Výuková dokumentace teoretické a praktické výuky v oblasti získávání a analýzy biomedicínské obrazové informace

Transkript

1 Závěrečná zpráva o řešení projektu FRVŠ Výuková dokumentace teoretické a praktické výuky v oblasti získávání a analýzy biomedicínské obrazové informace projekt FRVŠ č.2487/2011 tématický okruh G - tvůrčí činnost studentů MUDr. Jaromír Šrámek Ing. Mgr. Martin Sedlář prof. RNDr. Vojtěch Mornstein, Csc. Masarykova univerzita v Brně Lékařská fakulta Biofyzikální ústav

2 Tento dokument obsahuje závěrečnou zprávu projektu FRVŠ č.2487/2011 Výuková dokumentace teoretické a praktické výuky v oblasti získávání a analýzy biomedicínské obrazové informace. V souladu s vytčenými cíli byla vytvořena řada výukových materiálů pro teoretickou výuku včetně audiovizuálních pomůcek, byly vytvořeny a odzkoušeny návody na praktické úlohy, byla zakoupena literatura umožňující zájemcům z řad studentů si čerpat informace k širokému spektru získávání a analýzy biomedicínské obrazové informace. Zakoupená výpočetní technika nedosahuje požadovaných parametrů z důvodu změn nákupní politiky MU, která není kompatibilní s původní specifikací. Plánovaná učebnice prozatím nevyšla a proto tohoto výstupu nemohlo být dosaženo. S pomocí výstupů projektu se řeší jedna bakalářská práce. Výstupy projektu jsou volně k dispozici jako webová stránka k její propagaci slouží i připojená facebooková skupina Získávání a analýza obrazové informace.

3 Shrnutí cílů projektu Cílem projektu bylo vytvořit: 1. Řadu studijních materiálů 2. Návody k praktickým cvičením 3. Řadu prezentací 4. Usnadnit tvorbu závěrečných prací

4 Postup řešení Studijní materiály byly tvořeny za konzultací s pregraduálními i postgraduálními studenty Lékařské fakulty Masarykovy univerzity, aby byl obsah udržen na dostatečně srozumitelné a přitom věcně správné úrovni. Aby byl udržen jednotný styl v rámci každého dokumentu, věnoval se jednomu dokumentu nebo skupině dokumentů jeden autor, s ostatními však text pilně konzultoval. Text Získávání a analýza obrazové informace základní informace: hlavní autor: Jaromír Šrámek rozsah: 111 stran A4 formát: pdf url: poznámky k obsahu: Jedná se o základní učební text shrnující to, co je podle subjektivního výběru důležité pro budoucí uživatele. Řada zajímavých kapitol byla vypuštěna z důvodu snahy zachovat přiměřený rozsah textu. Vlastní text byl vytvořen v LaTeXu. V kapitole věnované matematické morfologii je záměrně text mnohem podrobnější a obtížnější, protože podle názoru autora v této kapitole přílišné zjednodušení hrozí tím, že si čtenář vytvoří zavádějící zkraty. Text ImageJ základní informace: hlavní autor: Martin Sedlář rozsah: 37 stran A4 formát: pdf url: poznámky k obsahu: Jedná se o česky psaný návod k použití programu ImageJ. Kapitola v učebnici lékařské biofyziky Rozsahem velmi omezený výtah z textu Získávání a analýza obrazové informace. Řada dokumentů na serveru WikiSkripta Výtah a některé kapitoly z textu Získávání a analýza obrazové informace. Díky zvolené licenci CC jsou texty na tomto projektu volně publikovatelné. Zpracované prezentace Zpracované prezentace jsou vytvořeny pomocí knihovny Beamer pro LaTeX a přeloženy pomocí pdfcslatexu a uloženy jako pdf soubory s velkým rozlišením. Pro potřeby soukromého studia byly snímky prezentace rozloženy na snímky s malým rozlišením a doplněny zvukem. Technicky to bylo realizováno jako statická webová stránka, na které je snímek jako obrázek a doprovodný komentář je vložen jako samostatný zvuk. Prezentace jsou dostupné na adrese:

5 Návody na praktické úlohy Návody jsou ve dvou modulech, každý modul obsahuje pět samostatných úloh. Návody jsou záměrně strohé, aby vybízely studenta k samostatné práci. Úlohy jsou koncipovány tak, že často je jedním z dílčích kroků je vyhledání si nějakého biomedicínského obrazu. Tímto způsobem lze z pohledu pedagoga snadno pátrat po plagiátech v protokolech, protože lze vyloučit z úvah o plagiátu protokoly studentů zpracovávající unikátní obrazy. Řešení závěrečných prací V souvislosti s projektem řeší na pracovišti studentka FEKT VUT Zuzana Moldříková bakalářskou práci Měření tloušťky kůže a podkožní tkáně v ultrazvukovém snímku v B-módu. Řada dalších rámcových témat je nabízena na webových stránkách projektu. Grafická stanice V souvislosti se změnou nákupní politiky Masarykovy univerzity nebylo možno zakoupit počítač podle původní specifikace, tedy co nejlepší počítač za danou částku. Centrálně a s poměrně velkým zdržením způsobený čekáním na výsledek výběrového řízení byl nakonec zakoupen běžně výkonný počítač bez operačního systému a s dostatečně velkou obrazovkou. Na počítač byl nainstalován systém Ubuntu. V případě zájmu je k dispozici studentům. Pořízená literatura Pořízená literatura posloužila řešitelům k doplnění si některých informací. Její seznam je k dispozici na webové prezentaci projektu tak, aby byla mohla být vyžádána k zapůjčení studenty se zájmem o problematiku.

6 Prezentace výsledků Původní záměr byl prezentovat výsledky na Dnech lékařské biofyziky. Nicméně vzhledem ke zdržení způsobeném čekáním na schválení nákupu výpočetní techniky by to znamenalo prezentovat jen hrubé torzo. Záměr prezentace byl proto přehodnocen a prezentace výsledků se děla následujícími cestami: 1. Vlastní webové stránky Veškeré výstupy projektu jsou dostupné z webových stránek projektu: 2. Propagace cestou sociálních sítí a diskuzních fór Byla vytvořena facebooková skupina Získávání a analýza obrazové informace, která byla propagována cestou facebookových profilů řešitelů a a facebookové skupiny Medicína, Nemoci a Studium na 1. LF UK spravovaná MUDr. Jiřím Štefánkem. Odkazy na webové stránky projektu byly vloženy do následujících skupin internetových diskuzních fór: - fórum 1.lékařské fakulty Univerzity Karlovy - skupina Studium na lékařské fakultě na serveru Lidé.cz - skupina Medicína, studium,... na serveru W.A.R.Fórum 3. Propagace v rámci ústavního semináře Projekt byl propagován krátkým vystoupením v rámci semináře Biofyzikálního ústavu konaném dne Propagace na dni otevřených dveří Existence projektu a odpovídající facebookové stránky byla sdělena uchazečům o studium na dni otevřených dveří konaných dne

7 Změny projektu V průběhu řešení byly žádány a schváleny následující změny: 1. Změna spoluřešitele Místo MUDr. Ondřeje Ráčka se stal spoluřešitelem Ing. Mgr. Martin Sedlář. Tato změna byla plánovaná, protože Ing. Mgr. Sedlář nebyl v době podání projektu studentem doktorského studijního programu a naopak MUDr. Ráček plánoval ukončení svého doktorského studia. 2. Změna financování Díky komplikacím s Dynamickým nákupním systémem nebyly utraceny prostředky plánované na výpočetní techniku. Tyto prostředky byly převedeny na nákup odborné literatury.

8 Výsledné využití prostředků celková plánovaná částka: stipendia: odměna pro spoluřešitele: ostatní osobní náklady: výpočetní technika: odborná literatura: nevyčerpáno: ,00 Kč Kč + 2x Kč Kč Kč 2x2.000 Kč Kč Kč 25 Kč