METABOLOMICS & METABOLOMIC PROFILLING

Podobné dokumenty
Melting the ash from biomass

Characterization of soil organic carbon and its fraction labile carbon in ecosystems Ľ. Pospíšilová, V. Petrášová, J. Foukalová, E.

CARBONACEOUS PARTICLES IN THE AIR MORAVIAN-SILESIAN REGION

Biosensors and Medical Devices Development at VSB Technical University of Ostrava

Aktivita CLIL Chemie I.

EXTRAHOVATELNÉ A LOUHOVATELNÉ LÁTKY. (E&L extractables/leachables) Lukáš Plaček

Perception Motivated Hybrid Approach to Tone Mapping

Whatever you frame. L xxxx. výška / high. šířka / width

Laboratoř na čipu. Lab-on-a-chip. Pavel Matějka

Litosil - application

SIMPLE MOULDINGS MOULDINGS

CZ.1.07/2.3.00/

Svalová dystrofie. Prezentace technologických řešení registru Petr Brabec

Klepnutím lze upravit styl Click to edit Master title style předlohy nadpisů.

Why PRIME? 20 years of Erasmus Programme Over 2 million students in total Annually

GUIDELINES FOR CONNECTION TO FTP SERVER TO TRANSFER PRINTING DATA

SOIL ECOLOGY the general patterns, and the particular

Program konference vědeckých prací studentů DSP na LF UP v Olomouci

Seznam publikací, Ing. Josef Půta, Ph.D.

USING VIDEO IN PRE-SET AND IN-SET TEACHER TRAINING

LED STANDARD 12V GU4, GU5.3, G53

Název: Vypracovala: Datum: Zuzana Lacková

Stanovení vitaminu C metodou HPLC s rozdílnou možností detekce. Bc. Kamila Šimánková

CHEMIE ŽIVOTNÍHO PROSTŘEDÍ I Environmentální procesy (01) Koncepce výuky chemie životního prostředí

Údaje k předkládaným výsledkům pro kontrolu do RIV

Unit 3 Stereochemistry

The Over-Head Cam (OHC) Valve Train Computer Model

Sobota Neděle

Kyselina myristová, poměr vybraných mastných kyselin a jejich význam pro diagnostiku sepse

PLÁN NÁRODNÍCH PRACÍ NATIONAL WORK PROGRAMME

POLOHOVÁNÍ ULTRAZVUKOVÉHO SENZORU

Repetitorium chemie IX (2016) (teorie a praxe chromatografie)

Role DSO v implementaci GDPR

EPOS Problems Solving Projects. Jan Moudrý jr., Petr Konvalina USB (CZ)

CZ.1.07/1.5.00/

název titul, příjmení, jméno autora

Kvantitativní proteomická analýza. Martin Hubálek

4th National Conference on Sustainable Chemistry

POROVNÁNÍ UV A VODOU ŘEDITELNÝCH LAKŮ Z POHLEDU MNOŽSTVÍ EMISÍ VOC

Hmotnostní spektrometrie Mass spectrometry - MS

DATA SHEET. BC516 PNP Darlington transistor. technický list DISCRETE SEMICONDUCTORS Apr 23. Product specification Supersedes data of 1997 Apr 16

Martin Vrbka 0/14. Institute of Machine and Industrial Design Faculty of Mechanical Engineering Brno University of Technology

Podmínky přijímacího řízení Farmaceutická fakulta UK Akademický rok 2018/2019

Comparation of mobile

Zelené potraviny v nových obalech Green foods in a new packaging

Podmínky přijímacího řízení Farmaceutická fakulta UK Akademický rok 2017/2018

Čtvrtý Pentagram The fourth Pentagram

místo, kde se rodí nápady

filtrační polomasky disposable respirators

VŠEOBECNÁ TÉMATA PRO SOU Mgr. Dita Hejlová

On large rigid sets of monounary algebras. D. Jakubíková-Studenovská P. J. Šafárik University, Košice, Slovakia

Spolupráce MITAS s vysokými školami a výzkumnými institucemi. Gumference , Zlín

Tento materiál byl vytvořen v rámci projektu Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost.

Karta předmětu prezenční studium

COMPARISON OF VOLATILE OIL CONTENT EVALUATION METHODS OF SPICE PLANTS SROVNÁNÍ METOD STANOVENÍ OBSAHU SILICE V KOŘENINOVÝCH ROSTLINÁCH

Metody spektrální. Metody hmotnostní spektrometrie. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti

Důležité praktické poznatky z konference 36thSymposium on CapillaryChromatography

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

Inorganic technology

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

Životopis. Osobní údaje. Vzdělání. Zaměstnání. Pedagogická činnost na VŠE v Praze. Vysoká škola ekonomická v Praze

SYSTEM OF ROAD SURFACE MEASUREMENT AND EVALUATION IN THE CZECH REPUBLIC, NEW TRENDS IN THIS FIELD

Využití GCxGC-TOF MS při analýze potravinových kontaminantů a biologicky aktivních látek

Střední průmyslová škola strojnická Olomouc, tř.17. listopadu 49

TechoLED H A N D B O O K

Air Quality Improvement Plans 2019 update Analytical part. Ondřej Vlček, Jana Ďoubalová, Zdeňka Chromcová, Hana Škáchová

Outline of options for waste liquidation through gasification

MEDIA RESEARCH RATINGS

SEZNAM PŘÍLOH 11. SEZNAM PŘÍLOH

Just write down your most recent and important education. Remember that sometimes less is more some people may be considered overqualified.

Pentachlorfenol (PCP)

Zpráva o plnění výzkumného záměru v roce 2007

TECHNICKÁ NORMALIZACE V OBLASTI PROSTOROVÝCH INFORMACÍ

Water Planning in the Czech Republic

Střední průmyslová škola strojnická Olomouc, tř.17. listopadu 49

Fakulta chemicko-technologická Faculty of Chemical Technology

Jakub Zavodny (University of Oxford, UK)

AIC ČESKÁ REPUBLIKA CZECH REPUBLIC

Zubní pasty v pozměněném složení a novém designu

Kapalinová chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí Teoretický úvod

STUDIUM KINETIKY SORPCE TĚKAVÝCH ORGANICKÝCH LÁTEK NA VLÁKNA SPME PŘI ANALÝZE METODOU GC/MS

Part I. The Registry focuses on recruitment of new young donors and stem cells donation promotion

PRODEJNÍ EAUKCE A JEJICH ROSTOUCÍ SEX-APPEAL SELLING EAUCTIONS AND THEIR GROWING APPEAL

Nové produkty New Products

K otázce pokrytí publikační aktivity českých vysokých škol v bibliografických bázích dat

Compression of a Dictionary

Klepnutím lze upravit styl předlohy. Klepnutím lze upravit styl předlohy. nadpisů. nadpisů. Aleš Křupka.

Střední průmyslová škola strojnická Olomouc, tř.17. listopadu 49

SPECIFICATION FOR ALDER LED

Bringing Lights to Your Projects. by Visiocom.

Project Life-Cycle Data Management

VÚTS, a.s. Liberec CENTRE OF ENGINEERING RESEARCH AND DEVELOPMENT

Střední odborná škola stavební a Střední odborné učiliště stavební Rybitví

BTS and Development of Confidence Indicators

METODY STANOVENÍ HLADIN VITAMÍNU D. Stanovení. Struktury 1α,25-dihydroxyvitamin D3 kalcitriol. Chemicky Chromatograficky Imunochemicky

READERS OF MAGAZÍN DNES + TV

Tento materiál byl vytvořen v rámci projektu Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost.

Zpráva ze zahraniční služební cesty

Projekt: ŠKOLA RADOSTI, ŠKOLA KVALITY Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.4.00/ EU PENÍZE ŠKOLÁM

Kvantitativní proteomická analýza

Transkript:

METABOLOMICS & METABOLOMIC PROFILLING Dr. Michal Oravec

Metabolomics: Is youngest an omics approach that aims to analyse all metabolites in a biological sample comprehensively and is also focuse to study of chemical processes involving metabolites. Metabolomics represents the exhaustive profiling of metabolites contained in organism. Metabolom: The complete complement of small molecules present in an organism. Represents the collection of all metabolites in a biological cell, tissue, organ or organism, which are products of cellular processes. Metabolomic profilling: Identification and quantification of the metabolites present in an organism. Is a fast growing technology and is useful for phenotyping and diagnostic analyses of plants. The objective of non-targeted metabolic profiling analysisis to describe metabolic events in plants by determining all detectable metabolites.

METABOLOMICS

METABOLOMICS & METABOLOMIC PROFILLING

METABOLOMICS & METABOLOMIC PROFILLING

METABOLOMICS & METABOLOMIC PROFILLING

Triple Quadrupole http://www.youtube.com/watch?v=-iltw6xqmmw

Triple Quadrupole Mods of MS: SCAN-full scan SIM-selected ion monitoring PI-product ion MRM-multiple reaction monitoring etc.

The pros and cons of Triple Quadrupole + sensitivity + good for validation + low backgrounds in MRM mode + good for target analysis - low resolution (selectivity) - not useful for non-target analysis

QTOF http://www.youtube.com/watch?v=dsigxfrjnu0

The pros and cons of QTOF + higher resolution than triple quad (higher selectivity) + useful for fast chromatography (UHPLC) + faster SCAN time than orbitrap + useful for non-target analysis + more mass libraries compare to mass libraries for orbitrap - sensitivity is lower than triple quad - low temperature stability (dilatation of time of flight tubes) lose resolution - MS/MS/MS isn t possible - lower resolution than orbitrap - lower resolution for low m/z

Orbitrap http://www.youtube.com/watch?v=kjuqyuy3msa

The pros and cons of orbitrap + higher resolution than triple quad and QTOF (higher selectivity) for lower m/z + robustness and stability + useful for non-target + MS/MS/MS - sensitivity is lower than triple quad - slower SCAN with high resolution (combination with fast chromatography UHPLC is not suitable) - lower resolution than QTOF for higher m/z

LABORATORY of METABOLOMICS of CZECHGLOBE Gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) for broad-spectrum screening of volatile (terpenes and essential oils) or easily derivatisable metabolites (e.g. free fatty acids, phenolics, steroids, alkaloids, most amino acids, mono-, di- and trisacharides, sugar and alcohols) HPLC coupled to mass spectrometry (HPLC-MS, UHPLC with DAD and HRMS) non-volatile metabolites (amino acids, sugars, organic acids, alkaloides, phytosteroids, organic amines, nucleosides etc.) Eelmental analyzer for determination of C/N/S content Weight isotope detector for the assessment of stable isotope ratio (irms) Thermogravimetric analyzer (connected to GC) studies of dynamics and structure of soil-organic-matters (SOM), Raman spectrometer + FT-IR spatial distribution of organic substances in leaves, wood parts of plants (e.g. pigments, alkaloids, sugars, protein fractions, etc.),

The Center for Ecological Research and Forestry Applications (CREAF) NMR laboratory

LC-MS Accela Fleet

Methods Saccharides (spectrophotometry) Chlorophylls (spectrophotometry) Ergosterols (GC/MS) FA: fatty acids (GC/MS) Terpens (GC/MS) Metabolomic profiling (GC/MS) Drugs, Cytostatic on nanoparticles (HPLC/HRMS) PANHs, Pigments (HPLC/HRMS) Metabolomic profiling (amino acid, sugars, phenolic compounds, etc.) (HPLC/HRMS) Mass Library (300 standards)

Taxifolin Isovitexin C21H19O10 C15H11O7

3-hydroxybenzoic acid

Saponarin

Quercetin

Processing of results Start with the most complete dataset Isolate what s of interest Identify all metabolites Automatically localize the site of metabolism Generate reports

4000000 3500000 Effect of UV radiation and nitrogen content to metabolic profile of barley Sinapic acid 3000000 2500000 2000000 Barke Bonus 1500000 1000000 500000 0 UVA+, UVB-, PAR+, N+ UV-, PAR+, N+ UVA-, UV+, PAR+, UVB+, PAR- N-, N- UV+, PAR-, N+ UV-, PAR-, N- UV-, PAR-, N+ UV-, PAR+, N- UV+, PAR-, N- UVA-, UVB+, PAR-, N+ UVA-, UVB+, PAR+, N+ UVA-, UVB+, PAR+, N-

250000 200000 150000 100000 50000 0 3-hydroxybenzoic acid Barke Bonus 3500000 3000000 2500000 2000000 1500000 1000000 500000 0 Galangin Barke Bonus 8000000 7000000 6000000 5000000 4000000 3000000 2000000 1000000 0 Homoorientin Barke Bonus

Effect of intensity of electric current and operate time to metabolic profile of vine

Effect of draught to metabolic profile of pinus pinaster

KOS, Jiří and ZADRAŽILOVÁ, Iveta and PEŠKO, Matúš and KELTOŠOVÁ, Stanislava and TENGLER, Jan and GONĚC, Tomáš and BOBÁL, Pavel and KAUEROVÁ, Tereza and ORAVEC, Michal and KOLLÁR, Peter and ČÍŽEK, Alois and KRÁĽOVÁ, Katarína and JAMPÍLEK, Josef. Antibacterial and Herbicidal Activity of Ring-Substituted 3-Hydroxynaphthalene-2- carboxanilides. Molecules 2013, vol. 18, no. 7, 7977-7997, http://www.mdpi.com/1420-3049/18/7/7977/pdf. [ISSN 1420-3049, IF 2012 = 2.428] TENGLER, Jan and KAPUSTÍKOVÁ, Iva and STROPNICKÝ, Ondřej and MOKRÝ, Petr and ORAVEC, Michal and CSÖLLEI, Jozef and JAMPÍLEK, Josef. Synthesis of New (Arylcarbonyloxy)aminopropanol Derivatives and the Determination of Their Physico-Chemical Properties. Cent. Eur. J. Chem. 2013, vol. 11, no. 11, 1757-1767. [ISSN 1895-1066, IF 2012 = 1.167] KOS, Jiří and ZADRAŽILOVÁ, Iveta and PEŠKO, Matúš and PAVLICA, Jiří and GONĚC, Tomáš and BOBÁL, Pavel and ORAVEC, Michal and ČÍŽEK, Alois and KRÁĽOVÁ, Katarína and JAMPÍLEK, Josef. Preparation and Biological Properties of Ring-Substituted 3-Hydroxynaphthalene-2-carboxanilides. Proceedings: The 16 th International Electronic Conference on Synthetic Organic Chemistry (ECSOC-16), November 1-30, 2012, B1009, http://www.sciforum.net/presentation/1009. Editors: Julio A. Seijas, M. Pilar Vázquez Tato, Shu-Kun Lin, CD-ROM edition. Published in 2013 by MDPI, Basel, Switzerland. [ISBN 3-906980-26-X] KOS, Jiří and GONĚC, Tomáš and TENGLER, Jan and ZADRAŽILOVÁ, Iveta and PEŠKO, Matúš and ORAVEC, Michal and KRÁĽOVÁ, Katarína and ČÍŽEK, Alois and JAMPÍLEK, Josef: Synthesis of amides of hydroxynaphthoic acids as biologically active compounds. Book of Abstracts: The International Student Scientific Conference of Faculty of Natural Sciences of Comenius University 2013, Faculty of Natural Sciences, Comenius University, Bratislava, Slovakia, April 24, 2013, p. 1044-1047, http://2013.svkprifuk.info/prispevok/?id=266. [ISBN 978-80-223-3392-4] ORAVEC, Michal and JAMPÍLEK, Josef and ZÁRUBA, Kamil and OPATŘILOVÁ, Radka and SUCHÝ, Pavel. Determination of Drugs in Silica Gel-Based Nanocarriers in Tissues. Book of Abstracts: The XVII euroanalysis, Warsaw, Poland, August 25 29, 2013, p. 183. [ISBN 978-83-7798-089-7]

Thank you for your attention