cobas cfdna Sample Preparation Kit

Transkript

1 Pro úely diagnostiky in vitro cobas cfdna Sample Preparation Kit 24 Tests P/N:

2 OBSAH Úel použití Principy postupu Píprava vzork... 3 Materiály a inidla Materiály a inidla, které jsou souástí dodávky... 4 Skladování inidel a manipulace s nimi... 5 Další potebný materiál... 5 Bezpenostní opatení a požadavky na manipulaci Varování a bezpenostní opatení... 6 Správná laboratorní praxe... 6 Kontaminace... 7 Integrita... 7 Likvidace... 7 Odbr, peprava a skladování vzork... 8 Odbr vzork a manipulace s nimi... 8 Peprava, skladování a stabilita vzork... 8 Skladování a stabilita zpracovaných vzork... 8 Postup testu Spuštní testu... 9 Návod k použití... 9 Doplující informace Symboly Výrobce a distributoi Obchodní znaky a patenty Autorská práva (Copyright) Literatura Revize dokumentu Doc. Rev

3 Úel použití Souprava pro pípravu vzork cfdna pro systém cobas se používá pro manuální pípravu vzork urených k izolaci cirkulující nebunné DNA (cfdna) ze vzork plazmy. Principy postupu Píprava vzork Pomocí soupravy pro pípravu vzork cfdna cobas, což je generická manuální píprava vzork založená na vazb nukleové kyseliny na skelná vlákna, se zpracují vzorky plazmy a izoluje se genomická cfdna. Dva mililitry (ml) plazmy se zpracují s proteázou a chaotropním vazebným pufrem, který chrání DNA ped psobením DNáz. Následn je k vazebné smsi pidán izopropanol a tato sms je pak centrifugována ve sloupci s filtraní vložkou ze skelného vlákna. Pi centrifugaci se cfdna naváže na povrch filtru ze skelného vlákna. Nenavázané substance jako soli, bílkoviny a ostatní neistoty jsou odstranny centrifugací. Adsorbované nukleové kyseliny jsou vymyty a poté eluovány vodným roztokem. Doc. Rev

4 Materiály a inidla Materiály a inidla, které jsou souástí dodávky Soupravy/Kazety cobas cfdna Sample Preparation Kit 24 test (P/N: ) Souásti a složky inidel PK (Proteináza K) (P/N: ) Proteináza K, lyofilizovaná DNA PBB (Vazebný pufr pro DNA ze vzork v parafinových blocích b ) (P/N: ) Pufr Tris-HCl 49,6 % Guanidinhydrochlorid 0,05 % Urea 17,3 % Triton X-100 WB I (DNA promývací pufr I) (P/N: ) Pufr Tris-HCl 64 % Guanidinhydrochlorid WB II (DNA promývací pufr II) (P/N: ) Pufr Tris-HCl Chlorid sodný DNA EB (DNA eluní pufr) (P/N: ) Pufr Tris-HCl 0,09 % azid sodný HPEA FT (Jednotka s nástavcem High Pure) (P/N: ) Filtraní zkumavky s víky CT (Odbrové zkumavky) (P/N: ) a Bezpenostní oznaení produkt vychází primárn z pokyn GHS EU. Množství na test 2 x 100 mg 8 x 10 ml 1 x 25 ml 1 x 12,5 ml 1 x 6 ml 5 x 5 ks 3 x 25 ks Bezpenostní symboly a varování a Nebezpeí H302 + H332: Zdraví škodlivý pi požití a pi vdechování. H315: Dráždí kži. H317: Mže vyvolat alergickou kožní reakci. H318: Zpsobuje vážné poškození oí. H334: Pi vdechování mže vyvolat píznaky alergie nebo astmatu nebo dýchací potíže. H335: Mže zpsobit podráždní dýchacích cest. P261: Zamezte vdechování prachu/ dýmu/plynu/mlhy/par/aerosol. P264: Po manipulaci dkladn omyjte pokožku. P270: Pi používání tohoto výrobku nejezte, nepijte ani nekute. P271: Používejte pouze venku nebo v dobe vtraných prostorách. P272: Kontaminovaný pracovní odv neodnášejte z pracovišt. P280: Používejte ochranné rukavice/ ochranné brýle/obliejový štít. P285: V pípad nedostateného vtrání používejte vybavení pro ochranu dýchacích cest. P301 + P312: PI POŽITÍ: Necítíte-li se dobe, volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMANÍ STEDISKO nebo lékae. P302 + P352: PI STYKU S KŽÍ: Omyjte velkým množstvím vody a mýdla. P304 + P340: PI VDECHNUTÍ: Peneste osobu na erstvý vzduch a ponechte ji v poloze usnadující dýchání. P305 + P351 + P338: PI ZASAŽENÍ OÍ: Nkolik minut opatrn vyplachujte vodou. Vyjmte kontaktní oky, jsou-li nasazeny a pokud je lze vyjmout snadno. Pokraujte ve vyplachování. P310: Okamžit volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMANÍ STEDISKO nebo lékae. P330: Vypláchnte ústa. P333 + P313: Pi podráždní kže nebo vyrážce: Vyhledejte lékaskou pomoc/ ošetení. P362: Kontaminovaný odv svléknte a ped optovným použitím vyperte. P403 + P233: Skladujte na dobe vtraném míst. Uchovávejte obal tsn uzavený. P405: Skladujte uzamené. b Vazebný pufr pro vzorky v parafinových blocích se používá pro vzorky plazmy. Doc. Rev

5 Skladování inidel a manipulace s nimi inidlo Skladovací teplota cobas cfdna Sample Preparation Kit C Pozn.: S výjimkou inidla PK inidla nezmrazujte. Doba skladování Po otevení a rekonstituci je inidlo PK stálé až 30 dní nebo dokud nevyprší vyznaená doba použitelnosti, podle toho, co nastane díve. Po otevení a rekonstituci jsou zbývající inidla soupravy pro pípravu vzork cfdna stálá až 90 dní nebo dokud nevyprší vyznaená doba použitelnosti, podle toho, co nastane díve. Další potebný materiál Materiál Absolutní etanol (200 proof [100% etanol] pro použití v molekulární biologii) Izopropanol (ACS, > 99,5%) Sterilní voda bez nukleázy (pro použití v molekulární biologii) P/N Sigma E7023 nebo Fisher Scientific BP nebo ekvivalentní Sigma nebo Fisher Scientific A451-1 nebo ekvivalentní Applied Biosystems (Ambion) AM9937 nebo GE Healthcare Hyclone TM SH nebo ekvivalentní Blidlo Kterýkoli dodavatel 70% etanol Kterýkoli dodavatel Sterilní jednorázové sérologické 5ml a 25ml pipety Nastavitelné pipetory* (objem µl) Aerosolová bariéra nebo pipetovací špiky s pímým vypuzováním bez DNázy Pipet-Aid TM * Stolní centrifuga* (schopná dosáhnout x g s náplní 50ml kónických zkumavek ve výkyvném rotoru) Stolní mikrocentrifuga* (schopná dosáhnout x g) 15ml sterilní kónické plastové zkumavky Zkumavky do mikrocentrifugy (1,5 ml bez RNázy/DNázy / pro PCR) Stojany pro kónické zkumavky a zkumavky do mikrocentrifugy Rukavice na jedno použití bez pudru * Veškeré vybavení je nutné ádn udržovat podle pokyn výrobce. Kterýkoli dodavatel Kterýkoli dodavatel Kterýkoli dodavatel Drummond nebo ekvivalentní Model Eppendorf 5810 nebo ekvivalentní Eppendorf 5430 nebo 5430R nebo ekvivalentní Kterýkoli dodavatel Life Technologies AM12400 nebo Eppendorf nebo ekvivalentní Kterýkoli dodavatel Kterýkoli dodavatel Více informací ohledn samostatn prodávaných materiál získáte u svého místního zástupce spolenosti Roche. Doc. Rev

6 Bezpenostní opatení a požadavky na manipulaci Varování a bezpenostní opatení Jak je tomu pi každém testovacím postupu, je pro správné fungování tohoto testu zásadním požadavkem dodržovat principy správné laboratorní praxe. Pozn.: Pouze pro úely diagnostiky in vitro. Bezpenostní listy (SDS) zašle na vyžádání Vaše místní poboka spolenosti Roche. Vzorky by mly být považovány za infekní materiál a manipulace s nimi by mla být provádna podle bezpených laboratorních postup, které jsou uvedeny v publikaci Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 1 a v dokumentu CLSI M29-A4. 2 DNA PBB obsahuje Triton X-100, který dráždí sliznice. Zamezte styku s oima, pokožkou a sliznicemi. DNA PBB a WB I obsahují guanidinhydrochlorid. Pokud se kapalina obsahující tento pufr rozlije, postižené místo vyistte vodou s vhodným laboratorním detergentem. Jestliže dojde k rozlití potenciáln infekních látek, vyistte místo nejprve vodou s vhodným laboratorním isticím prostedkem a potom 0,5% chlornanem sodným. Bžné blicí prostedky pro domácnost obvykle obsahují chlornan sodný o koncentraci 5,25 %. Roztok o koncentraci 0,5% tak získáte zedním blidla pro domácnost v pomru 1:10. DNA EB obsahuje azid sodný. Ten mže reagovat s olovným nebo mdným potrubím a vytváet vysoce explozivní kovové azidy. Pi likvidaci roztok obsahujících azid sodný do laboratorního umyvadla propláchnte odtok velkým množstvím studené vody, abyste tak zabránili vytváení azid. Aby se snížila možnost kontaminace, je nutné asto mnit rukavice. Doporuuje se používat sterilní pipety na jedno použití a hroty na pipety bez DNázy. Správná laboratorní praxe Pozn.: Nepipetujte ústy. V pracovních laboratorních prostorách nejezte, nepijte a nekute. Po práci se vzorky a inidly si dkladn umyjte ruce. Pi práci s jakýmikoliv inidly používejte rukavice na jedno použití, pracovní odv a ochranné brýle. Dbejte na to, aby se tyto materiály nedostaly do styku s pokožkou, oima nebo sliznicemi. Pokud ke styku dojde, okamžit postiženou oblast omyjte velkým množstvím vody. Pokud by byla tato opatení zanedbána, mže dojít k popáleninám. Pokud dojde k rozlití, zete je ped vytením dosucha vodou. Všechny pracovní plochy dkladn oistte a vydezinfikujte erstv pipraveným 0,5% roztokem chlornanu sodného v destilované nebo deionizované vod (zedný blicí prostedek pro domácnosti 1:10). Dále povrch otete 70% etanolem. Bžné blicí prostedky pro domácnost obvykle obsahují chlornan sodný o koncentraci 5,25 %. Roztok o koncentraci 0,5% tak získáte zedním blidla pro domácnost v pomru 1:10. Doc. Rev

7 Kontaminace Je nutné nosit rukavice. Aby nedošlo ke kontaminaci, musí se rukavice vymovat mezi manipulací se vzorky. Vyvarujte se kontaminaci rukavic pi zacházení se vzorky. Aby se snížila možnost kontaminace, je nutné asto mnit rukavice. Rukavice se musí vymnit ped opuštním prostor urených pro izolaci DNA nebo v pípad podezení, že došlo ke kontaktu s roztoky nebo vzorky. Zamezte mikrobiální a ribonukleázové kontaminaci inidel. Integrita Nepoužívejte soupravy po uplynutí data použitelnosti. Nesmšujte dohromady inidla z rzných souprav nebo šarží. Položky k jednorázovému použití nepoužívejte po uplynutí doby použitelnosti. Všechny položky k jednorázovému použití použijte jen jednou. Pufr znovu nepoužívejte. Veškeré vybavení je nutné ádn udržovat podle pokyn výrobce. Likvidace DNA EB obsahuje azid sodný. Ten mže reagovat s olovným nebo mdným potrubím a vytváet vysoce explozivní kovové azidy. Pi likvidaci roztok obsahujících azid sodný do laboratorního umyvadla propláchnte odtok velkým množstvím studené vody, abyste tak zabránili vytváení azid. Nespotebovaná inidla a odpad likvidujte v souladu s celostátními a místními pedpisy. Doc. Rev

8 Odbr, peprava a skladování vzork Pozn.: Se všemi vzorky je teba zacházet jako s potenciáln infekními. Odbr vzork a manipulace s nimi Souprava pro pípravu vzork cfdna cobas byla vyvinuta pro použití se vzorky plazmy K2-EDTA. Plazmu je nutné z krve oddlit do 4 hodin od odbru krve a uložit až do doby analýzy pi -70 C. Peprava, skladování a stabilita vzork Vzorky plazmy je možné pepravovat zmrazené. Pi peprav vzork plazmy je teba dodržovat celostátní resp. místní pedpisy o peprav etiologických agens. 3 Teplota skladování vzork plazmy -70 C 2 C až 8 C Doba skladování Až 12 msíc Až 3 dny Skladování a stabilita zpracovaných vzork Zpracované vzorky (extrahovaná DNA) jsou stabilní po dobu: Teplota skladování extrahované DNA -15 C až -25 C 2 C až 8 C 15 C až 30 C Doba skladování Až 1 cyklus zmrazení a rozmrazení více než 60 dní Až 7 dní Až 1 den Extrahovanou DNA je nutné použít v doporuené dob skladování nebo ped datem expirace soupravy pro pípravu vzork cfdna cobas používané pro extrakci DNA, podle toho, co nastane díve. Ped použitím extrahované uchované zásobní DNA provete promíchání pulzním víením a odstete eluní zkumavku obsahující zásobní. Doc. Rev

9 Postup testu Spuštní testu Obrázek 1 Postup pípravy vzork cfdna pomocí soupravy cobas 1 Získejte vzorek plazmy 2 Pipravte vzorek na navázání na kolonu 3 Provete izolaci DNA 4 Eluujte DNA Návod k použití Pozn.: Se soupravou pro pípravu vzork cfdna cobas je možné použít pouze vzorky plazmy K2 EDTA. Píprava a skladování inidel Ped prvním použitím soupravy si pipravte pracovní roztoky inidel podle tabulky níže. Pro dávkování vody použijte 5ml sérologickou pipetu. Pro dávkování etanolu použijte 25ml sérologické pipety. Jestliže již byla proteináza K rekonstituovaná a zmrazená, rozmrazte dostatený poet alikvotních podíl pro zpracování pipraveného potu vzork. inidla Proteináza K (PK) Promývací pufr I (WB I) Promývací pufr II (WB II) Rekonstituce / píprava Rekonstituujte PK pidáním 4,5 ml sterilní vody do lahviky pomocí sterilní 5ml sérologické pipety na jedno použití. Promíchejte tím, že lahviku 5krát až 10krát otoíte. Oddlte alikvotní podíl 1,1 ml rekonstituované PK do 1,5ml zkumavek pro mikrocentrifugu a skladujte pi -20 C až 30 dní nebo dokud nevyprší vyznaená doba použitelnosti, podle toho, co nastane díve. Jestliže již byla PK rekonstituovaná a zmrazená, rozmrazte dostatený poet alikvotních podíl pro zpracování pipraveného potu vzork (250 µl rekonstituované PK pro každý vzorek). Pidáním 15 ml absolutního etanolu do lahviky s WB I pipravte pracovní roztok WB I. Promíchejte tím, že lahviku 5krát až 10krát otoíte. Na lahviku poznamenejte, že byl pidán ethanol a datum pidání. Pracovní roztok pufru WB I mže být uchováván pi teplot 15 C až 30 C po dobu maximáln 90 dní nebo do doby použitelnosti, podle toho, co nastane díve. Pipravte pracovní pufr WB II pidáním 50 ml absolutního etanolu do lahviky WB II. Promíchejte tím, že láhev 5krát až 10krát otoíte. Na lahviku poznamenejte, že byl pidán ethanol a datum pidání. Pracovní roztok pufru WB II mže být uchováván pi teplot 15 C až 30 C po dobu maximáln 90 dní nebo do doby použitelnosti, podle toho, co nastane díve. Všechny roztoky uchovávané pi teplot 15 až 30 C by mly být iré. Pokud v jakémkoli inidle zpozorujete sraženinu, zahejte roztok na 37 C, až se sraženina rozpustí. inidla nepoužívejte, dokud se veškerá sraženina nerozpustí. Postup pro izolaci DNA 1. Oznate štítkem 15ml kónické zkumavky pro každý vzorek plazmy a negativní kontrolu. Jako negativní kontrola slouží sterilní voda a zpracovává se jako vzorky. 2. Plazmu víením promíchejte, poté peneste 2 ml každého vzorku plazmy nebo negativní kontroly (sterilní voda) do vlastní 15ml zkumavky. Pozn.: Ke zpracování vzork pomocí soupravy pro pípravu vzork cfdna cobas je teba mít alespo 2 ml plazmy. 3. Do každé zkumavky pidejte 250 µl PK. Doc. Rev

10 4. Do každé zkumavky pidejte 2 ml DNA PBB. 5. Promíchejte zkumavky se vzorky DNA PBB/PK tím, že je 3krát až 5krát otoíte. 6. Inkubujte každou zkumavku po dobu 30 minut pi pokojové teplot (15 C až 30 C). Pozn.: Bhem inkubace pipravte a oznate na víkách požadovaný poet HPEA FT identifikaním štítkem. Pozn.: Pozn.: Každý vzorek bude potebovat jednu HPEA FT, ti odbrové zkumavky (CT) a dv eluní zkumavky (1,5ml zkumavky pro mikrocentrifugu). Bhem inkubace oznate požadovaný poet eluních zkumavek (1,5ml zkumavky pro mikrocentrifugu) píslušnou informací s identifikací vzorku. 7. Pidejte 500 µl izopropanolu a lyzát promíchejte otoením 3krát až 5krát. 8. Peneste všechen lyzát do píslušn oznaené jednotky HPEA FT. 9. Ve stolní centrifuze s výkyvným rotorem odsteujte HPEA FT pi x g po dobu 5 minut. 10. Po dokonení centrifugace vyjmte HPEA FT z 50ml kónické odbrové zkumavky. Vložte HPEA FT do CT. Zakrute vtší uzavírací svorkou a vytáhnte ji ze sestavy. 11. Odstrate menší uzavírací svorku zpod víka filtraní zkumavky (FT) tak, že na ni zatlaíte smrem vzhru, až se na obou stranách víka zlomí tsnní, a poté ji vytáhnete ze sestavy. 12. Vyjmte HPEA z FT naklonním nástavce smrem od strany FT, na které je víko. 13. Použitou kapalinu z HPEA FT zlikvidujte do chemického odpadu a ádn zlikvidujte jednotku. 14. Filtraní víko ádn oznate. 15. Pidejte 500 µl pracovního WB I do každé FT. Pozn.: Píprava pracovního WB I je popsána v tabulce v ásti Píprava inidel. 16. Pi provádní zbytku protokolu používejte stolní mikrocentrifugu. 17. Odstete jednotky FT/CT pi x g po dobu 1 minuty. 18. Vložte každou FT do nové CT. Použitou kapalinu z každé CT zlikvidujte do chemického odpadu a ádn zlikvidujte staré CT. 19. Pidejte 500 µl pracovního WB II do každé FT. Pozn.: Píprava pracovního WB II je popsána v tabulce v ásti Píprava inidel. 20. Odstete jednotky FT/CT pi x g po dobu 1 minuty. 21. Vložte každou FT do nové CT. Použitou kapalinu ze starých CT zlikvidujte do chemického odpadu a ádn zlikvidujte staré CT. 22. Odsteujte jednotky FT/CT pi až x g po dobu 1 minuty, aby vyschla membrána filtru. 23. Vložte FT do eluní zkumavky (1,5ml zkumavka bez RNázy/DNázy pro mikrocentrifugu) pedem oznaené identifikací vzorku a na každou zkumavku umístte orientaní znaku. Použitou kapalinu z každé CT zlikvidujte do chemického odpadu a ádn zlikvidujte staré CT. 24. Pidejte 100 µl DNA EB do stedu membrány FT, aniž byste se dotkli membrány FT. 25. Inkubujte každou FT s eluní zkumavkou po dobu 5 minut pi pokojové teplot (15 C až 30 C). 26. Umístte zkumavky do centrifugy tak, aby orientaní znaky smovaly ven. Odsteujte FT s eluní zkumavkou pi x g po dobu 1 minuty, aby došlo k nahromadní eluátu do eluní zkumavky (již díve oznaená 1,5ml zkumavka bez RNázy/DNázy pro mikrocentrifugu). Eluát je zásobní DNA. 27. Zlikvidujte FT. 28. Pomalu odeberte 80 µl zásobní DNA. Dbejte, abyste neporušili peletu (nemusí být vidt). Peneste zásobní DNA do druhé eluní zkumavky (1,5ml zkumavka bez RNázy/DNázy pro mikrocentrifugu) pedem oznaené identifikací vzorku. Uzavete víka na eluních zkumavkách. Zásobní DNA pipravená pro testy PCR. Zásobní DNA skladujte podle pokyn v ásti Peprava, skladování a stabilita vzork. Pozn.: Pipetování ze dna eluní zkumavky mže narušit peletu a nepízniv ovlivnit výsledky testu. Pozn.: Pokud dojde k narušení pelety, vrate zásobní DNA do pvodní eluní zkumavky, uzavete zkumavku a poté pulzním víením promíchejte a s orientaní znakou smující ven zkumavku odsteujte pi x g po dobu 1 minuty, aby se shromáždil eluát. Poté zopakujte krok 28 k odebrání 80 µl zásobní DNA. Doc. Rev

11 Doplující informace Symboly V oznaování diagnostických produkt spolenosti Roche PCR se používají následující symboly. Tabulka1 Symboly použité pi oznaování diagnostických produkt PCR spolenosti Roche Pomocný software Diagnostický zdravotnický prostedek in vitro Zplnomocnný zástupce pro evropské spoleenství Dolní mez piazeného rozmezí Datový list s árovými kódy Výrobce íslo šarže Uchovávejte v temnu Biologická rizika Obsah vystaí pro <n> test Katalogové íslo Omezení teploty tte návod k použití Defininí soubor testu Obsah soupravy Horní mez piazeného rozmezí Distribuce Datum expirace Pouze pro vyhodnocení úinnosti IVD Globální íslo obchodní položky Tento výrobek odpovídá požadavkm Evropské smrnice 98/79/ES o diagnostických zdravotnických prostedcích in vitro. Technická podpora pro zákazníky v USA Doc. Rev

12 Výrobce a distributoi Tabulka 2 Výrobce a distributoi Vyrobeno ve Spojených státech Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse Mannheim, Germany Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 Roche Diagnostics 201, boulevard Armand-Frappier 6343 Rotkreuz, Switzerland H7V 4A2 Laval, Québec, Canada Pour toute assistance technique, Roche Diagnostics GmbH appeler le: ) Sandhofer Strasse Mannheim, Germany Roche Diagnostics Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, , Avenue du Vercors Meylan, France E Sant Cugat del Vallès Distributore in Italia: Barcelona, Spain Roche Diagnostica Brasil Ltda. Av. Engenheiro Billings, 1729 Jaguaré, Building 10 Roche Diagnostics S.p.A. Viale G. B. Stucchi Monza, Milano, Italy Distribuidor em Portugal: São Paulo, SP Brazil Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Roche Diagnostics 9115 Hague Road Indianapolis, IN USA (For Technical Assistance call the Roche Response Center toll-free: ) Estrada Nacional, Amadora, Portugal Obchodní znaky a patenty Viz Autorská práva (Copyright) 2016 Roche Molecular Systems, Inc. Doc. Rev

13 Literatura 1. Chosewood LC, Wilson DE. Biosafety and microbiological and biomedical laboratories-fifth Edition. US Department of Health and Human Services Publication. (CDC). 2009; Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of laboratory workers from occupationally acquired infections. Approved Guideline-Fourth Edition. CLSI Document M29-A4:Wayne, PA;CLSI, International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 52nd Edition Doc. Rev

14 Revize dokumentu Informace k revizi dokumentu Doc. Rev /2015 Doc. Rev /2016 První publikace. Pidáno vysvtlení ohledn zacházení se zásobní DNA/eluátem, rotoru centrifugy a plnní AD destiky. Máte-li jakékoli dotazy, kontaktujte zástupce spolenosti Roche. Doc. Rev