Stanovisko habilitační komise

Transkript

1 Stanovisko habilitační komise Vstupní a identifikační údaje Stanovisko komise na jmenování uchazeče: RNDr. Ivan ČEPIČKA, Ph.D. docentem pro obor: ZOOLOGIE Složení habilitační komise Předseda: Členové: prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D. (PřF UK v Praze) prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc. (Parazitologický ústav BC AV ČR, Č. Budějovice) prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc. (Parazitologický ústav BC AV ČR, Č. Budějovice) prof. RNDr. Jan Zima, DrSc. (PřF UK v Praze a Ústav biologie obratlovců AV ČR v Brně) prof. RNDr. Jan Zrzavý, CSc. (Přírodovědecká fakulta JU, Č. Budějovice) Název obhájené habilitační práce: Fylogeneze a diverzita skupin Fornicata a Parabasalia Jména tří oponentů habilitační práce: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D. (Parazitologický ústav BC AV ČR, Č. Budějovice) RNDr. Eva Nohýnková, Ph.D. (1. LF UK v Praze) doc. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D. (Parazitologický ústav BC AV ČR, Č. Budějovice) 1. Základní údaje o uchazeči 1.1 Jméno, příjmení (dřívější příjmení), tituly, místo a datum narození Ivan Čepička, RNDr., Ph.D., Stod, Průběh vzdělání a získání vědeckých hodností: 2002: Mgr., studijní program "Biologie", studijní obor "Biologie", PřF UK v Praze 2005: Ph.D., studijní program "Biologie", obor "Parazitologie", PřF UK v Praze 2006: RNDr., studijní obor "Biologie", PřF UK v Praze 1.3 Průběh zaměstnání : vědecký pracovník, 100%, katedra parazitologie PřF UK v Praze : samostatný vědecký pracovník, 100%, katedra parazitologie PřF UK v Praze dosud: odborný asistent, 100%, katedra zoologie PřF UK v Praze 1.4 Zahraniční pobyty 2003: 3 měsíce, Laboratoř Dr. A. J. Rogera a Dr. A. G. B. Simpsona, Dalhousie University, Halifax, Kanada 2007: 2 měsíce, Laboratoř Dr. A. J. Rogera, Dalhousie University, Halifax, Kanada

2 2. Pedagogická činnost 2.1 Výuka v pregraduálním studiu Akad. rok -3 Akad. rok - 2 Akad. rok -1 Běžící akad. rok přednášky hodin ročně semináře hodin ročně praktická výuka stáže, cvičení, 56 ( ) 43 (13 + 5x6*) 39 (9 + 5x6*) 79 (9 + 5x6* + 40 ) laboratorní práce hodin ročně CŽV hodin ročně * V předmětech "Cvičení z protistologie" jde o opakující se výuku pro šest skupin studentů. Při "Terénním cvičení ze zoologie" se pedagogové střídají ve výuce osmi skupin studentů, celková hodinová dotace pro výuku Dr. Čepičkou je 40 hodin. Dr. Čepička je na katedře zoologie v rámci navazujícího magisterského oboru "Zoologie" studijním poradcem magisterského zaměření "Zoologie bezobratlých". Organizace bakalářského studia se účastní jako koordinátor komise pro výukový modul "Organismy". 2.2 Vedení absolventů pregraduálního a doktorského studia Akad. rok -3 Akad. rok -2 Akad. rok -1 Běžící akad. rok Bc. vedení z toho absolventi Mgr. vedení z toho absolventi Ph.D. vedení z toho absolventi Dr. Čepička rovněž působil jako školitel-specialista jedné doktorské studentky ve studijním programu "Parazitologie". 2.3 Stručná charakteristika hlavních vyučovaných předmětů Dr. Čepička se významně angažuje ve výuce dvou skupin předmětů: (a) Zoologicky orientované předměty ("Zoologie bezobratlých", "Speciální zoologie bezobratlých", "Terénní cvičení ze zoologie", "Terénní parazitologie", a v současnosti již nezajišťovaná "Metodika zoologické práce") pokrývají problematiku bezobratlých živočichů (morfologii, ontogenezi, fyziologii, ekologii, fylogenezi a systematiku jednotlivých skupin) a jsou součástí studijních plánů bakalářských studijních oborů "Biologie", "Ekologická a evoluční biologie" a "Biologie se zaměřením na vzdělávání", a dále studijního plánu navazujícího magisterského oboru "Zoologie". (b) Protistologicky orientované předměty ("Protistologie", "Obecná protistologie", "Cvičení z protistologie") vycházejí ze studia endosymbiogenetického vzniku eukaryotické buňky, mitochondrie a plastidu a představují jednotlivé linie jednobuněčných eukaryot, jejich fylogenetické vztahy a jejich vztah k mnohobuněčným eukaryotům; jsou obsaženy ve studiu bakalářských studijních oborů "Biologie", "Ekologická a evoluční biologie" a "Biologie se zaměřením na vzdělávání", a dále ve studijních plánech navazujících magisterských oborů "Zoologie", "Parazitologie" a nově akreditované "Protistologie". Ve všech případech se jedná o výuku stěžejních předmětů pro výše uvedené obory.

3 2.4 Autorství učebnic a dalších studijních pomůcek Učebnice a skripta Dr. Čepička je spoluautorem nejnovější parazitologické učebnice "Paraziti a jejich biologie" (Triton 2007), ve které se podílel na tvorbě kapitoly "Protozoologie" Atlasy Nejsou E-learningové programy Nejsou Další Dr. Čepička se podílel na tvorbě studijních textů pro celostátní kola Biologické olympiády v letech 2005, 2007 a Vědecko-výzkumná činnost 3.1 Publikace vědecko výzkumného charakteru a tvůrčího charakteru české a slovenské cizojazyčné celkem posl. 5 let hlavní autor celkem posl. 5 let hlavní autor monografie kap. v monografiích periodika s IF rec. časopisy rec. sborníky krit. edice pramenů koment. překlady Vydavatelé monografie Dr. Čepička je spoluautorem dvou kapitol v monografiích vydaných v nakladatelství InTech Rijeka a Elsevier Oxford. 3.3 Nejvýznamnější práce uchazeče (a) Silberman J. D., Simpson A. G. B., Kulda J., Čepička I., Hampl V., Johnson P. J., Roger A. J. (2002): Retortamonad flagellates are closely related to diplomonads - implications for the history of mitochondrial function in eukaryote evolution. Molecular Biology and Evolution 19: Práce obsahuje první sekvenční data retortamonád, což jsou protista významná pro pochopení rané evoluce eukaryotických organismů. Retortamonády původně patřily mezi skupiny, které byly považovány za primárně amitochondriální (Archezoa). U všech skupin/linií Archezoa s výjimkou retortamonád bylo později ukázáno, že jsou sekundárně amitochondriální. Příbuznost retortamonád s diplomonádami (další skupina původních Archezoa) tedy nově naznačuje, že i retortamonády jsou sekundárně amitochondriální a mitochondrie vznikly velmi brzy během eukaryogeneze. (b) Takishita K., Kolísko M., Komatsuzaki H., Yabuki A., Inagaki Y., Čepička I., Smejkalová P., Silberman J. D., Hashimoto T., Roger A. J., Simpson A. G. B. (2012): Multigene phylogenies of diverse Carpediemonas-like organisms identify the closest relatives of "amitochondriate" diplomonads and retortamonads. Protist 163:

4 Karpediemonády tvoří společně s diplomonádami a retortamonádami taxon Fornicata, který byl ustaven teprve v roce Vnitřní fylogenetické vztahy taxonu Fornicata zůstávaly dlouho nepoznány, a až tato publikace přináší první multigenovou analýzu s dostatečným zastoupením fornikát. Karpediemonády tvoří parafyletickou skupinu na bázi fornikát; u retortamonád bylo navíc zjištěno, že jsou polyfyletické. V rámci fornikát tedy muselo dojít ke konvergentní evoluci. (c) Čepička I., Hampl V., Kulda J. (2010): Critical taxonomic revision of parabasalids with description of one new genus and three new species. Protist 161: Parabasalia (trichomonády) jsou významnou skupinou protist, které jsou známy vysokou variabilitou ve velikosti buněk a počtu bičíků. To ovlivňovalo i původní taxonomický systém, který předpokládal, že evoluce postupovala od jednoduchých forem ke složitějším. Molekulárně fylogenetické studie však ukázaly, že např. složité mnohobičíkaté formy vznikly mnohokrát nezávisle, a morfologicky jednoduché trichomonády netvoří bazální skupinu - jde o sekundárně redukované formy. Tato revize tedy předložila hypotézu evoluce morfologických struktur při respektování závěrů molekulárně fylogenetických studií a modifikovala systém trichomonád tak, aby byly eliminovány polyfyletické taxony. Nový systém je v současnosti široce akceptován a používán vědeckou komunitou. 3.4 Citace celkový počet citací dle WoS bez přímých autocitací: počet citovaných prací dle WoS: počet citací prací uchazeče vydaných v posledních pěti letech dle WoS bez přímých autocitací: H-index uchazeče dle WoS: údaje až dle jiné metodiky (SCOPUS, další uvést název) - použit WoS 3.5 Celkové hodnocení publikační činnosti uchazeče Dr. Čepička ve svých publikacích předkládá originální výsledky výzkumu v oblasti morfologie, taxonomie a molekulární fylogenetiky parazitických i volně žijících protist (charakteristika výzkumu viz vědecko-výzkumná činnost uchazeče). V těchto oblastech lze publikace označit jako stěžejní, opřené nejen o detailní dílčí experimentální data, ale i o nadhled a syntézu, takže ve spektru prací najdeme i revize velkých skupin studovaných organismů. Přínos pro studium biodiverzity parazitických i neparazitických protist je tedy zásadní. Dosud publikoval 24 prací v mezinárodních časopisech s impakt faktorem, přičemž produkce se od roku 2004 ustálila v průměru na 2-4 publikacích ročně. Ve spektru těchto časopisů lze najít i velmi prestižní tituly s vysokým impaktním faktorem (Environmental Microbiology = 5,843, Molecular Biology and Evolution = 5,550; impaktní faktor časopisů, ve kterých publikuje Dr. Čepička, se nejčastěji pohybuje v rozmezí 2,0-3,5). Složení autorů jednotlivých publikací ukazuje, že Dr. Čepička vytvořil na půdě PřF UK (spolu se svými kolegy a studenty) silný a mezinárodně uznávaný tým. Kromě řady publikací vzniklých na domácím pracovišti je doložen i přiměřený počet publikací vzniklých ve spolupráci se zahraničními vědeckými pracovišti, což je dokladem mezinárodního kreditu Dr. Čepičky i jeho schopnosti komunikovat s předními pracovišti v oboru. Pět publikací je prvoautorských, u dvou publikací z roku 2012 je uchazeč již v pozici "senior author". Citační ohlas (bez autocitací) výrazně převyšuje požadavky na uchazeče o habilitaci a má rostoucí trend; v posledních letech je na úrovni citací ročně. H-index je vzhledem k věku uchazeče vysoký. Kromě publikací v mezinárodních časopisech se Dr. Čepička podílel jako spoluautor na dvou kapitolách v zahraničních vědeckých monografiích - zpracoval kapitolu Diversity of Heterolobosea v knize Genetic Diversity in Microorganisms (InTech Rijeka 2012) a kapitolu Amitochondriate Protists (diplomonads, parabasalids and oxymonads) v knize Encyclopedia of Microbiology (Elsevier Oxford 2009).

5 3.6 Řešitelství grantů, výzkumných záměrů a center roky realizace název a číslo grantu, VZ nebo VC poskytovatel Diverzita a evoluce anaerobních GAČR heteroloboseí, P506/11/0890 (řešitel) Vznik sekundárního plastidu u euglenidů, P506/11/1320 (člen řešitelského týmu) GAČR Vliv zvýšeného kontaktu s člověkem GAČR na diverzitu a ekologii jednobuněčných parazitů afrických lidoopů, GA206/09/0927 (spoluřešitel) Diverzita a evoluce skupiny GAČR Archamoebae, GP206/08/P275 (řešitel) Přístrojová modernizace MŠMT praktikovým místností katedry zoologie pro výuku předmětů v bakalářském a magisterském stupni, FRVŠ 556/2011 (spoluřešitel) Polymorfizmus lidského parazita MŠMT Pentatrichomonas hominis, FRVŠ 2804/2003 (řešitel) Ekologické procesy v evoluci modelových skupin organismů, výzkumný záměr MSM (člen řešitelského týmu) MŠMT Kromě výše uvedeného byl Dr. Čepička (jako student) členem řešitelských týmů dalších projektů GAČR, v případě projektů GAUK byl nebo je garantem projektů 5 studentů (řešitelů). 3.7 Autorství (případně spoluautorství) patentů Patenty - NEJSOU Patenty v České republice v zahraničí (kde? - EU, USA, JV Asie, ) podané přijaté Patenty aplikované v praxi (stručná charakteristika) - NEJSOU licenční smlouva pro Českou republiku zahraničí (kde? - EU, USA, JV Asie, ) v jednání uzavřena 3.8 Zhodnocení vědecko výzkumné činnosti uchazeče Dr. Čepička začal pracovat v roce 1999 jako student v laboratoři prof. Jaroslava Flegra na katedře parazitologie a hydrobiologie PřF UK. Zde se do roku 2005, kdy absolvoval doktorské studium, zabýval zejména diverzitou a hostitelskou specifitou střevních trichomonád obratlovců. Na modelovém rodu Tetratrichomonas ukázal, že druhová diverzita

6 trichomonád je mnohem větší než se dříve soudilo. Kromě toho odhalil, že alespoň některé klasické morfospecies trichomonád ve skutečnosti představují složité komplexy hostitelsky specifických linií/druhů. Během této práce si osvojil techniky kultivace střevních bičíkovců a získal řadu unikátních izolátů (oceněno i oponenty habilitační práce). Díky nim byla odhalena fylogenetická pozice dvou významných linií protist, a to retortamonád a opalin. V případě retortamonád, o kterých se soudilo, že jde o primárně amitochondriální a archaickou linii eukaryotických organismů, se zároveň nepřímo potvrdilo, že redukce jejich organelové výbavy je sekundární a souvisí s přechodem na anaerobní způsob života. V roce 2006 přešel na katedru zoologie PřF UK. Zde vybudoval samostatný výzkumný tým, který v současné době zahrnuje pět postgraduálních studentů, čtyři magisterské studenty a jednu bakalářskou studentku. Na katedře zoologie pokračuje ve výzkumu střevních bičíkovců a ve spolupráci s českými i zahraničními kolegy publikoval přelomové práce v oboru fylogeneze skupin Fornicata a Parabasalia. Během posledních pěti let však své zájmy rozšířil i na volně žijící prvoky a v dnešní době se zabývá fylogenezí a diverzitou prakticky všech skupin anaerobních protist. V roce 2012, a to krátce po podání žádosti o zahájení habilitačního řízení, se podařilo publikovat první komplexní molekulárně fylogenetickou studii skupiny Archamoebae a objev nových anaerobních zástupců skupiny Heterolobosea. Byl zkoumán i fenomén sekundárně volně žijících organismů ve skupinách Parabasalia a Fornicata. Protože Dr. Čepička patří mezi nastupující mezinárodně uznávané odborníky na diverzitu anaerobních protist, byl přizván do konsorcia Pro WG (Protist Working Group) zabývajícího se možností využití metody DNA barcoding u protist. Z této spolupráce již byla publikována studie v prestižním časopise PLoS Biology (CBOL Protist Working Group: Barcoding eukaryotic richness beyond the animal, plant, and fungal kingdoms - neuvedeno v podkladech uchazeče, publikováno 2012, impakt faktor časopisu 11,452). V současnosti také probíhají analýzy transkriptomu několika anaerobních prvoků představujících nově objevené linie skupin Archamoebae, Heterolobosea, Jakobida a Parabasalia. Kromě anaerobních protist Dr. Čepička dlouhodobě spolupracuje s doc. Svobodovou na tématu diverzity skupiny Kinetoplastea. Již několik let se ve spolupráci se svým studentem Mgr. Falteiskem věnuje i geomikrobiologii, oboru, který byl dosud v České republice opomíjen. V roce 2012, opět krátce po podání žádosti o zahájení habilitačního řízení, se podařilo publikovat první geomikrobiologickou studii vzniklou z této spolupráce (časopis Extremophiles, impakt faktor 2,941). Z hlediska mezinárodní spolupráce Dr. Čepička dlouhodobě spolupracuje s týmy A. G. B. Simpsona, A. J. Rogera (Dalhousie University, Halifax, Kanada), B. S. Leandera (University of British Columbia, Vancouver, Kanada), J. D. Silbermana (University of Arkansas, Fayetteville, USA) a Y. Inagakiho (University of Tsukuba, Tsukuba, Japonsko). 4. Další tvůrčí činnost relevantní k oboru habilitace 4.1 Další profesní kvalifikace dosažená kvalifikace v oboru a datum dosažení (atestace, advokátní zkoušky apod.) viz kap. 1.2 (vzdělání a vědecké hodnosti) výlučnost práce v oboru (provádění zvláště náročných výkonů, zavedení nových metod či zdokonalení stávajících atd.) Dr. Čepička používá náročné metodické postupy ve světelné a elektronové mikroskopii, a dále v molekulární fylogenetice, včetně aplikací odpovídajícího softwaru. Vyvinul metody pro specifickou kultivaci řady obtížně kultivovatelných protist.

7 4.2 Autorství významných uměleckých děl či organizace tvůrčích akcí nejvýznamnější díla nebo jiné realizace (vystoupení, koncerty, překlady krásné literatury a poezie atd.) - NEJSOU hlavní přínos k umělecké činnosti v daném oboru (kupř. vytvoření nové technologie, stylu či založení školy) - NENÍ organizace významných akcí (workshopy, festivaly, symposia, výstavy atd.) Byl organizátorem konference 38. Jírovcovy protozoologické dny, , Jáchymov recenze a jiné ohlasy na umělecká díla a tvůrčí činnost (katalogy výstav a dalších uměleckých akcí, monografie věnované uchazeči jako umělci, recenze v odborných časopisech atd.) Uchazeč je redakcemi prestižních zahraničních časopisů (např. Molecular Biology and Evolution, Molecular Phylogenetics and Evolution, PLoS ONE, Protist) pravidelně oslovován jako recenzent (oponent) rukopisů. 4.3 Popularizující publikace české a slovenské cizojazyčné popularizující monografie 0 0 kapitoly v popul. monografiích 0 0 studie v nerecenz. časopisech a sbornících 0 0 recenze v tisku a nerecenz.časopisech 0 0 překlady 0 0 edice sborníků 0 0 články v tisku 0 0 populárně-vědecké časopisy 2 0 odborné studie v rámci internetových projektů Ostatní činnosti 5.1 Aktivní účast na mezinárodních vědeckých konferencích přednášející ve smyslu invited speaker (v příloze doložit zvacími dopisy nebo programy tří nejvýznamnějších akcí) - NENÍ jako organizátor konference, člen jejího přípravného výboru - NENÍ předseda sekce konference (chairman) předseda sekce "Phylogenomics", konference Protist 2008 (ISOP 59, ISEP XVII), Halifax, Kanada, předseda sekce "Phylogeny V: Flagellated Protists II, konference VIth European Congress of Protistology, Berlín, Německo, Členství ve vědeckých nebo uměleckých radách - NENÍ (seznam institucí, uvedených jmenovitě s daty členství) 5.3 Členství v redakčních radách vědeckých časopisů - NENÍ (seznam s názvy časopisů, daty působení v redakčních radách, případně IF časopisu)

8 5.4 Významná ocenění za vědeckou činnost v oboru Cena děkana PřF UK pro mladé vědecko-pedagogické pracovníky 5.5 Další odborné aktivity (a) přednášky typu "invited speaker" na domácích konferencích a seminářích - odborný seminář v Lékařském domě ČLS JEP, Biologické čtvrtky na PřF UK, seminář na Přírodovědecké fakultě Univerzity Komenského v Bratislavě (b) aktivní účast (přednáška nebo poster) na četných zahraničních (Norsko, Německo, Japonsko, Kanada, Čína, Polsko, Finsko) i domácích konferencích (c) člen výboru (tajemník) České parazitologické společnosti 6. Závěr stanoviska habilitační komise Habilitační komise ke jmenování RNDr. Ivana Čepičky, Ph.D. docentem pro obor "Zoologie" konstatuje na základě předložených dokumentů, že uchazeč je uznávanou vědeckou osobností v oblasti výzkumu parazitických i volně žijících protist, zejména se zaměřením na jejich morfologii, taxonomii a molekulární fylogenetiku. V širším kontextu se nově zabývá eukaryogenezí, a to zejména původem vybraných organel v jednobuněčných organismech. Jelikož studované organismy zahrnují i parazity savců a dalších živočichů, lze přínos vědecké práce Dr. Čepičky vidět i ve vztahu k humánní a veterinární parazitologii a dalším biomedicínským oborům. Úspěch výzkumných aktivit i mezinárodní vědecký kredit Dr. Čepičky dokládají přelomové publikace v renomovaných zahraničních časopisech (24 publikací v časopisech s impaktním faktorem) i vysoký citační ohlas (dle WoS 249 citací bez autocitací, H-index je 11). Jmenovaný je rovněž spoluautorem dvou kapitol v zahraničních vědeckých monografiích. S ohledem na vědecký výkon lze citovat dva oponenty habilitační práce: (a) "Dr. Čepička naprosto zásadním způsobem ovlivnil pohled na taxonomii i evoluci exkavátních prvoků." (b) "Za hlavní přednost považuji to, že Dr. Čepička dokáže syntetizovat nové a často překvapivé výsledky molekulární taxonomie s morfologií buněk jednotlivých skupin, a hledat společné jmenovatele, například sledovat vývoj znaků v průběhu evoluce." Rovněž zapojení Dr. Čepičky do výukových aktivit je nadstandardní. Významným způsobem se podílí na výuce 5 předmětů (menší podíl má i na dalších), které mají stěžejní význam pro několik bakalářských či navazujících magisterských biologických oborů (viz výše); věnuje se i výuce budoucích středoškolských učitelů. Přímá výuka se pohybuje v rozsahu hodin ročně. Z hlediska školení studentů (diplomové projekty) ve všech třech stupních studia lze konstatovat, že Dr. Čepička založil úspěšný výzkumný tým, v rámci kterého se jmenovanému dosud podařilo vychovat 8 absolventů bakalářského studia a 5 absolventů navazujícího magisterského studia. Jeden z oponentů tyto aktivity výstižně charakterizuje: "Dr. Čepička má chvályhodnou snahu chytat do svých tenat schopné studenty, a předávat tak své dovednosti dál. A že se mu to daří, to mohu dosvědčit coby častý oponent jejich výborných grantových přihlášek zasílaných do interní Grantové agentury Univerzity Karlovy." Je nutno také zdůraznit, že Dr. Čepička je rovněž jednou z klíčových osobností nově akreditovaného navazujícího magisterského oboru "Protistologie". Jmenovaný se nebrání ani organizačním aktivitám ve prospěch výuky (funkce studijního poradce jednoho magisterského zaměření či koordinátora bakalářské modulové komise, členství v komisích pro státní závěrečné zkoušky všech tří stupňů studia). Komise konstatuje, že habilitační práce Dr. Čepičky byla všemi třemi oponenty hodnocena velmi kladně a snese srovnání s mezinárodními měřítky. Všichni oponenti doporučují uznání práce a její přijetí jako součásti habilitačního řízení. Z výše uvedeného plyne, že Dr. Čepička splňuje a v řadě parametrů převyšuje (publikace v impaktovaných časopisech, jejich citovanost, počet absolventů magisterského studia, apod.) kritéria požadovaná pro jmenování docentem na Univerzitě Karlově v Praze.

9 Na základě výsledku tajného hlasovaní (hlasování se zúčastnilo 5 členů komise, 5 členů bylo pro, 0 proti) komise doporučuje kladné vyřízení habilitační žádosti Dr. Ivana Čepičky, a tedy postoupení návrhu na jmenování Dr. Čepičky docentem pro obor "Zoologie" k dalšímu řízení. Předseda: prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D.... Členové: prof. RNDr. Jan Zima, DrSc.... prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.... prof. RNDr. Jan Zrzavý, CSc.... prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.... V Praze dne 19. března 2013