Vytvořen. ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR ití pro udržitelný rozvoj dopravy. Tomáš. Libosvár

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Vytvořen. ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR ití pro udržitelný rozvoj dopravy. Tomáš. Libosvár"

Lubomír Holub
před 8 lety
Počet zobrazení:

1 Vytvořen ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využit ití pro udržitelný rozvoj dopravy Tomáš Libosvár

2 TA Vytvořen ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využit ití pro udržitelný rozvoj dopravy Projekt výzkumu podporovaný Technologickou agenturou ČR Program Alfa Doba řešení: 01/ /2015 Řešitelé: HBH Projekt spol. s r.o. Ateliér ekologie Mgr. Tomáš Šikula Ing. Tomáš Libosvár Mendelova univerzita v Brně Ústav ochrany lesů a myslivosti (LDF) Ing. Martin Ernst Ph.D. 1/12

01/2012 12/2015 Řešitelé: HBH Projekt spol. s r.o. Ateliér ekologie Mgr. Tomáš Šikula Ing.

3 TA Vytvořen ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využit ití pro udržitelný rozvoj dopravy Cíle projektu: vyhodnocení vlivu fragmentace na genetickou variabilitu populací ve vybraných oblastech ČR vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců (návrh, zkušební provoz, otevření pro veřejnost) Etapy řešení: 2012 analýza současného stavu, rešerše české a zahraniční literatury 2013 sběr dat pro návrh databáze, doplňující průzkumy 2014 analýza dat, návrh databáze 2015 ověření navržené genetické databáze a tvorba metodik 2/12

savců (návrh, zkušební provoz, otevření pro veřejnost) Etapy řešení: 2012 analýza současného stavu, rešerše české a zahraniční literatury

4 TA Vytvořen ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využit ití pro udržitelný rozvoj dopravy Cíle projektu pro rok 2012: analýza současného stavu problematiky rešerše české a zahraniční literatury Úkoly nad rámec plánu: vytipování lokalit s výraznou migrační bariérou zahájení sběru a analýzy genetických vzorků zahájení prací na tvorbě softwaru databáze 3/12

rešerše české a zahraniční literatury Úkoly nad rámec plánu: vytipování lokalit s výraznou

5 DÍLČÍ CÍL L 1: Hodnocení vlivu fragmentace krajiny dopravou na genetickou variabilitu ve vybraných oblastech ČR 4/12

6 DÍLČÍ CÍL L 1: Hodnocení vlivu fragmentace krajiny dopravou na genetickou variabilitu ve vybraných oblastech ČR Živočichové (zvěř): los evropský jelen evropský sika japonský srnec obecný prase divoké zajíc evropský jezevec lesní liška obecná šakal obecný Uskladnění a analýza biologických vzorků: hlubokomrazící box izolace DNA analýza mikrosatelitů 5/12

srnec obecný prase divoké zajíc evropský jezevec lesní liška obecná šakal obecný

7 DÍLČÍ CÍL L 2: Genetická databanka ÚČEL centrální uchování informací jednotná struktura dat dálkový přístup k sdíleným datů jiných uživatelů ověřený zdroj informací (verifikace) zdroj dat pro hodnocení fragmentace krajiny, managementu chráněných druhů živočichů, analýzu změn krajiny a stavu ŽP, studium populační dynamiky open source, databázový systém MySQL umístění v úvodní fázi na cizím serveru (webhosting - pronájem prostoru pro webové stránky) v případě nárůstu přístupů do databáze vlastní server 6/12

živočichů, analýzu změn krajiny a stavu ŽP, studium populační dynamiky open source, databázový systém MySQL umístění v úvodní

8 DÍLČÍ CÍL L 2: Genetická databanka PŘÍSTUP přes webové rozhraní uživatelské účty s různými právy prohlížení vkládání a export vlastních dat vkládání vlastních dat, export cizích přístupných dat kontrola a editace cizích dat (verifikace) správa uživatelských účtů, přidělování a odebírání práv správce hardwaru 7/12

vlastních dat, export cizích přístupných dat kontrola a editace cizích dat

9 DÍLČÍ CÍL L 2: Genetická databanka STRUKTURA identifikace jedince ID pro jednoznačnou identifikaci jedince a jeho vzorku druh živočicha druh vzorku zdroj vzorku pohlaví věk hmotnost kvalita zvěře (trofejová hodnota) zdravotní stav morfologické odchylky barevné odchylky datum získání vzorku lokalizace vzorku příbuzenské vztahy místo uložení genetického vzorku další poznámky (textové pole) fotografie a další přílohy datum vložení záznamu historie editace záznamů 8/12

morfologické odchylky barevné odchylky datum získání vzorku lokalizace vzorku příbuzenské vztahy místo uložení

10 DÍLČÍ CÍL L 2: Genetická databanka STRUKTURA genetické informace tabulka s názvy mikrosatelitů a čísly alel zjištěné ukazatele genetické variability: - koeficient inbreedingu - genetická diverzita - heterozygotnost - polymorfní informační obsah 9/12

ukazatele genetické variability: - koeficient inbreedingu -

11 DÍLČÍ CÍL L 2: Genetická databanka FUNKCE prohlížení dat výpočet ukazatelů genetické variability vyhledávání a filtrování podle zadaných parametrů geografické zobrazení záznamů dle jejich lokalizace výběr záznamů z určitého území import většího počtu dat export dat do nejčastěji používaných formátů (XML, XLS, TXT) propojení s podobnými databázemi 10/12

záznamů dle jejich lokalizace výběr záznamů z určitého území import většího počtu dat

12 TA Vytvořen ení genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využit ití pro udržitelný rozvoj dopravy Cíle projektu pro rok 2013: DC 1: Hodnocení vlivu fragmentace krajiny dopravou na genetickou variabilitu ve vybraných oblastech ČR upřesnění lokalit oslovení mysliveckých sdružení, sběr vzorků a jejich analýza hodnocení migrační prostupnosti těchto lokalit DC 2: Genetická databáze doladění struktury, funkcí, vzhledu 11/12

variabilitu ve vybraných oblastech ČR upřesnění lokalit oslovení mysliveckých sdružení, sběr vzorků a jejich

13 12/12 Děkuji za pozornost.

Podobné dokumenty

Příklady z populační genetiky volně žijících živočichů

Obecná genetika Příklady z populační genetiky volně žijících živočichů Ing. Martin ERNST, PhD. Ústav ochrany lesů a myslivosti LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem