doc. Tomáš Machula, Ph.D., Th.D. publikační činnost Monografie badatelské Machula, T., De aeternitate mundi Tomáše Akvinského v historické perspektivě, Praha: Krystal OP 2003 (monografie, 79 stran) ISBN 80-85929-57-0 Machula, T., Křesťanská víra a racionalita. Filosofický přístup, České Budějovice: Jihočeská univerzita 2004, (monografie, 96 stran) ISBN 80-7040-727-1 Machula, T., Causa efficiens. Příčina účinná a princip kauzality mezi realismem a redukcionismem, České Budějovice: Jihočeská univerzita 2009 (monografie 92 stran). ISBN 978-80-7394-208-3 Machula, T., Filip, Š., Tomismus čtyřiadvaceti tezí, Praha: Krystal OP 2011 (monografie, 228 stran; autor T. M. s. 95-217). ISBN 978-80-87183-28-1 Monografie s překlady klasických autorů s úvodními studiemi Tomáš Akvinský, Rozdělení a metody vědy. Komentář k Boethiovu spisu De Trinitate, q. 5-6, překlad z latiny a úvodní studie Rozdělení a metody vědy podle Tomáše Akvinského, s. 8-25; Praha: Krystal OP 2005 (monografie, 135 stran). ISBN 80-85929-73-2. Tomáš Akvinský, O stvoření. Výběr otázek z Teologické sumy, překlad z latiny a úvodní studie Filosofické aspekty nauky o stvoření. ST I, q. 44-49, s. 3-10; Praha: Krystal OP 2008. (monografie, 76 stran). ISBN 978-80-87183-03-8 Tomáš Akvinský, Otázky o duši (Quaestiones disputatae de anima), překlad z latiny a úvodní studie Tomáš Akvinský a jeho Otázky o duši, s. 3-9; Praha: Krystal OP 2009 (monografie, 388 stran). ISBN 978-80-87183-13-7 Tomáš Akvinský, Kompendium teologie, překlad z latiny a úvodní studie Kompendium víry, naděje a lásky, s. 5-36; Praha: Krystal OP 2010 (monografie 295 stran). ISBN 978-80- 87183-25-0 Tomáš Akvinský, Rozprava s řeckými teology (Contra errores Graecorum), Praha: Krystal OP 2010 (překlad a poznámky T. Machula, úvodní studie J. Vokoun). ISBN 978-80-87183-22-9 Tomáš Akvinský, O dobru, (úvodní studie a překlad Quaestiones disp. De veritate q. XXI M. Štěpinová; překladu Komentář Boethiovy knihy De hebdomadibus T. Machula), Praha: Krystal OP 2012 (autor T. M. s. 143-201) Tomáš Akvinský, Otázky o ctnostech I. O ctnostech obecně (Quaestiones disputatae de virtutibus q. 1), překlad z latiny a úvodní studie Tomášova etika ctností v Diskutovaných otázkách, s. 5-13; Praha: Krystal OP 2012 (monografie 257 stran). ISBN 978-80-87183-46-5 Kapitoly v monografiích Machula, T., Quid est veritas?, in: Hanuš, J. (ed.), Ekumenické církevní dějepisectví, Brno: CDK 2003.
Machula, T., Problém sekularizace na Západě a na Východě, in: Hanuš, J., Vybíral, J. (eds.), Evropa a její duchovní tvář, Brno: CDK 2005, s. 143-145. Machula, T., Víra a Boží existence v konstituci Dei Filius, in: Dokumenty Prvního vatikánského koncilu, Praha: Krystal OP 2006, s. 32-38. Machula, T., Teologie jako věda?, in: Gallus, P., Macek, P. (eds.), Teologická věda a vědecká teologie, Brno: CDK 2006, s. 35-50. Machula, T., Filosoficko-antropologický pohled na tradiční rodinu, in: Šrajer, J., Musil, L. (eds.), Etické kontexty sociální práce s rodinou, České Budějovice Brno: Albert 2008, s. 21-30. Machula, T., Základní etické teorie, in: Fischer, O., Milfait, R. a kol., Etika pro sociální práci, Praha: Jabok 2008, s. 46-57. Machula, T., Sebeurčení a autonomie jedince, in: Fischer, O., Milfait, R. a kol., Etika pro sociální práci, Praha: Jabok 2008, s. 135-145. Machula, T., Tomistické myšlení dvacátého století mezi kontinentální a analytickou filosofií, in: M. Šimsa, P. Sousedík, M. Nitsche (eds.), Návrat metafyziky?, Praha: Filosofia Ústí nad Labem: FF UJEP 2009, s. 355-369. Machula, T., Pojem osoba u Tomáše a v současné tomisticky inspirované filosofii, in: Nakonečný M., Machula T., Samohýl J. (eds.), Tomistická psychologie 20. století, Praha: Triton 2009, s. 320-343 Machula, T., Pojem duše u Tomáše a v tomistické filosofii, in: Nakonečný M., Machula T., Samohýl J. (eds.), Tomistická psychologie 20. století, Praha: Triton 2009, s. 344-377. Machula, T., Povaha teologie, in: J. Hanuš, J. Vybíral (eds.), Dawkins pod mikroskopem Brno: CDK 2010, s. 123-133. Machula, T., Kardinální ctnosti podle Bonaventury, in: P. Hlaváček et al., Františkánský kontext teologického a filosofického myšlení, Praha: FF UK Filosofia 2012, s. 38-47. Články ve sbornících Machula, T., Španělsko-český filosof a teolog Rodrigo de Arriaga, Slánské rozhovory Španělsko 2004, s. 32-33. Machula, T., Fides et ratio u Alberta Velikého, in: Machula, T., Pavelková, M., Štěch, F. (eds.), Veritas liberabit vos. Sborník k sedmdesátinám prof. K. Skalického, České Budějovice: Jihočeská univerzita 2004, s. 50-58. Machula, T., Tělo a duše při vzniku lidského života. Kriticko-historická studie k jedné otázce antropologie Tomáše Akvinského, in: Sborník Katolické teologické fakulty svazek VII., Praha: Karolinum 2005, s. 24-42. Machula, T., Vývoj pojetí vědy od antiky po současnost in: Beneš, K., Machula, T., (eds.), Stav dialogu přírodovědců s teology: témata osobnosti instituce, Sborník z konference 20.-21. 5. 2005, České Budějovice: Jihočeská univerzita 2005, s. 63-70. Machula, T., Lidská mysl bez těla. P. F. Strawson a Tomáš Akvinský, in: Společnost Tomáše Akvinského. Akta 2006 (3), s. 93-102.
Machula, T., Original Sin in the Work of Joannes Marcus Marci of Kronland. The Human Being as a Subject of Natural Science, Philosophy and Theology, in: P. Cemus (ed.), Bohemia Jesuitica 1556-2006, Tom. I, Praha: Karolinum, s. 559-563. Machula, T., Umělý potrat a personalita, in: Krumpolc, E., Poláková, J., Pospíšil, C. V. (eds.), Z plnosti Kristovy. Sborník devadesátinám Oto Mádra, Kostelní Vydří: Karmelitánské nakladatelství 2007, s. 153-160. Machula, T., In principio erat Verbum. Tomášův výklad prvních dvou veršů Janova Prologu, in: Bedřich, M., Mohelník, B., Petráček, T., Schmidt, N. (eds.), In Spiritu Veritatis, Almanach k 65. narozeninám Dominika Duky OP, Praha: Krystal OP 2008, s. 201-213. Úvody ke knihám Machula, T., Aurelius Augustinus, teolog Boží milosti, in: Aurelius Augustinus: De gratia et libero arbitrio, Ad Simplicianum (úvodní studie), Krystal OP, Praha 2000, s. 5-19. Machula, T., předmluva ke knize C. Journet, Promluvy o milosti, Praha: Krystal OP 2006 s. 7-11. Monografie odborné: Machula, T., Církev - dům Boží, Svitavy: Trinitas 2001 (91 stran). ISBN 80-86036-63-4 (monografie popularizačního typu) Machula, T., Filosofie přírody, Praha: Krystal OP 2007. (monografie učebnicového typu) Editované knihy, sborníky a monotematická čísla časopisů: Machula, T. (ed.), Ospravedlnění a hřích v ekumenickém dialogu, Krystal OP, Praha 2000. Machula, T., Pavelková, M., Štěch, F. (eds.), Veritas liberabit vos. Sborník k sedmdesátinám prof. K. Skalického, České Budějovice: Jihočeská univerzita 2004. Renöckl, H., Machula, T. (eds.), Zukunftregion Südböhmen Mitteleuropa, České Budějovice Linz Passau 2004 (německá verze), a Region budoucnosti Jižní Čechy Střední Evropa, České Budějovice 2004 (česká verze). Filosofický časopis, roč. 52 (2004), č. 4, editoři: P. Dvořák a T. Machula, Téma: Druhá scholastika Beneš K., Machula, T. (eds.), Stav dialogu přírodovědců s teology: témata osobnosti instituce, Sborník z konference 20.-21. 5. 2005, České Budějovice: Jihočeská univerzita 2005. Svoboda, R., Skalický, K. Pavelková M., Poštová T., Machula, T. (eds.), Dokumenty Prvního vatikánského koncilu, Praha, Krystal OP 2006. Nakonečný M., Machula T., Samohýl J. (eds.), Tomistická psychologie 20. století, Praha: Triton 2009. Filosofický časopis, roč. 57 (2009), č. 2, editor: T. Machula, Téma: Středověké aktualizace Aristotelova odkazu Communio roč. 14 (2010), č. 2, editor: Tomáš Machula, Téma: Přirozený zákon
Communio roč. 15 (2011), č. 2/3, editor: Tomáš Machula, Téma: John Henry Newman Studie v časopisech: Machula, T., Tomáš Akvinský a teorie vlastních jmen, Teologické studie (2000), TF JU České Budějovice, s. 22-28. Machula, T., Filosofie Davida Huma jako výzva pro teologii, Studia theologica 3 (2001), s. 45-54. Machula, T., Credo quia rationabile. Poznámka ke vztahu filosofie a teologie, Teologické studie (2001), TF JU České Budějovice, s. 53-58. Dolista, J., Machula, T., Skepsis gegen Alles von Oben. Theologische Suchbewegungen in der tschechischen Übergangsgesellschaft, Theologisch-Praktische Quartalschrift 3 (2002), s. 284-295. (česká zkrácená podoba in: DOLISTA, J., MACHULA, T., Církev zápasící, Teologické texty 2 (2003), s. 52-55. Machula, T., Bůh jako téma filosofie, Teologické studie 1 (2002), s. 19-25. Machula, T., Pavelková, M., Patří život a myšlení k transcendentálním pojmům?, Studia theologica 3 (2002), s. 11-18. Machula, T., Teorie vědy Tomáše Akvinského, Studia theologica 11 (2003), s. 36-46. Machula, T., Je teologie věda?, Theologická revue 1 (2003), s. 41-52. Machula, T., Experimentum tantum certificat, Teologické studie 1 (2003), s. 23-30. Machula, T., Kauzální činnost u Jana Poinsota a jeho současníků, Filosofický časopis, roč. 52 (2004), č. 4, s. 583-589. Machula, T., Od anima in corpore k anima forma corporis, Studia theologica, č. 4 (2004), s. 44-52. Machula, T., Problematika kauzality a současná filosofie, Filosofický časopis roč. 53, č. 5 (2005), s. 691-701. Machula, T., Problémy hylemorfismu, Studia Neoaristotelica, roč. 2 (2005), č. 1, s. 26-38. Machula, T., Vybrané podněty pro diskusi o cílech manželství, Studia theologica 20, roč. VII., č. 2 (2005), s. 26-32. Machula, T., Pojetí lidské osoby a jeho etické důsledky, Sociální práce /Sociálna práca 2 (2006), s. 101-108. Machula, T., Prvotní hřích u církevních otců, Teologické studie 2 (2006), s. 15-22. Machula, T., K otázce možnosti zpětné kauzality, Organon F (2008), č. 2, s. 168-177. Machula, T., Je možná nová teologie dědičného hříchu?, Studia theologica 34, roč. 10, č. 4 (2008), s. 14-32. Machulová H., Machula T., Nedostatečná definice pojmu hodnota, Sociální práce/sociálna práca 1/2009, s. 97-104. Machula, T., Materie a nemateriální substance podle Bonaventury a Tomáše Akvinského, Filosofický časopis 57 (2009), č. 2, s. 209-220. Machula, T., Jobovo utrpení, Communio 1/2010, s. 91-99.
Machula, T., Interpersonální dialog jako východisko metafyziky, Studia theologica 40, roč. 12, č. 2 (2010), s. 54-65. Machula, T., Ex umbris et imaginibus ad veritatem, Communio 2/3 (2011), s. 11-29. Machula, T., Duše a mysl aneb cesta tam a zase zpátky, Filosofický časopis 59 (2011), č. 5, s. 645-663. Machula, T., Člověk jako živočich rozumový a vtělený duch. Tomáš Akvinský a současná tomistická perspektiva, Filozofia 66 (2011), č. 1, s. 49-58. Diskuse a polemiky Machula, T., Odpověď prof. Pospíšilovi, Studia theologica 36, roč. 11, č. 2 (2009), s. 69-71. Machula, T., K problematice dědičného hříchu. Odpověď Š. Filipovi, Studia theologica 37, roč. 11, č. 3 (2009), s. 88-90. Machula, T., Rozhodné pojednání o vztahu náboženství a filosofie, Filosofický časopis 60 (2012), č. 6, s. 917-921. Články odborné: Machula, T., Boží všemohoucnost a problém zla, Teologické texty 4 (1996), s. 137-138. Machula, T., Dialogue between Scientists and Theologians in Czech Republic, Teologické studie 2 (2002), s. 31-32. Machula, T., Maria přímluvkyně, prostřednice a spoluvykupitelka?, Teologické texty 5 (1997), s. 165-167. Machula, T., Le phénomene Teilhard, Distance 3 (1998), s. 42-52. Machula, T., Co pro nás znamená Teilhardovo dílo, Distance 4 (1998), s. 31-37. Machula, T., Bertrand Russell a náboženství, Distance 3 (2000), 23-30. Machula, T., Bůh jako téma diskusí přírodovědců, Teologie a společnost, č. 6 (2004), s. 5-11. Machula, T., Svoboda jako nejvyšší křesťanská hodnota, Obzory č. 1 (2004), s. 45-48. Machula, T., Modely zjevení v klasifikaci Averyho Dullese SJ, Universum 4/2006, s. 23-25.