IVD Bacterial Test Standard

Transkript

1 Návod k použití IVD Bacterial Test Standard Standard pro kalibraci hmotnostního spektrometru s typickým profilem peptidů a proteinů Escherichia coli DH5 alfa a dalšími proteiny. Pro použití při hmotnostní spektrometrii s laserovou desorpcí/ionizací za účasti matrice s použitím průletového analyzátoru (MALDI-TOF-MS). Produkty společnosti CARE jsou určeny k tomu, aby po celém světě podporovaly naše zákazníky vysoce kvalitními spotřebními materiály, příslušenstvím a jednoúčelovými sadami. Jazyk: cs Revize J (Září 2017)

2 1 Předpokládané použití 2 2 Popis výrobku 2 3 Kontrola, skladování a trvanlivost Kontrola při přijetí Skladování po přijetí Skladování po rozpuštění a alikvotaci 3 4 Informace o rizicích a bezpečnosti 3 5 Softwarové požadavky 4 6 Postup přípravy vzorku pomocí přípravku IVD BTS Příprava alikvotů přípravku IVD BTS Příprava vzorku přípravku IVD BTS na nosiči MALDI 5 7 Kalibrace hmotnostního spektrometru MALDI-TOF s použitím přípravku IVD BTS Používané kalibrační body Kalibrační postupy Postup manuální kalibrace Automatický kalibrační postup 9 8 Symboly 12 9 Výrobce 13 1 Předpokládané použití Přípravek IVD Bacterial Test Standard je produkt pro diagnostiku in- vitro určený pro kalibraci a optimalizaci hmotnostních spektrometrů Bruker MALDI- TOF a kontrolu účinnosti pro identifikaci mikroorganismů kultivovaných ze vzorků od lidských pacientů. 2 Popis výrobku Přípravek IVD Bacterial Test Standard (označovaný jako IVD BTS ) obsahuje pečlivě vyrobený extrakt Escherichia coli DH5 alfa, který vykazuje ve hmotnostních spektrech MALDI-TOF charakteristický profil peptidů a proteinů. Tento extrakt je naočkován dalšími dvěma proteiny, které rozšiřují horní hranici hmotnostního rozsahu pokrytého přípravkem IVD BTS. Celkový hmotnostní rozsah, který přípravek IVD BTS pokrývá, je 3,6 až 17 kda. Každá zkumavka obsahuje dostatek materiálu na přípravu alespoň třiceti pěti (35) míst na nosiči MALDI. Tato sada je zařízení pro diagnostiku in vitro. Informace pro objednávku Výrobek Číslo dílu IVD Bacterial Test Standard, 5 zkumavek Strana 2 z 13 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize J

3 3 Kontrola, skladování a trvanlivost 3.1 Kontrola při přijetí Při přijetí zkontrolujte obal výrobku IVD BTS. Pokud je poškozený, zkontrolujte zkumavky. Jsou- li zkumavky poškozené, přípravek IVD BTS nepoužívejte. Sadu IVD BTS (zkumavky a obal) zlikvidujte podle pokynů uvedených v bezpečnostním listu daného výrobku a obraťte se na obchodního zástupce společnosti Bruker. 3.2 Skladování po přijetí -18 C Přípravek IVD BTS se dodává při venkovní teplotě, ale musí být uchováván při teplotě -18 C nebo nižší ihned při doručení. Datum exspirace uvedené na obalu platí, jestliže je po přijetí přípravek IVD BTS skladován při teplotě -18 C nebo nižší. Nepoužívejte přípravek po uplynutí data exspirace uvedeného na obalu. 3.3 Skladování po rozpuštění a alikvotaci Přípravek IVD BTS musí být před použitím rozpuštěn. Důrazně doporučujeme provést alikvotaci roztoku přípravku IVD BTS v mikrozkumavkách se šroubovacím uzávěrem o objemu 0,5 ml a uchovávat alikvoty zmrazené při teplotě -18 C nebo nižší. -18 C Zmrazený roztok přípravku IVD BTS lze skladovat maximálně po dobu 5 měsíců při teplotě -18 C. 4 Informace o rizicích a bezpečnosti Tento produkt není klasifikován podle nařízení (ES) č. 1272/2008, proto není klasifikován ani podle globálně harmonizovaného systému klasifikace a označování chemikálií (GHS). Podle zkušeností výrobce nemá tento produkt žádné škodlivé účinky v případě použití a zacházení podle specifikací. Avšak všechny materiály mohou představovat neznámá nebezpečí a je třeba s nimi zacházet opatrně. Další informace jsou uvedeny v bezpečnostním listu dostupném ke stažení na adrese Pro postupy popsané v tomto Návodu k použití mohou být nutné další chemické látky. Pozorně si přečtěte bezpečnostní list poskytnutý dodavatelem a při manipulaci s chemickými látkami nebo nebezpečnými biologickými materiály dodržujte všeobecné bezpečnostní předpisy. Revize J IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 3 z 13

4 5 Softwarové požadavky Některé verze/kombinace softwaru vyžadují bezplatnou softwarovou záplatu, aby podporovaly přípravek IVD BTS (viz Tabulka 1). Požadujete-li podporu při instalaci, obraťte se na místní servisní tým společnosti Bruker Daltonics. Tabulka 1 Požadavky na softwarové záplaty Verze softwaru Je nutná softwarová záplata? Verze aplikace Compass Verze aplikace flexcontrol Ne Ne Ano Ano Ano Ano Ano Ano 6 Postup přípravy vzorku pomocí přípravku IVD BTS Předběžné poznámky Špatnou přípravou vzorku dojde ke snížení citlivosti a následkem bude nízké rozlišení a špatná reprodukovatelnost. Tvorba iontů při použití metody MALDI závisí na přítomnosti optimálního poměru matriční látky a analytu. Nejlepších výsledků dosáhnete při použití čerstvě připravených roztoků a chemických látek se stupněm čistoty HPLC nebo stupněm čistoty odpovídajícím metodě MALDI (například rozpouštědel se stupněm čistoty vyhovujícím metodě LC- MS). Vezměte do úvahy datum exspirace stanovené dodavatelem rozpouštědla. Poznámka Skladovací nádobu s rozpouštědlem standardu po použití dobře uzavřete, aby se minimalizovalo odpařování rozpouštědla. Požadované chemické látky a materiály Standardní rozpouštědlo (acetonitril 50 %, voda 47,5 % a kyselina trifluoroctová 2,5 %) od dodavatele o Sigma-Aldrich 1 (Bruker standard solvent, č ), o Honeywell Riedel-de Haen 2 (Acetonitrile 50%, Water 47.5% and Trifluoroacetic acid 2.5%, č ) nebo o VWR International 3 (SOLUTION OS, č. PRLS ), které bylo testováno společností Bruker Daltonik GmbH a je doporučené pro rozpouštění výrobku IVD BTS. Nosič MALDI typu, který jste zvolili pro váš pracovní postup Strana 4 z 13 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize J

5 Roztok přípravku IVD Matrix HCCA-portioned (označovaný jako IVD HCCA ) (č ) 1. Potřebné vybavení a nástroje, které nejsou dodávány společně s výrobkem Odstředivka, pipety, pipetové špičky Mikrozkumavky se šroubovacím uzávěrem (Sarstedt, č ) se šroubovacími uzávěry (Sarstedt, č ). 6.1 Příprava alikvotů přípravku IVD BTS 1. Vyjměte zkumavku se šroubovacím uzávěrem obsahující přípravek IVD BTS z mrazničky a nechejte provést ekvilibraci po dobu alespoň 5 minut při laboratorní teplotě. 2. K peletě IVD BTS přidejte 50 µl (±1) rozpouštědla pro standardy a rozpouštějte opakovaným pipetováním (nejméně 20x) při laboratorní teplotě. Zkumavku důkladně uzavřete. Zabraňte zpěnění roztoku! Poznámka Namísto použití doporučeného komerčně dostupného rozpouštědla standardu můžete smíchat 475 (±5) μl vody pro HPLC, 25 (±1) μl kyseliny trifluoroctové a 500 (±5) μl acetonitrilu ve zkumavce Eppendorf o objemu 1,5 ml a vytvořit 1 ml rozpouštědla standardu. 3. Inkubujte roztok přípravku IVD BTS alespoň po dobu 5 minut při laboratorní teplotě a poté opakovaným pipetováním (nejméně 20x) promíchejte. Zkumavku důkladně uzavřete. 4. Nechejte krátce odstředit (10 (±5) s; ot/min; při laboratorní teplotě). 5. Do mikrozkumavek se šroubovacím uzávěrem pomocí pipety přeneste 5,0 (± 0,1) µl alikvotních podílů roztoku přípravku IVD BTS a dobře je uzavřete. 6. Alikvotní podíly skladujte při teplotě -18 C nebo nižší. 6.2 Příprava vzorku přípravku IVD BTS na nosiči MALDI Poznámka Poznámka Zmražený roztok přípravku IVD BTS nechejte roztát při laboratorní teplotě po dobu alespoň 5 minut a mikrozkumavku se šroubovacím uzávěrem ručním třepáním promíchejte. Nechejte krátce odstředit (10 (±5) s; ot/min; při laboratorní teplotě). Mikrozkumavky se šroubovacím uzávěrem je nutné dobře uzavřít a uložit při teplotě - 18 C nebo nižší ihned po přípravě míst přípravku IVD BTS. Každých 5 µl alikvotního podílu obsahuje dostatek materiálu nejméně na 4 místa. Přípravek IVD BTS musí být před zpracováním připraven na každý nosič MALDI. Připravené nosiče MALDI je třeba analyzovat do 24 hodin od přípravy. Pokud od přípravy uplynulo více než 24 hodin, nosič MALDI s připraveným vzorkem nemůže být testován a postup přípravy vzorku je nutné zopakovat. 1. Přeneste pomocí pipety 1,0 (±0,1) μl roztoku přípravku IVD BTS na minimálně jednu (1) neobsazenou pozici nosiče MALDI. 1 Připravte roztok přípravku IVD Matrix HCCA-portioned dle popisu v příslušném návodu k použití. Revize J IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 5 z 13

6 Poznámka Zkumavku se šroubovacím uzávěrem obsahující roztok přípravku IVD BTS po použití dobře uzavřete, aby se minimalizovalo odpařování rozpouštědla. 2. Nechejte místa s přípravkem IVD BTS zaschnout při laboratorní teplotě. POZOR Není-li roztok přípravku IVD HCCA přidán do míst přípravku IVD BTS do 30 minut po jejich vysušení, nelze tyto pozice otestovat. 3. Překryjte místa přípravku IVD BTS 1,0 (±0,1) µl roztoku přípravku IVD HCCA. Poznámka Zkumavku se šroubovacím uzávěrem obsahující roztok přípravku IVD HCCA po použití dobře uzavřete, aby se minimalizovalo odpařování rozpouštědla. 4. Znovu vysušte při laboratorní teplotě. Příprava musí být homogenní. 7 Kalibrace hmotnostního spektrometru MALDI-TOF s použitím přípravku IVD BTS 7.1 Používané kalibrační body Tabulka 2 Kalibrační body s limitem hmotnostní tolerance ±300 ppm Protein Referenční hmotnost (průměrná hmotnost) Rozsah ±300 ppm RL29 [M+2H] ,8 Da od 3636,7 Da do 3638,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da od 5095,3 Da do 5098,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da od 5379,8 Da do 5383,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da od 6253,5 Da do 6257,3 Da RL29 [M+H] ,5 Da od 7272,3 Da do 7276,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da od 10297,0 Da do 10303,2 Da RNAse A [M+H] ,2 Da od 13679,1 Da do 13687,3 Da Myoglobin [M+H] ,3 Da od 16947,2 Da do 16957,4 Da 7.2 Kalibrační postupy Je možné použít manuální i automatickou kalibraci. Manuální kalibrační postup lze použít u všech verzí programu flexcontrol, zatímco automatický kalibrační postup vyžaduje verzi flexcontrol 3.3 nebo novější. Strana 6 z 13 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize J

7 7.2.1 Postup manuální kalibrace 1. Do hmotnostního spektrometru MALDI-TOF vložte připravený nosič MALDI se vzorkem přípravku IVD BTS. 2. Ujistěte se, že program flexcontrol běží. 3. Použijte standardní metodu flexcontrol MBT_ FC.par (lineární a pozitivní režim) k měření a kalibraci. 4. Na místě manuálně změřte sumární spektrum sečtením 6 x 40 laserových pulzů z různých pozic rastru na místo přípravku IVD BTS. Na každé požadované pozici rastru klikněte na tlačítko Start pulzů a zobrazí se a poté na tlačítko Add. Úroveň energie laseru je nutno optimalizovat.. Bude zaznamenáno celkem 240 laserových Volitelný postup: Sumární spektrum může být změřeno také automaticky: klikněte na kartu AutoXecute, zvolte metodu autox MBT_AutoX z rozevíracího seznamu Method (Obrázek 1), klikněte na tlačítko Run method on current spot. Obrázek 1 Karta AutoXecute s výběrem metody MBT_AutoX pro automatické měření sumárního spektra Toto nastavení vede k automatickému změření sumárního spektra. 5. Kliknutím na tlačítko na panelu nástrojů Single Buffer skryjete aktuálně zobrazené jednoduché spektrum. Tím se aktivuje tlačítko změřené sumární spektrum. na panelu nástrojů Sum Buffer a zobrazí se 6. Kliknutím na tlačítko na panelu nástrojů Smooth Spectrum můžete vyhladit sumární spektrum (Obrázek 2). Obrázek 2 Vyhlazené sumární spektrum IVD BTS Revize J IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 7 z 13

8 7. Klikněte na kartu Calibration a zvolte kalibrační soubor MBT_ Standard z rozevíracího seznamu Mass Control List (Obrázek 3). Obrázek 3 Karta Calibration zobrazující seznam Mass Control List 8. Klikněte na tlačítko Automatic Assign, čímž automaticky vyberete správné kalibrační píky. 9. Zkontrolujte, zda automatické přiřazení kalibračních píků proběhlo správně. Na seznamu kalibračních píků by se mělo ukazovat, že jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka pro kterýkoli pík Err/ppm není větší než ±300 ppm (Obrázek 4). Obrázek 4 Výsledek automatického přiřazení kalibračních píků, kde všechny píky jsou přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm Podle výsledku postupujte dále následujícím způsobem: Jestliže jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, automatické přiřazení kalibračních píků bylo úspěšné. Pokračujte krokem (12). Jestliže jsou všechny píky přiřazeny, ale maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). Jestliže jsou přiřazeny některé píky a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, pokračujte krokem (10). Jestliže je přiřazeno několik píků, ale maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). Pokud nebude přiřazen žádný pík, pokračujte krokem (11). 10. Klikněte na tlačítko Apply a zopakujte automatické přiřazení kalibračních píků kliknutím na tlačítko Automatic Assign. Zkontrolujte, zda jsou přiřazeny všechny píky a zda je maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky menší než ±300 ppm. Jestliže jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, automatické přiřazení kalibračních píků bylo úspěšné. Pokračujte krokem (12). Strana 8 z 13 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize J

9 Jestliže nejsou přiřazeny všechny píky nebo jestli maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). 11. Manuálně vyberte pík na 6255,4 Da kliknutím na levou stranu tohoto píku ve spektru. Při úspěšném přiřazení píku se musí barva svislé čáry vedle píku změnit z červené na zelenou (do seznamu kalibračních píků jsou zadána odpovídající data). Klikněte na tlačítko Apply a zopakujte automatické přiřazení kalibračních píků kliknutím na tlačítko Automatic Assign. Zkontrolujte, zda jsou přiřazeny všechny píky a zda je maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky menší než ±300 ppm. Jestliže jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, automatické přiřazení kalibračních píků bylo úspěšné. Pokračujte krokem (12). Jestliže nejsou přiřazeny všechny píky nebo jestli maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). 12. Po úspěšném automatickém přiřazení píků s maximální odchylkou Err/ppm pro všechny píky menší než ±300 ppm klikněte na tlačítko Apply. 13. Uložte nové kalibrační hodnoty do metody flexcontrol (MBT_FC.par). Kliknutím na tlačítko na panelu nástrojů Save method as otevřete dialogové okno Save flexcontrol Method As. Klikněte na tlačítko Save. Potvrďte nahrazení souboru ( MBT_FC.par ) kliknutím na tlačítkov Yes potvrzovacím dialogovém okně (Obrázek 5). Obrázek 5 Dialogové okno se žádostí o potvrzení specifikovaného souboru metody Automatický kalibrační postup Poznámka Automatický kalibrační postup vyžaduje verzi flexcontrol 3.3 nebo novější. 1. Do hmotnostního spektrometru MALDI-TOF vložte připravený nosič MALDI se vzorkem přípravku IVD BTS. 2. Ujistěte se, že program flexcontrol běží. 3. Použijte standardní metodu flexcontrol MBT_ FC.par (lineární a pozitivní režim) k měření a kalibraci. Revize J IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 9 z 13

10 4. Zvolte Tools > Method Calibration Parameters ( Obrázek 6 ) pro nastavení nebo kontrolu nastavení kalibrace metody flexcontrol. Poznámka Nastavení parametrů kalibrace je vyžadováno pouze při první (úvodní) kalibraci. U pozdějších kalibrací je nutné zkontrolovat pouze zvolení správné metody autox (MBT_AutoX). Obrázek 6 Příkaz Method Calibration Parameters z nabídky Tools 5. Zadejte nebo zkontrolujte nastavení parametrů automatické kalibrace uvedené na Obrázek 7. Poté klikněte na tlačítko OK. Obrázek 7 Dialogové okno Edit Auto Calibration Parameters Strana 10 z 13 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize J

11 6. Na kartě Calibration (Obrázek 3 ) zkontrolujte, zda je parametr Peak Assignment Tolerance nastaven na maximální hodnotu 1000 ppm (Obrázek 8). Obrázek 8 Parametr Peak Assignment Tolerance 7. Postup kalibrace spustíte kliknutím na tlačítko Calibrate. Sumární spektrum bude získáno automaticky sečtením 6 x 40 laserových impulzů z různých pozic na místě IVD BTS a kalibrace bude automaticky dokončena. Po úspěšné kalibraci se otevře dialogové okno s informacemi o kalibraci (Obrázek 9). Kliknutím na tlačítko OK dokončete kalibraci. Obrázek 9 Dialogové okno s informacemi o kalibraci 8. Jestliže kalibrace neproběhla úspěšně, opakujte kroky (4) až (7) postupu automatické kalibrace, nebo proveďte manuální kalibraci podle postupu popsaného v části Revize J IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 11 z 13

12 8 Symboly Při značení se používají následující symboly: Referenční číslo výrobku Označení CE Zařízení pro diagnostiku in vitro Skladovací teplota (horní limit) Výrobce Datum exspirace Číslo položky Zdroj dalších informací Strana 12 z 13 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize J

13 9 Výrobce Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Německo Podpora biotyper.support@bruker.com Tel.: +49 (421) Fax: +49 (421) Informace o prodeji care@bruker.com Tel.: +49 (421) Webové stránky: Popis a specifikace nahrazují všechny předchozí informace a mohou být kdykoli bez upozornění změněny. Copyright 2017 Bruker Daltonik GmbH Revize J IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 13 z 13