Manuál pro odběr primárních vzorků

vyvětlivky: = 15 až 30 C t. = 4 až 8 C uskladnění v chladničce prosím vyznačte na žádance! MATERIÁL vyšetření zahrnuje co a jak odebrat 1. Zažívací ústrojí Manuál pro odběr primárních vzorků určení sérotypu E.coli Pozn.: - lze provést pouze během běžné pracovní doby, max. doba je doba od příjmu materiálu. Pozn.: - hodnotit lze pouze během pracovní doby VŠ - mikrobiologa Pozn.: minimální doba - je doba za kterou je NEJDŘÍVE možno sdělit alespoň dílčí výsledek střevní patogeny včetně kampylobaktera, detekce enteropatogeních E.coli u dětí do průkaz enteropatogenních E.coli tampon v transportní půdě nebo část stolice tampon v transportní půdě nebo část stolice 1/9 Manuál je příloha Laboratorní příručky OKM - aktuální verze na intranetu a webu NNB Pozn.: Pro bakteriologii platí: čím kratší doba od odběru do zpracování vzorku, tím větší výtěžnost vyšetření i když nedodržení optimálního intervalu od odběru do dodání do není důvodem k odmítnutí vzorku. stolice žluč Campylobacter - selektivní Helicobacter pylori průkaz antigenu část stolice do 3 dnů 1 hodina Clostridium difficile Vibrio cholerae - selektivní + anaerobní průkaz antigenu+toxinu A/B konfirmace kultivací do 2 hodin do 48 hodin PCR metoda v GenExpert část stolice do 48 hodin 2 hodiny aerobních aerobních bakterií + kvasinek + anaerobů tampon v transportní půdě z OKM část stolice do APV (alkalická peptonová voda - k vyzvednutí na OKM) žluč ve zkumavce výtěr na tamponu do 2 hodin punktát v inj. stříkačce s kombi zátkou 3 dny 1 hodina kult. 7 dnů 4 dny mikroskopický preparát nátěr na sklíčku 1 hodina biopsie žaludeční sliznice průkaz Helicobacter pylori mikroskopický průkaz bioptický materiál v 20% roztoku glukózy (z OKM) 2 hodiny

2. RESPIRAČNÍ TRAKT výtěr z nosu, tonsil, ucha, dutiny ústní, bronchů výtěr nebo výplach z nosohltanu Bordetella pertussis - selektivní Bordetella pertussis - PCR kultivačně respirační patogeny a kvasinky tampon do 2 hodin tampon na drátu v transportní půdě kultivační plotny z OKM (po tampon na drátu nasucho nebo tekutina z výplachu do 3 dnů 2/9 do 2 hodin sputum,aspirát, BAL, hrudní punktát, tekutý materiál z DCD kultivačně respirační patogeny a kvasinky sterilní kontejner respirační materiál na TBC 3. UCHO CAP- původci komunitních pneumonií - PCR viz kapitola 14. Streptococcus pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, sterilní sputovka, injekční stříkačka, materiál na tamponu (bílý, výtěr ze zevního zvukovodu aerobních tampon do 2 hodin punktát ze středního ucha + anaerobní aerobních aerobních + záchyt anaerobů tampon, tekutina ve zkumavce do 2 hodin punktát v inj. stříkačce s kombi zátkou 4 dny

4.OKO výtěr ze spojivkového vaku výtěr z rohovkového vředu průkaz DNA tampon do 2 hodin razantní výtěr s abrazí epiteliálních buněk odběrová tampon v transportní souprava z půdě OKM tampon do 2 hodin 3/9 materiál z nitroočního prostoru 5. Močové ústrojí + anaerobní aerobních aerobních + záchyt anaerobů punktát ve zkumavce do 2 hodin punktát v inj. stříkačce s kombi zátkou 4 dny moč + vyšetření močového sedimentu (automaticky u pacientů s uvedenou ATB terapií) cílená na kvasinky kvantitativní na patogeny močových cest selektivní kvasinek a vláknitých hub semikvantitativní na patogeny močových cest URICULT 24 hodin či termost. 37 C Streptococcus pneumoniae - ag imunochromatografický průkaz moč 5 ml 1 hodina Legionella pneumophila - ag antigenu moč 5 ml 1 hodina kvantitativní na patogeny močových cest + močového sedimentu + po pomnožení v živném médiu stanovení PCR moč do sterilní zkumavky: - první porce při infekci močové trubice - střední proud moči u susp. cystitidy, infekce ledvin - konečný proud moči při prostatitidě moč první porce po mikční pauze do 2 hodin nelze-li jinak (vyznačte!) 7 dní

6. Pohlavní ústrojí - žena výtěr z pochvy výtěr z pochvy, uretry, cervixu vaginorektální výtěr na GO PCR - Neisseria gonorrhoeae PCR - Mycoplasma genitalium 1 sklo - preparát barvení GRAM 2 skla - stanovení MOP poševní sekret zachycený na sterilní tampon a valivým pohybem nanesený na sklo tampon v transportní půdě tampon v transportní půdě do 2 hodin inokulace na půdy z OKM PCR - HPV HPV stěr z cervixu - nevatový tampon nebo kartáček (abraze buněk) na trichomonády selektivní Trichomonas výtěr z pochvy do speciální průkaz urogenitálních Mycoplasma hominis a tekuté do speciální půdy z tekuté OKM transportní mykoplasmat Ureaplasma urealyticum půdy z OKM GBS (screening Group B Streptococci) GBS (screening Group B Streptococci) běžné patogeny urogenitálu + záchyt růstově náročných mikr. selektivní Neisseria gonorrhoeae stanovení PCR - možno z 1 odběru selektivní kult. streptokoka sk. B selektivní kult. streptokoka sk. B sterilní tampón bílý nevatový (syntetický, např. Dacron) do 48 hodin 2 hodiny 7 dní 14 dní do 12 hodin 5 dnů do 8 hodin do 48 hodin tampon do 2 hodin tampon do 2 hodin 4/9 OKM_LP_PRIL_1 (verze 102/2014) IUD kultivační vyšetření nitroděložního tělíska běžné patogeny urogenitálu + růstově náročné + actinomycety sterilní kontejner nelze-li - tekutina z adnex, punkce Bartholinské žlázy, zaměřená na běžné patogeny urogenitálu + záchyt růstově náročných mikr. sterilní zkumavka do 2 hodin, kult. zaměřená na stříkačka s KOMBI zátkou 4 dny PCR - Neisseria gonorrhoeae sterilní tampón bílý nevatový stanovení PCR - možno z 1 (syntetický, např. Dacron) na odběru PCR - Mycoplasma genitalium sucho - k vyzvednutí na OKM 7 dnů - 2 hodiny

7. Pohlavní ústrojí - muž nátěr na sklíčku preparát - barvení GRAM výtěr z uretry, prostatický sekret na GO PCR - Neisseria gonorrhoeae PCR - Mycoplasma genitalium PCR - HPV běžné patogeny urogenitálu + záchyt růstově náročných mikr. selektivní Neisseria gonorrhoeae stanovení PCR - možno z 1 odběru HPV výtěr nebo sekret na sterilním tamponu - valivým pohybem nanesený na sklo tampon v transportní půdě tampon v transportní půdě do 2 hodin inokulace na půdy z OKM sterilní tampón bílý nevatový (syntetický, např. Dacron) na sucho - k vyzvednutí na OKM stěr nevatový tamponem (abraze buněk) na trichomonády selektivní Trichomonas výtěr z uretry do speciální průkaz urogenitálních Mycoplasma hominis a tekuté do speciální půdy z tekuté OKM transportní mykoplasmat Ureaplasma urealyticum půdy z OKM 5/9 OKM_LP_PRIL_1 (verze 102/2014) do 48 hodin 2 hodiny 7 dní 14 dní do 12 hodin 3 dny do 8 hodin do 48 hodin 8. HNIS, OBSAH PATOLOGICKÝCH DUTIN, TKÁŇ hnis, tekutina, tkáň aktinomycety aerobních aerobních + selektivní na aktinomycety punktát abscesu nebo patologické dutiny ve zkumavce, část tkáně, optimální objem vzorku 1 cm 3 punktát abscesu nebo patologické dutiny v injekční stříkačce s kombi zátkou (optimální objem vzorku 1 cm 3 ), část tkáně, hnis na tamponu v transportní půdě! max do 24 h! max do 24 h kožní biopsie PCR - Borrelia sp. průkaz DNA část tkáně 4 dny 9. STĚRY Z KŮŽE, SLIZNIC A RAN stěr otisk na sklíčku mikroskopický průkaz klostridií kultivační bakteriologické vyšetření tampon do 2 hodin otisk na podložní sklíčko (rána, 1 hodina stehno, rectum)

10. CNS mozkomíšní mok 11. KREV hemokultura 12. CIZORODÉ MATERIÁLY cévní katetr chirurgický drén drén z CNS kloubní náhrady vyšetření v automatickém systému BACTEC Streptococcus pneumoniae - antigen pozitivní BACTEC signalizuje, negativní je vyřazen po 5 dnech odběr do nádobky BACTEC (nejlépe typu PEDS) imunochromatografický průkaz mok 1 ml 1 hodina PCR - Borrelia sp. průkaz DNA mok 1 ml vyšetření v automatickém systému BACTEC 13. PRIMÁRNĚ STERILNÍ TĚLESNÉ TEKUTINY pleurální tek. peritoneální tek. ascites perikardiální tek. kloubní tek. tek.z Douglasova p. peritoneální dialyzát + standardní mikrobiologická + anaerobní vyšetření v automatickém systému BACTEC preparát - barvení Gram kultivační vyšetření bakterií a kvasinek pozitivní BACTEC signalizuje, negativní je vyřazen po 5 dnech po sonifikaci náhrady,, + záchyt an. pozitivní BACTEC signalizuje, negativní je vyřazen po 5 dnech mozkomíšní mok ve zkumavce nebo inj. stříkačce odběr viz Standard NNB O22 "Hemokultury BACTEC" krví inokulovat 2ks BACTEC nádobek z OKM: AE (8-10ml) + LYTIC (8-10ml) event. PEDS (1-2ml) odstřihnout cca 5 cm z koncové části, dodat ve zkumavce nasucho odběr nutno avizovat laboratoři a vyzvednout si předem odběrovou nádobu! punkce 1-5 ml (peritoneální dialyzát 5 ml) ve zkumavce punkce 1-5 ml (peritoneální dialyzát 5 ml) v inj. stříkačce s kombi zátkou inokulovat BACTEC nádobky z OKM, nejlépe LYTIC pokud možno, nechladit odeslat na infekční kliniku (4.patro) k založení do přístroje odeslat na centrální příjem Pav.8 k založení do přístroje na žádanku uvést lokalizaci odběru (perif. x centrál.) 6/9 OKM_LP_PRIL_1 (verze 102/2014) nutno 13:00 (perikard-, déle-chlad.) 8 dnů 4 dny odeslat na centrální příjem Pav.8 k založení do přístroje 1 hodina () () synoviální tekutina PCR - Borrelia sp. průkaz DNA tekutina ve zkumavce POZIT: do 1 hod, do 2.dne NEG: do 5 dnů POZIT: do 1 hod, do 2.dne NEG: do 5 dnů 3 dny POZIT: do 1 hod, do 2.dne NEG: do 5 dnů

14. VYŠETŘENÍ NA TBC sputum, punktát, ostatní tekuté materiály - fluorescence a Ziehl Neelsen klasická zrychlená MGIT - nelze z krve a z moče kontejner (sputovka s červeným uzávěrem) po odběru dodat do popřípadě chladit 7/9 3-9 týdnů 1-42 dnů moč klasická (MGIT nelze) sterilní zkumavka popřípadě chladit 3-9 týdnů 3-9 týdnů sterilní tampón na drátě nebo stěry a laryngeální plastu, ne na dřevě, ne s výtěr popřípadě chladit zrychlená MGIT aktivním uhlím 1-42 dnů jakýkoli materiál PCR - průkaz DNA vyšetření latentní TBC (QuantiFERON, T-SPOT) - viz sérologie PCR - sonda pro komplex M.tuberculosis (M.tuberculosis, M.bovis, M.BCG, M.microti, M.africanum, M. pinnipedii ) lze provést z jednoho odběru zároveň s kultivací 1-4 dny 15. MYKOLOGIE materiál na selektivní mykologickou kultivaci 16. AUTOVAKCÍNY materiál pro přípravu autovakcíny krev slizniční a systémové mykózy, relevantní materiál viz příslušné materiály do dermatomykózy, perorální autovakcína parenterální autovakcína, kožní testy autosérum kožní šupiny, nehty, vlasy, vousy, chlupy (optimálně ve zkumavce s kultivační půdou - poskytuje OKM) tkáň, stěr, možno dodat i izolát bakteriálního kmene srážlivá krev do 4 zkumavek o obsahu 9 ml do 48 hodin 3-6 týdnů viz příslušné materiály 4-6 týdnů co nejdříve

17. PARAZITOLOGIE stolice parazitologické vyš. při cestovatelské anamnéze Cryptosporidia a microsporidia Entamoeba PCR 3 vzorky (velikost vlašského ořechu) odebrané obden 3 vzorky (velikost vlašského ořechu) odebrané obden po odběru dodat do 1x týdně (čt) otisk na slepu vyšetření na roupy otisk perianálních řas (slep) krev ICHR (rychlý test, rozlišení P.falciparum x non falciparum) (stanovení parazitémie, rozlišení druhů) PCR (rozlišení druhů) nesrážlivá krev (test lze vyzvednout a vyšetřit mimo laboratoř) co nejdříve nesrážlivá krev co nejdříve nesrážlivá krev, lze užít krev po zprac. pro mikroskopii co nejdříve, max do 24h trypanosomosa, Chagasova n. mikroskopicky nesrážlivá krev co nejdříve BAL pneumocystosa a PCR BAL do 24 hod BAL, punktát echinokokosa BAL, punktát z cysty do 24 hod mozkomíšní mok krev - sérologie seškrab kůže základní parazitologické vyš. malárie amoeby (Negleria fowleri ) trypanosomy, Leishmanie celkové protilátky (hemaglutinace) srážlivá krev do 24 hod do 72 hod Leishmanie seškrab z okraje vředu do 24 hod svrab srážlivá krev do 72 hod punktát Etamoeba hystolitica PCR punktát z abscesu do 24 hod 1x týdně (čt) moč schistosomosa moč - sběr za 24 hodin co nejdříve objekt parazitologické vyšetření makro a *) odezva mimo pracovní dobu - po domluvě, tel. l. 2323 3 vzorky odebrané obden (velikost vlašského ořechu) mozkomíšní mok SuspEKTNÍ útvar v čisté nádobě, v alkoholu, formalinu či bez fixačního činidla první 2 vzorky uchovat v chladu, poslední za pokojové teploty, 2 hodin po posledním odběru nemrazit, nechladit, co nejdříve dodat nefixovaný do 24 hod 8/9 2 hod *)

18. SEROLOGIE Pozn. ASLO Brucelóza Borrelióza Helicobacter pylori protilátky proti streptolyzinu O protilátky proti B.abortus, B.suis, B.melitensis (aglutinace) protilátky IgG a IgM proti Borrelia burgdorferi s.lato (ELISA a WB) u pozitivních mozk. moků vyš. hematoenc. bariéry (AI=Antibody Index) protilátky proti H. pylori metodou westernblotu VCA Ig, VCA/EA IgG, EBNA IgG - specifické protilátky (ELFA) Infekční mononukleosa IM test vyš. heterofilních protilátek (imunochromatografický průkaz) po odběru dodat do 9/9 Doba je modifikována tím, že některých vyšetření čekáme na daný počet vzorků. Pro upřesnění informace doporučujeme tel.kontakt lze provést pouze během pracovní doby! 21 dnů Legionella pneum. protilátky IgG a IgM proti L. pneumophila séroskupiny 1 Listerióza protilátky proti L.monocytogenes a L.ivanovii - srážlivá krev 5 ml Luetické testy TPPA + RPR (stačí na 3 vyšetření) RPR 1 hod. do 72 hodin - PCT prokalcitonin kvantitativně (metoda ELFA, MiniVIDAS) 1 hodina 2 hodiny Pertuse, parapertuse Revmatoidní faktor Tetanus Toxoplasmóza Tularémie TBC T-SPOT QuantiFERON-TB test buněčné imunity TBC, diagnóza latentní TBC test buněčné imunity TBC, diagnóza latentní TBC 3 speciální odběrovky z OKM, po 3 speciální odběru protřepat odběrovky z OKM, základní panel po odběru protřepat Widalova reakce (protilátky proti rozšířený panel (návrat ze zahraničí) salmonelám) Vi antigen (susp. na tyfus) Yersinia sp. Candida sp. Aspergillus sp. Cryptococcus sp. specifické protil. proti Bordetella pertussis a B.parapertussis) a protilátky proti pertusovému toxinu, ve třídách IgG, IgM (ELISA) semikvantitativní latexaglutinační test protilátky proti toxoidu (postvakcinační protilátky) celk. proti. (KFR), IgG, IgM, IgA, IgE (ELISA) celk. protilátky (aglutinace) celk. protilátky (imunochromatografický průkaz) celkové protilátky proti Y.enterocolitica O3, O9, Y.pseudotuberculosis (aglutinace) antigen (ELISA) protilátky (hemaglutinace) antigen (ELISA) protilátky (hemaglutinace) antigen (ICHR) srážlivá krev 5 ml, event. CSF (stačí na 3 vyšetření) do 2 hodin 3 dny do 18 hodin - do 72 hodin -