Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon (Lecanoromycetes, Ascomycota)

Transkript

1 Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta studijní program: Biologie studijní obor: Botanika Bc. Lucie Vančurová Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon (Lecanoromycetes, Ascomycota) Photobiont diversity in the lichen genus Stereocaulon (Lecanoromycetes, Ascomycota) Diplomová práce Školitel: Mgr. Pavel Škaloud, PhD. Praha 2012

2 Prohlášení: Prohlašuji, že jsem závěrečnou práci zpracovala samostatně a že jsem uvedla všechny použité informační zdroje a literaturu. Tato práce ani její podstatná část nebyla předložena k získání jiného nebo stejného akademického titulu. V Praze, Lucie Vančurová 2

3 Poděkování: Na tomto místě bych chtěla poděkovat především Pavlu Škaloudovi za jeho velkou ochotu a trpělivost při vysvětlování všech metod, které jsem při zpracování této práce potřebovala, za podnětné nápady a připomínky, ale i za to, že mě přivedl k velmi zajímavému tématu fotobiontů lišejníků. Děkuji rovněž Ondřeji Peksovi za množství důležitých rad a nápadů, za poskytnutí řady položek a určení mnoha dalších a jeho snahu mě naučit poznávat lišejníky. Za užitečné připomínky k textu práce a poskytnutí položek lišejníků děkuji Janě Steinové. Díky si zaslouží také Lucia Muggia za poskytnutí položek z Aljašky a především za pomoc a podporu nejen v molekulární laboratoři během mého pobytu v Grazu, stejně jako Toby Spribille, Barbara Klug a další. Za zapůjčení položek využitých při zpracování této práce děkuji Jiřímu Malíčkovi, Davidu Svobodovi, Zdeňku Palicemu, Františku Boudovi, Walteru Obermayerovi a Dietmaru Trauberovi. Můj velký dík patří celé mé rodině za podporu během studia. 3

4 Abstrakt Tato práce se zabývá diverzitou fotobiontů lišejníků a jejich vztahem k mykobiontům a podmínkám prostředí. Za cíl si klade zmapovat diverzitu fotobiontů lišejníků rodu Stereocaulon, která byla do této chvíle v porovnání s příbuznými lišejníky Cladonia a Lepraria studována jen velmi málo. Zkoumáno bylo celkem 92 položek náležících k dvanácti druhům rodu Stereocaulon pocházejících ze čtyř kontinentů, z nadmořských výšek od 50 do m n. m. a z celé řady přírodních i umělých substrátů. Fylogenetické analýzy byly prováděny na základě sekvencí ITS rdna, genu pro aktin typu I, 18S rdna a rbcl. Ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon byli nalezeni fotobionti náležící ke dvěma nepříbuzným rodům v rámci třídy Trebouxiophyceae: Asterochloris a Chloroidium. Zatímco Asterochloris je jedním z nejčastějších fotobiontů lišejníků, Chloroidium bylo dosud jako fotobiont zaznamenáno poměrně vzácně. Určujícím faktorem pro jeho výskyt se zdá být obsah těžkých kovů v substrátu. Na ostrově La Palma (Kanárské ostrovy) byla objevena nová linie sesterská k rodu Asterochloris, naopak se zde nevyskytovala žádná z hojných a celosvětově rozšířených linií tohoto rodu. Ze zbývajících dvaceti linií rodu Asterochloris, byli fotobionti lišejníků rodu Stereocaulon zaznamenáni ve dvanácti, ale převážně patřili k druhu A. irregularis. Rovněž výskyt některých linií rodu Asterochloris byl určen přírodními podmínkami, jako je nadmořská výška či určitý typ substrátu. Několik ze zkoumaných stélek obsahovalo více genotypů fotobiontů. Většinou se jednalo o zástupce dvou druhů rodu Chloroidium, v jednom případě dokonce o fotobionty obou rodů. Tato zjištění ukazují na nečekaně nízkou míru specifity ale poměrně silnou selektivitu vůči fotobiontům. Klíčová slova: lišejník, Stereocaulon, fotobiont, diverzita, Asterochloris, Chloroidium, Trebouxiophyceae, ITS, La Palma 4

5 Abstract This thesis is focused on the diversity of lichen photobionts and its relation to the mycobionts and environmental factors. The key objective is to map the diversity of lichen photobionts of the genus Stereocaulon, which has been insufficiently examined in comparison with related lichens Cladonia and Lepraria. In total, 92 samples belonging to 12 species of genus Stereocaulon were examined, being found in four continents, at the altitude of 50 to metres a. s. l., and variety of natural and artificial substrata. Phylogenetic analyses were inferred on the basis of ITS rdna, actin type I, 18S rdna and rbcl sequences. Photobionts belonging to two unrelated genera within Trebouxiophyceae, Asterochloris and Chloroidium, were found in thalli of Stereocaulon lichens. While Asterochloris represents one of the most frequent photobionts of various lichens, Chloroidium has been until now recorded as a lichen photobiont very rarely. The content of heavy metals in substratum can be considered as a determinative factor for its occurrence. A new lineage affiliated to genus Asterochloris was discovered on the island La Palma (the Canary Islands). Interestingly, none of common, widespread Asterochloris lineages has been found in this locality. The lichen photobionts of the genus Stereocaulon were discovered in 12 of remaining 20 lineages of the genus Asterochloris, but they belonged predominantly to the species A. irregularis. The occurrence of some Asterochloris lineages was probably determined by environmental factors as the altitude or a type of substratum. Several of investigated thalli contained more than one genotype of photobionts. In most cases they belonged to two species of genus Chloroidium, in one case they belonged to both of genera. According to these findings it is becoming apparent that there is an unexpectedly low level of specificity, but a quite high level of selectvity to photobionts. Key words: lichen, Stereocaulon, photobiont, diversity, Asterochloris, Chloroidium, Trebouxiophyceae, ITS, La Palma 5

6 Obsah 1. Seznam zkratek Úvod Symbiózy sinic, řas a ostatních organismů Lišejníky Třída Trebouxiophyceae Asterochloris Chloroidium Lišejníky rodu Stereocaulon Metody studia diverzity fotobiontů lišejníků Molekulární metody ITS (internal transcribed spacer) Další jaderné molekulární markery Chloroplastové molekulární markery Cíle práce Materiál a metody Izolace a kultivace fotobiontů Pozorování kultur a buněk fotobiontů Izolace DNA Amplifikace úseku DNA pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a sekvenování Sekundární struktury ITS Alignment Fylogenetické analýzy Výsledky Fotobionti rodu Asterochloris Linie Palma Sekundární struktura ITS1 a ITS Fotobionti rodu Chloroidium Sekundární struktury ITS1 a ITS Diskuse Diverzita fotobiontů rodu Asterochloris Výskyt fotobiontů rodu Chloroidium Diverzita fotobiontů na ostrově La Palma Druhový koncept rodů Asterochloris a Chloroidium Sekundární struktury ITS1 a ITS Srovnání v rámci třídy Trebouxiophyceae Taxonomické posouzení linie Palma Závěr Seznam literatury Přílohy

7 1. Seznam zkratek 18S rdna: gen kódující 18S rrna, část malé jaderné ribosomální podjednotky BI: Bayesova inference CBC: Compensatory Base Change, změna nukleotidů na obou stranách párující se části helixu sekundární struktury ITS za podmínky zachování párování; hemi-cbc: jednostranná změna opět nevedoucí ke ztrátě párování CAUP: Culture Collection of Algae of Charles University in Prague CCAP: Culture Collection of Algae and Protozoa cf.: z latinského confer porovnat; označuje nejisté nebo nepotvrzené určení dntp: deoxyribonukleotid trifosfát (datp, dgtp, dttp, dctp) ITS: Internal transcribed spacer, mezerníková oblast zahrnující ITS1, 5,8 S rdna gen a ITS2 ML: Maximum likelihood MP: Maximum parsimony rbcl: gen pro velkou podjednotku RuBisCo (ribulosa-1,5-bisfosfát-karboxylasa/oxygenasa) PCR: Polymerázová řetězová reakce SAG: Sammlung von Algenkulturen Göttingen sp.: z latinského species druh; za rodovým jménem značí fakt, že daný vzorek lze určit pouze do rodu spp.: za rodovým jménem označuje více druhů daného rodu UTEX: Culture Collection of Algae at the University of Texas at Austin 7

8 2. Úvod 2.1. Symbiózy sinic, řas a ostatních organismů Mnoho bezobratlých, jako jsou mořské sasanky, koráli, ploštěnci, stejně jako mnoho prvoků vytvořilo mutualistické soužití s fotosyntetizujícími mikroorganismy. Fotobionti zajišťují svým hostitelům přísun živin, který jim dovoluje kolonizovat habitaty, ve kterých by jinak kvůli nedostatku vhodné kořisti nemohli žít (Paracer and Ahmadjian, 2000). Tito fotobionti patří především k rodu Chlorella a jemu podobným organismům (tzv. zoochlorely) a mezi obrněnky (tzv. zooxanthely). Např. mořská sasanka Anthopleura xanthogrammica obsahuje dokonce oba typy symbiotických řas současně. Jejich vzájemný poměr závisí na teplotě, ve vyšší teplotě převažují obrněnky (Dimond et al., 2011). Zoochlorellou této mořské sasanky je Elliptochloris marina (Trebouxiophyceae; Letsch et al., 2009). Ostatní druhy rodu Elliptochloris jsou fotobionty lišejníků nebo žijí volně např. na kůře stromů (Eliáš et al., 2008). Medúza Cassiopeia xamachana, jejíž životní cyklus zahrnuje asexuální stádium polypu, nedokáže dospět, pokud polyp nevytvoří spojení s obrněnkou Symbiodinium microadriaticum. Podobně obligátní je i soužití ploštěnce Convoluta roscoffensis a zelené řasy Tetraselmis convolutae. Dospělý jedinec vůbec nepřijímá potravu a je zcela závislý na živinách, které produkují řasy v jeho těle (Paracer and Ahmadjian, 2000). Zooxanthely umožňují korálům život v tropických vodách chudých na živiny a stimulují jejich kalcifikaci a tedy tvorbu korálových útesů. Řasy zásobují hostitele kyslíkem a sloučeninami uhlíku a dusíku a přitom využívají (recyklují) jeho odpadní produkty (Marshall, 1996). Příkladem sladkovodního bezobratlého živočicha žijícího v symbióze s řasami je polyp Hydra viridis, který stejně jako nálevník Paramecium bursaria žije v symbióze s fotobiontem Chlorella. Část fotobiontů Paramecium bursaria byla identifikována jako Micractinium reisseri blízce příbuzné rodu Chlorella (Hoshina et al., 2010). Sinice vytvářejí mutualistické soužití s řadou rostlin, které využívají jejich schopnosti fixovat vzdušný dusík. Rostlina naopak často poskytuje sinici fotosyntetické produkty. Symbióza na tomto principu funguje např. u vodní kapradiny Azolla (se sinicí Anabaena), hlevíku Anthoceros punctatus, játrovky Blasia pusilla či cykasů (se sinicí Nostoc; Paracer and Ahmadjian, 2000) Lišejníky Lišejník je symbiotický organismus skládající se z houbového partnera (mykobionta) a jednoho nebo více fotosyntetizujících partnerů (fotobiontů), kterými jsou většinou zelené řasy nebo 8

9 sinice. Povaha lišejníkové symbiózy je široce diskutovanou a dosud nevyřešenou otázkou. Obecně je chápána především jako mutualismus (oba partneři mají ze soužití prospěch), ale může se jednat také o kontrolovaný parazitismus, čemuž nasvědčuje fakt, že fotobiont roste v lišejníku pomaleji, než když žije volně (Ahmadjian, 1993). Stélka se svým typickým fenotypem a často charakteristickou kombinací sekundárních metabolitů, vznikne jedině za přítomnosti obou symbiontů. Skládá se z kůry (cortex) a dřeně (medulla), tvořených houbovou tkání, a řasové vrstvy sestávající z buněk fotobionta. Kůra chrání fotobionta před vysoušením a nadměrným zářením, dřeň umožňuje výměnu plynů. Existují tři hlavní typy stélky: korovitá, která je těsně spojena se substrátem a nemá spodní kůru, lupenitá, která není se substrátem spojena tak těsně a má svrchní i spodní kůru, a keříčkovitá (Ahmadjian, 1993). Některé lišejníky (např. Collema) mají tzv. homeomerickou stélku, ve které nejsou vrstvy mykobionta a fotobionta rozlišeny (Ahmadjian, 1987). Odhad počtu druhů lišejníků se pohybuje od do asi , a jelikož je mnoho oblastí na světě z hlediska diverzity lišejníků stále málo prozkoumáno, jako pravděpodobnější se jeví vyšší číslo (Nash III, 2008). Naprostá většina lišejníků patří mezi Ascomycota a tvoří téměř polovinu popsaných zástupců tohoto oddělení. Jednotlivé linie ale obsahují ve většině případů lichenizované i nelichenizované zástupce (Ahmadjian, 1987). Malé množství lišejníků patří také mezi Basidiomycota. Lišejníky se vyskytují v široké škále terestrických prostředí na celém světě. Rostou jako epifyty na stromech a jiných rostlinách, na holé půdě a jako součást půdních krust v aridních a semiaridních oblastech, na povrchu skal a kamenů (ale i endoliticky pod jejich povrchem (Thüs et al., 2011)) a staveb vytvořených člověkem (Guzow-Krzemińska, 2006). V mnoha polárních a subpolárních oblastech jsou dominantními autotrofy v ekosystému (Romeike et al., 2002). Několik lišejníků obývá i vodní prostředí (Nash III, 2008). Řada lišejníků osidluje nově vzniklé substráty a velkou měrou se podílí na jejich erozi, což z nich činí významné pionýrské organismy. Příkladem mohou být lávové proudy na ostrově Lanzarote, kde se nejúčinnějším erozním činitelem jeví být Stereocaulon vesuvianum, který dokáže zvětrávání urychlit asi dvacetkrát (Stretch and Viles, 2002). O tom, že lišejníky dokáží odolávat extrémům prostředí, svědčí fakt, že se zástupci druhu Xanthoria elegans nejlépe ze všech testovaných organismů vyrovnali s pobytem ve vesmíru, kde byly vystaveny extrémním výkyvům teploty, kosmickému záření, UV záření a vakuu (Hatton, 2010). Ve stélkách lišejníků bylo zaznamenáno asi 100 druhů ze 40 rodů řas a sinic. Nejčastějšími fotobionty jsou zelené řasy Trebouxia a Trentepohlia a sinice Nostoc (Tschermak-Woess, 1988a; 9

10 Friedl and Büdel, 2008). Představu o zastoupení jednotlivých skupin fotobiontů si lze udělat např. z údajů o 822 druzích epifytických lišejníků v Itálii, ze kterých 625 mělo chlorokokálního fotobionta (76%), 61 sinicového fotobionta (cyanobionta; 7,5%) a 136 fotobionta Trentepohlia spp. (16,5%). Zastoupení Trentepohlia spp. pozitivně korelovalo s teplotou, což se odráží v širším měřítku jejím vyšším zastoupením v tropech (Marini et al., 2011). Nicméně četnost jednotlivých skupin fotobiontů se na různých substrátech liší (Obrázek 1 (Rambold et al., 1998)). Obrázek 1: Typy fotobiontů ve stélkách lišejníků z oddělení Ascomycota podle substrátu. Převzato z (Rambold et al., 1998). Nejvíce fotobiontů lišejníků je možné nalézt v rámci třídy Trebouxiophyceae. Fotobionty Trebouxia a Asterochloris především ve stélkách lišejníků řádu Lecanorales, Coccomyxa v Baeomycetaceae a Peltigeraceae, Dictiochloropsis v Peltigeraceae a Stictaceae, Myrmecia v Dermatocarpon (Verrucariales) a mnoho dalších (Friedl and Büdel, 2008). V čeledi Verrucariaceae byla objevena neobyčejná diverzita fotobiontů zahrnující celou řadu zástupců Trebouxiophyceae a Ulvophyceae a navíc rod Heterococcus (Xanthophyceae; Thüs et al., 2011). Mezi oběma symbionty mohou existovat různé formy kontaktu. Nejčastěji to jsou haustoria, vlákna mykobionta pronikající přímo do řasových buněk. Další formou jsou zploštělé hyfy obklopující buňky fotobionta, tzv. appresoria. Haustoria a appresoria se mohou vyskytovat současně. Stupeň pronikání haustorií může záviset na prostředí. Do některých fotobiontů (např. Myrmecia, Coccomyxa) haustoria nepronikají vůbec, protože to nedovoluje složení jejich buněčné stěny. Kontakt může být rovněž zprostředkován nespecializovanými hyfami (Ahmadjian, 1987). Vztah mezi symbionty je předmětem mnoha studií. Řada autorů testovala, zda se symbionti vyvíjejí společně a jejich genetická struktura je tedy kongruentní. Tato hypotéza se nepotvrdila (Piercey-Normore and DePriest, 2001; Yahr et al., 2006; Beiggi and Piercey-Normore, 2007; Nelsen and Gargas, 2008) až na jednu výjimku, kdy byl studován lišejník Lobaria pulmonaria a jeho symbiont Dictyochloropsis reticulata na populační úrovni (Werth and Scheidegger, 2012). 10

11 Lišejníky se mohou rozmnožovat vegetativně (pomocí isidií, soredií či fragmentací stélky) i generativně. V druhém případě musí mykobiont přijmout kompatibilního fotobionta z okolního prostředí (případně ze stélky jiného lišejníku (Lücking et al., 2009)), aby mohl vytvořit novou stélku (Beck et al., 1998). Nicméně se ukazuje, že i u převážně či výhradně vegetativně se rozmnožujících lišejníků dochází k horizontálnímu přenosu fotobiontů (Nelsen and Gargas, 2008; Dal Grande et al., 2012). Výběr vhodného fotobionta se řídí mírou specifity a selektivity obou partnerů. Pojetí těchto pojmů, především pojmu specifita, se v různých pracích značně liší (shrnuto v Helms, 2003). V této práci je pojem specifita používán ve smyslu úzkého taxonomického rozpětí akceptovatelných partnerů, zatímco selektivita je definována jako preference určité skupiny. Symbiont tedy může být vůči druhému partnerovi např. nespecifický, ale vysoce selektivní, pokud dokáže koexistovat s různými nepříbuznými partnery, ale ve většině případů je pozorován ve spojení se zástupci pouze jedné skupiny (Rambold et al., 1998; Yahr et al., 2004). Obecně lze říci, že mykobionti na úrovni podřádu, čeledi a rodu vykazují vůči fotobiontům vysokou specifitu, vhodnými symbiotickými partnery jsou pro ně příslušníci jednoho rodu či blízce příbuzných rodů. Příkladem jsou dva podřády řádu Lecanorales: skupina Cladoniineae preferuje fotobionty rodu Asterochloris, zatímco skupina Lecanorineae fotobionty rodu Trebouxia (Rambold et al., 1998). Na nižších taxonomických úrovních se úroveň specifity a selektivity u jednotlivých skupin značně liší. Bačkor et al. (2010) zaznamenali vysokou míru selektivity mykobiontů ze skupiny Cladonia coccifera vůči fotobiontům dvou příbuzných druhů Asterochloris glomerata a Asterochloris irregularis. Naopak např. C. macilenta vykazovala velmi nízkou selektivitu, dokonce byl pozorován výskyt více nepříbuzných fotobiontů v jedné stélce. Ramalina farinacea na několika geograficky vzdálených lokalitách obsahovala ve všech zkoumaných stélkách dvojici fotobiontů rodu Trebouxia, vykazovala tedy vůči oběma těmto fotobiontům velmi silnou selektivitu (Casano et al., 2011). Většina druhů rodu Lepraria byla pozorována ve spojení s různými liniemi rodu Asterochloris. Selektivitu vůči určité linii vykazovaly druhy Lepraria borealis, L. lobificans a L. rigidula (Peksa and Škaloud, 2011). Zajímavé ale je také to, že všechny druhy rodu Lepraria vykazovaly negativní selektivitu vůči fotobiontům Asterochloris glomerata a A. irregularis (Nelsen and Gargas, 2008; Peksa and Škaloud, 2011). Nižší specifita a selektivita vůči fotobiontům byla zaznamenána u různých skupin korovitých lišejníků (Helms, 2003; Blaha et al., 2006; Thüs et al., 2011). Helms (2003) má pro tuto 11

12 skutečnost dvě možná vysvětlení. Korovité lišejníky nemají spodní kůru a jsou v těsném kontaktu se substrátem, takže mohou snadno přijmout fotobionta z okolního prostředí či jiného lišejníku. Alternativním vysvětlením je fakt, že při izolaci DNA v rámci jeho práce pocházel vzorek korovitých lišejníků zpravidla z větší plochy než u jiných typů stélek. Selektivita mykobionta může být výrazně ovlivněna podmínkami prostředí. Na základě zkoumání Lepraria borealis a dalších lišejníků v okolí a na antarktickém poloostrově Coal Nunatak (Engelen et al., 2010) a lišejníků rodu Umbilicaria rovněž v Antarktidě (Romeike et al., 2002) se ukazuje, že nízká selektivita může být adaptací na rychle se měnící podmínky v extrémním prostředí. Zvlášť výhodná se zdá být schopnost změnit fotobionta pro nepohlavně se množící lišejníky (Engelen et al., 2010). Pohlavně se rozmnožujícím lišejníkům zase nízká selektivita usnadňuje kolonizaci nových habitatů. U lišejníků Protoparmeliopsis muralis byla pozorována zřetelně nižší selektivita vůči fotobiontům u položek rostoucích na antropogenních substrátech. Na 4 m 2 cihlové zdi bylo v sousedících stélkách nalezeno pět různých fotobiontů ze čtyř linií rodu Trebouxia (Guzow- Krzemińska, 2006). U jednotlivých linií fotobiontů byly zaznamenány různé preference vůči podmínkám prostředí. Dávají přednost vysoké nebo naopak nízké nadmořské výšce (Blaha et al., 2006; Peksa and Škaloud, 2011), jsou pozitivně nebo naopak negativně specifičtí vůči určitým substrátům (Beiggi and Piercey-Normore, 2007; Peksa and Škaloud, 2011) a jsou přizpůsobeni expozici slunci a dešti či naopak zastínění (Peksa and Škaloud, 2011). Výsledkem těchto adaptací může být, že stejné fotobionty sdílejí nepříbuzné lišejníky, které ale mají obdobné ekologické nároky (Lücking et al., 2009) Třída Trebouxiophyceae Třída Trebouxiophyceae patří mezi Chlorophyta (Obrázek 2) a stejně jako příbuzné třídy Chlorophyceae a Ulvophyceae je druhově bohatá a morfologicky a ekologicky značně diverzifikovaná. Fylogenetické studie založené na úseku 18S, chloroplastových i mitochondriálních genech ani ultrastrukturní data nedokázala zatím jednoznačně určit vztah mezi těmito třemi liniemi (shrnuto v Leliaert et al., 2012). Třída Trebouxiophyceae byla vymezena na základě ultrastrukturních znaků (orientace bičíkového aparátu, způsob mitózy a cytokineze) a později i molekulárních dat. Zahrnuje pohyblivé i nepohyblivé jednobuněčné, koloniální, vláknité a lupenité formy. Její zástupci obývají terestrické, sladkovodní a zřídka i brakické nebo mořské prostředí (Letsch et al., 2009; Leliaert et al., 2012). Dělí se na několik dobře vymezených linií (Chlorellales, Microthamniales, 12

13 Trebouxiales, Prasiola clade atd.), ale jejich vzájemný vztah zatím nebyl vyřešen (Leliaert et al., 2012). Obrázek 2: Přehled fylogeneze zelené linie a rozšíření zelených genů mezi jiná eukaryota. Převzato z (Leliaert et al., 2012). Jak již bylo uvedeno, zástupci této třídy jsou často fotobionty lišejníků či fotosyntetickými partnery řady dalších organismů mezi které patří sladkovodní i mořská protista, bezobratlí (mlži, Hydra, mořské sasanky aj. (Letsch et al., 2009; Hoshina et al., 2010)) i rostliny (Ginkgo). Symbióza řasy Cocomyxa s Ginkgo, která byla prokázána u řady jedinců po celém světě, je zvláštní v tom, že fotosyntetická aktivita řasy podle ultrastrukturních pozorování evidentně nehraje roli. Podstata tohoto soužití není zatím vysvětlena (Trémouillaux-Guiller and Huss, 2007). Molekulární data svědčí o tom, že se tyto symbiotické interakce vyvinuly několikanásobně nezávisle (Friedl and Büdel, 2008; Leliaert et al., 2012). Někteří zástupci ztratili schopnost fotosyntézy a přizpůsobili se parazitickému způsobu života (např. Prototheca). 13

14 2.3. Asterochloris Rod Asterochloris (Trebouxiophyceae) patří mezi nejhojněji se vyskytující fotobionty lišejníků. Byl zaznamenán ve stélkách asi 120 druhů lišejníků z 26 rodů (shrnuto v doplňující tabulce k publikaci Škaloud and Peksa, 2010). Původně byl považován za součást rodu Trebouxia. V roce 1980 byl popsán jeho typový druh Asterochloris phycobiontica z lišejníku Anzina carneonivea (Tschermak-Woess, 1980), ale i ten byl později přeřazen do rodu Trebouxia (Tschermak-Woess, 1989). V souladu s doporučením řady autorů (Rambold et al., 1998; Piercey-Normore and DePriest, 2001; Helms, 2003) byl nakonec na základě molekulárních i ultrastrukturních dat vyčleněn (Škaloud and Peksa, 2010). Asterochloris se vyznačuje především parietální pozicí chloroplastu před buněčným dělením, typickou ultrastrukturou matrix pyrenoidu, hluboce laločnatým chloroplastem, spíše vejčitým, eliptickým nebo hruškovitým tvarem buňky a rozmnožováním pomocí aplanospor (typicky ) a zoospor, zřídka autospor (shrnuto ve Škaloud, 2008). V současnosti je formálně popsáno sedm druhů (Asterochloris phycobiontica, A. glomerata, A. irregularis, A. magna, A. erici, A. excentrica, A. italiana), ale dalších 12 linií je zřetelně vymezeno na základě molekulárních dat a v mnoha případech také na základě morfologie, specifity k určitému mykobiontovi či preferencí k různým parametrům prostředí (Piercey- Normore and DePriest, 2001; Nelsen and Gargas, 2008; Škaloud, 2008; Škaloud and Peksa, 2010; Peksa and Škaloud, 2011). Lišejníky ze skupiny Cladoniineae vykazují silnou specifitu vůči fotobiontům Asterochloris spp. (Rambold et al., 1998), ale diverzita rodu byla studována hlavně ve stélkách lišejníků rodu Cladonia (Piercey-Normore and DePriest, 2001; Beiggi and Piercey-Normore, 2007) a Lepraria (Nelsen and Gargas, 2008; Peksa and Škaloud, 2011). Stejně jako u příbuzného rodu Trebouxia, je existence volně žijících populací Asterochloris považována za nepravděpodobnou (Ahmadjian, 1987, 1993). Pro opak svědčí např. pozorování epifytických Asterochloris spp. a Trebouxia spp. na lišejnících z čeledi Verrucariaceae (Thüs et al., 2011). Velmi přesvědčivý je údaj o výskytu buněk Trebouxia spp. mezi prvními kolonizátory v oblasti kompletně sterilizované lesním požárem, mnohem dříve, než se objevil první lišejník (Mukhtar et al., 1994) Chloroidium Zástupci rodu Chloroidium (Trebouxiophyceae) jsou široce rozšířeni na přírodních i umělých terestrických i vodních stanovištích (Darienko et al., 2010). V několika případech byli zaznamenáni jako fotobionti lišejníků (Tschermak-Woess, 1948, 1978, 1988b; Beck, 2002). 14

15 K rodu byly recentně přeřazeny elipsoidní řasy podobné rodu Chlorella do té doby známé pod různými názvy (Chlorella ellipsoidea, Chlorella trebouxioides, Pseudochlorella aquatica, Chlorella saccharophila, Chlorocloster engadiensis, Chlorella angustoellipsoidea) na základě morfologie, ekofyziologie a kombinace molekulárních markerů 18S a ITS (Darienko et al., 2010). Současně byly jako příslušníci rodu Chloroidium určeny některé kultury chybně zařazené ke Glaphyrella trebouxioides a Elliptochloris sp.. Momentálně jsou platně popsány čtyři druhy: C. ellipsoideum, C. angustoellipsoideum, C. engadiensis a C. saccharophilum (Darienko et al., 2010). Rod Chloroidium patří do tzv. Watanabea cladu (Obrázek 11, obdobně jako např. Darienko et al. 2010; Neustupa et al. 2011). Vyznačuje se elipsoidním až vejčitým tvarem buňky, parietálním chloroplastem (laločnatým nebo nelaločnatým, nikdy hrncovitým), relativně tenkou buněčnou stěnou tloustnoucí s věkem a reprodukcí pomocí autospor nestejné velikosti. Dále je pro něj charakteristická produkce ribitolu, která jej odlišuje např. od rodu Chlorella, ale je rozšířeným jevem mezi terestrickými řasami (Darienko et al., 2010) Lišejníky rodu Stereocaulon Rod Stereocaulon má v současnosti druhů (Högnabba, 2006). Tradičně do něj patří lišejníky mající korovitou primární stélku, ze které vyrůstá sekundární stélka. V poslední době navíc do rodu přibylo několik korovitých druhů na základě dalších morfologických charakteristik. Do rodu Stereocaulon byl na základě fylogenetických analýz několika molekulárních markerů přiřazen i monotypický rod Muhria (Myllys et al., 2005; Högnabba, 2006). Díky tomu nyní tvoří monofyletickou skupinu rozlišenou na osm linií. Molekulární data však nepodporují mnoho tradičních druhů, mezi které patří např. S. alpinum, S. incrustatum, S. saxatile, S. vesuvianum a další (Obrázek 3 (Högnabba, 2006)). Na rod Stereocaulon se upírá pozornost kvůli jeho výskytu v polárních oblastech, s tím související produkcí sekundárních metabolitů a jejich možnému praktickému využití (Paudel et al., 2008; Seo et al., 2008; Wilson and Brimble, 2009). Nicméně jeho rozšíření se zdaleka na tyto oblasti neomezuje. Diverzita fotobiontů lišejníků rodu Stereocaulon byla studována jen ojediněle a pouze na malém množství vzorků (Nelsen and Gargas, 2006). Většinou byli fotobionti lišejníků tohoto rodu zkoumáni v rámci prací zaměřených na diverzitu fotobiontů rodu Lepraria ze stejné čeledi (Stereocaulaceae; Nelsen and Gargas, 2008; Peksa and Škaloud, 2011) či dalších lišejníků (Rambold et al., 1998; Piercey-Normore and DePriest, 2001; Bačkor et al., 2010; Škaloud and Peksa, 2010). Mykobionti rodu Stereocaulon mohou kromě zelených řas vytvářet symbiózu 15

16 Obrázek 3: MP fylogenetický strom vytvořený na základě ITS a genu pro β-tubulin. Hodnoty Bremerovy podpory (Decay Index) jsou vyznačeny na větvích. Uvedena je současná klasifikace druhů. Vyznačeno je osm linií a outgroup. Převzato z (Högnabba, 2006). 16

17 rovněž se sinicemi, které jsou v takovém případě soustředěny v tzv. cefalodiích (Lücking et al., 2009) Metody studia diverzity fotobiontů lišejníků Určování fotobiontů na základě morfologie komplikuje fakt, že většina důležitých znaků jako je tvar a velikost buněk a morfologie chloroplastu se ve stélce lišejníku výrazně mění (Peksa and Škaloud, 2008). Vláknité řasy mohou být navíc redukovány na krátká vlákna nebo jednotlivé buňky (Friedl and Büdel, 2008). Proto tomuto určování musí předcházet kultivace fotobiontů, která je mnohdy obtížná a časově náročná (Helms, 2003). S nástupem molekulárních metod se tento problém částečně vyřešil, jelikož lze DNA fotobionta izolovat přímo ze stélky, tedy bez potřeby kultivace, a následně za použití řasově specifických primerů amplifikovat příslušný úsek (Piercey-Normore and DePriest, 2001). Nicméně od kultivace fotobiontů se neupouští ani při využití molekulárních metod, jelikož v některých případech použití DNA izolované přímo ze stélky přináší další metodické obtíže (Thüs et al., 2011) Molekulární metody ITS (internal transcribed spacer) Jako ITS je tradičně chápána celá oblast mezi jadernými geny pro malou ribosomální podjednotku a velkou ribosomální podjednotku: první mezerníková oblast ITS1, 5,8 RNA gen a druhá mezerníková oblast ITS2. Obě mezerníkové oblasti jsou odstraněny enzymy, které vytváří finální 18 S, 5,8S a 28 S RNA (Coleman 2007). Obrázek 4: Diagram znázorňující organizaci nukleárních ribosomálních cistronů (šedé obdélníky) a jejich primární RNA transkript. Převzato z (Coleman, 2003). Tato oblast je u rostlin jedním z nejpoužívanějších molekulárních markerů na rodové a nižší úrovni (Álvarez and Wendel, 2003). Využití této sekvence má řadu výhod, mezi které patří především biparentální dědičnost (díky tomu, že se jedná o jaderný marker), univerzálnost (existují univerzální primery použitelné pro celou řadu organismů (White et al., 1990)) a velké 17

18 množství kopií v genomu a malá délka umožňující snadnou amplifikaci pomocí PCR (s výjimkou nahosemenných rostlin, které mají tuto oblast enormně dlouhou (Campbell et al., 2005; Xian- Zhao et al., 2007)). Álvarez a Wendel (2003) ovšem upozorňují na to, že některé z těchto výhod, mohou být současně i nevýhodami: např. při použití univerzálních primerů je značné nebezpečí kontaminace a vysoký počet kopií v genomu může u některých skupin vést k intragenomické variabilitě. Značná variabilita sekvence může navíc působit problémy při vytváření alignmentu, především mezi zkoumanou skupinou a sekvencemi zvolenými jakou outgroup. Tento problém se z velké části vyřešil použitím sekundárních struktur (viz níže), které určují alignment párujících se pozic (Coleman 2007). Při založení alignmentu ITS2 na sekundárních strukturách, ho lze vytvořit v rámci taxonomické kategorie až do úrovně řádu (Coleman and Mai, 1997; Obrázek 5). Fylogenetický strom vytvořený na základě takovéhoto alignmentu v rámci řádu Fagales byl kongruentní s analýzami na základě 18S a chloroplastových genů (Coleman, 2003). Obrázek 5: Diagram hiearchie taxonomických kategorií (řád, čeleď, rod, druh, poddruh). Závorky znázorňují přibližné rozpětí, ve kterém je určitá DNA sekvence běžně používána pro fylogenetické analýzy. Závorka ITS2 reprezentuje možné rozpětí při použití sekundární struktury ITS2. Převzato z (Coleman 2003). Úseky RNA ITS1 a ITS2 tvoří sekundární struktury na základě komplementarity různých úseků sekvence (vlásenkové struktury). Ta díky tomu obsahuje konzervované úseky důležité pro tvorbu sekundární struktury a naopak smyčky na konci těchto vlásenkových struktur s častými insercemi, delecemi a substitucemi. Změny jednotlivých nukleotidů v konzervovaných úsecích ITS jsou vzácné z důvodu zachování párování v sekundární struktuře, ale jejich pravděpodobnost je výrazně vyšší, než pravděpodobnost oboustranných změn (Compensatory Base Change - CBC). Taková změna vyžaduje změny na dvou od sebe v primární struktuře vzdálených místech splňující požadavky na zachování vodíkových vazeb (Coleman, 2000). 18

19 Přítomnost těchto CBC mezi sekundárními strukturami především ITS2 označují Coleman et al. (Coleman et al., 1994) za známku toho, že jsou dané organismy rozdílnými biologickými druhy, naopak jejich nepřítomnost ale nelze považovat za důkaz toho, že se jedná o stejný druh (Müller et al., 2007) Další jaderné molekulární markery Nejčastěji využívaným markerem pro studie na vyšší taxonomické úrovni, než je rod (Obrázek 4, Obrázek 5), je sekvence 18S rdna, genu kódujícího 18S rrna, část malé jaderné ribosomální podjednotky. Na jeho základě byla např. definována třída Trebouxiophyceae (Friedl, 1995). Nicméně obsahuje velmi variabilní oblasti V4 a V5, které lze použít pro fylogenetické analýzy i na druhové úrovni (Friedl and Rokitta, 1997). Tato sekvence se často využívá také v kombinaci s ITS (Darienko et al., 2010; Luo et al., 2010) či chloroplastovým markerem rbcl (Sherwood et al., 2000; Thüs et al., 2011). Jako alternativa k 18S může být využita část sekvence 26S rdna (genu kódujícího 26 rrna, část velké jaderné ribosomální podjednotky; Obrázek 4, Obrázek 5). Úsek asi bp (asi 40 % celkové délky genu) na 5 konci sekvence, vykazoval v sekvencích Trebouxia spp. a zástupců příbuzných rodů asi 1,5x více variabilních pozic, než celý úsek 18S. Tento úsek zahrnuje rovněž dvě hypervariabilní oblasti D1 a D2 použitelné na nejnižší taxonomické úrovni (Friedl and Rokitta, 1997). Pro fylogenetické analýzy na úrovni druhu se ukázala vhodná sekvence genu pro aktin. U rodu Trebouxia se potvrdila předchozí pozorování dvou typů tohoto genu, a proto byly vytvořeny specifické primery pro aktinový gen typu I, aby bylo možné analyzovat pouze orthology (Kroken and Taylor, 2000). Sekvence sestává ze dvou intronů a jednoho exonu. Má více variabilních pozic než ITS a fylogenetické stromy vytvořené pouze na základě genu pro aktin typu I či v kombinaci s ITS poskytují lepší rozlišení linií a vyšší podporu jednotlivých větví (Kroken and Taylor, 2000; Nelsen and Gargas, 2006; Škaloud and Peksa, 2010) Chloroplastové molekulární markery Plastidové markery jsou u fotobiontů lišejníků využívány výrazně méně, než u cévnatých rostlin (del Campo et al., 2010). V poměrně širokém rozpětí taxonomických kategorií se používá sekvence rbcl (Muggia et al., 2010; Thüs et al., 2011; Leliaert et al., 2012), která je kratší a variabilnější, než sekvence 18S. RbcL je protein kódující gen (velká podjednotka RuBisCo) a neobsahuje inserce/delece, proto je snadné vytvořit alignment získaných sekvencí. Evoluce tří pozic ve čtecím rámci probíhá různou rychlostí a na třetí pozici může docházet k saturaci. V takovém případě je možné provádět fylogenetické analýzy pouze na základě prvních dvou pozic (Sherwood et al., 2000). 19

20 2.8. Cíle práce Cílem této práce je zmapovat diverzitu fotobiontů ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon a dále odpovědět na následující otázky: Objeví se nové linie v rámci rodu Asterochloris? Jsou některé linie fotobiontů pozitivně či negativně specifické pro tohoto mykobionta? Jsou mykobionti rodu Stereocaulon selektivní vůči fotobiontům? Mohou stélky tohoto lišejníku obsahovat současně více druhů či rodů fotobiontů? Jakým způsobem diverzitu fotobiontů ovlivňují parametry prostředí jako je typ substrátu nebo nadmořská výška? 20

21 3. Materiál a metody Bylo zpracováno celkem 92 položek lišejníků rodu Stereocaulon (Příloha 1), z nichž 30 byly vlastní sběry. Ostatní položky byly většinou zapůjčeny z jiných herbářů. Využit byl materiál z let Sběr materiálu byl prováděn na různých lokalitách v České republice, v Rakousku, Německu, Finsku, v Rusku (na východní Sibiři), v USA (na Aljašce), na Kanárských ostrovech, v Grónsku, Argentině a Mexiku v nadmořských výškách od 50 do m n. m. Materiál byl sbírán na různorodých přírodních i umělých substrátech, jako jsou různé kameny a skály (čedičové, žulové aj.), láva, půda, struska, textil, kov a pěnová izolace. Pomocí konvenčních lichenologických metod se podařilo identifikovat 12 druhů mykobiontů 1. Část položek bylo s jistotou možné určit pouze do rodu. Nejčastějším druhem mykobionta byl Stereocaulon vesuvianum (29 položek), dalšími hojnými druhy byly Stereocaulon paschale, S. alpinum, S. tomentosum, S. nanodes, jednou či dvěma položkami byly zastoupeny druhy S. apocalypticum, S. condensatum, S. dactylophyllum, S. intermedium, S. pileatum, S. spathuliferum a S. symphycheilum Izolace a kultivace fotobiontů Z vybraných položek byli izolováni fotobionti do kultur metodou izolace z fragmentu stélky (Ahmadjian, 1993; Peksa and Škaloud, 2008): malé kousky stélky byly umístěny na 2% agarové modifikované BBM médium (Sigma) na Petriho miskách (o průměru 50 mm) a inkubovány při teplotě 18 C a osvětlení mmol.m -2.s -1, 16 hodin světlo : 8 hodin tma. Misky byly pravidelně kontrolovány, zda se neobjevuje houbová kontaminace. V takovém případě byla kontaminovaná část média opatrně odstraněna, nebo byl fragment stélky přenesen na novou misku. Po přibližně třech týdnech byla kolonie fotobiontů narostlá vedle fragmentu stélky přenesena na novou misku (o průměru 30 mm) se stejným médiem a nadále kultivována při stejných podmínkách. Tímto způsobem byli vyizolováni fotobionti z 52 stélek lišejníků (z každé průměrně dvě až tři kultury). Celkem z 25 kultur pocházejících ze 16 stélek byly získány sekvence ITS (Příloha1) Pozorování kultur a buněk fotobiontů Kultury byly průběžně pozorovány pomocí binokulární lupy. K pozorování jednotlivých buněk byl používán mikroskop Olympus BX 51. Buňky byly fotografovány při čtyřsetnásobném zvětšení fotoaparátem Olympus Z5060 instalovaném na tomto mikroskopu. 1 Položky použité v této práci určovali Ondřej Peksa, Lucia Muggia, Zdeněk Palice, Jiří Malíček, David Svoboda, Dietmar Trauber a Walter Obermayer. 21

22 Tabulka 1: Přehled použitých primerů 3.2. Izolace DNA DNA ze stélky byla izolována dle modifikovaného protokolu CTAB (Cubero et al., 1999). Oproti tomuto protokolu nebyl materiál rozdrcen pomocí tekutého dusíku, nýbrž pomocí wolframových kuliček v mlýnku Retsch MM200 při rpm. DNA byla resuspendována v 25 μl TE pufru a následně naředěna sterilní Milli-Q vodou v poměru 1:20. DNA z buněk fotobiontů z kultur byla izolována pomocí kitu DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) dle instrukcí výrobce s drobnými úpravami Amplifikace úseku DNA pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a sekvenování Úsek ITS1-5,8S-ITS2 rdna byl amplifikován pomocí řasově specifického primeru nr-ssu a univerzálního primeru ITS4-3. Část úseku 18S rdna byla nejprve amplifikována pomocí primerů 18S SEQ 1122f-5 a ITS2N-3. Na základě získané sekvence tohoto úseku byl vytvořen specifický primer Astero-vivi-3. Zbývající část 18S rdna byla amplifikována primery 18S F-5 a novým specifickým primerem Astero-vivi-3. Pro úsek rbcl byla u různých vzorků použita jedna z následujících kombinací primerů: PRASF1-5 a PRASR1-3 ; a-ch-rbcl MPN-5 a a- ch-rbcl MPN-3 (Tabulka 1). Název Použití Úsek Sekvence primeru Zdroj nr-ssu amplifikace/ sekvenace ITS 5 -CTGCGGAAGGATCATTGATTC-3 (Piercey-Normore and DePriest, 2001) ITS4-3 amplifikace/ ITS 5 -TCCTCCGCTTATTGATATGC-3 (White et al., 1990) sekvenace PRASF1-5 amplificece/ sekvenace rbcl 5 -ATGGTTCCACAAACAGAAAC-3 (Sherwood et al., 2000) PRASR1-3 amplificece/ sekvenace rbcl 5 -TTGTCAATAGTATCAAATTC-3 (Sherwood et al., 2000) a-ch-rbcl amplificece/ rbcl 5 -GAATCWTCWACWGGWACTT (Nelsen et al., 2011) MPN-5 sekvenace GGACWAC-3 a-ch-rbcl amplifikace rbcl 5 -CCTTCTARTTTACCWACAAC-3 (Nelsen et al., 2011) MPN-3 18S F-5 amplifikace 18S 5 -AACCTGGTTGATCCTGCCAGT-3 (Katana et al., 2001) 18S SEQ 1122f-5 amplifikace/ 18S 5 -GGCTGAAACTTAAAGGAATTG-3 (Thüs et al., 2011) sekvenace 18S SEQ 34f-5 sekvenace 18S 5 -GTCTCAAAGATTAAGCCATGC-3 (Thüs et al., 2011) ITS2N-3 amplifikace 18S 5 -TCGCTGCGTTCTTCATC-3 (Beck et al., 1998) Astero-vivi-3 amplifikace 18S 5 -TCACCAGCACGTCCAAT-3 vlastní primer 18S F-5 sekvenace 18S 5 -GCTACCACATCCAAGGAAGGCA-3 (Katana et al., 2001) 18S F-5 sekvenace 18S 5 -GTCAGAGGTGAAATTCTTGGAT-3 (Katana et al., 2001) Al 1500af-5 sekvenace 18S 5 -GCGCGCTACACTGATGC-3 (Helms et al., 2001) Všechny PCR reakce probíhaly v objemu 20 μl reakční směsi. Pro amplifikaci úseku ITS byla použita následující reakční směs: 22

23 2 μl 10x PCR pufru (Sigma) 0,4 μl 10 μm dntp 0,2 μl 25 mm MgCl 2 0,25 μl 25 pm/ml forward primeru 0,25 μl 25 pm/ml reverse primeru 0,5 μl Red Taq DNA polymerázy (Sigma) 1 5 μl DNA doplnění do objemu 20 μl sterilní Milli-Q vodou Pro amplifikaci úseků 18S a rbcl byla použita následující reakční směs: 4 μl 5x MyTaq reakčního pufru (Bioline) 0,5 μl 25 pm/ml forward primeru 0,5 μl 25 pm/ml reverse primeru 0,2 μl MyTaq HS DNA polymerázy (Bioline) 3 μl DNA 11,8 μl sterilní Milli-Q vody PCR reakce probíhala v termocykleru PCR Mastercycler Gradient (Eppendrorf). Pro amplifikaci fragmentu ITS byl využit následující program: iniciální denaturace 94 C, 5 minut 35 cyklů: denaturace 94 C, 1 minuta, annealing 50 C, 1 minuta, elongace 72 C, 2 minuty finální elongace 72 C, 10 minut Pro amplifikaci fragmentu 18 S byl využit následující program: iniciální denaturace 95 C, 1 minuta 35 cyklů: denaturace 95 C, 1 minuta, annealing 52 C, 1 minuta, elongace 72 C, 2 minuty finální elongace 72 C, 10 minut Pro amplifikaci fragmentu rbcl byl využit následující program (Thüs et al., 2011): iniciální denaturace 95 C, 5 minut 35 cyklů: denaturace 95 C, 45 sekund, annealing 47 C, 90 sekund, elongace 72 C, 2 minuty finální elongace 72 C, 10 minut Přítomnost fragmentů DNA o předpokládané délce (v porovnání s markerem O GeneRuler DNA Ladder Mix) byla zjišťována pomocí elektroforézy. 2 μl PCR produktu bylo naneseno na 1% TAE 23

24 agarózový gel a značeno pomocí ethydiumbromidu. Zbývající objem PCR produktu byl přečištěn pomocí kitu GenElute PCR Clean-Up (Sigma) nebo QIAquick Purification Kit (Qiagen) podle instrukcí výrobce s drobnými úpravami. Koncentrace přečištěného PCR produktu byla měřena na přístroji NanoDrop Sekvenování provedla firma Macrogen Ltd. na sekvenátoru 3730XL DNA sequencer. Úsek ITS1-5,8S-ITS2 rdna byl sekvenován pomocí primeru nr-ssu , ITS4-3, nebo oběma primery. Úsek 18S rdna byl sekvenován vzhledem k délce sekvence několika primery: 18S SEQ 34f-5, 18S F-5, 18S F-5, 18S SEQ 1122f-5 a Al 1500af-5. Část úseku rbcl byla sekvenována buď primerem a-ch-rbcl MPN-5 nebo kombinací primerů PRASF1-5 a PRASR1-3 (Tabulka 1). Pro prohlížení, úpravy a spojování sekvencí byl využit program SeqAssem (Hepperle, 2004) Sekundární struktury ITS Sekundární struktury ITS1 a ITS2 byly zkonstruovány u sekvencí, které to umožňovaly, na základě publikované struktury (Škaloud and Peksa, 2010). Zbývající sekundární struktury ITS1 byly vytvořeny s pomocí programu Mfold (Zuker, 2003) při teplotě 15 C. K vytvoření zbývajících sekundárních struktur ITS2 byla použita aplikace pro homologní modelování v rámci ITS2 database (Wolf et al., 2005) a program Mfold. Všechny sekundární struktury byly editovány a vizualizovány pomocí programů 4SALE (Seibel et al., 2006) a VARNA (Darty et al., 2009) Alignment Alignmenty úseku ITS byly sestaveny na základě sekundárních struktur, jejichž využití zlepšuje fylogenetické analýzy (Coleman and Mai, 1997; Wiemers et al., 2009; Keller et al., 2010), v programu MEGA verze 4 (Tamura et al., 2007). Sekvence ITS fotobiontů zaznamenané ve zkoumaných položkách byly natolik rozdílné, že z nich nebylo možné sestavit jeden alignment. Byly tedy rozděleny do dvou souborů dat ITS Asterochloris a ITS Chloroidium. Alignment ITS Asterochloris s 67 vlastními sekvencemi úseku ITS byl doplněn o sekvence ze studií zabývajících se fotobionty rodu Asterochloris včetně sekvencí genu pro aktin typu I, díky nimž bylo možné vytvořit lépe podpořený fylogenetický strom (Nelsen and Gargas, 2006; Škaloud and Peksa, 2010; Peksa and Škaloud, 2011). Dále byly přidány vybrané sekvence ITS z GenBanku (Benson et al., 2011) a šest sekvencí fotobiontů poskytnutých Terezou Řídkou (Příloha2). 24

25 Vybrány byly především sekvence, u kterých byla pomocí nástroje BLAST zjištěna vysoká míra shody s nově získanými sekvencemi (Altschul et al., 1990). Identické sekvence byly zařazeny v případě, že přispěly k zachycení diverzity mykobiontů dané linie, různých parametrů prostředí, či výskytu v různých geografických oblastech. Po odstranění pozic, na kterých byly ve většině sekvencí mezery, měl výsledný alignment znaků, z toho 519 tvoří úsek ITS a 622 gen pro aktin typu I (Tabulka 2). Z celkového počtu 146 sekvencí bylo v alignmentu ponecháno 76 unikátních. Tabulka 2: Délka a vybraný substituční model jednotlivých částí alignmentu ITS Asterochloris ITS aktin ITS1 5,8 S ITS2 intron 1 exon intron 2 Délka alignmentu Substituční model GTR+Γ JC SYM+Γ HKY+Γ K80+I HKY+Γ Do alignmentu ITS Chloroidium byly ke 40 vlastním sekvencím přidány 3 sekvence fotobiontů poskytnuté Terezou Řídkou, publikované sekvence volně žijících zástupců (Darienko et al., 2010) a sekvence z GenBanku (Benson et al., 2011) (Příloha 3). Z alignmentu byla na základě modelů sekundárních struktur odstraněna část odpovídající helixu IV struktury ITS2 u sekvencí C. engadiensis a C. saccharophilum, jelikož sekundární struktura ITS2 u zbývajících druhů tento helix postrádá. Naopak byla u těchto druhů ponechána velká inserce v oblasti ITS1. Po odstranění ostatních pozic, na kterých byly ve většině sekvencí mezery, měl výsledný alignment 626 znaků (Tabulka 3). Z celkového počtu 70 sekvencí bylo v alignmentu ponecháno 30 unikátních. Tabulka 3: Délka a vybraný substituční model jednotlivých částí alignmentu "ITS Chloroidium" ITS1 5,8 S ITS2 Délka alignmentu Substituční model GTR+I K80+I HKY+I Alignment sekvencí genu pro malou jadernou ribosomální podjednotku (18 S rdna) sestával ze tří vlastních sekvencí zástupců linie Palma, ze sekvencí zástupců hlavních linií v rámci třídy Trebouxiophyceae (66 sekvencí) z GenBanku (Benson et al., 2011) a dvou sekvencí rodu Nephroselmis (Nephroselmidophyceae, Prasinophytina), které byly vybrány jako outgroup. Z alignmentu byly odstraněny introny a další pozice, na kterých byly ve více než polovině sekvencí mezery či chybějící data. Po odstranění těchto pozic, byly sekvence L1616 a L1618 shodné (původně obě obsahovaly intron), byla tedy pro další analýzy v alignmentu ponechána pouze jedna z nich. Výsledný alignment obsahoval 70 unikátních sekvencí a byl dlouhý znaků. 25

26 Do alignmentu sekvencí genu pro velkou podjednotku RuBisCo (rbcl) bylo ke třem vlastním sekvencím zástupců linie Palma vybráno ze sekvencí dostupných v GenBanku (Benson et al., 2011) 40 sekvencí tak, aby pokryly pokud možno hlavní linie třídy Trebouxiophyceae. Nicméně se nepodařilo najít sekvence zástupců některých linií nebo byla z dané linie nalezena pouze jediná sekvence. Dále byly přidány dvě sekvence rodu Nephroselmis (Nephroselmidophyceae, Prasinophytina), které byly použity jako outgroup. Jelikož byly sekvence různě dlouhé, byly z alignmentu odstraněny koncové úseky, na kterých bylo příliš mnoho ( 50 %) chybějících dat. Výsledný alignment obsahoval 45 unikátních sekvencí a měl znaků (Tabulka 4). Tabulka 4: Počet znaků a vybraný substituční model jednotlivých částí alignmentu rbcl 1. pozice 2. pozice 3. pozice Počet znaků Substituční model GTR + Γ + I JC + Γ + I GTR + Γ + I 3.6. Fylogenetické analýzy Jelikož evoluce různých částí vybraných markerů probíhá různou rychlostí, byly substituční modely pro následující analýzy vypočteny v rámci úseku ITS zvlášť pro část ITS1, ITS2 a 5,8 S rdna, v rámci úseku genu pro aktin typu I pro exon a každý z intronů (Tabulka 2, Tabulka 3) a v rámci úseku rbcl pro každou z pozic ve čtecím rámci (Tabulka 4). Substituční model byl určen podle Akaike Information Criterion pomocí programu PAUP/MrModeltest (Nylander, 2004). Fylogenetický strom pro každý výše uvedený soubor dat byl nalezen metodou Bayesovy inference (BI) v programu Mr. Bayes verze (Huelsenbeck and Ronquist, 2001) pomocí Markov Chain Monte Carlo (MCMC) metody. Byly použity dva paralelní MCMC chody, každý se třemi horkými a jedním studeným řetězcem. Analýza běžela po generací v případě souboru dat ITS Asterochloris, rbcl a 18S rdna a po generací v případě ITS Chloroidium. Stromy a parametry byly zaznamenány každých 100 generací. Statistická podpora jednotlivých větví byla spočítána také metodou maximum likelihood v programu GARLI (Zwickl, 2006) a metodou maximum parsimony v programu PAUP (Swofford, 2003). ML analýza byla provedena podle modelu GTR + Γ + I pro soubor dat ITS Asterochloris, rbcl a 18 S rdna a podle modelu GTR + I pro soubor dat ITS Chloroidium na základě 100 opakování heuristické analýzy s automatickým ukončením po generacích bez signifikantního zlepšení topologie stromu. 26

27 Bootstrapová podpora a posteriorní pravděpodobnost byla interpretována jako slabá (<50%), střední (50 94 % pro BI, % pro ML a MP) a vysoká (>94% pro BI, >79% pro ML a MP) (Peksa and Škaloud, 2011). Výsledný fylogenetický strom byl dále zpracován v programu MEGA4 (Tamura et al., 2007). 27

28 4. Výsledky 4.1. Fotobionti rodu Asterochloris V 60 z celkového počtu 92 zkoumaných stélek lišejníků rodu Stereocaulon byli nalezeni fotobionti, z jejichž sekvence ITS dosahovala 99% 100% podobnosti s nejbližšími známými sekvencemi ITS příslušníků rodu Asterochloris, v dalších čtyřech stélkách byli nalezeni fotobionti se zřetelně odlišnou sekvencí ITS (pouze 86% podobnost sekvencím příslušníků rodu Asterochloris (Altschul et al., 1990; Benson et al., 2011)), nicméně bylo možné sestavit společný alignment označený jako ITS Asterochloris, na základě kterého byl vytvořen společný fylogenetický strom (Obrázek 6). Z celkového množství 146 sekvencí (76 unikátních), které byly do analýzy zahrnuty, bylo 67 vlastních, z nichž 59 bylo získáno z DNA izolované přímo ze stélky a osm z kultur fotobiontů. Výše zmíněných 60 stélek lišejníků rodu Stereocaulon pocházelo z České republiky, Rakouska, Německa, Finska, Ruska (z východní Sibiře), z USA (z Aljašky), z ostrova La Palma (Kanárské ostrovy), z Grónska, Argentiny a Mexika (Příloha 1). Ostatní fotobionti, jejichž sekvence ITS byly do analýzy zařazeny (Příloha 2), mají rovněž rozmanitý původ, ať už geografický (Česká republika, Slovensko, Německo, Bulharsko, Rumunsko, Ukrajina, Itálie, Island, Španělsko, Rusko, USA, Kanada, Kostarika, Guyana, Čína, Indie, Tanzánie a Austrálie), nebo z hlediska substrátu (břidlice, čedič, pískovec, žula, půda, kůra stromů aj.). Především však mají různé mykobionty (Anzina carneonivea, Cladia aggregata, Cladonia spp., Diploschistes muscorum, Lepraria spp., Pilophorus spp., Stereocaulon spp., Xanthoria parietina). Celkem vzniklo 21 vysoce statisticky podpořených linií, z nichž 19 bylo známo již z minulosti (Piercey-Normore and DePriest, 2001; Nelsen and Gargas, 2008; Škaloud and Peksa, 2010; Peksa and Škaloud, 2011). Dvacátá linie O zahrnuje kromě nové sekvence sekvenci již známou (Hammer 7000 (Nelsen and Gargas, 2008)). Úplně novou linií je zřetelně oddělená linie Palma, pomocí které byl také strom zakořeněn. Sekvence fotobiontů rodu Stereocaulon (Obrázek 7 Obrázek 9, vyznačeno žlutě) se vyskytují ve 13 z 21 linií, sekvence získané v rámci této práce (vyznačeno tučně) ale jen v devíti z nich (A1, A2, F, H, L, M, O, Q a Palma ). V pěti z nich (F, H, M, O, Q) do této chvíle byli zaznamenáni pouze fotobionti jiných lišejníků. Fotobionti z většiny stélek (42) příslušeli k linii A (Obrázek 7), z toho dvě položky pocházející z Finska a Argentiny k linii A1 (Asterochloris glomerata) a 37 položek pocházejících z rakouských Alp, ČR (Jizerských hor, Krkonoš a Krušných hor), Aljašky, Jakutska (východní Sibiř, Rusko), Grónska a Finska přísluší k linii A2 (Asterochloris irregularis). 28