DODATEČNÉ INFORMACE dle 49 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách

Transkript

1 DODATEČNÉ INFORMACE dle 49 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách Zadavatel tímto poskytuje dodavatelům v souladu s 49 odst. 4 zákona o veřejných zakázkách dodatečné informace k veřejné zakázce s názvem FNUSA - ICRC Automatický systém pro zobrazování buněk se střední až vyšší propustností, ev. č. ve VVZ tohoto znění: Zadavatel mění v čl. 4.1 zadávací dokumentace odstavec pojmenovaný Stručný popis a stanovení účelu použití: takto: Sestava dvou plně automatizovaných mikroskopických systémů pro snímání a analýzu velkého objemu obrazových dat pokročilými metodami multiparametrické počítačové analýzy, rekonstrukce a vícerozměrné vizualizace, sestávající ze dvou vzájemně komplementárních jednotek: 1) Plně automatizovaný systém pro snímání a analýzu velkého objemu obrazových dat umožňující skenování vzorků pomocí mnohobarevné laserové konfokální mikroskopie. Přístroj je určen k analýzám a vyhodnocení velkého množství nativních i fixovaných preparátů, tkáňových řezů, buněčných a tkáňových kultur včetně třírozměrných mikrosfér, bead arrays i celých organismů a to jak na mikroskopických sklech, v širokém spektru formátů kultivačních destiček, ale také komůrkách mikrofluidních systémů. Systém bude používán po akvizici 2D, 3D i časosběrných dat. 2) Plně automatizovaný systém pro snímání a analýzu velkého množství obrazových dat v procházejícím světle s fázovým kontrastem a pomocí mnohobarevné fluorescence s nízkou fototoxicitou. Je určen k jednorázové i extrémně dlouhodobé akvizici velkého množství obrazových dat z živých i fixovaných vzorků pomocí transmisní a epifluorescenční mikroskopie. Preparáty budou pozorovány jak na mikroskopických sklech, tak v nejširším spektru formátů kultivačních destiček. Umožňuje automatizované přidávání různých roztoků v rozdílných koncentracích do vzorků během nepřetržitého pozorování okamžité reakce sledovaných vzorků s možností velmi rychlého záznamu mnoha snímků za sekundu při současně udržovaných kultivačních podmínkách (teplota, etc.). Oba systémy budou využívány pro mnohobarevnou kvantitativní i kvalitativní analýzu fluorescence, separaci emise fluorochromů, analýzu kvantitativních, kvalitativních i morfologických parametrů v populaci a subpopulacích buněk (struktur), analýzu ko-lokalizace, translokace, signalizace, morfologickou analýzu, analýzu vnořených struktur a analýzu vzájemných vztahů vnořených struktur ve 2D i 3D a v závislosti na čase. Oba systémy budou propojeny na databázový software umožňující vysokokapacitní vytěžování dat z obou systémů, jejich vzájemnou korelaci a zpětnou kompatibilitu se softwarem pro mnohoparametrickou kvantitativně-kvalitativní statistickou i obrazovou analýzu. Stránka 1 z 13

2 Zadavatel s ohledem na výše uvedenou změnu účelu použití poptávané technologie mění některé minimální technické požadavky, jež byly přílohou zadávací dokumentace. Nová tabulka s aktuálními minimálními technickými požadavky je uvedena v příloze těchto dodatečných informací a zcela nahrazuje tabulku minimálních technických požadavků, jež byla zveřejněna jako příloha zadávací dokumentace. Zadavatel s ohledem na změny zadávacích podmínek provedené těmito dodatečnými informacemi prodlužuje v souladu s 40 odst. 3 zákona o veřejných zakázkách lhůtu pro podání nabídek do do 11:00 h. Martin Ondroušek za zadavatele Stránka 2 z 13

3 Minimální technické požadavky Systém pro snímání a analýzu velkého množství obrazů buněčných kultur pomocí konfokální mikroskopie: Popis parametru Zadavatelem požadovaná hodnota Dodavatel x Výrobce x Typ/model x Excitace fluorochromů (DAPI, Hoechst, FITC, egfp, TxRed, R- - min. 4 vlnové délky pro excitaci PE, APC, Alexa 640, fluorochromu zahrnující (DAPI, Rhodamine/TRITC, TxRed, Cy5 ) Hoechst) + (FITC, egfp) + sadou vysoce výkonných (TxRed, R-PE, Rhodamine, pevnolátkových laserů na 4 TRITC) + (Alexa 640, APC, Cy5) vlnových délkách tak, aby účinnost excitace dosahovala minimálně - výkony alespoň 150mW pro 80% maxima fluorochromu, tedy UV/near-UV oblast excitace, například 405, 488, 561 a 640 nm o 120mW pro modrou oblast dosažitelném výkonu alespoň excitace, 275mW pro zelenou 150mW pro UV/near-UV oblast oblast excitace a 80mW pro excitace, 120mW pro modrou červenou/oranžovou oblast oblast excitace, 275mW pro excitace zelenou oblast excitace a 80mW pro červenou/oranžovou oblast excitace Simultánní detekce emise alespoň 4 fluorochromů zahrnující (DAPI, Filtry pro detekci fluorochromů Hoechst) + (FITC, egfp) + (DAPI, Hoechst) + (FITC, egfp) + (TxRed, R-PE, Rhodamine, TRITC) (TxRed, R-PE, Rhodamine, + (Alexa 640, APC, Cy5) TRITC) + (Alexa 640, APC, Cy5) Možnost snadné výměny filtrů a objektivů uživatelem Soustavu detektorů představují 4 fotonásobiče, s 16-bitovou - alespoň 4 fotonásobiče digitalizací dat s alespoň 16-bitovou digitalizací dat Uchazečem nabízená hodnota Závaznost Stránka 3 z 13

4 Systém umožňuje jak simultánní tak sekvenční skenování jednotlivých barevných kanálů Plně softwarem kontrolovaný systém, včetně softwarového nastavení průměru konfokální apertury, softwarového řízení měniče objektivů a filtrů Pravý plně konfokální point-to point skener s možností nastavení min skenovacích řádků pro jedno pole a rozlišením alespoň 0,2 um/pixel nebo lepším při použití 40x objektivu Automatizované procesy kontroly a optimalizace nastavení zaměření laserového paprsku ve skeneru (alingment laseru) před spuštěním akvizice dat na každém jednotlivém kultivačním plastu, resp. skle Objektivy typu planfluoritové, plan apochromatové či lepší alespoň 3 pro daná zvětšení s uvedenou minimální numerickou aperturou a pracovní vzdáleností o 10x NA 0,5, WD > 1mm o 20x NA 0,75 o 40x NA 0,95 Systém umožňuje rozšíření o další objektivy v rozsahu zvětšení 1x až 100x Systém vybavený držákem pro formát vícejamkových destiček v rozsahu alespoň jamek, umožňující provádět analýzu přímo z těchto destiček Systém vybavený držákem pro standardní mikroskopická skla (umožní vložení 1-3 skel současně), umožňující provádět analýzu nativních i fixovaných preparátů přímo na sklech min skenovacích řádků - rozlišení min. 0,2 um/pixel nebo lepší při použití 40x objektivu - uveďte požadované parametry objektivů: o o 20x NA 0,75 o 40x NA 0,95 10x NA 0,5, WD > 1mm Stránka 4 z 13

5 Automatická hardwarová fokusace, například pomocí IR laseru, udržující nastavenou požadovanou vzdálenost preparátu a objektivu bez ohledu na zaostření objektu Automatická softwarová fokusace pomocí analýzy obrazu na základě optimálního doostření obrazu Polohování a relokalizace stolku ve všech třech osách X, Y, Z s přesností min. 100 nm Pracovní stanice (min. požadavky: vícejádrový procesor, 4GB RAM, 1TB HDD, OS Win7, dva monitory 24" LCD) Funkce pro automatické naskenování preparátu s nízkým zvětšením, nalezení objektů zájmu, reskenování objektů s vysokým zvětšením přesnost min. 100 nm Min. požadavky: vícejádrový procesor, 4GB RAM, 1TB HDD, OS Win7, dva monitory 24" LCD) Skenování předvoleného počtu objektů 3D rekonstrukce obrazů, 4D prohlížení (závislost v čase) 3D dekonvoluce Vícerozměrná (2D + čas) analýza pohybu objektů (buněk, jader, organel) Automatizované softwarové moduly umožňující automatizovanou 2D/3D/4D analýzu: počtu, životaschopnosti a morfologie buněk nebo subcelulárních struktur charakterizace kolonií buněk buněčného cyklu a mitózy angiogeneze/formování endoteliální trubice aktivace/inhibice signálních drah a fosforylace proteinů diferenciace buněk granularity v jádře a cytoplazmě, Stránka 5 z 13

6 analýza jadérek cytotoxicity, apoptózy/nekrózy lokalizace a kolokalizace proteinů s rozlišením oblastí nukleární, perinukleární, v cytoplasmě a na membránách efektivita a dynamika internalizace povrchových struktur efektivity transfekce migrace buněk a analýza pohybu objektů růstu axonů detekce monopolárního vřeténka akumulace mastných kyselin a adipogeneze lokalizace, kvantifikace mitochondrií v buňce Softwarové i hardwarové vybavení umožňující uložit, archivovat a přesunovat data v databázi na serveru Databázový software pro vytváření a zpracování databáze obrazů a metainformací, umožňující zpracování dat na víceprocesorovém serveru (ukládání/správa/analýza) a to včetně všech licencí pro nezbytný podpůrný software Softwarové vybavení pro vytěžování a statistické zpracování dat z databáze experimentů s přímým propojením na software pro obrazovou analýzu umožňující: Hierarchické klastrování a klastrovou analýzu Seskupovací heat-mapy 3D scatter ploty Curve-fitting K-Meany a K-Mediány Tvorbu dendrogramů Stránka 6 z 13

7 Skriptování např. pomocí VBScript, JavaScript, nebo ActiveX objektů Obousměrné interaktivní propojení výsledků analýz databáze (hodnot v tabulkach, hodnot v bodových grafech) s původním obrazem a objektem v obrazové analýze Možnost vyznačení/zobrazení objektu nebo knihoven objektů v původním obraze zpětně z analyzovaných dat Možnost offline analýzy Multilicence pro min. 3 uživatele k ovládání serveru ze vzdáleného počítače Zaškolení pro obsluhu systému Možnost rozšíření systému o funkční spojeni a synchronizaci s robotizovaným podavačem kultivačního plastu Rozměry přístroje (V x Š x H) Uveďte: rozměry Informativní položka Hmotnost přístroje Uveďte: hmotnost Informativní položka Požadavky na napájení Uveďte: - napětí [V] - příkon [W] Informativní položka Další požadavky V dodávce budou obsaženy přístroje, příslušenství i spotřební materiál (který je součástí dodávky) ve verzi, která je pro daný typ výrobku aktuální (poslední) Předvedení přístroje a ověření parametrů u objednavatele na vyžádání Na vyžádání Stránka 7 z 13

8 Systém pro snímání živých buněk a analýzu velkého objemu obrazů - High Content Screening (Automatizovaný mikroskop): Popis parametru Dodavatel Výrobce Typ/model Pevnolátkový (polovodičový) zdroj světla pokrývajícím spektrálním rozsah excitací od 400 do 640 nm s délkou provozu min hodin s možností nastavení intenzity světla Automatizovaný měnič kostek s min. 5 filtry pro pozorování DAPI, egfp, Rhodamine/TRITC, TxRed, Cy5 Možnost výměny objektivů a kostek s filtry uživatelem Vybavení pro skenování preparátů v procházejícím světle i s fázovým kontrastem Kondenzor pro pozorování preparátů v procházejícím světle s fázovým kontrastem Systém umožňuje rozšíření o další objektivy v rozsahu zvětšení 1x až 100x Objektivy planfluoritové, nebo planapochromátové či lepší s definovanými nebo vyššími hodnotami pro NA a WD: o 10x NA 0,3 o 20x NA 0,45, WD > 6 mm o 40x NA 0,6, WD > 2 mm Zadavatelem požadovaná hodnota x x x Uveďte: dobu provozu (min hodin) - spektrální rozsah excitací min. od 400 do 640 nm Uveďte: počet filtrů (min. 5 filtrů pro pozorování DAPI, egfp, Rhodamine/TRITC, TxRed, Cy5.) Uveďte: rozsah zvětšení (min. 1x-100x) - uveďte parametry objektivů: o 10x NA 0,3 o 20x NA 0,45, WD > 6 mm 40x NA 0,6, WD > 2 mm Uchazečem nabízená hodnota Závaznost Stránka 8 z 13

9 Vysoce citlivá digitální kamera s rozlišením alespoň 4,5 MPix, velikostí chipu 6,45um, rychlostí záznamu alespoň 100 snímků za sekundu, 16 bitovým A/D převodníkem signálu, dynamickým rozsahem alespoň 1:20 000, nízkou hladinou šumu alespoň 1.4 elektronu/pixel Systém vybavený držákem pro formát vícejamkových destiček v rozsahu jamek, umožňující provádět analýzu přímo z těchto destiček Systém vybavený držákem pro standartní mikroskopická skla (umožní vložení 1-3 skel současně), umožňující provádět analýzu nativních i fixovaných preparátů přímo na sklech Automatická hardwarová fokusace například pomocí IR laseru udržující nastavenou požadovanou vzdálenost preparátu a objektivu bez ohledu na zaostření objektu Automatická softwarová fokusace pomocí analýzy obrazu na základě optimálního doostření obrazu Udržení optimálních podmínek pro pozorování živých buněk po dobu alespoň 7 dní Automatizované řízení teploty do 40 C s max. odchylkou Uveďte: - rozlišení (min. 4,5 MPx, 6,45 μm) - rychlostí záznamu alespoň 100 snímků za sekundu, - alespon 16 bitový A/D převodník signálu, - dynamickým rozsahem alespoň 1:20 000, - hladinou šumu alespoň 1.4 elektronu/pixel Uveďte: počet dní (min. 7 dní) - nastavení teploty Stránka 9 z 13

10 ±0,5 C alespoň do 40 C - odchylka ±0,5 C Udržování vlhkosti v okolí kultivační misky pro minimalizaci odpařování média v průběhu kultivace Inkubační jednotka s uživatelem nastavitelnou koncentrací CO2 (tj % CO2), nebo alespoň možností připojení předmíchaného CO2 Robotizovaný pipetor umožňující přidávání roztoků a výměnu média v jednotlivých jamkách kultivačních misek o objemech v rozsahu alespoň μl, bez nutnosti vyjmutí kultivačního plastu z mikroskopu a přerušení měření. Možnost přidávaní různých roztoků v počtu min. 96. Polohování stolku v osách X, Y, Z s přesností min. 100 nm Uveďte: přesnost Pracovní stanice (počítač) (min. požadavky: vícejádrový procesor, 4GB RAM, 1TB HDD, OS Win7, dva monitory 24" LCD) Funkce pro automatické naskenování preparátu s nízkým zvětšením, nalezení objektů zájmu, reskenování objektů s vysokým zvětšením Skenování předvoleného počtu objektů Analýza pohybu objektů v (min. 100 nm) Uveďte: parametry pracovní stanice čase 3D dekonvoluce Vícerozměrná (3D) analýza Stránka 10 z 13

11 pohybu objektů Automatizované softwarové moduly umožňující automatizovanou 2D/3D/4D analýzu: počtu, životaschopnosti a morfologie buněk nebo subcelulárních struktur charakterizace kolonií buněk buněčného cyklu a mitózy angiogeneze/formování endoteliální trubice aktivace/inhibice signálních drah a fosforylace proteinů diferenciace buněk granularity v jádře a cytoplazmě, analýza jadérek cytotoxicity, apoptózy/nekrózy lokalizace a kolokalizace proteinů s rozlišením oblastí nukleární, perinukleární, v cytoplasmě a na membránách efektivita a dynamika internalizace povrchových struktur efektivity transfekce migrace buněk a analýza pohybu objektů růstu axonů detekce monopolárního vřeténka akumulace mastných kyselin a adipogeneze lokalizace, kvantifikace mitochondrií v buňce Softwarové i hardwarové vybavení umožňující uložit, archivovat a přesunovat data v databázi na serveru Stránka 11 z 13

12 Databázový software pro vytváření a zpracování databáze obrazů a metainformací, umožňující zpracování dat na víceprocesorovém serveru (ukládání/správa/analýza) a to včetně všech licencí pro nezbytný podpůrný software Softwarové vybavení pro vytěžování a statistické zpracování dat z databáze experimentů s přímým propojením na software pro obrazovou analýzu umožňující: Hierarchické klastrování a klastrovou analýzu Seskupovací heat-mapy 3D scatter ploty Curve-fitting K-Meany a K-Mediány Tvorbu dendrogramů Skriptování např. pomocí VBScript, JavaScript, nebo ActiveX objektů Obousměrné interaktivní propojení výsledků analýz databáze (hodnot v tabulkach, hodnot v bodových grafech) s původním obrazem a objektem v obrazové analýze Možnost vyznačení/zobrazení objektu nebo knihoven objektů v původním obraze zpětně z analyzovaných dat Možnost offline analýzy Multi-licence pro min. 3 uživatele k ovládání serveru ze vzdáleného počítače Uveďte: počet uživatelů (min. 3) Možnost rozšíření systému o funkční spojení a Stránka 12 z 13

13 synchronizaci s robotizovaným podavačem kultivačního plastu Rozměry přístroje (V x Š x H) Uveďte: rozměry Informativní položka Hmotnost přístroje Uveďte: hmotnost Informativní položka Požadavky na napájení Uveďte: požadované napětí (V) a příkon (W) Informativní položka Další požadavky V dodávce budou obsaženy přístroje, příslušenství i spotřební materiál (který je součástí dodávky) ve verzi, která je pro daný typ výrobku aktuální (poslední) Předvedení přístroje a ověření parametrů u objednavatele na vyžádání Na vyžádání Datum:.. Jméno, příjmení a funkce osoby oprávněné za dodavatele jednat: Podpis osoby oprávněné za dodavatele jednat: Stránka 13 z 13