Vliv vnitřních a vnějších faktorů na mikroorganizmy v potravinách

Vliv vnitřních a vnějších faktorů na mikroorganizmy v potravinách

Faktory ovlivňující růst mikroorganismů v potravinách Vnitřní : živiny, ph, redox potenciál, vodní aktivita,antimikrobiální aktivity Vnější: vlhkost, teplota, atmosféra Implicitní: specifická růstová rychlost, synergismus, antagonismus, komensalismus Technologické: krájení, mytí, balení, záření, pasteurizace

Mikroorganizmus a potravina uchycení mikroorganizmů (fimbrie, pouzdra, slizová vrstva) kontaminační dávka druh mikroorganizmů (růstová fáze, generační doba) mikroflóra potraviny (vzájemné vztahy mezi mikroorganizmy) vliv vnitřních faktorů vliv vnějších faktorů

Vnitřní faktory Působením mikroorganismů se mění vlastnosti potravin (např. textura, konzistence, vůně, chuť, vzhled). K jakým změnám dojde je závislé na chemických a fyzikálních vlastnostech potraviny (intrinsic factors): složení potraviny (dostupnost živin) koncentrace vodíkových iontů (ph) aktivita vody (a w ) oxido-redukční potenciál (E h ) textura potraviny přítomnost antimikrobiálních látek v potravinách

Vnější faktory Způsob uchování a skladování potravin má významný vliv na mikroflóru potravin. Jakost a trvanlivost potravin je určována vnějšími faktory (extrinsic factors). teplota prostředí relativní vlhkost vzduchu (% RV) složení atmosféry čas

Další faktory Vedle vnitřních a vnějších faktorů má na trvanlivost potravin z pohledu mikrobiologického vliv také počet a druhové zastoupení mikroflóry. Čím méně je v potravině mikroorganismů a čím méně jsou aktivní, tím delší čas je potřeba k jejich pomnožení a vzniku senzorických změn (dlouhá lag fáze a delší generační čas) Tlak, záření, působení antimikrobiálních látek, dezinfekčních prostředků

Vztahy mezi mikroorganismy Komenzalizmus - volné sdružení MO, kteří si vzájemně neškodí ani neprospívají (např. mikroflóra úst, kožní mikroflóra, atd.) Synergizmus (syntrofizmus) - umožňuje žít určitým MO v daném prostředí pouze v přítomnosti MO jiných (např. aeroby odčerpávají kyslík z prostředí umožňují růst anaerobů, štěpení makromolekul extracelulárními enzymy, kefírové kultury)

Vztahy mezi mikroorganismy Symbióza - vzájemně prospěšné soužití MO, např. s hmyzem, rostlinami nebo vyššími živočichy (např. rozklad celulózy v bachoru přežvýkavců, produkce vitaminu K bakteriemi střevního traktu) Antagonizmus - nepříznivé působení jedné skupiny mikroorganizmů na druhou (např. bakterie mléčného kvašení a hnilobné bakterie)

Vztahy mezi mikroorganismy Parazitizmus - jeden MO využívá vnitrobuněčných meziproduktů metabolismu jiného druhu a tím jej ničí. Jev častější pro soužití mikroorganizmů s živočichy nebo rostlinami (např. bakteriofágy, mykoviry) Metabióza - produkty metabolismu jedněch mikroorganizmů jsou postupně využívány mikroorganizmy dalšími (např. zoctovatění alkoholických nápojů) - metabióza umožňuje rychlou mineralizaci organických látek v přírodě - koloběh prvků

Vnitřní faktory - složení potraviny Obecně platí, že potraviny obsahující více nízkomolekulárních látek a větší množství vody se kazí rychleji. obsah vody v potravině zdroj energie a zdroj dusíku (sacharidy, alkoholy, AMK) zdroj dusíku (AMK, peptidy, bílkoviny) vitamíny a růstové faktory (B vitamíny) minerální látky

ph Bakterie slabě kyselé až slabě alkalické ph Kvasinky preferují kyselé prostředí Plísně tolerují velmi široké rozmezí

ph Hodnota ph ovlivňuje: - rozmnožování bakterií, rychlost růstu, vitalitu - intenzitu a charakter metabolizmu - odolnost buněk ke zvýšených teplotám - kyselé ph (<4,0) zabraňuje klíčení spór - změna dostupnosti kovových iontů v alkalickém prostředí Vliv má nejen nízká hodnota ph, ale i druh kyselin, které se na snížení hodnoty podílely.

Dělení potravin dle ph

Aktivita vody - a w Aktivita vody - je definována jako poměr parciálního tlaku vodní páry nad potravinou (p) k parciálnímu tlaku vodní páry nad čistou vodou (p 0 ) při dané teplotě: p a w = p0 - množství vody dostupné pro mikroorganizmy pro chemické reakce buněk - optimální hodnota pro většinu mikroorganizmů a w >0,98

Aktivita vody - a w Bakterie halofilní x halotolerantní xerofilní x xerotolerantní osmofilní x osmotolerantní

Aktivita vody - a w Snížení aktivity vody: odstranění využitelné vody sušením, uzením, odpařením, mražením zvýšení obsahu tuku zvýšení koncentrace rozpuštěných látek v prostředí (cukry - sacharosa, NaCl) zvýšení osmotického tlaku (hypertonické prostředí) difuze vody z buňky do prostředí zastavení metabolizmu až smrt buňky

Aktivita vody - a w Potraviny lehce kazitelné (více než 0,95) středně kazitelné (0,95-0,92) málo kazitelné (pod 0,91) Důležitá je kombinace a w s ostatními faktory ovlivňujícími přežívání MO v potravinách.

Aktivita vody - aw

Redox potenciál - E h Oxidačně redukční potenciál prostředí - je rozdíl potenciálu mezi platinovou (kovovou) elektrodou umístěnou do daného prostředí a standardní vodíkovou elektrodou. látka redukovaná oxidace redukce látka oxidovaná + n elektronů Snížení redox potenciálu: - přidání redukujících látek - růst aerobních mikroorganismů - vakuové balení, atd.

Redox potenciál - Eh

Textura potraviny Přirozené krytí povrchu potravin - skořápka vajec, skořápky ořechů, kůže, vazivová pouzdra orgánů, povázka masa, kůrka chleba, atd.

Přítomnost antibakteriálních látek (biocidů) v potravinách Některé potraviny obsahují přirozené antimikrobiální látky (koření, minerální oleje, česnek, hořčice, med) Kravské mléko obsahuje laktoferrin, laktoperoxidázový systém, lysozym, kasein Vejce lysozym, conalbumin, ovotransferrin, avidin

Antimikrobiální enzymy Jsou hojně rozšířeny v přírodě a hrají důležitou roli při obranných mechanizmech živých mikroorganizmů proti infekcím. Hydrolázy degradují klíčové struktury buněčných stěn (peptidoglykan) Oxidoreduktázy vytváří reaktivní molekuly, které rozrušují vitální proteiny v buňce.

Antimikrobiální enzymy Bakteriolytické 1. N-acetylhexosaminidázy katalyzují štěpení glukosidických vazeb sacharidů peptidoglykanu 2. N-acetylmuramyl-L-alaninamidázy katalyzují štěpení mezi sacharidovou a peptidovou částí peptidoglykanu 3. Endopeptidázy hydrolyzují peptidové vazby peptidoglykanu 4. Ostatní chitinázy, ß-glukanázy

Antimikrobiální enzymy Bakteriolytické Lysozym je aktivní především u G pozitivních bakterií.

Antimikrobiální enzymy Oxidoreduktázy Glukozooxidázy jsou produkovány některými plísněmi, podstata cytotoxicity spočívá v tvorbě peroxidu vodíku (oxidace glukózy na kys. glukonovou a H 2 O 2 ) Laktoperoxidázy se vyskytují např. ve slinách, mléce (oxidace thiokyanátu na hyperthiokyanát) Laktoferrin je glykoprotein tvořící komplexy s ionty železa

Vnější faktory Teplota Složení atmosféry Relativní vlhkost vzduchu Čas

Teplota Je jedním z hlavních faktorů vnějšího prostředí, který ovlivňuje rychlost rozmnožování (přežívání) bakterií Rozeznáváme 3 základní body teploty minimální teplotu optimální teplotu maximální teplotu

Hodnota D Mnoho druhů mikroorganismů jsou patogeny, schopné vyvolávat onemocnění ostatních organismů. Proces sterilizace, jakým je tepelné působení je likviduje. D-hodnota odpovídá délce času nutného k decimálnímu snížení počtu. Byl studován čas nutný k usmrcení 90% mikroorganismů za dané teploty. Tedy, když jsou bakterie redukované o 1 D, pouze 10% původního množství přežilo. Obecně, každý mikroorganismus testovaný na odolnost ke sterilizaci má svou jedinečnou D-hodnotu. value.

Hodnota D Když uvádime D hodnotu je nutné uvést teplotu pro kterou byka naměřena jako index k D. Např. Hypotetický mikroorganism je redukován z 90% po vystavení teplotě 65 stupňů Celsia za 2 minuty. D-hodnota bude zapsána jako D 65 C = 2 minutes. D-hodnota se také udává jako míra účinnosti desinfekčních látek.

Rozdělení bakterií podle vztahu k teplotě Mikroorganizmy dělíme do skupin podle nároků na teplotu při které se rozmnožují a metabolizují Psychrofilní bakterie (12-15 C) Psychrotrofní bakterie (25-30 C) Mezofilní bakterie (30-40 C) Termofilní bakterie (50-70 C)

Vliv vysokých teplot Smrtící účinek vysokých teplot (letální teplota) je nejnižší teplota, při které dochází za určitý čas k usmrcení (70 C/10 minut) denaturace bílkovin, inaktivace enzymů, narušení DNA a cytoplazmatické membrány je závislá na: druhu mikroorganismu jeho fyziologickém stavu koncentraci buněk v prostředí charakteru prostředí

Termorezistence Stupeň odolnosti mikroorganizmů je závislý na: fyziologickém stavu bakterií jejich genetické výbavě množství bakterií obsahu vody v substrátu množství ochranných látek (lipidy, proteiny, sacharidy)

Sterilizace jednorázové použití teploty nad 100 C sterilizace je definována jako kombinace teploty a času sterilizaci potravin přežívají některé spóry (rody Bacillus a Clostridium) praktická (obchodní) sterilita x absolutní sterilita STERILIZOVANÉ POTRAVINY MOHOU OBSAHOVAT SPÓRY!

Pasterace Správně provedená pasterace zaručí: devitalizaci patogenních mikroorganismů (M. tuberculosis) devitalizaci podstatné části saprofytické mikroflóry (vegetativních buněk) zachování původních fyzikálních, chemických, výživových a senzorických vlastností PASTEROVANÉ POTRAVINY OBSAHUJÍ MIKROORGANISMY!

Vliv nízkých teplot Nižší než optimální teploty přežívá většina mikroorganizmů dlouhou dobu. Přenesou-li se však z optimálních teplot do teploty kolem 0 C dochází k chladovému šoku. Při pomalém zmrazování buněk na teploty pod 0 C ze z vnitro i mimobuněčné vody tvoří velké krystaly ledu, které buňku nevratně poškozují. Při rychlém zmrazování buněk na teploty -30 C 180 C se tvoří mikrokrystalky ledu, které buňky poškozují jen minimálně. Po rozmrazení se potraviny rychleji kazí (poškození živočišných i rostlinných pletiv krystaly vody)

Složení atmosféry Skladování potravin v řízené atmosféře plynů má ochranný účinek Vakuově balené potraviny (v obalech nepropustných pro kyslík) CO 2 brání růstu aerobní mikroflóry, používá se při skladování ovoce a zeleniny, nesmí se používat pro potraviny s vysokým obsahem tuku, protože má silné oxidační účinky a způsobuje žluknutí tuků

Relativní vlhkost prostředí Vysoká relativní vlhkost ovlivňuje a w potraviny (význam balení) Čím vyšší je teplota, tím nižší musí být relativní vlhkost prostředí a naopak

Čas Čím delší je doba expozice, tím výraznější je účinek Vnitřní faktory Vnější faktory

Technologie překážek Kombinací různých faktorů vzniká řada překážek, které musí mikroorganizmy překonat. I když jednotlivé faktory nejsou dostatečné k zabránění růstu MO, jejich kombinací dochází k zesílení účinku. Čím nepříznivější překážka, tím vyšší úsilí musí mikroorganizmy vyvinout.

Prediktivní mikrobiologie Vychází ze znalostí vnitřních a vnějších faktorů Predikce růstu Pravděpodobnostní modely Kinetické modelování

Predikce růstu modelování typ zákusek Počáteční počet LM 10 4 CFU Teplota 20/10 C ph 7 a w 0,997

Vliv dalších faktorů na mikroorganizmy v potravinách

Povrchové napětí Některé mikroorganizmy se špatnou smáčitelností buněk rostou v tekutinách ve formě blanky (křísu) Povrchové napětí prostředí snižujeme přídavkem povrchově aktivních látek (tenzidů)

Záření Elektromagnetické vlnění různých délek se značně liší svými účinky na mikroorganizmy Infračervené nemá přímé letální účinky (teplo!) Viditelné světlo ovlivňuje pozitivně i negativně některé aktivity buněk Ultrafialové má silně mutagenní a letální účinky (malá pronikavost) Ionizační záření- má silně mutagenní a letální účinky (vysoká pronikavost)

Hydrostatický tlak Většina mikroorganizmů se rozmnožuje za normálního atmosférického tlaku. Zvýšení tlaku na 10-20 MPa rozmnožování zpomaluje a 30-40 MPa zcela zastavuje. Některé bakterie se dobře rozmnožují i při tlaku 60 MPa barofilní x barotolerantní (v hlubinách moří)

Ultrazvuk Ultrazvuk jsou zvukové vlny o frekvenci vyšší než 20 khz, na bakterie působí letálně pouze při vysoké intenzitě. Kavitační ultrazvuk v důsledku kmitání vzniká prudká pulzace buněčných membrán a cytoplazmy (letální účinek) Citlivé k ultrazvuku jsou především tyčinky a vlákna, koky jsou odolnější

Mechanické vlivy Vysoká odolnost mikroorganizmů je způsobena pevnou buněčnou stěnou a malými rozměry K destrukci buněk dochází: opakovaným pomalým zamrazováním a roztáváním (odolnost enzymů) ošetření vysokým tlakem třepání s abrazivním materiálem

Působení antimikrobiálních látek Některé látky přítomné v prostředí mají na mikroorganizmy nepříznivý vliv v důsledku svého specifického složení (antimikrobiální). Mikrobistatické - látky zastavující rozmnožování mikroorganizmů Mikrobicidní látky usmrcující mikroorganizmy Vliv koncentrace (účinek stimulační)

Podle mechanizmu účinku dělíme antimikrobiální látky Látky poškozující strukturu buňky nebo její funkci (např. buněčná stěna, cytoplazmatická membrána, ribozomy) Látky působící na mikrobiální enzymy (oxidační činidla, chelatační látky, těžké kovy, antimetabolity) Látky reagující s DNA (např. chemické mutageny alkylační nebo dezaminační činidla, cytostatika)

Cílová místa působení AML na bakteriální buňku

Dezinfekční látky Sanitace = čištění a dezinfekce Čištění odstranění nečistot a zbytků organického materiálu Dezinfekce odstranění mikroorganismů. Teplota a doba působení čistících a dezinfekčních prostředků!

Dezinfekční látky buněčná stěna - poškození cytoplazmatická membrána indukce difuze látek z buňky, inhibice enzymů CM, oslabení elektrochemického potenciálu CM cytoplazma koagulace enzymů, ribozomů, NK Dezinfekční mechanizmus - oxidace, hydrolýza, tvorba solí s bílkovinami, koagulace bílkovin, změny permeability, poškození enzymatického systému, mechanická disrupce.

Anorganické sloučeniny Silné kyseliny a silné zásady - poškozují BS a CM x poškozují povrchy zařízení Hašené vápno - dezinfekce stěn, kvasných kádí, atd. Uhličitan sodný, fosforečnan sodný, polyfosfáty - odstranění zbytků tuků a bílkovin x polyfosfáty ekologicky nežádoucí (eutrofizace vod) Oxid siřičitý - síření ovocných a vinných polotovarů, síření sudů, sklepů, atd.

Anorganické sloučeniny Oxid uhličitý - uchovávání ovocných šťáv Organocíničité sloučeniny - Lastanoxy - antifugální účinek, nátěry stěn, omítek, atd. Sloučeniny chlóru - plynný chlór dezinfekce vody - chlorové vápno desinfekce podlah, skladovacích ploch - chloramin směsné čistící prostředky, velmi časté použití v lékařství i potravinářství

Anorganické sloučeniny Jodové preparáty - Jodonal M desinfekce mléčné žlázy Peroxid vodíku - sterilizace korunkových uzávěrů, obalů z plastu (kelímky, tetrapakové obaly,atd.), sýrařství

Organické sloučeniny Organické kyseliny konzervace potravin - kyselina benzoová - kyselina sorbová (plísně) - kyselina mravenčí (kvasinky, plísně) Kyselina peroctová - Persteril Povrchově aktivní látky - mýdla (sodné soli vyšších MK) - kvartérní amoniové báze (Ajatin, Septonex) Antibiotika - nisin (konzervace potravin)

Laboratorní metody přímé nepřímé 1. kultivační 2. mikroskopické 3. imunologické 4. molekulárně biologické 1. impedanční 2. konduktometrické 3. metabolická aktivita 4. redukce barviv

Kultivační metody Metoda plotnová je používána pro průkaz (kvalita) nebo stanovení počtu (kvantita) určitých skupin, rodu nebo druhu bakterií Výhody vysoká citlivost - REFERENČNÍ METODA (ISO, EN) Nevýhody dlouhá doba do dosažení výsledků kvantita je vyjádřena jako CFU (KTJ) ne počtem bakterií

Kultivační metody Variantou klasické kultivační metody pro stanovení počtu (kvantita) určitých skupin nebo rodu bakterií jsou Spirálová plotnová metoda Petrifilmy Hygikulty

Kultivační metody - spirálová plotnová metoda Malé množství vzorku (35 µl) je nanášeno na rotující Petriho misku tryskou spirálovitě ve směru od středu misky k její periferii. Pomocí šablony (manuálně) nebo laseru (automaticky) je odečítán počet CFU (KTJ) na misce a ten je přepočten na výchozí objem inokula. Výhody automatizace, eliminace chyb způsobených lidským faktorem Nevýhody vysoké pořizovací náklady

Kultivační metody - Petrifilmy Petrifilmy jsou destičky potažené kultivačními médii ve formě gelu. Destičky se inokulují 1 ml naředěného vzorku a inkubují v termostatu. Výhody destička je opatřena mřížkou pro snazší počítání kolonií speciální indikátory zbarvují narostlé kolonie a tím je zvýrazňují

Kultivační metody - Hygikulty Hygikult je plastová destička oboustranně pokrytá kultivačním médiem, umístěná ve sterilní nádobce. Je určen k rychlému monitorování úrovně mikrobiální kontaminace v potravinářských provozech. Výhody snadnost použití mimo laboratoř Nevýhody sortiment destiček je omezen pouze na indikátorové mikroorganizmy

Membránová filtrace Metoda slouží k zakoncentrování bakterií kultivační metoda mikroskopie filtry z nylonu, PVC, polykarbonátu, polyesteru, kovu Výhody filtrací většího objemu lze zvýšit citlivost metody teplý agar nepoškozuje bakterie

Mikroskopické metody Klasické metody - stanovení počtu bakterií po obarvení preparátu Moderní metody - epifluorescence spojuje metodu filtrace a fluorescenční mikroskopie Princip spočívá ve vazbě fluorochromového barviva na DNA (RNA) mikrobů (DEFT, BACTOSCAN) Výhody rychlost provedení Nevýhody metoda detekuje i mrtvé buňky

Imunologické metody Princip metody ELISA Enzymaticky značená specifická protilátka je vázána na vhodný povrch (mikrotitrační destička). Za přítomnosti antigenu (specifické bakterie) vzniká komplex AgAb. Ten je možné detekovat buď přímo spektrofotometricky nebo vizualizovat konjugátem.

Imunologické metody Výhody - automatizace - rychlost - vyšetření velkých sérií vzorků Nevýhody vyšší náklady na vyšetření - skríningová metoda Využití detekce bakteriálních patogenů - detekce bakteriálních toxinů

Imunomagnetická separace Princip jsou-li v substrátu přítomny sledované bakterie, váží se na super-para-magnetické částice obalené specifickou protilátkou. Komplex antigen - protilátka se odseparuje pomocí magnetu a dále zpracuje. Výhody zkracuje dobu kultivace zachycuje i subletálně poškozené buňky

Imunomagnetická separace

Polymerázová řetězová reakce Princip Princip PCR je založen na využití DNA polymerázy pro opakované kopírování templátové (vzorové) molekuly DNA. Syntéza je řízena krátkými oligonukleotidy (primery), které nasedají na templátovou DNA na začátku a konci amplifikovaného fragmentu, každý s jiným vláknem původní dvouřetězcové DNA. PCR je velice citlivá metoda umožňující detekci jediné buňky. Mnohonásobné amplifikace je dosaženo opakováním tří základních kroků - denaturace, hybridizace a syntézy nových vláken

Polymerázová řetězová reakce Vysvětlení základních pojmů templát DNA, která slouží jako vzor (šablona) pro syntézu nových řetězců. Pro reakci PCR se používá genomová DNA o koncentraci přibližně 10 ug/ml. DNA polymeráza termostabilní enzym používaný k syntéze nové DNA ve směru 5-3 podle sekvence nukleotidů v templátu od místa navázaného primeru až po jeho konec. Enzym Taq DNA, který se nejčastěji používá pro PCR, je izolován z bakterie Thermus aquaticus a umožňuje opakované zahřátí na teplotu 95 C. Enzym zůstává při této teplotě aktivní až 40 minut. dntp - nukleotidtrifosfáty (adenin, guanin, cytosin a thymin)

Polymerázová řetězová reakce Vysvětlení základních pojmů primery jsou oligonukleotidy (obvykle 20-25 bazí), které svou sekvencí odpovídají DNA templátu a které vymezují úsek templátu, který bude amplifikován master mix reakční směs zajišťující optimální podmínky pro průběh reakce. Je složena z koncentrovaného pracovního pufru obsahujícího hořečnaté ionty zajišťujícího vhodné podmínky pro aktivitu polymerázy, směsi dntp, polymerázy, specifických primerů a vody. termocykler (teplotní cyklátor) - je zařízení, ve kterém za optimálních teplotních podmínek probíhá PCR reakce. marker velikostní standard, používá se k odhadu velikostí DNA produktů na základě pohyblivosti v agarózovém gelu

Turbidimetrie Podstata Bakterie v průběhu množení tvoří v tekutém vzorku zákal. Metoda využívá měření změn intenzity zákalu média v závislosti na čase. Intenzita zákalu je závislá na počáteční koncentraci mikroorganizmů. Využití k měření celkového počtu mikroorganizmů (aerobních i anaerobních)

Průtoková cytometrie Podstata Metoda vyjadřuje kvantitativní fotometrické stanovení fluorochromu navázaného na specifické bakterie. Buněčná suspenze po obarvení prochází kapilárou přes trysku, kde je laserem ozářena. Intenzita excitovaného světla vyjadřuje kvantitu specifických bakterií. Využití rychlá detekce technologicky významných a patogenních bakterií. Výsledky nejsou porovnatelné se standardními metodami (CFU)

Impedanční metoda Metabolická činnost bakterií mění složení kultivačního média, což vede ke změnám vodivosti. Systém je složen ze dvou elektrod ponořených do živného média. Ty jsou připojeny na zdroj střídavého proudu a měříme jimi impedanci. Stoupající vodivost vede k poklesu impedance. Výhody - automatizace Nevýhody vyšší cena přístroje - při smíšených kulturách nestandardní výsledky Využití indikátorové skupiny mikroorganizmů

Metabolická aktivita Bioluminiscence ATP je zdrojem energie všech živých buněk. Podstata metody spočívá v reakci ATP s enzymem luciferázou vázanou na luciferin. Tři tvorbě luciferin-adenylátového komplexu se z ATP uvolňuje pyrofosfát. Za přítomnosti kyslíku dochází k uvolnění světla, jehož intenzita je závislá na výchozím množství ATP. Použití rychlá detekce mikrobiální kontaminace v potravinářských provozech (HACCP)

Enzymatická aktivita Redukce barviv Resazurinový test je založen na průkazu bakteriálních reduktáz. Ty redukují resazurin rezorufin hydrorezorufin met. modř leukoforma Rychlost barevné změny je závislá na množství mikroorganizmů. Využití rychlá detekce CPM v mléce nebo mase

Metody typizace IDENTIFIKACE - zařazení neznámých kmenů (druh, poddruh) TYPIZACE - zařazení neznámých kmenů pod úroveň druhu FINGERPRINTING - vzájemné porovnání kmenů jednoho druhu poddruhu nebo variety

Kategorie typizačních metod - fenotypová charakteristika BIOTYPIZACE - zkoumání vlastností kultur na základě biochemických vlastností (API, Enterotest, Stafytest atd.) REZISTENCE k antibiotikům - zkoumání citlivosti kultur k antimikrobiálním látkám (disková difuzní metoda, MIC) SÉROTYPIZACE - nejstarší typizační technika, sklíčková, mikrozkumavková, Ag O:H:K

Kategorie typizačních metod - genotypová charakteristika 1. Generace - analýza plazmidové DNA - restrikční analýza plazmidové DNA 2. Generace - restrikční analýza chromozomální DNA - hybridizací s próbami - ribotypizace 3. Generace - PFGE - typizační metody na bázi PCR (RAPD, REP PCR) 4. Generace - DNA sekvenování

Restrikční analýza plazmidové DNA RE - sekvenčně specifická nukleáza, která štěpí dsdna ve specifických sekvencích vytvářením dvouřetězcových zlomů

Pulzní gelová elektroforéza (PFGE) Makrorestrikční analýza bakteriálního genomu, technika určená pro separaci molekul DNA o velikosti až 12Mb, při níž dochází ke změně směru elektrického pole. Molekuly DNA putují pohybem cik-cak v závislosti na pulzním čase a napětí

Pulzní gelová elektroforéza (PFGE) Rare cutting endonukleázy -RE vzácně štěpící rozpoznávají a štěpí sekvence, které se v genomové DNA vyskytují zřídka a vytváří dlouhé restrikční fragmenty (XbaI, SpeI,SmaI,NotI)

Randomly amplified polymorfic DNA (polymerázová řetězová reakce náhodná - RAPD) Metoda PCR detekující polymorfizmus DNA za použití jediného krátkého oligonukleotidového primeru, který se na cílovou DNA váže v náhodných místech. Výsledkem je soubor amplikonů charakteristický pro daný mikroorganizmus Podle délky primerů rozlišujeme metody: AP-PCR (Arbitrary primed PCR) RAPD DAF (DNA amplification fingerprinting) 18-24 mer 10 mer 5-8 mer

Téma příští přednášky Potravinářsky významné mikroorganizmy