Genetické testování chronické pankreatitidy Iveta Valáš ášková Iva Bartejsová ivalaskova@fnbrno,cz ibartejsova@fnbrno.cz Fakultní nemocnice Brno Oddělen lení lékařské genetiky
Chronická pankreatitida (CP) trvale progredující zánětlivé onemocnění pankreatu vedoucí k destrukci pankreatického parenchymu je důsledkem pankreatické autodigesce konverze pankreatických zymogenů v aktivní enzymy v pankreatickém parenchymu iniciace zánětlivého procesu
Chronická pankreatitida
Příčiny chronické pankreatitdy toxické alkohol (kouření) anatomické anomálie metabolické hyperlipidemie, hypercalcemie genetické Comfort a Steinberg, 1952 CP nahromaděná v rodinách naznačuje genetický podklad choroby
Genetické faktory CP Několik různých genů je zahrnuto v patogenezi CP gen CFTR chromozom 7 (7q31) gen SPINK1 chromozom 5 (5q31) gen PRSS1 chromozomu 7 (7q35) - ti
Witt,2006 Genetické a enviromentáln lní faktory CP enviromentální faktory ACP TCP ICP HP SPINK1 SPINK1 SPINK1 PRSS1 CFTR (SPINK1) (PRSS1) jiné (dosud neznámé) alkohol jiné výživa??? genetické faktory genetické faktory se liší u různých subtypů CP různé mutace v různých genech vedou k různým CP fenotypovým projevů a typům dědičnosti stejné mutace ve stejných genech mohou vést k různým důsledkům v závislosti na genetickém pozadí a vnějších faktorech
Normáln lní pankreas normální pankreas trypsinogen SPINK1 - - trypsin mesotrypsin trypsin Trypsin vznikající autoaktivací trypsinogenu v pankreatickém parenchymu je inhibován SPINK1 mesotrypsin nebo trypsin enzymová kaskáda autodigesce Witt,2000
Chronická pankreatitida genetické faktory SPINK1 AP + chronická pankreatitida CFTR trypsinogen trypsin enzymová kaskáda mesotrypsin trypsin Mutace v PRSS1 a SPINK1 inbalance proteáz a jejich inhibitorů v pankreatickém parenchymu konverze pankreatických zymogenů na aktivní enzymy autodigesce zánět autodigesce Witt,2000
Chronická pankreatitida genetické faktory SPINK1 AP + chronická pankreatitida CFTR trypsinogen trypsin enzymová kaskáda mesotrypsin trypsin Mutace v CFTR sníženo duktální ph defektní rozpustnost proteinů defektní apikální transport zymogenových granulí zvýšená autoaktivace trypsinogenu autodigesce zánět autodigesce Witt,2000
PRSS1 cationic trypsinogen (serine protease 1) V lidském pankreatu byly popsány 3 různé trypsinogeny kationický trypsinogen anionický trypsinogen mesotrypsinogen nejsnadněji se autoaktivuje je více rezistentní k autolýze gain-of-function produkt s abnormální funkcí dominantní PRSS1 mutace gain of function způsobují zvýšení intrapankreatické autoaktivace trypsinogenu, což může být první fáze procesu rozvinutí pankreatitidy
PRSS1 mutace Mutace N29I nepřímo zvyšuje frekvenci autoaktivace Mutace R122H -inaktivuje hydrolýzu trypsinu a tím stabilizuje jeho aktivní formu hereditární pankreatitida autozomálně dominantní dědičnost Mutace A16V - postihuje transport trypsinogenu typicky detekována u pacientů bez rodinné historie CP Riziko rakoviny pankreatu je aža 50% v 70 letech Howes,2004
PRSS1 gen lokalizován na chromozomu 7 (7q35) DNA 3.59 kb 5 exonů mrna 800bp CDS 744 bp N29I R122H 5 UTR 1 2 3 4 5 3 UTR K23R
SPINK1 serine protease inhibitor Kazal typ 1 (pankreatic secretory inhibitor, PST1) specifický substrát pro trypsin inhibuje 20% intrapankratické trypsinové aktivity SPINK1 mutace loss of function snižují inhibiční kapacitu SPINK1 různé SPINK1 mutace mají různou dědičnost např. mutace M1T zasahuje start kodon nulová alela dominantní dědičnost mutace N34S snižuje SPINK1 kapacitu méně recesivní nebo komplexní dědičnost loss-of-function produkt se sníženou až nulovou funkcí recesivní
SPINK1 mutace N34S přenašeči 0,5%-2% evropské populace, u většiny z nich se nikdy nerozvine CP pouze kombinace N34S a jiných genetických defektů nebo enviromentálních faktorů vede k rozoji CP 5% - 10% CP pacientů je homozygotů N34S (1:10 000 1: 40 000 v populaci) N34S silně ovlivňuje patogenezi CP
SPINK1 gen lokalizován na chromozomu 5 (5q31) DNA 7.05 kb 4 exony mrna 378 bp CDS 240bp -53C>T N34S 5 UTR 1 2 3 4 3 UTR L14P P55S
Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Protein CFTR chloridový kanál regulující transport iontů přes buněčnou membránu lokalizovaný v apikální membráně epiteliálních buněk 2 membránové domény (TMD1,2) 2 nukleotid vázající domény (NBD1,2) intrabuněčná regulační doména
CFTR Buňky pankreatu produkují trávicí enzymy a sekretují je do pankreatického duktu odkud jsou exportovány do střeva Normální CFTR exprese udržována rozpustnost sekretovaných enzymů Chybějící nebo snížená CFTR exprese -obstrukce duktu hustým sekretem -enzymy natravují parenchym pankreasu zánět I mírná redukce CFTR funkce, jako je u heterozygotů, zvyšuje susceptibilitu CP zesílením intrapankreatické aktivace trávicích enzymů
CFTR mutace popsáno více než 1000 mutací nejčastější mutace F508del 66% CF patologických alel 50% CF pacientů je homozygotních typ a fenotypový projev choroby závisí - na typu CFTR mutace - jejím vlivu na strukturu a funkci CFTR proteinu (třídy mutací) - pozici mutace v genu -na přítomnosti jiných genetických změn na stejné alele, které samy nemají fenotypový efekt
Typy chorob způsobených CFTR mutacemi Klasická cystická fibróza kombinace genetických změn na 2 CFTR alelách redukuje CFTR funkci na 5% fyziologické úrovně Atypická like cystická fybróza mild mutace je udržena vyšší funkce CFTR Chronická pankreatitda nejenom homozygoti, složení heterozygoti, ale také nositelé jedné patologické CF alely - signifikantně zvýšené riziko
CFTR gen lokalizován na chromozomu 7 (7q31) DNA 188.7 kb 27 exonů mrna 6128 bp CDS 4443 bp F508del G551D 5 UTR 1 2 3 4 5 6a 6b 7 8 9 10 11 12 13 14a 14b 15 16 17a 17b 18 19 20 21 22 23 24 3 UTR CFTRdele2,3(21kb G542X R553X
Genetické testování CP
Genetické testování CP Biologický materiál pro izolaci DNA lymfocyty z periferní krve
Detekce mutací genů CFTR, SPINK1, PRSS1 Základní analýza analýza teploty tání fluorescenčně značených sond po vysokorychlostní PCR amplifikaci gen CFTR, SPINK1, PRSS1 Pacienti nositelé jedné patologické alely genu CFTR, SPINK1, PRSS1 vyšetřováni dále pro vyloučení smíšené heterozygozity transheterozygozyty Rozšířená analýza 2. multiparametrový screeningový test INNO-LiPA CFTR gen CFTR 2. sekvenace kódujících oblastí gen CFTR, SPINK1, PRSS1
Detekce mutací genů CFTR, SPINK1, PRSS1 analýza teploty tání fluorescenčně značených sond po vysokorychlostní PCR amplifikaci LightCycler instrument (Roche) rychlé přesné jednoduše interpretovatelné
Analýza teploty tánít Set 8 separovaných reakcí u jednoho testovaného jedince Detekce 12 mutací genů CFTR, SPINK1, PRSS1 CFTR 1 F508del 1 G542X, G551D, R553X 2 CFTRdele2,3(21kb) 2 N1303K SPINK1 3 53C>T, L14P 4 N34S 3 P55S PRSS1 3 N29I,K23R 3 R112H 1 Burggraf at al 2 OLG ve spolupráci s TIB MOLBIOL 3 Bhatia at al 4 Truninger at al
Analýza teploty tánít rychlé přesné jednoduše interpretovatelné
Sekvenace Analýza kódujících oblastí genu CFTR, SPINK1, PRSS1
Genetické testování pacientů s chronickou pankreatitidou pomáhá determinovat etiologii onemocnění naznačuje vhodnou léčbu (mutace v různých genech postihují různé kroky aktivace a inhibice pankreatických enzymů léčba podle pacientova defektu) umožňuje částečně zvýšit přežívání rakoviny pankreatu členové rodin s výskytem chronické pankreatitidy mohou být testováni a následně konsultováni snížení rizika rozvinutí choroby