List 1 z 24 Pracoviště zdravotnické laboratoře: 1. Národní referenční laboratoř pro HIV/AIDS (NRL/HIV/AIDS) 2. Národní referenční laboratoř pro antibiotika (NRL/ATB) 5. Národní referenční laboratoř pro mykobakterie (NRL/M) 6. Národní referenční laboratoř pro lymeskou borreliozu (NRL/LB) 7. Národní referenční laboratoř pro virové hepatitidy (NRL/VH) 8. Národní referenční laboratoř pro meningokokové nákazy (NRL/MEN) 9. Národní referenční laboratoř pro hemofilové nákazy (NRL/HEM) 10. Národní referenční laboratoř pro streptokokové nákazy (NRL/STR) 11. Národní referenční laboratoř pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění (NRL/CH a NCH) 12. Národní referenční laboratoř pro diagnostiku syfilis (NRL/SYF) 13. Národní referenční laboratoř pro průkaz agens elektronovou mikroskopií (NRL/ELM) 14. Národní referenční laboratoř pro enteroviry (NRL/ENT) 15. Národní referenční laboratoř pro herpetické viry (NRL/HV) 16. Národní referenční laboratoř pro zarděnky, spalničky, parotitidu a parvovirus B19 (NRL/ZSP)
List 2 z 24 17. Národní referenční laboratoř pro chlamydie (NRL/CHLA) 18. Národní referenční laboratoř pro leptospiry (NRL/LEPT) 19. Národní referenční laboratoř pro toxoplasmosu (NRL/TOX). 21. Národní referenční laboratoř pro stafylokoky (NRL/ST) 22. Národní referenční laboratoř pro salmonely (NRL/SA) 23. Národní referenční laboratoř pro E.coli a shigely (NRL/ECS) 24. Národní referenční laboratoř pro pertusi a difterii (NRL/DIPE)
List 3 z 24 1. Národní referenční laboratoř pro HIV/AIDS (NRL/HIV/AIDS) 1.1 Současné stanovení protilátek SOP-NRL/AIDS-03 Lidské sérum, plazma HIV-1/2 a HIV-1 p24 antigenu metodou EIA 1.2 Současné stanovení protilátek SOP-NRL/AIDS-05 Lidské sérum, plazma HIV-1/2 a HIV-1 p24 antigenu metodou ELFA 1.3 Stanovení HIV-1 p24 antigenu metodou ELFA SOP-NRL/AIDS-06 Lidské sérum, plazma 1.4 Současné stanovení protilátek SOP-NRL/AIDS-21 Lidské sérum, plazma HIV-1/2 a HIV-1 p24 antigenu metodou CMIA 1.5 Stanovení protilátek HIV-1/ SOP-NRL/AIDS-07 Lidské sérum, plazma /HIV-2 metodou Western blot 1.6 Kvantitativní stanovení HIV SOP-NRL/AIDS-19 Lidská plazma nukleových kyselin metodou Real Time PCR Roche TaqMan HIV-1 Test 1.7 Určení genotypu HIV sekvenováním Abbott Viroseq HIV-1 Genotyping System SOP-NRL/AIDS-15 Lidská plazma Odběr primárních vzorků: postupu odběru primárního vzorku 1 Odběr venózní krve v odběrové místnosti LCEM SZÚ postupu odběru primárního vzorku SOP-NRL/HIV/AIDS-22 Venózní krev Primární vzorek
List 4 z 24 2. Národní referenční laboratoř pro antibiotika (NRL/ATB) 2.1 Agarová diluční metoda SOP-NRL/ATB-01 vyšetření citlivosti baktérií k antibiotikům 2.2 Disková difuzní metoda SOP-NRL/ATB-02 vyšetření citlivosti baktérií k antibiotikům 2.3 Nitrocefinová metoda SOP-NRL/ATB-03 průkazu β-laktamázy bakterií 2.4 Bujónová diluční mikrometoda (BDM) vyšetření citlivosti baktérií k antibiotikům SOP-NRL/ATB-20
List 5 z 24 5. Národní referenční laboratoř pro mykobakterie (NRL/M) 5.1 Mikroskopický průkaz mykobakterií 5.2 Kultivační průkaz mykobakterií - klasicky 5.3 Stanovení buněčné imunitní odpovědi u tuberkulózy metodou ELISA 5.4 mykobakterií biochemickými metodami 5.5 Testy citlivosti na antituberkulotika (dle Canettiho) 5.6 Testy citlivosti na antituberkulotika (mikrometoda) 5.7 mykobakterií metodou Geno Type 5.8 Stanovení rezistence mykobakterií metodou Geno Type SOP-NRL/M-01 SOP-NRL/M-02 SOP-NRL/M-15 SOP-NRL/M-06 SOP-NRL/M-08 SOP-NRL/M-09 SOP-NRL/M-10 SOP-NRL/M-11 Lidské sputum, punktát, krev, stolice, laryngální výtěr, aspirát, BAL, žaludeční výplach, bioptický a sekční materiál, výtěry a stěry z píštělí hnisavých procesů a ran, mykobakteriální kmen Lidské sputum, punktát, krev, menstruační krev, stolice, laryngální výtěr, pleurální výpotek, BAL, žaludeční výplach, bioptický a sekční materiál, výtěry a stěry z píštělí hnisavých procesů a ran, moč, mozkomíšní mok, mykobakteriální kmen Lidská plná heparinizovaná krev Mykobakteriální kmeny Patogenní nebo potencionálně patogenní druhy mykobakterií Patogenní nebo potencionálně patogenní druhy mykobakterií Mykobakteriální kmeny Mykobakteriální kmeny
List 6 z 24 6. Národní referenční laboratoř pro lymeskou borreliozu (NRL/LB) SOP-NRL/LB-01 6.1 6.2 6.3 6.4 Průkaz specifických protilátek proti borreliím metodou ELISA Stanovení protilátek proti Borrelia burgdorferi sensu lato metodou Western blot Průkaz DNA Borrelia burgdorferi sensu lato metodou PCR Průkaz specifických protilátek proti Anaplasma phagocytophilum metodou IFA SOP-NRL/LB-02 SOP-NRL/LB-03 SOP-NRL/LB-08 Lidské sérum, citrátová plazma, mozkomíšní mok, synoviální tekutina Lidské sérum, citrátová plazma, mozkomíšní mok, synoviální tekutina Mozkomíšní mok, synoviální tekutina, biopsie, moč, plazma (s ACD, nebo s EDTA) Lidské sérum
List 7 z 24 7. Národní referenční laboratoř pro virové hepatitidy (NRL/VH) SOP-NRL/VH-01 7.1 Stanovení antigenů nebo protilátek proti antigenům virů hepatitid neautomatizovanou metodou EIA [HBsAg, HBsAg konfir., HBeAg, anti-hbc celk., IgM anti-hbc, anti-hbe, anti- HBs, anti-hcv, anti-hav celk., IgM anti-hav, IgM anti-hdv, anti-hdv celk., IgG anti-hev, IgM anti- HEV] 7.2 Stanovení RNA virů hepatitidy C a DNA virů hepatitidy B metodou Real Time PCR přístroje AmpliPrep a TaqMan 7.3 Automatizované stanovení antigenů a protilátek proti antigenům virů hepatitid metodou MEIA na analyzátoru Architect [HBsAg, HBsAg konfir., HBeAg, anti-hbc celk., IgM anti-hbc, anti-hbe, anti- HBs, anti-hcv, anti-hav celk., IgM anti-hav] 7.4 Stanovení protilátek proti antigenům virů hepatitid metodou LIA SOP-NRL/VH-16 SOP-NRL/VH-05 SOP-NRL/VH-06 Lidské sérum, plazma a jejich deriváty Lidské sérum, plazma a jejich deriváty Lidské sérum, plazma a jejich deriváty Lidské sérum, plazma a jejich deriváty
List 8 z 24 8. Národní referenční laboratoř pro meningokokové nákazy (NRL/MEN) 8.1 species rodu Neisseria biochemickými a mikroskopickými metodami SOP-NRL/MEN-01 8.2 kapsulárního SOP-NRL/MEN-02 antigenu Neisseria meningitidis aglutinací 8.3 Průkaz DNA meningokoka, hemofila a pneumokoka v klinickém materiálu seminested metodou PCR 8.4 Sekvenční typizace genu por A a fet A Neisseria meningitidis 8.5 Multilokusová sekvenční typizace genů abcz,adk,aroe,fumc,gdh,pdh C,pgm,penA Neisseria meningitidis SOP-NRL/MEN-04 SOP-NRL/MEN-39 SOP-NRL/MEN-40 Lidský mozkomíšní mok, krev, sérum, BAL Kmeny Neisseria meningitidis Kmeny Neisseria meningitidis
List 9 z 24 9. Národní referenční laboratoř pro hemofilové nákazy (NRL/HEM) 9.1 Haemophilus SOP-NRL/HEM-04 influenzae biochemickými testy 9.2 kapsulárních antigenů Haemophilus influenzae sklíčkovou aglutinací SOP-NRL/HEM-08
List 10 z 24 10. Národní referenční laboratoř pro streptokokové nákazy (NRL/STR) 10.1 Stanovení titru SOP-NRL/STR-01 Lidské sérum antistreptolyzinu O neutralizační metodou 10.2 species SOP-NRL/STR-03 streptokoků a enterokoků biochemickými a fyziologickými testy a citlivostí k antibakteriálním látkám 10.3 skupinových antigenů streptokoků a enterokoků latexaglutinací SOP-NRL/STR-04 10.4 typových antigenů Streptococcus agalactiae latexaglutinací 10.5 typových antigenů Streptococcus pneumoniae latexaglutinací 10.6 typových Streptococcus pneumoniae quellung reakcí 10.7 Typizace kmenů Streptococcus pyogenes metodou sekvence emm genu pro M protein SOP-NRL/STR-17 SOP-NRL/STR-07 SOP-NRL/STR-08 SOP-NRL/STR-09
List 11 z 24 11. Národní referenční laboratoř pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění (NRL/CH a NCH) 11.1 Hemaglutinačně inhibiční SOP-NRL/CH-01 Izobát viru test (HIT) pro identifikaci virového antigenu (virus chřipky, viry parainfluenzy) 11.2 Hemaglutinačně inhibiční test (HIT) pro průkaz antivirových protilátek (virus chřipky, viry parainfluenzy) SOP-NRL/CH-02 Lidské sérum 11.3 Průkaz kmenů viru chřipky izolací v tkáňových kulturách 11.4 Průkaz kmenů nechřipkových respiračních virů (RS virus, adenoviry,viry parainfluenzy) izolací v tkáňových kulturách 11.5 Průkaz kmenů viru chřipky izolací v kuřecích embryích 11.6 Průkaz RNA viru chřipky typu A a B včetně subtypů H1, H3, H5 a H1pdm2009 metodou PCR s detekcí v reálném čase s použitím hydrolyzačních sond SOP-NRL/CH-03 SOP-NRL/NCH-08 SOP-NRL/CH-04 SOP-NRL/CH-56 Lidský aspirát z dýchacích cest, výtěr nosohltanu, krční výplach, BAL, autoptický a bioptický materiál, suspenze virů Lidský aspirát z dýchacích cest, výtěr nosohltanu, krční výplach, BAL, autoptický a bioptický materiál, výtěr ze spojivkového vaku, seškrab rohovky, moč, suspenze virů Lidský aspirát, výtěr nosohltanu, krční výplach, BAL, autoptický a bioptický materiál, suspenze virů Biologický materiál odebraný z horních a dolních cest dýchacích (nazofaryngeální výtěr, aspiráty, BAL, sputum), buněčné kultury a kultivační média (z buněčných kultur při izolaci virů nebo při přípravě vakcín), bioptický materiál, sekční materiál
List 12 z 24 11.7 Průkaz DNA a RNA infekčních agens RSV, ADV a hmpv metodou multiplex PCR s detekcí v reálném čase a s použitím hydrolyzačních sond 11.8 Průkaz DNA a RNA respiračních a střevních infekčních agens (virus chřipky typu A,B bez další subtypizace, RSV, ADV, PIV 1/2/3/4, hmpv, koronaviry NL 63, 229E a OC43, rhinoviry A/B/C, enteroviry, BOCA viry A1/2/3/4 RV) pomocí DPO sond, amplikonové knihovny a následné mutliplex detekce metodou PCR s detekcí v reálném čase 11.9 Průkaz antivirových protilátek u viru chřipky, nechřipkových respiračních virů (RS virus, adenoviry) a M. pneumoniae metodou EIA 11.10 Průkaz antivirových protilátek u viru chřipky, nechřipkových respiračních virů (RS virus, adenoviry) a M. pneumoniae komplement fixačním testem (KFR) SOP-NRL/CH-57 SOP-NRL/CH-58 SOP-NRL/NCH-02 SOP-NRL/NCH-04 Biologický materiál odebraný z horních a dolních cest dýchacích (nazofaryngeální výtěr, aspiráty, BAL, sputum), výtěr ze spojivkového vaku, buněčné kultury a kultivační média (z buněčných kultur při izolaci virů nebo při přípravě vakcín), bioptický materiál, sekční materiál Biologický materiál odebraný z horních a dolních cest dýchacích (nazofaryngeální výtěr, aspiráty, BAL, sputum), buněčné kultury a kultivační média (z buněčných kultur při izolaci virů nebo při přípravě vakcín), bioptický materiál, sekční materiál Lidské sérum Lidské sérum
List 13 z 24 12. Národní referenční laboratoř pro diagnostiku syfilis (NRL/SYF) SOP-NRL/SYF-02 12.1 Stanovení antikardiolipinových protilátek flokulačně 12.2 Stanovení antitreponemových protilátek metodou nepřímé pasivní aglutinace na nosičích 12.3 Stanovení antitreponemových protilátek metodou EIA 12.4 Stanovení antitreponemových protilátek metodou nepřímé imunofluorescence 12.5 Stanovení antitreponemových protilátek metodou western blot 12.6 Stanovení antitreponemových protilátek ve tř. IgM metodou Solid phase haemadsorption SOP-NRL/SYF-03 SOP-NRL/SYF-04 SOP-NRL/SYF-05 SOP-NRL/SYF-07 SOP-NRL/SYF-06 Lidské sérum, plazma, mozkomíšní mok Lidské sérum, plazma, mozkomíšní mok Lidské sérum, plazma Lidské sérum, plazma, mozkomíšní mok Lidské sérum, plazma Lidské sérum, plazma, mozkomíšní mok
List 14 z 24 13. Národní referenční laboratoř pro průkaz agens elektronovou mikroskopií (NRL/ELM) SOP-NRL/ELM-01 13.1 Přímý průkaz virů pomocí elektronové mikroskopie Lidská stolice, moč, plazma, sérum, mozkomíšní mok, vesikulární tekutiny, laváže horních a dolních dýchacích cest, bioptický a autoptický materiál
List 15 z 24 14. Národní referenční laboratoř pro enteroviry (NRL/ENT) SOP-NRL/ENT-01 14.1 Průkaz enterovirů izolací v tkáňových kulturách 14.2 Neobsazeno 14.3 Průkaz protilátek proti antigenům enterovirů virus neutralizačním testem (VNT) 14.4 Průkaz protilátek proti enterovirům metodou ELISA 14.5 Průkaz protilátek proti hantavirům metodou ELISA SOP-NRL/ENT-04 SOP-NRL/ENT-05 SOP-NRL/ENT-20 Lidská stolice, mozkomíšní mok, výtěr z nosohltanu, výpotek z kolene, plodová voda Lidské sérum Lidské sérum Lidské sérum
List 16 z 24 15. Národní referenční laboratoř pro herpetické viry (NRL/HV) SOP-NRL/HV-01 15.1 Stanovení protilátek proti antigenům herpetických virů metodou EIA [IgG anti-vca EBV, IgM anti-vca EBV, IgA anti-vca EBV, IgG anti- EBNA1 EBV, IgM anti- EBNA1 EBV, IgG anti-ea-d EBV, IgG anti-hsv, typ. specifické IgG anti-hsv2, IgG anti-vzv, IgG anti- CMV, avidita IgG anti-cmv, IgM anti-cmv] 15.2 Stanovení protilátek proti herpetickým virům metodou nepřímé imunofluorescence [IgG anti-vca EBV, IgM anti-vca EBV, IgG anti- EA(D+R) EBV, IgM anti- HSV, IgG anti-hsv, IgM anti.vzv, IgG anti-vzv, IgM anti-hhv6, IgG anti-hhv6] 15.3 Průkaz nukleových kyselin HSV1 a 2, VZV, CMV, EBV, HHV6 a 8 metodou PCR s detekcí amplikonu v gelu 15.4 Průkaz nukleových kyselin CMV, EBV, HHV6, HSV 1 a 2, VZV metodou Real Time PCR SOP-NRL/HV-03 SOP-NRL/HV- 06 SOP-NRL/HV- 07 Lidské sérum, plazma, mozkomíšní mok Lidské sérum, plazma Lidská krev, mozkomíšní mok, stěr z léze, moč, BAL, aspirát, výtěr ze spojivky, leukocyty, autopsie, infikované tkáňové kultury, oční tekutina, punktáty, kostní dřeň, plodová voda Lidská krev, mozkomíšní mok, stěr z léze, moč, BAL, aspirát, výtěr ze spojivky, leukocyty, autopsie, infikované tkáňové kultury, oční tekutina, punktáty, kostní dřeň, plodová voda
List 17 z 24 16. Národní referenční laboratoř pro zarděnky, spalničky, parotitidu a parvovirus B19 (NRL/ZSP) 16.1 Stanovení protilátek tříd IgG a IgM proti virům zarděnek, spalniček, příušnic a parvoviru B 19 a avidity zarděnkových IgG protilátek SOP-NRL/ZSP-01 Lidské sérum, plazma metodou ELISA 16.2 Kvantitativní průkaz DNA parvoviru B19 metodou realtime PCR SOP-NRL/ZSP-12 Lidská nesrážlivá krev, sérum, kostní dřeň, plodová voda, biopsie
List 18 z 24 17. Národní referenční laboratoř pro chlamydie (NRL/CHLA) 17.1 Stanovení protilátek proti SOP-NRL/CHLA-02 Lidské sérum, plazma antigenům chlamydií metodou EIA 17.2 Stanovení protilátek proti antigenům chlamydií metodou nepřímé imunofluorescence SOP-NRL/CHLA-04 Lidské sérum, plazma 17.3 Průkaz DNA Chlamydophila pneumoniae a Chlamydia trachomatis metodou Real time PCR na Light Cycleru Roche 17.4 Průkaz DNA Chlamydia trachomatis metodou Real time PCR na Cobas TaqMan Roche 17.5 Stanovení protilátek proti Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae a Chlamydia psittaci v lidském séru nebo plazmě metodou western blot SOP-NRL/CHLA-14 SOP-NRL/CHLA-15 SOP-NRL/CHLA-06 Lidská moč, uretrální, cervikální, nasofaryngeální, konjunktivální výtěry, BAL, sputum, kloubní výpotky, plná krev, mozkomíšní mok Lidská moč, cervikální výtěry Lidské sérum, plazma
List 19 z 24 18. Národní referenční laboratoř pro leptospiry (NRL/LEPT) 18.1 Mikroskopický aglutinační test (MAT) pro průkaz antileptospirových protilátek SOP-NRL/LEPT-01 Lidská krev, sérum
List 20 z 24 19. Národní referenční laboratoř pro toxoplasmosu (NRL/TOX) 19.1 Stanovení protilátek proti SOP-NRL/TOX-01 Lidské sérum, plazma Toxoplasma gondii komplementfixační reakcí 19.2 Stanovení protilátek proti SOP-NRL/TOX-02 Lidské sérum, plazma Toxoplasma gondii tříd IgA, IgE, IgG a IgM metodou ELISA 19.3 Stanovení avidity protilátek SOP-NRL/TOX-03 Lidské sérum, plazma IgG proti Toxoplasma gondii modifikovanou metodou ELISA 19.4 Analýza protilátek proti Toxoplasma gondii metodou Western blot SOP-NRL/TOX-04 Lidské sérum, plazma
List 21 z 24 21. Národní referenční laboratoř pro stafylokoky (NRL/ST) 21.1 kmenů rodu SOP-NRL/ST-04 Staphylococcus biochemickými testy 21.2 Průkaz faktorů virulence u SOP-NRL/ST-05 kmenů Staphylococcus aureus fenotypovými metodami 21.3 Průkaz genů kódujících produkci enterotoxinů (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, sej), exfoliativních toxinů (eta, etb, etd), toxinu syndromu toxického šoku (tst), Pantonova-Valentinova leukocidinu (luks-pv, lukf- PV) u kmenů Staphylococcus aureus metodou PCR SOP-NRL/ST-45
List 22 z 24 22. Národní referenční laboratoř pro salmonely (NRL/SA) 22.1 kmenů rodu SOP-NRL/SA-04 Salmonella aglutinační metodou 22.2 kmenů rodu Salmonella biochemickými testy SOP-NRL/SA-05
List 23 z 24 23. Národní referenční laboratoř pro E.coli a shigely (NRL/ECS) SOP-NRL/ECS-04 23.1 kmenů rodů Escherichia, Shigella a ostatních rodů z čeledi Enterobacteriaceae biochemickými testy 23.2 kmenů rodů Escherichia a Shigella aglutinační metodou zjišťování somatického a bičíkového antigenu sklíčkovou aglutinací 23.3 kmenů Escherichia coli aglutinační metodou zjištění produkce Shiga toxinů metodou RPLA 23.4 kmenů rodu Vibrio biochemickými testy 23.5 kmenů Vibrio cholerae aglutinační metodou 23.6 Průkaz genů Shiga toxinů (stx1, stx2),) a O-antigenů (rfbeo157, O26wzy) u kmenů E. coli metodou PCR SOP-NRL/ECS-06 SOP-NRL/ECS-20 SOP-NRL/ECS-07 SOP-NRL/ECS-08 SOP-NRL/ECS-51, lidská stolice, lidská stolice, lidská stolice, lidská stolice
List 24 z 24 24. Národní referenční laboratoř pro pertusi a difterii (NRL/DIPE) 24.1 Bordetella SOP-NRL/DIPE-01 pertussis a Bordetella parapertussis aglutinací 24.2 Stanovení protilátek proti SOP-NRL/DIPE-02 Lidské sérum Bordetella parapertussis metodou aglutinace 24.3 Stanovení IgG proti pertusovému toxinu Bordetella pertusis metodou ELISA SOP-NRL/DIPE-03 Lidské sérum, plazma Vysvětlivky: ACD - kyselina citrónová-citrát-dextróza (antikoagulační činidlo) BAL - bronchoalveolární laváž CMIA - chemiluminiscenční imunoanalýza na mikročásticích EA-D Early Antigen difuse EA-R Early Antigen restricted ECS rody Escherichia a Shigella EDTA - etylendiamintetraoctová kyselina a její soli (antikoagulační činidlo) EIA - Enzyme Immunoassay ELFA - enzymová fluorescenční imunoanalýza ELISA - Enzyme Linked Immunosorbent Assay FTA-ABS Fluorescent Treponemal Antibody - absorption IFA imunofluorescenční test (assay) KFR komplementfixační reakce LIA - line immunoassay (line blot) MEIA - enzymová imunoanalýza na mikročásticích MPN Mycoplasma pneumoniae PCR - Polymerase Chain Reaction RPLA reversed passive latex agglutination RPR rapid plasma reagin SPHA Solid phase haemadsorption TK tkáňové kultury TPHA - Treponema pallidum haemagglutination TP-PA - Treponema pallidum particle agglutination assay VDRL blood test for syphilis (VDRL stands for Venereal Disease Research Laboratory) VIB Vibrio cholerae