Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek"

Transkript

1 Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek

2 Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, zejména dat molekulárně-biologických ( se mimo jiné sekvenční analýzou, anotací genomu, zkoumáním evolučních vztahů mezi organismy, předpovídáním struktury a funkce proteinů,...

3 Struktura proteinů q primární struktura = sekvence, dána pořadím aminokyselin v polypeptidovém řetězci N DALQLRIYAQKPDNTIQEYMWNGDGWKEGTNLGGALPGTGIGATSFRYTDYNGPS IRIWFWYPDLVTIFDRAPPPVAATSKELKHIRVYTLTEGNTLQEFAYDSGTGWYN GGLGGAKFQVAPYSCIAAVLAGTQTDDLKLVQRAYDPHKGRTAIAATSFGAGN C zápis sekvence od N-konce (koncová aminokyselina s volnou NH 2 - skupinou k C-konci (koncová aminokyselina s volnou COOHskupinou), aminokyseliny zapisovány pomocí jednopísmenných zkratek: alanin A isoleucin I tyrosin Y arginin R leucin L valin V asparagin N lysin K aspartát D methionin M cystein C fenylalanin F glutamát E prolin P glutamin Q serin S glycin G threonin T histidin H tryptofan W

4 alifatické drobné malé Vennův diagram pro 20 přirozeně se vyskytujících aminokyselin vytvořený na základě jejich fyzikálněchemických vlastností aromatické nepolární nabité polární pozitivně nabité

5 Struktura proteinů q sekundární struktura opakující se strukturní uspořádání proteinu v důsledku vazebných interakcí (vodíkové, iontové nebo disulfidické můstky) mezi částmi proteinového řetězce α-helix znázornění pomocí cartoon modelu β-skládaný list tvořený ze čtyř řetězců

6 Struktura proteinů q terciální struktura celkové prostorové uspořádání jednoho polypeptidového řetězce q kvartérní struktura uspořádání podjednotek (několika polypeptidových řetězců) u oligomerních proteinů homo- = složený ze stejných podjednotek hetero- = složený z různých podjednotek

7 q homology proteiny, jejichž sekvence mají původ ve společném prapředkovi následek evoluční divergence (vzájemného vzdalování): q paralogy v rámci stejného druhu, pochází z jednoho proteinu, u jehož genu došlo k duplikaci q ortology u různých druhů, postupně se vyvinuly z prapůvodního proteinu z prapředka srovnání sekvencí ortologních proteinů fylogenetická analýza

8 Významné bioinformatické instituce National Centre for Biotechnology information (NCBI) přístup k řadě databází prostřednictvím vyhledávacího systému Entrez řada bioinformatických nástrojů (BLAST) součástí také databáze článků s biomedicínskou tématikou PubMed

9 Významné bioinformatické instituce European Bioinformatics Institute (EBI) přístup k řadě databází prostřednictvím vyhledávacího systému SRS řada bioinformatických aplikací (ClustalW2)

10 Vyhledávání v databázích vložením přístupového kódu start vyhledávání vložení přístupového kódu příklad vyhledávání záznamu pro lidský lysozym (P61625)

11 Vyhledávání v databázích vložením přístupového kódu počty nalezených záznamů v různých databázích

12 Vyhledávání v databázích vložením přístupového kódu nalezené záznamy v databázi UniprotKB volba formátu zobrazení záznamu

13 Schéma záznamu zobrazeného ve formátu SRS obecné informace... popis proteinu, z jakého organismu pochází... odkazy na vědecké články

14 Schéma záznamu zobrazeného ve formátu SRS (pokračování) popis vlastností proteinu (pokud jsou známy) odkazy na další databáze

15 Schéma záznamu zobrazeného ve formátu SRS (pokračování) jestli se jedná o prokázaný protein např. důkaz na úrovni proteinu/transkriptu, předpovězený na základě homologie, atd. grafické vyznačení sekundárních motivů, aktivních míst, signálních sekvencí...

16 Schéma záznamu zobrazeného ve formátu SRS (pokračování) informace o sekvenci (délka, molekulová hmotnost) zobrazení sekvence v různých formátech FASTA formát: textový formát pro zápis proteinových a nukleotidových sekvencí pomocí jednopísmenných symbolů obsahující krátký popis sekvence(uvozen symbolem >)

17 LALIGN software/lalign_form.html výběr lokálního/globálního párového přiložení dvou sekvencí nastavení parametrů přiložení název proteinu párové přiložení přiložení dvou sekvencí k sobě tak, aby si jejich části co nejvíce odpovídaly - globální (uvažována podobnost v celé délce sekvence) - lokální (uvažována podobnost pouze v částech sekvence) vložení sekvence... (holý text, ne FASTA formát) vložení druhé sekvence... název proteinu

18 LALIGN globálního párového přiložení pro dvojici sekvencí použití interpunkce u LALIGN: : identické aminokyseliny. podobné aminokyseliny (konzervativní substituce)

19 ClustalW2 mnohonásobné přiložení sekvenční přiložení pro více než tři proteiny řady vyjadřují jednotlivé sekvence, sloupce pozice aminokyselinových zbytků v proteinu - důležité pro identifikaci konzervativních oblastí proteinu (ty jsou obvykle strukturně nebo funkčně důležité), identifikace nových členů proteinovýh rodin vložení sekvencí ve FASTA formátu

20 ClustalW2 aminokyseliny barevně znázorněny (ty s podobnými fyzikálně chemickými vlastnostmi stejnou barvou) míra konzervovanosti přiřazených sekvencí vyjadřována několika symboly: * sloupce obsahující identické zbytky ve všech přiřazených sekvencích : sloupce obsahující konzervativní substituci. sloupce obsahující semikonzervativní substituci

21 ClustalW2 mnohonásobné přiložení se dá použít pro konstrukci fylogenetických stromů (diagramy znázorňující fylogenetickou příbuznost) délky větví úměrné evoluční změně tvorba fylogramu v ClustalW2 po vytvoření mnohonásobného přiložení:

22 Protein Data Bank (PDB) q databáze proteinových struktur určených pomocí rentgenostrukturní analýzy nebo nukleární magnetické rezonance

23 Protein Data Bank (PDB) q všechny struktury uložené v databázi mají svůj jedinečný čtyřmístný kód (například 1uv3 ) vložení pdb kódu

24 Protein Data Bank (PDB) stáhnutí struktury ve formátu pdb: obecné informace, autoři, abstrakt

25 Protein Data Bank (PDB) organismus, ze kterého protein pochází seznam a zkratky ligandů ve struktuře odkazy na databáze informace vztahující se k metodě, pomocí které byla struktura určena

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto SUBSTITUČNÍ DERIVÁTY KARBOXYLOVÝCH O KYSELIN R C O X karboxylových kyselin - substituce na vedlejším uhlovodíkovém řetězci aminokyseliny - hydroxykyseliny

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Aminokyseliny Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 18.7.2012 3. ročník čtyřletého G Určování postranních řetězců aminokyselin

Více

Struktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová

Struktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová Struktura proteinů - testík na procvičení Vladimíra Kvasnicová Mezi proteinogenní aminokyseliny patří a) kyselina asparagová b) kyselina glutarová c) kyselina acetoctová d) kyselina glutamová Mezi proteinogenní

Více

Bílkoviny - proteiny

Bílkoviny - proteiny Bílkoviny - proteiny Proteiny jsou složeny z 20 kódovaných aminokyselin L-enantiomery Chemická struktura aminokyselin R představuje jeden z 20 různých typů postranních řetězců R Hlavní řetězec je neměnný

Více

Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny

Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny Dělení aminokyselin Z hlediska obsahu v živé hmotě Z hlediska významu ve výživě Z chemického hlediska Z hlediska rozpustnosti Dělení aminokyselin Z hlediska obsahu v

Více

P ro te i n o vé d a ta b á ze

P ro te i n o vé d a ta b á ze Proteinové databáze Osnova Základní stavební jednotky proteinů Hierarchie proteinové struktury Stanovení proteinové struktury Důležitost proteinové struktury Proteinové strukturní databáze Proteinové klasifikační

Více

Translace (druhý krok genové exprese)

Translace (druhý krok genové exprese) Translace (druhý krok genové exprese) Od RN k proteinu Milada Roštejnská Helena Klímová 1 enetický kód trn minoacyl-trn-synthetasa Translace probíhá na ribosomech Iniciace translace Elongace translace

Více

aminokyseliny a proteiny

aminokyseliny a proteiny aminokyseliny a proteiny funkce proteinů : proteiny zastávají téměř všechny biologické funkce, s výjimkou přenosu informace stavební funkce buněk a tkání biokatalyzátory-urychlují biochemické reakce -

Více

Aplikovaná bioinformatika

Aplikovaná bioinformatika Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef

Více

Genetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu.

Genetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu. Genetický kód Jakmile vznikne funkční, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu. Pravidla, kterými se řídí prostřednictvím přenos z nukleotidové sekvence DNA do aminokyselinové

Více

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu úloha II Jan Komárek, Gabriel Demo Adenin Struktura DNA Thymin 5 konec 3 konec DNA tvořena dvěmi řetězci orientovanými antiparalelně (liší se orientací

Více

Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin

Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin SACARIDY CUKRY MNSACARIDY LIGSACARIDY PLYSACARIDY (z mnoha molekul monosacharidů) ALDSY KETSY -DISACARIDY - TRISACARIDY - TETRASACARIDY atd. -aldotriosy -aldotetrosy -aldopentosy

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Laboratoř molekulární fyziologie rostlin Základy genomiky I. Zdrojová literatura ke

Více

PROTEINY. Biochemický ústav LF MU (H.P.)

PROTEINY. Biochemický ústav LF MU (H.P.) PROTEINY Biochemický ústav LF MU 2013 - (H.P.) 1 proteiny peptidy aminokyseliny 2 Aminokyseliny 3 Charakteristika základní stavební jednotky proteinů geneticky kódované 20 základních aminokyselin 4 a-aminokyselina

Více

Vysvětlivky ke kombinované nomenklatuře Evropské unie (2015/C 143/04)

Vysvětlivky ke kombinované nomenklatuře Evropské unie (2015/C 143/04) 30.4.2015 CS Úřední věstník Evropské unie C 143/3 (2015/C 143/04) Na straně 155 se za tabulku náležející k bodu 3 doplňkové poznámky 1 ke kapitole 30 doplňuje nový bod 4, který zní: 4. Doporučená denní

Více

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec

Více

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace

Více

I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í

I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í I V E S T I E D Z V J E V Z D Ě L Á V Á Í AMIKYSELIY PEPTIDY AMIKYSELIY = substituční/funkční deriváty karboxylových kyselin = základní jednotky proteinů (α-aminokyseliny) becný vzorec 2-aminokyselin (α-aminokyselin):

Více

Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny

Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny Proteiny jsou nejrozšířenější biologické makromolekuly Proteiny jsou tvořeny kombinací 20 α-aminokyselin Aminokyseliny sdílejí společné základní strukturní vlastnosti α-uhlík

Více

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology

Více

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_413 Jméno autora: Mgr. Alena Krejčíková Třída/ročník:

Více

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 1. 20 aminokyselin, kódovány standardním genetickým kódem, proteinogenní, stavebními

Více

Aminokyseliny. Peptidy. Proteiny.

Aminokyseliny. Peptidy. Proteiny. Aminokyseliny. Peptidy. Proteiny. Struktura a vlastnosti aminokyselin 1. Zakreslete obecný vzorec -aminokyseliny. Která z kodovaných aminokyselin se z tohoto vzorce vymyká? 2. Které aminokyseliny mají

Více

Metabolismus mikroorganismů

Metabolismus mikroorganismů Metabolismus mikroorganismů Metabolismus organismů Souvisí s metabolismem polysacharidů, bílkovin, nukleových kyselin a lipidů Cytoplazma, mitochondrie (matrix, membrána) H 3 PO 4 Polysacharidy Pentózový

Více

Bílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny

Bílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny Bílkoviny harakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny 1) harakteristika a význam Makromolekulární látky složené z velkého počtu aminokyselinových zbytků V tkáních

Více

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Genomika a bioinformatika Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Jan Pačes, Mgr, Ph.D Ústav molekulární genetiky AVČR, CZECH FOBIA (Free and Open Bioinformatics Association) hpaces@img.cas.cz

Více

Využití internetových zdrojů při studiu mikroorganismů

Využití internetových zdrojů při studiu mikroorganismů Využití internetových zdrojů při studiu mikroorganismů doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2012 Obsah přednášky 1) Práce se sekvenčními daty 2) Základní veřejně dostupné

Více

ÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny

ÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny BIOCHEMIE 1 ÚVOD DO BIOCHEMIE BCH zabývá se chemickými procesy v organismu a chemickým složením živých organismů Biologie: bios = život + logos = nauka Biochemie: bios = život + chemie Dělení : Chemie

Více

Přírodní polymery proteiny

Přírodní polymery proteiny Přírodní polymery proteiny Funkční úloha bílkovin 1. Funkce dynamická transport kontrola metabolismu interakce (komunikace, kontrakce) katalýza chemických přeměn 2. Funkce strukturální architektura orgánů

Více

Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů

Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů Aminokyseliny CH COOH obsahují karboxylovou skupinu a aminovou skupinu nebarevné sloučeniny (Trp, Tyr, Phe absorbce v UV) základní

Více

Názvosloví substitučních derivátů karboxylových kyselin

Názvosloví substitučních derivátů karboxylových kyselin Názvosloví substitučních derivátů karboxylových kyselin Substituční deriváty karboxylových kyselin Substituční deriváty karboxylových kyselin jsou sloučeniny, které obsahují ve své molekule kromě karboxylové

Více

Struktura biomakromolekul

Struktura biomakromolekul Struktura biomakromolekul ejvýznamnější biomolekuly proteiny nukleové kyseliny polysacharidy lipidy... měli bychom znát stavební kameny života Proteiny Aminokyseliny tvořeny aminokyselinami L-α-aminokyselinami

Více

TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN

TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN Translace - překlad genetické informace z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin podle pravidel genetického kódu. Genetický kód - způsob zápisu genetické informace Kód Morseovy

Více

Molekulární biofyzika

Molekulární biofyzika Molekulární biofyzika Molekuly v živých systémech - polymery Lipidy (mastné kyseliny, fosfolipidy, isoprenoidy, sfingolipidy ) proteiny (aminokyseliny) nukleové kyseliny (nukleotidy) polysacharidy (monosacharidy)

Více

Molekulární diagnostika infekční bronchitidy v České republice a na Slovensku. Richard J W Currie

Molekulární diagnostika infekční bronchitidy v České republice a na Slovensku. Richard J W Currie Molekulární diagnostika infekční bronchitidy v České republice a na Slovensku Richard J W Currie Virus infekční bronchitidy RNA (nukleová kyselina) uvnitř Proteiny (spike proteiny S1 a S2) na vnější straně

Více

Biochemie I 2016/2017. Makromolekuly buňky. František Škanta

Biochemie I 2016/2017. Makromolekuly buňky. František Škanta Biochemie I 2016/2017 Makromolekuly buňky František Škanta Makromolekuly buňky ukry Tuky Bílkoviny ukry Jsou sladké Přehled strukturních forem sacharidů Monosacharidy Disacharidy Polysacharidy Ketotriosa

Více

Bioinformatika a funkční studie

Bioinformatika a funkční studie Bioinformatika a funkční studie Bioinformatika Vztah informace a funkce Sekvenování DNA Proteinů Databáze Primární Sekundární Integrované internetové zdroje informací Vyhledávání sekvenční podobnosti,

Více

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Molekulární biotechnologie č.9 Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Gen kódující jakýkoliv protein lze izolovat z přírody, klonovat, exprimovat v hostitelském organismu. rekombinantní protein purifikovat

Více

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/ Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0032 Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti) 0 Gen - historie 1909 Johanssen

Více

Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti)

Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti) Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti) Struktura nukleové kyseliny Cukerná pentóza: 2-deoxy-D-ribóza D-ribóza Fosfátový zbytek: PO 4 3- Purin Pyrimidin Dusíkatá báze Adenin Guanin Tymin

Více

Metabolizmus aminokyselin II

Metabolizmus aminokyselin II Metabolizmus aminokyselin II Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 2.LF UK a FN Motol MUDr. Bc. Matej Kohutiar, Ph.D. matej.kohutiar@lfmotol.cuni.cz Praha 2018 Degradace uhlíkové kostry aminokyselin

Více

Obecná struktura a-aminokyselin

Obecná struktura a-aminokyselin AMINOKYSELINY Obsah Obecná struktura Názvosloví, třídění a charakterizace Nestandardní aminokyseliny Reaktivita - peptidová vazba Biogenní aminy Funkce aminokyselin Acidobazické vlastnosti Optická aktivita

Více

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Z.1.07/2.2.00/15.0247 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Funkční

Více

Testové úlohy aminokyseliny, proteiny. post test

Testové úlohy aminokyseliny, proteiny. post test Testové úlohy aminokyseliny, proteiny post test 1. Které aminokyseliny byste hledali na povrchu proteinů umístěných uvnitř fosfolipidových membrán a které na povrchu proteinů vyskytujících se ve vodném

Více

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin doc. Jana Novotná Ústav lékařské chemie a klinické biochemie, 2. LF UK a FN Motol 2016 1. 20 aminokyselin, kódovány standardním genetickým kódem, proteinogenní,

Více

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu V předcházejících kapitolách bylo konstatováno, že geny jsou uloženy na chromozomech a kontrolují fenotypové vlastnosti a že chromozomy se

Více

Metabolizmus aminokyselin II

Metabolizmus aminokyselin II Metabolizmus aminokyselin II Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 2.LF UK a FN Motol dr. Matej Kohutiar, doc. Jana Novotná matej.kohutiar@lfmotol.cuni.cz Praha 2017 Degradace uhlíkové kostry aminokyselin

Více

BÍLKOVINY R 2. sféroproteiny (globulární bílkoviny): - rozpustné ve vodě, globulární struktura - odlišné funkce (zásobní, protilátky, enzymy,...

BÍLKOVINY R 2. sféroproteiny (globulární bílkoviny): - rozpustné ve vodě, globulární struktura - odlišné funkce (zásobní, protilátky, enzymy,... BÍLKVIY - látky peptidické povahy tvořené více než 100 aminokyselinami - aminokyseliny jsou poutány...: R 1 2 + R 2 R 1 R 2 2 2. Dělení bílkovin - vznikají proteosyntézou Struktura bílkovin primární sekundární

Více

Český institut pro akreditaci, o.p.s. List 1 z 5

Český institut pro akreditaci, o.p.s. List 1 z 5 Český institut pro akreditaci, o.p.s. List 1 z 5!!! U P O Z O R N Ě N Í!!! Tento výpis má pouze informativní charakter. Jeho obsah je založen na dokumentech v něm citovaných, jejichž originály jsou k nahlédnutí

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymy Základy lékařské chemie a biochemie 2014/2015 Ing. Jarmila Krotká Metabolismus základní projev života látková přeměna souhrn veškerých dějů, které probíhají uvnitř organismu

Více

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita

Více

b) Jak se změní sekvence aminokyselin v polypeptidu, pokud dojde v pozici 23 k záměně bázového páru GC za TA (bodová mutace) a s jakými následky?

b) Jak se změní sekvence aminokyselin v polypeptidu, pokud dojde v pozici 23 k záměně bázového páru GC za TA (bodová mutace) a s jakými následky? 1.1: Gén pro polypeptid, který je součástí peroxidázy buku lesního, má sekvenci 3'...TTTACAGTCCATTCGACTTAGGGGCTAAGGTACCTGGAGCCCACGTTTGGGTCATCCAG...5' 5'...AAATGTCAGGTAAGCTGAATCCCCGATTCCATGGACCTCGGGTGCAAACCCAGTAGGTC...3'

Více

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, 2005. Neandrtálec, 2010

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, 2005. Neandrtálec, 2010 GENOMOVÉ PROJEKTY Osekvenované genomy Haemophilus influenze, 1995 první osekvenovaná bakterie Saccharomyces cerevisiae, 1996 první osekvenovaný eukaryotický organimus Caenorhabditis elegans, 1998 první

Více

Proteiny: obecná charakteristika. Proteiny: trocha historie. Proteiny: trocha historie

Proteiny: obecná charakteristika. Proteiny: trocha historie. Proteiny: trocha historie Proteiny: obecná charakteristika Stojí na počátku vzniku života, jsou podstatou všech živých organizmů; zastávají životně důležité funkce, bez kterých by život nemohl existovat Kvantitativně (50-80% sušiny)

Více

Biológia. Prednášky - zimný semester Ročník - Magisterské štúdium

Biológia. Prednášky - zimný semester Ročník - Magisterské štúdium Biológia Prednášky - zimný semester 2015 1. Ročník - Magisterské štúdium 28. september 2015 3. Prednáška 3. Chemické zloženie živej hmoty chemický základ života. Atómy, molekuly, organické látky cukry,

Více

PEPTIDY, BÍLKOVINY. Reg. č. projektu CZ.1.07/1.1.00/14.0143

PEPTIDY, BÍLKOVINY. Reg. č. projektu CZ.1.07/1.1.00/14.0143 PEPTIDY, BÍLKOVINY Definice: Bílkoviny (proteiny) jsou makromolekulární látky, které vznikají spojením sto a více molekul různých aminokyselin peptidickou vazbou. Obsahují atomy uhlíku (50 až 55%), vodíku

Více

CHEMICKÉ SLOŽENÍ BAKTERIÁLNÍ BUŇKY. Sloučeniny: Nízkomolekulární: aminokyseliny, monosacharidy, oligosacharidy, hexosaminy, nukleotidy, voda

CHEMICKÉ SLOŽENÍ BAKTERIÁLNÍ BUŇKY. Sloučeniny: Nízkomolekulární: aminokyseliny, monosacharidy, oligosacharidy, hexosaminy, nukleotidy, voda CHEMICKÉ SLOŽENÍ BAKTERIÁLNÍ BUŇKY Prvky : Makrobiogenní C, H, O, N, S, P, K, Na, Mg Mikrobiogenní - Fe, Cu, Mn, Co, F, Br, Si, Sr, Va, Zn, Ba Sloučeniny: Nízkomolekulární: aminokyseliny, monosacharidy,

Více

Synergin E-Vital (SEV)

Synergin E-Vital (SEV) 2016 Zelinářské dny JuWital, s. r. o. Je ryze česká společnost, fungující od začátku 90. let převážně na evropském trhu Hlavním cílem společnosti bylo a je podporovat zdraví lidí, zvířat a rostlin Jsme

Více

Proteiny. Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové

Proteiny. Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové Proteiny Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové Proteiny 1 = hlavní, energetická živina = základní stavební složka orgánů a tkání těla, = jejich energetickou hodnotu tělo využívá jen v některých metabolických

Více

ZÁKLADNÍ SLOŽKY VÝŽIVY - BÍLKOVINY. Bc. Lucie Vlková Nutriční terapeut

ZÁKLADNÍ SLOŽKY VÝŽIVY - BÍLKOVINY. Bc. Lucie Vlková Nutriční terapeut ZÁKLADNÍ SLOŽKY VÝŽIVY - BÍLKOVINY Bc. Lucie Vlková Nutriční terapeut ŽIVINY (NUTRIENTY) MAKRONUTRIENTY Bílkoviny (proteiny) Sacharidy Tuky (lipidy) MIKRONUTRIENTY Vitaminy Rozpustné v tucích Rozpustné

Více

Struktura proteinů a funkce enzymů

Struktura proteinů a funkce enzymů Struktura proteinů a funkce enzymů RNDr. Tomáš Obšil, PhD. Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Přírodovědecká fakulta UK v Praze HTobsil@natur.cuni.czTH 1. Struktura proteinů Proteiny se skládají

Více

Struktura biomakromolekul

Struktura biomakromolekul Struktura biomakromolekul ejvýznamnější biomakromolekuly l proteiny l nukleové kyseliny l polysacharidy l lipidy... měli bychom znát stavební kameny života Biomolekuly l proteiny l A DA, RA l lipidy l

Více

BÍLKOVINY. Bc. Michaela Příhodová

BÍLKOVINY. Bc. Michaela Příhodová BÍLKOVINY Bc. Michaela Příhodová Výživa člověka makroživiny (hlavní živiny) bílkoviny, tuky, sacharidy mikroživiny vitaminy, minerální látky, stopové prvky voda hlavní živiny významný zdroj energie, získaná

Více

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK. Anotace. Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20. Číslo projektu:

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK. Anotace. Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20. Číslo projektu: Vzdělávací materiál vytvořený v projektu P VK Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí svobození 20 Číslo projektu: Název projektu: Číslo a název klíčové aktivity: CZ.1.07/1.5.00/34.0211 Zlepšení podmínek

Více

AMINOKYSELINY REAKCE

AMINOKYSELINY REAKCE CHEMIE POTRAVIN - cvičení AMINOKYSELINY REAKCE Milena Zachariášová (milena.zachariasova@vscht.cz) Ústav chemie a analýzy potravin, VŠCHT Praha REAKCE AMINOKYSELIN část 1 ELIMINAČNÍ REAKCE DEKARBOXYLACE

Více

Organická chemie 3.ročník studijního oboru - kosmetické služby.

Organická chemie 3.ročník studijního oboru - kosmetické služby. Organická chemie 3.ročník studijního oboru - kosmetické služby. T-7 Funkční a substituční deriváty karboxylových kyselin Zpracováno v rámci projektu Zlepšení podmínek ke vzdělávání Registrační číslo projektu:

Více

Všeobecná fakultní nemocnice v Praze Diagnostické laboratoře Ústavu dědičných metabolických poruch Ke Karlovu 2, Praha 2

Všeobecná fakultní nemocnice v Praze Diagnostické laboratoře Ústavu dědičných metabolických poruch Ke Karlovu 2, Praha 2 Pracoviště zdravotnické laboratoře: 1. Biochemická laboratoř Ke Karlovu 455/2, Praha 2 2. Laboratoř diagnostiky Ke Karlovu 455/2, Praha 2 1. Biochemická laboratoř Vyšetření: 1. Stanovení relativní látkové

Více

Polysacharidy. monosacharidy disacharidy stravitelné PS nestravitelné PS (vláknina) neškrobové PS resistentní škroby Potravinové zdroje

Polysacharidy. monosacharidy disacharidy stravitelné PS nestravitelné PS (vláknina) neškrobové PS resistentní škroby Potravinové zdroje Klasifikace a potravinové zdroje sacharidů Dělení Jednoduché sacharidy Polysacharidy (PS) monosacharidy disacharidy stravitelné PS nestravitelné PS (vláknina) Zástupci glukóza fruktóza galaktóza maltóza

Více

AMK u prasat. Pig Nutr., 20/3

AMK u prasat. Pig Nutr., 20/3 AMK u prasat. Pig Nutr., 20/3 Potřeba AMK ve výživě prasat Prasata mají obecně odlišné nároky na živiny než ostatní hospodářská zvířata, především pak na zastoupení aminokyselin. Ve výživě prasat se krmná

Více

Obecná biologie - přednášky

Obecná biologie - přednášky Obecná biologie - přednášky 1) Biogenní prvky H, C, N, O, P, S jsou základem látek nezbytných pro život H, C, O (N) jsou obsaženy v sacharidech H, C, O, (P) jsou obsaženy v lipidech H, C, N, O, S vytvářejí

Více

Bílkoviny/proteiny: co jsou zač a co se s nimi v těle děje

Bílkoviny/proteiny: co jsou zač a co se s nimi v těle děje 1 Bílkoviny/proteiny: co jsou zač a co se s nimi v těle děje www.jakorybicka.cz Blog o zdraví těla, mysli i ducha 2 Cihly a tvárnice: Aneb co to vlastně bílkoviny jsou Bílkoviny, známé také jako proteiny,

Více

DUM č. 15 v sadě. 22. Ch-1 Biochemie

DUM č. 15 v sadě. 22. Ch-1 Biochemie projekt GML Brno Docens DUM č. 15 v sadě 22. Ch-1 Biochemie Autor: Martin Krejčí Datum: 30.04.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Rozdělení aminokyselin, chemické vzorce aminokyselin, amnokyseliny, významné

Více

Tomáš Oberhuber. Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering Czech Technical University in Prague

Tomáš Oberhuber. Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering Czech Technical University in Prague Tomáš Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering Czech Technical University in Prague Buňka buňka je základní stavební prvek všech živých organismů byla objevena Robertem Hookem roku 1665 jednodušší

Více

Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání

Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání http://web.natur.cuni.cz/~zdenap/zdenateachingnf.html CHEMICKÉ SLOŽENÍ BUŇKY BUŇKA: 99 % C, H, N,

Více

Biochemie I. Aminokyseliny a peptidy

Biochemie I. Aminokyseliny a peptidy Biochemie I Aminokyseliny a peptidy Aminokyseliny a peptidy (vlastnosti, stanovení a reakce) AMINOKYSELINY Když se řekne AK ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) prostorový vztah aminoskupiny a karboxylové skupiny:

Více

Metabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová

Metabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová Metabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová Vyberte esenciální aminokyseliny a) Asp, Glu b) Val, Leu, Ile c) Ala, Ser, Gly d) Phe, Trp Vyberte esenciální aminokyseliny a) Asp,

Více

Bílkoviny a nukleové kyseliny

Bílkoviny a nukleové kyseliny Na www.studijni-svet.cz zaslal(a): Nemám - Samanta - BÍLKOVINY: Bílkoviny a nukleové kyseliny - Bílkoviny, odborně proteiny, patří mezi biopolymery. Jedná se o vysokomolekulární přírodní látky složené

Více

Aminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa. Luboš Sobotka

Aminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa. Luboš Sobotka Aminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa Luboš Sobotka Reakce na hladovění a stres jsou stejné asi 4000000 let Přežít hladovění a akutní stav Metody sledování kvality AK roztoků Vylučovací metoda

Více

Proteiny ve sportu Diplomová práce

Proteiny ve sportu Diplomová práce MASARYKOVA UNIVERZITA Fakulta sportovních studií Katedra podpory zdraví Proteiny ve sportu Diplomová práce Vedoucí diplomové práce: Ing. Iva Hrnčiříková, Ph.D. Vypracoval: Bc. Michal Kreutzer Učitelství

Více

Bioinformatika pro PrfUK 2003

Bioinformatika pro PrfUK 2003 Bioinformatika pro PrfUK 2003 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2003 What is Bioinformatics?---The

Více

Jazykové gymnázium Pavla Tigrida, Ostrava-Poruba Název projektu: Podpora rozvoje praktické výchovy ve fyzice a chemii

Jazykové gymnázium Pavla Tigrida, Ostrava-Poruba Název projektu: Podpora rozvoje praktické výchovy ve fyzice a chemii Datum: Jazykové gymnázium Pavla Tigrida, Ostrava-Poruba Název projektu: Podpora rozvoje praktické výchovy ve fyzice a chemii Laboratorní cvičení č. Tlak vzduchu: Teplota vzduchu: Bílkoviny(proteiny) Vlhkost

Více

Aminokyseliny. Aminokyseliny. Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy COOH H 2 N. Aminokyseliny. Aminokyseliny. Postranní řetězec

Aminokyseliny. Aminokyseliny. Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy COOH H 2 N. Aminokyseliny. Aminokyseliny. Postranní řetězec optická aktivita Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy α-uhlík je asymetrický pouze L-aminokyseliny 2 α R rozdělení dle polarity podle počtu karboxylových skupin podle počtu bazických skupin podle polarity

Více

OCH/OC2. Deriváty karboxylových kyseliny

OCH/OC2. Deriváty karboxylových kyseliny OCH/OC2 Deriváty karboxylových kyseliny 1 Reaktivita karboxylových kyselin H O O - H H H OH deprotonace redukce R O OH H O OH H O Y α-substituce Nukleofilní acylová substituce Substituční deriváty Funkční

Více

PREDIKCE VLIVU AMINOKYSELINOVÝCH MUTACÍ NA SEKUNDÁRNÍ STRUKTURU PROTEINŮ

PREDIKCE VLIVU AMINOKYSELINOVÝCH MUTACÍ NA SEKUNDÁRNÍ STRUKTURU PROTEINŮ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA INFORMAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV INFORMAČNÍCH SYSTÉMŮ FACULTY OF INFORMATION TECHNOLOGY DEPARTMENT OF INFORMATION SYSTEMS PREDIKCE VLIVU

Více

NaLékařskou.cz Přijímačky nanečisto

NaLékařskou.cz Přijímačky nanečisto alékařskou.cz Chemie 2016 1) Vyberte vzorec dichromanu sodného: a) a(cr 2 7) 2 b) a 2Cr 2 7 c) a(cr 2 9) 2 d) a 2Cr 2 9 2) Vypočítejte hmotnostní zlomek dusíku v indolu. a) 0,109 b) 0,112 c) 0,237 d) 0,120

Více

První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti

První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny

Více

NUTRACEUTIKA PROTEINY

NUTRACEUTIKA PROTEINY NUTRAEUTIKA PROTEINY VYUŽITÍ Proteiny, aminokyseliny, koncentráty většinou pro sportovní výživu Funkční potraviny hydrolyzáty Bílkovinné izoláty i v medicíně Fitness a wellness přípravky PROTEINY Sušená

Více

Biopolymery. struktura syntéza

Biopolymery. struktura syntéza Biopolymery struktura syntéza Nukleové kyseliny Proteiny Polysacharidy Polyisopreny Ligniny.. Homopolymery Kopolymery (stat, alt, block, graft) Lineární Větvené Síťované kombinace proteiny Funkční úloha

Více

VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ VYHLEDÁVÁNÍ HOMOLOGNÍCH GENŮ DIPLOMOVÁ PRÁCE

VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ VYHLEDÁVÁNÍ HOMOLOGNÍCH GENŮ DIPLOMOVÁ PRÁCE VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA ELEKTROTECHNIKY A KOMUNIKAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ FACULTY OF ELECTRICAL ENGINEERING AND COMMUNICATION DEPARTMENT

Více

Organické látky v buňkách. Vladimíra Kvasnicová

Organické látky v buňkách. Vladimíra Kvasnicová Organické látky v buňkách Vladimíra Kvasnicová Chemické složení buněk 1. 60% hmotnosti: voda (H 2 O) 2. organické látky a) vysokomolekulární (proteiny, nukleové kyseliny, glykogen) b) nízkomolekulární

Více

Vazebné interakce protein s DNA

Vazebné interakce protein s DNA Vazebné interakce protein s DNA Vazebné možnosti vn jší vazba atmosféra + iont kolem nabité DNA vazba ve žlábku van der Waalsovský kontakt s lé ivem ve žlábku interkalace vmeze ení planárního aromat.

Více

Autoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními prin

Autoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními prin Autoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními principy hmotnostní spektrometrie a v žádném případě nezahrnuje

Více

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Organizační pokyny Přednášející: Martin Prokop Email: martinp@chemi.muni.cz Pracovna: INBIT/2.10 (v dubnu/květnu přesun do

Více

Přírodní polymery. struktura syntéza

Přírodní polymery. struktura syntéza Přírodní polymery struktura syntéza Nukleové kyseliny Proteiny Polysacharidy Polyisopreny Ligniny.. průmyslové využití (tradiční, obnovitelný zdroj) Sruktura komplikovanější Homopolymery Kopolymery (stat?,

Více

Strom života. Cíle. Stručná anotace

Strom života. Cíle. Stručná anotace Předmět: Doporučený ročník: Vazba na ŠVP: Biologie 1. ročník Úvod do taxonomie Cíle Studenti zařadí člověka do příslušných taxonů taxonomického systému. Studenti se seznámí s principem fylogenetického

Více

Co jsou aminokyseliny

Co jsou aminokyseliny Co jsou aminokyseliny Aminokyseliny jsou molekuly obsahující vodík, uhlík, kyslík a dusík. Dusík je ve formě aminoskupiny, typické právě jen pro aminokyseliny. Přeměnou aminokyselin se vytváří z aminoskupiny

Více

Biologická olympiáda

Biologická olympiáda Česká zemědělská univerzita v Praze Ústřední komise Biologické olympiády Biologická olympiáda 46. ročník školní rok 2011-2012 Autorská řešení soutěžních úloh školní kolo kategorií A a B Praha 2011 Biologická

Více