Bi5130 Základy práce s lidskou adna

Podobné dokumenty
Paleolitická kolonizace

Paleogenetika člověka

Co víme o původu psa na základě analýzy DNA

Paleolitická adna. Mitochondriální DNA Nukleární DNA Y Porovnání současné DNA (Paleogenetika, National Geographic )

Genetické rozdíly mezi populacemi aneb něco o migracích a genovém toku. Genetické rozdíly mezi populacemi

Analýza archaické DNA

Bi5130 Základy práce s lidskou adna

3) Analýza mtdna mitochondriální Eva, kdy a kde žila. 8) Haploskupiny mtdna a chromozomu Y v ČR

Analýza starobylé DNA a rekonstrukce historie

PRAVĚK PŮVOD ŽIVOTA A ČLOVĚKA

Jak jsme osídlili svět podle mtdna a chromozomu Y

Jak jsme osídlili svět podle mtdna a chromozomu Y

Co víme o původu psa na základě analýzy DNA

Evoluce člověka a její modely

Evoluce člověka a její modely

Zajímavost -mtdna a Y v R

I. Nûco tady nesedí. Dûjiny tzv. civilizace datujeme řádově nejpozději někam do

Pravěk - Doba kamenná. Vypracovala: Jana Opluštilová

Základy biologické antropologie 6. Doc. Václav Vančata katedra biologie a ekologické Ped F UK

Co všechno víme o starším pravěku?

3) Analýza mtdna mitochondriální Eva, kdy a kde žila. 8) Haploskupiny mtdna a chromozomu Y v ČR

Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu

Kolik jsme měli předků?

1) Velikost populace a demografická historie. 1) Velikost populace a demografická historie. 1) Velikost populace a demografická historie

Historie vědy a techniky Vývoj techniky v pravěku. Marcela Efmertová efmertov@fel.cvut.cz

Variabilita a adaptabilita člověka V. Doc. Václav Vančata

Výsledky letní praxe

Pes. Moje oblíbené zvíře

Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis.

Metody studia historie populací

Základy biologické antropologie 7. Doc. Václav Vančata katedra biologie a ekologické Ped F UK

EVOLUCE ČLOVĚKA. úlohy k tématu + autorské řešení. Radka M. Dvořáková, Karolína Absolonová

VY_32_INOVACE_D_362 PRAVĚK

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Metody studia historie populací. Metody studia historie populací

Variabilita a adaptibilita člověka. Doc. Václav Vančata

3) Analýza mtdna mitochondriální Eva, kdy a kde žila. 8) Haploskupiny mtdna a chromozomu Y v ČR

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.

Migrace. 1) Jednosměrná migrace. 2) Obousměrná migrace. 3) Genový tok a historie populací. 4) Migrace a genetická odlišnost mezi populacemi

Život v neolitu. doc. PhDr. Miroslav Popelka, CSc. Ústav pro pravěk a ranou dobu dějinnou FF UK ZS 2010/2011

Život v neolitu. doc. PhDr. Miroslav Popelka, CSc. Ústav pro pravěk a ranou dobu dějinnou FF UK ZS 2008/2009

Výstupy předmětu. Žák si zopakuje pojmy, vesmír, planeta Země, tvar, rozměry, rotace a její důsledky, mapa a určení polohy, zemské sféry.

PhD. České Budějovice

Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15

OBYVATELSTVO lidské rasy, národy, jazyky a písma. Lenka Pošepná

Jak měříme genetickou vzdálenost a co nám říká F ST

Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu

DOBA KAMENNÁ. Poznámky: STARŠÍ DOBA KAMENNÁ (PALEOLIT) PŘ.N.L.

III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT

Čtvrtohory. pracovní list. Mgr. Libuše VODOVÁ, Ph.D. Katedra biologie PdF MU.

Témata k nostrifikační zkoušce ze zeměpisu střední škola

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

3) Analýza mtdna mitochondriální Eva, kdy a kde žila. 8) Haploskupiny mtdna a chromozomu Y v ČR

Základní škola Náchod Plhov: ŠVP Klíče k životu

Drift nejen v malých populacích (nebo při bottlenecku resp. efektu zakladatele)

3/17/2010. Au. Mariette. G. Maspero. H. Carter. Lord Carvarvon

Vznik moderního člověka. Homo sapiens s.str.

Australopithecus- 1,2,6,13,14, Homo habilis-3,7,15,19,20 Homo erectus-4,8,16,17,21, Homo sapiens neanderthalensis-5,9,18,22,23

Vliv klimatu na vývoj člověka

Analýza archaické DNA

Genotypy absolutní frekvence relativní frekvence

Úvod do studia historie moderního člověka

Vliv klimatu na vývoj člověka

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Původ a vývoj člověka

Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny

kdo byli a jak se vyvinuli naši předkové? antropologie, archeologie, historie a dalších vědních disciplín X Geografie obyvatelstva: prostorové a

Testování lidské identity

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,

Základy geografie obyvatelstva a sídel

Malcomber S.T. (2000): Phylogeny of Gaertnera Lam. (Rubiaceae) based on multiple DNA markers: evidence of a rapid radiation in a widespread,

Předmět:: Zeměpis. Informační zdroje v geografii. Činnosti s mapami, grafy, diagramy a se zeměpisnými atlasy

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě MU

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

Aplikace DNA profilování na adna

Mgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita

Pravěk. Časové údaje: 6000 př. n. l př. n. l př. n. l. 750 př. n. l oradlo kolo 0 DOBA ŽELEZNÁ

Variabilita v pigmentaci

Coalesce spojit se, splynout, sloučit se. Didaktická simulace Coalescence = splynutí linií

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

FUNKČNÍ VARIANTA GENU ANXA11 SNIŽUJE RIZIKO ONEMOCNĚNÍ

ZEMĚPIS V 6. A 7. ROČNÍKU. Využití internetu v učivu zeměpisu v 6. a 7. ročníku. Číslo a název DUM: Autor: Antonín Krejčí

Geografie sídel. Přednáška z předmětu KMA/SGG. Otakar ČERBA Západočeská univerzita v Plzni

Pravěk. periodizace dle používaných materiálů ( doba kamenná, bronzová )

Vývoj rodu homo. 1. Kde jsme se vzali? 2. Proč bipedie? 3. První předchůdce člověka Australopitéci?

Základy geografie obyvatelstva a sídel

R E G I O N ÁL N Í Z E M ĚP I S

Jak se matematika poučila v biologii

Zdeňka Veselá Tel.: Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.

Vysvětlí strukturu vesmíru. Vyjmenuje, která tělesa tvoří sluneční soustavu a porovná planety sluneční soustavy.

Gymnázium Ivana Olbrachta Semily Nad Špejcharem 574, příspěvková organizace, PSČ

Význam organismů pro člověka

R E G I O N ÁL N Í Z E M ĚP I S

NEJSTARŠÍ PALEOLIT H. HABILIS. východní Afrika Olduvaj lov drobné zvěře sekáče otloukání, štípání ve skupinách řeč kruhovitá obydlí

Populační genetika II

Etologie myši domácí

Problém HIV/AIDS v Etiopii

Transkript:

Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá brzobohata@sci.muni.cz Laboratoř biologické a molekulární antropologie, ÚEB, PřF, Mu

1) Modelování historických událostí a jejich limity 2) Teorie šíření moderního Homo sapiens 3) Analýza adna a osídlení Ameriky 4) Analýza adna a osídlení Austrálie adna a neolitizace 1) Charakteristika dějinného období neolit 2) Domestikace 3) Šíření neolitického způsobu života 4) Analýza adna a neolit

Antropologie Lingvistika Archeologie Geologie Analýzy DNA Analýzy adna Osidlování světa anatomicky moderním člověkem Limity metod bez analýzy adna Jedná se o modelování vychází z principu molekulárních hodin, který je založen na předpokladu, že míra mutací v DNA je za určitý čas přibližně konstantní, díky čemuž je možné odhadnout evoluční vzdálenost, zpravidla mezi dvěma populacemi nebo druhy. Tato metoda vychází z recentních dat a je velmi obtížné do ní zahrnout populační události jako je např. míšení populací (admixture), efekt zakladatele, bottleneck, selekční tlaky a geogologické vnější vlivy (např. zalednění). Analýza adna je vhodným nástrojem pro validaci mutační rychlosti.

Osídlování světa hominidy Homo erectus a Homo ergaster migrovali z Afriky už před 1, 8 mil lety (Grine et al., 2009) a několika na sobě nezávislých vlnách.

Teorie šíření moderního Homo sapiens Multiregionální model Model Out of Africa

Statistické metody k porovnávání populací Pro porovnávání vzdálenosti populací jsou nejčastěji používána data získaná z analýzy mitochondriální DNA, chromozomu Y a SNP. Pro analýzu dat adna a porovnávání se současnými populacemi je používám softwarový balíček ADMIXTOOL. Vychází ze sekvenačních dat (NGS) nebo dat získaných pomocí microarrays. Porovnává SNP cca 600 000, které byly vybrány na základě analýzy 900 jedimců z 53 recentních populací (Genographic project, 1000 Genome Project). ADMIXTOOL shrnuje 5 metod, které byly dříve samostatně použity k hodnocení míšení populací: the three-population test, D-statistics, F4-ratio estimation, admixture graph fitting a rolloff (Reich et al. 2009; Green et al. 2010; Durand et al. 2011; Moorjani et al. 2011). Tento nástroj dokáže modelovat alternativní scénáře. Je citlivý k archaické příměsi genů, i pokud nemáme srovnávací vzorek adna. Do modelování lze zahrnout velikost populace, náhodné/nenáhodné páření, chybu sekvenování, postmortem degradaci adna, recentní příměs apod. Jedním z nástrojů ADMIXTOOL je metoda D statistic (Green et al., 2010) která testuje míšení mezi třemi populacemi (neadrtálec, Homo sapiens a Denisované). D- statistic hodnotí sdílené alely mezi populacemi a subpopulacemi.

Doklady osidlování Ameriky analýzou adna Pevninskou cestou - Beringie -Dlouhodobá migrace dvě vlny migrace -Krátkodobá migrace okolo 19 000 B.P. (22 000 17000) -Lebky indiánů jsou ale morfologicky podobnější Melanésanům a Aboridgincům? -https://en.wikipedia.org/wi ki/settlement_of_the_amer icas#/media/file:beringia_la nd_bridge-noaagov.gif

Analýza genomu paleolického genomu (24 000 let BP) ze Sibiřské oblasti Maľta prokázala, že původní Američané pocházení z metapopulace, která dala základ pozdějším obyvatelům Asie, ale i Evropy. Jedinec z lokality Maľta je pak méně geneticky podobný dnešním obyvatelům Sibiře. Tato metapopulace dala základ i evropskému osídlení, proto určitou míru genetické podobnosti mezi indiány a Evropany nelze přisuzovat alternativním scénářům o kontaktu s Novým světem nebo post kolumbovské příměsi. U původního amerického obyvatelstva se tedy objevují i haplskupiny mtdna (X) a Y chromozomu (R), které lze najít i u Evropanů.

Kultura Clovis Kostra chlapce z lokality Anzik 1 (Montana, USA) je datována cca 12500 BP a náleží k protokultuře Clovis, která dala základ jak severoamerickým, tak jihoamerickým indiánům. Analýza adna ukázala, že jedinci z lokality Anzik vykazují vyšší genetickou afinitu k dnešním indiánům, i vyšší než k jakékoliv jiné adna, vč. DNA asijské. Divergence jihoamerických a severoamerických indiánů proběhla brzy po osídlení kontinentu (cca 13000 BP), teorie je potvrzena i archeologicky. Severoameričtí i jihoameričtí indiáni však americký kontinent osídlili jako jedna skupina.

Ostatky muže známého jako Kennewick man (8340 9200 BP) ze státu Washington Genetické analýzy potvrdily, že má nejvyšší genetickou afinitu k původním americkým obyvatelům, kteří toto území obývají dodnes.

Doklady osidlování Pacifiku analýzou adna Oblast Austrálie a Pacifiku byla osídlena již během první vlny migrace v rámci Out of Africa, zároveň jsou však obyvatelé míšenci anatomicky moderního Homo sapiens a Denisovanů. Archeologické doklady o osídlení jsou datovány přibližně 45 000 BP. Výzkum lidské DNA vlivem negativních kulturních zkušeností se zaměřuje na recentní DNA. Výzkum adna se zaměřuje především na analýzu kosterních pozůstatků symbiotických druhů: Pes Tichomořský potkan (Rattus exulans) Prase Kuře kontakt Polynésanů s Jižní Amerikou?

Doklady osidlování dalších částí země

Neolitizace Neolitizační centra Neolitizace = neolitická tranzice Na konci holocénu (12 000 B. P. ) změna klimatu Konec dob ledových, pouze okolo 12 000 B. P. malá doba ledová Změna fauny a flory, konec zalednění Změna společnosti Dělba práce vznik prvních řemesel Výměnný obchod Rozvoj náboženských a filozofických představ Stratifikace společnosti Nové technologie Keramika Tkané příze Zpracování dřeva Kovozpracující řemesla Změna způsobu obživy Tvorba kulturní krajiny Cílené ovlivňování přírody Domestikace Pěstování zkulturněných plodin a chov zdomácnělých zvířat Změna nepřinesla lepší životní podmínky! Změna způsobu bydlení Trvalá sídla, úpadek kočovného života První vesnice a města Trvalá obydlí ze dřeva, kamenei cihel

Neolitizace Teorie šíření zemědělství - modely: Kulturně difúzní Démická difuze

Neolitizace Stovky osekvenovaných genomů Výzkum především Německých a Skandinávských lokalit. První osekvenovaný zemědělec - Ötzi

Neolitizace 4 vlny osídlení Evropy: 1) 45 000 25 000 BP WHG 2) 45 000 25 000 BP CHG 3) 8000 6000 BP EEF 4) 4500 BP ANE Indoevropská migrace z Pontské stepi, spojena s kulturou se šňůrovitou keramikou. Výzkum neolitických nalezišť z Německa 50 70% ANE Do Evropy přinesli koně a indoevropské jazyky.