Struktura biomakromolekul

Podobné dokumenty
Struktura biomakromolekul

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce, RNA processing Translace

Typy nukleových kyselin. deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA).

Nukleosidy, nukleotidy, nukleové kyseliny, genetická informace

NUKLEOVÉ KYSELINY. Složení nukleových kyselin. Typy nukleových kyselin:

Struktura a funkce nukleových kyselin

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce, RNA processing Translace

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK. Anotace. Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20. Číslo projektu:

Předmět: KBB/BB1P; KBB/BUBIO

Kde se NK vyskytují?

6. Nukleové kyseliny

Projekt SIPVZ č.0636p2006 Buňka interaktivní výuková aplikace

Jsme tak odlišní. Co nás spojuje..? Nukleové kyseliny

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu

Nukleové kyseliny Milan Haminger BiGy Brno 2017

Nukleové kyseliny. obecný přehled

Gymnázium, Brno, Elgartova 3

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života

"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Molekulární základy genetiky

a) Primární struktura NK NUKLEOTIDY Monomerem NK jsou nukleotidy

Exprese genetické informace

POLYPEPTIDY. Provitaminy = organické sloučeniny bez vitaminózního účinku, které se v živočišném těle mění působením ÚV záření nebo enzymů na vitaminy.

Nukleové kyseliny příručka pro učitele. Obecné informace:

GENETIKA dědičností heredita proměnlivostí variabilitu Dědičnost - heredita podobnými znaky genetickou informací Proměnlivost - variabilita

Genetika zvířat - MENDELU

ENZYMY A NUKLEOVÉ KYSELINY

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Centrální dogma molekulární biologie

Vazebné interakce protein s DNA

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Strukturní bioinformatika KFC/STBI

Svět RNA a bílkovin. RNA svět, 1. polovina. RNA svět. Doporučená literatura. Struktura RNA. Transkripce. Regulace transkripce.

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie

MOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA. Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie

Struktura sacharidů a nukleových kyselin

Nukleové kyseliny Replikace DNA Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA

15. Základy molekulární biologie

Struktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová

Nukleové kyseliny. Jsou universální složky živých organismů. Jsou odpovědné za uchování a přenos genetické informace.

Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech

CHEMICKÉ SLOŽENÍ BAKTERIÁLNÍ BUŇKY. Sloučeniny: Nízkomolekulární: aminokyseliny, monosacharidy, oligosacharidy, hexosaminy, nukleotidy, voda

REPLIKACE A REPARACE DNA

b) Jak se změní sekvence aminokyselin v polypeptidu, pokud dojde v pozici 23 k záměně bázového páru GC za TA (bodová mutace) a s jakými následky?

Základy molekulární a buněčné biologie. Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra

Exprese genetické informace

Odvětví genetiky zkoumající strukturu a funkci genů na molekulární úrovni

2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Přírodní polymery proteiny

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA

Cytosin Thymin Uracil

STŘEDOŠKOLSKÁ ODBORNÁ ČINNOST. Bioinformatická studie nevazebných interakcí v RNA molekulách

Úvod do studia biologie. Základy molekulární genetiky

Poškození nukleových kyselin a technologické přístupy pro jejich detekci

Biologie buňky. systém schopný udržovat se a rozmnožovat

Schéma průběhu transkripce

Stavba dřeva. Základy cytologie. přednáška

Struktura sacharidů a nukleových kyselin

Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza

Úvod do studia biologie. Základy molekulární genetiky

Chemie nukleotidů a nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie (existují vyjímky)

Molekulární základy dědičnosti

Bílkoviny a nukleové kyseliny

BIOLOGICKÉ ÚVOD ZÁKLADY MOLEKULÁRN RNÍ BIOLOGIE

Složení a struktura základních biomolekul (nk,proteiny,sacharidy)

Molekulární základy dědičnosti

- ovlivnění pepsinem (proteolytickým enzymem izolovaným z žaludku prasat) - funkce nukleinu zůstala dlouho nejasná (polynukleotidové řetězce a

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Nukleové kyseliny. Struktura DNA a RNA. Milada Roštejnská. Helena Klímová

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace

3 N. Číslování. 1,3-diazin

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Molekulární biologie. (přednáška JS 2017, 3 hod) prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.

jedné aminokyseliny v molekule jednoho z polypeptidů hemoglobinu

Mezimolekulové interakce

ÚVOD. Úvod ke struktuře nukleových kyselin Struktura DNA Replikace DNA Opravy DNA

Chemická reaktivita NK.

Struktura a funkce biomakromolekul

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie

Molekulární biologie. (přednáška JS 2014, 3 hod) prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.

MOLEKULÁRNÍ ZÁKLADY DĚDIČNOSTI

Mumie versus Zombie: na koho si vsadit v případě jaderné katastrofy

B3, 2007/2008, I. Literák

Biopolymery. struktura syntéza

Proteiny Genová exprese Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Metodologie molekulární fylogeneze a taxonomie hmyzu Bi7770

Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání

Deoxyribonukleová kyselina (DNA)

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie

Obecná biologie - přednášky

Transkript:

Struktura biomakromolekul ejvýznamnější biomolekuly proteiny nukleové kyseliny polysacharidy lipidy... měli bychom znát stavební kameny života Proteiny Aminokyseliny tvořeny aminokyselinami L-α-aminokyselinami C- H 3 C H H H 3 C - 20 základních aminokyselin C H 3 H H 3 H H 2 H H 3 - H H 2 alanin (Ala, A) H C α H 2 H prolin (Pro, P) Aminokyseliny Peptidická vazba H H 3 - H 3 - CH 3 H -konec H 3 H - C-konec H 2 CH 3 1

Struktura proteinů Primární sekvence primární sekvence AMK (kovalentní vazba), čteme od k C konci sekundární list, šroubovice (vodíkové vazby) terciální skládání (folding) proteinů (vdw interakce) kvarterní komplexy několika podjednotek, komplexy s kofaktory atp. >P24941 CDK2_HUMA Cell division protein kinase 2 - Homo sapiens (Human). MEFQKVEKIGEGTYGVVYKAKLTGEVVALKKILDTETEGVPSTAIEISLLKELH PIVKLLDVIHTEKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHS HVLHDLKPQLLITEGAIKLADFGLAAFGVPVTYTHEVVTLWYAPEILLGCKYY STAVDIWSLGCIFAEMVTALFPGDSEIDQLFIFTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSF PKWAQDFSKVVPPLDEDGSLLSQMLHYDPKISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLL http://www.expasy.org/ http://kinemage.biochem.duke.edu/teaching/anatax/index.html Sekundární struktura Sekundární sekvence šroubovice pásky, list http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/ amachandranův diagram Terciální struktura ±180 amachandranův diagram ukazuje možné konformace φ a ψ dihedrálů polypeptidů (pozor G) aby protein mohl vykonávat svou funkci musí se složit (to fold) do určité, často unikátní, 3D struktury skládání (folding) proteinů zcela zásadní role nekovalentních interakcí kolaps hydrofóbního jádra proteinu skládání denaturace 2

Skládání proteinů Experimenty k posouzení struktur proteinů primární struktura sekvenace sekundární struktura cirkulární dichroismus predikce z prim. struktury (bioinformatika) 3D struktura TG difrakce (X-ray) www.pdb.org M kryo-elektronová mikroskopie predikce homologní modelování ab initio skládání (ab initio folding) zatím velmi nespolehlivé folding funnel Zobrazení proteinů Bioinformatika Bioinformatics is the application of information technology to the field of molecular biology mladá a dynamicky se rozvíjející disciplína sekundární elementy přístupný povrch software: pyml, VMD 3

1 6 5 7 8 5 6 1 ukleové kyseliny ukleové báze 2 4 H 9 3 4 3 2 tvořeny nukleotidy nukleová báze cukr (riboza, deoxyriboza) fosfátová skupina purinové H 2 H adenin pyrimidinové H 2 H 3 C H cytosin H H thymin H H H H 2 guanin H uracil Cukr-fosfátová část ukleotid H 2 H P H 5 4 H 1 H P H H H 2 H H H P H 2-deoxyriboso-5-phosphate (DA) riboso-5-phosphate (A) H H Vznik řetězce K A vs. DA 5 - konec záporný náboj - H P - H P H 2 H H 2 - P H H 2 ibonukleová kyselina A t-a, m-a, r-a... riboswitch ribozym Deoxyribonukleová kyselina DA tvoří dvoušroubovice nese genetickou informaci (chromozómy) 3 - konec H H 4

Párování bazí Řetězce DA jsou komplementární H H 2 C - G H H H 2 H 2 H 5 -A G A G G T G C 3 3 -T C T C C A C G 5 struktura DA 25. 4. 1953 Watson, Crick - původní článek je na konci prezentace H A - T H CH 3 Dvoušroubovice DA DA cukr-fosfátová páteř velký žlábek je známo více struktur DA A, B, Z malý žlábek Další struktury DA A -tvary HDV ribozyme Group I Intron Quadruplex Holliday junction t-a A-A SL 5

Klasifikace BP Párování v A až 200 kombinací Hoogsteen Edge P H 2 Watson-Crick Edge H H Sugar Edge "C - H" Edge P H H H Watson-Crick Edge Sugar Edge Westhof, Leontis - klasifikace Může se zapojit i fosfát interakce báze - fosfát ibozom zajišťuje proteosyntézu podle m-a C - 2009 30S 50S ibozym A intenzivně studovaná oblast na KFC Šponer, tyepka, Banáš - fch.upol.cz iboswitch 6

rigin of Life Urey-Miller experiment (voda, methan, amoniak a vodík) katalytická funkce A A World hypothesis Bernalova Biopoesis Stage 1: The origin of biological monomers Stage 2: The origin of biological polymers Stage 3: The evolution from molecules to cell 7