Klasifikační systémy a nomenklatury v medicíně

Transkript

1 Klasifikační systémy a nomenklatury v medicíně Informační a komunikační technologie ve zdravotnictví 2008/2009

2 Typy informace Data = konkrétní informace výsledky vyšetření biosignály v čase proměnné obrazová informace ukládána v různých klinických modulech IS Znalosti = abstraktní modely světa zobecnění dat Literatura rozvoj systému pro zpracování znalostí vymezení znalostí, klasifikace, formální popis Interpretace modely lidského myšlení, logické odvozování, pravděpodobnostní rozhodování, systémy umělé inteligence

3 Lékařská data škály Měření = prvku souboru se přiřazuje právě jedna hodnota příslušné škály (stupnice) Kategorická (nominální) škála slovní, kvalitativní data zvl. pr. alternativní (0/1) Diskrétní (ordinální) škála Spojitá (intervalová) škála Škálování přiřazujeme jevům číselné hodnoty, které nelze přímo měřit Metoda srovnání (párové, nejlepší objekt) Metoda stejných intervalu

4 Normálnost dat Problém normálnosti Častost řídkost Co je zdraví Jak poznáme, je-li jedinec zdráv Popisné koncepce normálnosti Častost, průměrnost V praxi 2x směrodatná odchylka nebo 95% populace Hodnotící koncepce normálnosti Přiměřené zdraví / zdatnost optimální zdraví / zdatnost (odstupňovaný model) Normální rozmezí (referenční interval) Variabilita analytická a biologická Individuální norma zdraví

5 Variabilita dat Srovnatelnost měření Správnost (validita) Přesnost (Analytická) variabilita s jakou chybou jsme schopní daný parametr stanovit při opakovaném vyšetřovaní. Je podkladem pro aktuální klinické rozhodování při použití daného parametru Biologická variabilita Inter-individuální ukazuje procentuální změny v hodnotě parametru měřeného u toho stejného jedince opakovaně po několik dní za sebou Je podkladem pro aktuální klinické rozhodování při použití daného parametru intra-individuální ukazuje procentuální změny v hodnotě parametru měřeného u více jedinců několik dní za sebou. Je podkladem pro stanovení referenčních rozsahů

6 Lékařský pojem a termín Pojem Zobecnění objektu, vlastností a dějů Definice Název = Termín Klasifikace Vztahy příbuzných pojmu Názvy pojmu Terminologie včetně synonym Nomenklatura v utříděných systémech

7 Lékařský pojem a termín Pojem je zobecnění objektů našeho zájmu a to: Konkrétních předmětů (pacient, orgánů, histolog. struktury) Vlastností (cyanóza, nauzea), Dějů (biochemické vyšetření, progrese vyšetření) Pojem je dán současně abstrakcí a generalizací, kde pak: Klasifikace - řeší vztahy mezi příbuznými pojmy Definice - přesná formulace významu pojmu Název (termín) - pojem pojmenovává Terminologie-souhrn všech názvů pro danou oblast (lékařský jazyk, synonyma) snaha používat jediný výraz: synonyma

8 Definice a terminologie Definice typy: Analytické, syntetické, korektivní Pragmatické hledisko Přiměřenost, reálnost Sémantické hledisko Nominální, klasická (aristotelská), kontextová, genetická, negativní Syntaktické hledisko Terminologie Lékařský jazyk (přirozený x formální) Synonyma Systémovost Přesnost Úspornost (zkracování) Funkčnost (užívanost, nosnost)

9 Klasifikace Hierarchie Vztahy souřadnost, nad/podřazenost, zjemnění, ortogonalita Hierarchie generická (rod,druh) / partitivní (celek, část) Klasifikace v jedné dimenzi / ve více dimenzích/ složený kód (SNOMED) Systémy klasifikace diagnóz Mezinárodní klasifikace nemocí a příčin smrti (ICD) ICD-O, TNM, DSM III, Endoskopická nomenklatura Systémy klasifikace procedur Klasifikace ICPM Klasifikace VZP Národní číselník laboratorních položek Komplexní klasifikační systémy SNOMED, UMLS

10 Formalizace problému Prostředky: Množiny Logická notace Matematika a statistika Procedurální popis Algoritmizace Deklarativní popis Báze znalostí úplnost, nespornost, relativnost Znalostní pravidla Terapeutická, dávkování, diagnostická Nezbytný symptom, postačující symptom, přispívající symptom

11 Příklad synonyma Seznam synonym pro jedno jediné onemocnění: Anafylaktoidní purpura Nejčastější primární dětský zánět cév Henoch-Schönlein purpura Purpura DEBRÉ-LAMY Esenciální atrombocytopenická purpura (Schultze) Heberdenův-Willianův syndrom Kapilaro toxická purpura (Frank) Peliosis rheumatica Purpura allergica Purpura anaphylactica (Glanzmann)

12 Aspekty pro volby optimálních termínů Ze stávajících synonym SYSTÉMOVOST PŘESNOST ÚSPORNOST FUNKČNOST

13 SYSTÉMOVOST Prvořadý požadavek (z hlediska volby synonym), Teprve pak získává terminologie (soubor odborných výrazů) vlastnosti nomenklatury (utříděného terminologického systému) Prostředky pro vyjádření příslušnosti k systému v medicíně jsou koncovky (především): itis = zánět, patie = chronický neurčený stav, osa = chronické nezánětlivé onemocnění, aza = enzym, om nádor, áza enzym Jde vesměs o české formy latinských/řeckých názvů, s možností jejich skloňování v české větě! Příklad: Mezinárodnípřed-, přípona - LYMFOgranulOM Eponymum - MorbusHodgkin X

14 SYSTÉMOVOST Prostředky pro vyjádření systémové příslušnosti v medicíně: Formou složených výrazů: Vztah rod - druh podskupina vyjadřován přívlastkem shodným (akutní krvácení) Vztah část celek prezentován přívlastkem neshodným (kůra nadledvinky, trn obratle) či obráceným slovosledem (příklopka hrtanová) Koncovkami u jednoslovných termínů stejného základu základu: Vztah příčina příčina-následek ( embolizace embolie) U antonym má přednost lexikální negace (infekční neinfekční a nikoliv mikrobiální (neinfekční)

15 PŘESNOST Druhý nejdůležitější požadavek na jednoznačnost a obsažnost slovního vyjádření. Plurivalentní -mnohoznačné slovo, např. operace znamená nejen prováděný výkon, ale i vlastní činnost operování. Základní vlastnost odborného termínu oproti slovům běžného jazyka je jeho kontextová nezávislost. Tím se zvyšuje přesnost popisu reality Příklady Adherentní (zevní) vlastnost pojmu Anafylaktoidní purpura Inherentní (vnitřní) vlastnost - Imunnívaskulitis X Doporučení: Dávat přednost spíše znakům adherentním (jsou názornější)

16 ÚSPORNOST Požadavek daný nezbytnou stručností komunikace = praktická potřeba ze strany uživatelů. Sousloví v češtině 50% odborných termínů ze 2 slov, z 15% ze 3 slov a z 5% ze 4 a více slov. Jednotlivá slova mají svá přesně určená místa, nelze je nahradit synonymy. Jde často i o částečnou definici pojmu (chronické srdeční selhání, akutní infarkt myokardu, snímkování ze štítu, hladina krevního cukru). Funkčnější je vždy obecně složené slovo než složený výraz. Příklad: Složené slovo Imunodefekt Složený výraz Imunodeficitní stav X Kratší podobu mohou získat sousloví vypuštěných slov elipsou (cekum, komoce, dura apod.) Jsou často na pomezí slangu

17 ÚSPORNOST Zkracování: nejúspornější forma slovního vyjádření pojmu: Zkratky hláskové iniciálové (EKG, EEG, MNR, CT, RTG) Značky -obvykle symbolu (Kg, m) Slabičné Zkrácené části slov (echo) Uplatnění: hlavně v psaném projevu Při slovní řečové adaptaci mají slangovou formu (RS roztroušená skleróza ereska)

18 FUNKČNOST Užívanost Termín musí být živý univerzálně využitelný včetně své zevní grafické podoby. Ne vždy jsou v souladu se spisovnými normami praxe ukazuje, že jsou ale postupně jazykem asimilovány i do slovníků. Slova s přeneseným významem často velmi přesně a názorně charakterizují pojem (tzv. významová průzračnost). Jedná se obvykle o metafory, jež se ale významově neutralizovaly, takže nepůsobí nežádoucí asociace Příklad: Metaforie Přirození zabíječi namísto kódového označení CD7T lymfocyty

19 FUNKČNOST Nosnost Termín musí být nosný umožnit tvorbu odvozených slov - zejména adjektiv a sloves ze substantiv. Obecně nosnější jsou slova mezinárodního původu. Příklad: Mikroskop mikroskopie mikroskopický To české slovo drobnohled neumožňuje, proto postupně archaizuje. Morfologie Vypouštění nefunkčních hlásek (nevyjadřují znaky pojmu, plní jen formální úlohu (thrombocyt trombocyt, phenylketonurie fenylketonurie. Používání počešťujících hlásek (c k: Chloramphenicol chloramfenikol, s z: katalasa kataláza).

20 Klasifikační systémy a nomenklatury v medicíně Mezinárodní klasifikace nemocí (MKN) pro zpracování údajů o Zdravotním stavu Nemocnosti Úmrtnosti Prevenci apod. Nejen ve zdravotnictví nutná klasifikace nemocí, která musí zahrnovat Nemoci Úrazy Otravy komplikace léčebné péče stavy způsobené zevními příčinami Vrozené a získané vady Přidružené zdravotní problémy kontakty osob se zdravotnickými službami bez nemoci nebo subjektivní stížnosti.

21 MKN a ICD Mezin. klasifikace nemocí a příčin smrti MKN ICD International Classification of Diseases. Pod záštitou WHO (Svět. zdravotnické organizace) je každých cca 10 let přepracována. Nedostatek: nevhodná pro další kódování komplexní lék. informace (chybí pojmy pro příznaky a terapii). Současná 10. revize je řešena alfanumericky místo 1.číslice je nyní písmeno latinské abecedy další místa jsou číslice dekadické soustavy Takto všechny nemoci tříděny do 21. skupin s více základními položkami.

22 Podvojná (duální) klasifikace Podvojná (duální) klasifikace má dva kódy. Jeden obsahuje informaci o základním chorobném procesu a je označen křížkem ( ). Je uveden v té části klasifikace, ve které je onemocnění zařazeno podle zásad MKN, tj. podle základní nemoci. Druhý kód, který obsahuje informaci o lokalizovaném projevu (manifestaci) či komplikaci je označen (*). Je uveden v kapitole, která se vztahuje na tu orgánovou soustavu, kterou postihuje lokalizovaný projev nebo komplikace. Příklad:, 2. aplikace ICD Ve skupině B jsou kupř. zařazeny infekce dle typu infekčního agens, ve skupině I jsou pak srdeční onemocnění. Přínos: Lze dohledat v rámci obou uvedených skupin aspektů.

23 ICD příklad 1: B37 Kandidóza - candidiasis.0 Kandidovástomatitida.1 Plicní kandidóza.2 Kandidóza kůže a nehtů.3+kandidóza vulvya pochvy (N77.1*).4+Kandidóza jiných močových a pohlavních lokalizací.5+ Kandidovámeningitida (G02.1*).6+ Kandidováendokarditida (139.8*).7 Kandidová septikémie.8 Kandidóza jiných lokalizací.9 Kandidóza, NS

24 ICD příklad 2: I 39* Zánět srdeční nitroblány - endokarditis při nemocech zařazených jinde Patří sem postižení endokardu při: kandidové infekci ( B ) gonokokové infekci ( A ) revmatoidní artritidě ( MO5. 3 +).0 * Nemoci dvojcípé chlopně.1 * Onemocnění aortální chlopně.2 * Onemocnění trojcípé chlopně.3 * Onemocnění pulmonální chlopně.4 * Mnohočetná onemocnění chlopní.5 * Endokarditis neurčené chlopně

25 Komplexní klasifikační systémy Systém SNOMED ( systemizovaná nomenklatura medicíny) umožňuje popis jakékoliv situace v medicíně pomocí 6 úrovní: T - Topografie M - Morfologie, E - Etiologie, F - Funkce, P - Procedura, S - Syndrom a 5 - místným kódem (hexadecimální kód 0-9, A-F)

26 SNOMED Příklad V ledvině je absces stafylokokového původu projevující se bolestí a vyvolávající sepsi, pro který je provedena nefrotomie. Stav je popsán jako konjunkce kódů pro ledvinu,abscedující záněty, stafylokoka, bolest, chirurgickou incizi a sepsi: Topografie ledvina T Morfologie absces M Etiologie Staphylococcus E Funkce bolest F Procedura nefrotomie P Syndrom sepse S T 71000^M 41710^E 24400^F 82600^P 10000^S 00800

27 Unified Medical Language System Projekt US National Library of Medicine - tři základníčásti Metathesaurus Slovník, sestavený z více než 100 různých informačních zdrojů (SNOMED,ICD10...) Termíny jsou seskupeny, resp. začleněny do jednotlivých Pojmů (Concept) Každý pojem má unikátní Concept ID Pokud příslušný informační zdroj obsahuje relace,spojující pojem s jinými pojmy (is_a, is_part_of), jsou tyto relace v Metathesauru zachovány Semantic Network Pokus o ontologii postavenou nad pojmy Metathesauru 135 sémantických typů, 54 relací SPECIALIST Lexicon Syntaktický, morfologický a ortografický slovník anglických biomedicínských termínů (pro nástroje pro porozumění textu).

28 Příklad aplikace s IS Existují záznamy signálů, které by bylo dobré uchovávat v nějaké integrovanější formě Co ještě chceme uchovávat: chceme ukládat záznamy chceme ukládat některé údaje o pacientovy chceme ukládat osobní a rodinou anamnézu chceme ukládat medikaci chceme ukládat údaje a výsledky laboratorních vyšetření chceme pracovat se signálem Nechceme pouze uchovávat Předpokládáme do budoucna možnost data miningu

29 Příklad aplikace s IS Pro uchování informací volíme databázi Je potřeba zvolit aplikační a databázovou platformu V našem případě Aplikační platforma Java Databázová platforma Oracle Nyní je potřeba vytvořit ER diagram databáze Je zřejmé, že musíme definovat v partitivní hierarchii Sestavme si seznam možných entity a jejich vazeb

30 Příklad aplikace s IS Možné entity Pacient id., jméno, příjmení, pohlaví, datum narození (předpoklad šifrování) Pat_info jeden pacient může mít více informací a mění se Pat_diag jeden pacient může mít více diagnóz Pat_meds - jeden pacient může mít více medikací Measurement základní jednotka vyšetření, pacient může mít x vyšetření Results jedno vyšetření muže mít několik výstupů ne něj navazuje několik detailních entit Laboratory výsledky laboratoře Číselníky Diagnoses, Medication, Professions, Point_types, Parameters

31 Příklad aplikace s IS Jako úložiště dat zvolíme databázi

32 Příklad aplikace s IS Máme problém chceme ukládat signály ze dvou různých zdrojů Máme tedy dva různé formáty souborů Možné řešení model bude přistupovat k vybranému souboru a sjednocovat načtená data

33 Příklad aplikace s IS

34 Příklad aplikace s IS

35 Příklad aplikace s IS

36 Příklad aplikace s IS Práce s číselníkem Přidávat Ubírat Upravovat Pozor na integritu