Nukleové kyseliny. Biochemický ústav LF MU (E.T.) 2013

Podobné dokumenty
Typy nukleových kyselin. deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA).

Centrální dogma molekulární biologie

Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA

Exprese genetické informace

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce, RNA processing Translace

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie

2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života

Struktura a funkce nukleových kyselin

Základy molekulární a buněčné biologie. Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra

Nukleové kyseliny. DeoxyriboNucleic li Acid

Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza

6. Nukleové kyseliny

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA

NUKLEOVÉ KYSELINY. Složení nukleových kyselin. Typy nukleových kyselin:

Nukleové kyseliny Milan Haminger BiGy Brno 2017

Jsme tak odlišní. Co nás spojuje..? Nukleové kyseliny

Garant předmětu GEN: prof. Ing. Jindřich Čítek, CSc. Garant předmětu GEN1: prof. Ing. Václav Řehout, CSc.

Exprese genetické informace

Struktura, vlastnosti a funkce nukleových kyselin, DNA v jádře, chromatin.

Nukleosidy, nukleotidy, nukleové kyseliny, genetická informace

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK. Anotace. Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20. Číslo projektu:

Nukleové kyseliny. obecný přehled

Projekt SIPVZ č.0636p2006 Buňka interaktivní výuková aplikace

Genetika zvířat - MENDELU

Gymnázium, Brno, Elgartova 3

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Vztah struktury a funkce nukleových kyselin. Replikace, transkripce

Svět RNA a bílkovin. RNA svět, 1. polovina. RNA svět. Doporučená literatura. Struktura RNA. Transkripce. Regulace transkripce.

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Úvod do studia biologie. Základy molekulární genetiky

Nukleové kyseliny Replikace DNA Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

a) Primární struktura NK NUKLEOTIDY Monomerem NK jsou nukleotidy

Chemie nukleotidů a nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie (existují vyjímky)

19.b - Metabolismus nukleových kyselin a proteosyntéza

Úvod do studia biologie. Základy molekulární genetiky

Proteiny Genová exprese Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Nukleové kyseliny. Jsou universální složky živých organismů. Jsou odpovědné za uchování a přenos genetické informace.

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Struktura a funkce biomakromolekul

Nukleové kyseliny příručka pro učitele. Obecné informace:

Syntéza a postranskripční úpravy RNA

Schéma průběhu transkripce

Struktura biomakromolekul

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Struktura biomakromolekul

Nukleové kyseliny a nadmolekulové komplexy polynukleotidů buněčných struktur

TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN

Chemická reaktivita NK.

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací

Molekulární základ dědičnosti

Eva Benešová. Genetika

Struktura a funkce biomakromolekul

GENETIKA dědičností heredita proměnlivostí variabilitu Dědičnost - heredita podobnými znaky genetickou informací Proměnlivost - variabilita

Nukleové kyseliny (polynukleotidy) Nukleové kyseliny a nadmolekulové komplexy polynukleotidů buněčných struktur

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce, RNA processing Translace

POLYPEPTIDY. Provitaminy = organické sloučeniny bez vitaminózního účinku, které se v živočišném těle mění působením ÚV záření nebo enzymů na vitaminy.

Kde se NK vyskytují?

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu

jedné aminokyseliny v molekule jednoho z polypeptidů hemoglobinu

Předmět: KBB/BB1P; KBB/BUBIO

-nukleové kyseliny jsou makromolekulární látky, jejichž základní stavební jednotkou je nukleotid každý nukleotid vzniká spojením:

Odvětví genetiky zkoumající strukturu a funkci genů na molekulární úrovni

6) Transkripce. Bakteriální RNA-polymeráza katalyzuje transkripci všech uvedených typů primárních transkriptů (na rozdíl od eukaryot).

Molekulární genetika: Základní stavební jednotkou nukleových kyselin jsou nukleotidy, které jsou tvořeny

Molekulární základy dědičnosti

TEST: GENETIKA, MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE

Vazebné interakce protein s DNA

Molekulární základy dědičnosti

DUM č. 11 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

Bílkoviny a rostlinná buňka

4) pokračování struktury nukleových kyselin

Deriváty karboxylových kyselin, aminokyseliny, estery

REPLIKACE A REPARACE DNA

ENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA

b) Jak se změní sekvence aminokyselin v polypeptidu, pokud dojde v pozici 23 k záměně bázového páru GC za TA (bodová mutace) a s jakými následky?

Translace (druhý krok genové exprese)

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace

6. Nukleové kyseliny a molekulová genetika

ÚVOD. Úvod ke struktuře nukleových kyselin Struktura DNA Replikace DNA Opravy DNA

MOLEKULÁRNÍ ZÁKLADY DĚDIČNOSTI

"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Molekulární základy genetiky

Biosyntéza a metabolismus bílkovin

DUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

Základy metod forenzní genetiky. Hana Šumberová, DiS

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)

7. Regulace genové exprese, diferenciace buněk a epigenetika

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace

Genetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu.

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE PROKARYOT

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti)

Přípravný kurz z biologie MUDr. Jana Kolářová, CSc. témata 1 Mgr. Kateřina Caltová témata 3-5 doc. PharmDr. Emil Rudolf, Ph.D materiály k

Metodologie molekulární fylogeneze a taxonomie hmyzu Bi7770

1. Téma : Genetika shrnutí Název DUMu : VY_32_INOVACE_29_SPSOA_BIO_1_CHAM 2. Vypracovala : Hana Chamulová 3. Vytvořeno v projektu EU peníze středním

Transkript:

Nukleové kyseliny Biochemický ústav LF MU (E.T.) 2013 1

Nukleové kyseliny Polymery s molekulovou hmotností 10 8 g/mol Polynukleotidy Typy nukleových kyselin DNA RNA Pentosa: deoxyribosa ribosa Báze: A,G,C,T A,G,C,U 2

Základní komponenty polynukleotidů báze ribosa, deoxyribosa fosfáty 3

H C H 2 Struktura polynukleotidů 3,5 -fosfodiesterová vazba - P - C H 2 P H H báze báze kovalentní páteř: pentosa...kys.fosforečná postranní řetězce: báze připojené na pentosové zbytky N glykosidovou vazbou C H 2 H ligonukleotidy 50 nukleotidů Polynukleotidy > 50 nukleotidů 4

5 -konec H C H 2 Polarita řetězce H P - báze C H 2 H - P báze C H 2 H H 3 - konec 5

5 -konec H C H 2 Primární struktura: H P - C H 2 báze pořadí nukleotidových zbytků ve směru 5 3 (v tomto směru probíhá vždy syntéza) H - P báze C H 2 H H 3 -konec 6

Připojení deoxynukleotidu dnmp při elongaci řetězce DNA 3 konec stávajícího řetězce - H P - C H 2 P P P - - - bá z e 1 C H 2 DNA-polymerasa bá z e 2 dntp2 reaguje s 3 koncem stávajícího řetězce H 7

5 - P C H 2 Vzniká fosfodiesterová vazba mezi 3 -H skupinou stávajícího řetězce a 5 fosfátem vstupujícího nukleotidu bá z e 1 + PP i 2P i 3 P C H 2 bá z e 2 prodlužování řetězce H dntp3 8 8

Primární struktura (symbolický zápis) T C A A G C A P P P P P P 5 3 Zkrácený zápis: 5 -TCAAGCA-3 nebo TCAAGCA 9

DNA DNA poprvé izolována 1869 (švýcarský lékař Friedrich Miescher, v hnisu izolovaném z lékařských bandáží) DNA je nositelem genetické informace trojice bází (triplet) v DNA kóduje jednu aminokyselinu úsek DNA nesoucí informaci o syntéze jednoho polypeptidového řetězce - strukturní gen u eukaryontů převážná část DNA v jádře, (mitochondrie 1%), DNA organizována v chromatinu (chromosomech). Jeden chromosom obsahuje 1 molekulu DNA 10

Velikost molekul Molekuly DNA - největší kovalentní molekuly v organismu. Nejdelší chromozom 1 u člověka - 15 cm (3.10 8 bází) Velikost se udává počtem párů bází (bp) rganismus Počet párů bází (bp) Borrelia burgdorferi (bakterie) 946 000 Escherichia coli (bakterie) 4 639 221 Saccharomyces cerevisiae (kvasinka) 12 070 521 Člověk 3 000 000 000 11

Bufo bufo 6 900 000 000 bp Amoeba proteus 290 000 000 000 bp 12

Velikost DNA však nekoresponduje s počtem genů Druh Homo sapiens Drosophila melanogaster Sacharomyces cerevisiae Escherichia coli Arabidopsis thaliana Velikost genomu (bp) 3 000 000 000 120 000 000 12 000 000 4 600 000 125 000 000 Počet genů 20 000 13 600 6 275 4 800 27 000 Arabidopsis thaliana (Huseníček rolní) modelový organismus v molekulární genetice 13

Struktura DNA 2 April 1953 Molecular Structure of Nucleic Acids J. D. WATSN, F. H. C. CRICK NATURE,VL. 171, page 737, 1953 14

Cavendish Laboratory in Cambridge James Watson Francis Crick 15

Rosalinda E. Franklin 1920 1958 Struktura DNA byla určena pomocí metody rentgenové difrakce. Většina dat byla naměřena Rosalindou Franklinovou.Watson a Crick je interpretovali a zkombinovali s ostatními známými fakty. 16

1962 Nobel Prize for Medicine... for their discoveries concerning the molecular structure of nucleic acids and its significance for information transfer in living material... J.D. Watson (1928) F.H.C. Crick (1916-2004) M.H.F. Wilkins 1916-2004) 17

osa symetrie Sekundární struktura DNA 5- konec 3 -konec nejčastěji dvouvláknová, pravotočivá šroubovice řetězce uspořádány kolem společné osy vlákna mají opačnou polaritu vlákna jsou komplementární A=T, G = C (Chargaffovo pravidlo) poměr damp+dtmp / dgmp+dcmp charakteristický pro každou DNA http://en.wikipedia.org/wiki/file:dna_orbit_animated.gif 18

Chargaffovo pravidlo Ve vzorku dsdna je 10% G. Jaké je procento T? G=C ve vzorku je 10% C G + C = 20% pak A + T = 80% A = T ve vzorku je 40% T 19

Fosfátové zbytky, ribosa tvoří vnější část šroubovice ( páteř ) hydrofilní charakter fosfátové zbytky mají při fyziologickém ph záporný náboj - vážou kationty z roztoku nebo kladně nabité postranní řetězce proteinů Báze leží uvnitř dvoušroubovice jsou navzájem rovnoběžné (stohování bází) komplementární báze se vážou vodíkovými můstky http://www.umass.edu/molvis/tutorials/dna/dnapairs.htm 20

Párování bází - princip komplementarity A=T H N H 2 vodíkové můstky N N H N CH3 N N H adenin N H thymin 21

3 vodíkové můstky G C H N H N NH N N H N N H H N H guanin cytosin pro párování jsou významné laktamové formy bází 22

Párování bází je neenzymová, spontánní reakce Umožňuje párům bází zaujmout energeticky nejvýhodnější konformaci v rámci dvojšroubovice Vazba G C je silnější než vazba A=T Další možnosti párování: Hoogsteenovské párování Wobble párování - umožňuje úsporné rozeznávání kodonů pomocí trna molekul. Při wobble párování může například guanin vytvářet vazbu s uracilem Triplexové a kvadruplexové struktury 23

Další nevazebné interakce ve dvoušroubovici Přitažlivé: vodíkové můstky mezi bázemi - interakce mezi bázemi hydrofobní interakce mezi bázemi dpudivé repulse mezi fosfáty 24

Konformační formy DNA liší se hustotou závitů, mírou hydratace, směrem otáčení šroubovice B-forma A-forma Z-forma 25

Konformace = prostorové uspořádání biomakromolekuly do struktury, která je za daných podmínek nejvýhodnější Konformace DNA závisí na -nukleotidové sekvenci - obsahu vody v prostředí - iontové síle prostředí 26

Jiná uspořádání řetězců DNA Hollidayův spoj G-kvadruplex http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23653208 http://www.bss.phy.cam.ac.uk/~jlh29/ 27

B-forma (nejběžnější, Watson, Crick) v buňkách a v roztoku za běžných podmínek pravotočivá šroubovice, 10 bází na 360 o. páteř : deoxyribosa-fosfát báze směřují dovnitř, kolmo na osu šroubovice, spojení vodíkovými vazbami na povrchu dvě rýhy - žlábky nestejné velikosti (major, minor groove) http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/81/adn_animation.gif http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/81/adn_animation.gif 28

Žlábky (groove) ve struktuře B-DNA 29

Žlábky místo vazby regulačních molekul Major groove Major groove Vazba proteinů N N H N NH N H guanin H Minor groove H N N N H H cytosin H N H N N H N N H adenin Minor groove N N H thymin C H 3 Vazba malých molekul 30

A-forma částečnou dehydratací B pravotočivá šroubovice, 11 bází na otočku, roviny bází vychýleny o 20 o vyskytuje se u hybridních DNA-RNA struktur, nebo zdvojených RNA struktur 31

Z-forma levotočivá šroubovice 12 zbytků na závit, páteř zik-zak jediný hluboký žlábek vznik při vyšší iontové síle nebo methylaci bází (kontrola a regulace genové exprese methylací) vyskytuje se vždy pouze v určitém úseku DNA tvorba Z-formy z B formy vede k rozvíjení dvojitého helixu (má patrně roli při kontrole transkripce) 32

Minor Groove Major Groove 33

Kružnicová DNA viry, plasmidy, prokaryontní chromosomy, chromosomy mitochondrií dvoušroubovice a opačná polarita řetězců jsou zachovány, nejsou volné 3 - a 5 - H skupiny často superstáčení může být i jednovláknová 34

Protinádorové léky mohou měnit tvar DNA H 3 N Cl Pt Cl Cis-platina (cis-diammin-dichloroplatina (II)) NH 3 Atomy chloru jsou nahrazeny dusíky bází, lék se váže na DNA, mění její prostorovou strukturu. Dochází k lomení řetězce, je zabráněno replikaci, nastává apoptóza. Nověji též karboplatina 35

Působení cis-platiny 36

Interkalace vmezeření mezi báze DNA Interkalující molekuly mají planární charakter NH 2 N + Br - H 2 N Ethidium bromid H CH 3 H C H 3 HCl H Daunorubicin CH 3 NH 2 H Interkalace cytostatika do dvojité šroubovice DNA. Struktura DNA je tím narušena a dochází k poruchám při transkripci a replikaci (např. doxorubicin, daunorubicin protinádorové léky) Též barvení DNA (ethidium bromid). 37

Denaturace a renaturace DNA Dvouvláknová DNA je nativní formou DNA Přeměna na jednovláknovou formu - denaturace Denaturace probíhá jen in vitro Dochází k přerušení vodíkových můstků mezi bázemi Zpětná přeměna jednovláknové DNA do dvoušroubovice - renaturace 38

Vlivy vyvolávající denaturaci (tání) = vlivy vyvolávající přerušení H-vazeb vysoká teplota nízká koncentrace solí (větší odpuzování fosfátových zbytků) změna ph dvouvláknová DNA s vyšším obsahem G C má vyšší odolnost vůči denaturaci Teplota tání T m teplota při níž 50 % DNA je odděleno 39

Sledování denaturace DNA konjugované dvojné vazby v bázích DNA vyvolávají absorbanci roztoku při 260 nm absorbance jednovláknové DNA je vyšší než dvouvláknové (hyperchromní posun) denaturace DNA může být sledována na základě měření absorbance při 260 nm absorbance A 260 nm Teplota tání T m t C 40

Renaturace - při pomalém odstranění příčin denaturace dojde k obnovení vodíkových můstků mezi bázemi, obnoví se struktura dvoušroubovice (anelace) Hybridizace spojení částečně nebo úplně komplementárních řetězců z různých molekul DNA nebo RNA 41

In vitro metody hybridizace DNA - diagnostika genetických chorob PCR metody (polymerase chain reaction) selektivní amplifikace malých úseků DNA využívají oligonukleotidové primery a speciální tepelně odolnou DNA polymerázu (Taq polymeráza), která byla izolována z termofilní bakterie Termus aquaticus opakování tří dějů - denaturace, hybridizace (anelace), polymerace probíhá v termocyklerech (viz praktická cvičení z Biologie) 42

Schéma PCR 43

DNA je matricí pro transkripci (přepis) syntéza RNA matricí je templátový řetězec replikaci syntéza dceřinné molekuly DNA matricí jsou obě vlákna 44

Velikost DNA x velikost buňky Eukaryotická buňka = 20 m průměr jádro = 5 10 m Lidská haploidní b. = 23 chromosomů = 3 x 10 9 párů bází 1.3 x 10 8 párů bází/ chromosom 1 pár bází v B formě - 0.34 nm 1chromosom = 5 cm 23 chromosomů = 115 cm Diploidní b. = 46 chromosomů = 2 m délka!!!??? Jak se DNA může směstnat do jádra? 45

Vyšší struktury DNA Eukaryontní buňka: chromatin - komplex DNA (40 %) a proteinů (60 %) základní jednotkou chromatinu je nukleosom 46

Úrovně struktury eukaryontní DNA 47

Nukleosomy Stočení dvou závitů dihelixu DNA ( 140 bází) kolem oktameru histonu zkrácení molekuly DNA na 1/3 oktamer histonů H2A,H2B,H3 a H4 spojovací úsek DNA ( 60 bází - volná DNA - linker DNA) Histony: bazické bílkoviny, vysoce konzervovaná struktura 100AK, 25% Lys a Arg histon Hl Kladně nabité skupiny Lys a Arg reagují se záporně nabitými fosfáty Typy: H1, H2A, H2B, H3 a H4 48

Úrovně kondenzace DNA Viz též přednáška 3 Biologie 1 dvoušroubovice DNA obtočená kolem nukleosomu - korálková forma vlákno 10 nm zkondenzované nukleosomy - vlákno 30 nm kondenzace vláken do smyček (tyčinky 250 nm) Smyčky (20 000-80 000 párů bází) jsou v jádře zakotveny k podpůrné matrix (nebazické proteiny) 800 nm http://www.hhmi.org/biointeractive/dna/dnai_packaging_vo2.html 49

Kondenzace chromozomů v metafázi Viz též přednáška 3 Biologie 1 50

Míra kondenzace DNA Metafáze maximální kondenzace chromozomů, funkčně inertní DNA Interfáze funkční, méně kondenzovaná forma DNA euchromatin - transkripčně aktivní, rozvolněn heterochromatin - zůstává kondenzován Viz též přednášky Biologie např. regulace genové exprese 51

Struktura chromatinu je regulována kovalentními modifikacemi histonů a DNA Acetylace lysinových řetězců v histonech destabilizuje strukturu chromatinu a podporuje transkripci Methylace některých lysinových řetězců v histonech - podporuje kondenzaci chromatinu Methylace argininových a některých lysinových řetězců destabilizuje strukturu chromatinu Fosforylace serinových řetězců v histonech -? Je charakteristická pro mitosu a meiosu Methylace cytosinu v DNA podporuje kondenzaci následkem je změna prostorové struktury, rozvolnění zkomprimovaných korálků, což zpřístupní geny na částečně rozpleteném úseku. http://www.blinkx.com/watch-video/chromatin-histones-andepigenetics/ykf9xiblpicbtusjagiira 52

Příklad: modifikace histonů acetylací a deacetylací Histon-acetyltransferasa katalyzuje acetylaci lysinu Tím je eliminován kladný náboj na dusíku a zeslabena interakce mezi histonem a negativně nabitou DNA (fosfáty) Lys NH + 3 NH C + H + CH 3 Histondeacetylasa obnovuje pozitivní náboj na histonu a zesiluje interakci mezi DNA a histonem 53

Eukaryontní jaderná DNA DNA kódující proteiny (~3 %) Negenová DNA introny regulační sekvence DNA kódující t- a r-rna, histony opakující se (repetitivní) DNA *pseudogeny 54

Lidský genom Lidský jaderný genom (projekt HUG = Human Genome rganization, zahájení 1990) První sdělení 2001, zpřesnění 2004, 2006 Celera Genomics (Venter), 2001 Mezinárodní Konsorcium, 2001 55

Lidský genom 3.10 9 párů bází (23 chromosomů) průměrný gen 30 tisíc nukleotidů 20 000 genů Rozmístění genů v genomu není rovnoměrné (chromosom 1 3000 genů, chromosom Y 230 genů) > 97 % lidské DNA je negenová DNA Viz též přednášky Biologie 56

rganizace lidského genomu 57

Lidský genom dle funkce proteinů http://en.wikipedia.org/wiki/human_genome 58

Introny a exony v lidské DNA Exony úseky DNA kódující protein pouze 1,5% Introny nekódující úseky DNA mezi exony, které jsou přepsány do mrna a po té vystřiženy (junk DNA) Lidský genom - v průměru 8,8 exonů a 7,8 intronů na 1 gen (variabilní pro různé geny, 1-178 exonů) Průměrná délka exonu 145 bp, introny podstatně delší Nejdelší známý gen (dystrofin) obsahuje 2,4 milióny nukleotidů kóduje protein obsahující 3.685 aminokyselin. Gen pro titin má nejdelší kódující sekvenci (80 780 bp), největší počet exonů (64) a nejdelší jednotlivý exon (17 106 bp) 59

Pseudogeny Pseudogeny - inaktivní kopie kódujících genů, vytvořených genovou duplikací, které se staly inaktivními v důsledku naakumulovaných mutací V lidském genomu je velké množství pseudogenů, na některých chromozomech je jejich počet téměř stejný jako funkčních genů 60

Tandemově zmnožené geny Vícečetné kopie genů zejména pro pro rrna ( 200 kopií), trna, histonové geny (20 kopií) Jednotlivé kopie následují jedna za druhou na určitém místě v genomu Význam repetitivního uspořádání: větší produktivita transkripce 61

Repetitivní DNA pakující se sekvence 2 několik tisíc párů bází Hlavně u eukaryontů V závislosti na druhu 3-80% DNA Tandemová repetitivní DNA: makrosatelitni DNA, minisatelity(10-60 nukleotidů) mikrosatelity (<10 nukleotidů), telomerické repetice Rozptýlená repetitivní DNA (mobilní elementy v genomu): SINES (short interspersed nuclear elements), LINES (long interspersed nuclear elements) zejména Alu sekvence; Podrobněji viz též předměty Biologie, Genetika, Pat.Fyziologie 62

DNA u prokaryontů DNA je v cytoplazmě. Jediný chromozom, nejsou histony Dvouvláknová DNA je kruhová Dochází k superstáčení DNA interakce s HU a H-NS proteiny, polyaminy (spermin, spermidin, putrescin, kadaverin), RNA a proteiny nukleoid Plasmidy malé cirkulární chromosomy v bakteriích, kódují určitou vlastnost (není pro danou buňku zcela nezbytná) např. rezistenci na antibiotika. Jsou replikovány separátně od chromozomální DNA. 63

Mitochondriální DNA (mtdna) Malá cirkulární dvouřetězcová DNA. Cca 1% celkové DNA 16569 bp (člověk) Typicky 1000-10000 kopií v jedné buňce (2-10 v jedné mitochondrii) Koduje část mitochondriálních proteinů a RNA (ribosomální a transferová RNA, 13 proteinů dýchacího řetězce) Kromě regulační oblasti D-loop žádné nekódující sekvence Genetický kód se mírně liší UGA Trp AGA,AGG stop kodony 64

Ribonukleové kyseliny Ribosomální Transferové Mediátorové Malé RNA 65

Složení RNA cukerná složka : ribosa báze: A,G,C,U není obsažen thymin častý výskyt modifikovaných bází poměr mezi purinovými a pyrimidinovými bázemi je rozmanitý 66

Příklady modifikovaných nukleosidů 1-methyladenosin 2-methyladenosin 7-methylguanosin inosin 1-methylinosin N 6 -( 2 isopentenyl)adenosin 5-methylcytidin 3-methyluridin 2 --methyluridin 2 --methylcytidin 4-thiouridin pseudouridin 5,6-dihydrouridin 67

Primární struktura RNA sekvence nukleotidů je komplementární k templátovému řetězci DNA, ze kterého byla přepsána sekvence nukleotidů je po záměně U za T shodná se sekvencí kodujícího řetězce DNA 68

Stabilita DNA X RNA H H H H Přítomnost H v pozici 2 ribosy zvyšuje reaktivitu molekuly DNA chemicky je stabilnější než RNA (např. zředěný NaH rozkládá RNA, DNA zůstává stabilní) význam pro uchování genetické informace v DNA 69

Sekundární struktura RNA molekuly jsou kratší přítomnost H na 3 C brání tvorbě stabilních doublehelixů zpravidla jednovláknové poměr A/U G/C výskyt dihelikálních struktur (stopky a smyčky) párování: A-U, C-G (U-G)- neperfektní párování Terciární struktura RNA prostorové uspořádání molekul RNA vzájemná interakce mezi různými částmi molekuly vodíkové vazby, van der Waalsovy síly interakce s proteiny 70

Syntéza RNA vznik transkripcí DNA vznikají primární transkripty prekursorové RNA úprava primárních transkriptů sestřihem a dalšími modifikacemi 71

Ribosomová RNA součást ribosomů (komplexy proteinů a RNA) 2/3 hmotnosti tvoří RNA až 80 % celkové RNA 100-5000 nukleotidů, až 50 % helikální struktury typy ribosomů u eukaryontů a prokaryontů jsou rozdílné (k charakterizaci odlišností se používá hodnota sedimentačního koeficientu v jednotkách S) Sedimentační koeficient s míra rychlosti sedimentace makromolekul v centrifugačním poli s intenzitou 10-5 N. Hodnota závisí na tvaru a velikosti molekuly (viz též biofyzika) S Svedbergova jednotka = 10-13 s 72

16 S RNA 73

Cytoplazmatická rrna u eukaryontů Ribosom 80S Větší podjednotka 60S Menší podjednotka 40S 5S RNA 5,8S RNA 28S RNA + proteiny + proteiny 18S RNA 74

Transferové RNA cytoplazma, ribosomy (mitochondrie) 10-15 % celkové RNA 80 nukleotidů ( 7-15 % minoritní báze), vznik z prekurzorových molekul, úpravy nukleasami sedimentační konstanta 4S transportují aminokyseliny na ribosomy každá buňka má nejméně 20 různých trna 75

Sekundární a terciární struktura trna tvorba smyček a ramének raménka jsou tvořena na základě spárování komplementárních sekvencí spárována je asi polovina nukleotidů projekce sekundární struktury připomíná jetelový trojlístek terciární struktura prostorově tvar L vodíkové můstky, interakce aromatických jader 76

Sekundární struktura RNA 3 -konec(není spárován), akceptorová stopka připojení AK esterovou vazbou k 3 -H ribosy D-smyčka (dihydrouracil) T-smyčka (T C) Rozpoznání druhu t-rna při syntéze aminoacyl-t- RNA Variabilní smyčka Vazba na povrch ribosomu antikodon 77

Prostorové uspořádání trna Párování bází mezi T- and D-smyčkou TΨC smyčka Akceptorová stopka DHU smyčka 2.5 nm 6 nm antikodon 78

Vazba AK na 3 -konec transferové RNA trna (akceptorová stopka) cytosin cytosin adenin Esterová vazba mezi - CH aminokyseliny a 3 - H ribosy R CH C NH 2 3 -H konec 79

Mediátorová RNA (informační, messengerová) 5-10 % RNA výsledek transkripce genů proměnlivá velikost každá aminokyselina je kódována tripletem bází - kodón speciální kodóny: AUG (počáteční) UAA, UAG,UGA (terminační) Rozdíly mezi mrna eukaryontů a prokaryontů 80

Prokaryontní x eukaryontní mrna Typ RNA prokaryontní eukaryontní Vznik Místo vzniku Primární transkript Charakter transkriptu Úpravy přepisem DNA cytoplasma konečný transkript polycistronická nejsou přepisem DNA jádro hn RNA přepis jediného genu čapka, poly A, sestřih 5 3 5 m 7 Gppp [A] n 3 Kódující oblast mrna 81

Posttranslační modifikace mrna u eukaryontů 5 -methylguanosinová čapka" Chrání mrna před 5 -endonukleasami a je markerem rozeznaným proteosyntéze K 3 -konci mrna je připojena dlouhá sekvence poly(a) (cca 200 nucleotidů). CH 3 GpppNN (A) n A-H CH 3 82

Úpravy eukaryontní mrna prekursorem mrna je hnrna (heterogenní jaderná RNA) (M r >10 7 ). bsahuje transkripty intronů i exonů. transkripty intronů jsou v jádře vyštěpeny- sestřih (excision), vyštěpené úseky spojeny (splicing), M r 10 6 83

Malé RNA Malé jaderné RNA (snrna - small ) působí při zpracování mrna a regulaci genů (U1,U2,U4,U5,U6 ad.) MikroRNA (mirna) a malá interferující RNA (sirna) působí při regulaci genové exprese (tlumí aktivitu genu) Viz Biochemie 1 84

Ribozymy RNA s katalytickou funkcí Ribozymy molekuly RNA s katalytickou aktivitou obecně analogy bílkovinných enzymů aktivní v několika základních reakcích metabolismu RNA a syntézy bílkovin nejvíce studovány: peptidyltransferasa (katalyzuje tvorbu peptidové vazby v ribosomech) a ribozymy zapojené do štěpení RNA Nobelova cena za chemii v roce 1989 Sidneymu Altmanovi a Thomasi Czechovi 85

Thomas R. Cech - Biographical Grandfather Josef, a shoemaker, immigrated to the U.S. from Bohemia in 1913. My other grandparents, also of Czech origin, were first-generation Americans. My father was and is a physician, my mother the homemaker. I was born in Chicago on December 8, 1947. The safe streets and good schools of Iowa City, Iowa provided the backdrop for the childhood years of my sister Barbara, my brother Richard and myself. My father, who loved physics as much as medicine, interjected a scientific approach and point of view into most every family discussion. I discovered science for myself in fourth grade, collecting rocks and minerals and worrying about how they were formed. By the time I was in junior high school, I would knock on Geology professors' doors at the University of Iowa, asking to see models of crystal structures and to discuss meteorites and fossils. 86