POSTDOCI II UK. PrOjeKTU

Transkript

1 obalka_170x :58 Page 1 ZPráva O realizaci PrOjeKTU Tato publikace vznikla v rámci projektu Zvýšení kapacity vědecko-výzkumných týmů Univerzity Karlovy prostřednictvím nových pozic pro absolventy doktorandských studií, registrační číslo projektu: CZ.1.07/2.3.00/ Increasing of the r&d capacity at Charles University through new positions for graduates of doctoral studies (Project no CZ.1.07/2.3.00/ )

2 Základní informace o projektu Název projektu: Zvýšení kapacity vědecko-výzkumných týmů Univerzity Karlovy prostřednictvím nových pozic pro absolventy doktorandských studií Zkrácený název projektu: Název projektu anglicky: Increasing of the R&D capacity at Charles University through new position for graduates of doctoral studies registrační číslo projektu: CZ.1.07/2.3.00/ Datum zahájení projektu: Datum ukončení projektu: Číslo a název operačního programu: CZ OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost Číslo prioritní osy a název: 7.2 Terciární vzdělávání, výzkum a vývoj Číslo a název oblasti podpory: Lidské zdroje ve výzkumu a vývoji Poskytovatel dotace: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR Celkové způsobilé výdaje projektu vč. křížového financování: ,60 Kč Prostředky z esf: ,46 Kč Prostředky národního spolufinancování ze státního rozpočtu: ,14 Kč Investiční prostředky: Kč Neinvestiční prostředky: ,60 Kč rozdělení finančních prostředků: lékařská fakulta v Plzni: ,00 Kč lékařská fakulta v Hradci Králové: ,20 Kč Farmaceutická fakulta v Hradci Králové: ,20 Kč Přírodovědecká fakulta v Praze: ,20 Kč rektorát: ,00 Kč

3 Obsah ZPRÁVA O REALIZACI PROJEKTU Úvodní slovo prorektora pro rozvoj 2 Úvodní slovo hlavní manažerky projektu 3 Realizační tým 4-7 LÉKAŘSKÁ FAKULTA V PLZNI LFP LFP LFP LFP LÉKAŘSKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ LFHK LFHK FARMACEUTICKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ FaF FaF FaF FaF FaF FaF FaF FaF FaF FaF FaF PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA V PRAZE PřF PřF PřF PřF PřF PřF PřF PřF PřF PřF PřF Kontakty 80 FaF FaF FaF FaF

4 ÚVODNÍ SLOVO PROREKTORA PRO ROZVOJ Univerzita Karlova v Praze získala v červnu 2012 Rozhodnutím o poskytnutí dotace č. 30.2/014/2012 již druhý celouniverzitní projekt, který umožnil na 4 fakultách vytvořit celkem 32 nových pracovních pozic pro absolventy doktorandských studií. Cílem projektu byla především podpora studentů, akademických a vědeckovýzkumných pracovníků vysokých škol, ale i vědecko-výzkumných organizací prostřednictvím pedagogické a vědecko-výzkumné činnosti absolventů doktorských studijních programů zapojených do činnosti výzkumných a vývojových týmů v rámci fakult s důrazem na internacionalizaci, multidisciplinaritu, intersektorální mobilitu a spolupráci. Přijetí kvalitních postdoktorandů z České republiky (17 pozic), ale i ze zahraničí (15 pozic) přispělo k podpoře a zkvalitnění personálního zabezpečení výzkumných týmů na fakultách a v případě Přírodovědecké fakulty na půdě nově zakládaného Regionálního centra excelence BIOCEV. Zahraniční mobility postdoktorandů v rozsahu 3 6 měsíců směřovaly na renomovaná odborná pracoviště po celém světě. Stáže obohatily tuzemské výzkumné týmy o nové metodiky a postupy, došlo k prohloubení mezinárodní spolupráce a rozšiřování kontaktů, což přispělo rovněž ke zvyšování prestiže a reprezentace Univerzity Karlovy v zahraničí. Prostřednictvím pedagogické činnosti přenesli postdoktorandi zkušenosti ze zahraničních pracovišť na fakulty a obohatili rovněž vědecko-výzkumné týmy centra BIOCEV. Zapojením postdoktorandů do výuky po celé České republice došlo k přenosu získaných poznatků a k posílení vztahů mezi jednotlivými fakultami a univerzitami, ale také mezi vědeckým a soukromým sektorem. Publikační aktivita postdoktorandů zvýšila publikační činnost jednotlivých fakult i Univerzity Karlovy jako celku. Mnoho postdoktorandů si během tříletého působení na fakultě vybudovalo silnou pozici a určité renomé. Někteří na Univerzitě Karlově či v centru BIOCEV zůstanou, jiným to pomůže při hledání dalšího uplatnění v oboru. Projekt přinesl nové zkušenosti také z pohledu projektového řízení. Vedení projektu zajišťoval Rektorát Univerzity Karlovy nejprve prostřednictvím Odboru analýz a strategií ( ), který byl posléze transformován na Odbor projektové podpory ( ). Rovněž na zapojených fakultách projekt podpořil rozvoj projektových oddělení a prohloubil vzájemnou interní spolupráci. prof. RNDr. Jan Hála, DrSc. Prorektor pro rozvoj a předseda Monitorovacího výboru projektu Zasedání Monitorovacího výboru 18. února

5 ÚVODNÍ SLOVO MANAŽERKY PROJEKTU Projekt přivedl ke spolupráci 4 fakulty Univerzity Karlovy. Tři mimopražské fakulty (Lékařská fakulta v Plzni, Lékařská fakulta v Hradci Králové a Farmaceutická fakulta v Hradci Králové) a jednu pražskou (Přírodovědecká fakulta v Praze), jejímž úkolem bylo směřovat vzdělávací aktivity na mimopražské fakulty a vědecko-výzkumné instituce. Na těchto fakultách vzniklo v rámci projektu 32 nových pozic nazvaných postdoktorand, na jejichž vědecké a pedagogické působení dohlíželi zkušení mentoři. Z hlediska administrativního a koordinačního řízení celého projektu byla klíčová pozice hlavního manažera, jehož úkolem byla garance a kontrola plnění všech 64 klíčových aktivit včetně vynaložených nákladů. Na této pozici jsem zodpovídala za plnění publicity, monitorovacích indikátorů, výstupů, průběhu výuky a zahraničních mobilit. Komunikovala jsem s Řídícím orgánem (MŠMT), sledovala jeho informace a pokyny a předávala je dále věcným manažerům, kteří zajišťovali administrativní chod projektu na fakultách. Na základě podkladů získaných od věcných manažerů jsem připravovala monitorovací zprávy projektu. Řídící orgán obdržel a schválil šest řádných monitorovacích zpráv. Dva měsíce po skončení projektu bude odevzdána závěrečná monitorovací zpráva včetně všech výstupů. Připravovala jsem podklady pro jednání tzv. monitorovacího výboru kontrolního orgánu projektu, který se sešel celkem šestkrát v Malé zasedací síni Rektorátu Univerzity Karlovy. Předsedou byl prorektor pro rozvoj Univerzity Karlovy (v letech prof. PhDr. Stanislav Štech, CSc. a v letech Prof. RNDr. Jan Hála, DrSc.). vedení přispělo ke zkvalitnění vzdělávání cílových skupin. Do cílové skupiny byli zařazeni pregraduální a postgraduální studenti, akademičtí a vědecko-výzkumní pracovníci. V případě Přírodovědecké fakulty pocházely osoby cílové skupiny z centra BIOCEV a některé lektorské aktivity byly realizovány i na mimopražských fakultách. Díky velice pilné vědecko-výzkumné a pedagogické činnosti postdoktorandů a pečlivému metodickému vedení mentorů se podařilo naplnit monitorovací indikátory a výstupy (publikace, rukopisy, odborné články s vysokým IF, skripta, abstrakty, prezentace, postery, přednášky, aj.), ke kterým jsme se jako příjemce zavázali. Ráda bych touto cestou poděkovala postdoktorandům a mentorům za jejich působení a výsledky v projektu, za jejich spolupráci a trpělivost při řešení změn a situací, které se obtížně realizovaly v rámci naplánovaných klíčových aktivit a harmonogramů. V neposlední řadě patří velké poděkování věcným manažerkám, které na fakultách zajišťovaly základní životní funkce projektu a pomáhaly po administrativní stránce postdoktorandům i mentorům v plnění jejich klíčových aktivit a dohlížely na dodržování rozpočtu. Především jejich zásluhou se i přes některé administrativní a legislativní překážky podařilo zvládnout nákup SW a HW vybavení, laboratorního materiálu, odborných služeb a literatury. Mgr. Iveta Rosolová hlavní manažerka projektu V prvním roce řešení proběhla na fakultách výběrová řízení na pozice postdoktorandů. Přijetí postdoktorandů dle stanovených požadavků a kritérií bylo zásadním startovním úkolem každé klíčové aktivity. Po nástupu postdoktoranda byly dotvořeny výzkumné týmy na fakultě či v centru BIOCEV, do kterých mladí vědci vnesli moderní přístupy a metodiky, navázali nové kontakty mezi vědecko-výzkumnými institucemi a aktivně se zapojili do mezinárodních sítí. V druhém roce řešení se jednotlivé týmy zabývaly především výzkumnou činností na svých pracovištích a postdoktorandi absolvovali zahraniční stáže. Tím posílili mezinárodní spolupráci akademických týmů a navázali nové pracovní kontakty v zahraničí. Ve třetím roce řešení postdoktorandi prezentovali výsledky své práce na mezinárodních i tuzemských konferencích a dokončovali publikační výstupy. Důležitou součást projektu tvořila průběžná pedagogická činnost postdoktorandů v rozsahu 3-5 hodin týdně. Výuka předmětů, pořádání workshopů a seminářů, konzultace a day to day 3

6 REALIZAČNÍ TÝM PROJEKTU Název pozice Jméno a příjmení Součást Období Hlavní manažer koordinátor projektu Finanční manažer Věcný manažer koordinátor fakulty Administrátor zahraničních aktivit Mgr. Iveta Rosolová Rektorát UK Mgr. Iveta Rosolová Rektorát UK Mgr. Lenka Ondrusová Rektorát UK Ivana Vodrážková LFP Ing. Markéta Moravová LFHK Mgr. Gabriela Daňková LFHK Ing. Mgr. Alena Jungová FaF Ing. Lenka Vlčková FaF Ing. Martina Doležalová FaF Ing. Lenka Vanická FaF Ing. Markéta Kupcová FaF Mgr. Martina Kopecká Jurčeková FaF Ing. Eva Matušincová PřF Jitka Horáková LFP Monika Pazourková LFHK Aneta Silberová LFHK Mgr. Jana Přeučilová FaF Ing. Markéta Kupcová FaF Ing. Monika Cviková PřF Mgr. Blanka Hamplová, Ph.D. PřF Ing. Eva Matušincová PřF Ing. Marcela Pončíková Rektorát UK Ing. Vladimír Skořepa Rektorát UK Postdoktorand LFP01 Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. LFP LFP02 MUDr. Lukáš Nalos, Ph.D. LFP LFP03 MUDr. Omid Moztarzadeh, Ph.D. LFP LFP04 Ing. Miroslava Svobodová, Ph.D. LFP

7 REALIZAČNÍ TÝM PROJEKTU Název pozice Jméno a příjmení Součást Období Postdoktorand LFHK01 MVDr. Tomáš Laho, Ph.D. LFHK LFHK02 Wasay Mohiuddin, Ph.D. LFHK Daniel Diaz, Ph.D. LFHK FaF01 Mgr. Jakub Hofman, Ph.D. FaF FaF02 RNDr. Pavlína Hašková, Ph.D. FaF FaF03 MVDr. Lenka Lecová, Ph.D. FaF FaF04 Echchukattula Dadapeer, Ph.D. FaF Dr. Georgios Paraskevopoulos, Ph.D. FaF FaF05 Mgr. Petra Pullmannová, Ph.D. FaF FaF06 Dr. Mukund Ghavre, Ph.D. FaF FaF07 RNDr. Patrik Čonka, Ph.D. FaF FaF08 Mgr. Pavel Bárta, Ph.D. FaF FaF09 Mgr. Ján Stariat, Ph.D. FaF FaF10 Mgr. Jan Švec, Ph.D. FaF FaF11 PharmDr. Klára Petrů, Ph.D. FaF FaF12 Dr. Warunya Boonjob, Ph.D. FaF FaF13 PharmDr. Jana Aufartová, Ph.D. FaF FaF14 RNDr. Ivana Němečková, Ph.D. FaF FaF15 PharmDr. Jan Marek, Ph.D. FaF PřF01 RNDr. Petr Rada, Ph.D. PřF Mgr. Jitka Štáfková, Ph.D. PřF PřF02 Ing. Filip Weisz, Ph.D. PřF Mgr. Jitka Štáfková, Ph.D. PřF PřF03 Silvia Stefania Longoni, Ph.D. PřF PřF04 Mgr. Lenka Horváthová, Ph.D. PřF PřF05 Ivo Florin Scheiber, Ph.D. PřF PřF06 M.Sc. Anna Karnkowska, Ph.D. PřF PřF07 RNDr. Michal Čáp, Ph.D. PřF PřF08 Derek Wilkinson, Ph.D. PřF

8 REALIZAČNÍ TÝM PROJEKTU Název pozice Jméno a příjmení Součást Období Postdoktorand PřF09 Andreea Csilla Pataki, Ph.D. PřF PřF10 Mgr. Petra Hájková, Ph.D. PřF PřF11 RNDr. Lenka Horníková, Ph.D. PřF Mentor LFP01 doc. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D. LFP LFP02 doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D. LFP LFP03 MUDr. Daniel Hrušák, Ph.D. LFP LFP04 MUDr. Václav Liška LFP LFHK01 doc. MUDr. Stanislav Mičuda, Ph.D. LFHK LFHK02 prof. MUDr. Jaroslav Mokrý, Ph.D. LFHK FaF01 prof. Ing. Vladimír Wsól, Ph.D. FaF FaF02 doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D. FaF FaF03 prof. RNDr. Lenka Skálová Ph.D. FaF FaF04 prof. RNDr. Jarmila Vinšová, CSc. FaF FaF05 doc. PharmDr. Kateřina Vávrová, Ph.D. FaF FaF06 prof. RNDr. Milan Pour, Ph.D. FaF FaF07 prof. PharmDr. Alexandr Hrabálek, CSc. FaF FaF08 doc. PharmDr. František Trejtnar, CSc. FaF FaF09 doc. PharmDr. Petra Kovaříková, Ph.D. FaF FaF10 doc. PharmDr. Petr Zimčík, Ph.D. FaF FaF11 doc. RNDr. Miroslav Polášek, CSc. FaF FaF12 doc. PharmDr. Hana Sklenářová, Ph.D. FaF FaF13 prof. RNDr. Petr Solich, CSc. FaF FaF14 doc. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D. FaF FaF15 prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. FaF PřF01 prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. PřF PřF02 prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. PřF PřF03 doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D. PřF PřF04 Mgr. Pavel Doležal, Ph.D. PřF PřF05 RNDr. Róbert Šuťák, Ph.D. PřF

9 REALIZAČNÍ TÝM PROJEKTU Název pozice Jméno a příjmení Součást Období Mentor PřF06 Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. PřF PřF07 prof. RNDr. Zdena Palková, CSc. PřF PřF08 prof. RNDr. Zdena Palková, CSc. PřF PřF09 doc. RNDr. Jan Brábek, Ph.D. PřF PřF10 doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. PřF PřF11 doc. RNDr. Jitka Forstová, Ph.D. PřF Odborný asistent LFP03 Analytik specialista PřF MUDr. Lukáš Hauer LFP MUDr. Jan Jambura LFP RNDr. Helena Kučerová PřF Ing. Anna Jirošová, Ph.D. PřF doc. RNDr. Irena Valterová, CSc. PřF Knihovník Mgr. Kateřina Klamtová FaF Pracovník skladu Šárka Kysilková FaF Asistent laboratoře Vědecký pracovník Laborant PharmDr. Ludmila Matysová, Ph.D. FaF Jana Hovorková FaF Mgr. Blanka Hamplová, Ph.D. PřF RNDr. Štěpánka Hrdá PřF Ing. Miroslava Úlehlová PřF Bc. Michal Dibus PřF Marie Charvátová PřF Michaela Marcinčíková PřF Kristýna Podholová PřF Vlasta Sakařová PřF Helena Uhlířová PřF Hana Žďárská PřF Počet členů realizačního týmu projektu byl původně dle projektové žádosti 79, ale postupně došlo k rozšíření o nové vědecké a administrativní pozice. 7

10 LÉKAŘSKÁ FAKULTA V PLZNI Krátké obecné představení fakulty Lékařská fakulta v Plzni je jednou z pěti lékařských fakult Univerzity Karlovy v Praze. Výuka studentů a vědecký výzkum probíhají v úzké spolupráci s Fakultní nemocnicí Plzeň. Přímé personální sepětí LF UK v Plzni s Fakultní nemocnicí Plzeň se příznivě promítá jak do kvality výuky a výzkumu na fakultě, tak do kvality poskytované zdravotní péče ve Fakultní nemocnici Plzeň. Na fakultě studuje více jak studentů, z toho cca 500 cizinců. Doktorské studijní programy probíhají na fakultě od roku Roku 2014 bylo otevřeno Biomedicínské centrum, výzkumné centrum LF v Plzni. Toto centrum bylo vybudováno za podpory Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace. Tři ze čtyř níže jmenovaných postdoků se do činnosti Biomedicínského centra aktivně zapojili.

11 Představení aktivit výzkumných týmů dle jednotlivých postdoků Ústav histologie a embryologie LF v Plzni LFP01 Postdok Mentor Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. doc. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D. Ústav fyziologie LF v Plzni LFP02 Postdok Mentor MUDr. Lukáš Nalos, Ph.D. doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D. Stomatologická klinika LF v Plzni LFP03 Postdok Mentor MUDr. Omid Moztarzadeh, Ph.D. MUDr. Daniel Hrušák, Ph.D. Chirurgická klinika LF v Plzni. LFP04 Postdok Mentor Ing. Miroslava Svobodová, Ph.D. MUDr. Václav Liška Nové budovy Lékařské fakulty v Plzni

12 VÝSTUPY PROJEKTU LFP01 Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. Pracovní tým Zahraniční stáže Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D, doc. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D., Mgr. Jan Tůma, MUDr. Jan Cendelín, Ph.D. The Scripps Research Institute, Kalifornie, USA listopad leden 2014, laboratoř profesora Kuhna, postdoktorand se seznámil s postupem identifikace a izolace cirkulujících nádorových buněk a tam používanými imunohistochemickými, bioinformatickými a molekulárně biologickými metodami Univerzita Komenského v Bratislavě, LF, Ústav molekulárnej biomedicíny duben - červen 2015, pod vedením doc. MUDr. Ing. RNDr. Petera Celecea, Ph.D. MPH, příprava plazmidů fluorescenčně značených proteinů a jejich transfekci, především do myších tkání in vivo Konference Výuka Workshopy/semináře , Kouty, ENBIK, poster: Zjednodušená implementace umělých neuronových sítí v prognostice přežití pacientů s kolorektálním karcinomem na základě klinických a molekulárně-biologických dat , Brno, Organonet, prezentace: Neural stem cells and neuroregeneration , Praha, IMC2014, poster: Embryonic neural stem cells survival and differentiation in cerebellar grafts and in vitro; effects of Sonic Hedgehog , Heidelberg, Německo, Stem Cells in Cancer and Regenerative Medicine, poster: Effect of Sonic hedgehog pathway on embryonal neural stem cells differentiation and proliferation in vitro Histologie a embryologie I. a II. (praktická cvičení) Laboratorní instruktáže: Seznámení se signální drahou Sonic Hedgehog, Imunohistochemie BrdU, Příprava experimentů se Sonic Hedgehog Jednodenní workshopy: Imunohistochemie BrdU, Základy statistického hodnocení v programu GraphPad Prism, Izolace embryí a neurálních kmenových buněk, Izolace a kultivace neurálních kmenových buněk Dvoudenní workshopy: Izolace, kultivace a ovlivňování ensc, Elektroforéza a Western Blot Semináře: Vlastnosti a izolace embryonálních kmenových buněk, Biochemická analýza hepatocytů, Buněčné metasignatury Publikace/manuskripty Leukemia inhibitory factor in neural system development and pathology, 2015, Ostasov, Pavel; Houdek, Zbynek; Cendelin, Jan; Kralickova, Milena; 48 stran, Reviews in the Neurosciences, IF=3.314 (in press) Vedení/konzultace Podpořené osoby Jiné Vedl studenta SVOČ a konzultoval s řadou vědeckých pracovníků a Ph.D. studentů metody sahající od statistického hodnocení dat, postupů SDS elektroforézy a její analýzy po imunohistochemická barvení a obecné principy fluorescenční mikroskopie. 135 studentů, 8 vědecko-výzkumných pracovníků a 6 akademických pracovníků Příprava bioinformatických procesů pro zpracování NGS dat a automatické mikroskopie (High Content Screening) v rámci spolupráce s laboratoří prof. Kuhna. 10

13 Shrnutí vědecko-výzkumné práce PŘÍNOSY PROJEKTU Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. Hlavním výzkumným cílem byla charakterizace kmenových buněk a vliv membránových receptorů na jejich proliferaci a diferenciaci. Za tímto účelem byla využita řada metod od biochemické analýzy buněk po fluorescenční mikroskopii. V rámci tohoto projektu, ve spolupráci s týmem studujícím neurodegenerace, jsem se zabýval především izolací a charakterizací neurálních embryonálních kmenových buněk (ensc), ovlivňováním a jejich transplantací především v souvislosti s neurodegenerativními onemocněními zasahujících cerebellum. Během výzkumu in vitro bylo dosaženo několik neočekávaných výsledků, především v souvislosti s vlivem morfogenu Sonic Hedgehog (Shh) na přežití a proliferaci ensc a také jeho interakci s hormonem T3, které by mohly alespoň částečně osvětlit mechanismus, kterým T3 ovlivňuje vývoj centrální nervové soustavy a přispět tak k pochopení její ontogeneze, ale i naznačit nové směry ve výzkumu neuroregenerativních metod. Main research goal was characterization of stemm cells and how is their proliferation and differentiation affected by activation of various membrane receptors. For this purpose were employed laboratory methods from PCR to autamated fluorescence microscopy. I was mostly involved in isolation and characterization of embryonic neural stem cells (ensc) their transplantation and treatment affcting their fate. The main focus of this work was predominantly on cerebellum. During this project we achieved several interesting results regarding interaction of morphogen Sonic hedgehog (Shh) and T3 hormone. These data could at least partialy help to elucidate mechanism by which T3 affects development of centralnervous system and thus help in understanding of its ontogenesis and indicate new directions for neuroregeneration research. doc. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D. Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. se připojil k týmu pracovníků Ústavu histologie a embryologie Lékařské fakulty v Plzni, Univerzity Karlovy v Praze (LFP UK) po letech strávených na Fyziologickém ústavu Akademie věd České Republiky. Již od počátku jeho působení tkvěl jeho přínos v expertíze v řadě laboratorních metod včetně různých druhů mikroskopických analýz a izolace a kultivace neurálních kmenových buněk. Jako postdok významně přispěl k otevření nového výzkumného centra LFP UK, Biomedicínského centra ( Toto nové výzkumné pracoviště je otevřeno od podzimu 2014 a Dr. Ostašov tam již přivedl několik studentů ke studentské vědecké práci, z nichž se, doufejme, stanou budoucí doktorandi LFP UK. Od roku 2013 Dr. Ostašov pomáhá upevnit spolupráci s prof. Peterem Kuhnem z University of Southern California, USA. Dr. Ostašov strávil stáž v Scripps Research Institute, La Jolla, California, USA a od té doby je aktivním hybatelem této naší česko-americké spolupráce. Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. joined the team of The Department of Histology and Embryology, Faculty of Medicine in Pilsen, Charles University in Prague after years that he spent at Academy of Sciences of Czech Republic. He brought to team the expertise in plenty of methods including different kinds of microscopy and isolation and cultivation of neural stem cells. During his postdoc stay at our institution he contributed significantly to preparation and opening of a new research centre of our school, of The Biomedical Centre ( This new centre which is in fact a new department has been opened in the autumn 2014 and Dr. Ostašov has already attracted here new medical students who will hopefully become new PhD students later on. Since 2013 Dr. Ostašov has helped to establish cooperation with Prof. Peter Kuhn from University of Southern California, USA. Dr. Ostašov spent part of his postdoc stay in Scripps Research Institute, La Jolla, California, USA and since then he is an active part of our common Czech-American team. 11

14 VÝSTUPY PROJEKTU LFP02 MUDr. Lukáš Nalos, Ph.D. Pracovní tým Zahraniční stáže Konference MUDr. Lukáš Nalos, Ph.D., doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D., doc. MUDr. Jitka Švíglerová, Ph.D., Ing. Dagmar Jarkovská , Utrecht, Nizozemí, technika Western blot, postdok se naučil techniku Western blot a různé metody izolace proteinů z buněčných kultur i tkání, tuto techniku zavedl na Ústavu fyziologie LF UK v Plzni , Graz, Rakousko, měření vápníkových přechodů u izolovaných kardiomyocytů, technika měření vápníkových přechodů u izolovaných buněk a možnosti analýzy dat, techniku zavedl v biomedicínském centru LF UK v Plzni a metodu naučil další VaV pracovníky a studenty , Atény, Řecko, 37th Meeting of the EWGCCE, poster: TdP Arrhythmias in Methoxamine-Sensitized Hypercholesterolemic Rabbit , Martin, Slovensko, 41. pracovní konference Komise experimentální kardiologie, poster: Vliv hypercholesterolémie na komorové srdeční arytmie u králíka po α1 adrenergní stimulaci , Maastricht, Nizozemí, 38th Meeting of the EWGCCE, poster: Age dependence of arrhythmia inducibility in Carlsson rabbit model , Miláno, Itálie, 39th Meeting of the EWGCCE, poster: Effect of hypercholesterolemia and ageing on TdP arrhythmia incidence in methoxamine sensitized rabbits , Vranovská Ves, 40. pracovní konference Komise experimentální kardiologie, prezentace: IK1 a srdeční arytmie , Deštné v Orlických horách, 42. pracovní konference Komise experimentální kardiologie, poster: Vliv věku a cholesterolu na TdP arytmie u králíka Výuka Workshopy/ semináře Publikace/ manuskripty Vedení/konzultace Podpořené osoby Fyziologie pro studenty 2. ročníku všeobecného a zubního lékařství na LF UK v Plzni , Zavedení techniky Western blot do výzkumu na našich pracovištích, čj, pro cílovou skupinu vědecko-výzkumných pracovníků , Technika a možnosti měření vápníkových přechodů na izolovaných buňkách, čj, pro cílovou skupinu vědecko-výzkumných pracovníků , Pokročilé možnosti měření vápníkových přechodů na izolovaných buňkách, čj, pro cílovou skupinu vědecko-výzkumných pracovníků TdP incidence in Methoxamine-sensitized rabbit model is reduced with the age but not influenced by hypercholesterolemia. Nalos L., Jarkovská D., Švíglerová J., Süß A., Záleský J., Kuncová J., Štengl M. 6 str. Continuous analysis of heart rate variability for tracking severe sepsis development in clinically relevant porcine model. Dagmar Jarkovská, Lenka Ledvinová, Vojtěch Danihel, Jan Beneš, Jiří Chvojka, Jitka Švíglerová, Lukáš Nalos, Milan Štengl, Martin Matějovič. 6 str. Class III antiarrhythmic drugs amiodarone and dronedarone impair KIR2.1 backward trafficking. Yuan Ji, Hiroki Takanari, Lukas Nalos, Marien JC Houtman, Raimond Heukers, Paul MP van Bergen en Henegouwen, Marc A Vos, Marcel AG van der Heyden. 8 str. 1 pregrad. student v rámci SVOČ (prezentace výsledků na studentské vědecké konferenci ), 1 PSG student, 2 day to day vedení VV pracovníků 120 studentů, 45 vědecko-výzkumných pracovníků 12

15 Shrnutí vědecko-výzkumné práce PŘÍNOSY PROJEKTU MUDr. Lukáš Nalos, Ph.D Postdoktorand v rámci projektu zavedl kombinovaný model hyperchosterolemického, methoxaminem senzitizovaného králíka. Na modelu studoval vliv hyperchlesterolémie na incidenci Torsade de Pointes arytmií (TdP). V průběhu experimentů se podařilo také prokázat významný vliv věku na náchylnost k TdP arytmiím. Výsledky byly odeslány k publikaci. Postdoktorand se zapojil do měření, analýzy a interpretace výsledků projektu vliv sepse na srdeční funkci. Provedl pilotní experimenty zavedení experimentálních modelů sepse na menších zvířatech. Tento model je připraven pro další využítí v rámci výzkumného programu ústavu fyziologie LF UK v Plzni. V rámci stáže na Dpt of Medical Physiology, University Medical Center, Utrecht, Nizozemí se postdoktorand podílel na výzkumu vlivu amiodaronu a dronedaronu na traffiking Kir2.1. Výsledkem je společná publikace, která bude v nejbližší době odeslána do tisku. Postdoctoral Fellow in the project introduced a combined model of hypercholesterolemic, methoxamine sensitized rabbit. This model was used to study the effect of hypercholesterolemia on the incidence of Torsades de Pointes arrhythmia (TdP). Postdoc has also demonstrated during the experiments a significant influence of age on susceptibility of the heart to TdP arrhythmias. The results were submitted for publication. Postdoc was involved in the measurements, analysis and interpretation of the results of the project called impact of sepsis on cardiac function. He conducted pilot experiments to establish experimental model of sepsis in small animals. This model is ready for further use within the research program of the Institute of Physiology Faculty of Medicine in Pilsen. During the research visit to the Dpt of Medical Physiology, University Medical Center, Utrecht, the Netherlands was postdoc involved in research of the effect of amiodarone and dronedarone on Kir2.1 traffiking. Joint publication incorporating these results will be submitted soon. doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D. Díky projektu se postdoktorand Dr. Lukáš Nalos intenzivně zapojil do činnosti Ústavu fyziologie a v krátké době trvání projektu jeho činnost dokázal významně obohatit. Vedle zavedení nových experimentálních technik, ve kterých byl vyškolen v průběhu zahraničních stáží (analýza proteinové exprese Western blot, měření vápníkových přechodů v izolovaných srdečních myocytech), na pracovišti zavedl zcela nový experimentální zvířecí model (kombinace Carlsonnova modelu a hypercholesterolémie), který v průběhu projektu detailně analyzoval a získal významné nové poznatky s klinickým přesahem. Podílel se na přípravě projektu, který získal podporu GAČR pro roky Kladně hodnotím i jeho pedagogické působení, které zahrnovalo vedení magisterských i doktorandských studentů i speciální školení a vedení výzkumných pracovníků v rámci nových metod. Publikační aktivita byla přiměřená zaměření projektu na zavádění nových modelů a technik a lze očekávat její další růst. Due to the project postdoc Dr. Lukáš Nalos successfully integrated into the activities of the Dept of Physiology and within the short duration of the project he significantly enhanced them. Beside implementation of several new techniques (Western blot protein expression analysis, calcium transients in isolated cardiac myocytes), in which he was trained during his foreign stays, he introduced at the Dept a completely new experimental model (Carlsson s model combined with hypercholesterolemia), analyzed it in detail and obtained significant new findings with clinical relevance. He contributed to preparation of the project that obtained support from GAČR agency for coming years His educational activities included teaching of both Master and PhD students as well as special courses for researchers related to the new techniques implemented at the Dept. The publication activity was adequate to the focus of the project on implementation of new experimental techniques/models and its further rise is expected. 13

16 VÝSTUPY PROJEKTU LFP03 MUDr. Omid Moztarzadeh, Ph.D. Pracovní tým MUDr. Omid Moztarzadeh, Ph.D., MUDr. Daniel Hrušák, Ph.D., MUDr. Lukáš Hauer, MUDr. Jan Jambura Zahraniční stáže University of Medical Science, Faculty of Dentistry, Shahid Sadoughi, Yazd, Iran 7-9/2014 a 12/2014-1/2015, postdok se zde podílel na výuce vysokoškolských studentů zubního lékařství a postgraduálních studentů ústní a čelistní chirurgie. Zúčastnil se řady operací na traumatologických a onkologických odděleních. Stáž poskytla postdokovi možnost poznat různé kazuistiky pacientů a řadu orofaciálních anomálií. Postok je i nadále v kontaktu s pracovníky Íránské univerzity i nemocnice, podařilo se navázat velmi slibnou spolupráci založenou na vzájemné výměně zkušeností a dovedností. Získal zajímavé studijní materiály pro výuku studentů stomatologie na LF UK v Plzni. Konference Výuka , Berlín, Německo, 3D Printing Europe , Plzeň, IX. plzeňské pracovní dny maxillofaciální chirurgie, spoluautor příspěvku: Náhodné nálezy na OPG bezzubých čelistí , Plzeň, X. plzeňské pracovní dny maxillofaciální chirurgie, příspěvek: Historie zubních extrakcí Anatomie (1. ročník zubního lékařství), Topografická anatomie hlavy a krku, praktická cvičení (2. ročník zubního lékařství), Aplikace anatomie v klinické praxi pro zubní lékařství, vytvořil nový volitelný předmět (4. ročník zubního lékařství). Workshopy/ semináře a , kurzy pro akademické pracovníky Ústavu biochemie, seznámení s nejnovějšími poznatky oboru implantologie, s operačním postupem a postoperační péčí o pokusná zvířata, s metodikou a technickým zpracováním materiálu pro mikroskopické vyšetření, techniky zpracování ultratenkých preparátů , Léčba střelné rány, klinický seminář pro pracovníky stomatologické kliniky , Prevalence ateromových plátů v kalcifikované arterii carotis na OPG snímcích pacientů s primárním hyperparathyroidismem (PHPT), klinický seminář pro pracovníky stomatologické kliniky Publikace/ manuskripty Osseointegration evaluation of nano titanium implant Moztarzadeh O. Hrušák D., Hauer L., Jambura J., Tonar Z., Barcal J. On site 3D printing in oral and maxillofacial surgery Moztarzadeh O., Hrusak D., Bolek L., Bolek M. Podpořené osoby 224 studentů (74 mužů, 150 žen), 42 vědecko-výzkumných pracovníků Jiné Získal inspekční certifikát pro hodnocení osteointegrace implantibilních materiálů použitím metodiky výpočtu BIC (evidenční č ). Podílel se na vývoji prototypu dentálního implantátu ve fázi přihlášky UV Příprava na CAD/ CAM podporu dentální implantologie 14

17 Shrnutí vědecko-výzkumné práce PŘÍNOSY PROJEKTU MUDr. Omid Moztarzadeh, Ph.D. Postdoktorand se zapojil do výzkumné práce v oblasti nanostrukturovaných materiálů pro biomedicínské účely. Po intenzivním studiu odborné literatury shromáždil podklady pro certifikaci, realizoval finální verzi pracovního postupu Průkaz osseoitegrace implantibilních materiálů použitím metodiky výpočtu BIC (Bone/Implant Conact) a následně získal inspekční certifikát pro hodnocení osseoitegrace implantibilních materiálů použitím metodiky výpočtu BIC (evidenční č ). V rámci studia biokompatibility implantabilních materiálů byla zahájena intenzivní spolupráce s Ústavem lékařské chemie a biochemie LF UK v Plzni. different methods of bone processing such as embedding - - curing, cutting - grinding, and staining - mounting processes for eventual histological analysis of bone-implant interface. He implemented final version of bone processing method which was more efficient, accurate and less time consuming for preparation of bone-implant interface. Finally he obtained inspection certification for evaluation of osseointegration of implantable materials by measurment of BIC (bone-implant contact) percentage-(registration number: ). In his research studies about biocompatibility of implant materials, he had intensive cooperation with the departments of Histology, Biology, Chemistry and Biochemistry of Charles University in Prague, Faculty of Medicine in Pilsen. Postdoc participated in the research study of nanostructured materials for biomedical purposes. After intensive studies of professional literatures concerning implantology and collecting basic information about osseointegration of titanium implants, he performed series of experiments and tried MUDr. Daniel Hrušák, Ph.D. Mentor postdoktorandovi poskytoval odborné konzultace a podporu při plánování výzkumu a směrování publikačních aktivit. Mimo přímého vědeckého výzkumu se v rámci postoktorandských aktivit odehrávala spolupráce s firmami provádějící výzkum a výrobu implantačních materiálů a dentálních implantátů. V rámci této spolupráce se připravily i podmínky pro budoucí kooperaci při vývoji a zkoušení nových postupů výroby materiálů a typů implantátů. Konkrétně jde o firmy Comtes FHT, Proinno a.s., Timplant s.r.o, Dentamechanik s.r.o., se kterými je navázaná spolupráce a lze předpokládat i realizaci budoucích projektů. Pokud se týká praktických dopadů a výstupů; realizovala se spolupráce při vývoji prototypu nového jednodobého dentálního implantátu pro nízce denzní kost vyrobeného z nanostrukturovaného titanu; jsou připravené metodiky pro vyhodnocování implantačních materiálů; realizují se metody CAD/CAM technologií pro využití v implantologii a maxilofaciální chirurgii. Mentoring the postoctorand on the level of professional consultations and support for planning the research and guidance for publication activities was my main task in this project. Beside the scientific research activities a joint mutual relation to research and production companies in the field of implantable material production and dental implant fabrication was recognized. Namely the companies Comtes FHT, Proinno a.s., Timplant s.r.o, Dentamechanik s.r.o. are the partners for future joint projects. Outputs to be mentioned namely: cooperation in developing a new design of single stage dental implant for low density bone made from nanostructurised titanium; ready for use method for evaluation of implantable material; Appraisal of CAD/ CAM technology for the purpose of implantology and maxillofacial surgery. 15

18 VÝSTUPY PROJEKTU LFP04 Ing. Miroslava Svobodová, Ph.D. Pracovní tým Zahraniční stáže Ing. Miroslava Svobodová, Ph.D., MUDr. Václav Liška, Ph.D., MUDr. Hynek Mírka, Ph.D. Dlouhodobá stáž: TU Dortmund, Dortmund, Německo , studijní stáž u prof. Tima Rickena, studium popisu tenzoru permeability přímo z dat počítačové tomografie, anizotropie tkání. Krátkodobé stáže: , Udine, Itálie, CISM (letní škola: Nonlinear Mechanics of Soft Fibrous Materials) , Münster, Německo, letní škola - Evolutionary Solid Bodies, Growth and Remodelling of Biological Tissues, prezentace: Estimation of liver volumetry and resection line, Liver surgery planing , Gent, Belgie, centrum IbiTech - BioMMeda, konzultace s Dr. Charlotte Debbaut - příprava korozivních preparátů velkých jater (lidská, prasečí) a modelování tenzoru permeability Konference , Plzeň, 40. česko-slovenský chirurgický kongres s mezinárodní účastí a 6. kongres chirurgie jater, žlučových cest a pankreatu, prezentace: Srovnání manuální a automatické segmentace CT dat břišní dutiny a následná volumetrie jater (přednesená v zastoupení MUDr. Václavem Liškou, Ph.D.) , Vilnius, Litva, mezinárodní kongres ICT 2013 (Create, Connect, Growth), pasivní účast , Barcelona, Španělsko, ECCOMAS (11th World Congress on Computational Mechanics (WCCM XI), 5th European Conference on Computational Mechanics (ECCM V), 6th European Conference on Computational Fluid Dynamics (ECFD VI)), prezentace: LISA-Liver Surgery Analyzer Software Development Výuka Workshopy/ semináře Publikace/ manuskripty Vedení/ konzultace Podpořené osoby Přednášky Úvod do statistiky pro biomedicínské obory (únor březen 2013). Přednáška Imaging Methods in Experiment v rámci mezinárodní letní školy experimentální chirurgie Summer School of Experimental Surgery in Pilsen 2014 (7/2014). Účast při výuce předmětů LF UK v Plzni: Experimentální chirurgie (přednáška Ukázky z výpočtového modelování biomechaniky člověka ) Experimentální chirurgie nové technologie v medicíně (přednáška Vizualizace, zpracování obrazu a výpočty v biomedicíně ) , seminář Liver pre-surgery planning, FN Plzeň. Seminář byl určený širší odborné veřejnosti, shrnoval současný stav a dosažené výsledky mezi-univerzitní spolupráce LF a FN Plzeň, UK Praha a FAV ZČU v Plzni koordinované MUDr. Václavem Liškou, Ph.D., Chirurgická klinika FN Plzeň , účast na letní mezinárodní škole Summer School of Experimental Surgery Miroslav Jiřík, Miroslava Svobodová, Vladimír Lukeš, Hynek Mírka, Petr Hošek, Vladislav Třeška, Václav Liška, Liver Surgery Analyzer (LISA) software tailored for individual diagnostic approach, International Journal of Radiology Assisted Surgery (IJCARS), podáno k recenznímu řízení v březnu 2015 Plánované jsou ještě 2 publikace: Rozhledy v chirurgii, European Journal of Radiology 5 vědecko-výzkumných pracovníků day to day vedení 92 studentů všeobecného lékařství, 20 postgraduálních studentů a akademických pracovníků 16

19 Shrnutí vědecko-výzkumné práce PŘÍNOSY PROJEKTU Ing. Miroslava Svobodová, Ph.D. Hlavní náplní projektu bylo testování a vývoj softwaru LISA (LIver Surgery Analyzer) pro virtuální resekci jater a pro využití v klinické praxi. Postdoktorandka testovala segmentační submodul (v současné době doporučený pro užívání v klinické praxi na radiologickém a chirurgickém oddělení FN Plzeň). Byl připraven testovací soubor 30 plně anonymizovaných CT (počítačová tomografie) dat pacientů pro testování submodulu vyhledávajícího a vyhodnocujícího léze v jaterním parenchymu. Samotné submoduly jsou programované studenty a vědeckými pracovníky FAV, ZČU v Plzni. Dále došlo k nastudování teorie porézních materiálů a zajištění kontaktu s prof. Ing. Timem Rickenem, Ph.D., z TU Dortmund. Tato aktivita vede k předpokládanému návaznému matematickému a počítačovému modelování regenerace jaterního parenchymu po resekci, které už bude řešené mimo tento projekt. Velmi cenou aktivitou bylo zajištění pravidelných setkání odborníků z LF UK v Plzni a NTC, FAV, ZČU v Plzni, na kterých se během let dohodla metodika zpracování morfologie mikrostruktury cévního zásobení jater. Hlavní náplň projektu zajištění komunikačního mostu mezi FN a LF UK v Plzni a ZČU v Plzni byla splněna. Došlo k vytvoření dvou skupin 1) modelování z CT dat pacientů segmentace jater, vyhledání a identifikace lézí, 2) modelování z uct dat korozivních preparátů jater prasat - morfologie jaterního parenchymu s uvažováním fyziologického či patologického stavu. The development and the validation of the software LISA (LIver Surgery Analyser) for the virtual liver resection in clinical practice was the main idea of the project. The segmentation submodule was tested and finally it was recommended for the usage in clinical practice at the radiology and surgery department of Faculty Hospital in Pilsen. Further the dataset of 30 patient CT (computed tomography) data was anonymized and prepared to test other submodule developed for the liver lesion identification and classification. Both the submodules are written by students and young researchers at the Faculty of Applied Sciences, West Bohemia University. Concurrently, the postdoc has studied the theory of porous materials within the project, because the liver parenchyma could be mathematically and mechanically assumed as porous material. The last but highly-valuated action was the regular arranging of the interdisciplinary meetings for the experts from Faculty Hospital Pilsen, Medical Faculty in Pilsen, Charles University in Prague and Faculty of Applied Sciences, West Bohemia University. The methodology of the liver micro-circulation has been arranged at the meetings within the years The main aim of the project - the communication bridge establishment between all the institutions at the regional level - was realized. Two interconnected groups were established 1) the post-processing of CT data - liver segmentation, liver lesions detection and classification, 2) the mathematical and computer simulation based on the information obtained from the micro-ct data of pigs liver corrosion casts - liver parenchyma morphology of both the physiology and pathology liver parenchyma. MUDr. Václav Liška, Ph.D. Postdoktorandka výrazně posílila několikaletou spolupráci mezi Lékařskou fakultou UK v Plzni a Fakultní nemocnicí Plzeň na jedné straně a Západočeskou univerzitou na straně druhé. Přispěla k zapojení celé řady mladých vědeckých pracovníků a studentů do výzkumu zaměřeného k podpoře zkvalitnění předoperační fáze resekce jater. Za všechny jmenujme úspěch studentky Kristýny Bajcurové na Vědecké konferenci studentů lékařských fakult České republiky (2014), kde získala 1. místo v sekci Lékařské klinické obory. Došlo k navázání a upevnění mezinárodních kontaktů s pracovišti v Anglii (Queen Mary University of London), Německu (Technische Universität Dortmund) a Belgii (Universiteit Gent), která mohou být klíčová v další spolupráci s cílem zvýšit množství pacientů doporučených k resekčnímu chirurgickému zákroku. Postdoc LFP04 strengthed the interdisciplinary cooperation between Faculty of Medicine in Pilsen, Charles University in Prague and Faculty Hospital Pilsen on the one side and the West Bohemia University on the other side, which has been developed for many years. A lot of students and young researchers were engaged in the research thanks the project to support the improvement of the liver resection presurgery planning. Particularly the winner - Miss. Kristýna Bajcurová - of the National conference for students of medical faculties of the Czech Republic - section Medical clinical fields should be mentioned. Several international contacts were established (Great Britain (Queen Mary University of London), Germany (Technical University of Dortmund) and Belgium (University of Ghent)). These could become crucial within following years of planned research with the aim to increase the amount of patients for the liver surgery. 17

20 vnitrek_170x210_vnitrek :53 Stránka 18 LÉKAŘSKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ Krátké obecné představení fakulty Lékařská fakulta v Hradci Králové je již 70 let zaměřena na výuku a výzkum v oblasti medicíny. Od roku 1945 fungovala jako fakultní pobočka pražské fakulty všeobecného lékařství, později se stala samostatnou fakultou Univerzity Karlovy. V současnosti má akreditovány magisterské studijní programy Všeobecné lékařství a Zubní lékařství, které lze studovat i v angličtině, a bakalářský studijní program Ošetřovatelství. Absolventům nabízí 20 doktorských studijních programů, též v angličtině. Součástí nabídky je od roku 2012 i specializační vzdělávání lékařů. Na fakultě studuje ve všech studijních programech téměř studentů, z nichž asi jednu pětinu tvoří zahraniční posluchači.