Zpráva přednosty o činnosti nového Ústavu Biocev 1.LF ve Vestci u Prahy za první rok fungování.

Transkript

1 Zpráva přednosty o činnosti nového Ústavu Biocev 1.LF ve Vestci u Prahy za první rok fungování. Základní info o ústavu Od zahájil činnost nový ústav (131) fakulty Biocev1.LF se sídlem ve Vestci u Prahy. Formálně má přednostu, administraci a 9 výzkumných skupin, z nichž 5 je interních a 4 externí, detašované z ústavů 1.LFUK. Činnost výzkumných skupin je hrazena výzkumnými granty. Činnost ústavu Biocev1.LF je upravena v organizačním řádu (schváleného p. děkanem), který mimo jiné stanovuje: 1) Předmětem činnosti Biocevu 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze (dále jen Biocev 1.LF ) je vědecká a pedagogická činnost v doktorských studijních programech biomedicíny. 2) Vedoucí vědecké skupiny (VVS) publikuje v co nejvýznamnějších vědeckých časopisech zvažuje patentování účastní se grantových výzev 3) VVS je plně zodpovědný za vedení vědecké skupiny, a to v ohledu ke získávání finančních prostředků na provoz i personální obsazení. Tedy činnost výzkumných skupin je značně autonomní avšak s důrazem na zodpovědné plnění výzkumných programů, dedikování výsledků a zajištění financování. SWOT Silné stránky (Strengths) Hlavní význam pro dosažení špičkových výsledků mají společné servisní laboratoře, tzv. core facilities. Všechny servisní laboratoře BIOCEV jsou otevřené pro poskytování výzkumných služeb vnějším uživatelům. Silnou stránkou je dále aplikační potenciál. Příjmy neveřejných prostředků za rok 2016 přesáhly 3 mil Kč. CCP české centrum pro fenogenomiku: myší klinika Přípravna médií a umývárna Kryobanka OMICS genomika: sekvenování včetně NGS Centrum molekulární struktury: hmotnostní spektrometrie aj. OMICS proteomika Zobrazovací struktury: optická a elektronová mikroskopie Kvantitativní a digitální PCR Slabé stránky (Weaknesses) Ústav Biocev1.LF nemá přiděleny zdroje z PRVOUK/Progres. Dalším motivačním nástrojem jsou vratky z režií, které nebyly skupinám Biocev poskytnuty, přestože existuje převis výše režií nad náklady. Toto rozhodnutí prakticky penalizuje ty skupiny, které granty získaly oproti těm, které je nemají. Cílem by však mělo spíše být to, jak tyto VVS dále motivovat k získání dalších grantových prostředků. Dalším negativním faktorem je, že takto byly penalizovány skupiny v Biocev a nikoli na celé 1.LF. Některé skupiny nevykazují potřebný vědecký potenciál a uvažuje se o jejich nahrazení. Týká se některých externích skupin, které nezvládají pracovat ve dvou oddělených laboratořích. Tyto skupiny mají minimální možnost projít evaluací v nadcházejícím období. Příležitosti (Opportunities) Posílit spolupráci s aplikační sférou formou zapojení se do Katalogu služeb, který organizuje CPPT při UK. Aktuálně probíhá příprava materiálů pro tento katalog z několika laboratoří s aplikačním potenciálem. 1

2 Hrozby (Threats) Ztráta kompetitivnosti dalších laboratoří ve smyslu poklesu publikační aktivity nebo jejich podfinancování institucionálními prostředky. To povede následně k tomu, že nebudou schopny získat granty a tím dojde k nepokrytí režijních nákladů a zvýšení náročnosti pro 1.LF. Vize pro rok 2017 Během první poloviny roku 2017 v Biocev1.LF by mělo dojít k: 1. zapojení do institucionálního financování Prvouk/Progres (stále není vyřešeno!) 2. přerozdělení institucionálního financování NPUII, tak aby byly financovány z NPU II jen skupiny, které v rámci indikátorů Biocev1.LF působí 3. dosažení výše smluvního výzkumu podle plánu v NPUII (v roce 2016 je to 5 mil Kč) 4. zapojení do evropských projektů, OPVVV (některé skupiny jsou součástí této výzvy) 5. nahrazení nefunkčních skupin novými vedoucími, kteří založí výzkumnou skupinu a získají (nejprve) granty 6. aktivní vyhledávání nových vedoucích vědeckých skupin Přílohy: 1) granty dedikované projektu Biocev a jejich režie v roce ) granty dedikované Biocev a jejich režie v roce ) náklady Biocev1.LF za 10 měsíců roku 2016 s aproximací na 12 měsíců 4) vědecké skupiny tvořící Biocev1.LF 5) plnění indikátorů v roce 2016 ústavu Biocev 1.LF 6) GRANTY UDĚLENÉ v ROCE 2016 (začínající v roce 2017) 2

3 Tabulka 1) ukazuje granty dedikované projektu Biocev a jejich režie v roce 2015 NS TA Akce Má Dáti Smetana 0109BCV ,00 Kč Smetana 0109BCV ,00 Kč P304/12/1333 Smetana 0109BCV ,00 Kč S Dvořánková 0109BCV ,00 Kč A Smetana 0109 BCV ,00 Kč Šedo 0109BCV ,50 Kč Šedo 0109BCV ,00 Kč Šedo 0109BCV - 680,75 Kč Šedo 0109BCV - 250,00 Kč Šedo 0109BCV ,00 Kč LH15170 Stopka 0109BCV ,00 Kč S Petrák 0109 BCV ,00 Kč S Nečas 0109BCV ,00 Kč P305/12/1033 Stopka 0109BCV ,00 Kč Mělková 0109BCV - 988,25 Kč Mělková 0109BCV ,00 Kč Kmoch 0109BCV - 106,46 Kč Kmoch 0109BCV ,00 Kč LH12015 Kmoch 0109BCV ,00 Kč Kmoch 0109BCV ,00 Kč S Kmoch 0109BCV ,00 Kč G Kmoch 0109BCV ,00 Kč A Kmoch 0109 BCV ,00 Kč A Zikánová 0109 BCV ,00 Kč A Kmoch 0109 BCV ,00 Kč P302/12/1885 Cmarko 0109BCV ,00 Kč J Cmarko 0109BCV ,00 Kč P302/12/G157 Raška 0109BCV ,00 Kč ,04 Kč 3

4 Tabulka 2) ukazuje granty dedikované Biocev a jejich režie v roce

5 Tabulka 3) sumarizuje náklady Biocev1.LF za 10 měsíců roku 2016 s aproximací na 12 měsíců (zemní plyn, el. energie, servis vzduchotechniky, úklidové služby, ostraha, mzdy provozního týmu Biocev): Neinvestiční náklady na provoz Biocev Náklady 1/2016 Náklady 1/2016 Náklady 2/2016 Náklady 2/2016 Náklady 3/2016 Náklady 3/2016 Náklady 4/2016 Náklady 4/2016 Náklady 5/2016 Náklady 5/2016 Náklady 6/2016 Náklady 6/2016 Náklady 7/2016 Náklady 7/2016 Náklady 8/2016 Náklady 8/2016 Náklady 9/2016 Náklady 9/2016 Náklady 10/2016 Náklady 10/2016 Aproximace ,85 Kč ,81 Kč 303,44 Kč ,32 Kč 1 159,37 Kč ,68 Kč ,69 Kč ,48 Kč ,79 Kč ,92 Kč 9 775,91 Kč ,30 Kč ,62 Kč ,68 Kč ,87 Kč ,16 Kč 9 235,27 Kč ,43 Kč ,38 Kč 9 306,33 Kč ,30 Kč ,16 Kč Závěr a interpretace: předpokládá se, že za rok 2016 vznikne nepoměr ve prospěch příjmů na provoz Biocev1.LF. Zdroje z režií převýší náklady o cca 1.8 M (což o 550 tis Kč převyšuje výši 15% nevyplacených vratek režijí grantů). Domnívám se, že by měly být vratky zpětně proplaceny. 5

6 4) Vědecké skupiny tvořící Biocev1.LF jsou: a) interní (VVS: Stopka, Král, Petrák, Kostrouch, Mikula) a b) externí /detašované (VVS: Kmoch, Smetana, Mělková, Šefc). Následující tabulka shrnuje skupiny a indikuje, kteří zaměstnanci jsou úvazkem v grantu dedikovanému Biocev, udržitelnosti NPU II a ke kterému ústavu kmenově patří. Interní vědecké skupiny: 6

7 Externí vědecké skupiny 7

8 Plnění indikátorů v roce 2016 je součástí WEB ústavu Biocev 1.LF: (vysvětlivky: N=dedicated to NPU or B=Biocev, I=internat. collabor., collabor. w/ hospital H, from group Inst.131/from Detached group) INTERNÍ SKUPINY STOPKA LAB Celkově publikováno 5 prací, z čehož 4 publikace vyšly v impaktovaných časopisech (průměrný IF 4.87) a jedna unikátní publikace v časopise neimpaktovaném. Differential expression, localization and activity of MARCKS between mantle cell lymphoma and chronic lymphocytic leukemia. Vargova J, Vargova K, Dusilkova N, Kulvait V, Pospisil V, Zavadil J, Trneny M, Klener P, Stopka T. Blood Cancer J Sep 23;6(9):e475. (IF 4.411) (N, B, I, H, 131) GATA-1 inhibits PU.1 gene via DNA and histone H3K9 Methylation of its Distal Enhancer in Erythroleukemia. P Burda, J. Vargova, N Curik, C Salek, G Papadopoulos, J Strouboulis and T. Stopka. PLoS One, 2016 Mar 24;11(3):e (IF 3.234) (B, N, I, H, 131) Somatické mutace u myelodysplastického syndromu a jejich klinické využití. Tomáš Stopka. Myelodysplastic Syndrome NEWS. Ročník 4 / Číslo 2 / listopad 2016 (N, 131) Chromatin remodeling enzyme Snf2h/Smarca5 regulates embryonic lens differentiation and denucleation. Shuying He, Saima Limi, Rebecca S. McGreal, Qing Xie, Lisa A. Brennan, Wanda Lee Kantorow, Juraj Kokavec, Romit Majumdar, Harry Hou, Jr, Winfried Edelmann, Wei Liu, Ruth Ashery- Padan, Jiri Zavadil, Marc Kantorow, Arthur Skoultchi, Tomas Stopka, and Ales Cvekl. Development Jun 1;143(11): (IF 6.462) (B, N, I, 131) Distinct and overlapping DNMT1 interactions with multiple transcription factors in erythroid cells: evidence for co-repressor functions. DN Papageorgiou, E Karkoulia, A Amaral-Psarris, P Burda, K Kolodziej, JA Demmers, J Bungert, T Stopka, J Strouboulis. Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, accepted (IF: 5.373) (N, B, I, H, 131) PETRÁK LAB Celkově publikováno 5 prací v impaktovaných časopisech (průměrný IF 3.88). Large-scale identification of membrane proteins based on analysis of trypsin-protected transmembrane segments. O. Vit, A. Kadek, J. Hausner, J. Sklenar, K. Harant, P. Novak, M. Scigelova, G. Woffendin and J. Petrák. J Proteomics Mar 11. pii: S (16) (IF 3.867) (B, I, 131) Vit O, Petrak J. Integral membrane proteins in proteomics. How to break open the black box? J Proteomics Aug 13. pii: S (16)30361-X. doi: /j.jprot (IF 3.867) Toman O, Kabickova T, ViT O, Fiser R, Machova Polakova K, Zach J, Linhartova J, Vyoral D and Petrak J. Proteomic analysis of imatinib-resistant CML-T1 cells reveals calcium homeostasis as a potential therapeutic target. Oncology Reports, 2016 (in print) (IF 2.48) (B, I, H, 131) Myocardial iron content and mitochondrial function in human heart failure: a direct tissue analysis, Vojtech Melenovsky, Jiri Petrak, Tomas Mracek, Jan Benes, Barry A. Borlaug, Hana Nuskova, Tomas Pluhacek, Jaroslav Spatenka, Jana Kovalcikova, Zdenek Drahota, Josef Kautzner, Jan Pirk, and Josef Houstek. European Journal of Heart Failure. doi: /ejhf.640. (IF 5.135) (B, N, I, H, 131) Sedmera D, Neckar J, Benes J Jr, Pospisilova J, Petrak J, Sedlacek K, Melenovsky V. Changes in Myocardial Composition and Conduction Properties in Rat Heart Failure Model Induced by Chronic Volume Overload. Front Physiol Aug 25;7:367. doi: /fphys (IF 4.031) (B, H, 131) 8

9 KRÁL LAB Celkově publikovány 4 články v impaktovaných časopisech (průměrný IF 2.11), přičemž jedna publikace je ve spoluautorství s vědeckou skupinou pana Ing. Mikuly). Specific ligands based on Troger s base derivatives for the recognition of glycosaminoglycans Zdenek Kejík, Tomas Bríza Martin Havlík, Bohumil Dolenský, Robert Kaplanek, Jarmila Kralova, Ivan Mikula, Pavel Martasek, Vladimír Kral; dx.doi.org/ /j.dyepig (IF 4.055) (B, N, 131) Multifunctional Bile Acid Derivatives as Efficient RNA Transporters (Carriers) Liudmila Vasina, Bhupendra C Reddy, Elina Sievänen, Erkki Kolehmainen and Vladimir Král, dx.doi.org/ / (if: 0.7) (B, N, I) Large scale preparation of up- converting YF3:YbEr nanocrystals with various sizes by solvothermal syntheses using ionic liquid bmimcl, Bartunek, V.; Rak, J.; Pelankova, B.; Junkova, J.; Mezlikova, M.; Kral, V.; Kuchar, M.; Engstova, H.; Jezek, P.; Smucler, R., J. Fluorine Chem. 2016, 188, DOI: /j.jfluchem (IF: 2.213)(B, N, I, H) Water soluble chromone Schiff base derivatives as fluorescence receptor for aluminium(iii), Jakubek, M.; Kejik, Z.; Parchansky, V.; Kaplanek, R.; Vasina, L.; Martasek, P.; Kral, V., Supramol. Chem. 2016, Ahead of Print. DOI: / (IF:1.467) MIKULA LAB Publikovaná práce je ve spoluautorství se skupinou prof. Krále. Specific ligands based on Troger s base derivatives for the recognition of glycosaminoglycans Zdenek Kejík, Tomas Bríza Martin Havlík, Bohumil Dolenský, Robert Kaplanek, Jarmila Kralova, Ivan Mikula, Pavel Martasek, Vladimír Kral; dx.doi.org/ /j.dyepig (IF 4.055) (B, N, 131) KOSTROUCH LAB Článek byl publikován formou preprintu v impaktovaném časopise (IF 2.18), předpokládaný termín vydání je leden The nematode homologue of Mediator complex subunit 28, F28F8.5, is a critical regulator of C. elegans development. Markéta Kostrouchová, David Kostrouch, Ahmed A Chughtai, Filip Kašák, Jan P. Novotný, Veronika Kostrouchová, Aleš Benda, Michael W. Krause, Vladimír Saudek, Marta Kostrouchová, Zdeněk Kostrouch. PeerJ Preprints October 16, (IF: 2.18) EXTERNÍ SKUPINY KMOCH/ZIKÁNOVÁ LAB Celkem publikováno 8 prací v impaktovaných časopisech (průměrný IF 6.63). H. Hartmannova, L. Piherova, K. Tauchmannova, K. Kidd, P.D. Acott, J.F.Crocker, Y. Oussedik, M. Mallet, K. Hodanova, V. STRANECKY, A.PRISTOUPILOVA, V. Baresova, I. Jedlickova, M. Zivna, J. Sovova, H. Hulkova, V. Robins, M. Vrbacky, P. Pecina, V. Kaplanova, J. Houstek, T. Mracek, Y. Thibeault, A.J. Bleyer, S. KMOCH Acadian variant of Fanconi syndrome is caused by mitochondrial respiratory chain complex I deficiency due to a non-coding mutation in complex I assembly factor NDUFAF6 Hum Mol Genet (2016). DOI: /hmg/ddw245 (IF: 5,985) (B, N, I, D) Baresova V, Krijt M, Skopova V, Souckova O, Kmoch S, Zikanova M, CRISPR-Cas9 induced mutations along de novo purine synthesis in HeLa cells result in accumulation of individual enzyme 9

10 substrates and affect purinosome formation. Mol Genet Metab. 2016; doi: /j.ymgme (IF 3,073) (B, N, H, D) Lhota F., Zemankova P., Kleiblova P., Soukupova J., Vocka M., Stranecky V., Janatova M., Hartmannova H., Hodanova K., Kmoch S., Kleibl Z.; Hereditary truncating mutations of DNA repair and other genes in BRCA1/BRCA2/PALB2- negatively tested breast cancer patients. Clin Genet DOI: /cge (IF 3.892) (B, D) BLEYER, A. J., KMOCH, S. (2016) Tamm Horsfall Glycoprotein and Uromodulin: It Is All about the Tubules! Clin J Am Soc Nephrol 11: 6-8. (IF 4,657) DOI /CJN (B, I, D) BOLAR, N. A., GOLZIO, C., ZIVNA, M., HAYOT, G., VAN HEMELRIJK, C., SCHEPERS, D., VANDEWEYER, G., HOISCHEN, A., HUYGHE, J. R., RAES, A., MATTHYS, E., SYS, E., AZOU, M., GUBLER, M. C., PRAET, M., VAN CAMP, G., MCFADDEN, K., PEDIADITAKIS, I., PRISTOUPILOVA, A., HODANOVA, K., VYLETAL, P., HARTMANNOVA, H., STRANECKY, V., HULKOVA, H., BARESOVA, V., JEDLICKOVA, I., SOVOVA, J., HNIZDA, A., KIDD, K., BLEYER, A. J., SPONG, R. S., VANDE WALLE, J., MORTIER, G., BRUNNER, H., VAN LAER, L., KMOCH, S., KATSANIS, N., LOEYS (2016) B. L. Heterozygous Loss-of-Function SEC61A1 Mutations Cause Autosomal-Dominant Tubulo- Interstitial and Glomerulocystic Kidney Disease with Anemia., Am J Hum Genet 99(1): (IF 10,794) (N, I, D) BERKOVIC, S. F., STAROPOLI, J. F., CARPENTER, S., OLIVER, K. L., KMOCH, S., ANDERSON, G. W., DAMIANO, J. A., HILDEBRAND, M. S., SIMS, K. B., COTMAN, S. L., BAHLO, M., SMITH, K. R., CADIEUX-DION, M., COSSETTE, P., JEDLICKOVA, I., PRISTOUPILOVA, A., MOLE, S. E. (2016) Diagnosis and misdiagnosis of adult neuronal ceroid lipofuscinosis (Kufs disease). Neurology. DOI /WNL (IF 8,166) (N, I, D) NG, Y. S., ALSTON, C. L., DIODATO, D., MORRIS, A. A., ULRICK, N., KMOCH, S., HOUSTEK, J., MARTINELLI, D., HAGHIGHI, A., ATIQ, M., GAMERO, M. A., GARCIA-MARTINEZ, E., KRATOCHVILOVA, H., SANTRA, S., BROWN, R. M., BROWN, G. K., RAGGE, N., MONAVARI, A., PYSDEN, K., RAVN, K., CASEY, J. P., KHAN, A., CHAKRAPANI, A., VASSALLO, G., SIMONS, C., MCKEEVER, K., O'SULLIVAN, S., CHILDS, A. M., OSTERGAARD, E., VANDERVER, A., GOLDSTEIN, A., VOGT, J., TAYLOR, R. W., MCFARLAND, R. (2016) The clinical, biochemical and genetic features associated with RMND1-related mitochondrial disease., J Med Genet. DOI jmedgenet (IF 5,650) (B, I, D) Alice E. Davidson, Petra Liskova, Cerys J. Evans, Lubica Dudakova, Lenka Nosková, Nikolas Pontikos, Hana Hartmannova, Kateřina Hodaňová, Viktor Stránecký, Zbyněk Kozmík, Hannah J. Levis, Nwamaka Idigo, Noriaki Sasai, Geoffrey J. Maher, James Bellingham, Neyme Veli, Neil D. Ebenezer, Michael E. Cheetham, Julie T. Daniels, Caroline M.H. Thaung, Katerina Jirsova, Vincent Plagnol, Martin Filipec, Stanislav Kmoch, Stephen J. Tuft, and Alison J. Hardcastle. Autosomal-Dominant Corneal Endothelial Dystrophies CHED1 and PPCD1 Are Allelic Disorders Caused by Non-coding Mutations in the Promoter of OVOL2. The American Journal of Human Genetics 98, 75-89, January 7, (IF ) (B, I, H, D) SMETANA LAB Celkově publikováno 5 prací, 4 články v impaktovaných časopisech (průměrný IF 2.28) a 1 kapitola v knize. Fibroblasts as Drivers of Healing and Cancer Progression: From In vitro Experiments to Clinics. Eliška Krejčí, Barbora Dvořánková, Pavol Szabo, Ondřej Naňka, Hynek Strnad, Ondřej Kodet, Lukáš Lacina, Michal Kolář and Karel Smetana, jr. Molecular Mechanisms of Skin Aging and Age-Related Diseases June 18. ISBN: (B, D) kapitola v knize Simultaneous blocking of IL-6 and IL-8 is sufficient to fully inhibit CAF-induced human melanoma cell invasiveness. Jobe NP, Rösel D, Dvořánková B, Kodet O, Lacina L, Mateu R, Smetana K, Brábek J. Histochem Cell Biol Apr 21. (IF 2.78) (B, D) ROSANA MATEU, VERONIKA ŽIVICOVÁ, ELIŠKA DROBNÁ KREJČÍ, MILOŠ GRIM, HYNEK STRNAD, ČESTMÍR VLČEK, MICHAL KOLÁŘ, LUKÁŠ LACINA, PETER GÁL, JIŘÍ BORSKÝ, KAREL SMETANA JR and BARBORA DVOŘÁKOVÁ. Functional differences between neonatal and adult fibroblasts and keratinocytes: Donor age affects epithelial-mesenchymal crosstalk in vitro. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE. DOI: /ijmm (IF 2.348) (B, N, I, H) 10

11 Pharmacological activation of estrogen receptors-α and -β differentially modulates keratinocyte differentiation with functional impact on wound healing. Peržeľová V, Sabol F, Vasilenko T, Novotný M, Kováč I, Slezák M, Ďurkáč J, Hollý M, Pilátová M, Szabo P, Varinská L, Čriepoková Z, Kučera T, Kaltner H, André S, Gabius HJ, Mučaji P, Smetana K Jr, Gál P. Int J Mol Med Jan;37(1):21-8. (IF 2.088) (B, D) KAREL SMETANA JR., LUKÁŠ LACINA, PAVOL SZABO, BARBORA DVOŘÁNKOVÁ, PROKOP BROŽ and ALEKSI ŠEDO. Ageing as an Important Risk Factor for Cancer. ANTICANCER RESEARCH 36: (2016).DOI: /anticanres (IF 1.895) (B, D) NEČAS/ŠEFC LAB Publikován 1 článek v impaktovaném časopisech (IF 3.4). Chen CL, Faltusova K, Molik M, Savvulidi F, Chang KT, Necas E. Low c-kit Expression Level Induced by Stem Cell Factor Does Not Compromise Transplantation of Hematopoietic Stem Cells. Biol Blood Marrow Transplant Jul;22(7): doi: /j.bbmt Epub 2016 Mar 31. (IF: 3.404) (B, I, D) MĚLKOVÁ LAB Celkem publikovány 2 práce v impaktovaných časopisech (průměrný IF 1.34), které ovšem nebyly dedikované projektu BCV/NPUII. Jedna publikace včetně dedikace vyjde v impaktovaném časopise (IF: 1.22) v roce ) GRANTY UDĚLENÉ v ROCE 2016 (začínající v roce 2017) 131 GAČR S Král ,00 Kč rok GAČR S - Král ,00 Kč rok