PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK. The 12 th Symposium & Workshop on Molecular Pathology and Histo(cyto)chemistry

Transkript

1 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK The th Symposium & Workshop on Molecular Pathology and Histo(cyto)chemistry The 03 rd Olomouc Diagnostic Seminar of the Czech Division of the International Academy of Pathology The 7 th Olomouc Days of Histology Laboratory Technicians JUNE nd 3 rd, 06 OLOMOUC THE CZECH REPUBLIC ISBN

2 Certified diagnostic NGS solutions

3 INFORMACE / INFORMATION The th Symposium & Workshop on Molecular Pathology and Histo(cyto)chemistry The 03 rd Olomouc Diagnostic Seminar of the Czech Division of the International Academy of Pathology The 7 th Olomouc Days of Histology Laboratory Technicians June nd 3 rd, 06, Olomouc, Czech Republic Theoretical Institutes Building, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc Under the auspices of prof. J. Miller, M.A., Ph.D. / Rector of Palacky University, Olomouc prof. M. Kolář, M.D., Ph.D. / Dean of the Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc R. Havlík, M.D., Ph.D. / Director of the University Hospital Olomouc Organized by The Czech Society of Pathologists The Molecular Pathology Working Group (The European Society of Pathology) The Czech Division of the International Academy of Pathology The Czech Oncological Society The Czech Society for Histochemistry and Cytochemistry The Czech Society of Laboratory Technicians The Department of Clinical and Molecular Pathology, FMD PU and UH Olomouc The Department of Pathological Anatomy, CU JFM and UH Martin, Slovakia The Institute of Molecular and Translation Medicine, FMD PU and UH Olomouc The Martin s Biopsy Center Ltd., Martin, Slovakia The Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc The University Hospital Olomouc The SOLEN, s. r. o. Chairman of the Congress: prof. Zdeněk Kolář, M.D., Ph.D. The Department of Clinical and Molecular Pathology & the Laboratory of Molecular Pathology Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc, Hněvotínská 3, Olomouc, Tel: +40/ ; kolarz@tunw.upol.cz Secretary of the Organizing & Programme Committee: Mrs. Jana Holinková, the Department of Clinical and Molecular Pathology, tel.: , holinkova.jana@centrum.cz JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 3

4 ISBN INFORMACE / INFORMATION Organizing & Programme Committee: Jan Bouchal M.Sc., Ph.D., Professor Jiří Ehrmann, M.D., Ph.D. Barbora Fialová M.Sc. Assoc. Professor Marian Hajdúch, M.D., Ph.D. Mrs. Danuše Kvapilová Monika Levková M.Sc. Professor Lukáš Plank, M.D., Ph.D. Peter Szépe, M.D., Ph.D. Assoc. Professor Martin Tichý, M.D., Ph.D. Venue: Thursday, Friday, June nd 3 rd Theoretical Institutes Building, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc Conference Language: The th Symposium & Workshop on Molecular Pathology and Histo(cyto)chemistry English and Czech The 03 rd Olomouc Diagnostic Seminar of the Czech Division of the International Academy of Pathology Czech The 7 th Olomouc Days of Histology Laboratory Technicians Czech Vydavatelem sborníku abstrakt je společnost SOLEN, s.r.o. Redakce: SOLEN, s.r.o., Mgr. Vendula Pávková Grafické zpracování a sazba: DTP SOLEN, s.r.o., Milan Matoušek Za původnost a obsahovou správnost odpovídají autoři. ISBN PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK The th Symposium & Workshop on Molecular Pathology and Histo(cyto)chemistry The 03 rd Olomouc Diagnostic Seminar of the Czech Division of the International Academy of Pathology The 7 th Olomouc Days of Histology Laboratory Technicians JUNE nd 3 rd, 06 OLOMOUC THE CZECH REPUBLIC 4 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

5 FOREWORD / ÚVODNÍ SLOVO Foreword Dear sympathizers of molecular pathology, I am honored to welcome you in Olomouc XII. Days of Molecular Pathology. Modern medicine can not do without new strategies and methodological approaches that help to clarify the molecular mechanisms leading to the emergence of various diseases and also identify directions that can take them for personalized therapy. From this perspective, it is very useful mutual meeting of experts from various fields of medicine with experts from experimental and theoretical field, which not only allows the exchange of new information and knowledge, as well as making new contacts. I hope that this symposium, along with satellite events will serve this purpose well. But not only that. Olomouc has long been a center of Moravia, where he crisscrossed paths of many important figures and at the same center, which is known for its hospitality and cultural backgrounds. I wish that it was the same even if our meeting. I wish we in today's hectic times and found time for a friendly chat, which will cover not only problems, but also the joy that life brings. I wish you a pleasant stay and a lot of new information and experiences. Yours Sincerely Zdeněk Kolář Úvodní slovo Vážení a milí příznivci molekulární patologie, je mi ctí přivítat Vás v Olomouci na XII. dnech molekulární patologie. Moderní medicína se neobejde bez nových strategií a metodických přístupů, které pomáhají objasnit molekulární mechanizmy vedoucí ke vzniku různých chorob a současně určit směry, kterými se může ubírat jejich perzonalizovaná terapie. Z tohoto hlediska je velmi užitečné vzájemné setkávání odborníků z různých oblastí medicíny s odborníky z experimentální a teoretické oblasti, které umožňuje nejen výměnu nových informací a poznatků, ale i navazování nových kontaktů. Doufám, že toto sympozium, spolu se satelitními akcemi, bude tomuto účelu dobře sloužit. Ale nejen to. Olomouc byla odedávna moravským centrem, kde se křižovaly cesty mnoha významných osobností a současně centrem, které je známé svou pohostinností a kulturním zázemím. Přál bych si, aby tomu nebylo jinak ani v případě našeho setkání. Přál bych si, abychom si v dnešní uspěchané době našli i chvíli na přátelský rozhovor, který se bude týkat nejen problémů, ale i radostí, které život přináší. Přeji vám příjemný pobyt a hodně nových informací i zážitků. Váš Zdeněk Kolář JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 5

6 PROGRAM / PROGRAMME The th Symposium on Molecular Pathology and Histo(cyto)chemistry. sympozium a workshop molekulární patologie a histo(cyto)chemie Thursday nd JUNE 06 / Čtvrtek Theoretical Institutes Building, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Olomouc 8.00 Registration / Registrace Joint meeting ceremony / Slavnostní zahájení (Small left lecture hall / Malá levá posluchárna) MOLECULAR PATHOLOGY / MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE KEYNOTE LECTURES OF INVITED SPEAKERS I. Chairs / Předsednictvo: Z. Kolář, J. Ehrmann (Olomouc) Room/Místnost: Small left lecture hall/malá levá posluchárna 09:00 9:30 Kurt Zatloukal (Graz) Sample pre-analytics in molecular pathology 09:30 0:00 Giorgio Stanta (Trieste) Challenges of Modern Pathology 0:00 0:30 Helmut Klocker (Innsbruck) The Androgen Receptor Regulatory Network in Prostate Cancer 0:30 :00 Coffee break MOLECULAR PATHOLOGY / MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE KEYNOTE LECTURES OF INVITED SPEAKERS II. Chairs / Předsednictvo: I. Eder (Innsbruck), J. Bouchal (Olomouc) Room/Místnost: Small left lecture hall/malá levá posluchárna :00 :30 Alejandro Vaquero (Barcelona) SIRT and MOF are antagonistic regulators of cell cycle and genome stability :30 :00 Iris Eder (Innsbruck) Are prostate cancer epithelial-stromal co-culture organoids a useful in vitro model to study the effects of AR targeting agents? :00 :30 Marek Minárik (Praha) Current state of liquid biopsy field: technologies, clinical utility and the numbers game :30 3:30 Lunch break 3:30 4:00 Together with poster section, tasting of wines from Moravia region is prepared (authors are requested to be present at their poster) / Posterová sekce spojená s ochutnávkou moravských vín (žádáme autory, aby v tuto dobu byli přítomni u svých posterů) 6 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

7 PROGRAM / PROGRAMME MOLECULAR PATHOLOGY / MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE Chairs / Předsednictvo: M. Minárik (Praha), J. Ehrmann (Olomouc) Room/Místnost: Small left lecture hall/malá levá posluchárna 4:00 4:0 Alena Kalfusová (Praha) Přehled molekulární analýzy genu BRAF u vybraných typů nádorů 4:0 4:40 Milan Lokvenc (Praha) Minimální reziduální nemoc u pacientů s MCL: Porovnání detekce klonálních přestaveb genů pro imunoglobuliny s mírou exprese cyklinu D 4:40 4:55 Iva Kubíková (GeneTiCA s.r.o., Praha) NGS řešení pro diagnostiku somatických mutací 4:55 5:5 Anna Farkašová (Martin) Simultánna detekcia expresie HER proteínu a amplifikácie HER génu vo bioptických vzorkách karcinómu žalúdka prostredníctvom metódy gene-protein assay 5:5 5:35 Daniela Kurfürstová, Jan Bouchal (Olomouc) DNA damage signalling barrier, oxidative stress and treatment-relevant DNA repair factor alterations during progression of human prostate cancer 5:35 5:55 Discussion / Diskuze 5:55 6:00 Vyhodnocení soutěže pro doktorandské studenty SOCIAL PROGRAMME / SPOLEČENSKÝ PROGRAM Visitation of unique organ and organ concert at St. Morice Church / Prohlídka unikátních varhan spojená s varhanním koncertem v chrámu sv. Mořice Social evening in Hotel Flora / Společenský večer v Hotelu Flóra Workshop Next generation technologies for clinical research from liquid biopsy to dpcr and NGS Friday 3 rd June 06 / Pátek Chairs / Předsednictvo: J. Ehrmann, J. Bouchal (Olomouc) Room/Místnost: Small left lecture hall/malá levá posluchárna 9:00 3:00 Beatrice Schuster (FAS next-generation sequencing, ThermoFisher Scientific) Tibor Fule (FAS digital PCR, ThermoFisher Scientific) Filip Držík (ThermoFisher Scientific) Využití metod nové generace v oblasti molekulární patologie/ngs, digitální PCR a Liquid Biopsy biopsie tekutých tkání zaměřená na cirkulující volné nádorové DNA ve výzkumu i diagnostice. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 7

8 PROGRAM / PROGRAMME 03. OLOMOUCKÝ DIAGNOSTICKÝ SEMINÁŘ ČESKÉ DIVIZE IAP Čtvrtek Teoretické ústavy LF UP Olomouc / Malá pravá posluchárna DIAGNOSTICKÝ SEMINÁŘ SPOLEČNOSTI ČESKÝCH PATOLOGŮ A ČESKÉ SEKCE INTERNATIONAL ACADEMY OF PATHOLOGY Předsednictvo: M. Tichý (Olomouc), J. Škarda (Olomouc), P. Szépe (Martin), P. Dundr (Praha). část Případ č. H30/6E Referuje: doc. MUDr. Svetlana Brychtová, Ph.D. 38letá žena, náhodně při vstupní prohlídce zjištěno ložisko hlavy pankreatu. Zaslán resekát hlavy pankretu s duodenem a žlučník. Případ č. H44/6E Referuje: MUDr. Jozef Škarda, Ph.D. 67letá žena s anamnézou recidivujícího uroteliálního karcinomu. Případ č. 3 H33775/5F a H3776/5D Referuje: MUDr. Tomáš Tichý 44letá žena, přijata pro narůstající dušnost, na CT plic vícečetné bilaterální cysty vel. 70 mm a oboustranný fluidothorax. Provedena excize jednoho ložiska. Případ č. 4 B5/303 Referuje: MUDr. Peter Szépe, CSc. Žena, 3 rokov, tumor v oblasti bursa omentalis, tri útržky belavého tkaniva, priemer do cm, Klinická dg.: Neo abdominis, MTS hepatis et peritonei, ascites. Případ č. 5 H90/6F Referuje: MUDr. Jaroslav Michálek 50letá žena s CT nálezem expanze levé nadledviny velikosti 64x48x46 mm, současně nalezena zvětšená děloha. :30 3:30 Přestávka na oběd / Lunch break. část Případ č. 6 H656/5A Referuje: MUDr. Jana Janková 45letá žena s bolestivou rezistencí dorzoventrálně před levým kotníkem. Stav po opakovaných exstirpacích tumoru na jiném pracovišti. Případ č. 7 H97/5D Referuje: MUDr. Lucie Tučková 6týdenní holčička s hypotonií až chabou parézou dolních končetin. Dle MRI intraspinální extradurální tumor v oblasti lumbosakrálního přechodu vel. 44x3x4 mm. Případ č. 8 H6459/6D Referuje: MUDr. Kristýna Němejcová 69letý muž, tumor varlete. Případ č. 9 H483/6 Referuje: MUDr. Patrik Flodr, Ph.D. 6letá žena se splenomegalií, provedena splenektomie a trepanobiopsie. V r. 003 diagnostikován invazivní ca pravého prsu. Stav po ablaci a adjuvantní chemoterapii. Případ č. 0 H639/6 Referuje: MUDr. Pavla Flodrová 43letý muž se suspektní karcinózou peritonea dle CT a PET/CT vyšetření. Byla provedena laparoskopie a biopsie peritonea, k vyšetření dodán vzorek peritonea a ascites. V osobní anamnéze pacienta je levostranný kryptorchizmus léčený chirurgicky ve věku čtyř let a radikální orchiektomie l. sin. před osmi lety pro tumor varlete. 8 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

9 PROGRAM / PROGRAMME 7. OLOMOUCKÉ DNY HISTOLOGICKÝCH LABORANTŮ Čtvrtek Teoretické ústavy LF UP Olomouc / Velká posluchárna KONFERENCE HISTOLOGICKÝCH LABORANTŮ Předsednictvo: D. Kvapilová (Olomouc) 3:30 3:45 Flodrová P., Csernáková V. Role vyšetření tkáně v diagnostickém procesu u pacientů s amyloidózou 3:45 4:00 Fabíková Z., Tichý T. Zpracování resekátů pankreatu a prostaty metodou celoplošných tkáňových řezů (histotopogramy) 4:00 4:5 Škarda J., Brauer R., Turečková J., Kanchev I., Khoylou M., Sedláček R. MMP-9 jako negativní prognostický faktor u střevních zánětů 4:5 4:30 Zaoralová R. FISH v patologické laboratoři: jeden postup, stabilní výsledky 4:30 4:45 Janíková M. Význam genetické analýzy genů BRCA a BRCA 4:45 5:00 Zástěra J. CE IVD kity pro molekulární patologii od společnosti Amoy Diagnostics: Jeden z nejvýznamnějších výrobců konečně na našem trhu 5:00 5:5 Lamplotová M. Informace z ČSHL a ČAZL 5:5 5:45 Rinon A. From Genome Sequence to Cancer Precision Therapy Clinical Actionability Revealed by NGS Multi-Gene Panels 5:45 6:00 Diskuze Posterová sekce/poster section Teoretické ústavy LF UP Olomouc Regulation of expression of CYP epoxygenases and soluble epoxide hydrolase by ligands of PPARα Čížková K., Ehrmann J. (Olomouc). Next-generation sequencing of chosen genes showed frequent somatic PTEN and BRCA mutations in endometrial endometrioid carcinomas in Czech patients. Hájková N., Hojný J., Němejcová K., Dundr P., Tichá I. (Praha) JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 9

10 PROGRAM / PROGRAMME 3. Colon cell lipidome is modulated by interaction of dietary fatty acids Hofmanová J., Straková N., Tylichová Z., Slavík J., Ciganek M., Ovesná P., Kozubík A., Machala M., Kolář Z., Ehrmann J. 4. Next generation sequencing data analysis of somatic mutations in FFPE samples using NextGENe software. A single laboratory experience. Hojný J., Tichá I., Hájková N., Dundr P. (Praha) 5. Naše zkušenosti s využitím systému Idylla (Biocartis) při stanovení somatických mutací RAS genů u pacientů s kolorektálním karcinomem Hopenštoková A., Žebráková I., Kalábová L., Šimová J., Konvalinka D., Měch R., Kubová B., Uvírová M., Urbanovská I., Mazurová J., Dvořáčková N., Dvořáčková J. (Ostrava) 6. Využitie droplet digitálnej PCR na sledovanie nádorovej heterogenity v gastrointestinálnych stromálnych nádoroch Jašek K., Grendár M., Szépe P., Plank L., Lasabová Z. (Bratislava) 7. Modulation of cytochrome C level in cancer cells undergoing apoptosis and related mechanisms Krkoška M., Lauková J., Vondálová Blanářová O., Nekvindová J., Skender B., Tylichová Z., Hofmanová J., Kozubík A., Hyršlová Vaculová A. 8. Global DNA Methylation Status of Multiple Myeloma Patients Compared with DNA Methyltransferase Expression Lužná, P., Látalová P., Smešný Trtková K., Minarik J., Kolář Z. (Olomouc) 9. Exprese proangiogenních faktorů v primárních nádorech ovarií Mrkvicová A., Nekvindová J., Laco J, Palička V., Sedláková I. (Hradec Králové) 0. Exprese enzymů II. fáze biotransformace je v primárních jaterních nádorech významně alterována Nekvindová J., Mrkvicová A., Souček P., Anzenbacher P., Hrochová K., Slabý O., Kiss I., Palička V.. Rekurentní sinonazální Schneiderian papilóm s maligní transformací kazuistika Ondruššek R., Žiak D.,Uvírová M., Dvořáčková J. (Ostrava). Potenciální biomarkery pro prognózu a predikci léčebné odpovědi u pacientů s nemalobuněčným karcinomem plic Potočková J., Trojanec R., Drábek J., Stránská J., Vrbková J., Grygárková I., Kolek V., Koudeláková V., Šporiková Z., Mlčochová S., Hajdúch M. (Olomouc) 3. TGF-β family signalling regulates mammary (cancer) stem cell plasticity via Sca- Remšík J., Binó L., Pernicová Z., Fedr R., Kozubík A., Souček K. (Brno) 4. Lipidome in epithelial colon cancer cells Straková N., Hofmanová J., Levková M., Slavík J., Ciganek M., Ovesná P., Zapletal O., Skalický P., Hušková Z., Bouchal J., Ehrmann J., Kolář Z., Souček K., Vondráček J., Machala M., Kozubík A. 5. Genomická analýza rekurentního glioblastomu (Genomic analysis of recurrent glioblastoma) Šporiková Z., Megová M., Štaffová K., Srovnal J., Rabčanová M., Potočková J., Vrbková J., Drábek J., Trojanec R., Tučková L., Hajdúch M. (Olomouc) 6. Zavedenie mikrofluidnej čipovej elektroforézy za účelom detekcie B-bunkovej klonality Vážan M., Kašubová I., Vaňochová A., Lukáč P., Plank L., Lasabová Z. (Martin) 0 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

11 PROGRAM / PROGRAMME 7. Cisplatin or LA--mediated stimulation of TRAIL-induced apoptosis in human prostate cancer cells involves Bax/Bak-dependent mitochondria activation Vondálová Blanářová O., Lauková J., Šafaříková B., Krkoška M., Tománková S., Pernicová Z., Souček K., Bouchal J., Kharaishvili G., Král M., Sova P., Hofmanová J., Kozubík A., Hyršlová Vaculová A. 8. Products of gut microflora modulate genotoxicity of polycyclic aromatic hydrocarbons in colon cancer cell models Zapletal O., Tylichová Z., Neča J., Kohoutek J., Machala M., Milcová A., Topinka J., Hofmanová J., Kozubík A. and Vondráček J. 9. Imunohistochemická analýza exprese proteinu TWIST u maligních melanomů a melanocytárních névů Židlík V., Brychtová S., Uvírová M., Šustíková J., Ž iak D., Hurník P., Faistová H., Motyka O., Dvořáčková J. 0. Inhibition of SCFSkp affects characteristics of cancer stem-like cells Šimečková Š., Fedr R., Pernicová Z., Slabáková E., Bouchal J., Kharaishvili G., Král M., Kozubík A., Souček K. Soutěž pro studenty doktorských studijních programů (Ph.D.) V letošním roce jsme se ve spolupráci s firmami rozhodli uspořádat soutěž pro studenty doktorských studijních programů o hodnotné ceny. Zájemci obdrží pokyny a soutěžní formulář u registrace. Vyhlášení výsledků proběhne po ukončení molekulárně patologické sekce. - zastoupení řady zahraničních výrobců - nabídka sortimentu pro výzkumné i praktické využití v medicíně a přírodních vědách let kvalitních služeb našim zákazníkům SpinChem s.r.o., Těšínská 6, 300 Plzeň, tel., fax: SpinChem je distributorem rem: Adipogen AG, Biomol GmbH, Biolegend Inc., Calbiotech Inc., Capp Denmark, Exalpha Biologicals Inc., Immunostep, Jackson ImmunoResearch Labs, ProSpec-Tany TechnoGene Ltd., Santa Cruz Biotechnology, Inc., Spectrum Laboratories Inc., Toku-E Dodáváme i produkty rem, které nemají v ČR zastoupení a nebo zajistíme zboží dle vašich požadavků info@spinchem.cz, JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC

12 INVITED GUESTS Giorgio Stanta, Professor, M.D., Ph.D. Giorgio Stanta is Professor of Pathology at the Medicine, Surgery and Health Department at the University of Trieste. His main interest is molecular medicine and particular translational and diagnostic molecular pathology, mainly oncology. He is the head of the Molecular Histopathology Laboratory in the Cattinara Hospital in Trieste. He participates, as an expert, in the Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure (BBMRI). He is the coordinator of the European Group for molecular analysis in archive tissues of the European Society of Pathology and he is a member of the Management Board of Molecular Pathology Study Group of European Society of Pathology and a member of the executive committee of the Italian Reference Centre for BBMRI (European Infrastructure for Biobanking) as an expert in molecular analysis in human tissues and tissue biobanks. Giorgio Stanta is the coordinator of the European group IMPACTS Archive tissues: improving molecular medicine research and clinical practice, involving around twenty major university hospitals in countries, with over 00 researchers ( and the coordinator of the biobanking network of pathological tissues at the Italian national level (NIPAB Network of Italian Pathology Archives Biobank) and he is also the coordinator of the European biobanking network Pan-European Archive Tissue Biobanking Network, involving European pathologists in collaboration with the European Society of Pathology (ESP) and with the European Infrastructure for biobanks (BBMRI). He is the editor of the Guidelines for Molecular Analysis in Archive Tissues, those tissues which are fixed and paraffin embedded (paraffin is the only clinical material used in hospital for any kind of diagnostics). This book will be soon published by Springer Verlag. Giorgio Stanta was appointed as an expert by the European Commission for FP7. Alejandro Vaquero, Ph.D. Chromatin Biology Laboratory, Cancer Epigenetics and Biology Program (PEBC), Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL), Barcelona, Spain Alejandro Vaquero (Barcelona, Spain, 97) graduated in Biochemistry in 994 from the University of Barcelona (UB), and received his PhD from the same University in 000. Dr Vaquero performed his postdoctoral training in Dr Danny Reinberg (HHMI, Piscataway, NJ, USA) laboratory, where he made significant contributions to the study of the role of the NAD+-dependent deacetylases Sirtuins, in chromatin regulation and epigenetics. In 008, Dr Vaquero became group leader of the Chromatin Biology Laboratory in the Cancer Epigenetics and Biology Program at the Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL, Barcelona, Spain). The main interest of Dr Vaquero s lab is to understand the functional link between stress response and genome stability in cancer and aging. Dr Vaquero s scientific contributions have been published in some of the most prestigious journals such as Nature, Cell, Molecular Cell and Genes & Development. PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

13 INVITED GUESTS Kurt Zatloukal, Professor, Dr., M.D. Institute of Pathology, Medical University of Graz, Austria. Kurt Zatloukal finished his M.D. degree in 985. He was habilitated in Molecular Pathology in 99, and since 997, he is a Professor of Pathology. His research focuses on molecular pathology of metabolic liver diseases and cancer as well as biobanking and related technologies. Kurt Zatloukal coordinated the preparatory phase of the European biobanking and biomolecular research infrastructure (BBMRI) within the 7th EU framework programme and is now director of the Austrian national node of BBMRI-ERIC. Furthermore, he led in the FP7-funded large integrated project SPIDIA the development of new European standards and norms for pre-analytical processing of tissue samples for molecular testing. He is director of the Christian Doppler Laboratory for Biospecimen Research and Biobanking Technologies. Kurt Zatloukal is and has been involved in developing the ethical and legal framework for medical research and health care. He is member of the Austrian Arzneimittelbeirat at the Austrian Ministry of Health and the Austrian Standards Institute, was member of the OECD task force on biological resource centres and the Roadmap Working Group of the European Strategy Forum on Research Infrastructures. Moreover, he contributed to the OECD best practice guidelines for biological resource centres, the regulations for genetic testing of the Austrian Gene Technology Law, and was member of the Bioethics Commission at the Austrian Federal Chancellery. Helmut Klocker, Professor, Dr. Helmut Klocker is Professor of Medical Biochemistry, head of the Urological Laboratory and Division of Experimental Urology, Department of Urology, Medical University Innsbruck, Austria. Between 974 and 983, he studied Chemistry and Biochemistry at the University of Innsbruck. The theme of his PhD thesis was "DNA Repair in Human Fibroblasts". After that, between 983 and 988, he was postdoctoral fellow at the Department of Biochemistry of the University of Innsbruck. Since 988, he became the head of the Research Laboratory of the Medical University of Innsbruck. He was habilitated in Medical Biochemistry in 994. And finally, in 008, he became the head of the Division of Experimental Urology. His research interests includes prostate cancer molecular biology, in particular mechanism of tumor progression and therapy resistance, novel therapy concepts, risk factors and prevention, mechanism and molecular biology of androgen signaling, tumor markers and screening for prostate cancer and urological cancers and also cellular models of prostate cancer. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 3

14 INVITED GUESTS Iris Eder, Ph.D. Medical University of Innsbruck, Department of Urology, Austria. After finishing primary school (979) and grammar school (987) in Austria, she studied biology/microbiology, at Leopold Franzes University, in Innsbruck where she received degree: Mag. Rer. Nat. in 99. In 996, she finished PhD studies and received degree: Dr. Rer. Nat (equivalent to Ph.D.) at the Department of Urology in Innsbruck. After that, she was postdoctoral fellow at the same department ( ). In 00, she passed training at the University of Virginia, Cardiovascular Division, Charlottesville, US. In 004, she became Quality control manager in Health Care, one year later she received Venia docendi for Cell Biology. From 006 to 0, she was University assistant at the Department of Urology in Innsbruck, then Assistant Professor (0-05). Nowadays, she is Associate Professor at the Department of Urology since 05. Her major research interestrs are molecular cell biology of prostate cancer, androgen receptor signaling, 3-dimensional co-culture of prostate cancer epithelial and stromal cells, metabolic re-reprogramming of prostate cancer cells. Juri Kopolovic, Professor, M.D., Ph.D. Juri Kopolovic was a Professor of Pathology at the Hebrew University Hadassah Medical Center in Jerusalem. He is working in Tel Aviv at Ichilov. He completed his medical studies in 97 at the Hebrew Univerzity Hadassah School of Medicine. During residency at Hadassah Medical Center, he became interested in nephropathology and gynaecopathology. In he continued his training with a clinical and research fellowship at the Pathology Department at the Beth Israel Hospital of Harvard School of Medicine in Boston, where he worked on morphological changes in the nephron in rat experimental model of hypoxia and reperfusion. Upon returning to Israel he contitued research in the field of autoimmunity, atherosclerosis and extracellular matrix in malignancies. He showed that in an experimental model of mice SLE treament with intravenous gamma globulin leads to a complete clinical and morphological remission of SLE. He studied the role of the extracellular matrix in local invasion, metastasis, angiogenesis and prognosis in female genital tract malignancies. He is presently the chairman of the Department of Pathology at the Hebrew University School of Medicine, Jerusalem, Israel. 4 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

15 MOLECULAR PATHOLOGY / MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE KEYNOTE LECTURES OF INVITED SPEAKERS Thursday nd JUNE 06 / Čtvrtek / Theoretical Institutes Building, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Olomouc Small left lecture hall/malá levá posluchárna Sample pre-analytics in molecular pathology Zatloukal K. Institute of Pathology, Medical University of Graz There is general acceptance that even the best analytical technology cannot deliver reliable results when the quality of the samples analysed is not appropriate. This generates a major need for better standardization and description of pre-analytical details essentially in all fields of biological and medical research. This need has been boosted by recent developments in personalized medicine. The performance and, as a consequence, the approval of most new drugs used in personalized medicine directly depends on the selection of right patients to treat, which typically requires a molecular biomarker (i.e., companion diagnostic). Therefore, the development and successful marked authorization of new drugs requires the co-development of a molecular biomarker. Since most of these drugs are very expensive with therapy costs of per patient per year, the performance of molecular diagnostic test gained a new dimension of relevance. As a consequence there were major initiatives in the US and Europe to address this need. The European commission funded under its framework programme 7 the project SPIDIA to develop the scientific basis for reliable performance of molecular test and to translate this into standards and norms. The research work of SPIDIA was finished in 03 and led to the development of CEN Technical Specifications (TS) to the ISO Norm 589. A series of TS for molecular in vitro diagnostic examinations specifications for the pre-examination processes addressing specific pre-analytical quality requirements for human blood and tissue samples as well as the most relevant analytes (i.e., DNA, RNA, proteins, metabolites) have been published 05. The TS are developed for molecular in vitro diagnostic laboratories but give explicit reference also to biobanks and developers of diagnostics. The TS are defining all critical steps of sample pre-analytics from collecting the sample from the patient to transport, processing, storage (biobanking) and isolation of the analyte. They do not deal with issues of analytical technologies, medical diagnosis or patient treatment. TS have to be generally applicable and may not refer to specific products; therefore, TS do not refer to the same level of technical detail as Standard Operating Procedures (SOPs). Nevertheless TS define critical issues to be further specified in SOPs. The CEN TS for molecular in vitro diagnostic examinations specifications for the pre-examination processes provide a series of useful definitions, few concrete recipes (e.g., for Standard Formalin Solution) and a long list of documentation requirements of quality relevant parameters. These TS will also gain relevance in the context of the upcoming European regulatory framework for in vitro diagnostic (EU IVD Regulation), which requests validation of several key pre-analytical parameters in the development of molecular diagnostics. Furthermore, the CEN TC on sample pre-analytics are now developed to ISO standards. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 5

16 Challenges of Modern Pathology Stanta G. Dept. of Medical Sciences, University of Trieste The challenges in molecular pathology are mostly related to molecular research evolution. Recently we have seen how clinical research, especially in oncology, is strictly related to clinical application. Today this type of research is directly developed on clinical solid tissues or liquid biopsies, and the results of this research will directly affect diagnosis and treatment for today s patients. Molecular analyses are performed to verify clinical cases, to assess the efficacy of treatment, and to study intrinsic and acquired resistance. These facilities are not always available in every hospital and for some types of cancer we have to consider the chance to direct patients to a second level to obtain the most efficient treatment available. This is performed in Europe by the Organisation of the European Cancer Institutes, which has an accreditation programme for comprehensive cancer centres and which also includes clinical research facilities. Sometimes the boundaries between clinical research and translational research are not well defined. Another important issue to take into consideration is reproducibility of research, which is connected in minimal part with real frauds, but it is mostly related to technical reasons, such as preclinical conditions of tissues, standardization of methods with standard operating procedures and internal quality controls, and intratumour heterogeneity. The new pathology needs new professional skills that must be developed at the European level. The Androgen Receptor Regulatory Network in Prostate Cancer Klocker H. Department of Urology, Division of Experimental Urology, Medical University Innsbruck, Innsbruck Austria The androgen receptor (AR) has been established as a master regulator of prostate cancer development and progression. Not by chance recently developed new drugs, which account for a big leap forward in the treatment of castration-resistant prostate cancer, target its function. Understanding the different mechanism of AR actions and the complex regulatory network it orchestrates is a key to understand prostate tumor progression and therapy resistance and for improvement of treatment modalities. Based on transcriptome profiles, chromatin immunoprecipitation DNA sequencing data and hypothesis on protein level regulation we are investigating different aspects of regulation of AR protein and its target genes. Hypothesis and mechanisms established in cell culture models are validated by analysis of tissue and serum samples obtained from our prostate cancer biobank, which was built-up during the last two decades in connection with the Innsbruck Prostate Cancer Early Detection Program. During tumor progression, androgen receptor protein is upregulated in the majority of cases. This may be caused by gene amplification but post-transcriptional and epigenetic mechanisms are crucial as well. An example is the reciprocal AR protein regulation via the microtubule-associated ubiquitin E3 ligase midline (MID). The large list of AR regulated genes includes proteins as well as micro and long non-coding RNAs. Whereas nuclear binding sites of AR seem to be largely congruent among different prostate cancer cell models there is much more cell-specific variety with regard to androgen regulated primary target genes. SIRT and MOF are antagonistic regulators of cell cycle and genome stability Vaquero A. Chromatin Biology Lab, PEBC, IDIBELL, Barcelona, Spain Genomic instability is a driving force of tumorigenesis and aging. Although is caused by a wide variety of factors, it is widely accepted that stress conditions are among the most important elements that contribute to the onset of the patho- 6 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

17 logy. Over the past decade, the NAD+-dependent deacetylases known as Sirtuins have emerged as key players in the maintenance of genomic integrity. Sirtuins coordinate cellular response to certain forms of stress such as oxidative, metabolic or genotoxic stress. Two of the seven mammalian Sirtuins, SIRT and SIRT, have been shown to target the key epigenetic mark H4K6Ac, involved in chromatin structure and organization, genome instability, cancer and aging. The implication of SIRT is intriguing. Despite its cytoplasmic localization, SIRT shows a high specificity for H4K6Ac in vitro, and its loss correlates with hyperacetylation of H4K6Ac during mitosis (). Our analysis of SIRT- KO mice showed that SirT regulates H4K0me deposition through deacetylation of H4K6Ac and determines the level of H4K0me,3 throughout the cell cycle (). SirT shows an intimate functional relationship with PR-Set7, the methyltransferase responsible for H4K0me deposition, in G /M that includes direct interaction and deacetylation of PR-Set7. Consistently, loss of SIRT in mice induces significant defects in global heterochromatin structure, cell cycle alteration, and exhibit severe genomic instability and chromosomal aberrations (). Here we show that the main H4K6Ac Histone acetyltransferase (HAT), MOF, also participates in H4K0me deposition through PR-Set7 and SIRT. Upon oxidative stress, SIRT inactivates MOF and promotes its degradation in G /M, inducing cell cycle block before entering mitosis. Our in vivo analysis of double KO SIRT/MOF (inducible) mice supports an antagonistic role of both factors in the control of cell cycle through the G /M checkpoint. This work defines a new model of H4K0me deposition by which PRSet7 activity is fine-tuned regulated by a balance between SIRT and MOF activities and supports a direct role of Sirtuins in checkpoint regulation and cell cycle progression. References. Vaquero, A., Scher, M., Lee, D.-H., Sutton, A., Cheng, H.-L., Alt, F., Serrano, L.,Sternglanz, R., Reinberg, D. (006). SirT is a histone deacetylase with preference for histone H4 Lys 6 during mitosis. Genes & Dev. 0(0):56 6 (Article Highlighted in Nat Struc & Mol Biol 5, 867 (006)). Serrano, L., Martínez-Redondo, P., Marazuela-Duque, A., Vazquez, B.N., Kane-Goldsmith, N., Dooley, S.J., Tong, Q., Rabanal, R.M., Fondevila, D., Muñoz, P., Tischfield, J.A., Vaquero, A. (03). The tumor supressor SirT regulates cell cycle progression and genome stability by modulating the mitotic deposition of H4K0 methylation. Genes & Dev. 7(6): Are prostate cancer epithelial-stromal co-culture organoids a useful in vitro model to study the effects of AR targeting agents? Eder I. Medical University of Innsbruck, Department of Urology, Innsbruck, Austria Androgen receptor (AR) targeting remains the gold standard treatment for advanced prostate cancer (PCa). Unfortunately, treatment resistances frequently occur and the development of novel therapies is urgently needed. Our current knowledge regarding the mechanisms of therapy resistance in PCa mostly derives from in vitro studies using various different cell lines, which are grown in standard -dimensional (D) monolayer culture. These cell lines have been used to develop novel AR antagonists or other drugs and to generate derivative sub-lines to study resistance mechanisms. It is now well accepted, however, that cells grown in D culture hardly mimic human prostate tissue due to their high replicative capacity and different growth characteristics and metabolic features, which may account for their poor predictive value of drug response. In fact, only a moderate number of drugs reach phase III clinical trials. To overcome these limitations, 3D culture models are being increasingly used, which are thought to better reflect the properties of human tissue. Unfortunately, the number of studies using epithelial-stromal co- -culture models is limited although behavior and tumorigenic properties of tumor epithelial cells JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 7

18 are known to be strongly influenced by stromal cells, which not only modulate local tumor spreading and progression but also have a significant impact on therapy resistance. We established a scaffold-free 3D PCa organoid model from different PCa cell lines together with prostate cancer associated fibroblasts (CAFs) and used this to investigate the therapeutic effects of commonly used anti-androgens. We found that these organoids displayed androgen responsiveness without any signs for epithelial-to-mesenchymal transition but a significant increase in E-cadherin mediated cell-to-cell adhesion instead. Notably, PCa organoids were less sensitive to the growth-inhibitory effects of the anti-androgens than D cultures, an effect that was further enhanced in PCa/CAF co-culture organoids. Diminished sensitivity to anti-androgens was not due to up-regulation of AR in 3D culture but could be associated with increased Akt signaling in LNCaP organoids that were significantly inhibited by the phosphatidyl-inositol 3 kinase (PI3K) inhibitor LY9400. These results indicate that increased expression of E-cadherin together with increased Akt signaling is critical for growth and survival of PCa organoids in 3D culture and further suggests this model a valuable tool to test AR targeting drugs in vitro. Current state of liquid biopsy field: technologies, clinical utility and the numbers game Minárik M., Genomac research institute, s.r.o., Prague Department of Internal Medicine, st Faculty of Medicine, Charles University and Military University Hospital, Prague The use of circulating tumor DNA (ctdna) for molecular profiling of solid tumors, referred to as liquid biopsy, has experienced an extensive history of technology development. From the early reports on merely increased levels of DNA in the circulation of cancer patients to the targeted detection of ctdna based on tumor specific DNA markers, there has been a quest for finding the most suitable technology as well as clinical utility for cancer management practice. Today the techniques can be divided into families of approaches referred to as either analog or digital. The analog methods are usually based on quantitative PCR amplification (qpcr) in a variety of experimental arrangements. Amplificationrefractory mutation system (ARMS), a technology based on allele-specific PCR amplification, or methods utilizing enrichment of mutant fraction during amplification due to the minute differences in denaturation/annealing during the PCR cycling (improved and Complete Enrichment CO-amplification at Lower Denaturation temperature, ICE-COLD) are among the most notable analog approaches. More recently, digital approaches have been introduced including droplet digital PCR and deep next-generation sequencing (deep NGS). As for the clinically relevant use, liquid biopsies are applicable mainly for (i) identification of predictive factors (molecular targets) as a part of tumor diagnostic process, (ii) estimate of prognosis based on specific prognostic factors, (iii) monitoring of the course of therapy (post-surgical follow-up and monitoring of response to anticancer treatment, and, last but not least, (iv) early detection of advance disease, mainly due to recurrence or progression. The basic theme of liquid biopsy is the probability of finding low levels of ctdna in the peripheral circulation, to which a number of factors comes into effect. Those include the cancer type, disease stage, anatomical location of the tumor, the method and logistics of sampling and sample handling and, finally, the detection sensitivity of the method used, the latter being the main determinant to the overall cost. A detailed evaluation of all factors is crucial for effective and clinically meaningful utility of this new tool in diagnostic and therapeutic processes. Supported by AZV grant NV5-7939A. 8 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

19 Přehled molekulární analýzy genu BRAF u vybraných typů nádorů Kalfusová A., Kalinová M., Krsková L., Čapková L., Lokvenc M., Pech V., Hilská I., Fejfárková J., Langerová E., Kokošková A., Kodet R. Ústav patologie a molekulární medicíny LF UK v Praze a Fakultní nemocnice Motol Úvod: BRAF patří do rodiny Raf (Rapidly Accelerated Fibrosarcoma) serin/threonin kináz a plní zásadní roli v aktivaci MAPK/ERK kinázové (MEK) signalizační dráhy. Mutace genu BRAF byly detekovány v široké paletě nádorů. Setkáváme se s nimi u přibližně 45 % papilárních karcinomů štítné žlázy, 50 % melanomů, téměř u 00 % pacientů s vlasatobuněčnou leukémií, % kolorektálních karcinomů (mcrc), 4 % hepatocelulárních karcinomů, % low grade gliomů a přibližně 3 0 % pacientů s gastrointestinálním stromálním nádorem (GIST) s nemutovanými geny KIT a PDGFRA. Identifikovaných mutací v genu BRAF je více než 70. Dominantně se avšak vyskytuje mutace p.v600e v exonu 5. Metodika: Mutační stav genu BRAF vyšetřujeme prostřednictvím dvou metod. Klasicky, pomocí asymetrické PCR, s následním určením pořadím nukleotidů Sangerovou metodou. Nejčastěji vyšetřujeme exon 5 genu BRAF, méně často exon. Nově jsme zavedli detekci mutace p.v600e v exonu 5 genu BRAF pomocí mutačně specifického primeru. Výsledky: V období od roku 04 dosud jsme na přítomnost mutací v genu BRAF vyšetřili soubor 5 pacientů s melanomem, 8 pacientů s mcrc, 5 pacientů s low grade gliomy a 3 pacienta s GIST. Mutace v genu BRAF jsme prokázali v 0 % melanomů, 38 % mcrc, 4 % low grade gliomů a v 6,5 % GISTů. Závěr: Molekulární diagnostika mutací genu BRAF ve zmiňovaných klinicko-patologických jednotkách umožňuje pacientům s detekovanou mutovanou formou genu BRAF volbu vhodné cílené terapie prostřednictvím inhibitorů BRAF. Projekt podporován Projektem (Ministerstva zdravotnictví) koncepčního rozvoje výzkumné organizace (FN Motol) IG 6006, GAUK 98 3 a OPPK CZ..6/3..00/40 Minimální reziduální nemoc u pacientů s MCL: porovnání detekce klonálních přestaveb genů pro imunoglobuliny s mírou exprese cyklinu d Lokvenc M., Kalinová M., Forsterová K. 3, Klener P. 3, Trněný M. 3, Froňková E., Trka J., Kodet R. Ústav patologie a molekulární medicíny. LF UK v Praze a Fakultní nemocnice v Motole CLIP, Klinika dětské hematologie a onkologie. LF UK v Praze a Fakultní nemocnice v Motole 3 I. interní klinika klinika hematologie,. LF UK v Praze a Všeobecná fakultní nemocnice v Praze Kooperativní lymfomová skupina Úvod: Lymfom z buněk pláště (mantle cell lymphoma, MCL) patří mezi agresivní B-lymfomy a reprezentuje 6 8 % všech non-hodgkinských lymfomů. Charakteristickým znakem MCL je přítomnost translokace t(;4), při které dochází k přesunu genu CCND pod promotor genu pro těžké řetězce imunoglobulinů. Výsledkem je transkripční deregulace genu CCND a zvýšení exprese proteinu cyklinu D, který hraje klíčovou roli v regulaci buněčného cyklu. Minimální reziduální nemoc (MRN) je definována jako subklinická úroveň nemoci, kdy v průběhu terapie již maligní buňky nejsou běžnými cytologickými metodami detekovatelné. Právě tyto zbytkové buňky, které odolaly léčbě, mohou způsobit relaps onemocnění. Sledování MRN poskytuje informace o dynamice nádorového onemocnění a umožňuje sledovat přírůstek či úbytek nádorových buněk v určitém časovém horizontu. Cíl: Sledování hladin MRN pomocí klonálně specifických přestaveb genů pro imunoglobuliny (Ig), popřípadě charakteristické translokace t(;4) na DNA úrovni a porovnání získaných dat s mírou exprese cyklinu D. Získaná data korelovat s průběhem onemocnění. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 9

20 Materiál a metody: Pro sledování MRN na DNA úrovni jsme využili RQ-PCR Ig/t(;4) systém, který byl optimalizován pro každého pacienta dle kritérií EuroMRD. Expresi cyklinu D jsme detekovali pomocí RT-RQ-PCR s absolutní kvantifikací genu pro cyklin D a kontrolní gen β-mikroglobulin. Výsledky: Stanovili jsme hladinu exprese cyklinu D celkem v 65 vzorcích (9x kostní dřeň; 73x periferní krev) u 6 pacientů v průběhu léčby MCL. Z tohoto souboru byly u celkem 33 vzorků (75 x kostní dřeň; 58x periferní krev) k dispozici data získaná při detekci MRN pomocí Ig/t(;4). Z našich výsledků jsme zjistili, že míra exprese cyklinu D koreluje pouze při vyšších hladinách MRN. Ve vzorcích, které vykazují nízké hladiny MRN na základě stanovení Ig/t(;4), je exprese cyklinu D velmi heterogenní. Závěr: Naše výsledky poukazují na význam sledování MRN pomocí Ig/t(;4) u pacientů s MCL a prokazují, že detekce hladin MRN umožňuje sledovat dynamiku nádorového onemocnění. Domníváme se, že cyklin D není vhodným a spolehlivým markerem pro sledování dynamiky MCL během léčby, neboť při nízkých hladinách MRN vykazuje jeho exprese značnou heterogenitu. Možným vysvětlením je, že cyklin D exprimují také jiné, zejména nenádorové buňky, které zkreslují jeho detekci v průběhu léčby. Nicméně cyklin D stále nachází uplatnění v diferenciální diagnostice a je využitelný pro vstupní detekci před léčbou, pro zjištění rozsahu infiltrace nádorovými buňkami v kostní dřeni či periferní krvi. Podpora: Výzkum byl podpořen Grantovou agenturou Univerzity Karlovy v Praze (projekt č.04), projektem (Ministerstva zdravotnictví ČR) koncepčního rozvoje výzkumné organizace (FN Motol) IG 6006 a OPPK CZ..6/3..00/40. Simultánna detekcia expresie HER proteínu a amplifikácie HER génu vo bioptických vzorkách karcinómu žalúdka prostredníctvom metódy gene-protein assay Farkašová A., Plank L.,, Scheerová K., Kalman M.,, Kviatkovská Z. Martinské bioptické centrum s.r.o., Martin, Slovensko Ústav patologickej anatómie a súdneho lekárstva JLF UK a UNM, Martin, Slovensko Úvod: Celosvetovo je karcinóm žalúdka jedným z hlavných problémom zdravotnej starostlivosti s viac ako novodiagnostikovanými pacientami a úmrtiami ročne. Medián prežitia je len 8 0 mesiacov a 5-ročné prežitie je len 7 %. Z hľadiska cielenej terapie je dôležitým biomarkerom stav HER proteínu/génu. Metódy: V období dvoch rokov sme s použitím novej metódy známej ako gene-protein assay (GPA) analyzovali 80 biopsií pacientov s diagnózou rakoviny žalúdka s cieľom identifikovať prípady s pozitívnym HER stavom. Vo vybraných prípadoch bola použitá samostatná imunohistochemická analýza expresie HER proteínu. Výsledky: V 76,8 % (5/80) prípadov bol detekovaný negatívny stav HER proteínu/génu. V 9,6 % (55/80) prípadov sme identifikovali amplifikáciu HER génu. Z nich, a to až v /3 (0/55) prípadov, absentovala expresia HER proteínu. V 3,6 % (0/80) prípadov nebolo možné posúdiť stav HER proteínu/génu v dôsledku nedostatku nádorových buniek v preparáte. Záver: Nádorové bunky karcinómu žalúdka sú charakteristické často neúplným membránovým farbením a heterogénnosťou (fokálne farbenie) pri imunohistochemickej detekcii expresie HER proteínu (a amplifikácie HER génu), ktoré sú spôsobené intratumorálnou heterogenitou. Z tohto hľadiska je metóda GPA veľmi vhodnou metódou pre odlíšenie pacientov, ktorí môžu profitovať z cielenej terapie. 0 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

21 DNA damage signalling barrier, oxidative stress and treatment-relevant DNA repair factor alterations during progression of human prostate cancer Kurfurstova D., Bartkova J.,3, Vrtel R. 4,5, Mickova A., Burdova A., Majera D. 5, Mistrik M. 6, Kral M. 6, Santer F.R. 7, Bouchal J., Bartek J.,3,5 Department of Clinical and Molecular Pathology, Institute of Molecular and Translational Medicine, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc, Czech Republic Danish Cancer Society Research Center, Copenhagen, Denmark 3 Science for Life Laboratory, Division of Translational Medicine and Chemical Biology, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden 4 Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc, Czech Republic 5 Laboratory of Genome Integrity, Institute of Molecular and Translational Medicine, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc, Czech Republic 6 Department of Urology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc, Czech Republic 7 Division of Experimental Urology, Department of Urology, Medical University of Innsbruck, Austria The DNA damage checkpoints provide an anti-cancer barrier in diverse tumour types, however this concept has remained unexplored in prostate cancer (CaP). Furthermore, targeting DNA repair defects by PARP inhibitors (PARPi) as a cancer treatment strategy is emerging yet requires suitable predictive biomarkers. To address these issues, we performed immunohistochemical analysis of multiple markers of DNA damage signalling, oxidative stress, DNA repair and cell cycle control pathways during progression of human prostate disease from benign hyperplasia, through intraepithelial neoplasia to CaP, complemented by genetic analyses of TMPRSS-ERG rearrangement and NQO, an anti-oxidant factor and p53 protector. The DNA damage checkpoint barrier (γhax, patm, p53) mechanism was activated during CaP tumorigenesis, albeit less and with delayed culmination compared to other cancers, possibly reflecting lower replication stress (slow proliferation despite cases of Rb loss and cyclin D overexpression) and progressive loss of ATM activator NKX3.. Oxidative stress (8-oxoguanine lesions) and NQO increased during disease progression. NQO genotypes of 390 men did not indicate predisposition to CaP, yet loss of NQO in CaP suggested potential progression-opposing tumour suppressor role. TMPRSS-ERG rearrangement and PTEN loss, events sensitizing to PARPi, occured frequently along with heterogeneous loss of DNA repair factors 53BP, JMJDC and Rev7 (all studied here for the first time in CaP) whose defects may cause resistance to PARPi. Overall, our results reveal an unorthodox DNA damage checkpoint barrier scenario in CaP tumorigenesis, and provide novel insights into oxidative stress and DNA repair, with implications for biomarker guidance of future targeted therapy of CaP. NGS řešení pro diagnostiku somatických mutací Kubíková I. GeneTiCA s.r.o., Praha Časná detekce a vhodná terapie jsou významnými faktory pro snížení incidence a mortality u onkologických pacientů. Přesná a rychlá diagnostika a léčba navržená podle individuálního stavu pacienta je cílem, o který současná klinická medicína usiluje. Pokroky v metodice a dostupnost NGS umožňují vývoj genetických a diagnostických testů, které svými možnostmi usnadňují praktikování personalizované medicíny v praxi. Představíme vám některé z testů vyvinuté pro diagnostiku somatických mutací, které jsou vhodné i pro fragmentovanou DNA typickou pro FFPE vzorky. SOMATIC MASTR Plus Dx je certifikovaný (CE- IVD) test pro detekci mutací v genech NRAS, KRAS a BRAF vyskytujících se v mnoha typech nádorů. Test umožňuje flexibilní detekci buď pouze nej- JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC

22 častějších mutací, nebo celých kódujících oblastí těchto tří genů. SOMATIC MASTR Plus je test vyvinutý pro detekci mutací v genech EGFR, ERBB, PIK3CA, PIK3R a PTEN. Test je navržen tak, že pokrývá celé kódující oblasti těchto genů. Tumor Hotspot MASTR Plus je test určený pro identifikaci SNVs a CNAs v genech nejčastěji mutovaných u solidních nádorů. Test byl vyvinut ve spolupráci s Institut National du Cancer (INCa) ve Francii a zahrnuje klinicky relevantní mutace (hotspots) ve vybraných 6 genech. Panel cílí především geny z dráhy PI3K/PTEN/AKT, RAS-RAF-MEK-MAPK a TCA cyklu. Geny byly vybrány s ohledem na jejich terapeutickou nebo prognostickou hodnotu u různých solidních nádorů. BRCA Tumor MASTR Plus Dx je certifikovaný (CE-IVD) test určený pro identifikaci mutací v kódujících oblastech genů BRCA a BRCA. Test může být použit jako diagnostické kritérium pro terapii pomocí PARP inhibitorů, kdy přítomnost mutací v BRCA a BRCA činí nádorové buňky citlivé na tento druh léčby. NGS je oproti Sangerovu sekvenování výrazně rychlejší, vyžaduje méně vstupní DNA a umožňuje sekvenovat mnoho vzorků současně. Možnost vyšetřit více genů z jednoho vzorku má implikace i pro volbu terapie, kdy přesná charakteristika nádorových buněk snižuje počet případů rezistentních k léčbě, případně může u některých pacientů zlepšit prognózu. PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

23 DIAGNOSTICKÝ SEMINÁŘ IAP Čtvrtek /. část /. část Teoretické ústavy LF UP Olomouc / Malá pravá posluchárna Případ č. H30/6E Referuje: doc. MUDr. Svetlana Brychtová, Ph.D. 38letá žena, náhodně při vstupní prohlídce zjištěno ložisko hlavy pankreatu. Zaslán resekát hlavy pankretu s duodenem a žlučník. Případ č. H44/6E Referuje: MUDr. Jozef Škarda, Ph.D. 67letá žena s anamnézou recidivujícího uroteliálního karcinomu. Případ č. 3 H33775/5F a H3776/5D Referuje: MUDr. Tomáš Tichý 44letá žena, přijata pro narůstající dušnost, na CT plic vícečetné bilaterální cysty vel. 70 mm a oboustranný fluidothorax. Provedena excize jednoho ložiska. Případ č. 4 B5/303 Referuje: MUDr. Peter Szépe, CSc. Žena, 3 rokov, tumor v oblasti bursa omentalis, tri útržky belavého tkaniva, priemer do cm. Klinická dg.: Neo abdominis, MTS hepatis et peritonei, ascites. Případ č. 5 H90/6F Referuje: MUDr. Jaroslav Michálek 50letá žena s CT nálezem expanze levé nadledviny velikosti 64x48x46 mm, současně nalezena zvětšená děloha. Případ č. 6 H656/5A Referuje: MUDr. Jana Janková 45letá žena s bolestivou rezistencí dorzoventrálně před levým kotníkem. Stav po opakovaných exstirpacích tumoru na jiném pracovišti. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 3

24 Případ č. 7 H97/5D Referuje: MUDr. Lucie Tučková 6týdenní holčička s hypotonií až chabou parézou dolních končetin. Dle MRI intraspinální extradurální tumor v oblasti lumbosakrálního přechodu vel. 44x3x4 mm. Případ č. 8 H6459/6D Referuje: MUDr. Kristýna Němejcová 69letý muž, tumor varlete. Případ č. 9 H483/6 Referuje: MUDr. Patrik Flodr, Ph.D. 6letá žena se splenomegalií, provedena splenektomie a trepanobiopsie. V r. 003 diagnostikován invazivní ca pravého prsu. Stav po ablaci a adjuvantní chemoterapii. Případ č. 0 H639/6 Referuje: MUDr. Pavla Flodrová 43letý muž se suspektní karcinózou peritonea dle CT a PET/CT vyšetření. Byla provedena laparoskopie a biopsie peritonea, k vyšetření dodán vzorek peritonea a ascites. V osobní anamnéze pacienta je levostranný kryptorchismus léčený chirurgicky ve věku čtyř let a radikální orchiektomie l. sin. před osmi lety pro tumor varlete. 4 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

25 DNY HISTOLOGICKÝCH LABORANTŮ Čtvrtek / Teoretické ústavy LF UP Olomouc / Velká posluchárna Role vyšetření tkáně v diagnostickém procesu u pacientů s amyloidózou Flodrová P., Csernáková V. Amyloidóza zahrnuje skupinu onemocnění, pro kterou je charakteristické ukládání amyloidu v mezibuněčném prostoru tkání. Tato tzv. depozita jsou jen velmi omezeně odbouratelná a jejich hromaděním dochází postupně k porušení funkce postiženého orgánu a v konečné fázi až k jeho selhání. V současnosti je známo 3 proteinů, na jejichž základě se mohou amyloidová depozita vytvořit, a to jak v systémové tak lokalizované formě. Amyloidóza patří mezi vzácná onemocnění a rozložení jednotlivých typů v lidské populaci je výrazně vázáno geograficky, neboť v některých zemích dominují dědičně podmíněné varianty amyloidózy, zatímco v jiných převládají získané typy. Prognóza většiny nemocných není příznivá, v krajních případech dochází k úmrtí v řádu měsíců po stanovení diagnózy. Z toho důvodu má prioritu co nejčasnější a také nejpřesnější stanovení diagnózy. V diagnostickém procesu má kromě podrobného klinického vyšetření nezastupitelnou roli hodnocení tkáně, které jediné může přítomnost onemocnění potvrdit nálezem amyloidu. Kromě metod speciálního barvení, které více či méně specificky amyloid znázorní, je v dnešní době nezbytné použití dalších postupů, které mají za cíl přesnou typizaci amyloidu, tj. určení, který protein je základním stavebním kamenem amyloidu. Toto určení je naprosto zásadní pro adekvátní terapii pacientů, neboť každý subtyp onemocnění se léčí výrazně odlišným způsobem (např. chemoterapie, transplantace jater; u některých nemocí pouze symptomatická terapie, neboť specifická léčba není dosud známa). K určení stavebního proteinu v amyloidových depozitech se využívá především aplikace nepřímé imunohistochemie a imunofluorescence na histologické tkáňové řezy. Charakteristická ultrastruktura amyloidu je patrná při vyšetření elektronových mikroskopem. Spojením výhod imunohistochemie a poznání ultrastruktury využívá náročná metoda imunoelektronové mikroskopie. V úzce specializovaných centrech je výhodou dostupnost moderní proteomické metody, tzv. kapalinové chromatografie spřažené s hmotnostní spektrometrií, která jako jediná určí přesně všechny proteiny, které se na složení depozit podílí. Vzhledem k vzácnosti této diagnózy je důležitá centralizace péče o nemocné pro zajištění co nejvyššího standardu diagnostiky i léčby. Podpořeno z programového projektu Ministerstva zdravotnictví ČR s reg. č A. Veškerá práva podle předpisů na ochranu duševního vlastnictví jsou vyhrazena. Zpracování resekátů pankreatu a prostaty metodou celoplošných tkáňových řezů (histotopogramů) Fabíková Z., Tichý T. Histotopogram je velmi tenký řez celým orgánem nebo větším úsekem tkáně, dávající přehled o vzájemných vztazích jeho jednotlivých složek. Metodu označujeme také jako whole-mount section (WMS) neboli celoplošné řezy. Na našem ústavu metodu provádíme WMS při zpracování tkáně prostaty a pankreatu. Cílem naší přednášky je seznámení s celou metodikou a zpracováním WMS. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 5

26 MMP-9 jako negativní prognostický faktor u střevních zánětů Škarda J., Brauer R., Turečková J., Kanchev I., Khoylou M., Sedlacek R. Matrix metaloproteinázy (MMP) jsou potenciálními biomarkery pro aktivitu zánětlivých onemocnění střev (IBD). Pomocí DSS indukovaného modelu kolitidy na myším modelu jsme zjistili, že absence MMP-9 vede k výrazné progresi onemocnění, k těžké destrukci tkáně a zvýšení hladiny prozánětlivých modulátorů v tlustém střevě a plasmě. MMP-9 se ukazuje být rozhodujícím faktorem v patogenezi zánětlivých onemocnění tlustého střeva. FISH v patologické laboratoři: jeden postup, stabilní výsledky Zaoralová R. Diagnostická souprava Dako Accessory Kit obsahuje kompletní sadu reagencií pro fluorescenční in situ hybridizaci ve vzorcích FFPE tkáňových řezů. Jako CE-IVD souprava je dodávána ve stabilní kvalitě a s protokolem vyžadujícím minimální množství optimalizačních kroků. Využití certifikovaného kitu umožňuje zachování kvalitních výsledků FISH jak v laboratořích s malým počtem FISH vzorků, tak ve velkých sériích. Jednotný postup výrazně snižuje počet opakování z důvodu selhání metody. Význam genetickej analýzy génov BRCA a BRCA Janíková M.,,3, Kratochvílová R., Synková H., Štellmachová J., Vodička R., Vrtěl R., Slavkovský R. 3, Procházka M. Ústav lékařské genetiky, Ústav klinické a molekulární patologie 3 Ústav molekulární a translační medicíny, Fakultní nemocnice Olomouc a LF UP v Olomouci Jedným z najčastejšie diagnostikovaných malígnych ochorení u žien je karcinóm prsníka. V niektorých rodinách sa vyskytuje v niekoľkých generáciách. Vtedy hovoríme o dedičnej predispozícii alebo o dedičnom syndróme nádoru prsníka a/alebo vaječníkov (HBOC). Približne polovica pacientiek s daným syndrómom má v zárodočnom genóme prítomnú mutáciu poškodzujúcu funkciu výsledného proteínu BRCA, a asi tretina funkciu proteínu BRCA (BReast and ovarian CAncer susceptibility gene a ). Tieto pacientky majú zvýšené riziko vzniku nádorového ochorenia, a preto odhalenie poškodzujúcich variant v génoch BRCA/ pomocou genetickej analýzy umožní pacientkam znížiť dané riziko s využitím dostupných profylaktických a preventívnych opatrení. Okrem toho, pacientky s rozvinutým karcinómom a s poškodenou funkciou BRCA/ proteínov dosahujú lepšej odpovedi na protinádorovú terapiu pomocou DNA poškodzujúcich agens (napr. Pt deriváty) a biologických liečiv zo skupiny PARP inhibítorov (napr. Olaparib). CE IVD kity pro molekulární patologii od společnosti Amoy Diagnostics: Jeden z nejvýznamnějších výrobců konečně na našem trhu Zástěra J. Cílená biologická terapie představuje učinnou modalitu v léčbě solidních nádorů. Nedílnou součástí a předpokladem účinnosti této terapie je spolehlivé vyšetření přítomnosti molekulárních prediktivních faktorů. Společnost Amoy Diagnostics vyvinula řadu diagnostických kitů pro detekci tzv. řídících mutací cílené terapie, pokrývající všechny současně vyšetřované prediktory KRAS, NRAS, EGFR, BRAF, ALK, ROS, JAK, HER a další. Kity jsou postaveny na metodě kvantitativní PCR amplifikace v reálném čase (qpcr), využívající ARMS technologii (Amplified Refractory Mutation System) s patentovanou dvoukrokovou PCR amplifikační procedurou a inovativním designem fluorescentních sond. Vzhledem k tomu jsou tyto kity v citlivosti záchytu variant na špičce mezi dostupnými real-time PCR kity, jejich široké rozšíření je dokumentováno vysokým poměrem laboratoří v systému kontroly kvality EMQN (European 6 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

27 Molecular Quality Network). Soupravy mají IVD CE certifikaci pro vetšinu současných qpcr přístrojů a díky příznivě nastaveným cenám tak představují ideální alternativu k metodám vyšetřování prediktorů pomocí sekvenování nové generace (NGS). Informace z ČSHL a ČAZL Lamplotová M. I. PAÚ FN u sv. Anny V Brně Sdělení bude informativní pro členy i nečleny České společnosti histologických laborantů (ČSHL). Informace budou o oblasti aktivit ČSHL, o jednáních na MZ ČR, o sjezdu ČSHL, který se bude konat v listopadu a který bude volební. From Genome Sequence to Cancer Precision Therapy Clinical Actionability Revealed by NGS Multi-Gene Panels Rinon A., Lagziel A., Feingersch R., Zehavi A, Yafe T., Khoury H., Yehuda A. B., Chuderland D., Pogozelich G., Stark M.,3, Golomb E.,4, Haviv I., GeneSort LTD, Israel Faculty of Medicine in the Galilee, Bar Ilan University, Israel 3 The New European Surgical Academy, Berlin 4 Department of Pathology, Shaare Zedek Medical Center, Hebrew University School of Medicine, Jerusalem, Israel Personalized genomics, the integration of genomics into personalized medicine has already shown its benefit in the personalization of tumor therapy. Matching drug treatment to the genomic profile of patients' tumor is based on the identification of biomarkers predictive of patients' response to therapy. Next generation sequencing (NGS) has given new perspective to personalized cancer care. NGS technologies enable assessment of numerous genes of numerous individuals simultaneously. In addition, NGS provides significantly higher sensitivity than traditional technologies permitting the identification of rare somatic mutations. NGS expands our understanding of cancer biology through the discovery and utilization of clinically actionable cancer-driving mutations that serve as biomarkers, and is becoming an essential part of physicians' road-map for tailoring drug therapies targeting specific cancer-causing mutations. By combining NGS analyses of somatic and matched germline genome, a more comprehensive interpretation of each genome s contribution to disease can be accomplished. Thus, gene panel testing is now offered for assessing cancer risk, as well as for personalized targeted therapy. GeneSort recently launched SolidProfile, a genomic profiling diagnostic test, designed to examine 67 cancer-related genes from low-input formalin fixed paraffin embedded (FFPE). The targeted genomic regions are captured followed by NGS using Illumina platforms. Tumor genomic data are then joined with germline sequencing data to take full advantage of the therapeutic potential of the information. GeneSort also launched RiskProfile, a cancer risk gene panel that screens for mutations in 75 genes associated with hereditary cancer syndromes. Screened cancer types include breast, ovarian, uterine, colon, melanoma, pancreas, gastric, endocrine, and prostate. As NGS yields an unprecedented amount of data, a combination of computational power, expertise, and bioinformatics tools are essential in the transformation of raw data into clinically actionable knowledge. NGS enables highly sensitive analyses of DNA or RNA samples detecting single nucleotide variations, small insertion/deletions, copy number variations, and gene fusion events to ultimately associate them with disease and therapy. With GeneSort bioinformatics we also explore solutions for big data management and its clinical applications. Combining research with NGS-based technologies for precision medicine cancer care, holds enormous impact on empirical and sustained results in establishing and supporting state-of-the-art diagnostic solutions for future clinical purposes. Thus, GeneSort provide both academic and industrial entities unique NGS capabilities, knowledge and experience in transforming such research into validated clinical diagnostics labs. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 7

28 Posters/Postery Thursday nd JUNE 06 / Čtvrtek Theoretical Institutes Building, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Olomouc / Teoretické ústavy LF UP Olomouc ) Regulation of expression of CYP epoxygenases and soluble epoxide hydrolase by ligands of PPARα Čížková K., Ehrmann J., Department of Histology and Embryology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Laboratory of Molecular Pathology & Department of Clinical and Molecular Pathology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Fibrates are clinically widely used drugs for treatment of dislipidemias. Moreover, there are a lot of studies describing their potential for cancer treatment and chemoprevention. Our previous results show that in HEK93 (human embryonic kidney), HepG (hepatocellular carcinoma), and HT-9 (human colorectal adenocarcinoma) cell lines the effect of fenofibrate, bezafibrate, gemfibrozil and WY-4643 on cell viablity is concentration- -dependent. At lower concentrations of all tested fibrates, viability of all tested cell lines is increased, whereas at higher concentrations, repression is apparent. We hypothetized if these changes in viability are connected with changes of expression of CYP epoxygenases (CYPC, CYPJ) and soluble epoxide hydrolase (seh). CYP epoxygenases converts arachidonic acid to biologically very active epoxieicosatrienoic acids (EETs), which have cytoprotective character. EETs are subsequently hydrolyzed by seh to less active molecules. We treated tested cells by fibrates at concentration in which cell viability was maximal. Whereas CYPJ expression is increased in tested cell lines after proliferative concentrations fibrates treatment and decreased at IC0 concentration, expression of seh is increased in IC0. These expression profiles are in good agreement with changes in cell viability. At proliferative concentration, level of cytoprotective EETs is probably increased. At concentration when cell proliferation is inhibited, level of EETs should be lower because of their hydrolysis by seh. ) Next-generation sequencing of chosen genes showed frequent somatic PTEN and BRCA mutations in endometrial endometrioid carcinomas in Czech patients Hájková N., Hojný J., Němejcová K., Dundr P., Tichá I. Department of Pathology, First Faculty of Medicine and General University Hospital in Prague, Charles University in Prague, Czech Republic Background: Endometrial carcinoma is the most common gynecological carcinoma in developed countries. Frequent somatic mutations in endometrial endometrioid carcinomas have been previously described in several genes including PTEN (>50 %), PIK3CA (30 %), and KRAS (0 6 %). The frequency of PTEN mutations in endometrioid endometrial carcinoma differs in different populations (up to 80 % USA, 76 % in Slovak, 45.8 % in Polish,.8 % in Japanese) and were more frequent in low grade than high grade endometrial endometrioid carcinomas. However, frequency and spectrum of mutations in most commonly mutated genes in endometrial endometrioid carcinoma in the Czech population is unknown. Hereby, we describe results of mutation analysis in a pilot study of this type of tumors. 8 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

29 Materials and methods: Genomic DNA was isolated from 7 cases of fresh frozen endometrial endometrioid carcinoma (8 cases of grade I, 6 cases of grade and 3 cases of grade 3) and 5 corresponding non-tumor tissues. In tumor DNA we performed selected exon capture sequencing on a panel of genes: KRAS, NRAS, EGFR, BRAF, PDGFRA, KIT, BRCA, BRCA, PIK3CA, and PTEN, using NGS technology on MiSeq (Illumina). Detected variants were confirmed by direct sequencing and same fragment was examined in corresponding normal tissue, where available. Results: In total, we detected 8 PTEN somatic mutations in 4 out of 7 tumors (8.4 %), 3 patients carried two or three PTEN mutations. No mutation was detected in corresponding non-tumor tissue. Further, somatic BRCA variants were relatively common (6/7; 35.3 %). Only one KRAS mutation (/7; 5.9 %) was detected in a tumor that carried also mutation in the PTEN and BRCA genes. All presented variants were predicted in silico to be pathogenic. In two tumors was detected possibly splicing variant in KIT (NM_000.: c.67+4g>s). In respect to tumor differentiation, somatic mutations were detected in: 8/8 (00 %) grade I tumors (4 carried PTEN mutation, 3 carried both PTEN and BRCA mutation, one carried only BRCA mutation), 6/6 (00 %) grade II tumors (5 carried PTEN mutation in exons 5 and, and carried only BRCA mutation), /3 (67 %) grade III tumors carried PTEN mutation in exon 8 and one sample also BRCA mutation. In our sample set 6 different PTEN mutations included truncating variants ( nonsense, 8 frameshift and one deletion of 53 bp affecting splice site) in exons, 5, and 8, and 5 missense variants in exons 4, 5, and 6. The most common were variants in exons 5 (/8; 6 %) and 8 (4/8; %). Four tumors carried mutation in codon 30 in exon 5, two out of them had affected both allels. Conclusion: Mutation analysis of the panel of genes, including whole coding sequence of PTEN, BRCA and BRCA, revealed frequent possibly pathogenic variants in the PTEN and BRCA genes in 8.4 % and 35.3 % of endometrial endometrioid carcinoma, respectively. Only one KRAS mutation was detected. No pathogenic mutations were found in the genes NRAS, EGFR, BRAF, PDGFRA, BRCA, KIT and PIK3CA (in sequenced exons 9 and 0). However, the significance for differential diagnostics as well as prognostic value should be assessed on larger sample set of different lesions. Acknowledgment: This work was supported by Ministry of Health, Czech Republic (Project RVO 6465), by Charles University in Prague (Project PRVOUK-P7/LF/), by Bank of Biological Material project BBM LM00004, and by OPPK (Research Laboratory of Tumor Diseases, CZ..6/3..00/4509). References. Kurman RJ et al. (ed.): World Health Organization Classification of Tumours. WHO Classification of Tumours of Female Reproductive Organs, 4th Edition: IARC Press: Lyon 04.. Summarized in Gbelcová H et al.: PTEN Sequence Analysis in Endometrial Hyperplasia and Endometrial Carcinoma in Slovak Women. Anal Cell Pathol (Amst). 05; 05: ) Colon cell lipidome is modulated by interaction of dietary fatty acids Hofmanová J.,4, Straková N., Tylichová Z.,4, Slavík J., Ciganek M., Ovesná P. 3, Kozubík A.,4, Machala M., Kolář Z. 5, Ehrmann J. 5 Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics, Academy of Sciences Czech Republic, v.v.i. Brno, Czech Republic Veterinary Research Institute,v.v.i. Brno, Czech Republic; 3 Institute of Biostatistics and Analyses, Masaryk University, Brno, Czech Republic; 4 Institute of Exp Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic; 5 Faculty of Medicine, Palacky University, Olomouc, Czech Republic Although beneficial effects of the dietary n-3 docosahexaenoic acid (DHA) or short-chain fatty acid butyrate in colon carcinogenesis have been implicated, their cellular and molecular mechanisms are not fully clear. Among others, the changes JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 9

30 in cellular membrane properties caused by DHA incorporation into cellular lipids and altered gene expression induced by butyrate (known histone deacetylase inhibitor) are considered to be the main mechanisms by which these fatty acids may influence cell behaviour/functions. DHA is incorporated into various types of cellular lipids, mainly phospholipids (PLs) and triacylglycerols (TAGs) and specifically into mitochondrial cardiolipins (CLs), tetra-acyl PLs, which are essential for optimal mitochondrial functions and play a role in intrinsic mitochondrial apoptotic pathway. Based on our previous results showing different response of various colon epithelial cell types to DHA and butyrate supplementation, we suggest that specific lipid alterations caused by these fatty acids may affect cell proliferation, differentiation and death. Our approach generally covered detail analyses of changes of polar and non-polar lipids (LC-MS-MS) and fatty acid composition (GC-MS) in human colon cell lines with different tumorigenic potential (foetal FHC and adenocarcinoma HCT-6 and HT-9 cells) treated with DHA, sodium butyrate (NaBt) or their combination (DHA/NaBt). Concurrently, we detected markers of cell growth (cell index by xcelligence), differentiation (alkaline phosphatase activity) and death (Annexin V assay). We primarily investigated dynamics of DHA incorporation and modulation of composition of individual PL classes with a particular emphasis on CL. Moreover, changes of sphingomyelin and ceramide profiles were detected. Quantitative changes in peak areas of individual molecular weight species within specific lipid classes after particular treatments relative to control were compared. We showed that DHA was progressively ( 48 h) incorporated in all main PL types (phosphatidyl- -choline,-ethanolamine, -inositol, -serine) and CLs, increasing their unsaturation. Although it was not incorporated into sphingolipids, DHA alone or together with NaBt was able to modulate their profile. The highest increase of DHA-containing species was detected in cellular TAGs and cholesterol-esters, which correlated with increased cytoplasmic lipid droplets (LDs) accumulation detected by flow cytometry. Although NaBt alone had mostly no significant effects, we showed its important ability to highly increase the amount of CLs restructured by DHA treatment. Moreover, NaBt shifted the incorporation of DHA in favour of non-polar lipids increasing also LD accumulation. With respect to different response of cell lines studied to NaBt and DHA/NaBt treatment (differentiation of FHC and HT-9 cells shifted to cell death after DHA/NaBt and only cell death in HCT-6 cells) we conclude that detected modulation of specific lipid classes by DHA promoted by NaBt (namely CLs, TAGs and ceramides) might contribute to distinct cellular differentiation or apoptotic responses. This work was supported by projects No A of the Agency of Health Research of the Czech Republic and No S of the Czech Science Foundation. 4) Next generation sequencing data analysis of somatic mutations in FFPE samples using NextGENe software. A single laboratory experience. Hojný J., Tichá I., Hájková N., Dundr P. Department of Pathology, First Faculty of Medicine and General University Hospital in Prague, Charles University in Prague, Czech Republic Background: Massive parallel sequencing, also known as next generation sequencing, is rapidly evolving technique capable to sequence several giga base pairs of information in one sequencing run in order of days. With the expansion and price reduction of this technology, next-gen instruments are spreading into clinical laboratories for routine genetic analysis. However, sequencing capacity of instruments generates great amount of information, which must be properly analyzed, reproduced and reported. Processing of data is complex procedure usually done by recruited external biostatistician, which can be time and money consuming and therefore unsuitable for routine diagnostics. 30 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

31 Alternatively, several biostatistical programs for relative easy in-lab use were programmed. We would like to report our three months experience with NextGENe software which is used in our lab for evaluation of somatic mutations. Materials and methods: Sequencing libraries were prepared by using KAPA HyperPlus Kit with input of 00 ng of DNA isolated from FFPE tissue. NimbleGen SeqCap EZ System (Roche) was used for enrichment by double capture protocol for small target sequence. Enriched libraries were sequenced on MiSeq instrument (Illumina) with use of x50 bp v chemistry. Applicaton SNP/Indel discovery, part of NextGENe software (SoftGenetics), was used for data analysis: ) primer duplicates were removed by Sequence Operation tool; ) low quality reads were removed or trimmed and high quality reads were aligned to whole human genome; 3) called variants were filtered by region of interest and frequency (>5 %); 4) variants were annotated by using databases dbnsfp v.9 (set of functional prediction, conservation and population frequency algorithms), ClinVar, Cosmic, and dbscsnv (splicing impact prediction); 5) sufficient coverage of all regions of interest is checked by Expression Report tool. Further, copy Number Variation analysis can be done using CNV Tool. Each unique variant is manually checked for potential alignment error with help of Integrative Genomics Viewer (IGV; Broad Institute). Results: Our target sequence had spanned 5 Kbp. Calculated coverage was about 6000x per base in case of analyzed samples, which we were able to achieve on average. After initial setup and tuning of NextGENe settings (annotation and prediction database and genome loading, setting of ideal parameters for filtering high quality reads and alignment settings), usually 5 40 unique variants per sample were found with frequency higher than 5 % (depending on sample type, quality, etc.). Currently, we are able to process this output within two hours. Altogether, data processing after sequencing step takes about 3 4 hours. We compared several runs processed by NextGENe and also by our external biostatistician, and detected pathogenic variants were concordant. Software has also some disadvantages: relatively high price of license, hardware requirements, and not user- -friendly viewer for manual control of called variants which can be bypassed by using of IGV. Conclusion: Overall NextGENe is useful and complex toolkit for next-gen data processing and analysis in routine diagnostics for laboratory personal with only basic knowledge of biostatistics. Acknowledgment: This work was supported by Ministry of Health, Czech Republic (Project RVO 6465), by Charles University in Prague (Project PRVOUK-P7/LF/), by Bank of Biological Material project BBM LM00004, and by OPPK (Research Laboratory of Tumor Diseases, CZ..6/3..00/4509). 5) Naše zkušenosti s využitím systému Idylla (Biocartis) při stanovení somatických mutací RAS genů u pacientů s kolorektálním karcinomem Hopenštoková A., Žebráková I., Kalábová L., Šimová J., Konvalinka D., Měch R., Kubová B., Uvírová M.,, Urbanovská I.,, Mazurová J., Dvořáčková N.,, Dvořáčková J., CGB laboratoř a.s., Ostrava Lékařská fakulta, Ostravská Univerzita, Ostrava 3 Ústav patologie, Fakultní nemocnice Ostrava Úvod: Kolorektální karcinom (CRC) patří celosvětově k nejrozšířenějším nádorovým onemocněním. Pro cílenou biologickou léčbu CRC monoklonálními protilátkami proti EGFR je vyžadováno vyšetření mutací v onkogenu KRAS a NRAS (kodony, 3, 59, 6, 7, 46), neboť pouze pacienty, v jejichž nádoru nebyla prokázána přítomnost mutace, lze indikovat pro tento druh terapie a lze u nich očekávat pozitivní terapeutickou odpověď. Současně vzniká požadavek klinických onkologů na rychlou časovou dostupnost výsledku, a proto jsou vyvíjeny a testovány nové detekční systémy pro stanovení statutu genů rodiny RAS. JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 3

32 Materiál a metody: Byla provedena analýza FFPE tkáňových řezů na plně automatizovaném systému, který je založený na real-time PCR Idylla (Biocartis). Systém zahrnuje celý proces od izolace DNA z parafinových tkáňových řezů až po výsledek (deparafinizace, zkapalnění vzorku, lýze buněk, extrakce DNA, amplifikace/detekce v reálném čase). Byl použit test Idylla KRAS Mutation Test (CE-IVD), citlivost kitu je pro většinu detekovaných mutací 5 %. Výsledky: V naší laboratoři bylo dosud (v průběhu 3 měsíců) vyšetřeno systémem Idylla (Biocartis) pacientů s CRC. Somatické mutace v KRAS genu byly detekovány u 4 případů. Výsledek mutačního statutu KRAS genu, včetně přípravy vzorku, byl dostupný do,5 hodin. Závěr: CE-IVD diagnostický systém Idylla (Biocartis) je uživatelsky velice jednoduchý a rychlý s minimálními časovými nároky na ruční práci personálu. V naší laboratoři byl tento systém využit zejména v případech požadavku onkologů na rychlou analýzu biomarkerů a v případech analýz méně kvalitních, problematických vzorků. 6) Využitie droplet digitálnej PCR na sledovanie nádorovej heterogenity v gastrointestinálnych stromálnych nádoroch Jašek K., Grendár M., Szépe P., Plank L.,, Lasabová Z.,3 Martinské centrum pre biomedicínu (BioMed), Jesseniova lekárska fakulta, Univerzita Komenského v Bratislave, Slovenská Republika Ústav patologickej anatómie, Jesseniova lekárska fakulta, Univerzita Komenského v Bratislave, Slovenská Republika 3 Ústav molekulárnej biológie, Jesseniova lekárska fakulta, Univerzita Komenského v Bratislave, Slovenská Republika Úvod: Väčšina gastrointestinálnych stromálnych nádorov (GIST) je charakterizovaná KIT/PDGFRa mutáciami. Avšak približne 0 5 % všetkých diagnostikovaných GISTov nenesie mutáciu v týchto dvoch génov a označujú sa ako wild-type GISTy (WT GISTy). Použitím rôznych molekulárnych metód (dideoxysekvenovanie, alelovo-špecifická PCR) bola v 3 6 % prípadov WT GISTov popísaná V600E mutácia BRAF génu, ktorá predstavuje alternatívnu molekulárnu dráhu v skorých štádiách tumorigenézy WT GISTov. Cieľom tejto štúdie bolo potvrdiť a kvantifikovať BRAF V600E mutácie použitím senzitívnej droplet digitálnej PCR (ddpcr) v GISToch, v ktorých bola predtým identifikovaná V600E mutácia pomocou Sangerovho sekvenovania a nami implementovanej alelovo-špecifickej PCR. Materiál a metódy: Formalínom fixované parafínové tkanivové rezy (FFPE) boli získané v rokoch z Národného registra GISTov. Alelovošpecifickou PCR (AS-PCR) bolo identifikovaných 9 BRAF pozitívnych GISTov. Ako pozitívnu kontrolu a na nastavenie analytickej senzitivity sme použili DNA izolovanú z RKO bunkovej línie, ktorá nesie BRAF V600E mutáciu. Konfirmácia BRAF V600E mutácie prebiehala v reakčnom objeme 0 μl ddpcr Mut Assay BRAF na QX00 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad). Analytická senzitivita bola hodnotená pomocou R knižnice chemcal pomocou kalibračnej regresnej krivky. Výsledky a diskusia: Analytická citlivosť ddpcr bola hodnotená v postupnom riedení mutovanej kontrolnej DNA (od 70 ng do 0,0007 ng) na pozadí 70 ng wild-type DNA. Mutáciu bolo možné detegovať pri 0,0007 ng s frakčnou abundanciou 0,0047 %. Limit detekcie (LoD) bol 3,493 kópií/μl, čo predstavuje senzitivitu 0,06 %. Extrapoláciou senzitivity na 00 ng vstupnej DNA sme boli schopní detegovať V600E mutáciu vo všetkých V600E pozitívnych vzorkách identifikovaných pomocou AS-PCR s frakčnou abundanciou medzi,9 % až 0,06 %. Podarilo sa nám dosiahnuť veľmi vysokú analytickú citlivosť na štúdium heterogenity gastrointestinálnych stromálnych nádorov. Implementáciu tejto metódy na klinické vzorky je potrebné zvážiť za účelom získania viac informácií o mutáciách pri cielenej terapii. Záver: Výsledky našej štúdie ukazujú, že identifikácia BRAF V600E mutácie použitím veľmi citlivej ddpcr má potenciálny význam pri identifikácii pa- 3 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

33 cientov, ktorí by mohli profitovať z terapie GISTov na inej molekulárnej úrovni, z liečby pomocou inhibítorov génu BRAF. Kľúčové slová: heterogenita nádorov, gastrointestinálne stromálne nádory, droplet digitálna PCR Projekt bol podporený Martinským centrom pre Biomedicínu (ITMS 60087) a grantom APVV ) Modulation of cytochrome c level in cancer cells undergoing apoptosis and related mechanisms Krkoška M.,, Lauková J.,, Vondálová Blanářová O., Nekvindová J. 3, Skender B., Tylichová Z.,., Hofmanová J.,, Kozubík A.,, Hyršlová Vaculová A. Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, v.v.i., Brno, Czech Republic; correspondence to: vaculova@ibp.cz Department of Animal Physiology and Immunology, Institute of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic 3 Institute of Clinical Biochemistry and Diagnostics, University Hospital Hradec Kralove, Czech Republic Cytochrome c is an interesting molecule with dual contradictory role in regulation of the cell survival and death. Its vital functions at the mitochondria are closely associated with essential metabolic pathways in the cell, while its mitochondrial release and subsequent involvement in caspase activation are well known events in the promotion of intrinsic apoptotic pathway. Effective modulation of cytochrome c level, release and function might therefore have a serious consequences for the final cell fate and triggering/execution of the cell death signaling. We investigated an impact of the manipulations of cytochrome c level on cell death, the molecular mechanisms involved, and the functional consequences, following the stimulation of mitochondrial apoptotic pathway in human colon cancer cells. A docosahexaenoic acid (DHA) was used as a model inductor, known to trigger production of reactive oxygen species (ROS) and stimulate numerous mitochondrial cell death-related events. We demonstrated that upregulation of cytochrome c occurred posttranscriptionally, at the level of protein, correlated with the rate of apoptosis, and at least partially depended on caspase activity or ROS as both z-vad-fmk (a pan-caspase inhibitor) or N-acetylcysteine (ROS inhibitor), respectively, reduced the cytochrome c upregulation in DHA-treated cells. The molecular mechanism behind these effects will be presented within our contribution. This work was supported by the Czech Science Foundation ( S), European Regional Development Fund HistoPARK (CZ..07/.3.00/ 0.085), and AZV CR ( A). 8) Global DNA Methylation Status of Multiple Myeloma Patients Compared with DNA Methyltransferase Expression Lužná P., Látalová P., Směšný Trtková K., Minařík J., Kolář Z. Department of Clinical and Molecular Pathology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University and University Hospital Olomouc Department of Hemato-Oncology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University and University Hospital Olomouc Objective: Pathogenesis of monoclonal gammopathies is affected by expression of DNA methyltransferases DNMT, DNMT3a and DNMT3b. Therefore our study was focused on the determination of expression of mentioned genes. The results for each patient were compared to patient s global methylation status. Methods: RNA and DNA were isolated from unsorted cell population of bone marrow aspirates (30 patients) with multiple myeloma (MM) or monoclonal gammopathy of undetermined significance. The cdna, obtained by reverse transcription of RNA, was used for expression analysis JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 33

34 of DNMT, DNMT3a and DNMT3b by the real-time PCR method. Normal DNA was used for global methylation status analysis by MethylFlash TM DNA quantification kit. Results: In the group of 30 patients examined, the amount of methylated DNA varied between %. This value does not differ very much from the physiological condition (5-methylcytosine constitutes app..5 % of human genomic DNA). However our results refer to the fact, that increased DNMT3a and/or DNMT3b expressions correspond with higher percentage of methylated DNA in some individual cases. Conclusions: The results of our pilot study indicate positive correlation between expression levels of DNMT3a and/or DNMT3b and the levels of de novo methylation in the global methylation status. Study of more cases could bring useful information with the respect to the activity of MM. Supported by IGA MZ CR NT4393 and LF_05_008. 9) Exprese proangiogenních faktorů v primárních nádorech ovarií Mrkvicová A.,, Nekvindová J., Laco J., Palička V.,, Sedláková I. Fakultní nemocnice Hradec Králové Univerzita Karlova, Lékařská fakulta v Hradci Králové Nádory vaječníků a vejcovodů představují asi 5 % všech zhoubných novotvarů u žen. Karcinom ovaria se řadí mezi nejzhoubnější gynekologické nádory s nejvyšší úmrtností, pětiletý interval přežití se zde pohybuje mezi 5 35 %. Z důvodu asymptomatického průběhu v počátcích onemocnění je většina nádorů ovaria diagnostikována v pokročilých stadiích. Léčba karcinomu ovaria spočívá zejména v primární cytoredukční operaci v kombinaci s adjuvantní chemoterapií na bázi platiny a paklitaxelu. I přes vysokou léčebnou odpověď dochází k relapsu nemoci, rozvoji chemorezistence a úmrtí, proto jsou hledány nové léčebné prostředky. Vzhledem k významu angiogeneze pro růst nádorové léze ovariálního karcinomu se v současnosti jeví jako nejperspektivněji látky blokující angiogenezi. Nejlépe prostudovaným lékem s antiangiogenními účinky je bevacizumab (Avastin), rekombinantní humanizovaná monoklonální protilátka proti růstovému faktoru cévního endotelu (VEGF), který podporuje migraci a mitogenezi endotelových buněk a také zvyšuje permeabilitu novotvořených cév. U karcinomu vaječníků je prokázána jak vysoká vaskularizace, tak i výrazná exprese VEGF. Bevacizumab vazbou na VEGF zabraňuje jeho navázání na receptor v endotelu cév. Expresi VEGF podporuje transformující růstový faktor TGFa. Zatímco VEGF je dobrým prognostickým markerem, jeho exprese negativně koreluje s přežitím pacientek s ovariálním karcinomem, interpretace exprese ostatních proangiogenním markerů je problematická. V naší studii jsme analyzovali expresi proangiogenních faktorů (TGFa, VEGF, TGFb, FGF-, endoglinu) u pacientek s nově diagnostikovaným primárním karcinomem ovaria a pacientek s benigními nádory ovarií. Histologická diagnóza byla potvrzena peroperační biopsií, vzorky tkáně pro molekulárně biologickou analýzu byly odebrány přímo ze zmrazovacího mikrotomu do fixativa. Pomocí qpcr byla kvantifikována mrna jmenovaných proangiogenních faktorů u 7 pacientek s karcinomem ovaria, 6 pacientek s benigním nádorem a 8 žen bez onkologické diagnózy. Výsledky potvrdily zvýšenou expresi VEGFa v nádorové tkáni v porovnání s benigními nádory i se zdravou tkání. Obdobně tomu bylo i u TGFa. Neprokázali jsme změny exprese TGFb ani endoglinu. V případě FGF- jsme prokázali překvapivě nižší expresi v nádorové tkáni v porovnání se zdravými vaječníky nebo benigními nádory. Výsledky naší studie poukazují na souvislost mezi expresí TGFa a VEGF a potvrzují jejich prognostickou hodnotu. Začlenění hodnocení exprese ostatních angiogenních markerů se zdá být problematické. Práce byla podpořena MZ ČR RVO (FNHK, ). 34 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

35 0) Exprese enzymů II. fáze biotransformace je v primárních jaterních nádorech významně alterována Nekvindová J., Mrkvicová A.,, Souček P. 3, Anzenbacher P. 4, Hrochová K., Slabý O. 5, Kiss I. 5, Palička V., Fakultní nemocnice Hradec Králové Univerzita Karlova, Lékařská fakulta v Hradci Králové 3 Státní zdravotní ústav, Praha 4 Lékařská fakulta Univerzity Palackého v Olomouci 5 Masarykův onkologický ústav, Brno Primární nádory jater, zejména hepatocelulární karcinom (HCC), patří i přes nízkou incidenci ve vyspělých zemích k celosvětově nejčastějším typům rakoviny, u mužů jsou v žebříčku prevalence na 5. místě, u žen na sedmém. V etiologii se uplatňují zejména virové hepatitidy, cirhóza, nealkoholická steatotická hepatitida (NASH) či postižení hemochromatózou. Přibližně 750 tisíc pacientů každý rok umírá, díky čemuž je tato diagnóza také na druhé pozici žebříčku úmrtnosti na nádorová onemocnění (statistika WHO za rok 0). V České republice je incidence nízká, přibližně 0 případů na obyvatel, avšak dlouhodobě narůstá. Pětileté přežití se pohybuje okolo 5 0 %. Chirurgická léčba (resekce) může být indikována jen u 0 až 30 procent nemocných, většina pacientů umírá na selhání jaterních funkcí. Játra jsou hlavním orgánem metabolismu cizorodých látek včetně léčiv. Maligní procesy způsobují dysregulaci exprese mnoha významných genů. Předpokládáme (a dle pilotních dat v jiné oblasti pozorujeme), že exprese metabolických enzymů je v jaterních nádorech významně snížena oproti nenádorové tkáni, což by u rozsáhlejších nádorů mohlo způsobit nestandardní odpověď pacientů na (běžnou) farmakoterapii. V této práci byla analyzována exprese nejvýznamnějších enzymů II. fáze biotransformace léčiv: UDP-glukuronyltransferáz (UGT), sulfotransferáz (SULT), N-acetyltransferáz (NAT) a glutathion-s-transferáz (GST). Izolace RNA z nádorových a párových nenádorových vzorků jaterní tkáně od 4 pacientů (archivní vzorky z biobanky MOÚ Brno) byla provedena standardní metodou s pomocí Trizolu. Stanovení exprese genů na úrovni mrna bylo provedeno kvantitativní polymerázovou řetězovou reakcí (qpcr). Byly analyzovány hladiny mrna genů GSTA, GSTA, GSTM, GSTT, NAT, NAT, SULTA/A, SULTA, SULTE, SULTA, UGTA, UGTA4, UGTA9 (metabolizuje sorafenib), UGTA0 a referenčních genů GAPDH a 8S rrna. Výsledky ukázaly významné snížení exprese těchto enzymů ve vzorcích jaterních nádorů oproti okolní nenádorové tkáni a odpovídají našim předchozím poznatkům, že nádorem postižená jaterní tkáň, především u nízce diferencovaných (histologický grade III-IV) karcinomů, prakticky ztrácí schopnost metabolizovat významnou část léčiv, což by u pacientů s rozsáhlým postižením jater mělo být uvažováno při indikaci farmakoterapie a prevenci toxicity léčiv. Práce byla podpořena MZ ČR RVO (FNHK, ). ) Rekurentní sinonazální Schneiderian papilom s maligní transformací kazuistika Ondruššek R.,, Žiak. D.,,Uvírová M., Dvořáčková J.,, Ústav patologie FN Poruba, Ostrava CGB laboratoř a.s., Vitkovice-Ostrava Sinonazální Schneiderian papilom je neobyčejný benigní epitelialní tumor rostoucí ze schneiderianské sliznice, s převahou incidence u mužů s průměrným věkem výskytu 53 let. Dle histomorfologického obrazu se dělí na 3 typy invertovaný, onkocytární, exofytický. Nádory mají tendenci k rekurenci. Možnost vzniku maligní transformace je vzácná. Frekvence transformace se v literatuře udává v rozmezí 7 %, dle některých autorů u velkých souborů prakticky však jen %. Prediktivní rizikové faktory, které mohou vést k maligní přeměně papilomu, nejsou dobře definované. Rizikovejší papi- JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 35

36 lomy mohou být asociovány s expresí p53, a nebo s mutací genu p53 a s absencí exprese CD44. Prezentujeme případ metachronního výskytu nízce diferencovaného skvamocelularního karcinomu u 5letého pacienta s rekurujícím invertovaným Schneiderianským papilomem pravé maxilární a nazální dutiny, po 5 letech s metastázovým postižením krčních uzlin s ctncm0. ) Potenciální biomarkery pro prognózu a predikci léčebné odpovědi u pacientů s nemalobuněčným karcinomem plic Potočková J., Trojanec R., Drábek J., Stránská J., Vrbková J., Grygárková I., Kolek V., Koudeláková V., Šporiková Z., Mlčochová S., Hajdúch M. Laboratoř experimentální medicíny, Ústav molekulární a translační medicíny, Lékařská fakulta a zubní lékařství, Univerzita Palackého, Olomouc, Česká republika Oddělení plicních nemocí a tuberkulózy, Fakultní nemocnice v Olomouci, Olomouc, Česká republika Úvod: Termínem rakovina plic (nebo též bronchogenní karcinom) se označují nádory průdušek a plic vznikající v plicní tkáni. Celosvětově patří rakovina plic mezi jednu z nejčastějších příčin úmrtí u mužů i žen s kreditem více než,38 milionu úmrtí ročně. Je proto nezbytné identifikovat nové biomarkery, které by mohly souviset s predikcí léčebné odpovědi u pacientů s rakovinou plic, a také pomáhaly v prognóze tohoto onemocnění. Hlavními typy rakoviny plic jsou nemalobuněčný karcinom plic a malobuněčný typ. Toto rozlišení je významné zejména kvůli odlišnému přístupu k jejich léčbě. Zatímco u nemalobuněčného karcinomu plic (NSCLC) je častěji přistupováno k léčbě chirurgické z důvodu jeho pomalejšího růstu (za předpokladu, se nádor ještě nevytvořil metastatická ložiska), u malobuněčného karcinomu plic (SCLC) má lepší odezvu léčba chemoterapeutická v kombinaci s radioterapií. Cíle práce: V naší práci jsme se zaměřili na studium vybraných molekulárně-genetických markerů (status genů EGFR, C-MYC, FGFR, C-MET, přítomnost přestaveb v ALK a ROS genech, a počet kopií chromozomů 7 a 8) pro objasnění jejich prognostického a prediktivního významu. Materiál a metody: Do studie bylo zahrnuto 8 pacientů s nemalobuněčným karcinomem plic léčených chirurgicky (70/8) nebo v adjuvantním režimu sestávajícím převážně z derivátů platiny v kombinaci s vinorelbinem (58/8). Jako biologický materiál byly použity parafinové řezy (FFPE). S využitím metody fluorescenční in situ hybridizace (FISH) byl stanoven status vybraných molekulárně genetických markerů. Současně byl metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qpcr) vyšetřen mutační status v genech K-RAS a B-RAF. Výsledky: Byla provedena statistická analýza klinických a laboratorních dat, z níž vyplynulo mnoho očekávaných signifikantních korelací (např. stádium versus celkové přežití (OS), cenzorované přežití (DFS), celkové bezpříznakové přežití (CSS); C-MYC versus CEP8 atd.). Z hlediska histologie, procentuální zastoupení žen bylo vyšší v kategorii adenokarcinomů (48/56 u adenokarcinomů vs. 7/94 u nonadenokarcinomů, p-value=0.00), rovněž pacienti s adenokarcinomy byli mladší (medián 65 let, n=04/5, p-value 0.03 vs. medián 67 let, n=/5, p-value=0.03). Ze statistiky rovněž vyplývá, že buňky s určitou změnou tíhnou k polysomii např. korelace mezi chromozomy 7 a 8. V těchto případech je zvýšení počtu kopií jednoho genu/ chromozomu doprovázeno změnou jiného/jiných genů/chromozomů. Dále byl hodnocen vliv vybraných markerů na přežití pacientů. Významnými, statisticky signifikantními markery z hlediska OS (příp. DFS či CSS), je přítomnost přestaveb v ROS genu a počet kopií chromozomu 8. Zvláštní kategorii pacientů představují pacienti charakterizovaní přítomností nejméně monosomie a nejméně polysomie současně sledovaných chromozomů, 6, 7 a 8. Bližší výsledky budou prezentovány formou posterového sdělení. 36 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

37 Tato práce byla podpořena grantovými projekty: IGA UP LF 05 0, IGA MZ ČR NT/3569 a TE ) TGF-β family signalling regulates mammary (cancer) stem cell plasticity via Sca- Remšík J.,,3, Binó L.,, Pernicová Z.,, Fedr R.,, Kozubík A.,3, Souček K.,,3 Center of Biomolecular and Cellular Engineering, International Clinical Research Center, St. Anne s University Hospital Brno, Brno, Czech Republic Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno, Czech Republic; 3 Department of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic Plasticity of mammary epithelial cancer cells, characterised by dynamic and reversible transitions between different phenotypes of cancer cells, is a common cause of malignant cancer progression. These events together with clonal selection are driven by various factors, e.g. immune system and microenvironment, and are responsible for metastasis formation. Expression of Sca(Stem cell antigen)- is associated with murine stem cell- and progenitor enriched subpopulations and also has been linked to the capacity of tumor-initiating cells. Sca-+ mammary epithelial cells are able to reconstitute cleared fat pad and give rise to both alveolar and ductal structures. Despite these associations, functional role of this GPI-anchored surface protein and another related members of LY6 family in these processes remains largely unknown. To reveal the role of Sca- in mammary (cancer) stem cell plasticity, we analysed TGF-β signalling in several model cell lines and found out the negative feedback loop between TGF-β signalling and Sca-. Interestingly, Sca- acts as a negative surface regulator of TGF-β and is also repressed by TGF-β signalling pathway. In summary we propose that regulation of stemness and cancer-associated plasticity is tightly related and under context-dependent control of TGF-β family signalling. This work was supported by grants AZV ČR 5 868A & A, GAČR5 707S and by European Regional Development Fund Project FNUSA-ICRC (No. CZ..05/..00/0.03) and by European Union project ICRC-ERA-HumanBridge (No ). 4) Lipidome in epithelial colon cancer cells Straková N.,, Hofmanová J.,3, Levková M. 4, Slavík J.,5, Ciganek M.,5, Ovesná P.,6, Zapletal O., Skalický P. 7, Hušková Z. 4, Bouchal J. 4, Ehrmann J. 4, Kolář Z. 4, Souček K.,, Vondráček J.,3, Machala M. 5, Kozubík A.,3 Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics, The Czech Academy of Sciences, v.v.i., Brno, Czech Republic International Clinic Research Center, St. Anne s University Hospital Brno, Brno, Czech Republic 3 Department of Animal Physiology and Immunology, Institute of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic 4 Department of Clinical and Molecular Pathology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Olomouc, Olomouc, Czech Republic 5 Veterinary Research Institute, v.v.i., Brno, Czech Republic 6 Institute of Biostatistics and Analyses, Masaryk University, Brno, Czech Republic 7 Department of Surgery I, Unversity Hospital Olomouc, Olomouc, Czech Republic Alterations of lipid metabolism and lipid-mediated signaling pathways contribute to various human diseases, including metabolic, immune and central nervous system disorders, as well as cancer. Tumors undergo metabolic reprogramming driven by successive oncogenic events and by the constraints imposed by the tumor microenvironment. The main adaptive events in tumor metabolism are changes in glucose uptake and glycolysis utilization leading to increased lactate production. Dysregulation of lipid metabolism and function JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 37

38 contributes also to the development of colorectal cancer (CRC). Altered lipid profile and metabolism accompany colon adenoma-carcinoma sequence, contribute to tumor heterogeneity and influence cellular response to therapy. Lipidome represents the sum of various types of lipids, related enzymes, receptors and signaling pathways, and it plays crucial roles in multiple cellular processes, such as regulation of metabolism, energy storage, proliferation and apoptosis. Highly proliferative cancer cells show a strong lipid and cholesterol requirement, which they satisfy by either increasing uptake of exogenous lipids and lipoproteins or by enhancing endogenous synthesis. Several pilot studies suggested differences in specific fatty acid (FA) composition between colon cancer and the surrounding non-tumorigenic tissue, as well as abnormalities in plasma and erythrocyte lipid and FA profiles in CRC patients. However, the association of specific types of lipids with CRC stages is unclear. We hypothesized that some lipid parameters could be used for CRC diagnosis and prognosis. Cell lines derived from various stages of colon cancer development serve as useful models for investigation of molecular alterations and their association with changes of cell behaviour. Here, we compared composition of various lipid classes and FA in five human epithelial colon cell lines using LC/MS/MS and GC/MS. We evaluated lipidomic data according to both quantitative and qualitative parameters. These approaches will be then employed for analyses of epithelial cells isolated from tumor and adjacent non-tumor tissue of CRC patients and examination of correlations between composition of individual lipids and other tumor characteristics. Supported by the projects no. AZV A of the Agency of Health Research of the Czech Republic, No S of the Czech Science Foundation, no. LQ605 from the National Program of Sustainability II (MEYS CR), the project FNUSA- ICRC no. CZ..05/..00/0.03 (OP VaVpI) and ICRC- ERA-Human Bridge REGPOT ) Genomická analýza rekurentního glioblastomu (genomic analysis of recurrent glioblastoma) Šporiková Z., Megová M., Štaffová K., Srovnal J., Rabčanová M., Potočková J., Vrbková J., Drábek J., Trojanec R., Tučková L., Hajdúch M. Ústav molekulární a translační medicíny, Lékařská fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, Olomouc Laboratoř molekulární patologie, Lékařská fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, Olomouc SporikovaZ@gmail.com Klíčová slova: glioblastom multiforme, OncoScan, genomová analýza, FFPE, temozolomid. Úvodní souhrn: Pacienti s glioblastomem multiforme (GBM) mají jednu z nejhorších prognóz napříč všemi nádory, průměrná doba přežití je odhadována na,6 měsíce a míra přežití 90 % těchto pacientů je 5 let. Pro toto nádorové onemocnění je typická neobvyklá progrese nádoru a doposud není známa molekulárně cytogenetická podstata této nemoci. V průběhu posledních několika let byly díky objevu nových biomarkerů zodpovězeny některé otázky týkající se gliomageneze a ty dnes slouží jako prediktivní a prognostické markery. Současná literatura popisuje vliv změny počtu kopií, které pomáhají zpřesnit prognózu a predikci nádorových onemocnění. Vzhledem ke komplexnosti GBM byla vybrána celogenomová platforma pro odhalení aberací v počtu jednotlivých chromozomů. OncoScan FFPE AssayKit (Affymetrix) je optimalizován na celogenomový skríning počtu kopií, ztráty heterozygotnosti a detekci somatických mutací u vysoce degradovaných FFPE (formalínem fixovaných a do parafínu zalitých) vzorků. Tato platforma je založena na technologii molecular inversion próby a čip obsahuje sondy o délce pouze 40 bp, což umožňuje skríning vysoce degradované DNA. Další výhodou je nízká celková koncentrace DNA použitá do reakce (uvedeno 80 ng na reakci, ale postačí i 33 ng). Komparativní celogenomová analýza je provedena u 7 párových vzorků primárního a rekurentního GBM. Pacienti zahrnutí do této 38 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

39 studie splňovali kritéria léčby temozolomidem po dobu minimálně 40 dní a 54 Gy. Materiál/metodika: Čipová technologie OncoScan byla použita pro analýzu 7 párových vzorků pacientů trpících GBM. Tyto párové FFPE (formalínem fixované a zalité do parafínu) vzorky byly vyizolovány pomocí QIAmp DNA FFPE Tissue Kitu (Qiagen) a následovala třídenní procedura podle manuálu přiloženého u OncoScan Kitu. Získané cell files byly použity pro tvorbu heatmap. Výsledky a závěr: Získané CEL files byly statisticky zpracovány a výsledné heatmapy budou prezentovány a okomentovány v posteru. Tato práce vznikla za podpory grantů NT 358; TE ; IGA UP LF 05 0; CZ..05/..00/ ) Zavedenie mikrofluidnej čipovej elektroforézy za účelom detekcie B-bunkovej klonality Vážan M.,, Kašubová I.,, Vaňochová A.,, Lukáč P.,4, Plank L., Lasabová Z., Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova Lekárska Fakulta v Martine Martinské centrum pre biomedicínu BioMed Martin, Divízia Onkológie, Ústav molekulovej biológie, 3 Ústav patologickej anatómie, 4 Gynekologicko-pôrodnícka klinika Úvod: Klonálna populácia buniek predstavuje tie bunky, ktoré vznikli mitotickým delením jednej somatickej bunky s rovnakou prestavbou imunoglobulínových génov, čo vedie k vzniku DNA markerov pre každú jednotlivú lymfoidnú bunku a pre jej progény. Tento proces nám umožňuje študovať klonalitu v rôznych B-bunkových malignitách využívajúcich multiplexnú PCR. BIOMED- protokol bol implementovaný na detekciu klonalít pri lymfoproliferatívnych ochoreniach, pričom využíva multiplexnú PCR, ktorá je následne analyzovaná heteroduplexnou analýzou (HDA) za použitia polyakrylamidovej gélovej elektroforézy (PAGE). S príchodom miniaturizácie a automatizácie molekulárno-biologických metód boli vyvinuté tzv. lab-on-chip technológie, ktoré boli schopné čiastočne nahradiť konvenčné postupy. My sme testovali zariadenie pre mikrofluidné čipy, ktoré sa využíva na analýzu B-bunkovej klonality za pomoci využitia PCR reakcie, navrhnutej pre tri subregióny, nazývané tiež aj frejmworky (FR), génov pre ťažké reťazce imunoglobulínov (IGH). Materiál a metódy: Pre zavedenie a porovnanie oboch metód sme analyzovali tri neznáme B-CLL vzorky. Ako pozitívnu vzorku sme použili jednu formalínom fixovanú a do parafínu zaliatu (FFPE) vzorku z B-CLL lymfatických uzlín. DNA bola extrahovaná z FFPE mikrosekčných rezov a bola použitá multiplexná PCR pre amplifikáciu IGH génových segmentov. Potom po PCR bola vykonaná HDA a DNA fragmenty boli rovnako hodnotené pomocou PAGE ako aj pomocou mikrofluidnej čipovej elektroforézy. Tieto výsledky boli spolu porovnávané. Výsledky: Použitím HDA a následnej PAGE sme boli schopní potvrdiť klonalitu pozitívnej kontroly a testovaných vzoriek. Rovnaké výsledky boli získané na prístroji Agilent 00 Bioanalyzer. Metóda mikrofluidnej čipovej elektroforézy bola presvedčivá vo všetkých testovaných vzorkách. Diskusia a záver: Implementácia mikrofluidnej čipovej elektroforézy na detekciu B-bunkovej klonality pomocou protokolu BIOMED- na zariadení Agilent 00 Bioanalyzer bola úspešná a priniesla rovnaké výsledky ako HDA PAGE. Okrem toho, čipový elektroforetický systém je rýchlejší na prípravu a menej náročný ako konvenčná HDA PAGE metóda. Kľúčové slová: HDA-PAGE, mikrofluidná čipová elektroforéza, BIOMED- protokol, B-bunková klonalita JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 39

40 7) Cisplatin or LA--mediated stimulation of TRAIL-induced apoptosis in human prostate cancer cells involves Bax/Bak-dependent mitochondria activation Vondálová Blanářová O., Lauková J.,, Šafaříková B.,, Krkoška M.,, Tománková S., Pernicová Z.,3, Souček K.,,3, Bouchal J. 4, Kharaishvili G. 4, Král M. 5, Sova P. 6, Hofmanová J.,, Kozubík A.,, Hyršlová Vaculová A., * Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, v.v.i., Brno, Czech Republic Department of Animal Physiology and Immunology, Institute of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic 3 Center of Biomolecular and Cellular Engineering, International Clinical Research Center, St. Anne s University Hospital Brno, Brno, Czech Republic 4 Laboratory of Molecular Pathology and Institute of Molecular and Translational Medicine, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Olomouc, Olomouc, Czech Republic 5 Department of Urology, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University Olomouc, Olomouc, Czech Republic 6 Platinum Pharmaceuticals, a.s., Brno, Czech Republic *correspondence to: vaculova@ibp.cz TRAIL (tumor necrosis factor-related apoptosis inducing ligand) is a cytokine with promising anticancer potential, known for a high level of molecular specificity to trigger apoptosis in many cancer but not normal cells. However, in some cancer cell types, therapeutic relevance of TRAIL is hampered due to their resistance to its proapoptotic effects. We showed that pretreatment with platinum complexes cisplatin or recently introduced LA- significantly enhanced the cell death induced by TRAIL in various human prostate cancer cell lines. Importantly, stimulation of TRAIL-induced apoptosis mediated by combination with cisplatin/la- was also successfully demonstrated in cancer cells derived from prostate tumor biopsy specimens obtained from human patients. We further focused on the investigation of the role of mitochondria and mitochondria-related Bcl- family proteins in potentiation of apoptosis induced by platinum complexes in TRAIL-exposed prostate cancer cells. We observed that LA-- or cisplatin-mediated enhancement of TRAIL-induced apoptosis was accompanied by boosted Bid cleavage, decrease in mitochondrial membrane potential (MMP), and increased caspase-9 activation. These events indicated a possible role of the intrinsic (mitochondrial) apoptotic pathway in the cytotoxic effects of the drug combination, which was further confirmed under the chemical inhibition (z-lehd-fmk) of caspase-9. Furthermore, sirna-mediated downregulation of Bak in Bax-deficient DU-45 prostate cancer cells not only prevented activation of mitochondria and caspase-9 but finally hampered the cooperative cytotoxic effects of the drug combination. The molecular mechanism behind these effects will be presented within our contribution. Our results indicate that anticancer strategies employing tumor-specific TRAIL combined with platinum drugs to enhance its efficacy can contribute to more successful management of cancer compared to those based on the individual application of the drugs. This work was supported by the grant No S from the Czech Science Foundation, HistoPARK (CZ..07/.3.00/ 0.085), and FNUSA- ICRC, project No.CZ..05/..00/0.03 from the European Regional Development Fund. 8) Products of gut microflora modulate genotoxicity of polycyclic aromatic hydrocarbons in colon cancer cell models Zapletal O.,, Tylichová Z.,, Neča J. 3, Kohoutek J. 3, Machala M. 3, Milcová A. 4, Topinka J. 4, Hofmanová J.,, Kozubík A., and Vondráček J., Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics AS CR, Brno, Czech Republic; Department of Experimental Biology, Masaryk University, Brno, Czech Republic; 40 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

41 3 Department of Chemistry and Toxicology, Veterinary Research Institute, Brno, Czech Republic; 4 Department of Genetic Ecotoxicology, Institute of Experimental Medicine AS CR, Prague, Czech Republic The colon cancer is one of the most prevalent forms of cancer in the Western world. In the colorectal carcinoma (CRC) not only genetic but also environmental factors play a major role in development of the disease. The short-chain fatty acids that are produced from diet by gut microflora, such as butyrate, serve as a source of energy for gut enterocytes, and they may modulate behavior of colon adenoma/carcinoma cells through altering cell metabolism, cell differentiation and/or programmed cell death. Butyrate can act as an inhibitor of histone deacetylases (HDACs), which may alter both chromatin structure and gene expression. Benzo[a] pyrene (BaP), classified by the IARC as a group human carcinogen, is currently the best characterized PAH found in processed food. BaP must be bioactivated to become mutagenic and genotoxic, mainly via the action of cytochrome P450 family (CYP) enzymes, which are regulated by the aryl hydrocarbon receptor (AhR). We hypothesized that NaBt could alter metabolism/toxicity of PAHs through modulation of CYP expression. In human colon cancer cells HCT6, HT-9 and AA/C, NaBt strongly potentiated the AhR ligand-induced expression and activity of CYPA. The up-regulation of CYPA expression/activity correlated with an increased metabolism of BaP and also with formation of covalent DNA adducts by anti-bap-diolepoxide. Our results suggest that the effects of butyrate on CYPA expression and BaP metabolism were due to its impact on histone acetylation, because additional HDAC inhibitors, such as trichostatin A and suberanilohydroxamic acid, exerted similar effects on induction of expression/activity of CYPA and formation of covalent DNA adducts. Butyrate induced acetylation of histones H3 (at Lys4) and H4 (at Lys6), as well as reduced binding of HDAC to the enhancer region of CYPA gene This study suggests that butyrate, through modulation of histone acetylation, may significantly modulate the AhR-dependent induction of CYPA, which may in turn alter genotoxicity of carcinogenic compounds within colon epithelial cells. [Supported by the Czech Science Foundation project no S.] 9) Imunohistochemická analýza exprese proteinu TWIST u maligních melanomů a melanocytárních névů Židlík V.,, Brychtová S. 3, Uvírová M., Šustíková J., Žiak D.,, Hurník P.,, Motyka O. 4, Faistová H., Dvořáčková J., CGB laboratoř a.s., Ostrava FNO Ostrava, Ostrava 3 Ústav klinické a molekulární patologie, Lékařská fakulta Univerzity Palackého Olomouc 4 Vysoká škola báňská Technická univerzita Ostrava, Oddělení anorganické analýzy, Centrum nanotechnologií, Ostrava Transkripční faktor TWIST reguluje geny esenciální pro morfogenezi a hraje roli v procesu buněčné transdiferenciace známé jako epiteliálně mesenchymální přechod (EMT). TWIST je spojován s agresivním chováním tumorů, jejich rezistencí na terapii a zvyšováním metastatického potenciálu. Jeho exprese byla prokázána, kromě jiných tumorů, též u maligního melanomu a je považován za negativní prognostický faktor. Sledovali jsme expresi TWIST u kožních melanocytárních lézí a to nejen v nádorových buňkách, ale i ve stromálních elementech, zejména fibroblastech, a posuzovali jsme jeho expresní status jak v centru nádoru, tak na hranici se zdravou tkání. Materiál a metody: Vyšetřili jsme soubor 83 kožních maligních melanomů a 5 benigních pigmentových névů. Melanomy byly rozděleny dle hloubky invaze koria do čtyř skupin pt (n=35 melanomů), pt (n=7 melanomů), pt3 (n=7 melanomů) a pt4 (n=4 melanomů). Z tkání fixovaných ve formalínu a zalitých do parafínu byly po odparafinování v xylenové lázni, zavodnění a blokování endogenní peroxidázové aktivity krájeny 5 µm silné JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 4

42 tkáňové řezy. Ty dále barveny v barvícím automatu VENTANA inkubací s primární monoklonální myší protilátkou TWIST po dobu 0 min. Vizualizace byla provedena DAB (diaminobenzidin) jako chromogenem. Hustotu TWIST pozitivních jader melanocytů a fibroblastů jsme hodnotili pomocí světelného mikroskopu na ploše mm v tzv. hot spot oblastech, tj. v místě největší hustoty buněk a to jednak v centru léze a dále na její periferii. Výsledky: Zjistili jsme rozdíly v hustotě zastoupení sledovaných TWIST pozitivních buněk jednak mezi jednotlivými stádii melanomu, tak mezi melanomy a benigními névy. Výsledky budou součástí posterové prezentace. Závěr: Naše analýza prokázala zvýšení exprese TWIST zejména ve stromálních elementech na periferii léze u skupiny maligních melanomů a to v závislosti na stádiu pokročilosti onemocnění. Předpokládáme, že TWIST pozitivní buňky na rozhraní nádoru s okolní tkání jsou nejspíše zodpovědné za podporu vertikálního růstu maligního melanomu a podporují jeho progresi. 0) Inhibition of SCFSkp affects characteristics of cancer stem-like cells Šimečková Š.,,3 *, Fedr R., Pernicová Z.,, Slabáková E. 3, Bouchal J. 4, Kharaishvili G. 4, Král M. 5, Kozubík A.,, Souček K.,,3 * Center of Biomolecular and Cellular Engineering, International Clinical Research Center, St. Anne s University Hospital Brno, Brno, Czech Republic Department of Cytokinetics, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno, Czech Republic; 3 Department of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic; 4 Laboratory of Molecular Pathology and Institute of Molecular and Translational Medicine, Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University, Olomouc, Czech Republic 5 Department of Urology, University Hospital, Olomouc, Czech Republic *correspondence to: ksoucek@ibp.cz S-phase kinase-associated protein (Skp) protein is a crucial component of SCFSkp complex that functions as an E3 ubiquitin ligase involved in protein degradation. Skp is essential for regulation of many cellular processes, such as cell cycle, apoptosis, differentiation, chemoresistance and others. Moreover, Skp is often overexpressed in various cancers including prostate cancer. The cancer stem-like cells (CSCs) represent an attractive target for anticancer therapy. However, the role of Skp in CSCs is not well described yet. Therefore, we aimed to investigate the role of Skp in prostate cancer stem-like cells. We hypothesized that inhibition of SCFSkp activity will affect properties of the prostate cancer cells characterized by expression of cancer stem-like cell markers. We found that nuclear (and not cytoplasmic) expression of Skp is increased in prostate cancer cells in patients and correlates with worse prognosis of the patients. We found that pharmacological inhibition of Skp activity affected clonogenic ability of single cells in D condition. Besides that, Skp downregulation diminished spheroid formation ability in anchorage independent growth in 3D and abrogated tumor xenograft growth in vivo. Finally, we elucidated effects of Skp downregulation on expression of CSC markers. We found that expression of CD4 and CD44 surface markers was increased in cells with downregulated Skp. In conclusion, we showed that pharmacological inhibition or downregulation of Skp affect cancer stem-like cells properties of the cells and change their phenotype regarding to expression of CSC markers. This work was supported by grants AZV ČR 5-868A & A, HistoPARK (CZ..07/.3.00/0.085), and by project FNUSA-ICRC (no. CZ..05/..00/0.03) and ICRC-ERA-HumanBridge a.k.a. REGPOT (Grant agreement no ) from the European Regional Development Fund. 4 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

43 NOTES JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 43

44 NOTES 44 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

45 PODĚKOVÁNÍ / THANKS HLAVNÍ PARTNEŘI / MAIN PARTNERS MEDIÁLNÍ PARTNEŘI / MEDIAL PARTNERS JUNE nd 3 rd, 06 / OLOMOUC / THE CZECH REPUBLIC 45

46 PODĚKOVÁNÍ / THANKS PARTNEŘI / PARTNERS 46 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK

47 Laboratorní přístroje pro ABSTRACT LifeScience, BOOK molekulární biologii, mikrobiologii... centrifugy, ultracentrifugy termostaty / CO inkubátory anaerobní a hypoxické boxy chladicí, mrazicí a kryo boxy systémy pro monitoring teploty koncentrátory vzorků, lyofilizátory sterilizátory, autoklávy, myčky pipety a laboratorní plast další drobné laboratorní přístroje biohazardy a laminární boxy bezodtahové digestoře dekontaminační systémy gel - imaging analýza elektroforézy a zdroje mikrodestičkové readery purifikátory DNA/RNA - KingFisher příprava ultračisté vody zařízení pro chov laboratorních zvířat Dodáním přístroje naše péče nekončí... autorizovaný servis poradenství / projektová řešení validace akreditovaná kalibrační laboratoř preventivní služby akreditovaná zkušební laboratoř Arctiko. Bioquell JUNE. CLST. nd Erlab 3 rd,. 06 EuroBioConcept / OLOMOUC. Evermed / THE. HMC CZECH Europe REPUBLIC Labogene. Lancer. Baker Ruskinn. Synbiosis. Syngene. Tecniplast 47

48 The S is for Simplicity The new Ion S5 System. Targeted sequencing has never been simpler. Simple library prep tools, cartridge-based reagents and automated data analysis have reduced DNA-to-data hands-on time to less than 45 minutes. So you ll spend less time doing routine molecular biology, and more time informing time-sensitive decisions. Ion AmpliSeq technology 0ng low-quality DNA sample input for library prep Cartridge-based reagents Less than 5 minutes of sequencing setup time.5 to 4 hours of run time Fastest run time of any benchtop sequencer Watch the Ion S5 System in action at thermofisher.com/ions5 48 PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. 05 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. All trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries unless otherwise specified. CO