r) - Ph.D. studium, vědecký pracovník 2001: Německo, University of Tübingen (6 m), 2003: Německo, Free University of Berlin (3 m) - postdok 2007: Japonsko, Osaka University (2 m) - hostující profesor Další kratší stáže: Lund, Lyngby, Groningen, Řím, Berlín, Columbia (USA), Yamaguchi, Osaka, Okinawa Podpis datum

53 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení David Kopečný Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1977 typ vztahu k VŠ pp rozsah 40 do kdy 12/21 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. pp rozsah 40 do 12/21 program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu školitel Údaje o vzdělání na VŠ Ph.D., Lékařská chemie a biochemie, 2006, UP Olomouc LF (ČR) Ph.D., Biologie, 2006, Université Paris XI (Francie) Údaje o odborném působení od absolvování VŠ UP Olomouc, PřF, Katedra biochemie, postdoc, UP Olomouc, PřF, CRH Oddělení biochemie proteinů a proteomiky, junior researcher, dosud Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací 3 bakalářské práce, 7 diplomových prací, 1 disertační práce jako vedoucí práce Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ 325 Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům 1. Kopečná M, Vigouroux A, Vilím J, Končitíková R, Briozzo P, Hájková E, Jašková L, von Schwartzenberg K, Šebela M, Moréra S, Kopečný D. (2017) Plant J. 92, (9%) 2. Končitíková R, Vigouroux A, Kopečná M, Andree T, Bartoš J, Šebela M, Moréra S, Kopečný D. (2015) Biochem J. 468, (13%). 3. Kopečná M, Blaschke H, Kopečný D, Vigouroux A, Koncitíková R, Novák O, Kotland O, Strnad M, Moréra S, von Schwartzenberg K. (2013) Plant Physiol. 163, (10%). 4. Kopečný D, Končitíková R, Tylichová M, Vigouroux A, Moskalíková H, Soural M, Šebela M, Moréra S. (2013) J. Biol. Chem. 288, (13%). 5. Groeme R, Airouche S, Kopečný D, Jaekel J, Savko M, Berjont N, Bussieres L, Le Mignon M, Jagic F, Zieglmayer P, Baron- Bodo V, Bordas-Le Floch V, Mascarell L, Briozzo P, Moingeon P. (2016) J. Biol. Chem. 291, (7%). Působení v zahraničí CNRS Gif-sur-Yvette, Francie, měsíc, PostDoc University Hamburg, Německo, měsíc, PostDoc INRA-AgroParisTech Grignon, Francie, měsíce, FEBS fellowship, PostDoc INRA Versailles, Francie, měsíců, MARIE CURIE long term fellowship, Ph.D. student INRA Versailles, Francie 2003, 2 měsíce, EGIDE fellowship, Ph.D. student INRA/INAPG Grignon, Francie, měsíce, ERASMUS fellowship, student Podpis datum

54 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení René Lenobel Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1971 typ vztahu k VŠ pp. rozsah 40hod. /týd. do kdy 12/18 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. pp. rozsah 40hod. do 12/18 program /týd. kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu školitel Údaje o vzdělání na VŠ Ph.D. analytická chemie, UP, PřF, 2002 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ Laboratoř růstových regulátorů, UP & ÚEB AVČR, junior researcher Laboratoř růstových regulátorů, UP & ÚEB AVČR, výzkumný pracovník 2011-nyní Centrum regionu Haná pro zemědělský a biotechnologický výzkum, Oddělení biochemie proteinů a proteomiky, UP, PřF odborný asistent Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Bakalářské práce 4x Diplomové práce 4x Disertační práce 2x Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Simersky, R; Chamrad, I; Kania, J; Strnad, M; Sebela, M; Lenobel, R (2017): Chemical proteomic analysis of 6- benzylaminopurine molecular partners in wheat grains. PLANT CELL REPORTS 36(10), pp , DOI: /s , 20%. Beresova, L; Vesela, E; Chamrad, I; Voller, J; Yamada, M; Furst, T; Lenobel, R; Chroma, K; Gursky, J; Krizova, K; Mistrik, M; Bartek, J (2016): Role of DNA Repair Factor Xeroderma Pigmentosum Protein Group C in Response to Replication Stress As Revealed by DNA Fragile Site Affinity Chromatography and Quantitative Proteomics. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH 15(12), pp , DOI: /acs.jproteome.6b00622, 20% Beinhauer, J; Lenobel, R; Loginov, D; Chamrad, I; Rehulka, P; Sedlarova, M; Marchetti-Deschmann, M; Allmaier, G; Sebela, M (2016): Identification of Bremia lactucae and Oidium neolycopersici proteins extracted for intact spore MALDI mass spectrometric biotyping. ELECTROPHORESIS 37(22), pp , DOI: /elps , 10% Danihlik, J.; Sebela, M.; Petrivalsky, M.; Lenobel, R. (2014) A sensitive quantification of the peptide apidaecin 1 isoforms in single bee tissues using a weak cation exchange pre-separation and nanocapillary liquid chromatography coupled with mass spectrometry. JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A 1374, pp , doi: /j.chroma , 35% Kouril, R.; Strouhal, O.; Nosek, L.; Lenobel, R.; Chamrad, I.; Boekema, E.J.; Sebela, M.; Ilik, P. (2014) Structural characterization of a plant photosystem I and NAD(P)H dehydrogenase supercomplex. Plant Journal 77(4), pp , doi: /tpj.12402, IF 6.582, 15% Působení v zahraničí 2003 Univerzita Antwerpy, Belgie, 3 měs, 2005 Max-Planck-Institut pro biochemii, Německo, 24 měs postdoc Podpis datum

55 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Lenka Luhová Rok narození 1961 typ vztahu k VŠ pp. rozsah 40 do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. pp. rozsah 40 do kdy N program Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu člen oborové rady doktorského studijního programu, školitel garant předmětů: KBC/PGPM KBC/PGSBF Údaje o vzdělání na VŠ 1984 studijní obor biochemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity J. E. Purkyně v Brně (nynější Masarykova univerzita) titul RNDr doktorské studium oboru lékařská chemie a biochemie na lékařské fakultě Univerzity Palackého v Olomouci titul Ph.D Údaje o odborném působení od absolvování VŠ : Ústav lékařské chemie LF UJEP Brno asistent : Ústav lékařské chemie LF UP Olomouc vědecký aspirant : VŠÚZ Olomouc výzkumný pracovník : Katedra biochemie PřF UP Olomouc odborný asistent 2004 dosud: Katedra biochemie PřF UP Olomouc docent 2012-dosud: vedoucí Katedry biochemie PřF UP. Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Vedení prací: 19 obhájených bakalářských prací, 25 diplomových prací a 2 disertační práce, u 2 obhájených disertačních prací konzultant. Aktuálně vedení 1 BP, 2 DP a 3 disertačních prací. Garant: bakalářského a navazujícího magisterského studijního oboru Biochemie v rámci studijního programu Biochemie. Oborové rady doktorských studijních programů:, člen oborové komise Biochemie na PřF UP v Olomouci, člen oborové komise doktorského studijního programu Biofyzika na PřF UP, Biochemie na VŠCHT v Praze a člen oborové komise pro Strukturní biologii, PhD programu Life Sciences PřF MU v Brně. Vypracování oponentských posudků: posouzení 8 disertačních prací a 2 habilitačních prací jako oponent. Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Fyziologie rostlin 2003 MZLU Brno Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Pedagogická činnost za posledních 10 let (vše na PřF UP Olomouc): 5 přednáškových celosemestrálních kurzů (garantuje a přednáší), pro které připravila elektronické výukové materiály; 2 oborové semináře (garantuje); 1 základní cvičení z biochemie (garantuje) Výzkumné projekty: 1) : P501/12/0590: Charakterizace procesů zapojených v indukci resistence rostlin na patogeny s využitím elicitinů se změněnou schopností vyvolávat obranné reakce (hlavní řešitel) 2) : MSM Variability of components and interactions in plant pathosystem and impact of environmental factors on their expression (spoluřešitel) Projekty pro rozvoj studijního programu: 1) OP VK 2.3 CZ.1.07/2.3.00/ AescuLab - systematické laboratorní vzdělávání studentů a pracovníků VaV v oblasti Life Sciences s podporou e-learningu (hlavní řešitel), 2) : OP VK CZ.1.07/2.2.00/ ImBio. E-learningová podpora praktické výuky biochemie a imunologie (hlavní řešitel) 3) : OP VK CZ.1.07/2.4.00/ BiochemNet. Vytvoření sítě pro podporu spolupráce biomedicínských pracovišť a zvýšení uplatnitelnosti absolventů biochemických oborů v praxi (spoluřešitel), 4) : OP VK CZ.1.07/2.2.00/ FytoChem. Mezioborová integrace výuky zaměřená na rostlinnou biochemii a fytopatologii (spoluřešitel).

56 Akreditace studijního programů: bakalářská Biochemie, navazující magisterská Biochemie, akreditace oboru habilitačního řízení /oboru řízení ke jmenování profesorem (2014) Pět nejvýznamnějších publikací za posledních 5 let: 1) Tichá T, Sedlářová M., Činčalová L, Drábková Trojanová Z, Mieslerová B, Lebeda A, Luhová L, Petřivalský Involvement of S-nitrosothiols modulation by S-nitrosoglutathione reductase in defence responses of lettuce and wild Lactuca spp. to biotrophic mildews (2018) Planta 247/ ) Tichá T, Lochman J, Činčalová L, Luhová L, Petřivalský M. Redox regulation of plant S-nitrosoglutathione reductase activity through post-translational modifications of cysteine residues (2017) Biochemical and Biophysical Research Communications 494, ) Satková P, Starý T, Plešková V, Pečínková M, Kašparovský T, Činčalová-Kubienová L, Luhová L, Mieslerová B, Mikulík J, Lochman J and Petřivalský M (2016) Diverse responses of wild and cultivated tomato to BABA, oligandrin and 4 Oidium neolycopersici infection. Ann Bot (2017) 119 (5): ) Tichá T, Činčalová L, Kopečný D, Sedlářová M, Kopečná M, Luhová L, Petřivalský M (2016) Characterization of S- nitrosoglutathione reductase from Brassica and Lactuca spp. and its modulation during plant development Nitric Oxide, 2016 Dec 8. pii: S (16) doi: /j.niox ) Kubienová, L., Tichá, T., Jahnová, J., Luhová, L., Mieslerová, B., Petřivalský, M. (2014) Effect of abiotic stress stimuli on S nitrosoglutathione reductase in plants Planta 239, ) Kubienová, L., Kopečný, D., Tylichová, M., Briozzo, P., Skopalová, J., Šebela, M., Navrátil, M., Tâche, R., Luhová, L., Barroso, J.B., Petřivalský, M. (2013) Structural and functional characterization of a plant S-nitrosoglutathione reductase from Solanum lycopersicum. Biochimie 95, ; Působení v zahraničí 1996 Německo, University of Bayreuth (3 týdny) 2000 Itálie, University of Roma Tre (3 týdny) 2003 Itálie, University of Roma Tre (2 měsíce) Podpis

57 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Miroslav Ovečka Tituly Doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1967 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40 do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 40 do N program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu člen oborové rady doktorského studijního programu, školitel Údaje o vzdělání na VŠ Mgr., Přírodovědecká Fakulta, Univerzita Komenského, Bratislava, Všeobecná biologie, 1991 PhD., Přírodovědecká Fakulta, Univerzita Komenského, Bratislava, Fyziologie rostlin, 1998 Doc., Univerzita Palackého v Olomouci, Botanika, 2013 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ odborný asistent, Katedra fyziologie rostlin, PrF UK Bratislava ( ), Katedra farmakologie a toxikologie Farmaceutické fakulty UK Bratislava ( ) a Botanický ústav Slovenské Akademie vied, Bratislava ( ); vědecký pracovník ( ) a samostatný vědecký pracovník ( ), Botanický ústav Slovenské Akademie vied, Bratislava; odborný asistent, Katedra fyziologie rostlin, PrF UK Bratislava (2011), Senior scientist a docent, CRH, PřF UP Olomouc (od roku 2012 doposud) Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Vedení bakalářských prací (4 obhájeny), vedení diplomových prací (6 obhájených), vedení dizertačních PhD prací (1 obhájena), v současnosti vedení 1 bakalářského studenta, 2 diplomantů a 2 PhD studentů. Předseda komise pro SZZ bakalářského studijního programu B1406 Biochemie studijního oboru 1406R012 Biotechnologie a genové inženýrství na PřF UP Olomouc, Člen komise pro SZZ navazujícího studijního programu N1406 Biochemie studijního oboru 1406T012 Biotechnologie a genové inženýrství na PřF UP v Olomouci, člen oborové komise doktorského studijního programu 1406V002 Biochemie pro státní doktorské zkoušky a obhajoby doktorských prací na PřF UP v Olomouci, člen oborové komise doktorského studijního programu Fyziológia rastlín pro státní doktorské zkoušky a obhajoby doktorských prací na PrF UK Bratislava, poradce pro studium pro všechny ročníky bc. a nav. studia studijního programu Biotechnologie a genové inženýrství. Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Botanika 2013 Univerzita Palackého WOS Scopus ostatní Olomouc Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ 1244 (All datab ases) Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Publikační činnost: Autor či spoluautor 1 monografie, 9 knižních kapitol, 66 publikovaných odborných a přehledných článků v mezinárodních impaktovaných časopisech (Web of Science, all databases), 36 vědeckých prací a abstraktů v zrecenzovaných sbornících, 132 publikovaných abstraktů v konferenčních souhrnech, 19 vyžádaných přednášek, 2 patentové přihlášky, citační ohlas 1244 citací (bez autocitací), h-index = 20 5 nejvýznamnějších publikačních výstupů ve vztahu k oblasti vzdělávání a studijnímu programu za posledních 5 let: 1. Komis G, Šamajová O, Ovečka M, Šamaj J (2018) Cell and developmental biology of plant mitogen-activated protein kinases. Annual Review of Plant Biology 69: , IF Vaškebová L, Šamaj J, Ovečka M (2018) Single-point ACT2 gene mutation in the Arabidopsis root hair mutant der1-3 affects overall actin organization, root growth and plant development. Annals of Botany, in press, doi: /aob/mcx180, IF Ovečka M, Vaškebová L, Komis G, Luptovčiak I, Smertenko A, Šamaj J (2015) Preparation of plants for

58 developmental and cellular imaging by light-sheet microscopy. Nature Protocols 10: , IF Ovečka M, Takáč T (2014) Managing heavy metal toxicity stress in plants: Biological and biotechnological tools. Biotechnology Advances 32: 73-86, IF Ovečka M, Takáč T, Komis G, Vadovič P, Bekešová S, Doskočilová A, Smékalová V, Luptovčiak I, Šamajová O, Schweighofer A, Meskiene I, Jonak C, Křenek P, Lichtscheidl I, Skultety L, Hirt H, Šamaj J (2014) Salt-induced subcellular kinase relocation and seeding susceptibility caused by overexpression of Medicago SIMKK in Arabidopsis. Journal of Experimental Botany 65: , IF Řešitel domácích a zahraničních výzkumných projektů: hlavní řešitel 2 národních projektů Grantové Agentury VEGA Slovenské Akademie Věd, 1 národního projektu Agentury pro Podporu Vědy a Výzkumu v Bratislavě, 1 národního projektu Evropské Unie (Individual Marie Curie European Reintegration Grant) a 1 rozvojového projektu FRUP na UP Olomouc. Působení v zahraničí studijní pobyt, Universität für Bodenkultur, Vienna, Rakousko (1 měsíc, 1996, FESPB Fellow), Rheinische Friedrich- Wilhelms-Universität Bonn, Německo (2 měsíce, 1999), Universität Wien, Rakousko (3 měsíce, 2001) a Radboud Universiteit Nijmegen, Nizozemsko (1 měsíc, 2005); post-doc, Institute of Ecology and Conservation Biology, University of Vienna, Rakousko (3 roky, , EU Marie Curie fellowship); post-doc, Universidad Pública de Navarra, Pamplona, Španělsko (3 roky, ) Podpis datum

59 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Marek Petřivalský Tituly doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1969 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40h/tý dně do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 40h/tý do N program dně kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu člen oborové rady doktorského studijního programu, školitel garant předmětů: KBC/PGSMM KBC/PGSRS Údaje o vzdělání na VŠ Mgr: Masarykova univerzita, biochemie, 1992 Dr.: Masarykova univerzita, ekologie, 1995 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ civilní služba, Odbor vnějších vztahů a informací Úřadu města Olomouce Katedra biochemie PřF UP v Olomouci, vědecký pracovník Katedra biochemie PřF UP v Olomouci, odborný asistent Katedra biochemie PřF UP v Olomouci, docent Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Bakalářské práce: 12 obhájených, 4 vedené Diplomové práce: 15 obhájených, 3 vedené Disertační práce: 2 vedené, 6 konzultant Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Biochemie 2013 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ 619 Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům 1. Satková P., Starý T., Plešková V., Zapletalová M., Kašparovský T., Činčalová-Kubienová L., Luhová L., Mieslerová B., Mikulík J., Lochman J., Petřivalský M. (2017) Diverse responses of wild and cultivated tomato to BABA, oligandrin and Oidium neolycopersici infection. Ann. Bot. 119: Danihlik J., Šebela M., Petřivalský M., Lenobel R. (2014) A sensitive quantification of the peptide apidaecin 1 isoforms in single bee tissues using a weak cation exchange pre-separation and nanocapillary liquid chromatography coupled with mass spektrometry. J. Chromat. A 1374: Kubienová L., Tylichová M., Kopečný D., Briozzo P., Šebela M., Navrátil M., Tâche R., Luhová L., Barroso J., Petřivalský M. (2013): Structural and functional characterization of a plant S-nitrosoglutathione reductase from Solanum lycopersicum. Biochimie 95: Piterková J., Luhová L., Hofman J., Turečková V., Novák O., Petřivalský M., Fellner M. (2012) Nitric oxide is involved in light-specific responses of tomato during germination under normal and osmotic stress conditions. Ann. Bot. 110: Piterková J., Hoffman J., Mieslerová B., Sedlářová M., Luhová L., Lebeda A., Petřivalský M. (2011) Dual role of nitric oxide in Solanum spp. Oidium neolycopersici interactions. Environ. Exp. Bot. 74: Působení v zahraničí 09/ /1991 Francie, University of Rennes, TEMPUS student 01/ /1993 Španělsko, Complutense University of Madrid, Postgraduální student 10/203-02/2004 Španělsko, UAB Barcelona, Vědecký pobyt Podpis datum

60 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Jozef Šamaj Tituly Prof., RNDr., DrSc. Rok narození 1964 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40 do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 40 do N program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu člen oborové rady doktorského studijního programu, školitel Údaje o vzdělání na VŠ RNDr., Přírodovědecká Fakulta, Komenského Univerzita, Bratislava, Všeobecná biologie, 1987; CSc., Přírodovědecká Fakulta, Komenského Univerzita, Bratislava, Fyziologie rostlin, 1993; habilitace - docent, University of Bonn, Německo, Botanika, 2004; DrSc., Slovenská akademie věd, Bratislava, Biologie, 2009; profesor, Univerzita Palackého v Olomouci, Botanika, 2009 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ odborný asistent, Katedra fyziologie rostlin, PrF UK Bratislava ( ); vědecký pracovník, UGBR SAV Nitra ( ); post-doc, Institute ofmicrobiology and Genetics, University ofvienna, Rakousko ( ); vedoucí výzkumné skupiny a docent, Institute ofcellular and Molecular Botany, University of Bonn; Německo ( ); profesor a vedoucí oddělení buněčné biologie na CRH, PřF UP Olomouc (od roku 2010 doposud) Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací vedení diplomových prací (7 obhájených), vedení dizertačních PhD prací (4 obhájené), v současnosti vedení 3 PhD studentů, garant studijního oboru Biotechnologie a genové inženýrství (program Biochemie), člen VPRO Biologie a Ekologie člen oborové rady programu DSP P1527 Biologie, obor Molekulární a buněčná biologie Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Botanika 2004 University of Bonn WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Botanika Rok udělení hodnosti 2009 Řízení konáno na VŠ Palackého univerzita 4785 (All datab ases) (Google Scholar) 5629 (Resear chgate) Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Nejvýznamnější vzdělávací činnosti za posledních 10 let: Anatomie a morfologie rostlin, GFP technologie, Dynamika rostlinných buněk (University of Bonn, ). ýuka předmětů na PřF UP: KBB/MBBR a CRH/MBBR Molekulární buněčná biologie rostlin, CRH/ZBVB Základy buněčné a vývojové biologie, CRH/BAK Bakalářská práce 1, CRH/BAKP Bakalářská práce 2, CRH/BTSE5 Biotechnologický seminář 5, CRH/BTSE6 Biotechnologický seminář 6, CRH/DPR2 Diplomová práce 2, CRH/DPR4 Diplomová práce 4, CRH/GFP GFP technologie a konfokální mikroskopie, CRH/POS3 Pokročilý oborový seminář 3, CRH/POS4 Pokročilý oborový seminář 4. Publikační činnost: celkem 205 záznamů na Web of Science (alldatabases), citační ohlas 4785 citací (4243 bez autocitací), h-index = 38.Editor nebo ko-editor 6 knih (5 ve vydavatelství Springer). Člen vědecké rady PřF UP. 5 nejvýznamnějších publikačních výstupů ve vztahu k oblasti vzdělávání a studijnímu programu za posledních 5 let: Takáč T, Vadovič P, Pechan T, Luptovčiak I, Šamajová O, Šamaj J (2016) Comparativeproteomic study ofarabidopsismutants mpk4 and mpk6. ScientificReports 6: Ovečka M, Vaškebová L, Komis G, Luptovčiak I, Smertenko A, Šamaj J (2015)

61 Preparationofplantsfordevelopmentaland cellularimaging by light-sheetmicroscopy. NatureProtocols 10, Komis G, Mistrík M, Šamajová O, Ovečka M, Bartek J, Šamaj J (2015) Superresolution live imagingof plant cellsusingstructuredilluminationmicroscopy. NatureProtocols 10, Komis G, Mistrík M, Šamajová O, Doskočilová A, Ovečka M, Illés P, Bártek J, Šamaj J (2014) Dynamics and organizationofcorticalmicrotubules as revealed by superresolutionstructuredilluminationmicroscopy. Plant Physiology 165, Smékalová V, Luptovčiak I, Komis G, Šamajová O, Ovečka M, Doskočilová A, Takáč T, Vadovič P, Novák O, Pechan T, Ziemann A, Košútová P, Šamaj J (2014) Involvementof YODA and mitogen activated protein kinase 6 in Arabidopsis post-embryogenicrootdevelopmentthrough auxin up-regulation and cell division plane orientation. New Phytologist 203, Řešitel zahraničních projektů (Německo - DFG, AvH, DAAD, Slovensko - VEGA) Řešitel domácích výzkumných projektů GAČR: GA S Genetické a buněčné biologické studium regulace signalizace YODA (MAP3K4) pomocí HSP90 u huseníčku ( ) GA S, Funkční regulace fosfolipasy D alfa 1 prostřednictvím MPK3- závislé fosforylace ( ) GA S, Studium fosforylace KATANINU1 a štěpení mikrotubulů v huseníčku ( ) GAP501/11/1764, Plant stress signaling by mitogen activatedproteinkinases: from basic researcharabidopsis to biotechnologicalapplications in plants ( ) Odborný garant buněčné biologie v projektu BIO-TECHNO, Příprava absolventů přírodovědeckých oborů pro uplatnění v evropských biotechnologických institucích pro rozvoj studijního oboru Biotechnologie a genové inženýrství, MŠMT (OPVK CZ.1.07/2.2.00/ , ) Akreditace studijního oboru Biotechnologie a genové inženýrství, program Biochemie, 2014 Působení v zahraničí post-doc, Universite Paul Sabatier Toulouse, France (1 rok, , EU projecteurosilva); post-doc, Institute of Botany, University ofbonn, Německo (2,5 roka, , AvHfellowship); post-doc, Institute ofmicrobiology and Genetics, University ofvienna, Rakousko (3 roky, , EU Maria Curie fellowship); docent a vedoucí výzkumné skupiny, Institute ofcellular and Molecular Botany, University of Bonn; Německo (7 roků, ) Podpis datum

62 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Tomáš Takáč Tituly Doc., Ing., Ph.D. Rok narození 1976 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40 do kdy 12/2018 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 40 do 12/2018 program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu Školitel, člen oborové rady Údaje o vzdělání na VŠ Ing. Agronomická fakulta, Slovenská poľnohospodárska univerzita, Nitra, Slovensko, obor: Rostlinná výroba, 1999; PhD Univerzita Komenského, Prírodovedecká fakulta, Bratislava, obor: Fyziologie rostlin, 2004 Doc. - Univerzita Palackého v Olomouci, obor: Biochemie, 2018 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ vědecký pracovník - Botanický ústav SAV, Bratislava ( ) a Ústav genetiky a biotechnologie rostlin SAV, Nitra ( ); junior researcher - Oddělení buněčné biologie, Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský Výzkum, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci ( dosud). Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací 4 úspěšně obhájené bakalářské práce (M. Hamršmídová 2012, P. Knotková 2015, N. Nogolová 2018, D. Lukáč 2018); 3 úspěšně obhájené diplomové práce (L. Kabrdová 2014, P. Kavalcová 2016, P. Knotková 2018). V současnosti vedu 3 bakalářské práce (J. Petrovaj, F. Kašpar, A. Zeiner), 2 diplomové práce (D. Lukáč, P. Melicher) a 1 PhD práci (P. Dvořák) Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Biochemie 2018 UP v Olomouci WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Jsem garantem nebo spolugarantem předmětů na SO Biotechnologie a genové inženýrství, program Biochemie: Cytoskelet a Signalling (CRH/CS), Biologie stresu a biotechnologie (CRH/BSB), Základy proteomiky (CRH/ZP), Biotechnologický seminář 3 (CRH/BTSE3), Biotechnologický seminář 4 (CRH/BTSE4) a Seminář z rostlinné proteomiky (CRH/RP). Publikační činnost: 32 publikovaných odborných a přehledných článků, 38 záznamů na Web of Science; 33 záznamů na Scopus. Pět nejvýznamnějších publikačních výstupů: 1. Takáč T, Šamajová O, Luptovčiak I, Pechan T, Šamaj J (2017) Feedback microtubule control and microtubule-actin cross-talk in Arabidopsis revealed by integrative proteomic and cell biology analysis of KATANIN 1 mutants. Molecular & Cellular Proteomics 16, Ovečka M, Takáč T (2014) Managing heavy metal toxicity stress in plants: Biological and biotechnological tools. Biotechnology Advances 32, Takáč T, Pechan T, Richter H, Müller J, Eck C, Böhm N, Obert B, Ren H, Niehaus K, Šamaj J (2011) Proteomics on brefeldin A-treated Arabidopsis roots reveals profilin 2 as a new protein involved in the cross-talk between vesicular trafficking and the actin cytoskeleton. Journal of Proteome Research 10, Smékalová V, Luptovčiak I, Komis G, Šamajová O, Ovečka M, Doskočilová A, Takáč T, Vadovič P, Novák O, Pechan T, Ziemann A, Košútová P, Šamaj J (2014) Involvement of YODA and mitogen activated protein kinase 6 in Arabidopsis post-embryogenic root development through auxin up-regulation and cell division plane orientation. New

63 Phytologist 203, Takáč T, Pechan T, Šamajová O, Ovečka M, Richter H, Eck C, Niehaus K, Šamaj J (2012) Wortmannin treatment induces changes in Arabidopsis root proteome and post-golgi compartments. Journal of Proteome Research 11, Působení v zahraničí postdoc výzkumný pobyt, Institute ofcellular and Molecular Botany, University of Bonn, Germany; 2013 a 2014: dvě 1 mesíčné stáže na InstituteforGenomics, Biocomputing and Biotechnology, Mississippi State University, USA" Podpis datum

64 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Petr Tarkowski Tituly Doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1976 typ vztahu k VŠ PP rozsah 36 do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 36 do N program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu člen oborové rady doktorského studijního programu, školitel Údaje o vzdělání na VŠ Mgr.: Univerzita Palackého v Olomouci, analytická chemie, Ph.D.: Univerzita Palackého v Olomouci, botanika, RNDr.: Univerzita Palackého v Olomouci, botanika, Údaje o odborném působení od absolvování VŠ : Univerzita Palackého v Olomouci, odborný asistent : Univerzita Palackého v Olomouci, docent Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací vedoucí 16 bakalářských prací, vedoucí 15 diplomových prací, konzultant 1 rigorózní práce a vedoucí 3 disertačních prací. Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Biochemie 2011 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Publikace ( ): (1) Tarkowski P, Vereecke D (2014) Threats and opportunities of plant pathogenic bacteria. Biotechol. Adv. 32, (2) Cavar S, Zwanenburg B, Tarkowski P. (2015) Strigolactones - Occurrence, Structure, and Biological Activity in the Rhizosphere. Phytochem. Rev. 14, (3) Zeljkovic SC, Topčagic A, Požgan F, Štefane B, Tarkowski P, Maksimovic M. (2015) Antioxidant aktivity of natural and modified phenolic extracts from Satureja montana L. Ind. Crop. Prod. 76, (4) Bar M, Israeli A, Levy M, Ben Gera H, Jiménez-Gómez JM, Kouril S, Tarkowski P, Ori N. (2016) CLAUSA Is a MYB Transcription Factor That Promotes Leaf Differentiation by Attenuating Cytokinin Signaling. Plant Cell 28, (5) Markovich O, Steiner E, Kouril S, Tarkowski P, Aharoni A, Elbaum R (2017) Silicon promotes biosynthesis and delays senescence in Arabidopsis and Sorghum. Plant cell environ., 40, Vzdělávací činnosti: seminář KBC/ZCHV 3h/týden (ZS); Přednáška KBC/FYTCH 2h/týden (ZS); cvičení KBC/EMB 8h/týden (ZS); cvičení KBC/FYLAB 5h/týden (LS). Výzkumné projekty: S, Aromatické a isoprenoidní cytokininy v topolu: biosyntéza a percepce; porkytovatel GAČR, , řešitel: Petr Tarkowski; 7AMB15AT004, Vliv analogů strigolaktonů na subcelulární distribuci PIN auxinových transporterů v Arabidopsis; poskytovatel MŠMT, , řešitel: Petr Tarkowski Působení v zahraničí 2001, Švédsko, Umea Plant Science Centre (7 měsíců); 2002 Švédsko, Umea Plant Science Centre (5 měsíců); Švédsko, Umea Plant Science Centre (20 měsíců); 2005, Japonsko, Osaka University (1 měsíc). Podpis datum

65 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemistry Jméno a příjmení Lucie Vaňková Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1978 typ vztahu k VŠ p.p. rozsah 40 hod. do kdy Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. p.p. rozsah 40 do program hod. kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu VCJ/PGAJ Anglický jazyk pro doktorské studium Údaje o vzdělání na VŠ PdF Palackého univerzita, Olomouc, učitelství pro 2. stupeň ZŠ: angličtina občanská výchova, 2001; PdF Palackého univerzita, Olomouc, postgraduální studium pedagogiky, Údaje o odborném působení od absolvování VŠ VOŠ Caritas, Olomouc učitelka Aj ZŠ Spojenců, Olomouc učitelka Aj Centrum jazykové přípravy, PdF UP Olomouc lektor Aj ZŠ Závodu míru, Pardubice učitelka Aj 2006 dosud KCJ, PřF UP, Olomouc lektor Aj Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům : zapojena úvazkem 0,4 na projektu,,smart výuka cizích jazyků na PřF v Olomouci; 2017 současnost: zapojena úvazkem 0,1 jako Odborný pracovník projektu,,univerzita Palackého jako komplexní vzdělávací instituce''; Působení v zahraničí 2003 The International Centre for the Study of Giftedness, Radbound University Nijmegen, the Netherlands (3 months) Podpis datum

66 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Ludmila Zajoncová Tituly Doc., RNDr.,Ph.D. Rok narození 1957 typ vztahu k VŠ PP rozsah 20 do kdy 12/18 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. PP rozsah 20 do 12/18 program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu školitel Údaje o vzdělání na VŠ RNDr. UP Olomouc, PřF Analytická chemie 1982 Ph.D. UP Olomouc, Lékařská chemie a biochemie, 1998, doc. UP Olomouc Biochemie Údaje o odborném působení od absolvování VŠ studium na PřF UP Olomouc obor Analytická chemie 1983 rigorózní zkouška titul RNDr stipendistka na Katedře analytické chemie PřF UP Olomouc (1 rok) Nealko k.p., Olomouc chemik-mikrobiolog (4 roky) Katedra biochemie, PřF UP Olomouc, odborný asistent 1998 Ph.D. v oboru Lékařská chemie a biochemie 2009 Habilitační řízení na PřF UP Olomouc v oboru Biochemie - docent 2009 dosud Katedra biochemie, PřF UP Olomouc, docent Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací 2016 Habitační komise na MU Brno (2 docenti) Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Biochemie 2009 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ 227 Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Kluchová K., Zbořil R.,Tuček J.,Pečová M., Zajoncová L., Šafařik I., Mashlan M., Marková I., Jančík D., Šebela M., Bartoňková H., Bellesi V., Novák P., Petridis D. (2009) Superparamagneticmaghemitenanoparticlesfrom solidstatesynthesis as peroral MRI contrast agent and carrierfor trypsin immobilization. Biomaterials 30(15) PečováM., Zajoncová L., Poláková K., Čuda J., Šafaříková M., Šebela M., Šafařík I.(2011) Biologicky aktivní látky imobilizované na magnetických nosičích a jejich využití v biochemii a biotechnologiích. Chem. Listy 105, Jořenek M., Zajoncová L. (2013) Biotechnologický význam lakasy a její charakteristika. Chem. Listy 107, Jořenek M. and Zajoncová L. (2015) Immobilization of Laccase on MagneticCarriers and its Use in DecolorizationofDyes. Chem. Biochem. Eng. 29 (3) Zajoncová L., Tarkowski P., Halouzka R.: Základní chemické výpočty pro biochemiky a biotechnology (skripta,2016) ZajoncováL. a kolektiv: Člověk a zdraví, Vydavatelství UP Olomouc 2013 (ISBN ) Zajoncová L. Vinter V.: Praktická cvičení z chemie a biologie, Vydavatelství UP Olomouc 2013 (ISBN ) Působení v zahraničí Bayreuth Německo (1 týden) Paříž-Grignon Francie (1 týden) Univerzita v Padově - Itálie - (1 měsíc) Podpis datum

67 C-I Personální zabezpečení Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biochemie Jméno a příjmení Marek Šebela Tituly prof., Mgr., Dr. Rok narození 1971 typ vztahu k VŠ pp. rozsah 40 do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. pp. rozsah 40 do N program kdy Další současná působení jako akademický pracovník na jiných VŠ typ prac. vztahu rozsah Předměty příslušného studijního programu a způsob zapojení do jejich výuky, příp. další zapojení do uskutečňování studijního programu člen oborové rady doktorského studijního programu, školitel garant předmětů: KBC/PGSEB Experimentální biochemie KBC/PGSPB Praktická bioinformatika KBC/PGSPT Proteomika Údaje o vzdělání na VŠ Je absolventem magisterského studia, obor Biochemie, na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně (1994); je absolventem doktorského studia, obor Biochemie, tamtéž (1997). Údaje o odborném působení od absolvování VŠ Působí na Přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci (PřF UP) od 09/1994 s výjimkou prezenční vojenské služby (1997/1998), postupně jako asistent, odborný asistent (1996), docent (2002), profesor (2008). V l byl vedoucím Katedry biochemie PřF UP, v l byl zastupujícím ředitelem Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum PřF UP, kde od r vede Oddělení biochemie proteinů a proteomiky. Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací Jako školitel dosud vedl 26 obhájených diplomových prací, 19 obhájených bakalářských prací a 10 obhájených disertačních prací. Je garantem Bc. a NzMg. studia bioinformatiky. Je členem oborové komise doktorského studijního programu Biochemie na PřF UP v Olomouci a PřF UK v Praze. Posuzoval 44 disertačních prací jako oponent. Byl předsedou a členem habilitačních nebo jmenovacích komisí na PřF UP v Olomouci a členem habilitačních komisí a komisí pro jmenování profesorem na UK nebo VŠCHT v Praze a MU v Brně. Posuzoval jako oponent četné habilitační práce. Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací Biochemie 2002 Masarykova u., Brno WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Biochemie 2007 Masarykova u., Brno Přehled o nejvýznamnější publikační a další tvůrčí činnosti nebo další profesní činnosti u odborníků z praxe vztahující se k zabezpečovaným předmětům Garantuje 7 přednáškových celosemestrálních kurzů pro Bc. a NzMg. studium biochemie a bioinformatiky, pro které připravil elektronické výukové materiály. K tomu je garantem 3 předmětů doktorského studia biochemie. Je autorem nebo spoluautorem 4 skript (2 jen v elektronické formě). Za posledních pět let publikoval jako spoluautor 35 vědeckých prací v mezinárodních recenzovaných časopisech s impaktovým faktorem a 4 kapitoly v monografiích. V období byl řešitelem (2) nebo se podílel na řešení (4) u projektů domácích (MŠMT, GAČR) i zahraničních poskytovatelů (OeAD); podílel se na řešení dvou ukončených projektů OpVK jako lektor nebo mentor. Aktuálně se rovněž podílí na řešení projektu Národní program udržitelnosti I (MŠMT) jako člen týmu a vedoucí výzkumné skupiny. Působení v zahraničí 1995, 1996 Universität Bayreuth, Německo, celkem 3 měsíce , Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik, Dresden, Německo, celkem 3 měsíc Podpis datum

68 C-II Související tvůrčí, resp. vědecká a umělecká činnost Přehled řešených grantů a projektů u akademicky zaměřeného bakalářského studijního programu a u magisterského a doktorského studijního programu Řešitel/spoluřešitel Prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. Véronique Hélene Bergougnoux-Fojtik,, Ph.D. Mgr. Yoshihisa Ikeda, Ph.D. Prof. RNDr. Jozef Šamaj, DrSc Doc. RNDr. Jitka Frébortová, Ph.D. Prof. RNDr. Jozef Šamaj, DrSc Georgios Komis, Ph.D. Názvy grantů a projektů získaných pro vědeckou, výzkumnou, uměleckou a další tvůrčí činnost v příslušné oblasti vzdělávání Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje (EF16_019/ ) Úloha reaktivních forem dusíku a kyslíku v signálních drahách a odpovědích včel na stresové podmínky (LTAUSA17116) Editace genomu ječmene systémem CRISPR-Cas nový nástroj pro moderní šlechtění (GA S) Zdroj Období C C B Kontrola organogeneze a meristémové aktivity v modelovém organismu Arabidopsis thaliana prostřednictvím různých rodin transkripčních faktorů (GA S) B Genetické a buněčné biologické studium regulace signalizace B YODA (MAP3K4) pomocí HSP90 u huseníčku (GA S) Vliv fytohormonů produkovaných houbami řádu Hypocreales na B proces patogeneze (GA S) Funkční regulace fosfolipasy D alfa 1 prostřednictvím MPK3- B závislé fosforylace (GA S) Charakterizace organizace mikrotubulů během buněčného dělení, B růstu a morfogeneze rostlin pomocí superresoluční mikroskopie (GA S) Nové linie pšenice pro efektivnější využití vstupů a s vyšší B odolností ke stresům (QJ ) Udržitelný rozvoj výzkumu Centrum regionu Haná (LO1204) C spoluřešitel Mgr. Hana Pospíšilová, PhD. Prof. RNDr. Ivo Frébort, CSc., PhD. spoluřešitel Mgr. Jiří Dlouhověkost včel a její úloha v udržitelném chovu (QJ ) B Danihlík, Ph.D. Mgr. David Kopečný, Studium enzymů podílejících se na metabolismu purinů, C Ph.D. pyrimidinů a cytokininů v rostlinách (7AMB17DE009) Véronique Hélene Srovnávací studie zákládání nodálních kořenů u rýže a ječmene na C Bergougnoux-fojtik, molekulární a buněčné úrovni (7AMB17FR048) Ph.D. Přehled řešených projektů a dalších aktivit v rámci spolupráce s praxí u profesně zaměřeného bakalářského a magisterského studijního programu Pracoviště praxe Název či popis projektu uskutečňovaného ve spolupráci s praxí Období

69 Odborné aktivity vztahující se k tvůrčí, resp. vědecké a umělecké činnosti vysoké školy, která souvisí se studijním programem Studenti budou řešit své doktorské práce v laboratořích garantující Katedry biochemie PřF UP a v laboratořích Centra regionu Haná Oddělení biochemie proteinů a proteomiky, Oddělení molekulární biologie, Oddělení buněčné biologie v návaznosti na zaměření jednotlivých laboratoří v oblasti studia zapojení signálních drah, studia vlivu struktury sloučenin na jejich biologickou aktivitu, studia strukturních a kinetických vlastností enzymů a to s využitím nejmodernějších metod biochemie jako jsou proteomické, mikroskopické, elektromigrační, chromatografické metody a metody molekulární biologie. Na katedře biochemie je dlouhodobý výzkum orientovaný na studium obranných reakcí rostlin se zaměřením na úlohu reaktivních forem kyslíku a dusíku v obranných a signálních mechanismech. Součástí je studium postranslačních modifikací proteinů a jejich role v regulačních mechanismech u rostlin. Další řešená problematika se týká studia antimikrobiální aktivity včelích peptidů zahrnující purifikace a kvantifikace antimikrobiálních peptidů včel, testování antimikrobiální aktivity peptidů a dalších látek proti různým kmenům bakterií. Dále je výzkum zaměřen na studium imunitního systému včel v reakci na patogeny či parazity a úlohu reaktivních forem kyslíku a dusíku v jeho regulaci a dále na analýzu příčin ztrát včelstev. V laboratořích Oddělení Proteinové biochemie a proteomiky CRH jsou řešeny čtyři základní směry výzkumné činnosti. Výzkum hub a oomycet zahrnuje profilování povrchových proteinů a jejich identifikaci pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI. Výzkum v oblasti strukturní biologie je zaměřený na strukturněfunkční analýzy rostlinných nukleosidhydrolas, které katalyzují štěpení N-glykosidových vazeb v nukleosidech. Dalším předmětem zájmu jsou rostlinné aldehyddehydrogenasy působící na aldehydové substráty (vyřešení krystalových struktur, pochopení procesů katalýzy a analýze expresních profilů kódujících genů). Výzkum v oblasti fytochemie bude zaměřen na rostlinné hormony z oblasti aromatických cytokininů. Výzkum v oblasti rostlinné proteomiky se zabývá problematikou afinitní purifikace proteinů spadající do chemické proteomiky s imobilizovanými deriváty rostlinných hormonů a jejich analogů a vývojem analytických metod pro studium fosforylace proteinů vyvolávané vybranými fytohormony. V laboratořích Oddělení molekulární biologie CRH byla zavedena metoda velmi účinné transformace rostlin ječmene a dalších obilnin. Různé geny podílející se na metabolismu a percepci hormonů byly vloženy do genomu ječmene za účelem morfologických či fyziologických změn rostlinného organismu. Kromě transgenoze za účelem modulace endogenního obsahu fytohormonů byly transformovány do obilovin další geny, které výrazně zvyšují regeneraci nadzemní části u Arabidopsis, nebo geny kódující ABC transportéry využívané pro selektivní tok antibiotik či rezistenci vůči rozličným chorobám. Ječmen je také využíván jako expresní systém pro molekulární farmaření. Kromě rostlin je zde geneticky manipulováno i s fytopatogeními houbami patřícími do rodu Claviceps, které způsobují velké škody např. na čiroku v Africe a na druhé straně mohou být využívány pro produkci různých terapeutických látek. V laboratořích Oddělení buněčné biologie CRH je výzkum na vývojovou a environmentální signalizaci stresů pomocí mitogenem-aktivovaných proteinkinas (MAPKs) v rostlinách a interákcí rostlin s baktériemi. Důraz je kladen na regulaci polarity, cytoskeletu a vezikulárního transportu. Oddělení fytochemie CRH se pak zabývá analýzou obsahových látek v aromatických a medicinálních rostlinách a studiem jejich metabolomu. Výzkum probíhá v úzké a dlouhodobé spolupráci s předními zahraničními univerzitami a vědeckými pracovišti. Do výzkumných projektů jsou systematicky zapojováni studenti, a to zejména formou řešení disertačních, diplomových a bakalářských prací na témata související s aktuálně řešenými vědeckými problémy. v oblasti studia, studia zapojení signálních drah, studia vlivu struktury sloučenin na jejich biologickou aktivitu, studia strukturních a kinetických vlastností enzymů aj. a to s využitím nejmodernějších metod biochemie jako jsou proteomické, mikroskopické, elektromigrační, chromatografické metody a metody molekulární biologie. Členové katedry biochemie a Oddělení biochemie proteinů a proteomiky, Oddělení molekulární biologie, Oddělení buněčné biologie a Oddělení fytochemie CRH v realizovaných směrech výzkumu dosahují dlouhodobě špičkových výsledků na mezinárodní úrovni, což je dokumentováno řadou publikací v prestižních mezinárodních odborných časopisech. Studenti doktorského studia jsou systematicky zapojováni do výzkumných projektů a mezinárodní spolupráce. Informace o spolupráci s praxí vztahující se ke studijnímu programu

70 C-III Informační zabezpečení studijního programu Název a stručný popis studijního informačního systému Název: IS/STAG ( Informační systém studijní agendy IS/STAG je součástí univerzitního informačního systému Univerzity Palackého v Olomouci. Jedná se komplexní systém pokrývající administraci studia od podání přihlášky až po vydání diplomu a vazby na další související informační systémy. Přístup ke studijní literatuře Studijní literatura je dostupná v univerzitní knihovně v budově Zbrojnice a v knihovně přírodovědecké fakulty. Fakultní knihovna sídlí ve dvou objektech: v budově na ulici 17. listopadu 12 je umístěn i fond oborů chemie. Studenti mají také k dispozici elektronické informační zdroje ( Přehled zpřístupněných databází Přístup do elektronických časopisů a knih: Název a stručný popis používaného antiplagiátorského systému Název: Theses.cz ( Systém Theses.cz je vyvíjen a provozován Masarykovou univerzitou. Slouží vysokým školám jako národní registr závěrečných prací a umožňuje mezi uloženými pracemi vyhledávat plagiáty. Veřejnosti jsou zpřístupňovány záznamy o závěrečných pracích, příp. plné texty (podle rozhodnutí školy).

71 C-IV Materiální zabezpečení studijního programu Místo uskutečňování studijního programu Kapacita výukových místností pro teoretickou výuku Olomouc zkratka místnosti kapacita typ vlastník fakulta/katedra/pracoviště tř. 17. listopadu 12, Olomouc SE učebna Přírodovědecká fakulta SE učebna Přírodovědecká fakulta SE učebna Přírodovědecká fakulta SE E1 42 učebna Přírodovědecká fakulta SE E2 28 učebna Přírodovědecká fakulta SE PC 20 učebna Přírodovědecká fakulta SE laboratoř (vyuková) Přírodovědecká fakulta SE laboratoř (vyuková) Přírodovědecká fakulta SE VL1 12 laboratoř (vyuková) Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna (aula) Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna Přírodovědecká fakulta LP učebna (aula) Přírodovědecká fakulta LP laboratoř Katedra optiky LP laboratoř (počítačová) Katedra optiky LP učebna Katedra optiky Pozn.: Jsou uvedené učebny pro teoretickou výuku v budově PřF UP na tř. 17. listopadu 12, Olomouc a učebny v areálu Šlechtitelů 27 PřF UP, které jsou ve společném fondu nebo ve správě Katedry biochemie PřF UP. Posluchárny SE 501, SE 502, SE 507, SE E2 budou v roce 2018 renovovány. Budovy a tedy i všechny učebny jsou ve vlastnictví Univerzity Palackého v Olomouci. Z toho kapacita v prostorách v nájmu Kapacita a popis odborné učebny - Doba platnosti nájmu -

72 Katedra biochemie PřF UP disponuje 3 výukovými laboratořemi a 6 výzkumnými laboratořemi. 1. Laboratoř pro mikroskopické metody (kapacita 4 osoby) 2 badatelský, mikroskopy Olympus opatřené chlazenými digitálními kamerami, mikroskop Olympus BX 50 s digitální kamerou DP70, vibratom s dvojramenným zdrojem, mikroskop s mikromanipulací IX51S8F3, vibratom Leica VT1000S, mikroskop CX21FS1, stereolupa BEL binokular (STMPRO-B), stereolupa BEL binokular (STMPRO-T), hybridní zobrazovací multidetekční reader 2. Laboratoř pro elektroforetické metody metody (kapacita 4 osoby) Transiluminátor DR, chemiluminiscenční skener, LICOR C-DIGIT, Dokumentační systém GEL DOC EZ Imager, vybavení pro realizaci elektroforézy včetně několika zdrojů, jednotka pro elektrobloting, zařízení Trans Blot Turbo system 3. Laboratoř pro chromatografické metody metody (kapacita 4 osoby) Chlazená mikrocentrifuga, systém pro nízkotlakou chromatografii, gradientový HPLC systém, UPLC-MS systém pro analýzu nízkomolekulárních látek a peptidů 4. Laboratoř pro spektrofotometrické metody (kapacita 6 osob) Spektrofotometr Reader Synergy HT, spektrometr PowerWave XS destičkový, spektrofotometr Agilent 8453, spektrofotometr Reader Synergy H1, třepačka Biosan, mikrodestičkový reader pro UV-VIS- Epoch/2, chemiluminiscenční analyzátor oxidu dusnatého a reaktivních sloučenin dusíku 5. Laboratoř pro molekulárně biologické metody (kapacita 12 osob) Box Biohazard, gradientový termocycler, digestoř Merci, detekční systém CFX96 Real Time PCR, chlazená centrifuga, m UV/VIS kyvetový spektrofotometr, inkubátor INCUBAT 85, třeoačky multi-spin centrifugy, ultrazvuková lázeň,rotátor Multi Bio RS 24 rotační vakuový koncentrátor, 6. Laboratoř (kultivační, přípravná), (kapacita 12 osob) Analytické váhy Sartorius, váhy přesné Radwag PS (2 ks), předvážky, homogenizátor T 18/10 centrifuga ROTANTA 460R stolní chlazená, sterilizátor parní TUTNAUER, sterilizátor horkovzdušný Nuve FN55 třepačka chlazená stolní, výrobník ledové tříště, homogenizátor Ultra Turax, ph metr, míchačky, vortexy, třepačky, Po přípravu rostlinného materiálu pro experimenty katedra biochemie disponuje 1 fytotronem a 1 kojí ve skleníku. Oddělení biochemie proteinů a proteomiky CRH disponuje 5 výzkumnými laboratořemi (kapacita 20 osob) Vybavení proteomických laboratoří zahrnuje přístroje a zařízení pro produkci rekombinantních proteinů, chromatografickou a elektroforetickou separaci proteinů a pro identifikaci a kvantifikaci proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. Jedná se o komůrky pro jednorozměrnou i dvojrozměrnou elektroforézu v polyakrylamidovém gelu, dokumentační zařízení pro zpracování obrazu, střednětlaké a nízkotlaké kapalinové chromatografy pro proteiny, kultivační třepačky, autokláv, centrifugy, termostaty, laminární boxy, UV-Vis spektrofotometry, CD-spektrometr. Hmotnostní spektrometr Microflex LRF20 MALDI-TOF umožňuje provádět peptidové mapování, ale postrádá kolizní celu pro tandemovou hmotnostní spektrometrii. Používá se proto převážně pro kontrolu výsledků štěpení proteinových vzorků a pro měření s intaktními buňkami mikroorganismů. Hmotnostní spektrometr Q-TOF maxis s vysokým rozlišením je přímo spojen s nanoprůtokovým kapalinovým chromatografem pro peptidy. Je využitelný nejen pro identifikaci, ale i pro kvantifikaci, a to buď pomocí značení stabilními izotopy, nebo i bez značení. MALDI-TOF/TOF hmotnostní spektrometr ultraflextreme je rovněž vhodný pro kvalitativní i kvantitativní proteomiku, k čemuž může fungovat i ve spojení s nanoprůtokovým kapalinovým chromatografem a sběračem frakcí Proteineer. Všechny hmotnostní spektrometry jsou ovládány pomocí software pro manuální a automatické získávání dat, archivaci dat a databázové vyhledávání. Oddělení molekulární biologie CRH disponuje 5 výzkumnými laboratořemi (kapacita 25 osob) Mezi hlavní vybavení oddělení patří sekvenátor MiSeq (Illumina) pro sekvenaci nukleových kyselin, genomickou a transkriptomickou analýzu. Multifunkční systémy pro qpcr a DNA array, real-time PCR (Applied Biosystems), termocykléry, robotický pipetovací systém a robot pro in situ hybridizaci. Spektrofotometry UV/VIS (Agilent), čtečka mikrotitračních destiček, cirkulární dichroismus, EPR spektrometr. Zařízení pro přípravu rekombinantních proteinů v Escherichia coli a Pichia pastoris - termostatované třepačky, 20 l fermentor pro mikrobiální kultivace sterilizovatelný in situ (Sartorius), multifunkční chlazené centrifugy a zařízení pro sběr buněk, downstream processing; LC a FPLC pro purifikace proteinů (BioRad). V rámci CRH dále disponuje 6 vestavěnými fytotronovými komorami pro růst rostlin, skleníkem a experimentálním polem. Oddělení buněčné biologie CRH disponuje 5 výzkumnými laboratořemi (kapacita 25 osob) Mezi hlavní vybavení patří pokročilé mikroskopické systémy umožňující zobrazování fluorescenčně značených struktur

73 nebo molekul a jsou využívány například pro bioimaging semenáčků rostlin, cytoskeletu a endosomů. Laserový skenovací mikroskop (Carl Zeiss, LSM 710) Slouží ke studiu fluorescenčních vlastností biologických vzorků se zachováním vysoké citlivosti a udržením nízké hladiny šumu a autofluorescence. Mikroskop umožňuje získávání 3D obrazu s relativně vysokým spektrálním a optickým rozlišením, simultánně v několika optických kanálech (tzv. multispektrální mikroskopie). Konfokální mikroskop s live detekcí (Carl Zeiss) Umožňuje sledování živých buněk laserovou skenovací mikroskopii a minimalizuje fototoxicitu. Systém je založen na technologii otočného disku (Yokogawa) pro dosažení maximální skenovací rychlosti a nízké fototoxicitě světla dopadajícího na vzorek. Systém umožňuje rychlé získávání kvalitních 4D snímků s relativně vysokým časově a místně lokalizovaným rozlišením. Light-sheet mikroskop (Carl Zeiss, Z1) Je přizpůsoben ke snímání buněčných a vývojových procesů objemnějších vzorků v průběhu dlouhého času a za vhodných environmentálních podmínek. Mikroskop dosahuje úroveň celulárního a sub-celulárního rozlišení, je v něm však možné snímat i celé orgány rostlin. Rostliny jsou v mikroskopu umístněné ve vertikální poloze a je zabezpečena normální výměna plynů pro nadzemní část rostliny. Vzorky jsou snímány velice tenkou vrstvou excitačního světla, co výrazně snižuje míru fototoxicity. Rostliny tak v mikroskopu neustále rostou a mohou být kontinuálně snímány v řádu hodin a dnů. Super-rozlišovací mikroskop (Carl Zeiss, Elyra S1) Slouží ke snímání fluorescenčně značených vzorků s minimálně dvojnásobně větším rozlišením, než je běžné u jiných výkonných mikroskopů. Při snímání je využit princip strukturovaného osvětlení vzorku pomocí rotace a vychylování specializovaných mřížek. Tímto způsobem je možné od sebe oddělit světlo rozptylované při difrakci od světla nerozptýleného. Následná softwarová separace rozptýleného světla vede k dramatickému zvýšení rozlišení. Mikroskop je vhodný ke snímání tenkých preparátů a kromě tradičních aplikací na fixovaných preparátech je využitelný i na studium živých buněk. Oddělení fytochemie CRH disponuje 1 výzkumnou laboratoří (kapacita 5 osob) Vybavení zahrnuje hmotnostní spektrometrem s analyzátorem iontová past, který funguje v přímém spojení s nanoprůtokovým kapalinovým chromatografem a další související techniku. Z toho kapacita v prostorách v nájmu Kapacita a popis odborné učebny žádná Doba platnosti nájmu - Z toho kapacita v prostorách v nájmu Vyjádření orgánu hygienické služby ze dne Doba platnosti nájmu Opatření a podmínky k zajištění rovného přístupu Rovný přístup je deklarován v Řádu přijímacího řízení Univerzity Palackého v Olomouci, ve Studijním a zkušebním řádu Univerzity Palackého v Olomouci a v Etickém kodexu akademických pracovníků a vědeckých pracovníků Univerzity Palackého v Olomouci. Specializovaným pracovištěm na UP zabývajícím se podporou studentů se specifickými vzdělávacími potřebami či studentů pocházejících ze sociálně či etnicky znevýhodněného prostředí je Centrum podpory studentů se specifickými potřebami. Jedná se o celouniverzitní zařízení poskytující komplexní odborný poradenský, technický a terapeutický servis studentům se specifickými potřebami ze všech fakult Univerzity Palackého.

74 D-I Záměr rozvoje a další údaje ke studijnímu programu Záměr rozvoje studijního programu a jeho odůvodnění Cílem doktorského studijního programu Biochemistry je příprava vysoce kvalifikovaných vědeckých pracovníků v oboru biochemie, kteří jsou schopni v praxi uplatnit nejnovější vědecké poznatky a metodické přístupy z oboru biochemie, biotechnologie a genového inženýrství, bioinformatiky, molekulární genetiky a biologie a příbuzných chemických a biologických oborů. Cílem je tedy vychovat kvalifikované odborníky v dané oblasti, schopné samostatně připravovat vědecké grantové projekty, plánovat výzkumnou činnost, orientovat se v moderních informačních technologiích, získávat a zpracovávat nejnovější vědecké informace z mezinárodních elektronických databází, ovládat sběr a zpracování dat v on-line zapojení přístrojů k testování validity modelů a k přípravě vlastních graficky a věcně hodnotných prezentací, vyhledávat a navazovat mezioborové spolupráce u nás i v zahraničí, komunikovat, sepisovat a prezentovat výsledky v anglickém jazyce. Studijní program umožňuje studentům získat a zdokonalit své pedagogické dovednosti zapojením do výuky bakalářských a magisterských studijních programů Biochemie, Biotechnologie a genové inženýrství, Bioinformatiky, případně příbuzných vědních oborů a manažerských schopností aktivním vedením bakalářských a diplomových prací studentů oboru biochemie. Studenti se během studia zdokonalí v anglickém jazyce tak, aby mohli běžně komunikovat, sepisovat publikace a přednášet na mezinárodních konferencích. Hlavním těžištěm studia je experimentální práce pod vedením zkušených a kvalifikovaných vysokoškolských učitelů. Studium je založeno na individuálních studijních plánech připravených samostatně pro každého studenta. Studenti jsou zapojeni do výzkumných projektů, které řeší pracovníci podílející se na jejich vzdělávání, často řešených s mezinárodní spoluúčastí a to např. v oblasti biotechnologie, studia signálních drah a obranných mechanismů, studia vlivu struktury sloučenin na jejich biologickou aktivitu, studia aktivních míst enzymů metodami enzymové kinetiky a s využitím moderních biochemických, bioanalytických, proteomických a molekulárně biologických metodických přístupů. Počet přijímaných uchazečů ke studiu ve studijním programu přihlášených přijatých zapsaných poměr přijatí/zapsaní 2018/2019: /2018: /2017: /2016: /2015: /2014: Předpokládaná uplatnitelnost absolventů na trhu práce Absolvent doktorského studijního oboru Biochemistry, vzhledem k získání rozsáhlých teoretických a zejména praktických experimentálních znalostí a dovedností v průběhu studia, je schopen v praxi uplatnit nejnovější vědecké poznatky z oboru biochemie, biotechnologie a genového inženýrství, bioinformatiky, molekulární genetiky a biologie a příbuzných chemických a biologických oborů. Absolvent na základě svých praktických zkušeností dokáže samostatně plánovat výzkumnou činnost v soutěživém prostředí grantových systémů, s kritickým hodnocením získaných výsledků včetně statistické analýzy. Absolvent ovládá širokou škálu moderních biochemických, molekulárně biologických, mikroskopických, analytických metod a biotechnologických postupů včetně bioinformatického přístupu, umožňujících realizovat experimenty na molekulární a buněčné úrovni, včetně technik instrumentální analýzy biologických vzorků. Absolvent v důsledku intenzivního rozvoje poznatků v oblasti bioinformatiky je schopen uplatnit se a orientovat se v moderních informačních technologiích, je schopen získávat a zpracovat nejnovější vědecké informace ze světových elektronických databází. Ovládá sběr a zpracování dat v on-line zapojení přístrojů k testování validity modelů a k přípravě vlastních graficky a věcně hodnotných prezentací. Absolvent dokáže formulovat nové vědecké hypotézy a je schopen připravit návrhy na jejich studium formou grantových projektů. Vzhledem k absolvování několikaměsíční zahraniční stáže je absolvent schopen vyhledávat a navazovat mezioborové spolupráce u nás i v zahraničí. Znalosti anglického jazyka má na takové úrovni, že dokáže běžně komunikovat, sepisovat a prezentovat výsledky. Studium je vedeno tak, aby absolvent byl maximálně adaptabilní a dokázal se orientovat i v nových trendech oboru, které přináší nové intenzivně rozvíjející se technologie. Absolvent má rovněž zkušenosti s pedagogickou činností v rámci zapojení do výuky bakalářského a magisterského studia oborů v programu Biochemie. Manažerské schopnosti si absolvent rozšířil a upevnil v rámci vedení bakalářských a diplomových prací. Absolvent je připraven na profesionální působení v oboru své specializace, kde se vyžadují hluboké znalosti v oblasti biochemie, biotechnologie, bioinformatiky a dalších příbuzných oborů. Široké teoretické, experimentální a manažerské zkušenosti předurčují absolventy tohoto oboru k tvůrčí vědecko-výzkumné práci, která je stále více žádána na nejrůznějších pracovištích výzkumných ústavů, vysokých škol, nemocnic a státních i soukromých výzkumných laboratoří v ČR a v zahraničí, které se zabývají problematikou biochemie, biotechnologie, bioinformatiky a molekulární a buněčné biologie a genetiky s důrazem na uplatnění výstupů v praxi. Jsou seznámeni s organizací vědecké práce a mají zkušenosti s pedagogickou činností. Mají možnost další vědecké a pedagogické činnosti v ČR nebo na post-doktorských místech na špičkových zahraničích pracovištích.

75 Příloha E Formulář Sebehodnotící zprávy v rámci žádosti o schválení studijního programu Studijní program: Biochemistry Doctoral Study Program 1 Silné stránky studijního programu Doktorský studijní program Biochemistry klade důraz na přípravu absolventů schopných tvůrčí výzkumné činnosti, kteří dokáží samostatně formulovat a řešit velmi složité teoretické či experimentální problémy v biochemii a souvisejících disciplínách, dokáží samostatně organizovat vědeckou práci, jsou schopni komunikace o odborné problematice v anglickém jazyce a dokáží nabyté poznatky a dovednosti úspěšně využít při řešení problémů v praxi. Studenti jsou během doktorského studia systematicky zapojováni do výzkumných projektů a mezinárodní vědecké spolupráce a absolvují zahraniční stáž, která jim umožní získat cenné zkušenosti a navázat a prohloubit kontakty se zahraničními kolegy. Díky kvalitní moderní infrastruktuře, jež je v současné době významně inovovaná a rozšiřovaná v rámci projektů OP VVV, budou mít studenti možnost pracovat se špičkovými přístroji a provádět vysoce komplexní experimenty na úrovni plně srovnatelné s předními evropskými i světovými laboratořemi. Doktorský studijní program Biochemistry navazuje přímo na bakalářský a magisterský studijní program biochemie, které byly akreditovány Katedrou biochemie na PřF UP v roce V roce 2012 bylo vybudováno v rámci projektu OP VaVpI Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum (CRH), které zahrnuje řadu biologických, biochemických a biotechnologických pracovišť Tato pracoviště disponují silným personálním zázemím řady předních odborníků v různých oblastech biochemie, biologie a molekulární biologie, kteří se podílejí na zajištění kvalitního individuálního vedení studentů. Studenti se během studia účastní domácích i zahraničních konferencí a rovněž seminářů a workshopů zahraničních expertů. Studenti jsou systematicky vedeni k tomu, aby dle svého zaměření dokázali své rozsáhlé teoretické a zejména praktické experimentální znalostí a dovedností aplikovat při řešení zadaných vědeckých projektů, tak aby následně v praxi dokázali uplatnit nejnovější vědecké poznatky z oboru biochemie, biotechnologie a genového inženýrství, bioinformatiky, molekulární genetiky a biologie a příbuzných chemických a biologických oborů. Absolvent na základě svých praktických zkušeností dokáže samostatně plánovat výzkumnou činnost v soutěživém prostředí grantových systémů, s kritickým hodnocením získaných výsledků včetně statistické analýzy. Absolvent ovládá širokou škálu moderních biochemických, molekulárně biologických, mikroskopických, analytických metod a biotechnologických postupů včetně bioinformatického přístupu, umožňujících realizovat experimenty na molekulární a buněčné úrovni, včetně technik instrumentální analýzy biologických vzorků. Absolvent v důsledku intenzivního rozvoje poznatků v oblasti bioinformatiky je schopen uplatnit se a orientovat se v moderních informačních technologiích, je schopen získávat a zpracovat nejnovější vědecké informace ze světových elektronických databází. Absolvent dokáže formulovat nové vědecké hypotézy a je schopen připravit návrhy na jejich studium formou grantových projektů. Vzhledem k absolvování několikaměsíční zahraniční stáže je absolvent schopen vyhledávat a navazovat mezioborové spolupráce u nás i v zahraničí. Znalosti anglického jazyka má na takové úrovni, že dokáže běžně komunikovat, sepisovat a prezentovat výsledky. Studium je vedeno tak, aby absolvent byl maximálně adaptabilní a dokázal se orientovat i v nových trendech oboru, které přináší nové intenzivně rozvíjející se technologie. Absolvent má rovněž zkušenosti s pedagogickou činností v rámci zapojení do výuky bakalářského a magisterského studia oborů v programu Biochemie. Manažerské schopnosti si absolvent rozšířil a upevnil v rámci vedení bakalářských a diplomových prací. Absolvent je připraven na profesionální působení v oboru své specializace, kde se vyžadují hluboké znalosti v oblasti biochemie, biotechnologie, bioinformatiky a dalších příbuzných oborů. Profil absolventa doktorského studijního programu Biochemistry je tak plně v souladu s rámcovým profilem absolventa, jak jej pro oblast vzdělávání Chemie specifikuje nařízení vlády č. 275/2016 Sb.

76 Jádrem studia je výzkumná činnost jednotlivých studentů zaměřená na řešení jejich dizertačních prací doplněná o zkoušky z několika odborných předmětů vybraných individuálně v souladu s odborným zaměřením studenta a jeho dizertační práce, a o další aktivity jako je získání zkušeností z pedagogické činnosti, zapojení do projektových aktivit, prezentace vědeckých výsledků a popularizace vědy či stáž u potenciálních zaměstnavatelů z řad významných firem v oboru. Takto koncipovaný obsah studia úspěšně zajišťuje dosažení cílů studia a stanoveného profilu absolventa. Obsah odborných předmětů je průběžně inovován tak, aby studenti byli seznamováni s nejaktuálnějšími poznatky ve studovaném oboru. Všechny předměty po obsahové stránce plně odpovídají tematickému zaměření studijního programu. 2 Slabé stránky studijního programu Vzhledem k výše uvedenému lze konstatovat, že doktorský studijní program Biochemistry se nevyznačuje žádnými výraznými slabými stránkami a ve všech ohledech naplňuje standardy doktorského studijního programu, jak vyplývají z příslušných právních norem, požadavků Národního akreditačního úřadu i vnitřních předpisů Univerzity Palackého v Olomouci. Personální zabezpečení je vysoce kvalitní a vzhledem k plánovaným habilitačním a profesorským řízení bude dále posíleno. O doktorské studium Biochemistry je vzhledem k technickému vybavení laboratoří a zajištění vysoce kvalitních školitelů stále velký zájem. Možnou problematickou stránkou je, že uvedený obor klade velké nároky na studenty, aby naplnili cíle a standardy studia. Abychom snížili možné větší procento neúspěšnosti studentů při studiu, jsou studenti včas seznamováni se všemi nároky a požadavky, prochází kompetitivním přijímacím řízením a školitelé řeší včas studijní problémy a individuálně podporují své studenty. Zároveň probíhá pravidelná kontrola studia. Studium také představuje pro studenty velkou časovou investici. Pro některé studenty může představovat i ekonomické riziko. Abychom eliminovali slabé stránky spojené s touto hrozbou, nabízí jak fakulta tak i garantující pracoviště různé formy stipendií, která pomohou studentům zajistit dostatečný příjem, aby neměli existenciální problémy, které by mohli ohrozit jejich studijní výsledky. 3 Personální zabezpečení studijního programu Doktorský studijní program Biochemistry je kvalitně personálně zabezpečen kmenovými pracovníky Katedry biochemie PřF UP, mezi něž patří 3 docenti (doc. Lenka Luhová, doc. Marek Petřivalský a doc. Ludmila Zajoncová) a pracovníky s úvazkem na KBC i CRH 2 profesoři (prof. Ivo Frébort, prof. Marek Šebela) a pracovníky CRH 1 profesor (prof. Jozef Šamaj) a 3 docenti (doc. Miroslav Ovečka, doc. Ing. Tomáš Takáč, Ph.D. a doc. Petr Tarkowski). V následujícím období je perspektiva habilitace u 4 pracovníků CRH a profesorského řízení u doc. Marka Petřivalského a doc. Miroslava Ovečky (probíhající řízení s očekávaným ukončením v roce 2018). Tito pracovníci se na zabezpečení realizace studijního programu podílejí jako školitelé, členové oborové komise i jako garanti klíčových odborných studijních předmětů. Do realizace studijního programu budou zapojeni i další pracovníci katedry Biochemie a CRH, odborní asistenti a akademičtí vědečtí pracovníci, kteří se budou podílet na vědecké výchově doktorandů jako konzultanti či školitelé pro jednotlivá stanovená témata a budou participovat na výuce odborných předmětů v tomto doktorském studijním programu. V současnosti na katedře biochemie působí 4 a na CRH 22 akademických pracovníků s titulem Ph.D. nebo Dr. Všichni výše uvedení pracovníci tak pokrývají široké spektrum témat a odborných zaměření, v nichž se mohou studenti doktorského studijního programu Biochemistry profilovat. Garantem doktorského studijního programu Biochemistry je profesor Ivo Frébort, který patří k předním světovým odborníkům na oblast biochemie, enzymologie a molekulární biologie. Jeho nejnovější práce a projekty se týkají zejména rostlinné biotechnologie a přípravě geneticky modifikovaných rostlin. Prof. Frébort je ředitelem Centra regionu Haná pro biotechnologický

77 a zemědělský výzkum. Vystudoval Univerzitu Palackého v Olomouci a Ph.D. v oboru Bioresources Science získal na Tottori Univerzitě v Japonsku. Od roku 1988 působí na PřF UP v Olomouci, přičemž od roku 2005 jako profesor v oboru biochemie. Je členem výkonného výboru Evropské biotechnologické federace a řešitelem nebo spoluřešitelem více než 30 vědecko-výzkumných projektů. Profesor Frébort je autorem 116 publikací na WOS (Core Collection), citační ohlas 1751 citací (1431 s vyloučením autocitací), h-index Výhled personálního zabezpečení studijního programu Vzhledem k věkové struktuře profesorů a docentů podílejících se na zabezpečení studijního programu (1 profesor ve věku pod 50 let, 2 profesoři ve věku mezi 50 a 62 lety, 4 docenti ve věku pod 50 let, 2 docenti ve věku let) je doktorský studijní program kvalitně personálně zabezpečen v horizontu 10 let. V průběhu následujících dvou let předpokládáme realizaci 2 profesorských řízení (doc. Miroslav Ovečka a doc. Marek Petřivalský)a 4 habilitaci (Véronique Hélene Bergougnoux-Fojtik, Georgios Komis, David Kopečný, Ondřej Plíhal). V horizontu 5 až 6 let pak předpokládáme habilitaci dalších vysoce perspektivních akademických pracovníků. Tento předpokládaný kvalifikační růst dále posílí personální zabezpečení studijního programu. V průběhu dalších let bude personální zabezpečení studijního programu dle možností dále posilováno také zapojením nových mladých pracovníků přicházejících ze zahraničí či z jiných akademických a vědeckých institucí v ČR a důraz bude kladený na otevřenost, akademickou a vědeckou excelenci a internacionalizaci studijního programu i celého garantujícího pracoviště. Mladí perspektivní výzkumní a akademičtí pracovníci budou průběžně zapojování do realizace doktorského studia na pozicích konzultantů či školitelů pro vybraná témata a také se budou podílet na výuce jednotlivých odborných předmětů. 5 Výhled vzdělávací a tvůrčí činnosti ve studijním programu Výchova studentů v doktorském studijním programu Biochemistry bude i nadále velmi úzce propojena s výzkumem realizovaným na Katedře biochemie PřF UP a v laboratořích Centra regionu Haná Oddělení biochemie proteinů a proteomiky, Oddělení molekulární biologie, Oddělení buněčné biologie a Oddělení fytochemie. Bude kladen důraz na rozvoj nových vysoce perspektivních směrů v oblasti biochemie, molekulární biologie, biotechnologie s posílením možností praktických výstupů. Studenti doktorského studijního programu budou významně profitovat z nové infrastruktury, jež je v současné době pro potřeby tohoto doktorského programu pořizovaná v rámci projektu financovaného z Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání. Studenti tak budou mít k dispozici nové přístroje pro realizaci mikroskopických, chromatografických a spektrofotometrických metod. Špičkově vybavené laboratoře CRH budou dále v rámci řešení projektu OP VVV výzvy Excelentní výzkum s názvem Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje dovybaveny nejmodernější infrastrukturou, která umožní studentům doktorského studia získat vysoce kvalitní vzdělání. Tyto kroky povedou k udržení a zajištění vysoké kvality a konkurenceschopnosti tohoto doktorského studijního programu v ČR i v mezinárodním kontextu a zajistí vysokou uplatnitelnost absolventů na domácím i mezinárodním trhu práce.

78 V Olomouci dne Prohlášení V případě udělení oprávnění uskutečňovat doktorský studijní program Biochemistry bude studijní program garantován a studijní předměty garantovány a vyučovány na odpovídající odborné úrovni po celou dobu platnosti akreditace. Pokud dojde k případnému odchodu některých pracovníků, budou nahrazeni pracovníky s kvalifikací odpovídající daným požadavkům. doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. děkan Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci