Předpisy pro doktorské studium:

Podobné dokumenty
Předpisy pro doktorské studium:

Úvod do biologie rostlin Úvod PŘEHLED UČIVA

2012/2013. Fyziologie rostlin: MB130P14, kolektiv přednášejících Albrechtová a kol.

Řád doktorského studia Přírodovědecké fakulty Ostravské univerzity v Ostravě

KATOLICKÁ TEOLOGICKÁ FAKULTA

ŘÁD DOKTORSKÉHO STUDIA

PRAVIDLA PRO ORGANIZACI STUDIA V DOKTORSKÝCH

Úvod do doktorského studia Agronomické fakulty MENDELU 30. září 2011

Univerzita Karlova v Praze, Fakulta sociálních věd Institut politologických studií

Vysoká škola ekonomická v Praze Fakulta managementu v Jindřichově Hradci Opatření děkana Fakulty managementu č. 7/2016

Rámcová pravidla doktorského studia Filmové a televizní fakulty Akademie múzických umění v Praze platná od 1. listopadu 2017

Směrnice děkana č. 10/2011. K uskutečňování doktorských studijních programů. Část první

Směrnice děkana FZV UP ke Studijnímu a zkušebnímu řádu. Univerzity Palackého v Olomouci. postgraduální studium

Směrnice děkana 8/2014 Organizace studia v doktorských studijních oborech

P 7310 Filologie SLOVANSKÉ LITERATURY

Směrnice děkana č. 7/2010 a 10/2013 Opatření děkana pro organizaci studia na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy v Praze

Hodnocení doktorandů a diferenciace doktorských stipendií: metodika pro Institut politologických studií FSV UK v Praze

Článek 1 Obecná ustanovení

P 8109 Obecná teorie a dějiny umění a kultury DĚJINY VÝTVARNÉHO UMĚNÍ

SMĚRNICE DĚKANA FF UP K ŘÁDU RIGORÓZNÍHO ŘÍZENÍ B1-13 / 3-HN

OPATŘE Í DĚKA KY Č. 10/2009 O PRŮBĚHU STUDIA V DOKTORSKÉM STUDIJ ÍM PROGRAMU

Pravidla pro konání státní rigorózní zkoušky na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy ze dne

Požadavky OR studijního programu Demografie

P 7311 Anglistika-amerikanistika ANGLICKÁ A AMERICKÁ LITERATURA

P 7311 Anglistika-amerikanistika ANGLICKÁ A AMERICKÁ LITERATURA Vstupní požadavky Uchazeč o studium by měl být absolventem magisterského studia

Biologie - Kvinta, 1. ročník

Článek 1 Základní ustanovení

Směrnice děkana č. 2/2010. Doktorský studijní program Kinantropologie na Fakultě sportovních studií Masarykovy univerzity

FYZIOLOGIE ROSTLIN. Přednášející: Doc. Ing. Václav Hejnák, Ph.D. Tel.:

FYZIOLOGIE ROSTLIN VÝŽIVA ROSTLIN 1) AUTOTROFNÍ VÝŽIVA ROSTLIN 2) HETEROTROFNÍ VÝŽIVA ROSTLIN

UNIVERZITA KARLOVA PRAVIDLA PRO ORGANIZACI STUDIA NA FARMACEUTICKÉ FAKULTĚ V HRADCI KRÁLOVÉ. Čl. 1 Úvodní ustanovení

Směrnice děkana č. 2/2010. Doktorský studijní program Kinantropologie na Fakultě sportovních studií Masarykovy univerzity

Organizace studia v doktorském studijním programu

Doktorské studium oboru Fyzická geografie a geoekologie

Č. j.: TF/5/14 V Praze dne

směrnice č. 5 SMĚRNICE DĚKANA FAKULTY ARCHITEKTURY VUT V BRNĚ PRO STUDIUM V DOKTORSKÉM STUDIJNÍM PROGRAMU 2015/2016

PRAVIDLA PRO ORGANIZACI STUDIA


NAŘÍZENÍ DĚKANA č. 3/2017

SOUHRNNÝ PŘEHLED nově vytvořených / inovovaných materiálů v sadě

Opatření k doktorskému studiu na Fakultě mezinárodních vztahů VŠE v Praze ze dne

Soulad studijního programu. Molekulární a buněčná biologie

Pravidla pro organizaci doktorského studia na Institutu mezinárodních studií Fakulty sociálních věd Univerzity Karlovy platná od ZS 2017/2018

Směrnice č. 3DS/2014 děkana Fakulty ekonomické ZČU v Plzni Organizace studia v doktorském studijním programu

STATUT ČESKO-SLOVENSKÉHO KOLA SOUTĚŽE VE STUDENTSKÉ VĚDECKÉ A ODBORNÉ ČINNOSTI (SVOČ)

M A T U R I T N Í T É M A T A

Bc Doktorský studijní program (obor) a témata disertačních prací Vysoká škola

Úvod do biologie rostlin Buňka ROSTLINNÁ BUŇKA

Postgraduální výuka na akreditovaných pracovištích a v IPVZ

J ANÁČK OV A AK ADE M IE M Ú ZICKÝCH UMĚNÍ V BRNĚ B E E T H O V E N O V A / 2, B R N O

Doktorské studium Sociální politiky a sociální práce

Vyhláška děkana č. 1D/16 Řád rigorózního řízení Fakulty filozofické Západočeské univerzity v Plzni

Univerzita Karlova v Praze, Filozofická fakulta. Opatření děkana č. 15/2015. Změna opatření děkana č. 11/2015, Harmonogram akademického roku 2015/2016

UNIVERZITA KARLOVA LÉKAŘSKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ PRAVIDLA PRO ORGANIZACI STUDIA NA LÉKAŘSKÉ FAKULTĚ V HRADCI KRÁLOVÉ

O P A T Ř E N Í D Ě K A N A Č. 37/ Č. j. 9642/2017. O podrobnostech pro závěrečné práce

Roční hodnocení práce studentů doktorských studijních programů na FSI VUT v Brně

Seznamy záznamů. FMMI VŠB-TUO Seznamy záznamů. Účinnost dokumentu od: Razítko: Řízená kopie č.:

Seznamy záznamů. FMMI VŠB-TUO Seznamy záznamů. Účinnost dokumentu od: Razítko: Řízená kopie č.:

Fyziologie rostlin - maturitní otázka z biologie (3)

Pravidla doktorského studia oboru mezinárodní vztahy

Schéma rostlinné buňky

ZMĚNA PRAVIDEL PRO ORGANIZACI STUDIA NA PRÁVNICKÉ FAKULTĚ UNIVERZITY KARLOVY

BUŇKA ZÁKLADNÍ JEDNOTKA ORGANISMŮ

Rigorózní řád Farmaceutické fakulty v Hradci Králové

Program kursu Rostlinná buňka

Regulace růstu a vývoje

Směrnice, kterou se provádí některá ustanovení. Studijního a zkušebního řádu UP

SMĚRNICE DĚKANA Č. 1/2018

Požadavky OR studijního programu Anatomie a fyziologie rostlin

Směrnice děkana č. 2D/2019 O USKUTEČŇOVÁNÍ DOKTORSKÉHO STUDIJNÍHO PROGRAMU

Směrnice děkana pro obhajoby disertačních prací na FEL

Univerzita Karlova, Filozofická fakulta. Opatření děkana č. 10/2017 Harmonogram akademického roku 2017/2018 na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy

PRAVIDLA PRO ORGANIZACI STÁTNÍ RIGORÓZNÍ ZKOUŠKY NA PRÁVNICKÉ FAKULTĚ UNIVERZITY KARLOVY

Směrnice EkF_SME_07_ 003 ke studiu v doktorských studijních programech a jednací řád oborových rad

Směrnice děkana FEKT doplňující studijní a zkušební řád VUT platná od akademického roku 2005/06 Úprava článků týkajících se doktorského studia

U n i v e r zita o brany v B r n ě Kounicova 65, Brno, PSČ , datová schránka hkraife

Příloha a) Studijního a zkušebního řádu FAMU ŘÁD DOKTORSKÉHO STUDIJNÍHO PROGRAMU FAMU

Sylabus pro předmět Biochemie pro jakost

METODICKÉ POKYNY KE STÁTNÍM ZÁVĚREČNÝM ZKOUŠKÁM V DOKTORSKÉM STUDIU

ŘÁD RIGORÓZNÍHO ŘÍZENÍ Fakulty filozofické Univerzity Pardubice

Studijní obor doktorského studia Politologie (P0312D20548)

Podmínky přijetí ke studiu v doktorských studijních programech na Fakultě stavební VŠB-TU Ostrava

Opatření děkana PřF JU č. D 79 ze dne 1. června 2017

2010/2011. Fyziologie rostlin: MB130P14, kolektiv pednášejících Albrechtová a kol.

OBOROVÁ RADA BIOCHEMIE A PATOBIOCHEMIE

Distanční forma studia. dle studijního plánu, v rozsahu. dle určení školitele. po dohodě s doktorandem. alespoň jednou za studium

Informace o rigorózním řízení ve studijním oboru. Mezinárodní a regionální vztahy v průmyslovém vlastnictví

Pravidla pro organizaci studia

Vyhláška garanta studijního programu Geologie o požadavcích na diplomové práce v navazujícím magisterském studijním programu Geologie

VYHLÁŠKA GARANTA: Přehled závazných termínů ke státní závěrečné zkoušce (SZZK) bakalářského studia na biologii, akademický rok 2017/18

Rigorózního řádu Filozofické fakulty Univerzity Karlovy v Praze. ze dne

OPATŘENÍ DĚKANA č. 15/2017 Harmonogram akademického roku 2017/2018. Čl. 1 Základní termíny

Rigorózního řádu Filozofické fakulty Univerzity Karlovy v Praze. ze dne

Standard studijního programu Experimentální biologie rostlin

I. ÚPLNÉ ZNĚNÍ RIGORÓZNÍHO ŘÁDU UNIVERZITY JANA EVANGELISTY PURKYNĚ V ÚSTÍ NAD LABEM ZE DNE 15. ZÁŘÍ 2010

Doktorské studium

Část první. Část druhá

přednášek domácího nebo zahraničního hosta na pracovišti. Součástí volitelné části studijního plánu je i podíl studenta na pedagogické činnosti

P 7310 Filologie TEORIE A DĚJINY LITERATUR ZEMÍ ASIE A AFRIKY

Směrnice děkana č. 2/2007

Transkript:

Zásady postgraduální studia (PGS) v programu Anatomie a fyziologie rostlin (AFR) na Katedře experimentální biologie rostlin Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze, informace pro studenty od Oborové rady (OR): Tyto zásady stanovuje oborová rada pro obor Anatomie a fyziologie rostlin především jako doporučení a pomůcku pro doktorandy. Zásady navazují na zákon o vysokých školách, Studijní a zkušební řád UK, Stipendijní řád UK a Pravidla pro organizaci studia na PřF. Předpisy pro doktorské studium: http://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agendaphd/predpisy/ Principy Doktorské studium je především samostatné studium studenta pod vedením školitele, v němž hraje prvořadou roli výzkum zakončený doktorskou disertační prací a jeho presentace vědecké obci. Součástí doktorského programu je účast na specialisovaných přednáškách a seminářích doktorandů. Součástí presenční formy studia je účast na vědeckém a pedagogickém dění na katedře. K průběhu doktorského studia se vyjadřuje Oborová rada minimálně jednou ročně. Každý student má přidělené 2 zpravodaje, kteří sledují jeho postup ve studiu od přijetí studenta ke studiu. V průběhu doktorského studia musí student svou práci prezentovat minimálně jednou přednáškou na mezinárodním vědeckém setkání v angličtině a minimálně jedním plakátovým sdělením. Student by měl absolvovat v průběhu studia alespoň jednu zahraniční stáž. OR podporuje účast studenta na mezinárodní spolupráci. Doktorské studium programu Anatomie a fyziologie rostlin (AFR) je akreditováno společně pro PřF UK, Ústav experimentální botaniky a Botanický ústav AV ČR. V průběhu studia student několikrát prezentuje postup vědeckého projektu. Pravidelné prezentace jsou začátkem 1. ročníku (obvykle leden) a na začátku 4. ročníku (listopad). OR může vyzvat studenta k prezentaci i v jiných ročnících. Prezentovat svůj postup OR na jejím zasedání mohou i studenti na základě jejich vlastní žádosti, pokud chtějí konzultovat své výsledky s OR.

Zpravodajský systém: OR AFR se usnesla na svém zasedaní 23.11.2012 zavést zpravodajský systém pro kvalitnější monitorování průběhu studia studentů. Definice zpravodaje studenta u OR AFR PGS na PřF UK Praha byla finalizována na základě závěrů zasedání OR 22.11.2013. Zpravodaj: Sleduje stav řešení disertační práce studenta od jeho přijmutí ke studiu. Sleduje plnění ISP a roční hodnocení studenta. Je přítomen na prezentacích studenta v průběhu studia. Při ročním hodnocení studentů (listopad ) předkládá OR svůj návrh hodnocení studenta. Nemá právo zasahovat do záměrů řešení práce školitelského týmu a studenta, v případě vzájemného zájmu však může být i konzultantem. 1. Přihláška k PGS a přijímací zkouška: Viz informace uvedené zde: http://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/studium-phd/prijimaci-rizeni Doporučení OR AFR: Student se musí povinně účastnit přijímací zkoušky. Přítomnost školitele je žádoucí, nikolivěk nutná. Průběh přijímací zkoušky do PGS: Uchazečům jsou obvykle pokládány otázky, týkající se tématu diplomové práce a předpokládaného tématu dizertační práce. Uchazeč spolu se školitelem, je-li přítomen, je též tázán na předpokládaný zdroj financování vědecké práce na tématu. 2. Studium: Aktuální informace o studiu na PGS PřF UK jsou dostupné na webu: http://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agenda-phd Formuláře jsou tamtéž: http://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agenda-phd/formulare Aktuální informace, doplnění o studiu v OR AFR PřF UK jsou na: http://kfrserver.natur.cuni.cz/studium/phd-pozadavky.html Informace o studiu si student primárně zjistí na výše uvedených webových stránkách, nenajde-li tam instrukce, může se obrátit na p. Čuříkovou, která na PřF UK vede agendu PGS pro biologické obory.

Aktuální složení Oborové rady AFR na PřF UK: https://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agendaphd/pro-studenty/programy/anatomie-a-fyziologie-rostlin Způsob komunikace s OR: Chce-li student během studia komunikovat s OR, obrátí se na své zpravodaje či na současného předsedu OR. Zásady hodnocení práce studenta oborovou radou a požadavky OR: OR se na svém zasedání 13.11.2009 usnesla, že studium a práce studenta by měly být koncipovány tak, aby bylo úspěšně ukončeno (tj. práce obhájena) do konce čtvrtého ročníku. Na konci každého ročníku (tj. v září, termín dle výzvy zaslané správcem SIS) student doplní informace o svém studiu PGS během uplynulého akademického roku do SIS a je hodnocen svým školitelem v SIS. Návrh školitele je jedním z podkladů pro hodnocení prováděné OR (hodnocení školitele a OR se nemusí nutně shodovat). Hodnocení má vystihovat práci a výsledky studenta (nikoli talent). Dle usnesení OR z listopadu 2009 jsou důvodem pro hodnocení stupněm ne lepším než B také tyto skutečnosti: Pokud státní doktorská zkouška není složena do konce 3. ročníku PGS. Pokud do konce čtvrtého ročníku PGS není do recenzovaného časopisu s IF přijat rukopis, v němž je student jedním z autorů. Pedagogická činnost především v rámci vedení praktických cvičení zajišťovaných KEBR PřF UK je vítána a žádoucí v rozumné míře, nikoli však povinná. Studenti se o svém možném zapojení do výuky mohou informovat u vedoucího katedry nebo garantů bakalářských praktických cvičení. Aktuální požadavky OR na publikační činnost doktorandů (schváleno OR v květnu 2010): https://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agenda-phd/pro-studenty/programy/anatomie-afyziologie-rostlin 1. ročník: na začátku studia: Individuální studijní plán (ISP): Po přijetí připraví student ve spolupráci se školitelem studijní plán (viz formulář na SIS, informace dostane student při zápisu na studijním oddělení). Studijní plán obsahuje plánované studijní povinnosti (nejvýše 5, nutno pak splnit do obhajoby disertační práce) a další aktivity. V případě studentů, kteří získali Mgr./Ing. titul na jiných vysokých školách se očekává rozsáhlejší studijní plán pro doplnění/sjednocení znalostí. Na konci studijního plánu se podepisuje student, školitel a předseda OR. Studijní plán je schvalován OR. Studijní plán studenta by měl být koncipovány tak, aby bylo studium úspěšně ukončeno (tj. práce obhájena) do konce čtvrtého ročníku.

Výzkumný projekt: Prezentace projektu studenta 1. ročníku spojená se zasedáním OR proběhne před schválením studijního plánu OR (na začátku 1. ročníku). Prezentace bude obsahovat zejména informace o aktuálnosti řešené problematiky, uvedení do současného stavu vědění, cíle práce a testované hypotézy a navrhovaný způsob řešení práce (metodické přístupy, alternativní řešení pro případ, že hlavní metodické přístupy selžou, atp.). Student připraví ve spolupráci se školitelem podrobný písemný experimentální plán k odevzdání OR začátkem 1. ročníku. Doporučuje se v rozsahu a členění app. Jako projekt GAUK. Může to být přímo i návrh či část návrhu grantu. Dokument má být v rozsahu 2(-max 3) stran (do této délky se nezapočítává seznam citované literatury), má obsahovat 0,5 strany úvodu do problému, cíle a hypotézy, způsob řešení (postup, metodika) a detailní plán na 1. rok řešení. Tento experimentální plán bude sloužit jako podklad pro zpravodaje studentů delegovaných z členů OR. Doporučuje se podání grantového projektu do konce letního semestru 1. ročníku studia v roli hlavního navrhovatele (GAUK, FRVŠ) nebo člena řešitelského týmu s jasným vymezením podílu. 3. ročník: Pokud státní doktorská zkouška není složena do konce třetího ročníku PGS bez vážných důvodů, student může být hodnocen v ročním hodnocení stupněm B. 4. ročník a vyšší: Pokud do konce čtvrtého ročníku PGS není v recenzovaném časopise s IF přijat rukopis, v němž je student jedním z autorů, pak to může být důvodem pro snížení stupně hodnocení studenta pro daný akademický rok. Na začátku 4. roku studia prezentují studenti výsledky své dosavadní práce formou prezentace (viz usnesení OR z 13.10.2009), ve které budou informovat o výsledcích své práce se zvláštním důrazem na uskutečněný či plánovaný způsob jejich publikace. Prezentace musí obsahovat též odhad termínu sepsání a podání doktorské disertační práce, který by měl být v daném akademickém roce dle pravidel OR AFR. Prezentaci ve formě pdf student odevzdá pro potřeby OR. OR apeluje na ukončení studia a podání disertační práce k obhajobě během 4. ročníku PGS. U studentů 4. a vyšších ročníků při splnění publikační činnosti může být nepodání disertační práce k obhajobě důvodem pro roční hodnocení stupněm B pokud není vážných důvodů, které by to znemožňovaly (zdravotní důvody, rodičovská dovolená).

3. Státní doktorská zkouška (SDZ): Státní doktorská zkouška má být vykonána do konce 3. ročníku PGS možno i v 1. ročníku. Přihláška ke SDZ: - aktuální informace: http://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agenda-phd/pro-studenty/souhrnna-pravidla-prodoktorske-studium-na-prf-uk/ Řádný a opravný termín konání státní doktorské zkoušky stanoví děkan. Každý tento termín se s přesným časovým určením nejméně dva týdny předem zveřejní na úřední desce; čtrnáctidenní období, ve kterém se tyto termíny budou konat, se na úřední desce zveřejní nejméně tři měsíce předem. Po dohodě se studentem je možné termín státní doktorské zkoušky stanovit individuálně, bez ohledu na tuto lhůtu. Citováno ze zkušebního řádu UK (http://www.cuni.cz/uk-5306.html), který nabyl účinnosti dne 1. 10. 2013 (viz. část III, čl. 10 odst. 7 a 8). OR navrhuje termíny konání SDZ panu děkanovi. Pokud student chce složit SDZ v jiném než inzerovaném termínu na úřední desce, musí kontaktovat předsedu OR. Tématické okruhy pro ústní část SDZ jsou: Anatomie a fyziologie rostlin, Molekulární a buněčná biologie rostlin a dva volitelné předměty, které OR vybere na návrh studenta konzultovaný se školitelem (zpravidla ze seznamu předmětů vyučovaných na PřF). Volitelné předměty jsou zacílené na specializaci tématu disertační práce. Požadavkem pro splnění jsou základní znalosti daného okruhu a schopnost jejich interpretace v širších souvislostech. Obsah kladených otázek však zohledňuje zaměření studenta a v tématech blízkých náplni jeho disertační práce se od studenta očekávají detailní a aktuální znalosti, které mohou přesahovat rámec vyučovaných předmětů. Cílem části zkoušky se dvěma povinnými předměty je zjistit obecný rozhled v širších teoretických základech oboru tedy orientaci (bez podrobností, s důrazem na pochopení a propojování znalostí) v tématice, která k oboru sice patří, ale tématu disertace je spíše vzdálená. V případě, že je disertace zaměřena na fyziologickou, anatomickou či ekofyziologickou tématiku, bude očekávána hlubší znalost Anatomie a fyziologie rostlin. V případě pokud je disertace věnována buněčné či molekulární problematice, bude očekávána detailnější znalost v předmětu Buněčná a molekulární biologie rostlin. Rozsah znalostí v povinných předmětech se očekává v rozsahu anglické učebnice: Alison M. Smith, George Coupland, Liam Dolan, Nicholas Harberd, Jonathan Jones, Cathie Martin, Robert Sablowski, Abigail Amey: Plant Biology. Garland Publishing 2009, ISBN: 9780815340256 (kniha je dostupná v knihovně P5 Další doporučená literatura: Pavlová L. Fyziologie rostlin, Praha, Karolinum 2006 Luštinec J., Žárský V. Úvod do fyziologie vyšších rostlin, Karolinum 2003

Votrubová O. Anatomie rostlin, Karolinum 2010 Pavlová L., Fischer L. Růst a vývoj rostlin, Praha, Karolinum 2011 OKRUH: Anatomie a fyziologie rostlin Orientační vymezení témat: 1. Vymezení a evoluční postavení rostlin. Fyziologicky významné znaky vyšších rostlin. Význam rostlin pro existenci života na Zemi. Význam rostlin pro člověka. Významné milníky vývoje rostlinné biologie. 2. Fotosyntéza. Autotrofie a heterotrofie. Rostlina a energie. Spektrum fotosynteticky aktivního záření. List jakožto hlavní fotosyntetický orgán. Fotosyntetický aparát. Fotochemická fáze fotosyntézy - necyklický a cyklický přenos elektronu, chemiosmotická teorie, produkty primární fáze fotosyntézy a jejich využití. Syntetická fáze fotosyntézy Calvinův cyklus, fotorespirace. Rostliny C3, C4 a CAM. Hrubá a čistá fotosyntéza. Regulace fotosyntézy vnějšími faktory. 3. Respirace. Glykolýza, pentosový cyklus, Krebsův cyklus, dýchací řetězec. Tvorba ATP substrátová a oxidační fosforylace. Energetické využití lipidů. Kompartmentace respiračních dějů. Dýchání rezistentní ke kyanidu - alternativní oxidáza. 4. Vodní režim rostliny. Mechanismy a cesty pohybu vody v rostlině příjem a výdej vody, symplastická a apoplastická cesta, významné fyzikálně chemické vlastnosti vody a vodných roztoků. Vodní potenciál. Transpirace, funkce průduchů a její regulace. Kořenový vztlak. Chování rostlin při vodním deficitu a ekofyziologické adaptace rostlin na suché prostředí. Význam rostlin pro koloběh vody a energie v přírodě. 5. Minerální výživa rostlin. Esenciální prvky - makroelementy, mikroelementy. Příjem a transport minerálních látek rostlinou. Funkce jednotlivých minerálů. N zdroje, formy (včetně fixace vzdušného dusíku), metabolismus v rostlině. Masožravé rostliny. K. P, S, Ca, Mg, Fe, mikroelementy význam, funkce, zdroje. 6. Transport a distribuce asimilátů a zásobních látek. Syntéza, transport a metabolické využití sacharózy a škrobu. Zdroj a sink. Transport asimilátů floemem. 7. Životní cyklus, ontogeneze a regulace vývojových procesů zejména endogenními faktory. Rodozměna, organogeneze, funkce meristémů. Fáze juvenilní a generativní. Opylení a oplození. Embryogeneze a vývoj semen. Genetické metody studia ontogeneze (příklady). Klasické fytohormony (auxiny, cytokininy, ABA, etylén, gibereliny) a jiné endogenní signální látky (brassinosteroidy, jasmonát, peptidy, atd.) původ, funkce, osudy, signální dráhy. 8. Vývojové a fyziologické odpovědi rostlin na vnější fyzikální, chemické a biotické faktory. Regulační role světla, rostlinná barviva a fotoreceptory. Fotomorfogeneze. Vernalizace. Regulace kvetení. Biorytmy a pohyby rostlin tropismy, nastie.

9. Fyziologie stresu. Stres abiotický a biotický. Obranné reakce a adaptace. Interakce s živými organizmy - patogeny, škůdci, jinými rostlinami. Sekundární metabolity. 10. Rostlinné biotechnologie. Tkáňové a orgánové kultury, somatická embryogeneze a organogeneze in vitro. Principy přípravy geneticky modifikovaných rostlin, využití transgenních rostlin v základním výzkumu a v praxi. 11. Pletiva, mezibuněčná komunikace, plasmodesmy. Symplast a apoplast. Meristemy struktura, lokalizace, funkce. Jednoduchá trvalá pletiva typy, výskyt, funkce. Složená trvalá pletiva pletiva vodivá a krycí. 12. Sekundární stavba rostlinných orgánů - sekundární tloustnutí u rostlin. 13. Kořen. Evoluční původ, funkce, typy kořenů. Typická stavba kořene. Organizace vzrostného vrcholu kořene. Architektura kořenového systému a její ovlivnění vnějšími vlivy. Zakládání postranních kořenů. Specializované typy kořenů. 14. Stonek a prýt. Modulární stavba prýtu. Apikální meristem stavba, funkce, organogeneze, fylotaxe. Anatomie stonku variabilita u různých skupin rostlin, uspořádání cévních svazků. Specializované typy stonku. 15. List. Anatomie typického asimilačního listu, listová epidermis, průduchy, trichomy, kutikula. Rozdíl ve stavbě listu trav, douvděložných, nahosemenných C3 x C4. Ekofyziologické adaptace, specifické typy listů. 16. Rozmnožování rostlin pohlavní a nepohlavní. Specializované orgány pro vegetativní množení. Generativní orgány. Rodozměna. Samčí a samičí gametofyt krytosemenných rostlin. Květ typické krytosemenné rostliny. Stavba a model určení identity květních orgánů. Opylení a oplození, embryo a endosperm, vývoj semene. Plody. Klíčení semen. OKRUH Buněčná a molekulární biologie rostlin Orientační vymezení témat: 1. Přehled strukturních složek rostlinné buňky. Strukturní a funkční charakteristiky jednotlivých složek buňky. Porovnání stavby rostlinné buňky s jinými eukaryotními liniemi. Endosymbiotická teorie. Základní metody buněčné a molekulární biologie. 2. Kompartmentace metabolismu. Základní rysy, lokalizace metabolických procesů a komunikace kompartmentů. Model biologické membrány; membránové lipidy a asociované bílkoviny. Membránové děje membránový potenciál, kanály, přenašeče, pumpy. Peroxisomy metabolická variabilita a import bílkovin. 3. Endomembránový systém. Charakteristika a přeměny membránových kompartmentů. Exocytosa a endocytosa, oběh váčků. Osudy proteinů v sekreční dráze adresování,

posttranslační modifikace. Vakuola typy, funkce. Genetická analýza endomembránového systému a sekreční dráhy u Arabidopsis. 4. Buněčná stěna. Stavba, složky (celulosa, pektiny, stěnové proteiny...), vlastnosti. Primární a sekundární stěna. Propojenost cytoplasmy, plasmalemy a buněčné stěny. Biogeneze a prekursory hlavních složek stěny. Kutikula. Biosyntéza celulosy. Buněčný růst typy, polarita, mechanismy. Vztah buněčné stěny a kortikálního mikrotubulového cytoskeletu. 5. Cytoskelet. Složky, evoluční původ, obecné principy sestavování vláken z monomerů. Aktin, tubulin, molekulární motory a další bílkoviny asociované s cytoskeletem a regulující jeho dynamiku. Transport nákladů podél cytoskeletu. Pohyby organel. Genetická analýza rostlinného cytoskeletu u Arabidopsis. 6. Jádro struktura, funkce. Rostlinný genom, jeho obsah a evoluční dynamika. Transportní pochody mezi jádrem a cytoplasmou. Regulace genové exprese na transkripční a posttranslační úrovni mechanismy a příklady. Regulace genové exprese prostřednictvím malých nekodujících RNA. Epigenetická regulace genové exprese. 7. Mitochondrie. Funkční architektura a základní metabolické děje. Endosymbiotická teorie. Organizace a exprese mitochondriálního genomu, editování RNA. Regulace transkripce a translace v mitochondriích, komunikace mezi jádrem a mitochondriemi, Import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrií. Nukleocytoplasmatická (in)kompatibilita. 8. Plastidy. Endosymbiotická teorie, primární plastidy a plastidy vyššího řádu. Funkční architektura plastidů, základní metabolické děje v nich. Polymorfie plastidů a jejich proměny. Organizace a exprese plastidového genomu, editování RNA. Regulace transkripce a translace, dominance translační regulace v plastidech, redoxní stav plastidů a regulace translace. Komunikace mezi jádrem a plastidy. Import proteinů do plastidů. 9. Buněčný cyklus. Fáze BC. Obecné principy regulace BC u eukaryot. Regulace BC u rostlin prostřednictvím fytohormonů a metabolitů (sacharidy). Endoreduplikace jaderné DNA. Karyokineze a cytokineze. Buněčná smrt. 10. Signalizace a komunikace uvnitř buňky a mezi buňkami. Základní mechanismy signalizace, typické příklady signálních drah - receptory a s nimi interagující komplexy, receptorové kinázy, dvoukomponentní His-kinázy, druzí poslové (vapník atd.) MAPkinázové kaskády, GTPázové signalizační moduly. Regulační ubiquitinace a proteolýza. Integrace signálních drah na úrovni vlastní signalizace či transkripce. Mezibuněčná komunikace, plasmodesmy.

4. Doktorská disertační práce (DDP) Termíny: Před odevzdáním disertační práce musí být vykonána SDZ. Obhajoba by měla probehnout do konce 4. ročníku PGS. Pro studenty, kteří studují ve 4-letém studiu, platí, že délka studia je 4+5 let, tedy 9 let (dle nového Studijního řádu UK, platného od února 2011). Obhajoba musí probehnout do konce září 9. roku studia. Termíny obhajoby po odevzdání disertační práce, dané OR AFR: Odevzdání disertační práce: Nejbližší termín obhajoby (kdykoliv v tomto rozmezí, nelze zaručit konání v prvním měsíci): Do 30.5. Do 30.6. Do 30.7. srpen-září září-říjen říjen-listopad Studenty OR žádá studenty, aby s předstihem 1-2 měsíců informovali vedení OR o zamýšleném termínu odevzdání DPP. Nejbližší termín obhajoby bude pak stanoven podle časových možností členů komise a oponentů. Pro objasnění termínů odevzdání práce: Výpis z Pravidel pro organizaci studia na PrF UK http://www.natur.cuni.cz/faculty/studium/agenda-phd/predpisy Předseda komise po projednání s oponenty zajistí zaslání práce oponentům do 4 týdnů od zahájení řízení. Oponent vypracuje posudek do 6 týdnů po jeho doručení. Předseda OR navrhne termín nejpozději 6 týdnů před konáním obhajoby. Nejméně dva týdny před obhajobou se rozešlou oponentské posudky členům komise.

Odevzdání DDP a autoreferátu: Informace o obhajobách DPP: http://www.natur.cuni.cz/fakulta/studium/agenda-phd/obhajoby. včetně: Formulář přihlášky k obhajobě Informace o konání obhajob doktorských disertačních prací (SIS) Titulní list závěrečné práce a prohlášení (Příloha č. 1 k OD 16/2010) Uspořádání autoreferátu (Příloha č. 2 k OD 16/2010) Oborová rada AFR vyžaduje 20 ks autoreferátu v českém a anglickém jazyce (je možné dát do jednoho výtisku obě jazykové verze). Oborová rada AFR povoluje slovensky mluvícím studentům odevzdat autoreferát ve slovenštině namísto v češtině. Oponenti DPP: Oponenti jsou alespoň 2. V případě kladných oponentských posudků na obhajobě musí být přítomen alespoň jeden oponent, jinak je konání obhajoby ohroženo. Výjimku z tohoto pravidla je možné udělat jen v odůvodněných případech. Pokud je jeden či více oponentských posudků negativních, musí být všichni oponenti přítomni bezpodmínečně. Výjimku z tohoto pravidla není možné učinit. Oponent má po obdržení DDP 14 lhůtu na odřeknutí napsání posudku. Dále má oponent na vypracování posudku lhůtu 6 týdnů. Pokud se student/školitel s oponentem dohodne, lze počítat s kratší dobou. Formy doktorské disertační práce: Formu disertační práce upravují Pravidla pro organizaci studia PřF UK. Pravidla specifikovaná OR jsou na webových stránkách: http://kfrserver.natur.cuni.cz/studium/phd-pozadavky.html 5. Obhajoba DDP Obhajoba je veřejná. I v případě obou kladných oponentských posudcích na obhajobě musí být přítomen alespoň jeden oponent, jinak je konání obhajoby ohroženo. Výjimku z tohoto pravidla je možné udělat jen v

odůvodněných případech. Pokud je jeden či více oponentských posudků negativních, musí být všichni oponenti přítomni bezpodmínečně. Výjimku z tohoto pravidla není možné učinit. Vlastní průběh obhajoby: Úvodní slovo předsedy komise, představení obhajujícího doktoranda, seznámení s jeho odborným životopisem a publikační činností. Vyjádření školitele (krátké hodnocení studenta a jeho práce během studia včetně vyjádření, zda školitel doporučuje práci k obhajobě či ne - doda pisemne a bude u obhajoby precteno) (krátké hodnocení studenta a jeho práce během studia včetně vyjádření, zda školitel doporučuje práci k obhajobě či ne). Vlastní prezentace obsahu dizertační práce doktorandem (30-40 min.) Čtení oponentských posudků. Je možné, že student hnedreaguje na připomínky oponentů v průběhu čtení posudku, dle domluvy. Vlastní obhajoba - reakce/odpovědi doktoranda na otázky a připomínky oponentů obsažených v posudcích. Obecná diskuse k dané dizertační práci. Další doplňující otázky pointů, členů komise a dalších přítomných na obhajobě. Po ukončení diskuse neveřejné zasedání členů komise, oponentů a školitele, tajné hlasování členů komise o výsledku obhajoby. Pro hlasování jsou použity hlasovací lístky. Veřejné vyhlášení výsledku obhajoby. 6. Ukončení studia Uchazeč se stává studentem doktorského studia dnem zápisu na fakultu. Dnem řádného ukončení doktorského studia je den, kdy byla obhájena disertační práce. Z těchto ustanovení Studijního a zkušebního řádu vyplývá, že během 9 let od zápisu je nutno složit státní doktorskou zkoušku i obhájit disertaci (nestačí tedy disertační práci jen předložit). Nesplnění tohoto požadavku vede k ukončení studia pro nesplnění požadavků vyplývajících ze studijního programu. Z Pravidel pro organizaci studia vyplývá, že disertační práce musí být podána k obhajobě nejpozději osmnáct týdnů před uplynutím maximální doby studia devíti let. Rozhodne-li se doktorand z jakéhokoli důvodu zanechat studia, je třeba, aby toto rozhodnutí písemně oznámil oddělení doktorandského studia PřF UK (adresovat příslušnému proděkanovi s kopií oborové radě - předsedovi OR).

Datum poslední aktualizace: 7.5.2015 Za Oborovou radu PGS programu AFR na PřF UK Jana Albrechtová Předseda OR (albrecht@natur.cuni.cz) Katedra experimentální biologie rostlin, Viničná 5, 128 44 Praha 2