MC4R, LPIN1 AND SERCA1 POLYMORPHISMS AND THEIR ASSOCIATION WITH MEAT QUALITY IN CZECH LARGE WHITE PIG BREED

Podobné dokumenty
THE IGF2 AND NAMPT GENE POLYMORPHISMS AND ASSOCIATIONS WITH PERFORMANCE TRAITS IN CZECH LARGE WHITE PIG BREED

VARIABILITY OF THE PORCINE MYOD1 GENE VARIABILITA GENU MYOD1 U PRASAT

ALLELE FREQUENCY OF KIT GENE ASSOCIATED WITH TOBIANO SPOTTING PATTERN IN PAINT HORSE BREED

VARIABILITY IN H-FABP, C-MYC, GH, LEP, LEPR GENES IN LARGE WHITE, LANDRACE AND DUROC BREEDS OF PIGS

USING OF AUTOMATED DNA SEQUENCING FOR PORCINE CANDIDATE GENES POLYMORFISMS DETECTION

KIT GENE POLYMORPHISM IN ASSOCIATION WITH HORSE COAT COLOUR TOBIANO POLYMORFIZMUS GENU KIT VE VZTAHU KE ZBARVENÍ U KONÍ TOBIANO

INTRODUCING OF SNAPSHOT METHOD FOR POLYMORPHISM DETECTION ZAVEDENÍ SNAPSHOT METODIKY PRO DETEKCI POLYMORFISMŮ

PCR IN DETECTION OF FUNGAL CONTAMINATIONS IN POWDERED PEPPER

Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o.

ANALYSIS OF SERPINE1 GENE VARIABILITY IN PIGS

DETECTION OF SNP IN MSTN GENE OF GASCONNE CATTLE BREED DETEKCE SNP V GENU MSTN U PLEMENE GASCONNE

UTILIZATION OF DNA MICROSATELLITES USED IN PARENTITY PANEL IN EVALUATION OF DIVERZITY AND DISTANCES BETWEEN THE BREEDS OF PIGS IN CZECH REPUBLIC

THE CHOICE OF THE MOST SUITABLE TECHNIQUE FOR ISOLATION OF NUCLEIC ACIDS AT DEPARTMENT OF ANIMAL MORPHOLOGY, PHYSIOLOGY AND GENETICS

THE EFFECT OF POLYMORPHISM IN TWO CANDIDATE GENES (PIT1 AND DGAT1) ON THE BODY LIVE WEIGHT OF HOLSTEIN CALVES

Molekulární příčiny hyperkinetické poruchy

VERIFICATION AVAILABILITY MICROSATELLITES PANEL FOR PARENTAGE IDENTIFICATION OF DIFFERENT CANINE BREEDS

Seznam použitých chemikálií

Mgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita

Genetická diverzita masného skotu v ČR

EFFECT OF FEEDING MYCOTOXIN-CONTAMINATED TRITICALE FOR HEALTH, GROWTH AND PRODUCTION PROPERTIES OF LABORATORY RATS

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU

EUROArray. laboratorní diagnostiku. Praha RNDr. Tereza Gürtlerová. Podtitul, název produktu

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.

Biotechnologický kurz. III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky

Molekulární genetika II zimní semestr 4. výukový týden ( )

THE EFFECT OF FEEDING PEA ADDITION TO FEEDING MIXTURE ON MACROELEMENTS CONTENT IN BLOOD

THE EFFECT OF THE CAST/ MSPI, HINFI, RSAI GENE AND INTERACTION BETWEEN CAST AND RYR1 GENES ON QUALITATIVE TRAITS

Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky

EFFECT OF MALTING BARLEY STEEPING TECHNOLOGY ON WATER CONTENT

Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová

Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin

ÚSTŘEDNÍ KONTROLNÍ A ZKUŠEBNÍ ÚSTAV ZEMĚDĚLSKÝ NÁRODNÍ ODRŮDOVÝ ÚŘAD VÝSLEDKY ZKOUŠEK UŽITNÉ HODNOTY ZE SKLIZNĚ Řepka jarní

ODLIŠENÍ ODRŮD PŠENICE OBECNÉ TRITICUM AESTIVUM L. METODOU RAPD

Vepřové maso je zdravé

Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin

ÚSTŘEDNÍ KONTROLNÍ A ZKUŠEBNÍ ÚSTAV ZEMĚDĚLSKÝ NÁRODNÍ ODRŮDOVÝ ÚŘAD VÝSLEDKY ZKOUŠEK UŽITNÉ HODNOTY ZE SKLIZNĚ Řepka jarní

THE CHANGES OF MUSCLE FIBRES DIAMETER OF BULLS DEPENDING ON THE DIFFERENT FACTORS

Genetický polymorfismus

Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky

DEGRADATION OF NUCLEIC ACIDS IN VARIOUS LABORATORIAL CONDITIONS

Co zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC

EVALUATION INFLUENCE STRESS SENSIBILITIES BOARS BREEDING PIETRAIN TO FRAGMENTARY INDICES CARCASS VALUES CROSSBREED PIGS

iva a výroba krmiv v chovu masného skotu

Určeno pro obecné laboratorní užití. Není určeno pro použití v diagnostických postupech. POUZE PRO POUŽITÍ IN VITRO.

EFFECT OF LEGUMES IN BROILER S DIETS ON SENSORY QUALITY OF MEAT VLIV LUSKOVIN V DIETÁCH BROJLERŮ NA SENZORICKÉ VLASTNOSTI MASA

Genotypování: Využití ve šlechtění a určení identity odrůd

Tok GI v buňce. Genetický polymorfizmus popis struktury populací. Organizace genetického materiálu. Definice polymorfismu

MagPurix Blood DNA Extraction Kit 200

EFFECT OF DIFFERENT HOUSING SYSTEMS ON INTERNAL ENVIRONMENT PARAMETERS IN LAYING HENS

Polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP)

Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA DNA. PCR polymerase chain reaction. Princip PCR PRINCIP METODY PCR

THE EFFECT OF PRODUCTION EFFICIENCY ON ECONOMIC RESULTS IN PIG BREEDING

INFLUENCE OF CONSTRUCTION OF TRANSMISSION ON ECONOMIC PARAMETERS OF TRACTOR SET TRANSPORT

RESEARCH OF ANAEROBIC FERMENTATION OF ORGANIC MATERIALS IN SMALL VOLUME BIOREACTORS

THE EFFECT OF AGE ON DOG SEMEN QUALITATIVE PARAMETERS

DYNAMIC VISCOSITY OF THE STALLION EJAKULATE

CHANGES OF SENSORY QUALITY OF METTWURST DEPENDING ON VEGETABLE OIL USED IN THE PRODUCTION

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)

EFFECT OF PALM OIL AND SALMON OIL ON FATTY ACIDS COMPOSITION IN THE TISSUES OF RATS

PhD. České Budějovice

THE INFLUENCE OF SEX ON QUANTITATIVE AND QUALITATIVE PARAMETERS OF THE MUSCLE FIBERS IN SELECTED CARCASSE PARTS IN PIGS

Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK

Gen stearoyl CoA desaturáza a jeho asociace se znaky kvality masa u skotu

Co zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC

Jednotné pracovní postupy zkoušení krmiv

Braf 600/601 StripAssay

Crossing-over. over. synaptonemální komplex

Polymorfismus délky restrikčních fragmentů

Mendelova genetika v příkladech. Genetické markery

Opravný list k diplomové práci ERRATA

THE EFFECT OF DIETARY LINSEED AND SUNFLOWER OIL ON FATTY ACID CONTENT IN RAINBOW TROUT FILLETS

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems)

DYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod.

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

USAGE OF CHITOSAN FOR DNA AND BIOLOGICAL SAMPLES STORAGE VYUŽITÍ CHITOSANU PRO UCHOVÁNÍ DNA A BIOLOGICKÝCH VZORKŮ

Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA

MENDELOVA UNIVERZITA V BRNĚ AGRONOMICKÁ FAKULTA DIPLOMOVÁ PRÁCE. Bc. LUDMILA SVOBODOVÁ

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

Detekce Leidenské mutace

EKONOMIKA VÝROBY MLÉKA V ROCE 2011 ECONOMICS OF MILK PRODUCTION 2011

Braf V600E StripAssay

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

Činnost a aktivity zdravotníků v oblasti klonování a GMO

Metody studia historie populací. Metody studia historie populací

VLIV SLOŽENÍ KRMNÝCH SMĚSÍ NA PRŮBĚH SNÁŠKOVÉ KŘIVKY SLEPIC

PERSPEKTIVES OF WEGETABLE WASTE COMPOSTING PERSPEKTIVY KOMPOSTOVÁNÍ ZELENINOVÉHO ODPADU

Yi TPMT. Diagnostická souprava. Návod k použití. Haasova 27 Brno Česká republika. tel.:

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/

MASARYKOVA UNIVERZITA v BRNĚ Lékařská fakulta. Disertační práce

THE SPECIFIC CONUDUCTIVITY OF THE STALLION EJAKULATE AND SEMEN PLASMA ELEKTRICKÁ VODIVOST EJAKULÁTU A SEMENNÉ PLAZMY HŘEBCŮ

Genetické markery kvality hovězího masa

2 Inkompatibilita v systému Rhesus. Upraveno z A.D.A.M.'s health encyclopedia

Genetické markery, markery DNA

CONTRIBUTION TO UNDERSTANDING OF CORRELATIVE ROLE OF COTYLEDON IN PEA (Pisum sativum L.)

MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha

GENETICS OF CAT S COLORS GENETIKA ZBARVENÍ KOČEK. Chaloupková L., Dvořák J. ABSTRACT ABSTRAKT ÚVOD

MENDELOVA UNIVERZITA V BRNĚ Agronomická fakulta Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat

KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek

Genetické markery - princip a využití

Transkript:

MC4R, LPIN1 AND SERCA1 POLYMORPHISMS AND THEIR ASSOCIATION WITH MEAT QUALITY IN CZECH LARGE WHITE PIG BREED Chalupová P. 1, Knoll A. 1, Urban T. 1, Gregor T. 2, Šulcerová H. 2, Sedláčková T. 1, Weisz F. 1, Sláma P. 1 1 Department of Animal Morphology, Physiology and Genetics, Faculty of Agronomy, Mendel University in Brno, Zemědělská 1, 613 00 Brno, Czech Republic 2 Department of Food Technology, Faculty of Agronomy, Mendel University in Brno, Zemědělská 1, 613 00 Brno, Czech Republic E-mail: pavla.chalupova@mendelu.cz ABSTRACT Meat quality parameters are important part of pork production effectiveness. These traits are influenced by many genes. MC4R (Melanocortin 4 receptor) plays role in metabolism regulation, food intake and obesity. LPIN1 (Lipin1) has an influence to adipose tissue development and lipid metabolism. SERCA1 (Sarcoendoplasmic reticulum Ca 2+ -ATPase 1) affects i.a. skeletal muscle relaxation. Our objective was to analyze polymorphisms in MC4R, LPIN1 and SERCA1 and assess association with meat quality parameters (intramuscular fat and fatty acids content). In total, 44 Czech Large White pigs were genotyped. Samples were tested for polymorphisms previously described: G>A polymorphism in MC4R (codon 298), C93T (exon 2) in LPIN1 and C66T (exon 8) in SERCA1. MC4R and LPIN1 were genotyped by PCR-RFLP (TaqI). SERCA1 was genotyped by sequencing. Moreover, two other polymorphisms in SERCA1 were found: A56G and C180T (exon 8). Relative frequency of allele A and C (MC4R, LPIN1) was 0.7 and 0.84 respectively. Relative frequencies of SERCA1 alleles G, C and C were following: 0.91; 0.89 and 0.66 (A56G, C66T and C180T respectively). No association was found between tested polymorphisms and intramuscular fat content. Non significant differences were found in MC4R and fatty acid content (stearic, oleic and linolic). Genotype TT was associated with higher stearic acid content when compared to CC (P 0.05). and CT (P 0.05). Results should be verified in other populations. Number of samples tested will be extended, research continues. Key words: pig, MC4R, LPIN1, SERCA1, polymorphism, meat quality, association Acknowledgments: This study was supported by the IGA TP 9/2010. 852

ÚVOD Kvalita masa je limitujícím faktorem pro úspěch produktu na trhu. Lze ji definovat jako součet nutričních (výživná hodnota), senzorických (barva, chuť a vůně, šťavnatost a křehkost), technologických (vhodnost masa ke zpracování, podíl masa, tuku) a hygienicko toxických vlastností (škodlivé látky, celkový zdravotní stav a welfare) (Bečková et Václavková, 2009). Kvalita masa je ovlivňována genetickými faktory i vnějším prostředím. Snahou o zvýšení podílu svaloviny došlo k výraznému snížení podílu tukové tkáně i k poklesu obsahu intramuskulárního tuku, který podstatně ovlivňuje právě senzorické vlastnosti masa (Bečková et Václavková, 2009). Dostatečné množství intramuskulárního tuku je pro zajištění poptávky po produktech z vepřového masa nezbytné. V současné době se na tuto vlastnost ve zvýšené míře zaměřují šlechtitelské programy (Schwab et al., 2009). Vlastnosti tuku z hlediska výživového i fyzikálního určuje zastoupení mastných kyselin, především pak vzájemný poměr nasycených (s vyššími body tání) a nenasycených (s nízkými body tání). Z hlediska výživy je v tuku žádoucí vyšší obsah nenasycených mastných kyselin (olejová, linolová, linolenová) (Bečková et Václavková, 2009). Gen SERCA1 (sarcoendoplasmic reticulum Ca 2+ -ATPase 1) kódující kanál transportující Ca 2+, hraje klíčovou roli při relaxaci kosterních svalů prostřednictvím transportu cytosolického Ca 2+ do sarkoplazmatického retikula. V exonu 8 byl nalezen SNP (C>T), který lze detekovat pomocí ARMS-PCR (amplification refractory mutation system). SERCA1 má vliv na obsah intramuskulárního tuku (Chai et al., 2010). Nachází se v oblasti 3p16-17 (Ciobanu et al., 2002). LPIN1 (Lipin1) hraje roli v metabolismu lipidů, rozvoji tukové tkáně a je asociován s množstvím intramuskulárního a útrobního tuku. LPIN1 je kandidátním genem lipodystrofie u člověka (He et al., 2009). MC4R (Melanocortin 4 receptor) ovlivňuje mj. metabolismus, příjem potravy, rychlost růstu a obezitu (Kim et al., 2000). Cílem práce je analyzovat polymorfismy v genech MC4R, LPIN1 a SERCA1 na aktuálním souboru prasat plemene bílé otcovské a zhodnotit asociaci s ukazateli kvality masa. 853

MATERIÁL A METODIKA Bylo analyzováno 44 prasat plemene bílé otcovské, pocházejících z jednoho chovu. DNA byla izolována z periferní krve pomocí QIAamp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN) v souladu s protokolem výrobce. Izolace byla provedena automaticky pomocí přístroje QIAcube (QIAGEN). MC4R Složení PCR reakční směsi MC4R F:5 - TACCCTGACCATCTTGATTG - 3. MC4R R:5 - ATAGCAACAGATGATCTCTTTG - 3 (Kim et al., 2000). Celkový objem 12,5 µl 9,4 µl H 2O, 1,25 µl Taq PCR buffer complete (Top-Bio), 0,25 µl 10 mm dntp mixu (Fermentas), 0,25 µl primeru MC4R F (10 pmol/µl), 0,25 µl primeru MC4R R (10 pmol/µl), 0,1 µl Taq DNA polymerázy (5 U/µl) (Top-Bio), 1 µl templátové DNA. Teplotní profil PCR reakce PCR reakce byla optimalizována pro termální cykler GeneAmp PCR System 2400 (Applied Biosystems). 95 C/2 min 35 (95 C/30 s; 58 C/30 s; 72 C/30 s) 72 C/10 min LPIN1 Složení PCR reakční směsi LPIN1 F 5 - GTTTGTCACCGTGAAGGA - 3 LPIN1 R 5 - AAGCCACAGTAATCAGAACA - 3 (He et al., 2009). Celkový objem 12,5 µl 9,4 µl H 2O, 1,25 µl Taq PCR buffer complete (Top-Bio), 0,25 µl 10 mm dntp mixu (Fermentas), 0,25 µl primeru LPIN1 F (10 pmol/µl), 0,25 µl primeru LPIN1 R (10 pmol/µl), 0,1 µl Taq DNA polymerázy (5 U/µl) (Top-Bio), 1 µl templátové DNA. Teplotní profil PCR reakce PCR reakce byla optimalizována pro termální cykler GeneAmp PCR System 2400 (Applied Biosystems) 95 C/4 min 33 (95 C/35 s; 58 C/35 s; 72 C/25 s) 72 C/3 min Stanovení genotypů MC4R a LPIN1 PCR produkty byly následně štěpen přes noc restrikční endonukleázou TaqI (1 U) při 37 C (He et al., 2009; Kim et al., 2000). Fragmenty byly elektroforeticky separovány na 3% agarózovém gelu (TBE pufr). Vizualiace fragmentů proběhla pomocí ethidium bromidu za použití UV světla. 854

SERCA1 Složení PCR reakční směsi SERCA1 F 5 CAAGGGGCATCACCCGACT 3 SERCA1 R 5 CTGGAATTGCAGCCACAGC 3 (Chai et al., 2010). Celkový objem 12,5 µl 4,75 µl H 2O, 0,25 µl primeru F (10 pmol/µl), 0,25 µl primeru R (10 pmol/µl), 6,25 µl Hot Star Taq Master Mix (QIAGEN), 1 µl templátové DNA. Teplotní profil PCR reakce PCR reakce byla optimalizována pro termální cykler GeneAmp PCR System 2400 (Applied Biosystems) 95 C/15 min 33 (95 C/40 s, 56 C/30 s, 72 C/20 s) 72 C/10 min Složení sekvenační reakční směsi Sekvenační reakce byla provedena v termálním cykleru GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) Celkový objem 10 µl. Modifikováno dle standardního protokolu. Ředěno 8krát. 7,09 µl H 2O, 0,5 µl reagentu (Sequencing RR-100), 1,75 µl 5x Sequencing Buffer, 0,5 µl PCR produktu. 0,16 µl primeru F Teplotní profil sekvenační reakce 96 C/1 min 25 (96 C/10 s; 50 C/5 s; 60 C/4min) Purifikace sekvenační reakce Sekvenační reakce byla purifikována pomocí BigDye XTerminator Purification Kit (Applied Biosystems) v souladu s protokolem výrobce. Analýza na automatickém sekvenátoru Sekvence byla analyzována pomocí 4-kapilárového automatického sekvenátoru ABI PRISM 3100-Avant Stanovení kvalitativních parametrů masa Obsah intramuskulárního tuku - extrakce xylenem v Soxhletově extrakčním přístroji po dobu 3 h. Stanovení mastných kyselin - celkové lipidy, metylestery MK plynová chromatografie FISON 800. 855

Statistická analýza Analýza byla provedena v programu SAS v 9.1.4 pomocí procedury GLM s pevnými efekty: Y = µ + MC + SERCA1 + SERCA1 + SERCA1 + e ijklmn 4Ri + LPIN1j Y ijklmn fenotypová hodnota analyzovaného znaku µ průměr populace MC4R i pevný efekt genotypu MC4R LPIN1 j pevný efekt genotypu LPIN1 SERCA1 k pevný efekt genotypu SERCA1 A56G SERCA1 l pevný efekt genotypu SERCA1 C66T SERCA1 m pevný efekt genotypu SERCA1 C180T e ijklmn náhodná chyba pozorování k l m ijklmn VÝSLEDKY A DISKUZE Stanovení polymorfizmu TaqI v genu MC4R PCR produkt (226 bp) tvoří po štěpení restrikční endonukleázou TaqI dle genotypu fragmenty následujících velikostí: AA 226 bp (neobsahuje TaqI štěpné místo) GA 226, 156 a 70 bp GG 156 a 70 bp Obr. 1 Stanovení genotypů polymorfismus TaqI v genu MC4R. 856

Stanovení polymorfizmu TaqI v genu LPIN1 PCR produkt (316 bp) tvoří po štěpení restrikční endonukleázou TaqI dle genotypu fragmenty následujících velikostí: TT 316 bp (genotyp nebyl v souboru detekován) CT 316, 256 a 60 bp CC 256 a 60 bp Obr. 2 Stanovení genotypů polymorfismus TaqI v genu LPIN1. Vizualizace PCR reakce SERCA1 Obr. 3 Ověření kvality PCR produktu genu SERCA1. 857

Sekvenování PCR produktu detekce polymorfismů Kromě polymorfismu C66T v exonu 8, který popisují Ciobanu et al., 2002 a Chai et al., 2010 byly sekvenováním objeveny další dva SNP (A56G a C180T v exonu 8). Nelze vyloučit, že jsou shodné s polymorfismy uvedenými Ciobanu et al., 2002 nejsou označeny konkrétní SNP ani pozice. Obr. 4 Výsledky sekvence polymorfismus A56G v exonu 8 (Sequence Scanner v1.0). Obr. 5 Výsledky sekvence polymorfismus C66T v exonu 8 (Sequence Scanner v1.0). Obr. 6 Výsledky sekvence polymorfismus C180T v exonu 8 (Sequence Scanner v1.0). 858

Výpočet frekvence genotypů a alel Tab. 1 Frekvence genotypů MC4R a LPIN1. MC4R LPIN1 genotyp AA GA GG TT CT CC četnost absolutní 23 16 5 0 14 30 četnost relativní 0,52 0,36 0,11 0 0,32 0,68 Σ 44 44 Tab. 2 Frekvence genotypů SERCA1. SERCA1 A56G SERCA1 C66T SERCA1 C180T genotyp AA AG GG CC CT TT CC CT TT četnost absolutní 0 8 36 35 8 1 17 24 3 četnost relativní 0 0,18 0,82 0,80 0,18 0,02 0,39 0,55 0,06 Σ 44 44 44 Tab. 3 Frekvence alel MC4R a LPIN1. MC4R LPIN1 alela A G C T četnost absolutní 62 26 74 14 četnost relativní 0,70 0,30 0,84 0,16 Σ 88 88 859

Tab. 4 Frekvence alel SERCA1. SERCA1 A56G SERCA1 C66T SERCA1 C180T alela A G C T C T četnost absolutní 8 80 78 10 58 30 četnost relativní 0,09 0,91 0,89 0,11 0,66 0,34 Σ 88 88 88 Genotyp TT polymorfismu SERCA1 C66T byl v souboru detekován pouze u jednoho vzorku, proto byl tento jedinec z následné asociační analýzy vyloučen. V případě asociace s obsahem intramuskulárního tuku je tedy kalkulováno se 43 jedinci. Hodnoty mastných kyselin jsou prozatím k dispozici jen u 30 zvířat, z tohoto důvodu je asociace s MK na tyto vzorky omezena. 860

Asociační analýza Tab. 5 Asociace polymorfizmů v genech MC4R, LPIN1 a SERCA1 s obsahem intramuskulárního tuku (LSM ± SE). MC4R AA(23) GA(16) GG(4) % intramuskulárního tuku 3,43 ± 0,33 3,74 ± 0,43 3,91 ± 0,57 LPIN1 TT(0) CT(14) CC(29) % intramuskulárního tuku 3,99 ± 0,42 3,40 ± 0,37 SERCA1 A56G AA(0) GA(8) GG(36) % intramuskulárního tuku 3,87 ± 0,52 3,52 ± 0,30 SERCA1 C66T TT(1) CT(8) CC(36) % intramuskulárního tuku 3,88 ± 0,49 3,50 ± 0,29 SERCA1 C180T TT(3) CT(25) CC(16) % intramuskulárního tuku 3,55 ± 0,67 3,71 ± 0,35 3,82 ± 0,33 Hodnoty se stejnými exponenty v řádku vykazují následující statisticky významné rozdíly: **P 0,01, * P 0,05, a blížící se průkaznosti, LSM průměrný nejmenší čtverec, S E střední chyba průměru. Chai et al., 2010 uvádí, že jedinci genotypu CC (SERCA1 C66T) vykazovali nižší obsah intramuskulárního tuku a vyšší obsah vody než CT a TT. Alela T vykazuje asociaci se zvýšeným obsahem intramuskulárního tuku a sníženým obsahem vody. He et al., 2009 popisuje průkazně nižší obsah intramuskulárního tuku u prasat genotypu CC oproti CT (LPIN1). V námi zkoumaném souboru nebyly u obsahu intramuskulárního tuku mezi uvedenými genotypy MC4R, LPIN1 a SERCA1 zjištěny průkazné rozdíly. 861

Tab. 6 Asociace polymorfizmů v genech MC4R, LPIN1 s obsahem mastných kyselin (LSM ± SE). MC4R LPIN1 AA(17) GA(10) GG(3) TT(0) CT(11) CC(19) kyselina palmitová 27,72 ± 0,55 28,01 ± 0,68 28,40 ± 0,84 28,29 ± 0,62 27,80 ± 0,56 kyselina stearová 15,57 ± 0,49 15,87 ± 0,60 a 14,39 ± 0,74 a 15,33 ± 0,55 15,22 ± 0,49 kyselina olejová 49,91 ± 0,85 a 49,71 ± 1,06 b 52,55 ± 1,31 ab 50,75 ± 0,97 50,70 ± 0,87 kyselina linolová 6,81 ± 0,63 a 6,39 ± 0,78 4,68 ± 0,97 a 5,61 ± 0,72 6,31 ± 0,64 Hodnoty se stejnými exponenty v řádku vykazují následující statisticky významné rozdíly: **P 0,01, * P 0,05, a blížící se průkaznosti, LSM průměrný nejmenší čtverec, S E střední chyba průměru Tab. 7 Asociace polymorfizmů v genu SERCA1 s obsahem mastných kyselin (LSM ± SE ). SERCA1 A56G SERCA1 C66T SERCA1 C180T AA(0) GA(7) GG(23) TT(0) CT(5) CC(25) TT(2) CT(17) CC(11) kyselina palmitová 28,07 ± 0,73 28,02 ± 0,46 28,40 ± 0,76 27,69 ± 0,43 28,01 ± 1,07 27,94 ± 0,51 28,18 ± 0,55 kyselina stearová 15,20 ± 0,65 15,35 ± 0,41 14,96 ± 0,67 15,59 ± 0,38 16,71 ± 0,95 *1*2 14,58 ± 0,45 *2 14,54 ± 0,49 *1 kyselina olejová 50,81 ± 1,14 50,64 ± 0,72 50,48 ± 1,19 50,97 ± 0,67 48,93 ± 1,66 51,68 ± 0,79 51,56 ± 0,87 kyselina linolová 5,95 ± 0,85 5,98 ± 0,54 6,15 ± 0,88 5,77 ± 0,50 6,39 ± 1,24 5,78 ± 0,58 5,72 ± 0,64 Hodnoty se stejnými exponenty v řádku vykazují následující statisticky významné rozdíly: **P 0,01, * P 0,05, a blížící se průkaznosti, LSM průměrný nejmenší čtverec, S E střední chyba průměru 862

V případě genu MC4R, jedinci genotypu GA vykazovali vyšší obsah kyseliny stearové oproti zvířatům GG (blížící se průkaznosti). Genotyp GG je asociován s vyšším zastoupením kyseliny olejové (oproti GA a AA; blížící se průkaznosti). Vyšší obsah kyseliny linolové byl zjištěn u jedinců AA oproti GG (blížící se průkaznosti). U genu LPIN1 nebyly zjištěny mezi genotypy průkazné rozdíly. Genotyp TT nebyl v souboru detekován. Genotyp TT (SERCA1 C180T) je asociován s vyšším obsahem kyseliny stearové oproti CT a CC (P 0,05). U polymorfismů A56G a C66T (SERCA1) nebyly mezi genotypy zjištěny průkazné rozdíly. ZÁVĚR V souboru prasat plemene bílé otcovské byly testovány polymorfismy v genech MC4R, LPIN1 (PCR-RFLP) a SERCA1 (sekvenování). Byla provedena asociační analýza s vybranými parametry kvality masa obsahem intramuskulárního tuku a mastných kyselin (palmitová, stearová, olejová, linolová). V našem souboru nebyla zjištěna asociace obsahu intramuskulárního tuku s žádným z testovaných polymorfismů. U genu MC4R byly zjištěny rozdíly (blížící se průkaznosti) v obsahu mastných kyselin (stearová, olejová, linolová). Detekovaný polymorfismus C180T v exonu 8 genu SERCA1 je asociován s obsahem kyseliny stearové. Zastoupení genotypů bylo v nerovnoměrné. Soubor zvířat bude rozšířen, výzkum pokračuje. LITERATURA Bečková, R., Václavková, E. Vepřové maso [online] 2009 [cit. 2010-10-03] AGROVENKOV Dostupné z:<http://www.agrovenkov.cz/default.asp?ids=3069&ch=445&typ=1&val=91865>. Ciobanu, D.C., Zhang, Y., Rothschild, M.F. Rapid communication: Mapping of the Ca 2+ ATPase of fast twitch 1 skeletal muscle sarcoplasmic reticulum (ATP2A1) gene to porcine chromosome 3. J. Anim. Sci., 2002. Vol. 80. p. 1386-1387. He, X. P., Xu, X. W., Zhao, S. H., Fan, B., Yu, M., Zhu, M. J., Li, C. C., Peng, Z. Z., Liu, B. Investigation of Lpin1 as a candidate gene for fat deposition in pigs, Mol. Biol. Rep., 2009. Vol. 36, p. 1175-1180. Chai, J., Xiong, Q., Zhang, P. P., Shang, Y. Y., Zheng, R., Peng, J., Jiang, S. W. Evidence for a new allele at the SERCA1 locus affecting pork meat quality in part through the imbalance of Ca 2+ homeostasis, Mol. Biol. Rep., 2009. 863

Kim, S.K., Larsen, N., Short, T., Plastow, G., Rothschild, M.F. A missense variant of the porcine melanocortin-4 receptor (MC4R) gene is associated with fatness, growth and feed intake traits. Mammalian Genome, 2000. Vol. 11, p. 131-135. Schwab, C.R., Mote, B.E., Du, Z.Q., Amoako, R., Baas, T.J., Rothschild, M.F. An evaluation of four candidate genes for use in selection programmes aimed at increased intramuscular fat in Duroc swine, J. Anim. Breed. Genet., 2009. Vol. 126, p. 228-236. 864