JIŘÍ JIRÁT ELSEVIER FREELANCE TRAINER 1
SERVING THE LIFE SCIENCES SPACE ADDRESSING KEY CHALLENGES ACROSS THE R&D VALUE CHAIN Characterize targets & analyze disease pathways Characterize & discover molecules Identify & confirm lead compounds Translate preclinical data in humans (Translational) Monitor drug adverse events & real-world evidence data in literature Drug Candidate Selection Go-No Go Decision Preclinical Data Validation Managing risk Discovery Pre-clinical Clinical Post-launch Broader full-text indexing of biomedical content Text Mining & Data Integration Integrate the world of data & solutions Search full-text, peerreviewed journal articles Largest database for access to abstract & citation data 2
CO OBSAHUJE TYPICKÝ CHEMICKÝ DOKUMENT (PUBLIKACE NEBO PATENT)? Téma, autor Chemické reakce Může být nalezeno fulltextově, ale je těžké najít správný termín Nejde hledat full-textově Lze hledat full-textově, ale nikdo nechce číst celý článek, když ho zajímá jen tato sekce! Experimentální postupy Nejde hledat full-textově Nejde hledat full-textově Nejde hledat full-textově Chemické struktury Spektra Látky a jejich fyzikálně-chemické vlastnosti 3
NÁVRH REAXYSU Chemie jako organizační princip
REAXYS JE TVOŘEN Experimentálními daty z článků a patentů Fyzikální data Spektra Data o bioaktivitě Přírodní produkty Fyzikální data Spektra Data o bioaktivitě Přírodní produkty Reaxys
CHEMIE JAKO ORGANIZAČNÍ PRINCIP Chemical Structures Chemical Syntheses Reaxys zpracovává všechna relevantní data, dokonce z poznámek pod čarou a z textu Physicochemical Properties Pharmacology
REAXYS Katalogizovaný a taxonomizovaný chemiky pro chemiky STRUKTUROVANÝ PRO LEPŠÍ HLEDÁNÍ JINÉ DATABÁZE ESENCIÁLNÍ TITULY BIBLIOGRAFICKÝ PŘÍSTUP NAPŘÍČ ČASEM/LITERATUROU USE-CASE DRIVEN ROZOSTŘENÉ VÝSLEDKY DALŠÍ HLEDÁNÍ NUTNÉ RELEVANTNÍ ODPOVĚDI 50,000,000 VRÁCENÝCH VÝSLEDKŮ 7
REAXYS ZAHRNUJE Patentový Pokrytí literatury: obsah: Anglicky 16 000 psané periodik patenty z hlavních Pokrytí 1771 chemických - současnost zatřídění z patentových úřadů USA, EPO, WIPO
REAXYS ZAHRNUJE Přes 500 miliónů faktů Přes 400+ prohledávatelných datových polí VYSOCE KVALITNÍ experimentální výsledky
CO JE REAXYS 2014? OBSAH: MNOHO DATABÁZÍ V JEDNÉ Bibliografická databáze >46 mil. záznamů (z ~16 000 časopisů plus záznamy z klíčových patentových úřadů) Databáze látek > 78 mil. látek (celkem) ~ 57 mil. látek (unikátních) Reaxys 2014 Databáze chemických reakcí > 36 mil. jedno- a vícekrokových reakcí Databáze vlastností > 500 mil. experimentálních vlastností > 400 polí > 130 tematických oblastí 10
SEARCH Jaké jsou možnosti hledání? Látky Reakce Literatura Vlastnosti Co inteligentní hledání? Truncation Proximity Algoritmická interpretace NLQ HLEDÁNÍ REAXYS: JEDNODUŠŠÍ HLEDÁNÍ, VÍCE INFORMACÍ K OBJEVENÍ Ask Reaxys, rychlé a jednoduché hledání podle tématu Hledání v literatuře Formulář pro hledání reakcí Hledání dat podle vlastností Hledání podle chemických struktur Hledání pomocí chemických identifikátorů Přístup k detailním Biodatům, a specifickým vlastnostem pro MedChem Prohlížení databáze pomocí taxonomie, než pomocí hledání 11
HLEDÁNÍ LÁTEK HLEDÁNÍ STRUKTUR, NÁZVŮ NEBO VZORCŮ PLNÝCH, NEBO I ČÁSTEČNÝCH STRUKTURA CHEMICKÝ NÁZEV VZOREC Formula Builder: snadný způsob, jak najít sloučeninu pomocí periodické tabulky As Drawn Substructure Similarity Chemical Name Part of Chemical Name Našeptavač Reaxysu Formula Part of Formula Nápověda Reaxysu 12
HLEDÁNÍ REAKCÍ HLEDÁNÍ PODLE STRUKTUR, DAT, NEBO TYPU STRUKTURA DATA TYP Mapování atomů Tvorba/zánik vazby Hledání reakcí podle struktury Hledání reakcí podle reakčních podmínek Hledání reakcí podle typu nebo jména 13
SEARCH LITERATURE CÍL: OBSAH LÉPE A SNADNĚJI VYHLEDATELNÝ Ask Reaxys Reaxys Tree Možnost kontroly Ask Reaxys zprostředkovává novou uživatelskou zkušenost z textového hledání: lepší vyhledatelnost obsahu,odpovědi okamžitě dostupné ReaxysTree umožňuje uživateli brouzdat databázi pomocí taxonomie: zvyšuje přesnost hledání a a úplnost odpovědí Můžete hledat také pomocí truncation/proximity jako v jiných rozhraních Inteligentní interpretace Procházení taxonomie Možnost použití dotazu truncation/proximity 14
HLEDÁNÍ VLASTNOSTÍ >500 MIL. EXPERIMENTÁLNÍCH VLASTNOSTÍ, >400 POLÍ, >130 TEMATICKÝCH OBLASTÍ PŘEDNASTAVENÉ VYTVOŘTE SI VLASTNÍ MedChem VLASTNOSTI OBSAH POLE snadné nastavit snadné hledat 15
REAXYS 2014 PŘÍPRAVA LÁTKY 17
AUTOPLAN: AUTOMATIZUJE PROCES PRO SESTAVENÍ SYNTÉZNÍCH POSTUPŮ 18
REPORTY: POSBÍRÁNÍ A PŘÍPRAVA INFORMACÍ 19
JIŘÍ JIRÁT ELSEVIER FREELANCE TRANIER 20